EMCAL/AliEMCALRecoUtils.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx | Sun Dec 8 06:56:48 2013 +0100 | Constantin Loizides  $ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //
  20 // Class AliEMCALRecoUtils
  21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
  22 //
  23 //
  24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble)
  25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
  26
  27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  28 // --- standard c ---
  29
  30 // standard C++ includes
  31 //#include <Riostream.h>
  32
  33 // ROOT includes
  34 #include <TGeoManager.h>
  35 #include <TGeoMatrix.h>
  36 #include <TGeoBBox.h>
  37 #include <TH2F.h>
  38 #include <TArrayI.h>
  39 #include <TArrayF.h>
  40 #include <TObjArray.h>
  41
  42 // STEER includes
  43 #include "AliVCluster.h"
  44 #include "AliVCaloCells.h"
  45 #include "AliLog.h"
  46 #include "AliPID.h"
  47 #include "AliESDEvent.h"
  48 #include "AliAODEvent.h"
  49 #include "AliESDtrack.h"
  50 #include "AliAODTrack.h"
  51 #include "AliExternalTrackParam.h"
  52 #include "AliESDfriendTrack.h"
  53 #include "AliTrackerBase.h"
  54
  55 // EMCAL includes
  56 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  57 #include "AliEMCALGeometry.h"
  58 #include "AliTrackerBase.h"
  59 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
  60
  61 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
  62
  63 //_____________________________________
  64 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
  65   fParticleType(0),                       fPosAlgo(0),                            fW0(0),
  66   fNonLinearityFunction(0),               fNonLinearThreshold(0),
  67   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
  68   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
  69   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),       fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),
  70   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
  71   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
  72   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fRejectExoticCells(kFALSE),
  73   fExoticCellFraction(0),                 fExoticCellDiffTime(0),                 fExoticCellMinAmplitude(0),
  74   fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(0),
  75   fAODHybridTracks(0),                    fAODTPCOnlyTracks(0),
  76   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0),
  77   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kFALSE),                  fCutEtaPhiSeparate(kFALSE),
  78   fCutR(0),                               fCutEta(0),                             fCutPhi(0),
  79   fClusterWindow(0),                      fMass(0),
  80   fStepSurface(0),                        fStepCluster(0),
  81   fITSTrackSA(kFALSE),                    fEMCalSurfaceDistance(440.),
  82   fTrackCutsType(0),                      fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(0),
  83   fCutMinNClusterITS(0),                  fCutMaxChi2PerClusterTPC(0),            fCutMaxChi2PerClusterITS(0),
  84   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
  85   fCutMaxDCAToVertexXY(0),                fCutMaxDCAToVertexZ(0),                 fCutDCAToVertex2D(kFALSE),
  86   fCutRequireITSStandAlone(kFALSE),       fCutRequireITSpureSA(kFALSE)
  87 {
  88 //
  89   // Constructor.
  90   // Initialize all constant values which have to be used
  91   // during Reco algorithm execution
  92   //
  93
  94   // Init parameters
  95   InitParameters();
  96
  97   //Track matching
  98   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
  99   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
 100   fResidualPhi           = new TArrayF();
 101   fResidualEta           = new TArrayF();
 102   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
 103
 104 }
 105
 106 //______________________________________________________________________
 107 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco)
 108 : TNamed(reco),
 109   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
 110   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
 111   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
 112   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
 113   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
 114   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
 115   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),
 116   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
 117   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
 118   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
 119   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fRejectExoticCells(reco.fRejectExoticCells),
 120   fExoticCellFraction(reco.fExoticCellFraction),             fExoticCellDiffTime(reco.fExoticCellDiffTime),
 121   fExoticCellMinAmplitude(reco.fExoticCellMinAmplitude),
 122   fPIDUtils(reco.fPIDUtils),                                 fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
 123   fAODHybridTracks(reco.fAODHybridTracks),                   fAODTPCOnlyTracks(reco.fAODTPCOnlyTracks),
 124   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
 125   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
 126   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
 127   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
 128   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate),
 129   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
 130   fClusterWindow(reco.fClusterWindow),
 131   fMass(reco.fMass),        fStepSurface(reco.fStepSurface), fStepCluster(reco.fStepCluster),
 132   fITSTrackSA(reco.fITSTrackSA),                             fEMCalSurfaceDistance(440.),
 133   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt),
 134   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS),
 135   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
 136   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
 137   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),
 138   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D),
 139   fCutRequireITSStandAlone(reco.fCutRequireITSStandAlone),   fCutRequireITSpureSA(reco.fCutRequireITSpureSA)
 140 {
 141   //Copy ctor
 142
 143   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ;
 144                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; }
 145   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 146   for (Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 147
 148 }
 149
 150
 151 //______________________________________________________________________
 152 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco)
 153 {
 154   //Assignment operator
 155
 156   if (this == &reco)return *this;
 157   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
 158
 159   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ;
 160                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
 161   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 162   for (Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 163
 164   fParticleType              = reco.fParticleType;
 165   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo;
 166   fW0                        = reco.fW0;
 167
 168   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
 169   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
 170   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
 171
 172   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
 173   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
 174   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
 175
 176   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
 177   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 178
 179   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
 180
 181   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
 182   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
 183   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
 184
 185   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
 186   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
 187
 188   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;
 189   fRejectExoticCells         = reco.fRejectExoticCells;
 190   fExoticCellFraction        = reco.fExoticCellFraction;
 191   fExoticCellDiffTime        = reco.fExoticCellDiffTime;
 192   fExoticCellMinAmplitude    = reco.fExoticCellMinAmplitude;
 193
 194   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
 195
 196   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
 197   fAODHybridTracks           = reco.fAODHybridTracks;
 198   fAODTPCOnlyTracks          = reco.fAODTPCOnlyTracks;
 199
 200   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
 201   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
 202   fCutR                      = reco.fCutR;
 203   fCutEta                    = reco.fCutEta;
 204   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
 205   fClusterWindow             = reco.fClusterWindow;
 206   fMass                      = reco.fMass;
 207   fStepSurface               = reco.fStepSurface;
 208   fStepCluster               = reco.fStepCluster;
 209   fITSTrackSA                = reco.fITSTrackSA;
 210   fEMCalSurfaceDistance      = reco.fEMCalSurfaceDistance;
 211
 212   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
 213   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
 214   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
 215   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS;
 216   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
 217   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
 218   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
 219   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
 220   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
 221   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
 222   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
 223   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
 224   fCutRequireITSStandAlone   = reco.fCutRequireITSStandAlone;
 225   fCutRequireITSpureSA       = reco.fCutRequireITSpureSA;
 226   if (reco.fResidualEta) {
 227     // assign or copy construct
 228     if (fResidualEta) {
 229       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
 230     } else {
 231       fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
 232     }
 233   } else {
 234     if (fResidualEta) delete fResidualEta;
 235     fResidualEta = 0;
 236   }
 237
 238   if (reco.fResidualPhi) {
 239     // assign or copy construct
 240     if (fResidualPhi) {
 241       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
 242     } else {
 243       fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
 244     }
 245   } else {
 246     if (fResidualPhi) delete fResidualPhi;
 247     fResidualPhi = 0;
 248   }
 249
 250   if (reco.fMatchedTrackIndex) {
 251     // assign or copy construct
 252     if (fMatchedTrackIndex) {
 253       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
 254     } else  {
 255       fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
 256     }
 257   } else {
 258     if (fMatchedTrackIndex) delete fMatchedTrackIndex;
 259     fMatchedTrackIndex = 0;
 260   }
 261
 262   if (reco.fMatchedClusterIndex) {
 263     // assign or copy construct
 264     if (fMatchedClusterIndex) {
 265       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
 266     } else {
 267       fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
 268     }
 269   } else {
 270     if (fMatchedClusterIndex) delete fMatchedClusterIndex;
 271     fMatchedClusterIndex = 0;
 272   }
 273
 274   return *this;
 275 }
 276
 277 //_____________________________________
 278 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
 279 {
 280   //Destructor.
 281
 282   if (fEMCALRecalibrationFactors) {
 283     fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
 284     delete fEMCALRecalibrationFactors;
 285   }
 286
 287   if (fEMCALTimeRecalibrationFactors) {
 288     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
 289     delete fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 290   }
 291
 292   if (fEMCALBadChannelMap) {
 293     fEMCALBadChannelMap->Clear();
 294     delete fEMCALBadChannelMap;
 295   }
 296
 297   delete fMatchedTrackIndex   ;
 298   delete fMatchedClusterIndex ;
 299   delete fResidualEta         ;
 300   delete fResidualPhi         ;
 301   delete fPIDUtils            ;
 302
 303   InitTrackCuts();
 304 }
 305
 306 //_______________________________________________________________________________
 307 Bool_t AliEMCALRecoUtils::AcceptCalibrateCell(Int_t absID, Int_t bc,
 308                                               Float_t  & amp,    Double_t & time,
 309                                               AliVCaloCells* cells)
 310 {
 311   // Reject cell if criteria not passed and calibrate it
 312
 313   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 314
 315   if (absID < 0 || absID >= 24*48*geom->GetNumberOfSuperModules())
 316     return kFALSE;
 317
 318   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 319
 320   if (!geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta)) {
 321     // cell absID does not exist
 322     amp=0; time = 1.e9;
 323     return kFALSE;
 324   }
 325
 326   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 327
 328   // Do not include bad channels found in analysis,
 329   if (IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)) {
 330     return kFALSE;
 331   }
 332
 333   //Recalibrate energy
 334   amp  = cells->GetCellAmplitude(absID);
 335   if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
 336     amp *= GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 337
 338   // Recalibrate time
 339   time = cells->GetCellTime(absID);
 340
 341   RecalibrateCellTime(absID,bc,time);
 342
 343   return kTRUE;
 344 }
 345
 346 //_____________________________________________________________________________
 347 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(const AliEMCALGeometry* geom,
 348                                                   const AliVCluster* cluster,
 349                                                   AliVCaloCells* cells)
 350 {
 351   // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and
 352   // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
 353
 354   if (!cluster)
 355   {
 356     AliInfo("Cluster pointer null!");
 357     return kFALSE;
 358   }
 359
 360   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
 361   if (cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 )
 362     return kTRUE;
 363
 364   Int_t absIdMax  = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
 365   Bool_t shared = kFALSE;
 366   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
 367
 368   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n",
 369                   absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
 370
 371   if (absIdMax==-1) return kFALSE;
 372
 373   //Check if the cell is close to the borders:
 374   Bool_t okrow = kFALSE;
 375   Bool_t okcol = kFALSE;
 376
 377   if (iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 ) {
 378     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
 379                   iSM,ieta,iphi));
 380     return kFALSE; // trick coverity
 381   }
 382
 383   //Check rows/phi
 384   Int_t iPhiLast = 24;
 385    if( geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Half ) iPhiLast /= 2;
 386    else if (  geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_3rd ) iPhiLast /= 3;// 1/3 sm case
 387
 388   if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < iPhiLast - fNCellsFromEMCALBorder) okrow = kTRUE;
 389
 390   //Check columns/eta
 391   Int_t iEtaLast = 48;
 392   if(!fNoEMCALBorderAtEta0 || geom->IsDCALSM(iSM)) {// conside inner border
 393      if(  geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Standard )  iEtaLast = iEtaLast*2/3;
 394      if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < iEtaLast-fNCellsFromEMCALBorder) okcol = kTRUE;
 395   } else {
 396     if (iSM%2==0) {
 397      if (ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;
 398     } else {
 399      if(ieta <  iEtaLast-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE;
 400     }
 401   }//eta 0 not checked
 402
 403   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
 404                   fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
 405
 406   if (okcol && okrow) {
 407     //printf("Accept\n");
 408     return kTRUE;
 409   } else  {
 410     //printf("Reject\n");
 411     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
 412     return kFALSE;
 413   }
 414 }
 415
 416 //_______________________________________________________________________________
 417 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(const AliEMCALGeometry* geom,
 418                                                     const UShort_t* cellList,
 419                                                     Int_t nCells)
 420 {
 421   // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored
 422   // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
 423
 424   if (!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
 425   if (!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
 426
 427   Int_t icol = -1;
 428   Int_t irow = -1;
 429   Int_t imod = -1;
 430   for (Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++) {
 431     //Get the column and row
 432     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 433     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta);
 434     if (fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
 435     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 436     if (GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow)) {
 437       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
 438       return kTRUE;
 439     }
 440   }// cell cluster loop
 441
 442   return kFALSE;
 443 }
 444
 445
 446 //___________________________________________________________________________
 447 Float_t AliEMCALRecoUtils::GetECross(Int_t absID, Double_t tcell,
 448                                      AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
 449 {
 450   //Calculate the energy in the cross around the energy given cell
 451
 452   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 453
 454   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 455   geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 456   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 457
 458   //Get close cells index, energy and time, not in corners
 459
 460   Int_t absID1 = -1;
 461   Int_t absID2 = -1;
 462
 463   if ( iphi < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows-1) absID1 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi+1, ieta);
 464   if ( iphi > 0 )                                absID2 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi-1, ieta);
 465
 466   // In case of cell in eta = 0 border, depending on SM shift the cross cell index
 467
 468   Int_t absID3 = -1;
 469   Int_t absID4 = -1;
 470
 471   if ( ieta == AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 && !(imod%2) ) {
 472     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod+1, iphi, 0);
 473     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta-1);
 474   } else if ( ieta == 0 && imod%2 ) {
 475     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta+1);
 476     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod-1, iphi, AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1);
 477   } else {
 478     if ( ieta < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 )
 479       absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta+1);
 480     if ( ieta > 0 )
 481       absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta-1);
 482   }
 483
 484   //printf("IMOD %d, AbsId %d, a %d, b %d, c %d e %d \n",imod,absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
 485
 486   Float_t  ecell1  = 0, ecell2  = 0, ecell3  = 0, ecell4  = 0;
 487   Double_t tcell1  = 0, tcell2  = 0, tcell3  = 0, tcell4  = 0;
 488
 489   AcceptCalibrateCell(absID1,bc, ecell1,tcell1,cells);
 490   AcceptCalibrateCell(absID2,bc, ecell2,tcell2,cells);
 491   AcceptCalibrateCell(absID3,bc, ecell3,tcell3,cells);
 492   AcceptCalibrateCell(absID4,bc, ecell4,tcell4,cells);
 493
 494   if (TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell1 = 0 ;
 495   if (TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell2 = 0 ;
 496   if (TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell3 = 0 ;
 497   if (TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell4 = 0 ;
 498
 499   return ecell1+ecell2+ecell3+ecell4;
 500 }
 501
 502 //_____________________________________________________________________________________________
 503 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell(Int_t absID, AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
 504 {
 505   // Look to cell neighbourhood and reject if it seems exotic
 506   // Do before recalibrating the cells
 507
 508   if (!fRejectExoticCells) return kFALSE;
 509
 510   Float_t  ecell  = 0;
 511   Double_t tcell  = 0;
 512   Bool_t   accept = AcceptCalibrateCell(absID, bc, ecell ,tcell ,cells);
 513
 514   if (!accept) return kTRUE; // reject this cell
 515
 516   if (ecell < fExoticCellMinAmplitude) return kFALSE; // do not reject low energy cells
 517
 518   Float_t eCross = GetECross(absID,tcell,cells,bc);
 519
 520   if (1-eCross/ecell > fExoticCellFraction) {
 521     AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell() - EXOTIC CELL id %d, eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",
 522                     absID,ecell,eCross,1-eCross/ecell));
 523     return kTRUE;
 524   }
 525
 526   return kFALSE;
 527 }
 528
 529 //___________________________________________________________________
 530 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(const AliVCluster *cluster,
 531                                           AliVCaloCells *cells,
 532                                           Int_t bc)
 533 {
 534   // Check if the cluster highest energy tower is exotic
 535
 536   if (!cluster) {
 537     AliInfo("Cluster pointer null!");
 538     return kFALSE;
 539   }
 540
 541   if (!fRejectExoticCluster) return kFALSE;
 542
 543   // Get highest energy tower
 544   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 545   Int_t iSupMod = -1, absId = -1, ieta = -1, iphi = -1;
 546   Bool_t shared = kFALSE;
 547   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absId, iSupMod, ieta, iphi, shared);
 548
 549   return IsExoticCell(absId,cells,bc);
 550 }
 551
 552 //_______________________________________________________________________
 553 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(const AliVCluster* cluster)
 554 {
 555   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
 556
 557   if (!cluster) {
 558     AliInfo("Cluster pointer null!");
 559     return 0;
 560   }
 561
 562   Float_t energy    = cluster->E() ;
 563   Float_t rdmEnergy = energy ;
 564   if (fSmearClusterEnergy) {
 565     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
 566                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
 567                                     fSmearClusterParam[2] );
 568     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
 569   }
 570
 571   return rdmEnergy;
 572 }
 573
 574 //____________________________________________________________________________
 575 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster)
 576 {
 577   // Correct cluster energy from non linearity functions
 578
 579   if (!cluster) {
 580     AliInfo("Cluster pointer null!");
 581     return 0;
 582   }
 583
 584   Float_t energy = cluster->E();
 585
 586   if (energy < 0.05) {
 587     // Clusters with less than 50 MeV or negative are not possible
 588     AliInfo(Form("Too Low Cluster energy!, E = %f < 0.05 GeV",energy));
 589     return 0;
 590   }
 591
 592   switch (fNonLinearityFunction)
 593   {
 594     case kPi0MC:
 595     {
 596       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
 597       //fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 598       //fNonLinearityParams[1] =-0.03329;
 599       //fNonLinearityParams[2] =-0.3853;
 600       //fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 601       //fNonLinearityParams[4] =-0.4335;
 602        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
 603                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
 604                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
 605       break;
 606     }
 607
 608     case kPi0MCv2:
 609     {
 610       //Non-Linearity correction (from MC with function [0]/((x+[1])^[2]))+1;
 611       //fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
 612       //fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02;
 613       //fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;
 614
 615       energy *= fNonLinearityParams[0]/TMath::Power(energy+fNonLinearityParams[1],fNonLinearityParams[2])+1;
 616       break;
 617     }
 618
 619     case kPi0MCv3:
 620     {
 621       //Same as beam test corrected, change parameters
 622       //fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01
 623       //fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
 624       //fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00;
 625       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 626       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 627       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 628       //fNonLinearityParams[6] =  1;
 629       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 630
 631       break;
 632     }
 633
 634
 635     case kPi0GammaGamma:
 636     {
 637       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
 638       //fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 639       //fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 640       //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 641       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
 642       break;
 643     }
 644
 645     case kPi0GammaConversion:
 646     {
 647       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
 648       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
 649       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 650       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 651       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
 652
 653       break;
 654     }
 655
 656     case kBeamTest:
 657     {
 658       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
 659       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
 660       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002
 661       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797
 662       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358
 663       //Rescale the param[0] with 1.03
 664       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
 665
 666       break;
 667     }
 668
 669     case kBeamTestCorrected:
 670     {
 671       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 672       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
 673       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 674       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 675       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 676       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 677       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 678       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 679         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 680
 681       break;
 682     }
 683
 684     case kBeamTestCorrectedv2:
 685     {
 686       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 687       //fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
 688       //fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
 689       //fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
 690       //fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
 691       //fNonLinearityParams[4] =  152.299;
 692       //fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
 693       //fNonLinearityParams[6] =  0.968;
 694       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 695
 696       break;
 697     }
 698
 699     case kSDMv5:
 700     {
 701       //Based on fit to the MC/data using kNoCorrection on the data - utilizes symmetric decay method and kPi0MCv5(MC) - 28 Oct 2013
 702       //fNonLinearityParams[0] =  1.0;
 703       //fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
 704       //fNonLinearityParams[2] =  1.570;
 705       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 706       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 707       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 708       //fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
 709       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5])))) * (0.964 + exp(-3.132-0.435*energy*2.0));
 710
 711       break;
 712     }
 713
 714     case kPi0MCv5:
 715     {
 716       //Based on comparing MC truth information to the reconstructed energy of clusters.
 717       //fNonLinearityParams[0] =  1.0;
 718       //fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
 719       //fNonLinearityParams[2] =  1.570;
 720       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 721       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 722       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 723       //fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
 724       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 725
 726       break;
 727     }
 728
 729     case kNoCorrection:
 730       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
 731       break;
 732
 733   }
 734
 735   return energy;
 736 }
 737
 738 //__________________________________________________
 739 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
 740 {
 741   //Initialising Non Linearity Parameters
 742
 743   if (fNonLinearityFunction == kPi0MC) {
 744     fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 745     fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
 746     fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
 747     fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 748     fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
 749   }
 750
 751   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv2) {
 752     fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
 753     fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02;
 754     fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;
 755   }
 756
 757   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv3) {
 758     fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01;
 759     fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
 760     fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00;
 761     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 762     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 763     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 764     fNonLinearityParams[6] =  1;
 765   }
 766
 767   if (fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma) {
 768     fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 769     fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 770     fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 771   }
 772
 773   if (fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion) {
 774     fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
 775     fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 776     fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 777   }
 778
 779   if (fNonLinearityFunction == kBeamTest) {
 780     if (fNonLinearThreshold == 30) {
 781       fNonLinearityParams[0] = 1.007;
 782       fNonLinearityParams[1] = 0.894;
 783       fNonLinearityParams[2] = 0.246;
 784     }
 785     if (fNonLinearThreshold == 45) {
 786       fNonLinearityParams[0] = 1.003;
 787       fNonLinearityParams[1] = 0.719;
 788       fNonLinearityParams[2] = 0.334;
 789     }
 790     if (fNonLinearThreshold == 75) {
 791       fNonLinearityParams[0] = 1.002;
 792       fNonLinearityParams[1] = 0.797;
 793       fNonLinearityParams[2] = 0.358;
 794     }
 795   }
 796
 797   if (fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected) {
 798     fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
 799     fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 800     fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 801     fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 802     fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 803     fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 804     fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 805   }
 806
 807   if (fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrectedv2) {
 808     fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
 809     fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
 810     fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
 811     fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
 812     fNonLinearityParams[4] =  152.299;
 813     fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
 814     fNonLinearityParams[6] =  0.968;
 815   }
 816
 817   if (fNonLinearityFunction == kSDMv5) {
 818     fNonLinearityParams[0] =  1.0;
 819     fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
 820     fNonLinearityParams[2] =  1.570;
 821     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 822     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 823     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 824     fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
 825   }
 826
 827   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv5) {
 828     fNonLinearityParams[0] =  1.0;
 829     fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
 830     fNonLinearityParams[2] =  1.570;
 831     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 832     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 833     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 834     fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
 835   }
 836
 837 }
 838
 839 //_________________________________________________________
 840 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(Float_t energy,
 841                                      Int_t iParticle,
 842                                      Int_t iSM) const
 843 {
 844   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
 845
 846   // parameters
 847   Float_t x0    = 1.31;
 848   Float_t ecr   = 8;
 849   Float_t depth = 0;
 850   Float_t arg   = energy*1000/ ecr; //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 851
 852   switch ( iParticle )
 853   {
 854     case kPhoton:
 855       if (arg < 1)
 856         depth = 0;
 857       else
 858         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
 859       break;
 860
 861     case kElectron:
 862       if (arg < 1)
 863         depth = 0;
 864       else
 865         depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5);
 866       break;
 867
 868     case kHadron:
 869       // hadron
 870       // boxes anc. here
 871       if (gGeoManager) {
 872         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
 873         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
 874         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
 875         if (geoSM) {
 876           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume();
 877           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
 878           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
 879           if (geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
 880           else AliFatal("Null GEANT box");
 881         }
 882         else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
 883       }
 884       else
 885       {//electron
 886         if (arg < 1)
 887           depth = 0;
 888         else
 889           depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5);
 890       }
 891
 892       break;
 893
 894     default://photon
 895       if (arg < 1)
 896         depth = 0;
 897       else
 898         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
 899   }
 900
 901   return depth;
 902 }
 903
 904 //____________________________________________________________________
 905 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(const AliEMCALGeometry *geom,
 906                                          AliVCaloCells* cells,
 907                                          const AliVCluster* clu,
 908                                          Int_t  & absId,
 909                                          Int_t  & iSupMod,
 910                                          Int_t  & ieta,
 911                                          Int_t  & iphi,
 912                                          Bool_t & shared)
 913 {
 914   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell
 915   //with maximum energy deposit.
 916
 917   Double_t eMax        = -1.;
 918   Double_t eCell       = -1.;
 919   Float_t  fraction    = 1.;
 920   Float_t  recalFactor = 1.;
 921   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
 922
 923   Int_t iTower  = -1;
 924   Int_t iIphi   = -1;
 925   Int_t iIeta   = -1;
 926   Int_t iSupMod0= -1;
 927
 928   if (!clu) {
 929     AliInfo("Cluster pointer null!");
 930     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
 931     return;
 932   }
 933
 934   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
 935     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
 936     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
 937     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
 938     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
 939     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 940     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 941     if (iDig==0) {
 942       iSupMod0=iSupMod;
 943     } else if (iSupMod0!=iSupMod)  {
 944       shared = kTRUE;
 945       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
 946     }
 947     if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) {
 948       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
 949     }
 950     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
 951     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
 952     if (eCell > eMax) {
 953       eMax  = eCell;
 954       absId = cellAbsId;
 955       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
 956     }
 957   }// cell loop
 958
 959   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
 960   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 961   //Gives SuperModule and Tower numbers
 962   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
 963                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 964   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
 965   //printf("Max end---\n");
 966 }
 967
 968 //______________________________________
 969 void AliEMCALRecoUtils::InitParameters()
 970 {
 971   // Initialize data members with default values
 972
 973   fParticleType = kPhoton;
 974   fPosAlgo      = kUnchanged;
 975   fW0           = 4.5;
 976
 977   fNonLinearityFunction = kNoCorrection;
 978   fNonLinearThreshold   = 30;
 979
 980   fExoticCellFraction     = 0.97;
 981   fExoticCellDiffTime     = 1e6;
 982   fExoticCellMinAmplitude = 0.5;
 983
 984   fAODFilterMask    = 128;
 985   fAODHybridTracks  = kFALSE;
 986   fAODTPCOnlyTracks = kTRUE;
 987
 988   fCutEtaPhiSum      = kTRUE;
 989   fCutEtaPhiSeparate = kFALSE;
 990
 991   fCutR   = 0.05;
 992   fCutEta = 0.025;
 993   fCutPhi = 0.05;
 994
 995   fClusterWindow = 100;
 996   fMass          = 0.139;
 997
 998   fStepSurface   = 20.;
 999   fStepCluster   = 5.;
1000   fTrackCutsType = kLooseCut;
1001
1002   fCutMinTrackPt     = 0;
1003   fCutMinNClusterTPC = -1;
1004   fCutMinNClusterITS = -1;
1005
1006   fCutMaxChi2PerClusterTPC  = 1e10;
1007   fCutMaxChi2PerClusterITS  = 1e10;
1008
1009   fCutRequireTPCRefit     = kFALSE;
1010   fCutRequireITSRefit     = kFALSE;
1011   fCutAcceptKinkDaughters = kFALSE;
1012
1013   fCutMaxDCAToVertexXY = 1e10;
1014   fCutMaxDCAToVertexZ  = 1e10;
1015   fCutDCAToVertex2D    = kFALSE;
1016
1017   fCutRequireITSStandAlone = kFALSE; //MARCEL
1018   fCutRequireITSpureSA     = kFALSE; //Marcel
1019
1020   //Misalignment matrices
1021   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++)
1022   {
1023     fMisalTransShift[i] = 0.;
1024     fMisalRotShift[i]   = 0.;
1025   }
1026
1027   //Non linearity
1028   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.;
1029
1030   //For kBeamTestCorrectedv2 case, but default is no correction
1031   fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
1032   fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
1033   fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
1034   fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
1035   fNonLinearityParams[4] =  152.299;
1036   fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
1037   fNonLinearityParams[6] =  0.968;
1038
1039   //Cluster energy smearing
1040   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
1041   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
1042   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
1043   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
1044 }
1045
1046 //_____________________________________________________
1047 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()
1048 {
1049   //Init EMCAL recalibration factors
1050   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1051   //In order to avoid rewriting the same histograms
1052   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1053   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1054
1055   fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(12);
1056   for (int i = 0; i < 12; i++)
1057     fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),
1058                                              Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
1059   //Init the histograms with 1
1060   for (Int_t sm = 0; sm < 12; sm++)
1061   {
1062     for (Int_t i = 0; i < 48; i++)
1063     {
1064       for (Int_t j = 0; j < 24; j++)
1065       {
1066         SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
1067       }
1068     }
1069   }
1070
1071   fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1072   fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
1073
1074   //In order to avoid rewriting the same histograms
1075   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1076 }
1077
1078 //_________________________________________________________
1079 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors()
1080 {
1081   //Init EMCAL recalibration factors
1082   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1083   //In order to avoid rewriting the same histograms
1084   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1085   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1086
1087   fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
1088   for (int i = 0; i < 4; i++)
1089     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1090                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1091                                                  48*24*12,0.,48*24*12)          );
1092   //Init the histograms with 1
1093   for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++)
1094   {
1095     for (Int_t i = 0; i < 48*24*12; i++)
1096       SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,i,0.);
1097   }
1098
1099   fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1100   fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
1101
1102   //In order to avoid rewriting the same histograms
1103   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1104 }
1105
1106 //____________________________________________________
1107 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()
1108 {
1109   //Init EMCAL bad channels map
1110   AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
1111   //In order to avoid rewriting the same histograms
1112   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1113   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1114
1115   fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(12);
1116   //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
1117   for (int i = 0; i < 12; i++)
1118   {
1119     fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
1120   }
1121
1122   fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
1123   fEMCALBadChannelMap->Compress();
1124
1125   //In order to avoid rewriting the same histograms
1126   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1127 }
1128
1129 //____________________________________________________________________________
1130 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(const AliEMCALGeometry* geom,
1131                                                  AliVCluster * cluster,
1132                                                  AliVCaloCells * cells,
1133                                                  Int_t bc)
1134 {
1135   // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map
1136   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
1137   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1138
1139   if (!cluster) {
1140     AliInfo("Cluster pointer null!");
1141     return;
1142   }
1143
1144   //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
1145   UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
1146   Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
1147   Int_t ncells = cluster->GetNCells();
1148
1149   //Initialize some used variables
1150   Float_t energy = 0;
1151   Int_t   absId  =-1;
1152   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
1153   Float_t factor = 1, frac = 0;
1154   Int_t   absIdMax = -1;
1155   Float_t emax     = 0;
1156
1157   //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
1158   for (Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++)
1159   {
1160     absId = index[icell];
1161     frac =  fraction[icell];
1162     if (frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
1163
1164     if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) {
1165       // Energy
1166       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
1167       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta);
1168       if (fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod)
1169         continue;
1170       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
1171       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
1172
1173       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
1174                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
1175
1176     }
1177
1178     energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1179
1180     if (emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac) {
1181       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1182       absIdMax = absId;
1183     }
1184   }
1185
1186   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f \n",cluster->E(),energy));
1187
1188   cluster->SetE(energy);
1189
1190   // Recalculate time of cluster
1191   Double_t timeorg = cluster->GetTOF();
1192
1193   Double_t time = cells->GetCellTime(absIdMax);
1194   if (!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn())
1195     RecalibrateCellTime(absIdMax,bc,time);
1196
1197   cluster->SetTOF(time);
1198
1199   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Time before %f, after %f \n",timeorg,cluster->GetTOF()));
1200 }
1201
1202 //_____________________________________________________________
1203 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliVCaloCells * cells,
1204                                          Int_t bc)
1205 {
1206   // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy
1207   // of the cells that compose the cluster.
1208   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1209
1210   if (!IsRecalibrationOn() && !IsTimeRecalibrationOn() && !IsBadChannelsRemovalSwitchedOn())
1211     return;
1212
1213   if (!cells) {
1214     AliInfo("Cells pointer null!");
1215     return;
1216   }
1217
1218   Short_t  absId  =-1;
1219   Bool_t   accept = kFALSE;
1220   Float_t  ecell  = 0;
1221   Double_t tcell  = 0;
1222   Double_t ecellin = 0;
1223   Double_t tcellin = 0;
1224   Int_t  mclabel = -1;
1225   Double_t efrac = 0;
1226
1227   Int_t nEMcell  = cells->GetNumberOfCells() ;
1228   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++)
1229   {
1230     cells->GetCell( iCell, absId, ecellin, tcellin, mclabel, efrac );
1231
1232     accept = AcceptCalibrateCell(absId, bc, ecell ,tcell ,cells);
1233     if (!accept) {
1234       ecell = 0;
1235       tcell = -1;
1236     }
1237
1238     //Set new values
1239     cells->SetCell(iCell,absId,ecell, tcell, mclabel, efrac);
1240   }
1241
1242   fCellsRecalibrated = kTRUE;
1243 }
1244
1245 //_______________________________________________________________________________________________________
1246 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(Int_t absId, Int_t bc, Double_t & celltime) const
1247 {
1248   // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map
1249   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1250
1251   if (!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn() && bc >= 0) {
1252     celltime -= GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;    ;
1253   }
1254 }
1255
1256 //______________________________________________________________________________
1257 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(const AliEMCALGeometry *geom,
1258                                                    AliVCaloCells* cells,
1259                                                    AliVCluster* clu)
1260 {
1261   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1262
1263   if (!clu) {
1264     AliInfo("Cluster pointer null!");
1265     return;
1266   }
1267
1268   if      (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
1269   else if (fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
1270   else    AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
1271 }
1272
1273 //_____________________________________________________________________________________________
1274 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(const AliEMCALGeometry *geom,
1275                                                                   AliVCaloCells* cells,
1276                                                                   AliVCluster* clu)
1277 {
1278   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1279   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
1280
1281   Double_t eCell       = 0.;
1282   Float_t  fraction    = 1.;
1283   Float_t  recalFactor = 1.;
1284
1285   Int_t    absId   = -1;
1286   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
1287   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
1288   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
1289   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
1290   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
1291   Bool_t shared = kFALSE;
1292
1293   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
1294   if (clEnergy <= 0)
1295     return;
1296   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1297   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
1298
1299   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
1300
1301   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
1302   {
1303     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1304     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1305     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1306
1307     if (!fCellsRecalibrated) {
1308       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta);
1309       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1310       if (IsRecalibrationOn()) {
1311         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1312       }
1313     }
1314
1315     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1316
1317     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1318     totalWeight += weight;
1319
1320     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1321     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1322     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1323     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1324
1325     for (int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1326   }// cell loop
1327
1328   if (totalWeight>0) {
1329     for (int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1330   }
1331
1332   //Float_t pos[]={0,0,0};
1333   //clu->GetPosition(pos);
1334   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1335   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1336
1337   if (iSupModMax > 1) { //sector 1
1338     newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093;
1339     newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1340     newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1341     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1342   } else { //sector 0
1343     newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1344     newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1345     newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1346     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1347   }
1348   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1349
1350   clu->SetPosition(newPos);
1351 }
1352
1353 //____________________________________________________________________________________________
1354 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(const AliEMCALGeometry *geom,
1355                                                                  AliVCaloCells* cells,
1356                                                                  AliVCluster* clu)
1357 {
1358   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1359   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1360
1361   Double_t eCell       = 1.;
1362   Float_t  fraction    = 1.;
1363   Float_t  recalFactor = 1.;
1364
1365   Int_t absId   = -1;
1366   Int_t iTower  = -1;
1367   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1368   Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1369   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1370   Bool_t shared = kFALSE;
1371
1372   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1373
1374   if (clEnergy <= 0)
1375     return;
1376   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1377   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1378
1379   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1380   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1381   Int_t startingSM = -1;
1382
1383   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
1384   {
1385     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1386     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1387     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1388
1389     if      (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1390     else if (iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1391
1392     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1393
1394     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1395     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1396
1397     if (!fCellsRecalibrated)
1398     {
1399       if (IsRecalibrationOn()) {
1400         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1401       }
1402     }
1403
1404     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1405
1406     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1407     if (weight < 0) weight = 0;
1408     totalWeight += weight;
1409     weightedCol += ieta*weight;
1410     weightedRow += iphi*weight;
1411
1412     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1413   }// cell loop
1414
1415   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1416   if (areInSameSM == kTRUE) {
1417     //printf("In Same SM\n");
1418     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1419     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1420     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1421   }
1422   else
1423   {
1424     //printf("In Different SM\n");
1425     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1426   }
1427
1428   clu->SetPosition(xyzNew);
1429 }
1430
1431 //___________________________________________________________________________________________
1432 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(const AliEMCALGeometry * geom,
1433                                                                AliVCaloCells* cells,
1434                                                                AliVCluster * cluster)
1435 {
1436   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1437
1438   if (!fRecalDistToBadChannels) return;
1439
1440   if (!cluster)
1441   {
1442     AliInfo("Cluster pointer null!");
1443     return;
1444   }
1445
1446   //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1447   Int_t absIdMax  = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1448   Bool_t shared = kFALSE;
1449   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1450   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1451
1452   Int_t dRrow, dRcol;
1453   Float_t  minDist = 10000.;
1454   Float_t  dist    = 0.;
1455
1456   //Loop on tower status map
1457   for (Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1458   {
1459     for (Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1460     {
1461       //Check if tower is bad.
1462       if (hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1463       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1464       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1465
1466       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1467       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1468       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1469       if (dist < minDist)
1470       {
1471         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1472         minDist = dist;
1473       }
1474     }
1475   }
1476
1477   //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1478   if (shared)
1479   {
1480     TH2D* hMap2 = 0;
1481     Int_t iSupMod2 = -1;
1482
1483     //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1484     if (iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1485     else           iSupMod2 = iSupMod+1;
1486     hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1487
1488     //Loop on tower status map of second super module
1489     for (Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1490     {
1491       for (Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1492       {
1493         //Check if tower is bad.
1494         if (hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0)
1495           continue;
1496         //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1497         //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1498         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1499
1500         if (iSupMod%2) {
1501           dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1502         } else {
1503           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1504         }
1505
1506         dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1507         if (dist < minDist) minDist = dist;
1508       }
1509     }
1510   }// shared cluster in 2 SuperModules
1511
1512   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1513   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1514 }
1515
1516 //__________________________________________________________________
1517 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster)
1518 {
1519   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1520
1521   if (!cluster) {
1522     AliInfo("Cluster pointer null!");
1523     return;
1524   }
1525
1526   if (cluster->GetM02() != 0)
1527     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1528
1529   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESCN+1];
1530   for (Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESCN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1531
1532   cluster->SetPID(pidlist);
1533 }
1534
1535 //___________________________________________________________________________________________________________________
1536 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1537                                                                 AliVCaloCells* cells,
1538                                                                 AliVCluster * cluster,
1539                                                                 Float_t & l0,   Float_t & l1,
1540                                                                 Float_t & disp, Float_t & dEta, Float_t & dPhi,
1541                                                                 Float_t & sEta, Float_t & sPhi, Float_t & sEtaPhi)
1542 {
1543   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1544   // and tranfers into global ALICE coordinates
1545   // Calculates Dispersion and main axis
1546
1547   if (!cluster) {
1548     AliInfo("Cluster pointer null!");
1549     return;
1550   }
1551
1552   Double_t eCell       = 0.;
1553   Float_t  fraction    = 1.;
1554   Float_t  recalFactor = 1.;
1555
1556   Int_t    iSupMod = -1;
1557   Int_t    iTower  = -1;
1558   Int_t    iIphi   = -1;
1559   Int_t    iIeta   = -1;
1560   Int_t    iphi    = -1;
1561   Int_t    ieta    = -1;
1562   Double_t etai    = -1.;
1563   Double_t phii    = -1.;
1564
1565   Int_t    nstat   = 0 ;
1566   Float_t  wtot    = 0.;
1567   Double_t w       = 0.;
1568   Double_t etaMean = 0.;
1569   Double_t phiMean = 0.;
1570
1571   //Loop on cells, calculate the cluster energy, in case a cut on cell energy is added
1572   // and to check if the cluster is between 2 SM in eta
1573   Int_t   iSM0   = -1;
1574   Bool_t  shared = kFALSE;
1575   Float_t energy = 0;
1576
1577   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1578   {
1579     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1580     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1581     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1582
1583     //Check if there are cells of different SM
1584     if      (iDigit == 0   ) iSM0 = iSupMod;
1585     else if (iSupMod!= iSM0) shared = kTRUE;
1586
1587     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1588     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1589     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1590
1591     if (IsRecalibrationOn()) {
1592       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1593     }
1594
1595     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1596
1597     energy += eCell;
1598
1599   }//cell loop
1600
1601   //Loop on cells
1602   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1603   {
1604     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1605     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1606     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1607
1608     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1609     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1610     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1611
1612     if (!fCellsRecalibrated) {
1613       if (IsRecalibrationOn()) {
1614         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1615       }
1616     }
1617
1618     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1619
1620     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1621     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1622     if (shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1623
1624     if (cluster->E() > 0 && eCell > 0) {
1625       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1626
1627       etai=(Double_t)ieta;
1628       phii=(Double_t)iphi;
1629
1630       if (w > 0.0) {
1631         wtot += w ;
1632         nstat++;
1633         //Shower shape
1634         sEta     += w * etai * etai ;
1635         etaMean  += w * etai ;
1636         sPhi     += w * phii * phii ;
1637         phiMean  += w * phii ;
1638         sEtaPhi  += w * etai * phii ;
1639       }
1640     } else
1641       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1642   }//cell loop
1643
1644   //Normalize to the weight
1645   if (wtot > 0) {
1646     etaMean /= wtot ;
1647     phiMean /= wtot ;
1648   } else
1649     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1650
1651   //Calculate dispersion
1652   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1653   {
1654     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1655     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1656     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1657
1658     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1659     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1660     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1661     if (IsRecalibrationOn()) {
1662       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1663     }
1664     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1665
1666     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1667     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1668     if (shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1669
1670     if (cluster->E() > 0 && eCell > 0) {
1671       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1672
1673       etai=(Double_t)ieta;
1674       phii=(Double_t)iphi;
1675       if (w > 0.0) {
1676         disp +=  w *((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean));
1677         dEta +=  w * (etai-etaMean)*(etai-etaMean) ;
1678         dPhi +=  w * (phii-phiMean)*(phii-phiMean) ;
1679       }
1680     } else
1681       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1682   }// cell loop
1683
1684   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1685   if (wtot > 0 && nstat > 1) {
1686     disp    /= wtot ;
1687     dEta    /= wtot ;
1688     dPhi    /= wtot ;
1689     sEta    /= wtot ;
1690     sPhi    /= wtot ;
1691     sEtaPhi /= wtot ;
1692
1693     sEta    -= etaMean * etaMean ;
1694     sPhi    -= phiMean * phiMean ;
1695     sEtaPhi -= etaMean * phiMean ;
1696
1697     l0 = (0.5 * (sEta + sPhi) + TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1698     l1 = (0.5 * (sEta + sPhi) - TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1699   } else {
1700     l0   = 0. ;
1701     l1   = 0. ;
1702     dEta = 0. ; dPhi = 0. ; disp    = 0. ;
1703     sEta = 0. ; sPhi = 0. ; sEtaPhi = 0. ;
1704   }
1705 }
1706
1707 //____________________________________________________________________________________________
1708 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1709                                                                 AliVCaloCells* cells,
1710                                                                 AliVCluster * cluster)
1711 {
1712   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1713   // and tranfers into global ALICE coordinates
1714   // Calculates Dispersion and main axis and puts them into the cluster
1715
1716   Float_t l0   = 0., l1   = 0.;
1717   Float_t disp = 0., dEta = 0., dPhi    = 0.;
1718   Float_t sEta = 0., sPhi = 0., sEtaPhi = 0.;
1719
1720   AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(geom,cells,cluster,l0,l1,disp,
1721                                                              dEta, dPhi, sEta, sPhi, sEtaPhi);
1722
1723   cluster->SetM02(l0);
1724   cluster->SetM20(l1);
1725   if (disp > 0. ) cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(disp)) ;
1726
1727 }
1728
1729 //____________________________________________________________________________
1730 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,
1731                                     TObjArray * clusterArr,
1732                                     const AliEMCALGeometry *geom)
1733 {
1734   //This function should be called before the cluster loop
1735   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1736   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1737   //Store matched cluster indexes and residuals
1738
1739   fMatchedTrackIndex  ->Reset();
1740   fMatchedClusterIndex->Reset();
1741   fResidualPhi->Reset();
1742   fResidualEta->Reset();
1743
1744   fMatchedTrackIndex  ->Set(1000);
1745   fMatchedClusterIndex->Set(1000);
1746   fResidualPhi->Set(1000);
1747   fResidualEta->Set(1000);
1748
1749   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1750   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1751
1752   // init the magnetic field if not already on
1753   if (!TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField()) {
1754     if (!event->InitMagneticField())
1755     {
1756       AliInfo("Mag Field not initialized, null esd/aod evetn pointers");
1757     }
1758   } // Init mag field
1759
1760   if (esdevent) {
1761     UInt_t mask1 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ();
1762     UInt_t mask2 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco();
1763     Bool_t desc1 = (mask1 >> 3) & 0x1;
1764     Bool_t desc2 = (mask2 >> 3) & 0x1;
1765     if (desc1==0 || desc2==0) {
1766 //       AliError(Form("TPC not in DAQ/RECO: %u (%u)/%u (%u)",
1767 //       mask1, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco(),
1768 //       mask2, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ()));
1769       fITSTrackSA=kTRUE;
1770     }
1771   }
1772
1773   TObjArray *clusterArray = 0x0;
1774   if (!clusterArr) {
1775     clusterArray = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1776     for (Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1777     {
1778       AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1779       if (geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells()))
1780         continue;
1781       clusterArray->AddAt(cluster,icl);
1782     }
1783   }
1784
1785   Int_t    matched=0;
1786   Double_t cv[21];
1787   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1788   for (Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1789   {
1790     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1791
1792     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner
1793     AliESDtrack *esdTrack = 0;
1794     AliAODTrack *aodTrack = 0;
1795     if (esdevent) {
1796       esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1797       if (!esdTrack) continue;
1798       if (!IsAccepted(esdTrack)) continue;
1799       if (esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1800       Double_t phi = esdTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1801       if (TMath::Abs(esdTrack->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250 ) continue;
1802       if (!fITSTrackSA)
1803         trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());  // if TPC Available
1804       else
1805         trackParam =  new AliExternalTrackParam(*esdTrack); // If ITS Track Standing alone
1806     }
1807
1808     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1809     //AOD tracks are selected according to its filterbit.
1810     else if (aodevent) {
1811       aodTrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(aodevent->GetTrack(itr));
1812       if(!aodTrack) AliFatal("Not a standard AOD");
1813       if (!aodTrack) continue;
1814
1815       if (fAODTPCOnlyTracks) { // Match with TPC only tracks, default from May 2013, before filter bit 32
1816         //printf("Match with TPC only tracks, accept? %d, test bit 128 <%d> \n", aodTrack->IsTPCOnly(), aodTrack->TestFilterMask(128));
1817         if (!aodTrack->IsTPCConstrained()) continue ;
1818       } else if (fAODHybridTracks) { // Match with hybrid tracks
1819         //printf("Match with Hybrid tracks, accept? %d \n", aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal());
1820         if (!aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal()) continue ;
1821       } else { // Match with tracks on a mask
1822         //printf("Match with tracks having filter bit mask %d, accept? %d \n",fAODFilterMask,aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask));
1823         if (!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask) ) continue; //Select AOD tracks
1824       }
1825
1826       if (aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1827
1828       Double_t phi = aodTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1829       if (TMath::Abs(aodTrack->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250 )
1830         continue;
1831       Double_t pos[3],mom[3];
1832       aodTrack->GetXYZ(pos);
1833       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1834       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1835
1836       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1837     }
1838
1839     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1840     else {
1841       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1842       if (clusterArray) {
1843         clusterArray->Clear();
1844         delete clusterArray;
1845       }
1846       return;
1847     }
1848
1849     if (!trackParam) continue;
1850
1851     //Extrapolate the track to EMCal surface
1852     AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1853     Float_t eta, phi, pt;
1854     if (!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt)) {
1855       if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1856       if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1857       continue;
1858     }
1859
1860     if (TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) {
1861       if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1862       if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1863       continue;
1864     }
1865
1866     //Find matched clusters
1867     Int_t index = -1;
1868     Float_t dEta = -999, dPhi = -999;
1869     if (!clusterArr) {
1870       index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArray, dEta, dPhi);
1871     } else {
1872       index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
1873     }
1874
1875     if (index>-1) {
1876       fMatchedTrackIndex   ->AddAt(itr,matched);
1877       fMatchedClusterIndex ->AddAt(index,matched);
1878       fResidualEta         ->AddAt(dEta,matched);
1879       fResidualPhi         ->AddAt(dPhi,matched);
1880       matched++;
1881     }
1882     if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1883     if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1884   }//track loop
1885
1886   if (clusterArray) {
1887     clusterArray->Clear();
1888     delete clusterArray;
1889   }
1890
1891   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1892
1893   fMatchedTrackIndex   ->Set(matched);
1894   fMatchedClusterIndex ->Set(matched);
1895   fResidualPhi         ->Set(matched);
1896   fResidualEta         ->Set(matched);
1897 }
1898
1899 //________________________________________________________________________________
1900 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInEvent(const AliESDtrack *track,
1901                                                    const AliVEvent *event,
1902                                                    const AliEMCALGeometry *geom,
1903                                                    Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1904 {
1905   //
1906   // This function returns the index of matched cluster to input track
1907   // Returns -1 if no match is found
1908   Int_t index = -1;
1909   Double_t phiV = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
1910   if (TMath::Abs(track->Eta())>0.9 || phiV <= 10 || phiV >= 250 ) return index;
1911   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1912   if (!fITSTrackSA)
1913     trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());  // If TPC
1914   else
1915     trackParam = new AliExternalTrackParam(*track);
1916
1917   if (!trackParam) return index;
1918   AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1919   Float_t eta, phi, pt;
1920
1921   if (!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt))   {
1922     if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1923     return index;
1924   }
1925   if (TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) {
1926     if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1927     return index;
1928   }
1929
1930   TObjArray *clusterArr = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1931
1932   for (Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1933   {
1934     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1935     if (geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1936     clusterArr->AddAt(cluster,icl);
1937   }
1938
1939   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
1940   clusterArr->Clear();
1941   delete clusterArr;
1942   if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1943
1944   return index;
1945 }
1946
1947 //_______________________________________________________________________________________________
1948 Int_t  AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInClusterArr(const AliExternalTrackParam *emcalParam,
1949                                                          AliExternalTrackParam *trkParam,
1950                                                          const TObjArray * clusterArr,
1951                                                          Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1952 {
1953   // Find matched cluster in array
1954
1955   dEta=-999, dPhi=-999;
1956   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
1957   Int_t index = -1;
1958   Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1959
1960   Double_t exPos[3] = {0.,0.,0.};
1961   if (!emcalParam->GetXYZ(exPos)) return index;
1962
1963   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
1964   for (Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
1965   {
1966     AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
1967     if (!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
1968     cluster->GetPosition(clsPos);
1969     Double_t dR = TMath::Sqrt(TMath::Power(exPos[0]-clsPos[0],2)+TMath::Power(exPos[1]-clsPos[1],2)+TMath::Power(exPos[2]-clsPos[2],2));
1970     if (dR > fClusterWindow) continue;
1971
1972     AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trkParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1973     if (!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1974     if (fCutEtaPhiSum) {
1975       Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1976       if (tmpR<dRMax) {
1977         dRMax=tmpR;
1978         dEtaMax=tmpEta;
1979         dPhiMax=tmpPhi;
1980         index=icl;
1981       }
1982     } else if (fCutEtaPhiSeparate) {
1983       if (TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax)) {
1984         dEtaMax = tmpEta;
1985         dPhiMax = tmpPhi;
1986         index=icl;
1987       }
1988     } else {
1989       printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1990       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1991       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1992       return index;
1993     }
1994   }
1995
1996   dEta=dEtaMax;
1997   dPhi=dPhiMax;
1998
1999   return index;
2000 }
2001
2002 //------------------------------------------------------------------------------------
2003 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliVTrack *track,
2004                                                          Double_t emcalR, Double_t mass, Double_t step, Double_t minpt)
2005 {
2006   // Extrapolate track to EMCAL surface
2007
2008   track->SetTrackPhiEtaPtOnEMCal(-999, -999, -999);
2009
2010   if (track->Pt()<minpt)
2011     return kFALSE;
2012
2013   Double_t phi = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
2014   if (TMath::Abs(track->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250)
2015     return kFALSE;
2016
2017   AliESDtrack *esdt = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2018   AliAODTrack *aodt = 0;
2019   if (!esdt) {
2020     aodt = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2021     if (!aodt)
2022       return kFALSE;
2023   }
2024
2025   if (mass<0) {
2026     Bool_t onlyTPC = kFALSE;
2027     if (mass==-99)
2028       onlyTPC=kTRUE;
2029     if (esdt)
2030       mass = esdt->GetMass(onlyTPC);
2031     else
2032       mass = aodt->M();
2033   }
2034
2035   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
2036   if (esdt) {
2037     const AliExternalTrackParam *in = esdt->GetInnerParam();
2038     if (!in)
2039       return kFALSE;
2040     trackParam = new AliExternalTrackParam(*in);
2041   } else {
2042     Double_t xyz[3] = {0}, pxpypz[3] = {0}, cv[21] = {0};
2043     aodt->PxPyPz(pxpypz);
2044     aodt->XvYvZv(xyz);
2045     aodt->GetCovarianceXYZPxPyPz(cv);
2046     trackParam = new AliExternalTrackParam(xyz,pxpypz,cv,aodt->Charge());
2047   }
2048   if (!trackParam)
2049     return kFALSE;
2050
2051   Float_t etaout=-999, phiout=-999, ptout=-999;
2052   Bool_t ret = ExtrapolateTrackToEMCalSurface(trackParam,
2053                                               emcalR,
2054                                               mass,
2055                                               step,
2056                                               etaout,
2057                                               phiout,
2058                                               ptout);
2059   delete trackParam;
2060   if (!ret)
2061     return kFALSE;
2062   if (TMath::Abs(etaout)>0.75 || (phiout<70*TMath::DegToRad()) || (phiout>190*TMath::DegToRad()))
2063     return kFALSE;
2064   track->SetTrackPhiEtaPtOnEMCal(phiout, etaout, ptout);
2065   return kTRUE;
2066 }
2067
2068
2069 //------------------------------------------------------------------------------------
2070 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliExternalTrackParam *trkParam,
2071                                                          Double_t emcalR,
2072                                                          Double_t mass,
2073                                                          Double_t step,
2074                                                          Float_t &eta,
2075                                                          Float_t &phi,
2076                                                          Float_t &pt)
2077 {
2078   //Extrapolate track to EMCAL surface
2079
2080   eta = -999, phi = -999, pt = -999;
2081   if (!trkParam) return kFALSE;
2082   if (!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, emcalR, mass, step, kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2083   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2084   if (!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE;
2085   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2086   eta = trkPosVec.Eta();
2087   phi = trkPosVec.Phi();
2088   pt = trkParam->Pt();
2089   if (phi<0)
2090     phi += 2*TMath::Pi();
2091
2092   return kTRUE;
2093 }
2094
2095 //-----------------------------------------------------------------------------------
2096 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToPosition(AliExternalTrackParam *trkParam,
2097                                                      const Float_t *clsPos,
2098                                                      Double_t mass,
2099                                                      Double_t step,
2100                                                      Float_t &tmpEta,
2101                                                      Float_t &tmpPhi)
2102 {
2103   //
2104   //Return the residual by extrapolating a track param to a global position
2105   //
2106   tmpEta = -999;
2107   tmpPhi = -999;
2108   if (!trkParam) return kFALSE;
2109   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2110   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2111   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
2112   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
2113   if (!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), mass, step,kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2114   if (!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE; //Get the extrapolated global position
2115
2116   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2117   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2118
2119   // track cluster matching
2120   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec);    // tmpPhi is between -pi and pi
2121   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
2122
2123   return kTRUE;
2124 }
2125
2126 //----------------------------------------------------------------------------------
2127 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
2128                                                     const AliVCluster *cluster,
2129                                                     Double_t mass,
2130                                                     Double_t step,
2131                                                     Float_t &tmpEta,
2132                                                     Float_t &tmpPhi)
2133 {
2134   //
2135   //Return the residual by extrapolating a track param to a cluster
2136   //
2137   tmpEta = -999;
2138   tmpPhi = -999;
2139   if (!cluster || !trkParam)
2140     return kFALSE;
2141
2142   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2143   cluster->GetPosition(clsPos);
2144
2145   return ExtrapolateTrackToPosition(trkParam, clsPos, mass, step, tmpEta, tmpPhi);
2146 }
2147
2148 //---------------------------------------------------------------------------------
2149 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
2150                                                     const AliVCluster *cluster,
2151                                                     Float_t &tmpEta,
2152                                                     Float_t &tmpPhi)
2153 {
2154   //
2155   //Return the residual by extrapolating a track param to a clusterfStepCluster
2156   //
2157
2158   return ExtrapolateTrackToCluster(trkParam, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi);
2159 }
2160
2161 //_______________________________________________________________________
2162 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(Int_t clsIndex,
2163                                             Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2164 {
2165   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2166   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
2167   //Works with ESDs and AODs
2168
2169   if (FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999) {
2170     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
2171     dEta=999.;
2172     dPhi=999.;
2173     return;
2174   }
2175   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2176   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2177 }
2178
2179 //______________________________________________________________________________________________
2180 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2181 {
2182   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2183   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
2184   //Works with ESDs and AODs
2185
2186   if (FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999) {
2187     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
2188     dEta=999.;
2189     dPhi=999.;
2190     return;
2191   }
2192   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2193   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2194 }
2195
2196 //__________________________________________________________
2197 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
2198 {
2199   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2200   //Get the index of matched track to this cluster
2201   //Works with ESDs and AODs
2202
2203   if (IsClusterMatched(clsIndex))
2204     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2205   else
2206     return -1;
2207 }
2208
2209 //__________________________________________________________
2210 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
2211 {
2212   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2213   //Get the index of matched cluster to this track
2214   //Works with ESDs and AODs
2215
2216   if (IsTrackMatched(trkIndex))
2217     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2218   else
2219     return -1;
2220 }
2221
2222 //______________________________________________________________
2223 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
2224 {
2225   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2226   //Returns if the cluster has a match
2227   if (FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999)
2228     return kTRUE;
2229   else
2230     return kFALSE;
2231 }
2232
2233 //____________________________________________________________
2234 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const
2235 {
2236   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2237   //Returns if the track has a match
2238   if (FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999)
2239     return kTRUE;
2240   else
2241     return kFALSE;
2242 }
2243
2244 //______________________________________________________________________
2245 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
2246 {
2247   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2248   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
2249   Float_t tmpR = fCutR;
2250   UInt_t pos = 999;
2251
2252   for (Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++)
2253   {
2254     if (fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex) {
2255       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2256       if (r<tmpR) {
2257         pos=i;
2258         tmpR=r;
2259         AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2260                         fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2261       }
2262     }
2263   }
2264   return pos;
2265 }
2266
2267 //____________________________________________________________________
2268 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
2269 {
2270   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2271   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
2272   Float_t tmpR = fCutR;
2273   UInt_t pos = 999;
2274
2275   for (Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++)
2276   {
2277     if (fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex) {
2278       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2279       if (r<tmpR) {
2280         pos=i;
2281         tmpR=r;
2282         AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2283                         fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2284       }
2285     }
2286   }
2287   return pos;
2288 }
2289
2290 //__________________________________________________________________________
2291 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster,
2292                                         const AliEMCALGeometry *geom,
2293                                         AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
2294 {
2295   // check if the cluster survives some quality cut
2296   //
2297   //
2298   Bool_t isGood=kTRUE;
2299
2300   if (!cluster || !cluster->IsEMCAL())              return kFALSE;
2301   if (ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
2302   if (!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
2303   if (IsExoticCluster(cluster, cells,bc))           return kFALSE;
2304
2305   return isGood;
2306 }
2307
2308 //__________________________________________________________
2309 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
2310 {
2311   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
2312
2313   // The different quality parameter are first
2314   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
2315   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
2316
2317   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
2318
2319   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
2320   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
2321
2322   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
2323   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
2324   if (nClustersITS!=0)
2325     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
2326   if (nClustersTPC!=0)
2327     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
2328
2329
2330   //DCA cuts
2331   if (fTrackCutsType==kGlobalCut) {
2332     Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
2333     //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
2334     SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
2335   }
2336
2337   Float_t b[2];
2338   Float_t bCov[3];
2339   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
2340   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0) {
2341     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
2342     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
2343   }
2344
2345   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
2346   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
2347   Float_t dcaToVertex = -1;
2348
2349   if (fCutDCAToVertex2D)
2350     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
2351   else
2352     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
2353
2354   // cut the track?
2355
2356   Bool_t cuts[kNCuts];
2357   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
2358
2359   // track quality cuts
2360   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
2361     cuts[0]=kTRUE;
2362   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
2363     cuts[1]=kTRUE;
2364   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
2365     cuts[2]=kTRUE;
2366   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS)
2367     cuts[3]=kTRUE;
2368   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC)
2369     cuts[4]=kTRUE;
2370   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS)
2371     cuts[5]=kTRUE;
2372   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
2373     cuts[6]=kTRUE;
2374   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
2375     cuts[7] = kTRUE;
2376   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
2377     cuts[8] = kTRUE;
2378   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
2379     cuts[9] = kTRUE;
2380
2381   if (fTrackCutsType==kGlobalCut) {
2382     //Require at least one SPD point + anything else in ITS
2383     if ( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
2384       cuts[10] = kTRUE;
2385   }
2386
2387   // ITS
2388   if (fCutRequireITSStandAlone || fCutRequireITSpureSA) {
2389     if ((status & AliESDtrack::kITSin) == 0 || (status & AliESDtrack::kTPCin)) {
2390       // TPC tracks
2391       cuts[11] = kTRUE;
2392     } else {
2393       // ITS standalone tracks
2394       if (fCutRequireITSStandAlone && !fCutRequireITSpureSA) {
2395         if (status & AliESDtrack::kITSpureSA) cuts[11] = kTRUE;
2396       } else if (fCutRequireITSpureSA) {
2397         if (!(status & AliESDtrack::kITSpureSA)) cuts[11] = kTRUE;
2398       }
2399     }
2400   }
2401
2402   Bool_t cut=kFALSE;
2403   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
2404     if (cuts[i]) { cut = kTRUE ; }
2405
2406     // cut the track
2407   if (cut)
2408     return kFALSE;
2409   else
2410     return kTRUE;
2411 }
2412
2413 //_____________________________________
2414 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
2415 {
2416   //Intilize the track cut criteria
2417   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
2418   //Also you can customize the cuts using the setters
2419
2420   switch (fTrackCutsType)
2421   {
2422     case kTPCOnlyCut:
2423     {
2424       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
2425       //TPC
2426       SetMinNClustersTPC(70);
2427       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2428       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2429       SetRequireTPCRefit(kFALSE);
2430
2431       //ITS
2432       SetRequireITSRefit(kFALSE);
2433       SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
2434       SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
2435       SetDCAToVertex2D(kTRUE);
2436
2437       break;
2438     }
2439
2440     case kGlobalCut:
2441     {
2442       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
2443       //TPC
2444       SetMinNClustersTPC(70);
2445       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2446       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2447       SetRequireTPCRefit(kTRUE);
2448
2449       //ITS
2450       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2451       SetMaxDCAToVertexZ(2);
2452       SetMaxDCAToVertexXY();
2453       SetDCAToVertex2D(kFALSE);
2454
2455       break;
2456     }
2457
2458     case kLooseCut:
2459     {
2460       AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
2461       SetMinNClustersTPC(50);
2462       SetAcceptKinkDaughters(kTRUE);
2463
2464       break;
2465     }
2466
2467     case kITSStandAlone:
2468     {
2469       AliInfo(Form("Track cuts for matching: ITS Stand Alone tracks cut w/o DCA cut"));
2470       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2471       SetRequireITSStandAlone(kTRUE);
2472       SetITSTrackSA(kTRUE);
2473       break;
2474     }
2475
2476   }
2477 }
2478
2479
2480 //________________________________________________________________________
2481 void AliEMCALRecoUtils::SetClusterMatchedToTrack(const AliVEvent *event)
2482 {
2483   // Checks if tracks are matched to EMC clusters and set the matched EMCAL cluster index to ESD track.
2484
2485   Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2486   for (Int_t iTrack = 0; iTrack < nTracks; ++iTrack)
2487   {
2488     AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrack));
2489     if (!track)
2490     {
2491       AliWarning(Form("Could not receive track %d", iTrack));
2492       continue;
2493     }
2494
2495     Int_t matchClusIndex = GetMatchedClusterIndex(iTrack);
2496     track->SetEMCALcluster(matchClusIndex); //sets -1 if track not matched within residual
2497     /*the following can be done better if AliVTrack::SetStatus will be there. Patch pending with Andreas/Peter*/
2498     AliESDtrack* esdtrack = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2499     if (esdtrack) {
2500       if (matchClusIndex != -1)
2501         esdtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2502       else
2503         esdtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2504     } else {
2505       AliAODTrack* aodtrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2506       if (matchClusIndex != -1)
2507         aodtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2508       else
2509         aodtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2510     }
2511   }
2512   AliDebug(2,"Track matched to closest cluster");
2513 }
2514
2515 //_________________________________________________________________________
2516 void AliEMCALRecoUtils::SetTracksMatchedToCluster(const AliVEvent *event)
2517 {
2518   // Checks if EMC clusters are matched to ESD track.
2519   // Adds track indexes of all the tracks matched to a cluster withing residuals in ESDCalocluster.
2520
2521   for (Int_t iClus=0; iClus < event->GetNumberOfCaloClusters(); ++iClus)
2522   {
2523     AliVCluster *cluster = event->GetCaloCluster(iClus);
2524     if (!cluster->IsEMCAL())
2525       continue;
2526
2527     Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2528     TArrayI arrayTrackMatched(nTracks);
2529
2530     // Get the closest track matched to the cluster
2531     Int_t nMatched = 0;
2532     Int_t matchTrackIndex = GetMatchedTrackIndex(iClus);
2533     if (matchTrackIndex != -1)
2534     {
2535       arrayTrackMatched[nMatched] = matchTrackIndex;
2536       nMatched++;
2537     }
2538
2539     // Get all other tracks matched to the cluster
2540     for (Int_t iTrk=0; iTrk<nTracks; ++iTrk)
2541     {
2542       AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrk));
2543
2544       if( !track ) continue;
2545
2546       if ( iTrk == matchTrackIndex ) continue;
2547
2548       if ( track->GetEMCALcluster() == iClus )
2549       {
2550         arrayTrackMatched[nMatched] = iTrk;
2551         ++nMatched;
2552       }
2553     }
2554
2555     //printf("Tender::SetTracksMatchedToCluster - cluster E %f, N matches %d, first match %d\n",cluster->E(),nMatched,arrayTrackMatched[0]);
2556
2557     arrayTrackMatched.Set(nMatched);
2558     AliESDCaloCluster *esdcluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*>(cluster);
2559     if (esdcluster)
2560       esdcluster->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
2561     else if (nMatched>0) {
2562       AliAODCaloCluster *aodcluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*>(cluster);
2563       if (aodcluster)
2564         aodcluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(arrayTrackMatched.At(0)));
2565     }
2566
2567     Float_t eta= -999, phi = -999;
2568     if (matchTrackIndex != -1)
2569       GetMatchedResiduals(iClus, eta, phi);
2570     cluster->SetTrackDistance(phi, eta);
2571   }
2572
2573   AliDebug(2,"Cluster matched to tracks");
2574 }
2575
2576 //___________________________________________________
2577 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const
2578 {
2579   // Print Parameters
2580
2581   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
2582   printf("Misalignment shifts\n");
2583   for (Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i,
2584                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
2585                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
2586   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
2587   for (Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
2588
2589   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
2590
2591   printf("Matching criteria: ");
2592   if (fCutEtaPhiSum) {
2593     printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%4.3f\n",fCutR);
2594   } else if (fCutEtaPhiSeparate) {
2595     printf("dEta<%4.3f, dPhi<%4.3f\n",fCutEta,fCutPhi);
2596   } else {
2597     printf("Error\n");
2598     printf("please specify your cut criteria\n");
2599     printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2600     printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2601   }
2602
2603   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step to surface = %2.2f[cm], step to cluster = %2.2f[cm]\n",fMass,fStepSurface, fStepCluster);
2604   printf("Cluster selection window: dR < %2.0f\n",fClusterWindow);
2605
2606   printf("Track cuts: \n");
2607   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
2608   printf("AOD track selection: tpc only %d, or hybrid %d, or mask: %d\n",fAODTPCOnlyTracks,fAODHybridTracks, fAODFilterMask);
2609   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
2610   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
2611   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
2612   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
2613   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
2614 }