ITS/AliITSsimulationSDD.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17 #include <iostream.h>
  18 #include <stdlib.h>
  19 #include <stdio.h>
  20 #include <string.h>
  21
  22 #include <TSystem.h>
  23 #include <TROOT.h>
  24 #include <TStopwatch.h>
  25 #include <TCanvas.h>
  26 #include <TF1.h>
  27 #include <TRandom.h>
  28 #include <TH1.h>
  29 #include <TFile.h>
  30 #include <TVector.h>
  31 #include <TArrayI.h>
  32 #include <TArrayF.h>
  33
  34 #include "AliRun.h"
  35 #include "AliITS.h"
  36 #include "AliITShit.h"
  37 #include "AliITSdigit.h"
  38 #include "AliITSmodule.h"
  39 #include "AliITSMapA1.h"
  40 #include "AliITSMapA2.h"
  41 #include "AliITSetfSDD.h"
  42 #include "AliITSRawData.h"
  43 #include "AliITSHuffman.h"
  44 #include "AliITSsegmentation.h"
  45 #include "AliITSresponse.h"
  46 #include "AliITSsimulationSDD.h"
  47
  48 ClassImp(AliITSsimulationSDD)
  49 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  50 // Version: 0
  51 // Written by Piergiorgio Cerello
  52 // November 23 1999
  53 //
  54 // AliITSsimulationSDD is the simulation of SDDs.
  55   //
  56 //Begin_Html
  57 /*
  58 <img src="picts/ITS/AliITShit_Class_Diagram.gif">
  59 </pre>
  60 <br clear=left>
  61 <font size=+2 color=red>
  62 <p>This show the relasionships between the ITS hit class and the rest of Aliroot.
  63 </font>
  64 <pre>
  65 */
  66 //End_Html
  67 //_____________________________________________________________________________
  68
  69 Int_t power(Int_t b, Int_t e) {
  70   // compute b to the e power, where both b and e are Int_ts.
  71   Int_t power = 1,i;
  72   for(i=0; i<e; i++) power *= b;
  73   return power;
  74 }
  75
  76 //_____________________________________________
  77
  78 void FastFourierTransform(AliITSetfSDD *alisddetf,Double_t *real,
  79                           Double_t *imag,Int_t direction) {
  80   // Do a Fast Fourier Transform
  81   //printf("FFT: direction %d\n",direction);
  82
  83   Int_t samples = alisddetf->GetSamples();
  84   Int_t l = (Int_t) ((log((Float_t) samples)/log(2.))+0.5);
  85   Int_t m1 = samples;
  86   Int_t m  = samples/2;
  87   Int_t m2 = samples/m1;
  88   Int_t i,j,k;
  89   for(i=1; i<=l; i++) {
  90     for(j=0; j<samples; j += m1) {
  91       Int_t p = 0;
  92       for(k=j; k<= j+m-1; k++) {
  93         Double_t wsr = alisddetf->GetWeightReal(p);
  94         Double_t wsi = alisddetf->GetWeightImag(p);
  95         if(direction == -1) wsi = -wsi;
  96         Double_t xr = *(real+k+m);
  97         Double_t xi = *(imag+k+m);
  98         *(real+k+m) = wsr*(*(real+k)-xr) - wsi*(*(imag+k)-xi);
  99         *(imag+k+m) = wsr*(*(imag+k)-xi) + wsi*(*(real+k)-xr);
 100         *(real+k) += xr;
 101         *(imag+k) += xi;
 102         p += m2;
 103       }
 104     }
 105     m1 = m;
 106     m /= 2;
 107     m2 += m2;
 108   }
 109
 110   for(j=0; j<samples; j++) {
 111     Int_t j1 = j;
 112     Int_t p = 0;
 113     Int_t i1;
 114     for(i1=1; i1<=l; i1++) {
 115       Int_t j2 = j1;
 116       j1 /= 2;
 117       p = p + p + j2 - j1 - j1;
 118     }
 119     if(p >= j) {
 120       Double_t xr = *(real+j);
 121       Double_t xi = *(imag+j);
 122       *(real+j) = *(real+p);
 123       *(imag+j) = *(imag+p);
 124       *(real+p) = xr;
 125       *(imag+p) = xi;
 126     }
 127   }
 128   if(direction == -1) {
 129     for(i=0; i<samples; i++) {
 130       *(real+i) /= samples;
 131       *(imag+i) /= samples;
 132     }
 133   }
 134   return;
 135 }
 136 //_____________________________________________________________________________
 137
 138 AliITSsimulationSDD::AliITSsimulationSDD(){
 139   // Default constructor
 140
 141   fResponse = 0;
 142   fSegmentation = 0;
 143   fHis = 0;
 144   fHitMap1 = 0;
 145   fHitMap2 = 0;
 146   fElectronics = 0;
 147   fStream = 0;
 148   fD.Set(0);
 149   fT1.Set(0);
 150   fT2.Set(0);
 151   fTol.Set(0);
 152   fNoise.Set(0);
 153   fBaseline.Set(0);
 154   SetScaleFourier();
 155   SetPerpendTracksFlag();
 156   SetDoFFT();
 157   SetCheckNoise();
 158   fInZR = 0;
 159   fInZI = 0;
 160   fOutZR = 0;
 161   fOutZI = 0;
 162   fNofMaps = 0;
 163   fMaxNofSamples = 0;
 164   fITS = 0;
 165   fTreeB=0;
 166 }
 167 //_____________________________________________________________________________
 168 AliITSsimulationSDD::AliITSsimulationSDD(AliITSsimulationSDD &source)
 169 {
 170   // Copy constructor to satify Coding roules only.
 171   if(this==&source) return;
 172   printf("Not allowed to make a copy of AliITSsimulationSDD "
 173          "Using default creater instead\n");
 174   AliITSsimulationSDD();
 175 }
 176 //_____________________________________________________________________________
 177 AliITSsimulationSDD& AliITSsimulationSDD::operator=(AliITSsimulationSDD &source)
 178 {
 179   // Assignment operator to satify Coding roules only.
 180   if(this==&source) return *this;
 181   printf("Not allowed to make a = with AliITSsimulationSDD "
 182          "Using default creater instead\n");
 183   return *this ;
 184 }
 185 //_____________________________________________________________________________
 186
 187 AliITSsimulationSDD::AliITSsimulationSDD(AliITSsegmentation *seg,AliITSresponse *resp)
 188 {
 189   // Standard Constructor
 190
 191       fHis=0;
 192       fTreeB=0;
 193       fResponse = resp;
 194       fSegmentation = seg;
 195       SetScaleFourier();
 196       SetPerpendTracksFlag();
 197       SetDoFFT();
 198       SetCheckNoise();
 199
 200       fHitMap2 = new AliITSMapA2(fSegmentation,fScaleSize,1);
 201       fHitMap1 = new AliITSMapA1(fSegmentation);
 202
 203       //
 204       fNofMaps=fSegmentation->Npz();
 205       fMaxNofSamples=fSegmentation->Npx();
 206
 207       Float_t sddLength = fSegmentation->Dx();
 208       Float_t sddWidth = fSegmentation->Dz();
 209
 210       Int_t dummy=0;
 211       Float_t anodePitch = fSegmentation->Dpz(dummy);
 212       Double_t timeStep = (Double_t)fSegmentation->Dpx(dummy);
 213       Float_t driftSpeed=fResponse->DriftSpeed();
 214
 215       if(anodePitch*(fNofMaps/2) > sddWidth) {
 216          Warning("AliITSsimulationSDD",
 217            "Too many anodes %d or too big pitch %f \n",fNofMaps/2,anodePitch);
 218       }
 219
 220       if(timeStep*fMaxNofSamples < sddLength/driftSpeed) {
 221          Error("AliITSsimulationSDD",
 222                              "Time Interval > Allowed Time Interval: exit\n");
 223          return;
 224       }
 225
 226       fElectronics = new AliITSetfSDD(timeStep/fScaleSize);
 227
 228       char opt1[20], opt2[20];
 229       fResponse->ParamOptions(opt1,opt2);
 230       fParam=opt2;
 231       char *same = strstr(opt1,"same");
 232       if (same) {
 233          fNoise.Set(0);
 234          fBaseline.Set(0);
 235       } else {
 236          fNoise.Set(fNofMaps);
 237          fBaseline.Set(fNofMaps);
 238       }
 239
 240       //
 241       const char *kopt=fResponse->ZeroSuppOption();
 242         if (strstr(fParam,"file") ) {
 243           fD.Set(fNofMaps);
 244           fT1.Set(fNofMaps);
 245           if (strstr(kopt,"2D")) {
 246             fT2.Set(fNofMaps);
 247             fTol.Set(0);
 248             Init2D();       // desactivate if param change module by module
 249           } else if(strstr(kopt,"1D"))  {
 250             fT2.Set(2);
 251             fTol.Set(2);
 252             Init1D();      // desactivate if param change module by module
 253           }
 254         } else {
 255           fD.Set(2);
 256           fTol.Set(2);
 257           fT1.Set(2);
 258           fT2.Set(2);
 259           SetCompressParam();
 260         }
 261
 262
 263         Bool_t write=fResponse->OutputOption();
 264         if(write && strstr(kopt,"2D")) MakeTreeB();
 265
 266         // call here if baseline does not change by module
 267         // ReadBaseline();
 268
 269         fITS = (AliITS*)gAlice->GetModule("ITS");
 270         Int_t size=fNofMaps*fMaxNofSamples;
 271         fStream = new AliITSInStream(size);
 272
 273         fInZR = new Double_t [fScaleSize*fMaxNofSamples];
 274         fInZI = new Double_t [fScaleSize*fMaxNofSamples];
 275         fOutZR = new Double_t [fScaleSize*fMaxNofSamples];
 276         fOutZI = new Double_t [fScaleSize*fMaxNofSamples];
 277
 278 }
 279
 280
 281 //_____________________________________________________________________________
 282
 283 AliITSsimulationSDD::~AliITSsimulationSDD() {
 284   // destructor
 285
 286   delete fHitMap1;
 287   delete fHitMap2;
 288   delete fStream;
 289   delete fElectronics;
 290
 291   fD.Set(0);
 292   fT1.Set(0);
 293   fT2.Set(0);
 294   fTol.Set(0);
 295   fNoise.Set(0);
 296   fBaseline.Set(0);
 297   fITS = 0;
 298
 299   if (fHis) {
 300      fHis->Delete();
 301      delete fHis;
 302   }
 303   if(fTreeB) delete fTreeB;
 304   if(fInZR) delete [] fInZR;
 305   if(fInZI) delete [] fInZI;
 306   if(fOutZR) delete [] fOutZR;
 307   if(fOutZI) delete [] fOutZI;
 308 }
 309 //_____________________________________________________________________________
 310
 311 void AliITSsimulationSDD::DigitiseModule(AliITSmodule *mod,Int_t md,Int_t ev){
 312   // create maps to build the lists of tracks
 313   // for each digit
 314
 315     fModule=md;
 316     fEvent=ev;
 317
 318     TObjArray *fHits = mod->GetHits();
 319     Int_t nhits = fHits->GetEntriesFast();
 320     if (!nhits && fCheckNoise) {
 321         ChargeToSignal();
 322         GetNoise();
 323         fHitMap2->ClearMap();
 324         return;
 325     } else if (!nhits) return;
 326
 327     //printf("simSDD: module nhits %d %d\n",md,nhits);
 328
 329
 330     TObjArray *list=new TObjArray;
 331     static TClonesArray *padr=0;
 332     if(!padr) padr=new TClonesArray("TVector",1000);
 333     Int_t arg[6] = {0,0,0,0,0,0};
 334     fHitMap1->SetArray(list);
 335
 336
 337     Int_t nofAnodes=fNofMaps/2;
 338
 339     Float_t sddLength = fSegmentation->Dx();
 340     Float_t sddWidth = fSegmentation->Dz();
 341
 342     Int_t dummy=0;
 343     Float_t anodePitch = fSegmentation->Dpz(dummy);
 344     Float_t timeStep = fSegmentation->Dpx(dummy);
 345
 346     Float_t driftSpeed=fResponse->DriftSpeed();
 347
 348     // Piergiorgio's part (apart for few variables which I made float
 349     // when i thought that can be done
 350
 351     // Fill detector maps with GEANT hits
 352     // loop over hits in the module
 353
 354     const Float_t kconv=1.0e+6;  // GeV->KeV
 355     Int_t ii;
 356     Int_t idhit=-1;
 357     for(ii=0; ii<nhits; ii++) {
 358       AliITShit *hit = (AliITShit*) fHits->At(ii);
 359       Float_t xL[3];
 360       hit = (AliITShit*) fHits->At(ii);
 361       hit->GetPositionL(xL[0],xL[1],xL[2]);
 362       Int_t hitDetector = hit->GetDetector();
 363
 364       if(hit->StatusEntering()) idhit=ii;
 365
 366       Int_t nOfSplits = 5;
 367       if(fFlag) nOfSplits = 1;
 368       // Deposited energy in keV
 369       Float_t avpath = 0.;
 370       Float_t avanod = 0.;
 371       Float_t depEnergy = kconv*hit->GetIonization()/nOfSplits;
 372       AliITShit *hit1 = 0;
 373       Float_t xL1[3];
 374       if(fFlag && depEnergy != 0.) continue;
 375       if(depEnergy == 0.) {
 376           ii++;
 377           hit1 = (AliITShit*) fHits->At(ii);
 378           hit1->GetPositionL(xL1[0],xL1[1],xL1[2]);
 379       } else {
 380           xL1[0] = xL[0];
 381           xL1[1] = xL[1];
 382           xL1[2] = xL[2];
 383       }
 384
 385       // scale path to simulate a perpendicular track
 386
 387       if(depEnergy == 0.) depEnergy = kconv*hit1->GetIonization()/nOfSplits;
 388       // continue if the particle did not lose energy
 389       // passing through detector
 390       if (!depEnergy) {
 391           printf("This particle has passed without losing energy!\n");
 392           continue;
 393       }
 394
 395       if (fFlag) {
 396           Float_t pathInSDD = TMath::Sqrt((xL[0]-xL1[0])*(xL[0]-xL1[0])+(xL[1]-xL1[1])*(xL[1]-xL1[1])+(xL[2]-xL1[2])*(xL[2]-xL1[2]));
 397           if(pathInSDD) depEnergy *= (0.03/pathInSDD);
 398       }
 399
 400       for(Int_t kk=0;kk<nOfSplits;kk++) {
 401         Float_t avDrft =
 402                 xL[0]+(xL1[0]-xL[0])*((kk+0.5)/((Float_t) nOfSplits));
 403         Float_t avAnode =
 404                 xL[2]+(xL1[2]-xL[2])*((kk+0.5)/((Float_t) nOfSplits));
 405         Float_t driftPath = 10000.*avDrft;
 406
 407         avpath = xL1[0];
 408         avanod = xL1[2];
 409
 410         Int_t iWing = 2;
 411         if(driftPath < 0) {
 412            iWing = 1;
 413            driftPath = -driftPath;
 414         }
 415         driftPath = sddLength-driftPath;
 416         Int_t detector = 2*(hitDetector-1) + iWing;
 417         if(driftPath < 0) {
 418            cout << "Warning: negative drift path " << driftPath << endl;
 419            continue;
 420         }
 421
 422         //   Drift Time
 423         Float_t driftTime = driftPath/driftSpeed;
 424         Int_t timeSample = (Int_t) (fScaleSize*driftTime/timeStep + 1);
 425         if(timeSample > fScaleSize*fMaxNofSamples) {
 426            cout << "Warning: Wrong Time Sample: " << timeSample << endl;
 427            continue;
 428         }
 429
 430         //   Anode
 431         Float_t xAnode = 10000.*(avAnode)/anodePitch + nofAnodes/2;  // +1?
 432         if((xAnode+1)*anodePitch > sddWidth || xAnode*anodePitch < 0.)
 433           { cout << "Warning: Z = " << xAnode*anodePitch << endl; }
 434         Int_t iAnode = (Int_t) (1.+xAnode); // xAnode?
 435         if(iAnode < 0 || iAnode > nofAnodes) {
 436           cout << "Warning: Wrong iAnode: " << iAnode << endl;
 437           continue;
 438         }
 439
 440
 441         // work with the idtrack=entry number in the TreeH for the moment
 442         //Int_t idhit,idtrack;
 443         //mod->GetHitTrackAndHitIndex(ii,idtrack,idhit);
 444         //Int_t idtrack=mod->GetHitTrackIndex(ii);
 445         // or store straight away the particle position in the array
 446         // of particles and take idhit=ii only when part is entering (this
 447         // requires FillModules() in the macro for analysis) :
 448         Int_t itrack = hit->GetTrack();
 449
 450         //  Signal 2d Shape
 451         Float_t diffCoeff, s0;
 452         fResponse->DiffCoeff(diffCoeff,s0);
 453
 454         // Squared Sigma along the anodes
 455         Double_t sigma2A = 2.*diffCoeff*driftTime+s0*s0;
 456         Double_t sigmaA  = TMath::Sqrt(sigma2A);
 457         Double_t sigmaT  = sigmaA/driftSpeed;
 458
 459         // Peak amplitude in nanoAmpere
 460         Double_t eVpairs = 3.6;
 461         Double_t amplitude = fScaleSize*160.*depEnergy/(timeStep*eVpairs*2.*acos(-1.)*sigmaT*sigmaA);
 462
 463         Float_t nsigma=fResponse->NSigmaIntegration();
 464         // Spread the charge
 465         // Pixel index
 466         Int_t ja = iAnode;
 467         Int_t jt = timeSample;
 468         // Sub-pixel index
 469         Int_t nsplit = 4; // hard-wired
 470         nsplit = (nsplit+1)/2*2;
 471         // Sub-pixel size
 472         Double_t aStep = anodePitch/(nsplit*fScaleSize);
 473         Double_t tStep = timeStep/(nsplit*fScaleSize);
 474         // Define SDD window corresponding to the hit
 475         Int_t anodeWindow = (Int_t) (fScaleSize*nsigma*sigmaA/anodePitch + 1);
 476         Int_t timeWindow = (Int_t) (fScaleSize*nsigma*sigmaT/timeStep + 1);
 477         Int_t jamin = (ja - anodeWindow/2 - 1)*fScaleSize*nsplit + 1;
 478         Int_t jamax = (ja + anodeWindow/2)*fScaleSize*nsplit;
 479         if(jamin <= 0) jamin = 1;
 480         if(jamax > fScaleSize*nofAnodes*nsplit) jamax = fScaleSize*nofAnodes*nsplit;
 481         Int_t jtmin = (jt - timeWindow*3 - 1)*nsplit + 1; //hard-wired
 482         Int_t jtmax = (jt + timeWindow*3)*nsplit; //hard-wired
 483         if(jtmin <= 0) jtmin = 1;
 484         if(jtmax > fScaleSize*fMaxNofSamples*nsplit) jtmax = fScaleSize*fMaxNofSamples*nsplit;
 485
 486         Double_t rlAnode = log(aStep*amplitude);
 487
 488         // Spread the charge in the anode-time window
 489         Int_t ka;
 490         for(ka=jamin; ka <=jamax; ka++) {
 491           Int_t ia = (ka-1)/(fScaleSize*nsplit) + 1;
 492           if(ia <= 0) { cout << "Warning: ia < 1: " << endl; continue; }
 493           if(ia > nofAnodes) ia = nofAnodes;
 494           Double_t aExpo = (aStep*(ka-0.5)-xAnode*anodePitch)/sigmaA;
 495           Double_t anodeAmplitude = rlAnode - 0.5*aExpo*aExpo;
 496           // Protect against overflows
 497           if(anodeAmplitude > -87.3)
 498             anodeAmplitude = exp(anodeAmplitude);
 499           else
 500             anodeAmplitude = 0;
 501           Int_t index = ((detector+1)%2)*nofAnodes+ia-1; // index starts from 0
 502           if(anodeAmplitude) {
 503             Double_t rlTime = log(tStep*anodeAmplitude);
 504             Int_t kt;
 505             for(kt=jtmin; kt<=jtmax; kt++) {
 506               Int_t it = (kt-1)/nsplit+1;  // it starts from 1
 507               if(it<=0) { cout << "Warning: it < 1: " << endl; continue; }
 508               if(it>fScaleSize*fMaxNofSamples) it = fScaleSize*fMaxNofSamples;
 509               Double_t tExpo = (tStep*(kt-0.5)-driftTime)/sigmaT;
 510               Double_t timeAmplitude = rlTime - 0.5*tExpo*tExpo;
 511               // Protect against overflows
 512               if(timeAmplitude > -87.3){
 513                 timeAmplitude = exp(timeAmplitude);
 514               } else
 515                 timeAmplitude = 0;
 516
 517               // build the list of digits for this module
 518               arg[0]=index;
 519               arg[1]=it;
 520               arg[2]=itrack;
 521               arg[3]=idhit;
 522               ListOfFiredCells(arg,timeAmplitude,list,padr);
 523         } // loop over time in window
 524       } // end if anodeAmplitude
 525     } // loop over anodes in window
 526    } // end loop over "sub-hits"
 527   } // end loop over hits
 528
 529   // introduce the electronics effects and do zero-suppression if required
 530   Int_t nentries=list->GetEntriesFast();
 531   if (nentries) {
 532
 533     //TStopwatch timer;
 534     ChargeToSignal();
 535     //timer.Stop(); timer.Print();
 536
 537     const char *kopt=fResponse->ZeroSuppOption();
 538     ZeroSuppression(kopt);
 539   }
 540
 541   // clean memory
 542   list->Delete();
 543   delete list;
 544
 545   padr->Delete();
 546
 547   fHitMap1->ClearMap();
 548   fHitMap2->ClearMap();
 549
 550   //gObjectTable->Print();
 551 }
 552
 553
 554 //____________________________________________
 555
 556 void AliITSsimulationSDD::ListOfFiredCells(Int_t *arg,Double_t timeAmplitude,
 557                                            TObjArray *list,TClonesArray *padr){
 558   // Returns the list of "fired" cells.
 559
 560                     Int_t index=arg[0];
 561                     Int_t ik=arg[1];
 562                     Int_t idtrack=arg[2];
 563                     Int_t idhit=arg[3];
 564                     Int_t counter=arg[4];
 565                     Int_t countadr=arg[5];
 566
 567                     Double_t charge=timeAmplitude;
 568                     charge += fHitMap2->GetSignal(index,ik-1);
 569                     fHitMap2->SetHit(index, ik-1, charge);
 570
 571                     Int_t digits[3];
 572                     Int_t it=(Int_t)((ik-1)/fScaleSize);
 573
 574                     digits[0]=index;
 575                     digits[1]=it;
 576                     digits[2]=(Int_t)timeAmplitude;
 577                     Float_t phys;
 578                     if (idtrack >= 0) phys=(Float_t)timeAmplitude;
 579                     else phys=0;
 580
 581                     Double_t cellcharge=0.;
 582                     AliITSTransientDigit* pdigit;
 583                     // build the list of fired cells and update the info
 584                     if (!fHitMap1->TestHit(index, it)) {
 585
 586                         new((*padr)[countadr++]) TVector(3);
 587                         TVector &trinfo=*((TVector*) (*padr)[countadr-1]);
 588                         trinfo(0)=(Float_t)idtrack;
 589                         trinfo(1)=(Float_t)idhit;
 590                         trinfo(2)=(Float_t)timeAmplitude;
 591
 592                         list->AddAtAndExpand(
 593                             new AliITSTransientDigit(phys,digits),counter);
 594
 595                         fHitMap1->SetHit(index, it, counter);
 596                         counter++;
 597                         pdigit=(AliITSTransientDigit*)list->
 598                                                       At(list->GetLast());
 599                         // list of tracks
 600                         TObjArray *trlist=(TObjArray*)pdigit->TrackList();
 601                         trlist->Add(&trinfo);
 602
 603                     } else {
 604                         pdigit=
 605                          (AliITSTransientDigit*) fHitMap1->GetHit(index, it);
 606                         for(Int_t kk=0;kk<fScaleSize;kk++) {
 607                           cellcharge += fHitMap2->GetSignal(index,fScaleSize*it+kk);
 608                         }
 609                         // update charge
 610                         (*pdigit).fSignal=(Int_t)cellcharge;
 611                         (*pdigit).fPhysics+=phys;
 612                         // update list of tracks
 613                         TObjArray* trlist=(TObjArray*)pdigit->TrackList();
 614                         Int_t lastentry=trlist->GetLast();
 615                         TVector *ptrkp=(TVector*)trlist->At(lastentry);
 616                         TVector &trinfo=*ptrkp;
 617                         Int_t lasttrack=Int_t(trinfo(0));
 618                         //Int_t lasthit=Int_t(trinfo(1));
 619                         Float_t lastcharge=(trinfo(2));
 620
 621                         if (lasttrack==idtrack ) {
 622                             lastcharge+=(Float_t)timeAmplitude;
 623                             trlist->RemoveAt(lastentry);
 624                             trinfo(0)=lasttrack;
 625                             //trinfo(1)=lasthit; // or idhit
 626                             trinfo(1)=idhit;
 627                             trinfo(2)=lastcharge;
 628                             trlist->AddAt(&trinfo,lastentry);
 629                         } else {
 630
 631                             new((*padr)[countadr++]) TVector(3);
 632                             TVector &trinfo=*((TVector*) (*padr)[countadr-1]);
 633                             trinfo(0)=(Float_t)idtrack;
 634                             trinfo(1)=(Float_t)idhit;
 635                             trinfo(2)=(Float_t)timeAmplitude;
 636
 637                             trlist->Add(&trinfo);
 638                         }
 639
 640 #ifdef print
 641                         // check the track list - debugging
 642                         Int_t trk[20], htrk[20];
 643                         Float_t chtrk[20];
 644                         Int_t nptracks=trlist->GetEntriesFast();
 645                         if (nptracks > 2) {
 646                             Int_t tr;
 647                             for (tr=0;tr<nptracks;tr++) {
 648                                 TVector *pptrkp=(TVector*)trlist->At(tr);
 649                                 TVector &pptrk=*pptrkp;
 650                                 trk[tr]=Int_t(pptrk(0));
 651                                 htrk[tr]=Int_t(pptrk(1));
 652                                 chtrk[tr]=(pptrk(2));
 653                                 printf("nptracks %d \n",nptracks);
 654                                 // set printings
 655                             }
 656                         } // end if nptracks
 657 #endif
 658                     } //  end if pdigit
 659
 660                     arg[4]=counter;
 661                     arg[5]=countadr;
 662
 663
 664 }
 665
 666
 667 //____________________________________________
 668
 669 void AliITSsimulationSDD::AddDigit(Int_t i, Int_t j, Int_t signal){
 670   // Adds a Digit.
 671     // tag with -1 signals coming from background tracks
 672     // tag with -2 signals coming from pure electronic noise
 673
 674     Int_t digits[3], tracks[3], hits[3];
 675     Float_t phys, charges[3];
 676
 677     Int_t trk[20], htrk[20];
 678     Float_t chtrk[20];
 679
 680     Bool_t do10to8=fResponse->Do10to8();
 681
 682     if(do10to8) signal=Convert8to10(signal);
 683     AliITSTransientDigit *obj = (AliITSTransientDigit*)fHitMap1->GetHit(i,j);
 684     digits[0]=i;
 685     digits[1]=j;
 686     digits[2]=signal;
 687     if (!obj) {
 688         phys=0;
 689         Int_t k;
 690         for (k=0;k<3;k++) {
 691           tracks[k]=-2;
 692           charges[k]=0;
 693           hits[k]=-1;
 694         }
 695         fITS->AddSimDigit(1,phys,digits,tracks,hits,charges);
 696     } else {
 697       phys=obj->fPhysics;
 698       TObjArray* trlist=(TObjArray*)obj->TrackList();
 699       Int_t nptracks=trlist->GetEntriesFast();
 700
 701       if (nptracks > 20) {
 702          cout<<"Attention - nptracks > 20 "<<nptracks<<endl;
 703          nptracks=20;
 704       }
 705       Int_t tr;
 706       for (tr=0;tr<nptracks;tr++) {
 707           TVector &pp  =*((TVector*)trlist->At(tr));
 708           trk[tr]=Int_t(pp(0));
 709           htrk[tr]=Int_t(pp(1));
 710           chtrk[tr]=(pp(2));
 711       }
 712       if (nptracks > 1) {
 713         //printf("nptracks > 2  -- %d\n",nptracks);
 714           SortTracks(trk,chtrk,htrk,nptracks);
 715       }
 716       Int_t i;
 717       if (nptracks < 3 ) {
 718          for (i=0; i<nptracks; i++) {
 719              tracks[i]=trk[i];
 720              charges[i]=chtrk[i];
 721              hits[i]=htrk[i];
 722          }
 723          for (i=nptracks; i<3; i++) {
 724              tracks[i]=-3;
 725              hits[i]=-1;
 726              charges[i]=0;
 727          }
 728       } else {
 729          for (i=0; i<3; i++) {
 730              tracks[i]=trk[i];
 731              charges[i]=chtrk[i];
 732              hits[i]=htrk[i];
 733          }
 734       }
 735
 736       fITS->AddSimDigit(1,phys,digits,tracks,hits,charges);
 737
 738     }
 739
 740 }
 741
 742 //____________________________________________
 743
 744 void AliITSsimulationSDD::SortTracks(Int_t *tracks,Float_t *charges,Int_t *hits,Int_t ntr){
 745   //
 746   // Sort the list of tracks contributing to a given digit
 747   // Only the 3 most significant tracks are acctually sorted
 748   //
 749
 750   //
 751   //  Loop over signals, only 3 times
 752   //
 753
 754
 755   Float_t qmax;
 756   Int_t jmax;
 757   Int_t idx[3] = {-3,-3,-3};
 758   Float_t jch[3] = {-3,-3,-3};
 759   Int_t jtr[3] = {-3,-3,-3};
 760   Int_t jhit[3] = {-3,-3,-3};
 761   Int_t i,j,imax;
 762
 763   if (ntr<3) imax=ntr;
 764   else imax=3;
 765   for(i=0;i<imax;i++){
 766     qmax=0;
 767     jmax=0;
 768
 769     for(j=0;j<ntr;j++){
 770
 771       if((i == 1 && j == idx[i-1] )
 772          ||(i == 2 && (j == idx[i-1] || j == idx[i-2]))) continue;
 773
 774       if(charges[j] > qmax) {
 775         qmax = charges[j];
 776         jmax=j;
 777       }
 778     }
 779
 780     if(qmax > 0) {
 781       idx[i]=jmax;
 782       jch[i]=charges[jmax];
 783       jtr[i]=tracks[jmax];
 784       jhit[i]=hits[jmax];
 785     }
 786
 787   }
 788
 789   for(i=0;i<3;i++){
 790     if (jtr[i] == -3) {
 791          charges[i]=0;
 792          tracks[i]=-3;
 793          hits[i]=-1;
 794     } else {
 795          charges[i]=jch[i];
 796          tracks[i]=jtr[i];
 797          hits[i]=jhit[i];
 798     }
 799   }
 800
 801 }
 802 //____________________________________________
 803 void AliITSsimulationSDD::ChargeToSignal() {
 804   // add baseline, noise, electronics and ADC saturation effects
 805
 806
 807   Float_t maxadc = fResponse->MaxAdc();
 808   Float_t topValue = fResponse->MagicValue();
 809   Float_t norm = maxadc/topValue;
 810
 811   char opt1[20], opt2[20];
 812   fResponse->ParamOptions(opt1,opt2);
 813   char *read = strstr(opt1,"file");
 814
 815   Float_t baseline, noise;
 816
 817   if (read) {
 818       static Bool_t readfile=kTRUE;
 819       //read baseline and noise from file
 820       if (readfile) ReadBaseline();
 821       readfile=kFALSE;
 822   } else fResponse->GetNoiseParam(noise,baseline);
 823
 824   Float_t contrib=0;
 825
 826   TRandom random;
 827   Int_t i,k,kk;
 828
 829   if(!fDoFFT) {
 830     for (i=0;i<fNofMaps;i++) {
 831         if  (read && i<fNofMaps) GetAnodeBaseline(i,baseline,noise);
 832         for(k=0; k<fScaleSize*fMaxNofSamples; k++) {
 833            fInZR[k] = fHitMap2->GetSignal(i,k);
 834            contrib = baseline + noise*random.Gaus();
 835            fInZR[k] += contrib;
 836         }
 837         for(k=0; k<fMaxNofSamples; k++) {
 838            Float_t newcont = 0.;
 839            Float_t maxcont = 0.;
 840            for(kk=0;kk<fScaleSize;kk++) {
 841              newcont = fInZR[fScaleSize*k+kk];
 842              if(newcont > maxcont) maxcont = newcont;
 843            }
 844            newcont = maxcont;
 845            Double_t signal = newcont*norm;
 846            if (signal >= maxadc) signal = maxadc -1;
 847            // back to analog: ?
 848            //signal /=norm;
 849            fHitMap2->SetHit(i,k,signal);
 850         }
 851     } // loop over anodes
 852     return;
 853   } // end if DoFFT
 854
 855   for (i=0;i<fNofMaps;i++) {
 856       if  (read && i<fNofMaps) GetAnodeBaseline(i,baseline,noise);
 857       for(k=0; k<fScaleSize*fMaxNofSamples; k++) {
 858         fInZR[k] = fHitMap2->GetSignal(i,k);
 859         contrib = baseline + noise*random.Gaus();
 860         fInZR[k] += contrib;
 861         fInZI[k] = 0.;
 862       }
 863       FastFourierTransform(fElectronics,&fInZR[0],&fInZI[0],1);
 864       for(k=0; k<fScaleSize*fMaxNofSamples; k++) {
 865         Double_t rw = fElectronics->GetTraFunReal(k);
 866         Double_t iw = fElectronics->GetTraFunImag(k);
 867         fOutZR[k] = fInZR[k]*rw - fInZI[k]*iw;
 868         fOutZI[k] = fInZR[k]*iw + fInZI[k]*rw;
 869       }
 870       FastFourierTransform(fElectronics,&fOutZR[0],&fOutZI[0],-1);
 871       for(k=0; k<fMaxNofSamples; k++) {
 872         Float_t newcont = 0.;
 873         //Float_t totcont = 0.;
 874         Float_t maxcont = 0.;
 875         for(kk=0;kk<fScaleSize;kk++) {
 876           newcont = fOutZR[fScaleSize*k+kk];
 877           if(newcont > maxcont) maxcont = newcont;
 878           //      totcont += (0.25*Out_ZR[4*k+kk]);
 879         }
 880         newcont = maxcont;
 881         Double_t signal = newcont*norm;
 882         if (signal >= maxadc) signal = maxadc -1;
 883         // back to analog: ?
 884         // comment the line below because you want to keep the signal in ADCs
 885         // convert back to nA in cluster finder
 886         //signal /=norm;
 887         fHitMap2->SetHit(i,k,signal);
 888       }
 889   } // loop over anodes
 890   return;
 891
 892 }
 893
 894 //____________________________________________
 895 void AliITSsimulationSDD::GetAnodeBaseline(Int_t i,Float_t &baseline,
 896                                            Float_t &noise){
 897   // Returns the Baseline for a particular anode.
 898     baseline=fBaseline[i];
 899     noise=fNoise[i];
 900
 901 }
 902
 903 //____________________________________________
 904 void AliITSsimulationSDD::CompressionParam(Int_t i,Int_t &db,Int_t &tl,
 905                                            Int_t &th){
 906   // Returns the compression alogirthm parameters
 907    Int_t size = fD.GetSize();
 908    if (size > 2 ) {
 909       db=fD[i]; tl=fT1[i]; th=fT2[i];
 910    } else {
 911       if (size <= 2 && i>=fNofMaps/2) {
 912         db=fD[1]; tl=fT1[1]; th=fT2[1];
 913       } else {
 914         db=fD[0]; tl=fT1[0]; th=fT2[0];
 915       }
 916    }
 917 }
 918 //____________________________________________
 919 void AliITSsimulationSDD::CompressionParam(Int_t i,Int_t &db,Int_t &tl){
 920   // returns the compression alogirthm parameters
 921    Int_t size = fD.GetSize();
 922    if (size > 2 ) {
 923       db=fD[i]; tl=fT1[i];
 924    } else {
 925       if (size <= 2 && i>=fNofMaps/2) {
 926         db=fD[1]; tl=fT1[1];
 927       } else {
 928         db=fD[0]; tl=fT1[0];
 929       }
 930    }
 931
 932 }
 933 //____________________________________________
 934 void AliITSsimulationSDD::SetCompressParam(){
 935   // Sets the compression alogirthm parameters
 936    Int_t cp[8],i;
 937
 938    fResponse->GiveCompressParam(cp);
 939    for (i=0; i<2; i++) {
 940        fD[i]  =cp[i];
 941        fT1[i] =cp[i+2];
 942        fT2[i] =cp[i+4];
 943        fTol[i]=cp[i+6];
 944        printf("\n i, fD, fT1, fT2, fTol %d %d %d %d %d\n",
 945                                       i,fD[i],fT1[i],fT2[i],fTol[i]);
 946    }
 947 }
 948
 949 //____________________________________________
 950 void AliITSsimulationSDD::ReadBaseline(){
 951       // read baseline and noise from file - either a .root file and in this
 952       // case data should be organised in a tree with one entry for each
 953       // module => reading should be done accordingly
 954       // or a classic file and do smth. like this:
 955   //
 956   // Read baselines and noise for SDD
 957   //
 958
 959
 960     Int_t na,pos;
 961     Float_t bl,n;
 962     char input[100], base[100], param[100];
 963     char *filtmp;
 964
 965     fResponse->Filenames(input,base,param);
 966     fFileName=base;
 967 //
 968     filtmp = gSystem->ExpandPathName(fFileName.Data());
 969     FILE *bline = fopen(filtmp,"r");
 970     printf("filtmp %s\n",filtmp);
 971     na = 0;
 972
 973     if(bline) {
 974        while(fscanf(bline,"%d %f %f",&pos, &bl, &n) != EOF) {
 975           if (pos != na+1) {
 976              Error("ReadBaseline","Anode number not in increasing order!",
 977                    filtmp);
 978              exit(1);
 979           }
 980           fBaseline[na]=bl;
 981           fNoise[na]=n;
 982           na++;
 983        }
 984     } else {
 985       Error("ReadBaseline"," THE BASELINE FILE %s DOES NOT EXIST !",
 986           filtmp);
 987       exit(1);
 988     } // end if(bline)
 989
 990     fclose(bline);
 991     delete [] filtmp;
 992 }
 993
 994 //____________________________________________
 995 Int_t AliITSsimulationSDD::Convert10to8(Int_t signal) {
 996   // To the 10 to 8 bit lossive compression.
 997   // code from Davide C. and Albert W.
 998
 999    if (signal < 128)  return signal;
1000    if (signal < 256)  return (128+((signal-128)>>1));
1001    if (signal < 512)  return (192+((signal-256)>>3));
1002    if (signal < 1024) return (224+((signal-512)>>4));
1003    return 0;
1004
1005 }
1006
1007 //____________________________________________
1008 Int_t AliITSsimulationSDD::Convert8to10(Int_t signal) {
1009   // Undo the lossive 10 to 8 bit compression.
1010   // code from Davide C. and Albert W.
1011    if (signal < 0 || signal > 255) {
1012        printf("<Convert8to10> out of range %d \n",signal);
1013        return 0;
1014    }
1015
1016    if (signal < 128) return signal;
1017    if (signal < 192) {
1018      if (TMath::Odd(signal)) return (128+((signal-128)<<1));
1019      else  return (128+((signal-128)<<1)+1);
1020    }
1021    if (signal < 224) {
1022      if (TMath::Odd(signal)) return (256+((signal-192)<<3)+3);
1023      else  return (256+((signal-192)<<3)+4);
1024    }
1025    if (TMath::Odd(signal)) return (512+((signal-224)<<4)+7);
1026    else  return (512+((signal-224)<<4)+7);
1027    return 0;
1028
1029 }
1030
1031 //____________________________________________
1032 AliITSMap*   AliITSsimulationSDD::HitMap(Int_t i){
1033   //Return the correct map.
1034     return ((i==0)? fHitMap1 : fHitMap2);
1035 }
1036
1037
1038 //____________________________________________
1039 void AliITSsimulationSDD::ZeroSuppression(const char *option) {
1040   // perform the zero suppresion
1041   if (strstr(option,"2D")) {
1042     //Init2D();              // activate if param change module by module
1043     Compress2D();
1044   } else if (strstr(option,"1D")) {
1045     //Init1D();              // activate if param change module by module
1046     Compress1D();
1047   } else StoreAllDigits();
1048
1049 }
1050
1051 //____________________________________________
1052 void AliITSsimulationSDD::Init2D(){
1053      // read in and prepare arrays: fD, fT1, fT2
1054      //                         savemu[nanodes], savesigma[nanodes]
1055       // read baseline and noise from file - either a .root file and in this
1056       // case data should be organised in a tree with one entry for each
1057       // module => reading should be done accordingly
1058       // or a classic file and do smth. like this ( code from Davide C. and
1059       // Albert W.) :
1060   //
1061   // Read 2D zero-suppression parameters for SDD
1062   //
1063
1064     if (!strstr(fParam,"file")) return;
1065
1066     Int_t na,pos,tempTh;
1067     Float_t mu,sigma;
1068     Float_t *savemu = new Float_t [fNofMaps];
1069     Float_t *savesigma = new Float_t [fNofMaps];
1070     char input[100],basel[100],par[100];
1071     char *filtmp;
1072
1073
1074     Int_t minval = fResponse->MinVal();
1075
1076     fResponse->Filenames(input,basel,par);
1077     fFileName=par;
1078
1079 //
1080     filtmp = gSystem->ExpandPathName(fFileName.Data());
1081     FILE *param = fopen(filtmp,"r");
1082     na = 0;
1083
1084     if(param) {
1085        while(fscanf(param,"%d %f %f",&pos, &mu, &sigma) != EOF) {
1086           if (pos != na+1) {
1087              Error("Init2D ","Anode number not in increasing order!",
1088                    filtmp);
1089              exit(1);
1090           }
1091           savemu[na]=mu;
1092           savesigma[na]=sigma;
1093           if ((2.*sigma) < mu) {
1094               fD[na] = (Int_t)floor(mu - 2.0*sigma + 0.5);
1095               mu = 2.0 * sigma;
1096           } else fD[na] = 0;
1097           tempTh = (Int_t)floor(mu+2.25*sigma+0.5) - minval;
1098           if (tempTh < 0) tempTh=0;
1099           fT1[na] = tempTh;
1100           tempTh = (Int_t)floor(mu+3.0*sigma+0.5) - minval;
1101           if (tempTh < 0) tempTh=0;
1102           fT2[na] = tempTh;
1103           na++;
1104        } // end while
1105
1106     } else {
1107       Error("Init2D "," THE FILE %s DOES NOT EXIST !",
1108           filtmp);
1109       exit(1);
1110     } // end if(param)
1111
1112     fclose(param);
1113     delete [] filtmp;
1114     delete [] savemu;
1115     delete [] savesigma;
1116 }
1117
1118 //____________________________________________
1119 void AliITSsimulationSDD::Compress2D(){
1120   //
1121   // simple ITS cluster finder -- online zero-suppression conditions
1122   //
1123   //
1124
1125     Int_t db,tl,th;
1126     Int_t minval = fResponse->MinVal();
1127     Bool_t write=fResponse->OutputOption();
1128     Bool_t do10to8=fResponse->Do10to8();
1129
1130     Int_t nz, nl, nh, low, i, j;
1131
1132     for (i=0; i<fNofMaps; i++) {
1133         CompressionParam(i,db,tl,th);
1134         nz=0;
1135         nl=0;
1136         nh=0;
1137         low=0;
1138         for (j=0; j<fMaxNofSamples; j++) {
1139             Int_t signal=(Int_t)(fHitMap2->GetSignal(i,j));
1140             signal -= db; // if baseline eq. is done here
1141             if (signal <= 0) {nz++; continue;}
1142             if ((signal - tl) < minval) low++;
1143             if ((signal - th) >= minval) {
1144                 nh++;
1145                 Bool_t cond=kTRUE;
1146                 FindCluster(i,j,signal,minval,cond);
1147                 if (cond && ((TMath::Abs(fHitMap2->GetSignal(i,j-1))-th)>=minval)) {
1148                   if(do10to8) signal = Convert10to8(signal);
1149                   AddDigit(i,j,signal);
1150                 }
1151             } else if ((signal - tl) >= minval) nl++;
1152        } // loop time samples
1153        if (write) TreeB()->Fill(nz,nl,nh,low,i+1);
1154     } // loop anodes
1155
1156       char hname[30];
1157       if (write) {
1158         sprintf(hname,"TNtuple%d_%d",fModule,fEvent);
1159         TreeB()->Write(hname);
1160         // reset tree
1161         TreeB()->Reset();
1162       }
1163
1164 }
1165
1166 //_____________________________________________________________________________
1167 void  AliITSsimulationSDD::FindCluster(Int_t i,Int_t j,Int_t signal,
1168                                        Int_t minval,Bool_t &cond){
1169 //
1170 //  Find clusters according to the online 2D zero-suppression algorithm
1171 //
1172
1173     Bool_t do10to8=fResponse->Do10to8();
1174
1175     Bool_t high=kFALSE;
1176
1177     fHitMap2->FlagHit(i,j);
1178 //
1179 //  check the online zero-suppression conditions
1180 //
1181     const Int_t maxNeighbours = 4;
1182
1183     Int_t nn;
1184     Int_t dbx,tlx,thx;
1185     Int_t xList[maxNeighbours], yList[maxNeighbours];
1186     fSegmentation->Neighbours(i,j,&nn,xList,yList);
1187     Int_t in,ix,iy,qns;
1188     for (in=0; in<nn; in++) {
1189         ix=xList[in];
1190         iy=yList[in];
1191         if (fHitMap2->TestHit(ix,iy)==kUnused) {
1192            CompressionParam(ix,dbx,tlx,thx);
1193            Int_t qn = (Int_t)(fHitMap2->GetSignal(ix,iy));
1194            qn -= dbx; // if baseline eq. is done here
1195            if ((qn-tlx) < minval) {
1196               fHitMap2->FlagHit(ix,iy);
1197               continue;
1198            } else {
1199               if ((qn - thx) >= minval) high=kTRUE;
1200               if (cond) {
1201                  if(do10to8) signal = Convert10to8(signal);
1202                  AddDigit(i,j,signal);
1203               }
1204               if(do10to8) qns = Convert10to8(qn);
1205               else qns=qn;
1206               if (!high) AddDigit(ix,iy,qns);
1207               cond=kFALSE;
1208               if(!high) fHitMap2->FlagHit(ix,iy);
1209            }
1210         } // TestHit
1211     } // loop over neighbours
1212
1213 }
1214
1215 //____________________________________________
1216 void AliITSsimulationSDD::Init1D(){
1217   // this is just a copy-paste of input taken from 2D algo
1218   // Torino people should give input
1219   //
1220   // Read 1D zero-suppression parameters for SDD
1221   //
1222
1223     if (!strstr(fParam,"file")) return;
1224
1225     Int_t na,pos,tempTh;
1226     Float_t mu,sigma;
1227     Float_t *savemu = new Float_t [fNofMaps];
1228     Float_t *savesigma = new Float_t [fNofMaps];
1229     char input[100],basel[100],par[100];
1230     char *filtmp;
1231
1232
1233     Int_t minval = fResponse->MinVal();
1234     fResponse->Filenames(input,basel,par);
1235     fFileName=par;
1236
1237 //  set first the disable and tol param
1238     SetCompressParam();
1239 //
1240     filtmp = gSystem->ExpandPathName(fFileName.Data());
1241     FILE *param = fopen(filtmp,"r");
1242     na = 0;
1243
1244     if (param) {
1245           fscanf(param,"%d %d %d %d ", &fT2[0], &fT2[1], &fTol[0], &fTol[1]);
1246           while(fscanf(param,"%d %f %f",&pos, &mu, &sigma) != EOF) {
1247                if (pos != na+1) {
1248                   Error("Init1D ","Anode number not in increasing order!",
1249                    filtmp);
1250                   exit(1);
1251                }
1252                savemu[na]=mu;
1253                savesigma[na]=sigma;
1254                if ((2.*sigma) < mu) {
1255                  fD[na] = (Int_t)floor(mu - 2.0*sigma + 0.5);
1256                  mu = 2.0 * sigma;
1257                } else fD[na] = 0;
1258                tempTh = (Int_t)floor(mu+2.25*sigma+0.5) - minval;
1259                if (tempTh < 0) tempTh=0;
1260                fT1[na] = tempTh;
1261                na++;
1262           } // end while
1263     } else {
1264       Error("Init1D "," THE FILE %s DOES NOT EXIST !",
1265           filtmp);
1266       exit(1);
1267     } // end if(param)
1268
1269     fclose(param);
1270     delete [] filtmp;
1271     delete [] savemu;
1272     delete [] savesigma;
1273
1274
1275
1276 }
1277
1278 //____________________________________________
1279 void AliITSsimulationSDD::Compress1D(){
1280     // 1D zero-suppression algorithm (from Gianluca A.)
1281
1282     Int_t dis,tol,thres,decr,diff;
1283
1284     UChar_t *str=fStream->Stream();
1285     Int_t counter=0;
1286
1287     Bool_t do10to8=fResponse->Do10to8();
1288
1289     Int_t last=0;
1290     Int_t k,i,j;
1291     for (k=0; k<2; k++) {
1292          tol = Tolerance(k);
1293          dis = Disable(k);
1294          for (i=0; i<fNofMaps/2; i++) {
1295              Bool_t firstSignal=kTRUE;
1296              Int_t idx=i+k*fNofMaps/2;
1297              CompressionParam(idx,decr,thres);
1298              for (j=0; j<fMaxNofSamples; j++) {
1299                  Int_t signal=(Int_t)(fHitMap2->GetSignal(idx,j));
1300                  signal -= decr;  // if baseline eq.
1301                  if(do10to8) signal = Convert10to8(signal);
1302                  if (signal <= thres) {
1303                      signal=0;
1304                      diff=128;
1305                      last=0;
1306                      // write diff in the buffer for HuffT
1307                      str[counter]=(UChar_t)diff;
1308                      counter++;
1309                      continue;
1310                  }
1311                  diff=signal-last;
1312                  if (diff > 127) diff=127;
1313                  if (diff < -128) diff=-128;
1314
1315                  if (signal < dis) {
1316                    // tol has changed to 8 possible cases ? - one can write
1317                    // this if(TMath::Abs(diff)<tol) ... else ...
1318                     if(TMath::Abs(diff)<tol) diff=0;
1319                     // or keep it as it was before
1320                     /*
1321                     if (tol==1 && (diff >= -2 && diff <= 1)) diff=0;
1322                     if (tol==2 && (diff >= -4 && diff <= 3)) diff=0;
1323                     if (tol==3 && (diff >= -16 && diff <= 15)) diff=0;
1324                     */
1325                     AddDigit(idx,j,last+diff);
1326                  } else {
1327                    AddDigit(idx,j,signal);
1328                  }
1329
1330                  diff += 128;
1331                  // write diff in the buffer used to compute Huffman tables
1332                  if (firstSignal) str[counter]=(UChar_t)signal;
1333                  else str[counter]=(UChar_t)diff;
1334                  counter++;
1335
1336                  last=signal;
1337                  firstSignal=kFALSE;
1338              } // loop time samples
1339          } // loop anodes  one half of detector
1340     }
1341
1342     // check
1343     fStream->CheckCount(counter);
1344
1345     // open file and write out the stream of diff's
1346
1347     static Bool_t open=kTRUE;
1348     static TFile *outFile;
1349     Bool_t write = fResponse->OutputOption();
1350
1351     if (write ) {
1352         if(open) {
1353             SetFileName("stream.root");
1354             cout<<"filename "<<fFileName<<endl;
1355             outFile=new TFile(fFileName,"recreate");
1356             cout<<"I have opened "<<fFileName<<" file "<<endl;
1357         }
1358         open=kFALSE;
1359         outFile->cd();
1360         fStream->Write();
1361     }  // endif write
1362
1363      fStream->ClearStream();
1364
1365      // back to galice.root file
1366
1367      TTree *fAli=gAlice->TreeK();
1368      TFile *file = 0;
1369
1370      if (fAli) file =fAli->GetCurrentFile();
1371      file->cd();
1372
1373
1374 }
1375 //____________________________________________
1376 void AliITSsimulationSDD::StoreAllDigits(){
1377   // if non-zero-suppressed data
1378
1379     Bool_t do10to8=fResponse->Do10to8();
1380
1381     Int_t i, j, digits[3];
1382     for (i=0; i<fNofMaps; i++) {
1383         for (j=0; j<fMaxNofSamples; j++) {
1384              Int_t signal=(Int_t)(fHitMap2->GetSignal(i,j));
1385              if(do10to8) signal = Convert10to8(signal);
1386              if(do10to8) signal = Convert8to10(signal);
1387              digits[0]=i;
1388              digits[1]=j;
1389              digits[2]=signal;
1390              fITS->AddRealDigit(1,digits);
1391         }
1392     }
1393 }
1394 //____________________________________________
1395
1396 void AliITSsimulationSDD::CreateHistograms(Int_t scale){
1397   // Creates histograms of maps for debugging
1398
1399       Int_t i;
1400
1401       fHis=new TObjArray(fNofMaps);
1402       for (i=0;i<fNofMaps;i++) {
1403            TString sddName("sdd_");
1404            Char_t candNum[4];
1405            sprintf(candNum,"%d",i+1);
1406            sddName.Append(candNum);
1407            (*fHis)[i] = new TH1F(sddName.Data(),"SDD maps",
1408                 scale*fMaxNofSamples,0.,(Float_t) scale*fMaxNofSamples);
1409       }
1410
1411 }
1412 //____________________________________________
1413 void AliITSsimulationSDD::FillHistograms(){
1414   // fill 1D histograms from map
1415   if (!fHis) return;
1416
1417   for( Int_t i=0; i<fNofMaps; i++) {
1418     TH1F *hist =(TH1F *)fHis->UncheckedAt(i);
1419     Int_t nsamples = hist->GetNbinsX();
1420     for( Int_t j=0; j<nsamples; j++) {
1421       Double_t signal=fHitMap2->GetSignal(i,j);
1422       hist->Fill((Float_t)j,signal);
1423     }
1424   }
1425 }
1426
1427 //____________________________________________
1428
1429 void AliITSsimulationSDD::ResetHistograms(){
1430     //
1431     // Reset histograms for this detector
1432     //
1433     Int_t i;
1434     for (i=0;i<fNofMaps;i++ ) {
1435         if ((*fHis)[i])    ((TH1F*)(*fHis)[i])->Reset();
1436     }
1437
1438 }
1439
1440
1441 //____________________________________________
1442
1443 TH1F *AliITSsimulationSDD::GetAnode(Int_t wing, Int_t anode) {
1444   // Fills a histogram from a give anode.
1445   if (!fHis) return 0;
1446
1447   if(wing <=0 || wing > 2) {
1448     cout << "Wrong wing number: " << wing << endl;
1449     return NULL;
1450   }
1451   if(anode <=0 || anode > fNofMaps/2) {
1452     cout << "Wrong anode number: " << anode << endl;
1453     return NULL;
1454   }
1455
1456   Int_t index = (wing-1)*fNofMaps/2 + anode-1;
1457   return (TH1F*)((*fHis)[index]);
1458 }
1459
1460 //____________________________________________
1461
1462 void AliITSsimulationSDD::WriteToFile(TFile *hfile) {
1463   // Writes the histograms to a file
1464   if (!fHis) return;
1465
1466   hfile->cd();
1467   Int_t i;
1468   for(i=0; i<fNofMaps; i++)  (*fHis)[i]->Write(); //fAdcs[i]->Write();
1469   return;
1470 }
1471 //____________________________________________
1472 Float_t AliITSsimulationSDD::GetNoise() {
1473   // Returns the noise value
1474
1475   //Bool_t do10to8=fResponse->Do10to8();
1476   //noise will always be in the liniar part of the signal
1477
1478   Int_t decr;
1479   Int_t threshold=fT1[0];
1480
1481   char opt1[20], opt2[20];
1482   fResponse->ParamOptions(opt1,opt2);
1483   fParam=opt2;
1484   char *same = strstr(opt1,"same");
1485   Float_t noise,baseline;
1486   if (same) {
1487     fResponse->GetNoiseParam(noise,baseline);
1488   } else {
1489      static Bool_t readfile=kTRUE;
1490      //read baseline and noise from file
1491      if (readfile) ReadBaseline();
1492      readfile=kFALSE;
1493   }
1494
1495    TCanvas *c2 = (TCanvas*)gROOT->GetListOfCanvases()->FindObject("c2");
1496    if(c2) delete c2->GetPrimitive("noisehist");
1497    if(c2) delete c2->GetPrimitive("anode");
1498    else     c2=new TCanvas("c2");
1499    c2->cd();
1500    c2->SetFillColor(0);
1501
1502    TH1F *noisehist = new TH1F("noisehist","noise",100,0.,(float)2*threshold);
1503    TH1F *anode = new TH1F("anode","Anode Projection",fMaxNofSamples,0.,(float)fMaxNofSamples);
1504   Int_t i,k;
1505   for (i=0;i<fNofMaps;i++) {
1506     CompressionParam(i,decr,threshold);
1507     if  (!same) GetAnodeBaseline(i,baseline,noise);
1508     anode->Reset();
1509     for (k=0;k<fMaxNofSamples;k++) {
1510       Float_t signal=(Float_t)fHitMap2->GetSignal(i,k);
1511       //if (signal <= (float)threshold) noisehist->Fill(signal-baseline);
1512       if (signal <= (float)threshold) noisehist->Fill(signal);
1513       anode->Fill((float)k,signal);
1514     }
1515     anode->Draw();
1516     c2->Update();
1517   }
1518   TF1 *gnoise = new TF1("gnoise","gaus",0.,threshold);
1519   noisehist->Fit("gnoise","RQ");
1520   noisehist->Draw();
1521   c2->Update();
1522   Float_t mnoise = gnoise->GetParameter(1);
1523   cout << "mnoise : " << mnoise << endl;
1524   Float_t rnoise = gnoise->GetParameter(2);
1525   cout << "rnoise : " << rnoise << endl;
1526   delete noisehist;
1527   return rnoise;
1528 }