EMCAL/AliEMCALRecoUtils.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx | Sun Dec 8 06:56:48 2013 +0100 | Constantin Loizides  $ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //
  20 // Class AliEMCALRecoUtils
  21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
  22 //
  23 //
  24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble)
  25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
  26
  27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  28 // --- standard c ---
  29
  30 // standard C++ includes
  31 //#include <Riostream.h>
  32
  33 // ROOT includes
  34 #include <TGeoManager.h>
  35 #include <TGeoMatrix.h>
  36 #include <TGeoBBox.h>
  37 #include <TH2F.h>
  38 #include <TArrayI.h>
  39 #include <TArrayF.h>
  40 #include <TObjArray.h>
  41
  42 // STEER includes
  43 #include "AliVCluster.h"
  44 #include "AliVCaloCells.h"
  45 #include "AliLog.h"
  46 #include "AliPID.h"
  47 #include "AliESDEvent.h"
  48 #include "AliAODEvent.h"
  49 #include "AliESDtrack.h"
  50 #include "AliAODTrack.h"
  51 #include "AliExternalTrackParam.h"
  52 #include "AliESDfriendTrack.h"
  53 #include "AliTrackerBase.h"
  54
  55 // EMCAL includes
  56 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  57 #include "AliEMCALGeometry.h"
  58 #include "AliTrackerBase.h"
  59 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
  60
  61 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
  62
  63 //_____________________________________
  64 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
  65   fParticleType(0),                       fPosAlgo(0),                            fW0(0),
  66   fNonLinearityFunction(0),               fNonLinearThreshold(0),
  67   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
  68   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
  69   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),       fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),
  70   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
  71   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
  72   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fRejectExoticCells(kFALSE),
  73   fExoticCellFraction(0),                 fExoticCellDiffTime(0),                 fExoticCellMinAmplitude(0),
  74   fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(0),
  75   fAODHybridTracks(0),                    fAODTPCOnlyTracks(0),
  76   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0),
  77   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kFALSE),                  fCutEtaPhiSeparate(kFALSE),
  78   fCutR(0),                               fCutEta(0),                             fCutPhi(0),
  79   fClusterWindow(0),                      fMass(0),
  80   fStepSurface(0),                        fStepCluster(0),
  81   fITSTrackSA(kFALSE),                    fEMCalSurfaceDistance(440.),
  82   fTrackCutsType(0),                      fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(0),
  83   fCutMinNClusterITS(0),                  fCutMaxChi2PerClusterTPC(0),            fCutMaxChi2PerClusterITS(0),
  84   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
  85   fCutMaxDCAToVertexXY(0),                fCutMaxDCAToVertexZ(0),                 fCutDCAToVertex2D(kFALSE),
  86   fCutRequireITSStandAlone(kFALSE),       fCutRequireITSpureSA(kFALSE)
  87 {
  88 //
  89   // Constructor.
  90   // Initialize all constant values which have to be used
  91   // during Reco algorithm execution
  92   //
  93
  94   // Init parameters
  95   InitParameters();
  96
  97   //Track matching
  98   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
  99   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
 100   fResidualPhi           = new TArrayF();
 101   fResidualEta           = new TArrayF();
 102   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
 103
 104 }
 105
 106 //______________________________________________________________________
 107 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco)
 108 : TNamed(reco),
 109   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
 110   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
 111   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
 112   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
 113   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
 114   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
 115   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),
 116   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
 117   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
 118   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
 119   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fRejectExoticCells(reco.fRejectExoticCells),
 120   fExoticCellFraction(reco.fExoticCellFraction),             fExoticCellDiffTime(reco.fExoticCellDiffTime),
 121   fExoticCellMinAmplitude(reco.fExoticCellMinAmplitude),
 122   fPIDUtils(reco.fPIDUtils),                                 fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
 123   fAODHybridTracks(reco.fAODHybridTracks),                   fAODTPCOnlyTracks(reco.fAODTPCOnlyTracks),
 124   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
 125   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
 126   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
 127   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
 128   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate),
 129   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
 130   fClusterWindow(reco.fClusterWindow),
 131   fMass(reco.fMass),        fStepSurface(reco.fStepSurface), fStepCluster(reco.fStepCluster),
 132   fITSTrackSA(reco.fITSTrackSA),                             fEMCalSurfaceDistance(440.),
 133   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt),
 134   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS),
 135   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
 136   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
 137   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),
 138   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D),
 139   fCutRequireITSStandAlone(reco.fCutRequireITSStandAlone),   fCutRequireITSpureSA(reco.fCutRequireITSpureSA)
 140 {
 141   //Copy ctor
 142
 143   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ;
 144                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; }
 145   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 146   for (Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 147
 148 }
 149
 150
 151 //______________________________________________________________________
 152 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco)
 153 {
 154   //Assignment operator
 155
 156   if (this == &reco)return *this;
 157   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
 158
 159   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ;
 160                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
 161   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 162   for (Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 163
 164   fParticleType              = reco.fParticleType;
 165   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo;
 166   fW0                        = reco.fW0;
 167
 168   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
 169   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
 170   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
 171
 172   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
 173   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
 174   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
 175
 176   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
 177   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 178
 179   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
 180
 181   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
 182   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
 183   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
 184
 185   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
 186   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
 187
 188   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;
 189   fRejectExoticCells         = reco.fRejectExoticCells;
 190   fExoticCellFraction        = reco.fExoticCellFraction;
 191   fExoticCellDiffTime        = reco.fExoticCellDiffTime;
 192   fExoticCellMinAmplitude    = reco.fExoticCellMinAmplitude;
 193
 194   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
 195
 196   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
 197   fAODHybridTracks           = reco.fAODHybridTracks;
 198   fAODTPCOnlyTracks          = reco.fAODTPCOnlyTracks;
 199
 200   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
 201   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
 202   fCutR                      = reco.fCutR;
 203   fCutEta                    = reco.fCutEta;
 204   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
 205   fClusterWindow             = reco.fClusterWindow;
 206   fMass                      = reco.fMass;
 207   fStepSurface               = reco.fStepSurface;
 208   fStepCluster               = reco.fStepCluster;
 209   fITSTrackSA                = reco.fITSTrackSA;
 210   fEMCalSurfaceDistance      = reco.fEMCalSurfaceDistance;
 211
 212   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
 213   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
 214   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
 215   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS;
 216   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
 217   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
 218   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
 219   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
 220   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
 221   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
 222   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
 223   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
 224   fCutRequireITSStandAlone   = reco.fCutRequireITSStandAlone;
 225   fCutRequireITSpureSA       = reco.fCutRequireITSpureSA;
 226   if (reco.fResidualEta) {
 227     // assign or copy construct
 228     if (fResidualEta) {
 229       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
 230     } else {
 231       fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
 232     }
 233   } else {
 234     if (fResidualEta) delete fResidualEta;
 235     fResidualEta = 0;
 236   }
 237
 238   if (reco.fResidualPhi) {
 239     // assign or copy construct
 240     if (fResidualPhi) {
 241       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
 242     } else {
 243       fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
 244     }
 245   } else {
 246     if (fResidualPhi) delete fResidualPhi;
 247     fResidualPhi = 0;
 248   }
 249
 250   if (reco.fMatchedTrackIndex) {
 251     // assign or copy construct
 252     if (fMatchedTrackIndex) {
 253       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
 254     } else  {
 255       fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
 256     }
 257   } else {
 258     if (fMatchedTrackIndex) delete fMatchedTrackIndex;
 259     fMatchedTrackIndex = 0;
 260   }
 261
 262   if (reco.fMatchedClusterIndex) {
 263     // assign or copy construct
 264     if (fMatchedClusterIndex) {
 265       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
 266     } else {
 267       fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
 268     }
 269   } else {
 270     if (fMatchedClusterIndex) delete fMatchedClusterIndex;
 271     fMatchedClusterIndex = 0;
 272   }
 273
 274   return *this;
 275 }
 276
 277 //_____________________________________
 278 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
 279 {
 280   //Destructor.
 281
 282   if (fEMCALRecalibrationFactors) {
 283     fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
 284     delete fEMCALRecalibrationFactors;
 285   }
 286
 287   if (fEMCALTimeRecalibrationFactors) {
 288     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
 289     delete fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 290   }
 291
 292   if (fEMCALBadChannelMap) {
 293     fEMCALBadChannelMap->Clear();
 294     delete fEMCALBadChannelMap;
 295   }
 296
 297   delete fMatchedTrackIndex   ;
 298   delete fMatchedClusterIndex ;
 299   delete fResidualEta         ;
 300   delete fResidualPhi         ;
 301   delete fPIDUtils            ;
 302
 303   InitTrackCuts();
 304 }
 305
 306 //_______________________________________________________________________________
 307 Bool_t AliEMCALRecoUtils::AcceptCalibrateCell(Int_t absID, Int_t bc,
 308                                               Float_t  & amp,    Double_t & time,
 309                                               AliVCaloCells* cells)
 310 {
 311   // Reject cell if criteria not passed and calibrate it
 312
 313   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 314
 315   if (absID < 0 || absID >= 24*48*geom->GetNumberOfSuperModules())
 316     return kFALSE;
 317
 318   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 319
 320   if (!geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta)) {
 321     // cell absID does not exist
 322     amp=0; time = 1.e9;
 323     return kFALSE;
 324   }
 325
 326   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 327
 328   // Do not include bad channels found in analysis,
 329   if (IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)) {
 330     return kFALSE;
 331   }
 332
 333   //Recalibrate energy
 334   amp  = cells->GetCellAmplitude(absID);
 335   if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
 336     amp *= GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 337
 338   // Recalibrate time
 339   time = cells->GetCellTime(absID);
 340
 341   RecalibrateCellTime(absID,bc,time);
 342
 343   return kTRUE;
 344 }
 345
 346 //_____________________________________________________________________________
 347 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(const AliEMCALGeometry* geom,
 348                                                   const AliVCluster* cluster,
 349                                                   AliVCaloCells* cells)
 350 {
 351   // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and
 352   // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
 353
 354   if (!cluster)
 355   {
 356     AliInfo("Cluster pointer null!");
 357     return kFALSE;
 358   }
 359
 360   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
 361   if (cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 )
 362     return kTRUE;
 363
 364   Int_t absIdMax  = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
 365   Bool_t shared = kFALSE;
 366   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
 367
 368   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n",
 369                   absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
 370
 371   if (absIdMax==-1) return kFALSE;
 372
 373   //Check if the cell is close to the borders:
 374   Bool_t okrow = kFALSE;
 375   Bool_t okcol = kFALSE;
 376
 377   if (iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 ) {
 378     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
 379                   iSM,ieta,iphi));
 380   }
 381
 382   //Check rows/phi
 383   Int_t iPhiLast = 24;
 384    if( geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Half ) iPhiLast /= 2;
 385    else if (  geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_3rd ) iPhiLast /= 3;// 1/3 sm case
 386
 387   if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < iPhiLast - fNCellsFromEMCALBorder) okrow = kTRUE;
 388
 389   //Check columns/eta
 390   Int_t iEtaLast = 48;
 391   if(!fNoEMCALBorderAtEta0 || geom->IsDCALSM(iSM)) {// conside inner border
 392      if(  geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Standard )  iEtaLast = iEtaLast*2/3;
 393      if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < iEtaLast-fNCellsFromEMCALBorder) okcol = kTRUE;
 394   } else {
 395     if (iSM%2==0) {
 396      if (ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;
 397     } else {
 398      if(ieta <  iEtaLast-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE;
 399     }
 400   }//eta 0 not checked
 401
 402   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
 403                   fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
 404
 405   if (okcol && okrow) {
 406     //printf("Accept\n");
 407     return kTRUE;
 408   } else  {
 409     //printf("Reject\n");
 410     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
 411     return kFALSE;
 412   }
 413 }
 414
 415 //_______________________________________________________________________________
 416 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(const AliEMCALGeometry* geom,
 417                                                     const UShort_t* cellList,
 418                                                     Int_t nCells)
 419 {
 420   // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored
 421   // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
 422
 423   if (!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
 424   if (!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
 425
 426   Int_t icol = -1;
 427   Int_t irow = -1;
 428   Int_t imod = -1;
 429   for (Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++) {
 430     //Get the column and row
 431     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 432     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta);
 433     if (fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
 434     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 435     if (GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow)) {
 436       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
 437       return kTRUE;
 438     }
 439   }// cell cluster loop
 440
 441   return kFALSE;
 442 }
 443
 444
 445 //___________________________________________________________________________
 446 Float_t AliEMCALRecoUtils::GetECross(Int_t absID, Double_t tcell,
 447                                      AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
 448 {
 449   //Calculate the energy in the cross around the energy given cell
 450
 451   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 452
 453   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 454   geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 455   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 456
 457   //Get close cells index, energy and time, not in corners
 458
 459   Int_t absID1 = -1;
 460   Int_t absID2 = -1;
 461
 462   if ( iphi < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows-1) absID1 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi+1, ieta);
 463   if ( iphi > 0 )                                absID2 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi-1, ieta);
 464
 465   // In case of cell in eta = 0 border, depending on SM shift the cross cell index
 466
 467   Int_t absID3 = -1;
 468   Int_t absID4 = -1;
 469
 470   if ( ieta == AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 && !(imod%2) ) {
 471     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod+1, iphi, 0);
 472     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta-1);
 473   } else if ( ieta == 0 && imod%2 ) {
 474     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta+1);
 475     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod-1, iphi, AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1);
 476   } else {
 477     if ( ieta < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 )
 478       absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta+1);
 479     if ( ieta > 0 )
 480       absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta-1);
 481   }
 482
 483   //printf("IMOD %d, AbsId %d, a %d, b %d, c %d e %d \n",imod,absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
 484
 485   Float_t  ecell1  = 0, ecell2  = 0, ecell3  = 0, ecell4  = 0;
 486   Double_t tcell1  = 0, tcell2  = 0, tcell3  = 0, tcell4  = 0;
 487
 488   AcceptCalibrateCell(absID1,bc, ecell1,tcell1,cells);
 489   AcceptCalibrateCell(absID2,bc, ecell2,tcell2,cells);
 490   AcceptCalibrateCell(absID3,bc, ecell3,tcell3,cells);
 491   AcceptCalibrateCell(absID4,bc, ecell4,tcell4,cells);
 492
 493   if (TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell1 = 0 ;
 494   if (TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell2 = 0 ;
 495   if (TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell3 = 0 ;
 496   if (TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell4 = 0 ;
 497
 498   return ecell1+ecell2+ecell3+ecell4;
 499 }
 500
 501 //_____________________________________________________________________________________________
 502 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell(Int_t absID, AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
 503 {
 504   // Look to cell neighbourhood and reject if it seems exotic
 505   // Do before recalibrating the cells
 506
 507   if (!fRejectExoticCells) return kFALSE;
 508
 509   Float_t  ecell  = 0;
 510   Double_t tcell  = 0;
 511   Bool_t   accept = AcceptCalibrateCell(absID, bc, ecell ,tcell ,cells);
 512
 513   if (!accept) return kTRUE; // reject this cell
 514
 515   if (ecell < fExoticCellMinAmplitude) return kFALSE; // do not reject low energy cells
 516
 517   Float_t eCross = GetECross(absID,tcell,cells,bc);
 518
 519   if (1-eCross/ecell > fExoticCellFraction) {
 520     AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell() - EXOTIC CELL id %d, eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",
 521                     absID,ecell,eCross,1-eCross/ecell));
 522     return kTRUE;
 523   }
 524
 525   return kFALSE;
 526 }
 527
 528 //___________________________________________________________________
 529 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(const AliVCluster *cluster,
 530                                           AliVCaloCells *cells,
 531                                           Int_t bc)
 532 {
 533   // Check if the cluster highest energy tower is exotic
 534
 535   if (!cluster) {
 536     AliInfo("Cluster pointer null!");
 537     return kFALSE;
 538   }
 539
 540   if (!fRejectExoticCluster) return kFALSE;
 541
 542   // Get highest energy tower
 543   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 544   Int_t iSupMod = -1, absId = -1, ieta = -1, iphi = -1;
 545   Bool_t shared = kFALSE;
 546   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absId, iSupMod, ieta, iphi, shared);
 547
 548   return IsExoticCell(absId,cells,bc);
 549 }
 550
 551 //_______________________________________________________________________
 552 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(const AliVCluster* cluster)
 553 {
 554   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
 555
 556   if (!cluster) {
 557     AliInfo("Cluster pointer null!");
 558     return 0;
 559   }
 560
 561   Float_t energy    = cluster->E() ;
 562   Float_t rdmEnergy = energy ;
 563   if (fSmearClusterEnergy) {
 564     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
 565                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
 566                                     fSmearClusterParam[2] );
 567     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
 568   }
 569
 570   return rdmEnergy;
 571 }
 572
 573 //____________________________________________________________________________
 574 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster)
 575 {
 576   // Correct cluster energy from non linearity functions
 577
 578   if (!cluster) {
 579     AliInfo("Cluster pointer null!");
 580     return 0;
 581   }
 582
 583   Float_t energy = cluster->E();
 584
 585   if (energy < 0.05) {
 586     // Clusters with less than 50 MeV or negative are not possible
 587     AliInfo(Form("Too Low Cluster energy!, E = %f < 0.05 GeV",energy));
 588     return 0;
 589   }
 590
 591   switch (fNonLinearityFunction)
 592   {
 593     case kPi0MC:
 594     {
 595       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
 596       //fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 597       //fNonLinearityParams[1] =-0.03329;
 598       //fNonLinearityParams[2] =-0.3853;
 599       //fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 600       //fNonLinearityParams[4] =-0.4335;
 601        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
 602                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
 603                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
 604       break;
 605     }
 606
 607     case kPi0MCv2:
 608     {
 609       //Non-Linearity correction (from MC with function [0]/((x+[1])^[2]))+1;
 610       //fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
 611       //fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02;
 612       //fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;
 613
 614       energy *= fNonLinearityParams[0]/TMath::Power(energy+fNonLinearityParams[1],fNonLinearityParams[2])+1;
 615       break;
 616     }
 617
 618     case kPi0MCv3:
 619     {
 620       //Same as beam test corrected, change parameters
 621       //fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01
 622       //fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
 623       //fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00;
 624       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 625       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 626       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 627       //fNonLinearityParams[6] =  1;
 628       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 629
 630       break;
 631     }
 632
 633
 634     case kPi0GammaGamma:
 635     {
 636       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
 637       //fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 638       //fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 639       //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 640       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
 641       break;
 642     }
 643
 644     case kPi0GammaConversion:
 645     {
 646       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
 647       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
 648       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 649       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 650       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
 651
 652       break;
 653     }
 654
 655     case kBeamTest:
 656     {
 657       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
 658       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
 659       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002
 660       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797
 661       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358
 662       //Rescale the param[0] with 1.03
 663       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
 664
 665       break;
 666     }
 667
 668     case kBeamTestCorrected:
 669     {
 670       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 671       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
 672       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 673       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 674       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 675       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 676       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 677       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 678         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 679
 680       break;
 681     }
 682
 683     case kBeamTestCorrectedv2:
 684     {
 685       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 686       //fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
 687       //fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
 688       //fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
 689       //fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
 690       //fNonLinearityParams[4] =  152.299;
 691       //fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
 692       //fNonLinearityParams[6] =  0.968;
 693       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 694
 695       break;
 696     }
 697
 698     case kNoCorrection:
 699       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
 700       break;
 701
 702   }
 703
 704   return energy;
 705 }
 706
 707 //__________________________________________________
 708 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
 709 {
 710   //Initialising Non Linearity Parameters
 711
 712   if (fNonLinearityFunction == kPi0MC) {
 713     fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 714     fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
 715     fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
 716     fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 717     fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
 718   }
 719
 720   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv2) {
 721     fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
 722     fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02;
 723     fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;
 724   }
 725
 726   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv3) {
 727     fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01;
 728     fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
 729     fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00;
 730     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 731     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 732     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 733     fNonLinearityParams[6] =  1;
 734   }
 735
 736   if (fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma) {
 737     fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 738     fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 739     fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 740   }
 741
 742   if (fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion) {
 743     fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
 744     fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 745     fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 746   }
 747
 748   if (fNonLinearityFunction == kBeamTest) {
 749     if (fNonLinearThreshold == 30) {
 750       fNonLinearityParams[0] = 1.007;
 751       fNonLinearityParams[1] = 0.894;
 752       fNonLinearityParams[2] = 0.246;
 753     }
 754     if (fNonLinearThreshold == 45) {
 755       fNonLinearityParams[0] = 1.003;
 756       fNonLinearityParams[1] = 0.719;
 757       fNonLinearityParams[2] = 0.334;
 758     }
 759     if (fNonLinearThreshold == 75) {
 760       fNonLinearityParams[0] = 1.002;
 761       fNonLinearityParams[1] = 0.797;
 762       fNonLinearityParams[2] = 0.358;
 763     }
 764   }
 765
 766   if (fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected) {
 767     fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
 768     fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 769     fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 770     fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 771     fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 772     fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 773     fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 774   }
 775
 776   if (fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrectedv2) {
 777     fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
 778     fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
 779     fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
 780     fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
 781     fNonLinearityParams[4] =  152.299;
 782     fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
 783     fNonLinearityParams[6] =  0.968;
 784   }
 785 }
 786
 787 //_________________________________________________________
 788 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(Float_t energy,
 789                                      Int_t iParticle,
 790                                      Int_t iSM) const
 791 {
 792   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
 793
 794   // parameters
 795   Float_t x0    = 1.31;
 796   Float_t ecr   = 8;
 797   Float_t depth = 0;
 798   Float_t arg   = energy*1000/ ecr; //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 799
 800   switch ( iParticle )
 801   {
 802     case kPhoton:
 803       if (arg < 1)
 804         depth = 0;
 805       else
 806         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
 807       break;
 808
 809     case kElectron:
 810       if (arg < 1)
 811         depth = 0;
 812       else
 813         depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5);
 814       break;
 815
 816     case kHadron:
 817       // hadron
 818       // boxes anc. here
 819       if (gGeoManager) {
 820         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
 821         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
 822         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
 823         if (geoSM) {
 824           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume();
 825           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
 826           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
 827           if (geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
 828           else AliFatal("Null GEANT box");
 829         }
 830         else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
 831       }
 832       else
 833       {//electron
 834         if (arg < 1)
 835           depth = 0;
 836         else
 837           depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5);
 838       }
 839
 840       break;
 841
 842     default://photon
 843       if (arg < 1)
 844         depth = 0;
 845       else
 846         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
 847   }
 848
 849   return depth;
 850 }
 851
 852 //____________________________________________________________________
 853 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(const AliEMCALGeometry *geom,
 854                                          AliVCaloCells* cells,
 855                                          const AliVCluster* clu,
 856                                          Int_t  & absId,
 857                                          Int_t  & iSupMod,
 858                                          Int_t  & ieta,
 859                                          Int_t  & iphi,
 860                                          Bool_t & shared)
 861 {
 862   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell
 863   //with maximum energy deposit.
 864
 865   Double_t eMax        = -1.;
 866   Double_t eCell       = -1.;
 867   Float_t  fraction    = 1.;
 868   Float_t  recalFactor = 1.;
 869   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
 870
 871   Int_t iTower  = -1;
 872   Int_t iIphi   = -1;
 873   Int_t iIeta   = -1;
 874   Int_t iSupMod0= -1;
 875
 876   if (!clu) {
 877     AliInfo("Cluster pointer null!");
 878     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
 879     return;
 880   }
 881
 882   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
 883     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
 884     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
 885     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
 886     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
 887     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 888     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 889     if (iDig==0) {
 890       iSupMod0=iSupMod;
 891     } else if (iSupMod0!=iSupMod)  {
 892       shared = kTRUE;
 893       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
 894     }
 895     if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) {
 896       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
 897     }
 898     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
 899     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
 900     if (eCell > eMax) {
 901       eMax  = eCell;
 902       absId = cellAbsId;
 903       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
 904     }
 905   }// cell loop
 906
 907   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
 908   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 909   //Gives SuperModule and Tower numbers
 910   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
 911                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 912   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
 913   //printf("Max end---\n");
 914 }
 915
 916 //______________________________________
 917 void AliEMCALRecoUtils::InitParameters()
 918 {
 919   // Initialize data members with default values
 920
 921   fParticleType = kPhoton;
 922   fPosAlgo      = kUnchanged;
 923   fW0           = 4.5;
 924
 925   fNonLinearityFunction = kNoCorrection;
 926   fNonLinearThreshold   = 30;
 927
 928   fExoticCellFraction     = 0.97;
 929   fExoticCellDiffTime     = 1e6;
 930   fExoticCellMinAmplitude = 0.5;
 931
 932   fAODFilterMask    = 128;
 933   fAODHybridTracks  = kFALSE;
 934   fAODTPCOnlyTracks = kTRUE;
 935
 936   fCutEtaPhiSum      = kTRUE;
 937   fCutEtaPhiSeparate = kFALSE;
 938
 939   fCutR   = 0.05;
 940   fCutEta = 0.025;
 941   fCutPhi = 0.05;
 942
 943   fClusterWindow = 100;
 944   fMass          = 0.139;
 945
 946   fStepSurface   = 20.;
 947   fStepCluster   = 5.;
 948   fTrackCutsType = kLooseCut;
 949
 950   fCutMinTrackPt     = 0;
 951   fCutMinNClusterTPC = -1;
 952   fCutMinNClusterITS = -1;
 953
 954   fCutMaxChi2PerClusterTPC  = 1e10;
 955   fCutMaxChi2PerClusterITS  = 1e10;
 956
 957   fCutRequireTPCRefit     = kFALSE;
 958   fCutRequireITSRefit     = kFALSE;
 959   fCutAcceptKinkDaughters = kFALSE;
 960
 961   fCutMaxDCAToVertexXY = 1e10;
 962   fCutMaxDCAToVertexZ  = 1e10;
 963   fCutDCAToVertex2D    = kFALSE;
 964
 965   fCutRequireITSStandAlone = kFALSE; //MARCEL
 966   fCutRequireITSpureSA     = kFALSE; //Marcel
 967
 968   //Misalignment matrices
 969   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++)
 970   {
 971     fMisalTransShift[i] = 0.;
 972     fMisalRotShift[i]   = 0.;
 973   }
 974
 975   //Non linearity
 976   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.;
 977
 978   //For kBeamTestCorrectedv2 case, but default is no correction
 979   fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
 980   fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
 981   fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
 982   fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
 983   fNonLinearityParams[4] =  152.299;
 984   fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
 985   fNonLinearityParams[6] =  0.968;
 986
 987   //Cluster energy smearing
 988   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
 989   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
 990   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
 991   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
 992 }
 993
 994 //_____________________________________________________
 995 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()
 996 {
 997   //Init EMCAL recalibration factors
 998   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
 999   //In order to avoid rewriting the same histograms
1000   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1001   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1002
1003   fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(12);
1004   for (int i = 0; i < 12; i++)
1005     fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),
1006                                              Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
1007   //Init the histograms with 1
1008   for (Int_t sm = 0; sm < 12; sm++)
1009   {
1010     for (Int_t i = 0; i < 48; i++)
1011     {
1012       for (Int_t j = 0; j < 24; j++)
1013       {
1014         SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
1015       }
1016     }
1017   }
1018
1019   fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1020   fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
1021
1022   //In order to avoid rewriting the same histograms
1023   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1024 }
1025
1026 //_________________________________________________________
1027 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors()
1028 {
1029   //Init EMCAL recalibration factors
1030   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1031   //In order to avoid rewriting the same histograms
1032   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1033   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1034
1035   fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
1036   for (int i = 0; i < 4; i++)
1037     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1038                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1039                                                  48*24*12,0.,48*24*12)          );
1040   //Init the histograms with 1
1041   for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++)
1042   {
1043     for (Int_t i = 0; i < 48*24*12; i++)
1044       SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,i,0.);
1045   }
1046
1047   fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1048   fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
1049
1050   //In order to avoid rewriting the same histograms
1051   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1052 }
1053
1054 //____________________________________________________
1055 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()
1056 {
1057   //Init EMCAL bad channels map
1058   AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
1059   //In order to avoid rewriting the same histograms
1060   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1061   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1062
1063   fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(12);
1064   //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
1065   for (int i = 0; i < 12; i++)
1066   {
1067     fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
1068   }
1069
1070   fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
1071   fEMCALBadChannelMap->Compress();
1072
1073   //In order to avoid rewriting the same histograms
1074   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1075 }
1076
1077 //____________________________________________________________________________
1078 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(const AliEMCALGeometry* geom,
1079                                                  AliVCluster * cluster,
1080                                                  AliVCaloCells * cells,
1081                                                  Int_t bc)
1082 {
1083   // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map
1084   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
1085   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1086
1087   if (!cluster) {
1088     AliInfo("Cluster pointer null!");
1089     return;
1090   }
1091
1092   //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
1093   UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
1094   Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
1095   Int_t ncells = cluster->GetNCells();
1096
1097   //Initialize some used variables
1098   Float_t energy = 0;
1099   Int_t   absId  =-1;
1100   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
1101   Float_t factor = 1, frac = 0;
1102   Int_t   absIdMax = -1;
1103   Float_t emax     = 0;
1104
1105   //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
1106   for (Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++)
1107   {
1108     absId = index[icell];
1109     frac =  fraction[icell];
1110     if (frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
1111
1112     if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) {
1113       // Energy
1114       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
1115       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta);
1116       if (fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod)
1117         continue;
1118       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
1119       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
1120
1121       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
1122                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
1123
1124     }
1125
1126     energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1127
1128     if (emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac) {
1129       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1130       absIdMax = absId;
1131     }
1132   }
1133
1134   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f \n",cluster->E(),energy));
1135
1136   cluster->SetE(energy);
1137
1138   // Recalculate time of cluster
1139   Double_t timeorg = cluster->GetTOF();
1140
1141   Double_t time = cells->GetCellTime(absIdMax);
1142   if (!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn())
1143     RecalibrateCellTime(absIdMax,bc,time);
1144
1145   cluster->SetTOF(time);
1146
1147   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Time before %f, after %f \n",timeorg,cluster->GetTOF()));
1148 }
1149
1150 //_____________________________________________________________
1151 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliVCaloCells * cells,
1152                                          Int_t bc)
1153 {
1154   // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy
1155   // of the cells that compose the cluster.
1156   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1157
1158   if (!IsRecalibrationOn() && !IsTimeRecalibrationOn() && !IsBadChannelsRemovalSwitchedOn())
1159     return;
1160
1161   if (!cells) {
1162     AliInfo("Cells pointer null!");
1163     return;
1164   }
1165
1166   Short_t  absId  =-1;
1167   Bool_t   accept = kFALSE;
1168   Float_t  ecell  = 0;
1169   Double_t tcell  = 0;
1170   Double_t ecellin = 0;
1171   Double_t tcellin = 0;
1172   Int_t  mclabel = -1;
1173   Double_t efrac = 0;
1174
1175   Int_t nEMcell  = cells->GetNumberOfCells() ;
1176   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++)
1177   {
1178     cells->GetCell( iCell, absId, ecellin, tcellin, mclabel, efrac );
1179
1180     accept = AcceptCalibrateCell(absId, bc, ecell ,tcell ,cells);
1181     if (!accept) {
1182       ecell = 0;
1183       tcell = -1;
1184     }
1185
1186     //Set new values
1187     cells->SetCell(iCell,absId,ecell, tcell, mclabel, efrac);
1188   }
1189
1190   fCellsRecalibrated = kTRUE;
1191 }
1192
1193 //_______________________________________________________________________________________________________
1194 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(Int_t absId, Int_t bc, Double_t & celltime) const
1195 {
1196   // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map
1197   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1198
1199   if (!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn() && bc >= 0) {
1200     celltime -= GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;    ;
1201   }
1202 }
1203
1204 //______________________________________________________________________________
1205 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(const AliEMCALGeometry *geom,
1206                                                    AliVCaloCells* cells,
1207                                                    AliVCluster* clu)
1208 {
1209   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1210
1211   if (!clu) {
1212     AliInfo("Cluster pointer null!");
1213     return;
1214   }
1215
1216   if      (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
1217   else if (fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
1218   else    AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
1219 }
1220
1221 //_____________________________________________________________________________________________
1222 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(const AliEMCALGeometry *geom,
1223                                                                   AliVCaloCells* cells,
1224                                                                   AliVCluster* clu)
1225 {
1226   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1227   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
1228
1229   Double_t eCell       = 0.;
1230   Float_t  fraction    = 1.;
1231   Float_t  recalFactor = 1.;
1232
1233   Int_t    absId   = -1;
1234   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
1235   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
1236   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
1237   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
1238   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
1239   Bool_t shared = kFALSE;
1240
1241   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
1242   if (clEnergy <= 0)
1243     return;
1244   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1245   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
1246
1247   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
1248
1249   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
1250   {
1251     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1252     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1253     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1254
1255     if (!fCellsRecalibrated) {
1256       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta);
1257       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1258       if (IsRecalibrationOn()) {
1259         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1260       }
1261     }
1262
1263     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1264
1265     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1266     totalWeight += weight;
1267
1268     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1269     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1270     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1271     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1272
1273     for (int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1274   }// cell loop
1275
1276   if (totalWeight>0) {
1277     for (int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1278   }
1279
1280   //Float_t pos[]={0,0,0};
1281   //clu->GetPosition(pos);
1282   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1283   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1284
1285   if (iSupModMax > 1) { //sector 1
1286     newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093;
1287     newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1288     newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1289     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1290   } else { //sector 0
1291     newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1292     newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1293     newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1294     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1295   }
1296   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1297
1298   clu->SetPosition(newPos);
1299 }
1300
1301 //____________________________________________________________________________________________
1302 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(const AliEMCALGeometry *geom,
1303                                                                  AliVCaloCells* cells,
1304                                                                  AliVCluster* clu)
1305 {
1306   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1307   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1308
1309   Double_t eCell       = 1.;
1310   Float_t  fraction    = 1.;
1311   Float_t  recalFactor = 1.;
1312
1313   Int_t absId   = -1;
1314   Int_t iTower  = -1;
1315   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1316   Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1317   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1318   Bool_t shared = kFALSE;
1319
1320   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1321
1322   if (clEnergy <= 0)
1323     return;
1324   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1325   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1326
1327   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1328   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1329   Int_t startingSM = -1;
1330
1331   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
1332   {
1333     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1334     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1335     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1336
1337     if      (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1338     else if (iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1339
1340     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1341
1342     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1343     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1344
1345     if (!fCellsRecalibrated)
1346     {
1347       if (IsRecalibrationOn()) {
1348         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1349       }
1350     }
1351
1352     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1353
1354     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1355     if (weight < 0) weight = 0;
1356     totalWeight += weight;
1357     weightedCol += ieta*weight;
1358     weightedRow += iphi*weight;
1359
1360     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1361   }// cell loop
1362
1363   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1364   if (areInSameSM == kTRUE) {
1365     //printf("In Same SM\n");
1366     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1367     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1368     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1369   }
1370   else
1371   {
1372     //printf("In Different SM\n");
1373     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1374   }
1375
1376   clu->SetPosition(xyzNew);
1377 }
1378
1379 //___________________________________________________________________________________________
1380 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(const AliEMCALGeometry * geom,
1381                                                                AliVCaloCells* cells,
1382                                                                AliVCluster * cluster)
1383 {
1384   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1385
1386   if (!fRecalDistToBadChannels) return;
1387
1388   if (!cluster)
1389   {
1390     AliInfo("Cluster pointer null!");
1391     return;
1392   }
1393
1394   //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1395   Int_t absIdMax  = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1396   Bool_t shared = kFALSE;
1397   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1398   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1399
1400   Int_t dRrow, dRcol;
1401   Float_t  minDist = 10000.;
1402   Float_t  dist    = 0.;
1403
1404   //Loop on tower status map
1405   for (Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1406   {
1407     for (Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1408     {
1409       //Check if tower is bad.
1410       if (hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1411       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1412       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1413
1414       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1415       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1416       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1417       if (dist < minDist)
1418       {
1419         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1420         minDist = dist;
1421       }
1422     }
1423   }
1424
1425   //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1426   if (shared)
1427   {
1428     TH2D* hMap2 = 0;
1429     Int_t iSupMod2 = -1;
1430
1431     //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1432     if (iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1433     else           iSupMod2 = iSupMod+1;
1434     hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1435
1436     //Loop on tower status map of second super module
1437     for (Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1438     {
1439       for (Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1440       {
1441         //Check if tower is bad.
1442         if (hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0)
1443           continue;
1444         //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1445         //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1446         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1447
1448         if (iSupMod%2) {
1449           dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1450         } else {
1451           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1452         }
1453
1454         dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1455         if (dist < minDist) minDist = dist;
1456       }
1457     }
1458   }// shared cluster in 2 SuperModules
1459
1460   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1461   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1462 }
1463
1464 //__________________________________________________________________
1465 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster)
1466 {
1467   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1468
1469   if (!cluster) {
1470     AliInfo("Cluster pointer null!");
1471     return;
1472   }
1473
1474   if (cluster->GetM02() != 0)
1475     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1476
1477   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESCN+1];
1478   for (Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESCN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1479
1480   cluster->SetPID(pidlist);
1481 }
1482
1483 //___________________________________________________________________________________________________________________
1484 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1485                                                                 AliVCaloCells* cells,
1486                                                                 AliVCluster * cluster,
1487                                                                 Float_t & l0,   Float_t & l1,
1488                                                                 Float_t & disp, Float_t & dEta, Float_t & dPhi,
1489                                                                 Float_t & sEta, Float_t & sPhi, Float_t & sEtaPhi)
1490 {
1491   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1492   // and tranfers into global ALICE coordinates
1493   // Calculates Dispersion and main axis
1494
1495   if (!cluster) {
1496     AliInfo("Cluster pointer null!");
1497     return;
1498   }
1499
1500   Double_t eCell       = 0.;
1501   Float_t  fraction    = 1.;
1502   Float_t  recalFactor = 1.;
1503
1504   Int_t    iSupMod = -1;
1505   Int_t    iTower  = -1;
1506   Int_t    iIphi   = -1;
1507   Int_t    iIeta   = -1;
1508   Int_t    iphi    = -1;
1509   Int_t    ieta    = -1;
1510   Double_t etai    = -1.;
1511   Double_t phii    = -1.;
1512
1513   Int_t    nstat   = 0 ;
1514   Float_t  wtot    = 0.;
1515   Double_t w       = 0.;
1516   Double_t etaMean = 0.;
1517   Double_t phiMean = 0.;
1518
1519   //Loop on cells, calculate the cluster energy, in case a cut on cell energy is added
1520   // and to check if the cluster is between 2 SM in eta
1521   Int_t   iSM0   = -1;
1522   Bool_t  shared = kFALSE;
1523   Float_t energy = 0;
1524
1525   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1526   {
1527     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1528     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1529     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1530
1531     //Check if there are cells of different SM
1532     if      (iDigit == 0   ) iSM0 = iSupMod;
1533     else if (iSupMod!= iSM0) shared = kTRUE;
1534
1535     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1536     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1537     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1538
1539     if (IsRecalibrationOn()) {
1540       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1541     }
1542
1543     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1544
1545     energy += eCell;
1546
1547   }//cell loop
1548
1549   //Loop on cells
1550   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1551   {
1552     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1553     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1554     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1555
1556     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1557     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1558     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1559
1560     if (!fCellsRecalibrated) {
1561       if (IsRecalibrationOn()) {
1562         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1563       }
1564     }
1565
1566     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1567
1568     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1569     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1570     if (shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1571
1572     if (cluster->E() > 0 && eCell > 0) {
1573       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1574
1575       etai=(Double_t)ieta;
1576       phii=(Double_t)iphi;
1577
1578       if (w > 0.0) {
1579         wtot += w ;
1580         nstat++;
1581         //Shower shape
1582         sEta     += w * etai * etai ;
1583         etaMean  += w * etai ;
1584         sPhi     += w * phii * phii ;
1585         phiMean  += w * phii ;
1586         sEtaPhi  += w * etai * phii ;
1587       }
1588     } else
1589       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1590   }//cell loop
1591
1592   //Normalize to the weight
1593   if (wtot > 0) {
1594     etaMean /= wtot ;
1595     phiMean /= wtot ;
1596   } else
1597     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1598
1599   //Calculate dispersion
1600   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1601   {
1602     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1603     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1604     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1605
1606     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1607     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1608     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1609     if (IsRecalibrationOn()) {
1610       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1611     }
1612     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1613
1614     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1615     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1616     if (shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1617
1618     if (cluster->E() > 0 && eCell > 0) {
1619       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1620
1621       etai=(Double_t)ieta;
1622       phii=(Double_t)iphi;
1623       if (w > 0.0) {
1624         disp +=  w *((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean));
1625         dEta +=  w * (etai-etaMean)*(etai-etaMean) ;
1626         dPhi +=  w * (phii-phiMean)*(phii-phiMean) ;
1627       }
1628     } else
1629       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1630   }// cell loop
1631
1632   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1633   if (wtot > 0 && nstat > 1) {
1634     disp    /= wtot ;
1635     dEta    /= wtot ;
1636     dPhi    /= wtot ;
1637     sEta    /= wtot ;
1638     sPhi    /= wtot ;
1639     sEtaPhi /= wtot ;
1640
1641     sEta    -= etaMean * etaMean ;
1642     sPhi    -= phiMean * phiMean ;
1643     sEtaPhi -= etaMean * phiMean ;
1644
1645     l0 = (0.5 * (sEta + sPhi) + TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1646     l1 = (0.5 * (sEta + sPhi) - TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1647   } else {
1648     l0   = 0. ;
1649     l1   = 0. ;
1650     dEta = 0. ; dPhi = 0. ; disp    = 0. ;
1651     sEta = 0. ; sPhi = 0. ; sEtaPhi = 0. ;
1652   }
1653 }
1654
1655 //____________________________________________________________________________________________
1656 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1657                                                                 AliVCaloCells* cells,
1658                                                                 AliVCluster * cluster)
1659 {
1660   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1661   // and tranfers into global ALICE coordinates
1662   // Calculates Dispersion and main axis and puts them into the cluster
1663
1664   Float_t l0   = 0., l1   = 0.;
1665   Float_t disp = 0., dEta = 0., dPhi    = 0.;
1666   Float_t sEta = 0., sPhi = 0., sEtaPhi = 0.;
1667
1668   AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(geom,cells,cluster,l0,l1,disp,
1669                                                              dEta, dPhi, sEta, sPhi, sEtaPhi);
1670
1671   cluster->SetM02(l0);
1672   cluster->SetM20(l1);
1673   if (disp > 0. ) cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(disp)) ;
1674
1675 }
1676
1677 //____________________________________________________________________________
1678 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,
1679                                     TObjArray * clusterArr,
1680                                     const AliEMCALGeometry *geom)
1681 {
1682   //This function should be called before the cluster loop
1683   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1684   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1685   //Store matched cluster indexes and residuals
1686
1687   fMatchedTrackIndex  ->Reset();
1688   fMatchedClusterIndex->Reset();
1689   fResidualPhi->Reset();
1690   fResidualEta->Reset();
1691
1692   fMatchedTrackIndex  ->Set(1000);
1693   fMatchedClusterIndex->Set(1000);
1694   fResidualPhi->Set(1000);
1695   fResidualEta->Set(1000);
1696
1697   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1698   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1699
1700   // init the magnetic field if not already on
1701   if (!TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField()) {
1702     if (!event->InitMagneticField())
1703     {
1704       AliInfo("Mag Field not initialized, null esd/aod evetn pointers");
1705     }
1706   } // Init mag field
1707
1708   if (esdevent) {
1709     UInt_t mask1 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ();
1710     UInt_t mask2 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco();
1711     Bool_t desc1 = (mask1 >> 3) & 0x1;
1712     Bool_t desc2 = (mask2 >> 3) & 0x1;
1713     if (desc1==0 || desc2==0) {
1714 //       AliError(Form("TPC not in DAQ/RECO: %u (%u)/%u (%u)",
1715 //       mask1, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco(),
1716 //       mask2, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ()));
1717       fITSTrackSA=kTRUE;
1718     }
1719   }
1720
1721   TObjArray *clusterArray = 0x0;
1722   if (!clusterArr) {
1723     clusterArray = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1724     for (Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1725     {
1726       AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1727       if (geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells()))
1728         continue;
1729       clusterArray->AddAt(cluster,icl);
1730     }
1731   }
1732
1733   Int_t    matched=0;
1734   Double_t cv[21];
1735   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1736   for (Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1737   {
1738     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1739
1740     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner
1741     AliESDtrack *esdTrack = 0;
1742     AliAODTrack *aodTrack = 0;
1743     if (esdevent) {
1744       esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1745       if (!esdTrack) continue;
1746       if (!IsAccepted(esdTrack)) continue;
1747       if (esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1748       Double_t phi = esdTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1749       if (TMath::Abs(esdTrack->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250 ) continue;
1750       if (!fITSTrackSA)
1751         trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());  // if TPC Available
1752       else
1753         trackParam =  new AliExternalTrackParam(*esdTrack); // If ITS Track Standing alone
1754     }
1755
1756     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1757     //AOD tracks are selected according to its filterbit.
1758     else if (aodevent) {
1759       aodTrack = aodevent->GetTrack(itr);
1760       if (!aodTrack) continue;
1761
1762       if (fAODTPCOnlyTracks) { // Match with TPC only tracks, default from May 2013, before filter bit 32
1763         //printf("Match with TPC only tracks, accept? %d, test bit 128 <%d> \n", aodTrack->IsTPCOnly(), aodTrack->TestFilterMask(128));
1764         if (!aodTrack->IsTPCOnly()) continue ;
1765       } else if (fAODHybridTracks) { // Match with hybrid tracks
1766         //printf("Match with Hybrid tracks, accept? %d \n", aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal());
1767         if (!aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal()) continue ;
1768       } else { // Match with tracks on a mask
1769         //printf("Match with tracks having filter bit mask %d, accept? %d \n",fAODFilterMask,aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask));
1770         if (!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask) ) continue; //Select AOD tracks
1771       }
1772
1773       if (aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1774
1775       Double_t phi = aodTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1776       if (TMath::Abs(aodTrack->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250 )
1777         continue;
1778       Double_t pos[3],mom[3];
1779       aodTrack->GetXYZ(pos);
1780       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1781       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1782
1783       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1784     }
1785
1786     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1787     else {
1788       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1789       if (clusterArray) {
1790         clusterArray->Clear();
1791         delete clusterArray;
1792       }
1793       return;
1794     }
1795
1796     if (!trackParam) continue;
1797
1798     //Extrapolate the track to EMCal surface
1799     AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1800     Float_t eta, phi, pt;
1801     if (!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt)) {
1802       if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1803       if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1804       continue;
1805     }
1806
1807     if (TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) {
1808       if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1809       if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1810       continue;
1811     }
1812
1813     //Find matched clusters
1814     Int_t index = -1;
1815     Float_t dEta = -999, dPhi = -999;
1816     if (!clusterArr) {
1817       index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArray, dEta, dPhi);
1818     } else {
1819       index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
1820     }
1821
1822     if (index>-1) {
1823       fMatchedTrackIndex   ->AddAt(itr,matched);
1824       fMatchedClusterIndex ->AddAt(index,matched);
1825       fResidualEta         ->AddAt(dEta,matched);
1826       fResidualPhi         ->AddAt(dPhi,matched);
1827       matched++;
1828     }
1829     if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1830     if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1831   }//track loop
1832
1833   if (clusterArray) {
1834     clusterArray->Clear();
1835     delete clusterArray;
1836   }
1837
1838   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1839
1840   fMatchedTrackIndex   ->Set(matched);
1841   fMatchedClusterIndex ->Set(matched);
1842   fResidualPhi         ->Set(matched);
1843   fResidualEta         ->Set(matched);
1844 }
1845
1846 //________________________________________________________________________________
1847 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInEvent(const AliESDtrack *track,
1848                                                    const AliVEvent *event,
1849                                                    const AliEMCALGeometry *geom,
1850                                                    Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1851 {
1852   //
1853   // This function returns the index of matched cluster to input track
1854   // Returns -1 if no match is found
1855   Int_t index = -1;
1856   Double_t phiV = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
1857   if (TMath::Abs(track->Eta())>0.9 || phiV <= 10 || phiV >= 250 ) return index;
1858   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1859   if (!fITSTrackSA)
1860     trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());  // If TPC
1861   else
1862     trackParam = new AliExternalTrackParam(*track);
1863
1864   if (!trackParam) return index;
1865   AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1866   Float_t eta, phi, pt;
1867
1868   if (!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt))   {
1869     if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1870     return index;
1871   }
1872   if (TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) {
1873     if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1874     return index;
1875   }
1876
1877   TObjArray *clusterArr = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1878
1879   for (Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1880   {
1881     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1882     if (geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1883     clusterArr->AddAt(cluster,icl);
1884   }
1885
1886   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
1887   clusterArr->Clear();
1888   delete clusterArr;
1889   if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1890
1891   return index;
1892 }
1893
1894 //_______________________________________________________________________________________________
1895 Int_t  AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInClusterArr(const AliExternalTrackParam *emcalParam,
1896                                                          AliExternalTrackParam *trkParam,
1897                                                          const TObjArray * clusterArr,
1898                                                          Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1899 {
1900   // Find matched cluster in array
1901
1902   dEta=-999, dPhi=-999;
1903   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
1904   Int_t index = -1;
1905   Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1906
1907   Double_t exPos[3] = {0.,0.,0.};
1908   if (!emcalParam->GetXYZ(exPos)) return index;
1909
1910   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
1911   for (Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
1912   {
1913     AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
1914     if (!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
1915     cluster->GetPosition(clsPos);
1916     Double_t dR = TMath::Sqrt(TMath::Power(exPos[0]-clsPos[0],2)+TMath::Power(exPos[1]-clsPos[1],2)+TMath::Power(exPos[2]-clsPos[2],2));
1917     if (dR > fClusterWindow) continue;
1918
1919     AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trkParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1920     if (!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1921     if (fCutEtaPhiSum) {
1922       Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1923       if (tmpR<dRMax) {
1924         dRMax=tmpR;
1925         dEtaMax=tmpEta;
1926         dPhiMax=tmpPhi;
1927         index=icl;
1928       }
1929     } else if (fCutEtaPhiSeparate) {
1930       if (TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax)) {
1931         dEtaMax = tmpEta;
1932         dPhiMax = tmpPhi;
1933         index=icl;
1934       }
1935     } else {
1936       printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1937       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1938       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1939       return index;
1940     }
1941   }
1942
1943   dEta=dEtaMax;
1944   dPhi=dPhiMax;
1945
1946   return index;
1947 }
1948
1949 //------------------------------------------------------------------------------------
1950 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliVTrack *track,
1951                                                          Double_t emcalR, Double_t mass, Double_t step)
1952 {
1953   // Extrapolate track to EMCAL surface
1954
1955   track->SetTrackPhiEtaPtOnEMCal(-999, -999, -999);
1956
1957   if (track->Pt()<0.350) //todo: discuss with Marta, everywhere else we use pT=0
1958     return kFALSE;
1959
1960   Double_t phi = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
1961   if (TMath::Abs(track->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250)
1962     return kFALSE;
1963
1964   AliESDtrack *esdt = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
1965   AliAODTrack *aodt = 0;
1966   if (!esdt) {
1967     aodt = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
1968     if (!aodt)
1969       return kFALSE;
1970   }
1971
1972   if (mass<0) {
1973     Bool_t onlyTPC = kFALSE;
1974     if (mass==-99)
1975       onlyTPC=kTRUE;
1976     if (esdt)
1977       mass = esdt->GetMass(onlyTPC);
1978     else
1979       mass = aodt->M();
1980   }
1981
1982   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1983   if (esdt) {
1984     const AliExternalTrackParam *in = esdt->GetInnerParam();
1985     if (!in)
1986       return kFALSE;
1987     trackParam = new AliExternalTrackParam(*in);
1988   } else {
1989     Double_t xyz[3] = {0}, pxpypz[3] = {0}, cv[21] = {0};
1990     aodt->PxPyPz(pxpypz);
1991     aodt->XvYvZv(xyz);
1992     aodt->GetCovarianceXYZPxPyPz(cv);
1993     trackParam = new AliExternalTrackParam(xyz,pxpypz,cv,aodt->Charge());
1994   }
1995   if (!trackParam)
1996     return kFALSE;
1997
1998   Float_t etaout=-999, phiout=-999, ptout=-999;
1999   Bool_t ret = ExtrapolateTrackToEMCalSurface(trackParam,
2000                                               emcalR,
2001                                               mass,
2002                                               step,
2003                                               etaout,
2004                                               phiout,
2005                                               ptout);
2006   delete trackParam;
2007   if (!ret)
2008     return kFALSE;
2009   if (TMath::Abs(etaout)>0.75 || (phiout<70*TMath::DegToRad()) || (phiout>190*TMath::DegToRad()))
2010     return kFALSE;
2011   track->SetTrackPhiEtaPtOnEMCal(phiout, etaout, ptout);
2012   return kTRUE;
2013 }
2014
2015
2016 //------------------------------------------------------------------------------------
2017 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliExternalTrackParam *trkParam,
2018                                                          Double_t emcalR,
2019                                                          Double_t mass,
2020                                                          Double_t step,
2021                                                          Float_t &eta,
2022                                                          Float_t &phi,
2023                                                          Float_t &pt)
2024 {
2025   //Extrapolate track to EMCAL surface
2026
2027   eta = -999, phi = -999, pt = -999;
2028   if (!trkParam) return kFALSE;
2029   if (!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, emcalR, mass, step, kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2030   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2031   if (!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE;
2032   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2033   eta = trkPosVec.Eta();
2034   phi = trkPosVec.Phi();
2035   pt = trkParam->Pt();
2036   if (phi<0)
2037     phi += 2*TMath::Pi();
2038
2039   return kTRUE;
2040 }
2041
2042 //-----------------------------------------------------------------------------------
2043 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToPosition(AliExternalTrackParam *trkParam,
2044                                                      const Float_t *clsPos,
2045                                                      Double_t mass,
2046                                                      Double_t step,
2047                                                      Float_t &tmpEta,
2048                                                      Float_t &tmpPhi)
2049 {
2050   //
2051   //Return the residual by extrapolating a track param to a global position
2052   //
2053   tmpEta = -999;
2054   tmpPhi = -999;
2055   if (!trkParam) return kFALSE;
2056   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2057   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2058   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
2059   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
2060   if (!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), mass, step,kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2061   if (!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE; //Get the extrapolated global position
2062
2063   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2064   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2065
2066   // track cluster matching
2067   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec);    // tmpPhi is between -pi and pi
2068   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
2069
2070   return kTRUE;
2071 }
2072
2073 //----------------------------------------------------------------------------------
2074 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
2075                                                     const AliVCluster *cluster,
2076                                                     Double_t mass,
2077                                                     Double_t step,
2078                                                     Float_t &tmpEta,
2079                                                     Float_t &tmpPhi)
2080 {
2081   //
2082   //Return the residual by extrapolating a track param to a cluster
2083   //
2084   tmpEta = -999;
2085   tmpPhi = -999;
2086   if (!cluster || !trkParam)
2087     return kFALSE;
2088
2089   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2090   cluster->GetPosition(clsPos);
2091
2092   return ExtrapolateTrackToPosition(trkParam, clsPos, mass, step, tmpEta, tmpPhi);
2093 }
2094
2095 //---------------------------------------------------------------------------------
2096 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
2097                                                     const AliVCluster *cluster,
2098                                                     Float_t &tmpEta,
2099                                                     Float_t &tmpPhi)
2100 {
2101   //
2102   //Return the residual by extrapolating a track param to a clusterfStepCluster
2103   //
2104
2105   return ExtrapolateTrackToCluster(trkParam, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi);
2106 }
2107
2108 //_______________________________________________________________________
2109 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(Int_t clsIndex,
2110                                             Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2111 {
2112   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2113   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
2114   //Works with ESDs and AODs
2115
2116   if (FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999) {
2117     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
2118     dEta=999.;
2119     dPhi=999.;
2120     return;
2121   }
2122   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2123   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2124 }
2125
2126 //______________________________________________________________________________________________
2127 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2128 {
2129   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2130   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
2131   //Works with ESDs and AODs
2132
2133   if (FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999) {
2134     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
2135     dEta=999.;
2136     dPhi=999.;
2137     return;
2138   }
2139   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2140   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2141 }
2142
2143 //__________________________________________________________
2144 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
2145 {
2146   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2147   //Get the index of matched track to this cluster
2148   //Works with ESDs and AODs
2149
2150   if (IsClusterMatched(clsIndex))
2151     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2152   else
2153     return -1;
2154 }
2155
2156 //__________________________________________________________
2157 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
2158 {
2159   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2160   //Get the index of matched cluster to this track
2161   //Works with ESDs and AODs
2162
2163   if (IsTrackMatched(trkIndex))
2164     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2165   else
2166     return -1;
2167 }
2168
2169 //______________________________________________________________
2170 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
2171 {
2172   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2173   //Returns if the cluster has a match
2174   if (FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999)
2175     return kTRUE;
2176   else
2177     return kFALSE;
2178 }
2179
2180 //____________________________________________________________
2181 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const
2182 {
2183   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2184   //Returns if the track has a match
2185   if (FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999)
2186     return kTRUE;
2187   else
2188     return kFALSE;
2189 }
2190
2191 //______________________________________________________________________
2192 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
2193 {
2194   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2195   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
2196   Float_t tmpR = fCutR;
2197   UInt_t pos = 999;
2198
2199   for (Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++)
2200   {
2201     if (fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex) {
2202       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2203       if (r<tmpR) {
2204         pos=i;
2205         tmpR=r;
2206         AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2207                         fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2208       }
2209     }
2210   }
2211   return pos;
2212 }
2213
2214 //____________________________________________________________________
2215 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
2216 {
2217   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2218   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
2219   Float_t tmpR = fCutR;
2220   UInt_t pos = 999;
2221
2222   for (Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++)
2223   {
2224     if (fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex) {
2225       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2226       if (r<tmpR) {
2227         pos=i;
2228         tmpR=r;
2229         AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2230                         fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2231       }
2232     }
2233   }
2234   return pos;
2235 }
2236
2237 //__________________________________________________________________________
2238 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster,
2239                                         const AliEMCALGeometry *geom,
2240                                         AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
2241 {
2242   // check if the cluster survives some quality cut
2243   //
2244   //
2245   Bool_t isGood=kTRUE;
2246
2247   if (!cluster || !cluster->IsEMCAL())              return kFALSE;
2248   if (ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
2249   if (!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
2250   if (IsExoticCluster(cluster, cells,bc))           return kFALSE;
2251
2252   return isGood;
2253 }
2254
2255 //__________________________________________________________
2256 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
2257 {
2258   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
2259
2260   // The different quality parameter are first
2261   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
2262   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
2263
2264   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
2265
2266   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
2267   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
2268
2269   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
2270   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
2271   if (nClustersITS!=0)
2272     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
2273   if (nClustersTPC!=0)
2274     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
2275
2276
2277   //DCA cuts
2278   if (fTrackCutsType==kGlobalCut) {
2279     Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
2280     //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
2281     SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
2282   }
2283
2284   Float_t b[2];
2285   Float_t bCov[3];
2286   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
2287   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0) {
2288     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
2289     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
2290   }
2291
2292   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
2293   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
2294   Float_t dcaToVertex = -1;
2295
2296   if (fCutDCAToVertex2D)
2297     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
2298   else
2299     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
2300
2301   // cut the track?
2302
2303   Bool_t cuts[kNCuts];
2304   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
2305
2306   // track quality cuts
2307   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
2308     cuts[0]=kTRUE;
2309   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
2310     cuts[1]=kTRUE;
2311   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
2312     cuts[2]=kTRUE;
2313   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS)
2314     cuts[3]=kTRUE;
2315   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC)
2316     cuts[4]=kTRUE;
2317   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS)
2318     cuts[5]=kTRUE;
2319   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
2320     cuts[6]=kTRUE;
2321   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
2322     cuts[7] = kTRUE;
2323   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
2324     cuts[8] = kTRUE;
2325   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
2326     cuts[9] = kTRUE;
2327
2328   if (fTrackCutsType==kGlobalCut) {
2329     //Require at least one SPD point + anything else in ITS
2330     if ( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
2331       cuts[10] = kTRUE;
2332   }
2333
2334   // ITS
2335   if (fCutRequireITSStandAlone || fCutRequireITSpureSA) {
2336     if ((status & AliESDtrack::kITSin) == 0 || (status & AliESDtrack::kTPCin)) {
2337       // TPC tracks
2338       cuts[11] = kTRUE;
2339     } else {
2340       // ITS standalone tracks
2341       if (fCutRequireITSStandAlone && !fCutRequireITSpureSA) {
2342         if (status & AliESDtrack::kITSpureSA) cuts[11] = kTRUE;
2343       } else if (fCutRequireITSpureSA) {
2344         if (!(status & AliESDtrack::kITSpureSA)) cuts[11] = kTRUE;
2345       }
2346     }
2347   }
2348
2349   Bool_t cut=kFALSE;
2350   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
2351     if (cuts[i]) { cut = kTRUE ; }
2352
2353     // cut the track
2354   if (cut)
2355     return kFALSE;
2356   else
2357     return kTRUE;
2358 }
2359
2360 //_____________________________________
2361 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
2362 {
2363   //Intilize the track cut criteria
2364   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
2365   //Also you can customize the cuts using the setters
2366
2367   switch (fTrackCutsType)
2368   {
2369     case kTPCOnlyCut:
2370     {
2371       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
2372       //TPC
2373       SetMinNClustersTPC(70);
2374       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2375       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2376       SetRequireTPCRefit(kFALSE);
2377
2378       //ITS
2379       SetRequireITSRefit(kFALSE);
2380       SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
2381       SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
2382       SetDCAToVertex2D(kTRUE);
2383
2384       break;
2385     }
2386
2387     case kGlobalCut:
2388     {
2389       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
2390       //TPC
2391       SetMinNClustersTPC(70);
2392       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2393       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2394       SetRequireTPCRefit(kTRUE);
2395
2396       //ITS
2397       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2398       SetMaxDCAToVertexZ(2);
2399       SetMaxDCAToVertexXY();
2400       SetDCAToVertex2D(kFALSE);
2401
2402       break;
2403     }
2404
2405     case kLooseCut:
2406     {
2407       AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
2408       SetMinNClustersTPC(50);
2409       SetAcceptKinkDaughters(kTRUE);
2410
2411       break;
2412     }
2413
2414     case kITSStandAlone:
2415     {
2416       AliInfo(Form("Track cuts for matching: ITS Stand Alone tracks cut w/o DCA cut"));
2417       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2418       SetRequireITSStandAlone(kTRUE);
2419       SetITSTrackSA(kTRUE);
2420       break;
2421     }
2422
2423   }
2424 }
2425
2426
2427 //________________________________________________________________________
2428 void AliEMCALRecoUtils::SetClusterMatchedToTrack(const AliVEvent *event)
2429 {
2430   // Checks if tracks are matched to EMC clusters and set the matched EMCAL cluster index to ESD track.
2431
2432   Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2433   for (Int_t iTrack = 0; iTrack < nTracks; ++iTrack)
2434   {
2435     AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrack));
2436     if (!track)
2437     {
2438       AliWarning(Form("Could not receive track %d", iTrack));
2439       continue;
2440     }
2441
2442     Int_t matchClusIndex = GetMatchedClusterIndex(iTrack);
2443     track->SetEMCALcluster(matchClusIndex); //sets -1 if track not matched within residual
2444     /*the following can be done better if AliVTrack::SetStatus will be there. Patch pending with Andreas/Peter*/
2445     AliESDtrack* esdtrack = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2446     if (esdtrack) {
2447       if (matchClusIndex != -1)
2448         esdtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2449       else
2450         esdtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2451     } else {
2452       AliAODTrack* aodtrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2453       if (matchClusIndex != -1)
2454         aodtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2455       else
2456         aodtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2457     }
2458   }
2459   AliDebug(2,"Track matched to closest cluster");
2460 }
2461
2462 //_________________________________________________________________________
2463 void AliEMCALRecoUtils::SetTracksMatchedToCluster(const AliVEvent *event)
2464 {
2465   // Checks if EMC clusters are matched to ESD track.
2466   // Adds track indexes of all the tracks matched to a cluster withing residuals in ESDCalocluster.
2467
2468   for (Int_t iClus=0; iClus < event->GetNumberOfCaloClusters(); ++iClus)
2469   {
2470     AliVCluster *cluster = event->GetCaloCluster(iClus);
2471     if (!cluster->IsEMCAL())
2472       continue;
2473
2474     Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2475     TArrayI arrayTrackMatched(nTracks);
2476
2477     // Get the closest track matched to the cluster
2478     Int_t nMatched = 0;
2479     Int_t matchTrackIndex = GetMatchedTrackIndex(iClus);
2480     if (matchTrackIndex != -1)
2481     {
2482       arrayTrackMatched[nMatched] = matchTrackIndex;
2483       nMatched++;
2484     }
2485
2486     // Get all other tracks matched to the cluster
2487     for (Int_t iTrk=0; iTrk<nTracks; ++iTrk)
2488     {
2489       AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrk));
2490       if (iTrk == matchTrackIndex) continue;
2491       if (track->GetEMCALcluster() == iClus) {
2492         arrayTrackMatched[nMatched] = iTrk;
2493         ++nMatched;
2494       }
2495     }
2496
2497     //printf("Tender::SetTracksMatchedToCluster - cluster E %f, N matches %d, first match %d\n",cluster->E(),nMatched,arrayTrackMatched[0]);
2498
2499     arrayTrackMatched.Set(nMatched);
2500     AliESDCaloCluster *esdcluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*>(cluster);
2501     if (esdcluster)
2502       esdcluster->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
2503     else if (nMatched>0) {
2504       AliAODCaloCluster *aodcluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*>(cluster);
2505       if (aodcluster)
2506         aodcluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(arrayTrackMatched.At(0)));
2507     }
2508
2509     Float_t eta= -999, phi = -999;
2510     if (matchTrackIndex != -1)
2511       GetMatchedResiduals(iClus, eta, phi);
2512     cluster->SetTrackDistance(phi, eta);
2513   }
2514
2515   AliDebug(2,"Cluster matched to tracks");
2516 }
2517
2518 //___________________________________________________
2519 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const
2520 {
2521   // Print Parameters
2522
2523   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
2524   printf("Misalignment shifts\n");
2525   for (Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i,
2526                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
2527                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
2528   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
2529   for (Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
2530
2531   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
2532
2533   printf("Matching criteria: ");
2534   if (fCutEtaPhiSum) {
2535     printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%4.3f\n",fCutR);
2536   } else if (fCutEtaPhiSeparate) {
2537     printf("dEta<%4.3f, dPhi<%4.3f\n",fCutEta,fCutPhi);
2538   } else {
2539     printf("Error\n");
2540     printf("please specify your cut criteria\n");
2541     printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2542     printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2543   }
2544
2545   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step to surface = %2.2f[cm], step to cluster = %2.2f[cm]\n",fMass,fStepSurface, fStepCluster);
2546   printf("Cluster selection window: dR < %2.0f\n",fClusterWindow);
2547
2548   printf("Track cuts: \n");
2549   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
2550   printf("AOD track selection: tpc only %d, or hybrid %d, or mask: %d\n",fAODTPCOnlyTracks,fAODHybridTracks, fAODFilterMask);
2551   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
2552   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
2553   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
2554   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
2555   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
2556 }