EMCAL/AliEMCALRecoUtils.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx 33808 2009-07-15 09:48:08Z gconesab $ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //
  20 // Class AliEMCALRecoUtils
  21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
  22 //
  23 //
  24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble)
  25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
  26
  27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  28 // --- standard c ---
  29
  30 // standard C++ includes
  31 //#include <Riostream.h>
  32
  33 // ROOT includes
  34 #include <TGeoManager.h>
  35 #include <TGeoMatrix.h>
  36 #include <TGeoBBox.h>
  37 #include <TH2F.h>
  38 #include <TArrayI.h>
  39 #include <TArrayF.h>
  40 #include <TObjArray.h>
  41
  42 // STEER includes
  43 #include "AliVCluster.h"
  44 #include "AliVCaloCells.h"
  45 #include "AliVEvent.h"
  46 #include "AliLog.h"
  47 #include "AliPID.h"
  48 #include "AliESDEvent.h"
  49 #include "AliAODEvent.h"
  50 #include "AliESDtrack.h"
  51 #include "AliAODTrack.h"
  52 #include "AliExternalTrackParam.h"
  53 #include "AliESDfriendTrack.h"
  54 #include "AliTrackerBase.h"
  55
  56 // EMCAL includes
  57 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  58 #include "AliEMCALGeometry.h"
  59 #include "AliEMCALTrack.h"
  60 #include "AliEMCALCalibTimeDepCorrection.h"
  61 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
  62
  63 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
  64
  65 //______________________________________________
  66 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
  67   fParticleType(kPhoton),                 fPosAlgo(kUnchanged),                   fW0(4.),
  68   fNonLinearityFunction(kNoCorrection),   fNonLinearThreshold(30),
  69   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
  70   fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
  71   fUseTimeCorrectionFactors(kFALSE),      fTimeCorrectionFactorsSet(kFALSE),
  72   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
  73   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
  74   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(32),
  75   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0),
  76   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kTRUE),                   fCutEtaPhiSeparate(kFALSE),
  77   fCutR(0.1),                             fCutEta(0.02),                          fCutPhi(0.04),
  78   fMass(0.139),                           fStep(50),
  79   fTrackCutsType(kTPCOnlyCut),            fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(-1),
  80   fCutMinNClusterITS(-1),                 fCutMaxChi2PerClusterTPC(1e10),         fCutMaxChi2PerClusterITS(1e10),
  81   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
  82   fCutMaxDCAToVertexXY(1e10),             fCutMaxDCAToVertexZ(1e10),              fCutDCAToVertex2D(kFALSE)
  83 {
  84 //
  85   // Constructor.
  86   // Initialize all constant values which have to be used
  87   // during Reco algorithm execution
  88   //
  89
  90   //Misalignment matrices
  91   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) {
  92       fMisalTransShift[i] = 0.;
  93       fMisalRotShift[i]   = 0.;
  94   }
  95
  96   //Non linearity
  97   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.;
  98
  99   //For kBeamTestCorrected case, but default is no correction
 100   fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
 101   fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 102   fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 103   fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 104   fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 105   fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 106   fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 107
 108   //For kPi0GammaGamma case
 109   //fNonLinearityParams[0] = 0.1457/0.1349766/1.038;
 110   //fNonLinearityParams[1] = -0.02024/0.1349766/1.038;
 111   //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 112
 113   //Cluster energy smearing
 114   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
 115   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
 116   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
 117   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
 118
 119   //Track matching
 120   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
 121   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
 122   fResidualPhi           = new TArrayF();
 123   fResidualEta           = new TArrayF();
 124   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
 125
 126   InitTrackCuts();
 127 }
 128
 129 //______________________________________________________________________
 130 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco)
 131 : TNamed(reco),
 132   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
 133   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
 134   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
 135   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
 136   fUseTimeCorrectionFactors(reco.fUseTimeCorrectionFactors), fTimeCorrectionFactorsSet(reco.fTimeCorrectionFactorsSet),
 137   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
 138   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
 139   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
 140   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fPIDUtils(reco.fPIDUtils),
 141   fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
 142   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
 143   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
 144   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
 145   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
 146   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate),
 147   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
 148   fMass(reco.fMass),        fStep(reco.fStep),
 149   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt),
 150   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS),
 151   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
 152   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
 153   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),
 154   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D)
 155 {
 156   //Copy ctor
 157
 158   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ;
 159                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; }
 160   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 161   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 162
 163 }
 164
 165
 166 //______________________________________________________________________
 167 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco)
 168 {
 169   //Assignment operator
 170
 171   if(this == &reco)return *this;
 172   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
 173
 174   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ;
 175                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
 176   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 177   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 178
 179   fParticleType              = reco.fParticleType;
 180   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo;
 181   fW0                        = reco.fW0;
 182
 183   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
 184   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
 185   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
 186
 187   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
 188   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
 189   fUseTimeCorrectionFactors  = reco.fUseTimeCorrectionFactors;
 190   fTimeCorrectionFactorsSet  = reco.fTimeCorrectionFactorsSet;
 191
 192   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
 193   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
 194   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
 195
 196   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
 197   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
 198   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;
 199
 200   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
 201
 202   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
 203
 204   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
 205   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
 206   fCutR                      = reco.fCutR;
 207   fCutEta                    = reco.fCutEta;
 208   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
 209   fMass                      = reco.fMass;
 210   fStep                      = reco.fStep;
 211   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;
 212
 213   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
 214   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
 215   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
 216   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS;
 217   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
 218   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
 219   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
 220   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
 221   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
 222   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
 223   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
 224   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
 225
 226   if(reco.fResidualEta){
 227     // assign or copy construct
 228     if(fResidualEta){
 229       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
 230     }
 231     else fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
 232   }
 233   else{
 234     if(fResidualEta)delete fResidualEta;
 235     fResidualEta = 0;
 236   }
 237
 238   if(reco.fResidualPhi){
 239     // assign or copy construct
 240     if(fResidualPhi){
 241       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
 242     }
 243     else fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
 244   }
 245   else{
 246     if(fResidualPhi)delete fResidualPhi;
 247     fResidualPhi = 0;
 248   }
 249
 250   if(reco.fMatchedTrackIndex){
 251     // assign or copy construct
 252     if(fMatchedTrackIndex){
 253       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
 254     }
 255     else fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
 256   }
 257   else{
 258     if(fMatchedTrackIndex)delete fMatchedTrackIndex;
 259     fMatchedTrackIndex = 0;
 260   }
 261
 262   if(reco.fMatchedClusterIndex){
 263     // assign or copy construct
 264     if(fMatchedClusterIndex){
 265       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
 266     }
 267     else fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
 268   }
 269   else{
 270     if(fMatchedClusterIndex)delete fMatchedClusterIndex;
 271     fMatchedClusterIndex = 0;
 272   }
 273
 274   return *this;
 275 }
 276
 277
 278 //__________________________________________________
 279 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
 280 {
 281   //Destructor.
 282
 283         if(fEMCALRecalibrationFactors) {
 284                 fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
 285                 delete  fEMCALRecalibrationFactors;
 286         }
 287
 288   if(fEMCALBadChannelMap) {
 289                 fEMCALBadChannelMap->Clear();
 290                 delete  fEMCALBadChannelMap;
 291         }
 292
 293   delete fMatchedTrackIndex   ;
 294   delete fMatchedClusterIndex ;
 295   delete fResidualEta         ;
 296   delete fResidualPhi         ;
 297
 298 }
 299
 300 //_______________________________________________________________
 301 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(AliEMCALGeometry* geom, AliVCluster* cluster, AliVCaloCells* cells)
 302 {
 303         // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and
 304         // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
 305
 306   if(!cluster){
 307     AliInfo("Cluster pointer null!");
 308     return kFALSE;
 309   }
 310
 311   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
 312         if(cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 ) return kTRUE;
 313
 314   Int_t absIdMax        = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
 315   Bool_t shared = kFALSE;
 316   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
 317
 318   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n",
 319            absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
 320
 321         if(absIdMax==-1) return kFALSE;
 322
 323         //Check if the cell is close to the borders:
 324         Bool_t okrow = kFALSE;
 325         Bool_t okcol = kFALSE;
 326
 327   if(iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 ) {
 328     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
 329                   iSM,ieta,iphi));
 330   }
 331
 332   //Check rows/phi
 333   if(iSM < 10){
 334     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 24-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE;
 335   }
 336   else{
 337     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 12-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE;
 338   }
 339
 340   //Check columns/eta
 341   if(!fNoEMCALBorderAtEta0){
 342     if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < 48-fNCellsFromEMCALBorder) okcol =kTRUE;
 343   }
 344   else{
 345     if(iSM%2==0){
 346       if(ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;
 347     }
 348     else {
 349       if(ieta <  48-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE;
 350     }
 351   }//eta 0 not checked
 352
 353   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
 354            fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
 355
 356         if (okcol && okrow) {
 357     //printf("Accept\n");
 358     return kTRUE;
 359   }
 360         else  {
 361     //printf("Reject\n");
 362     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
 363     return kFALSE;
 364   }
 365
 366 }
 367
 368
 369 //_________________________________________________________________________________________________________
 370 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(AliEMCALGeometry* geom, UShort_t* cellList, const Int_t nCells){
 371         // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored
 372         // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
 373
 374         if(!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
 375         if(!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
 376
 377         Int_t icol = -1;
 378         Int_t irow = -1;
 379         Int_t imod = -1;
 380         for(Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++){
 381
 382                 //Get the column and row
 383     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 384     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta);
 385     if(fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
 386     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 387     if(GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow)){
 388       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
 389       return kTRUE;
 390     }
 391
 392         }// cell cluster loop
 393
 394         return kFALSE;
 395
 396 }
 397
 398 //_________________________________________________
 399 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(AliVCluster *cluster) const {
 400   // Check if the cluster has high energy  but small number of cells
 401   // The criteria comes from Gustavo's study
 402   //
 403
 404   if(!cluster){
 405     AliInfo("Cluster pointer null!");
 406     return kFALSE;
 407   }
 408
 409   Int_t nc = cluster->GetNCells() ;
 410
 411   if      ( nc > 8 )                   return kFALSE ; // Good cluster, needed for 3x3 clusterizer
 412   else if ( nc < 1 + cluster->E()/3. ) return kTRUE  ; // Bad cluster
 413   else                                 return kFALSE ; // Good cluster
 414
 415 }
 416
 417 //__________________________________________________
 418 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(AliVCluster* cluster) {
 419
 420   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
 421
 422   if(!cluster){
 423     AliInfo("Cluster pointer null!");
 424     return 0;
 425   }
 426
 427   Float_t energy    = cluster->E() ;
 428   Float_t rdmEnergy = energy ;
 429   if(fSmearClusterEnergy){
 430     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
 431                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
 432                                     fSmearClusterParam[2] );
 433     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
 434   }
 435
 436   return rdmEnergy ;
 437
 438 }
 439
 440 //__________________________________________________
 441 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster){
 442 // Correct cluster energy from non linearity functions
 443
 444   if(!cluster){
 445     AliInfo("Cluster pointer null!");
 446     return 0;
 447   }
 448
 449   Float_t energy = cluster->E();
 450
 451   switch (fNonLinearityFunction) {
 452
 453     case kPi0MC:
 454     {
 455       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
 456       //Double_t fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 457       //Double_t fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
 458       //Double_t fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
 459       //Double_t fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 460       //Double_t fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
 461        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
 462                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
 463                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
 464       break;
 465     }
 466
 467     case kPi0GammaGamma:
 468     {
 469       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
 470       //Double_t fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 471       //Double_t fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 472       //Double_t fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 473       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
 474       break;
 475     }
 476
 477     case kPi0GammaConversion:
 478     {
 479       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
 480       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
 481       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 482       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 483       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
 484
 485       break;
 486     }
 487
 488     case kBeamTest:
 489     {
 490       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
 491       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
 492       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002
 493       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797
 494       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358
 495       //Rescale the param[0] with 1.03
 496       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
 497
 498       break;
 499     }
 500
 501     case kBeamTestCorrected:
 502     {
 503       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 504       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
 505       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 506       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 507       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 508       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 509       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 510       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 511         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 512
 513       break;
 514     }
 515
 516     case kNoCorrection:
 517       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
 518       break;
 519
 520   }
 521
 522   return energy;
 523
 524 }
 525 //__________________________________________________
 526 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
 527 {
 528         //Initialising Non Linearity Parameters
 529
 530         if(fNonLinearityFunction == kPi0MC)
 531                 {
 532                         fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 533       fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
 534       fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
 535       fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 536       fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
 537                 }
 538
 539         if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma)
 540                 {
 541                         fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 542                         fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 543                         fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 544                 }
 545
 546         if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion)
 547                 {
 548       fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
 549       fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 550       fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 551                 }
 552
 553         if(fNonLinearityFunction == kBeamTest)
 554                 {
 555                         if(fNonLinearThreshold == 30)
 556                         {
 557                                 fNonLinearityParams[0] = 1.007;
 558                                 fNonLinearityParams[1] = 0.894;
 559                                 fNonLinearityParams[2] = 0.246;
 560                         }
 561                         if(fNonLinearThreshold == 45)
 562                         {
 563                                 fNonLinearityParams[0] = 1.003;
 564                                 fNonLinearityParams[1] = 0.719;
 565                                 fNonLinearityParams[2] = 0.334;
 566                         }
 567                         if(fNonLinearThreshold == 75)
 568                         {
 569                                 fNonLinearityParams[0] = 1.002;
 570                                 fNonLinearityParams[1] = 0.797;
 571                                 fNonLinearityParams[2] = 0.358;
 572                         }
 573                 }
 574
 575         if(fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected)
 576                 {
 577                         fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
 578                         fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 579                         fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 580                         fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 581                         fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 582                         fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 583                         fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 584                 }
 585 }
 586
 587 //__________________________________________________
 588 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(const Float_t energy, const Int_t iParticle, const Int_t iSM) const
 589 {
 590   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
 591
 592   // parameters
 593   Float_t x0    = 1.31;
 594   Float_t ecr   = 8;
 595   Float_t depth = 0;
 596
 597   switch ( iParticle )
 598   {
 599     case kPhoton:
 600       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000/ ecr) + 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 601       break;
 602
 603     case kElectron:
 604       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000/ ecr) - 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 605       break;
 606
 607     case kHadron:
 608       // hadron
 609       // boxes anc. here
 610       if(gGeoManager){
 611         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
 612         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
 613         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
 614         if(geoSM){
 615           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume();
 616           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
 617           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
 618           if(geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
 619           else AliFatal("Null GEANT box");
 620         }else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
 621       }
 622       else{//electron
 623         depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000 / ecr)  - 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 624       }
 625
 626       break;
 627
 628     default://photon
 629       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000 / ecr) + 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 630   }
 631
 632   return depth;
 633
 634 }
 635
 636 //__________________________________________________
 637 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(AliEMCALGeometry *geom, AliVCaloCells* cells, AliVCluster* clu,
 638                                          Int_t & absId,  Int_t& iSupMod, Int_t& ieta, Int_t& iphi, Bool_t &shared)
 639 {
 640   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell
 641   //with maximum energy deposit.
 642
 643   Double_t eMax        = -1.;
 644   Double_t eCell       = -1.;
 645   Float_t  fraction    = 1.;
 646   Float_t  recalFactor = 1.;
 647   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
 648
 649   Int_t iTower  = -1;
 650   Int_t iIphi   = -1;
 651   Int_t iIeta   = -1;
 652   Int_t iSupMod0= -1;
 653
 654   if(!clu){
 655     AliInfo("Cluster pointer null!");
 656     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
 657     return;
 658   }
 659
 660   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
 661     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
 662     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
 663     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
 664     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
 665     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 666     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 667     if(iDig==0) iSupMod0=iSupMod;
 668     else if(iSupMod0!=iSupMod) {
 669       shared = kTRUE;
 670       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
 671     }
 672     if(IsRecalibrationOn()) {
 673       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
 674     }
 675     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
 676     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
 677     if(eCell > eMax)  {
 678       eMax  = eCell;
 679       absId = cellAbsId;
 680       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
 681     }
 682   }// cell loop
 683
 684   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
 685   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 686   //Gives SuperModule and Tower numbers
 687   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
 688                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 689   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
 690   //printf("Max end---\n");
 691
 692 }
 693
 694 //________________________________________________________________
 695 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors(){
 696         //Init EMCAL recalibration factors
 697         AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
 698         //In order to avoid rewriting the same histograms
 699         Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
 700         TH1::AddDirectory(kFALSE);
 701
 702         fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(10);
 703         for (int i = 0; i < 10; i++) fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
 704         //Init the histograms with 1
 705         for (Int_t sm = 0; sm < 10; sm++) {
 706                 for (Int_t i = 0; i < 48; i++) {
 707                         for (Int_t j = 0; j < 24; j++) {
 708                                 SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
 709                         }
 710                 }
 711         }
 712         fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
 713         fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
 714
 715         //In order to avoid rewriting the same histograms
 716         TH1::AddDirectory(oldStatus);
 717 }
 718
 719
 720 //________________________________________________________________
 721 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap(){
 722         //Init EMCAL bad channels map
 723         AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
 724         //In order to avoid rewriting the same histograms
 725         Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
 726         TH1::AddDirectory(kFALSE);
 727
 728         fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(10);
 729         //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
 730         for (int i = 0; i < 10; i++) {
 731                 fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
 732         }
 733
 734         //delete hTemp;
 735
 736         fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
 737         fEMCALBadChannelMap->Compress();
 738
 739         //In order to avoid rewriting the same histograms
 740         TH1::AddDirectory(oldStatus);
 741 }
 742
 743 //________________________________________________________________
 744 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(AliEMCALGeometry* geom, AliVCluster * cluster, AliVCaloCells * cells){
 745         // Recalibrate the cluster energy, considering the recalibration map and the energy of the cells that compose the cluster.
 746
 747   if(!cluster){
 748     AliInfo("Cluster pointer null!");
 749     return;
 750   }
 751
 752         //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
 753         UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
 754         Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
 755         Int_t ncells = cluster->GetNCells();
 756
 757         //Initialize some used variables
 758         Float_t energy = 0;
 759         Int_t absId    = -1;
 760   Int_t icol = -1, irow = -1, imod=1;
 761         Float_t factor = 1, frac = 0;
 762
 763         //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
 764         for(Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++){
 765                 absId = index[icell];
 766                 frac =  fraction[icell];
 767                 if(frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
 768                 Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 769                 geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 770                 if(fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) continue;
 771                 geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 772                 factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
 773     AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
 774              imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
 775
 776                 energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
 777         }
 778
 779
 780                 AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f\n",cluster->E(),energy));
 781
 782         cluster->SetE(energy);
 783
 784 }
 785
 786
 787 //__________________________________________________
 788 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(AliEMCALGeometry *geom, AliVCaloCells* cells, AliVCluster* clu)
 789 {
 790   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
 791
 792   if(!clu){
 793     AliInfo("Cluster pointer null!");
 794     return;
 795   }
 796
 797   if     (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
 798   else if(fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
 799   else   AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
 800
 801 }
 802
 803 //__________________________________________________
 804 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(AliEMCALGeometry *geom, AliVCaloCells* cells, AliVCluster* clu)
 805 {
 806   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
 807   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
 808
 809   Double_t eCell       = 0.;
 810   Float_t  fraction    = 1.;
 811   Float_t  recalFactor = 1.;
 812
 813   Int_t    absId   = -1;
 814   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
 815   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
 816   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
 817   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
 818   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
 819   Bool_t shared = kFALSE;
 820
 821   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
 822   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
 823   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
 824
 825   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
 826
 827   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
 828     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
 829     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
 830     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
 831     geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta);
 832     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 833
 834     if(IsRecalibrationOn()) {
 835       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
 836     }
 837     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
 838
 839     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
 840     //printf("cell energy %f, weight %f\n",eCell,weight);
 841     totalWeight += weight;
 842     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
 843     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
 844     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
 845     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
 846
 847     for(int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
 848
 849   }// cell loop
 850
 851   if(totalWeight>0){
 852     for(int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
 853   }
 854
 855   //Float_t pos[]={0,0,0};
 856   //clu->GetPosition(pos);
 857   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
 858   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
 859
 860         if(iSupModMax > 1) {//sector 1
 861           newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093;
 862           newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
 863           newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
 864     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
 865
 866         }
 867         else {//sector 0
 868           newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
 869           newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
 870           newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
 871     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
 872
 873         }
 874   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
 875
 876   clu->SetPosition(newPos);
 877
 878 }
 879
 880 //__________________________________________________
 881 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(AliEMCALGeometry *geom, AliVCaloCells* cells, AliVCluster* clu)
 882 {
 883   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
 884   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
 885
 886   Double_t eCell       = 1.;
 887   Float_t  fraction    = 1.;
 888   Float_t  recalFactor = 1.;
 889
 890   Int_t absId   = -1;
 891   Int_t iTower  = -1;
 892   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
 893         Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
 894   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
 895   Bool_t shared = kFALSE;
 896
 897   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
 898   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
 899   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
 900
 901   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
 902   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
 903   Int_t startingSM = -1;
 904
 905   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
 906     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
 907     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
 908     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
 909     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 910     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 911
 912     if     (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
 913     else if(iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
 914
 915     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
 916
 917     if(IsRecalibrationOn()) {
 918       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
 919     }
 920     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
 921
 922     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
 923     if(weight < 0) weight = 0;
 924     totalWeight += weight;
 925     weightedCol += ieta*weight;
 926     weightedRow += iphi*weight;
 927
 928     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
 929
 930     }// cell loop
 931
 932   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
 933   if(areInSameSM == kTRUE) {
 934     //printf("In Same SM\n");
 935     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
 936     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
 937     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
 938   }
 939   else {
 940     //printf("In Different SM\n");
 941     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
 942   }
 943
 944   clu->SetPosition(xyzNew);
 945
 946 }
 947
 948 //____________________________________________________________________________
 949 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(AliEMCALGeometry * geom, AliVCaloCells* cells, AliVCluster * cluster){
 950
 951   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
 952
 953   if(!fRecalDistToBadChannels) return;
 954
 955   if(!cluster){
 956     AliInfo("Cluster pointer null!");
 957     return;
 958   }
 959
 960         //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
 961   Int_t absIdMax        = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
 962   Bool_t shared = kFALSE;
 963   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
 964   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
 965
 966   Int_t dRrow, dRcol;
 967         Float_t  minDist = 10000.;
 968         Float_t  dist    = 0.;
 969
 970   //Loop on tower status map
 971         for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++){
 972                 for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++){
 973                         //Check if tower is bad.
 974                         if(hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
 975       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
 976       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
 977
 978       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
 979       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
 980       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
 981                         if(dist < minDist){
 982         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
 983         minDist = dist;
 984       }
 985
 986                 }
 987         }
 988
 989         //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
 990         if (shared) {
 991                 TH2D* hMap2 = 0;
 992                 Int_t iSupMod2 = -1;
 993
 994                 //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
 995                 if(iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
 996                 else          iSupMod2 = iSupMod+1;
 997                 hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
 998
 999                 //Loop on tower status map of second super module
1000                 for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++){
1001                         for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++){
1002                                 //Check if tower is bad.
1003                                 if(hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1004                                 //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1005           //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1006
1007         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1008
1009         if(iSupMod%2) {
1010                                   dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1011                                 }
1012         else {
1013           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1014                                 }
1015
1016                                 dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1017         if(dist < minDist) minDist = dist;
1018
1019                         }
1020                 }
1021
1022         }// shared cluster in 2 SuperModules
1023
1024   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1025   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1026
1027 }
1028
1029 //____________________________________________________________________________
1030 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster){
1031
1032   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1033
1034   if(!cluster){
1035     AliInfo("Cluster pointer null!");
1036     return;
1037   }
1038
1039         if ( cluster->GetM02() != 0)
1040     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1041
1042   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESN+1];
1043         for(Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1044
1045   cluster->SetPID(pidlist);
1046
1047 }
1048
1049 //____________________________________________________________________________
1050 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(AliEMCALGeometry * geom, AliVCaloCells* cells, AliVCluster * cluster)
1051 {
1052   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1053   // and tranfers into global ALICE coordinates
1054   // Calculates Dispersion and main axis
1055
1056   if(!cluster){
1057     AliInfo("Cluster pointer null!");
1058     return;
1059   }
1060
1061   Int_t nstat  = 0;
1062   Float_t wtot = 0. ;
1063   Double_t eCell       = 0.;
1064   Float_t  fraction    = 1.;
1065   Float_t  recalFactor = 1.;
1066
1067   Int_t iSupMod = -1;
1068   Int_t iTower  = -1;
1069   Int_t iIphi   = -1;
1070   Int_t iIeta   = -1;
1071   Int_t iphi    = -1;
1072   Int_t ieta    = -1;
1073   Double_t etai = -1.;
1074   Double_t phii = -1.;
1075
1076   Double_t w     = 0.;
1077   Double_t d     = 0.;
1078   Double_t dxx   = 0.;
1079   Double_t dzz   = 0.;
1080   Double_t dxz   = 0.;
1081   Double_t xmean = 0.;
1082   Double_t zmean = 0.;
1083
1084   //Loop on cells
1085   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) {
1086
1087     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1088     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1089     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1090
1091     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1092     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1093     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1094     if(IsRecalibrationOn()) {
1095       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1096     }
1097     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1098
1099     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0){
1100
1101       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1102
1103       etai=(Double_t)ieta;
1104       phii=(Double_t)iphi;
1105       if(w > 0.0) {
1106         wtot += w ;
1107         nstat++;
1108         //Shower shape
1109         dxx  += w * etai * etai ;
1110         xmean+= w * etai ;
1111         dzz  += w * phii * phii ;
1112         zmean+= w * phii ;
1113         dxz  += w * etai * phii ;
1114       }
1115     }
1116     else
1117       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1118   }//cell loop
1119
1120   //Normalize to the weight
1121   if (wtot > 0) {
1122     xmean /= wtot ;
1123     zmean /= wtot ;
1124   }
1125   else
1126     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1127
1128   //Calculate dispersion
1129   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) {
1130
1131     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1132     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1133     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1134
1135     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1136     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1137     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1138     if(IsRecalibrationOn()) {
1139       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1140     }
1141     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1142
1143     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0){
1144
1145       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1146
1147       etai=(Double_t)ieta;
1148       phii=(Double_t)iphi;
1149       if(w > 0.0)  d +=  w*((etai-xmean)*(etai-xmean)+(phii-zmean)*(phii-zmean));
1150     }
1151     else
1152       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1153   }// cell loop
1154
1155   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1156   if (wtot > 0 && nstat > 1) {
1157     d /= wtot ;
1158     dxx /= wtot ;
1159     dzz /= wtot ;
1160     dxz /= wtot ;
1161     dxx -= xmean * xmean ;
1162     dzz -= zmean * zmean ;
1163     dxz -= xmean * zmean ;
1164     cluster->SetM02(0.5 * (dxx + dzz) + TMath::Sqrt( 0.25 * (dxx - dzz) * (dxx - dzz) + dxz * dxz ));
1165     cluster->SetM20(0.5 * (dxx + dzz) - TMath::Sqrt( 0.25 * (dxx - dzz) * (dxx - dzz) + dxz * dxz ));
1166   }
1167   else{
1168     d=0. ;
1169     cluster->SetM20(0.) ;
1170     cluster->SetM02(0.) ;
1171   }
1172
1173   if (d>=0)
1174     cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(d)) ;
1175   else
1176     cluster->SetDispersion(0) ;
1177 }
1178
1179 //____________________________________________________________________________
1180 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,TObjArray * clusterArr,  AliEMCALGeometry *geom)
1181 {
1182   //This function should be called before the cluster loop
1183   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1184   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1185   //Store matched cluster indexes and residuals
1186
1187   fMatchedTrackIndex->Reset();
1188   fMatchedClusterIndex->Reset();
1189   fResidualPhi->Reset();
1190   fResidualEta->Reset();
1191
1192   fMatchedTrackIndex->Set(500);
1193   fMatchedClusterIndex->Set(500);
1194   fResidualPhi->Set(500);
1195   fResidualEta->Set(500);
1196
1197   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1198   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1199
1200   Int_t    matched=0;
1201   Double_t cv[21];
1202   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1203   for(Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1204   {
1205     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1206
1207     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner
1208     if(esdevent)
1209     {
1210       AliESDtrack *esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1211       if(!esdTrack || !IsAccepted(esdTrack)) continue;
1212       if(esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1213       trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());
1214     }
1215
1216     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1217     //AOD tracks are selected according to its bit.
1218     else if(aodevent)
1219     {
1220       AliAODTrack *aodTrack = aodevent->GetTrack(itr);
1221       if(!aodTrack) continue;
1222       if(!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask)) continue; //Select AOD tracks that fulfill GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
1223       if(aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1224       Double_t pos[3],mom[3];
1225       aodTrack->GetXYZ(pos);
1226       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1227       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1228       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1229     }
1230
1231     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1232     else
1233     {
1234       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1235       return;
1236     }
1237
1238     if(!trackParam) continue;
1239
1240     Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
1241     Int_t index = -1;
1242     if(!clusterArr){// get clusters from event
1243       for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1244       {
1245         AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1246         if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1247         AliExternalTrackParam trkPamTmp(*trackParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1248         Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1249         if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1250         if(fCutEtaPhiSum)
1251         {
1252           Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1253           if(tmpR<dRMax)
1254           {
1255             dRMax=tmpR;
1256             dEtaMax=tmpEta;
1257             dPhiMax=tmpPhi;
1258             index=icl;
1259           }
1260         }
1261         else if(fCutEtaPhiSeparate)
1262         {
1263           if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
1264           {
1265             dEtaMax = tmpEta;
1266             dPhiMax = tmpPhi;
1267             index=icl;
1268           }
1269         }
1270         else
1271         {
1272           printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1273           printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1274           printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1275           if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1276           return;
1277         }
1278       }//cluster loop
1279     }
1280     else { // external cluster array, not from ESD event
1281       for(Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
1282       {
1283         AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
1284         if(!cluster){
1285           AliInfo("Cluster not found!!!");
1286           continue;
1287         }
1288         if(!cluster->IsEMCAL()) continue;
1289         AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trackParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1290         Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1291         if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1292         if(fCutEtaPhiSum)
1293         {
1294           Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1295           if(tmpR<dRMax)
1296           {
1297             dRMax=tmpR;
1298             dEtaMax=tmpEta;
1299             dPhiMax=tmpPhi;
1300             index=icl;
1301           }
1302         }
1303         else if(fCutEtaPhiSeparate)
1304         {
1305           if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
1306           {
1307             dEtaMax = tmpEta;
1308             dPhiMax = tmpPhi;
1309             index=icl;
1310           }
1311         }
1312         else
1313         {
1314           printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1315           printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1316           printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1317           if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1318           return;
1319         }
1320       }//cluster loop
1321     }// external list of clusters
1322
1323     if(index>-1)
1324     {
1325       fMatchedTrackIndex  ->AddAt(itr,matched);
1326       fMatchedClusterIndex->AddAt(index,matched);
1327       fResidualEta          ->AddAt(dEtaMax,matched);
1328       fResidualPhi          ->AddAt(dPhiMax,matched);
1329       matched++;
1330     }
1331     if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1332   }//track loop
1333
1334   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1335
1336   fMatchedTrackIndex  ->Set(matched);
1337   fMatchedClusterIndex->Set(matched);
1338   fResidualPhi          ->Set(matched);
1339   fResidualEta          ->Set(matched);
1340 }
1341
1342 //________________________________________________________________________________
1343 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedCluster(AliESDtrack *track, AliVEvent *event, AliEMCALGeometry *geom)
1344 {
1345   //
1346   // This function returns the index of matched cluster to input track
1347   // Returns -1 if no match is found
1348
1349
1350   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax = fCutEta, dPhiMax = fCutPhi;
1351   Int_t index = -1;
1352
1353   AliExternalTrackParam *trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
1354
1355   if(!trackParam) return index;
1356   for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1357   {
1358     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1359     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1360     AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trackParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1361     Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1362     if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1363     if(fCutEtaPhiSum)
1364     {
1365       Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1366       if(tmpR<dRMax)
1367             {
1368               dRMax=tmpR;
1369               dEtaMax=tmpEta;
1370               dPhiMax=tmpPhi;
1371               index=icl;
1372             }
1373     }
1374     else if(fCutEtaPhiSeparate)
1375     {
1376       if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
1377             {
1378               dEtaMax = tmpEta;
1379               dPhiMax = tmpPhi;
1380               index=icl;
1381             }
1382     }
1383     else
1384     {
1385       printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1386       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1387       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1388       return -1;
1389     }
1390   }//cluster loop
1391   return index;
1392 }
1393
1394 //________________________________________________________________________________
1395 Bool_t  AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam, AliVCluster *cluster, Float_t &tmpEta, Float_t &tmpPhi)
1396 {
1397   //
1398   //Return the residual by extrapolating a track to a cluster
1399   //
1400   if(!trkParam || !cluster) return kFALSE;
1401   Float_t clsPos[3];
1402   Double_t trkPos[3];
1403   cluster->GetPosition(clsPos); //Has been recalculated
1404   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
1405   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
1406   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
1407   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), fMass, fStep,kTRUE, 0.99, -1)) return kFALSE;
1408   trkParam->GetXYZ(trkPos); //Get the extrapolated global position
1409
1410   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
1411   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
1412
1413   // track cluster matching
1414   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec); // tmpPhi is between -pi and pi
1415   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();  // track cluster matching
1416
1417   return kTRUE;
1418 }
1419
1420 //________________________________________________________________________________
1421 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(Int_t clsIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1422 {
1423   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
1424   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
1425   //Works with ESDs and AODs
1426
1427   if( FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999 )
1428   {
1429     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
1430     dEta=999.;
1431     dPhi=999.;
1432     return;
1433   }
1434   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
1435   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
1436 }
1437 //________________________________________________________________________________
1438 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1439 {
1440   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
1441   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
1442   //Works with ESDs and AODs
1443
1444   if( FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999 )
1445   {
1446     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
1447     dEta=999.;
1448     dPhi=999.;
1449     return;
1450   }
1451   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
1452   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
1453 }
1454
1455 //__________________________________________________________
1456 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
1457 {
1458   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
1459   //Get the index of matched track to this cluster
1460   //Works with ESDs and AODs
1461
1462   if(IsClusterMatched(clsIndex))
1463     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
1464   else
1465     return -1;
1466 }
1467
1468 //__________________________________________________________
1469 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
1470 {
1471   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
1472   //Get the index of matched cluster to this track
1473   //Works with ESDs and AODs
1474
1475   if(IsTrackMatched(trkIndex))
1476     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
1477   else
1478     return -1;
1479 }
1480
1481 //__________________________________________________
1482 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
1483 {
1484   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
1485   //Returns if the cluster has a match
1486   if(FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999)
1487     return kTRUE;
1488   else
1489     return kFALSE;
1490 }
1491
1492 //__________________________________________________
1493 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const
1494 {
1495   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
1496   //Returns if the track has a match
1497   if(FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999)
1498     return kTRUE;
1499   else
1500     return kFALSE;
1501 }
1502
1503 //__________________________________________________________
1504 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
1505 {
1506   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
1507   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
1508   Float_t tmpR = fCutR;
1509   UInt_t pos = 999;
1510
1511   for(Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++)
1512   {
1513     if(fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex)
1514       {
1515         Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
1516         if(r<tmpR)
1517           {
1518             pos=i;
1519             tmpR=r;
1520             AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
1521           }
1522       }
1523   }
1524   return pos;
1525 }
1526
1527 //__________________________________________________________
1528 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
1529 {
1530   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
1531   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
1532   Float_t tmpR = fCutR;
1533   UInt_t pos = 999;
1534
1535   for(Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++)
1536   {
1537     if(fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex)
1538       {
1539         Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
1540         if(r<tmpR)
1541           {
1542             pos=i;
1543             tmpR=r;
1544             AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
1545           }
1546       }
1547   }
1548   return pos;
1549 }
1550
1551 //__________________________________________________________
1552 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster, AliEMCALGeometry *geom, AliVCaloCells* cells)
1553 {
1554   // check if the cluster survives some quality cut
1555   //
1556   //
1557   Bool_t isGood=kTRUE;
1558   if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) return kFALSE;
1559   if(ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
1560   if(!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
1561   if(fRejectExoticCluster && IsExoticCluster(cluster)) return kFALSE;
1562
1563   return isGood;
1564 }
1565
1566 //__________________________________________________________
1567 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
1568 {
1569   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
1570
1571   // The different quality parameter are first
1572   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
1573   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
1574
1575   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
1576
1577   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
1578   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
1579
1580   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
1581   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
1582   if (nClustersITS!=0)
1583     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
1584   if (nClustersTPC!=0)
1585     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
1586
1587
1588   //DCA cuts
1589   Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
1590   //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
1591   SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
1592
1593
1594   Float_t b[2];
1595   Float_t bCov[3];
1596   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
1597   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0) {
1598     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
1599     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
1600   }
1601
1602   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
1603   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
1604   Float_t dcaToVertex = -1;
1605
1606   if (fCutDCAToVertex2D)
1607     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
1608   else
1609     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
1610
1611   // cut the track?
1612
1613   Bool_t cuts[kNCuts];
1614   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
1615
1616   // track quality cuts
1617   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
1618     cuts[0]=kTRUE;
1619   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
1620     cuts[1]=kTRUE;
1621   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
1622     cuts[2]=kTRUE;
1623   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS)
1624     cuts[3]=kTRUE;
1625   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC)
1626     cuts[4]=kTRUE;
1627   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS)
1628     cuts[5]=kTRUE;
1629   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
1630     cuts[6]=kTRUE;
1631   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
1632     cuts[7] = kTRUE;
1633   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
1634     cuts[8] = kTRUE;
1635   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
1636     cuts[9] = kTRUE;
1637
1638   //Require at least one SPD point + anything else in ITS
1639   if( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
1640     cuts[10] = kTRUE;
1641
1642   Bool_t cut=kFALSE;
1643   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
1644     if (cuts[i]) {cut = kTRUE;}
1645
1646     // cut the track
1647   if (cut)
1648     return kFALSE;
1649   else
1650     return kTRUE;
1651 }
1652 //__________________________________________________
1653 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
1654 {
1655   //Intilize the track cut criteria
1656   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
1657   //Also you can customize the cuts using the setters
1658
1659   switch (fTrackCutsType)
1660     {
1661     case kTPCOnlyCut:
1662       {
1663         AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
1664         //TPC
1665         SetMinNClustersTPC(70);
1666         SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
1667         SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
1668         SetRequireTPCRefit(kFALSE);
1669
1670         //ITS
1671         SetRequireITSRefit(kFALSE);
1672         SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
1673         SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
1674         SetDCAToVertex2D(kTRUE);
1675
1676         break;
1677       }
1678
1679     case kGlobalCut:
1680       {
1681         AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
1682         //TPC
1683         SetMinNClustersTPC(70);
1684         SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
1685         SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
1686         SetRequireTPCRefit(kTRUE);
1687
1688         //ITS
1689         SetRequireITSRefit(kTRUE);
1690         SetMaxDCAToVertexZ(2);
1691         SetMaxDCAToVertexXY();
1692         SetDCAToVertex2D(kFALSE);
1693
1694         break;
1695       }
1696
1697     case kLooseCut:
1698       {
1699         AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
1700         SetMinNClustersTPC(50);
1701         SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
1702
1703         break;
1704       }
1705     }
1706 }
1707
1708 //___________________________________________________
1709 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const
1710 {
1711   // Print Parameters
1712
1713   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
1714   printf("Misalignment shifts\n");
1715   for(Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i,
1716                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
1717                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
1718   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
1719   for(Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
1720
1721   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
1722
1723   printf("Matching criteria: ");
1724   if(fCutEtaPhiSum)
1725     {
1726       printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%2.2f\n",fCutR);
1727     }
1728   else if(fCutEtaPhiSeparate)
1729     {
1730       printf("dEta<%2.2f, dPhi<%2.2f\n",fCutEta,fCutPhi);
1731     }
1732   else
1733     {
1734       printf("Error\n");
1735       printf("please specify your cut criteria\n");
1736       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1737       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1738     }
1739
1740   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step = %2.2f[cm]\n",fMass,fStep);
1741
1742   printf("Track cuts: \n");
1743   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
1744   printf("AOD track selection mask: %d\n",fAODFilterMask);
1745   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
1746   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
1747   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
1748   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
1749   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
1750
1751 }
1752
1753 //_____________________________________________________________________
1754 void AliEMCALRecoUtils::SetTimeDependentCorrections(Int_t runnumber){
1755   //Get EMCAL time dependent corrections from file and put them in the recalibration histograms
1756   //Do it only once and only if it is requested
1757
1758   if(!fUseTimeCorrectionFactors) return;
1759   if(fTimeCorrectionFactorsSet)  return;
1760
1761   printf("AliEMCALRecoUtils::GetTimeDependentCorrections() - Get Correction Factors for Run number %d\n",runnumber);
1762
1763   AliEMCALCalibTimeDepCorrection  *corr =  new AliEMCALCalibTimeDepCorrection();
1764   corr->ReadRootInfo(Form("CorrectionFiles/Run%d_Correction.root",runnumber));
1765
1766   SwitchOnRecalibration();
1767   for(Int_t ism = 0; ism < 4; ism++){
1768     for(Int_t icol = 0; icol < 48; icol++){
1769       for(Int_t irow = 0; irow < 24; irow++){
1770         Float_t orgRecalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactors(ism)->GetBinContent(icol,irow);
1771         Float_t newRecalFactor = orgRecalFactor*corr->GetCorrection(ism, icol,irow,0);
1772         GetEMCALChannelRecalibrationFactors(ism)->SetBinContent(icol,irow,newRecalFactor);
1773         //printf("ism %d, icol %d, irow %d, corrections : org %f, time dep %f, final %f (org*time %f)\n",ism, icol, irow,
1774         //        orgRecalFactor, corr->GetCorrection(ism, icol,irow,0),
1775         //       (GetEMCALChannelRecalibrationFactors(ism))->GetBinContent(icol,irow),newRecalFactor);
1776       }
1777     }
1778   }
1779    fTimeCorrectionFactorsSet = kTRUE;
1780 }
1781