EMCAL/AliEMCALClusterizerv1.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17 /* $Log:
  18    1 October 2000. Yuri Kharlov:
  19      AreNeighbours()
  20      PPSD upper layer is considered if number of layers>1
  21    18 October 2000. Yuri Kharlov:
  22      AliEMCALClusterizerv1()
  23      CPV clusterizing parameters added
  24      MakeClusters()
  25      After first PPSD digit remove EMC digits only once
  26 */
  27 //*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Dmitri Peressounko (SUBATECH & Kurchatov Institute)
  28 //  August 2002 Yves Schutz: clone PHOS as closely as possible and intoduction
  29 //                           of new  IO (à la PHOS)
  30 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  31 //  Clusterization class. Performs clusterization (collects neighbouring active cells) and
  32 //  unfolds the clusters having several local maxima.
  33 //  Results are stored in TreeR#, branches EMCALTowerRP (EMC recPoints),
  34 //  EMCALPreShoRP (CPV RecPoints) and AliEMCALClusterizer (Clusterizer with all
  35 //  parameters including input digits branch title, thresholds etc.)
  36 //  This TTask is normally called from Reconstructioner, but can as well be used in
  37 //  standalone mode.
  38 // Use Case:
  39 //  root [0] AliEMCALClusterizerv1 * cl = new AliEMCALClusterizerv1("galice.root")
  40 //  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
  41 //               //reads gAlice from header file "..."
  42 //  root [1] cl->ExecuteTask()
  43 //               //finds RecPoints in all events stored in galice.root
  44 //  root [2] cl->SetDigitsBranch("digits2")
  45 //               //sets another title for Digitis (input) branch
  46 //  root [3] cl->SetRecPointsBranch("recp2")
  47 //               //sets another title four output branches
  48 //  root [4] cl->SetTowerLocalMaxCut(0.03)
  49 //               //set clusterization parameters
  50 //  root [5] cl->ExecuteTask("deb all time")
  51 //               //once more finds RecPoints options are
  52 //               // deb - print number of found rec points
  53 //               // deb all - print number of found RecPoints and some their characteristics
  54 //               // time - print benchmarking results
  55
  56 // --- ROOT system ---
  57
  58 #include "TROOT.h"
  59 #include "TFile.h"
  60 #include "TFolder.h"
  61 #include "TMath.h"
  62 #include "TMinuit.h"
  63 #include "TTree.h"
  64 #include "TSystem.h"
  65 #include "TBenchmark.h"
  66
  67 // --- Standard library ---
  68
  69
  70 // --- AliRoot header files ---
  71
  72 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  73 #include "AliEMCALDigit.h"
  74 #include "AliEMCALDigitizer.h"
  75 #include "AliEMCALTowerRecPoint.h"
  76 #include "AliEMCAL.h"
  77 #include "AliEMCALGetter.h"
  78 #include "AliEMCALGeometry.h"
  79 #include "AliRun.h"
  80
  81 ClassImp(AliEMCALClusterizerv1)
  82
  83 //____________________________________________________________________________
  84   AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1() : AliEMCALClusterizer()
  85 {
  86   // default ctor (to be used mainly by Streamer)
  87
  88   InitParameters() ;
  89   fDefaultInit = kTRUE ;
  90 }
  91
  92 //____________________________________________________________________________
  93 AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1(const char* headerFile, const char* name, const Bool_t toSplit)
  94 :AliEMCALClusterizer(headerFile, name, toSplit)
  95 {
  96   // ctor with the indication of the file where header Tree and digits Tree are stored
  97
  98   InitParameters() ;
  99   Init() ;
 100   fDefaultInit = kFALSE ;
 101
 102 }
 103
 104 //____________________________________________________________________________
 105   AliEMCALClusterizerv1::~AliEMCALClusterizerv1()
 106 {
 107   // dtor
 108   fSplitFile = 0 ;
 109
 110 }
 111
 112 //____________________________________________________________________________
 113 const TString AliEMCALClusterizerv1::BranchName() const
 114 {
 115   TString branchName(GetName() ) ;
 116   branchName.Remove(branchName.Index(Version())-1) ;
 117   return branchName ;
 118 }
 119
 120 //____________________________________________________________________________
 121 Float_t  AliEMCALClusterizerv1::Calibrate(Int_t amp, Bool_t inpresho) const
 122 {
 123   //To be replased later by the method, reading individual parameters from the database
 124   if ( inpresho ) // calibrate as pre shower
 125     return -fADCpedestalPreSho + amp * fADCchannelPreSho ;
 126   else //calibrate as tower
 127     return -fADCpedestalTower + amp * fADCchannelTower ;
 128 }
 129
 130 //____________________________________________________________________________
 131 void AliEMCALClusterizerv1::Exec(Option_t * option)
 132 {
 133   // Steering method
 134
 135   if( strcmp(GetName(), "")== 0 )
 136     Init() ;
 137
 138   if(strstr(option,"tim"))
 139     gBenchmark->Start("EMCALClusterizer");
 140
 141   if(strstr(option,"print"))
 142     Print("") ;
 143
 144   AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::GetInstance() ;
 145   if(gime->BranchExists("RecPoints"))
 146     return ;
 147   Int_t nevents = gime->MaxEvent() ;
 148   Int_t ievent ;
 149
 150   for(ievent = 0; ievent < nevents; ievent++){
 151
 152     gime->Event(ievent,"D") ;
 153
 154     if(ievent == 0)
 155       GetCalibrationParameters() ;
 156
 157     fNumberOfTowerClusters = fNumberOfPreShoClusters = 0 ;
 158
 159     MakeClusters() ;
 160
 161     if(fToUnfold)
 162       MakeUnfolding() ;
 163
 164     WriteRecPoints(ievent) ;
 165
 166     if(strstr(option,"deb"))
 167       PrintRecPoints(option) ;
 168
 169     //increment the total number of digits per run
 170     fRecPointsInRun += gime->TowerRecPoints()->GetEntriesFast() ;
 171     fRecPointsInRun += gime->PreShowerRecPoints()->GetEntriesFast() ;
 172  }
 173
 174   if(strstr(option,"tim")){
 175     gBenchmark->Stop("EMCALClusterizer");
 176     Info("Exec", "took %f seconds for Clusterizing %f seconds per event",
 177          gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer"), gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer")/nevents ) ;
 178   }
 179
 180 }
 181
 182 //____________________________________________________________________________
 183 Bool_t AliEMCALClusterizerv1::FindFit(AliEMCALTowerRecPoint * emcRP, AliEMCALDigit ** maxAt, Float_t * maxAtEnergy,
 184                                     Int_t nPar, Float_t * fitparameters) const
 185 {
 186   // Calls TMinuit to fit the energy distribution of a cluster with several maxima
 187   // The initial values for fitting procedure are set equal to the positions of local maxima.
 188   // Cluster will be fitted as a superposition of nPar/3 electromagnetic showers
 189
 190   AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::GetInstance() ;
 191   TClonesArray * digits = gime->Digits() ;
 192
 193
 194   gMinuit->mncler();                     // Reset Minuit's list of paramters
 195   gMinuit->SetPrintLevel(-1) ;           // No Printout
 196   gMinuit->SetFCN(AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare) ;
 197                                          // To set the address of the minimization function
 198   TList * toMinuit = new TList();
 199   toMinuit->AddAt(emcRP,0) ;
 200   toMinuit->AddAt(digits,1) ;
 201
 202   gMinuit->SetObjectFit(toMinuit) ;         // To tranfer pointer to UnfoldingChiSquare
 203
 204   // filling initial values for fit parameters
 205   AliEMCALDigit * digit ;
 206
 207   Int_t ierflg  = 0;
 208   Int_t index   = 0 ;
 209   Int_t nDigits = (Int_t) nPar / 3 ;
 210
 211   Int_t iDigit ;
 212
 213   AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry() ;
 214
 215   for(iDigit = 0; iDigit < nDigits; iDigit++){
 216     digit = maxAt[iDigit];
 217
 218     Int_t relid[4] ;
 219     Float_t x = 0.;
 220     Float_t z = 0.;
 221     geom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
 222     geom->PosInAlice(relid, x, z) ;
 223
 224     Float_t energy = maxAtEnergy[iDigit] ;
 225
 226     gMinuit->mnparm(index, "x",  x, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
 227     index++ ;
 228     if(ierflg != 0){
 229       Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : x = %f",  x ) ;
 230       return kFALSE;
 231     }
 232     gMinuit->mnparm(index, "z",  z, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
 233     index++ ;
 234     if(ierflg != 0){
 235        Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : z = %f", z) ;
 236       return kFALSE;
 237     }
 238     gMinuit->mnparm(index, "Energy",  energy , 0.05*energy, 0., 4.*energy, ierflg) ;
 239     index++ ;
 240     if(ierflg != 0){
 241      Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : energy = %f", energy) ;
 242       return kFALSE;
 243     }
 244   }
 245
 246   Double_t p0 = 0.1 ; // "Tolerance" Evaluation stops when EDM = 0.0001*p0 ; The number of function call slightly
 247                       //  depends on it.
 248   Double_t p1 = 1.0 ;
 249   Double_t p2 = 0.0 ;
 250
 251   gMinuit->mnexcm("SET STR", &p2, 0, ierflg) ;   // force TMinuit to reduce function calls
 252   gMinuit->mnexcm("SET GRA", &p1, 1, ierflg) ;   // force TMinuit to use my gradient
 253   gMinuit->SetMaxIterations(5);
 254   gMinuit->mnexcm("SET NOW", &p2 , 0, ierflg) ;  // No Warnings
 255
 256   gMinuit->mnexcm("MIGRAD", &p0, 0, ierflg) ;    // minimize
 257
 258   if(ierflg == 4){  // Minimum not found
 259     Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Fit not converged, cluster abandoned " ) ;
 260     return kFALSE ;
 261   }
 262   for(index = 0; index < nPar; index++){
 263     Double_t err ;
 264     Double_t val ;
 265     gMinuit->GetParameter(index, val, err) ;    // Returns value and error of parameter index
 266     fitparameters[index] = val ;
 267    }
 268
 269   delete toMinuit ;
 270   return kTRUE;
 271
 272 }
 273
 274 //____________________________________________________________________________
 275 void AliEMCALClusterizerv1::GetCalibrationParameters()
 276 {
 277   AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::GetInstance() ;
 278   const AliEMCALDigitizer * dig = gime->Digitizer(BranchName()) ;
 279
 280   fADCchannelTower   = dig->GetTowerchannel() ;
 281   fADCpedestalTower  = dig->GetTowerpedestal();
 282
 283   fADCchannelPreSho  = dig->GetPreShochannel() ;
 284   fADCpedestalPreSho = dig->GetPreShopedestal() ;
 285 }
 286
 287 //____________________________________________________________________________
 288 void AliEMCALClusterizerv1::Init()
 289 {
 290   // Make all memory allocations which can not be done in default constructor.
 291   // Attach the Clusterizer task to the list of EMCAL tasks
 292
 293   if ( strcmp(GetTitle(), "") == 0 )
 294     SetTitle("galice.root") ;
 295
 296   TString branchname = GetName() ;
 297   branchname.Remove(branchname.Index(Version())-1) ;
 298
 299   AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::GetInstance(GetTitle(), branchname.Data(), fToSplit ) ;
 300   if ( gime == 0 ) {
 301     Error("Init", "Could not obtain the Getter object !" ) ;
 302     return ;
 303   }
 304
 305   fSplitFile = 0 ;
 306   if(fToSplit){
 307     // construct the name of the file as /path/EMCAL.SDigits.root
 308     //First - extract full path if necessary
 309     TString fileName(GetTitle()) ;
 310     Ssiz_t islash = fileName.Last('/') ;
 311     if(islash<fileName.Length())
 312       fileName.Remove(islash+1,fileName.Length()) ;
 313     else
 314       fileName="" ;
 315     // Next - append the file name
 316     fileName+="EMCAL.RecData." ;
 317     if((strcmp(branchname.Data(),"Default")!=0)&&(strcmp(branchname.Data(),"")!=0)){
 318       fileName+=branchname ;
 319       fileName+="." ;
 320     }
 321     fileName+="root" ;
 322     // Finally - check if the file already opened or open the file
 323     fSplitFile = static_cast<TFile*>(gROOT->GetFile(fileName.Data()));
 324     if(!fSplitFile)
 325       fSplitFile =  TFile::Open(fileName.Data(),"update") ;
 326   }
 327
 328   const AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry() ;
 329   fNTowers = geom->GetNZ() *  geom->GetNPhi() ;
 330   if(!gMinuit)
 331     gMinuit = new TMinuit(100) ;
 332
 333   gime->PostClusterizer(this) ;
 334   gime->PostRecPoints(branchname ) ;
 335
 336 }
 337
 338 //____________________________________________________________________________
 339 void AliEMCALClusterizerv1::InitParameters()
 340 {
 341   fNumberOfPreShoClusters = fNumberOfTowerClusters = 0 ;
 342   fPreShoClusteringThreshold  = 0.0001;
 343   fTowerClusteringThreshold   = 0.2;
 344   fTowerLocMaxCut  = 0.03 ;
 345   fPreShoLocMaxCut = 0.03 ;
 346
 347   fW0     = 4.5 ;
 348   fW0CPV  = 4.0 ;
 349
 350   fTimeGate = 1.e-8 ;
 351
 352   fToUnfold = kFALSE ;
 353
 354   TString clusterizerName( GetName()) ;
 355   if (clusterizerName.IsNull() )
 356     clusterizerName = "Default" ;
 357   clusterizerName.Append(":") ;
 358   clusterizerName.Append(Version()) ;
 359   SetName(clusterizerName) ;
 360   fRecPointsInRun          = 0 ;
 361
 362 }
 363
 364 //____________________________________________________________________________
 365 Int_t AliEMCALClusterizerv1::AreNeighbours(AliEMCALDigit * d1, AliEMCALDigit * d2)const
 366 {
 367   // Gives the neighbourness of two digits = 0 are not neighbour but continue searching
 368   //                                       = 1 are neighbour
 369   //                                       = 2 are not neighbour but do not continue searching
 370   // neighbours are defined as digits having at least a common vertex
 371   // The order of d1 and d2 is important: first (d1) should be a digit already in a cluster
 372   //                                      which is compared to a digit (d2)  not yet in a cluster
 373
 374    AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGetter::GetInstance()->EMCALGeometry() ;
 375
 376   Int_t rv = 0 ;
 377
 378   Int_t relid1[4] ;
 379   geom->AbsToRelNumbering(d1->GetId(), relid1) ;
 380
 381   Int_t relid2[4] ;
 382   geom->AbsToRelNumbering(d2->GetId(), relid2) ;
 383
 384   if ( (relid1[0] == relid2[0]) && (relid1[1]==relid2[1]) ) { // inside the same EMCAL Arm
 385     Int_t rowdiff = TMath::Abs( relid1[2] - relid2[2] ) ;
 386     Int_t coldiff = TMath::Abs( relid1[3] - relid2[3] ) ;
 387
 388     if (( coldiff <= 1 )  && ( rowdiff <= 1 )){
 389       if((relid1[1] != 0) || (TMath::Abs(d1->GetTime() - d2->GetTime() ) < fTimeGate))
 390       rv = 1 ;
 391     }
 392     else {
 393       if((relid2[2] > relid1[2]) && (relid2[3] > relid1[3]+1))
 394         rv = 2; //  Difference in row numbers is too large to look further
 395     }
 396
 397   }
 398   else {
 399
 400     if( (relid1[0] < relid2[0]) || (relid1[1] != relid2[1]) )
 401       rv=2 ;
 402   }
 403   return rv ;
 404 }
 405
 406 //____________________________________________________________________________
 407 Bool_t AliEMCALClusterizerv1::IsInTower(AliEMCALDigit * digit) const
 408 {
 409   // Tells if (true) or not (false) the digit is in a EMCAL-Tower
 410
 411   Bool_t rv = kFALSE ;
 412   if (!digit->IsInPreShower())
 413     rv = kTRUE;
 414   return rv ;
 415 }
 416
 417 //____________________________________________________________________________
 418 Bool_t AliEMCALClusterizerv1::IsInPreShower(AliEMCALDigit * digit) const
 419 {
 420   // Tells if (true) or not (false) the digit is in a EMCAL-PreShower
 421
 422   Bool_t rv = kFALSE ;
 423   if (digit->IsInPreShower())
 424     rv = kTRUE;
 425   return rv ;
 426 }
 427
 428 //____________________________________________________________________________
 429 void AliEMCALClusterizerv1::WriteRecPoints(Int_t event)
 430 {
 431
 432   // Creates new branches with given title
 433   // fills and writes into TreeR.
 434
 435   AliEMCALGetter *gime = AliEMCALGetter::GetInstance() ;
 436   TObjArray * towerRecPoints = gime->TowerRecPoints() ;
 437   TObjArray * preshoRecPoints = gime->PreShowerRecPoints() ;
 438   TClonesArray * digits = gime->Digits() ;
 439   TTree * treeR ;
 440
 441   if(fToSplit){
 442     if(!fSplitFile)
 443       return ;
 444     fSplitFile->cd() ;
 445     TString name("TreeR") ;
 446     name += event ;
 447     treeR = dynamic_cast<TTree*>(fSplitFile->Get(name));
 448   }
 449   else{
 450     treeR = gAlice->TreeR();
 451   }
 452
 453   if(!treeR){
 454     gAlice->MakeTree("R", fSplitFile);
 455     treeR = gAlice->TreeR() ;
 456   }
 457
 458   Int_t index ;
 459   //Evaluate position, dispersion and other RecPoint properties...
 460   for(index = 0; index < towerRecPoints->GetEntries(); index++)
 461     (dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(towerRecPoints->At(index)))->EvalAll(fW0,digits) ;
 462
 463   towerRecPoints->Sort() ;
 464
 465   for(index = 0; index < towerRecPoints->GetEntries(); index++)
 466     (dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(towerRecPoints->At(index)))->SetIndexInList(index) ;
 467
 468   towerRecPoints->Expand(towerRecPoints->GetEntriesFast()) ;
 469   //Now the same for pre shower
 470   for(index = 0; index < preshoRecPoints->GetEntries(); index++)
 471     (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(preshoRecPoints->At(index)))->EvalAll(fW0CPV,digits)  ;
 472   preshoRecPoints->Sort() ;
 473
 474   for(index = 0; index < preshoRecPoints->GetEntries(); index++)
 475     (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(preshoRecPoints->At(index)))->SetIndexInList(index) ;
 476
 477   preshoRecPoints->Expand(preshoRecPoints->GetEntriesFast()) ;
 478
 479   Int_t bufferSize = 32000 ;
 480   Int_t splitlevel = 0 ;
 481
 482   //First Tower branch
 483   TBranch * towerBranch = treeR->Branch("EMCALTowerRP","TObjArray",&towerRecPoints,bufferSize,splitlevel);
 484   towerBranch->SetTitle(BranchName());
 485
 486   //Now Pre Shower branch
 487   TBranch * preshoBranch = treeR->Branch("EMCALPreShoRP","TObjArray",&preshoRecPoints,bufferSize,splitlevel);
 488   preshoBranch->SetTitle(BranchName());
 489
 490   //And Finally  clusterizer branch
 491   AliEMCALClusterizerv1 * cl = (AliEMCALClusterizerv1*)gime->Clusterizer(BranchName()) ;
 492   TBranch * clusterizerBranch = treeR->Branch("AliEMCALClusterizer","AliEMCALClusterizerv1",
 493                                               &cl,bufferSize,splitlevel);
 494   clusterizerBranch->SetTitle(BranchName());
 495
 496   towerBranch        ->Fill() ;
 497   preshoBranch        ->Fill() ;
 498   clusterizerBranch->Fill() ;
 499
 500   treeR->AutoSave() ; //Write(0,kOverwrite) ;
 501   if(gAlice->TreeR()!=treeR)
 502     treeR->Delete();
 503 }
 504
 505 //____________________________________________________________________________
 506 void AliEMCALClusterizerv1::MakeClusters()
 507 {
 508   // Steering method to construct the clusters stored in a list of Reconstructed Points
 509   // A cluster is defined as a list of neighbour digits
 510
 511   AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::GetInstance() ;
 512
 513   TObjArray * towerRecPoints  = gime->TowerRecPoints(BranchName()) ;
 514   TObjArray * preshoRecPoints = gime->PreShowerRecPoints(BranchName()) ;
 515   towerRecPoints->Delete() ;
 516   preshoRecPoints->Delete() ;
 517
 518   TClonesArray * digits = gime->Digits() ;
 519   if ( !digits ) {
 520     Fatal("MakeClusters -> Digits with name %s not found", GetName() ) ;
 521   }
 522   TClonesArray * digitsC =  dynamic_cast<TClonesArray*>(digits->Clone()) ;
 523
 524
 525   // Clusterization starts
 526
 527   TIter nextdigit(digitsC) ;
 528   AliEMCALDigit * digit ;
 529   Bool_t notremoved = kTRUE ;
 530
 531   while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit())) ) { // scan over the list of digitsC
 532     AliEMCALRecPoint * clu = 0 ;
 533
 534     TArrayI clusterdigitslist(1500) ;
 535     Int_t index ;
 536     if (( IsInTower (digit)  && Calibrate(digit->GetAmp(),digit->IsInPreShower()) > fTowerClusteringThreshold  ) ||
 537         ( IsInPreShower (digit) && Calibrate(digit->GetAmp(),digit->IsInPreShower()) > fPreShoClusteringThreshold  ) ) {
 538
 539       Int_t iDigitInCluster = 0 ;
 540
 541       if  ( IsInTower(digit) ) {
 542         // start a new Tower RecPoint
 543         if(fNumberOfTowerClusters >= towerRecPoints->GetSize())
 544           towerRecPoints->Expand(2*fNumberOfTowerClusters+1) ;
 545
 546         towerRecPoints->AddAt(new  AliEMCALTowerRecPoint(""), fNumberOfTowerClusters) ;
 547         clu = dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(towerRecPoints->At(fNumberOfTowerClusters)) ;
 548         fNumberOfTowerClusters++ ;
 549         clu->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(),digit->IsInPreShower())) ;
 550         clusterdigitslist[iDigitInCluster] = digit->GetIndexInList() ;
 551         iDigitInCluster++ ;
 552         digitsC->Remove(digit) ;
 553
 554       } else {
 555
 556         // start a new Pre Shower cluster
 557         if(fNumberOfPreShoClusters >= preshoRecPoints->GetSize())
 558           preshoRecPoints->Expand(2*fNumberOfPreShoClusters+1);
 559
 560         preshoRecPoints->AddAt(new AliEMCALTowerRecPoint(""), fNumberOfPreShoClusters) ;
 561
 562         clu =  dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(preshoRecPoints->At(fNumberOfPreShoClusters))  ;
 563         fNumberOfPreShoClusters++ ;
 564         clu->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(),digit->IsInPreShower() ) );
 565         clusterdigitslist[iDigitInCluster] = digit->GetIndexInList()  ;
 566         iDigitInCluster++ ;
 567         digitsC->Remove(digit) ;
 568         nextdigit.Reset() ;
 569
 570         // Here we remove remaining Tower digits, which cannot make a cluster
 571
 572         if( notremoved ) {
 573           while( ( digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit()) ) ) {
 574             if( IsInTower(digit) )
 575               digitsC->Remove(digit) ;
 576             else
 577               break ;
 578           }
 579           notremoved = kFALSE ;
 580         }
 581
 582       } // else
 583
 584       nextdigit.Reset() ;
 585
 586       AliEMCALDigit * digitN ;
 587       index = 0 ;
 588       while (index < iDigitInCluster){ // scan over digits already in cluster
 589         digit =  (AliEMCALDigit*)digits->At(clusterdigitslist[index])  ;
 590         index++ ;
 591         while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigit()) ) { // scan over the reduced list of digits
 592           Int_t ineb = AreNeighbours(digit, digitN);       // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!!
 593          switch (ineb ) {
 594           case 0 :   // not a neighbour
 595             break ;
 596           case 1 :   // are neighbours
 597             clu->AddDigit(*digitN, Calibrate( digitN->GetAmp(), digitN->IsInPreShower() ) ) ;
 598             clusterdigitslist[iDigitInCluster] = digitN->GetIndexInList() ;
 599             iDigitInCluster++ ;
 600             digitsC->Remove(digitN) ;
 601             break ;
 602           case 2 :   // too far from each other
 603             goto endofloop;
 604           } // switch
 605
 606         } // while digitN
 607
 608       endofloop: ;
 609         nextdigit.Reset() ;
 610       } // loop over cluster
 611     } // energy theshold
 612   } // while digit
 613   delete digitsC ;
 614 }
 615
 616 //____________________________________________________________________________
 617 void AliEMCALClusterizerv1::MakeUnfolding()
 618 {
 619   Fatal("AliEMCALClusterizerv1::MakeUnfolding", "--> Unfolding not implemented") ;
 620
 621 }
 622
 623 //____________________________________________________________________________
 624 Double_t  AliEMCALClusterizerv1::ShowerShape(Double_t r)
 625 {
 626   // Shape of the shower (see EMCAL TDR)
 627   // If you change this function, change also the gradient evaluation in ChiSquare()
 628
 629   Double_t r4    = r*r*r*r ;
 630   Double_t r295  = TMath::Power(r, 2.95) ;
 631   Double_t shape = TMath::Exp( -r4 * (1. / (2.32 + 0.26 * r4) + 0.0316 / (1 + 0.0652 * r295) ) ) ;
 632   return shape ;
 633 }
 634
 635 //____________________________________________________________________________
 636 void  AliEMCALClusterizerv1::UnfoldCluster(AliEMCALTowerRecPoint * iniTower,
 637                                                  Int_t nMax,
 638                                                  AliEMCALDigit ** maxAt,
 639                                                  Float_t * maxAtEnergy)
 640 {
 641   // Performs the unfolding of a cluster with nMax overlapping showers
 642
 643   Fatal("UnfoldCluster", "--> Unfolding not implemented") ;
 644
 645 }
 646
 647 //_____________________________________________________________________________
 648 void AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & nPar, Double_t * Grad, Double_t & fret, Double_t * x, Int_t iflag)
 649 {
 650   // Calculates the Chi square for the cluster unfolding minimization
 651   // Number of parameters, Gradient, Chi squared, parameters, what to do
 652
 653   ::Fatal("UnfoldingChiSquare","Unfolding not implemented") ;
 654 }
 655 //____________________________________________________________________________
 656 void AliEMCALClusterizerv1::Print(Option_t * option)const
 657 {
 658   // Print clusterizer parameters
 659
 660   TString message("\n") ;
 661
 662   if( strcmp(GetName(), "") !=0 ){
 663
 664     // Print parameters
 665
 666     TString taskName(GetName()) ;
 667     taskName.ReplaceAll(Version(), "") ;
 668
 669     message += "--------------- " ;
 670     message += taskName.Data() ;
 671     message += " " ;
 672     message += GetTitle() ;
 673     message += "-----------\n" ;
 674     message += "Clusterizing digits from the file: " ;
 675     message += taskName.Data() ;
 676     message += "\n                           Branch: " ;
 677     message += GetName() ;
 678     message += "\n                       EMC Clustering threshold = " ;
 679     message += fTowerClusteringThreshold ;
 680     message += "\n                       EMC Local Maximum cut    = " ;
 681     message += fTowerLocMaxCut ;
 682     message += "\n                       EMC Logarothmic weight   = " ;
 683     message += fW0 ;
 684     message += "\n                       CPV Clustering threshold = " ;
 685     message += fPreShoClusteringThreshold ;
 686     message += "\n                       CPV Local Maximum cut    = " ;
 687     message += fPreShoLocMaxCut ;
 688     message += "\n                       CPV Logarothmic weight   = " ;
 689     message += fW0CPV ;
 690     if(fToUnfold)
 691       message +="\nUnfolding on\n" ;
 692     else
 693       message += "\nUnfolding off\n";
 694
 695     message += "------------------------------------------------------------------" ;
 696   }
 697   else
 698     message += "AliEMCALClusterizerv1 not initialized " ;
 699
 700   Info("Print", message.Data() ) ;
 701 }
 702
 703 //____________________________________________________________________________
 704 void AliEMCALClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
 705 {
 706   // Prints list of RecPoints produced at the current pass of AliEMCALClusterizer
 707
 708   TObjArray * towerRecPoints = AliEMCALGetter::GetInstance()->TowerRecPoints() ;
 709   TObjArray * preshoRecPoints = AliEMCALGetter::GetInstance()->PreShowerRecPoints() ;
 710
 711   TString message("\n")  ;
 712
 713   message += "event " ;
 714   message += gAlice->GetEvNumber() ;
 715   message += "\n       Found " ;
 716   message += towerRecPoints->GetEntriesFast() ;
 717   message += " TOWER Rec Points and " ;
 718   message += preshoRecPoints->GetEntriesFast() ;
 719   message += " PRE SHOWER RecPoints\n" ;
 720
 721   fRecPointsInRun +=  towerRecPoints->GetEntriesFast() ;
 722   fRecPointsInRun +=  preshoRecPoints->GetEntriesFast() ;
 723
 724   char * tempo = new char[8192];
 725
 726   if(strstr(option,"all")) {
 727
 728     message += "Tower clusters\n" ;
 729     message += "Index    Ene(MeV) Multi Module     phi     r   theta  Lambda 1 Lambda 2  # of prim  Primaries list\n" ;
 730
 731     Int_t index ;
 732     for (index = 0 ; index < towerRecPoints->GetEntries() ; index++) {
 733       AliEMCALTowerRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint * >(towerRecPoints->At(index)) ;
 734       TVector3  globalpos;
 735       rp->GetGlobalPosition(globalpos);
 736       Float_t lambda[2];
 737       rp->GetElipsAxis(lambda);
 738       Int_t * primaries;
 739       Int_t nprimaries;
 740       primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
 741       sprintf(tempo, "\n%6d  %8.2f  %3d     %2d     %4.1f    %4.1f %4.1f %4f  %4f    %2d     : ",
 742               rp->GetIndexInList(), rp->GetEnergy(), rp->GetMultiplicity(), rp->GetEMCALArm(),
 743               globalpos.X(), globalpos.Y(), globalpos.Z(), lambda[0], lambda[1], nprimaries) ;
 744       message += tempo ;
 745
 746       for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
 747         sprintf(tempo, "%d ", primaries[iprimary] ) ;
 748         message += tempo ;
 749       }
 750     }
 751
 752     //Now plot Pre shower recPoints
 753
 754     message += "\n-----------------------------------------------------------------------\n" ;
 755
 756     message += "PreShower clusters\n" ;
 757     message += "Index    Ene(MeV) Multi Module     phi     r   theta  Lambda 1 Lambda 2  # of prim  Primaries list\n" ;
 758
 759     for (index = 0 ; index < preshoRecPoints->GetEntries() ; index++) {
 760       AliEMCALTowerRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(preshoRecPoints->At(index)) ;
 761       TVector3  globalpos;
 762       rp->GetGlobalPosition(globalpos);
 763       Float_t lambda[2];
 764       rp->GetElipsAxis(lambda);
 765       Int_t * primaries;
 766       Int_t nprimaries;
 767       primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
 768       sprintf(tempo, "\n%6d  %8.2f  %3d     %2d     %4.1f    %4.1f %4.1f %4f  %4f    %2d     : ",
 769               rp->GetIndexInList(), rp->GetEnergy(), rp->GetMultiplicity(), rp->GetEMCALArm(),
 770               globalpos.X(), globalpos.Y(), globalpos.Z(), lambda[0], lambda[1], nprimaries) ;
 771       message += tempo ;
 772
 773       for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
 774         sprintf(tempo, "%d ", primaries[iprimary] ) ;
 775         message += tempo ;
 776       }
 777     }
 778
 779     message += "\n-----------------------------------------------------------------------" ;
 780   }
 781   delete tempo ;
 782   Info("PrintRecPoints", message.Data() ) ;
 783
 784 }