EMCAL/AliEMCALReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //_________________________________________________________________________
  19 //--
  20 //-- Yves Schutz (SUBATECH)
  21 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and
  22 // derived from STEER/AliReconstructor.
  23 //
  24
  25
  26 // --- ROOT system ---
  27 #include <TClonesArray.h>
  28 #include "TGeoManager.h"
  29 #include "TGeoMatrix.h"
  30
  31 // --- Standard library ---
  32
  33 // --- AliRoot header files ---
  34 #include "AliEMCALReconstructor.h"
  35
  36 #include "AliCodeTimer.h"
  37 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  38 #include "AliEMCALCalibData.h"
  39 #include "AliESDEvent.h"
  40 #include "AliESDCaloCluster.h"
  41 #include "AliESDCaloCells.h"
  42 #include "AliESDtrack.h"
  43 #include "AliEMCALLoader.h"
  44 #include "AliEMCALRawUtils.h"
  45 #include "AliEMCALDigit.h"
  46 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  47 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  48 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  49 #include "AliEMCALPID.h"
  50 #include "AliEMCALTrigger.h"
  51 #include "AliRawReader.h"
  52 #include "AliCDBEntry.h"
  53 #include "AliCDBManager.h"
  54 #include "AliEMCALGeometry.h"
  55 #include "AliEMCAL.h"
  56 #include "AliESDVZERO.h"
  57 #include "AliCDBManager.h"
  58 #include "AliRunLoader.h"
  59 #include "AliRun.h"
  60 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  61 #include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
  62 #include "AliEMCALTriggerDCSConfigDB.h"
  63 #include "AliEMCALTriggerDCSConfig.h"
  64 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  65 #include "AliEMCALTriggerRawDigit.h"
  66 #include "AliEMCALTriggerPatch.h"
  67 #include "AliEMCALTriggerTypes.h"
  68
  69 ClassImp(AliEMCALReconstructor)
  70
  71 const AliEMCALRecParam*     AliEMCALReconstructor::fgkRecParam        = 0;   // EMCAL rec. parameters
  72 AliEMCALRawUtils*           AliEMCALReconstructor::fgRawUtils         = 0;   // EMCAL raw utilities class
  73 AliEMCALClusterizer*        AliEMCALReconstructor::fgClusterizer      = 0;   // EMCAL clusterizer class
  74 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr        = 0;   // list of digits, to be used multiple times
  75 TObjArray*                  AliEMCALReconstructor::fgClustersArr      = 0;   // list of clusters, to be used multiple times
  76 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgTriggerDigits    = 0;   // list of trigger digits, to be used multiple times
  77 AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
  78 //____________________________________________________________________________
  79 AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor()
  80   : fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0),fTriggerData(0x0), fMatches(0x0)
  81 {
  82   // ctor
  83
  84   fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
  85
  86   //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
  87   //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
  88   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
  89   if (rl->GetAliRun()){
  90     AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
  91     if(emcal) fGeom = emcal->GetGeometry();
  92   }
  93
  94   if(!fGeom) {
  95     AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
  96     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
  97   }
  98
  99   //Get calibration parameters
 100   if(!fCalibData)
 101     {
 102       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 103         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 104       if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 105     }
 106
 107   if(!fCalibData)
 108     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 109
 110   //Get calibration parameters
 111   if(!fPedestalData)
 112     {
 113       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 114         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 115       if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 116     }
 117
 118   if(!fPedestalData)
 119     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 120
 121   if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
 122
 123   AliEMCALTriggerDCSConfigDB* dcsConfigDB = AliEMCALTriggerDCSConfigDB::Instance();
 124
 125   const AliEMCALTriggerDCSConfig* dcsConfig = dcsConfigDB->GetTriggerDCSConfig();
 126
 127   if (!dcsConfig) AliFatal("No Trigger DCS Configuration from OCDB!");
 128   fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics( dcsConfig );
 129
 130   fTriggerData = new AliEMCALTriggerData();
 131
 132   //Init temporary list of digits
 133   fgDigitsArr     = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
 134   fgClustersArr   = new TObjArray(1000);
 135   fgTriggerDigits = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit",1000);
 136
 137   //Track matching
 138   fMatches = new TList();
 139   fMatches->SetOwner(kTRUE);
 140 }
 141
 142 //____________________________________________________________________________
 143 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
 144 {
 145   // dtor
 146
 147   if(fGeom)              delete fGeom;
 148
 149   //No need to delete, recovered from OCDB
 150   //if(fCalibData)         delete fCalibData;
 151   //if(fPedestalData)      delete fPedestalData;
 152
 153   if(fgDigitsArr){
 154     fgDigitsArr->Clear("C");
 155     delete fgDigitsArr;
 156   }
 157
 158   if(fgClustersArr){
 159     fgClustersArr->Clear();
 160     delete fgClustersArr;
 161   }
 162
 163   if(fgTriggerDigits){
 164     fgTriggerDigits->Clear();
 165     delete fgTriggerDigits;
 166   }
 167
 168   if(fgRawUtils)         delete fgRawUtils;
 169   if(fgClusterizer)      delete fgClusterizer;
 170   if(fgTriggerProcessor) delete fgTriggerProcessor;
 171
 172   if(fMatches) { fMatches->Delete(); delete fMatches; fMatches = 0;}
 173
 174   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 175 }
 176
 177 //____________________________________________________________________________
 178 void AliEMCALReconstructor::InitClusterizer() const
 179 {
 180   //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.
 181   Int_t clusterizerType = -1;
 182   Int_t eventType = -1;
 183   if(GetRecParam()) {
 184     clusterizerType = GetRecParam()->GetClusterizerFlag();
 185     eventType       = GetRecParam()->GetEventSpecie();
 186   }
 187   else{
 188     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 189       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/RecoParam");
 190     //Get The reco param for the default event specie
 191     if (entry) {
 192       AliEMCALRecParam *recParam  = (AliEMCALRecParam*)((TObjArray *) entry->GetObject())->At(0);
 193       if(recParam) clusterizerType = recParam->GetClusterizerFlag();
 194     }
 195   }
 196
 197   //Check if clusterizer previously set corresponds to what is needed for this event type
 198   if(fgClusterizer){
 199     if(eventType!=AliRecoParam::kCalib){
 200       //printf("ReCreate clusterizer? Clusterizer set <%d>, Clusterizer in use <%s>\n",
 201       //     clusterizerType, fgClusterizer->Version());
 202
 203       if     (clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1 && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v1")) return;
 204
 205       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-NxN")) return;
 206
 207       //Need to create new clusterizer, the one set previously is not the correct one
 208       delete fgClusterizer;
 209     }
 210     else return;
 211   }
 212
 213   if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
 214     {
 215       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 216     }
 217   else
 218     {
 219       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 220     }
 221 }
 222
 223 //____________________________________________________________________________
 224 void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
 225 {
 226   // method called by AliReconstruction;
 227   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
 228   // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by
 229   // the global tracking.
 230   // Works on the current event.
 231
 232   AliCodeTimerAuto("",0)
 233
 234   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before
 235   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 236
 237   InitClusterizer();
 238
 239   fgClusterizer->InitParameters();
 240   fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 241
 242   //Skip clusterization of LED events
 243   if (GetRecParam()->GetEventSpecie()!=AliRecoParam::kCalib){
 244
 245     if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
 246
 247       fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
 248
 249       //fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ; //For debugging
 250       fgClusterizer->Digits2Clusters("");
 251
 252       fgClusterizer->Clear();
 253
 254     }//digits array exists and has somethind
 255   }//not a LED event
 256
 257   clustersTree->Fill();
 258 }
 259
 260 //____________________________________________________________________________
 261 void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
 262
 263 {
 264   // Conversion from raw data to
 265   // EMCAL digits.
 266   // Works on a single-event basis
 267
 268   rawReader->Reset() ;
 269
 270   fTriggerData->SetMode(1);
 271
 272   if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
 273
 274   TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", 32 * 96);
 275
 276   Int_t bufsize = 32000;
 277   digitsTree->Branch("EMCAL", &fgDigitsArr, bufsize);
 278   digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
 279
 280   //Skip calibration events do the rest
 281   Bool_t doFit = kTRUE;
 282   if ( !(GetRecParam()->FitLEDEvents()) && GetRecParam()->GetEventSpecie()==AliRecoParam::kCalib) doFit = kFALSE;
 283   if (doFit){
 284     //must be done here because, in constructor, option is not yet known
 285     fgRawUtils->SetOption(GetOption());
 286
 287     //  fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
 288
 289     //   fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
 290     //    fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
 291     fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
 292     fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
 293     fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
 294     fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
 295     fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
 296
 297     //fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
 298     //fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
 299
 300     //  fgRawUtils->SetTimeMin(-99999 );
 301     //  fgRawUtils->SetTimeMax( 99999 );
 302
 303     fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,fgDigitsArr,fPedestalData,digitsTrg,fTriggerData);
 304
 305   }//skip calibration event
 306   else{
 307     AliDebug(1," Calibration Event, skip!");
 308   }
 309
 310   digitsTree->Fill();
 311   digitsTrg->Delete();
 312   delete digitsTrg;
 313
 314 }
 315
 316
 317 //____________________________________________________________________________
 318 void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
 319                                     AliESDEvent* esd) const
 320 {
 321   // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing
 322   // and V0
 323   // Works on the current event
 324   // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
 325   //return;
 326
 327   //########################################
 328   // Trigger
 329   //########################################
 330
 331   static int saveOnce = 0;
 332
 333   Int_t v0M[2] = {0, 0};
 334
 335   AliESDVZERO* esdV0 = esd->GetVZEROData();
 336
 337   if (esdV0)
 338     {
 339       for (Int_t i = 0; i < 32; i++)
 340         {
 341           v0M[0] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0C(i);
 342           v0M[1] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0A(i);
 343         }
 344     }
 345   else
 346     {
 347       AliWarning("Cannot retrieve V0 ESD! Run w/ null V0 charges");
 348     }
 349
 350   if (fgTriggerDigits) fgTriggerDigits->Clear();
 351
 352   TBranch *branchtrg = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
 353
 354   if (!branchtrg)
 355     {
 356       AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits!");
 357       return;
 358     }
 359
 360   branchtrg->SetAddress(&fgTriggerDigits);
 361   branchtrg->GetEntry(0);
 362
 363   // Note: fgTriggerProcessor reset done at the end of this method
 364   fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(fgTriggerDigits, v0M, fTriggerData);
 365
 366   // Fill ESD
 367   AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("EMCAL");
 368
 369   if (trgESD)
 370     {
 371       trgESD->Allocate(fgTriggerDigits->GetEntriesFast());
 372
 373       for (Int_t i = 0; i < fgTriggerDigits->GetEntriesFast(); i++)
 374         {
 375           AliEMCALTriggerRawDigit* rdig = (AliEMCALTriggerRawDigit*)fgTriggerDigits->At(i);
 376
 377           Int_t px, py;
 378           if (fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(rdig->GetId(), px, py))
 379             {
 380               Int_t a = -1, t = -1, times[10];
 381
 382               rdig->GetMaximum(a, t);
 383               rdig->GetL0Times(times);
 384
 385               trgESD->Add(px, py, a, t, times, rdig->GetNL0Times(), rdig->GetL1TimeSum(), rdig->GetTriggerBits());
 386             }
 387         }
 388
 389       trgESD->SetL1Threshold(0, fTriggerData->GetL1GammaThreshold());
 390
 391       trgESD->SetL1Threshold(1, fTriggerData->GetL1JetThreshold()  );
 392
 393       Int_t v0[2];
 394       fTriggerData->GetL1V0(v0);
 395
 396       trgESD->SetL1V0(v0);
 397       trgESD->SetL1FrameMask(fTriggerData->GetL1FrameMask());
 398
 399       if (!saveOnce && fTriggerData->GetL1DataDecoded())
 400         {
 401           int type[8] = {0};
 402           fTriggerData->GetL1TriggerType(type);
 403
 404           esd->SetCaloTriggerType(type);
 405
 406           saveOnce = 1;
 407         }
 408     }
 409
 410   // Resetting
 411   fTriggerData->Reset();
 412
 413   //########################################
 414   //##############Fill CaloCells###############
 415   //########################################
 416
 417   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before
 418   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 419
 420   Int_t nDigits = fgDigitsArr->GetEntries(), idignew = 0 ;
 421   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
 422
 423   AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
 424   emcCells.CreateContainer(nDigits);
 425   emcCells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 426   Float_t energy = 0;
 427   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
 428     const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)fgDigitsArr->At(idig);
 429     if(dig->GetAmplitude() > 0 ){
 430       energy = fgClusterizer->Calibrate(dig->GetAmplitude(),dig->GetTime(),dig->GetId()); //TimeR or Time?
 431       if(energy > 0){ //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them
 432         emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, dig->GetTime());
 433         idignew++;
 434       }
 435     }
 436   }
 437   emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
 438   emcCells.Sort();
 439
 440   //------------------------------------------------------------
 441   //-----------------CLUSTERS-----------------------------
 442   //------------------------------------------------------------
 443   clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
 444   clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
 445   if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
 446   TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 447   branch->SetAddress(&fgClustersArr);
 448   branch->GetEntry(0);
 449   //clustersTree->GetEvent(0);
 450
 451   Int_t nClusters = fgClustersArr->GetEntries(),  nClustersNew=0;
 452   AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
 453
 454
 455   //########################################
 456   //##############Fill CaloClusters#############
 457   //########################################
 458   for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
 459     const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)fgClustersArr->At(iClust);
 460     if(!clust) continue;
 461     //if(clust->GetClusterType()== AliVCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
 462     // clust->Print(); //For debugging
 463     // Get information from EMCAL reconstruction points
 464     Float_t xyz[3];
 465     TVector3 gpos;
 466     clust->GetGlobalPosition(gpos);
 467     for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
 468       xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
 469     Float_t elipAxis[2];
 470     clust->GetElipsAxis(elipAxis);
 471     //Create digits lists
 472     Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
 473     //TArrayS digiList(digitMult);
 474     Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
 475     Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
 476     TArrayS absIdList(cellMult);
 477     TArrayD fracList(cellMult);
 478
 479     Int_t newCellMult = 0;
 480     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
 481       if (amplFloat[iCell] > 0) {
 482         absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
 483         //Calculate Fraction
 484         if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0 && GetRecParam()->GetUnfold()){
 485           fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]));//get cell calibration value
 486
 487         }
 488         else{
 489           fracList[newCellMult] = 0;
 490         }
 491         newCellMult++;
 492       }
 493     }
 494
 495     absIdList.Set(newCellMult);
 496     fracList.Set(newCellMult);
 497
 498     if(newCellMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
 499       nClustersNew++;
 500       //Primaries
 501       Int_t  parentMult  = 0;
 502       Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
 503       // fills the ESDCaloCluster
 504       AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
 505       ec->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
 506       ec->SetPosition(xyz);
 507       ec->SetE(clust->GetEnergy());
 508
 509       //Distance to the nearest bad crystal
 510       ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower());
 511
 512       ec->SetNCells(newCellMult);
 513       //Change type of list from short to ushort
 514       UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
 515       Double_t *newFracList   = new Double_t[newCellMult];
 516       for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
 517         newAbsIdList[i]=absIdList[i];
 518         newFracList[i] =fracList[i];
 519       }
 520       ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
 521       ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
 522       ec->SetDispersion(clust->GetDispersion());
 523       ec->SetChi2(-1); //not yet implemented
 524       ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
 525       ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
 526       ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
 527       ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
 528
 529
 530       TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
 531       ec->AddLabels(arrayParents);
 532       //
 533       //Track matching
 534       //
 535       fMatches->Clear();
 536       Int_t nTracks = esd->GetNumberOfTracks();
 537       for (Int_t itrack = 0; itrack < nTracks; itrack++)
 538         {
 539           AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
 540           if(track->GetEMCALcluster()==iClust)
 541             {
 542               Double_t dEta=-999, dPhi=-999;
 543               Bool_t isMatch =  CalculateResidual(track, ec, dEta, dPhi);
 544               if(!isMatch)
 545                 {
 546                   // AliDebug(10, "Not good");
 547                   continue;
 548                 }
 549               AliEMCALMatch *match = new AliEMCALMatch();
 550               match->SetIndexT(itrack);
 551               match->SetDistance(TMath::Sqrt(dEta*dEta+dPhi*dPhi));
 552               match->SetdEta(dEta);
 553               match->SetdPhi(dPhi);
 554               fMatches->Add(match);
 555             }
 556         }
 557       fMatches->Sort(kSortAscending); //Sort matched tracks from closest to furthest
 558       Int_t nMatch = fMatches->GetEntries();
 559       TArrayI arrayTrackMatched(nMatch);
 560       for(Int_t imatch=0; imatch<nMatch; imatch++)
 561         {
 562           AliEMCALMatch *match = (AliEMCALMatch*)fMatches->At(imatch);
 563           arrayTrackMatched[imatch] = match->GetIndexT();
 564           if(imatch==0)
 565             {
 566               ec->SetTrackDistance(match->GetdPhi(), match->GetdEta());
 567             }
 568         }
 569       ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
 570
 571       //add the cluster to the esd object
 572       esd->AddCaloCluster(ec);
 573
 574       delete ec;
 575       delete [] newAbsIdList ;
 576       delete [] newFracList ;
 577     }
 578   } // cycle on clusters
 579
 580   //
 581   //Reset the index of matched cluster for tracks
 582   //to the one in CaloCluster array
 583   Int_t ncls = esd->GetNumberOfCaloClusters();
 584   for(Int_t icl=0; icl<ncls; icl++)
 585     {
 586       AliESDCaloCluster *cluster = esd->GetCaloCluster(icl);
 587       if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
 588       TArrayI *trackIndex = cluster->GetTracksMatched();
 589       for(Int_t itr=0; itr<trackIndex->GetSize(); itr++)
 590         {
 591           AliESDtrack *track = esd->GetTrack(trackIndex->At(itr));
 592           track->SetEMCALcluster(cluster->GetID());
 593         }
 594     }
 595
 596
 597   //Fill ESDCaloCluster with PID weights
 598   AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
 599   //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
 600   pid->SetReconstructor(kTRUE);
 601   pid->RunPID(esd);
 602   delete pid;
 603
 604   //Store EMCAL misalignment matrixes
 605   FillMisalMatrixes(esd) ;
 606
 607 }
 608
 609 //==================================================================================
 610 void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
 611   //Store EMCAL matrixes in ESD Header
 612
 613   //Check, if matrixes was already stored
 614   for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 615     if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
 616       return ;
 617   }
 618
 619   //Create and store matrixes
 620   if(!gGeoManager){
 621     AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
 622     return ;
 623   }
 624   //Note, that owner of copied marixes will be header
 625   const Int_t bufsize = 255;
 626   char path[bufsize] ;
 627   TGeoHMatrix * m = 0x0;
 628   for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 629     snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SMOD_%d",sm+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
 630     if(sm >= 10) snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SM10_%d",sm-10+1) ;
 631
 632     if (gGeoManager->CheckPath(path)){
 633       gGeoManager->cd(path);
 634       m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
 635       //                        printf("================================================= \n");
 636       //                        printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
 637       //                        m->Print("");
 638       esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
 639       //                        printf("================================================= \n");
 640     }
 641     else{
 642       esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
 643     }
 644   }
 645 }
 646
 647 //__________________________________________________________________________
 648 void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
 649 {
 650   // Read the digits from the input tree
 651   // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);
 652
 653   // Clear previous digits in the list
 654   if(fgDigitsArr){
 655     fgDigitsArr->Clear("C");
 656   }
 657   else{
 658     // It should not happen, but just in case ...
 659     fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100);
 660   }
 661
 662   // Read the digits from the input tree
 663   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
 664   if (!branch) {
 665     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
 666     return;
 667   }
 668
 669   branch->SetAddress(&fgDigitsArr);
 670   branch->GetEntry(0);
 671 }
 672
 673 //==================================================================================
 674 Bool_t AliEMCALReconstructor::CalculateResidual(AliESDtrack *track, AliESDCaloCluster *cluster, Double_t &dEta, Double_t &dPhi)const
 675 {
 676   //
 677   // calculate the residual between track and cluster
 678   //
 679
 680   // If the esdFriend is available, use the TPCOuter point as the starting point of extrapolation
 681   // Otherwise use the TPCInner point
 682   AliExternalTrackParam *trkParam;
 683   const AliESDfriendTrack*  friendTrack = track->GetFriendTrack();
 684   if(friendTrack && friendTrack->GetTPCOut())
 685     trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(friendTrack->GetTPCOut());
 686   else
 687     trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
 688   if(!trkParam) return kFALSE;
 689
 690   //Perform extrapolation
 691   Double_t trkPos[3];
 692   Float_t  clsPos[3];
 693
 694   AliExternalTrackParam *trkParamTmp = new AliExternalTrackParam(*trkParam);
 695   cluster->GetPosition(clsPos);
 696   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
 697   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
 698   //Rotate to proper local coordinate
 699   vec.RotateZ(-alpha);
 700   trkParamTmp->Rotate(alpha);
 701   //extrapolation is done here
 702   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParamTmp, vec.X(), track->GetMass(), GetRecParam()->GetExtrapolateStep(), kFALSE, 0.8, -1))
 703     return kFALSE;
 704
 705   //Calculate the residuals
 706   trkParamTmp->GetXYZ(trkPos);
 707   delete trkParamTmp;
 708
 709   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
 710   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
 711
 712   Double_t clsPhi = clsPosVec.Phi();
 713   if(clsPhi<0) clsPhi+=2*TMath::Pi();
 714   Double_t trkPhi = trkPosVec.Phi();
 715   if(trkPhi<0) trkPhi+=2*TMath::Pi();
 716
 717   dPhi = clsPhi-trkPhi;
 718   dEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
 719
 720   return kTRUE;
 721 }
 722
 723 //
 724 //==================================================================================
 725 //
 726 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch()
 727   : TObject(),
 728     fIndexT(-1),
 729     fDistance(-999.),
 730     fdEta(-999.),
 731     fdPhi(-999.)
 732 {
 733   //default constructor
 734
 735 }
 736
 737 //
 738 //==================================================================================
 739 //
 740 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch(const AliEMCALMatch& copy)
 741   : TObject(),
 742     fIndexT(copy.fIndexT),
 743     fDistance(copy.fDistance),
 744     fdEta(copy.fdEta),
 745     fdPhi(copy.fdPhi)
 746 {
 747   //copy ctor
 748 }
 749
 750 //
 751 //==================================================================================
 752 //
 753 Int_t AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::Compare(const TObject *obj) const
 754 {
 755   //
 756   // Compare wrt the residual
 757   //
 758
 759   AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch *that = (AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch*)obj;
 760
 761   Double_t thisDist = fDistance;//fDistance;
 762   Double_t thatDist = that->fDistance;//that->GetDistance();
 763
 764   if (thisDist > thatDist) return 1;
 765   else if (thisDist < thatDist) return -1;
 766   return 0;
 767 }