EMCAL/jetfinder/AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx

   1
   2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
   3
   4
   5 /**************************************************************************
   6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   7  *                                                                        *
   8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
  10  *                                                                        *
  11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
  12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  18  **************************************************************************/
  19
  20 /*
  21
  22 $Log$
  23 Revision 1.2  2006/06/02 23:03:03  pavlinov
  24 ALICE numbering scheme
  25
  26 Revision 1.1  2006/02/28 21:56:34  jklay
  27 moving jetfinder code to subdirectory
  28
  29 Revision 1.16  2006/02/15 15:11:05  pavlinov
  30 update of Jenn and Marco
  31
  32 Revision 1.15  2004/11/22 19:52:05  mhorner
  33 Make sure pi0 get through
  34
  35 Revision 1.14  2004/04/02 17:11:33  mhorner
  36 Marco's bug - fixes implemented
  37
  38 Revision 1.13  2004/03/26 01:00:38  mhorner
  39 Implementing Marco's optimisations
  40
  41 Revision 1.12  2004/03/15 19:59:37  mhorner
  42 Pyhtia comparison extended
  43
  44 Revision 1.11  2004/03/09 17:06:38  mhorner
  45 Made more robust
  46
  47 Revision 1.10  2004/03/06 01:56:09  mhorner
  48 Pythai comp code
  49
  50 Revision 1.9  2004/02/23 20:37:32  mhorner
  51 changed geometry call
  52
  53 Revision 1.8  2004/01/29 23:28:44  mhorner
  54 Jet Finder - hard coded geom parameters removed
  55
  56 Revision 1.7  2004/01/21 22:27:47  mhorner
  57 Cleaning up coding conventions
  58
  59 Revision 1.6  2003/10/28 13:54:30  schutz
  60 Compilation warnings fixed
  61
  62 Revision 1.5  2003/09/23 13:31:41  mhorner
  63 Changed coordinate system
  64
  65 Revision 1.4  2003/09/19 13:16:20  mhorner
  66 Added additional jet energy info
  67
  68
  69 Revision 1.3  2003/09/04 12:49:56  mhorner
  70 Changed hadron correction and added saving EMCAL and track contributions
  71
  72 */
  73
  74
  75 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
  76 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
  77
  78 #include "TTask.h"
  79 #include "TMath.h"
  80 #include "TParticle.h"
  81 #include "AliRun.h"
  82 #include "AliRunLoader.h"
  83 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
  84 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
  85 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
  86 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
  87 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
  88 #include "AliEMCALGeometry.h"
  89 #include "AliEMCALLoader.h"
  90 #include "AliEMCAL.h"
  91 #include "AliEMCALDigit.h"
  92 #include "AliEMCALJet.h"
  93
  94
  95 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
  96
  97 AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni() :
  98   fUnit(0),fUnitNoCuts(0),fHadCorr(0),fBGType(kRatio),fNumIter(0),
  99   fNumUnits(0),fESeed(0.),fConeRad(0.),fJetEMin(0.),fEtMin(0.),
 100   fMinMove(0.),fMaxMove(0.),fBGMaxMove(0.),fPtCut(0.),fBGPar(0.),
 101   fEBGTotal(0.),fEBGTotalOld(0.),fEBGAve(0.),fEnergy(0.),fJetEta(0.),
 102   fJetPhi(0.),fEtaInit(0.),fPhiInit(0.),fEtaB(0.),fPhiB(0.),fJetESum(0.),
 103   fJetEtaSum(0.),fJetPhiSum(0.),fDEta(0.),fDPhi(0.),fDistP(0.),fDistI(0.),
 104   fTempE(0.),fRad(0.),fNumInCone(0),fNumJets(0),fArrayInitialised(0)
 105 {
 106  //Default constructor
 107 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
 108   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
 109   fNumIter           = 0;
 110   fNumUnits          = geom->GetNTowers();     //Number of towers in EMCAL
 111   fESeed             = 5.0;       //Default value
 112   fConeRad           = 0.3;       //Default value
 113   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
 114   fEtMin             = 0.0;      //Default value
 115   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
 116   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
 117   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
 118   fPtCut             = 0;
 119   fHadCorr           = 0;
 120   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
 121   fEBGTotalOld       = 0.0;
 122   fEBGAve            = 0.0;
 123   fEnergy            = 0.0;
 124   fJetEta            = 0.0;
 125   fJetPhi            = 0.0;
 126   fEtaInit           = 0.0;
 127   fPhiInit           = 0.0;
 128   fEtaB              = 0.0;
 129   fPhiB              = 0.0;
 130   fJetESum           = 0.0;
 131   fJetEtaSum         = 0.0;
 132   fJetPhiSum         = 0.0;
 133   fDEta              = 0.0;
 134   fDPhi              = 0.0;
 135   fDistP             = 0.0;
 136   fDistI             = 0.0;
 137   fTempE             = 0.0;
 138   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start
 139   fNumInCone         = 0;
 140   fNumJets           = 0;
 141   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
 142   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method
 143   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
 144 }
 145
 146
 147 AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni(const AliEMCALJetFinderAlgoOmni& jfao)
 148   : AliEMCALJetFinderAlgo(jfao),
 149     fUnit(jfao.fUnit),fUnitNoCuts(jfao.fUnitNoCuts),fHadCorr(jfao.fHadCorr),
 150     fBGType(jfao.fBGType),fNumIter(jfao.fNumIter),fNumUnits(jfao.fNumUnits),
 151     fESeed(jfao.fESeed),fConeRad(jfao.fConeRad),fJetEMin(jfao.fJetEMin),
 152     fEtMin(jfao.fEtMin), fMinMove(jfao.fMinMove),fMaxMove(jfao.fMaxMove),
 153     fBGMaxMove(jfao.fBGMaxMove),fPtCut(jfao.fPtCut),fBGPar(jfao.fBGPar),
 154     fEBGTotal(jfao.fEBGTotal),fEBGTotalOld(jfao.fEBGTotalOld),fEBGAve(jfao.fEBGAve),
 155     fEnergy(jfao.fEnergy),fJetEta(jfao.fJetEta), fJetPhi(jfao.fJetPhi),fEtaInit(jfao.fEtaInit),
 156     fPhiInit(jfao.fPhiInit),fEtaB(jfao.fEtaB),fPhiB(jfao.fPhiB),fJetESum(jfao.fJetESum),
 157     fJetEtaSum(jfao.fJetEtaSum),fJetPhiSum(jfao.fJetPhiSum),fDEta(jfao.fDEta),fDPhi(jfao.fDPhi),
 158     fDistP(jfao.fDistP),fDistI(jfao.fDistI),fTempE(jfao.fTempE),fRad(jfao.fRad),
 159     fNumInCone(jfao.fNumInCone),fNumJets(jfao.fNumJets),fArrayInitialised(jfao.fArrayInitialised)
 160 {
 161   //copy ctor
 162 }
 163
 164  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
 165    {
 166      //Destructor
 167      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
 168      delete[] fUnit;
 169      delete[] fUnitNoCuts;
 170    }
 171
 172  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 173                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin,
 174                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
 175    {
 176      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
 177      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 178
 179      SetNumUnits(numUnits);
 180      SetJetESeed(eSeed);
 181      SetConeRad(coneRad);
 182      SetJetEMin(jetEMin);
 183      SetEtMin(etMin);
 184      SetMinMove(minMove);
 185      SetMaxMove(maxMove);
 186      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
 187    }
 188
 189  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 190                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
 191    {
 192      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
 193      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 194
 195      SetNumUnits(numUnits);
 196      SetJetESeed(eSeed);
 197      SetConeRad(coneRad);
 198      SetJetEMin(jetEMin);
 199      SetEtMin(etMin);
 200      SetMinMove(fMinMove);
 201      SetMaxMove(fMaxMove);
 202      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
 203    }
 204
 205  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
 206    {
 207      //Initialises unit arrays
 208      if(fArrayInitialised) delete [] fUnit;
 209      if(fArrayInitialised) delete [] fUnitNoCuts;
 210      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 211      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 212      fArrayInitialised = 1;
 213    }
 214
 215  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
 216    {
 217            // Fill the unit array
 218      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
 219          //    AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
 220          //   if (pEMCAL){
 221          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
 222          //     }else
 223          //    {
 224
 225      AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 226      if (geom == 0)
 227       geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
 228
 229         //    }
 230
 231      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
 232      Int_t         numTracks, numDigits;
 233
 234      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and
 235      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
 236      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
 237      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
 238          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 239          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 240          TParticle         *myPart;
 241          AliEMCALDigit     *myDigit;
 242      if (!fPythiaComparison)
 243      {
 244          //Fill units with Track info if appropriate
 245          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll)
 246            {
 247             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 248             {
 249              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 250              Float_t eta = myPart->Eta();
 251              //   have to be tune for TRD1; May 31,06
 252              // Float_t  phi = myPart->Phi();
 253              // Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 254              Int_t towerID = 0;
 255
 256              Float_t  pT = myPart->Pt();
 257              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy();
 258              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
 259
 260
 261              //OLD WAY:   //Do Hadron Correction
 262               if(fHadCorr != 0)
 263                {
 264                  Double_t   fullP = myPart->P();
 265                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 266                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 267                  unitEnergyNoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 268                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 269                  fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 270                } //end Hadron Correction loop
 271
 272
 273              /*
 274               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
 275               if(fHadCorr != 0)
 276                 {
 277                   Bool_t curl = 1;
 278                   Float_t deltaPhi;
 279                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
 280                   if(pdg->Charge() < 0)
 281                     {
 282                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
 283                     }
 284                   else{
 285                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
 286                   }
 287                   phi += deltaPhi;
 288                   //Get new tower id for cell that track would curve into
 289                   Int_t towerID2;
 290                   if(phi>(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMax() || phi<(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMin())
 291                     {
 292                       towerID2 = -1;
 293                     }
 294                   else{
 295                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 296                     }
 297
 298                   if(towerID2 != -1)
 299                     {
 300                       //Find unit energy of new tower
 301                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 302                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 303                       Double_t   fullP = myPart->P();
 304                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 305                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 306                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 307                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
 308                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
 309                     }//end if for towerID2
 310                 }//end Hadron Correction loop
 311              */
 312
 313               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
 314              //Do Pt cut on tracks
 315              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
 316
 317              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
 318
 319              }//end tracks loop
 320            }//end Tracks condition
 321
 322
 323          //Fill units with Digit info if appropriate
 324          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
 325            {
 326             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
 327             {
 328              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
 329              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
 330              Int_t towerID = myDigit->GetId();
 331              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 332              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 333              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 334              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 335              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 336              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 337              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 338             }//end digits loop
 339            }//end digits condition
 340
 341          //Set all unit flags, Eta, Phi
 342          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 343            {
 344              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
 345              //Set all units to be outside a jet initially
 346              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 347              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
 348              Float_t eta;
 349              Float_t phi;
 350              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
 351              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
 352              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 353              //Set all units to be outside a jet initially
 354              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 355              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
 356              eta = 0.0;
 357              phi = 0.0;
 358              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
 359              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
 360              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 361              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
 362              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
 363            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
 364
 365      }
 366      if (fPythiaComparison)
 367      {
 368              for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 369              {
 370                      myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 371                      fUnit[j].SetUnitID(j);
 372                      fUnit[j].SetUnitFlag(kOutJet);
 373                      fUnit[j].SetUnitEta(myPart->Eta());
 374                      fUnit[j].SetUnitPhi(myPart->Phi());
 375                      if (myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()) > fPtCut || myPart->GetPDG()->Charge() == 0.0  )
 376                      {
 377                              fUnit[j].SetUnitEnergy(myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()));
 378                      }else
 379                      {
 380                              fUnit[j].SetUnitEnergy(0.00);
 381                      }
 382                      fUnitNoCuts[j].SetUnitID(j);
 383                      fUnitNoCuts[j].SetUnitFlag(kOutJet);
 384                      fUnitNoCuts[j].SetUnitEta(myPart->Eta());
 385                      fUnitNoCuts[j].SetUnitPhi(myPart->Phi());
 386                      fUnitNoCuts[j].SetUnitEnergy(myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()));
 387              }
 388              for(Int_t k=numTracks; k < fNumUnits; k++)
 389              {
 390                      fUnit[k].SetUnitID(k);
 391                      fUnit[k].SetUnitFlag(kBelowMinEt);
 392                      fUnit[k].SetUnitEta(0.0);
 393                      fUnit[k].SetUnitPhi(0.0);
 394                      fUnit[k].SetUnitEnergy(0.0);
 395                      fUnitNoCuts[k].SetUnitID(k);
 396                      fUnitNoCuts[k].SetUnitFlag(kBelowMinEt);
 397                      fUnitNoCuts[k].SetUnitEta(0.0);
 398                      fUnitNoCuts[k].SetUnitPhi(0.0);
 399                      fUnitNoCuts[k].SetUnitEnergy(0.0);
 400              }
 401      }
 402
 403
 404
 405    }
 406
 407
 408  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
 409  {
 410    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
 411    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
 412    QS(unit, 0, length-1);
 413  }
 414
 415
 416  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
 417  {
 418   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
 419    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");
 420
 421    Int_t    i;
 422    Int_t    j;
 423    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
 424    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
 425
 426    i = left;
 427    j = right;
 428    unitFirst = unit[(left+right)/2];
 429
 430  do
 431   {
 432     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
 433     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
 434
 435     if(i <= j)
 436       {
 437         unitSecond = unit[i];
 438         unit[i] = unit[j];
 439         unit[j] = unitSecond;
 440         i++;
 441         j--;
 442       }//end if
 443   }while(i <= j);
 444
 445  if(left < j) QS(unit, left, j);
 446  if(i < right) QS(unit, i, right);
 447  }
 448
 449
 450  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
 451  {
 452    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
 453    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
 454    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
 455  }
 456
 457  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
 458    {
 459      //Finds the background energy for the iteration
 460      //using the Ratio method
 461      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 462      //Store BGEperCell from previous iteration!
 463      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 464      fEBGTotal          = 0.0;
 465      Int_t numCone      = 0;
 466
 467      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 468      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 469      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
 470
 471      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
 472      //unit ID in NoCuts Unit array
 473      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 474        {
 475          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 476            {
 477              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
 478              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();
 479            }
 480          else numCone++;
 481        }//end for
 482
 483      fEBGTotal *= fBGPar;
 484      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 485      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 486
 487      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 488        {
 489          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 490        }//end for
 491    }
 492
 493  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
 494    {
 495      //Finds the background energy for the iteration
 496      //using all energy not contained inside a jet
 497      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 498      //Store old value of BGEperCell!
 499      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 500      fEBGTotal          = 0.0;
 501      Int_t numCone      = 0;
 502
 503      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
 504      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 505        {
 506          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 507            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
 508          else numCone++;
 509        }//end for
 510
 511      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 512      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 513
 514      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 515        {
 516          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 517        }//end for
 518    }
 519
 520  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
 521    {
 522      //Finds the background energy for the iteration
 523      //using all energy not contained inside a jet
 524      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 525
 526      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 527      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 528      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
 529
 530      fEBGAve = fBGPar;
 531      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 532
 533      fEBGTotal          = 0.0;
 534      Int_t numCone      = 0;
 535      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 536        {
 537          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
 538            {
 539              numCone++;
 540            }
 541          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 542        }//end for
 543      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
 544      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 545    }
 546
 547  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
 548    {
 549      //Finds the eta and phi of the jet axis
 550      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
 551
 552      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
 553      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
 554
 555      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 556      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
 557      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
 558      fJetESum += fEnergy;
 559      if (fJetESum >1.0e-7)
 560      {
 561              fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
 562              fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
 563      }
 564    }
 565
 566
 567  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
 568    {
 569      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
 570      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
 571
 572      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 573        {
 574          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
 575          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
 576          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 577          Float_t rad;
 578          if ((dEta*dEta) + (dPhi*dPhi)>1.e-7)
 579          {
 580                  rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
 581          }else
 582          {
 583                  rad=0.0;
 584          }
 585
 586          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
 587            {
 588              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
 589              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 590              fJetESum += energy;
 591              fJetEtaSum += energy * dEta;
 592              fJetPhiSum += energy * dPhi;
 593              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
 594            }//end if
 595        }//end for
 596    }
 597
 598
 599  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
 600    {
 601      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
 602      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
 603      AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 604      if (geom == 0)
 605        geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
 606      //Store:
 607      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
 608      //fJetEta is the final jet Eta
 609      //fJetPhi is the final jet Phi
 610      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
 611      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
 612      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
 613
 614      AliEMCALJet jet(fJetESum,fJetPhi,fJetEta);
 615
 616       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
 617       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
 618       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
 619       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
 620
 621      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 622      Int_t             numberDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 623      AliEMCALDigit     *myD;
 624      TParticle         *myP;
 625      Int_t             numTracksInCone = 0;
 626      Float_t           trackEnergy = 0.0;
 627      Float_t           trackEnergyPtCut =0.0;
 628      Float_t           emcalEnergy = 0.0;
 629      Float_t           emcalEnergyBGSub = 0.0;
 630
 631      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
 632        {
 633         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
 634         Float_t eta = myP->Eta();
 635         Float_t phi = myP->Phi();
 636         Float_t deta = fJetEta-eta;
 637         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 638         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 639         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
 640        }//end for
 641
 642      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
 643      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
 644      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
 645      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
 646      Int_t             index = 0;
 647
 648      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
 649        {
 650          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
 651          Float_t eta = myP->Eta();
 652          Float_t phi = myP->Phi();
 653          Float_t deta = fJetEta-eta;
 654          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 655          Float_t rad ;
 656          if ((deta*deta) + (dphi*dphi)>1.e-7)
 657          {
 658                  rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi) );
 659          }else
 660          {
 661                  rad=0.0;
 662          }
 663
 664          if(rad<=fConeRad)
 665            {
 666              pTArray[index] = myP->Pt();
 667              //Calculate track contribution within jetcone
 668              trackEnergy += myP->Pt();
 669              if(myP->Pt() >= fPtCut) trackEnergyPtCut += myP->Pt();
 670              etaArray[index] = eta;
 671              phiArray[index] = phi;
 672              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
 673              index++;
 674              if(fHadCorr != 0)
 675              {
 676                      Double_t   fullP = myP->P();
 677                      Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 678                      emcalEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 679                      emcalEnergyBGSub -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 680              } //end Hadron Correction loop
 681
 682            }//end if
 683        }//end for
 684
 685      //Loop over digits to find EMCal contribution within jetcone
 686      for(Int_t counter3=0; counter3<numberDigits; counter3++)
 687        {
 688          myD = fInputPointer->GetDigit(counter3);
 689          //GET DIGIT ETA, PHI so that can check if inside R!
 690          Float_t eta = 0.0;
 691          Float_t phi = 0.0;
 692          Int_t iID = myD->GetId();
 693          geom->EtaPhiFromIndex(iID, eta, phi);
 694          Float_t deta = fJetEta-eta;
 695          Float_t dphi = fJetPhi -(TMath::Pi()/180.0)*phi;
 696          //Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 697          Float_t rad ;
 698          if ((deta*deta) + (dphi*dphi)>1.e-7)
 699          {
 700                  rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi) );
 701          }else
 702          {
 703                  rad=0.0;
 704          }
 705
 706          if(rad<=fConeRad)
 707            {
 708          Int_t amplitude = myD->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 709          Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 710          Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 711          emcalEnergy += digitEnergy;
 712          emcalEnergyBGSub += (digitEnergy - fEBGAve);
 713            }//end if
 714        }//end count3 for
 715
 716      //Save in JET object
 717      jet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
 718      jet.SetEMCALEnergy(emcalEnergy);
 719      jet.SetEMCALEnergyBGSub(emcalEnergyBGSub);
 720      jet.SetTrackEnergy(trackEnergy);
 721      jet.SetTrackEnergyPtCut(trackEnergyPtCut);
 722      fOutputPointer->AddJet(&jet);
 723      delete[] pTArray;
 724      delete[] etaArray;
 725      delete[] phiArray;
 726      delete[] pdgArray;
 727    }
 728
 729
 730  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
 731    {
 732      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
 733      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
 734
 735      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
 736      if(!fArrayInitialised)
 737       {
 738        InitUnitArray();
 739        FillUnitArray(kFillAll);
 740       }//end if
 741      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
 742
 743      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
 744      Sort(fUnit,fNumUnits);
 745
 746      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
 747      fNumIter = 0;
 748      fNumJets = 0;
 749
 750      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
 751      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND
 752      //the value of the average background has changed more than specified amount
 753      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
 754      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
 755
 756      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
 757        {
 758         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
 759
 760          //Step 4. Find the value of the average background energy
 761          FindBG();
 762          fOutputPointer->Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
 763          fNumJets=0;
 764
 765          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
 766          Int_t numbelow = 0;
 767          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
 768            {
 769              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 770                 {
 771                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
 772                   numbelow++;
 773                 }//end if
 774            }//end for
 775          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
 776
 777          //Do quick check if there are no jets upfront
 778          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
 779          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 780            {
 781             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
 782             break;
 783            }//end if
 784
 785          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
 786          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
 787          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
 788            {
 789
 790 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
 791              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
 792                {
 793                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 794                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
 795                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
 796                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
 797                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
 798                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
 799                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
 800                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
 801                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
 802
 803                  fEtaInit = fJetEta;
 804                  fPhiInit = fJetPhi;
 805                  fEtaB = fJetEta;
 806                  fPhiB = fJetPhi;
 807                  Int_t testflag = 1;
 808                  do
 809                    {
 810                  fJetESum = 0.0;
 811                  fJetEtaSum = 0.0;
 812                  fJetPhiSum = 0.0;
 813
 814          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
 815                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
 816                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)
 817                        {
 818                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID && testflag)
 819                          {
 820                                  testflag=0;
 821                                  continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
 822                          }
 823                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
 824                            {
 825                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
 826                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 827                              if ( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) >1.e-7)
 828                              {
 829                                      fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
 830                              }else
 831                              {
 832                                      fRad=0.000;
 833                              }
 834                              if(fRad <= fConeRad)
 835                                {
 836                                  FindJetEtaPhi(count1);
 837                                }//end if
 838                            }//end if
 839                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
 840
 841                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
 842                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
 843                       if (((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB))  >1.e-7)
 844                       {
 845                               fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
 846                       }else
 847                       {
 848                               fDistP = 0.00;
 849                       }
 850                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
 851
 852
 853                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
 854                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
 855                       if ( ((fJetEtaSum)*(fJetEtaSum))+((fJetPhiSum)*(fJetPhiSum)) >1.e-7)
 856                       {
 857                               fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
 858                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
 859                       }else
 860                       {
 861                               fDistI = 0.00;
 862                       }
 863
 864                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
 865                         {
 866                           fEtaB = fJetEta;
 867                           fPhiB = fJetPhi;
 868                         }//end if
 869
 870                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
 871
 872                  fJetEta = fEtaB;
 873                  fJetPhi = fPhiB;
 874
 875
 876        //Step 7. Find the Jet Energy
 877                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
 878                  fJetESum = 0.0;
 879                  fJetEtaSum = 0.0;
 880                  fJetPhiSum = 0.0;
 881                  fNumInCone = 0;
 882                  FindJetEnergy();
 883
 884                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
 885
 886        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
 887                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
 888 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 889                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
 890                  if(fJetESum < fJetEMin)
 891                    {
 892                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 893                        {
 894                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
 895                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
 896                        }//end for
 897                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
 898                   }else
 899                     {
 900                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 901                        {
 902                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
 903                            {
 904                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
 905                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
 906                            }
 907                        }//end for
 908
 909  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
 910                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 911                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 912
 913                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
 914                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
 915
 916                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
 917                }//end if (Jet Seed condition)
 918            }//end (JET SEED LOOP)
 919
 920 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
 921 // this->Dump();
 922          fNumIter++;
 923        }//end 10 iteration WHILE LOOP
 924  }
 925
 926
 927
 928
 929
 930
 931
 932
 933
 934
 935