EMCAL/AliEMCALRecoUtils.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx | Sun Dec 8 06:56:48 2013 +0100 | Constantin Loizides  $ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //
  20 // Class AliEMCALRecoUtils
  21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
  22 //
  23 //
  24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble)
  25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
  26
  27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  28 // --- standard c ---
  29
  30 // standard C++ includes
  31 //#include <Riostream.h>
  32
  33 // ROOT includes
  34 #include <TGeoManager.h>
  35 #include <TGeoMatrix.h>
  36 #include <TGeoBBox.h>
  37 #include <TH2F.h>
  38 #include <TArrayI.h>
  39 #include <TArrayF.h>
  40 #include <TObjArray.h>
  41
  42 // STEER includes
  43 #include "AliVCluster.h"
  44 #include "AliVCaloCells.h"
  45 #include "AliLog.h"
  46 #include "AliPID.h"
  47 #include "AliESDEvent.h"
  48 #include "AliAODEvent.h"
  49 #include "AliESDtrack.h"
  50 #include "AliAODTrack.h"
  51 #include "AliExternalTrackParam.h"
  52 #include "AliESDfriendTrack.h"
  53 #include "AliTrackerBase.h"
  54
  55 // EMCAL includes
  56 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  57 #include "AliEMCALGeometry.h"
  58 #include "AliTrackerBase.h"
  59 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
  60
  61 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
  62
  63 //_____________________________________
  64 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
  65   fParticleType(0),                       fPosAlgo(0),                            fW0(0),
  66   fNonLinearityFunction(0),               fNonLinearThreshold(0),
  67   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
  68   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
  69   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),       fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),
  70   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
  71   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
  72   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fRejectExoticCells(kFALSE),
  73   fExoticCellFraction(0),                 fExoticCellDiffTime(0),                 fExoticCellMinAmplitude(0),
  74   fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(0),
  75   fAODHybridTracks(0),                    fAODTPCOnlyTracks(0),
  76   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0),
  77   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kFALSE),                  fCutEtaPhiSeparate(kFALSE),
  78   fCutR(0),                               fCutEta(0),                             fCutPhi(0),
  79   fClusterWindow(0),                      fMass(0),
  80   fStepSurface(0),                        fStepCluster(0),
  81   fITSTrackSA(kFALSE),                    fEMCalSurfaceDistance(440.),
  82   fTrackCutsType(0),                      fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(0),
  83   fCutMinNClusterITS(0),                  fCutMaxChi2PerClusterTPC(0),            fCutMaxChi2PerClusterITS(0),
  84   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
  85   fCutMaxDCAToVertexXY(0),                fCutMaxDCAToVertexZ(0),                 fCutDCAToVertex2D(kFALSE),
  86   fCutRequireITSStandAlone(kFALSE),       fCutRequireITSpureSA(kFALSE)
  87 {
  88 //
  89   // Constructor.
  90   // Initialize all constant values which have to be used
  91   // during Reco algorithm execution
  92   //
  93
  94   // Init parameters
  95   InitParameters();
  96
  97   //Track matching
  98   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
  99   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
 100   fResidualPhi           = new TArrayF();
 101   fResidualEta           = new TArrayF();
 102   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
 103
 104 }
 105
 106 //______________________________________________________________________
 107 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco)
 108 : TNamed(reco),
 109   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
 110   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
 111   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
 112   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
 113   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
 114   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
 115   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),
 116   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
 117   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
 118   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
 119   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fRejectExoticCells(reco.fRejectExoticCells),
 120   fExoticCellFraction(reco.fExoticCellFraction),             fExoticCellDiffTime(reco.fExoticCellDiffTime),
 121   fExoticCellMinAmplitude(reco.fExoticCellMinAmplitude),
 122   fPIDUtils(reco.fPIDUtils),                                 fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
 123   fAODHybridTracks(reco.fAODHybridTracks),                   fAODTPCOnlyTracks(reco.fAODTPCOnlyTracks),
 124   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
 125   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
 126   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
 127   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
 128   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate),
 129   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
 130   fClusterWindow(reco.fClusterWindow),
 131   fMass(reco.fMass),        fStepSurface(reco.fStepSurface), fStepCluster(reco.fStepCluster),
 132   fITSTrackSA(reco.fITSTrackSA),                             fEMCalSurfaceDistance(440.),
 133   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt),
 134   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS),
 135   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
 136   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
 137   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),
 138   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D),
 139   fCutRequireITSStandAlone(reco.fCutRequireITSStandAlone),   fCutRequireITSpureSA(reco.fCutRequireITSpureSA)
 140 {
 141   //Copy ctor
 142
 143   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ;
 144                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; }
 145   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 146   for (Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 147
 148 }
 149
 150
 151 //______________________________________________________________________
 152 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco)
 153 {
 154   //Assignment operator
 155
 156   if (this == &reco)return *this;
 157   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
 158
 159   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ;
 160                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
 161   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 162   for (Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 163
 164   fParticleType              = reco.fParticleType;
 165   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo;
 166   fW0                        = reco.fW0;
 167
 168   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
 169   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
 170   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
 171
 172   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
 173   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
 174   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
 175
 176   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
 177   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 178
 179   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
 180
 181   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
 182   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
 183   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
 184
 185   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
 186   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
 187
 188   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;
 189   fRejectExoticCells         = reco.fRejectExoticCells;
 190   fExoticCellFraction        = reco.fExoticCellFraction;
 191   fExoticCellDiffTime        = reco.fExoticCellDiffTime;
 192   fExoticCellMinAmplitude    = reco.fExoticCellMinAmplitude;
 193
 194   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
 195
 196   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
 197   fAODHybridTracks           = reco.fAODHybridTracks;
 198   fAODTPCOnlyTracks          = reco.fAODTPCOnlyTracks;
 199
 200   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
 201   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
 202   fCutR                      = reco.fCutR;
 203   fCutEta                    = reco.fCutEta;
 204   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
 205   fClusterWindow             = reco.fClusterWindow;
 206   fMass                      = reco.fMass;
 207   fStepSurface               = reco.fStepSurface;
 208   fStepCluster               = reco.fStepCluster;
 209   fITSTrackSA                = reco.fITSTrackSA;
 210   fEMCalSurfaceDistance      = reco.fEMCalSurfaceDistance;
 211
 212   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
 213   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
 214   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
 215   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS;
 216   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
 217   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
 218   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
 219   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
 220   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
 221   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
 222   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
 223   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
 224   fCutRequireITSStandAlone   = reco.fCutRequireITSStandAlone;
 225   fCutRequireITSpureSA       = reco.fCutRequireITSpureSA;
 226   if (reco.fResidualEta) {
 227     // assign or copy construct
 228     if (fResidualEta) {
 229       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
 230     } else {
 231       fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
 232     }
 233   } else {
 234     if (fResidualEta) delete fResidualEta;
 235     fResidualEta = 0;
 236   }
 237
 238   if (reco.fResidualPhi) {
 239     // assign or copy construct
 240     if (fResidualPhi) {
 241       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
 242     } else {
 243       fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
 244     }
 245   } else {
 246     if (fResidualPhi) delete fResidualPhi;
 247     fResidualPhi = 0;
 248   }
 249
 250   if (reco.fMatchedTrackIndex) {
 251     // assign or copy construct
 252     if (fMatchedTrackIndex) {
 253       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
 254     } else  {
 255       fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
 256     }
 257   } else {
 258     if (fMatchedTrackIndex) delete fMatchedTrackIndex;
 259     fMatchedTrackIndex = 0;
 260   }
 261
 262   if (reco.fMatchedClusterIndex) {
 263     // assign or copy construct
 264     if (fMatchedClusterIndex) {
 265       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
 266     } else {
 267       fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
 268     }
 269   } else {
 270     if (fMatchedClusterIndex) delete fMatchedClusterIndex;
 271     fMatchedClusterIndex = 0;
 272   }
 273
 274   return *this;
 275 }
 276
 277 //_____________________________________
 278 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
 279 {
 280   //Destructor.
 281
 282   if (fEMCALRecalibrationFactors) {
 283     fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
 284     delete fEMCALRecalibrationFactors;
 285   }
 286
 287   if (fEMCALTimeRecalibrationFactors) {
 288     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
 289     delete fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 290   }
 291
 292   if (fEMCALBadChannelMap) {
 293     fEMCALBadChannelMap->Clear();
 294     delete fEMCALBadChannelMap;
 295   }
 296
 297   delete fMatchedTrackIndex   ;
 298   delete fMatchedClusterIndex ;
 299   delete fResidualEta         ;
 300   delete fResidualPhi         ;
 301   delete fPIDUtils            ;
 302
 303   InitTrackCuts();
 304 }
 305
 306 //_______________________________________________________________________________
 307 Bool_t AliEMCALRecoUtils::AcceptCalibrateCell(Int_t absID, Int_t bc,
 308                                               Float_t  & amp,    Double_t & time,
 309                                               AliVCaloCells* cells)
 310 {
 311   // Reject cell if criteria not passed and calibrate it
 312
 313   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 314
 315   if (absID < 0 || absID >= 24*48*geom->GetNumberOfSuperModules())
 316     return kFALSE;
 317
 318   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 319
 320   if (!geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta)) {
 321     // cell absID does not exist
 322     amp=0; time = 1.e9;
 323     return kFALSE;
 324   }
 325
 326   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 327
 328   // Do not include bad channels found in analysis,
 329   if (IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)) {
 330     return kFALSE;
 331   }
 332
 333   //Recalibrate energy
 334   amp  = cells->GetCellAmplitude(absID);
 335   if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
 336     amp *= GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 337
 338   // Recalibrate time
 339   time = cells->GetCellTime(absID);
 340
 341   RecalibrateCellTime(absID,bc,time);
 342
 343   return kTRUE;
 344 }
 345
 346 //_____________________________________________________________________________
 347 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(const AliEMCALGeometry* geom,
 348                                                   const AliVCluster* cluster,
 349                                                   AliVCaloCells* cells)
 350 {
 351   // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and
 352   // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
 353
 354   if (!cluster)
 355   {
 356     AliInfo("Cluster pointer null!");
 357     return kFALSE;
 358   }
 359
 360   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
 361   if (cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 )
 362     return kTRUE;
 363
 364   Int_t absIdMax  = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
 365   Bool_t shared = kFALSE;
 366   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
 367
 368   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n",
 369                   absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
 370
 371   if (absIdMax==-1) return kFALSE;
 372
 373   //Check if the cell is close to the borders:
 374   Bool_t okrow = kFALSE;
 375   Bool_t okcol = kFALSE;
 376
 377   if (iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 ) {
 378     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
 379                   iSM,ieta,iphi));
 380     return kFALSE; // trick coverity
 381   }
 382
 383   //Check rows/phi
 384   Int_t iPhiLast = 24;
 385    if( geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Half ) iPhiLast /= 2;
 386    else if (  geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_3rd ) iPhiLast /= 3;// 1/3 sm case
 387
 388   if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < iPhiLast - fNCellsFromEMCALBorder) okrow = kTRUE;
 389
 390   //Check columns/eta
 391   Int_t iEtaLast = 48;
 392   if(!fNoEMCALBorderAtEta0 || geom->IsDCALSM(iSM)) {// conside inner border
 393      if(  geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Standard )  iEtaLast = iEtaLast*2/3;
 394      if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < iEtaLast-fNCellsFromEMCALBorder) okcol = kTRUE;
 395   } else {
 396     if (iSM%2==0) {
 397      if (ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;
 398     } else {
 399      if(ieta <  iEtaLast-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE;
 400     }
 401   }//eta 0 not checked
 402
 403   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
 404                   fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
 405
 406   if (okcol && okrow) {
 407     //printf("Accept\n");
 408     return kTRUE;
 409   } else  {
 410     //printf("Reject\n");
 411     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
 412     return kFALSE;
 413   }
 414 }
 415
 416 //_______________________________________________________________________________
 417 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(const AliEMCALGeometry* geom,
 418                                                     const UShort_t* cellList,
 419                                                     Int_t nCells)
 420 {
 421   // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored
 422   // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
 423
 424   if (!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
 425   if (!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
 426
 427   Int_t icol = -1;
 428   Int_t irow = -1;
 429   Int_t imod = -1;
 430   for (Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++) {
 431     //Get the column and row
 432     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 433     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta);
 434     if (fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
 435     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 436     if (GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow)) {
 437       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
 438       return kTRUE;
 439     }
 440   }// cell cluster loop
 441
 442   return kFALSE;
 443 }
 444
 445
 446 //___________________________________________________________________________
 447 Float_t AliEMCALRecoUtils::GetECross(Int_t absID, Double_t tcell,
 448                                      AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
 449 {
 450   //Calculate the energy in the cross around the energy given cell
 451
 452   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 453
 454   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 455   geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 456   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 457
 458   //Get close cells index, energy and time, not in corners
 459
 460   Int_t absID1 = -1;
 461   Int_t absID2 = -1;
 462
 463   if ( iphi < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows-1) absID1 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi+1, ieta);
 464   if ( iphi > 0 )                                absID2 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi-1, ieta);
 465
 466   // In case of cell in eta = 0 border, depending on SM shift the cross cell index
 467
 468   Int_t absID3 = -1;
 469   Int_t absID4 = -1;
 470
 471   if ( ieta == AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 && !(imod%2) ) {
 472     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod+1, iphi, 0);
 473     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta-1);
 474   } else if ( ieta == 0 && imod%2 ) {
 475     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta+1);
 476     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod-1, iphi, AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1);
 477   } else {
 478     if ( ieta < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 )
 479       absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta+1);
 480     if ( ieta > 0 )
 481       absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta-1);
 482   }
 483
 484   //printf("IMOD %d, AbsId %d, a %d, b %d, c %d e %d \n",imod,absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
 485
 486   Float_t  ecell1  = 0, ecell2  = 0, ecell3  = 0, ecell4  = 0;
 487   Double_t tcell1  = 0, tcell2  = 0, tcell3  = 0, tcell4  = 0;
 488
 489   AcceptCalibrateCell(absID1,bc, ecell1,tcell1,cells);
 490   AcceptCalibrateCell(absID2,bc, ecell2,tcell2,cells);
 491   AcceptCalibrateCell(absID3,bc, ecell3,tcell3,cells);
 492   AcceptCalibrateCell(absID4,bc, ecell4,tcell4,cells);
 493
 494   if (TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell1 = 0 ;
 495   if (TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell2 = 0 ;
 496   if (TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell3 = 0 ;
 497   if (TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell4 = 0 ;
 498
 499   return ecell1+ecell2+ecell3+ecell4;
 500 }
 501
 502 //_____________________________________________________________________________________________
 503 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell(Int_t absID, AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
 504 {
 505   // Look to cell neighbourhood and reject if it seems exotic
 506   // Do before recalibrating the cells
 507
 508   if (!fRejectExoticCells) return kFALSE;
 509
 510   Float_t  ecell  = 0;
 511   Double_t tcell  = 0;
 512   Bool_t   accept = AcceptCalibrateCell(absID, bc, ecell ,tcell ,cells);
 513
 514   if (!accept) return kTRUE; // reject this cell
 515
 516   if (ecell < fExoticCellMinAmplitude) return kFALSE; // do not reject low energy cells
 517
 518   Float_t eCross = GetECross(absID,tcell,cells,bc);
 519
 520   if (1-eCross/ecell > fExoticCellFraction) {
 521     AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell() - EXOTIC CELL id %d, eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",
 522                     absID,ecell,eCross,1-eCross/ecell));
 523     return kTRUE;
 524   }
 525
 526   return kFALSE;
 527 }
 528
 529 //___________________________________________________________________
 530 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(const AliVCluster *cluster,
 531                                           AliVCaloCells *cells,
 532                                           Int_t bc)
 533 {
 534   // Check if the cluster highest energy tower is exotic
 535
 536   if (!cluster) {
 537     AliInfo("Cluster pointer null!");
 538     return kFALSE;
 539   }
 540
 541   if (!fRejectExoticCluster) return kFALSE;
 542
 543   // Get highest energy tower
 544   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 545   Int_t iSupMod = -1, absId = -1, ieta = -1, iphi = -1;
 546   Bool_t shared = kFALSE;
 547   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absId, iSupMod, ieta, iphi, shared);
 548
 549   return IsExoticCell(absId,cells,bc);
 550 }
 551
 552 //_______________________________________________________________________
 553 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(const AliVCluster* cluster)
 554 {
 555   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
 556
 557   if (!cluster) {
 558     AliInfo("Cluster pointer null!");
 559     return 0;
 560   }
 561
 562   Float_t energy    = cluster->E() ;
 563   Float_t rdmEnergy = energy ;
 564   if (fSmearClusterEnergy) {
 565     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
 566                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
 567                                     fSmearClusterParam[2] );
 568     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
 569   }
 570
 571   return rdmEnergy;
 572 }
 573
 574 //____________________________________________________________________________
 575 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster)
 576 {
 577   // Correct cluster energy from non linearity functions
 578
 579   if (!cluster) {
 580     AliInfo("Cluster pointer null!");
 581     return 0;
 582   }
 583
 584   Float_t energy = cluster->E();
 585
 586   if (energy < 0.05) {
 587     // Clusters with less than 50 MeV or negative are not possible
 588     AliInfo(Form("Too Low Cluster energy!, E = %f < 0.05 GeV",energy));
 589     return 0;
 590   }
 591
 592   switch (fNonLinearityFunction)
 593   {
 594     case kPi0MC:
 595     {
 596       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
 597       //fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 598       //fNonLinearityParams[1] =-0.03329;
 599       //fNonLinearityParams[2] =-0.3853;
 600       //fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 601       //fNonLinearityParams[4] =-0.4335;
 602        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
 603                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
 604                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
 605       break;
 606     }
 607
 608     case kPi0MCv2:
 609     {
 610       //Non-Linearity correction (from MC with function [0]/((x+[1])^[2]))+1;
 611       //fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
 612       //fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02;
 613       //fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;
 614
 615       energy *= fNonLinearityParams[0]/TMath::Power(energy+fNonLinearityParams[1],fNonLinearityParams[2])+1;
 616       break;
 617     }
 618
 619     case kPi0MCv3:
 620     {
 621       //Same as beam test corrected, change parameters
 622       //fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01
 623       //fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
 624       //fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00;
 625       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 626       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 627       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 628       //fNonLinearityParams[6] =  1;
 629       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 630
 631       break;
 632     }
 633
 634
 635     case kPi0GammaGamma:
 636     {
 637       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
 638       //fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 639       //fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 640       //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 641       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
 642       break;
 643     }
 644
 645     case kPi0GammaConversion:
 646     {
 647       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
 648       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
 649       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 650       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 651       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
 652
 653       break;
 654     }
 655
 656     case kBeamTest:
 657     {
 658       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
 659       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
 660       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002
 661       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797
 662       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358
 663       //Rescale the param[0] with 1.03
 664       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
 665
 666       break;
 667     }
 668
 669     case kBeamTestCorrected:
 670     {
 671       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 672       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
 673       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 674       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 675       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 676       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 677       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 678       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 679         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 680
 681       break;
 682     }
 683
 684     case kBeamTestCorrectedv2:
 685     {
 686       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 687       //fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
 688       //fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
 689       //fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
 690       //fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
 691       //fNonLinearityParams[4] =  152.299;
 692       //fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
 693       //fNonLinearityParams[6] =  0.968;
 694       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 695
 696       break;
 697     }
 698
 699     case kNoCorrection:
 700       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
 701       break;
 702
 703   }
 704
 705   return energy;
 706 }
 707
 708 //__________________________________________________
 709 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
 710 {
 711   //Initialising Non Linearity Parameters
 712
 713   if (fNonLinearityFunction == kPi0MC) {
 714     fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 715     fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
 716     fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
 717     fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 718     fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
 719   }
 720
 721   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv2) {
 722     fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
 723     fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02;
 724     fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;
 725   }
 726
 727   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv3) {
 728     fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01;
 729     fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
 730     fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00;
 731     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 732     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 733     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 734     fNonLinearityParams[6] =  1;
 735   }
 736
 737   if (fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma) {
 738     fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 739     fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 740     fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 741   }
 742
 743   if (fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion) {
 744     fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
 745     fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 746     fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 747   }
 748
 749   if (fNonLinearityFunction == kBeamTest) {
 750     if (fNonLinearThreshold == 30) {
 751       fNonLinearityParams[0] = 1.007;
 752       fNonLinearityParams[1] = 0.894;
 753       fNonLinearityParams[2] = 0.246;
 754     }
 755     if (fNonLinearThreshold == 45) {
 756       fNonLinearityParams[0] = 1.003;
 757       fNonLinearityParams[1] = 0.719;
 758       fNonLinearityParams[2] = 0.334;
 759     }
 760     if (fNonLinearThreshold == 75) {
 761       fNonLinearityParams[0] = 1.002;
 762       fNonLinearityParams[1] = 0.797;
 763       fNonLinearityParams[2] = 0.358;
 764     }
 765   }
 766
 767   if (fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected) {
 768     fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
 769     fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 770     fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 771     fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 772     fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 773     fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 774     fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 775   }
 776
 777   if (fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrectedv2) {
 778     fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
 779     fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
 780     fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
 781     fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
 782     fNonLinearityParams[4] =  152.299;
 783     fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
 784     fNonLinearityParams[6] =  0.968;
 785   }
 786 }
 787
 788 //_________________________________________________________
 789 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(Float_t energy,
 790                                      Int_t iParticle,
 791                                      Int_t iSM) const
 792 {
 793   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
 794
 795   // parameters
 796   Float_t x0    = 1.31;
 797   Float_t ecr   = 8;
 798   Float_t depth = 0;
 799   Float_t arg   = energy*1000/ ecr; //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 800
 801   switch ( iParticle )
 802   {
 803     case kPhoton:
 804       if (arg < 1)
 805         depth = 0;
 806       else
 807         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
 808       break;
 809
 810     case kElectron:
 811       if (arg < 1)
 812         depth = 0;
 813       else
 814         depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5);
 815       break;
 816
 817     case kHadron:
 818       // hadron
 819       // boxes anc. here
 820       if (gGeoManager) {
 821         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
 822         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
 823         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
 824         if (geoSM) {
 825           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume();
 826           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
 827           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
 828           if (geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
 829           else AliFatal("Null GEANT box");
 830         }
 831         else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
 832       }
 833       else
 834       {//electron
 835         if (arg < 1)
 836           depth = 0;
 837         else
 838           depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5);
 839       }
 840
 841       break;
 842
 843     default://photon
 844       if (arg < 1)
 845         depth = 0;
 846       else
 847         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
 848   }
 849
 850   return depth;
 851 }
 852
 853 //____________________________________________________________________
 854 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(const AliEMCALGeometry *geom,
 855                                          AliVCaloCells* cells,
 856                                          const AliVCluster* clu,
 857                                          Int_t  & absId,
 858                                          Int_t  & iSupMod,
 859                                          Int_t  & ieta,
 860                                          Int_t  & iphi,
 861                                          Bool_t & shared)
 862 {
 863   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell
 864   //with maximum energy deposit.
 865
 866   Double_t eMax        = -1.;
 867   Double_t eCell       = -1.;
 868   Float_t  fraction    = 1.;
 869   Float_t  recalFactor = 1.;
 870   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
 871
 872   Int_t iTower  = -1;
 873   Int_t iIphi   = -1;
 874   Int_t iIeta   = -1;
 875   Int_t iSupMod0= -1;
 876
 877   if (!clu) {
 878     AliInfo("Cluster pointer null!");
 879     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
 880     return;
 881   }
 882
 883   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
 884     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
 885     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
 886     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
 887     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
 888     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 889     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 890     if (iDig==0) {
 891       iSupMod0=iSupMod;
 892     } else if (iSupMod0!=iSupMod)  {
 893       shared = kTRUE;
 894       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
 895     }
 896     if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) {
 897       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
 898     }
 899     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
 900     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
 901     if (eCell > eMax) {
 902       eMax  = eCell;
 903       absId = cellAbsId;
 904       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
 905     }
 906   }// cell loop
 907
 908   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
 909   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 910   //Gives SuperModule and Tower numbers
 911   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
 912                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 913   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
 914   //printf("Max end---\n");
 915 }
 916
 917 //______________________________________
 918 void AliEMCALRecoUtils::InitParameters()
 919 {
 920   // Initialize data members with default values
 921
 922   fParticleType = kPhoton;
 923   fPosAlgo      = kUnchanged;
 924   fW0           = 4.5;
 925
 926   fNonLinearityFunction = kNoCorrection;
 927   fNonLinearThreshold   = 30;
 928
 929   fExoticCellFraction     = 0.97;
 930   fExoticCellDiffTime     = 1e6;
 931   fExoticCellMinAmplitude = 0.5;
 932
 933   fAODFilterMask    = 128;
 934   fAODHybridTracks  = kFALSE;
 935   fAODTPCOnlyTracks = kTRUE;
 936
 937   fCutEtaPhiSum      = kTRUE;
 938   fCutEtaPhiSeparate = kFALSE;
 939
 940   fCutR   = 0.05;
 941   fCutEta = 0.025;
 942   fCutPhi = 0.05;
 943
 944   fClusterWindow = 100;
 945   fMass          = 0.139;
 946
 947   fStepSurface   = 20.;
 948   fStepCluster   = 5.;
 949   fTrackCutsType = kLooseCut;
 950
 951   fCutMinTrackPt     = 0;
 952   fCutMinNClusterTPC = -1;
 953   fCutMinNClusterITS = -1;
 954
 955   fCutMaxChi2PerClusterTPC  = 1e10;
 956   fCutMaxChi2PerClusterITS  = 1e10;
 957
 958   fCutRequireTPCRefit     = kFALSE;
 959   fCutRequireITSRefit     = kFALSE;
 960   fCutAcceptKinkDaughters = kFALSE;
 961
 962   fCutMaxDCAToVertexXY = 1e10;
 963   fCutMaxDCAToVertexZ  = 1e10;
 964   fCutDCAToVertex2D    = kFALSE;
 965
 966   fCutRequireITSStandAlone = kFALSE; //MARCEL
 967   fCutRequireITSpureSA     = kFALSE; //Marcel
 968
 969   //Misalignment matrices
 970   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++)
 971   {
 972     fMisalTransShift[i] = 0.;
 973     fMisalRotShift[i]   = 0.;
 974   }
 975
 976   //Non linearity
 977   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.;
 978
 979   //For kBeamTestCorrectedv2 case, but default is no correction
 980   fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
 981   fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
 982   fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
 983   fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
 984   fNonLinearityParams[4] =  152.299;
 985   fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
 986   fNonLinearityParams[6] =  0.968;
 987
 988   //Cluster energy smearing
 989   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
 990   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
 991   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
 992   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
 993 }
 994
 995 //_____________________________________________________
 996 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()
 997 {
 998   //Init EMCAL recalibration factors
 999   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1000   //In order to avoid rewriting the same histograms
1001   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1002   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1003
1004   fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(12);
1005   for (int i = 0; i < 12; i++)
1006     fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),
1007                                              Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
1008   //Init the histograms with 1
1009   for (Int_t sm = 0; sm < 12; sm++)
1010   {
1011     for (Int_t i = 0; i < 48; i++)
1012     {
1013       for (Int_t j = 0; j < 24; j++)
1014       {
1015         SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
1016       }
1017     }
1018   }
1019
1020   fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1021   fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
1022
1023   //In order to avoid rewriting the same histograms
1024   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1025 }
1026
1027 //_________________________________________________________
1028 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors()
1029 {
1030   //Init EMCAL recalibration factors
1031   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1032   //In order to avoid rewriting the same histograms
1033   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1034   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1035
1036   fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
1037   for (int i = 0; i < 4; i++)
1038     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1039                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1040                                                  48*24*12,0.,48*24*12)          );
1041   //Init the histograms with 1
1042   for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++)
1043   {
1044     for (Int_t i = 0; i < 48*24*12; i++)
1045       SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,i,0.);
1046   }
1047
1048   fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1049   fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
1050
1051   //In order to avoid rewriting the same histograms
1052   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1053 }
1054
1055 //____________________________________________________
1056 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()
1057 {
1058   //Init EMCAL bad channels map
1059   AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
1060   //In order to avoid rewriting the same histograms
1061   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1062   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1063
1064   fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(12);
1065   //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
1066   for (int i = 0; i < 12; i++)
1067   {
1068     fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
1069   }
1070
1071   fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
1072   fEMCALBadChannelMap->Compress();
1073
1074   //In order to avoid rewriting the same histograms
1075   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1076 }
1077
1078 //____________________________________________________________________________
1079 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(const AliEMCALGeometry* geom,
1080                                                  AliVCluster * cluster,
1081                                                  AliVCaloCells * cells,
1082                                                  Int_t bc)
1083 {
1084   // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map
1085   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
1086   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1087
1088   if (!cluster) {
1089     AliInfo("Cluster pointer null!");
1090     return;
1091   }
1092
1093   //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
1094   UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
1095   Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
1096   Int_t ncells = cluster->GetNCells();
1097
1098   //Initialize some used variables
1099   Float_t energy = 0;
1100   Int_t   absId  =-1;
1101   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
1102   Float_t factor = 1, frac = 0;
1103   Int_t   absIdMax = -1;
1104   Float_t emax     = 0;
1105
1106   //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
1107   for (Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++)
1108   {
1109     absId = index[icell];
1110     frac =  fraction[icell];
1111     if (frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
1112
1113     if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) {
1114       // Energy
1115       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
1116       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta);
1117       if (fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod)
1118         continue;
1119       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
1120       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
1121
1122       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
1123                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
1124
1125     }
1126
1127     energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1128
1129     if (emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac) {
1130       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1131       absIdMax = absId;
1132     }
1133   }
1134
1135   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f \n",cluster->E(),energy));
1136
1137   cluster->SetE(energy);
1138
1139   // Recalculate time of cluster
1140   Double_t timeorg = cluster->GetTOF();
1141
1142   Double_t time = cells->GetCellTime(absIdMax);
1143   if (!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn())
1144     RecalibrateCellTime(absIdMax,bc,time);
1145
1146   cluster->SetTOF(time);
1147
1148   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Time before %f, after %f \n",timeorg,cluster->GetTOF()));
1149 }
1150
1151 //_____________________________________________________________
1152 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliVCaloCells * cells,
1153                                          Int_t bc)
1154 {
1155   // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy
1156   // of the cells that compose the cluster.
1157   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1158
1159   if (!IsRecalibrationOn() && !IsTimeRecalibrationOn() && !IsBadChannelsRemovalSwitchedOn())
1160     return;
1161
1162   if (!cells) {
1163     AliInfo("Cells pointer null!");
1164     return;
1165   }
1166
1167   Short_t  absId  =-1;
1168   Bool_t   accept = kFALSE;
1169   Float_t  ecell  = 0;
1170   Double_t tcell  = 0;
1171   Double_t ecellin = 0;
1172   Double_t tcellin = 0;
1173   Int_t  mclabel = -1;
1174   Double_t efrac = 0;
1175
1176   Int_t nEMcell  = cells->GetNumberOfCells() ;
1177   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++)
1178   {
1179     cells->GetCell( iCell, absId, ecellin, tcellin, mclabel, efrac );
1180
1181     accept = AcceptCalibrateCell(absId, bc, ecell ,tcell ,cells);
1182     if (!accept) {
1183       ecell = 0;
1184       tcell = -1;
1185     }
1186
1187     //Set new values
1188     cells->SetCell(iCell,absId,ecell, tcell, mclabel, efrac);
1189   }
1190
1191   fCellsRecalibrated = kTRUE;
1192 }
1193
1194 //_______________________________________________________________________________________________________
1195 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(Int_t absId, Int_t bc, Double_t & celltime) const
1196 {
1197   // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map
1198   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1199
1200   if (!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn() && bc >= 0) {
1201     celltime -= GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;    ;
1202   }
1203 }
1204
1205 //______________________________________________________________________________
1206 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(const AliEMCALGeometry *geom,
1207                                                    AliVCaloCells* cells,
1208                                                    AliVCluster* clu)
1209 {
1210   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1211
1212   if (!clu) {
1213     AliInfo("Cluster pointer null!");
1214     return;
1215   }
1216
1217   if      (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
1218   else if (fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
1219   else    AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
1220 }
1221
1222 //_____________________________________________________________________________________________
1223 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(const AliEMCALGeometry *geom,
1224                                                                   AliVCaloCells* cells,
1225                                                                   AliVCluster* clu)
1226 {
1227   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1228   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
1229
1230   Double_t eCell       = 0.;
1231   Float_t  fraction    = 1.;
1232   Float_t  recalFactor = 1.;
1233
1234   Int_t    absId   = -1;
1235   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
1236   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
1237   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
1238   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
1239   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
1240   Bool_t shared = kFALSE;
1241
1242   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
1243   if (clEnergy <= 0)
1244     return;
1245   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1246   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
1247
1248   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
1249
1250   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
1251   {
1252     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1253     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1254     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1255
1256     if (!fCellsRecalibrated) {
1257       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta);
1258       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1259       if (IsRecalibrationOn()) {
1260         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1261       }
1262     }
1263
1264     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1265
1266     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1267     totalWeight += weight;
1268
1269     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1270     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1271     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1272     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1273
1274     for (int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1275   }// cell loop
1276
1277   if (totalWeight>0) {
1278     for (int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1279   }
1280
1281   //Float_t pos[]={0,0,0};
1282   //clu->GetPosition(pos);
1283   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1284   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1285
1286   if (iSupModMax > 1) { //sector 1
1287     newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093;
1288     newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1289     newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1290     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1291   } else { //sector 0
1292     newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1293     newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1294     newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1295     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1296   }
1297   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1298
1299   clu->SetPosition(newPos);
1300 }
1301
1302 //____________________________________________________________________________________________
1303 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(const AliEMCALGeometry *geom,
1304                                                                  AliVCaloCells* cells,
1305                                                                  AliVCluster* clu)
1306 {
1307   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1308   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1309
1310   Double_t eCell       = 1.;
1311   Float_t  fraction    = 1.;
1312   Float_t  recalFactor = 1.;
1313
1314   Int_t absId   = -1;
1315   Int_t iTower  = -1;
1316   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1317   Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1318   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1319   Bool_t shared = kFALSE;
1320
1321   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1322
1323   if (clEnergy <= 0)
1324     return;
1325   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1326   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1327
1328   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1329   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1330   Int_t startingSM = -1;
1331
1332   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
1333   {
1334     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1335     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1336     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1337
1338     if      (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1339     else if (iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1340
1341     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1342
1343     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1344     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1345
1346     if (!fCellsRecalibrated)
1347     {
1348       if (IsRecalibrationOn()) {
1349         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1350       }
1351     }
1352
1353     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1354
1355     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1356     if (weight < 0) weight = 0;
1357     totalWeight += weight;
1358     weightedCol += ieta*weight;
1359     weightedRow += iphi*weight;
1360
1361     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1362   }// cell loop
1363
1364   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1365   if (areInSameSM == kTRUE) {
1366     //printf("In Same SM\n");
1367     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1368     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1369     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1370   }
1371   else
1372   {
1373     //printf("In Different SM\n");
1374     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1375   }
1376
1377   clu->SetPosition(xyzNew);
1378 }
1379
1380 //___________________________________________________________________________________________
1381 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(const AliEMCALGeometry * geom,
1382                                                                AliVCaloCells* cells,
1383                                                                AliVCluster * cluster)
1384 {
1385   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1386
1387   if (!fRecalDistToBadChannels) return;
1388
1389   if (!cluster)
1390   {
1391     AliInfo("Cluster pointer null!");
1392     return;
1393   }
1394
1395   //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1396   Int_t absIdMax  = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1397   Bool_t shared = kFALSE;
1398   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1399   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1400
1401   Int_t dRrow, dRcol;
1402   Float_t  minDist = 10000.;
1403   Float_t  dist    = 0.;
1404
1405   //Loop on tower status map
1406   for (Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1407   {
1408     for (Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1409     {
1410       //Check if tower is bad.
1411       if (hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1412       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1413       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1414
1415       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1416       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1417       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1418       if (dist < minDist)
1419       {
1420         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1421         minDist = dist;
1422       }
1423     }
1424   }
1425
1426   //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1427   if (shared)
1428   {
1429     TH2D* hMap2 = 0;
1430     Int_t iSupMod2 = -1;
1431
1432     //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1433     if (iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1434     else           iSupMod2 = iSupMod+1;
1435     hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1436
1437     //Loop on tower status map of second super module
1438     for (Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1439     {
1440       for (Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1441       {
1442         //Check if tower is bad.
1443         if (hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0)
1444           continue;
1445         //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1446         //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1447         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1448
1449         if (iSupMod%2) {
1450           dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1451         } else {
1452           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1453         }
1454
1455         dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1456         if (dist < minDist) minDist = dist;
1457       }
1458     }
1459   }// shared cluster in 2 SuperModules
1460
1461   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1462   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1463 }
1464
1465 //__________________________________________________________________
1466 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster)
1467 {
1468   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1469
1470   if (!cluster) {
1471     AliInfo("Cluster pointer null!");
1472     return;
1473   }
1474
1475   if (cluster->GetM02() != 0)
1476     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1477
1478   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESCN+1];
1479   for (Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESCN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1480
1481   cluster->SetPID(pidlist);
1482 }
1483
1484 //___________________________________________________________________________________________________________________
1485 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1486                                                                 AliVCaloCells* cells,
1487                                                                 AliVCluster * cluster,
1488                                                                 Float_t & l0,   Float_t & l1,
1489                                                                 Float_t & disp, Float_t & dEta, Float_t & dPhi,
1490                                                                 Float_t & sEta, Float_t & sPhi, Float_t & sEtaPhi)
1491 {
1492   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1493   // and tranfers into global ALICE coordinates
1494   // Calculates Dispersion and main axis
1495
1496   if (!cluster) {
1497     AliInfo("Cluster pointer null!");
1498     return;
1499   }
1500
1501   Double_t eCell       = 0.;
1502   Float_t  fraction    = 1.;
1503   Float_t  recalFactor = 1.;
1504
1505   Int_t    iSupMod = -1;
1506   Int_t    iTower  = -1;
1507   Int_t    iIphi   = -1;
1508   Int_t    iIeta   = -1;
1509   Int_t    iphi    = -1;
1510   Int_t    ieta    = -1;
1511   Double_t etai    = -1.;
1512   Double_t phii    = -1.;
1513
1514   Int_t    nstat   = 0 ;
1515   Float_t  wtot    = 0.;
1516   Double_t w       = 0.;
1517   Double_t etaMean = 0.;
1518   Double_t phiMean = 0.;
1519
1520   //Loop on cells, calculate the cluster energy, in case a cut on cell energy is added
1521   // and to check if the cluster is between 2 SM in eta
1522   Int_t   iSM0   = -1;
1523   Bool_t  shared = kFALSE;
1524   Float_t energy = 0;
1525
1526   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1527   {
1528     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1529     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1530     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1531
1532     //Check if there are cells of different SM
1533     if      (iDigit == 0   ) iSM0 = iSupMod;
1534     else if (iSupMod!= iSM0) shared = kTRUE;
1535
1536     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1537     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1538     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1539
1540     if (IsRecalibrationOn()) {
1541       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1542     }
1543
1544     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1545
1546     energy += eCell;
1547
1548   }//cell loop
1549
1550   //Loop on cells
1551   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1552   {
1553     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1554     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1555     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1556
1557     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1558     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1559     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1560
1561     if (!fCellsRecalibrated) {
1562       if (IsRecalibrationOn()) {
1563         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1564       }
1565     }
1566
1567     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1568
1569     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1570     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1571     if (shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1572
1573     if (cluster->E() > 0 && eCell > 0) {
1574       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1575
1576       etai=(Double_t)ieta;
1577       phii=(Double_t)iphi;
1578
1579       if (w > 0.0) {
1580         wtot += w ;
1581         nstat++;
1582         //Shower shape
1583         sEta     += w * etai * etai ;
1584         etaMean  += w * etai ;
1585         sPhi     += w * phii * phii ;
1586         phiMean  += w * phii ;
1587         sEtaPhi  += w * etai * phii ;
1588       }
1589     } else
1590       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1591   }//cell loop
1592
1593   //Normalize to the weight
1594   if (wtot > 0) {
1595     etaMean /= wtot ;
1596     phiMean /= wtot ;
1597   } else
1598     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1599
1600   //Calculate dispersion
1601   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1602   {
1603     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1604     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1605     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1606
1607     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1608     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1609     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1610     if (IsRecalibrationOn()) {
1611       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1612     }
1613     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1614
1615     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1616     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1617     if (shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1618
1619     if (cluster->E() > 0 && eCell > 0) {
1620       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1621
1622       etai=(Double_t)ieta;
1623       phii=(Double_t)iphi;
1624       if (w > 0.0) {
1625         disp +=  w *((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean));
1626         dEta +=  w * (etai-etaMean)*(etai-etaMean) ;
1627         dPhi +=  w * (phii-phiMean)*(phii-phiMean) ;
1628       }
1629     } else
1630       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1631   }// cell loop
1632
1633   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1634   if (wtot > 0 && nstat > 1) {
1635     disp    /= wtot ;
1636     dEta    /= wtot ;
1637     dPhi    /= wtot ;
1638     sEta    /= wtot ;
1639     sPhi    /= wtot ;
1640     sEtaPhi /= wtot ;
1641
1642     sEta    -= etaMean * etaMean ;
1643     sPhi    -= phiMean * phiMean ;
1644     sEtaPhi -= etaMean * phiMean ;
1645
1646     l0 = (0.5 * (sEta + sPhi) + TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1647     l1 = (0.5 * (sEta + sPhi) - TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1648   } else {
1649     l0   = 0. ;
1650     l1   = 0. ;
1651     dEta = 0. ; dPhi = 0. ; disp    = 0. ;
1652     sEta = 0. ; sPhi = 0. ; sEtaPhi = 0. ;
1653   }
1654 }
1655
1656 //____________________________________________________________________________________________
1657 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1658                                                                 AliVCaloCells* cells,
1659                                                                 AliVCluster * cluster)
1660 {
1661   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1662   // and tranfers into global ALICE coordinates
1663   // Calculates Dispersion and main axis and puts them into the cluster
1664
1665   Float_t l0   = 0., l1   = 0.;
1666   Float_t disp = 0., dEta = 0., dPhi    = 0.;
1667   Float_t sEta = 0., sPhi = 0., sEtaPhi = 0.;
1668
1669   AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(geom,cells,cluster,l0,l1,disp,
1670                                                              dEta, dPhi, sEta, sPhi, sEtaPhi);
1671
1672   cluster->SetM02(l0);
1673   cluster->SetM20(l1);
1674   if (disp > 0. ) cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(disp)) ;
1675
1676 }
1677
1678 //____________________________________________________________________________
1679 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,
1680                                     TObjArray * clusterArr,
1681                                     const AliEMCALGeometry *geom)
1682 {
1683   //This function should be called before the cluster loop
1684   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1685   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1686   //Store matched cluster indexes and residuals
1687
1688   fMatchedTrackIndex  ->Reset();
1689   fMatchedClusterIndex->Reset();
1690   fResidualPhi->Reset();
1691   fResidualEta->Reset();
1692
1693   fMatchedTrackIndex  ->Set(1000);
1694   fMatchedClusterIndex->Set(1000);
1695   fResidualPhi->Set(1000);
1696   fResidualEta->Set(1000);
1697
1698   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1699   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1700
1701   // init the magnetic field if not already on
1702   if (!TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField()) {
1703     if (!event->InitMagneticField())
1704     {
1705       AliInfo("Mag Field not initialized, null esd/aod evetn pointers");
1706     }
1707   } // Init mag field
1708
1709   if (esdevent) {
1710     UInt_t mask1 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ();
1711     UInt_t mask2 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco();
1712     Bool_t desc1 = (mask1 >> 3) & 0x1;
1713     Bool_t desc2 = (mask2 >> 3) & 0x1;
1714     if (desc1==0 || desc2==0) {
1715 //       AliError(Form("TPC not in DAQ/RECO: %u (%u)/%u (%u)",
1716 //       mask1, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco(),
1717 //       mask2, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ()));
1718       fITSTrackSA=kTRUE;
1719     }
1720   }
1721
1722   TObjArray *clusterArray = 0x0;
1723   if (!clusterArr) {
1724     clusterArray = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1725     for (Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1726     {
1727       AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1728       if (geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells()))
1729         continue;
1730       clusterArray->AddAt(cluster,icl);
1731     }
1732   }
1733
1734   Int_t    matched=0;
1735   Double_t cv[21];
1736   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1737   for (Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1738   {
1739     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1740
1741     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner
1742     AliESDtrack *esdTrack = 0;
1743     AliAODTrack *aodTrack = 0;
1744     if (esdevent) {
1745       esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1746       if (!esdTrack) continue;
1747       if (!IsAccepted(esdTrack)) continue;
1748       if (esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1749       Double_t phi = esdTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1750       if (TMath::Abs(esdTrack->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250 ) continue;
1751       if (!fITSTrackSA)
1752         trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());  // if TPC Available
1753       else
1754         trackParam =  new AliExternalTrackParam(*esdTrack); // If ITS Track Standing alone
1755     }
1756
1757     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1758     //AOD tracks are selected according to its filterbit.
1759     else if (aodevent) {
1760       aodTrack = aodevent->GetTrack(itr);
1761       if (!aodTrack) continue;
1762
1763       if (fAODTPCOnlyTracks) { // Match with TPC only tracks, default from May 2013, before filter bit 32
1764         //printf("Match with TPC only tracks, accept? %d, test bit 128 <%d> \n", aodTrack->IsTPCOnly(), aodTrack->TestFilterMask(128));
1765         if (!aodTrack->IsTPCConstrained()) continue ;
1766       } else if (fAODHybridTracks) { // Match with hybrid tracks
1767         //printf("Match with Hybrid tracks, accept? %d \n", aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal());
1768         if (!aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal()) continue ;
1769       } else { // Match with tracks on a mask
1770         //printf("Match with tracks having filter bit mask %d, accept? %d \n",fAODFilterMask,aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask));
1771         if (!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask) ) continue; //Select AOD tracks
1772       }
1773
1774       if (aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1775
1776       Double_t phi = aodTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1777       if (TMath::Abs(aodTrack->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250 )
1778         continue;
1779       Double_t pos[3],mom[3];
1780       aodTrack->GetXYZ(pos);
1781       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1782       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1783
1784       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1785     }
1786
1787     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1788     else {
1789       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1790       if (clusterArray) {
1791         clusterArray->Clear();
1792         delete clusterArray;
1793       }
1794       return;
1795     }
1796
1797     if (!trackParam) continue;
1798
1799     //Extrapolate the track to EMCal surface
1800     AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1801     Float_t eta, phi, pt;
1802     if (!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt)) {
1803       if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1804       if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1805       continue;
1806     }
1807
1808     if (TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) {
1809       if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1810       if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1811       continue;
1812     }
1813
1814     //Find matched clusters
1815     Int_t index = -1;
1816     Float_t dEta = -999, dPhi = -999;
1817     if (!clusterArr) {
1818       index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArray, dEta, dPhi);
1819     } else {
1820       index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
1821     }
1822
1823     if (index>-1) {
1824       fMatchedTrackIndex   ->AddAt(itr,matched);
1825       fMatchedClusterIndex ->AddAt(index,matched);
1826       fResidualEta         ->AddAt(dEta,matched);
1827       fResidualPhi         ->AddAt(dPhi,matched);
1828       matched++;
1829     }
1830     if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1831     if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1832   }//track loop
1833
1834   if (clusterArray) {
1835     clusterArray->Clear();
1836     delete clusterArray;
1837   }
1838
1839   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1840
1841   fMatchedTrackIndex   ->Set(matched);
1842   fMatchedClusterIndex ->Set(matched);
1843   fResidualPhi         ->Set(matched);
1844   fResidualEta         ->Set(matched);
1845 }
1846
1847 //________________________________________________________________________________
1848 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInEvent(const AliESDtrack *track,
1849                                                    const AliVEvent *event,
1850                                                    const AliEMCALGeometry *geom,
1851                                                    Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1852 {
1853   //
1854   // This function returns the index of matched cluster to input track
1855   // Returns -1 if no match is found
1856   Int_t index = -1;
1857   Double_t phiV = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
1858   if (TMath::Abs(track->Eta())>0.9 || phiV <= 10 || phiV >= 250 ) return index;
1859   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1860   if (!fITSTrackSA)
1861     trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());  // If TPC
1862   else
1863     trackParam = new AliExternalTrackParam(*track);
1864
1865   if (!trackParam) return index;
1866   AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1867   Float_t eta, phi, pt;
1868
1869   if (!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt))   {
1870     if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1871     return index;
1872   }
1873   if (TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) {
1874     if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1875     return index;
1876   }
1877
1878   TObjArray *clusterArr = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1879
1880   for (Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1881   {
1882     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1883     if (geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1884     clusterArr->AddAt(cluster,icl);
1885   }
1886
1887   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
1888   clusterArr->Clear();
1889   delete clusterArr;
1890   if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1891
1892   return index;
1893 }
1894
1895 //_______________________________________________________________________________________________
1896 Int_t  AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInClusterArr(const AliExternalTrackParam *emcalParam,
1897                                                          AliExternalTrackParam *trkParam,
1898                                                          const TObjArray * clusterArr,
1899                                                          Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1900 {
1901   // Find matched cluster in array
1902
1903   dEta=-999, dPhi=-999;
1904   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
1905   Int_t index = -1;
1906   Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1907
1908   Double_t exPos[3] = {0.,0.,0.};
1909   if (!emcalParam->GetXYZ(exPos)) return index;
1910
1911   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
1912   for (Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
1913   {
1914     AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
1915     if (!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
1916     cluster->GetPosition(clsPos);
1917     Double_t dR = TMath::Sqrt(TMath::Power(exPos[0]-clsPos[0],2)+TMath::Power(exPos[1]-clsPos[1],2)+TMath::Power(exPos[2]-clsPos[2],2));
1918     if (dR > fClusterWindow) continue;
1919
1920     AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trkParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1921     if (!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1922     if (fCutEtaPhiSum) {
1923       Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1924       if (tmpR<dRMax) {
1925         dRMax=tmpR;
1926         dEtaMax=tmpEta;
1927         dPhiMax=tmpPhi;
1928         index=icl;
1929       }
1930     } else if (fCutEtaPhiSeparate) {
1931       if (TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax)) {
1932         dEtaMax = tmpEta;
1933         dPhiMax = tmpPhi;
1934         index=icl;
1935       }
1936     } else {
1937       printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1938       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1939       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1940       return index;
1941     }
1942   }
1943
1944   dEta=dEtaMax;
1945   dPhi=dPhiMax;
1946
1947   return index;
1948 }
1949
1950 //------------------------------------------------------------------------------------
1951 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliVTrack *track,
1952                                                          Double_t emcalR, Double_t mass, Double_t step)
1953 {
1954   // Extrapolate track to EMCAL surface
1955
1956   track->SetTrackPhiEtaPtOnEMCal(-999, -999, -999);
1957
1958   if (track->Pt()<0.350) //todo: discuss with Marta, everywhere else we use pT=0
1959     return kFALSE;
1960
1961   Double_t phi = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
1962   if (TMath::Abs(track->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250)
1963     return kFALSE;
1964
1965   AliESDtrack *esdt = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
1966   AliAODTrack *aodt = 0;
1967   if (!esdt) {
1968     aodt = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
1969     if (!aodt)
1970       return kFALSE;
1971   }
1972
1973   if (mass<0) {
1974     Bool_t onlyTPC = kFALSE;
1975     if (mass==-99)
1976       onlyTPC=kTRUE;
1977     if (esdt)
1978       mass = esdt->GetMass(onlyTPC);
1979     else
1980       mass = aodt->M();
1981   }
1982
1983   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1984   if (esdt) {
1985     const AliExternalTrackParam *in = esdt->GetInnerParam();
1986     if (!in)
1987       return kFALSE;
1988     trackParam = new AliExternalTrackParam(*in);
1989   } else {
1990     Double_t xyz[3] = {0}, pxpypz[3] = {0}, cv[21] = {0};
1991     aodt->PxPyPz(pxpypz);
1992     aodt->XvYvZv(xyz);
1993     aodt->GetCovarianceXYZPxPyPz(cv);
1994     trackParam = new AliExternalTrackParam(xyz,pxpypz,cv,aodt->Charge());
1995   }
1996   if (!trackParam)
1997     return kFALSE;
1998
1999   Float_t etaout=-999, phiout=-999, ptout=-999;
2000   Bool_t ret = ExtrapolateTrackToEMCalSurface(trackParam,
2001                                               emcalR,
2002                                               mass,
2003                                               step,
2004                                               etaout,
2005                                               phiout,
2006                                               ptout);
2007   delete trackParam;
2008   if (!ret)
2009     return kFALSE;
2010   if (TMath::Abs(etaout)>0.75 || (phiout<70*TMath::DegToRad()) || (phiout>190*TMath::DegToRad()))
2011     return kFALSE;
2012   track->SetTrackPhiEtaPtOnEMCal(phiout, etaout, ptout);
2013   return kTRUE;
2014 }
2015
2016
2017 //------------------------------------------------------------------------------------
2018 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliExternalTrackParam *trkParam,
2019                                                          Double_t emcalR,
2020                                                          Double_t mass,
2021                                                          Double_t step,
2022                                                          Float_t &eta,
2023                                                          Float_t &phi,
2024                                                          Float_t &pt)
2025 {
2026   //Extrapolate track to EMCAL surface
2027
2028   eta = -999, phi = -999, pt = -999;
2029   if (!trkParam) return kFALSE;
2030   if (!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, emcalR, mass, step, kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2031   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2032   if (!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE;
2033   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2034   eta = trkPosVec.Eta();
2035   phi = trkPosVec.Phi();
2036   pt = trkParam->Pt();
2037   if (phi<0)
2038     phi += 2*TMath::Pi();
2039
2040   return kTRUE;
2041 }
2042
2043 //-----------------------------------------------------------------------------------
2044 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToPosition(AliExternalTrackParam *trkParam,
2045                                                      const Float_t *clsPos,
2046                                                      Double_t mass,
2047                                                      Double_t step,
2048                                                      Float_t &tmpEta,
2049                                                      Float_t &tmpPhi)
2050 {
2051   //
2052   //Return the residual by extrapolating a track param to a global position
2053   //
2054   tmpEta = -999;
2055   tmpPhi = -999;
2056   if (!trkParam) return kFALSE;
2057   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2058   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2059   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
2060   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
2061   if (!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), mass, step,kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2062   if (!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE; //Get the extrapolated global position
2063
2064   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2065   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2066
2067   // track cluster matching
2068   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec);    // tmpPhi is between -pi and pi
2069   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
2070
2071   return kTRUE;
2072 }
2073
2074 //----------------------------------------------------------------------------------
2075 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
2076                                                     const AliVCluster *cluster,
2077                                                     Double_t mass,
2078                                                     Double_t step,
2079                                                     Float_t &tmpEta,
2080                                                     Float_t &tmpPhi)
2081 {
2082   //
2083   //Return the residual by extrapolating a track param to a cluster
2084   //
2085   tmpEta = -999;
2086   tmpPhi = -999;
2087   if (!cluster || !trkParam)
2088     return kFALSE;
2089
2090   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2091   cluster->GetPosition(clsPos);
2092
2093   return ExtrapolateTrackToPosition(trkParam, clsPos, mass, step, tmpEta, tmpPhi);
2094 }
2095
2096 //---------------------------------------------------------------------------------
2097 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
2098                                                     const AliVCluster *cluster,
2099                                                     Float_t &tmpEta,
2100                                                     Float_t &tmpPhi)
2101 {
2102   //
2103   //Return the residual by extrapolating a track param to a clusterfStepCluster
2104   //
2105
2106   return ExtrapolateTrackToCluster(trkParam, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi);
2107 }
2108
2109 //_______________________________________________________________________
2110 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(Int_t clsIndex,
2111                                             Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2112 {
2113   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2114   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
2115   //Works with ESDs and AODs
2116
2117   if (FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999) {
2118     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
2119     dEta=999.;
2120     dPhi=999.;
2121     return;
2122   }
2123   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2124   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2125 }
2126
2127 //______________________________________________________________________________________________
2128 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2129 {
2130   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2131   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
2132   //Works with ESDs and AODs
2133
2134   if (FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999) {
2135     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
2136     dEta=999.;
2137     dPhi=999.;
2138     return;
2139   }
2140   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2141   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2142 }
2143
2144 //__________________________________________________________
2145 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
2146 {
2147   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2148   //Get the index of matched track to this cluster
2149   //Works with ESDs and AODs
2150
2151   if (IsClusterMatched(clsIndex))
2152     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2153   else
2154     return -1;
2155 }
2156
2157 //__________________________________________________________
2158 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
2159 {
2160   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2161   //Get the index of matched cluster to this track
2162   //Works with ESDs and AODs
2163
2164   if (IsTrackMatched(trkIndex))
2165     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2166   else
2167     return -1;
2168 }
2169
2170 //______________________________________________________________
2171 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
2172 {
2173   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2174   //Returns if the cluster has a match
2175   if (FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999)
2176     return kTRUE;
2177   else
2178     return kFALSE;
2179 }
2180
2181 //____________________________________________________________
2182 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const
2183 {
2184   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2185   //Returns if the track has a match
2186   if (FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999)
2187     return kTRUE;
2188   else
2189     return kFALSE;
2190 }
2191
2192 //______________________________________________________________________
2193 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
2194 {
2195   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2196   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
2197   Float_t tmpR = fCutR;
2198   UInt_t pos = 999;
2199
2200   for (Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++)
2201   {
2202     if (fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex) {
2203       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2204       if (r<tmpR) {
2205         pos=i;
2206         tmpR=r;
2207         AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2208                         fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2209       }
2210     }
2211   }
2212   return pos;
2213 }
2214
2215 //____________________________________________________________________
2216 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
2217 {
2218   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2219   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
2220   Float_t tmpR = fCutR;
2221   UInt_t pos = 999;
2222
2223   for (Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++)
2224   {
2225     if (fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex) {
2226       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2227       if (r<tmpR) {
2228         pos=i;
2229         tmpR=r;
2230         AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2231                         fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2232       }
2233     }
2234   }
2235   return pos;
2236 }
2237
2238 //__________________________________________________________________________
2239 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster,
2240                                         const AliEMCALGeometry *geom,
2241                                         AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
2242 {
2243   // check if the cluster survives some quality cut
2244   //
2245   //
2246   Bool_t isGood=kTRUE;
2247
2248   if (!cluster || !cluster->IsEMCAL())              return kFALSE;
2249   if (ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
2250   if (!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
2251   if (IsExoticCluster(cluster, cells,bc))           return kFALSE;
2252
2253   return isGood;
2254 }
2255
2256 //__________________________________________________________
2257 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
2258 {
2259   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
2260
2261   // The different quality parameter are first
2262   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
2263   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
2264
2265   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
2266
2267   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
2268   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
2269
2270   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
2271   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
2272   if (nClustersITS!=0)
2273     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
2274   if (nClustersTPC!=0)
2275     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
2276
2277
2278   //DCA cuts
2279   if (fTrackCutsType==kGlobalCut) {
2280     Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
2281     //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
2282     SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
2283   }
2284
2285   Float_t b[2];
2286   Float_t bCov[3];
2287   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
2288   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0) {
2289     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
2290     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
2291   }
2292
2293   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
2294   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
2295   Float_t dcaToVertex = -1;
2296
2297   if (fCutDCAToVertex2D)
2298     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
2299   else
2300     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
2301
2302   // cut the track?
2303
2304   Bool_t cuts[kNCuts];
2305   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
2306
2307   // track quality cuts
2308   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
2309     cuts[0]=kTRUE;
2310   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
2311     cuts[1]=kTRUE;
2312   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
2313     cuts[2]=kTRUE;
2314   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS)
2315     cuts[3]=kTRUE;
2316   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC)
2317     cuts[4]=kTRUE;
2318   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS)
2319     cuts[5]=kTRUE;
2320   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
2321     cuts[6]=kTRUE;
2322   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
2323     cuts[7] = kTRUE;
2324   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
2325     cuts[8] = kTRUE;
2326   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
2327     cuts[9] = kTRUE;
2328
2329   if (fTrackCutsType==kGlobalCut) {
2330     //Require at least one SPD point + anything else in ITS
2331     if ( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
2332       cuts[10] = kTRUE;
2333   }
2334
2335   // ITS
2336   if (fCutRequireITSStandAlone || fCutRequireITSpureSA) {
2337     if ((status & AliESDtrack::kITSin) == 0 || (status & AliESDtrack::kTPCin)) {
2338       // TPC tracks
2339       cuts[11] = kTRUE;
2340     } else {
2341       // ITS standalone tracks
2342       if (fCutRequireITSStandAlone && !fCutRequireITSpureSA) {
2343         if (status & AliESDtrack::kITSpureSA) cuts[11] = kTRUE;
2344       } else if (fCutRequireITSpureSA) {
2345         if (!(status & AliESDtrack::kITSpureSA)) cuts[11] = kTRUE;
2346       }
2347     }
2348   }
2349
2350   Bool_t cut=kFALSE;
2351   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
2352     if (cuts[i]) { cut = kTRUE ; }
2353
2354     // cut the track
2355   if (cut)
2356     return kFALSE;
2357   else
2358     return kTRUE;
2359 }
2360
2361 //_____________________________________
2362 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
2363 {
2364   //Intilize the track cut criteria
2365   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
2366   //Also you can customize the cuts using the setters
2367
2368   switch (fTrackCutsType)
2369   {
2370     case kTPCOnlyCut:
2371     {
2372       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
2373       //TPC
2374       SetMinNClustersTPC(70);
2375       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2376       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2377       SetRequireTPCRefit(kFALSE);
2378
2379       //ITS
2380       SetRequireITSRefit(kFALSE);
2381       SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
2382       SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
2383       SetDCAToVertex2D(kTRUE);
2384
2385       break;
2386     }
2387
2388     case kGlobalCut:
2389     {
2390       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
2391       //TPC
2392       SetMinNClustersTPC(70);
2393       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2394       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2395       SetRequireTPCRefit(kTRUE);
2396
2397       //ITS
2398       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2399       SetMaxDCAToVertexZ(2);
2400       SetMaxDCAToVertexXY();
2401       SetDCAToVertex2D(kFALSE);
2402
2403       break;
2404     }
2405
2406     case kLooseCut:
2407     {
2408       AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
2409       SetMinNClustersTPC(50);
2410       SetAcceptKinkDaughters(kTRUE);
2411
2412       break;
2413     }
2414
2415     case kITSStandAlone:
2416     {
2417       AliInfo(Form("Track cuts for matching: ITS Stand Alone tracks cut w/o DCA cut"));
2418       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2419       SetRequireITSStandAlone(kTRUE);
2420       SetITSTrackSA(kTRUE);
2421       break;
2422     }
2423
2424   }
2425 }
2426
2427
2428 //________________________________________________________________________
2429 void AliEMCALRecoUtils::SetClusterMatchedToTrack(const AliVEvent *event)
2430 {
2431   // Checks if tracks are matched to EMC clusters and set the matched EMCAL cluster index to ESD track.
2432
2433   Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2434   for (Int_t iTrack = 0; iTrack < nTracks; ++iTrack)
2435   {
2436     AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrack));
2437     if (!track)
2438     {
2439       AliWarning(Form("Could not receive track %d", iTrack));
2440       continue;
2441     }
2442
2443     Int_t matchClusIndex = GetMatchedClusterIndex(iTrack);
2444     track->SetEMCALcluster(matchClusIndex); //sets -1 if track not matched within residual
2445     /*the following can be done better if AliVTrack::SetStatus will be there. Patch pending with Andreas/Peter*/
2446     AliESDtrack* esdtrack = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2447     if (esdtrack) {
2448       if (matchClusIndex != -1)
2449         esdtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2450       else
2451         esdtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2452     } else {
2453       AliAODTrack* aodtrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2454       if (matchClusIndex != -1)
2455         aodtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2456       else
2457         aodtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2458     }
2459   }
2460   AliDebug(2,"Track matched to closest cluster");
2461 }
2462
2463 //_________________________________________________________________________
2464 void AliEMCALRecoUtils::SetTracksMatchedToCluster(const AliVEvent *event)
2465 {
2466   // Checks if EMC clusters are matched to ESD track.
2467   // Adds track indexes of all the tracks matched to a cluster withing residuals in ESDCalocluster.
2468
2469   for (Int_t iClus=0; iClus < event->GetNumberOfCaloClusters(); ++iClus)
2470   {
2471     AliVCluster *cluster = event->GetCaloCluster(iClus);
2472     if (!cluster->IsEMCAL())
2473       continue;
2474
2475     Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2476     TArrayI arrayTrackMatched(nTracks);
2477
2478     // Get the closest track matched to the cluster
2479     Int_t nMatched = 0;
2480     Int_t matchTrackIndex = GetMatchedTrackIndex(iClus);
2481     if (matchTrackIndex != -1)
2482     {
2483       arrayTrackMatched[nMatched] = matchTrackIndex;
2484       nMatched++;
2485     }
2486
2487     // Get all other tracks matched to the cluster
2488     for (Int_t iTrk=0; iTrk<nTracks; ++iTrk)
2489     {
2490       AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrk));
2491       if (iTrk == matchTrackIndex) continue;
2492       if (track->GetEMCALcluster() == iClus) {
2493         arrayTrackMatched[nMatched] = iTrk;
2494         ++nMatched;
2495       }
2496     }
2497
2498     //printf("Tender::SetTracksMatchedToCluster - cluster E %f, N matches %d, first match %d\n",cluster->E(),nMatched,arrayTrackMatched[0]);
2499
2500     arrayTrackMatched.Set(nMatched);
2501     AliESDCaloCluster *esdcluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*>(cluster);
2502     if (esdcluster)
2503       esdcluster->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
2504     else if (nMatched>0) {
2505       AliAODCaloCluster *aodcluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*>(cluster);
2506       if (aodcluster)
2507         aodcluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(arrayTrackMatched.At(0)));
2508     }
2509
2510     Float_t eta= -999, phi = -999;
2511     if (matchTrackIndex != -1)
2512       GetMatchedResiduals(iClus, eta, phi);
2513     cluster->SetTrackDistance(phi, eta);
2514   }
2515
2516   AliDebug(2,"Cluster matched to tracks");
2517 }
2518
2519 //___________________________________________________
2520 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const
2521 {
2522   // Print Parameters
2523
2524   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
2525   printf("Misalignment shifts\n");
2526   for (Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i,
2527                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
2528                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
2529   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
2530   for (Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
2531
2532   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
2533
2534   printf("Matching criteria: ");
2535   if (fCutEtaPhiSum) {
2536     printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%4.3f\n",fCutR);
2537   } else if (fCutEtaPhiSeparate) {
2538     printf("dEta<%4.3f, dPhi<%4.3f\n",fCutEta,fCutPhi);
2539   } else {
2540     printf("Error\n");
2541     printf("please specify your cut criteria\n");
2542     printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2543     printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2544   }
2545
2546   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step to surface = %2.2f[cm], step to cluster = %2.2f[cm]\n",fMass,fStepSurface, fStepCluster);
2547   printf("Cluster selection window: dR < %2.0f\n",fClusterWindow);
2548
2549   printf("Track cuts: \n");
2550   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
2551   printf("AOD track selection: tpc only %d, or hybrid %d, or mask: %d\n",fAODTPCOnlyTracks,fAODHybridTracks, fAODFilterMask);
2552   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
2553   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
2554   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
2555   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
2556   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
2557 }