EMCAL/AliEMCALReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //_________________________________________________________________________
  19 //--
  20 //-- Yves Schutz (SUBATECH)
  21 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and
  22 // derived from STEER/AliReconstructor.
  23 //
  24
  25
  26 // --- ROOT system ---
  27 #include <TClonesArray.h>
  28 #include "TGeoManager.h"
  29 #include "TGeoMatrix.h"
  30
  31 // --- Standard library ---
  32
  33 // --- AliRoot header files ---
  34 #include "AliEMCALReconstructor.h"
  35
  36 #include "AliCodeTimer.h"
  37 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  38 #include "AliEMCALCalibData.h"
  39 #include "AliESDEvent.h"
  40 #include "AliESDCaloCluster.h"
  41 #include "AliESDCaloCells.h"
  42 #include "AliESDtrack.h"
  43 #include "AliEMCALLoader.h"
  44 #include "AliEMCALRawUtils.h"
  45 #include "AliEMCALDigit.h"
  46 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  47 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  48 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  49 #include "AliEMCALPID.h"
  50 #include "AliEMCALTrigger.h"
  51 #include "AliRawReader.h"
  52 #include "AliCDBEntry.h"
  53 #include "AliCDBManager.h"
  54 #include "AliEMCALGeometry.h"
  55 #include "AliEMCAL.h"
  56 #include "AliESDVZERO.h"
  57 #include "AliCDBManager.h"
  58 #include "AliRunLoader.h"
  59 #include "AliRun.h"
  60 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  61 #include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
  62 #include "AliEMCALTriggerDCSConfigDB.h"
  63 #include "AliEMCALTriggerDCSConfig.h"
  64 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  65 #include "AliEMCALTriggerRawDigit.h"
  66 #include "AliEMCALTriggerPatch.h"
  67 #include "AliEMCALTriggerTypes.h"
  68
  69 ClassImp(AliEMCALReconstructor)
  70
  71 const AliEMCALRecParam*     AliEMCALReconstructor::fgkRecParam        = 0;   // EMCAL rec. parameters
  72 AliEMCALRawUtils*           AliEMCALReconstructor::fgRawUtils         = 0;   // EMCAL raw utilities class
  73 AliEMCALClusterizer*        AliEMCALReconstructor::fgClusterizer      = 0;   // EMCAL clusterizer class
  74 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr        = 0;   // list of digits, to be used multiple times
  75 TObjArray*                  AliEMCALReconstructor::fgClustersArr      = 0;   // list of clusters, to be used multiple times
  76 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgTriggerDigits    = 0;   // list of trigger digits, to be used multiple times
  77 AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
  78 //____________________________________________________________________________
  79 AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor()
  80   : fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0),fTriggerData(0x0)
  81 {
  82   // ctor
  83
  84   fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
  85
  86   //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
  87   //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
  88   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
  89   if (rl->GetAliRun()){
  90     AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
  91     if(emcal) fGeom = emcal->GetGeometry();
  92   }
  93
  94   if(!fGeom) {
  95     AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
  96     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
  97   }
  98
  99   //Get calibration parameters
 100   if(!fCalibData)
 101     {
 102       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 103         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 104       if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 105     }
 106
 107   if(!fCalibData)
 108     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 109
 110   //Get calibration parameters
 111   if(!fPedestalData)
 112     {
 113       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 114         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 115       if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 116     }
 117
 118   if(!fPedestalData)
 119     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 120
 121   if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
 122
 123   AliEMCALTriggerDCSConfigDB* dcsConfigDB = AliEMCALTriggerDCSConfigDB::Instance();
 124
 125   const AliEMCALTriggerDCSConfig* dcsConfig = dcsConfigDB->GetTriggerDCSConfig();
 126
 127   if (!dcsConfig) AliFatal("No Trigger DCS Configuration from OCDB!");
 128   fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics( dcsConfig );
 129
 130   fTriggerData = new AliEMCALTriggerData();
 131
 132   //Init temporary list of digits
 133   fgDigitsArr     = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
 134   fgClustersArr   = new TObjArray(1000);
 135   fgTriggerDigits = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit",1000);
 136 }
 137
 138 //____________________________________________________________________________
 139 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
 140 {
 141   // dtor
 142
 143   if(fGeom)              delete fGeom;
 144
 145   //No need to delete, recovered from OCDB
 146   //if(fCalibData)         delete fCalibData;
 147   //if(fPedestalData)      delete fPedestalData;
 148
 149   if(fgDigitsArr){
 150     fgDigitsArr->Clear("C");
 151     delete fgDigitsArr;
 152   }
 153
 154   if(fgClustersArr){
 155     fgClustersArr->Clear();
 156     delete fgClustersArr;
 157   }
 158
 159   if(fgTriggerDigits){
 160     fgTriggerDigits->Clear();
 161     delete fgTriggerDigits;
 162   }
 163
 164   if(fgRawUtils)         delete fgRawUtils;
 165   if(fgClusterizer)      delete fgClusterizer;
 166   if(fgTriggerProcessor) delete fgTriggerProcessor;
 167
 168   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 169 }
 170
 171 //____________________________________________________________________________
 172 void AliEMCALReconstructor::InitClusterizer() const
 173 {
 174   //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.
 175   Int_t clusterizerType = -1;
 176   Int_t eventType = -1;
 177   if(GetRecParam()) {
 178     clusterizerType = GetRecParam()->GetClusterizerFlag();
 179     eventType       = GetRecParam()->GetEventSpecie();
 180   }
 181   else{
 182     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 183       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/RecoParam");
 184     //Get The reco param for the default event specie
 185     if (entry) {
 186       AliEMCALRecParam *recParam  = (AliEMCALRecParam*)((TObjArray *) entry->GetObject())->At(0);
 187       if(recParam) clusterizerType = recParam->GetClusterizerFlag();
 188     }
 189   }
 190
 191   //Check if clusterizer previously set corresponds to what is needed for this event type
 192   if(fgClusterizer){
 193     if(eventType!=AliRecoParam::kCalib){
 194       //printf("ReCreate clusterizer? Clusterizer set <%d>, Clusterizer in use <%s>\n",
 195       //     clusterizerType, fgClusterizer->Version());
 196
 197       if     (clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1 && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v1")) return;
 198
 199       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-NxN")) return;
 200
 201       //Need to create new clusterizer, the one set previously is not the correct one
 202       delete fgClusterizer;
 203     }
 204     else return;
 205   }
 206
 207   if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
 208     {
 209       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 210     }
 211   else
 212     {
 213       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 214     }
 215 }
 216
 217 //____________________________________________________________________________
 218 void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
 219 {
 220   // method called by AliReconstruction;
 221   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
 222   // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by
 223   // the global tracking.
 224   // Works on the current event.
 225
 226   AliCodeTimerAuto("",0)
 227
 228   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before
 229   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 230
 231   InitClusterizer();
 232
 233   fgClusterizer->InitParameters();
 234   fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 235
 236   //Skip clusterization of LED events
 237   if (GetRecParam()->GetEventSpecie()!=AliRecoParam::kCalib){
 238
 239     if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
 240
 241       fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
 242
 243       //fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ; //For debugging
 244       fgClusterizer->Digits2Clusters("");
 245
 246       fgClusterizer->Clear();
 247
 248     }//digits array exists and has somethind
 249   }//not a LED event
 250
 251   clustersTree->Fill();
 252 }
 253
 254 //____________________________________________________________________________
 255 void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
 256
 257 {
 258   // Conversion from raw data to
 259   // EMCAL digits.
 260   // Works on a single-event basis
 261
 262   rawReader->Reset() ;
 263
 264   fTriggerData->SetMode(1);
 265
 266   if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
 267
 268   TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", 32 * 96);
 269
 270   Int_t bufsize = 32000;
 271   digitsTree->Branch("EMCAL", &fgDigitsArr, bufsize);
 272   digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
 273
 274   //Skip calibration events do the rest
 275   Bool_t doFit = kTRUE;
 276 //  if ( !(GetRecParam()->FitLEDEvents()) && GetRecParam()->GetEventSpecie()==AliRecoParam::kCalib) doFit = kFALSE;
 277   if (doFit){
 278     //must be done here because, in constructor, option is not yet known
 279     fgRawUtils->SetOption(GetOption());
 280
 281     //  fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
 282
 283     //   fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
 284     //    fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
 285     fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
 286     fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
 287     fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
 288     fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
 289     fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
 290
 291     //fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
 292     //fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
 293
 294     //  fgRawUtils->SetTimeMin(-99999 );
 295     //  fgRawUtils->SetTimeMax( 99999 );
 296
 297     fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,fgDigitsArr,fPedestalData,digitsTrg,fTriggerData);
 298
 299   }//skip calibration event
 300   else{
 301     AliDebug(1," Calibration Event, skip!");
 302   }
 303
 304   digitsTree->Fill();
 305   digitsTrg->Delete();
 306   delete digitsTrg;
 307
 308 }
 309
 310
 311 //____________________________________________________________________________
 312 void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
 313                                     AliESDEvent* esd) const
 314 {
 315   // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing
 316   // and V0
 317   // Works on the current event
 318   // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
 319   //return;
 320
 321   //########################################
 322   // Trigger
 323   //########################################
 324
 325   static int saveOnce = 0;
 326
 327   Int_t v0M[2] = {0, 0};
 328
 329   AliESDVZERO* esdV0 = esd->GetVZEROData();
 330
 331   if (esdV0)
 332     {
 333       for (Int_t i = 0; i < 32; i++)
 334         {
 335           v0M[0] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0C(i);
 336           v0M[1] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0A(i);
 337         }
 338     }
 339   else
 340     {
 341       AliWarning("Cannot retrieve V0 ESD! Run w/ null V0 charges");
 342     }
 343
 344   if (fgTriggerDigits) fgTriggerDigits->Clear();
 345
 346   TBranch *branchtrg = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
 347
 348   if (!branchtrg)
 349     {
 350       AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits!");
 351       return;
 352     }
 353
 354   branchtrg->SetAddress(&fgTriggerDigits);
 355   branchtrg->GetEntry(0);
 356
 357   // Note: fgTriggerProcessor reset done at the end of this method
 358   fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(fgTriggerDigits, v0M, fTriggerData);
 359
 360   // Fill ESD
 361   AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("EMCAL");
 362
 363   if (trgESD)
 364     {
 365       trgESD->Allocate(fgTriggerDigits->GetEntriesFast());
 366
 367       for (Int_t i = 0; i < fgTriggerDigits->GetEntriesFast(); i++)
 368         {
 369           AliEMCALTriggerRawDigit* rdig = (AliEMCALTriggerRawDigit*)fgTriggerDigits->At(i);
 370
 371           Int_t px, py;
 372           if (fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(rdig->GetId(), px, py))
 373             {
 374               Int_t a = -1, t = -1, times[10];
 375
 376               rdig->GetMaximum(a, t);
 377               rdig->GetL0Times(times);
 378
 379               trgESD->Add(px, py, a, t, times, rdig->GetNL0Times(), rdig->GetL1TimeSum(), rdig->GetTriggerBits());
 380             }
 381         }
 382
 383       trgESD->SetL1Threshold(0, fTriggerData->GetL1GammaThreshold());
 384
 385       trgESD->SetL1Threshold(1, fTriggerData->GetL1JetThreshold()  );
 386
 387           Int_t v0[2];
 388           fTriggerData->GetL1V0(v0);
 389
 390           trgESD->SetL1V0(v0);
 391           trgESD->SetL1FrameMask(fTriggerData->GetL1FrameMask());
 392
 393           if (!saveOnce && fTriggerData->GetL1DataDecoded())
 394           {
 395                   int type[8] = {0};
 396                   fTriggerData->GetL1TriggerType(type);
 397
 398                   esd->SetCaloTriggerType(type);
 399
 400                   saveOnce = 1;
 401           }
 402     }
 403
 404   // Resetting
 405   fTriggerData->Reset();
 406
 407   //########################################
 408   //##############Fill CaloCells###############
 409   //########################################
 410
 411   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before
 412   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 413
 414   Int_t nDigits = fgDigitsArr->GetEntries(), idignew = 0 ;
 415   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
 416
 417   AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
 418   emcCells.CreateContainer(nDigits);
 419   emcCells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 420   Float_t energy = 0;
 421   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
 422     const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)fgDigitsArr->At(idig);
 423     if(dig->GetAmplitude() > 0 ){
 424       energy = fgClusterizer->Calibrate(dig->GetAmplitude(),dig->GetTime(),dig->GetId()); //TimeR or Time?
 425       if(energy > 0){ //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them
 426         emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, dig->GetTime());
 427         idignew++;
 428       }
 429     }
 430   }
 431   emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
 432   emcCells.Sort();
 433
 434   //------------------------------------------------------------
 435   //-----------------CLUSTERS-----------------------------
 436   //------------------------------------------------------------
 437   clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
 438   clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
 439   if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
 440   TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 441   branch->SetAddress(&fgClustersArr);
 442   branch->GetEntry(0);
 443   //clustersTree->GetEvent(0);
 444
 445   Int_t nClusters = fgClustersArr->GetEntries(),  nClustersNew=0;
 446   AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
 447
 448   //######################################################
 449   //#######################TRACK MATCHING###############
 450   //######################################################
 451   //Fill list of integers, each one is index of track to which the cluster belongs.
 452
 453   // step 1 - initialize array of matched track indexes
 454   Int_t *matchedTrack = new Int_t[nClusters];
 455   for (Int_t iclus = 0; iclus < nClusters; iclus++)
 456     matchedTrack[iclus] = -1;  // neg. index --> no matched track
 457
 458   // step 2, change the flag for all matched clusters found in tracks
 459   Int_t iemcalMatch = -1;
 460   Int_t endtpc = esd->GetNumberOfTracks();
 461   for (Int_t itrack = 0; itrack < endtpc; itrack++) {
 462     AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
 463     iemcalMatch = track->GetEMCALcluster();
 464     if(iemcalMatch >= 0) matchedTrack[iemcalMatch] = itrack;
 465   }
 466
 467   //########################################
 468   //##############Fill CaloClusters#############
 469   //########################################
 470   for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
 471     const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)fgClustersArr->At(iClust);
 472     //if(clust->GetClusterType()== AliVCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
 473     // clust->Print(); //For debugging
 474     // Get information from EMCAL reconstruction points
 475     Float_t xyz[3];
 476     TVector3 gpos;
 477     clust->GetGlobalPosition(gpos);
 478     for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
 479       xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
 480     Float_t elipAxis[2];
 481     clust->GetElipsAxis(elipAxis);
 482     //Create digits lists
 483     Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
 484     //TArrayS digiList(digitMult);
 485     Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
 486     Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
 487     TArrayS absIdList(cellMult);
 488     TArrayD fracList(cellMult);
 489
 490     Int_t newCellMult = 0;
 491     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
 492       if (amplFloat[iCell] > 0) {
 493         absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
 494         //Calculate Fraction
 495         if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0 && GetRecParam()->GetUnfold()){
 496           fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]));//get cell calibration value
 497
 498         }
 499         else{
 500           fracList[newCellMult] = 0;
 501         }
 502         newCellMult++;
 503       }
 504     }
 505
 506     absIdList.Set(newCellMult);
 507     fracList.Set(newCellMult);
 508
 509     if(newCellMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
 510       nClustersNew++;
 511       //Primaries
 512       Int_t  parentMult  = 0;
 513       Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
 514       // fills the ESDCaloCluster
 515       AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
 516       ec->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
 517       ec->SetPosition(xyz);
 518       ec->SetE(clust->GetEnergy());
 519
 520       //Distance to the nearest bad crystal
 521       ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower());
 522
 523       ec->SetNCells(newCellMult);
 524       //Change type of list from short to ushort
 525       UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
 526       Double_t *newFracList   = new Double_t[newCellMult];
 527       for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
 528         newAbsIdList[i]=absIdList[i];
 529         newFracList[i] =fracList[i];
 530       }
 531       ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
 532       ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
 533       ec->SetDispersion(clust->GetDispersion());
 534       ec->SetChi2(-1); //not yet implemented
 535       ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
 536       ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
 537       ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
 538       ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
 539       TArrayI arrayTrackMatched(1);// Only one track, temporal solution.
 540       arrayTrackMatched[0]= matchedTrack[iClust];
 541       ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
 542
 543       TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
 544       ec->AddLabels(arrayParents);
 545
 546       // add the cluster to the esd object
 547       esd->AddCaloCluster(ec);
 548       delete ec;
 549       delete [] newAbsIdList ;
 550       delete [] newFracList ;
 551     }
 552   } // cycle on clusters
 553
 554   delete [] matchedTrack;
 555
 556   //Fill ESDCaloCluster with PID weights
 557   AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
 558   //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
 559   pid->SetReconstructor(kTRUE);
 560   pid->RunPID(esd);
 561   delete pid;
 562
 563   //Store EMCAL misalignment matrixes
 564   FillMisalMatrixes(esd) ;
 565
 566 }
 567
 568 //==================================================================================
 569 void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
 570   //Store EMCAL matrixes in ESD Header
 571
 572   //Check, if matrixes was already stored
 573   for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 574     if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
 575       return ;
 576   }
 577
 578   //Create and store matrixes
 579   if(!gGeoManager){
 580     AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
 581     return ;
 582   }
 583   //Note, that owner of copied marixes will be header
 584   const Int_t bufsize = 255;
 585   char path[bufsize] ;
 586   TGeoHMatrix * m = 0x0;
 587   for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 588     snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SMOD_%d",sm+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
 589     if(sm >= 10) snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SM10_%d",sm-10+1) ;
 590
 591     if (gGeoManager->CheckPath(path)){
 592       gGeoManager->cd(path);
 593       m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
 594       //                        printf("================================================= \n");
 595       //                        printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
 596       //                        m->Print("");
 597       esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
 598       //                        printf("================================================= \n");
 599     }
 600     else{
 601       esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
 602     }
 603   }
 604 }
 605
 606 //__________________________________________________________________________
 607 void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
 608 {
 609   // Read the digits from the input tree
 610   // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);
 611
 612   // Clear previous digits in the list
 613   if(fgDigitsArr){
 614     fgDigitsArr->Clear("C");
 615   }
 616   else{
 617     // It should not happen, but just in case ...
 618     fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100);
 619   }
 620
 621   // Read the digits from the input tree
 622   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
 623   if (!branch) {
 624     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
 625     return;
 626   }
 627
 628   branch->SetAddress(&fgDigitsArr);
 629   branch->GetEntry(0);
 630 }
 631
 632