fixed the tainted variables
[u/mrichter/AliRoot.git] / ITS / AliITS.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18
19 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
20 //                                                                           //
21 //      An overview of the basic philosophy of the ITS code development      //
22 // and analysis is show in the figure below.                                 //
23 //Begin_Html                                                                 //
24 /*                                               
25 <img src="picts/ITS/ITS_Analysis_schema.gif">
26 </pre>
27 <br clear=left>
28 <font size=+2 color=red>
29 <p>Roberto Barbera is in charge of the ITS Offline code (1999).
30 <a href="mailto:roberto.barbera@ct.infn.it">Roberto Barbera</a>.
31 </font>
32 <pre>
33 */
34 //End_Html
35 //
36 //  AliITS. Inner Traking System base class.
37 //  This class contains the base procedures for the Inner Tracking System
38 //
39 //Begin_Html
40 /*
41 <img src="picts/ITS/AliITS_Class_Diagram.gif">
42 </pre>
43 <br clear=left>
44 <font size=+2 color=red>
45 <p>This show the class diagram of the different elements that are part of
46 the AliITS class.
47 </font>
48 <pre>
49 */
50 //End_Html
51 //
52 // Version: 0
53 // Written by Rene Brun, Federico Carminati, and Roberto Barbera
54 //
55 // Version: 1
56 // Modified and documented by Bjorn S. Nilsen
57 // July 11 1999
58 //
59 // Version: 2
60 // Modified and documented by A. Bologna
61 // October 18 1999
62 //
63 // AliITS is the general base class for the ITS. Also see AliDetector for
64 // futher information.
65 //
66 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
67
68 #include <stdlib.h>
69 #include <TClonesArray.h>
70 #include <TFile.h>
71 #include <TParticle.h>
72 #include <TString.h>
73 #include <TTree.h>
74 #include <TVirtualMC.h>
75 #include "AliDetector.h"
76 #include "AliITS.h"
77 #include "AliITSDetTypeSim.h"
78 #include "AliITSDDLRawData.h"
79 #include "AliITSLoader.h"
80 #include "AliITShit.h"
81 #include "AliITSmodule.h"
82 #include "AliITSpListItem.h"
83 #include "AliITSsimulation.h"
84 #include "AliITSsimulationFastPoints.h"
85 #include "AliMC.h"
86 #include "AliITSDigitizer.h"
87 #include "AliITSRecPoint.h"
88 #include "AliITSsegmentationSPD.h"
89 #include "AliITSsegmentationSDD.h"
90 #include "AliITSsimulationSDD.h"
91 #include "AliITSCalibrationSDD.h"
92 #include "AliITSCalibrationSSD.h"
93 #include "AliITSsegmentationSSD.h"
94 #include "AliITSRawStreamSPD.h"
95 #include "AliITSRawStreamSSD.h"
96 #include "AliITSRawStreamSDD.h"
97 #include "AliRawReader.h"
98 #include "AliRun.h"
99 #include "AliLog.h"
100 #include "AliITSInitGeometry.h"
101 #include "AliITSFOSignalsSPD.h"
102
103 ClassImp(AliITS)
104
105 //______________________________________________________________________
106 AliITS::AliITS() : AliDetector(),
107 fDetTypeSim(0),
108 fEuclidOut(0),
109 fOpt("All"),
110 fIdN(0),
111 fIdSens(0),
112 fIdName(0),
113 fITSmodules(0),
114 fTiming(kFALSE),
115 fSimuParam(0),
116 fModA(0),
117 fpSDigits(0)
118 {
119   // Default initializer for ITS
120   //      The default constructor of the AliITS class. In addition to
121   // creating the AliITS class it zeros the variables fIshunt (a member
122   // of AliDetector class), fEuclidOut, and fIdN, and zeros the pointers
123   // fIdSens, and fIdName. The AliDetector default constructor
124   // is also called.
125   
126 //    SetDetectors(); // default to fOpt="All". This variable not written out.
127 //PH    SetMarkerColor(kRed);
128 }
129 //______________________________________________________________________
130 AliITS::AliITS(const Char_t *title):
131   AliDetector("ITS",title),
132   fDetTypeSim(0),
133   fEuclidOut(0),
134   fOpt("All"),
135   fIdN(0),
136   fIdSens(0),
137   fIdName(0),
138   fITSmodules(0),
139   fTiming(kFALSE),
140   fSimuParam(0),
141   fModA(0),
142   fpSDigits(0)
143 {
144     //     The standard Constructor for the ITS class. 
145     // It also zeros the variables
146     // fIshunt (a member of AliDetector class), fEuclidOut, and zeros
147     // the pointers fIdSens and fIdName. To help in displaying hits via the
148     // ROOT macro display.C AliITS also sets the marker color to red. The
149     // variables passes with this constructor, const char *name and *title,
150     // are used by the constructor of AliDetector class. See AliDetector
151     // class for a description of these parameters and its constructor
152     // functions.
153     // Inputs:
154     //   Char_t *title  Simulation title for the ITS
155     // Outputs:
156     //   none.
157     // Return:
158     //   none.
159   
160     fHits = new TClonesArray("AliITShit",1560); // from AliDetector
161     if(gAlice->GetMCApp()) gAlice->GetMCApp()->AddHitList(fHits);
162     //fNhits=0;  //done in AliDetector(name,title)
163     SetDetectors(); // default to fOpt="All". This variable not written out.
164     fDetTypeSim   = new AliITSDetTypeSim();
165     //PH  SetMarkerColor(kRed);
166     if(!fLoader) MakeLoader(AliConfig::GetDefaultEventFolderName());
167     fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
168 }
169 //______________________________________________________________________
170 AliITS::AliITS(const char *name, const char *title):
171   AliDetector(name,title),
172   fDetTypeSim(0),
173   fEuclidOut(0),
174   fOpt("All"),
175   fIdN(0),
176   fIdSens(0),
177   fIdName(0),
178   fITSmodules(0),
179   fTiming(kFALSE),
180   fSimuParam(0),
181   fModA(0),
182   fpSDigits(0)
183 {
184   //     The standard Constructor for the ITS class. 
185   // It also zeros the variables
186   // fIshunt (a member of AliDetector class), fEuclidOut, and zeros
187   // the pointers fIdSens and fIdName. To help in displaying hits via the
188   // ROOT macro display.C AliITS also sets the marker color to red. The
189   // variables passes with this constructor, const char *name and *title,
190   // are used by the constructor of AliDetector class. See AliDetector
191   // class for a description of these parameters and its constructor
192   // functions.
193   
194   fHits = new TClonesArray("AliITShit",1560);
195   if(gAlice->GetMCApp()) gAlice->GetMCApp()->AddHitList(fHits);
196   //fNhits=0;  //done in AliDetector(name,title)
197
198   SetDetectors(); // default to fOpt="All". This variable not written out.
199     
200   fDetTypeSim   = new AliITSDetTypeSim();
201   //PH  SetMarkerColor(kRed);
202   if(!fLoader) MakeLoader(AliConfig::GetDefaultEventFolderName());
203   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
204
205 }
206 //______________________________________________________________________
207 AliITS::~AliITS(){
208     // Default destructor for ITS.
209     //     The default destructor of the AliITS class. In addition to deleting
210     // the AliITS class it deletes the memory pointed to by 
211     // fIdSens, fIdName, fDetTypeSim and it's contents.
212     // Inputs:
213     //      none.
214     // Outputs:
215     //      none.
216     // Return:
217     //      none.
218
219     if (fHits) {
220       fHits->Delete();
221       delete fHits;
222       fHits=0;
223     }
224     if(fITSmodules) {
225         this->ClearModules();
226         delete fITSmodules;
227         fITSmodules = 0;
228     }// end if fITSmodules!=0
229
230     delete[] fIdName;  // Array of TStrings
231     delete[] fIdSens;
232     Int_t size   = AliITSgeomTGeo::GetNModules();
233     if (fDetTypeSim){
234       delete fDetTypeSim;
235       fDetTypeSim = 0;
236     }
237     if(fSimuParam){
238       delete fSimuParam;
239       fSimuParam=0;
240     }
241     if(fModA){
242       if(size>0){
243         for(Int_t j=0; j<size; j++){
244           fModA[j]->Delete();
245           delete fModA[j];
246         }
247       }
248       delete []fModA;
249     }
250     if(fpSDigits){
251       fpSDigits->Delete();
252       delete fpSDigits;
253     }
254 }
255 //______________________________________________________________________
256 AliDigitizer* AliITS::CreateDigitizer(AliRunDigitizer* manager)const{
257     // Creates the AliITSDigitizer in a standard way for use via AliModule.
258     // This function can not be included in the .h file because of problems
259     // with the order of inclusion (recursive).
260     // Inputs:
261     //    AliRunDigitizer *manager  The Manger class for Digitization
262     // Output:
263     //    none.
264     // Return:
265     //    A new AliITSRunDigitizer (cast as a AliDigitizer).
266
267      return new AliITSDigitizer(manager);
268 }
269 //______________________________________________________________________
270 void AliITS::Init(){
271     // Initializer ITS after it has been built
272     //     This routine initializes the AliITS class. It is intended to be
273     // called from the Init function in AliITSv?. Besides displaying a banner
274     // indicating that it has been called it initializes the array fIdSens
275     // and sets the default segmentation, response, digit and raw cluster
276     // classes therefore it should be called after a call to CreateGeometry.
277     // Inputs:
278     //      none.
279     // Outputs:
280     //      none.
281     // Return:
282     //      none.
283     Int_t i;
284     // Array of TStrings
285     if(gMC) for(i=0;i<fIdN;i++) fIdSens[i] = gMC->VolId(fIdName[i]);
286  
287 }
288 //______________________________________________________________________
289 void AliITS::SetDefaults(){
290     // sets the default segmentation, response, digit and raw cluster classes.
291     // Inputs:
292     //      none.
293     // Outputs:
294     //      none.
295     // Return:
296     //      none.
297     AliInfoClass("AliITS::Setting Defaults");
298     if(!fDetTypeSim) { 
299      Error("SetDefaults()","fDetTypeSim is 0!"); 
300      return;
301     }
302
303     fDetTypeSim->SetDefaults();
304     if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
305
306 }
307 //______________________________________________________________________
308 void AliITS::SetDefaultSimulation(){
309     // sets the default simulation.
310     // Inputs:
311     //      none.
312     // Outputs:
313     //      none.
314     // Return:
315     //      none.
316     if(!fDetTypeSim) { 
317      Error("SetDefaultSimulation()","fDetTypeSim is 0!"); 
318      return;
319     }
320
321     fDetTypeSim->SetDefaultSimulation();
322     if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
323
324 }
325
326
327 //______________________________________________________________________
328 void AliITS::MakeBranch(Option_t* option){
329     // Creates Tree branches for the ITS.
330     // Inputs:
331     //      Option_t *option    String of Tree types S,D, and/or R.
332     //      const char *file    String of the file name where these branches
333     //                          are to be stored. If blank then these branches
334     //                          are written to the same tree as the Hits were
335     //                          read from.
336     // Outputs:
337     //      none.
338     // Return:
339     //      none.
340   if(!fDetTypeSim) {
341     Error("MakeBranch","fDetTypeSim is 0!");
342     return;
343   }
344
345   Bool_t cH = (strstr(option,"H")!=0);
346   Bool_t cS = (strstr(option,"S")!=0);
347   Bool_t cD = (strstr(option,"D")!=0);
348   
349   if(cH && (fHits == 0x0)) fHits = new TClonesArray("AliITShit", 1560);
350   AliDetector::MakeBranch(option);
351   
352   if(cS) MakeBranchS(0);
353   if(cD) MakeBranchD(0);
354
355
356 }
357 //___________________________________________________________________
358 void AliITS::MakeBranchS(const char* fl){
359
360   // Creates Tree Branch for the ITS summable digits.
361   // Inputs:
362   //      cont char *fl  File name where SDigits branch is to be written
363   //                     to. If blank it write the SDigits to the same
364   //                     file in which the Hits were found.
365
366   
367   if(!fDetTypeSim){
368     Error("MakeBranchS","fDetTypeSim is 0!");
369   }
370   Int_t buffersize = 4000;
371   char branchname[30];
372
373   // only one branch for SDigits.
374   sprintf(branchname,"%s",GetName());
375
376   if(fLoader->TreeS()){
377     TClonesArray* sdig = (TClonesArray*)fDetTypeSim->GetSDigits();
378     MakeBranchInTree(fLoader->TreeS(),branchname,&sdig,buffersize,fl);
379   } 
380 }
381 //______________________________________________________________________
382 void AliITS::MakeBranchD(const char* file){
383
384   //Make branch for digits
385   if(!fDetTypeSim) {
386     Warning("MakeBranchD","fDetTypeSim is 0!");
387     return;
388   }
389   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
390   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
391   MakeBranchInTreeD(fLoader->TreeD(),file);
392 }
393
394 //___________________________________________________________________
395 void AliITS:: MakeBranchInTreeD(TTree* treeD, const char* file){
396   // Creates Tree branches for the ITS.
397
398   if(!fDetTypeSim){
399     Error("MakeBranchS","fDetTypeSim is 0!");
400   }
401   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
402   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
403
404   const Char_t *det[3] = {"SPD","SDD","SSD"};
405   const Char_t* digclass;
406   Int_t buffersize = 4000;
407   Char_t branchname[30];
408   
409   if(!fDetTypeSim->GetDigits()){
410     fDetTypeSim->SetDigits(new TObjArray(fgkNTYPES));
411   }
412   for(Int_t i=0;i<fgkNTYPES;i++){
413     digclass = fDetTypeSim->GetDigitClassName(i);
414     TString classn = digclass;
415     if(!((fDetTypeSim->GetDigits())->At(i))){
416       (fDetTypeSim->GetDigits())->AddAt(new TClonesArray(classn.Data(),1000),i);
417     }
418     else ResetDigits(i);  
419     if(fgkNTYPES==3) sprintf(branchname,"%sDigits%s",GetName(),det[i]);
420     else sprintf(branchname,"%sDigits%d",GetName(),i+1);
421     TObjArray* dig = DigitsAddress(i);
422     if(GetDigits() && treeD) AliDetector::MakeBranchInTree(treeD,branchname, &dig,buffersize,file);
423   }
424
425 }
426 //______________________________________________________________________
427 void AliITS::SetTreeAddress(){
428     // Set branch address for the Trees.
429     // Inputs:
430     //      none.
431     // Outputs:
432     //      none.
433     // Return:
434     //      none.
435     
436   if(!fDetTypeSim) {
437     Error("SetTreeAddress","fDetTypeSim is 0!");
438     return;
439   }
440
441   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
442   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
443
444   TTree *treeS = fLoader->TreeS();
445   TTree *treeD = fLoader->TreeD();
446   if (fLoader->TreeH() && (fHits == 0x0)) {
447       fHits = new TClonesArray("AliITShit", 1560);
448   }
449   AliDetector::SetTreeAddress();
450
451   fDetTypeSim->SetTreeAddressS(treeS, (Char_t*)GetName());
452   fDetTypeSim->SetTreeAddressD(treeD, (Char_t*)GetName());
453 }
454 //______________________________________________________________________
455 void AliITS::AddHit(Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits){
456     // Add an ITS hit
457     //     The function to add information to the AliITShit class. See the
458     // AliITShit class for a full description. This function allocates the
459     // necessary new space for the hit information and passes the variable
460     // track, and the pointers *vol and *hits to the AliITShit constructor
461     // function.
462     // Inputs:
463     //      Int_t   track   Track number which produced this hit.
464     //      Int_t   *vol    Array of Integer Hit information. See AliITShit.h
465     //      Float_t *hits   Array of Floating Hit information.  see AliITShit.h
466     // Outputs:
467     //      none.
468     // Return:
469     //      none.
470   TClonesArray &lhits = *fHits;
471   new(lhits[fNhits++]) AliITShit(fIshunt,track,vol,hits);
472 }
473
474 //______________________________________________________________________
475 void AliITS::FillModules(Int_t evnt,Int_t bgrev,Int_t nmodules,
476                          Option_t *option, const char *filename){
477   // fill the modules with the sorted by module hits; add hits from
478   // background if option=Add.
479
480   static TTree *trH1;                 //Tree with background hits
481   static Bool_t first=kTRUE;
482   static TFile *file;
483   const char *addBgr = strstr(option,"Add");
484   
485   evnt = nmodules; // Dummy use of variables to remove warnings
486   if (addBgr ) {
487     if(first) {
488       file=new TFile(filename);
489     } // end if first
490     first=kFALSE;
491     file->cd();
492     file->ls();
493     // Get Hits Tree header from file
494     if(trH1) delete trH1;
495     trH1=0;
496     
497     char treeName[20];
498     sprintf(treeName,"TreeH%d",bgrev);
499     trH1 = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
500     if (!trH1) {
501       Error("FillModules","cannot find Hits Tree for event:%d",bgrev);
502     } // end if !trH1
503     // Set branch addresses
504   } // end if addBgr
505   
506   FillModules(fLoader->TreeH(),0); // fill from this file's tree.
507     
508   if (addBgr ) {
509     FillModules(trH1,10000000); // Default mask 10M.
510     TTree *fAli=fLoader->GetRunLoader()->TreeK();
511     TFile *fileAli=0;
512     if (fAli) fileAli =fAli->GetCurrentFile();
513     fileAli->cd();
514   } // end if add
515   
516   
517 }
518 //______________________________________________________________________
519 void AliITS::FillModules(TTree *treeH, Int_t mask) {
520     // fill the modules with the sorted by module hits; 
521     // can be called many times to do a merging
522     // Inputs:
523     //      TTree *treeH  The tree containing the hits to be copied into
524     //                    the modules.
525     //      Int_t mask    The track number mask to indecate which file
526     //                    this hits came from.
527     // Outputs:
528     //      none.
529     // Return:
530     //      none.
531
532     if (treeH == 0x0)
533      {
534        Error("FillModules","Tree is NULL");
535      }
536     Int_t lay,lad,det,index;
537     AliITShit *itsHit=0;
538     AliITSmodule *mod=0;
539     char branchname[20];
540     sprintf(branchname,"%s",GetName());
541     TBranch *branch = treeH->GetBranch(branchname);
542     if (!branch) {
543         Error("FillModules","%s branch in TreeH not found",branchname);
544         return;
545     } // end if !branch
546     branch->SetAddress(&fHits);
547     Int_t nTracks =(Int_t) treeH->GetEntries();
548     Int_t iPrimTrack,h;
549     for(iPrimTrack=0; iPrimTrack<nTracks; iPrimTrack++){
550         ResetHits();
551         Int_t nBytes = treeH->GetEvent(iPrimTrack);
552         if (nBytes <= 0) continue;
553         Int_t nHits = fHits->GetEntriesFast();
554         for(h=0; h<nHits; h++){
555             itsHit = (AliITShit *)fHits->UncheckedAt(h);
556             itsHit->GetDetectorID(lay,lad,det);
557             if (GetITSgeom()) {
558                 index = GetITSgeom()->GetModuleIndex(lay,lad,det);
559             } else {
560                 index=det-1; // This should not be used.
561             } // end if [You must have fITSgeom for this to work!]
562             mod = GetModule(index);
563             itsHit->SetTrack(itsHit->GetTrack()+mask); // Set track mask.
564             mod->AddHit(itsHit,iPrimTrack,h);
565         } // end loop over hits 
566     } // end loop over tracks
567 }
568
569 //______________________________________________________________________
570 Bool_t AliITS::InitModules(Int_t size,Int_t &nmodules){
571     // Initialize the modules array.
572     // Inputs:
573     //      Int_t size  Size of array of the number of modules to be
574     //                  created. If size <=0 then the number of modules
575     //                  is gotten from AliITSgeom class kept in fITSgeom.
576     // Outputs:
577     //      Int_t &nmodules The number of modules existing.
578     // Return:
579     //      none.
580
581     if(fITSmodules){ 
582         fITSmodules->Delete();
583         delete fITSmodules;
584     } // end fir fITSmoudles
585
586     if(!fDetTypeSim) {
587       Error("InitModules","fDetTypeSim is null!");
588       return kFALSE;
589     }
590     if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
591
592     Int_t nl,indexMAX,index;
593
594     if(size<=0){ // default to using data stored in AliITSgeom
595         if(fDetTypeSim->GetITSgeom()==0) {
596             Error("InitModules","fITSgeom not defined");
597             return kFALSE;
598         } // end if fITSgeom==0
599         nl = fDetTypeSim->GetITSgeom()->GetNlayers();
600         indexMAX = fDetTypeSim->GetITSgeom()->GetIndexMax();
601         nmodules = indexMAX;
602         fITSmodules = new TObjArray(indexMAX);
603         for(index=0;index<indexMAX;index++){
604             fITSmodules->AddAt( new AliITSmodule(index),index);
605         } // end for index
606     }else{
607         fITSmodules = new TObjArray(size);
608         for(index=0;index<size;index++) {
609             fITSmodules->AddAt( new AliITSmodule(index),index);
610         } // end for index
611
612         nmodules = size;
613     } // end i size<=0
614     return kTRUE;
615 }
616 //______________________________________________________________________
617 void AliITS::Hits2SDigits(){
618     // Standard Hits to summable Digits function.
619     // Inputs:
620     //      none.
621     // Outputs:
622     //      none.
623   
624
625    if(!fDetTypeSim) {
626      Error("Hits2SDigits","fDetTypeSim is null!");
627      return; 
628   } 
629      
630   SetDefaults();
631   fLoader->LoadHits("read");
632   fLoader->LoadSDigits("recreate");
633   AliRunLoader* rl = fLoader->GetRunLoader(); 
634   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
635   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
636
637   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < rl->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
638         // Do the Hits to Digits operation. Use Standard input values.
639         // Event number from file, no background hit merging , use size from
640         // AliITSgeom class, option="All", input from this file only.
641     rl->GetEvent(iEvent);
642     if (!fLoader->TreeS()) fLoader->MakeTree("S");
643     MakeBranch("S");
644     SetTreeAddress();
645     HitsToPreDigits(iEvent,0,-1," ",fOpt," ");
646   } // end for iEvent
647     
648   fLoader->UnloadHits();
649   fLoader->UnloadSDigits();
650   
651 }
652 //______________________________________________________________________
653 void AliITS::Hits2Digits(){
654
655   //Conversion from hits to digits
656   if(!fDetTypeSim) {
657     Error("Hits2SDigits","fDetTypeSim is 0!");
658     return;
659   }
660    
661   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
662   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
663   SetDefaults();
664
665   fLoader->LoadHits("read");
666   fLoader->LoadDigits("recreate");
667   AliRunLoader* rl = fLoader->GetRunLoader(); 
668   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < rl->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
669     rl->GetEvent(iEvent);
670     if (!fLoader->TreeD()) fLoader->MakeTree("D");
671     MakeBranch("D");
672     SetTreeAddress();   
673     HitsToDigits(iEvent,0,-1," ",fOpt," ");
674   } 
675   
676   fLoader->UnloadHits();
677   fLoader->UnloadDigits();
678   
679 }
680
681 //______________________________________________________________________
682 void AliITS::HitsToDigits(Int_t evNumber,Int_t bgrev,Int_t size,
683                           Option_t *option,Option_t *opt,
684                           const char *filename){
685     //   Keep galice.root for signal and name differently the file for 
686     // background when add! otherwise the track info for signal will be lost !
687     // the condition below will disappear when the geom class will be
688     // initialized for all versions - for the moment it is only for v5 !
689     // 7 is the SDD beam test version.
690     // Inputs:
691     //      Int_t evnt       Event to be processed.
692     //      Int_t bgrev      Background Hit tree number.
693     //      Int_t nmodules   Not used.
694     //      Option_t *option String indicating if merging hits or not. To
695     //                       merge hits set equal to "Add". Otherwise no
696     //                       background hits are considered.
697     //      Test_t *filename File name containing the background hits..
698     // Outputs:
699     //      none.
700     // Return:
701     //      none.
702
703   if(!fDetTypeSim) {
704     Error("HitsToDigits","fDetTypeSim is null!");
705     return;
706   }
707   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
708   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
709   if(!GetITSgeom()) return; // need transformations to do digitization.
710   AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
711
712   const char *all = strstr(opt,"All");
713   const char *det[3] = {strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),
714                         strstr(opt,"SSD")};
715   static Bool_t setDef=kTRUE;
716   if (setDef) SetDefaultSimulation();
717   setDef=kFALSE;
718   
719   Int_t nmodules;
720   InitModules(size,nmodules);
721   FillModules(evNumber,bgrev,nmodules,option,filename);
722  
723   // Reset Fast-OR signals for this event
724   fDetTypeSim->ResetFOSignals();
725
726   AliITSsimulation *sim      = 0;
727   AliITSmodule     *mod      = 0;
728   Int_t id;
729   for(Int_t module=0;module<geom->GetIndexMax();module++){
730     id       = geom->GetModuleType(module);
731     if (!all && !det[id]) continue;
732     sim      = (AliITSsimulation*)fDetTypeSim->GetSimulationModel(id);
733     if (!sim) {
734       Error("HitsToDigits","The simulation class was not "
735             "instanciated for module %d type %s!",module,
736             geom->GetModuleTypeName(module));
737       exit(1);
738     } // end if !sim
739     mod      = (AliITSmodule *)fITSmodules->At(module);
740     sim->DigitiseModule(mod,module,evNumber);
741     // fills all branches - wasted disk space
742     fLoader->TreeD()->Fill(); 
743     ResetDigits();
744   } // end for module
745   
746   ClearModules();
747  
748   // Add random noise to FO signals
749   if (all || det[0]) { // SPD present
750     fDetTypeSim->ProcessNoiseForFastOr();
751   }
752
753   // Add Fast-OR signals to event (only one object per event)
754   if (all || det[0]) { // SPD present
755     fDetTypeSim->WriteFOSignals();
756   }
757
758   
759   fLoader->TreeD()->GetEntries();
760   fLoader->TreeD()->AutoSave();
761   // reset tree
762   fLoader->TreeD()->Reset();
763 }
764 //_____________________________________________________________________
765 void AliITS::Hits2PreDigits(){ 
766   // Turn hits into SDigits
767
768   if(!fDetTypeSim) {
769     Error("Hits2SDigits","fDetTypeSim is 0!");
770     return;
771   }
772    
773   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
774   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
775   SetDefaults();
776   
777   HitsToPreDigits(fLoader->GetRunLoader()->GetEventNumber(),
778                   0,-1," ",fOpt," ");
779 }
780
781 //______________________________________________________________________
782 void AliITS::HitsToPreDigits(Int_t evNumber,Int_t bgrev,Int_t size,
783                              Option_t *option,Option_t *opt,
784                              const char *filename){
785     //   Keep galice.root for signal and name differently the file for 
786     // background when add! otherwise the track info for signal will be lost !
787     // the condition below will disappear when the geom class will be
788     // initialized for all versions - for the moment it is only for v5 !
789     // 7 is the SDD beam test version.
790     // Inputs:
791     //      Int_t evnt       Event to be processed.
792     //      Int_t bgrev      Background Hit tree number.
793     //      Int_t nmodules   Not used.
794     //      Option_t *option String indicating if merging hits or not. To
795     //                       merge hits set equal to "Add". Otherwise no
796     //                       background hits are considered.
797     //      Test_t *filename File name containing the background hits..
798     // Outputs:
799     //      none.
800     // Return:
801     //      none.
802
803  
804   if(!fDetTypeSim) {
805     Error("HitsToPreDigits","fDetTypeSim is null!");
806     return;
807   }
808   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
809   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
810
811   if(!GetITSgeom()){
812     Error("HitsToPreDigits","fGeom is null!");
813     return; // need transformations to do digitization.
814   }
815   AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
816
817   const char *all = strstr(opt,"All");
818   const char *det[3] = {strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),
819                         strstr(opt,"SSD")};
820   static Bool_t setDef=kTRUE;
821   if (setDef) SetDefaultSimulation();
822   setDef=kFALSE;
823   
824   Int_t nmodules;
825   InitModules(size,nmodules);
826   FillModules(evNumber,bgrev,nmodules,option,filename);
827   
828
829   AliITSsimulation *sim      = 0;
830   AliITSmodule     *mod      = 0;
831   Int_t id,module;
832   for(module=0;module<geom->GetIndexMax();module++){
833     id       = geom->GetModuleType(module);
834     if (!all && !det[id]) continue;
835     sim      = (AliITSsimulation*)GetSimulationModel(id);
836     if (!sim) {
837       Error("HitsToPreDigits","The simulation class was not "
838             "instanciated for module %d type %s!",module,
839             geom->GetModuleTypeName(module));
840       exit(1);
841     } // end if !sim
842     mod      = (AliITSmodule *)fITSmodules->At(module);
843     sim->SDigitiseModule(mod,module,evNumber);
844     // fills all branches - wasted disk space
845     fLoader->TreeS()->Fill(); 
846     fDetTypeSim->ResetSDigits();
847   } // end for module
848
849   ClearModules();
850
851   
852   fLoader->TreeS()->GetEntries();
853   fLoader->TreeS()->AutoSave();
854   fLoader->WriteSDigits("OVERWRITE");
855   // reset tree
856   fLoader->TreeS()->Reset();
857 }
858
859 //_____________________________________________________________________
860 void AliITS::HitsToFastRecPoints(Int_t evNumber,Int_t bgrev,Int_t size,
861                                   Option_t *opt0,Option_t *opt1,
862                                  const char *flnm){
863     // keep galice.root for signal and name differently the file for 
864     // background when add! otherwise the track info for signal will be lost !
865     // the condition below will disappear when the geom class will be
866     // initialized for all versions - for the moment it is only for v5 !
867     // Inputs:
868     //      Int_t evnt       Event to be processed.
869     //      Int_t bgrev      Background Hit tree number.
870     //      Int_t size       Size used by InitModules. See InitModules.
871     //      Option_t *opt0   Option passed to FillModules. See FillModules.
872     //      Option_t *opt1   String indicating if merging hits or not. To
873     //                       merge hits set equal to "Add". Otherwise no
874     //                       background hits are considered.
875     //      Test_t *flnm     File name containing the background hits..
876     // Outputs:
877     //      none.
878     // Return:
879     //      none.
880
881
882
883   if(!GetITSgeom()){
884     Error("HitsToPreDigits","fGeom is null!");
885     return; // need transformations to do digitization.
886   }
887   AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
888
889   AliITSLoader *pITSloader = (AliITSLoader*)fLoader;
890
891   const char *all = strstr(opt1,"All");
892   const char *det[3] ={strstr(opt1,"SPD"),strstr(opt1,"SDD"),
893                        strstr(opt1,"SSD")};
894   Int_t nmodules;
895   InitModules(size,nmodules);
896   FillModules(evNumber,bgrev,nmodules,opt0,flnm);
897
898   AliITSsimulation *sim      = 0;
899   AliITSmodule     *mod      = 0;
900   Int_t id,module;
901
902   TTree *lTR = pITSloader->TreeR();
903   if(!lTR) {
904     pITSloader->MakeTree("R");
905     lTR = pITSloader->TreeR();
906   }
907   
908   TClonesArray* ptarray = new TClonesArray("AliITSRecPoint",1000);
909   TBranch* branch = (TBranch*)lTR->Branch("ITSRecPointsF",&ptarray);
910   branch->SetAddress(&ptarray);
911   //m.b. : this change is nothing but a nice way to make sure
912   //the CPU goes up !    
913   for(module=0;module<geom->GetIndexMax();module++){
914     id       = geom->GetModuleType(module);
915     if (!all && !det[id]) continue;
916     sim      = (AliITSsimulation*)GetSimulationModel(id);
917     if (!sim) {
918       Error("HitsToFastPoints","The simulation class was not "
919             "instantiated for module %d type %s!",module,
920             geom->GetModuleTypeName(module));
921       exit(1);
922     } // end if !sim
923     mod      = (AliITSmodule *)fITSmodules->At(module);
924     sim->CreateFastRecPoints(mod,module,gRandom,ptarray);
925     lTR->Fill();
926     ptarray->Clear();
927   } // end for module
928
929   ClearModules();
930   fLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
931   delete ptarray;
932 }
933 //_____________________________________________________________________
934 Int_t AliITS::Hits2Clusters(TTree *hTree, TTree *cTree) {
935   //------------------------------------------------------------
936   // This function creates ITS clusters
937   //------------------------------------------------------------
938   if(!GetITSgeom()){
939     Error("HitsToPreDigits","fGeom is null!");
940     return 1; // need transformations to do digitization.
941   }
942   AliITSgeom *geom=GetITSgeom();
943   Int_t mmax=geom->GetIndexMax();
944
945   InitModules(-1,mmax);
946   FillModules(hTree,0);
947
948   TClonesArray *points = new TClonesArray("AliITSRecPoint",1000);
949   TBranch *branch=cTree->GetBranch("ITSRecPoints");
950   if (!branch) cTree->Branch("ITSRecPoints",&points);
951   else branch->SetAddress(&points);
952
953   AliITSsimulationFastPoints sim;
954   Int_t ncl=0;
955   for (Int_t m=0; m<mmax; m++) {
956     AliITSmodule *mod=GetModule(m);      
957     sim.CreateFastRecPoints(mod,m,gRandom,points);      
958     ncl+=points->GetEntriesFast();
959     cTree->Fill();
960     points->Clear();
961   }
962
963   AliDebug(1,Form("Number of found fast clusters : %d",ncl));
964
965   //cTree->Write();
966
967   delete points;
968   return 0;
969 }
970
971 //_____________________________________________________________________
972 void AliITS::CheckLabels(Int_t lab[3]) const {
973   //------------------------------------------------------------
974   // Tries to find mother's labels
975   //------------------------------------------------------------
976
977   if(lab[0]<0 && lab[1]<0 && lab[2]<0) return; // In case of no labels just exit
978
979   Int_t ntracks = gAlice->GetMCApp()->GetNtrack();
980   for (Int_t i=0;i<3;i++){
981     Int_t label = lab[i];
982     if (label>=0 && label<ntracks) {
983       TParticle *part=(TParticle*)gAlice->GetMCApp()->Particle(label);
984       if (part->P() < 0.005) {
985         Int_t m=part->GetFirstMother();
986         if (m<0) {      
987           continue;
988         }
989         if (part->GetStatusCode()>0) {
990           continue;
991         }
992         lab[i]=m;       
993       }
994     }    
995   }
996   
997 }
998
999 //______________________________________________________________________
1000 void AliITS::SDigitsToDigits(Option_t *opt){
1001   // Standard Summable digits to Digits function.
1002   // Inputs:
1003   //      none.
1004   // Outputs:
1005   //      none.
1006   if (!fDetTypeSim) {
1007     AliError("fDetTypeSim is 0!");
1008     return;
1009   }
1010
1011   const char *all = strstr(opt,"All");
1012   const char *det[3] ={strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),
1013                        strstr(opt,"SSD")};
1014
1015   // Reset Fast-OR signals for this event
1016   fDetTypeSim->ResetFOSignals();
1017
1018   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
1019   SetDefaults();
1020   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
1021   fDetTypeSim->SDigitsToDigits(opt,(Char_t*)GetName());
1022
1023   // Add random noise to FO signals
1024   if (all || det[0]) { // SPD present
1025     fDetTypeSim->ProcessNoiseForFastOr();
1026   }
1027   // Add Fast-OR signals to event (only one object per event)
1028   if (all || det[0]) { // SPD present
1029     fDetTypeSim->WriteFOSignals();
1030   }
1031 }
1032
1033 //______________________________________________________________________
1034 void AliITS::ResetDigits(){
1035     // Reset number of digits and the digits array for the ITS detector.
1036     // Inputs:
1037     //      none.
1038     // Outputs:
1039     //      none.
1040     if(!fDetTypeSim) {
1041       Error("ResetDigits","fDetTypeSim is 0!");
1042       return;
1043     }
1044    
1045     fDetTypeSim->ResetDigits();
1046
1047
1048 }
1049 //______________________________________________________________________
1050 void AliITS::ResetDigits(Int_t branch){
1051     // Reset number of digits and the digits array for this branch.
1052     // Inputs:
1053     //      none.
1054     // Outputs:
1055     //      none.
1056
1057     if(!fDetTypeSim) {
1058       Error("ResetDigits","fDetTypeSim is 0!");
1059       return;
1060     }
1061    
1062     fDetTypeSim->ResetDigits(branch);
1063
1064 }
1065 //______________________________________________________________________
1066 void AliITS::AddSumDigit(AliITSpListItem &sdig){
1067     // Adds the a module full of summable digits to the summable digits tree.
1068     // Inputs:
1069     //      AliITSpListItem &sdig   SDigit to be added to SDigits tree.
1070     // Outputs:
1071     //      none.
1072     // Return:
1073     //      none.
1074
1075     if(!fDetTypeSim) {
1076       Error("AddSumDigit","fDetTypeSim is 0!");
1077       return;
1078     }
1079     fDetTypeSim->AddSumDigit(sdig);
1080     
1081 }
1082 //______________________________________________________________________
1083 void AliITS::AddSimDigit(Int_t branch, AliITSdigit *d){
1084     //    Add a simulated digit.
1085     // Inputs:
1086     //      Int_t id        Detector type number.
1087     //      AliITSdigit *d  Digit to be added to the Digits Tree. See 
1088     //                      AliITSdigit.h
1089     // Outputs:
1090     //      none.
1091     // Return:
1092     //      none.
1093
1094     if(!fDetTypeSim) {
1095       Error("AddSimDigit","fDetTypeSim is 0!");
1096       return;
1097     }
1098     fDetTypeSim->AddSimDigit(branch,d);
1099
1100 }
1101 //______________________________________________________________________
1102 void AliITS::AddSimDigit(Int_t branch,Float_t phys,Int_t *digits,Int_t *tracks,
1103                          Int_t *hits,Float_t *charges, Int_t sigexpanded){
1104   //   Add a simulated digit to the list.
1105   // Inputs:
1106   //      Int_t id        Detector type number.
1107   //      Float_t phys    Physics indicator. See AliITSdigits.h
1108   //      Int_t *digits   Integer array containing the digits info. See 
1109   //                      AliITSdigit.h
1110   //      Int_t *tracks   Integer array [AliITSdigitS?D::GetNTracks()] 
1111   //                      containing the track numbers that contributed to
1112   //                      this digit.
1113   //      Int_t *hits     Integer array [AliITSdigitS?D::GetNTracks()]
1114   //                      containing the hit numbers, from AliITSmodule, that
1115   //                      contributed to this digit.
1116   //      Float_t *charge Floating point array of the signals contributed
1117   //                      to this digit by each track.
1118   // Outputs:
1119   //      none.
1120   // Return:
1121   //      none.
1122
1123     if(!fDetTypeSim) {
1124       Error("AddSimDigit","fDetTypeSim is 0!");
1125       return;
1126     }
1127     fDetTypeSim->AddSimDigit(branch,phys,digits,tracks,hits,charges,sigexpanded);
1128
1129 }
1130 //______________________________________________________________________
1131 void AliITS::Digits2Raw(){
1132     // convert digits of the current event to raw data
1133
1134   if(!fDetTypeSim) {
1135     Error("Digits2Raw","fDetTypeSim is 0!");
1136     return;
1137   }
1138   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
1139   SetDefaults();
1140   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
1141   fDetTypeSim->GetLoader()->LoadDigits();
1142   TTree* digits = fDetTypeSim->GetLoader()->TreeD();
1143   if (!digits) {
1144       Error("Digits2Raw", "no digits tree");
1145       return;
1146   }
1147   fDetTypeSim->SetTreeAddressD(digits,(Char_t*)GetName());
1148   
1149    // Get the FO signals for this event
1150   AliITSFOSignalsSPD* foSignals = NULL;
1151   AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::Instance();
1152   AliITSLoader* itsLoader = (AliITSLoader*) runLoader->GetLoader("ITSLoader");
1153   if (!itsLoader) {
1154     AliError("ITS loader is NULL.");
1155   }
1156    else {
1157       if(!itsLoader->TreeD()) AliError("   !!! No TreeD available !!!");
1158       foSignals = (AliITSFOSignalsSPD*)itsLoader->TreeD()->GetUserInfo()->FindObject("AliITSFOSignalsSPD");
1159       if(!foSignals) AliError("FO signals not retrieved");
1160      }
1161  
1162   Bool_t deleteFOsignalsLater = kFALSE;
1163   if (!foSignals) {
1164     AliError("FO signals not available. No FO bits will be written.");
1165     foSignals = new AliITSFOSignalsSPD(); // make a temporary dummy signals object
1166     deleteFOsignalsLater = kTRUE;
1167   }
1168   
1169   
1170   AliITSDDLModuleMapSDD* ddlsdd=fDetTypeSim->GetDDLModuleMapSDD();
1171   Char_t rawSDD=fDetTypeSim->GetSimuParam()->GetSDDRawDataFormat();
1172   AliITSDDLRawData rawWriter;
1173   
1174   rawWriter.SetSDDRawFormat(rawSDD);
1175   //Verbose level
1176   // 0: Silent
1177   // 1: cout messages
1178   // 2: txt files with digits 
1179   //BE CAREFUL, verbose level 2 MUST be used only for debugging and
1180   //it is highly suggested to use this mode only for debugging digits files
1181   //reasonably small, because otherwise the size of the txt files can reach
1182   //quickly several MB wasting time and disk space.
1183   rawWriter.SetVerbose(0);
1184     
1185   //SILICON PIXEL DETECTOR
1186   AliDebug(1,"Formatting raw data for SPD");
1187   rawWriter.RawDataSPD(digits->GetBranch("ITSDigitsSPD"),foSignals);
1188   if(deleteFOsignalsLater) delete foSignals;
1189     
1190   //SILICON DRIFT DETECTOR
1191   AliDebug(1,Form("Formatting raw data for SDD - Format code =%d",rawSDD));
1192   rawWriter.RawDataSDD(digits->GetBranch("ITSDigitsSDD"),ddlsdd);
1193     
1194   //SILICON STRIP DETECTOR
1195   AliDebug(1,"Formatting raw data for SSD");
1196   rawWriter.RawDataSSD(digits->GetBranch("ITSDigitsSSD"));
1197
1198   fLoader->UnloadDigits();
1199 }
1200 //______________________________________________________________________
1201 AliLoader* AliITS::MakeLoader(const char* topfoldername){ 
1202     //builds ITSgetter (AliLoader type)
1203     //if detector wants to use castomized getter, it must overload this method
1204
1205     AliDebug(1,Form("Creating AliITSLoader. Top folder is %s.",
1206          topfoldername));
1207     fLoader = new AliITSLoader(GetName(),topfoldername);
1208     return fLoader;
1209 }
1210 //______________________________________________________________________
1211 Bool_t AliITS::Raw2SDigits(AliRawReader* rawReader)
1212 {
1213   //
1214   // Converts RAW data to SDigits
1215   //
1216   // Get TreeS
1217   //
1218   Int_t last   = -1;
1219   Int_t size   = AliITSgeomTGeo::GetNModules();
1220   if(!fModA) {
1221     fModA = new TClonesArray*[size];
1222     for (Int_t mod = 0; mod < size; mod++) fModA[mod] = new TClonesArray("AliITSpListItem", 10000);
1223   }
1224   AliLoader* loader =  (AliRunLoader::Instance())->GetLoader("ITSLoader");
1225   if (!loader){
1226     Error("Open","Can not get ITS loader from Run Loader");
1227     return kFALSE;
1228   }
1229
1230   TTree* tree = 0;
1231   tree = loader->TreeS();
1232   if (!tree){
1233     loader->MakeTree("S");
1234     tree = loader->TreeS();
1235   }
1236   //
1237   // Array for SDigits
1238   // 
1239   if(!fpSDigits){
1240     fpSDigits = new TClonesArray("AliITSpListItem",10000);
1241   }
1242   TClonesArray& aSDigits = *fpSDigits;
1243   Int_t bufsize = 32000;
1244   tree->Branch("ITS", &fpSDigits, bufsize);
1245   Int_t npx = 0;
1246   //
1247   // SPD
1248   //
1249   AliITSsegmentationSPD* segSPD = (AliITSsegmentationSPD*) fDetTypeSim->GetSegmentationModel(0);
1250   if(!segSPD){
1251     AliWarning("Set AliITS defaults");
1252     SetDefaults();
1253     segSPD = (AliITSsegmentationSPD*) fDetTypeSim->GetSegmentationModel(0);
1254   }
1255   npx = segSPD->Npx();
1256   Double_t thr, sigma; 
1257     
1258   AliITSRawStreamSPD inputSPD(rawReader);
1259   while(1){
1260     Bool_t next  = inputSPD.Next();
1261     if (!next) break;
1262
1263     Int_t module = inputSPD.GetModuleID();
1264     Int_t column = inputSPD.GetColumn();
1265     Int_t row    = inputSPD.GetRow();
1266     Int_t index  = npx * column + row;
1267
1268     if (module >= size) continue;
1269  
1270     last = (fModA[module])->GetEntries();
1271     TClonesArray& dum = *fModA[module];
1272     fDetTypeSim->GetSimuParam()->SPDThresholds(module,thr,sigma);
1273     thr += 1.;
1274     new (dum[last]) AliITSpListItem(-1, -1, module, index, thr);
1275   }
1276   rawReader->Reset();
1277
1278   //
1279   // SDD
1280   // 
1281   AliITSsegmentationSDD* segSDD = (AliITSsegmentationSDD*) fDetTypeSim->GetSegmentationModel(1);
1282   npx = segSDD->Npx();
1283   Int_t scalef=AliITSsimulationSDD::ScaleFourier(segSDD);
1284   Int_t firstSDD=AliITSgeomTGeo::GetModuleIndex(3,1,1);
1285   Int_t firstSSD=AliITSgeomTGeo::GetModuleIndex(5,1,1);
1286
1287   AliITSRawStream* inputSDD=AliITSRawStreamSDD::CreateRawStreamSDD(rawReader);
1288   for(Int_t iMod=firstSDD; iMod<firstSSD; iMod++){
1289     AliITSCalibrationSDD* cal = (AliITSCalibrationSDD*)fDetTypeSim->GetCalibrationModel(iMod);
1290     Bool_t isZeroSupp=cal->GetZeroSupp();
1291     if(isZeroSupp){ 
1292       for(Int_t iSid=0; iSid<2; iSid++) inputSDD->SetZeroSuppLowThreshold(iMod-firstSDD,iSid,cal->GetZSLowThreshold(iSid));
1293     }else{
1294       for(Int_t iSid=0; iSid<2; iSid++) inputSDD->SetZeroSuppLowThreshold(iMod-firstSDD,iSid,0);
1295     }
1296   }
1297
1298   AliITSDDLModuleMapSDD* ddlmap=fDetTypeSim->GetDDLModuleMapSDD();
1299   inputSDD->SetDDLModuleMap(ddlmap);
1300   while(inputSDD->Next()){
1301     if(inputSDD->IsCompletedModule()==kFALSE && 
1302        inputSDD->IsCompletedDDL()==kFALSE){
1303
1304       Int_t module = inputSDD->GetModuleID();
1305       Int_t anode  = inputSDD->GetCoord1()+segSDD->NpzHalf()*inputSDD->GetChannel();
1306       Int_t time   = inputSDD->GetCoord2();
1307       Int_t signal10 = inputSDD->GetSignal();
1308       Int_t index = AliITSpList::GetIndex(anode,time,scalef*npx);
1309
1310       if (module >= size) continue;
1311       last = fModA[module]->GetEntries();
1312       TClonesArray& dum = *fModA[module];
1313       new (dum[last]) AliITSpListItem(-1, -1, module, index, Double_t(signal10));
1314       ((AliITSpListItem*) dum.At(last))->AddSignalAfterElect(module, index, Double_t(signal10));
1315     }
1316   }
1317   delete inputSDD;
1318   rawReader->Reset();
1319     
1320   //
1321   // SSD
1322   // 
1323   AliITSsegmentationSSD* segSSD = (AliITSsegmentationSSD*) fDetTypeSim->GetSegmentationModel(2);
1324   npx = segSSD->Npx();
1325   AliITSRawStreamSSD inputSSD(rawReader);
1326   while(1){
1327     Bool_t next  = inputSSD.Next();
1328     if (!next) break;
1329
1330     Int_t module  = inputSSD.GetModuleID();
1331     if(module<0)AliError(Form("Invalid SSD  module %d \n",module));
1332     if(module<0)continue;
1333     Int_t side    = inputSSD.GetSideFlag();
1334     Int_t strip   = inputSSD.GetStrip();
1335     Int_t signal  = inputSSD.GetSignal();
1336     Int_t index  = npx * side + strip;
1337
1338     if (module >= size) continue;
1339         
1340     last = fModA[module]->GetEntries();
1341     TClonesArray& dum = *fModA[module];
1342     new (dum[last]) AliITSpListItem(-1, -1, module, index, Double_t(signal));
1343   }
1344   rawReader->Reset();
1345   AliITSpListItem* sdig = 0;
1346     
1347   Int_t firstssd = GetITSgeom()->GetStartDet(kSSD);
1348   Double_t adcToEv = 1.;
1349   for (Int_t mod = 0; mod < size; mod++)
1350     {
1351       if(mod>=firstssd) {
1352         AliITSCalibrationSSD* calssd = (AliITSCalibrationSSD*)fDetTypeSim->GetCalibrationModel(mod);
1353         adcToEv = 1./calssd->GetSSDDEvToADC(1.);
1354       }
1355       Int_t nsdig =  fModA[mod]->GetEntries();
1356       for (Int_t ie = 0; ie < nsdig; ie++) {
1357         sdig = (AliITSpListItem*) (fModA[mod]->At(ie));
1358         Double_t digsig = sdig->GetSignal();
1359         if(mod>=firstssd) digsig*=adcToEv; // for SSD: convert back charge from ADC to electron
1360         new (aSDigits[ie]) AliITSpListItem(-1, -1, mod, sdig->GetIndex(), digsig);
1361         Float_t sig = sdig->GetSignalAfterElect();
1362         if(mod>=firstssd) sig*=adcToEv;
1363         if (sig > 0.) {
1364           sdig = (AliITSpListItem*)aSDigits[ie];
1365           sdig->AddSignalAfterElect(mod, sdig->GetIndex(), Double_t(sig));
1366         }
1367       }
1368         
1369       tree->Fill();
1370       aSDigits.Clear();
1371       fModA[mod]->Clear();
1372     }
1373   loader->WriteSDigits("OVERWRITE");    
1374   return kTRUE;
1375 }
1376
1377 //______________________________________________________________________
1378 void AliITS::UpdateInternalGeometry(){
1379   //reads new geometry from TGeo 
1380 //   AliDebug(1,"Delete ITSgeom and create a new one reading TGeo");
1381
1382   AliITSVersion_t version = (AliITSVersion_t)IsVersion();
1383   Int_t minor = 0;
1384   if(version==kvPPRasymmFMD) minor=2;  // default minor version for this geom.
1385   AliITSInitGeometry initgeom;
1386   AliITSgeom* geom = initgeom.CreateAliITSgeom(version,minor);
1387   SetITSgeom(geom);
1388 }
1389 //______________________________________________________________________
1390 AliTriggerDetector* AliITS::CreateTriggerDetector() const {
1391   // create an AliITSTrigger object (and set trigger conditions as input)
1392   return new AliITSTrigger(fDetTypeSim->GetTriggerConditions());
1393 }