EMCAL/AliEMCALReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
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   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
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  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //_________________________________________________________________________
  19 //--
  20 //-- Yves Schutz (SUBATECH)
  21 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and
  22 // derived from STEER/AliReconstructor.
  23 //
  24 //-- Aleksei Pavlinov : added staf for EMCAL jet trigger 9Apr 25, 2008)
  25 //                    : fgDigitsArr should read just once at event
  26
  27 // --- ROOT system ---
  28 #include <TList.h>
  29 #include <TClonesArray.h>
  30 #include <TH2.h>
  31 #include "TGeoManager.h"
  32 #include "TGeoMatrix.h"
  33
  34 // --- Standard library ---
  35
  36 // --- AliRoot header files ---
  37 #include "AliEMCALReconstructor.h"
  38
  39 #include "AliCodeTimer.h"
  40 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  41 #include "AliEMCALCalibData.h"
  42 #include "AliESDEvent.h"
  43 #include "AliESDCaloCluster.h"
  44 #include "AliESDCaloCells.h"
  45 #include "AliESDtrack.h"
  46 #include "AliEMCALLoader.h"
  47 #include "AliEMCALRawUtils.h"
  48 #include "AliEMCALDigit.h"
  49 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  50 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  51 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  52 #include "AliEMCALPID.h"
  53 #include "AliEMCALTrigger.h"
  54 #include "AliRawReader.h"
  55 #include "AliCDBEntry.h"
  56 #include "AliCDBManager.h"
  57 #include "AliEMCALGeometry.h"
  58 #include "AliEMCAL.h"
  59 #include "AliESDVZERO.h"
  60 #include "AliCDBManager.h"
  61 #include "AliRunLoader.h"
  62 #include "AliRun.h"
  63 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  64 #include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
  65 #include "AliEMCALTriggerDCSConfigDB.h"
  66 #include "AliEMCALTriggerDCSConfig.h"
  67 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  68 #include "AliEMCALTriggerRawDigit.h"
  69 #include "AliEMCALTriggerPatch.h"
  70 #include "AliEMCALTriggerTypes.h"
  71
  72 ClassImp(AliEMCALReconstructor)
  73
  74 const AliEMCALRecParam*     AliEMCALReconstructor::fgkRecParam        = 0;   // EMCAL rec. parameters
  75 AliEMCALRawUtils*           AliEMCALReconstructor::fgRawUtils         = 0;   // EMCAL raw utilities class
  76 AliEMCALClusterizer*        AliEMCALReconstructor::fgClusterizer      = 0;   // EMCAL clusterizer class
  77 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr        = 0;   // list of digits, to be used multiple times
  78 TObjArray*                  AliEMCALReconstructor::fgClustersArr      = 0;   // list of clusters, to be used multiple times
  79 AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
  80 //____________________________________________________________________________
  81 AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor()
  82   : fDebug(kFALSE), fList(0), fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0),fTriggerData(0x0)
  83 {
  84   // ctor
  85
  86   fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
  87
  88   //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
  89   //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
  90   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
  91   if (rl->GetAliRun()){
  92     AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
  93     if(emcal) fGeom = emcal->GetGeometry();
  94   }
  95
  96   if(!fGeom) {
  97     AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
  98     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
  99   }
 100
 101   //Get calibration parameters
 102   if(!fCalibData)
 103     {
 104                 AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 105                 AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 106                 if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 107     }
 108
 109   if(!fCalibData)
 110                 AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 111
 112   //Get calibration parameters
 113   if(!fPedestalData)
 114     {
 115       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 116       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 117       if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 118     }
 119
 120   if(!fPedestalData)
 121     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 122
 123   if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
 124
 125   AliEMCALTriggerDCSConfigDB* dcsConfigDB = AliEMCALTriggerDCSConfigDB::Instance();
 126
 127   const AliEMCALTriggerDCSConfig* dcsConfig = dcsConfigDB->GetTriggerDCSConfig();
 128
 129   if (!dcsConfig) AliFatal("No Trigger DCS Configuration from OCDB!");
 130   fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics( dcsConfig );
 131
 132   fTriggerData = new AliEMCALTriggerData();
 133
 134   //Init temporary list of digits
 135   fgDigitsArr   = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
 136   fgClustersArr = new TObjArray(1000);
 137
 138 }
 139
 140 //____________________________________________________________________________
 141 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
 142 {
 143   // dtor
 144
 145   if(fGeom)              delete fGeom;
 146
 147   //No need to delete, recovered from OCDB
 148   //if(fCalibData)         delete fCalibData;
 149   //if(fPedestalData)      delete fPedestalData;
 150
 151   if(fgDigitsArr){
 152     fgDigitsArr->Clear("C");
 153     delete fgDigitsArr;
 154   }
 155
 156   if(fgClustersArr){
 157     fgClustersArr->Clear();
 158     delete fgClustersArr;
 159   }
 160
 161   if(fgRawUtils)         delete fgRawUtils;
 162   if(fgClusterizer)      delete fgClusterizer;
 163   if(fgTriggerProcessor) delete fgTriggerProcessor;
 164
 165   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 166 }
 167
 168 // //____________________________________________________________________________
 169 // void AliEMCALReconstructor::Init()
 170 // {
 171 //   // Trigger hists - Oct 24, 2007
 172 //    fList = AliEMCALHistoUtilities::GetTriggersListOfHists(kTRUE);
 173 // }
 174
 175 //____________________________________________________________________________
 176 void AliEMCALReconstructor::InitClusterizer() const
 177 {
 178   //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.
 179   Int_t clusterizerType = -1;
 180   Int_t eventType = -1;
 181   if(GetRecParam()) {
 182     clusterizerType = GetRecParam()->GetClusterizerFlag();
 183     eventType       = GetRecParam()->GetEventSpecie();
 184   }
 185   else{
 186     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 187     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/RecoParam");
 188     //Get The reco param for the default event specie
 189     if (entry) {
 190       AliEMCALRecParam *recParam  = (AliEMCALRecParam*)((TObjArray *) entry->GetObject())->At(0);
 191       if(recParam) clusterizerType = recParam->GetClusterizerFlag();
 192     }
 193   }
 194
 195   //Check if clusterizer previously set corresponds to what is needed for this event type
 196   if(fgClusterizer){
 197     if(eventType!=AliRecoParam::kCalib){
 198       //printf("ReCreate clusterizer? Clusterizer set <%d>, Clusterizer in use <%s>\n",
 199         //     clusterizerType, fgClusterizer->Version());
 200
 201       if     (clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1 && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v1")) return;
 202
 203       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-NxN")) return;
 204
 205       //Need to create new clusterizer, the one set previously is not the correct one
 206       delete fgClusterizer;
 207     }
 208     else return;
 209   }
 210
 211   if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
 212   {
 213     fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 214   }
 215   else
 216   {
 217     fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 218   }
 219 }
 220
 221 //____________________________________________________________________________
 222 void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
 223 {
 224   // method called by AliReconstruction;
 225   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
 226   // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by
 227   // the global tracking.
 228   // Works on the current event.
 229
 230   AliCodeTimerAuto("",0)
 231
 232   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 233
 234   InitClusterizer();
 235
 236   fgClusterizer->InitParameters();
 237   fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 238
 239   //Skip clusterization of LED events
 240   if (GetRecParam()->GetEventSpecie()!=AliRecoParam::kCalib){
 241
 242                 if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
 243
 244                   fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
 245
 246                   if(Debug())
 247                           fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ;
 248                   else
 249                           fgClusterizer->Digits2Clusters("");
 250
 251                   fgClusterizer->Clear();
 252
 253           }//digits array exists and has somethind
 254   }//not a LED event
 255
 256   clustersTree->Fill();
 257 }
 258
 259 //____________________________________________________________________________
 260 void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
 261
 262 {
 263   // Conversion from raw data to
 264   // EMCAL digits.
 265   // Works on a single-event basis
 266
 267   rawReader->Reset() ;
 268
 269   fTriggerData->SetMode(1);
 270
 271   if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
 272
 273   TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", 32 * 96);
 274
 275   Int_t bufsize = 32000;
 276   digitsTree->Branch("EMCAL", &fgDigitsArr, bufsize);
 277   digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
 278
 279   //Skip calibration events do the rest
 280   Bool_t doFit = kTRUE;
 281   if ( !(GetRecParam()->FitLEDEvents()) && GetRecParam()->GetEventSpecie()==AliRecoParam::kCalib) doFit = kFALSE;
 282   if (doFit){
 283           //must be done here because, in constructor, option is not yet known
 284           fgRawUtils->SetOption(GetOption());
 285
 286           fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
 287           fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
 288           fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
 289           fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
 290           fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
 291           fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
 292           fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
 293           fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
 294           fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
 295           fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
 296
 297           fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,fgDigitsArr,fPedestalData,digitsTrg,fTriggerData);
 298   }//skip calibration event
 299   else{
 300         AliDebug(1," Calibration Event, skip!");
 301   }
 302
 303   digitsTree->Fill();
 304   digitsTrg->Delete();
 305   delete digitsTrg;
 306
 307 }
 308
 309
 310 //____________________________________________________________________________
 311 void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
 312                                     AliESDEvent* esd) const
 313 {
 314   // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing
 315   // and V0
 316   // Works on the current event
 317   // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
 318   //return;
 319
 320   //########################################
 321   // Trigger
 322   //########################################
 323
 324    Int_t v0M[2] = {0, 0};
 325
 326    AliESDVZERO* esdV0 = esd->GetVZEROData();
 327
 328    if (esdV0)
 329    {
 330           for (Int_t i = 0; i < 32; i++)
 331           {
 332                   v0M[0] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0C(i);
 333                   v0M[1] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0A(i);
 334           }
 335    }
 336    else
 337    {
 338           AliWarning("Cannot retrieve V0 ESD! Run w/ null V0 charges");
 339    }
 340
 341    TClonesArray *trgDigits = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit",1000);
 342
 343    TBranch *branchtrg = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
 344
 345    if (!branchtrg)
 346    {
 347           AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits!");
 348           return;
 349    }
 350
 351    branchtrg->SetAddress(&trgDigits);
 352    branchtrg->GetEntry(0);
 353
 354    // Note: fgTriggerProcessor reset done at the end of this method
 355    fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(trgDigits, v0M, fTriggerData);
 356
 357    // Fill ESD
 358    AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("EMCAL");
 359
 360    if (trgESD)
 361    {
 362           trgESD->Allocate(trgDigits->GetEntriesFast());
 363
 364           for (Int_t i = 0; i < trgDigits->GetEntriesFast(); i++)
 365           {
 366                   AliEMCALTriggerRawDigit* rdig = (AliEMCALTriggerRawDigit*)trgDigits->At(i);
 367
 368                   Int_t px, py;
 369                   if (fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(rdig->GetId(), px, py))
 370                   {
 371                           Int_t a = -1, t = -1, times[10];
 372
 373                           rdig->GetMaximum(a, t);
 374                           rdig->GetL0Times(times);
 375
 376                           trgESD->Add(px, py, a, t, times, rdig->GetNL0Times(), rdig->GetL1TimeSum(), rdig->GetTriggerBits());
 377                   }
 378           }
 379
 380           trgESD->SetL1Threshold(0, fTriggerData->GetL1GammaThreshold());
 381
 382           trgESD->SetL1Threshold(1, fTriggerData->GetL1JetThreshold()  );
 383    }
 384
 385    // Resetting
 386    fTriggerData->Reset();
 387
 388   //########################################
 389   //##############Fill CaloCells###############
 390   //########################################
 391   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 392
 393 //   TClonesArray *digits = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
 394 //   TBranch *branchdig = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
 395 //   if (!branchdig) {
 396 //     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
 397 //     return;
 398 //   }
 399 //   branchdig->SetAddress(&digits);
 400 //   digitsTree->GetEvent(0);
 401   Int_t nDigits = fgDigitsArr->GetEntries(), idignew = 0 ;
 402   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
 403
 404   AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
 405   emcCells.CreateContainer(nDigits);
 406   emcCells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 407   Float_t energy = 0;
 408   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
 409     const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)fgDigitsArr->At(idig);
 410     if(dig->GetAmplitude() > 0 ){
 411           energy = fgClusterizer->Calibrate(dig->GetAmplitude(),dig->GetTime(),dig->GetId()); //TimeR or Time?
 412           if(energy > 0){ //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them
 413                   emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, dig->GetTime());
 414                   idignew++;
 415           }
 416     }
 417   }
 418   emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
 419   emcCells.Sort();
 420
 421   //------------------------------------------------------------
 422   //-----------------CLUSTERS-----------------------------
 423   //------------------------------------------------------------
 424   clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
 425   clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
 426   if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
 427   TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 428   branch->SetAddress(&fgClustersArr);
 429   branch->GetEntry(0);
 430   //clustersTree->GetEvent(0);
 431
 432   Int_t nClusters = fgClustersArr->GetEntries(),  nClustersNew=0;
 433   AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
 434
 435   //######################################################
 436   //#######################TRACK MATCHING###############
 437   //######################################################
 438   //Fill list of integers, each one is index of track to which the cluster belongs.
 439
 440   // step 1 - initialize array of matched track indexes
 441   Int_t *matchedTrack = new Int_t[nClusters];
 442   for (Int_t iclus = 0; iclus < nClusters; iclus++)
 443     matchedTrack[iclus] = -1;  // neg. index --> no matched track
 444
 445   // step 2, change the flag for all matched clusters found in tracks
 446   Int_t iemcalMatch = -1;
 447   Int_t endtpc = esd->GetNumberOfTracks();
 448   for (Int_t itrack = 0; itrack < endtpc; itrack++) {
 449     AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
 450     iemcalMatch = track->GetEMCALcluster();
 451     if(iemcalMatch >= 0) matchedTrack[iemcalMatch] = itrack;
 452   }
 453
 454   //########################################
 455   //##############Fill CaloClusters#############
 456   //########################################
 457   for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
 458     const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)fgClustersArr->At(iClust);
 459     //if(clust->GetClusterType()== AliVCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
 460     if (Debug()) clust->Print();
 461     // Get information from EMCAL reconstruction points
 462     Float_t xyz[3];
 463     TVector3 gpos;
 464     clust->GetGlobalPosition(gpos);
 465     for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
 466       xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
 467     Float_t elipAxis[2];
 468     clust->GetElipsAxis(elipAxis);
 469        //Create digits lists
 470     Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
 471     //TArrayS digiList(digitMult);
 472     Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
 473     Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
 474     TArrayS absIdList(cellMult);
 475     TArrayD fracList(cellMult);
 476
 477     Int_t newCellMult = 0;
 478     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
 479       if (amplFloat[iCell] > 0) {
 480       absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
 481       //Calculate Fraction
 482       if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0 && GetRecParam()->GetUnfold())
 483         fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]));//get cell calibration value
 484       else
 485         fracList[newCellMult] = 0;
 486       newCellMult++;
 487       }
 488     }
 489
 490     absIdList.Set(newCellMult);
 491     fracList.Set(newCellMult);
 492
 493     if(newCellMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
 494       nClustersNew++;
 495       //Primaries
 496       Int_t  parentMult  = 0;
 497       Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
 498       // fills the ESDCaloCluster
 499       AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
 500       ec->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
 501       ec->SetPosition(xyz);
 502       ec->SetE(clust->GetEnergy());
 503
 504       //Distance to the nearest bad crystal
 505       ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower());
 506
 507       ec->SetNCells(newCellMult);
 508       //Change type of list from short to ushort
 509       UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
 510       Double_t *newFracList   = new Double_t[newCellMult];
 511       for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
 512         newAbsIdList[i]=absIdList[i];
 513         newFracList[i] =fracList[i];
 514       }
 515       ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
 516       ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
 517       ec->SetDispersion(clust->GetDispersion());
 518       ec->SetChi2(-1); //not yet implemented
 519       ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
 520       ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
 521       ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
 522       ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
 523       TArrayI arrayTrackMatched(1);// Only one track, temporal solution.
 524       arrayTrackMatched[0]= matchedTrack[iClust];
 525       ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
 526
 527       TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
 528       ec->AddLabels(arrayParents);
 529
 530       // add the cluster to the esd object
 531       esd->AddCaloCluster(ec);
 532       delete ec;
 533       delete [] newAbsIdList ;
 534       delete [] newFracList ;
 535    }
 536  } // cycle on clusters
 537
 538  delete [] matchedTrack;
 539
 540  //Fill ESDCaloCluster with PID weights
 541  AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
 542  //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
 543  pid->SetReconstructor(kTRUE);
 544  pid->RunPID(esd);
 545  delete pid;
 546
 547  //Store EMCAL misalignment matrixes
 548  FillMisalMatrixes(esd) ;
 549
 550 }
 551
 552 //==================================================================================
 553 void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
 554         //Store EMCAL matrixes in ESD Header
 555
 556         //Check, if matrixes was already stored
 557         for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 558                 if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
 559                         return ;
 560         }
 561
 562         //Create and store matrixes
 563         if(!gGeoManager){
 564                 AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
 565                 return ;
 566         }
 567         //Note, that owner of copied marixes will be header
 568   const Int_t bufsize = 255;
 569         char path[bufsize] ;
 570         TGeoHMatrix * m = 0x0;
 571         for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 572                 snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SMOD_%d",sm+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
 573                 if(sm >= 10) snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SM10_%d",sm-10+1) ;
 574
 575                 if (gGeoManager->CheckPath(path)){
 576                         gGeoManager->cd(path);
 577                         m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
 578 //                      printf("================================================= \n");
 579 //                      printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
 580 //                      m->Print("");
 581                         esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
 582 //                      printf("================================================= \n");
 583                 }
 584                 else{
 585                         esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
 586                 }
 587         }
 588 }
 589
 590
 591
 592 //__________________________________________________________________________
 593 void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
 594 {
 595   // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);
 596   if(fgDigitsArr) {
 597     // Clear previous digits
 598     fgDigitsArr->Clear("C");
 599     //delete fgDigitsArr;
 600   }
 601   // Read the digits from the input tree
 602   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
 603   if (!branch) {
 604     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
 605     return;
 606   }
 607   fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100);
 608   branch->SetAddress(&fgDigitsArr);
 609   branch->GetEntry(0);
 610 }
 611
 612