ANALYSIS/AliAnalysisManager.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17 // Author: Andrei Gheata, 31/05/2006
  18
  19 //==============================================================================
  20 //   AliAnalysysManager - Manager analysis class. Allows creation of several
  21 // analysis tasks and data containers storing their input/output. Allows
  22 // connecting/chaining tasks via shared data containers. Serializes the current
  23 // event for all tasks depending only on initial input data.
  24 //==============================================================================
  25 //
  26 //==============================================================================
  27
  28 #include <Riostream.h>
  29
  30 #include <TClass.h>
  31 #include <TFile.h>
  32 #include <TKey.h>
  33 #include <TMethodCall.h>
  34 #include <TChain.h>
  35 #include <TSystem.h>
  36 #include <TROOT.h>
  37 #include <TCanvas.h>
  38
  39 #include "AliAnalysisSelector.h"
  40 #include "AliAnalysisGrid.h"
  41 #include "AliAnalysisTask.h"
  42 #include "AliAnalysisDataContainer.h"
  43 #include "AliAnalysisDataSlot.h"
  44 #include "AliVEventHandler.h"
  45 #include "AliVEventPool.h"
  46 #include "AliSysInfo.h"
  47 #include "AliAnalysisManager.h"
  48
  49 ClassImp(AliAnalysisManager)
  50
  51 AliAnalysisManager *AliAnalysisManager::fgAnalysisManager = NULL;
  52
  53 //______________________________________________________________________________
  54 AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const char *name, const char *title)
  55                    :TNamed(name,title),
  56                     fTree(NULL),
  57                     fInputEventHandler(NULL),
  58                     fOutputEventHandler(NULL),
  59                     fMCtruthEventHandler(NULL),
  60                     fEventPool(NULL),
  61                     fCurrentEntry(-1),
  62                     fNSysInfo(0),
  63                     fMode(kLocalAnalysis),
  64                     fInitOK(kFALSE),
  65                     fDebug(0),
  66                     fSpecialOutputLocation(""),
  67                     fTasks(NULL),
  68                     fTopTasks(NULL),
  69                     fZombies(NULL),
  70                     fContainers(NULL),
  71                     fInputs(NULL),
  72                     fOutputs(NULL),
  73                     fCommonInput(NULL),
  74                     fCommonOutput(NULL),
  75                     fSelector(NULL),
  76                     fGridHandler(NULL)
  77 {
  78 // Default constructor.
  79    fgAnalysisManager = this;
  80    fTasks      = new TObjArray();
  81    fTopTasks   = new TObjArray();
  82    fZombies    = new TObjArray();
  83    fContainers = new TObjArray();
  84    fInputs     = new TObjArray();
  85    fOutputs    = new TObjArray();
  86    SetEventLoop(kTRUE);
  87 }
  88
  89 //______________________________________________________________________________
  90 AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const AliAnalysisManager& other)
  91                    :TNamed(other),
  92                     fTree(NULL),
  93                     fInputEventHandler(NULL),
  94                     fOutputEventHandler(NULL),
  95                     fMCtruthEventHandler(NULL),
  96                     fEventPool(NULL),
  97                     fCurrentEntry(-1),
  98                     fNSysInfo(0),
  99                     fMode(other.fMode),
 100                     fInitOK(other.fInitOK),
 101                     fDebug(other.fDebug),
 102                     fSpecialOutputLocation(""),
 103                     fTasks(NULL),
 104                     fTopTasks(NULL),
 105                     fZombies(NULL),
 106                     fContainers(NULL),
 107                     fInputs(NULL),
 108                     fOutputs(NULL),
 109                     fCommonInput(NULL),
 110                     fCommonOutput(NULL),
 111                     fSelector(NULL),
 112                     fGridHandler(NULL)
 113 {
 114 // Copy constructor.
 115    fTasks      = new TObjArray(*other.fTasks);
 116    fTopTasks   = new TObjArray(*other.fTopTasks);
 117    fZombies    = new TObjArray(*other.fZombies);
 118    fContainers = new TObjArray(*other.fContainers);
 119    fInputs     = new TObjArray(*other.fInputs);
 120    fOutputs    = new TObjArray(*other.fOutputs);
 121    fgAnalysisManager = this;
 122 }
 123
 124 //______________________________________________________________________________
 125 AliAnalysisManager& AliAnalysisManager::operator=(const AliAnalysisManager& other)
 126 {
 127 // Assignment
 128    if (&other != this) {
 129       TNamed::operator=(other);
 130       fInputEventHandler   = other.fInputEventHandler;
 131       fOutputEventHandler  = other.fOutputEventHandler;
 132       fMCtruthEventHandler = other.fMCtruthEventHandler;
 133       fEventPool           = other.fEventPool;
 134       fTree       = NULL;
 135       fCurrentEntry = -1;
 136       fNSysInfo   = other.fNSysInfo;
 137       fMode       = other.fMode;
 138       fInitOK     = other.fInitOK;
 139       fDebug      = other.fDebug;
 140       fTasks      = new TObjArray(*other.fTasks);
 141       fTopTasks   = new TObjArray(*other.fTopTasks);
 142       fZombies    = new TObjArray(*other.fZombies);
 143       fContainers = new TObjArray(*other.fContainers);
 144       fInputs     = new TObjArray(*other.fInputs);
 145       fOutputs    = new TObjArray(*other.fOutputs);
 146       fCommonInput = NULL;
 147       fCommonOutput = NULL;
 148       fSelector   = NULL;
 149       fGridHandler = NULL;
 150       fgAnalysisManager = this;
 151    }
 152    return *this;
 153 }
 154
 155 //______________________________________________________________________________
 156 AliAnalysisManager::~AliAnalysisManager()
 157 {
 158 // Destructor.
 159    if (fTasks) {fTasks->Delete(); delete fTasks;}
 160    if (fTopTasks) delete fTopTasks;
 161    if (fZombies) delete fZombies;
 162    if (fContainers) {fContainers->Delete(); delete fContainers;}
 163    if (fInputs) delete fInputs;
 164    if (fOutputs) delete fOutputs;
 165    if (fGridHandler) delete fGridHandler;
 166    if (fgAnalysisManager==this) fgAnalysisManager = NULL;
 167 }
 168
 169 //______________________________________________________________________________
 170 Int_t AliAnalysisManager::GetEntry(Long64_t entry, Int_t getall)
 171 {
 172 // Read one entry of the tree or a whole branch.
 173    if (fDebug > 0) printf("== AliAnalysisManager::GetEntry(%lld)\n", entry);
 174    fCurrentEntry = entry;
 175    return fTree ? fTree->GetTree()->GetEntry(entry, getall) : 0;
 176 }
 177
 178 //______________________________________________________________________________
 179 Bool_t AliAnalysisManager::Init(TTree *tree)
 180 {
 181   // The Init() function is called when the selector needs to initialize
 182   // a new tree or chain. Typically here the branch addresses of the tree
 183   // will be set. It is normaly not necessary to make changes to the
 184   // generated code, but the routine can be extended by the user if needed.
 185   // Init() will be called many times when running with PROOF.
 186    Bool_t init = kFALSE;
 187    if (!tree) return kFALSE; // Should not happen - protected in selector caller
 188    if (fDebug > 0) {
 189       printf("->AliAnalysisManager::Init(%s)\n", tree->GetName());
 190    }
 191    // Call InitTree of EventHandler
 192    if (fOutputEventHandler) {
 193       if (fMode == kProofAnalysis) {
 194          init = fOutputEventHandler->Init(0x0, "proof");
 195       } else {
 196          init = fOutputEventHandler->Init(0x0, "local");
 197       }
 198       if (!init) {
 199          Error("Init", "Output event handler failed to initialize");
 200          return kFALSE;
 201       }
 202    }
 203
 204    if (fInputEventHandler) {
 205       if (fMode == kProofAnalysis) {
 206          init = fInputEventHandler->Init(tree, "proof");
 207       } else {
 208          init = fInputEventHandler->Init(tree, "local");
 209       }
 210       if (!init) {
 211          Error("Init", "Input event handler failed to initialize tree");
 212          return kFALSE;
 213       }
 214    } else {
 215       // If no input event handler we need to get the tree once
 216       // for the chain
 217       if(!tree->GetTree()) {
 218          Long64_t readEntry = tree->LoadTree(0);
 219          if (readEntry == -2) {
 220             Error("Init", "Input tree has no entry. Aborting");
 221             return kFALSE;
 222          }
 223       }
 224    }
 225
 226    if (fMCtruthEventHandler) {
 227       if (fMode == kProofAnalysis) {
 228          init = fMCtruthEventHandler->Init(0x0, "proof");
 229       } else {
 230          init = fMCtruthEventHandler->Init(0x0, "local");
 231       }
 232       if (!init) {
 233          Error("Init", "MC event handler failed to initialize");
 234          return kFALSE;
 235       }
 236    }
 237
 238    if (!fInitOK) InitAnalysis();
 239    if (!fInitOK) return kFALSE;
 240    fTree = tree;
 241    AliAnalysisDataContainer *top = fCommonInput;
 242    if (!top) top = (AliAnalysisDataContainer*)fInputs->At(0);
 243    if (!top) {
 244       Error("Init","No top input container !");
 245       return kFALSE;
 246    }
 247    top->SetData(tree);
 248    if (fDebug > 0) {
 249       printf("<-AliAnalysisManager::Init(%s)\n", tree->GetName());
 250    }
 251    return kTRUE;
 252 }
 253
 254 //______________________________________________________________________________
 255 void AliAnalysisManager::SlaveBegin(TTree *tree)
 256 {
 257   // The SlaveBegin() function is called after the Begin() function.
 258   // When running with PROOF SlaveBegin() is called on each slave server.
 259   // The tree argument is deprecated (on PROOF 0 is passed).
 260    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::SlaveBegin()\n");
 261    static Bool_t isCalled = kFALSE;
 262    Bool_t init = kFALSE;
 263    Bool_t initOK = kTRUE;
 264    TString msg;
 265    TDirectory *curdir = gDirectory;
 266    // Call SlaveBegin only once in case of mixing
 267    if (isCalled && fMode==kMixingAnalysis) return;
 268    // Call Init of EventHandler
 269    if (fOutputEventHandler) {
 270       if (fMode == kProofAnalysis) {
 271          TIter nextout(fOutputs);
 272          AliAnalysisDataContainer *c_aod;
 273          while ((c_aod=(AliAnalysisDataContainer*)nextout())) if (!strcmp(c_aod->GetFileName(),"default")) break;
 274          if (c_aod && c_aod->IsSpecialOutput()) {
 275             // Merging via files
 276             if (fDebug > 1) printf("   Initializing special output file %s...\n", fOutputEventHandler->GetOutputFileName());
 277             OpenProofFile(fOutputEventHandler->GetOutputFileName(), "RECREATE");
 278             c_aod->SetFile(gFile);
 279             init = fOutputEventHandler->Init("proofspecial");
 280             if (!init) msg = "Failed to initialize output handler on worker using special proof output";
 281          } else {
 282             // Merging in memory
 283             init = fOutputEventHandler->Init("proof");
 284             if (!init) msg = "Failed to initialize output handler on worker";
 285          }
 286       } else {
 287          init = fOutputEventHandler->Init("local");
 288          if (!init) msg = "Failed to initialize output handler on worker";
 289       }
 290       initOK &= init;
 291       if (!fSelector) Error("SlaveBegin", "Selector not set");
 292       else if (!init) {fSelector->Abort(msg); fSelector->SetStatus(-1);}
 293    }
 294
 295    if (fInputEventHandler) {
 296       fInputEventHandler->SetInputTree(tree);
 297       if (fMode == kProofAnalysis) {
 298          init = fInputEventHandler->Init("proof");
 299          if (!init) msg = "Failed to initialize input handler on worker";
 300       } else {
 301          init = fInputEventHandler->Init("local");
 302          if (!init) msg = "Failed to initialize input handler";
 303       }
 304       initOK &= init;
 305       if (!fSelector) Error("SlaveBegin", "Selector not set");
 306       else if (!init) {fSelector->Abort(msg); fSelector->SetStatus(-1);}
 307    }
 308
 309    if (fMCtruthEventHandler) {
 310       if (fMode == kProofAnalysis) {
 311          init = fMCtruthEventHandler->Init("proof");
 312          if (!init) msg = "Failed to initialize MC handler on worker";
 313       } else {
 314          init = fMCtruthEventHandler->Init("local");
 315          if (!init) msg = "Failed to initialize MC handler";
 316       }
 317       initOK &= init;
 318       if (!fSelector) Error("SlaveBegin", "Selector not set");
 319       else if (!init) {fSelector->Abort(msg); fSelector->SetStatus(-1);}
 320    }
 321    if (curdir) curdir->cd();
 322    isCalled = kTRUE;
 323    if (!initOK) return;
 324    TIter next(fTasks);
 325    AliAnalysisTask *task;
 326    // Call CreateOutputObjects for all tasks
 327    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 328       curdir = gDirectory;
 329       task->CreateOutputObjects();
 330       if (curdir) curdir->cd();
 331    }
 332    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::SlaveBegin()\n");
 333 }
 334
 335 //______________________________________________________________________________
 336 Bool_t AliAnalysisManager::Notify()
 337 {
 338    // The Notify() function is called when a new file is opened. This
 339    // can be either for a new TTree in a TChain or when when a new TTree
 340    // is started when using PROOF. It is normaly not necessary to make changes
 341    // to the generated code, but the routine can be extended by the
 342    // user if needed. The return value is currently not used.
 343    if (!fTree) return kFALSE;
 344
 345    TFile *curfile = fTree->GetCurrentFile();
 346    if (!curfile) {
 347       Error("Notify","No current file");
 348       return kFALSE;
 349    }
 350
 351    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::Notify() file: %s\n", curfile->GetName());
 352    TIter next(fTasks);
 353    AliAnalysisTask *task;
 354    // Call Notify for all tasks
 355    while ((task=(AliAnalysisTask*)next()))
 356       task->Notify();
 357
 358    // Call Notify of the event handlers
 359    if (fInputEventHandler) {
 360        fInputEventHandler->Notify(curfile->GetName());
 361    }
 362
 363    if (fOutputEventHandler) {
 364        fOutputEventHandler->Notify(curfile->GetName());
 365    }
 366
 367    if (fMCtruthEventHandler) {
 368        fMCtruthEventHandler->Notify(curfile->GetName());
 369    }
 370    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::Notify()\n");
 371    return kTRUE;
 372 }
 373
 374 //______________________________________________________________________________
 375 Bool_t AliAnalysisManager::Process(Long64_t entry)
 376 {
 377   // The Process() function is called for each entry in the tree (or possibly
 378   // keyed object in the case of PROOF) to be processed. The entry argument
 379   // specifies which entry in the currently loaded tree is to be processed.
 380   // It can be passed to either TTree::GetEntry() or TBranch::GetEntry()
 381   // to read either all or the required parts of the data. When processing
 382   // keyed objects with PROOF, the object is already loaded and is available
 383   // via the fObject pointer.
 384   //
 385   // This function should contain the "body" of the analysis. It can contain
 386   // simple or elaborate selection criteria, run algorithms on the data
 387   // of the event and typically fill histograms.
 388
 389   // WARNING when a selector is used with a TChain, you must use
 390   //  the pointer to the current TTree to call GetEntry(entry).
 391   //  The entry is always the local entry number in the current tree.
 392   //  Assuming that fChain is the pointer to the TChain being processed,
 393   //  use fChain->GetTree()->GetEntry(entry).
 394    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::Process(%lld)\n", entry);
 395
 396    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(entry);
 397    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(entry);
 398    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(entry);
 399
 400    GetEntry(entry);
 401    ExecAnalysis();
 402    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::Process()\n");
 403    return kTRUE;
 404 }
 405
 406 //______________________________________________________________________________
 407 void AliAnalysisManager::PackOutput(TList *target)
 408 {
 409   // Pack all output data containers in the output list. Called at SlaveTerminate
 410   // stage in PROOF case for each slave.
 411    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::PackOutput()\n");
 412    if (!target) {
 413       Error("PackOutput", "No target. Aborting.");
 414       return;
 415    }
 416    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->Terminate();
 417    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->Terminate();
 418    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->Terminate();
 419
 420    // Call FinishTaskOutput() for each event loop task (not called for
 421    // post-event loop tasks - use Terminate() fo those)
 422    TIter nexttask(fTasks);
 423    AliAnalysisTask *task;
 424    while ((task=(AliAnalysisTask*)nexttask())) {
 425       if (!task->IsPostEventLoop()) {
 426          if (fDebug > 0) printf("->FinishTaskOutput: task %s\n", task->GetName());
 427          task->FinishTaskOutput();
 428          if (fDebug > 0) printf("<-FinishTaskOutput: task %s\n", task->GetName());
 429       }
 430    }
 431
 432    if (fMode == kProofAnalysis) {
 433       TIter next(fOutputs);
 434       AliAnalysisDataContainer *output;
 435       Bool_t isManagedByHandler = kFALSE;
 436       while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 437          // Do not consider outputs of post event loop tasks
 438          isManagedByHandler = kFALSE;
 439          if (output->GetProducer()->IsPostEventLoop()) continue;
 440          const char *filename = output->GetFileName();
 441          if (!(strcmp(filename, "default")) && fOutputEventHandler) {
 442             isManagedByHandler = kTRUE;
 443             filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
 444          }
 445          // Check if data was posted to this container. If not, issue an error.
 446          if (!output->GetData() && !isManagedByHandler) {
 447             Error("PackOutput", "No data for output container %s. Forgot to PostData ?\n", output->GetName());
 448             continue;
 449          }
 450          if (!output->IsSpecialOutput()) {
 451             // Normal outputs
 452             if (strlen(filename) && !isManagedByHandler) {
 453                // File resident outputs
 454                TFile *file = output->GetFile();
 455                // Backup current folder
 456                TDirectory *opwd = gDirectory;
 457                // Create file if not existing and register to container.
 458                if (file) file->cd();
 459                else      file = new TFile(filename, "RECREATE");
 460                if (file->IsZombie()) {
 461                   Fatal("PackOutput", "Could not recreate file %s\n", filename);
 462                   return;
 463                }
 464                output->SetFile(file);
 465                // Clear file list to release object ownership to user.
 466                file->Clear();
 467                // Save data to file, then close.
 468                if (output->GetData()->InheritsFrom(TCollection::Class())) {
 469                   // If data is a collection, we set the name of the collection
 470                   // as the one of the container and we save as a single key.
 471                   TCollection *coll = (TCollection*)output->GetData();
 472                   coll->SetName(output->GetName());
 473                   coll->Write(output->GetName(), TObject::kSingleKey);
 474                } else {
 475                   if (output->GetData()->InheritsFrom(TTree::Class())) {
 476                      TTree *tree = (TTree*)output->GetData();
 477                      tree->SetDirectory(file);
 478                      tree->AutoSave();
 479                   } else {
 480                      output->GetData()->Write();
 481                   }
 482                }
 483                if (fDebug > 1) printf("PackOutput %s: memory merge, file resident output\n", output->GetName());
 484                if (fDebug > 2) {
 485                   printf("   file %s listing content:\n", filename);
 486                   file->ls();
 487                }
 488                file->Close();
 489                // Restore current directory
 490                if (opwd) opwd->cd();
 491             } else {
 492                // Memory-resident outputs
 493                if (fDebug > 1) printf("PackOutput %s: memory merge memory resident output\n", filename);
 494             }
 495             AliAnalysisDataWrapper *wrap = 0;
 496             if (isManagedByHandler) {
 497                wrap = new AliAnalysisDataWrapper(fOutputEventHandler->GetTree());
 498                wrap->SetName(output->GetName());
 499             }
 500             else                    wrap =output->ExportData();
 501             // Output wrappers must NOT delete data after merging - the user owns them
 502             wrap->SetDeleteData(kFALSE);
 503             target->Add(wrap);
 504          } else {
 505          // Special outputs
 506             TDirectory *opwd = gDirectory;
 507             TFile *file = output->GetFile();
 508             if (fDebug > 1 && file) printf("PackOutput %s: file merge, special output\n", output->GetName());
 509             if (isManagedByHandler) {
 510                // Terminate IO for files managed by the output handler
 511                if (file) file->Write();
 512                if (file && fDebug > 2) {
 513                   printf("   handled file %s listing content:\n", file->GetName());
 514                   file->ls();
 515                }
 516                fOutputEventHandler->TerminateIO();
 517                continue;
 518             }
 519
 520             if (!file) {
 521                AliAnalysisTask *producer = output->GetProducer();
 522                Error("PackOutput",
 523                      "File %s for special container %s was NOT opened in %s::CreateOutputObjects !!!",
 524                      output->GetFileName(), output->GetName(), producer->ClassName());
 525                continue;
 526             }
 527             file->cd();
 528             // Release object ownership to users after writing data to file
 529             if (output->GetData()->InheritsFrom(TCollection::Class())) {
 530                // If data is a collection, we set the name of the collection
 531                // as the one of the container and we save as a single key.
 532                TCollection *coll = (TCollection*)output->GetData();
 533                coll->SetName(output->GetName());
 534                coll->Write(output->GetName(), TObject::kSingleKey);
 535             } else {
 536                if (output->GetData()->InheritsFrom(TTree::Class())) {
 537                   TTree *tree = (TTree*)output->GetData();
 538                   tree->SetDirectory(file);
 539                   tree->AutoSave();
 540                } else {
 541                   output->GetData()->Write();
 542                }
 543             }
 544             file->Clear();
 545             if (fDebug > 2) {
 546                printf("   file %s listing content:\n", output->GetFileName());
 547                file->ls();
 548             }
 549             TString outFilename = file->GetName();
 550             file->Close();
 551             // Restore current directory
 552             if (opwd) opwd->cd();
 553             // Check if a special output location was provided or the output files have to be merged
 554             if (strlen(fSpecialOutputLocation.Data())) {
 555                TString remote = fSpecialOutputLocation;
 556                remote += "/";
 557                Int_t gid = gROOT->ProcessLine("gProofServ->GetGroupId();");
 558                remote += Form("%s_%d_", gSystem->HostName(), gid);
 559                remote += output->GetFileName();
 560                TFile::Cp ( outFilename.Data(), remote.Data() );
 561             } else {
 562             // No special location specified-> use TProofOutputFile as merging utility
 563             // The file at this output slot must be opened in CreateOutputObjects
 564                if (fDebug > 1) printf("   File %s to be merged...\n", output->GetFileName());
 565             }
 566          }
 567       }
 568    }
 569    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::PackOutput: output list contains %d containers\n", target->GetSize());
 570 }
 571
 572 //______________________________________________________________________________
 573 void AliAnalysisManager::ImportWrappers(TList *source)
 574 {
 575 // Import data in output containers from wrappers coming in source.
 576    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::ImportWrappers()\n");
 577    TIter next(fOutputs);
 578    AliAnalysisDataContainer *cont;
 579    AliAnalysisDataWrapper   *wrap;
 580    Int_t icont = 0;
 581    Bool_t inGrid = (fMode == kGridAnalysis)?kTRUE:kFALSE;
 582    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 583       wrap = 0;
 584       if (cont->GetProducer()->IsPostEventLoop() && !inGrid) continue;
 585       const char *filename = cont->GetFileName();
 586       Bool_t isManagedByHandler = kFALSE;
 587       if (!(strcmp(filename, "default")) && fOutputEventHandler) {
 588          isManagedByHandler = kTRUE;
 589          filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
 590       }
 591       if (cont->IsSpecialOutput() || inGrid) {
 592          if (strlen(fSpecialOutputLocation.Data()) && !isManagedByHandler) continue;
 593          // Copy merged file from PROOF scratch space.
 594          // In case of grid the files are already in the current directory.
 595          if (!inGrid) {
 596             char full_path[512];
 597             char ch_url[512];
 598             TObject *pof =  source->FindObject(filename);
 599             if (!pof || !pof->InheritsFrom("TProofOutputFile")) {
 600                Error("ImportWrappers", "TProofOutputFile object not found in output list for container %s", cont->GetName());
 601                continue;
 602             }
 603             gROOT->ProcessLine(Form("sprintf((char*)0x%lx, \"%%s\", ((TProofOutputFile*)0x%lx)->GetOutputFileName();)", full_path, pof));
 604             gROOT->ProcessLine(Form("sprintf((char*)0x%lx, \"%%s\", gProof->GetUrl();)", ch_url));
 605             TString clientUrl(ch_url);
 606             TString full_path_str(full_path);
 607             if (clientUrl.Contains("localhost")){
 608                TObjArray* array = full_path_str.Tokenize ( "//" );
 609                TObjString *strobj = ( TObjString *)array->At(1);
 610                TObjArray* arrayPort = strobj->GetString().Tokenize ( ":" );
 611                TObjString *strobjPort = ( TObjString *) arrayPort->At(1);
 612                full_path_str.ReplaceAll(strobj->GetString().Data(),"localhost:PORT");
 613                full_path_str.ReplaceAll(":PORT",Form(":%s",strobjPort->GetString().Data()));
 614                if (fDebug > 1) Info("ImportWrappers","Using tunnel from %s to %s",full_path_str.Data(),filename);
 615             }
 616             if (fDebug > 1)
 617                printf("   Copying file %s from PROOF scratch space\n", full_path_str.Data());
 618             Bool_t gotit = TFile::Cp(full_path_str.Data(), filename);
 619             if (!gotit) {
 620                Error("ImportWrappers", "Could not get file %s from proof scratch space", cont->GetFileName());
 621                continue;
 622             }
 623          }
 624          // Normally we should connect data from the copied file to the
 625          // corresponding output container, but it is not obvious how to do this
 626          // automatically if several objects in file...
 627          TFile *f = TFile::Open(filename, "READ");
 628          if (!f) {
 629             Error("ImportWrappers", "Cannot open file %s in read-only mode", filename);
 630             continue;
 631          }
 632          TObject *obj = 0;
 633          // Try to fetch first a list object having the container name.
 634          obj = f->Get(cont->GetName());
 635          if (!obj) {
 636          // Fetch first object from file having the container type.
 637             TIter nextkey(f->GetListOfKeys());
 638             TKey *key;
 639             while ((key=(TKey*)nextkey())) {
 640                obj = f->Get(key->GetName());
 641                if (obj && obj->IsA()->InheritsFrom(cont->GetType())) break;
 642             }
 643          }
 644          if (!obj) {
 645             Error("ImportWrappers", "Could not find object for container %s in file %s", cont->GetName(), filename);
 646             continue;
 647          }
 648          wrap = new AliAnalysisDataWrapper(obj);
 649          wrap->SetDeleteData(kFALSE);
 650       }
 651       if (!wrap) wrap = (AliAnalysisDataWrapper*)source->FindObject(cont->GetName());
 652       if (!wrap) {
 653          Error("ImportWrappers","Container %s not found in analysis output !", cont->GetName());
 654          continue;
 655       }
 656       icont++;
 657       if (fDebug > 1) {
 658          printf("   Importing data for container %s", cont->GetName());
 659          if (strlen(filename)) printf("    -> file %s\n", filename);
 660          else printf("\n");
 661       }
 662       cont->ImportData(wrap);
 663    }
 664    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::ImportWrappers(): %d containers imported\n", icont);
 665 }
 666
 667 //______________________________________________________________________________
 668 void AliAnalysisManager::UnpackOutput(TList *source)
 669 {
 670   // Called by AliAnalysisSelector::Terminate only on the client.
 671    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::UnpackOutput()\n");
 672    if (!source) {
 673       Error("UnpackOutput", "No target. Aborting.");
 674       return;
 675    }
 676    if (fDebug > 1) printf("   Source list contains %d containers\n", source->GetSize());
 677
 678    if (fMode == kProofAnalysis) ImportWrappers(source);
 679
 680    TIter next(fOutputs);
 681    AliAnalysisDataContainer *output;
 682    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 683       if (!output->GetData()) continue;
 684       // Check if there are client tasks that run post event loop
 685       if (output->HasConsumers()) {
 686          // Disable event loop semaphore
 687          output->SetPostEventLoop(kTRUE);
 688          TObjArray *list = output->GetConsumers();
 689          Int_t ncons = list->GetEntriesFast();
 690          for (Int_t i=0; i<ncons; i++) {
 691             AliAnalysisTask *task = (AliAnalysisTask*)list->At(i);
 692             task->CheckNotify(kTRUE);
 693             // If task is active, execute it
 694             if (task->IsPostEventLoop() && task->IsActive()) {
 695                if (fDebug > 0) printf("== Executing post event loop task %s\n", task->GetName());
 696                task->ExecuteTask();
 697             }
 698          }
 699       }
 700    }
 701    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::UnpackOutput()\n");
 702 }
 703
 704 //______________________________________________________________________________
 705 void AliAnalysisManager::Terminate()
 706 {
 707   // The Terminate() function is the last function to be called during
 708   // a query. It always runs on the client, it can be used to present
 709   // the results graphically.
 710    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::Terminate()\n");
 711    AliAnalysisTask *task;
 712    TIter next(fTasks);
 713    // Call Terminate() for tasks
 714    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) task->Terminate();
 715    //
 716    TIter next1(fOutputs);
 717    AliAnalysisDataContainer *output;
 718    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next1())) {
 719       // Special outputs or grid files have the files already closed and written.
 720       if (fMode == kGridAnalysis) continue;
 721       if (output->IsSpecialOutput()&&(fMode == kProofAnalysis)) continue;
 722       const char *filename = output->GetFileName();
 723       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
 724          if (fOutputEventHandler) filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
 725          TFile *aodfile = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(filename);
 726          if (aodfile) {
 727             if (fDebug > 1) printf("Writing output handler file: %s\n", filename);
 728             aodfile->Write();
 729             continue;
 730          }
 731       }
 732       if (!strlen(filename)) continue;
 733       if (!output->GetData()) continue;
 734       TFile *file = output->GetFile();
 735       TDirectory *opwd = gDirectory;
 736       file = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(filename);
 737       if (!file) file = new TFile(filename, "RECREATE");
 738       if (file->IsZombie()) continue;
 739       output->SetFile(file);
 740       file->cd();
 741       if (fDebug > 1) printf("   writing output data %s to file %s\n", output->GetData()->GetName(), file->GetName());
 742       if (output->GetData()->InheritsFrom(TCollection::Class())) {
 743       // If data is a collection, we set the name of the collection
 744       // as the one of the container and we save as a single key.
 745          TCollection *coll = (TCollection*)output->GetData();
 746          coll->SetName(output->GetName());
 747          coll->Write(output->GetName(), TObject::kSingleKey);
 748       } else {
 749          if (output->GetData()->InheritsFrom(TTree::Class())) {
 750             TTree *tree = (TTree*)output->GetData();
 751             tree->SetDirectory(file);
 752             tree->AutoSave();
 753          } else {
 754             output->GetData()->Write();
 755          }
 756       }
 757       if (opwd) opwd->cd();
 758    }
 759    next1.Reset();
 760    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next1())) {
 761       // Close all files at output
 762       TDirectory *opwd = gDirectory;
 763       if (output->GetFile()) output->GetFile()->Close();
 764       if (opwd) opwd->cd();
 765    }
 766
 767    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->TerminateIO();
 768    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->TerminateIO();
 769    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->TerminateIO();
 770
 771    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
 772    if (getsysInfo) {
 773       TDirectory *cdir = gDirectory;
 774       TFile f("syswatch.root", "RECREATE");
 775       if (!f.IsZombie()) {
 776          TTree *tree = AliSysInfo::MakeTree("syswatch.log");
 777          tree->SetMarkerStyle(kCircle);
 778          tree->SetMarkerColor(kBlue);
 779          tree->SetMarkerSize(0.5);
 780          if (!gROOT->IsBatch()) {
 781             tree->SetAlias("event", "id0");
 782             tree->SetAlias("memUSED", "mi.fMemUsed");
 783             new TCanvas("SysInfo","SysInfo",10,10,800,600);
 784             tree->Draw("memUSED:event","","", 1234567890, 0);
 785          }
 786          tree->Write();
 787          f.Close();
 788          delete tree;
 789       }
 790       if (cdir) cdir->cd();
 791    }
 792    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::Terminate()\n");
 793 }
 794
 795 //______________________________________________________________________________
 796 void AliAnalysisManager::AddTask(AliAnalysisTask *task)
 797 {
 798 // Adds a user task to the global list of tasks.
 799    if (fTasks->FindObject(task)) {
 800       Warning("AddTask", "Task %s: the same object already added to the analysis manager. Not adding.", task->GetName());
 801       return;
 802    }
 803    task->SetActive(kFALSE);
 804    fTasks->Add(task);
 805 }
 806
 807 //______________________________________________________________________________
 808 AliAnalysisTask *AliAnalysisManager::GetTask(const char *name) const
 809 {
 810 // Retreive task by name.
 811    if (!fTasks) return NULL;
 812    return (AliAnalysisTask*)fTasks->FindObject(name);
 813 }
 814
 815 //______________________________________________________________________________
 816 AliAnalysisDataContainer *AliAnalysisManager::CreateContainer(const char *name,
 817                                 TClass *datatype, EAliAnalysisContType type, const char *filename)
 818 {
 819 // Create a data container of a certain type. Types can be:
 820 //   kExchangeContainer  = 0, used to exchange date between tasks
 821 //   kInputContainer   = 1, used to store input data
 822 //   kOutputContainer  = 2, used for posting results
 823    if (fContainers->FindObject(name)) {
 824       Error("CreateContainer","A container named %s already defined !\n",name);
 825       return NULL;
 826    }
 827    AliAnalysisDataContainer *cont = new AliAnalysisDataContainer(name, datatype);
 828    fContainers->Add(cont);
 829    switch (type) {
 830       case kInputContainer:
 831          fInputs->Add(cont);
 832          break;
 833       case kOutputContainer:
 834          fOutputs->Add(cont);
 835          if (filename && strlen(filename)) {
 836             cont->SetFileName(filename);
 837             cont->SetDataOwned(kFALSE);  // data owned by the file
 838          }
 839          break;
 840       case kExchangeContainer:
 841          break;
 842    }
 843    return cont;
 844 }
 845
 846 //______________________________________________________________________________
 847 Bool_t AliAnalysisManager::ConnectInput(AliAnalysisTask *task, Int_t islot,
 848                                         AliAnalysisDataContainer *cont)
 849 {
 850 // Connect input of an existing task to a data container.
 851    if (!task) {
 852       Error("ConnectInput", "Task pointer is NULL");
 853       return kFALSE;
 854    }
 855    if (!fTasks->FindObject(task)) {
 856       AddTask(task);
 857       Info("ConnectInput", "Task %s was not registered. Now owned by analysis manager", task->GetName());
 858    }
 859    Bool_t connected = task->ConnectInput(islot, cont);
 860    return connected;
 861 }
 862
 863 //______________________________________________________________________________
 864 Bool_t AliAnalysisManager::ConnectOutput(AliAnalysisTask *task, Int_t islot,
 865                                         AliAnalysisDataContainer *cont)
 866 {
 867 // Connect output of an existing task to a data container.
 868    if (!task) {
 869       Error("ConnectOutput", "Task pointer is NULL");
 870       return kFALSE;
 871    }
 872    if (!fTasks->FindObject(task)) {
 873       AddTask(task);
 874       Warning("ConnectOutput", "Task %s not registered. Now owned by analysis manager", task->GetName());
 875    }
 876    Bool_t connected = task->ConnectOutput(islot, cont);
 877    return connected;
 878 }
 879
 880 //______________________________________________________________________________
 881 void AliAnalysisManager::CleanContainers()
 882 {
 883 // Clean data from all containers that have already finished all client tasks.
 884    TIter next(fContainers);
 885    AliAnalysisDataContainer *cont;
 886    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer *)next())) {
 887       if (cont->IsOwnedData() &&
 888           cont->IsDataReady() &&
 889           cont->ClientsExecuted()) cont->DeleteData();
 890    }
 891 }
 892
 893 //______________________________________________________________________________
 894 Bool_t AliAnalysisManager::InitAnalysis()
 895 {
 896 // Initialization of analysis chain of tasks. Should be called after all tasks
 897 // and data containers are properly connected
 898    // Check for input/output containers
 899    fInitOK = kFALSE;
 900    // Check for top tasks (depending only on input data containers)
 901    if (!fTasks->First()) {
 902       Error("InitAnalysis", "Analysis has no tasks !");
 903       return kFALSE;
 904    }
 905    TIter next(fTasks);
 906    AliAnalysisTask *task;
 907    AliAnalysisDataContainer *cont;
 908    Int_t ntop = 0;
 909    Int_t nzombies = 0;
 910    Bool_t iszombie = kFALSE;
 911    Bool_t istop = kTRUE;
 912    Int_t i;
 913    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 914       istop = kTRUE;
 915       iszombie = kFALSE;
 916       Int_t ninputs = task->GetNinputs();
 917       for (i=0; i<ninputs; i++) {
 918          cont = task->GetInputSlot(i)->GetContainer();
 919          if (!cont) {
 920             if (!iszombie) {
 921                task->SetZombie();
 922                fZombies->Add(task);
 923                nzombies++;
 924                iszombie = kTRUE;
 925             }
 926             Error("InitAnalysis", "Input slot %d of task %s has no container connected ! Declared zombie...",
 927                   i, task->GetName());
 928          }
 929          if (iszombie) continue;
 930          // Check if cont is an input container
 931          if (istop && !fInputs->FindObject(cont)) istop=kFALSE;
 932          // Connect to parent task
 933       }
 934       if (istop) {
 935          ntop++;
 936          fTopTasks->Add(task);
 937       }
 938    }
 939    if (!ntop) {
 940       Error("InitAnalysis", "No top task defined. At least one task should be connected only to input containers");
 941       return kFALSE;
 942    }
 943    // Check now if there are orphan tasks
 944    for (i=0; i<ntop; i++) {
 945       task = (AliAnalysisTask*)fTopTasks->At(i);
 946       task->SetUsed();
 947    }
 948    Int_t norphans = 0;
 949    next.Reset();
 950    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 951       if (!task->IsUsed()) {
 952          norphans++;
 953          Warning("InitAnalysis", "Task %s is orphan", task->GetName());
 954       }
 955    }
 956    // Check the task hierarchy (no parent task should depend on data provided
 957    // by a daughter task)
 958    for (i=0; i<ntop; i++) {
 959       task = (AliAnalysisTask*)fTopTasks->At(i);
 960       if (task->CheckCircularDeps()) {
 961          Error("InitAnalysis", "Found illegal circular dependencies between following tasks:");
 962          PrintStatus("dep");
 963          return kFALSE;
 964       }
 965    }
 966    // Check that all containers feeding post-event loop tasks are in the outputs list
 967    TIter nextcont(fContainers); // loop over all containers
 968    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer*)nextcont())) {
 969       if (!cont->IsPostEventLoop() && !fOutputs->FindObject(cont)) {
 970          if (cont->HasConsumers()) {
 971          // Check if one of the consumers is post event loop
 972             TIter nextconsumer(cont->GetConsumers());
 973             while ((task=(AliAnalysisTask*)nextconsumer())) {
 974                if (task->IsPostEventLoop()) {
 975                   fOutputs->Add(cont);
 976                   break;
 977                }
 978             }
 979          }
 980       }
 981    }
 982    // Check if all special output containers have a file name provided
 983    TIter nextout(fOutputs);
 984    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer*)nextout())) {
 985       if (cont->IsSpecialOutput() && !strlen(cont->GetFileName())) {
 986          Error("InitAnalysis", "Wrong container %s : a file name MUST be provided for special outputs", cont->GetName());
 987          return kFALSE;
 988       }
 989    }
 990    fInitOK = kTRUE;
 991    return kTRUE;
 992 }
 993
 994 //______________________________________________________________________________
 995 void AliAnalysisManager::PrintStatus(Option_t *option) const
 996 {
 997 // Print task hierarchy.
 998    if (!fInitOK) {
 999       Info("PrintStatus", "Analysis manager %s not initialized : call InitAnalysis() first", GetName());
1000       return;
1001    }
1002    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
1003    if (getsysInfo)
1004       Info("PrintStatus", "System information will be collected each %lld events", fNSysInfo);
1005    TIter next(fTopTasks);
1006    AliAnalysisTask *task;
1007    while ((task=(AliAnalysisTask*)next()))
1008       task->PrintTask(option);
1009 }
1010
1011 //______________________________________________________________________________
1012 void AliAnalysisManager::ResetAnalysis()
1013 {
1014 // Reset all execution flags and clean containers.
1015    CleanContainers();
1016 }
1017
1018 //______________________________________________________________________________
1019 void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree *tree, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
1020 {
1021 // Start analysis for this manager. Analysis task can be: LOCAL, PROOF, GRID or
1022 // MIX. Process nentries starting from firstentry
1023    if (!fInitOK) {
1024       Error("StartAnalysis","Analysis manager was not initialized !");
1025       return;
1026    }
1027    if (fDebug > 0) printf("StartAnalysis %s\n",GetName());
1028    TString anaType = type;
1029    anaType.ToLower();
1030    fMode = kLocalAnalysis;
1031    Bool_t runlocalinit = kTRUE;
1032    if (anaType.Contains("file")) runlocalinit = kFALSE;
1033    if (anaType.Contains("proof"))     fMode = kProofAnalysis;
1034    else if (anaType.Contains("grid")) fMode = kGridAnalysis;
1035    else if (anaType.Contains("mix"))  fMode = kMixingAnalysis;
1036
1037    if (fMode == kGridAnalysis) {
1038       if (!fGridHandler) {
1039          Error("StartAnalysis", "Cannot start grid analysis without a grid handler.");
1040          Info("===", "Add an AliAnalysisAlien object as plugin for this manager and configure it.");
1041          return;
1042       }
1043       // Write analysis manager in the analysis file
1044       cout << "===== RUNNING GRID ANALYSIS: " << GetName() << endl;
1045       // run local task configuration
1046       TIter nextTask(fTasks);
1047       AliAnalysisTask *task;
1048       while ((task=(AliAnalysisTask*)nextTask())) {
1049          task->LocalInit();
1050       }
1051       fGridHandler->StartAnalysis(nentries, firstentry);
1052
1053       // Terminate grid analysis
1054       if (fSelector && fSelector->GetStatus() == -1) return;
1055       if (fGridHandler->GetRunMode() == AliAnalysisGrid::kOffline) return;
1056       cout << "===== MERGING OUTPUTS REGISTERED BY YOUR ANALYSIS JOB: " << GetName() << endl;
1057       if (!fGridHandler->MergeOutputs()) {
1058          // Return if outputs could not be merged or if it alien handler
1059          // was configured for offline mode or local testing.
1060          return;
1061       }
1062       ImportWrappers(NULL);
1063       Terminate();
1064       return;
1065    }
1066    char line[256];
1067    SetEventLoop(kFALSE);
1068    // Enable event loop mode if a tree was provided
1069    if (tree || fMode==kMixingAnalysis) SetEventLoop(kTRUE);
1070
1071    TChain *chain = 0;
1072    TString ttype = "TTree";
1073    if (tree && tree->IsA() == TChain::Class()) {
1074       chain = (TChain*)tree;
1075       if (!chain || !chain->GetListOfFiles()->First()) {
1076          Error("StartAnalysis", "Cannot process null or empty chain...");
1077          return;
1078       }
1079       ttype = "TChain";
1080    }
1081
1082    // Initialize locally all tasks (happens for all modes)
1083    TIter next(fTasks);
1084    AliAnalysisTask *task;
1085    if (runlocalinit) {
1086       while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
1087          task->LocalInit();
1088       }
1089    }
1090
1091    switch (fMode) {
1092       case kLocalAnalysis:
1093          if (!tree) {
1094             TIter nextT(fTasks);
1095             // Call CreateOutputObjects for all tasks
1096             while ((task=(AliAnalysisTask*)nextT())) {
1097                TDirectory *curdir = gDirectory;
1098                task->CreateOutputObjects();
1099                if (curdir) curdir->cd();
1100             }
1101             ExecAnalysis();
1102             Terminate();
1103             return;
1104          }
1105          // Run tree-based analysis via AliAnalysisSelector
1106          cout << "===== RUNNING LOCAL ANALYSIS " << GetName() << " ON TREE " << tree->GetName() << endl;
1107          fSelector = new AliAnalysisSelector(this);
1108          tree->Process(fSelector, "", nentries, firstentry);
1109          break;
1110       case kProofAnalysis:
1111          if (!gROOT->GetListOfProofs() || !gROOT->GetListOfProofs()->GetEntries()) {
1112             printf("StartAnalysis: no PROOF!!!\n");
1113             return;
1114          }
1115          sprintf(line, "gProof->AddInput((TObject*)0x%lx);", (ULong_t)this);
1116          gROOT->ProcessLine(line);
1117          if (chain) {
1118             chain->SetProof();
1119             cout << "===== RUNNING PROOF ANALYSIS " << GetName() << " ON CHAIN " << chain->GetName() << endl;
1120             chain->Process("AliAnalysisSelector", "", nentries, firstentry);
1121          } else {
1122             printf("StartAnalysis: no chain\n");
1123             return;
1124          }
1125          break;
1126       case kGridAnalysis:
1127          Warning("StartAnalysis", "GRID analysis mode not implemented. Running local.");
1128          break;
1129       case kMixingAnalysis:
1130          // Run event mixing analysis
1131          if (!fEventPool) {
1132             Error("StartAnalysis", "Cannot run event mixing without event pool");
1133             return;
1134          }
1135          cout << "===== RUNNING EVENT MIXING ANALYSIS " << GetName() << endl;
1136          fSelector = new AliAnalysisSelector(this);
1137          while ((chain=fEventPool->GetNextChain())) {
1138             next.Reset();
1139             // Call NotifyBinChange for all tasks
1140             while ((task=(AliAnalysisTask*)next()))
1141                if (!task->IsPostEventLoop()) task->NotifyBinChange();
1142             chain->Process(fSelector);
1143          }
1144          PackOutput(fSelector->GetOutputList());
1145          Terminate();
1146    }
1147 }
1148
1149 //______________________________________________________________________________
1150 void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, const char *dataset, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
1151 {
1152 // Start analysis for this manager on a given dataset. Analysis task can be:
1153 // LOCAL, PROOF or GRID. Process nentries starting from firstentry.
1154    if (!fInitOK) {
1155       Error("StartAnalysis","Analysis manager was not initialized !");
1156       return;
1157    }
1158    if (fDebug > 0) printf("StartAnalysis %s\n",GetName());
1159    TString anaType = type;
1160    anaType.ToLower();
1161    if (!anaType.Contains("proof")) {
1162       Error("StartAnalysis", "Cannot process datasets in %s mode. Try PROOF.", type);
1163       return;
1164    }
1165    fMode = kProofAnalysis;
1166    char line[256];
1167    SetEventLoop(kTRUE);
1168    // Set the dataset flag
1169    TObject::SetBit(kUseDataSet);
1170    fTree = 0;
1171
1172    // Initialize locally all tasks
1173    TIter next(fTasks);
1174    AliAnalysisTask *task;
1175    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
1176       task->LocalInit();
1177    }
1178
1179    if (!gROOT->GetListOfProofs() || !gROOT->GetListOfProofs()->GetEntries()) {
1180       printf("StartAnalysis: no PROOF!!!\n");
1181       return;
1182    }
1183    sprintf(line, "gProof->AddInput((TObject*)0x%lx);", (ULong_t)this);
1184    gROOT->ProcessLine(line);
1185    sprintf(line, "gProof->GetDataSet(\"%s\");", dataset);
1186    if (!gROOT->ProcessLine(line)) {
1187       Error("StartAnalysis", "Dataset %s not found", dataset);
1188       return;
1189    }
1190    sprintf(line, "gProof->Process(\"%s\", \"AliAnalysisSelector\", \"\", %lld, %lld);",
1191            dataset, nentries, firstentry);
1192    cout << "===== RUNNING PROOF ANALYSIS " << GetName() << " ON DATASET " << dataset << endl;
1193    gROOT->ProcessLine(line);
1194 }
1195
1196 //______________________________________________________________________________
1197 TFile *AliAnalysisManager::OpenProofFile(const char *filename, const char *option)
1198 {
1199 // Opens a special output file used in PROOF.
1200    char line[256];
1201    if (fMode!=kProofAnalysis || !fSelector) {
1202       Error("OpenProofFile","Cannot open PROOF file %s",filename);
1203       return NULL;
1204    }
1205    sprintf(line, "TProofOutputFile *pf = new TProofOutputFile(\"%s\");", filename);
1206    if (fDebug > 1) printf("=== %s\n", line);
1207    gROOT->ProcessLine(line);
1208    sprintf(line, "pf->OpenFile(\"%s\");", option);
1209    gROOT->ProcessLine(line);
1210    if (fDebug > 1) {
1211       gROOT->ProcessLine("pf->Print()");
1212       printf(" == proof file name: %s\n", gFile->GetName());
1213    }
1214    sprintf(line, "((TList*)0x%lx)->Add(pf);",(ULong_t)fSelector->GetOutputList());
1215    if (fDebug > 1) printf("=== %s\n", line);
1216    gROOT->ProcessLine(line);
1217    return gFile;
1218 }
1219
1220 //______________________________________________________________________________
1221 void AliAnalysisManager::ExecAnalysis(Option_t *option)
1222 {
1223 // Execute analysis.
1224    static Long64_t ncalls = 0;
1225    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
1226    if (getsysInfo && ncalls==0) AliSysInfo::AddStamp("Start", (Int_t)ncalls);
1227    ncalls++;
1228    if (!fInitOK) {
1229      Error("ExecAnalysis", "Analysis manager was not initialized !");
1230       return;
1231    }
1232    AliAnalysisTask *task;
1233    // Check if the top tree is active.
1234    if (fTree) {
1235       TIter next(fTasks);
1236    // De-activate all tasks
1237       while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) task->SetActive(kFALSE);
1238       AliAnalysisDataContainer *cont = fCommonInput;
1239       if (!cont) cont = (AliAnalysisDataContainer*)fInputs->At(0);
1240       if (!cont) {
1241               Error("ExecAnalysis","Cannot execute analysis in TSelector mode without at least one top container");
1242          return;
1243       }
1244       cont->SetData(fTree); // This will notify all consumers
1245       Long64_t entry = fTree->GetTree()->GetReadEntry();
1246
1247 //
1248 //    Call BeginEvent() for optional input/output and MC services
1249       if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(entry);
1250       if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(entry);
1251       if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(entry);
1252 //
1253 //    Execute the tasks
1254 //      TIter next1(cont->GetConsumers());
1255       TIter next1(fTopTasks);
1256       while ((task=(AliAnalysisTask*)next1())) {
1257          if (fDebug >1) {
1258             cout << "    Executing task " << task->GetName() << endl;
1259          }
1260
1261          task->ExecuteTask(option);
1262       }
1263 //
1264 //    Call FinishEvent() for optional output and MC services
1265       if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->FinishEvent();
1266       if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->FinishEvent();
1267       if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->FinishEvent();
1268       // Gather system information if requested
1269       if (getsysInfo && ((ncalls%fNSysInfo)==0))
1270          AliSysInfo::AddStamp(Form("Event#%lld",ncalls),(Int_t)ncalls);
1271       return;
1272    }
1273    // The event loop is not controlled by TSelector
1274 //
1275 //  Call BeginEvent() for optional input/output and MC services
1276    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(-1);
1277    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(-1);
1278    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(-1);
1279    TIter next2(fTopTasks);
1280    while ((task=(AliAnalysisTask*)next2())) {
1281       task->SetActive(kTRUE);
1282       if (fDebug > 1) {
1283          cout << "    Executing task " << task->GetName() << endl;
1284       }
1285       task->ExecuteTask(option);
1286    }
1287 //
1288 // Call FinishEvent() for optional output and MC services
1289    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->FinishEvent();
1290    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->FinishEvent();
1291    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->FinishEvent();
1292 }
1293
1294 //______________________________________________________________________________
1295 void AliAnalysisManager::FinishAnalysis()
1296 {
1297 // Finish analysis.
1298 }
1299
1300 //______________________________________________________________________________
1301 void AliAnalysisManager::SetInputEventHandler(AliVEventHandler*  handler)
1302 {
1303 // Set the input event handler and create a container for it.
1304    fInputEventHandler   = handler;
1305    fCommonInput = CreateContainer("cAUTO_INPUT", TChain::Class(), AliAnalysisManager::kInputContainer);
1306    Warning("SetInputEventHandler", " An automatic input container for the input chain was created.\nPlease use: mgr->GetCommonInputContainer() to access it.");
1307 }
1308
1309 //______________________________________________________________________________
1310 void AliAnalysisManager::SetOutputEventHandler(AliVEventHandler*  handler)
1311 {
1312 // Set the input event handler and create a container for it.
1313    fOutputEventHandler   = handler;
1314    fCommonOutput = CreateContainer("cAUTO_OUTPUT", TTree::Class(), AliAnalysisManager::kOutputContainer, "default");
1315    Warning("SetOutputEventHandler", " An automatic output container for the output tree was created.\nPlease use: mgr->GetCommonOutputContainer() to access it.");
1316 }