EMCAL/AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx

   1
   2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
   3
   4
   5 /**************************************************************************
   6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   7  *                                                                        *
   8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
  10  *                                                                        *
  11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
  12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  18  **************************************************************************/
  19
  20 /*
  21
  22 $Log$
  23 Revision 1.14  2004/04/02 17:11:33  mhorner
  24 Marco's bug - fixes implemented
  25
  26 Revision 1.13  2004/03/26 01:00:38  mhorner
  27 Implementing Marco's optimisations
  28
  29 Revision 1.12  2004/03/15 19:59:37  mhorner
  30 Pyhtia comparison extended
  31
  32 Revision 1.11  2004/03/09 17:06:38  mhorner
  33 Made more robust
  34
  35 Revision 1.10  2004/03/06 01:56:09  mhorner
  36 Pythai comp code
  37
  38 Revision 1.9  2004/02/23 20:37:32  mhorner
  39 changed geometry call
  40
  41 Revision 1.8  2004/01/29 23:28:44  mhorner
  42 Jet Finder - hard coded geom parameters removed
  43
  44 Revision 1.7  2004/01/21 22:27:47  mhorner
  45 Cleaning up coding conventions
  46
  47 Revision 1.6  2003/10/28 13:54:30  schutz
  48 Compilation warnings fixed
  49
  50 Revision 1.5  2003/09/23 13:31:41  mhorner
  51 Changed coordinate system
  52
  53 Revision 1.4  2003/09/19 13:16:20  mhorner
  54 Added additional jet energy info
  55
  56
  57 Revision 1.3  2003/09/04 12:49:56  mhorner
  58 Changed hadron correction and added saving EMCAL and track contributions
  59
  60 */
  61
  62
  63 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
  64 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
  65
  66 #include "TTask.h"
  67 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
  68 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
  69 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
  70 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
  71 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
  72 #include "AliEMCALGetter.h"
  73 #include "AliEMCALGeometry.h"
  74 #include "AliEMCAL.h"
  75 #include "AliEMCALDigit.h"
  76 #include "TParticle.h"
  77 #include "AliRun.h"
  78 #include "AliEMCALJet.h"
  79 #include "TMath.h"
  80
  81
  82 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
  83
  84   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
  85 {
  86   //Default constructor
  87 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
  88
  89 // AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
  90 //  AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry();
  91   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
  92   fNumIter           = 0;
  93   fNumUnits          = geom->GetNTowers();     //Number of towers in EMCAL
  94   fESeed             = 5.0;       //Default value
  95   fConeRad           = 0.3;       //Default value
  96   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
  97   fEtMin             = 0.0;      //Default value
  98   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
  99   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
 100   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
 101   fPtCut             = 0;
 102   fHadCorr           = 0;
 103   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
 104   fEBGTotalOld       = 0.0;
 105   fEBGAve            = 0.0;
 106   fEnergy            = 0.0;
 107   fJetEta            = 0.0;
 108   fJetPhi            = 0.0;
 109   fEtaInit           = 0.0;
 110   fPhiInit           = 0.0;
 111   fEtaB              = 0.0;
 112   fPhiB              = 0.0;
 113   fJetESum           = 0.0;
 114   fJetEtaSum         = 0.0;
 115   fJetPhiSum         = 0.0;
 116   fDEta              = 0.0;
 117   fDPhi              = 0.0;
 118   fDistP             = 0.0;
 119   fDistI             = 0.0;
 120   fTempE             = 0.0;
 121   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start
 122   fNumInCone         = 0;
 123   fNumJets           = 0;
 124   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
 125   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method
 126   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
 127 }
 128
 129  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
 130    {
 131      //Destructor
 132      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
 133      delete[] fUnit;
 134      delete[] fUnitNoCuts;
 135    }
 136
 137  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 138                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin,
 139                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
 140    {
 141      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
 142      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 143
 144      SetNumUnits(numUnits);
 145      SetJetESeed(eSeed);
 146      SetConeRad(coneRad);
 147      SetJetEMin(jetEMin);
 148      SetEtMin(etMin);
 149      SetMinMove(minMove);
 150      SetMaxMove(maxMove);
 151      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
 152    }
 153
 154  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 155                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
 156    {
 157      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
 158      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 159
 160      SetNumUnits(numUnits);
 161      SetJetESeed(eSeed);
 162      SetConeRad(coneRad);
 163      SetJetEMin(jetEMin);
 164      SetEtMin(etMin);
 165      SetMinMove(fMinMove);
 166      SetMaxMove(fMaxMove);
 167      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
 168    }
 169
 170  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
 171    {
 172      //Initialises unit arrays
 173      if(fArrayInitialised) delete [] fUnit;
 174      if(fArrayInitialised) delete [] fUnitNoCuts;
 175      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 176      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 177      fArrayInitialised = 1;
 178    }
 179
 180  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
 181    {
 182            // Fill the unit array
 183      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
 184          //    AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
 185          //   if (pEMCAL){
 186          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
 187          //     }else
 188          //    {
 189
 190      AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 191      AliEMCALGeometry * geom;
 192      if (gime)
 193       geom = gime->EMCALGeometry();
 194      else
 195       geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
 196
 197         //    }
 198
 199      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
 200      Int_t         numTracks, numDigits;
 201
 202      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and
 203      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
 204      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
 205      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
 206          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 207          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 208          TParticle         *myPart;
 209          AliEMCALDigit     *myDigit;
 210      if (!fPythiaComparison)
 211      {
 212          //Fill units with Track info if appropriate
 213          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll)
 214            {
 215             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 216             {
 217              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 218              Float_t eta = myPart->Eta();
 219              Float_t  phi = myPart->Phi();
 220              Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 221              Float_t  pT = myPart->Pt();
 222              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy();
 223              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
 224
 225
 226              //OLD WAY:   //Do Hadron Correction
 227               if(fHadCorr != 0)
 228                {
 229                  Double_t   fullP = myPart->P();
 230                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 231                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 232                  unitEnergyNoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 233                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 234                  fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 235                } //end Hadron Correction loop
 236
 237
 238              /*
 239               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
 240               if(fHadCorr != 0)
 241                 {
 242                   Bool_t curl = 1;
 243                   Float_t deltaPhi;
 244                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
 245                   if(pdg->Charge() < 0)
 246                     {
 247                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
 248                     }
 249                   else{
 250                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
 251                   }
 252                   phi += deltaPhi;
 253                   //Get new tower id for cell that track would curve into
 254                   Int_t towerID2;
 255                   if(phi>(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMax() || phi<(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMin())
 256                     {
 257                       towerID2 = -1;
 258                     }
 259                   else{
 260                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 261                     }
 262
 263                   if(towerID2 != -1)
 264                     {
 265                       //Find unit energy of new tower
 266                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 267                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 268                       Double_t   fullP = myPart->P();
 269                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 270                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 271                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 272                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
 273                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
 274                     }//end if for towerID2
 275                 }//end Hadron Correction loop
 276              */
 277
 278               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
 279              //Do Pt cut on tracks
 280              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
 281
 282              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
 283
 284              }//end tracks loop
 285            }//end Tracks condition
 286
 287
 288          //Fill units with Digit info if appropriate
 289          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
 290            {
 291             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
 292             {
 293              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
 294              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
 295              Int_t towerID = myDigit->GetId();
 296              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 297              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 298              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 299              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 300              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 301              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 302              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 303             }//end digits loop
 304            }//end digits condition
 305
 306          //Set all unit flags, Eta, Phi
 307          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 308            {
 309              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
 310              //Set all units to be outside a jet initially
 311              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 312              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
 313              Float_t eta;
 314              Float_t phi;
 315              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
 316              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
 317              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 318              //Set all units to be outside a jet initially
 319              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 320              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
 321              eta = 0.0;
 322              phi = 0.0;
 323              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
 324              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
 325              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 326              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
 327              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
 328            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
 329
 330      }
 331      if (fPythiaComparison)
 332      {
 333              for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 334              {
 335                      myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 336                      fUnit[j].SetUnitID(j);
 337                      fUnit[j].SetUnitFlag(kOutJet);
 338                      fUnit[j].SetUnitEta(myPart->Eta());
 339                      fUnit[j].SetUnitPhi(myPart->Phi());
 340                      if (myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()) > fPtCut || myPart->GetPDG()->Charge() == 0.0  )
 341                      {
 342                              fUnit[j].SetUnitEnergy(myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()));
 343                      }else
 344                      {
 345                              fUnit[j].SetUnitEnergy(0.00);
 346                      }
 347                      fUnitNoCuts[j].SetUnitID(j);
 348                      fUnitNoCuts[j].SetUnitFlag(kOutJet);
 349                      fUnitNoCuts[j].SetUnitEta(myPart->Eta());
 350                      fUnitNoCuts[j].SetUnitPhi(myPart->Phi());
 351                      fUnitNoCuts[j].SetUnitEnergy(myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()));
 352              }
 353              for(Int_t k=numTracks; k < fNumUnits; k++)
 354              {
 355                      fUnit[k].SetUnitID(k);
 356                      fUnit[k].SetUnitFlag(kBelowMinEt);
 357                      fUnit[k].SetUnitEta(0.0);
 358                      fUnit[k].SetUnitPhi(0.0);
 359                      fUnit[k].SetUnitEnergy(0.0);
 360                      fUnitNoCuts[k].SetUnitID(k);
 361                      fUnitNoCuts[k].SetUnitFlag(kBelowMinEt);
 362                      fUnitNoCuts[k].SetUnitEta(0.0);
 363                      fUnitNoCuts[k].SetUnitPhi(0.0);
 364                      fUnitNoCuts[k].SetUnitEnergy(0.0);
 365              }
 366      }
 367
 368
 369
 370    }
 371
 372
 373  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
 374  {
 375    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
 376    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
 377    QS(unit, 0, length-1);
 378  }
 379
 380
 381  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
 382  {
 383   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
 384    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");
 385
 386    Int_t    i;
 387    Int_t    j;
 388    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
 389    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
 390
 391    i = left;
 392    j = right;
 393    unitFirst = unit[(left+right)/2];
 394
 395  do
 396   {
 397     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
 398     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
 399
 400     if(i <= j)
 401       {
 402         unitSecond = unit[i];
 403         unit[i] = unit[j];
 404         unit[j] = unitSecond;
 405         i++;
 406         j--;
 407       }//end if
 408   }while(i <= j);
 409
 410  if(left < j) QS(unit, left, j);
 411  if(i < right) QS(unit, i, right);
 412  }
 413
 414
 415  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
 416  {
 417    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
 418    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
 419    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
 420  }
 421
 422  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
 423    {
 424      //Finds the background energy for the iteration
 425      //using the Ratio method
 426      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 427      //Store BGEperCell from previous iteration!
 428      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 429      fEBGTotal          = 0.0;
 430      Int_t numCone      = 0;
 431
 432      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 433      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 434      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
 435
 436      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
 437      //unit ID in NoCuts Unit array
 438      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 439        {
 440          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 441            {
 442              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
 443              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();
 444            }
 445          else numCone++;
 446        }//end for
 447
 448      fEBGTotal *= fBGPar;
 449      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 450      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 451
 452      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 453        {
 454          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 455        }//end for
 456    }
 457
 458  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
 459    {
 460      //Finds the background energy for the iteration
 461      //using all energy not contained inside a jet
 462      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 463      //Store old value of BGEperCell!
 464      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 465      fEBGTotal          = 0.0;
 466      Int_t numCone      = 0;
 467
 468      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
 469      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 470        {
 471          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 472            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
 473          else numCone++;
 474        }//end for
 475
 476      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 477      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 478
 479      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 480        {
 481          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 482        }//end for
 483    }
 484
 485  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
 486    {
 487      //Finds the background energy for the iteration
 488      //using all energy not contained inside a jet
 489      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 490
 491      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 492      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 493      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
 494
 495      fEBGAve = fBGPar;
 496      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 497
 498      fEBGTotal          = 0.0;
 499      Int_t numCone      = 0;
 500      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 501        {
 502          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
 503            {
 504              numCone++;
 505            }
 506          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 507        }//end for
 508      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
 509      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 510    }
 511
 512  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
 513    {
 514      //Finds the eta and phi of the jet axis
 515      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
 516
 517      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
 518      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
 519
 520      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 521      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
 522      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
 523      fJetESum += fEnergy;
 524      if (fJetESum >1.0e-7)
 525      {
 526              fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
 527              fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
 528      }
 529    }
 530
 531
 532  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
 533    {
 534      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
 535      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
 536
 537      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 538        {
 539          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
 540          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
 541          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 542          Float_t rad;
 543          if ((dEta*dEta) + (dPhi*dPhi)>1.e-7)
 544          {
 545                  rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
 546          }else
 547          {
 548                  rad=0.0;
 549          }
 550
 551          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
 552            {
 553              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
 554              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 555              fJetESum += energy;
 556              fJetEtaSum += energy * dEta;
 557              fJetPhiSum += energy * dPhi;
 558              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
 559            }//end if
 560        }//end for
 561    }
 562
 563
 564  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
 565    {
 566      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
 567      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
 568      AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 569      AliEMCALGeometry * geom;
 570      if (gime)
 571       geom = gime->EMCALGeometry();
 572      else
 573       geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
 574      //Store:
 575      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
 576      //fJetEta is the final jet Eta
 577      //fJetPhi is the final jet Phi
 578      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
 579      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
 580      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
 581
 582      AliEMCALJet jet(fJetESum,fJetPhi,fJetEta);
 583
 584       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
 585       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
 586       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
 587       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
 588
 589      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 590      Int_t             numberDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 591      AliEMCALDigit     *myD;
 592      TParticle         *myP;
 593      Int_t             numTracksInCone = 0;
 594      Float_t           trackEnergy = 0.0;
 595      Float_t           trackEnergyPtCut =0.0;
 596      Float_t           emcalEnergy = 0.0;
 597      Float_t           emcalEnergyBGSub = 0.0;
 598
 599      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
 600        {
 601         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
 602         Float_t eta = myP->Eta();
 603         Float_t phi = myP->Phi();
 604         Float_t deta = fJetEta-eta;
 605         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 606         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 607         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
 608        }//end for
 609
 610      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
 611      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
 612      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
 613      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
 614      Int_t             index = 0;
 615
 616      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
 617        {
 618          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
 619          Float_t eta = myP->Eta();
 620          Float_t phi = myP->Phi();
 621          Float_t deta = fJetEta-eta;
 622          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 623          Float_t rad ;
 624          if ((deta*deta) + (dphi*dphi)>1.e-7)
 625          {
 626                  rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi) );
 627          }else
 628          {
 629                  rad=0.0;
 630          }
 631
 632          if(rad<=fConeRad)
 633            {
 634              pTArray[index] = myP->Pt();
 635              //Calculate track contribution within jetcone
 636              trackEnergy += myP->Pt();
 637              if(myP->Pt() >= fPtCut) trackEnergyPtCut += myP->Pt();
 638              etaArray[index] = eta;
 639              phiArray[index] = phi;
 640              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
 641              index++;
 642              if(fHadCorr != 0)
 643              {
 644                      Double_t   fullP = myP->P();
 645                      Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 646                      emcalEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 647                      emcalEnergyBGSub -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 648              } //end Hadron Correction loop
 649
 650            }//end if
 651        }//end for
 652
 653      //Loop over digits to find EMCal contribution within jetcone
 654      for(Int_t counter3=0; counter3<numberDigits; counter3++)
 655        {
 656          myD = fInputPointer->GetDigit(counter3);
 657          //GET DIGIT ETA, PHI so that can check if inside R!
 658          Float_t eta = 0.0;
 659          Float_t phi = 0.0;
 660          Int_t iID = myD->GetId();
 661          geom->EtaPhiFromIndex(iID, eta, phi);
 662          Float_t deta = fJetEta-eta;
 663          Float_t dphi = fJetPhi -(TMath::Pi()/180.0)*phi;
 664          //Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 665          Float_t rad ;
 666          if ((deta*deta) + (dphi*dphi)>1.e-7)
 667          {
 668                  rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi) );
 669          }else
 670          {
 671                  rad=0.0;
 672          }
 673
 674          if(rad<=fConeRad)
 675            {
 676          Int_t amplitude = myD->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 677          Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 678          Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 679          emcalEnergy += digitEnergy;
 680          emcalEnergyBGSub += (digitEnergy - fEBGAve);
 681            }//end if
 682        }//end count3 for
 683
 684      //Save in JET object
 685      jet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
 686      jet.SetEMCALEnergy(emcalEnergy);
 687      jet.SetEMCALEnergyBGSub(emcalEnergyBGSub);
 688      jet.SetTrackEnergy(trackEnergy);
 689      jet.SetTrackEnergyPtCut(trackEnergyPtCut);
 690      fOutputPointer->AddJet(&jet);
 691      delete[] pTArray;
 692      delete[] etaArray;
 693      delete[] phiArray;
 694      delete[] pdgArray;
 695    }
 696
 697
 698  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
 699    {
 700      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
 701      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
 702
 703      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
 704      if(!fArrayInitialised)
 705       {
 706        InitUnitArray();
 707        FillUnitArray(kFillAll);
 708       }//end if
 709      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
 710
 711      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
 712      Sort(fUnit,fNumUnits);
 713
 714      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
 715      fNumIter = 0;
 716      fNumJets = 0;
 717
 718      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
 719      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND
 720      //the value of the average background has changed more than specified amount
 721      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
 722      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
 723
 724      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
 725        {
 726         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
 727
 728          //Step 4. Find the value of the average background energy
 729          FindBG();
 730          fOutputPointer->Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
 731          fNumJets=0;
 732
 733          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
 734          Int_t numbelow = 0;
 735          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
 736            {
 737              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 738                 {
 739                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
 740                   numbelow++;
 741                 }//end if
 742            }//end for
 743          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
 744
 745          //Do quick check if there are no jets upfront
 746          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
 747          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 748            {
 749             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
 750             break;
 751            }//end if
 752
 753          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
 754          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
 755          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
 756            {
 757
 758 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
 759              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
 760                {
 761                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 762                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
 763                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
 764                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
 765                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
 766                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
 767                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
 768                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
 769                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
 770
 771                  fEtaInit = fJetEta;
 772                  fPhiInit = fJetPhi;
 773                  fEtaB = fJetEta;
 774                  fPhiB = fJetPhi;
 775                  Int_t testflag = 1;
 776                  do
 777                    {
 778                  fJetESum = 0.0;
 779                  fJetEtaSum = 0.0;
 780                  fJetPhiSum = 0.0;
 781
 782          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
 783                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
 784                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)
 785                        {
 786                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID && testflag)
 787                          {
 788                                  testflag=0;
 789                                  continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
 790                          }
 791                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
 792                            {
 793                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
 794                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 795                              if ( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) >1.e-7)
 796                              {
 797                                      fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
 798                              }else
 799                              {
 800                                      fRad=0.000;
 801                              }
 802                              if(fRad <= fConeRad)
 803                                {
 804                                  FindJetEtaPhi(count1);
 805                                }//end if
 806                            }//end if
 807                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
 808
 809                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
 810                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
 811                       if (((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB))  >1.e-7)
 812                       {
 813                               fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
 814                       }else
 815                       {
 816                               fDistP = 0.00;
 817                       }
 818                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
 819
 820
 821                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
 822                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
 823                       if ( ((fJetEtaSum)*(fJetEtaSum))+((fJetPhiSum)*(fJetPhiSum)) >1.e-7)
 824                       {
 825                               fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
 826                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
 827                       }else
 828                       {
 829                               fDistI = 0.00;
 830                       }
 831
 832                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
 833                         {
 834                           fEtaB = fJetEta;
 835                           fPhiB = fJetPhi;
 836                         }//end if
 837
 838                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
 839
 840                  fJetEta = fEtaB;
 841                  fJetPhi = fPhiB;
 842
 843
 844        //Step 7. Find the Jet Energy
 845                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
 846                  fJetESum = 0.0;
 847                  fJetEtaSum = 0.0;
 848                  fJetPhiSum = 0.0;
 849                  fNumInCone = 0;
 850                  FindJetEnergy();
 851
 852                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
 853
 854        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
 855                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
 856 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 857                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
 858                  if(fJetESum < fJetEMin)
 859                    {
 860                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 861                        {
 862                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
 863                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
 864                        }//end for
 865                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
 866                   }else
 867                     {
 868                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 869                        {
 870                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
 871                            {
 872                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
 873                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
 874                            }
 875                        }//end for
 876
 877  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
 878                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 879                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 880
 881                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
 882                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
 883
 884                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
 885                }//end if (Jet Seed condition)
 886            }//end (JET SEED LOOP)
 887
 888 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
 889 // this->Dump();
 890          fNumIter++;
 891        }//end 10 iteration WHILE LOOP
 892  }
 893
 894
 895
 896
 897
 898
 899
 900
 901
 902
 903