ANALYSIS/AliAnalysisManager.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17 // Author: Andrei Gheata, 31/05/2006
  18
  19 //==============================================================================
  20 //   AliAnalysysManager - Manager analysis class. Allows creation of several
  21 // analysis tasks and data containers storing their input/output. Allows
  22 // connecting/chaining tasks via shared data containers. Serializes the current
  23 // event for all tasks depending only on initial input data.
  24 //==============================================================================
  25 //
  26 //==============================================================================
  27
  28 #include <Riostream.h>
  29
  30 #include <TClass.h>
  31 #include <TFile.h>
  32 #include <TMethodCall.h>
  33 #include <TChain.h>
  34 #include <TSystem.h>
  35 #include <TROOT.h>
  36 #include <TCanvas.h>
  37
  38 #include "AliAnalysisTask.h"
  39 #include "AliAnalysisDataContainer.h"
  40 #include "AliAnalysisDataSlot.h"
  41 #include "AliVEventHandler.h"
  42 #include "AliSysInfo.h"
  43 #include "AliAnalysisManager.h"
  44
  45 ClassImp(AliAnalysisManager)
  46
  47 AliAnalysisManager *AliAnalysisManager::fgAnalysisManager = NULL;
  48
  49 //______________________________________________________________________________
  50 AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const char *name, const char *title)
  51                    :TNamed(name,title),
  52                     fTree(NULL),
  53                     fInputEventHandler(NULL),
  54                     fOutputEventHandler(NULL),
  55                     fMCtruthEventHandler(NULL),
  56                     fCurrentEntry(-1),
  57                     fNSysInfo(0),
  58                     fMode(kLocalAnalysis),
  59                     fInitOK(kFALSE),
  60                     fDebug(0),
  61                     fTasks(NULL),
  62                     fTopTasks(NULL),
  63                     fZombies(NULL),
  64                     fContainers(NULL),
  65                     fInputs(NULL),
  66                     fOutputs(NULL)
  67 {
  68 // Default constructor.
  69    fgAnalysisManager = this;
  70    fTasks      = new TObjArray();
  71    fTopTasks   = new TObjArray();
  72    fZombies    = new TObjArray();
  73    fContainers = new TObjArray();
  74    fInputs     = new TObjArray();
  75    fOutputs    = new TObjArray();
  76    SetEventLoop(kTRUE);
  77 }
  78
  79 //______________________________________________________________________________
  80 AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const AliAnalysisManager& other)
  81                    :TNamed(other),
  82                     fTree(NULL),
  83                     fInputEventHandler(NULL),
  84                     fOutputEventHandler(NULL),
  85                     fMCtruthEventHandler(NULL),
  86                     fCurrentEntry(-1),
  87                     fNSysInfo(0),
  88                     fMode(other.fMode),
  89                     fInitOK(other.fInitOK),
  90                     fDebug(other.fDebug),
  91                     fTasks(NULL),
  92                     fTopTasks(NULL),
  93                     fZombies(NULL),
  94                     fContainers(NULL),
  95                     fInputs(NULL),
  96                     fOutputs(NULL)
  97 {
  98 // Copy constructor.
  99    fTasks      = new TObjArray(*other.fTasks);
 100    fTopTasks   = new TObjArray(*other.fTopTasks);
 101    fZombies    = new TObjArray(*other.fZombies);
 102    fContainers = new TObjArray(*other.fContainers);
 103    fInputs     = new TObjArray(*other.fInputs);
 104    fOutputs    = new TObjArray(*other.fOutputs);
 105    fgAnalysisManager = this;
 106 }
 107
 108 //______________________________________________________________________________
 109 AliAnalysisManager& AliAnalysisManager::operator=(const AliAnalysisManager& other)
 110 {
 111 // Assignment
 112    if (&other != this) {
 113       TNamed::operator=(other);
 114       fInputEventHandler   = other.fInputEventHandler;
 115       fOutputEventHandler  = other.fOutputEventHandler;
 116       fMCtruthEventHandler = other.fMCtruthEventHandler;
 117       fTree       = NULL;
 118       fCurrentEntry = -1;
 119       fNSysInfo   = other.fNSysInfo;
 120       fMode       = other.fMode;
 121       fInitOK     = other.fInitOK;
 122       fDebug      = other.fDebug;
 123       fTasks      = new TObjArray(*other.fTasks);
 124       fTopTasks   = new TObjArray(*other.fTopTasks);
 125       fZombies    = new TObjArray(*other.fZombies);
 126       fContainers = new TObjArray(*other.fContainers);
 127       fInputs     = new TObjArray(*other.fInputs);
 128       fOutputs    = new TObjArray(*other.fOutputs);
 129       fgAnalysisManager = this;
 130    }
 131    return *this;
 132 }
 133
 134 //______________________________________________________________________________
 135 AliAnalysisManager::~AliAnalysisManager()
 136 {
 137 // Destructor.
 138    if (fTasks) {fTasks->Delete(); delete fTasks;}
 139    if (fTopTasks) delete fTopTasks;
 140    if (fZombies) delete fZombies;
 141    if (fContainers) {fContainers->Delete(); delete fContainers;}
 142    if (fInputs) delete fInputs;
 143    if (fOutputs) delete fOutputs;
 144    if (fgAnalysisManager==this) fgAnalysisManager = NULL;
 145 }
 146
 147 //______________________________________________________________________________
 148 Int_t AliAnalysisManager::GetEntry(Long64_t entry, Int_t getall)
 149 {
 150 // Read one entry of the tree or a whole branch.
 151    if (fDebug > 1) {
 152       cout << "== AliAnalysisManager::GetEntry()" << endl;
 153    }
 154    fCurrentEntry = entry;
 155    return fTree ? fTree->GetTree()->GetEntry(entry, getall) : 0;
 156 }
 157
 158 //______________________________________________________________________________
 159 void AliAnalysisManager::Init(TTree *tree)
 160 {
 161   // The Init() function is called when the selector needs to initialize
 162   // a new tree or chain. Typically here the branch addresses of the tree
 163   // will be set. It is normaly not necessary to make changes to the
 164   // generated code, but the routine can be extended by the user if needed.
 165   // Init() will be called many times when running with PROOF.
 166    if (!tree) return;
 167    if (fDebug > 1) {
 168       printf("->AliAnalysisManager::InitTree(%s)\n", tree->GetName());
 169    }
 170
 171    // Call InitTree of EventHandler
 172    if (fOutputEventHandler) {
 173       if (fMode == kProofAnalysis) {
 174          fOutputEventHandler->Init(0x0, "proof");
 175       } else {
 176          fOutputEventHandler->Init(0x0, "local");
 177       }
 178    }
 179
 180    if (fInputEventHandler) {
 181       if (fMode == kProofAnalysis) {
 182          fInputEventHandler->Init(tree, "proof");
 183       } else {
 184          fInputEventHandler->Init(tree, "local");
 185       }
 186    } else {
 187       // If no input event handler we need to get the tree once
 188       // for the chain
 189       if(!tree->GetTree()) tree->LoadTree(0);
 190    }
 191
 192
 193    if (fMCtruthEventHandler) {
 194       if (fMode == kProofAnalysis) {
 195          fMCtruthEventHandler->Init(0x0, "proof");
 196       } else {
 197          fMCtruthEventHandler->Init(0x0, "local");
 198       }
 199    }
 200
 201    if (!fInitOK) InitAnalysis();
 202    if (!fInitOK) return;
 203    fTree = tree;
 204    AliAnalysisDataContainer *top = (AliAnalysisDataContainer*)fInputs->At(0);
 205    if (!top) {
 206       cout<<"Error: No top input container !" <<endl;
 207       return;
 208    }
 209    top->SetData(tree);
 210    if (fDebug > 1) {
 211       printf("<-AliAnalysisManager::Init(%s)\n", tree->GetName());
 212    }
 213 }
 214
 215 //______________________________________________________________________________
 216 void AliAnalysisManager::SlaveBegin(TTree *tree)
 217 {
 218   // The SlaveBegin() function is called after the Begin() function.
 219   // When running with PROOF SlaveBegin() is called on each slave server.
 220   // The tree argument is deprecated (on PROOF 0 is passed).
 221    if (fDebug > 1) {
 222       cout << "->AliAnalysisManager::SlaveBegin()" << endl;
 223    }
 224
 225    // Call Init of EventHandler
 226    if (fOutputEventHandler) {
 227       if (fMode == kProofAnalysis) {
 228          fOutputEventHandler->Init("proof");
 229       } else {
 230          fOutputEventHandler->Init("local");
 231       }
 232    }
 233
 234    if (fInputEventHandler) {
 235       fInputEventHandler->SetInputTree(tree);
 236       if (fMode == kProofAnalysis) {
 237          fInputEventHandler->Init("proof");
 238       } else {
 239          fInputEventHandler->Init("local");
 240       }
 241    }
 242
 243    if (fMCtruthEventHandler) {
 244       if (fMode == kProofAnalysis) {
 245          fMCtruthEventHandler->Init("proof");
 246       } else {
 247          fMCtruthEventHandler->Init("local");
 248       }
 249    }
 250
 251    TIter next(fTasks);
 252    AliAnalysisTask *task;
 253    // Call CreateOutputObjects for all tasks
 254    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 255       TDirectory *curdir = gDirectory;
 256       task->CreateOutputObjects();
 257       if (curdir) curdir->cd();
 258    }
 259
 260    if (fDebug > 1) {
 261       cout << "<-AliAnalysisManager::SlaveBegin()" << endl;
 262    }
 263 }
 264
 265 //______________________________________________________________________________
 266 Bool_t AliAnalysisManager::Notify()
 267 {
 268    // The Notify() function is called when a new file is opened. This
 269    // can be either for a new TTree in a TChain or when when a new TTree
 270    // is started when using PROOF. It is normaly not necessary to make changes
 271    // to the generated code, but the routine can be extended by the
 272    // user if needed. The return value is currently not used.
 273     if (fTree) {
 274         TFile *curfile = fTree->GetCurrentFile();
 275         if (curfile && fDebug>1) printf("AliAnalysisManager::Notify() file: %s\n", curfile->GetName());
 276         TIter next(fTasks);
 277         AliAnalysisTask *task;
 278         // Call Notify for all tasks
 279         while ((task=(AliAnalysisTask*)next()))
 280             task->Notify();
 281
 282         // Call Notify of the event handlers
 283         if (fInputEventHandler) {
 284             fInputEventHandler->Notify(curfile->GetName());
 285         }
 286
 287         if (fOutputEventHandler) {
 288             fOutputEventHandler->Notify(curfile->GetName());
 289         }
 290
 291         if (fMCtruthEventHandler) {
 292             fMCtruthEventHandler->Notify(curfile->GetName());
 293         }
 294
 295     }
 296     return kTRUE;
 297 }
 298
 299 //______________________________________________________________________________
 300 Bool_t AliAnalysisManager::Process(Long64_t entry)
 301 {
 302   // The Process() function is called for each entry in the tree (or possibly
 303   // keyed object in the case of PROOF) to be processed. The entry argument
 304   // specifies which entry in the currently loaded tree is to be processed.
 305   // It can be passed to either TTree::GetEntry() or TBranch::GetEntry()
 306   // to read either all or the required parts of the data. When processing
 307   // keyed objects with PROOF, the object is already loaded and is available
 308   // via the fObject pointer.
 309   //
 310   // This function should contain the "body" of the analysis. It can contain
 311   // simple or elaborate selection criteria, run algorithms on the data
 312   // of the event and typically fill histograms.
 313
 314   // WARNING when a selector is used with a TChain, you must use
 315   //  the pointer to the current TTree to call GetEntry(entry).
 316   //  The entry is always the local entry number in the current tree.
 317   //  Assuming that fChain is the pointer to the TChain being processed,
 318   //  use fChain->GetTree()->GetEntry(entry).
 319    if (fDebug > 1) {
 320       cout << "->AliAnalysisManager::Process(" << entry << ")" << endl;
 321    }
 322    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(entry);
 323    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(entry);
 324    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(entry);
 325
 326    GetEntry(entry);
 327    ExecAnalysis();
 328    if (fDebug > 1) {
 329       cout << "<-AliAnalysisManager::Process()" << endl;
 330    }
 331    return kTRUE;
 332 }
 333
 334 //______________________________________________________________________________
 335 void AliAnalysisManager::PackOutput(TList *target)
 336 {
 337   // Pack all output data containers in the output list. Called at SlaveTerminate
 338   // stage in PROOF case for each slave.
 339    if (fDebug > 1) {
 340       cout << "->AliAnalysisManager::PackOutput()" << endl;
 341    }
 342    if (!target) {
 343       Error("PackOutput", "No target. Aborting.");
 344       return;
 345    }
 346    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->Terminate();
 347    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->Terminate();
 348    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->Terminate();
 349
 350    if (fMode == kProofAnalysis) {
 351       TIter next(fOutputs);
 352       AliAnalysisDataContainer *output;
 353       while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 354          if (output->GetData() && !output->IsSpecialOutput()) {
 355             if (output->GetProducer()->IsPostEventLoop()) continue;
 356             AliAnalysisDataWrapper *wrap = output->ExportData();
 357             // Output wrappers must delete data after merging (AG 13/11/07)
 358             wrap->SetDeleteData(kTRUE);
 359             if (fDebug > 1) printf("   Packing container %s...\n", output->GetName());
 360             target->Add(wrap);
 361          }
 362          // Special outputs files are closed and copied on the remote location
 363          if (output->IsSpecialOutput() && strlen(output->GetFileName())) {
 364             TDirectory *opwd = gDirectory;
 365             TFile *file = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(output->GetFileName());
 366             if (!file) continue;
 367             file->cd();
 368             if (output->GetData()) output->GetData()->Write();
 369             file->Close();
 370             if (opwd) opwd->cd();
 371             if (strlen(fSpecialOutputLocation.Data())) {
 372                TString remote = fSpecialOutputLocation;
 373                remote += "/";
 374                Int_t gid = gROOT->ProcessLine("gProofServ->GetGroupId();");
 375                remote += Form("%s_%d_", gSystem->HostName(), gid);
 376                remote += output->GetFileName();
 377                TFile::Cp(output->GetFileName(), remote.Data());
 378             }
 379          }
 380       }
 381    }
 382    if (fDebug > 1) {
 383       printf("<-AliAnalysisManager::PackOutput: output list contains %d containers\n", target->GetSize());
 384    }
 385 }
 386
 387 //______________________________________________________________________________
 388 void AliAnalysisManager::ImportWrappers(TList *source)
 389 {
 390 // Import data in output containers from wrappers coming in source.
 391    if (fDebug > 1) {
 392       cout << "->AliAnalysisManager::ImportWrappers()" << endl;
 393    }
 394    TIter next(fOutputs);
 395    AliAnalysisDataContainer *cont;
 396    AliAnalysisDataWrapper   *wrap;
 397    Int_t icont = 0;
 398    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 399       if (cont->GetProducer()->IsPostEventLoop() ||
 400           cont->IsSpecialOutput()) continue;
 401       wrap = (AliAnalysisDataWrapper*)source->FindObject(cont->GetName());
 402       if (!wrap && fDebug>1) {
 403          printf("(WW) ImportWrappers: container %s not found in analysis output !\n", cont->GetName());
 404          continue;
 405       }
 406       icont++;
 407       if (fDebug > 1) printf("   Importing data for container %s\n", wrap->GetName());
 408       if (cont->GetFileName()) printf("    -> %s\n", cont->GetFileName());
 409       cont->ImportData(wrap);
 410    }
 411    if (fDebug > 1) {
 412       cout << "<-AliAnalysisManager::ImportWrappers(): "<< icont << " containers imported" << endl;
 413    }
 414 }
 415
 416 //______________________________________________________________________________
 417 void AliAnalysisManager::UnpackOutput(TList *source)
 418 {
 419   // Called by AliAnalysisSelector::Terminate. Output containers should
 420   // be in source in the same order as in fOutputs.
 421    if (fDebug > 1) {
 422       cout << "->AliAnalysisManager::UnpackOutput()" << endl;
 423    }
 424    if (!source) {
 425       Error("UnpackOutput", "No target. Aborting.");
 426       return;
 427    }
 428    if (fDebug > 1) {
 429       printf("   Source list contains %d containers\n", source->GetSize());
 430    }
 431
 432    if (fMode == kProofAnalysis) ImportWrappers(source);
 433
 434    TIter next(fOutputs);
 435    AliAnalysisDataContainer *output;
 436    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 437       if (!output->GetData()) continue;
 438       // Check if there are client tasks that run post event loop
 439       if (output->HasConsumers()) {
 440          // Disable event loop semaphore
 441          output->SetPostEventLoop(kTRUE);
 442          TObjArray *list = output->GetConsumers();
 443          Int_t ncons = list->GetEntriesFast();
 444          for (Int_t i=0; i<ncons; i++) {
 445             AliAnalysisTask *task = (AliAnalysisTask*)list->At(i);
 446             task->CheckNotify(kTRUE);
 447             // If task is active, execute it
 448             if (task->IsPostEventLoop() && task->IsActive()) {
 449                if (fDebug > 1) {
 450                   cout << "== Executing post event loop task " << task->GetName() << endl;
 451                }
 452                task->ExecuteTask();
 453             }
 454          }
 455       }
 456       // Check if the output need to be written to a file.
 457       const char *filename = output->GetFileName();
 458       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
 459           if (fOutputEventHandler) filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
 460       }
 461
 462       if (!filename || !strlen(filename)) continue;
 463       TFile *file = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(filename);
 464       TDirectory *opwd = gDirectory;
 465       if (file) file->cd();
 466       else      file = new TFile(filename, "RECREATE");
 467       if (file->IsZombie()) continue;
 468       // Reparent data to this file
 469       TMethodCall callEnv;
 470       if (output->GetData()->IsA())
 471          callEnv.InitWithPrototype(output->GetData()->IsA(), "SetDirectory", "TDirectory*");
 472       if (callEnv.IsValid()) {
 473          callEnv.SetParam((Long_t) file);
 474          callEnv.Execute(output->GetData());
 475       }
 476       output->GetData()->Write();
 477       if (opwd) opwd->cd();
 478    }
 479    if (fDebug > 1) {
 480       cout << "<-AliAnalysisManager::UnpackOutput()" << endl;
 481    }
 482 }
 483
 484 //______________________________________________________________________________
 485 void AliAnalysisManager::Terminate()
 486 {
 487   // The Terminate() function is the last function to be called during
 488   // a query. It always runs on the client, it can be used to present
 489   // the results graphically.
 490    if (fDebug > 1) {
 491       cout << "->AliAnalysisManager::Terminate()" << endl;
 492    }
 493    AliAnalysisTask *task;
 494    TIter next(fTasks);
 495    // Call Terminate() for tasks
 496    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) task->Terminate();
 497    if (fDebug > 1) {
 498       cout << "<-AliAnalysisManager::Terminate()" << endl;
 499    }
 500    //
 501    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->TerminateIO();
 502    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->TerminateIO();
 503    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->TerminateIO();
 504    TIter next1(fOutputs);
 505    AliAnalysisDataContainer *output;
 506    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next1())) {
 507       // Close all files at output
 508       const char *filename = output->GetFileName();
 509       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
 510          if (fOutputEventHandler) filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
 511       }
 512
 513       if (!filename || !strlen(filename)) continue;
 514       TFile *file = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(filename);
 515       if (!file || file->IsZombie()) continue;
 516       file->Close();
 517    }
 518
 519    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
 520    if (getsysInfo) {
 521       TDirectory *cdir = gDirectory;
 522       TFile f("syswatch.root", "RECREATE");
 523       if (!f.IsZombie()) {
 524          TTree *tree = AliSysInfo::MakeTree("syswatch.log");
 525          tree->SetMarkerStyle(kCircle);
 526          tree->SetMarkerColor(kBlue);
 527          tree->SetMarkerSize(0.5);
 528          if (!gROOT->IsBatch()) {
 529             tree->SetAlias("event", "id0");
 530             tree->SetAlias("memUSED", "mi.fMemUsed");
 531             tree->SetAlias("userCPU", "pI.fCpuUser");
 532             TCanvas *c = new TCanvas("SysInfo","SysInfo",10,10,800,600);
 533             c->Divide(2,1,0.01,0.01);
 534             c->cd(1);
 535             tree->Draw("memUSED:event","","", 1234567890, 0);
 536             c->cd(2);
 537             tree->Draw("userCPU:event","","", 1234567890, 0);
 538          }
 539          tree->Write();
 540          f.Close();
 541          delete tree;
 542       }
 543       if (cdir) cdir->cd();
 544    }
 545 }
 546
 547 //______________________________________________________________________________
 548 void AliAnalysisManager::AddTask(AliAnalysisTask *task)
 549 {
 550 // Adds a user task to the global list of tasks.
 551    task->SetActive(kFALSE);
 552    fTasks->Add(task);
 553 }
 554
 555 //______________________________________________________________________________
 556 AliAnalysisTask *AliAnalysisManager::GetTask(const char *name) const
 557 {
 558 // Retreive task by name.
 559    if (!fTasks) return NULL;
 560    return (AliAnalysisTask*)fTasks->FindObject(name);
 561 }
 562
 563 //______________________________________________________________________________
 564 AliAnalysisDataContainer *AliAnalysisManager::CreateContainer(const char *name,
 565                                 TClass *datatype, EAliAnalysisContType type, const char *filename)
 566 {
 567 // Create a data container of a certain type. Types can be:
 568 //   kExchangeContainer  = 0, used to exchange date between tasks
 569 //   kInputContainer   = 1, used to store input data
 570 //   kOutputContainer  = 2, used for posting results
 571    if (fContainers->FindObject(name)) {
 572       Error("CreateContainer","A container named %s already defined !\n",name);
 573       return NULL;
 574    }
 575    AliAnalysisDataContainer *cont = new AliAnalysisDataContainer(name, datatype);
 576    fContainers->Add(cont);
 577    switch (type) {
 578       case kInputContainer:
 579          fInputs->Add(cont);
 580          break;
 581       case kOutputContainer:
 582          fOutputs->Add(cont);
 583          if (filename && strlen(filename)) {
 584             cont->SetFileName(filename);
 585             cont->SetDataOwned(kFALSE);  // data owned by the file
 586          }
 587          break;
 588       case kExchangeContainer:
 589          break;
 590    }
 591    return cont;
 592 }
 593
 594 //______________________________________________________________________________
 595 Bool_t AliAnalysisManager::ConnectInput(AliAnalysisTask *task, Int_t islot,
 596                                         AliAnalysisDataContainer *cont)
 597 {
 598 // Connect input of an existing task to a data container.
 599    if (!fTasks->FindObject(task)) {
 600       AddTask(task);
 601       Warning("ConnectInput", "Task %s not registered. Now owned by analysis manager", task->GetName());
 602    }
 603    Bool_t connected = task->ConnectInput(islot, cont);
 604    return connected;
 605 }
 606
 607 //______________________________________________________________________________
 608 Bool_t AliAnalysisManager::ConnectOutput(AliAnalysisTask *task, Int_t islot,
 609                                         AliAnalysisDataContainer *cont)
 610 {
 611 // Connect output of an existing task to a data container.
 612    if (!fTasks->FindObject(task)) {
 613       AddTask(task);
 614       Warning("ConnectOutput", "Task %s not registered. Now owned by analysis manager", task->GetName());
 615    }
 616    Bool_t connected = task->ConnectOutput(islot, cont);
 617    return connected;
 618 }
 619
 620 //______________________________________________________________________________
 621 void AliAnalysisManager::CleanContainers()
 622 {
 623 // Clean data from all containers that have already finished all client tasks.
 624    TIter next(fContainers);
 625    AliAnalysisDataContainer *cont;
 626    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer *)next())) {
 627       if (cont->IsOwnedData() &&
 628           cont->IsDataReady() &&
 629           cont->ClientsExecuted()) cont->DeleteData();
 630    }
 631 }
 632
 633 //______________________________________________________________________________
 634 Bool_t AliAnalysisManager::InitAnalysis()
 635 {
 636 // Initialization of analysis chain of tasks. Should be called after all tasks
 637 // and data containers are properly connected
 638    // Check for input/output containers
 639    fInitOK = kFALSE;
 640    // Check for top tasks (depending only on input data containers)
 641    if (!fTasks->First()) {
 642       Error("InitAnalysis", "Analysis has no tasks !");
 643       return kFALSE;
 644    }
 645    TIter next(fTasks);
 646    AliAnalysisTask *task;
 647    AliAnalysisDataContainer *cont;
 648    Int_t ntop = 0;
 649    Int_t nzombies = 0;
 650    Bool_t iszombie = kFALSE;
 651    Bool_t istop = kTRUE;
 652    Int_t i;
 653    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 654       istop = kTRUE;
 655       iszombie = kFALSE;
 656       Int_t ninputs = task->GetNinputs();
 657       for (i=0; i<ninputs; i++) {
 658          cont = task->GetInputSlot(i)->GetContainer();
 659          if (!cont) {
 660             if (!iszombie) {
 661                task->SetZombie();
 662                fZombies->Add(task);
 663                nzombies++;
 664                iszombie = kTRUE;
 665             }
 666             Error("InitAnalysis", "Input slot %d of task %s has no container connected ! Declared zombie...",
 667                   i, task->GetName());
 668          }
 669          if (iszombie) continue;
 670          // Check if cont is an input container
 671          if (istop && !fInputs->FindObject(cont)) istop=kFALSE;
 672          // Connect to parent task
 673       }
 674       if (istop) {
 675          ntop++;
 676          fTopTasks->Add(task);
 677       }
 678    }
 679    if (!ntop) {
 680       Error("InitAnalysis", "No top task defined. At least one task should be connected only to input containers");
 681       return kFALSE;
 682    }
 683    // Check now if there are orphan tasks
 684    for (i=0; i<ntop; i++) {
 685       task = (AliAnalysisTask*)fTopTasks->At(i);
 686       task->SetUsed();
 687    }
 688    Int_t norphans = 0;
 689    next.Reset();
 690    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 691       if (!task->IsUsed()) {
 692          norphans++;
 693          Warning("InitAnalysis", "Task %s is orphan", task->GetName());
 694       }
 695    }
 696    // Check the task hierarchy (no parent task should depend on data provided
 697    // by a daughter task)
 698    for (i=0; i<ntop; i++) {
 699       task = (AliAnalysisTask*)fTopTasks->At(i);
 700       if (task->CheckCircularDeps()) {
 701          Error("InitAnalysis", "Found illegal circular dependencies between following tasks:");
 702          PrintStatus("dep");
 703          return kFALSE;
 704       }
 705    }
 706    // Check that all containers feeding post-event loop tasks are in the outputs list
 707    TIter nextcont(fContainers); // loop over all containers
 708    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer*)nextcont())) {
 709       if (!cont->IsPostEventLoop() && !fOutputs->FindObject(cont)) {
 710          if (cont->HasConsumers()) {
 711          // Check if one of the consumers is post event loop
 712             TIter nextconsumer(cont->GetConsumers());
 713             while ((task=(AliAnalysisTask*)nextconsumer())) {
 714                if (task->IsPostEventLoop()) {
 715                   fOutputs->Add(cont);
 716                   break;
 717                }
 718             }
 719          }
 720       }
 721    }
 722    fInitOK = kTRUE;
 723    return kTRUE;
 724 }
 725
 726 //______________________________________________________________________________
 727 void AliAnalysisManager::PrintStatus(Option_t *option) const
 728 {
 729 // Print task hierarchy.
 730    if (!fInitOK) {
 731       Info("PrintStatus", "Analysis manager %s not initialized : call InitAnalysis() first", GetName());
 732       return;
 733    }
 734    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
 735    if (getsysInfo)
 736       Info("PrintStatus", "System information will be collected each %lld events", fNSysInfo);
 737    TIter next(fTopTasks);
 738    AliAnalysisTask *task;
 739    while ((task=(AliAnalysisTask*)next()))
 740       task->PrintTask(option);
 741 }
 742
 743 //______________________________________________________________________________
 744 void AliAnalysisManager::ResetAnalysis()
 745 {
 746 // Reset all execution flags and clean containers.
 747    CleanContainers();
 748 }
 749
 750 //______________________________________________________________________________
 751 void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree *tree, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
 752 {
 753 // Start analysis for this manager. Analysis task can be: LOCAL, PROOF or GRID.
 754 // Process nentries starting from firstentry
 755    if (!fInitOK) {
 756       Error("StartAnalysis","Analysis manager was not initialized !");
 757       return;
 758    }
 759    if (fDebug>1) {
 760       cout << "StartAnalysis: " << GetName() << endl;
 761    }
 762    TString anaType = type;
 763    anaType.ToLower();
 764    fMode = kLocalAnalysis;
 765    if (tree) {
 766       if (anaType.Contains("proof"))     fMode = kProofAnalysis;
 767       else if (anaType.Contains("grid")) fMode = kGridAnalysis;
 768    }
 769    if (fMode == kGridAnalysis) {
 770       Warning("StartAnalysis", "GRID analysis mode not implemented. Running local.");
 771       fMode = kLocalAnalysis;
 772    }
 773    char line[256];
 774    SetEventLoop(kFALSE);
 775    // Disable all branches if requested and set event loop mode
 776    if (tree) {
 777       if (TestBit(kDisableBranches)) {
 778          printf("Disabling all branches...\n");
 779 //         tree->SetBranchStatus("*",0); // not yet working
 780       }
 781       SetEventLoop(kTRUE);
 782    }
 783
 784    TChain *chain = 0;
 785    TString ttype = "TTree";
 786    if (tree->IsA() == TChain::Class()) {
 787       chain = (TChain*)tree;
 788       if (!chain || !chain->GetListOfFiles()->First()) {
 789          Error("StartAnalysis", "Cannot process null or empty chain...");
 790          return;
 791       }
 792       ttype = "TChain";
 793    }
 794
 795    // Initialize locally all tasks
 796    TIter next(fTasks);
 797    AliAnalysisTask *task;
 798    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 799       task->LocalInit();
 800    }
 801
 802    switch (fMode) {
 803       case kLocalAnalysis:
 804          if (!tree) {
 805             TIter next(fTasks);
 806             AliAnalysisTask *task;
 807             // Call CreateOutputObjects for all tasks
 808             while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 809                TDirectory *curdir = gDirectory;
 810                task->CreateOutputObjects();
 811                if (curdir) curdir->cd();
 812             }
 813             ExecAnalysis();
 814             Terminate();
 815             return;
 816          }
 817          // Run tree-based analysis via AliAnalysisSelector
 818          cout << "===== RUNNING LOCAL ANALYSIS " << GetName() << " ON TREE " << tree->GetName() << endl;
 819          sprintf(line, "AliAnalysisSelector *selector = new AliAnalysisSelector((AliAnalysisManager*)0x%lx);",(ULong_t)this);
 820          gROOT->ProcessLine(line);
 821          sprintf(line, "((%s*)0x%lx)->Process(selector, \"\",%lld, %lld);",ttype.Data(),(ULong_t)tree, nentries, firstentry);
 822          gROOT->ProcessLine(line);
 823          break;
 824       case kProofAnalysis:
 825          if (!gROOT->GetListOfProofs() || !gROOT->GetListOfProofs()->GetEntries()) {
 826             printf("StartAnalysis: no PROOF!!!\n");
 827             return;
 828          }
 829          sprintf(line, "gProof->AddInput((TObject*)0x%lx);", (ULong_t)this);
 830          gROOT->ProcessLine(line);
 831          if (chain) {
 832             chain->SetProof();
 833             cout << "===== RUNNING PROOF ANALYSIS " << GetName() << " ON CHAIN " << chain->GetName() << endl;
 834             chain->Process("AliAnalysisSelector", "", nentries, firstentry);
 835          } else {
 836             printf("StartAnalysis: no chain\n");
 837             return;
 838          }
 839          break;
 840       case kGridAnalysis:
 841          Warning("StartAnalysis", "GRID analysis mode not implemented. Running local.");
 842    }
 843 }
 844
 845 //______________________________________________________________________________
 846 void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, const char *dataset, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
 847 {
 848 // Start analysis for this manager on a given dataset. Analysis task can be:
 849 // LOCAL, PROOF or GRID. Process nentries starting from firstentry.
 850    if (!fInitOK) {
 851       Error("StartAnalysis","Analysis manager was not initialized !");
 852       return;
 853    }
 854    if (fDebug>1) {
 855       cout << "StartAnalysis: " << GetName() << endl;
 856    }
 857    TString anaType = type;
 858    anaType.ToLower();
 859    if (!anaType.Contains("proof")) {
 860       Error("Cannot process datasets in %s mode. Try PROOF.", type);
 861       return;
 862    }
 863    fMode = kProofAnalysis;
 864    char line[256];
 865    SetEventLoop(kTRUE);
 866    // Set the dataset flag
 867    TObject::SetBit(kUseDataSet);
 868    fTree = 0;
 869
 870    // Initialize locally all tasks
 871    TIter next(fTasks);
 872    AliAnalysisTask *task;
 873    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 874       task->LocalInit();
 875    }
 876
 877    if (!gROOT->GetListOfProofs() || !gROOT->GetListOfProofs()->GetEntries()) {
 878       printf("StartAnalysis: no PROOF!!!\n");
 879       return;
 880    }
 881    sprintf(line, "gProof->AddInput((TObject*)0x%lx);", (ULong_t)this);
 882    gROOT->ProcessLine(line);
 883    sprintf(line, "gProof->GetDataSet(\"%s\");", dataset);
 884    if (!gROOT->ProcessLine(line)) {
 885       Error("StartAnalysis", "Dataset %s not found", dataset);
 886       return;
 887    }
 888    sprintf(line, "gProof->Process(\"%s\", \"AliAnalysisSelector\", \"\", %lld, %lld);",
 889            dataset, nentries, firstentry);
 890    cout << "===== RUNNING PROOF ANALYSIS " << GetName() << " ON DATASET " << dataset << endl;
 891    gROOT->ProcessLine(line);
 892 }
 893
 894 //______________________________________________________________________________
 895 void AliAnalysisManager::ExecAnalysis(Option_t *option)
 896 {
 897 // Execute analysis.
 898    static Long64_t ncalls = 0;
 899    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
 900    if (getsysInfo && ncalls==0) AliSysInfo::AddStamp("Start", (Int_t)ncalls);
 901    ncalls++;
 902    if (!fInitOK) {
 903      Error("ExecAnalysis", "Analysis manager was not initialized !");
 904       return;
 905    }
 906    AliAnalysisTask *task;
 907    // Check if the top tree is active.
 908    if (fTree) {
 909       TIter next(fTasks);
 910    // De-activate all tasks
 911       while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) task->SetActive(kFALSE);
 912       AliAnalysisDataContainer *cont = (AliAnalysisDataContainer*)fInputs->At(0);
 913       if (!cont) {
 914               Error("ExecAnalysis","Cannot execute analysis in TSelector mode without at least one top container");
 915          return;
 916       }
 917       cont->SetData(fTree); // This will notify all consumers
 918       Long64_t entry = fTree->GetTree()->GetReadEntry();
 919
 920 //
 921 //    Call BeginEvent() for optional input/output and MC services
 922       if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(entry);
 923       if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(entry);
 924       if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(entry);
 925 //
 926 //    Execute the tasks
 927 //      TIter next1(cont->GetConsumers());
 928       TIter next1(fTopTasks);
 929       while ((task=(AliAnalysisTask*)next1())) {
 930          if (fDebug >1) {
 931             cout << "    Executing task " << task->GetName() << endl;
 932          }
 933
 934          task->ExecuteTask(option);
 935       }
 936 //
 937 //    Call FinishEvent() for optional output and MC services
 938       if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->FinishEvent();
 939       if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->FinishEvent();
 940       if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->FinishEvent();
 941       // Gather system information if requested
 942       if (getsysInfo && ((ncalls%fNSysInfo)==0))
 943          AliSysInfo::AddStamp(Form("Event#%lld",ncalls),(Int_t)ncalls);
 944       return;
 945    }
 946    // The event loop is not controlled by TSelector
 947 //
 948 //  Call BeginEvent() for optional input/output and MC services
 949    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(-1);
 950    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(-1);
 951    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(-1);
 952    TIter next2(fTopTasks);
 953    while ((task=(AliAnalysisTask*)next2())) {
 954       task->SetActive(kTRUE);
 955       if (fDebug > 1) {
 956          cout << "    Executing task " << task->GetName() << endl;
 957       }
 958       task->ExecuteTask(option);
 959    }
 960 //
 961 // Call FinishEvent() for optional output and MC services
 962    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->FinishEvent();
 963    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->FinishEvent();
 964    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->FinishEvent();
 965 }
 966
 967 //______________________________________________________________________________
 968 void AliAnalysisManager::FinishAnalysis()
 969 {
 970 // Finish analysis.
 971 }