MUON/AliMUONClusterFinderAZ.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 // Clusterizer class developped by Zitchenko (Dubna)
  19
  20 #include <stdlib.h>
  21 #include <Riostream.h>
  22 #include <TROOT.h>
  23 #include <TCanvas.h>
  24 #include <TLine.h>
  25 #include <TTree.h>
  26 #include <TH2.h>
  27 #include <TView.h>
  28 #include <TStyle.h>
  29 #include <TMinuit.h>
  30 #include <TMatrixD.h>
  31
  32 #include "AliMUONClusterFinderAZ.h"
  33 #include "AliHeader.h"
  34 #include "AliRun.h"
  35 #include "AliMUON.h"
  36 #include "AliMUONChamber.h"
  37 #include "AliMUONDigit.h"
  38 #include "AliMUONHit.h"
  39 #include "AliMUONChamber.h"
  40 #include "AliMUONRawCluster.h"
  41 #include "AliMUONClusterInput.h"
  42 #include "AliMUONPixel.h"
  43 #include "AliMC.h"
  44 #include "AliLog.h"
  45
  46 ClassImp(AliMUONClusterFinderAZ)
  47
  48  const Double_t AliMUONClusterFinderAZ::fgkCouplMin = 1.e-3; // threshold on coupling
  49  AliMUONClusterFinderAZ* AliMUONClusterFinderAZ::fgClusterFinder = 0x0;
  50  TMinuit* AliMUONClusterFinderAZ::fgMinuit = 0x0;
  51
  52 //_____________________________________________________________________________
  53 AliMUONClusterFinderAZ::AliMUONClusterFinderAZ(Bool_t draw, Int_t iReco)
  54   : AliMUONClusterFinderVS()
  55 {
  56 // Constructor
  57   for (Int_t i=0; i<4; i++) {fHist[i] = 0;}
  58   fMuonDigits = 0;
  59   //  fSegmentation[1] = fSegmentation[0] = 0;
  60   fgClusterFinder = 0x0;
  61   fgMinuit = 0x0;
  62   if (!fgClusterFinder) fgClusterFinder = this;
  63   if (!fgMinuit) fgMinuit = new TMinuit(8);
  64   fDraw = draw;
  65   fReco = iReco;
  66   fPixArray = new TObjArray(20);
  67   /*
  68   fPoints = 0;
  69   fPhits = 0;
  70   fRpoints = 0;
  71   fCanvas = 0;
  72   fNextCathode = kFALSE;
  73   fColPad = 0;
  74   */
  75 }
  76
  77 //_____________________________________________________________________________
  78 AliMUONClusterFinderAZ::AliMUONClusterFinderAZ(const AliMUONClusterFinderAZ& rhs)
  79   : AliMUONClusterFinderVS(rhs)
  80 {
  81 // Protected copy constructor
  82
  83   AliFatal("Not implemented.");
  84 }
  85
  86 //_____________________________________________________________________________
  87 AliMUONClusterFinderAZ::~AliMUONClusterFinderAZ()
  88 {
  89   // Destructor
  90   delete fgMinuit; fgMinuit = 0; delete fPixArray; fPixArray = 0;
  91   /*
  92   // Delete space point structure
  93   if (fPoints) fPoints->Delete();
  94   delete fPoints;
  95   fPoints     = 0;
  96   //
  97   if (fPhits) fPhits->Delete();
  98   delete fPhits;
  99   fPhits     = 0;
 100   //
 101   if (fRpoints) fRpoints->Delete();
 102   delete fRpoints;
 103   fRpoints     = 0;
 104   */
 105 }
 106
 107 //_____________________________________________________________________________
 108 void AliMUONClusterFinderAZ::FindRawClusters()
 109 {
 110 // To provide the same interface as in AliMUONClusterFinderVS
 111
 112   EventLoop (gAlice->GetHeader()->GetEvent(), AliMUONClusterInput::Instance()->Chamber());
 113 }
 114
 115 //_____________________________________________________________________________
 116 void AliMUONClusterFinderAZ::EventLoop(Int_t nev=0, Int_t ch=0)
 117 {
 118 // Loop over events
 119
 120   FILE *lun = 0;
 121   TCanvas *c1 = 0;
 122   TView *view = 0;
 123   TH2F *hist = 0;
 124   Double_t p1[3]={0}, p2[3];
 125   TTree *treeR = 0;
 126   if (fDraw) {
 127     // File
 128     lun = fopen("pool.dat","w");
 129     c1 = new TCanvas("c1","Clusters",0,0,600,700);
 130     c1->Divide(1,2);
 131     new TCanvas("c2","Mlem",700,0,600,350);
 132   }
 133
 134 newev:
 135   Int_t nparticles = 0, nent;
 136
 137   //Loaders
 138   AliRunLoader * rl = AliRunLoader::GetRunLoader();
 139   AliLoader * gime  = rl->GetLoader("MUONLoader");
 140
 141   if (!fReco) nparticles = rl->GetEvent(nev);
 142   else nparticles = gAlice->GetMCApp()->GetNtrack();
 143   AliInfo(Form("nev         %d",nev));
 144   AliInfo(Form("nparticles  %d",nparticles));
 145   if (nparticles <= 0) return;
 146
 147   TTree *treeH = gime->TreeH();
 148   Int_t ntracks = (Int_t) treeH->GetEntries();
 149   AliInfo(Form("ntracks  %d",ntracks));
 150
 151   // Get pointers to Alice detectors and Digits containers
 152   AliMUON *muon  = (AliMUON*) gAlice->GetModule("MUON");
 153   if (!muon) return;
 154   //       TClonesArray *Particles = gAlice->Particles();
 155   if (!fReco) {
 156     treeR = gime->TreeR();
 157     if (treeR) {
 158       muon->ResetRawClusters();
 159       nent = (Int_t) treeR->GetEntries();
 160       if (nent != 1) {
 161                 AliError(Form("nent = %d not equal to 1",nent));
 162         //exit(0);
 163       }
 164     } // if (treeR)
 165   } // if (!fReco)
 166
 167   TTree *treeD = gime->TreeD();
 168   //muon->ResetDigits();
 169
 170   TClonesArray *listMUONrawclust ;
 171   AliMUONChamber*       iChamber = 0;
 172
 173   // As default draw the first cluster of the chamber #0
 174
 175 newchamber:
 176   if (ch > 9) {if (fReco) return; nev++; ch = 0; goto newev;}
 177   //gAlice->ResetDigits();
 178   fMuonDigits  = muon->GetMUONData()->Digits(ch);
 179   if (fMuonDigits == 0) return;
 180   iChamber = &(muon->Chamber(ch));
 181   fSeg2[0] = iChamber->SegmentationModel2(1);
 182   fSeg2[1] = iChamber->SegmentationModel2(2);
 183
 184   fResponse = iChamber->ResponseModel();
 185
 186   nent = 0;
 187
 188   if (treeD) {
 189     nent = (Int_t) treeD->GetEntries();
 190     //printf(" entries %d \n", nent);
 191   }
 192
 193   Int_t ndigits[2]={9,9}, nShown[2]={0};
 194   for (Int_t i=0; i<2; i++) {
 195     for (Int_t j=0; j<fgkDim; j++) {fUsed[i][j]=kFALSE;}
 196   }
 197
 198 next:
 199   if (ndigits[0] == nShown[0] && ndigits[1] == nShown[1]) {
 200     // No more clusters
 201     if (fReco) return;
 202     ch++;
 203     goto newchamber; // next chamber
 204   }
 205   Float_t xpad, ypad, zpad, zpad0;
 206   TLine *line[99]={0};
 207   Int_t nLine = 0;
 208   Bool_t first = kTRUE;
 209   AliInfo(Form(" *** Event # %d chamber: %d " , nev ,ch ));
 210   fnPads[0] = fnPads[1] = 0;
 211   for (Int_t i=0; i<fgkDim; i++) {fPadIJ[1][i] = 0;}
 212   //for (Int_t iii = 0; iii<999; iii++) {
 213   for (Int_t iii = 0; iii<2; iii++) {
 214     Int_t cath = TMath::Odd(iii);
 215     gAlice->ResetDigits();
 216     treeD->GetEvent(cath);
 217     fMuonDigits  = muon->GetMUONData()->Digits(ch);
 218
 219     ndigits[cath] = fMuonDigits->GetEntriesFast();
 220     if (!ndigits[0] && !ndigits[1]) {if (fReco) return; ch++; goto newchamber;}
 221     if (ndigits[cath] == 0) continue;
 222     AliInfo(Form(" ndigits: %d  %d " , ndigits[cath] , cath));
 223
 224     AliMUONDigit  *mdig;
 225     Int_t digit;
 226
 227     Bool_t eEOC = kTRUE; // end-of-cluster
 228     for (digit = 0; digit < ndigits[cath]; digit++) {
 229       mdig    = (AliMUONDigit*)fMuonDigits->UncheckedAt(digit);
 230       if (mdig->Cathode() != cath) continue;
 231       if (first) {
 232         // Find first unused pad
 233         if (fUsed[cath][digit]) continue;
 234         fSeg2[cath]->GetPadC(fInput->DetElemId(), mdig->PadX(),mdig->PadY(),xpad,ypad,zpad0);
 235
 236       } else {
 237         if (fUsed[cath][digit]) continue;
 238         fSeg2[cath]->GetPadC(fInput->DetElemId(), mdig->PadX(),mdig->PadY(),xpad,ypad,zpad);
 239
 240         if (TMath::Abs(zpad-zpad0)>0.1) continue; // different slats
 241         // Find a pad overlapping with the cluster
 242         if (!Overlap(cath,mdig)) continue;
 243       }
 244       // Add pad - recursive call
 245       AddPad(cath,digit);
 246       eEOC = kFALSE;
 247       if (digit >= 0) break;
 248     }
 249     if (first && eEOC) {
 250       // No more unused pads
 251       if (cath == 0) continue; // on cathode #0 - check #1
 252       else {
 253         // No more clusters
 254         if (fReco) return;
 255         ch++;
 256         goto newchamber; // next chamber
 257       }
 258     }
 259     if (eEOC) break; // cluster found
 260     first = kFALSE;
 261         AliInfo(Form(" nPads: %d %d %d ",fnPads[cath] ,nShown[cath]+fnPads[cath],cath));
 262   } // for (Int_t iii = 0;
 263
 264
 265   if (fReco) goto skip;
 266   char hName[4];
 267   for (Int_t cath = 0; cath<2; cath++) {
 268     // Build histograms
 269     if (fHist[cath*2]) {fHist[cath*2]->Delete(); fHist[cath*2] = 0;}
 270     if (fHist[cath*2+1]) {fHist[cath*2+1]->Delete(); fHist[cath*2+1] = 0;}
 271     if (fnPads[cath] == 0) continue; // cluster on one cathode only
 272     Float_t wxMin=999, wxMax=0, wyMin=999, wyMax=0;
 273     Int_t minDx=0, maxDx=0, minDy=0, maxDy=0;
 274     for (Int_t i=0; i<fnPads[0]+fnPads[1]; i++) {
 275       if (fPadIJ[0][i] != cath) continue;
 276       if (fXyq[3][i] < wxMin) {wxMin = fXyq[3][i]; minDx = i;}
 277       if (fXyq[3][i] > wxMax) {wxMax = fXyq[3][i]; maxDx = i;}
 278       if (fXyq[4][i] < wyMin) {wyMin = fXyq[4][i]; minDy = i;}
 279       if (fXyq[4][i] > wyMax) {wyMax = fXyq[4][i]; maxDy = i;}
 280     }
 281     AliInfo(Form("%d %d %d %d", minDx , maxDx , minDy , maxDy ));
 282     Int_t nx, ny, padSize;
 283     Float_t xmin=9999, xmax=-9999, ymin=9999, ymax=-9999;
 284     if (TMath::Nint(fXyq[3][minDx]*1000) == TMath::Nint(fXyq[3][maxDx]*1000) &&
 285         TMath::Nint(fXyq[4][minDy]*1000) == TMath::Nint(fXyq[4][maxDy]*1000)) {
 286       // the same segmentation
 287       AliInfo(" Same");
 288       AliInfo(Form("%f %f %f %f ",fXyq[3][minDx],fXyq[3][maxDx],fXyq[4][minDy],fXyq[4][maxDy]));
 289       for (Int_t i=0; i<fnPads[0]+fnPads[1]; i++) {
 290         if (fPadIJ[0][i] != cath) continue;
 291         if (fXyq[0][i] < xmin) xmin = fXyq[0][i];
 292         if (fXyq[0][i] > xmax) xmax = fXyq[0][i];
 293         if (fXyq[1][i] < ymin) ymin = fXyq[1][i];
 294         if (fXyq[1][i] > ymax) ymax = fXyq[1][i];
 295       }
 296       xmin -= fXyq[3][minDx]; xmax += fXyq[3][minDx];
 297       ymin -= fXyq[4][minDy]; ymax += fXyq[4][minDy];
 298       nx = TMath::Nint ((xmax-xmin)/wxMin/2);
 299       ny = TMath::Nint ((ymax-ymin)/wyMin/2);
 300       sprintf(hName,"h%d",cath*2);
 301       fHist[cath*2] = new TH2F(hName,"cluster",nx,xmin,xmax,ny,ymin,ymax);
 302       cout << fHist[cath*2] << " " << fnPads[cath] << endl;
 303       for (Int_t i=0; i<fnPads[0]+fnPads[1]; i++) {
 304         if (fPadIJ[0][i] != cath) continue;
 305         fHist[cath*2]->Fill(fXyq[0][i],fXyq[1][i],fXyq[2][i]);
 306         //cout << fXyq[0][i] << fXyq[1][i] << fXyq[2][i] << endl;
 307       }
 308     } else {
 309       // different segmentation in the cluster
 310       AliInfo(" Different\n");
 311       AliInfo(Form("%f %f %f %f ",fXyq[3][minDx],fXyq[3][maxDx],fXyq[4][minDy],fXyq[4][maxDy]));
 312       Int_t nOK = 0;
 313       Int_t indx, locMin, locMax;
 314       if (TMath::Nint(fXyq[3][minDx]*1000) != TMath::Nint(fXyq[3][maxDx]*1000)) {
 315         // different segmentation along x
 316         indx = 0;
 317         locMin = minDx;
 318         locMax = maxDx;
 319       } else {
 320         // different segmentation along y
 321         indx = 1;
 322         locMin = minDy;
 323         locMax = maxDy;
 324       }
 325       Int_t loc = locMin;
 326       for (Int_t i=0; i<2; i++) {
 327         // loop over different pad sizes
 328         if (i>0) loc = locMax;
 329         padSize = TMath::Nint(fXyq[indx+3][loc]*1000);
 330         xmin = 9999; xmax = -9999; ymin = 9999; ymax = -9999;
 331         for (Int_t j=0; j<fnPads[0]+fnPads[1]; j++) {
 332           if (fPadIJ[0][j] != cath) continue;
 333           if (TMath::Nint(fXyq[indx+3][j]*1000) != padSize) continue;
 334           nOK++;
 335           xmin = TMath::Min (xmin,fXyq[0][j]);
 336           xmax = TMath::Max (xmax,fXyq[0][j]);
 337           ymin = TMath::Min (ymin,fXyq[1][j]);
 338           ymax = TMath::Max (ymax,fXyq[1][j]);
 339         }
 340         xmin -= fXyq[3][loc]; xmax += fXyq[3][loc];
 341         ymin -= fXyq[4][loc]; ymax += fXyq[4][loc];
 342         nx = TMath::Nint ((xmax-xmin)/fXyq[3][loc]/2);
 343         ny = TMath::Nint ((ymax-ymin)/fXyq[4][loc]/2);
 344         sprintf(hName,"h%d",cath*2+i);
 345         fHist[cath*2+i] = new TH2F(hName,"cluster",nx,xmin,xmax,ny,ymin,ymax);
 346         for (Int_t j=0; j<fnPads[0]+fnPads[1]; j++) {
 347           if (fPadIJ[0][j] != cath) continue;
 348           if (TMath::Nint(fXyq[indx+3][j]*1000) != padSize) continue;
 349           fHist[cath*2+i]->Fill(fXyq[0][j],fXyq[1][j],fXyq[2][j]);
 350         }
 351       } // for (Int_t i=0;
 352       if (nOK != fnPads[cath])
 353                 AliInfo(Form(" *** Too many segmentations: nPads, nOK %d %d",fnPads[cath],nOK));
 354     } // if (TMath::Nint(fXyq[3][minDx]*1000)
 355   } // for (Int_t cath = 0;
 356
 357   // Draw histograms and coordinates
 358   for (Int_t cath=0; cath<2; cath++) {
 359     if (cath == 0) ModifyHistos();
 360     if (fnPads[cath] == 0) continue; // cluster on one cathode only
 361     if (fDraw) {
 362       c1->cd(cath+1);
 363       gPad->SetTheta(55);
 364       gPad->SetPhi(30);
 365       Double_t x, y, x0, y0, r1=999, r2=0;
 366       if (fHist[cath*2+1]) {
 367         //
 368         x0 = fHist[cath*2]->GetXaxis()->GetXmin() - 1000*TMath::Cos(30*TMath::Pi()/180);
 369         y0 = fHist[cath*2]->GetYaxis()->GetXmin() - 1000*TMath::Sin(30*TMath::Pi()/180);
 370         r1 = 0;
 371         Int_t ihist=cath*2;
 372         for (Int_t iy=1; iy<=fHist[ihist]->GetNbinsY(); iy++) {
 373           y = fHist[ihist]->GetYaxis()->GetBinCenter(iy)
 374             + fHist[ihist]->GetYaxis()->GetBinWidth(iy);
 375           for (Int_t ix=1; ix<=fHist[ihist]->GetNbinsX(); ix++) {
 376             if (fHist[ihist]->GetCellContent(ix,iy) > 0.1) {
 377               x = fHist[ihist]->GetXaxis()->GetBinCenter(ix)
 378                 + fHist[ihist]->GetXaxis()->GetBinWidth(ix);
 379               r1 = TMath::Max (r1,TMath::Sqrt((x-x0)*(x-x0)+(y-y0)*(y-y0)));
 380             }
 381           }
 382         }
 383         ihist = cath*2 + 1 ;
 384         for (Int_t iy=1; iy<=fHist[ihist]->GetNbinsY(); iy++) {
 385           y = fHist[ihist]->GetYaxis()->GetBinCenter(iy)
 386             + fHist[ihist]->GetYaxis()->GetBinWidth(iy);
 387           for (Int_t ix=1; ix<=fHist[ihist]->GetNbinsX(); ix++) {
 388             if (fHist[ihist]->GetCellContent(ix,iy) > 0.1) {
 389               x = fHist[ihist]->GetXaxis()->GetBinCenter(ix)
 390                 + fHist[ihist]->GetXaxis()->GetBinWidth(ix);
 391               r2 = TMath::Max (r2,TMath::Sqrt((x-x0)*(x-x0)+(y-y0)*(y-y0)));
 392             }
 393           }
 394         }
 395         AliInfo(Form("%f %f \n",r1,r2));
 396       } // if (fHist[cath*2+1])
 397       if (r1 > r2) {
 398         //fHist[cath*2]->Draw("lego1");
 399         fHist[cath*2]->Draw("lego1Fb");
 400         //if (fHist[cath*2+1]) fHist[cath*2+1]->Draw("lego1SameAxisBb");
 401         if (fHist[cath*2+1]) fHist[cath*2+1]->Draw("lego1SameAxisBbFb");
 402       } else {
 403         //fHist[cath*2+1]->Draw("lego1");
 404         fHist[cath*2+1]->Draw("lego1Fb");
 405         //fHist[cath*2]->Draw("lego1SameAxisBb");
 406         fHist[cath*2]->Draw("lego1SameAxisFbBb");
 407       }
 408       c1->Update();
 409     } // if (fDraw)
 410   } // for (Int_t cath = 0;
 411
 412   // Draw generated hits
 413   Double_t xNDC[6];
 414   hist = fHist[0] ? fHist[0] : fHist[2];
 415   p2[2] = hist->GetMaximum();
 416   view = 0;
 417   if (c1) view = c1->Pad()->GetView();
 418   AliInfo(" *** GEANT hits *** ");
 419   fnMu = 0;
 420   Int_t ix, iy, iok;
 421   for (Int_t i=0; i<ntracks; i++) {
 422     treeH->GetEvent(i);
 423     for (AliMUONHit* mHit=(AliMUONHit*)muon->FirstHit(-1);
 424          mHit;
 425          mHit=(AliMUONHit*)muon->NextHit()) {
 426       if (mHit->Chamber() != ch+1) continue;  // chamber number
 427       if (TMath::Abs(mHit->Z()-zpad0) > 1) continue; // different slat
 428       p2[0] = p1[0] = mHit->X();        // x-pos of hit
 429       p2[1] = p1[1] = mHit->Y();        // y-pos
 430       if (p1[0] < hist->GetXaxis()->GetXmin() ||
 431           p1[0] > hist->GetXaxis()->GetXmax()) continue;
 432       if (p1[1] < hist->GetYaxis()->GetXmin() ||
 433           p1[1] > hist->GetYaxis()->GetXmax()) continue;
 434       // Check if track comes thru pads with signal
 435       iok = 0;
 436       for (Int_t ihist=0; ihist<4; ihist++) {
 437         if (!fHist[ihist]) continue;
 438         ix = fHist[ihist]->GetXaxis()->FindBin(p1[0]);
 439         iy = fHist[ihist]->GetYaxis()->FindBin(p1[1]);
 440         if (fHist[ihist]->GetCellContent(ix,iy) > 0.5) {iok = 1; break;}
 441       }
 442       if (!iok) continue;
 443       gStyle->SetLineColor(1);
 444       if (TMath::Abs((Int_t)mHit->Particle()) == 13) {
 445         gStyle->SetLineColor(4);
 446         fnMu++;
 447         if (fnMu <= 2) {
 448           fxyMu[fnMu-1][0] = p1[0];
 449           fxyMu[fnMu-1][1] = p1[1];
 450         }
 451       }
 452       AliInfo(Form(" X=%10.4f, Y=%10.4f, Z=%10.4f\n",p1[0],p1[1],mHit->Z()));
 453       if (view) {
 454         view->WCtoNDC(p1, &xNDC[0]);
 455         view->WCtoNDC(p2, &xNDC[3]);
 456         for (Int_t ipad=1; ipad<3; ipad++) {
 457           c1->cd(ipad);
 458           //c1->DrawLine(xpad[0],xpad[1],xpad[3],xpad[4]);
 459           line[nLine] = new TLine(xNDC[0],xNDC[1],xNDC[3],xNDC[4]);
 460           line[nLine++]->Draw();
 461         }
 462       }
 463     } // for (AliMUONHit* mHit=
 464   } // for (Int_t i=0; i<ntracks;
 465
 466   // Draw reconstructed coordinates
 467   listMUONrawclust  = muon->GetMUONData()->RawClusters(ch);
 468   treeR->GetEvent(ch);
 469   //cout << listMUONrawclust  << " " << listMUONrawclust ->GetEntries() << endl;
 470   AliMUONRawCluster *mRaw;
 471   gStyle->SetLineColor(3);
 472   AliInfo(" *** Reconstructed hits *** ");
 473   for (Int_t i=0; i<listMUONrawclust ->GetEntries(); i++) {
 474     mRaw = (AliMUONRawCluster*)listMUONrawclust ->UncheckedAt(i);
 475     if (TMath::Abs(mRaw->GetZ(0)-zpad0) > 1) continue; // different slat
 476     p2[0] = p1[0] = mRaw->GetX(0);        // x-pos of hit
 477     p2[1] = p1[1] = mRaw->GetY(0);        // y-pos
 478     if (p1[0] < hist->GetXaxis()->GetXmin() ||
 479         p1[0] > hist->GetXaxis()->GetXmax()) continue;
 480     if (p1[1] < hist->GetYaxis()->GetXmin() ||
 481         p1[1] > hist->GetYaxis()->GetXmax()) continue;
 482     /*
 483       treeD->GetEvent(cath);
 484       cout << mRaw->fMultiplicity[0] << mRaw->fMultiplicity[1] << endl;
 485       for (Int_t j=0; j<mRaw->fMultiplicity[cath]; j++) {
 486       Int_t digit = mRaw->fIndexMap[j][cath];
 487       cout << ((AliMUONDigit*)fMuonDigits->UncheckedAt(digit))->Signal() << endl;
 488       }
 489     */
 490     // Check if track comes thru pads with signal
 491     iok = 0;
 492     for (Int_t ihist=0; ihist<4; ihist++) {
 493       if (!fHist[ihist]) continue;
 494       ix = fHist[ihist]->GetXaxis()->FindBin(p1[0]);
 495       iy = fHist[ihist]->GetYaxis()->FindBin(p1[1]);
 496       if (fHist[ihist]->GetCellContent(ix,iy) > 0.5) {iok = 1; break;}
 497     }
 498     if (!iok) continue;
 499     AliInfo(Form(" X=%10.4f, Y=%10.4f, Z=%10.4f\n",p1[0],p1[1],mRaw->GetZ(0)));
 500     if (view) {
 501       view->WCtoNDC(p1, &xNDC[0]);
 502       view->WCtoNDC(p2, &xNDC[3]);
 503       for (Int_t ipad=1; ipad<3; ipad++) {
 504         c1->cd(ipad);
 505         line[nLine] = new TLine(xNDC[0],xNDC[1],xNDC[3],xNDC[4]);
 506         line[nLine++]->Draw();
 507       }
 508     }
 509   } // for (Int_t i=0; i<listMUONrawclust ->GetEntries();
 510   if (fDraw) c1->Update();
 511
 512 skip:
 513   // Use MLEM for cluster finder
 514   fZpad = zpad0;
 515   Int_t nMax = 1, localMax[100], maxPos[100];
 516   Double_t maxVal[100];
 517
 518   if (CheckPrecluster(nShown)) {
 519     BuildPixArray();
 520     if (fnPads[0]+fnPads[1] > 50) nMax = FindLocalMaxima(localMax, maxVal);
 521     if (nMax > 1) TMath::Sort(nMax, maxVal, maxPos, kTRUE); // in decreasing order
 522     for (Int_t i=0; i<nMax; i++) {
 523       if (nMax > 1) FindCluster(localMax, maxPos[i]);
 524       if (!MainLoop()) AliInfo(" MainLoop failed ");
 525       if (i < nMax-1) {
 526         for (Int_t j=0; j<fnPads[0]+fnPads[1]; j++) {
 527           if (fPadIJ[1][j] == 0) continue; // pad charge was not modified
 528           fPadIJ[1][j] = 0;
 529           fXyq[2][j] = fXyq[5][j]; // use backup charge value
 530         }
 531       }
 532     }
 533   }
 534   if (fReco) goto next;
 535
 536   for (Int_t i=0; i<fnMu; i++) {
 537     // Check again if muon come thru the used pads (due to extra splitting)
 538     for (Int_t j=0; j<fnPads[0]+fnPads[1]; j++) {
 539       if (TMath::Abs(fxyMu[i][0]-fXyq[0][j])<fXyq[3][j] &&
 540           TMath::Abs(fxyMu[i][1]-fXyq[1][j])<fXyq[4][j]) {
 541         AliInfo(Form("%12.3e %12.3e %12.3e %12.3e\n",fxyMu[i][2],fxyMu[i][3],fxyMu[i][4],fxyMu[i][5]));
 542         if (lun) fprintf(lun,"%4d %2d %12.3e %12.3e %12.3e %12.3e\n",nev,ch,fxyMu[i][2],fxyMu[i][3],fxyMu[i][4],fxyMu[i][5]);
 543         break;
 544       }
 545     }
 546   } // for (Int_t i=0; i<fnMu;
 547
 548   // What's next?
 549   char command[8];
 550   AliInfo(" What is next? ");
 551   command[0] = ' ';
 552   if (fDraw) gets(command);
 553   if (command[0] == 'n' || command[0] == 'N') {nev++; goto newev;} // next event
 554   else if (command[0] == 'q' || command[0] == 'Q') {fclose(lun); return;} // exit display
 555   //else if (command[0] == 'r' || command[0] == 'R') goto redraw; // redraw points
 556   else if (command[0] == 'c' || command[0] == 'C') {
 557     // new chamber
 558     sscanf(command+1,"%d",&ch);
 559     goto newchamber;
 560   }
 561   else if (command[0] == 'e' || command[0] == 'E') {
 562     // new event
 563     sscanf(command+1,"%d",&nev);
 564     goto newev;
 565   }
 566   else goto next; // Next cluster
 567 }
 568
 569 //_____________________________________________________________________________
 570 void AliMUONClusterFinderAZ::ModifyHistos(void)
 571 {
 572   // Modify histograms to bring them to the same size
 573   Int_t nhist = 0;
 574   Float_t hlim[4][4], hbin[4][4]; // first index - xmin, xmax, ymin, ymax
 575   Float_t binMin[4] = {999,999,999,999};
 576
 577   for (Int_t i=0; i<4; i++) {
 578     if (!fHist[i]) continue;
 579     hlim[0][nhist] = fHist[i]->GetXaxis()->GetXmin(); // xmin
 580     hlim[1][nhist] = fHist[i]->GetXaxis()->GetXmax(); // xmax
 581     hlim[2][nhist] = fHist[i]->GetYaxis()->GetXmin(); // ymin
 582     hlim[3][nhist] = fHist[i]->GetYaxis()->GetXmax(); // ymax
 583     hbin[0][nhist] = hbin[1][nhist] = fHist[i]->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
 584     hbin[2][nhist] = hbin[3][nhist] = fHist[i]->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
 585     binMin[0] = TMath::Min(binMin[0],hbin[0][nhist]);
 586     binMin[2] = TMath::Min(binMin[2],hbin[2][nhist]);
 587     nhist++;
 588   }
 589   binMin[1] = binMin[0];
 590   binMin[3] = binMin[2];
 591   AliInfo(Form(" Nhist: %d",nhist));
 592
 593   Int_t imin, imax;
 594   for (Int_t lim=0; lim<4; lim++) {
 595     while (1) {
 596       imin = TMath::LocMin(nhist,hlim[lim]);
 597       imax = TMath::LocMax(nhist,hlim[lim]);
 598       if (TMath::Abs(hlim[lim][imin]-hlim[lim][imax])<0.01*binMin[lim]) break;
 599       if (lim == 0 || lim == 2) {
 600         // find lower limit
 601         hlim[lim][imax] -= hbin[lim][imax];
 602       } else {
 603         // find upper limit
 604         hlim[lim][imin] += hbin[lim][imin];
 605       }
 606     } // while (1)
 607   }
 608
 609   // Rebuild histograms
 610   nhist = 0;
 611   TH2F *hist = 0;
 612   Int_t nx, ny;
 613   Double_t x, y, cont, cmax=0;
 614   char hName[4];
 615   for (Int_t ihist=0; ihist<4; ihist++) {
 616     if (!fHist[ihist]) continue;
 617     nx = TMath::Nint((hlim[1][nhist]-hlim[0][nhist])/hbin[0][nhist]);
 618     ny = TMath::Nint((hlim[3][nhist]-hlim[2][nhist])/hbin[2][nhist]);
 619     //hist =  new TH2F("h","hist",nx,hlim[0][nhist],hlim[1][nhist],ny,hlim[2][nhist],hlim[3][nhist]);
 620     sprintf(hName,"hh%d",ihist);
 621     hist =  new TH2F(hName,"hist",nx,hlim[0][nhist],hlim[1][nhist],ny,hlim[2][nhist],hlim[3][nhist]);
 622     for (Int_t i=1; i<=fHist[ihist]->GetNbinsX(); i++) {
 623       x = fHist[ihist]->GetXaxis()->GetBinCenter(i);
 624       for (Int_t j=1; j<=fHist[ihist]->GetNbinsY(); j++) {
 625         y = fHist[ihist]->GetYaxis()->GetBinCenter(j);
 626         cont = fHist[ihist]->GetCellContent(i,j);
 627         hist->Fill(x,y,cont);
 628       }
 629     }
 630     cmax = TMath::Max (cmax,hist->GetMaximum());
 631     fHist[ihist]->Delete();
 632     fHist[ihist] = new TH2F(*hist);
 633     hist->Delete();
 634     nhist++;
 635   }
 636   AliInfo(Form("%f \n",cmax));
 637
 638   for (Int_t ihist=0; ihist<4; ihist++) {
 639     if (!fHist[ihist]) continue;
 640     fHist[ihist]->SetMaximum(cmax);
 641   }
 642 }
 643
 644 //_____________________________________________________________________________
 645 void AliMUONClusterFinderAZ::AddPad(Int_t cath, Int_t digit)
 646 {
 647   // Add pad to the cluster
 648   AliMUONDigit *mdig = (AliMUONDigit*)fMuonDigits->UncheckedAt(digit);
 649
 650   Int_t charge = mdig->Signal();
 651   // get the center of the pad
 652   Float_t xpad, ypad, zpad;
 653   fSeg2[cath]->GetPadC(fInput->DetElemId(), mdig->PadX(), mdig->PadY(), xpad, ypad, zpad);
 654
 655   Int_t   isec;
 656   isec = fSeg2[cath]->Sector(fInput->DetElemId(), mdig->PadX(), mdig->PadY());
 657
 658   Int_t nPads = fnPads[0] + fnPads[1];
 659   fXyq[0][nPads] = xpad;
 660   fXyq[1][nPads] = ypad;
 661   fXyq[2][nPads] = charge;
 662
 663   fXyq[3][nPads] = fSeg2[cath]->Dpx(fInput->DetElemId(),isec)/2;
 664   fXyq[4][nPads] = fSeg2[cath]->Dpy(fInput->DetElemId(),isec)/2;
 665
 666   fXyq[5][nPads] = digit;
 667   fPadIJ[0][nPads] = cath;
 668   fPadIJ[1][nPads] = 0;
 669   fUsed[cath][digit] = kTRUE;
 670   //cout << " bbb " << fXyq[cath][2][nPads] << " " << fXyq[cath][0][nPads] << " " << fXyq[cath][1][nPads] << " " << fXyq[cath][3][nPads] << " " << fXyq[cath][4][nPads] << " " << zpad << " " << nPads << endl;
 671   fnPads[cath]++;
 672
 673   // Check neighbours
 674   Int_t nn, ix, iy, xList[10], yList[10];
 675   AliMUONDigit  *mdig1;
 676
 677   Int_t ndigits = fMuonDigits->GetEntriesFast();
 678   fSeg2[cath]->Neighbours(fInput->DetElemId(), mdig->PadX(),mdig->PadY(),&nn,xList,yList);
 679
 680   for (Int_t in=0; in<nn; in++) {
 681     ix=xList[in];
 682     iy=yList[in];
 683     for (Int_t digit1 = 0; digit1 < ndigits; digit1++) {
 684       if (digit1 == digit) continue;
 685       mdig1 = (AliMUONDigit*)fMuonDigits->UncheckedAt(digit1);
 686       if (mdig1->Cathode() != cath) continue;
 687       if (!fUsed[cath][digit1] && mdig1->PadX() == ix && mdig1->PadY() == iy) {
 688         fUsed[cath][digit1] = kTRUE;
 689         // Add pad - recursive call
 690         AddPad(cath,digit1);
 691       }
 692     } //for (Int_t digit1 = 0;
 693   } // for (Int_t in=0;
 694 }
 695
 696 //_____________________________________________________________________________
 697 Bool_t AliMUONClusterFinderAZ::Overlap(Int_t cath, TObject *dig)
 698 {
 699   // Check if the pad from one cathode overlaps with a pad
 700   // in the precluster on the other cathode
 701
 702   AliMUONDigit *mdig = (AliMUONDigit*) dig;
 703
 704   Float_t xpad, ypad, zpad;
 705   Int_t   isec;
 706   Float_t xy1[4], xy12[4];
 707
 708   fSeg2[cath]->GetPadC(fInput->DetElemId(), mdig->PadX(), mdig->PadY(), xpad, ypad, zpad);
 709   isec = fSeg2[cath]->Sector(fInput->DetElemId(), mdig->PadX(), mdig->PadY());
 710   xy1[0] = xpad - fSeg2[cath]->Dpx(fInput->DetElemId(),isec)/2;
 711   xy1[1] = xy1[0] + fSeg2[cath]->Dpx(fInput->DetElemId(), isec);
 712   xy1[2] = ypad - fSeg2[cath]->Dpy(fInput->DetElemId(), isec)/2;
 713   xy1[3] = xy1[2] + fSeg2[cath]->Dpy(fInput->DetElemId(), isec);
 714
 715
 716   //cout << " ok " << fnPads[0]+fnPads[1] << xy1[0] << xy1[1] << xy1[2] << xy1[3] << endl;
 717
 718   Int_t cath1 = TMath::Even(cath);
 719   for (Int_t i=0; i<fnPads[0]+fnPads[1]; i++) {
 720     if (fPadIJ[0][i] != cath1) continue;
 721     if (Overlap(xy1, i, xy12, 0)) return kTRUE;
 722   }
 723   return kFALSE;
 724 }
 725
 726 //_____________________________________________________________________________
 727 Bool_t AliMUONClusterFinderAZ::Overlap(Float_t *xy1, Int_t iPad, Float_t *xy12, Int_t iSkip)
 728 {
 729   // Check if the pads xy1 and iPad overlap and return overlap area
 730
 731   Float_t xy2[4];
 732   xy2[0] = fXyq[0][iPad] - fXyq[3][iPad];
 733   xy2[1] = fXyq[0][iPad] + fXyq[3][iPad];
 734   if (xy1[0] > xy2[1]-1.e-4 || xy1[1] < xy2[0]+1.e-4) return kFALSE;
 735   xy2[2] = fXyq[1][iPad] - fXyq[4][iPad];
 736   xy2[3] = fXyq[1][iPad] + fXyq[4][iPad];
 737   if (xy1[2] > xy2[3]-1.e-4 || xy1[3] < xy2[2]+1.e-4) return kFALSE;
 738   if (!iSkip) return kTRUE; // just check overlap (w/out computing the area)
 739   xy12[0] = TMath::Max (xy1[0],xy2[0]);
 740   xy12[1] = TMath::Min (xy1[1],xy2[1]);
 741   xy12[2] = TMath::Max (xy1[2],xy2[2]);
 742   xy12[3] = TMath::Min (xy1[3],xy2[3]);
 743   return kTRUE;
 744 }
 745
 746 //_____________________________________________________________________________
 747 /*
 748 Bool_t AliMUONClusterFinderAZ::Overlap(Int_t i, Int_t j, Float_t *xy12, Int_t iSkip)
 749 {
 750   // Check if the pads i and j overlap and return overlap area
 751
 752   Float_t xy1[4], xy2[4];
 753   return Overlap(xy1, xy2, xy12, iSkip);
 754 }
 755 */
 756 //_____________________________________________________________________________
 757 Bool_t AliMUONClusterFinderAZ::CheckPrecluster(Int_t *nShown)
 758 {
 759   // Check precluster in order to attempt to simplify it (mostly for
 760   // two-cathode preclusters)
 761
 762   Int_t i1, i2;
 763   Float_t xy1[4], xy12[4];
 764
 765   Int_t npad = fnPads[0] + fnPads[1];
 766
 767   // If pads have the same size take average of pads on both cathodes
 768   Int_t sameSize = (fnPads[0] && fnPads[1]) ? 1 : 0;
 769   if (sameSize) {
 770     Double_t xSize = -1, ySize = 0;
 771     for (Int_t i=0; i<npad; i++) {
 772       if (fXyq[2][i] < 0) continue;
 773       if (xSize < 0) { xSize = fXyq[3][i]; ySize = fXyq[4][i]; }
 774       if (TMath::Abs(xSize-fXyq[3][i]) > 1.e-4 ||  TMath::Abs(ySize-fXyq[4][i]) > 1.e-4) { sameSize = 0; break; }
 775     }
 776   } // if (sameSize)
 777   if (sameSize && (fnPads[0] > 2 || fnPads[1] > 2)) {
 778     nShown[0] += fnPads[0];
 779     nShown[1] += fnPads[1];
 780     fnPads[0] = fnPads[1] = 0;
 781     Int_t div;
 782     for (Int_t i=0; i<npad; i++) {
 783       if (fXyq[2][i] < 0) continue; // used pad
 784       fXyq[2][fnPads[0]] = fXyq[2][i];
 785       div = 1;
 786       for (Int_t j=i+1; j<npad; j++) {
 787         if (fPadIJ[0][j] == fPadIJ[0][i]) continue; // same cathode
 788         if (TMath::Abs(fXyq[0][j]-fXyq[0][i]) > 1.e-4) continue;
 789         if (TMath::Abs(fXyq[1][j]-fXyq[1][i]) > 1.e-4) continue;
 790         fXyq[2][fnPads[0]] += fXyq[2][j];
 791         div = 2;
 792         fXyq[2][j] = -2;
 793         break;
 794       }
 795       fXyq[2][fnPads[0]] /= div;
 796       fXyq[0][fnPads[0]] = fXyq[0][i];
 797       fXyq[1][fnPads[0]] = fXyq[1][i];
 798       fPadIJ[0][fnPads[0]++] = 0;
 799     }
 800   } // if (sameSize)
 801
 802   // Check if one-cathode precluster
 803   i1 = fnPads[0]!=0 ? 0 : 1;
 804   i2 = fnPads[1]!=0 ? 1 : 0;
 805
 806   if (i1 != i2) { // two-cathode
 807
 808     Int_t *flags = new Int_t[npad];
 809     for (Int_t i=0; i<npad; i++) { flags[i] = 0; }
 810
 811     // Check pad overlaps
 812     for (Int_t i=0; i<npad; i++) {
 813       if (fPadIJ[0][i] != i1) continue;
 814       xy1[0] = fXyq[0][i] - fXyq[3][i];
 815       xy1[1] = fXyq[0][i] + fXyq[3][i];
 816       xy1[2] = fXyq[1][i] - fXyq[4][i];
 817       xy1[3] = fXyq[1][i] + fXyq[4][i];
 818       for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
 819         if (fPadIJ[0][j] != i2) continue;
 820         if (!Overlap(xy1, j, xy12, 0)) continue;
 821         flags[i] = flags[j] = 1; // mark overlapped pads
 822       } // for (Int_t j=0;
 823     } // for (Int_t i=0;
 824
 825     // Check if all pads overlap
 826     Int_t digit=0, cath, nFlags=0;
 827     for (Int_t i=0; i<npad; i++) {nFlags += !flags[i];}
 828     if (nFlags) AliInfo(Form(" nFlags = %d",nFlags));
 829     //if (nFlags > 2 || (Float_t)nFlags / npad > 0.2) { // why 2 ??? - empirical choice
 830     if (nFlags > 0) {
 831       for (Int_t i=0; i<npad; i++) {
 832         if (flags[i]) continue;
 833         digit = TMath::Nint (fXyq[5][i]);
 834         cath = fPadIJ[0][i];
 835         fUsed[cath][digit] = kFALSE; // release pad
 836         fXyq[2][i] = -2;
 837         fnPads[cath]--;
 838       }
 839     } // if (nFlags > 2)
 840
 841     // Check correlations of cathode charges
 842     if (fnPads[0] && fnPads[1]) { // two-cathode
 843       Double_t sum[2]={0};
 844       Int_t over[2] = {1, 1};
 845       for (Int_t i=0; i<npad; i++) {
 846         cath = fPadIJ[0][i];
 847         if (fXyq[2][i] > 0) sum[cath] += fXyq[2][i];
 848         if (fXyq[2][i] > fResponse->MaxAdc()-1) over[cath] = 0;
 849       }
 850       AliInfo(Form(" Total charge: %f %f",sum[0],sum[1]));
 851       if ((over[0] || over[1]) && TMath::Abs(sum[0]-sum[1])/(sum[0]+sum[1])*2 > 1) { // 3 times difference
 852         AliInfo(" Release ");
 853         // Big difference
 854         cath = sum[0]>sum[1] ? 0 : 1;
 855         Int_t imax = 0;
 856         Double_t cmax=-1;
 857         Double_t *dist = new Double_t[npad];
 858         for (Int_t i=0; i<npad; i++) {
 859           if (fPadIJ[0][i] != cath) continue;
 860           if (fXyq[2][i] < cmax) continue;
 861           cmax = fXyq[2][i];
 862           imax = i;
 863         }
 864         // Arrange pads according to their distance to the max,
 865         // normalized to the pad size
 866         for (Int_t i=0; i<npad; i++) {
 867           dist[i] = 0;
 868           if (fPadIJ[0][i] != cath) continue;
 869           if (i == imax) continue;
 870           if (fXyq[2][i] < 0) continue;
 871           dist[i] = (fXyq[0][i]-fXyq[0][imax])*(fXyq[0][i]-fXyq[0][imax])/
 872                      fXyq[3][imax]/fXyq[3][imax]/4;
 873           dist[i] += (fXyq[1][i]-fXyq[1][imax])*(fXyq[1][i]-fXyq[1][imax])/
 874                       fXyq[4][imax]/fXyq[4][imax]/4;
 875           dist[i] = TMath::Sqrt (dist[i]);
 876         }
 877         TMath::Sort(npad, dist, flags, kFALSE); // in increasing order
 878         Int_t indx;
 879         Double_t xmax = -1;
 880         for (Int_t i=0; i<npad; i++) {
 881           indx = flags[i];
 882           if (fPadIJ[0][indx] != cath) continue;
 883           if (fXyq[2][indx] < 0) continue;
 884           if (fXyq[2][indx] <= cmax || TMath::Abs(dist[indx]-xmax)<1.e-3) {
 885             // Release pads
 886             if (TMath::Abs(dist[indx]-xmax)<1.e-3)
 887                 cmax = TMath::Max((Double_t)(fXyq[2][indx]),cmax);
 888             else cmax = fXyq[2][indx];
 889             xmax = dist[indx];
 890             digit = TMath::Nint (fXyq[5][indx]);
 891             fUsed[cath][digit] = kFALSE;
 892             fXyq[2][indx] = -2;
 893             fnPads[cath]--;
 894             // xmax = dist[i]; // Bug?
 895           }
 896           else break;
 897         }
 898         delete [] dist; dist = 0;
 899       } // TMath::Abs(sum[0]-sum[1])...
 900     } // if (fnPads[0] && fnPads[1])
 901     delete [] flags; flags = 0;
 902   } // if (i1 != i2)
 903
 904   if (!sameSize) { nShown[0] += fnPads[0]; nShown[1] += fnPads[1]; }
 905
 906   // Move released pads to the right
 907   Int_t beg = 0, end = npad-1, padij;
 908   Double_t xyq;
 909   while (beg < end) {
 910     if (fXyq[2][beg] > 0) { beg++; continue; }
 911     for (Int_t j=end; j>beg; j--) {
 912       if (fXyq[2][j] < 0) continue;
 913       end = j - 1;
 914       for (Int_t j1=0; j1<2; j1++) {
 915         padij = fPadIJ[j1][beg];
 916         fPadIJ[j1][beg] = fPadIJ[j1][j];
 917         fPadIJ[j1][j] = padij;
 918       }
 919       for (Int_t j1=0; j1<6; j1++) {
 920         xyq = fXyq[j1][beg];
 921         fXyq[j1][beg] = fXyq[j1][j];
 922         fXyq[j1][j] = xyq;
 923       }
 924       break;
 925     } // for (Int_t j=end;
 926     beg++;
 927   } // while
 928   npad = fnPads[0] + fnPads[1];
 929   if (npad > 500) { AliInfo(Form(" ***** Too large cluster. Give up. ",npad )); return kFALSE; }
 930   // Back up charge value
 931   for (Int_t j=0; j<npad; j++) fXyq[5][j] = fXyq[2][j];
 932
 933   return kTRUE;
 934 }
 935
 936 //_____________________________________________________________________________
 937 void AliMUONClusterFinderAZ::BuildPixArray()
 938 {
 939   // Build pixel array for MLEM method
 940
 941   Int_t nPix=0, i1, i2;
 942   Float_t xy1[4], xy12[4];
 943   AliMUONPixel *pixPtr=0;
 944
 945   Int_t npad = fnPads[0] + fnPads[1];
 946
 947   // One cathode is empty
 948   i1 = fnPads[0]!=0 ? 0 : 1;
 949   i2 = fnPads[1]!=0 ? 1 : 0;
 950
 951   // Build array of pixels on anode plane
 952   if (i1 == i2) { // one-cathode precluster
 953     for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
 954       pixPtr = new AliMUONPixel();
 955       for (Int_t i=0; i<2; i++) {
 956         pixPtr->SetCoord(i, fXyq[i][j]); // pixel coordinates
 957         pixPtr->SetSize(i, fXyq[i+3][j]); // pixel size
 958       }
 959       pixPtr->SetCharge(fXyq[2][j]); // charge
 960       fPixArray->Add((TObject*)pixPtr);
 961       nPix++;
 962     }
 963   } else { // two-cathode precluster
 964     for (Int_t i=0; i<npad; i++) {
 965       if (fPadIJ[0][i] != i1) continue;
 966       xy1[0] = fXyq[0][i] - fXyq[3][i];
 967       xy1[1] = fXyq[0][i] + fXyq[3][i];
 968       xy1[2] = fXyq[1][i] - fXyq[4][i];
 969       xy1[3] = fXyq[1][i] + fXyq[4][i];
 970       for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
 971         if (fPadIJ[0][j] != i2) continue;
 972         if (!Overlap(xy1, j, xy12, 1)) continue;
 973         pixPtr = new AliMUONPixel();
 974         for (Int_t k=0; k<2; k++) {
 975           pixPtr->SetCoord(k, (xy12[2*k]+xy12[2*k+1])/2); // pixel coordinates
 976           pixPtr->SetSize(k, xy12[2*k+1]-pixPtr->Coord(k)); // size
 977         }
 978         pixPtr->SetCharge(TMath::Min (fXyq[2][i],fXyq[2][j])); //charge
 979         fPixArray->Add((TObject*)pixPtr);
 980         nPix++;
 981       } // for (Int_t j=0;
 982     } // for (Int_t i=0;
 983   } // else
 984
 985   Float_t wxmin=999, wymin=999;
 986   for (Int_t i=0; i<npad; i++) {
 987     if (fPadIJ[0][i] == i1) wymin = TMath::Min (wymin,fXyq[4][i]);
 988     if (fPadIJ[0][i] == i2) wxmin = TMath::Min (wxmin,fXyq[3][i]);
 989   }
 990   AliInfo(Form("%f %f ",wxmin,wymin));
 991
 992   // Check if small pixel X-size
 993   AjustPixel(wxmin, 0);
 994   // Check if small pixel Y-size
 995   AjustPixel(wymin, 1);
 996   // Check if large pixel size
 997   AjustPixel(wxmin, wymin);
 998
 999   // Remove discarded pixels
1000   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1001     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1002     //pixPtr->Print();
1003     if (pixPtr->Charge() < 1) { fPixArray->RemoveAt(i); delete pixPtr; }// discarded pixel
1004   }
1005   fPixArray->Compress();
1006   nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1007
1008   if (nPix > npad) {
1009      AliInfo(Form("nPix %d ",nPix));
1010     // Too many pixels - sort and remove pixels with the lowest signal
1011     fPixArray->Sort();
1012     for (Int_t i=npad; i<nPix; i++) {
1013       pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1014       //pixPtr->Print();
1015       fPixArray->RemoveAt(i);
1016       delete pixPtr;
1017     }
1018     nPix = npad;
1019   } // if (nPix > npad)
1020
1021   // Set pixel charges to the same value (for MLEM)
1022   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1023     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1024     //pixPtr->SetCharge(10);
1025     AliInfo(Form("%d %f %f %f %f",i+1,pixPtr->Coord(0),pixPtr->Coord(1),pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1)));
1026   }
1027 }
1028
1029 //_____________________________________________________________________________
1030 void AliMUONClusterFinderAZ::AjustPixel(Float_t width, Int_t ixy)
1031 {
1032   // Check if some pixels have small size (ajust if necessary)
1033
1034   AliMUONPixel *pixPtr, *pixPtr1 = 0;
1035   Int_t ixy1 = TMath::Even(ixy);
1036   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1037
1038   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1039     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1040     if (pixPtr->Charge() < 1) continue; // discarded pixel
1041     if (pixPtr->Size(ixy)-width < -1.e-4) {
1042       // try to merge
1043       AliInfo(Form(" Small X or Y: %d %f %f %f %f",ixy,pixPtr->Size(ixy),width,pixPtr->Coord(0),pixPtr->Coord(1)));
1044       for (Int_t j=i+1; j<nPix; j++) {
1045         pixPtr1 = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(j);
1046         if (pixPtr1->Charge() < 1) continue; // discarded pixel
1047         if (TMath::Abs(pixPtr1->Size(ixy)-width) < 1.e-4) continue; // right size
1048         if (TMath::Abs(pixPtr1->Coord(ixy1)-pixPtr->Coord(ixy1)) > 1.e-4) continue; // different rows/columns
1049         if (TMath::Abs(pixPtr1->Coord(ixy)-pixPtr->Coord(ixy)) < 2*width) {
1050           // merge
1051           pixPtr->SetSize(ixy, width);
1052           pixPtr->SetCoord(ixy, (pixPtr->Coord(ixy)+pixPtr1->Coord(ixy))/2);
1053           pixPtr->SetCharge(TMath::Min (pixPtr->Charge(),pixPtr1->Charge()));
1054           pixPtr1->SetCharge(0);
1055           pixPtr1 = 0;
1056           break;
1057         }
1058       } // for (Int_t j=i+1;
1059       //if (!pixPtr1) { cout << " I am here!" << endl; pixPtr->SetSize(ixy, width); } // ???
1060       //else if (pixPtr1->Charge() > 0.5 || i == nPix-1) {
1061       if (pixPtr1 || i == nPix-1) {
1062         // edge pixel - just increase its size
1063         AliInfo(" Edge ...");
1064         for (Int_t j=0; j<fnPads[0]+fnPads[1]; j++) {
1065           // ???if (fPadIJ[0][j] != i1) continue;
1066           if (TMath::Abs(pixPtr->Coord(ixy1)-fXyq[ixy1][j]) > 1.e-4) continue;
1067           if (pixPtr->Coord(ixy) < fXyq[ixy][j])
1068             pixPtr->Shift(ixy, -pixPtr->Size(ixy));
1069           else pixPtr->Shift(ixy, pixPtr->Size(ixy));
1070           pixPtr->SetSize(ixy, width);
1071           break;
1072         }
1073       }
1074     } // if (pixPtr->Size(ixy)-width < -1.e-4)
1075   } // for (Int_t i=0; i<nPix;
1076   return;
1077 }
1078
1079 //_____________________________________________________________________________
1080 void AliMUONClusterFinderAZ::AjustPixel(Float_t wxmin, Float_t wymin)
1081 {
1082   // Check if some pixels have large size (ajust if necessary)
1083
1084   Int_t nx, ny;
1085   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1086   AliMUONPixel *pixPtr, *pixPtr1, pix;
1087
1088   // Check if large pixel size
1089   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1090     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1091     if (pixPtr->Charge() < 1) continue; // discarded pixel
1092     if (pixPtr->Size(0)-wxmin > 1.e-4 || pixPtr->Size(1)-wymin > 1.e-4) {
1093       AliInfo(Form(" Different  %f %f %f %f",pixPtr->Size(0),wxmin,pixPtr->Size(1),wymin));
1094       pix = *pixPtr;
1095       nx = TMath::Nint (pix.Size(0)/wxmin);
1096       ny = TMath::Nint (pix.Size(1)/wymin);
1097       pix.Shift(0, -pix.Size(0)-wxmin);
1098       pix.Shift(1, -pix.Size(1)-wymin);
1099       pix.SetSize(0, wxmin);
1100       pix.SetSize(1, wymin);
1101       for (Int_t ii=0; ii<nx; ii++) {
1102         pix.Shift(0, wxmin*2);
1103         for (Int_t jj=0; jj<ny; jj++) {
1104           pix.Shift(1, wymin*2);
1105           pixPtr1 = new AliMUONPixel(pix);
1106           fPixArray->Add((TObject*)pixPtr1);
1107         }
1108       }
1109       pixPtr->SetCharge(0);
1110     }
1111   } // for (Int_t i=0; i<nPix;
1112   return;
1113 }
1114
1115 //_____________________________________________________________________________
1116 Bool_t AliMUONClusterFinderAZ::MainLoop()
1117 {
1118   // Repeat MLEM algorithm until pixel size becomes sufficiently small
1119
1120   TH2D *mlem;
1121
1122   Int_t ix, iy;
1123   //Int_t nn, xList[10], yList[10];
1124   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1125   Int_t npadTot = fnPads[0] + fnPads[1], npadOK = 0;
1126   AliMUONPixel *pixPtr = 0;
1127   Double_t *coef = 0, *probi = 0;
1128   for (Int_t i=0; i<npadTot; i++) if (fPadIJ[1][i] == 0) npadOK++;
1129
1130   while (1) {
1131
1132     mlem = (TH2D*) gROOT->FindObject("mlem");
1133     if (mlem) mlem->Delete();
1134     // Calculate coefficients
1135     AliInfo(Form(" nPix, npadTot, npadOK %d %d %d ", nPix , npadTot , npadOK ));
1136
1137     // Calculate coefficients and pixel visibilities
1138     coef = new Double_t [npadTot*nPix];
1139     probi = new Double_t [nPix];
1140     Int_t indx = 0, cath;
1141     for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ipix++) {
1142       pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(ipix);
1143       probi[ipix] = 0;
1144       for (Int_t j=0; j<npadTot; j++) {
1145         if (fPadIJ[1][j] < 0) { coef[j*nPix+ipix] = 0; continue; }
1146         cath = fPadIJ[0][j];
1147         Double_t sum = 0;
1148
1149         fSeg2[cath]->GetPadI(fInput->DetElemId(),fXyq[0][j],fXyq[1][j],fZpad,ix,iy);
1150         fSeg2[cath]->SetPad(fInput->DetElemId(),ix,iy);
1151           /*
1152             fSeg2[cath]->Neighbours(fInput->DetElemId(),ix,iy,&nn,xList,yList);
1153             if (nn != 4) {
1154             cout << nn << ": ";
1155             for (Int_t i=0; i<nn; i++) {cout << xList[i] << " " << yList[i] << ", ";}
1156             cout << endl;
1157             }
1158           */
1159         fSeg2[cath]->SetHit(fInput->DetElemId(),pixPtr->Coord(0),pixPtr->Coord(1),fZpad);
1160         sum += fResponse->IntXY(fInput->DetElemId(),fSeg2[cath]);
1161
1162         indx = j*nPix + ipix;
1163         coef[indx] = sum;
1164         probi[ipix] += coef[indx];
1165         //cout << j << " " << ipix << " " << coef[indx] << endl;
1166       } // for (Int_t j=0;
1167       //cout << " prob: " << probi[ipix] << endl;
1168       if (probi[ipix] < 0.01) pixPtr->SetCharge(0); // "invisible" pixel
1169     } // for (Int_t ipix=0;
1170
1171     // MLEM algorithm
1172     Mlem(coef, probi);
1173
1174     Double_t xylim[4] = {999, 999, 999, 999};
1175     for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ipix++) {
1176       pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(ipix);
1177       for (Int_t i=0; i<4; i++)
1178         xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
1179       //cout << ipix+1; pixPtr->Print();
1180     }
1181     for (Int_t i=0; i<4; i++) {
1182       xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2);
1183           AliInfo(Form("%f ",(i%2 ? -1 : 1)*xylim[i]));
1184         }
1185
1186     // Ajust histogram to approximately the same limits as for the pads
1187     // (for good presentation)
1188     //*
1189     Float_t xypads[4];
1190     if (fHist[0]) {
1191       xypads[0] = fHist[0]->GetXaxis()->GetXmin();
1192       xypads[1] = -fHist[0]->GetXaxis()->GetXmax();
1193       xypads[2] = fHist[0]->GetYaxis()->GetXmin();
1194       xypads[3] = -fHist[0]->GetYaxis()->GetXmax();
1195       for (Int_t i=0; i<4; i++) {
1196         while(1) {
1197           if (xylim[i] < xypads[i]) break;
1198           xylim[i] -= 2*pixPtr->Size(i/2);
1199         }
1200       }
1201     } // if (fHist[0])
1202     //*/
1203
1204     Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
1205     Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
1206     mlem = new TH2D("mlem","mlem",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
1207     for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ipix++) {
1208       pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(ipix);
1209       mlem->Fill(pixPtr->Coord(0),pixPtr->Coord(1),pixPtr->Charge());
1210     }
1211     //gPad->GetCanvas()->cd(3);
1212     if (fDraw) {
1213       ((TCanvas*)gROOT->FindObject("c2"))->cd();
1214       gPad->SetTheta(55);
1215       gPad->SetPhi(30);
1216       mlem->Draw("lego1Fb");
1217       gPad->Update();
1218       gets((char*)&ix);
1219     }
1220
1221     // Check if the total charge of pixels is too low
1222     Double_t qTot = 0;
1223     for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1224       pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1225       qTot += pixPtr->Charge();
1226     }
1227     if (qTot < 1.e-4 || npadOK < 3 && qTot < 50) {
1228       delete [] coef; delete [] probi; coef = 0; probi = 0;
1229       fPixArray->Delete();
1230       return kFALSE;
1231     }
1232
1233     // Plot data - expectation
1234     /*
1235     Double_t x, y, cont;
1236     for (Int_t j=0; j<npadTot; j++) {
1237       Double_t sum1 = 0;
1238       for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1239         // Caculate expectation
1240         pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1241         sum1 += pixPtr->Charge()*coef[j*nPix+i];
1242       }
1243       sum1 = TMath::Min (sum1,(Double_t)fResponse->MaxAdc());
1244       x = fXyq[0][j];
1245       y = fXyq[1][j];
1246       cath = fPadIJ[0][j];
1247       Int_t ihist = cath*2;
1248       ix = fHist[ihist]->GetXaxis()->FindBin(x);
1249       iy = fHist[ihist]->GetYaxis()->FindBin(y);
1250       cont = fHist[ihist]->GetCellContent(ix,iy);
1251       if (cont == 0 && fHist[ihist+1]) {
1252         ihist += 1;
1253         ix = fHist[ihist]->GetXaxis()->FindBin(x);
1254         iy = fHist[ihist]->GetYaxis()->FindBin(y);
1255       }
1256       fHist[ihist]->SetBinContent(ix,iy,fXyq[2][j]-sum1);
1257     }
1258     ((TCanvas*)gROOT->FindObject("c1"))->cd(1);
1259     //gPad->SetTheta(55);
1260     //gPad->SetPhi(30);
1261     //mlem->Draw("lego1");
1262     gPad->Modified();
1263     ((TCanvas*)gROOT->FindObject("c1"))->cd(2);
1264     gPad->Modified();
1265     */
1266
1267     // Calculate position of the center-of-gravity around the maximum pixel
1268     Double_t xyCOG[2];
1269     FindCOG(mlem, xyCOG);
1270
1271     if (TMath::Min(pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1)) < 0.07 && pixPtr->Size(0) > pixPtr->Size(1)) break;
1272     //if (TMath::Min(pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1)) >= 0.07 || pixPtr->Size(0) < pixPtr->Size(1)) {
1273     // Sort pixels according to the charge
1274     fPixArray->Sort();
1275     /*
1276     for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1277       pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1278       cout << i+1; pixPtr->Print();
1279     }
1280     */
1281     Double_t pixMin = 0.01*((AliMUONPixel*)fPixArray->UncheckedAt(0))->Charge();
1282     pixMin = TMath::Min (pixMin,50.);
1283
1284     // Decrease pixel size and shift pixels to make them centered at
1285     // the maximum one
1286     indx = (pixPtr->Size(0)>pixPtr->Size(1)) ? 0 : 1;
1287     Double_t width = 0, shift[2]={0};
1288     ix = 1;
1289     for (Int_t i=0; i<4; i++) xylim[i] = 999;
1290     Int_t nPix1 = nPix; nPix = 0;
1291     for (Int_t ipix=0; ipix<nPix1; ipix++) {
1292       pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(ipix);
1293       if (nPix >= npadOK) { // too many pixels already
1294         fPixArray->RemoveAt(ipix);
1295         delete pixPtr;
1296         continue;
1297       }
1298       if (pixPtr->Charge() < pixMin) { // low charge
1299         fPixArray->RemoveAt(ipix);
1300         delete pixPtr;
1301         continue;
1302       }
1303       for (Int_t i=0; i<2; i++) {
1304         if (!i) {
1305           pixPtr->SetCharge(10);
1306           pixPtr->SetSize(indx, pixPtr->Size(indx)/2);
1307           width = -pixPtr->Size(indx);
1308           pixPtr->Shift(indx, width);
1309           // Shift pixel position
1310           if (ix) {
1311             ix = 0;
1312             for (Int_t j=0; j<2; j++) {
1313               shift[j] = pixPtr->Coord(j) - xyCOG[j];
1314               shift[j] -= ((Int_t)(shift[j]/pixPtr->Size(j)/2))*pixPtr->Size(j)*2;
1315             }
1316             //cout << ipix << " " << i << " " << shift[0] << " " << shift[1] << endl;
1317           } // if (ix)
1318           pixPtr->Shift(0, -shift[0]);
1319           pixPtr->Shift(1, -shift[1]);
1320         } else {
1321           pixPtr = new AliMUONPixel(*pixPtr);
1322           pixPtr->Shift(indx, -2*width);
1323           fPixArray->Add((TObject*)pixPtr);
1324         } // else
1325         //pixPtr->Print();
1326         for (Int_t i=0; i<4; i++)
1327           xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
1328       } // for (Int_t i=0; i<2;
1329       nPix += 2;
1330     } // for (Int_t ipix=0;
1331
1332     fPixArray->Compress();
1333     nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1334
1335     // Remove excessive pixels
1336     if (nPix > npadOK) {
1337       for (Int_t ipix=npadOK; ipix<nPix; ipix++) {
1338         pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(ipix);
1339         fPixArray->RemoveAt(ipix);
1340         delete pixPtr;
1341       }
1342     } else {
1343       pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(0);
1344       // add pixels if the maximum is at the limit of pixel area
1345       // start from Y-direction
1346       Int_t j = 0;
1347       for (Int_t i=3; i>-1; i--) {
1348         if (nPix < npadOK &&
1349             TMath::Abs((i%2 ? -1 : 1)*xylim[i]-xyCOG[i/2]) < pixPtr->Size(i/2)) {
1350           pixPtr = new AliMUONPixel(*pixPtr);
1351           pixPtr->SetCoord(i/2, xyCOG[i/2]+(i%2 ? 2:-2)*pixPtr->Size(i/2));
1352           j = TMath::Even (i/2);
1353           pixPtr->SetCoord(j, xyCOG[j]);
1354           fPixArray->Add((TObject*)pixPtr);
1355           nPix++;
1356         }
1357       }
1358     } // else
1359
1360     fPixArray->Compress();
1361     nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1362     delete [] coef; delete [] probi; coef = 0; probi = 0;
1363   } // while (1)
1364
1365   // remove pixels with low signal or low visibility
1366   // Cuts are empirical !!!
1367   Double_t thresh = TMath::Max (mlem->GetMaximum()/100.,1.);
1368   thresh = TMath::Min (thresh,50.);
1369   Double_t cmax = -1, charge = 0;
1370   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) cmax = TMath::Max (cmax,probi[i]);
1371   // Mark pixels which should be removed
1372   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1373     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1374     charge = pixPtr->Charge();
1375     if (charge < thresh) pixPtr->SetCharge(-charge);
1376     else if (cmax > 1.91) {
1377       if (probi[i] < 1.9) pixPtr->SetCharge(-charge);
1378     }
1379     else if (probi[i] < cmax*0.9) pixPtr->SetCharge(-charge);
1380   }
1381   // Move charge of removed pixels to their nearest neighbour (to keep total charge the same)
1382   Int_t near = 0;
1383   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1384     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1385     charge = pixPtr->Charge();
1386     if (charge > 0) continue;
1387     near = FindNearest(pixPtr);
1388     pixPtr->SetCharge(0);
1389     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(near);
1390     pixPtr->SetCharge(pixPtr->Charge() - charge);
1391   }
1392   // Update histogram
1393   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1394     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1395     ix = mlem->GetXaxis()->FindBin(pixPtr->Coord(0));
1396     iy = mlem->GetYaxis()->FindBin(pixPtr->Coord(1));
1397     mlem->SetBinContent(ix, iy, pixPtr->Charge());
1398   }
1399   if (fDraw) {
1400     ((TCanvas*)gROOT->FindObject("c2"))->cd();
1401     gPad->SetTheta(55);
1402     gPad->SetPhi(30);
1403     mlem->Draw("lego1Fb");
1404     gPad->Update();
1405   }
1406
1407   fxyMu[0][6] = fxyMu[1][6] = 9999;
1408   // Try to split into clusters
1409   Bool_t ok = kTRUE;
1410   if (mlem->GetSum() < 1) ok = kFALSE;
1411   else Split(mlem, coef);
1412   delete [] coef; delete [] probi; coef = 0; probi = 0;
1413   fPixArray->Delete();
1414   return ok;
1415 }
1416
1417 //_____________________________________________________________________________
1418 void AliMUONClusterFinderAZ::Mlem(Double_t *coef, Double_t *probi)
1419 {
1420   // Use MLEM to find pixel charges
1421
1422   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1423   Int_t npad = fnPads[0] + fnPads[1];
1424   Double_t *probi1 = new Double_t [nPix];
1425   Int_t indx, indx1;
1426   AliMUONPixel *pixPtr;
1427
1428   for (Int_t iter=0; iter<15; iter++) {
1429     // Do iterations
1430     for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ipix++) {
1431       // Correct each pixel
1432       if (probi[ipix] < 0.01) continue; // skip "invisible" pixel
1433       Double_t sum = 0;
1434       probi1[ipix] = probi[ipix];
1435       for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
1436         if (fPadIJ[1][j] < 0) continue;
1437         Double_t sum1 = 0;
1438         indx1 = j*nPix;
1439         indx = indx1 + ipix;
1440         for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1441           // Caculate expectation
1442           pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1443           sum1 += pixPtr->Charge()*coef[indx1+i];
1444         } // for (Int_t i=0;
1445         if (fXyq[2][j] > fResponse->MaxAdc()-1 && sum1 > fResponse->MaxAdc()) { probi1[ipix] -= coef[indx]; continue; } // correct for pad charge overflows
1446         //cout << sum1 << " " << fXyq[2][j] << " " << coef[j*nPix+ipix] << endl;
1447         if (coef[indx] > 1.e-6) sum += fXyq[2][j]*coef[indx]/sum1;
1448       } // for (Int_t j=0;
1449       pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(ipix);
1450       if (probi1[ipix] > 1.e-6) pixPtr->SetCharge(pixPtr->Charge()*sum/probi1[ipix]);
1451     } // for (Int_t ipix=0;
1452   } // for (Int_t iter=0;
1453   delete [] probi1;
1454   return;
1455 }
1456
1457 //_____________________________________________________________________________
1458 void AliMUONClusterFinderAZ::FindCOG(TH2D *mlem, Double_t *xyc)
1459 {
1460   // Calculate position of the center-of-gravity around the maximum pixel
1461
1462   Int_t ixmax, iymax, ix, nsumx=0, nsumy=0, nsum=0;
1463   Int_t i1 = -9, j1 = -9;
1464   mlem->GetMaximumBin(ixmax,iymax,ix);
1465   Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
1466   Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
1467   Double_t thresh = mlem->GetMaximum()/10;
1468   Double_t x, y, cont, xq=0, yq=0, qq=0;
1469
1470   for (Int_t i=TMath::Max(1,iymax-1); i<=TMath::Min(ny,iymax+1); i++) {
1471     y = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1472     for (Int_t j=TMath::Max(1,ixmax-1); j<=TMath::Min(nx,ixmax+1); j++) {
1473       cont = mlem->GetCellContent(j,i);
1474       if (cont < thresh) continue;
1475       if (i != i1) {i1 = i; nsumy++;}
1476       if (j != j1) {j1 = j; nsumx++;}
1477       x = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1478       xq += x*cont;
1479       yq += y*cont;
1480       qq += cont;
1481       nsum++;
1482     }
1483   }
1484
1485   Double_t cmax = 0;
1486   Int_t i2 = 0, j2 = 0;
1487   x = y = 0;
1488   if (nsumy == 1) {
1489     // one bin in Y - add one more (with the largest signal)
1490     for (Int_t i=TMath::Max(1,iymax-1); i<=TMath::Min(ny,iymax+1); i++) {
1491       if (i == iymax) continue;
1492       for (Int_t j=TMath::Max(1,ixmax-1); j<=TMath::Min(nx,ixmax+1); j++) {
1493         cont = mlem->GetCellContent(j,i);
1494         if (cont > cmax) {
1495           cmax = cont;
1496           x = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1497           y = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1498           i2 = i;
1499           j2 = j;
1500         }
1501       }
1502     }
1503     xq += x*cmax;
1504     yq += y*cmax;
1505     qq += cmax;
1506     if (i2 != i1) nsumy++;
1507     if (j2 != j1) nsumx++;
1508     nsum++;
1509   } // if (nsumy == 1)
1510
1511   if (nsumx == 1) {
1512     // one bin in X - add one more (with the largest signal)
1513     cmax = x = y = 0;
1514     for (Int_t j=TMath::Max(1,ixmax-1); j<=TMath::Min(nx,ixmax+1); j++) {
1515       if (j == ixmax) continue;
1516       for (Int_t i=TMath::Max(1,iymax-1); i<=TMath::Min(ny,iymax+1); i++) {
1517         cont = mlem->GetCellContent(j,i);
1518         if (cont > cmax) {
1519           cmax = cont;
1520           x = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1521           y = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1522           i2 = i;
1523           j2 = j;
1524         }
1525       }
1526     }
1527     xq += x*cmax;
1528     yq += y*cmax;
1529     qq += cmax;
1530     if (i2 != i1) nsumy++;
1531     if (j2 != j1) nsumx++;
1532     nsum++;
1533   } // if (nsumx == 1)
1534
1535   xyc[0] = xq/qq; xyc[1] = yq/qq;
1536   AliInfo(Form("%f %f %f %d %d %d",xyc[0],xyc[1],qq,nsum,nsumx,nsumy));
1537   return;
1538 }
1539
1540 //_____________________________________________________________________________
1541 Int_t AliMUONClusterFinderAZ::FindNearest(AliMUONPixel *pixPtr0)
1542 {
1543   // Find the pixel nearest to the given one
1544   // (algorithm may be not very efficient)
1545
1546   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast(), imin = 0;
1547   Double_t rmin = 99999, dx = 0, dy = 0, r = 0;
1548   Double_t xc = pixPtr0->Coord(0), yc = pixPtr0->Coord(1);
1549   AliMUONPixel *pixPtr;
1550
1551   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1552     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1553     if (pixPtr->Charge() < 0.5) continue;
1554     dx = (xc - pixPtr->Coord(0)) / pixPtr->Size(0);
1555     dy = (yc - pixPtr->Coord(1)) / pixPtr->Size(1);
1556     r = dx *dx + dy * dy;
1557     if (r < rmin) { rmin = r; imin = i; }
1558   }
1559   return imin;
1560 }
1561
1562 //_____________________________________________________________________________
1563 void AliMUONClusterFinderAZ::Split(TH2D *mlem, Double_t *coef)
1564 {
1565   // The main steering function to work with clusters of pixels in anode
1566   // plane (find clusters, decouple them from each other, merge them (if
1567   // necessary), pick up coupled pads, call the fitting function)
1568
1569   Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
1570   Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
1571   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1572
1573   Bool_t *used = new Bool_t[ny*nx];
1574   Double_t cont;
1575   Int_t nclust = 0, indx, indx1;
1576
1577   for (Int_t i=0; i<ny*nx; i++) used[i] = kFALSE;
1578
1579   TObjArray *clusters[200]={0};
1580   TObjArray *pix;
1581
1582   // Find clusters of histogram bins (easier to work in 2-D space)
1583   for (Int_t i=1; i<=ny; i++) {
1584     for (Int_t j=1; j<=nx; j++) {
1585       indx = (i-1)*nx + j - 1;
1586       if (used[indx]) continue;
1587       cont = mlem->GetCellContent(j,i);
1588       if (cont < 0.5) continue;
1589       pix = new TObjArray(20);
1590       used[indx] = 1;
1591       pix->Add(BinToPix(mlem,j,i));
1592       AddBin(mlem, i, j, 0, used, pix); // recursive call
1593       clusters[nclust++] = pix;
1594       if (nclust > 200) { AliInfo(" Too many clusters "); ::exit(0); }
1595     } // for (Int_t j=1; j<=nx; j++) {
1596   } // for (Int_t i=1; i<=ny;
1597   AliInfo(Form("%d ",nclust));
1598   delete [] used; used = 0;
1599
1600   // Compute couplings between clusters and clusters to pads
1601   Int_t npad = fnPads[0] + fnPads[1];
1602
1603   // Exclude pads with overflows
1604   for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
1605     if (fXyq[2][j] > fResponse->MaxAdc()-1) fPadIJ[1][j] = -9;
1606     else fPadIJ[1][j] = 0;
1607   }
1608
1609   // Compute couplings of clusters to pads
1610   TMatrixD *aijclupad = new TMatrixD(nclust,npad);
1611   *aijclupad = 0;
1612   Int_t npxclu;
1613   for (Int_t iclust=0; iclust<nclust; iclust++) {
1614     pix = clusters[iclust];
1615     npxclu = pix->GetEntriesFast();
1616     for (Int_t i=0; i<npxclu; i++) {
1617       indx = fPixArray->IndexOf(pix->UncheckedAt(i));
1618       for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
1619         // Exclude overflows
1620         if (fPadIJ[1][j] < 0) continue;
1621         if (coef[j*nPix+indx] < fgkCouplMin) continue;
1622         (*aijclupad)(iclust,j) += coef[j*nPix+indx];
1623       }
1624     }
1625   }
1626   // Compute couplings between clusters
1627   TMatrixD *aijcluclu = new TMatrixD(nclust,nclust);
1628   *aijcluclu = 0;
1629   for (Int_t iclust=0; iclust<nclust; iclust++) {
1630     for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
1631       // Exclude overflows
1632       if (fPadIJ[1][j] < 0) continue;
1633       if ((*aijclupad)(iclust,j) < fgkCouplMin) continue;
1634       for (Int_t iclust1=iclust+1; iclust1<nclust; iclust1++) {
1635         if ((*aijclupad)(iclust1,j) < fgkCouplMin) continue;
1636         (*aijcluclu)(iclust,iclust1) +=
1637           TMath::Sqrt ((*aijclupad)(iclust,j)*(*aijclupad)(iclust1,j));
1638       }
1639     }
1640   }
1641   for (Int_t iclust=0; iclust<nclust; iclust++) {
1642     for (Int_t iclust1=iclust+1; iclust1<nclust; iclust1++) {
1643       (*aijcluclu)(iclust1,iclust) = (*aijcluclu)(iclust,iclust1);
1644     }
1645   }
1646
1647   if (nclust > 1) aijcluclu->Print();
1648
1649   // Find groups of coupled clusters
1650   used = new Bool_t[nclust];
1651   for (Int_t i=0; i<nclust; i++) used[i] = kFALSE;
1652   Int_t *clustNumb = new Int_t[nclust];
1653   Int_t nCoupled, nForFit, minGroup[3], clustFit[3], nfit = 0;
1654   Double_t parOk[8];
1655
1656   for (Int_t igroup=0; igroup<nclust; igroup++) {
1657     if (used[igroup]) continue;
1658     used[igroup] = kTRUE;
1659     clustNumb[0] = igroup;
1660     nCoupled = 1;
1661     // Find group of coupled clusters
1662     AddCluster(igroup, nclust, aijcluclu, used, clustNumb, nCoupled); // recursive
1663     AliInfo(Form(" nCoupled: %d",nCoupled));
1664     for (Int_t i=0; i<nCoupled; i++) AliInfo(Form(" %d ",clustNumb[i]));
1665
1666     while (nCoupled > 0) {
1667
1668       if (nCoupled < 4) {
1669         nForFit = nCoupled;
1670         for (Int_t i=0; i<nCoupled; i++) clustFit[i] = clustNumb[i];
1671       } else {
1672         // Too many coupled clusters to fit - try to decouple them
1673         // Find the lowest coupling of 1, 2, min(3,nLinks/2) pixels with
1674         // all the others in the group
1675         for (Int_t j=0; j<3; j++) minGroup[j] = -1;
1676         Double_t coupl = MinGroupCoupl(nCoupled, clustNumb, aijcluclu, minGroup);
1677
1678         // Flag clusters for fit
1679         nForFit = 0;
1680         while (minGroup[nForFit] >= 0 && nForFit < 3) {
1681           AliInfo(Form("%d ",clustNumb[minGroup[nForFit]]));
1682           clustFit[nForFit] = clustNumb[minGroup[nForFit]];
1683           clustNumb[minGroup[nForFit]] -= 999;
1684           nForFit++;
1685         }
1686         AliInfo(Form("%d %f ",nForFit,coupl));
1687       } // else
1688
1689       // Select pads for fit.
1690       if (SelectPad(nCoupled, nForFit, clustNumb, clustFit, aijclupad) < 3 && nCoupled > 1) {
1691         // Deselect pads
1692         for (Int_t j=0; j<npad; j++) if (TMath::Abs(fPadIJ[1][j]) == 1) fPadIJ[1][j] = 0;
1693         // Merge the failed cluster candidates (with too few pads to fit) with
1694         // the one with the strongest coupling
1695         Merge(nForFit, nCoupled, clustNumb, clustFit, clusters, aijcluclu, aijclupad);
1696       } else {
1697         // Do the fit
1698         nfit = Fit(nForFit, clustFit, clusters, parOk);
1699       }
1700
1701       // Subtract the fitted charges from pads with strong coupling and/or
1702       // return pads for further use
1703       UpdatePads(nfit, parOk);
1704
1705       // Mark used pads
1706       for (Int_t j=0; j<npad; j++) {if (fPadIJ[1][j] == 1) fPadIJ[1][j] = -1;}
1707
1708       // Sort the clusters (move to the right the used ones)
1709       Int_t beg = 0, end = nCoupled - 1;
1710       while (beg < end) {
1711         if (clustNumb[beg] >= 0) { beg++; continue; }
1712         for (Int_t j=end; j>beg; j--) {
1713           if (clustNumb[j] < 0) continue;
1714           end = j - 1;
1715           indx = clustNumb[beg];
1716           clustNumb[beg] = clustNumb[j];
1717           clustNumb[j] = indx;
1718           break;
1719         }
1720         beg++;
1721       }
1722
1723       nCoupled -= nForFit;
1724       if (nCoupled > 3) {
1725         // Remove couplings of used clusters
1726         for (Int_t iclust=nCoupled; iclust<nCoupled+nForFit; iclust++) {
1727           indx = clustNumb[iclust] + 999;
1728           for (Int_t iclust1=0; iclust1<nCoupled; iclust1++) {
1729             indx1 = clustNumb[iclust1];
1730             (*aijcluclu)(indx,indx1) = (*aijcluclu)(indx1,indx) = 0;
1731           }
1732         }
1733
1734         // Update the remaining clusters couplings (exclude couplings from
1735         // the used pads)
1736         for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
1737           if (fPadIJ[1][j] != -1) continue;
1738           for (Int_t iclust=0; iclust<nCoupled; iclust++) {
1739             indx = clustNumb[iclust];
1740             if ((*aijclupad)(indx,j) < fgkCouplMin) continue;
1741             for (Int_t iclust1=iclust+1; iclust1<nCoupled; iclust1++) {
1742               indx1 = clustNumb[iclust1];
1743               if ((*aijclupad)(indx1,j) < fgkCouplMin) continue;
1744               // Check this
1745               (*aijcluclu)(indx,indx1) -=
1746                 TMath::Sqrt ((*aijclupad)(indx,j)*(*aijclupad)(indx1,j));
1747               (*aijcluclu)(indx1,indx) = (*aijcluclu)(indx,indx1);
1748             }
1749           }
1750           fPadIJ[1][j] = -9;
1751         } // for (Int_t j=0; j<npad;
1752       } // if (nCoupled > 3)
1753     } // while (nCoupled > 0)
1754   } // for (Int_t igroup=0; igroup<nclust;
1755
1756   //delete aij_clu; aij_clu = 0; delete aijclupad; aijclupad = 0;
1757   aijcluclu->Delete(); aijclupad->Delete();
1758   for (Int_t iclust=0; iclust<nclust; iclust++) {
1759     pix = clusters[iclust];
1760     pix->Clear();
1761     delete pix; pix = 0;
1762   }
1763   delete [] clustNumb; clustNumb = 0; delete [] used; used = 0;
1764 }
1765
1766 //_____________________________________________________________________________
1767 void AliMUONClusterFinderAZ::AddBin(TH2D *mlem, Int_t ic, Int_t jc, Int_t mode, Bool_t *used, TObjArray *pix)
1768 {
1769   // Add a bin to the cluster
1770
1771   Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
1772   Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
1773   Double_t cont1, cont = mlem->GetCellContent(jc,ic);
1774   AliMUONPixel *pixPtr = 0;
1775
1776   for (Int_t i=TMath::Max(ic-1,1); i<=TMath::Min(ic+1,ny); i++) {
1777     for (Int_t j=TMath::Max(jc-1,1); j<=TMath::Min(jc+1,nx); j++) {
1778       if (i != ic && j != jc) continue;
1779       if (used[(i-1)*nx+j-1]) continue;
1780       cont1 = mlem->GetCellContent(j,i);
1781       if (mode && cont1 > cont) continue;
1782       used[(i-1)*nx+j-1] = kTRUE;
1783       if (cont1 < 0.5) continue;
1784       if (pix) pix->Add(BinToPix(mlem,j,i));
1785       else {
1786         pixPtr = new AliMUONPixel (mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j),
1787                                    mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i), 0, 0, cont1);
1788         fPixArray->Add((TObject*)pixPtr);
1789       }
1790       AddBin(mlem, i, j, mode, used, pix); // recursive call
1791     }
1792   }
1793 }
1794
1795 //_____________________________________________________________________________
1796 TObject* AliMUONClusterFinderAZ::BinToPix(TH2D *mlem, Int_t jc, Int_t ic)
1797 {
1798   // Translate histogram bin to pixel
1799
1800   Double_t yc = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
1801   Double_t xc = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
1802
1803   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1804   AliMUONPixel *pixPtr;
1805
1806   // Compare pixel and bin positions
1807   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1808     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1809     if (pixPtr->Charge() < 0.5) continue;
1810     if (TMath::Abs(pixPtr->Coord(0)-xc)<1.e-4 && TMath::Abs(pixPtr->Coord(1)-yc)<1.e-4) return (TObject*) pixPtr;
1811   }
1812   AliWarning(" Something wrong ??? ");
1813   return NULL;
1814 }
1815
1816 //_____________________________________________________________________________
1817 void AliMUONClusterFinderAZ::AddCluster(Int_t ic, Int_t nclust, TMatrixD *aijcluclu, Bool_t *used, Int_t *clustNumb, Int_t &nCoupled)
1818 {
1819   // Add a cluster to the group of coupled clusters
1820
1821   for (Int_t i=0; i<nclust; i++) {
1822     if (used[i]) continue;
1823     if ((*aijcluclu)(i,ic) < fgkCouplMin) continue;
1824     used[i] = kTRUE;
1825     clustNumb[nCoupled++] = i;
1826     AddCluster(i, nclust, aijcluclu, used, clustNumb, nCoupled);
1827   }
1828 }
1829
1830 //_____________________________________________________________________________
1831 Double_t AliMUONClusterFinderAZ::MinGroupCoupl(Int_t nCoupled, Int_t *clustNumb, TMatrixD *aijcluclu, Int_t *minGroup)
1832 {
1833   // Find group of clusters with minimum coupling to all the others
1834
1835   Int_t i123max = TMath::Min(3,nCoupled/2);
1836   Int_t indx, indx1, indx2, indx3, nTot = 0;
1837   Double_t *coupl1 = 0, *coupl2 = 0, *coupl3 = 0;
1838
1839   for (Int_t i123=1; i123<=i123max; i123++) {
1840
1841     if (i123 == 1) {
1842       coupl1 = new Double_t [nCoupled];
1843       for (Int_t i=0; i<nCoupled; i++) coupl1[i] = 0;
1844     }
1845     else if (i123 == 2) {
1846       nTot = nCoupled*nCoupled;
1847       coupl2 = new Double_t [nTot];
1848       for (Int_t i=0; i<nTot; i++) coupl2[i] = 9999;
1849     } else {
1850       nTot = nTot*nCoupled;
1851       coupl3 = new Double_t [nTot];
1852       for (Int_t i=0; i<nTot; i++) coupl3[i] = 9999;
1853     } // else
1854
1855     for (Int_t i=0; i<nCoupled; i++) {
1856       indx1 = clustNumb[i];
1857       for (Int_t j=i+1; j<nCoupled; j++) {
1858         indx2 = clustNumb[j];
1859         if (i123 == 1) {
1860           coupl1[i] += (*aijcluclu)(indx1,indx2);
1861           coupl1[j] += (*aijcluclu)(indx1,indx2);
1862         }
1863         else if (i123 == 2) {
1864           indx = i*nCoupled + j;
1865           coupl2[indx] = coupl1[i] + coupl1[j];
1866           coupl2[indx] -= 2 * ((*aijcluclu)(indx1,indx2));
1867         } else {
1868           for (Int_t k=j+1; k<nCoupled; k++) {
1869             indx3 = clustNumb[k];
1870             indx = i*nCoupled*nCoupled + j*nCoupled + k;
1871             coupl3[indx] = coupl2[i*nCoupled+j] + coupl1[k];
1872             coupl3[indx] -= 2 * ((*aijcluclu)(indx1,indx3)+(*aijcluclu)(indx2,indx3));
1873           }
1874         } // else
1875       } // for (Int_t j=i+1;
1876     } // for (Int_t i=0;
1877   } // for (Int_t i123=1;
1878
1879   // Find minimum coupling
1880   Double_t couplMin = 9999;
1881   Int_t locMin = 0;
1882
1883   for (Int_t i123=1; i123<=i123max; i123++) {
1884     if (i123 == 1) {
1885       locMin = TMath::LocMin(nCoupled, coupl1);
1886       couplMin = coupl1[locMin];
1887       minGroup[0] = locMin;
1888       delete [] coupl1; coupl1 = 0;
1889     }
1890     else if (i123 == 2) {
1891       locMin = TMath::LocMin(nCoupled*nCoupled, coupl2);
1892       if (coupl2[locMin] < couplMin) {
1893         couplMin = coupl2[locMin];
1894         minGroup[0] = locMin/nCoupled;
1895         minGroup[1] = locMin%nCoupled;
1896       }
1897       delete [] coupl2; coupl2 = 0;
1898     } else {
1899       locMin = TMath::LocMin(nTot, coupl3);
1900       if (coupl3[locMin] < couplMin) {
1901         couplMin = coupl3[locMin];
1902         minGroup[0] = locMin/nCoupled/nCoupled;
1903         minGroup[1] = locMin%(nCoupled*nCoupled)/nCoupled;
1904         minGroup[2] = locMin%nCoupled;
1905       }
1906       delete [] coupl3; coupl3 = 0;
1907     } // else
1908   } // for (Int_t i123=1;
1909   return couplMin;
1910 }
1911
1912 //_____________________________________________________________________________
1913 Int_t AliMUONClusterFinderAZ::SelectPad(Int_t nCoupled, Int_t nForFit, Int_t *clustNumb, Int_t *clustFit, TMatrixD *aijclupad)
1914 {
1915   // Select pads for fit. If too many coupled clusters, find pads giving
1916   // the strongest coupling with the rest of clusters and exclude them from the fit.
1917
1918   Int_t npad = fnPads[0] + fnPads[1];
1919   Double_t *padpix = 0;
1920
1921   if (nCoupled > 3) {
1922     padpix = new Double_t[npad];
1923     for (Int_t i=0; i<npad; i++) padpix[i] = 0;
1924   }
1925
1926   Int_t nOK = 0, indx, indx1;
1927   for (Int_t iclust=0; iclust<nForFit; iclust++) {
1928     indx = clustFit[iclust];
1929     for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
1930       if (fPadIJ[1][j] < 0) continue; // exclude overflows and used pads
1931       if ((*aijclupad)(indx,j) < fgkCouplMin) continue;
1932       fPadIJ[1][j] = 1; // pad to be used in fit
1933       nOK++;
1934       if (nCoupled > 3) {
1935         // Check other clusters
1936         for (Int_t iclust1=0; iclust1<nCoupled; iclust1++) {
1937           indx1 = clustNumb[iclust1];
1938           if (indx1 < 0) continue;
1939           if ((*aijclupad)(indx1,j) < fgkCouplMin) continue;
1940           padpix[j] += (*aijclupad)(indx1,j);
1941         }
1942       } // if (nCoupled > 3)
1943     } // for (Int_t j=0; j<npad;
1944   } // for (Int_t iclust=0; iclust<nForFit
1945   if (nCoupled < 4) return nOK;
1946
1947   Double_t aaa = 0;
1948   for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
1949     if (padpix[j] < fgkCouplMin) continue;
1950     AliInfo(Form("%d  %f ",j , padpix[j]));
1951     AliInfo(Form("%f  %f ",fXyq[0][j],fXyq[1][j]));
1952     aaa += padpix[j];
1953     fPadIJ[1][j] = -1; // exclude pads with strong coupling to the other clusters
1954     nOK--;
1955   }
1956   delete [] padpix; padpix = 0;
1957   return nOK;
1958 }
1959
1960 //_____________________________________________________________________________
1961 void AliMUONClusterFinderAZ::Merge(Int_t nForFit, Int_t nCoupled, Int_t *clustNumb, Int_t *clustFit, TObjArray **clusters, TMatrixD *aijcluclu, TMatrixD *aijclupad)
1962 {
1963   // Merge the group of clusters with the one having the strongest coupling with them
1964
1965   Int_t indx, indx1, npxclu, npxclu1, imax=0;
1966   TObjArray *pix, *pix1;
1967   Double_t couplMax;
1968
1969   for (Int_t icl=0; icl<nForFit; icl++) {
1970     indx = clustFit[icl];
1971     pix = clusters[indx];
1972     npxclu = pix->GetEntriesFast();
1973     couplMax = -1;
1974     for (Int_t icl1=0; icl1<nCoupled; icl1++) {
1975       indx1 = clustNumb[icl1];
1976       if (indx1 < 0) continue;
1977       if ((*aijcluclu)(indx,indx1) > couplMax) {
1978         couplMax = (*aijcluclu)(indx,indx1);
1979         imax = indx1;
1980       }
1981     } // for (Int_t icl1=0;
1982     /*if (couplMax < fgkCouplMin) {
1983       cout << " Oops " << couplMax << endl;
1984       aijcluclu->Print();
1985       cout << icl << " " << indx << " " << npxclu << " " << nLinks << endl;
1986       ::exit(0);
1987       }*/
1988     // Add to it
1989     pix1 = clusters[imax];
1990     npxclu1 = pix1->GetEntriesFast();
1991     // Add pixels
1992     for (Int_t i=0; i<npxclu; i++) { pix1->Add(pix->UncheckedAt(i)); pix->RemoveAt(i); }
1993     AliInfo(Form(" New number of pixels: %d %d ",npxclu1 ,pix1->GetEntriesFast() ));
1994     //Add cluster-to-cluster couplings
1995     //aijcluclu->Print();
1996     for (Int_t icl1=0; icl1<nCoupled; icl1++) {
1997       indx1 = clustNumb[icl1];
1998       if (indx1 < 0 || indx1 == imax) continue;
1999       (*aijcluclu)(indx1,imax) += (*aijcluclu)(indx,indx1);
2000       (*aijcluclu)(imax,indx1) = (*aijcluclu)(indx1,imax);
2001     }
2002     (*aijcluclu)(indx,imax) = (*aijcluclu)(imax,indx) = 0;
2003     //aijcluclu->Print();
2004     //Add cluster-to-pad couplings
2005     for (Int_t j=0; j<fnPads[0]+fnPads[1]; j++) {
2006       if (fPadIJ[1][j] < 0) continue; // exclude overflows and used pads
2007       (*aijclupad)(imax,j) += (*aijclupad)(indx,j);
2008       (*aijclupad)(indx,j) = 0;
2009     }
2010   } // for (Int_t icl=0; icl<nForFit;
2011 }
2012
2013 //_____________________________________________________________________________
2014 Int_t AliMUONClusterFinderAZ::Fit(Int_t nfit, Int_t *clustFit, TObjArray **clusters, Double_t *parOk)
2015 {
2016   // Find selected clusters to selected pad charges
2017
2018   TH2D *mlem = (TH2D*) gROOT->FindObject("mlem");
2019   //Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
2020   //Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
2021   Double_t xmin = mlem->GetXaxis()->GetXmin() - mlem->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
2022   Double_t xmax = mlem->GetXaxis()->GetXmax() + mlem->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
2023   Double_t ymin = mlem->GetYaxis()->GetXmin() - mlem->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
2024   Double_t ymax = mlem->GetYaxis()->GetXmax() + mlem->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
2025   //Double_t qmin = 0, qmax = 1;
2026   Double_t step[3]={0.01,0.002,0.02};
2027
2028   Double_t cont, cmax = 0, xseed = 0, yseed = 0, errOk[8];
2029   TObjArray *pix;
2030   Int_t npxclu;
2031
2032   // Number of pads to use
2033   Int_t npads = 0;
2034   for (Int_t i=0; i<fnPads[0]+fnPads[1]; i++) {if (fPadIJ[1][i] == 1) npads++;}
2035   for (Int_t i=0; i<nfit; i++) {AliInfo(Form("%d %d ",i+1 ,clustFit[i]));}
2036   AliInfo(Form("%d ",nfit));
2037   AliInfo(Form(" Number of pads to fit: %d ",npads));
2038   fNpar = 0;
2039   fQtot = 0;
2040   if (npads < 2) return 0;
2041
2042   // Take cluster maxima as fitting seeds
2043   AliMUONPixel *pixPtr;
2044   Double_t xyseed[3][2], qseed[3];
2045   for (Int_t ifit=1; ifit<=nfit; ifit++) {
2046     cmax = 0;
2047     pix = clusters[clustFit[ifit-1]];
2048     npxclu = pix->GetEntriesFast();
2049     for (Int_t clu=0; clu<npxclu; clu++) {
2050       pixPtr = (AliMUONPixel*) pix->UncheckedAt(clu);
2051       cont = pixPtr->Charge();
2052       fQtot += cont;
2053       if (cont > cmax) {
2054         cmax = cont;
2055         xseed = pixPtr->Coord(0);
2056         yseed = pixPtr->Coord(1);
2057       }
2058     }
2059     xyseed[ifit-1][0] = xseed;
2060     xyseed[ifit-1][1] = yseed;
2061     qseed[ifit-1] = cmax;
2062   } // for (Int_t ifit=1;
2063
2064   Int_t nDof, maxSeed[3];
2065   Double_t fmin, chi2o = 9999, chi2n;
2066
2067   // Try to fit with one-track hypothesis, then 2-track. If chi2/dof is
2068   // lower, try 3-track (if number of pads is sufficient).
2069
2070   TMath::Sort(nfit, qseed, maxSeed, kTRUE); // in decreasing order
2071   nfit = TMath::Min (nfit, (npads + 1) / 3);
2072
2073   Double_t *gin = 0, func0, func1, param[8], param0[2][8], deriv[2][8], step0[8];
2074   Double_t shift[8], stepMax, derMax, parmin[8], parmax[8], func2[2], shift0;
2075   Double_t delta[8], scMax, dder[8], estim, shiftSave = 0;
2076   Int_t min, max, nCall = 0, memory[8] = {0}, nLoop, idMax = 0, iestMax = 0, nFail;
2077
2078   for (Int_t iseed=0; iseed<nfit; iseed++) {
2079
2080     for (Int_t j=0; j<3; j++) step0[fNpar+j] = shift[fNpar+j] = step[j];
2081     param[fNpar] = xyseed[maxSeed[iseed]][0];
2082     parmin[fNpar] = xmin;
2083     parmax[fNpar++] = xmax;
2084     param[fNpar] = xyseed[maxSeed[iseed]][1];
2085     parmin[fNpar] = ymin;
2086     parmax[fNpar++] = ymax;
2087     if (fNpar > 2) {
2088       param[fNpar] = fNpar == 4 ? 0.5 : 0.3;
2089       parmin[fNpar] = 0;
2090       parmax[fNpar++] = 1;
2091     }
2092
2093     // Try new algorithm
2094     min = nLoop = 1; stepMax = func2[1] = derMax = 999999; nFail = 0;
2095
2096     while (1) {
2097       max = !min;
2098       Fcn1(fNpar, gin, func0, param, 1); nCall++;
2099       //cout << " Func: " << func0 << endl;
2100
2101       func2[max] = func0;
2102       for (Int_t j=0; j<fNpar; j++) {
2103         param0[max][j] = param[j];
2104         delta[j] = step0[j];
2105         param[j] += delta[j] / 10;
2106         if (j > 0) param[j-1] -= delta[j-1] / 10;
2107         Fcn1(fNpar, gin, func1, param, 1); nCall++;
2108         deriv[max][j] = (func1 - func0) / delta[j] * 10; // first derivative
2109         //cout << j << " " << deriv[max][j] << endl;
2110         dder[j] = param0[0][j] != param0[1][j] ? (deriv[0][j] - deriv[1][j]) /
2111                                                  (param0[0][j] - param0[1][j]) : 0; // second derivative
2112       }
2113       param[fNpar-1] -= delta[fNpar-1] / 10;
2114       if (nCall > 2000) ::exit(0);
2115
2116       min = func2[0] < func2[1] ? 0 : 1;
2117       nFail = min == max ? 0 : nFail + 1;
2118
2119       stepMax = derMax = estim = 0;
2120       for (Int_t j=0; j<fNpar; j++) {
2121         // Estimated distance to minimum
2122         shift0 = shift[j];
2123         if (nLoop == 1) shift[j] = TMath::Sign (step0[j], -deriv[max][j]); // first step
2124         else if (TMath::Abs(deriv[0][j]) < 1.e-3 && TMath::Abs(deriv[1][j]) < 1.e-3) shift[j] = 0;
2125         else if (deriv[min][j]*deriv[!min][j] > 0 && TMath::Abs(deriv[min][j]) > TMath::Abs(deriv[!min][j])
2126               || TMath::Abs(deriv[0][j]-deriv[1][j]) < 1.e-3) {
2127           shift[j] = -TMath::Sign (shift[j], (func2[0]-func2[1]) * (param0[0][j]-param0[1][j]));
2128           if (min == max) {
2129             if (memory[j] > 1) { shift[j] *= 2; } //cout << " Memory " << memory[j] << " " << shift[j] << endl; }
2130             memory[j]++;
2131           }
2132         } else {
2133           shift[j] = -deriv[min][j] / dder[j];
2134           memory[j] = 0;
2135         }
2136         if (TMath::Abs(shift[j])/step0[j] > estim) {
2137           estim = TMath::Abs(shift[j])/step0[j];
2138           iestMax = j;
2139         }
2140
2141         // Too big step
2142         if (TMath::Abs(shift[j])/step0[j] > 10) shift[j] = TMath::Sign(10.,shift[j]) * step0[j]; //
2143
2144         // Failed to improve minimum
2145         if (min != max) {
2146           memory[j] = 0;
2147           param[j] = param0[min][j];
2148           if (TMath::Abs(shift[j]+shift0) > 0.1*step0[j]) shift[j] = (shift[j] + shift0) / 2;
2149           else shift[j] /= -2;
2150         }
2151
2152         // Too big step
2153         if (TMath::Abs(shift[j]*deriv[min][j]) > func2[min])
2154           shift[j] = TMath::Sign (func2[min]/deriv[min][j], shift[j]);
2155
2156         // Introduce step relaxation factor
2157         if (memory[j] < 3) {
2158           scMax = 1 + 4 / TMath::Max(nLoop/2.,1.);
2159           if (TMath::Abs(shift0) > 0 && TMath::Abs(shift[j]/shift0) > scMax)
2160             shift[j] = TMath::Sign (shift0*scMax, shift[j]);
2161         }
2162         param[j] += shift[j];
2163
2164         //cout << " xxx " << j << " " << shift[j] << " " << param[j] << endl;
2165         stepMax = TMath::Max (stepMax, TMath::Abs(shift[j]/step0[j]));
2166         if (TMath::Abs(deriv[min][j]) > derMax) {
2167           idMax = j;
2168           derMax = TMath::Abs (deriv[min][j]);
2169         }
2170       } // for (Int_t j=0; j<fNpar;
2171       //cout << max << " " << func2[min] << " " << derMax << " " << stepMax << " " << estim << " " << iestMax << " " << nCall << endl;
2172       if (estim < 1 && derMax < 2 || nLoop > 100) break; // minimum was found
2173
2174       nLoop++;
2175       // Check for small step
2176       if (shift[idMax] == 0) { shift[idMax] = step0[idMax]/10; param[idMax] += shift[idMax]; continue; }
2177       if (!memory[idMax] && derMax > 0.5 && nLoop > 10) {
2178         //cout << " ok " << deriv[min][idMax] << " " << deriv[!min][idMax] << " " << dder[idMax]*shift[idMax] << " " << shift[idMax] << endl;
2179         if (dder[idMax] != 0 && TMath::Abs(deriv[min][idMax]/dder[idMax]/shift[idMax]) > 10) {
2180           if (min == max) dder[idMax] = -dder[idMax];
2181           shift[idMax] = -deriv[min][idMax] / dder[idMax] / 10;
2182           param[idMax] += shift[idMax];
2183           stepMax = TMath::Max (stepMax, TMath::Abs(shift[idMax])/step0[idMax]);
2184           //cout << shift[idMax] << " " << param[idMax] << endl;
2185           if (min == max) shiftSave = shift[idMax];
2186         }
2187         if (nFail > 10) {
2188           param[idMax] -= shift[idMax];
2189           shift[idMax] = 4 * shiftSave * (gRandom->Rndm(0) - 0.5);
2190           param[idMax] += shift[idMax];
2191           //cout << shift[idMax] << endl;
2192         }
2193       }
2194     } // while (1)
2195     fmin = func2[min];
2196
2197     nDof = npads - fNpar;
2198     chi2n = nDof ? fmin/nDof : 0;
2199
2200     if (chi2n*1.2+1.e-6 > chi2o ) { fNpar -= 3; break; }
2201     // Save parameters and errors
2202     for (Int_t i=0; i<fNpar; i++) {
2203       parOk[i] = param0[min][i];
2204       errOk[i] = fmin;
2205     }
2206
2207     AliInfo(Form("%f %f ",chi2o ,chi2n));
2208     chi2o = chi2n;
2209     if (fmin < 0.1) break; // !!!???
2210   } // for (Int_t iseed=0;
2211
2212   for (Int_t i=0; i<fNpar; i++) {
2213     if (i == 4 || i == 7) continue;
2214     AliInfo(Form("%f %f ",parOk[i],errOk[i]));
2215   }
2216   nfit = (fNpar + 1) / 3;
2217   Double_t rad;
2218   Int_t indx, imax;
2219   if (fReco) {
2220     for (Int_t j=0; j<nfit; j++) {
2221       indx = j<2 ? j*2 : j*2+1;
2222       AddRawCluster (parOk[indx], parOk[indx+1], errOk[indx]);
2223     }
2224     return nfit;
2225   }
2226   for (Int_t i=0; i<fnMu; i++) {
2227     cmax = fxyMu[i][6];
2228     for (Int_t j=0; j<nfit; j++) {
2229       indx = j<2 ? j*2 : j*2+1;
2230       rad = (fxyMu[i][0]-parOk[indx])*(fxyMu[i][0]-parOk[indx]) +
2231             (fxyMu[i][1]-parOk[indx+1])*(fxyMu[i][1]-parOk[indx+1]);
2232       if (rad < cmax) {
2233         cmax = rad;
2234         imax = indx;
2235         fxyMu[i][6] = cmax;
2236         fxyMu[i][2] = parOk[imax] - fxyMu[i][0];
2237         fxyMu[i][4] = parOk[imax+1] - fxyMu[i][1];
2238         fxyMu[i][3] = errOk[imax];
2239         fxyMu[i][5] = errOk[imax+1];
2240       }
2241     }
2242   }
2243   return nfit;
2244 }
2245
2246 //_____________________________________________________________________________
2247 void AliMUONClusterFinderAZ::Fcn1(Int_t & /*npar*/, Double_t * /*gin*/, Double_t &f, Double_t *par, Int_t /*iflag*/)
2248 {
2249   // Fit for one track
2250   AliMUONClusterFinderAZ& c = *(AliMUONClusterFinderAZ::fgClusterFinder);
2251
2252   Int_t cath, ix, iy, indx, npads=0;
2253   Double_t charge, delta, coef=0, chi2=0;
2254
2255   for (Int_t j=0; j<c.fnPads[0]+c.fnPads[1]; j++) {
2256     if (c.fPadIJ[1][j] != 1) continue;
2257     cath = c.fPadIJ[0][j];
2258     npads++;
2259     c.fSeg2[cath]->GetPadI(fInput->DetElemId(),c.fXyq[0][j],c.fXyq[1][j],c.fZpad,ix,iy);
2260     c.fSeg2[cath]->SetPad(fInput->DetElemId(),ix,iy);
2261     charge = 0;
2262     for (Int_t i=c.fNpar/3; i>=0; i--) { // sum over tracks
2263       indx = i<2 ? 2*i : 2*i+1;
2264       c.fSeg2[cath]->SetHit(fInput->DetElemId(),par[indx],par[indx+1],c.fZpad);
2265       //charge += c.fResponse->IntXY(c.fSegmentation[cath])*par[icl*3+2];
2266       if (c.fNpar == 2) coef = 1;
2267       else coef = i==c.fNpar/3 ? par[indx+2] : 1-coef;
2268       //coef = TMath::Max (coef, 0.);
2269       if (c.fNpar == 8 && i < 2) coef = i==1 ? coef*par[indx+2] : coef - par[7];
2270       //coef = TMath::Max (coef, 0.);
2271       charge += c.fResponse->IntXY(fInput->DetElemId(),c.fSeg2[cath])*coef;
2272     }
2273     charge *= c.fQtot;
2274     //if (c.fXyq[2][j] > c.fResponse->MaxAdc()-1 && charge >
2275     //  c.fResponse->MaxAdc()) charge = c.fResponse->MaxAdc();
2276     delta = charge - c.fXyq[2][j];
2277     delta /= TMath::Sqrt ((Double_t)c.fXyq[2][j]);
2278     //chi2 += TMath::Abs(delta);
2279     chi2 += delta*delta;
2280   } // for (Int_t j=0;
2281
2282   f = chi2;
2283   Double_t qAver = c.fQtot/npads; //(c.fnPads[0]+c.fnPads[1]);
2284   f = chi2/qAver;
2285 }
2286
2287 //_____________________________________________________________________________
2288 void AliMUONClusterFinderAZ::UpdatePads(Int_t /*nfit*/, Double_t *par)
2289 {
2290   // Subtract the fitted charges from pads with strong coupling
2291
2292   Int_t cath, ix, iy, indx;
2293   Double_t charge, coef=0;
2294
2295   for (Int_t j=0; j<fnPads[0]+fnPads[1]; j++) {
2296     if (fPadIJ[1][j] != -1) continue;
2297     if (fNpar != 0) {
2298       cath = fPadIJ[0][j];
2299       fSeg2[cath]->GetPadI(fInput->DetElemId(),fXyq[0][j],fXyq[1][j],fZpad,ix,iy);
2300       fSeg2[cath]->SetPad(fInput->DetElemId(),ix,iy);
2301       charge = 0;
2302       for (Int_t i=fNpar/3; i>=0; i--) { // sum over tracks
2303         indx = i<2 ? 2*i : 2*i+1;
2304         fSeg2[cath]->SetHit(fInput->DetElemId(),par[indx],par[indx+1],fZpad);
2305         if (fNpar == 2) coef = 1;
2306         else coef = i==fNpar/3 ? par[indx+2] : 1-coef;
2307         if (fNpar == 8 && i < 2) coef = i==1 ? coef*par[indx+2] : coef - par[7];
2308         charge += fResponse->IntXY(fInput->DetElemId(),fSeg2[cath])*coef;
2309       }
2310       charge *= fQtot;
2311       fXyq[2][j] -= charge;
2312     } // if (fNpar != 0)
2313     if (fXyq[2][j] > fResponse->ZeroSuppression()) fPadIJ[1][j] = 0; // return pad for further using
2314   } // for (Int_t j=0;
2315
2316 }
2317
2318 //_____________________________________________________________________________
2319 Bool_t AliMUONClusterFinderAZ::TestTrack(Int_t /*t*/) const {
2320 // Test if track was user selected
2321   return kTRUE;
2322   /*
2323     if (fTrack[0]==-1 || fTrack[1]==-1) {
2324         return kTRUE;
2325     } else if (t==fTrack[0] || t==fTrack[1]) {
2326         return kTRUE;
2327     } else {
2328         return kFALSE;
2329     }
2330   */
2331 }
2332
2333 //_____________________________________________________________________________
2334 void AliMUONClusterFinderAZ::AddRawCluster(Double_t x, Double_t y, Double_t fmin)
2335 {
2336   //
2337   // Add a raw cluster copy to the list
2338   //
2339   AliMUONRawCluster cnew;
2340   AliMUON *pMUON=(AliMUON*)gAlice->GetModule("MUON");
2341   //pMUON->AddRawCluster(fInput->Chamber(),c);
2342
2343   Int_t cath;
2344   for (cath=0; cath<2; cath++) {
2345     cnew.SetX(cath, x);
2346     cnew.SetY(cath, y);
2347     cnew.SetZ(cath, fZpad);
2348     cnew.SetCharge(cath, 100);
2349     cnew.SetPeakSignal(cath,20);
2350     cnew.SetMultiplicity(cath, 5);
2351     cnew.SetNcluster(cath, 1);
2352     cnew.SetChi2(cath, fmin); //0.1;
2353     /*
2354     cnew.fMultiplicity[cath]=c->fMultiplicity[cath];
2355     for (i=0; i<fMul[cath]; i++) {
2356       cnew.fIndexMap[i][cath]=c->fIndexMap[i][cath];
2357       fSeg[cath]->SetPad(fIx[i][cath], fIy[i][cath]);
2358     }
2359     fprintf(stderr,"\nRawCluster %d cath %d\n",ico,cath);
2360     fprintf(stderr,"mult_av %d\n",c->fMultiplicity[cath]);
2361     FillCluster(&cnew,cath);
2362     */
2363   }
2364   //cnew.fClusterType=cnew.PhysicsContribution();
2365   pMUON->GetMUONData()->AddRawCluster(AliMUONClusterInput::Instance()->Chamber(),cnew);
2366   //fNPeaks++;
2367 }
2368
2369 //_____________________________________________________________________________
2370 Int_t AliMUONClusterFinderAZ::FindLocalMaxima(Int_t *localMax, Double_t *maxVal)
2371 {
2372   // Find local maxima in pixel space for large preclusters in order to
2373   // try to split them into smaller pieces (to speed up the MLEM procedure)
2374
2375   TH2D *hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
2376   if (hist) hist->Delete();
2377
2378   Double_t xylim[4] = {999, 999, 999, 999};
2379   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
2380   AliMUONPixel *pixPtr = 0;
2381   for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ipix++) {
2382     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(ipix);
2383     for (Int_t i=0; i<4; i++)
2384          xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
2385   }
2386   for (Int_t i=0; i<4; i++) xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2);
2387
2388   Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
2389   Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
2390   hist = new TH2D("anode","anode",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
2391   for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ipix++) {
2392     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(ipix);
2393     hist->Fill(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), pixPtr->Charge());
2394   }
2395   if (fDraw) {
2396     ((TCanvas*)gROOT->FindObject("c2"))->cd();
2397     gPad->SetTheta(55);
2398     gPad->SetPhi(30);
2399     hist->Draw("lego1Fb");
2400     gPad->Update();
2401     int ia;
2402     cin >> ia;
2403   }
2404
2405   Int_t nMax = 0, indx;
2406   Int_t *isLocalMax = new Int_t[ny*nx];
2407   for (Int_t i=0; i<ny*nx; i++) isLocalMax[i] = 0;
2408
2409   for (Int_t i=1; i<=ny; i++) {
2410     indx = (i-1) * nx;
2411     for (Int_t j=1; j<=nx; j++) {
2412       if (hist->GetCellContent(j,i) < 0.5) continue;
2413       //if (isLocalMax[indx+j-1] < 0) continue;
2414       if (isLocalMax[indx+j-1] != 0) continue;
2415       FlagLocalMax(hist, i, j, isLocalMax);
2416     }
2417   }
2418
2419   for (Int_t i=1; i<=ny; i++) {
2420     indx = (i-1) * nx;
2421     for (Int_t j=1; j<=nx; j++) {
2422       if (isLocalMax[indx+j-1] > 0) {
2423         localMax[nMax] = indx + j - 1;
2424         maxVal[nMax++] = hist->GetCellContent(j,i);
2425       }
2426       if (nMax > 99) { AliWarning(" Too many local maxima !!!" ); ::exit(0); }
2427     }
2428   }
2429   AliInfo(Form(" Local max: %d",nMax));
2430   delete [] isLocalMax; isLocalMax = 0;
2431   return nMax;
2432 }
2433
2434 //_____________________________________________________________________________
2435 void AliMUONClusterFinderAZ::FlagLocalMax(TH2D *hist, Int_t i, Int_t j, Int_t *isLocalMax)
2436 {
2437   // Flag pixels (whether or not local maxima)
2438
2439   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
2440   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
2441   Int_t cont = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j,i));
2442   Int_t cont1 = 0;
2443
2444   for (Int_t i1=i-1; i1<i+2; i1++) {
2445     if (i1 < 1 || i1 > ny) continue;
2446     for (Int_t j1=j-1; j1<j+2; j1++) {
2447       if (j1 < 1 || j1 > nx) continue;
2448       if (i == i1 && j == j1) continue;
2449       cont1 = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j1,i1));
2450       if (cont < cont1) { isLocalMax[(i-1)*nx+j-1] = -1; return; }
2451       else if (cont > cont1) isLocalMax[(i1-1)*nx+j1-1] = -1;
2452       else { // the same charge
2453         isLocalMax[(i-1)*nx+j-1] = 1;
2454         if (isLocalMax[(i1-1)*nx+j1-1] == 0) {
2455           FlagLocalMax(hist, i1, j1, isLocalMax);
2456           if (isLocalMax[(i1-1)*nx+j1-1] < 0) { isLocalMax[(i-1)*nx+j-1] = -1; return; }
2457           else isLocalMax[(i1-1)*nx+j1-1] = -1;
2458         }
2459       }
2460     }
2461   }
2462   isLocalMax[(i-1)*nx+j-1] = 1; // local maximum
2463 }
2464
2465 //_____________________________________________________________________________
2466 void AliMUONClusterFinderAZ::FindCluster(Int_t *localMax, Int_t iMax)
2467 {
2468   // Find pixel cluster around local maximum #iMax and pick up pads
2469   // overlapping with it
2470
2471   TH2D *hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
2472   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
2473   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
2474   Int_t ic = localMax[iMax] / nx + 1;
2475   Int_t jc = localMax[iMax] % nx + 1;
2476   Bool_t *used = new Bool_t[ny*nx];
2477   for (Int_t i=0; i<ny*nx; i++) used[i] = kFALSE;
2478
2479   // Drop all pixels from the array - pick up only the ones from the cluster
2480   fPixArray->Delete();
2481
2482   Double_t wx = hist->GetXaxis()->GetBinWidth(1)/2;
2483   Double_t wy = hist->GetYaxis()->GetBinWidth(1)/2;
2484   Double_t yc = hist->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
2485   Double_t xc = hist->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
2486   Double_t cont = hist->GetCellContent(jc,ic);
2487   AliMUONPixel *pixPtr = new AliMUONPixel (xc, yc, wx, wy, cont);
2488   fPixArray->Add((TObject*)pixPtr);
2489   used[(ic-1)*nx+jc-1] = kTRUE;
2490   AddBin(hist, ic, jc, 1, used, (TObjArray*)0); // recursive call
2491
2492   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast(), npad = fnPads[0] + fnPads[1];
2493   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
2494     ((AliMUONPixel*)fPixArray->UncheckedAt(i))->SetSize(0,wx);
2495     ((AliMUONPixel*)fPixArray->UncheckedAt(i))->SetSize(1,wy);
2496   }
2497   AliInfo(Form("%d %d ",iMax,nPix));
2498
2499   Float_t xy[4], xy12[4];
2500   // Pick up pads which overlap with found pixels
2501   for (Int_t i=0; i<npad; i++) fPadIJ[1][i] = -1;
2502   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
2503     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
2504     for (Int_t j=0; j<4; j++)
2505       xy[j] = pixPtr->Coord(j/2) + (j%2 ? 1 : -1)*pixPtr->Size(j/2);
2506     for (Int_t j=0; j<npad; j++)
2507       if (Overlap(xy, j, xy12, 0)) fPadIJ[1][j] = 0; // flag for use
2508   }
2509
2510   delete [] used; used = 0;
2511 }
2512
2513 //_____________________________________________________________________________
2514 AliMUONClusterFinderAZ&
2515 AliMUONClusterFinderAZ::operator=(const AliMUONClusterFinderAZ& rhs)
2516 {
2517 // Protected assignement operator
2518
2519   if (this == &rhs) return *this;
2520
2521   AliFatal("Not implemented.");
2522
2523   return *this;
2524 }
2525