EMCAL/EMCALUtils/AliEMCALRecoUtils.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx | Sun Dec 8 06:56:48 2013 +0100 | Constantin Loizides  $ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //
  20 // Class AliEMCALRecoUtils
  21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
  22 //
  23 //
  24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble)
  25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
  26
  27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  28 // --- standard c ---
  29
  30 // standard C++ includes
  31 //#include <Riostream.h>
  32
  33 // ROOT includes
  34 #include <TGeoManager.h>
  35 #include <TGeoMatrix.h>
  36 #include <TGeoBBox.h>
  37 #include <TH2F.h>
  38 #include <TArrayI.h>
  39 #include <TArrayF.h>
  40 #include <TObjArray.h>
  41
  42 // STEER includes
  43 #include "AliVCluster.h"
  44 #include "AliVCaloCells.h"
  45 #include "AliLog.h"
  46 #include "AliPID.h"
  47 #include "AliESDEvent.h"
  48 #include "AliAODEvent.h"
  49 #include "AliESDtrack.h"
  50 #include "AliAODTrack.h"
  51 #include "AliExternalTrackParam.h"
  52 #include "AliESDfriendTrack.h"
  53 #include "AliTrackerBase.h"
  54
  55 // EMCAL includes
  56 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  57 #include "AliEMCALGeometry.h"
  58 #include "AliTrackerBase.h"
  59 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
  60
  61 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
  62
  63 //_____________________________________
  64 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
  65   fParticleType(0),                       fPosAlgo(0),                            fW0(0),
  66   fNonLinearityFunction(0),               fNonLinearThreshold(0),
  67   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
  68   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
  69   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),       fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),
  70   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
  71   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
  72   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fRejectExoticCells(kFALSE),
  73   fExoticCellFraction(0),                 fExoticCellDiffTime(0),                 fExoticCellMinAmplitude(0),
  74   fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(0),
  75   fAODHybridTracks(0),                    fAODTPCOnlyTracks(0),
  76   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0),
  77   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kFALSE),                  fCutEtaPhiSeparate(kFALSE),
  78   fCutR(0),                               fCutEta(0),                             fCutPhi(0),
  79   fClusterWindow(0),                      fMass(0),
  80   fStepSurface(0),                        fStepCluster(0),
  81   fITSTrackSA(kFALSE),                    fEMCalSurfaceDistance(440.),
  82   fTrackCutsType(0),                      fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(0),
  83   fCutMinNClusterITS(0),                  fCutMaxChi2PerClusterTPC(0),            fCutMaxChi2PerClusterITS(0),
  84   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
  85   fCutMaxDCAToVertexXY(0),                fCutMaxDCAToVertexZ(0),                 fCutDCAToVertex2D(kFALSE),
  86   fCutRequireITSStandAlone(kFALSE),       fCutRequireITSpureSA(kFALSE)
  87 {
  88 //
  89   // Constructor.
  90   // Initialize all constant values which have to be used
  91   // during Reco algorithm execution
  92   //
  93
  94   // Init parameters
  95   InitParameters();
  96
  97   //Track matching
  98   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
  99   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
 100   fResidualPhi           = new TArrayF();
 101   fResidualEta           = new TArrayF();
 102   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
 103
 104 }
 105
 106 //______________________________________________________________________
 107 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco)
 108 : TNamed(reco),
 109   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
 110   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
 111   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
 112   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
 113   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
 114   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
 115   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),
 116   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
 117   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
 118   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
 119   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fRejectExoticCells(reco.fRejectExoticCells),
 120   fExoticCellFraction(reco.fExoticCellFraction),             fExoticCellDiffTime(reco.fExoticCellDiffTime),
 121   fExoticCellMinAmplitude(reco.fExoticCellMinAmplitude),
 122   fPIDUtils(reco.fPIDUtils),                                 fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
 123   fAODHybridTracks(reco.fAODHybridTracks),                   fAODTPCOnlyTracks(reco.fAODTPCOnlyTracks),
 124   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
 125   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
 126   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
 127   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
 128   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate),
 129   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
 130   fClusterWindow(reco.fClusterWindow),
 131   fMass(reco.fMass),        fStepSurface(reco.fStepSurface), fStepCluster(reco.fStepCluster),
 132   fITSTrackSA(reco.fITSTrackSA),                             fEMCalSurfaceDistance(440.),
 133   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt),
 134   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS),
 135   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
 136   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
 137   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),
 138   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D),
 139   fCutRequireITSStandAlone(reco.fCutRequireITSStandAlone),   fCutRequireITSpureSA(reco.fCutRequireITSpureSA)
 140 {
 141   //Copy ctor
 142
 143   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ;
 144                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; }
 145   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 146   for (Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 147
 148 }
 149
 150
 151 //______________________________________________________________________
 152 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco)
 153 {
 154   //Assignment operator
 155
 156   if (this == &reco)return *this;
 157   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
 158
 159   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ;
 160                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
 161   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 162   for (Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 163
 164   fParticleType              = reco.fParticleType;
 165   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo;
 166   fW0                        = reco.fW0;
 167
 168   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
 169   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
 170   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
 171
 172   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
 173   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
 174   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
 175
 176   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
 177   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 178
 179   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
 180
 181   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
 182   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
 183   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
 184
 185   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
 186   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
 187
 188   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;
 189   fRejectExoticCells         = reco.fRejectExoticCells;
 190   fExoticCellFraction        = reco.fExoticCellFraction;
 191   fExoticCellDiffTime        = reco.fExoticCellDiffTime;
 192   fExoticCellMinAmplitude    = reco.fExoticCellMinAmplitude;
 193
 194   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
 195
 196   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
 197   fAODHybridTracks           = reco.fAODHybridTracks;
 198   fAODTPCOnlyTracks          = reco.fAODTPCOnlyTracks;
 199
 200   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
 201   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
 202   fCutR                      = reco.fCutR;
 203   fCutEta                    = reco.fCutEta;
 204   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
 205   fClusterWindow             = reco.fClusterWindow;
 206   fMass                      = reco.fMass;
 207   fStepSurface               = reco.fStepSurface;
 208   fStepCluster               = reco.fStepCluster;
 209   fITSTrackSA                = reco.fITSTrackSA;
 210   fEMCalSurfaceDistance      = reco.fEMCalSurfaceDistance;
 211
 212   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
 213   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
 214   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
 215   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS;
 216   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
 217   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
 218   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
 219   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
 220   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
 221   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
 222   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
 223   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
 224   fCutRequireITSStandAlone   = reco.fCutRequireITSStandAlone;
 225   fCutRequireITSpureSA       = reco.fCutRequireITSpureSA;
 226
 227   if (reco.fResidualEta) {
 228     // assign or copy construct
 229     if (fResidualEta) {
 230       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
 231     } else {
 232       fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
 233     }
 234   } else {
 235     if (fResidualEta) delete fResidualEta;
 236     fResidualEta = 0;
 237   }
 238
 239   if (reco.fResidualPhi) {
 240     // assign or copy construct
 241     if (fResidualPhi) {
 242       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
 243     } else {
 244       fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
 245     }
 246   } else {
 247     if (fResidualPhi) delete fResidualPhi;
 248     fResidualPhi = 0;
 249   }
 250
 251   if (reco.fMatchedTrackIndex) {
 252     // assign or copy construct
 253     if (fMatchedTrackIndex) {
 254       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
 255     } else  {
 256       fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
 257     }
 258   } else {
 259     if (fMatchedTrackIndex) delete fMatchedTrackIndex;
 260     fMatchedTrackIndex = 0;
 261   }
 262
 263   if (reco.fMatchedClusterIndex) {
 264     // assign or copy construct
 265     if (fMatchedClusterIndex) {
 266       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
 267     } else {
 268       fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
 269     }
 270   } else {
 271     if (fMatchedClusterIndex) delete fMatchedClusterIndex;
 272     fMatchedClusterIndex = 0;
 273   }
 274
 275   return *this;
 276 }
 277
 278 //_____________________________________
 279 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
 280 {
 281   //Destructor.
 282
 283   if (fEMCALRecalibrationFactors) {
 284     fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
 285     delete fEMCALRecalibrationFactors;
 286   }
 287
 288   if (fEMCALTimeRecalibrationFactors) {
 289     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
 290     delete fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 291   }
 292
 293   if (fEMCALBadChannelMap) {
 294     fEMCALBadChannelMap->Clear();
 295     delete fEMCALBadChannelMap;
 296   }
 297
 298   delete fMatchedTrackIndex   ;
 299   delete fMatchedClusterIndex ;
 300   delete fResidualEta         ;
 301   delete fResidualPhi         ;
 302   delete fPIDUtils            ;
 303
 304   InitTrackCuts();
 305 }
 306
 307 //_______________________________________________________________________________
 308 Bool_t AliEMCALRecoUtils::AcceptCalibrateCell(Int_t absID, Int_t bc,
 309                                               Float_t  & amp,    Double_t & time,
 310                                               AliVCaloCells* cells)
 311 {
 312   // Reject cell if criteria not passed and calibrate it
 313
 314   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 315
 316   if (absID < 0 || absID >= 24*48*geom->GetNumberOfSuperModules())
 317     return kFALSE;
 318
 319   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 320
 321   if (!geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta)) {
 322     // cell absID does not exist
 323     amp=0; time = 1.e9;
 324     return kFALSE;
 325   }
 326
 327   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 328
 329   // Do not include bad channels found in analysis,
 330   if (IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)) {
 331     return kFALSE;
 332   }
 333
 334   //Recalibrate energy
 335   amp  = cells->GetCellAmplitude(absID);
 336   if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
 337     amp *= GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 338
 339   // Recalibrate time
 340   time = cells->GetCellTime(absID);
 341
 342   RecalibrateCellTime(absID,bc,time);
 343
 344   return kTRUE;
 345 }
 346
 347 //_____________________________________________________________________________
 348 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(const AliEMCALGeometry* geom,
 349                                                   const AliVCluster* cluster,
 350                                                   AliVCaloCells* cells)
 351 {
 352   // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and
 353   // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
 354
 355   if (!cluster)
 356   {
 357     AliInfo("Cluster pointer null!");
 358     return kFALSE;
 359   }
 360
 361   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
 362   if (cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 )
 363     return kTRUE;
 364
 365   Int_t absIdMax  = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
 366   Bool_t shared = kFALSE;
 367   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
 368
 369   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n",
 370                   absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
 371
 372   if (absIdMax==-1) return kFALSE;
 373
 374   //Check if the cell is close to the borders:
 375   Bool_t okrow = kFALSE;
 376   Bool_t okcol = kFALSE;
 377
 378   if (iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 ) {
 379     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
 380                   iSM,ieta,iphi));
 381     return kFALSE; // trick coverity
 382   }
 383
 384   //Check rows/phi
 385   Int_t iPhiLast = 24;
 386    if( geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Half ) iPhiLast /= 2;
 387    else if (  geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_3rd ) iPhiLast /= 3;// 1/3 sm case
 388
 389   if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < iPhiLast - fNCellsFromEMCALBorder) okrow = kTRUE;
 390
 391   //Check columns/eta
 392   Int_t iEtaLast = 48;
 393   if(!fNoEMCALBorderAtEta0 || geom->IsDCALSM(iSM)) {// conside inner border
 394      if(  geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Standard )  iEtaLast = iEtaLast*2/3;
 395      if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < iEtaLast-fNCellsFromEMCALBorder) okcol = kTRUE;
 396   } else {
 397     if (iSM%2==0) {
 398      if (ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;
 399     } else {
 400      if(ieta <  iEtaLast-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE;
 401     }
 402   }//eta 0 not checked
 403
 404   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
 405                   fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
 406
 407   if (okcol && okrow) {
 408     //printf("Accept\n");
 409     return kTRUE;
 410   } else  {
 411     //printf("Reject\n");
 412     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
 413     return kFALSE;
 414   }
 415 }
 416
 417 //_______________________________________________________________________________
 418 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(const AliEMCALGeometry* geom,
 419                                                     const UShort_t* cellList,
 420                                                     Int_t nCells)
 421 {
 422   // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored
 423   // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
 424
 425   if (!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
 426   if (!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
 427
 428   Int_t icol = -1;
 429   Int_t irow = -1;
 430   Int_t imod = -1;
 431   for (Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++) {
 432     //Get the column and row
 433     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 434     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta);
 435     if (fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
 436     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 437     if (GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow)) {
 438       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
 439       return kTRUE;
 440     }
 441   }// cell cluster loop
 442
 443   return kFALSE;
 444 }
 445
 446
 447 //___________________________________________________________________________
 448 Float_t AliEMCALRecoUtils::GetECross(Int_t absID, Double_t tcell,
 449                                      AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
 450 {
 451   //Calculate the energy in the cross around the energy given cell
 452
 453   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 454
 455   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 456   geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 457   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 458
 459   //Get close cells index, energy and time, not in corners
 460
 461   Int_t absID1 = -1;
 462   Int_t absID2 = -1;
 463
 464   if ( iphi < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows-1) absID1 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi+1, ieta);
 465   if ( iphi > 0 )                                absID2 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi-1, ieta);
 466
 467   // In case of cell in eta = 0 border, depending on SM shift the cross cell index
 468
 469   Int_t absID3 = -1;
 470   Int_t absID4 = -1;
 471
 472   if ( ieta == AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 && !(imod%2) ) {
 473     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod+1, iphi, 0);
 474     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta-1);
 475   } else if ( ieta == 0 && imod%2 ) {
 476     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta+1);
 477     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod-1, iphi, AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1);
 478   } else {
 479     if ( ieta < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 )
 480       absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta+1);
 481     if ( ieta > 0 )
 482       absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta-1);
 483   }
 484
 485   //printf("IMOD %d, AbsId %d, a %d, b %d, c %d e %d \n",imod,absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
 486
 487   Float_t  ecell1  = 0, ecell2  = 0, ecell3  = 0, ecell4  = 0;
 488   Double_t tcell1  = 0, tcell2  = 0, tcell3  = 0, tcell4  = 0;
 489
 490   AcceptCalibrateCell(absID1,bc, ecell1,tcell1,cells);
 491   AcceptCalibrateCell(absID2,bc, ecell2,tcell2,cells);
 492   AcceptCalibrateCell(absID3,bc, ecell3,tcell3,cells);
 493   AcceptCalibrateCell(absID4,bc, ecell4,tcell4,cells);
 494
 495   if (TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell1 = 0 ;
 496   if (TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell2 = 0 ;
 497   if (TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell3 = 0 ;
 498   if (TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell4 = 0 ;
 499
 500   return ecell1+ecell2+ecell3+ecell4;
 501 }
 502
 503 //_____________________________________________________________________________________________
 504 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell(Int_t absID, AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
 505 {
 506   // Look to cell neighbourhood and reject if it seems exotic
 507   // Do before recalibrating the cells
 508
 509   if (!fRejectExoticCells) return kFALSE;
 510
 511   Float_t  ecell  = 0;
 512   Double_t tcell  = 0;
 513   Bool_t   accept = AcceptCalibrateCell(absID, bc, ecell ,tcell ,cells);
 514
 515   if (!accept) return kTRUE; // reject this cell
 516
 517   if (ecell < fExoticCellMinAmplitude) return kFALSE; // do not reject low energy cells
 518
 519   Float_t eCross = GetECross(absID,tcell,cells,bc);
 520
 521   if (1-eCross/ecell > fExoticCellFraction) {
 522     AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell() - EXOTIC CELL id %d, eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",
 523                     absID,ecell,eCross,1-eCross/ecell));
 524     return kTRUE;
 525   }
 526
 527   return kFALSE;
 528 }
 529
 530 //___________________________________________________________________
 531 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(const AliVCluster *cluster,
 532                                           AliVCaloCells *cells,
 533                                           Int_t bc)
 534 {
 535   // Check if the cluster highest energy tower is exotic
 536
 537   if (!cluster) {
 538     AliInfo("Cluster pointer null!");
 539     return kFALSE;
 540   }
 541
 542   if (!fRejectExoticCluster) return kFALSE;
 543
 544   // Get highest energy tower
 545   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 546   Int_t iSupMod = -1, absId = -1, ieta = -1, iphi = -1;
 547   Bool_t shared = kFALSE;
 548   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absId, iSupMod, ieta, iphi, shared);
 549
 550   return IsExoticCell(absId,cells,bc);
 551 }
 552
 553 //_______________________________________________________________________
 554 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(const AliVCluster* cluster)
 555 {
 556   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
 557
 558   if (!cluster) {
 559     AliInfo("Cluster pointer null!");
 560     return 0;
 561   }
 562
 563   Float_t energy    = cluster->E() ;
 564   Float_t rdmEnergy = energy ;
 565   if (fSmearClusterEnergy) {
 566     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
 567                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
 568                                     fSmearClusterParam[2] );
 569     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
 570   }
 571
 572   return rdmEnergy;
 573 }
 574
 575 //____________________________________________________________________________
 576 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster)
 577 {
 578   // Correct cluster energy from non linearity functions
 579
 580   if (!cluster) {
 581     AliInfo("Cluster pointer null!");
 582     return 0;
 583   }
 584
 585   Float_t energy = cluster->E();
 586
 587   if (energy < 0.05) {
 588     // Clusters with less than 50 MeV or negative are not possible
 589     AliInfo(Form("Too Low Cluster energy!, E = %f < 0.05 GeV",energy));
 590     return 0;
 591   }
 592
 593   switch (fNonLinearityFunction)
 594   {
 595     case kPi0MC:
 596     {
 597       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
 598       //fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 599       //fNonLinearityParams[1] =-0.03329;
 600       //fNonLinearityParams[2] =-0.3853;
 601       //fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 602       //fNonLinearityParams[4] =-0.4335;
 603        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
 604                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
 605                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
 606       break;
 607     }
 608
 609     case kPi0MCv2:
 610     {
 611       //Non-Linearity correction (from MC with function [0]/((x+[1])^[2]))+1;
 612       //fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
 613       //fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02;
 614       //fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;
 615
 616       energy *= fNonLinearityParams[0]/TMath::Power(energy+fNonLinearityParams[1],fNonLinearityParams[2])+1;
 617       break;
 618     }
 619
 620     case kPi0MCv3:
 621     {
 622       //Same as beam test corrected, change parameters
 623       //fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01
 624       //fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
 625       //fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00;
 626       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 627       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 628       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 629       //fNonLinearityParams[6] =  1;
 630       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 631
 632       break;
 633     }
 634
 635
 636     case kPi0GammaGamma:
 637     {
 638       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
 639       //fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 640       //fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 641       //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 642       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
 643       break;
 644     }
 645
 646     case kPi0GammaConversion:
 647     {
 648       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
 649       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
 650       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 651       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 652       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
 653
 654       break;
 655     }
 656
 657     case kBeamTest:
 658     {
 659       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
 660       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
 661       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002
 662       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797
 663       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358
 664       //Rescale the param[0] with 1.03
 665       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
 666
 667       break;
 668     }
 669
 670     case kBeamTestCorrected:
 671     {
 672       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 673       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
 674       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 675       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 676       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 677       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 678       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 679       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 680         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 681
 682       break;
 683     }
 684
 685     case kBeamTestCorrectedv2:
 686     {
 687       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 688       //fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
 689       //fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
 690       //fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
 691       //fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
 692       //fNonLinearityParams[4] =  152.299;
 693       //fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
 694       //fNonLinearityParams[6] =  0.968;
 695       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 696
 697       break;
 698     }
 699
 700     case kSDMv5:
 701     {
 702       //Based on fit to the MC/data using kNoCorrection on the data - utilizes symmetric decay method and kPi0MCv5(MC) - 28 Oct 2013
 703       //fNonLinearityParams[0] =  1.0;
 704       //fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
 705       //fNonLinearityParams[2] =  1.570;
 706       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 707       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 708       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 709       //fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
 710       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5])))) * (0.964 + exp(-3.132-0.435*energy*2.0));
 711
 712       break;
 713     }
 714
 715     case kPi0MCv5:
 716     {
 717       //Based on comparing MC truth information to the reconstructed energy of clusters.
 718       //fNonLinearityParams[0] =  1.0;
 719       //fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
 720       //fNonLinearityParams[2] =  1.570;
 721       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 722       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 723       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 724       //fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
 725       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 726
 727       break;
 728     }
 729
 730     case kSDMv6:
 731     {
 732       //Based on fit to the MC/data using kNoCorrection on the data
 733       //  - utilizes symmetric decay method and kPi0MCv6(MC) - 09 Dec 2014
 734       //  - parameters constrained by the test beam data as well
 735       // described in the note: https://aliceinfo.cern.ch/Notes/node/211 - Sec 3.1.2 (Test Beam Constrained SDM).
 736       //fNonLinearityParams[0] =  1.0;
 737       //fNonLinearityParams[1] =  0.237767;
 738       //fNonLinearityParams[2] =  0.651203;
 739       //fNonLinearityParams[3] =  0.183741;
 740       //fNonLinearityParams[4] =  155.427;
 741       //fNonLinearityParams[5] =  17.0335;
 742       //fNonLinearityParams[6] =  0.987054;
 743       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 744
 745       break;
 746     }
 747
 748     case kPi0MCv6:
 749     {
 750       //Based on comparing MC truth information to the reconstructed energy of clusters.
 751       // described in the note: https://aliceinfo.cern.ch/Notes/node/211 - Sec 3.1.2 (Test Beam Constrained SDM).
 752       //fNonLinearityParams[0] =  1.0;
 753       //fNonLinearityParams[1] =  0.0797873;
 754       //fNonLinearityParams[2] =  1.68322;
 755       //fNonLinearityParams[3] =  0.0806098;
 756       //fNonLinearityParams[4] =  244.586;
 757       //fNonLinearityParams[5] =  116.938;
 758       //fNonLinearityParams[6] =  1.00437;
 759       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 760
 761       break;
 762     }
 763
 764     case kNoCorrection:
 765       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
 766       break;
 767
 768   }
 769
 770   return energy;
 771 }
 772
 773 //__________________________________________________
 774 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
 775 {
 776   //Initialising Non Linearity Parameters
 777
 778   if (fNonLinearityFunction == kPi0MC) {
 779     fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 780     fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
 781     fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
 782     fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 783     fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
 784   }
 785
 786   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv2) {
 787     fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
 788     fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02;
 789     fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;
 790   }
 791
 792   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv3) {
 793     fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01;
 794     fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
 795     fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00;
 796     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 797     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 798     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 799     fNonLinearityParams[6] =  1;
 800   }
 801
 802   if (fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma) {
 803     fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 804     fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 805     fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 806   }
 807
 808   if (fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion) {
 809     fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
 810     fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 811     fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 812   }
 813
 814   if (fNonLinearityFunction == kBeamTest) {
 815     if (fNonLinearThreshold == 30) {
 816       fNonLinearityParams[0] = 1.007;
 817       fNonLinearityParams[1] = 0.894;
 818       fNonLinearityParams[2] = 0.246;
 819     }
 820     if (fNonLinearThreshold == 45) {
 821       fNonLinearityParams[0] = 1.003;
 822       fNonLinearityParams[1] = 0.719;
 823       fNonLinearityParams[2] = 0.334;
 824     }
 825     if (fNonLinearThreshold == 75) {
 826       fNonLinearityParams[0] = 1.002;
 827       fNonLinearityParams[1] = 0.797;
 828       fNonLinearityParams[2] = 0.358;
 829     }
 830   }
 831
 832   if (fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected) {
 833     fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
 834     fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 835     fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 836     fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 837     fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 838     fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 839     fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 840   }
 841
 842   if (fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrectedv2) {
 843     fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
 844     fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
 845     fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
 846     fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
 847     fNonLinearityParams[4] =  152.299;
 848     fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
 849     fNonLinearityParams[6] =  0.968;
 850   }
 851
 852   if (fNonLinearityFunction == kSDMv5) {
 853     fNonLinearityParams[0] =  1.0;
 854     fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
 855     fNonLinearityParams[2] =  1.570;
 856     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 857     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 858     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 859     fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
 860   }
 861
 862   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv5) {
 863     fNonLinearityParams[0] =  1.0;
 864     fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
 865     fNonLinearityParams[2] =  1.570;
 866     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 867     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 868     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 869     fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
 870   }
 871
 872   if (fNonLinearityFunction == kSDMv6) {
 873     fNonLinearityParams[0] = 1.0;
 874     fNonLinearityParams[1] = 0.237767;
 875     fNonLinearityParams[2] = 0.651203;
 876     fNonLinearityParams[3] = 0.183741;
 877     fNonLinearityParams[4] = 155.427;
 878     fNonLinearityParams[5] = 17.0335;
 879     fNonLinearityParams[6] = 0.987054;
 880   }
 881
 882   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv6) {
 883     fNonLinearityParams[0] = 1.0;
 884     fNonLinearityParams[1] = 0.0797873;
 885     fNonLinearityParams[2] = 1.68322;
 886     fNonLinearityParams[3] = 0.0806098;
 887     fNonLinearityParams[4] = 244.586;
 888     fNonLinearityParams[5] = 116.938;
 889     fNonLinearityParams[6] = 1.00437;
 890   }
 891
 892 }
 893
 894 //_________________________________________________________
 895 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(Float_t energy,
 896                                      Int_t iParticle,
 897                                      Int_t iSM) const
 898 {
 899   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
 900
 901   // parameters
 902   Float_t x0    = 1.31;
 903   Float_t ecr   = 8;
 904   Float_t depth = 0;
 905   Float_t arg   = energy*1000/ ecr; //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 906
 907   switch ( iParticle )
 908   {
 909     case kPhoton:
 910       if (arg < 1)
 911         depth = 0;
 912       else
 913         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
 914       break;
 915
 916     case kElectron:
 917       if (arg < 1)
 918         depth = 0;
 919       else
 920         depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5);
 921       break;
 922
 923     case kHadron:
 924       // hadron
 925       // boxes anc. here
 926       if (gGeoManager) {
 927         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
 928         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
 929         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
 930         if (geoSM) {
 931           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume();
 932           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
 933           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
 934           if (geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
 935           else AliFatal("Null GEANT box");
 936         }
 937         else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
 938       }
 939       else
 940       {//electron
 941         if (arg < 1)
 942           depth = 0;
 943         else
 944           depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5);
 945       }
 946
 947       break;
 948
 949     default://photon
 950       if (arg < 1)
 951         depth = 0;
 952       else
 953         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
 954   }
 955
 956   return depth;
 957 }
 958
 959 //____________________________________________________________________
 960 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(const AliEMCALGeometry *geom,
 961                                          AliVCaloCells* cells,
 962                                          const AliVCluster* clu,
 963                                          Int_t  & absId,
 964                                          Int_t  & iSupMod,
 965                                          Int_t  & ieta,
 966                                          Int_t  & iphi,
 967                                          Bool_t & shared)
 968 {
 969   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell
 970   //with maximum energy deposit.
 971
 972   Double_t eMax        = -1.;
 973   Double_t eCell       = -1.;
 974   Float_t  fraction    = 1.;
 975   Float_t  recalFactor = 1.;
 976   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
 977
 978   Int_t iTower  = -1;
 979   Int_t iIphi   = -1;
 980   Int_t iIeta   = -1;
 981   Int_t iSupMod0= -1;
 982
 983   if (!clu) {
 984     AliInfo("Cluster pointer null!");
 985     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
 986     return;
 987   }
 988
 989   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
 990     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
 991     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
 992     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
 993     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
 994     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 995     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 996     if (iDig==0) {
 997       iSupMod0=iSupMod;
 998     } else if (iSupMod0!=iSupMod)  {
 999       shared = kTRUE;
1000       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
1001     }
1002     if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) {
1003       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1004     }
1005     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
1006     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
1007     if (eCell > eMax) {
1008       eMax  = eCell;
1009       absId = cellAbsId;
1010       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
1011     }
1012   }// cell loop
1013
1014   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1015   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1016   //Gives SuperModule and Tower numbers
1017   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
1018                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1019   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
1020   //printf("Max end---\n");
1021 }
1022
1023 //______________________________________
1024 void AliEMCALRecoUtils::InitParameters()
1025 {
1026   // Initialize data members with default values
1027
1028   fParticleType = kPhoton;
1029   fPosAlgo      = kUnchanged;
1030   fW0           = 4.5;
1031
1032   fNonLinearityFunction = kNoCorrection;
1033   fNonLinearThreshold   = 30;
1034
1035   fExoticCellFraction     = 0.97;
1036   fExoticCellDiffTime     = 1e6;
1037   fExoticCellMinAmplitude = 4.0;
1038
1039   fAODFilterMask    = 128;
1040   fAODHybridTracks  = kFALSE;
1041   fAODTPCOnlyTracks = kTRUE;
1042
1043   fCutEtaPhiSum      = kTRUE;
1044   fCutEtaPhiSeparate = kFALSE;
1045
1046   fCutR   = 0.05;
1047   fCutEta = 0.025;
1048   fCutPhi = 0.05;
1049
1050   fClusterWindow = 100;
1051   fMass          = 0.139;
1052
1053   fStepSurface   = 20.;
1054   fStepCluster   = 5.;
1055   fTrackCutsType = kLooseCut;
1056
1057   fCutMinTrackPt     = 0;
1058   fCutMinNClusterTPC = -1;
1059   fCutMinNClusterITS = -1;
1060
1061   fCutMaxChi2PerClusterTPC  = 1e10;
1062   fCutMaxChi2PerClusterITS  = 1e10;
1063
1064   fCutRequireTPCRefit     = kFALSE;
1065   fCutRequireITSRefit     = kFALSE;
1066   fCutAcceptKinkDaughters = kFALSE;
1067
1068   fCutMaxDCAToVertexXY = 1e10;
1069   fCutMaxDCAToVertexZ  = 1e10;
1070   fCutDCAToVertex2D    = kFALSE;
1071
1072   fCutRequireITSStandAlone = kFALSE; //MARCEL
1073   fCutRequireITSpureSA     = kFALSE; //Marcel
1074
1075   //Misalignment matrices
1076   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++)
1077   {
1078     fMisalTransShift[i] = 0.;
1079     fMisalRotShift[i]   = 0.;
1080   }
1081
1082   //Non linearity
1083   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.;
1084
1085   //For kBeamTestCorrectedv2 case, but default is no correction
1086   fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
1087   fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
1088   fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
1089   fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
1090   fNonLinearityParams[4] =  152.299;
1091   fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
1092   fNonLinearityParams[6] =  0.968;
1093
1094   //Cluster energy smearing
1095   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
1096   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
1097   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
1098   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
1099 }
1100
1101 //_____________________________________________________
1102 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()
1103 {
1104   //Init EMCAL recalibration factors
1105   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1106   //In order to avoid rewriting the same histograms
1107   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1108   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1109
1110   fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(12);
1111   for (int i = 0; i < 12; i++)
1112     fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),
1113                                              Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
1114   //Init the histograms with 1
1115   for (Int_t sm = 0; sm < 12; sm++)
1116   {
1117     for (Int_t i = 0; i < 48; i++)
1118     {
1119       for (Int_t j = 0; j < 24; j++)
1120       {
1121         SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
1122       }
1123     }
1124   }
1125
1126   fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1127   fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
1128
1129   //In order to avoid rewriting the same histograms
1130   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1131 }
1132
1133 //_________________________________________________________
1134 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors()
1135 {
1136   //Init EMCAL recalibration factors
1137   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1138   //In order to avoid rewriting the same histograms
1139   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1140   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1141
1142   fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
1143   for (int i = 0; i < 4; i++)
1144     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1145                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1146                                                  48*24*12,0.,48*24*12)          );
1147   //Init the histograms with 1
1148   for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++)
1149   {
1150     for (Int_t i = 0; i < 48*24*12; i++)
1151       SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,i,0.);
1152   }
1153
1154   fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1155   fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
1156
1157   //In order to avoid rewriting the same histograms
1158   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1159 }
1160
1161 //____________________________________________________
1162 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()
1163 {
1164   //Init EMCAL bad channels map
1165   AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
1166   //In order to avoid rewriting the same histograms
1167   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1168   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1169
1170   fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(12);
1171   //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
1172   for (int i = 0; i < 12; i++)
1173   {
1174     fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
1175   }
1176
1177   fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
1178   fEMCALBadChannelMap->Compress();
1179
1180   //In order to avoid rewriting the same histograms
1181   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1182 }
1183
1184 //____________________________________________________________________________
1185 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(const AliEMCALGeometry* geom,
1186                                                  AliVCluster * cluster,
1187                                                  AliVCaloCells * cells,
1188                                                  Int_t bc)
1189 {
1190   // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map
1191   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
1192   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1193
1194   if (!cluster) {
1195     AliInfo("Cluster pointer null!");
1196     return;
1197   }
1198
1199   //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
1200   UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
1201   Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
1202   Int_t ncells = cluster->GetNCells();
1203
1204   //Initialize some used variables
1205   Float_t energy = 0;
1206   Int_t   absId  =-1;
1207   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
1208   Float_t factor = 1, frac = 0;
1209   Int_t   absIdMax = -1;
1210   Float_t emax     = 0;
1211
1212   //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
1213   for (Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++)
1214   {
1215     absId = index[icell];
1216     frac =  fraction[icell];
1217     if (frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
1218
1219     if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) {
1220       // Energy
1221       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
1222       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta);
1223       if (fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod)
1224         continue;
1225       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
1226       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
1227
1228       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
1229                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
1230
1231     }
1232
1233     energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1234
1235     if (emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac) {
1236       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1237       absIdMax = absId;
1238     }
1239   }
1240
1241   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f \n",cluster->E(),energy));
1242
1243   cluster->SetE(energy);
1244
1245   // Recalculate time of cluster
1246   Double_t timeorg = cluster->GetTOF();
1247
1248   Double_t time = cells->GetCellTime(absIdMax);
1249   if (!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn())
1250     RecalibrateCellTime(absIdMax,bc,time);
1251
1252   cluster->SetTOF(time);
1253
1254   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Time before %f, after %f \n",timeorg,cluster->GetTOF()));
1255 }
1256
1257 //_____________________________________________________________
1258 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliVCaloCells * cells,
1259                                          Int_t bc)
1260 {
1261   // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy
1262   // of the cells that compose the cluster.
1263   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1264
1265   if (!IsRecalibrationOn() && !IsTimeRecalibrationOn() && !IsBadChannelsRemovalSwitchedOn())
1266     return;
1267
1268   if (!cells) {
1269     AliInfo("Cells pointer null!");
1270     return;
1271   }
1272
1273   Short_t  absId  =-1;
1274   Bool_t   accept = kFALSE;
1275   Float_t  ecell  = 0;
1276   Double_t tcell  = 0;
1277   Double_t ecellin = 0;
1278   Double_t tcellin = 0;
1279   Int_t  mclabel = -1;
1280   Double_t efrac = 0;
1281
1282   Int_t nEMcell  = cells->GetNumberOfCells() ;
1283   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++)
1284   {
1285     cells->GetCell( iCell, absId, ecellin, tcellin, mclabel, efrac );
1286
1287     accept = AcceptCalibrateCell(absId, bc, ecell ,tcell ,cells);
1288     if (!accept) {
1289       ecell = 0;
1290       tcell = -1;
1291     }
1292
1293     //Set new values
1294     cells->SetCell(iCell,absId,ecell, tcell, mclabel, efrac);
1295   }
1296
1297   fCellsRecalibrated = kTRUE;
1298 }
1299
1300 //_______________________________________________________________________________________________________
1301 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(Int_t absId, Int_t bc, Double_t & celltime) const
1302 {
1303   // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map
1304   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1305
1306   if (!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn() && bc >= 0) {
1307     celltime -= GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;    ;
1308   }
1309 }
1310
1311 //______________________________________________________________________________
1312 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(const AliEMCALGeometry *geom,
1313                                                    AliVCaloCells* cells,
1314                                                    AliVCluster* clu)
1315 {
1316   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1317
1318   if (!clu) {
1319     AliInfo("Cluster pointer null!");
1320     return;
1321   }
1322
1323   if      (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
1324   else if (fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
1325   else    AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
1326 }
1327
1328 //_____________________________________________________________________________________________
1329 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(const AliEMCALGeometry *geom,
1330                                                                   AliVCaloCells* cells,
1331                                                                   AliVCluster* clu)
1332 {
1333   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1334   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
1335
1336   Double_t eCell       = 0.;
1337   Float_t  fraction    = 1.;
1338   Float_t  recalFactor = 1.;
1339
1340   Int_t    absId   = -1;
1341   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
1342   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
1343   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
1344   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
1345   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
1346   Bool_t shared = kFALSE;
1347
1348   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
1349   if (clEnergy <= 0)
1350     return;
1351   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1352   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
1353
1354   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
1355
1356   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
1357   {
1358     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1359     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1360     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1361
1362     if (!fCellsRecalibrated) {
1363       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta);
1364       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1365       if (IsRecalibrationOn()) {
1366         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1367       }
1368     }
1369
1370     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1371
1372     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1373     totalWeight += weight;
1374
1375     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1376     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1377     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1378     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1379
1380     for (int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1381   }// cell loop
1382
1383   if (totalWeight>0) {
1384     for (int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1385   }
1386
1387   //Float_t pos[]={0,0,0};
1388   //clu->GetPosition(pos);
1389   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1390   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1391
1392   if (iSupModMax > 1) { //sector 1
1393     newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093;
1394     newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1395     newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1396     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1397   } else { //sector 0
1398     newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1399     newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1400     newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1401     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1402   }
1403   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1404
1405   clu->SetPosition(newPos);
1406 }
1407
1408 //____________________________________________________________________________________________
1409 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(const AliEMCALGeometry *geom,
1410                                                                  AliVCaloCells* cells,
1411                                                                  AliVCluster* clu)
1412 {
1413   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1414   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1415
1416   Double_t eCell       = 1.;
1417   Float_t  fraction    = 1.;
1418   Float_t  recalFactor = 1.;
1419
1420   Int_t absId   = -1;
1421   Int_t iTower  = -1;
1422   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1423   Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1424   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1425   Bool_t shared = kFALSE;
1426
1427   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1428
1429   if (clEnergy <= 0)
1430     return;
1431   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1432   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1433
1434   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1435   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1436   Int_t startingSM = -1;
1437
1438   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
1439   {
1440     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1441     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1442     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1443
1444     if      (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1445     else if (iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1446
1447     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1448
1449     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1450     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1451
1452     if (!fCellsRecalibrated)
1453     {
1454       if (IsRecalibrationOn()) {
1455         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1456       }
1457     }
1458
1459     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1460
1461     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1462     if (weight < 0) weight = 0;
1463     totalWeight += weight;
1464     weightedCol += ieta*weight;
1465     weightedRow += iphi*weight;
1466
1467     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1468   }// cell loop
1469
1470   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1471   if (areInSameSM == kTRUE) {
1472     //printf("In Same SM\n");
1473     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1474     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1475     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1476   }
1477   else
1478   {
1479     //printf("In Different SM\n");
1480     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1481   }
1482
1483   clu->SetPosition(xyzNew);
1484 }
1485
1486 //___________________________________________________________________________________________
1487 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(const AliEMCALGeometry * geom,
1488                                                                AliVCaloCells* cells,
1489                                                                AliVCluster * cluster)
1490 {
1491   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1492
1493   if (!fRecalDistToBadChannels) return;
1494
1495   if (!cluster)
1496   {
1497     AliInfo("Cluster pointer null!");
1498     return;
1499   }
1500
1501   //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1502   Int_t absIdMax  = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1503   Bool_t shared = kFALSE;
1504   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1505   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1506
1507   Int_t dRrow, dRcol;
1508   Float_t  minDist = 10000.;
1509   Float_t  dist    = 0.;
1510
1511   //Loop on tower status map
1512   for (Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1513   {
1514     for (Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1515     {
1516       //Check if tower is bad.
1517       if (hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1518       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1519       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1520
1521       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1522       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1523       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1524       if (dist < minDist)
1525       {
1526         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1527         minDist = dist;
1528       }
1529     }
1530   }
1531
1532   //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1533   if (shared)
1534   {
1535     TH2D* hMap2 = 0;
1536     Int_t iSupMod2 = -1;
1537
1538     //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1539     if (iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1540     else           iSupMod2 = iSupMod+1;
1541     hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1542
1543     //Loop on tower status map of second super module
1544     for (Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1545     {
1546       for (Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1547       {
1548         //Check if tower is bad.
1549         if (hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0)
1550           continue;
1551         //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1552         //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1553         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1554
1555         if (iSupMod%2) {
1556           dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1557         } else {
1558           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1559         }
1560
1561         dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1562         if (dist < minDist) minDist = dist;
1563       }
1564     }
1565   }// shared cluster in 2 SuperModules
1566
1567   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1568   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1569 }
1570
1571 //__________________________________________________________________
1572 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster)
1573 {
1574   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1575
1576   if (!cluster) {
1577     AliInfo("Cluster pointer null!");
1578     return;
1579   }
1580
1581   if (cluster->GetM02() != 0)
1582     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1583
1584   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESCN+1];
1585   for (Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESCN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1586
1587   cluster->SetPID(pidlist);
1588 }
1589
1590 //___________________________________________________________________________________________________________________
1591 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1592                                                                 AliVCaloCells* cells,
1593                                                                 AliVCluster * cluster,
1594                                                                 Float_t & l0,   Float_t & l1,
1595                                                                 Float_t & disp, Float_t & dEta, Float_t & dPhi,
1596                                                                 Float_t & sEta, Float_t & sPhi, Float_t & sEtaPhi)
1597 {
1598   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1599   // and tranfers into global ALICE coordinates
1600   // Calculates Dispersion and main axis
1601
1602   if (!cluster) {
1603     AliInfo("Cluster pointer null!");
1604     return;
1605   }
1606
1607   Double_t eCell       = 0.;
1608   Float_t  fraction    = 1.;
1609   Float_t  recalFactor = 1.;
1610
1611   Int_t    iSupMod = -1;
1612   Int_t    iTower  = -1;
1613   Int_t    iIphi   = -1;
1614   Int_t    iIeta   = -1;
1615   Int_t    iphi    = -1;
1616   Int_t    ieta    = -1;
1617   Double_t etai    = -1.;
1618   Double_t phii    = -1.;
1619
1620   Int_t    nstat   = 0 ;
1621   Float_t  wtot    = 0.;
1622   Double_t w       = 0.;
1623   Double_t etaMean = 0.;
1624   Double_t phiMean = 0.;
1625
1626   //Loop on cells, calculate the cluster energy, in case a cut on cell energy is added
1627   // and to check if the cluster is between 2 SM in eta
1628   Int_t   iSM0   = -1;
1629   Bool_t  shared = kFALSE;
1630   Float_t energy = 0;
1631
1632   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1633   {
1634     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1635     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1636     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1637
1638     //Check if there are cells of different SM
1639     if      (iDigit == 0   ) iSM0 = iSupMod;
1640     else if (iSupMod!= iSM0) shared = kTRUE;
1641
1642     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1643     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1644     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1645
1646     if (IsRecalibrationOn()) {
1647       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1648     }
1649
1650     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1651
1652     energy += eCell;
1653
1654   }//cell loop
1655
1656   //Loop on cells
1657   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1658   {
1659     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1660     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1661     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1662
1663     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1664     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1665     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1666
1667     if (!fCellsRecalibrated) {
1668       if (IsRecalibrationOn()) {
1669         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1670       }
1671     }
1672
1673     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1674
1675     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1676     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1677     if (shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1678
1679     if (cluster->E() > 0 && eCell > 0) {
1680       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1681
1682       etai=(Double_t)ieta;
1683       phii=(Double_t)iphi;
1684
1685       if (w > 0.0) {
1686         wtot += w ;
1687         nstat++;
1688         //Shower shape
1689         sEta     += w * etai * etai ;
1690         etaMean  += w * etai ;
1691         sPhi     += w * phii * phii ;
1692         phiMean  += w * phii ;
1693         sEtaPhi  += w * etai * phii ;
1694       }
1695     } else
1696       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1697   }//cell loop
1698
1699   //Normalize to the weight
1700   if (wtot > 0) {
1701     etaMean /= wtot ;
1702     phiMean /= wtot ;
1703   } else
1704     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1705
1706   //Calculate dispersion
1707   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1708   {
1709     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1710     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1711     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1712
1713     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1714     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1715     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1716     if (IsRecalibrationOn()) {
1717       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1718     }
1719     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1720
1721     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1722     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1723     if (shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1724
1725     if (cluster->E() > 0 && eCell > 0) {
1726       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1727
1728       etai=(Double_t)ieta;
1729       phii=(Double_t)iphi;
1730       if (w > 0.0) {
1731         disp +=  w *((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean));
1732         dEta +=  w * (etai-etaMean)*(etai-etaMean) ;
1733         dPhi +=  w * (phii-phiMean)*(phii-phiMean) ;
1734       }
1735     } else
1736       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1737   }// cell loop
1738
1739   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1740   if (wtot > 0 && nstat > 1) {
1741     disp    /= wtot ;
1742     dEta    /= wtot ;
1743     dPhi    /= wtot ;
1744     sEta    /= wtot ;
1745     sPhi    /= wtot ;
1746     sEtaPhi /= wtot ;
1747
1748     sEta    -= etaMean * etaMean ;
1749     sPhi    -= phiMean * phiMean ;
1750     sEtaPhi -= etaMean * phiMean ;
1751
1752     l0 = (0.5 * (sEta + sPhi) + TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1753     l1 = (0.5 * (sEta + sPhi) - TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1754   } else {
1755     l0   = 0. ;
1756     l1   = 0. ;
1757     dEta = 0. ; dPhi = 0. ; disp    = 0. ;
1758     sEta = 0. ; sPhi = 0. ; sEtaPhi = 0. ;
1759   }
1760 }
1761
1762 //____________________________________________________________________________________________
1763 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1764                                                                 AliVCaloCells* cells,
1765                                                                 AliVCluster * cluster)
1766 {
1767   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1768   // and tranfers into global ALICE coordinates
1769   // Calculates Dispersion and main axis and puts them into the cluster
1770
1771   Float_t l0   = 0., l1   = 0.;
1772   Float_t disp = 0., dEta = 0., dPhi    = 0.;
1773   Float_t sEta = 0., sPhi = 0., sEtaPhi = 0.;
1774
1775   AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(geom,cells,cluster,l0,l1,disp,
1776                                                              dEta, dPhi, sEta, sPhi, sEtaPhi);
1777
1778   cluster->SetM02(l0);
1779   cluster->SetM20(l1);
1780   if (disp > 0. ) cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(disp)) ;
1781
1782 }
1783
1784 //____________________________________________________________________________
1785 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,
1786                                     TObjArray * clusterArr,
1787                                     const AliEMCALGeometry *geom)
1788 {
1789   //This function should be called before the cluster loop
1790   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1791   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1792   //Store matched cluster indexes and residuals
1793
1794   fMatchedTrackIndex  ->Reset();
1795   fMatchedClusterIndex->Reset();
1796   fResidualPhi->Reset();
1797   fResidualEta->Reset();
1798
1799   fMatchedTrackIndex  ->Set(1000);
1800   fMatchedClusterIndex->Set(1000);
1801   fResidualPhi->Set(1000);
1802   fResidualEta->Set(1000);
1803
1804   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1805   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1806
1807   // init the magnetic field if not already on
1808   if (!TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField()) {
1809     if (!event->InitMagneticField())
1810     {
1811       AliInfo("Mag Field not initialized, null esd/aod evetn pointers");
1812     }
1813   } // Init mag field
1814
1815   if (esdevent) {
1816     UInt_t mask1 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ();
1817     UInt_t mask2 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco();
1818     Bool_t desc1 = (mask1 >> 3) & 0x1;
1819     Bool_t desc2 = (mask2 >> 3) & 0x1;
1820     if (desc1==0 || desc2==0) {
1821 //       AliError(Form("TPC not in DAQ/RECO: %u (%u)/%u (%u)",
1822 //       mask1, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco(),
1823 //       mask2, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ()));
1824       fITSTrackSA=kTRUE;
1825     }
1826   }
1827
1828   TObjArray *clusterArray = 0x0;
1829   if (!clusterArr) {
1830     clusterArray = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1831     for (Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1832     {
1833       AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1834       if (geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells()))
1835         continue;
1836       clusterArray->AddAt(cluster,icl);
1837     }
1838   }
1839
1840   Int_t    matched=0;
1841   Double_t cv[21];
1842   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1843   for (Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1844   {
1845     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1846
1847     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner
1848     AliESDtrack *esdTrack = 0;
1849     AliAODTrack *aodTrack = 0;
1850     if (esdevent) {
1851       esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1852       if (!esdTrack) continue;
1853       if (!IsAccepted(esdTrack)) continue;
1854       if (esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1855       Double_t phi = esdTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1856       if (TMath::Abs(esdTrack->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250 ) continue;
1857       if (!fITSTrackSA)
1858         trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());  // if TPC Available
1859       else
1860         trackParam =  new AliExternalTrackParam(*esdTrack); // If ITS Track Standing alone
1861     }
1862
1863     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1864     //AOD tracks are selected according to its filterbit.
1865     else if (aodevent) {
1866       aodTrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(aodevent->GetTrack(itr));
1867       if(!aodTrack) AliFatal("Not a standard AOD");
1868       if (!aodTrack) continue;
1869
1870       if (fAODTPCOnlyTracks) { // Match with TPC only tracks, default from May 2013, before filter bit 32
1871         //printf("Match with TPC only tracks, accept? %d, test bit 128 <%d> \n", aodTrack->IsTPCOnly(), aodTrack->TestFilterMask(128));
1872         if (!aodTrack->IsTPCConstrained()) continue ;
1873       } else if (fAODHybridTracks) { // Match with hybrid tracks
1874         //printf("Match with Hybrid tracks, accept? %d \n", aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal());
1875         if (!aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal()) continue ;
1876       } else { // Match with tracks on a mask
1877         //printf("Match with tracks having filter bit mask %d, accept? %d \n",fAODFilterMask,aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask));
1878         if (!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask) ) continue; //Select AOD tracks
1879       }
1880
1881       if (aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1882
1883       Double_t phi = aodTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1884       if (TMath::Abs(aodTrack->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250 )
1885         continue;
1886       Double_t pos[3],mom[3];
1887       aodTrack->GetXYZ(pos);
1888       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1889       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1890
1891       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1892     }
1893
1894     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1895     else {
1896       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1897       if (clusterArray) {
1898         clusterArray->Clear();
1899         delete clusterArray;
1900       }
1901       return;
1902     }
1903
1904     if (!trackParam) continue;
1905
1906     //Extrapolate the track to EMCal surface
1907     AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1908     Float_t eta, phi, pt;
1909     if (!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt)) {
1910       if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1911       if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1912       continue;
1913     }
1914
1915     if (TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) {
1916       if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1917       if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1918       continue;
1919     }
1920
1921     //Find matched clusters
1922     Int_t index = -1;
1923     Float_t dEta = -999, dPhi = -999;
1924     if (!clusterArr) {
1925       index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArray, dEta, dPhi);
1926     } else {
1927       index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
1928     }
1929
1930     if (index>-1) {
1931       fMatchedTrackIndex   ->AddAt(itr,matched);
1932       fMatchedClusterIndex ->AddAt(index,matched);
1933       fResidualEta         ->AddAt(dEta,matched);
1934       fResidualPhi         ->AddAt(dPhi,matched);
1935       matched++;
1936     }
1937     if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1938     if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1939   }//track loop
1940
1941   if (clusterArray) {
1942     clusterArray->Clear();
1943     delete clusterArray;
1944   }
1945
1946   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1947
1948   fMatchedTrackIndex   ->Set(matched);
1949   fMatchedClusterIndex ->Set(matched);
1950   fResidualPhi         ->Set(matched);
1951   fResidualEta         ->Set(matched);
1952 }
1953
1954 //________________________________________________________________________________
1955 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInEvent(const AliESDtrack *track,
1956                                                    const AliVEvent *event,
1957                                                    const AliEMCALGeometry *geom,
1958                                                    Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1959 {
1960   //
1961   // This function returns the index of matched cluster to input track
1962   // Returns -1 if no match is found
1963   Int_t index = -1;
1964   Double_t phiV = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
1965   if (TMath::Abs(track->Eta())>0.9 || phiV <= 10 || phiV >= 250 ) return index;
1966   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1967   if (!fITSTrackSA)
1968     trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());  // If TPC
1969   else
1970     trackParam = new AliExternalTrackParam(*track);
1971
1972   if (!trackParam) return index;
1973   AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1974   Float_t eta, phi, pt;
1975
1976   if (!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt))   {
1977     if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1978     return index;
1979   }
1980   if (TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) {
1981     if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1982     return index;
1983   }
1984
1985   TObjArray *clusterArr = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1986
1987   for (Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1988   {
1989     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1990     if (geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1991     clusterArr->AddAt(cluster,icl);
1992   }
1993
1994   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
1995   clusterArr->Clear();
1996   delete clusterArr;
1997   if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1998
1999   return index;
2000 }
2001
2002 //_______________________________________________________________________________________________
2003 Int_t  AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInClusterArr(const AliExternalTrackParam *emcalParam,
2004                                                          AliExternalTrackParam *trkParam,
2005                                                          const TObjArray * clusterArr,
2006                                                          Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2007 {
2008   // Find matched cluster in array
2009
2010   dEta=-999, dPhi=-999;
2011   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
2012   Int_t index = -1;
2013   Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
2014
2015   Double_t exPos[3] = {0.,0.,0.};
2016   if (!emcalParam->GetXYZ(exPos)) return index;
2017
2018   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2019   for (Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
2020   {
2021     AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
2022     if (!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
2023     cluster->GetPosition(clsPos);
2024     Double_t dR = TMath::Sqrt(TMath::Power(exPos[0]-clsPos[0],2)+TMath::Power(exPos[1]-clsPos[1],2)+TMath::Power(exPos[2]-clsPos[2],2));
2025     if (dR > fClusterWindow) continue;
2026
2027     AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trkParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
2028     if (!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
2029     if (fCutEtaPhiSum) {
2030       Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
2031       if (tmpR<dRMax) {
2032         dRMax=tmpR;
2033         dEtaMax=tmpEta;
2034         dPhiMax=tmpPhi;
2035         index=icl;
2036       }
2037     } else if (fCutEtaPhiSeparate) {
2038       if (TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax)) {
2039         dEtaMax = tmpEta;
2040         dPhiMax = tmpPhi;
2041         index=icl;
2042       }
2043     } else {
2044       printf("Error: please specify your cut criteria\n");
2045       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2046       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2047       return index;
2048     }
2049   }
2050
2051   dEta=dEtaMax;
2052   dPhi=dPhiMax;
2053
2054   return index;
2055 }
2056
2057 //------------------------------------------------------------------------------------
2058 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliVTrack *track,
2059                                                          Double_t emcalR, Double_t mass,
2060                                                          Double_t step, Double_t minpt,
2061                                                          Bool_t useMassForTracking)
2062 {
2063   // Extrapolate track to EMCAL surface
2064
2065   track->SetTrackPhiEtaPtOnEMCal(-999, -999, -999);
2066
2067   if (track->Pt()<minpt)
2068     return kFALSE;
2069
2070   Double_t phi = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
2071   if (TMath::Abs(track->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250)
2072     return kFALSE;
2073
2074   AliESDtrack *esdt = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2075   AliAODTrack *aodt = 0;
2076   if (!esdt) {
2077     aodt = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2078     if (!aodt)
2079       return kFALSE;
2080   }
2081
2082   // Select the mass hypothesis
2083   if ( mass < 0 )
2084   {
2085     Bool_t onlyTPC = kFALSE;
2086     if ( mass == -99 ) onlyTPC=kTRUE;
2087
2088     if (esdt)
2089     {
2090       if ( useMassForTracking ) mass = esdt->GetMassForTracking();
2091       else                      mass = esdt->GetMass(onlyTPC);
2092     }
2093     else
2094     {
2095       if ( useMassForTracking ) mass = aodt->GetMassForTracking();
2096       else                      mass = aodt->M();
2097     }
2098   }
2099
2100   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
2101   if (esdt) {
2102     const AliExternalTrackParam *in = esdt->GetInnerParam();
2103     if (!in)
2104       return kFALSE;
2105     trackParam = new AliExternalTrackParam(*in);
2106   } else {
2107     Double_t xyz[3] = {0}, pxpypz[3] = {0}, cv[21] = {0};
2108     aodt->PxPyPz(pxpypz);
2109     aodt->XvYvZv(xyz);
2110     aodt->GetCovarianceXYZPxPyPz(cv);
2111     trackParam = new AliExternalTrackParam(xyz,pxpypz,cv,aodt->Charge());
2112   }
2113   if (!trackParam)
2114     return kFALSE;
2115
2116   Float_t etaout=-999, phiout=-999, ptout=-999;
2117   Bool_t ret = ExtrapolateTrackToEMCalSurface(trackParam,
2118                                               emcalR,
2119                                               mass,
2120                                               step,
2121                                               etaout,
2122                                               phiout,
2123                                               ptout);
2124   delete trackParam;
2125   if (!ret)
2126     return kFALSE;
2127   if (TMath::Abs(etaout)>0.75 || (phiout<70*TMath::DegToRad()) || (phiout>190*TMath::DegToRad()))
2128     return kFALSE;
2129   track->SetTrackPhiEtaPtOnEMCal(phiout, etaout, ptout);
2130   return kTRUE;
2131 }
2132
2133
2134 //------------------------------------------------------------------------------------
2135 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliExternalTrackParam *trkParam,
2136                                                          Double_t emcalR,
2137                                                          Double_t mass,
2138                                                          Double_t step,
2139                                                          Float_t &eta,
2140                                                          Float_t &phi,
2141                                                          Float_t &pt)
2142 {
2143   //Extrapolate track to EMCAL surface
2144
2145   eta = -999, phi = -999, pt = -999;
2146   if (!trkParam) return kFALSE;
2147   if (!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, emcalR, mass, step, kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2148   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2149   if (!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE;
2150   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2151   eta = trkPosVec.Eta();
2152   phi = trkPosVec.Phi();
2153   pt = trkParam->Pt();
2154   if (phi<0)
2155     phi += 2*TMath::Pi();
2156
2157   return kTRUE;
2158 }
2159
2160 //-----------------------------------------------------------------------------------
2161 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToPosition(AliExternalTrackParam *trkParam,
2162                                                      const Float_t *clsPos,
2163                                                      Double_t mass,
2164                                                      Double_t step,
2165                                                      Float_t &tmpEta,
2166                                                      Float_t &tmpPhi)
2167 {
2168   //
2169   //Return the residual by extrapolating a track param to a global position
2170   //
2171   tmpEta = -999;
2172   tmpPhi = -999;
2173   if (!trkParam) return kFALSE;
2174   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2175   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2176   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
2177   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
2178   if (!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), mass, step,kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2179   if (!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE; //Get the extrapolated global position
2180
2181   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2182   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2183
2184   // track cluster matching
2185   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec);    // tmpPhi is between -pi and pi
2186   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
2187
2188   return kTRUE;
2189 }
2190
2191 //----------------------------------------------------------------------------------
2192 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
2193                                                     const AliVCluster *cluster,
2194                                                     Double_t mass,
2195                                                     Double_t step,
2196                                                     Float_t &tmpEta,
2197                                                     Float_t &tmpPhi)
2198 {
2199   //
2200   //Return the residual by extrapolating a track param to a cluster
2201   //
2202   tmpEta = -999;
2203   tmpPhi = -999;
2204   if (!cluster || !trkParam)
2205     return kFALSE;
2206
2207   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2208   cluster->GetPosition(clsPos);
2209
2210   return ExtrapolateTrackToPosition(trkParam, clsPos, mass, step, tmpEta, tmpPhi);
2211 }
2212
2213 //---------------------------------------------------------------------------------
2214 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
2215                                                     const AliVCluster *cluster,
2216                                                     Float_t &tmpEta,
2217                                                     Float_t &tmpPhi)
2218 {
2219   //
2220   //Return the residual by extrapolating a track param to a clusterfStepCluster
2221   //
2222
2223   return ExtrapolateTrackToCluster(trkParam, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi);
2224 }
2225
2226 //_______________________________________________________________________
2227 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(Int_t clsIndex,
2228                                             Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2229 {
2230   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2231   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
2232   //Works with ESDs and AODs
2233
2234   if (FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999) {
2235     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
2236     dEta=999.;
2237     dPhi=999.;
2238     return;
2239   }
2240   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2241   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2242 }
2243
2244 //______________________________________________________________________________________________
2245 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2246 {
2247   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2248   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
2249   //Works with ESDs and AODs
2250
2251   if (FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999) {
2252     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
2253     dEta=999.;
2254     dPhi=999.;
2255     return;
2256   }
2257   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2258   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2259 }
2260
2261 //__________________________________________________________
2262 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
2263 {
2264   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2265   //Get the index of matched track to this cluster
2266   //Works with ESDs and AODs
2267
2268   if (IsClusterMatched(clsIndex))
2269     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2270   else
2271     return -1;
2272 }
2273
2274 //__________________________________________________________
2275 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
2276 {
2277   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2278   //Get the index of matched cluster to this track
2279   //Works with ESDs and AODs
2280
2281   if (IsTrackMatched(trkIndex))
2282     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2283   else
2284     return -1;
2285 }
2286
2287 //______________________________________________________________
2288 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
2289 {
2290   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2291   //Returns if the cluster has a match
2292   if (FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999)
2293     return kTRUE;
2294   else
2295     return kFALSE;
2296 }
2297
2298 //____________________________________________________________
2299 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const
2300 {
2301   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2302   //Returns if the track has a match
2303   if (FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999)
2304     return kTRUE;
2305   else
2306     return kFALSE;
2307 }
2308
2309 //______________________________________________________________________
2310 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
2311 {
2312   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2313   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
2314   Float_t tmpR = fCutR;
2315   UInt_t pos = 999;
2316
2317   for (Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++)
2318   {
2319     if (fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex) {
2320       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2321       if (r<tmpR) {
2322         pos=i;
2323         tmpR=r;
2324         AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2325                         fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2326       }
2327     }
2328   }
2329   return pos;
2330 }
2331
2332 //____________________________________________________________________
2333 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
2334 {
2335   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2336   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
2337   Float_t tmpR = fCutR;
2338   UInt_t pos = 999;
2339
2340   for (Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++)
2341   {
2342     if (fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex) {
2343       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2344       if (r<tmpR) {
2345         pos=i;
2346         tmpR=r;
2347         AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2348                         fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2349       }
2350     }
2351   }
2352   return pos;
2353 }
2354
2355 //__________________________________________________________________________
2356 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster,
2357                                         const AliEMCALGeometry *geom,
2358                                         AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
2359 {
2360   // check if the cluster survives some quality cut
2361   //
2362   //
2363   Bool_t isGood=kTRUE;
2364
2365   if (!cluster || !cluster->IsEMCAL())              return kFALSE;
2366   if (ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
2367   if (!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
2368   if (IsExoticCluster(cluster, cells,bc))           return kFALSE;
2369
2370   return isGood;
2371 }
2372
2373 //__________________________________________________________
2374 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
2375 {
2376   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
2377
2378   // The different quality parameter are first
2379   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
2380   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
2381
2382   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
2383
2384   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
2385   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
2386
2387   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
2388   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
2389   if (nClustersITS!=0)
2390     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
2391   if (nClustersTPC!=0)
2392     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
2393
2394
2395   //DCA cuts
2396   if (fTrackCutsType==kGlobalCut) {
2397     Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
2398     //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
2399     SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
2400   }
2401
2402   Float_t b[2];
2403   Float_t bCov[3];
2404   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
2405   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0) {
2406     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
2407     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
2408   }
2409
2410   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
2411   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
2412   Float_t dcaToVertex = -1;
2413
2414   if (fCutDCAToVertex2D)
2415     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
2416   else
2417     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
2418
2419   // cut the track?
2420
2421   Bool_t cuts[kNCuts];
2422   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
2423
2424   // track quality cuts
2425   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
2426     cuts[0]=kTRUE;
2427   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
2428     cuts[1]=kTRUE;
2429   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
2430     cuts[2]=kTRUE;
2431   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS)
2432     cuts[3]=kTRUE;
2433   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC)
2434     cuts[4]=kTRUE;
2435   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS)
2436     cuts[5]=kTRUE;
2437   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
2438     cuts[6]=kTRUE;
2439   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
2440     cuts[7] = kTRUE;
2441   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
2442     cuts[8] = kTRUE;
2443   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
2444     cuts[9] = kTRUE;
2445
2446   if (fTrackCutsType==kGlobalCut) {
2447     //Require at least one SPD point + anything else in ITS
2448     if ( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
2449       cuts[10] = kTRUE;
2450   }
2451
2452   // ITS
2453   if (fCutRequireITSStandAlone || fCutRequireITSpureSA) {
2454     if ((status & AliESDtrack::kITSin) == 0 || (status & AliESDtrack::kTPCin)) {
2455       // TPC tracks
2456       cuts[11] = kTRUE;
2457     } else {
2458       // ITS standalone tracks
2459       if (fCutRequireITSStandAlone && !fCutRequireITSpureSA) {
2460         if (status & AliESDtrack::kITSpureSA) cuts[11] = kTRUE;
2461       } else if (fCutRequireITSpureSA) {
2462         if (!(status & AliESDtrack::kITSpureSA)) cuts[11] = kTRUE;
2463       }
2464     }
2465   }
2466
2467   Bool_t cut=kFALSE;
2468   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
2469     if (cuts[i]) { cut = kTRUE ; }
2470
2471     // cut the track
2472   if (cut)
2473     return kFALSE;
2474   else
2475     return kTRUE;
2476 }
2477
2478 //_____________________________________
2479 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
2480 {
2481   //Intilize the track cut criteria
2482   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
2483   //Also you can customize the cuts using the setters
2484
2485   switch (fTrackCutsType)
2486   {
2487     case kTPCOnlyCut:
2488     {
2489       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
2490       //TPC
2491       SetMinNClustersTPC(70);
2492       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2493       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2494       SetRequireTPCRefit(kFALSE);
2495
2496       //ITS
2497       SetRequireITSRefit(kFALSE);
2498       SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
2499       SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
2500       SetDCAToVertex2D(kTRUE);
2501
2502       break;
2503     }
2504
2505     case kGlobalCut:
2506     {
2507       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
2508       //TPC
2509       SetMinNClustersTPC(70);
2510       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2511       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2512       SetRequireTPCRefit(kTRUE);
2513
2514       //ITS
2515       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2516       SetMaxDCAToVertexZ(2);
2517       SetMaxDCAToVertexXY();
2518       SetDCAToVertex2D(kFALSE);
2519
2520       break;
2521     }
2522
2523     case kLooseCut:
2524     {
2525       AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
2526       SetMinNClustersTPC(50);
2527       SetAcceptKinkDaughters(kTRUE);
2528
2529       break;
2530     }
2531
2532     case kITSStandAlone:
2533     {
2534       AliInfo(Form("Track cuts for matching: ITS Stand Alone tracks cut w/o DCA cut"));
2535       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2536       SetRequireITSStandAlone(kTRUE);
2537       SetITSTrackSA(kTRUE);
2538       break;
2539     }
2540
2541   }
2542 }
2543
2544
2545 //________________________________________________________________________
2546 void AliEMCALRecoUtils::SetClusterMatchedToTrack(const AliVEvent *event)
2547 {
2548   // Checks if tracks are matched to EMC clusters and set the matched EMCAL cluster index to ESD track.
2549
2550   Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2551   for (Int_t iTrack = 0; iTrack < nTracks; ++iTrack)
2552   {
2553     AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrack));
2554     if (!track)
2555     {
2556       AliWarning(Form("Could not receive track %d", iTrack));
2557       continue;
2558     }
2559
2560     Int_t matchClusIndex = GetMatchedClusterIndex(iTrack);
2561     track->SetEMCALcluster(matchClusIndex); //sets -1 if track not matched within residual
2562     /*the following can be done better if AliVTrack::SetStatus will be there. Patch pending with Andreas/Peter*/
2563     AliESDtrack* esdtrack = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2564     if (esdtrack) {
2565       if (matchClusIndex != -1)
2566         esdtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2567       else
2568         esdtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2569     } else {
2570       AliAODTrack* aodtrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2571       if (matchClusIndex != -1)
2572         aodtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2573       else
2574         aodtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2575     }
2576   }
2577   AliDebug(2,"Track matched to closest cluster");
2578 }
2579
2580 //_________________________________________________________________________
2581 void AliEMCALRecoUtils::SetTracksMatchedToCluster(const AliVEvent *event)
2582 {
2583   // Checks if EMC clusters are matched to ESD track.
2584   // Adds track indexes of all the tracks matched to a cluster withing residuals in ESDCalocluster.
2585
2586   for (Int_t iClus=0; iClus < event->GetNumberOfCaloClusters(); ++iClus)
2587   {
2588     AliVCluster *cluster = event->GetCaloCluster(iClus);
2589     if (!cluster->IsEMCAL())
2590       continue;
2591
2592     Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2593     TArrayI arrayTrackMatched(nTracks);
2594
2595     // Get the closest track matched to the cluster
2596     Int_t nMatched = 0;
2597     Int_t matchTrackIndex = GetMatchedTrackIndex(iClus);
2598     if (matchTrackIndex != -1)
2599     {
2600       arrayTrackMatched[nMatched] = matchTrackIndex;
2601       nMatched++;
2602     }
2603
2604     // Get all other tracks matched to the cluster
2605     for (Int_t iTrk=0; iTrk<nTracks; ++iTrk)
2606     {
2607       AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrk));
2608
2609       if( !track ) continue;
2610
2611       if ( iTrk == matchTrackIndex ) continue;
2612
2613       if ( track->GetEMCALcluster() == iClus )
2614       {
2615         arrayTrackMatched[nMatched] = iTrk;
2616         ++nMatched;
2617       }
2618     }
2619
2620     //printf("Tender::SetTracksMatchedToCluster - cluster E %f, N matches %d, first match %d\n",cluster->E(),nMatched,arrayTrackMatched[0]);
2621
2622     arrayTrackMatched.Set(nMatched);
2623     AliESDCaloCluster *esdcluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*>(cluster);
2624     if (esdcluster)
2625       esdcluster->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
2626     else if (nMatched>0) {
2627       AliAODCaloCluster *aodcluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*>(cluster);
2628       if (aodcluster)
2629         aodcluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(arrayTrackMatched.At(0)));
2630     }
2631
2632     Float_t eta= -999, phi = -999;
2633     if (matchTrackIndex != -1)
2634       GetMatchedResiduals(iClus, eta, phi);
2635     cluster->SetTrackDistance(phi, eta);
2636   }
2637
2638   AliDebug(2,"Cluster matched to tracks");
2639 }
2640
2641 //___________________________________________________
2642 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const
2643 {
2644   // Print Parameters
2645
2646   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
2647   printf("Misalignment shifts\n");
2648   for (Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i,
2649                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
2650                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
2651   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
2652   for (Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
2653
2654   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
2655
2656   printf("Matching criteria: ");
2657   if (fCutEtaPhiSum) {
2658     printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%4.3f\n",fCutR);
2659   } else if (fCutEtaPhiSeparate) {
2660     printf("dEta<%4.3f, dPhi<%4.3f\n",fCutEta,fCutPhi);
2661   } else {
2662     printf("Error\n");
2663     printf("please specify your cut criteria\n");
2664     printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2665     printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2666   }
2667
2668   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step to surface = %2.2f[cm], step to cluster = %2.2f[cm]\n",fMass,fStepSurface, fStepCluster);
2669   printf("Cluster selection window: dR < %2.0f\n",fClusterWindow);
2670
2671   printf("Track cuts: \n");
2672   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
2673   printf("AOD track selection: tpc only %d, or hybrid %d, or mask: %d\n",fAODTPCOnlyTracks,fAODHybridTracks, fAODFilterMask);
2674   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
2675   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
2676   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
2677   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
2678   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
2679 }