EMCAL/AliEMCALClusterizerv1.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Dmitri Peressounko (SUBATECH & Kurchatov Institute)
  19 //  August 2002 Yves Schutz: clone PHOS as closely as possible and intoduction
  20 //                           of new  IO (à la PHOS)
  21 //  Mar 2007, Aleksei Pavlinov - new algoritmh of pseudo clusters
  22 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  23 //  Clusterization class. Performs clusterization (collects neighbouring active cells) and
  24 //  unfolds the clusters having several local maxima.
  25 //  Results are stored in TreeR#, branches EMCALTowerRP (EMC recPoints),
  26 //  EMCALPreShoRP (CPV RecPoints) and AliEMCALClusterizer (Clusterizer with all
  27 //  parameters including input digits branch title, thresholds etc.)
  28 //  This TTask is normally called from Reconstructioner, but can as well be used in
  29 //  standalone mode.
  30 // Use Case:
  31 //  root [0] AliEMCALClusterizerv1 * cl = new AliEMCALClusterizerv1("galice.root")
  32 //  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
  33 //               //reads gAlice from header file "..."
  34 //  root [1] cl->ExecuteTask()
  35 //               //finds RecPoints in all events stored in galice.root
  36 //  root [2] cl->SetDigitsBranch("digits2")
  37 //               //sets another title for Digitis (input) branch
  38 //  root [3] cl->SetRecPointsBranch("recp2")
  39 //               //sets another title four output branches
  40 //  root [4] cl->SetTowerLocalMaxCut(0.03)
  41 //               //set clusterization parameters
  42 //  root [5] cl->ExecuteTask("deb all time")
  43 //               //once more finds RecPoints options are
  44 //               // deb - print number of found rec points
  45 //               // deb all - print number of found RecPoints and some their characteristics
  46 //               // time - print benchmarking results
  47
  48 // --- ROOT system ---
  49 #include <cassert>
  50
  51 class TROOT;
  52 #include <TH1.h>
  53 #include <TFile.h>
  54 class TFolder;
  55 #include <TMath.h>
  56 #include <TMinuit.h>
  57 #include <TTree.h>
  58 class TSystem;
  59 #include <TBenchmark.h>
  60 #include <TBrowser.h>
  61 #include <TROOT.h>
  62
  63 // --- Standard library ---
  64
  65
  66 // --- AliRoot header files ---
  67 #include "AliRunLoader.h"
  68 #include "AliRun.h"
  69 #include "AliESD.h"
  70 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  71 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  72 #include "AliEMCALDigit.h"
  73 #include "AliEMCALDigitizer.h"
  74 #include "AliEMCAL.h"
  75 #include "AliEMCALGeometry.h"
  76 #include "AliEMCALHistoUtilities.h"
  77 #include "AliEMCALRecParam.h"
  78 #include "AliEMCALReconstructor.h"
  79 #include "AliCDBManager.h"
  80
  81 class AliCDBStorage;
  82 #include "AliCDBEntry.h"
  83
  84 ClassImp(AliEMCALClusterizerv1)
  85
  86 //____________________________________________________________________________
  87 AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1()
  88   : AliEMCALClusterizer(),
  89     fHists(0),fPointE(0),fPointL1(0),fPointL2(0),
  90     fPointDis(0),fPointMult(0),fDigitAmp(0),fMaxE(0),
  91     fMaxL1(0),fMaxL2(0),fMaxDis(0),fGeom(0),
  92     fDefaultInit(kFALSE),
  93     fToUnfold(kFALSE),
  94     fNumberOfECAClusters(0),fNTowerInGroup(0),fCalibData(0),
  95     fADCchannelECA(0.),fADCpedestalECA(0.),fECAClusteringThreshold(0.),fECALocMaxCut(0.),
  96     fECAW0(0.),fTimeCut(0.),fMinECut(0.)
  97 {
  98   // ctor with the indication of the file where header Tree and digits Tree are stored
  99
 100   InitParameters() ;
 101   Init() ;
 102 }
 103
 104 //____________________________________________________________________________
 105   AliEMCALClusterizerv1::~AliEMCALClusterizerv1()
 106 {
 107   // dtor
 108 }
 109
 110 //____________________________________________________________________________
 111 Float_t  AliEMCALClusterizerv1::Calibrate(Int_t amp, Int_t AbsId)
 112 {
 113
 114   // Convert digitized amplitude into energy.
 115   // Calibration parameters are taken from calibration data base for raw data,
 116   // or from digitizer parameters for simulated data.
 117
 118   if(fCalibData){
 119
 120     if (fGeom==0)
 121       AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader") ;
 122
 123     Int_t iSupMod = -1;
 124     Int_t nModule  = -1;
 125     Int_t nIphi   = -1;
 126     Int_t nIeta   = -1;
 127     Int_t iphi    = -1;
 128     Int_t ieta    = -1;
 129
 130     Bool_t bCell = fGeom->GetCellIndex(AbsId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
 131     if(!bCell) {
 132       fGeom->PrintGeometry();
 133       Error("Calibrate()"," Wrong cell id number : %i", AbsId);
 134       assert(0);
 135     }
 136
 137     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
 138
 139     fADCchannelECA  = fCalibData->GetADCchannel (iSupMod,ieta,iphi);
 140     fADCpedestalECA = fCalibData->GetADCpedestal(iSupMod,ieta,iphi);
 141
 142    return -fADCpedestalECA + amp * fADCchannelECA ;
 143
 144   }
 145   else //Return energy with default parameters if calibration is not available
 146     return -fADCpedestalECA + amp * fADCchannelECA ;
 147
 148 }
 149
 150 //____________________________________________________________________________
 151 void AliEMCALClusterizerv1::Digits2Clusters(Option_t * option)
 152 {
 153   // Steering method to perform clusterization for the current event
 154   // in AliEMCALLoader
 155
 156   if(strstr(option,"tim"))
 157     gBenchmark->Start("EMCALClusterizer");
 158
 159   if(strstr(option,"print"))
 160     Print("") ;
 161
 162   //Get calibration parameters from file or digitizer default values.
 163   GetCalibrationParameters() ;
 164
 165
 166   fNumberOfECAClusters = 0;
 167
 168   if(strstr(option,"pseudo"))
 169     MakeClusters("pseudo") ;  //both types
 170   else
 171     MakeClusters("") ;  //only the real clusters
 172
 173   if(fToUnfold)
 174     MakeUnfolding() ;
 175
 176   Int_t index ;
 177
 178   //Evaluate position, dispersion and other RecPoint properties for EC section
 179   for(index = 0; index < fRecPoints->GetEntries(); index++) {
 180     if (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(index))->GetClusterType() != AliESDCaloCluster::kPseudoCluster)
 181       dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(index))->EvalAll(fECAW0,fDigitsArr) ;
 182   }
 183
 184   fRecPoints->Sort() ;
 185
 186   for(index = 0; index < fRecPoints->GetEntries(); index++) {
 187     (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(index)))->SetIndexInList(index) ;
 188     (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(index)))->Print();
 189   }
 190
 191   fTreeR->Fill();
 192
 193   if(strstr(option,"deb") || strstr(option,"all"))
 194     PrintRecPoints(option) ;
 195
 196   AliDebug(1,Form("EMCAL Clusterizer found %d Rec Points",fRecPoints->GetEntriesFast()));
 197
 198   if(strstr(option,"tim")){
 199     gBenchmark->Stop("EMCALClusterizer");
 200     printf("Exec took %f seconds for Clusterizing",
 201            gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer"));
 202   }
 203 }
 204
 205 //____________________________________________________________________________
 206 Bool_t AliEMCALClusterizerv1::FindFit(AliEMCALRecPoint * emcRP, AliEMCALDigit ** maxAt, Float_t * maxAtEnergy,
 207                                     Int_t nPar, Float_t * fitparameters) const
 208 {
 209   // Calls TMinuit to fit the energy distribution of a cluster with several maxima
 210   // The initial values for fitting procedure are set equal to the positions of local maxima.
 211   // Cluster will be fitted as a superposition of nPar/3 electromagnetic showers
 212
 213   gMinuit->mncler();                     // Reset Minuit's list of paramters
 214   gMinuit->SetPrintLevel(-1) ;           // No Printout
 215   gMinuit->SetFCN(AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare) ;
 216                                          // To set the address of the minimization function
 217   TList * toMinuit = new TList();
 218   toMinuit->AddAt(emcRP,0) ;
 219   toMinuit->AddAt(fDigitsArr,1) ;
 220
 221   gMinuit->SetObjectFit(toMinuit) ;         // To tranfer pointer to UnfoldingChiSquare
 222
 223   // filling initial values for fit parameters
 224   AliEMCALDigit * digit ;
 225
 226   Int_t ierflg  = 0;
 227   Int_t index   = 0 ;
 228   Int_t nDigits = (Int_t) nPar / 3 ;
 229
 230   Int_t iDigit ;
 231
 232   for(iDigit = 0; iDigit < nDigits; iDigit++){
 233     digit = maxAt[iDigit];
 234
 235     Float_t x = 0.;
 236     Float_t z = 0.;
 237     //   have to be tune for TRD1; May 31,06
 238     //   Int_t relid[2] ;
 239     //   fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ; // obsolete method
 240     //   fGeom->PosInAlice(relid, x, z) ;                  // obsolete method
 241
 242     Float_t energy = maxAtEnergy[iDigit] ;
 243
 244     gMinuit->mnparm(index, "x",  x, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
 245     index++ ;
 246     if(ierflg != 0){
 247       Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : x = %f",  x ) ;
 248       return kFALSE;
 249     }
 250     gMinuit->mnparm(index, "z",  z, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
 251     index++ ;
 252     if(ierflg != 0){
 253        Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : z = %f", z) ;
 254       return kFALSE;
 255     }
 256     gMinuit->mnparm(index, "Energy",  energy , 0.05*energy, 0., 4.*energy, ierflg) ;
 257     index++ ;
 258     if(ierflg != 0){
 259      Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : energy = %f", energy) ;
 260       return kFALSE;
 261     }
 262   }
 263
 264   Double_t p0 = 0.1 ; // "Tolerance" Evaluation stops when EDM = 0.0001*p0 ; The number of function call slightly
 265                       //  depends on it.
 266   Double_t p1 = 1.0 ;
 267   Double_t p2 = 0.0 ;
 268
 269   gMinuit->mnexcm("SET STR", &p2, 0, ierflg) ;   // force TMinuit to reduce function calls
 270   gMinuit->mnexcm("SET GRA", &p1, 1, ierflg) ;   // force TMinuit to use my gradient
 271   gMinuit->SetMaxIterations(5);
 272   gMinuit->mnexcm("SET NOW", &p2 , 0, ierflg) ;  // No Warnings
 273
 274   gMinuit->mnexcm("MIGRAD", &p0, 0, ierflg) ;    // minimize
 275
 276   if(ierflg == 4){  // Minimum not found
 277     Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Fit not converged, cluster abandoned " ) ;
 278     return kFALSE ;
 279   }
 280   for(index = 0; index < nPar; index++){
 281     Double_t err ;
 282     Double_t val ;
 283     gMinuit->GetParameter(index, val, err) ;    // Returns value and error of parameter index
 284     fitparameters[index] = val ;
 285    }
 286
 287   delete toMinuit ;
 288   return kTRUE;
 289
 290 }
 291
 292 //____________________________________________________________________________
 293 void AliEMCALClusterizerv1::GetCalibrationParameters()
 294 {
 295   // Set calibration parameters:
 296   // if calibration database exists, they are read from database,
 297   // otherwise, they are taken from digitizer.
 298   //
 299   // It is a user responsilibity to open CDB before reconstruction,
 300   // for example:
 301   // AliCDBStorage* storage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage("local://CalibDB");
 302
 303   //Check if calibration is stored in data base
 304
 305   if(!fCalibData && (AliCDBManager::Instance()->IsDefaultStorageSet()))
 306     {
 307       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 308         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 309       if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 310     }
 311
 312   if(!fCalibData)
 313     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 314
 315   //  Please fix it!! Or better just remove it...
 316 //    if(!fCalibData)
 317 //      {
 318 //        //If calibration is not available use default parameters
 319 //        //Loader
 320 //        if ( !emcalLoader->Digitizer() )
 321 //       emcalLoader->LoadDigitizer();
 322 //        AliEMCALDigitizer * dig = dynamic_cast<AliEMCALDigitizer*>(emcalLoader->Digitizer());
 323
 324 //        fADCchannelECA   = dig->GetECAchannel() ;
 325 //        fADCpedestalECA  = dig->GetECApedestal();
 326 //      }
 327 }
 328
 329 //____________________________________________________________________________
 330 void AliEMCALClusterizerv1::Init()
 331 {
 332   // Make all memory allocations which can not be done in default constructor.
 333   // Attach the Clusterizer task to the list of EMCAL tasks
 334
 335   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::GetRunLoader();
 336   if (rl->GetAliRun() && rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))
 337     fGeom = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))->GetGeometry();
 338   else
 339     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaulGeometryName());
 340
 341   fGeom->GetTransformationForSM(); // Global <-> Local
 342   AliInfo(Form("geom 0x%x",fGeom));
 343
 344   if(!gMinuit)
 345     gMinuit = new TMinuit(100) ;
 346
 347   fHists = BookHists();
 348 }
 349
 350 //____________________________________________________________________________
 351 void AliEMCALClusterizerv1::InitParameters()
 352 {
 353   // Initializes the parameters for the Clusterizer
 354   fNumberOfECAClusters = 0;
 355
 356   fNTowerInGroup = 36;  //Produces maximum of 80 pseudoclusters per event
 357
 358   fECALocMaxCut = 0.03; // ??
 359
 360   fTimeCut = 300e-9 ; // 300 ns time cut (to be tuned)
 361   fToUnfold = kFALSE ;
 362
 363   fCalibData               = 0 ;
 364
 365   const AliEMCALRecParam* recParam = AliEMCALReconstructor::GetRecParam();
 366   if(!recParam) {
 367     AliFatal("Reconstruction parameters for EMCAL not set!");
 368   }
 369   else {
 370     fECAClusteringThreshold = recParam->GetClusteringThreshold();
 371     fECAW0                  = recParam->GetW0();
 372     fMinECut                = recParam->GetMinECut();
 373     AliDebug(1,Form("Reconstruction parameters: fECAClusteringThreshold=%.3f, fECAW=%.3f, fMinECut=%.3f",
 374                  fECAClusteringThreshold,fECAW0,fMinECut));
 375   }
 376
 377 }
 378
 379 //____________________________________________________________________________
 380 Int_t AliEMCALClusterizerv1::AreNeighbours(AliEMCALDigit * d1, AliEMCALDigit * d2) const
 381 {
 382   // Gives the neighbourness of two digits = 0 are not neighbour ; continue searching
 383   //                                       = 1 are neighbour
 384   //                                       = 2 is in different SM; continue searching
 385   // neighbours are defined as digits having at least a common vertex
 386   // The order of d1 and d2 is important: first (d1) should be a digit already in a cluster
 387   //                                      which is compared to a digit (d2)  not yet in a cluster
 388
 389   static Int_t rv;
 390   static Int_t nSupMod1=0, nModule1=0, nIphi1=0, nIeta1=0, iphi1=0, ieta1=0;
 391   static Int_t nSupMod2=0, nModule2=0, nIphi2=0, nIeta2=0, iphi2=0, ieta2=0;
 392   static Int_t rowdiff, coldiff;
 393   rv = 0 ;
 394
 395   fGeom->GetCellIndex(d1->GetId(), nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1);
 396   fGeom->GetCellIndex(d2->GetId(), nSupMod2,nModule2,nIphi2,nIeta2);
 397   if(nSupMod1 != nSupMod2) return 2; // different SM
 398
 399   fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1, iphi1,ieta1);
 400   fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod2,nModule2,nIphi2,nIeta2, iphi2,ieta2);
 401
 402   rowdiff = TMath::Abs(iphi1 - iphi2);
 403   coldiff = TMath::Abs(ieta1 - ieta2) ;
 404
 405   // neighbours with at least commom side; May 11, 2007
 406   if ((coldiff==0 && abs(rowdiff)==1) || (rowdiff==0 && abs(coldiff)==1)) rv = 1;
 407
 408   if (gDebug == 2 && rv==1)
 409   printf("AreNeighbours: neighbours=%d, id1=%d, relid1=%d,%d \n id2=%d, relid2=%d,%d \n",
 410          rv, d1->GetId(), iphi1,ieta1, d2->GetId(), iphi2,ieta2);
 411
 412   return rv ;
 413 }
 414
 415 //____________________________________________________________________________
 416 Int_t AliEMCALClusterizerv1::AreInGroup(AliEMCALDigit * d1, AliEMCALDigit * d2) const
 417 {
 418   // Tells whether two digits fall within the same supermodule and
 419   // tower grouping.  The number of towers in a group is controlled by
 420   // the parameter nTowersInGroup
 421   //    = 0 are not in same group but continue searching
 422   //    = 1 same group
 423   //    = 2 is in different SM, quit from searching
 424   //    = 3 different tower group, quit from searching
 425   //
 426   // The order of d1 and d2 is important: first (d1) should be a digit
 427   // already in a cluster which is compared to a digit (d2)  not yet in a cluster
 428
 429   //JLK Question: does the quit from searching assume that the digits
 430   //are ordered, so that once you are in a different SM, you'll not
 431   //find another in the list that will match?  How about my TowerGroup search?
 432
 433   static Int_t rv;
 434   static Int_t nSupMod1=0, nModule1=0, nIphi1=0, nIeta1=0, iphi1=0, ieta1=0;
 435   static Int_t nSupMod2=0, nModule2=0, nIphi2=0, nIeta2=0, iphi2=0, ieta2=0;
 436   static Int_t towerGroup1 = -1, towerGroup2 = -1;
 437   rv = 0 ;
 438
 439   fGeom->GetCellIndex(d1->GetId(), nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1);
 440   fGeom->GetCellIndex(d2->GetId(), nSupMod2,nModule2,nIphi2,nIeta2);
 441   if(nSupMod1 != nSupMod2) return 2; // different SM
 442
 443   static Int_t nTowerInSM = fGeom->GetNCellsInSupMod()/fGeom->GetNCellsInModule();
 444
 445   //figure out which tower grouping each digit belongs to
 446   for(int it = 0; it < nTowerInSM/fNTowerInGroup; it++) {
 447     if(nModule1 <= nTowerInSM - it*fNTowerInGroup) towerGroup1 = it;
 448     if(nModule2 <= nTowerInSM - it*fNTowerInGroup) towerGroup2 = it;
 449   }
 450   if(towerGroup1 != towerGroup2) return 3; //different Towergroup
 451
 452   //same SM, same towergroup, we're happy
 453   if(towerGroup1 == towerGroup2 && towerGroup2 >= 0)
 454     rv = 1;
 455
 456   if (gDebug == 2 && rv==1)
 457   printf("AreInGroup: neighbours=%d, id1=%d, relid1=%d,%d \n id2=%d, relid2=%d,%d \n",
 458          rv, d1->GetId(), iphi1,ieta1, d2->GetId(), iphi2,ieta2);
 459
 460   return rv ;
 461 }
 462
 463 //____________________________________________________________________________
 464 void AliEMCALClusterizerv1::MakeClusters(char* option)
 465 {
 466   // Steering method to construct the clusters stored in a list of Reconstructed Points
 467   // A cluster is defined as a list of neighbour digits
 468   // Mar 03, 2007 by PAI
 469
 470   if (fGeom==0) AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
 471
 472   fRecPoints->Clear();
 473
 474   // Set up TObjArray with pointers to digits to work on
 475   TObjArray *digitsC = new TObjArray();
 476   TIter nextdigit(fDigitsArr);
 477   AliEMCALDigit *digit;
 478   while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(nextdigit())) ) {
 479     digitsC->AddLast(digit);
 480   }
 481
 482   //Start with pseudoclusters, if option
 483   if(strstr(option,"pseudo")) {
 484     //
 485     // New algorithm : will be created one pseudo cluster per module
 486     //
 487     AliDebug(1,Form("Pseudo clustering #digits : %i ",fDigitsArr->GetEntries()));
 488
 489     AliEMCALRecPoint *recPoints[12]; // max size is 12 : see fGeom->GetNumberOfSuperModules();
 490     for(int i=0; i<12; i++) recPoints[i] = 0;
 491     TIter nextdigitC(digitsC) ;
 492
 493     // PseudoClusterization starts
 494     int nSM = 0; // # of SM
 495     while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigitC())) ) { // scan over the list of digitsC
 496       if(fGeom->CheckAbsCellId(digit->GetId()) ) { //Is this an EMCAL digit? Just maing sure...
 497         nSM = fGeom->GetSuperModuleNumber(digit->GetId());
 498         if(recPoints[nSM] == 0) {
 499           recPoints[nSM] = new AliEMCALRecPoint(Form("PC%2.2i", nSM));
 500           recPoints[nSM]->SetClusterType(AliESDCaloCluster::kPseudoCluster);
 501         }
 502         recPoints[nSM]->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId()));
 503       }
 504     }
 505     fNumberOfECAClusters = 0;
 506     for(int i=0; i<fGeom->GetNumberOfSuperModules(); i++) { // put non empty rec.points to container
 507       if(recPoints[i]) fRecPoints->AddAt(recPoints[i], fNumberOfECAClusters++);
 508     }
 509     AliDebug(1,Form(" Number of PC %d ", fNumberOfECAClusters));
 510   }
 511
 512   //
 513   // Now do real clusters
 514   //
 515
 516   double e = 0.0, ehs = 0.0;
 517   TIter nextdigitC(digitsC);
 518
 519   while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigitC())) ) { // clean up digits
 520     e = Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId());
 521     AliEMCALHistoUtilities::FillH1(fHists, 10, digit->GetAmp());
 522     AliEMCALHistoUtilities::FillH1(fHists, 11, e);
 523     if ( e < fMinECut || digit->GetTimeR() > fTimeCut )
 524       digitsC->Remove(digit);
 525     else
 526       ehs += e;
 527   }
 528   AliDebug(1,Form("MakeClusters: Number of digits %d  -> (e %f), ehs %d\n",
 529                   fDigitsArr->GetEntries(),fMinECut,ehs));
 530
 531   nextdigitC.Reset();
 532
 533   while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigitC())) ) { // scan over the list of digitsC
 534     TArrayI clusterECAdigitslist(fDigitsArr->GetEntries());
 535
 536     if(fGeom->CheckAbsCellId(digit->GetId()) && (Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId()) > fECAClusteringThreshold  ) ){
 537       // start a new Tower RecPoint
 538       if(fNumberOfECAClusters >= fRecPoints->GetSize()) fRecPoints->Expand(2*fNumberOfECAClusters+1) ;
 539       AliEMCALRecPoint *recPoint = new  AliEMCALRecPoint("") ;
 540       fRecPoints->AddAt(recPoint, fNumberOfECAClusters) ;
 541       recPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(fNumberOfECAClusters)) ;
 542       fNumberOfECAClusters++ ;
 543
 544       recPoint->SetClusterType(AliESDCaloCluster::kClusterv1);
 545
 546       recPoint->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId())) ;
 547       TObjArray clusterDigits;
 548       clusterDigits.AddLast(digit);
 549       digitsC->Remove(digit) ;
 550
 551       AliDebug(1,Form("MakeClusters: OK id = %d, ene = %f , cell.th. = %f \n", digit->GetId(),
 552       Calibrate(digit->GetAmp(),digit->GetId()), fECAClusteringThreshold));
 553
 554       // Grow cluster by finding neighbours
 555       TIter nextClusterDigit(&clusterDigits);
 556       while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(nextClusterDigit())) ) { // scan over digits in cluster
 557         TIter nextdigitN(digitsC);
 558         AliEMCALDigit *digitN = 0; // digi neighbor
 559         while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigitN()) ) { // scan over all digits to look for neighbours
 560           if (AreNeighbours(digit, digitN)==1) {      // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!!
 561             recPoint->AddDigit(*digitN, Calibrate(digitN->GetAmp(),digitN->GetId()) ) ;
 562             clusterDigits.AddLast(digitN) ;
 563             digitsC->Remove(digitN) ;
 564           } // if(ineb==1)
 565         } // scan over digits
 566       } // scan over digits already in cluster
 567       if(recPoint)
 568         AliDebug(2,Form("MakeClusters: %d digitd, energy %f \n", clusterDigits.GetEntries(), recPoint->GetEnergy()));
 569     } // If seed found
 570   } // while digit
 571
 572   delete digitsC ;
 573
 574   AliDebug(1,Form("total no of clusters %d from %d digits",fNumberOfECAClusters,fDigitsArr->GetEntriesFast()));
 575 }
 576
 577 void AliEMCALClusterizerv1::MakeUnfolding() const
 578 {
 579   Fatal("AliEMCALClusterizerv1::MakeUnfolding", "--> Unfolding not implemented") ;
 580 }
 581
 582 //____________________________________________________________________________
 583 Double_t  AliEMCALClusterizerv1::ShowerShape(Double_t r)
 584 {
 585   // Shape of the shower (see EMCAL TDR)
 586   // If you change this function, change also the gradient evaluation in ChiSquare()
 587
 588   Double_t r4    = r*r*r*r ;
 589   Double_t r295  = TMath::Power(r, 2.95) ;
 590   Double_t shape = TMath::Exp( -r4 * (1. / (2.32 + 0.26 * r4) + 0.0316 / (1 + 0.0652 * r295) ) ) ;
 591   return shape ;
 592 }
 593
 594 //____________________________________________________________________________
 595 void  AliEMCALClusterizerv1::UnfoldCluster(AliEMCALRecPoint * /*iniTower*/,
 596                                            Int_t /*nMax*/,
 597                                            AliEMCALDigit ** /*maxAt*/,
 598                                            Float_t * /*maxAtEnergy*/) const
 599 {
 600   // Performs the unfolding of a cluster with nMax overlapping showers
 601
 602   Fatal("UnfoldCluster", "--> Unfolding not implemented") ;
 603
 604 }
 605
 606 //_____________________________________________________________________________
 607 void AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & /*nPar*/, Double_t * /*Grad*/,
 608                                                Double_t & /*fret*/,
 609                                                Double_t * /*x*/, Int_t /*iflag*/)
 610 {
 611   // Calculates the Chi square for the cluster unfolding minimization
 612   // Number of parameters, Gradient, Chi squared, parameters, what to do
 613
 614   ::Fatal("UnfoldingChiSquare","Unfolding not implemented") ;
 615 }
 616 //____________________________________________________________________________
 617 void AliEMCALClusterizerv1::Print(Option_t * /*option*/)const
 618 {
 619   // Print clusterizer parameters
 620
 621   TString message("\n") ;
 622
 623   if( strcmp(GetName(), "") !=0 ){
 624
 625     // Print parameters
 626
 627     TString taskName(Version()) ;
 628
 629     printf("--------------- ");
 630     printf(taskName.Data()) ;
 631     printf(" ");
 632     printf("Clusterizing digits: ");
 633     printf("\n                       ECA Local Maximum cut    = %f", fECALocMaxCut);
 634     printf("\n                       ECA Logarithmic weight   = %f", fECAW0);
 635     if(fToUnfold)
 636       printf("\nUnfolding on\n");
 637     else
 638       printf("\nUnfolding off\n");
 639
 640     printf("------------------------------------------------------------------");
 641   }
 642   else
 643     printf("AliEMCALClusterizerv1 not initialized ") ;
 644 }
 645
 646 //____________________________________________________________________________
 647 void AliEMCALClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
 648 {
 649   // Prints list of RecPoints produced at the current pass of AliEMCALClusterizer
 650   if(strstr(option,"deb")) {
 651     printf("PrintRecPoints: Clusterization result:") ;
 652
 653     printf("           Found %d ECA Rec Points\n ",
 654          fRecPoints->GetEntriesFast()) ;
 655   }
 656
 657   if(strstr(option,"all")) {
 658     if(strstr(option,"deb")) {
 659       printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n") ;
 660       printf("Clusters in ECAL section\n") ;
 661       printf("Index    Ene(GeV) Multi Module     GX    GY   GZ  lX    lY   lZ   Dispersion Lambda 1   Lambda 2  # of prim  Primaries list\n") ;
 662     }
 663    Int_t index =0;
 664    Float_t maxE=0;
 665    Float_t maxL1=0;
 666    Float_t maxL2=0;
 667    Float_t maxDis=0;
 668
 669     AliEMCALHistoUtilities::FillH1(fHists, 12, double(fRecPoints->GetEntries()));
 670
 671     for (index = 0 ; index < fRecPoints->GetEntries() ; index++) {
 672       AliEMCALRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint * >(fRecPoints->At(index)) ;
 673       TVector3  globalpos;
 674       //rp->GetGlobalPosition(globalpos);
 675       TVector3  localpos;
 676       rp->GetLocalPosition(localpos);
 677       Float_t lambda[2];
 678       rp->GetElipsAxis(lambda);
 679       Int_t * primaries;
 680       Int_t nprimaries;
 681       primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
 682       if(strstr(option,"deb"))
 683       printf("\n%6d  %8.4f  %3d     %4.1f    %4.1f %4.1f  %4.1f %4.1f %4.1f    %4.1f   %4f  %4f    %2d     : ",
 684              rp->GetIndexInList(), rp->GetEnergy(), rp->GetMultiplicity(),
 685              globalpos.X(), globalpos.Y(), globalpos.Z(), localpos.X(), localpos.Y(), localpos.Z(),
 686              rp->GetDispersion(), lambda[0], lambda[1], nprimaries) ;
 687   /////////////
 688       if(rp->GetEnergy()>maxE){
 689               maxE=rp->GetEnergy();
 690               maxL1=lambda[0];
 691               maxL2=lambda[1];
 692               maxDis=rp->GetDispersion();
 693       }
 694       fPointE->Fill(rp->GetEnergy());
 695       fPointL1->Fill(lambda[0]);
 696       fPointL2->Fill(lambda[1]);
 697       fPointDis->Fill(rp->GetDispersion());
 698       fPointMult->Fill(rp->GetMultiplicity());
 699       /////////////
 700       if(strstr(option,"deb")){
 701         for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
 702           printf("%d ", primaries[iprimary] ) ;
 703         }
 704       }
 705     }
 706
 707       fMaxE->Fill(maxE);
 708       fMaxL1->Fill(maxL1);
 709       fMaxL2->Fill(maxL2);
 710       fMaxDis->Fill(maxDis);
 711
 712     if(strstr(option,"deb"))
 713     printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n");
 714   }
 715 }
 716 TList* AliEMCALClusterizerv1::BookHists()
 717 {
 718   //set up histograms for monitoring clusterizer performance
 719
 720   gROOT->cd();
 721
 722         fPointE = new TH1F("00_pointE","point energy", 2000, 0.0, 150.);
 723         fPointL1 = new TH1F("01_pointL1","point L1", 1000, 0.0, 3.);
 724         fPointL2 = new TH1F("02_pointL2","point L2", 1000, 0.0, 3.);
 725         fPointDis = new TH1F("03_pointDisp","point dispersion", 1000, 0.0, 10.);
 726         fPointMult = new TH1F("04_pointMult","#cell in point(cluster)", 101, -0.5, 100.5);
 727         fDigitAmp = new TH1F("05_digitAmp","Digit Amplitude", 2000, 0.0, 5000.);
 728         fMaxE = new TH1F("06_maxE","Max point energy", 2000, 0.0, 150.);
 729         fMaxL1 = new TH1F("07_maxL1","Largest (first) of eigenvalue of covariance matrix", 1000, 0.0, 3.);
 730         fMaxL2 = new TH1F("08_maxL2","Smalest (second) of eigenvalue of covariace matrix", 1000, 0.0, 3.);
 731         fMaxDis = new TH1F("09_maxDis","Point dispersion", 1000, 0.0, 10.); // 9
 732         //
 733         new TH1F("10_adcOfDigits","adc of digits(threshold control)", 1001, -0.5, 1000.5);   // 10
 734         new TH1F("11_energyOfDigits","energy of digits(threshold control)", 1000, 0.0, 1.);  // 11
 735         new TH1F("12_numberOfPoints","number of points(clusters)", 101, -0.5, 100.5);        // 12
 736
 737   return AliEMCALHistoUtilities::MoveHistsToList("EmcalClusterizerv1ControlHists", kFALSE);
 738 }
 739
 740 void AliEMCALClusterizerv1::SaveHists(const char *fn)
 741 {
 742   AliEMCALHistoUtilities::SaveListOfHists(fHists, fn, kTRUE);
 743 }
 744
 745 void  AliEMCALClusterizerv1::PrintRecoInfo()
 746 {
 747   printf(" AliEMCALClusterizerv1::PrintRecoInfo() : version %s \n", Version() );
 748   TH1F *h = (TH1F*)fHists->At(12);
 749   if(h) {
 750     printf(" ## Multiplicity of RecPoints ## \n");
 751     for(int i=1; i<=h->GetNbinsX(); i++) {
 752       int nbin = int((*h)[i]);
 753       int mult = int(h->GetBinCenter(i));
 754       if(nbin > 0) printf(" %i : %5.5i %6.3f %% \n", mult, nbin, 100.*nbin/h->GetEntries());
 755     }
 756   }
 757 }
 758
 759 void AliEMCALClusterizerv1::DrawLambdasHists()
 760 {
 761   if(fMaxL1) {
 762     fMaxL1->Draw();
 763     if(fMaxL2) fMaxL2->Draw("same");
 764     if(fMaxDis) {
 765       fMaxDis->Draw("same");
 766     }
 767   }
 768 }