EMCAL/AliEMCALReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //_________________________________________________________________________
  19 //--
  20 //-- Yves Schutz (SUBATECH)
  21 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and
  22 // derived from STEER/AliReconstructor.
  23 //
  24
  25
  26 // --- ROOT system ---
  27 #include <TClonesArray.h>
  28 #include "TGeoManager.h"
  29 #include "TGeoMatrix.h"
  30
  31 // --- Standard library ---
  32
  33 // --- AliRoot header files ---
  34 #include "AliEMCALReconstructor.h"
  35
  36 #include "AliCodeTimer.h"
  37 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  38 #include "AliEMCALCalibData.h"
  39 #include "AliESDEvent.h"
  40 #include "AliESDCaloCluster.h"
  41 #include "AliESDCaloCells.h"
  42 #include "AliESDtrack.h"
  43 #include "AliEMCALLoader.h"
  44 #include "AliEMCALRawUtils.h"
  45 #include "AliEMCALDigit.h"
  46 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  47 #include "AliEMCALClusterizerv2.h"
  48 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  49 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  50 #include "AliEMCALPID.h"
  51 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  52 #include "AliRawReader.h"
  53 #include "AliCDBEntry.h"
  54 #include "AliCDBManager.h"
  55 #include "AliEMCALGeometry.h"
  56 #include "AliEMCAL.h"
  57 #include "AliESDVZERO.h"
  58 #include "AliCDBManager.h"
  59 #include "AliRunLoader.h"
  60 #include "AliRun.h"
  61 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  62 #include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
  63 #include "AliEMCALTriggerDCSConfigDB.h"
  64 #include "AliEMCALTriggerDCSConfig.h"
  65 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  66 #include "AliEMCALTriggerRawDigit.h"
  67 #include "AliEMCALTriggerPatch.h"
  68 #include "AliEMCALTriggerTypes.h"
  69
  70 ClassImp(AliEMCALReconstructor)
  71
  72 const AliEMCALRecParam*     AliEMCALReconstructor::fgkRecParam        = 0;   // EMCAL rec. parameters
  73 AliEMCALRawUtils*           AliEMCALReconstructor::fgRawUtils         = 0;   // EMCAL raw utilities class
  74 AliEMCALClusterizer*        AliEMCALReconstructor::fgClusterizer      = 0;   // EMCAL clusterizer class
  75 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr        = 0;   // list of digits, to be used multiple times
  76 TObjArray*                  AliEMCALReconstructor::fgClustersArr      = 0;   // list of clusters, to be used multiple times
  77 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgTriggerDigits    = 0;   // list of trigger digits, to be used multiple times
  78 AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
  79 //____________________________________________________________________________
  80 AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor()
  81   : fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0),fTriggerData(0x0), fMatches(0x0)
  82 {
  83   // ctor
  84
  85   // AliDebug(2, "Mark.");
  86
  87   fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
  88
  89   //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
  90   //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
  91   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
  92   if (rl->GetAliRun()){
  93     AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
  94     if(emcal) fGeom = emcal->GetGeometry();
  95   }
  96
  97   if(!fGeom) {
  98     AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
  99     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
 100   }
 101
 102   //Get calibration parameters
 103   if(!fCalibData)
 104     {
 105       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 106         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 107       if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 108     }
 109
 110   if(!fCalibData)
 111     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 112
 113   //Get calibration parameters
 114   if(!fPedestalData)
 115     {
 116       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 117         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 118       if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 119     }
 120
 121   if(!fPedestalData)
 122     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 123
 124   if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
 125
 126   AliEMCALTriggerDCSConfigDB* dcsConfigDB = AliEMCALTriggerDCSConfigDB::Instance();
 127
 128   const AliEMCALTriggerDCSConfig* dcsConfig = dcsConfigDB->GetTriggerDCSConfig();
 129
 130   if (!dcsConfig) AliFatal("No Trigger DCS Configuration from OCDB!");
 131   fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics( dcsConfig );
 132
 133   fTriggerData = new AliEMCALTriggerData();
 134
 135   //Init temporary list of digits
 136   fgDigitsArr     = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
 137   fgClustersArr   = new TObjArray(1000);
 138   fgTriggerDigits = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit",1000);
 139
 140   //Track matching
 141   fMatches = new TList();
 142   fMatches->SetOwner(kTRUE);
 143 }
 144
 145 //____________________________________________________________________________
 146 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
 147 {
 148   // dtor
 149
 150   //AliDebug(2, "Mark.");
 151
 152   if(fGeom)              delete fGeom;
 153
 154   //No need to delete, recovered from OCDB
 155   //if(fCalibData)         delete fCalibData;
 156   //if(fPedestalData)      delete fPedestalData;
 157
 158   if(fgDigitsArr){
 159     fgDigitsArr->Clear("C");
 160     delete fgDigitsArr;
 161   }
 162
 163   if(fgClustersArr){
 164     fgClustersArr->Clear();
 165     delete fgClustersArr;
 166   }
 167
 168   if(fgTriggerDigits){
 169     fgTriggerDigits->Clear();
 170     delete fgTriggerDigits;
 171   }
 172
 173   if(fgRawUtils)         delete fgRawUtils;
 174   if(fgClusterizer)      delete fgClusterizer;
 175   if(fgTriggerProcessor) delete fgTriggerProcessor;
 176
 177   if(fMatches) { fMatches->Delete(); delete fMatches; fMatches = 0;}
 178
 179   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 180 }
 181
 182 //____________________________________________________________________________
 183 void AliEMCALReconstructor::InitClusterizer() const
 184 {
 185   //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.
 186   Int_t clusterizerType = -1;
 187   Int_t eventType = -1;
 188   if(GetRecParam()) {
 189     clusterizerType = GetRecParam()->GetClusterizerFlag();
 190     eventType       = GetRecParam()->GetEventSpecie();
 191   }
 192   else{
 193     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 194       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/RecoParam");
 195     //Get The reco param for the default event specie
 196     if (entry) {
 197       AliEMCALRecParam *recParam  = (AliEMCALRecParam*)((TObjArray *) entry->GetObject())->At(0);
 198       if(recParam) clusterizerType = recParam->GetClusterizerFlag();
 199     }
 200   }
 201
 202   //Check if clusterizer previously set corresponds to what is needed for this event type
 203   if(fgClusterizer){
 204     if(eventType!=AliRecoParam::kCalib){
 205       //printf("ReCreate clusterizer? Clusterizer set <%d>, Clusterizer in use <%s>\n",
 206       //     clusterizerType, fgClusterizer->Version());
 207
 208       if     (clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v1"))  return;
 209
 210       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-NxN")) return;
 211
 212       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v2"))  return;
 213
 214       //Need to create new clusterizer, the one set previously is not the correct one
 215       delete fgClusterizer;
 216     }
 217     else return;
 218   }
 219
 220   if      (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
 221     {
 222       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 223     }
 224   else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
 225     {
 226       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 227     }
 228   else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
 229   {
 230     fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2   (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 231   }
 232   else
 233   {
 234     AliFatal(Form("Unknown clusterizer %d ", clusterizerType));
 235   }
 236 }
 237
 238 //____________________________________________________________________________
 239 void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
 240 {
 241   // method called by AliReconstruction;
 242   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
 243   // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by
 244   // the global tracking.
 245   // Works on the current event.
 246
 247   AliCodeTimerAuto("",0)
 248
 249   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before
 250   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 251
 252   InitClusterizer();
 253
 254   fgClusterizer->InitParameters();
 255   fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 256
 257   //Skip clusterization of LED events
 258   if (GetRecParam()->GetEventSpecie()!=AliRecoParam::kCalib){
 259
 260     if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
 261
 262       fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
 263
 264       //fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ; //For debugging
 265       fgClusterizer->Digits2Clusters("");
 266
 267       fgClusterizer->Clear();
 268
 269     }//digits array exists and has somethind
 270   }//not a LED event
 271
 272   clustersTree->Fill();
 273
 274   // Deleting the recpoints at the end of the reconstruction call
 275   fgClusterizer->DeleteRecPoints();
 276 }
 277
 278 //____________________________________________________________________________
 279 void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
 280
 281 {
 282   // Conversion from raw data to
 283   // EMCAL digits.
 284   // Works on a single-event basis
 285
 286   rawReader->Reset() ;
 287
 288   fTriggerData->SetMode(1);
 289
 290   if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
 291
 292   TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", 32 * 96);
 293
 294   Int_t bufsize = 32000;
 295   digitsTree->Branch("EMCAL", &fgDigitsArr, bufsize);
 296   digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
 297
 298   //Skip calibration events do the rest
 299   Bool_t doFit = kTRUE;
 300   if ( !(GetRecParam()->FitLEDEvents()) && GetRecParam()->GetEventSpecie()==AliRecoParam::kCalib) doFit = kFALSE;
 301   if (doFit){
 302     //must be done here because, in constructor, option is not yet known
 303     fgRawUtils->SetOption(GetOption());
 304
 305     //  fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
 306
 307     //   fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
 308     //    fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
 309     fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
 310     fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
 311     fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
 312     if (!fgRawUtils->GetFittingAlgorithm()) fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
 313     fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
 314
 315     //fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
 316     //fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
 317
 318     //  fgRawUtils->SetTimeMin(-99999 );
 319     //  fgRawUtils->SetTimeMax( 99999 );
 320
 321     fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,fgDigitsArr,fPedestalData,digitsTrg,fTriggerData);
 322
 323   }//skip calibration event
 324   else{
 325     AliDebug(1," Calibration Event, skip!");
 326   }
 327
 328   digitsTree->Fill();
 329   digitsTrg->Delete();
 330   delete digitsTrg;
 331
 332 }
 333
 334
 335 //____________________________________________________________________________
 336 void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
 337                                     AliESDEvent* esd) const
 338 {
 339   // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing
 340   // and V0
 341   // Works on the current event
 342   // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
 343   //return;
 344
 345   //########################################
 346   // Trigger
 347   //########################################
 348
 349   static int saveOnce = 0;
 350
 351   Int_t v0M[2] = {0, 0};
 352
 353   AliESDVZERO* esdV0 = esd->GetVZEROData();
 354
 355   if (esdV0)
 356     {
 357       for (Int_t i = 0; i < 32; i++)
 358         {
 359           v0M[0] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0C(i);
 360           v0M[1] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0A(i);
 361         }
 362     }
 363   else
 364     {
 365       AliWarning("Cannot retrieve V0 ESD! Run w/ null V0 charges");
 366     }
 367
 368   if (fgTriggerDigits) fgTriggerDigits->Clear();
 369
 370   TBranch *branchtrg = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
 371
 372   if (!branchtrg)
 373     {
 374       AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits!");
 375       return;
 376     }
 377
 378   branchtrg->SetAddress(&fgTriggerDigits);
 379   branchtrg->GetEntry(0);
 380
 381   // Note: fgTriggerProcessor reset done at the end of this method
 382 //   fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(fgTriggerDigits, v0M, fTriggerData);
 383
 384   // Fill ESD
 385   AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("EMCAL");
 386
 387   if (trgESD)
 388     {
 389       trgESD->Allocate(fgTriggerDigits->GetEntriesFast());
 390
 391       for (Int_t i = 0; i < fgTriggerDigits->GetEntriesFast(); i++)
 392         {
 393           AliEMCALTriggerRawDigit* rdig = (AliEMCALTriggerRawDigit*)fgTriggerDigits->At(i);
 394
 395           Int_t px, py;
 396           if (fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(rdig->GetId(), px, py))
 397             {
 398               Int_t a = -1, t = -1, times[10];
 399
 400               rdig->GetMaximum(a, t);
 401               rdig->GetL0Times(times);
 402
 403               trgESD->Add(px, py, a, t, times, rdig->GetNL0Times(), rdig->GetL1TimeSum(), rdig->GetTriggerBits());
 404             }
 405         }
 406
 407       trgESD->SetL1Threshold(0, fTriggerData->GetL1GammaThreshold());
 408
 409       trgESD->SetL1Threshold(1, fTriggerData->GetL1JetThreshold()  );
 410
 411       Int_t v0[2];
 412       fTriggerData->GetL1V0(v0);
 413
 414       trgESD->SetL1V0(v0);
 415       trgESD->SetL1FrameMask(fTriggerData->GetL1FrameMask());
 416
 417       if (!saveOnce && fTriggerData->GetL1DataDecoded())
 418         {
 419           int type[8] = {0};
 420           fTriggerData->GetL1TriggerType(type);
 421
 422           esd->SetCaloTriggerType(type);
 423
 424           saveOnce = 1;
 425         }
 426     }
 427
 428   // Resetting
 429   fTriggerData->Reset();
 430
 431   //########################################
 432   //##############Fill CaloCells###############
 433   //########################################
 434
 435   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before
 436   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 437
 438   Int_t nDigits = fgDigitsArr->GetEntries(), idignew = 0 ;
 439   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
 440   AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
 441   emcCells.CreateContainer(nDigits);
 442   emcCells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 443   Float_t energy = 0;
 444   Float_t time   = 0;
 445   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
 446     const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)fgDigitsArr->At(idig);
 447     time   = dig->GetTime();      // Time already calibrated in clusterizer
 448     energy = dig->GetAmplitude(); // energy calibrated in clusterizer
 449     if(energy > 0 ){
 450       fgClusterizer->Calibrate(energy,time,dig->GetId()); //Digits already calibrated in clusterizers
 451       if(energy > 0){ //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them
 452         emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, time);
 453         idignew++;
 454       }
 455     }
 456   }
 457   emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
 458   emcCells.Sort();
 459
 460   //------------------------------------------------------------
 461   //-----------------CLUSTERS-----------------------------
 462   //------------------------------------------------------------
 463   clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
 464   clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
 465   if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
 466   TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 467   branch->SetAddress(&fgClustersArr);
 468   branch->GetEntry(0);
 469   //clustersTree->GetEvent(0);
 470
 471   Int_t nClusters = fgClustersArr->GetEntries(),  nClustersNew=0;
 472   AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
 473
 474
 475   //########################################
 476   //##############Fill CaloClusters#############
 477   //########################################
 478   for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
 479     const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)fgClustersArr->At(iClust);
 480     if(!clust) continue;
 481     //if(clust->GetClusterType()== AliVCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
 482     // clust->Print(); //For debugging
 483     // Get information from EMCAL reconstruction points
 484     Float_t xyz[3];
 485     TVector3 gpos;
 486     clust->GetGlobalPosition(gpos);
 487     for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
 488       xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
 489     Float_t elipAxis[2];
 490     clust->GetElipsAxis(elipAxis);
 491     //Create digits lists
 492     Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
 493     //TArrayS digiList(digitMult);
 494     Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
 495     Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
 496     TArrayS absIdList(cellMult);
 497     TArrayD fracList(cellMult);
 498
 499     Int_t newCellMult = 0;
 500     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
 501       if (amplFloat[iCell] > 0) {
 502         absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
 503         //Calculate Fraction
 504         if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0 && GetRecParam()->GetUnfold()){
 505           fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]));//get cell calibration value
 506
 507         }
 508         else{
 509           fracList[newCellMult] = 0;
 510         }
 511         newCellMult++;
 512       }
 513     }
 514
 515     absIdList.Set(newCellMult);
 516     fracList.Set(newCellMult);
 517
 518     if(newCellMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
 519       nClustersNew++;
 520       //Primaries
 521       Int_t  parentMult  = 0;
 522       Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
 523       // fills the ESDCaloCluster
 524       AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
 525       ec->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
 526       ec->SetPosition(xyz);
 527       ec->SetE(clust->GetEnergy());
 528
 529       //Distance to the nearest bad crystal
 530       ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower());
 531
 532       ec->SetNCells(newCellMult);
 533       //Change type of list from short to ushort
 534       UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
 535       Double_t *newFracList   = new Double_t[newCellMult];
 536       for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
 537         newAbsIdList[i]=absIdList[i];
 538         newFracList[i] =fracList[i];
 539       }
 540       ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
 541       ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
 542       ec->SetDispersion(clust->GetDispersion());
 543       ec->SetChi2(-1); //not yet implemented
 544       ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
 545       ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
 546       ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
 547       ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
 548
 549
 550       TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
 551       ec->AddLabels(arrayParents);
 552       //
 553       //Track matching
 554       //
 555       fMatches->Clear();
 556       Int_t nTracks = esd->GetNumberOfTracks();
 557       for (Int_t itrack = 0; itrack < nTracks; itrack++)
 558         {
 559           AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
 560           if(track->GetEMCALcluster()==iClust)
 561             {
 562               Float_t dEta=-999, dPhi=-999;
 563               Bool_t isMatch =  CalculateResidual(track, ec, dEta, dPhi);
 564               if(!isMatch)
 565                 {
 566                   // AliDebug(10, "Not good");
 567                   continue;
 568                 }
 569               AliEMCALMatch *match = new AliEMCALMatch();
 570               match->SetIndexT(itrack);
 571               match->SetDistance(TMath::Sqrt(dEta*dEta+dPhi*dPhi));
 572               match->SetdEta(dEta);
 573               match->SetdPhi(dPhi);
 574               fMatches->Add(match);
 575             }
 576         }
 577       fMatches->Sort(kSortAscending); //Sort matched tracks from closest to furthest
 578       Int_t nMatch = fMatches->GetEntries();
 579       TArrayI arrayTrackMatched(nMatch);
 580       for(Int_t imatch=0; imatch<nMatch; imatch++)
 581         {
 582           AliEMCALMatch *match = (AliEMCALMatch*)fMatches->At(imatch);
 583           arrayTrackMatched[imatch] = match->GetIndexT();
 584           if(imatch==0)
 585             {
 586               ec->SetTrackDistance(match->GetdPhi(), match->GetdEta());
 587             }
 588         }
 589       ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
 590
 591       //add the cluster to the esd object
 592       esd->AddCaloCluster(ec);
 593
 594       delete ec;
 595       delete [] newAbsIdList ;
 596       delete [] newFracList ;
 597     }
 598   } // cycle on clusters
 599
 600   //
 601   //Reset the index of matched cluster for tracks
 602   //to the one in CaloCluster array
 603   Int_t ncls = esd->GetNumberOfCaloClusters();
 604   for(Int_t icl=0; icl<ncls; icl++)
 605     {
 606       AliESDCaloCluster *cluster = esd->GetCaloCluster(icl);
 607       if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
 608       TArrayI *trackIndex = cluster->GetTracksMatched();
 609       for(Int_t itr=0; itr<trackIndex->GetSize(); itr++)
 610         {
 611           AliESDtrack *track = esd->GetTrack(trackIndex->At(itr));
 612           track->SetEMCALcluster(cluster->GetID());
 613         }
 614     }
 615
 616
 617   //Fill ESDCaloCluster with PID weights
 618   AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
 619   //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
 620   pid->SetReconstructor(kTRUE);
 621   pid->RunPID(esd);
 622   delete pid;
 623
 624   //Store EMCAL misalignment matrixes
 625   FillMisalMatrixes(esd) ;
 626
 627 }
 628
 629 //==================================================================================
 630 void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
 631   //Store EMCAL matrixes in ESD Header
 632
 633   //Check, if matrixes was already stored
 634   for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 635     if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
 636       return ;
 637   }
 638
 639   //Create and store matrixes
 640   if(!gGeoManager){
 641     AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
 642     return ;
 643   }
 644   //Note, that owner of copied marixes will be header
 645   const Int_t bufsize = 255;
 646   char path[bufsize] ;
 647   TGeoHMatrix * m = 0x0;
 648   for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 649     snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SMOD_%d",sm+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
 650     if(sm >= 10) snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SM10_%d",sm-10+1) ;
 651
 652     if (gGeoManager->CheckPath(path)){
 653       gGeoManager->cd(path);
 654       m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
 655       //                        printf("================================================= \n");
 656       //                        printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
 657       //                        m->Print("");
 658       esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
 659       //                        printf("================================================= \n");
 660     }
 661     else{
 662       esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
 663     }
 664   }
 665 }
 666
 667 //__________________________________________________________________________
 668 void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
 669 {
 670   // Read the digits from the input tree
 671   // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);
 672
 673   // Clear previous digits in the list
 674   if(fgDigitsArr){
 675     fgDigitsArr->Clear("C");
 676   }
 677   else{
 678     // It should not happen, but just in case ...
 679     fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100);
 680   }
 681
 682   // Read the digits from the input tree
 683   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
 684   if (!branch) {
 685     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
 686     return;
 687   }
 688
 689   branch->SetAddress(&fgDigitsArr);
 690   branch->GetEntry(0);
 691 }
 692
 693 //==================================================================================
 694 Bool_t AliEMCALReconstructor::CalculateResidual(AliESDtrack *track, AliESDCaloCluster *cluster, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)const
 695 {
 696   //
 697   // calculate the residual between track and cluster
 698   //
 699
 700   // If the esdFriend is available, use the TPCOuter point as the starting point of extrapolation
 701   // Otherwise use the TPCInner point
 702
 703   dEta = -999, dPhi = -999;
 704
 705   AliExternalTrackParam *trkParam = 0;
 706   const AliESDfriendTrack*  friendTrack = track->GetFriendTrack();
 707   if(friendTrack && friendTrack->GetTPCOut())
 708     trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(friendTrack->GetTPCOut());
 709   else
 710     trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
 711   if(!trkParam) return kFALSE;
 712
 713   AliExternalTrackParam trkParamTmp (*trkParam);
 714   if(!AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(&trkParamTmp, cluster, track->GetMass(), GetRecParam()->GetExtrapolateStep(), dEta, dPhi)) return kFALSE;
 715
 716   return kTRUE;
 717 }
 718
 719 //
 720 //==================================================================================
 721 //
 722 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch()
 723   : TObject(),
 724     fIndexT(-1),
 725     fDistance(-999.),
 726     fdEta(-999.),
 727     fdPhi(-999.)
 728 {
 729   //default constructor
 730
 731 }
 732
 733 //
 734 //==================================================================================
 735 //
 736 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch(const AliEMCALMatch& copy)
 737   : TObject(),
 738     fIndexT(copy.fIndexT),
 739     fDistance(copy.fDistance),
 740     fdEta(copy.fdEta),
 741     fdPhi(copy.fdPhi)
 742 {
 743   //copy ctor
 744 }
 745
 746 //
 747 //==================================================================================
 748 //
 749 Int_t AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::Compare(const TObject *obj) const
 750 {
 751   //
 752   // Compare wrt the residual
 753   //
 754
 755   AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch *that = (AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch*)obj;
 756
 757   Double_t thisDist = fDistance;//fDistance;
 758   Double_t thatDist = that->fDistance;//that->GetDistance();
 759
 760   if (thisDist > thatDist) return 1;
 761   else if (thisDist < thatDist) return -1;
 762   return 0;
 763 }