ANALYSIS/AliAnalysisManager.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17 // Author: Andrei Gheata, 31/05/2006
  18
  19 //==============================================================================
  20 //   AliAnalysysManager - Manager analysis class. Allows creation of several
  21 // analysis tasks and data containers storing their input/output. Allows
  22 // connecting/chaining tasks via shared data containers. Serializes the current
  23 // event for all tasks depending only on initial input data.
  24 //==============================================================================
  25 //
  26 //==============================================================================
  27
  28 #include <Riostream.h>
  29
  30 #include <TClass.h>
  31 #include <TFile.h>
  32 #include <TMethodCall.h>
  33 #include <TChain.h>
  34 #include <TSystem.h>
  35 #include <TROOT.h>
  36 #include <TCanvas.h>
  37
  38 #include "AliAnalysisTask.h"
  39 #include "AliAnalysisDataContainer.h"
  40 #include "AliAnalysisDataSlot.h"
  41 #include "AliVEventHandler.h"
  42 #include "AliSysInfo.h"
  43 #include "AliAnalysisManager.h"
  44
  45 ClassImp(AliAnalysisManager)
  46
  47 AliAnalysisManager *AliAnalysisManager::fgAnalysisManager = NULL;
  48
  49 //______________________________________________________________________________
  50 AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const char *name, const char *title)
  51                    :TNamed(name,title),
  52                     fTree(NULL),
  53                     fInputEventHandler(NULL),
  54                     fOutputEventHandler(NULL),
  55                     fMCtruthEventHandler(NULL),
  56                     fCurrentEntry(-1),
  57                     fNSysInfo(0),
  58                     fMode(kLocalAnalysis),
  59                     fInitOK(kFALSE),
  60                     fDebug(0),
  61                     fTasks(NULL),
  62                     fTopTasks(NULL),
  63                     fZombies(NULL),
  64                     fContainers(NULL),
  65                     fInputs(NULL),
  66                     fOutputs(NULL)
  67 {
  68 // Default constructor.
  69    fgAnalysisManager = this;
  70    fTasks      = new TObjArray();
  71    fTopTasks   = new TObjArray();
  72    fZombies    = new TObjArray();
  73    fContainers = new TObjArray();
  74    fInputs     = new TObjArray();
  75    fOutputs    = new TObjArray();
  76    SetEventLoop(kTRUE);
  77 }
  78
  79 //______________________________________________________________________________
  80 AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const AliAnalysisManager& other)
  81                    :TNamed(other),
  82                     fTree(NULL),
  83                     fInputEventHandler(NULL),
  84                     fOutputEventHandler(NULL),
  85                     fMCtruthEventHandler(NULL),
  86                     fCurrentEntry(-1),
  87                     fNSysInfo(0),
  88                     fMode(other.fMode),
  89                     fInitOK(other.fInitOK),
  90                     fDebug(other.fDebug),
  91                     fTasks(NULL),
  92                     fTopTasks(NULL),
  93                     fZombies(NULL),
  94                     fContainers(NULL),
  95                     fInputs(NULL),
  96                     fOutputs(NULL)
  97 {
  98 // Copy constructor.
  99    fTasks      = new TObjArray(*other.fTasks);
 100    fTopTasks   = new TObjArray(*other.fTopTasks);
 101    fZombies    = new TObjArray(*other.fZombies);
 102    fContainers = new TObjArray(*other.fContainers);
 103    fInputs     = new TObjArray(*other.fInputs);
 104    fOutputs    = new TObjArray(*other.fOutputs);
 105    fgAnalysisManager = this;
 106 }
 107
 108 //______________________________________________________________________________
 109 AliAnalysisManager& AliAnalysisManager::operator=(const AliAnalysisManager& other)
 110 {
 111 // Assignment
 112    if (&other != this) {
 113       TNamed::operator=(other);
 114       fInputEventHandler   = other.fInputEventHandler;
 115       fOutputEventHandler  = other.fOutputEventHandler;
 116       fMCtruthEventHandler = other.fMCtruthEventHandler;
 117       fTree       = NULL;
 118       fCurrentEntry = -1;
 119       fNSysInfo   = other.fNSysInfo;
 120       fMode       = other.fMode;
 121       fInitOK     = other.fInitOK;
 122       fDebug      = other.fDebug;
 123       fTasks      = new TObjArray(*other.fTasks);
 124       fTopTasks   = new TObjArray(*other.fTopTasks);
 125       fZombies    = new TObjArray(*other.fZombies);
 126       fContainers = new TObjArray(*other.fContainers);
 127       fInputs     = new TObjArray(*other.fInputs);
 128       fOutputs    = new TObjArray(*other.fOutputs);
 129       fgAnalysisManager = this;
 130    }
 131    return *this;
 132 }
 133
 134 //______________________________________________________________________________
 135 AliAnalysisManager::~AliAnalysisManager()
 136 {
 137 // Destructor.
 138    if (fTasks) {fTasks->Delete(); delete fTasks;}
 139    if (fTopTasks) delete fTopTasks;
 140    if (fZombies) delete fZombies;
 141    if (fContainers) {fContainers->Delete(); delete fContainers;}
 142    if (fInputs) delete fInputs;
 143    if (fOutputs) delete fOutputs;
 144    if (fgAnalysisManager==this) fgAnalysisManager = NULL;
 145 }
 146
 147 //______________________________________________________________________________
 148 Int_t AliAnalysisManager::GetEntry(Long64_t entry, Int_t getall)
 149 {
 150 // Read one entry of the tree or a whole branch.
 151    if (fDebug > 1) {
 152       cout << "== AliAnalysisManager::GetEntry()" << endl;
 153    }
 154    fCurrentEntry = entry;
 155    return fTree ? fTree->GetTree()->GetEntry(entry, getall) : 0;
 156 }
 157
 158 //______________________________________________________________________________
 159 void AliAnalysisManager::Init(TTree *tree)
 160 {
 161   // The Init() function is called when the selector needs to initialize
 162   // a new tree or chain. Typically here the branch addresses of the tree
 163   // will be set. It is normaly not necessary to make changes to the
 164   // generated code, but the routine can be extended by the user if needed.
 165   // Init() will be called many times when running with PROOF.
 166    if (!tree) return;
 167    if (fDebug > 1) {
 168       printf("->AliAnalysisManager::InitTree(%s)\n", tree->GetName());
 169    }
 170
 171    // Call InitTree of EventHandler
 172    if (fOutputEventHandler) {
 173       if (fMode == kProofAnalysis) {
 174          fOutputEventHandler->Init(0x0, "proof");
 175       } else {
 176          fOutputEventHandler->Init(0x0, "local");
 177       }
 178    }
 179
 180    if (fInputEventHandler) {
 181       if (fMode == kProofAnalysis) {
 182          fInputEventHandler->Init(tree, "proof");
 183       } else {
 184          fInputEventHandler->Init(tree, "local");
 185       }
 186    } else {
 187       // If no input event handler we need to get the tree once
 188       // for the chain
 189       if(!tree->GetTree()) tree->LoadTree(0);
 190    }
 191
 192
 193    if (fMCtruthEventHandler) {
 194       if (fMode == kProofAnalysis) {
 195          fMCtruthEventHandler->Init(0x0, "proof");
 196       } else {
 197          fMCtruthEventHandler->Init(0x0, "local");
 198       }
 199    }
 200
 201    if (!fInitOK) InitAnalysis();
 202    if (!fInitOK) return;
 203    fTree = tree;
 204    AliAnalysisDataContainer *top = (AliAnalysisDataContainer*)fInputs->At(0);
 205    if (!top) {
 206       cout<<"Error: No top input container !" <<endl;
 207       return;
 208    }
 209    top->SetData(tree);
 210    if (fDebug > 1) {
 211       printf("<-AliAnalysisManager::Init(%s)\n", tree->GetName());
 212    }
 213 }
 214
 215 //______________________________________________________________________________
 216 void AliAnalysisManager::SlaveBegin(TTree *tree)
 217 {
 218   // The SlaveBegin() function is called after the Begin() function.
 219   // When running with PROOF SlaveBegin() is called on each slave server.
 220   // The tree argument is deprecated (on PROOF 0 is passed).
 221    if (fDebug > 1) {
 222       cout << "->AliAnalysisManager::SlaveBegin()" << endl;
 223    }
 224
 225    // Call Init of EventHandler
 226    if (fOutputEventHandler) {
 227       if (fMode == kProofAnalysis) {
 228          fOutputEventHandler->Init("proof");
 229       } else {
 230          fOutputEventHandler->Init("local");
 231       }
 232    }
 233
 234    if (fInputEventHandler) {
 235       fInputEventHandler->SetInputTree(tree);
 236       if (fMode == kProofAnalysis) {
 237          fInputEventHandler->Init("proof");
 238       } else {
 239          fInputEventHandler->Init("local");
 240       }
 241    }
 242
 243    if (fMCtruthEventHandler) {
 244       if (fMode == kProofAnalysis) {
 245          fMCtruthEventHandler->Init("proof");
 246       } else {
 247          fMCtruthEventHandler->Init("local");
 248       }
 249    }
 250
 251    TIter next(fTasks);
 252    AliAnalysisTask *task;
 253    // Call CreateOutputObjects for all tasks
 254    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 255       TDirectory *curdir = gDirectory;
 256       task->CreateOutputObjects();
 257       if (curdir) curdir->cd();
 258    }
 259
 260    if (fDebug > 1) {
 261       cout << "<-AliAnalysisManager::SlaveBegin()" << endl;
 262    }
 263 }
 264
 265 //______________________________________________________________________________
 266 Bool_t AliAnalysisManager::Notify()
 267 {
 268    // The Notify() function is called when a new file is opened. This
 269    // can be either for a new TTree in a TChain or when when a new TTree
 270    // is started when using PROOF. It is normaly not necessary to make changes
 271    // to the generated code, but the routine can be extended by the
 272    // user if needed. The return value is currently not used.
 273     if (fTree) {
 274         TFile *curfile = fTree->GetCurrentFile();
 275         if (curfile && fDebug>1) printf("AliAnalysisManager::Notify() file: %s\n", curfile->GetName());
 276         TIter next(fTasks);
 277         AliAnalysisTask *task;
 278         // Call Notify for all tasks
 279         while ((task=(AliAnalysisTask*)next()))
 280             task->Notify();
 281
 282         // Call Notify of the event handlers
 283         if (fInputEventHandler) {
 284             fInputEventHandler->Notify(curfile->GetName());
 285         }
 286
 287         if (fOutputEventHandler) {
 288             fOutputEventHandler->Notify(curfile->GetName());
 289         }
 290
 291         if (fMCtruthEventHandler) {
 292             fMCtruthEventHandler->Notify(curfile->GetName());
 293         }
 294
 295     }
 296     return kTRUE;
 297 }
 298
 299 //______________________________________________________________________________
 300 Bool_t AliAnalysisManager::Process(Long64_t entry)
 301 {
 302   // The Process() function is called for each entry in the tree (or possibly
 303   // keyed object in the case of PROOF) to be processed. The entry argument
 304   // specifies which entry in the currently loaded tree is to be processed.
 305   // It can be passed to either TTree::GetEntry() or TBranch::GetEntry()
 306   // to read either all or the required parts of the data. When processing
 307   // keyed objects with PROOF, the object is already loaded and is available
 308   // via the fObject pointer.
 309   //
 310   // This function should contain the "body" of the analysis. It can contain
 311   // simple or elaborate selection criteria, run algorithms on the data
 312   // of the event and typically fill histograms.
 313
 314   // WARNING when a selector is used with a TChain, you must use
 315   //  the pointer to the current TTree to call GetEntry(entry).
 316   //  The entry is always the local entry number in the current tree.
 317   //  Assuming that fChain is the pointer to the TChain being processed,
 318   //  use fChain->GetTree()->GetEntry(entry).
 319    if (fDebug > 1) {
 320       cout << "->AliAnalysisManager::Process(" << entry << ")" << endl;
 321    }
 322    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(entry);
 323    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(entry);
 324    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(entry);
 325
 326    GetEntry(entry);
 327    ExecAnalysis();
 328    if (fDebug > 1) {
 329       cout << "<-AliAnalysisManager::Process()" << endl;
 330    }
 331    return kTRUE;
 332 }
 333
 334 //______________________________________________________________________________
 335 void AliAnalysisManager::PackOutput(TList *target)
 336 {
 337   // Pack all output data containers in the output list. Called at SlaveTerminate
 338   // stage in PROOF case for each slave.
 339    if (fDebug > 1) {
 340       cout << "->AliAnalysisManager::PackOutput()" << endl;
 341    }
 342    if (!target) {
 343       Error("PackOutput", "No target. Aborting.");
 344       return;
 345    }
 346    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->Terminate();
 347    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->Terminate();
 348    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->Terminate();
 349
 350    if (fMode == kProofAnalysis) {
 351       TIter next(fOutputs);
 352       AliAnalysisDataContainer *output;
 353       while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 354          if (output->GetData()) {
 355             if (output->GetProducer()->IsPostEventLoop()) continue;
 356             AliAnalysisDataWrapper *wrap = output->ExportData();
 357             // Output wrappers must delete data after merging (AG 13/11/07)
 358             wrap->SetDeleteData(kTRUE);
 359             if (fDebug > 1) printf("   Packing container %s...\n", output->GetName());
 360             target->Add(wrap);
 361          }
 362          // Special outputs files are closed and copied on the remote location
 363          if (output->IsSpecialOutput() && strlen(output->GetFileName())) {
 364             TFile *file = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(output->GetFileName());
 365             if (!file) continue;
 366             file->Close();
 367             if (strlen(fSpecialOutputLocation.Data())) {
 368                TString remote = fSpecialOutputLocation;
 369                remote += "/";
 370                remote += gSystem->HostName();
 371                remote += output->GetFileName();
 372                TFile::Cp(output->GetFileName(), remote.Data());
 373             }
 374          }
 375       }
 376    }
 377    if (fDebug > 1) {
 378       printf("<-AliAnalysisManager::PackOutput: output list contains %d containers\n", target->GetSize());
 379    }
 380 }
 381
 382 //______________________________________________________________________________
 383 void AliAnalysisManager::ImportWrappers(TList *source)
 384 {
 385 // Import data in output containers from wrappers coming in source.
 386    if (fDebug > 1) {
 387       cout << "->AliAnalysisManager::ImportWrappers()" << endl;
 388    }
 389    TIter next(fOutputs);
 390    AliAnalysisDataContainer *cont;
 391    AliAnalysisDataWrapper   *wrap;
 392    Int_t icont = 0;
 393    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 394       if (cont->GetProducer()->IsPostEventLoop()) continue;
 395       wrap = (AliAnalysisDataWrapper*)source->FindObject(cont->GetName());
 396       if (!wrap && fDebug>1) {
 397          printf("(WW) ImportWrappers: container %s not found in analysis output !\n", cont->GetName());
 398          continue;
 399       }
 400       icont++;
 401       if (fDebug > 1) printf("   Importing data for container %s\n", wrap->GetName());
 402       if (cont->GetFileName()) printf("    -> %s\n", cont->GetFileName());
 403       cont->ImportData(wrap);
 404    }
 405    if (fDebug > 1) {
 406       cout << "<-AliAnalysisManager::ImportWrappers(): "<< icont << " containers imported" << endl;
 407    }
 408 }
 409
 410 //______________________________________________________________________________
 411 void AliAnalysisManager::UnpackOutput(TList *source)
 412 {
 413   // Called by AliAnalysisSelector::Terminate. Output containers should
 414   // be in source in the same order as in fOutputs.
 415    if (fDebug > 1) {
 416       cout << "->AliAnalysisManager::UnpackOutput()" << endl;
 417    }
 418    if (!source) {
 419       Error("UnpackOutput", "No target. Aborting.");
 420       return;
 421    }
 422    if (fDebug > 1) {
 423       printf("   Source list contains %d containers\n", source->GetSize());
 424    }
 425
 426    if (fMode == kProofAnalysis) ImportWrappers(source);
 427
 428    TIter next(fOutputs);
 429    AliAnalysisDataContainer *output;
 430    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 431       if (!output->GetData()) continue;
 432       // Check if there are client tasks that run post event loop
 433       if (output->HasConsumers()) {
 434          // Disable event loop semaphore
 435          output->SetPostEventLoop(kTRUE);
 436          TObjArray *list = output->GetConsumers();
 437          Int_t ncons = list->GetEntriesFast();
 438          for (Int_t i=0; i<ncons; i++) {
 439             AliAnalysisTask *task = (AliAnalysisTask*)list->At(i);
 440             task->CheckNotify(kTRUE);
 441             // If task is active, execute it
 442             if (task->IsPostEventLoop() && task->IsActive()) {
 443                if (fDebug > 1) {
 444                   cout << "== Executing post event loop task " << task->GetName() << endl;
 445                }
 446                task->ExecuteTask();
 447             }
 448          }
 449       }
 450       // Check if the output need to be written to a file.
 451       const char *filename = output->GetFileName();
 452       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
 453           if (fOutputEventHandler) filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
 454       }
 455
 456       if (!filename || !strlen(filename)) continue;
 457       TFile *file = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(filename);
 458       TDirectory *opwd = gDirectory;
 459       if (file) file->cd();
 460       else      file = new TFile(filename, "RECREATE");
 461       if (file->IsZombie()) continue;
 462       // Reparent data to this file
 463       TMethodCall callEnv;
 464       if (output->GetData()->IsA())
 465          callEnv.InitWithPrototype(output->GetData()->IsA(), "SetDirectory", "TDirectory*");
 466       if (callEnv.IsValid()) {
 467          callEnv.SetParam((Long_t) file);
 468          callEnv.Execute(output->GetData());
 469       }
 470       output->GetData()->Write();
 471       if (opwd) opwd->cd();
 472    }
 473    if (fDebug > 1) {
 474       cout << "<-AliAnalysisManager::UnpackOutput()" << endl;
 475    }
 476 }
 477
 478 //______________________________________________________________________________
 479 void AliAnalysisManager::Terminate()
 480 {
 481   // The Terminate() function is the last function to be called during
 482   // a query. It always runs on the client, it can be used to present
 483   // the results graphically.
 484    if (fDebug > 1) {
 485       cout << "->AliAnalysisManager::Terminate()" << endl;
 486    }
 487    AliAnalysisTask *task;
 488    TIter next(fTasks);
 489    // Call Terminate() for tasks
 490    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) task->Terminate();
 491    if (fDebug > 1) {
 492       cout << "<-AliAnalysisManager::Terminate()" << endl;
 493    }
 494    //
 495    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->TerminateIO();
 496    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->TerminateIO();
 497    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->TerminateIO();
 498    TIter next1(fOutputs);
 499    AliAnalysisDataContainer *output;
 500    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next1())) {
 501       // Close all files at output
 502       const char *filename = output->GetFileName();
 503       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
 504          if (fOutputEventHandler) filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
 505       }
 506
 507       if (!filename || !strlen(filename)) continue;
 508       TFile *file = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(filename);
 509       if (!file || file->IsZombie()) continue;
 510       file->Close();
 511    }
 512
 513    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
 514    if (getsysInfo) {
 515       TDirectory *cdir = gDirectory;
 516       TFile f("syswatch.root", "RECREATE");
 517       if (!f.IsZombie()) {
 518          TTree *tree = AliSysInfo::MakeTree("syswatch.log");
 519          tree->SetMarkerStyle(kCircle);
 520          tree->SetMarkerColor(kBlue);
 521          tree->SetMarkerSize(0.5);
 522          if (!gROOT->IsBatch()) {
 523             tree->SetAlias("event", "id0");
 524             tree->SetAlias("memUSED", "mi.fMemUsed");
 525             tree->SetAlias("userCPU", "pI.fCpuUser");
 526             TCanvas *c = new TCanvas("SysInfo","SysInfo",10,10,800,600);
 527             c->Divide(2,1,0.01,0.01);
 528             c->cd(1);
 529             tree->Draw("memUSED:event","","", 1234567890, 0);
 530             c->cd(2);
 531             tree->Draw("userCPU:event","","", 1234567890, 0);
 532          }
 533          tree->Write();
 534          f.Close();
 535          delete tree;
 536       }
 537       if (cdir) cdir->cd();
 538    }
 539 }
 540
 541 //______________________________________________________________________________
 542 void AliAnalysisManager::AddTask(AliAnalysisTask *task)
 543 {
 544 // Adds a user task to the global list of tasks.
 545    task->SetActive(kFALSE);
 546    fTasks->Add(task);
 547 }
 548
 549 //______________________________________________________________________________
 550 AliAnalysisTask *AliAnalysisManager::GetTask(const char *name) const
 551 {
 552 // Retreive task by name.
 553    if (!fTasks) return NULL;
 554    return (AliAnalysisTask*)fTasks->FindObject(name);
 555 }
 556
 557 //______________________________________________________________________________
 558 AliAnalysisDataContainer *AliAnalysisManager::CreateContainer(const char *name,
 559                                 TClass *datatype, EAliAnalysisContType type, const char *filename)
 560 {
 561 // Create a data container of a certain type. Types can be:
 562 //   kExchangeContainer  = 0, used to exchange date between tasks
 563 //   kInputContainer   = 1, used to store input data
 564 //   kOutputContainer  = 2, used for posting results
 565    if (fContainers->FindObject(name)) {
 566       Error("CreateContainer","A container named %s already defined !\n",name);
 567       return NULL;
 568    }
 569    AliAnalysisDataContainer *cont = new AliAnalysisDataContainer(name, datatype);
 570    fContainers->Add(cont);
 571    switch (type) {
 572       case kInputContainer:
 573          fInputs->Add(cont);
 574          break;
 575       case kOutputContainer:
 576          fOutputs->Add(cont);
 577          if (filename && strlen(filename)) {
 578             cont->SetFileName(filename);
 579             cont->SetDataOwned(kFALSE);  // data owned by the file
 580          }
 581          break;
 582       case kExchangeContainer:
 583          break;
 584    }
 585    return cont;
 586 }
 587
 588 //______________________________________________________________________________
 589 Bool_t AliAnalysisManager::ConnectInput(AliAnalysisTask *task, Int_t islot,
 590                                         AliAnalysisDataContainer *cont)
 591 {
 592 // Connect input of an existing task to a data container.
 593    if (!fTasks->FindObject(task)) {
 594       AddTask(task);
 595       Warning("ConnectInput", "Task %s not registered. Now owned by analysis manager", task->GetName());
 596    }
 597    Bool_t connected = task->ConnectInput(islot, cont);
 598    return connected;
 599 }
 600
 601 //______________________________________________________________________________
 602 Bool_t AliAnalysisManager::ConnectOutput(AliAnalysisTask *task, Int_t islot,
 603                                         AliAnalysisDataContainer *cont)
 604 {
 605 // Connect output of an existing task to a data container.
 606    if (!fTasks->FindObject(task)) {
 607       AddTask(task);
 608       Warning("ConnectOutput", "Task %s not registered. Now owned by analysis manager", task->GetName());
 609    }
 610    Bool_t connected = task->ConnectOutput(islot, cont);
 611    return connected;
 612 }
 613
 614 //______________________________________________________________________________
 615 void AliAnalysisManager::CleanContainers()
 616 {
 617 // Clean data from all containers that have already finished all client tasks.
 618    TIter next(fContainers);
 619    AliAnalysisDataContainer *cont;
 620    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer *)next())) {
 621       if (cont->IsOwnedData() &&
 622           cont->IsDataReady() &&
 623           cont->ClientsExecuted()) cont->DeleteData();
 624    }
 625 }
 626
 627 //______________________________________________________________________________
 628 Bool_t AliAnalysisManager::InitAnalysis()
 629 {
 630 // Initialization of analysis chain of tasks. Should be called after all tasks
 631 // and data containers are properly connected
 632    // Check for input/output containers
 633    fInitOK = kFALSE;
 634    // Check for top tasks (depending only on input data containers)
 635    if (!fTasks->First()) {
 636       Error("InitAnalysis", "Analysis has no tasks !");
 637       return kFALSE;
 638    }
 639    TIter next(fTasks);
 640    AliAnalysisTask *task;
 641    AliAnalysisDataContainer *cont;
 642    Int_t ntop = 0;
 643    Int_t nzombies = 0;
 644    Bool_t iszombie = kFALSE;
 645    Bool_t istop = kTRUE;
 646    Int_t i;
 647    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 648       istop = kTRUE;
 649       iszombie = kFALSE;
 650       Int_t ninputs = task->GetNinputs();
 651       for (i=0; i<ninputs; i++) {
 652          cont = task->GetInputSlot(i)->GetContainer();
 653          if (!cont) {
 654             if (!iszombie) {
 655                task->SetZombie();
 656                fZombies->Add(task);
 657                nzombies++;
 658                iszombie = kTRUE;
 659             }
 660             Error("InitAnalysis", "Input slot %d of task %s has no container connected ! Declared zombie...",
 661                   i, task->GetName());
 662          }
 663          if (iszombie) continue;
 664          // Check if cont is an input container
 665          if (istop && !fInputs->FindObject(cont)) istop=kFALSE;
 666          // Connect to parent task
 667       }
 668       if (istop) {
 669          ntop++;
 670          fTopTasks->Add(task);
 671       }
 672    }
 673    if (!ntop) {
 674       Error("InitAnalysis", "No top task defined. At least one task should be connected only to input containers");
 675       return kFALSE;
 676    }
 677    // Check now if there are orphan tasks
 678    for (i=0; i<ntop; i++) {
 679       task = (AliAnalysisTask*)fTopTasks->At(i);
 680       task->SetUsed();
 681    }
 682    Int_t norphans = 0;
 683    next.Reset();
 684    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 685       if (!task->IsUsed()) {
 686          norphans++;
 687          Warning("InitAnalysis", "Task %s is orphan", task->GetName());
 688       }
 689    }
 690    // Check the task hierarchy (no parent task should depend on data provided
 691    // by a daughter task)
 692    for (i=0; i<ntop; i++) {
 693       task = (AliAnalysisTask*)fTopTasks->At(i);
 694       if (task->CheckCircularDeps()) {
 695          Error("InitAnalysis", "Found illegal circular dependencies between following tasks:");
 696          PrintStatus("dep");
 697          return kFALSE;
 698       }
 699    }
 700    // Check that all containers feeding post-event loop tasks are in the outputs list
 701    TIter nextcont(fContainers); // loop over all containers
 702    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer*)nextcont())) {
 703       if (!cont->IsPostEventLoop() && !fOutputs->FindObject(cont)) {
 704          if (cont->HasConsumers()) {
 705          // Check if one of the consumers is post event loop
 706             TIter nextconsumer(cont->GetConsumers());
 707             while ((task=(AliAnalysisTask*)nextconsumer())) {
 708                if (task->IsPostEventLoop()) {
 709                   fOutputs->Add(cont);
 710                   break;
 711                }
 712             }
 713          }
 714       }
 715    }
 716    fInitOK = kTRUE;
 717    return kTRUE;
 718 }
 719
 720 //______________________________________________________________________________
 721 void AliAnalysisManager::PrintStatus(Option_t *option) const
 722 {
 723 // Print task hierarchy.
 724    if (!fInitOK) {
 725       Info("PrintStatus", "Analysis manager %s not initialized : call InitAnalysis() first", GetName());
 726       return;
 727    }
 728    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
 729    if (getsysInfo)
 730       Info("PrintStatus", "System information will be collected each %lld events", fNSysInfo);
 731    TIter next(fTopTasks);
 732    AliAnalysisTask *task;
 733    while ((task=(AliAnalysisTask*)next()))
 734       task->PrintTask(option);
 735 }
 736
 737 //______________________________________________________________________________
 738 void AliAnalysisManager::ResetAnalysis()
 739 {
 740 // Reset all execution flags and clean containers.
 741    CleanContainers();
 742 }
 743
 744 //______________________________________________________________________________
 745 void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree *tree, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
 746 {
 747 // Start analysis for this manager. Analysis task can be: LOCAL, PROOF or GRID.
 748 // Process nentries starting from firstentry
 749    if (!fInitOK) {
 750       Error("StartAnalysis","Analysis manager was not initialized !");
 751       return;
 752    }
 753    if (fDebug>1) {
 754       cout << "StartAnalysis: " << GetName() << endl;
 755    }
 756    TString anaType = type;
 757    anaType.ToLower();
 758    fMode = kLocalAnalysis;
 759    if (tree) {
 760       if (anaType.Contains("proof"))     fMode = kProofAnalysis;
 761       else if (anaType.Contains("grid")) fMode = kGridAnalysis;
 762    }
 763    if (fMode == kGridAnalysis) {
 764       Warning("StartAnalysis", "GRID analysis mode not implemented. Running local.");
 765       fMode = kLocalAnalysis;
 766    }
 767    char line[256];
 768    SetEventLoop(kFALSE);
 769    // Disable all branches if requested and set event loop mode
 770    if (tree) {
 771       if (TestBit(kDisableBranches)) {
 772          printf("Disabling all branches...\n");
 773 //         tree->SetBranchStatus("*",0); // not yet working
 774       }
 775       SetEventLoop(kTRUE);
 776    }
 777
 778    TChain *chain = 0;
 779    TString ttype = "TTree";
 780    if (tree->IsA() == TChain::Class()) {
 781       chain = (TChain*)tree;
 782       ttype = "TChain";
 783    }
 784
 785    // Initialize locally all tasks
 786    TIter next(fTasks);
 787    AliAnalysisTask *task;
 788    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 789       task->LocalInit();
 790    }
 791
 792    switch (fMode) {
 793       case kLocalAnalysis:
 794          if (!tree) {
 795             TIter next(fTasks);
 796             AliAnalysisTask *task;
 797             // Call CreateOutputObjects for all tasks
 798             while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 799                TDirectory *curdir = gDirectory;
 800                task->CreateOutputObjects();
 801                if (curdir) curdir->cd();
 802             }
 803             ExecAnalysis();
 804             Terminate();
 805             return;
 806          }
 807          // Run tree-based analysis via AliAnalysisSelector
 808          cout << "===== RUNNING LOCAL ANALYSIS " << GetName() << " ON TREE " << tree->GetName() << endl;
 809          sprintf(line, "AliAnalysisSelector *selector = new AliAnalysisSelector((AliAnalysisManager*)0x%lx);",(ULong_t)this);
 810          gROOT->ProcessLine(line);
 811          sprintf(line, "((%s*)0x%lx)->Process(selector, \"\",%lld, %lld);",ttype.Data(),(ULong_t)tree, nentries, firstentry);
 812          gROOT->ProcessLine(line);
 813          break;
 814       case kProofAnalysis:
 815          if (!gROOT->GetListOfProofs() || !gROOT->GetListOfProofs()->GetEntries()) {
 816             printf("StartAnalysis: no PROOF!!!\n");
 817             return;
 818          }
 819          sprintf(line, "gProof->AddInput((TObject*)0x%lx);", (ULong_t)this);
 820          gROOT->ProcessLine(line);
 821          if (chain) {
 822             chain->SetProof();
 823             cout << "===== RUNNING PROOF ANALYSIS " << GetName() << " ON CHAIN " << chain->GetName() << endl;
 824             chain->Process("AliAnalysisSelector", "", nentries, firstentry);
 825          } else {
 826             printf("StartAnalysis: no chain\n");
 827             return;
 828          }
 829          break;
 830       case kGridAnalysis:
 831          Warning("StartAnalysis", "GRID analysis mode not implemented. Running local.");
 832    }
 833 }
 834
 835 //______________________________________________________________________________
 836 void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, const char *dataset, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
 837 {
 838 // Start analysis for this manager on a given dataset. Analysis task can be:
 839 // LOCAL, PROOF or GRID. Process nentries starting from firstentry.
 840    if (!fInitOK) {
 841       Error("StartAnalysis","Analysis manager was not initialized !");
 842       return;
 843    }
 844    if (fDebug>1) {
 845       cout << "StartAnalysis: " << GetName() << endl;
 846    }
 847    TString anaType = type;
 848    anaType.ToLower();
 849    if (!anaType.Contains("proof")) {
 850       Error("Cannot process datasets in %s mode. Try PROOF.", type);
 851       return;
 852    }
 853    fMode = kProofAnalysis;
 854    char line[256];
 855    SetEventLoop(kTRUE);
 856    // Set the dataset flag
 857    TObject::SetBit(kUseDataSet);
 858    fTree = 0;
 859
 860    // Initialize locally all tasks
 861    TIter next(fTasks);
 862    AliAnalysisTask *task;
 863    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 864       task->LocalInit();
 865    }
 866
 867    if (!gROOT->GetListOfProofs() || !gROOT->GetListOfProofs()->GetEntries()) {
 868       printf("StartAnalysis: no PROOF!!!\n");
 869       return;
 870    }
 871    sprintf(line, "gProof->AddInput((TObject*)0x%lx);", (ULong_t)this);
 872    gROOT->ProcessLine(line);
 873    sprintf(line, "gProof->GetDataSet(\"%s\");", dataset);
 874    if (!gROOT->ProcessLine(line)) {
 875       Error("StartAnalysis", "Dataset %s not found", dataset);
 876       return;
 877    }
 878    sprintf(line, "gProof->Process(\"%s\", \"AliAnalysisSelector\", \"\", %lld, %lld);",
 879            dataset, nentries, firstentry);
 880    cout << "===== RUNNING PROOF ANALYSIS " << GetName() << " ON DATASET " << dataset << endl;
 881    gROOT->ProcessLine(line);
 882 }
 883
 884 //______________________________________________________________________________
 885 void AliAnalysisManager::ExecAnalysis(Option_t *option)
 886 {
 887 // Execute analysis.
 888    static Long64_t ncalls = 0;
 889    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
 890    if (getsysInfo && ncalls==0) AliSysInfo::AddStamp("Start", (Int_t)ncalls);
 891    ncalls++;
 892    if (!fInitOK) {
 893      Error("ExecAnalysis", "Analysis manager was not initialized !");
 894       return;
 895    }
 896    AliAnalysisTask *task;
 897    // Check if the top tree is active.
 898    if (fTree) {
 899       TIter next(fTasks);
 900    // De-activate all tasks
 901       while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) task->SetActive(kFALSE);
 902       AliAnalysisDataContainer *cont = (AliAnalysisDataContainer*)fInputs->At(0);
 903       if (!cont) {
 904               Error("ExecAnalysis","Cannot execute analysis in TSelector mode without at least one top container");
 905          return;
 906       }
 907       cont->SetData(fTree); // This will notify all consumers
 908       Long64_t entry = fTree->GetTree()->GetReadEntry();
 909
 910 //
 911 //    Call BeginEvent() for optional input/output and MC services
 912       if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(entry);
 913       if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(entry);
 914       if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(entry);
 915 //
 916 //    Execute the tasks
 917       TIter next1(cont->GetConsumers());
 918       while ((task=(AliAnalysisTask*)next1())) {
 919          if (fDebug >1) {
 920             cout << "    Executing task " << task->GetName() << endl;
 921          }
 922
 923          task->ExecuteTask(option);
 924       }
 925 //
 926 //    Call FinishEvent() for optional output and MC services
 927       if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->FinishEvent();
 928       if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->FinishEvent();
 929       if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->FinishEvent();
 930       // Gather system information if requested
 931       if (getsysInfo && ((ncalls%fNSysInfo)==0))
 932          AliSysInfo::AddStamp(Form("Event#%lld",ncalls),(Int_t)ncalls);
 933       return;
 934    }
 935    // The event loop is not controlled by TSelector
 936 //
 937 //  Call BeginEvent() for optional input/output and MC services
 938    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(-1);
 939    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(-1);
 940    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(-1);
 941    TIter next2(fTopTasks);
 942    while ((task=(AliAnalysisTask*)next2())) {
 943       task->SetActive(kTRUE);
 944       if (fDebug > 1) {
 945          cout << "    Executing task " << task->GetName() << endl;
 946       }
 947       task->ExecuteTask(option);
 948    }
 949 //
 950 // Call FinishEvent() for optional output and MC services
 951    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->FinishEvent();
 952    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->FinishEvent();
 953    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->FinishEvent();
 954 }
 955
 956 //______________________________________________________________________________
 957 void AliAnalysisManager::FinishAnalysis()
 958 {
 959 // Finish analysis.
 960 }