MUON/AliMUONClusterFinderVS.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 #include <TMinuit.h>
  19 #include <TF1.h>
  20
  21 #include "AliMUONClusterFinderVS.h"
  22 #include "AliMUONDigit.h"
  23 #include "AliMUONRawCluster.h"
  24 #include "AliSegmentation.h"
  25 #include "AliMUONMathieson.h"
  26 #include "AliMUONClusterInput.h"
  27 #include "AliMUONHitMapA1.h"
  28 #include "AliLog.h"
  29
  30 //_____________________________________________________________________
  31 // This function is minimized in the double-Mathieson fit
  32 void fcnS2(Int_t &npar, Double_t *gin, Double_t &f, Double_t *par, Int_t iflag);
  33 void fcnS1(Int_t &npar, Double_t *gin, Double_t &f, Double_t *par, Int_t iflag);
  34 void fcnCombiS1(Int_t &npar, Double_t *gin, Double_t &f, Double_t *par, Int_t iflag);
  35 void fcnCombiS2(Int_t &npar, Double_t *gin, Double_t &f, Double_t *par, Int_t iflag);
  36
  37 ClassImp(AliMUONClusterFinderVS)
  38
  39 AliMUONClusterFinderVS::AliMUONClusterFinderVS()
  40   : TObject()
  41 {
  42 // Default constructor
  43     fInput=AliMUONClusterInput::Instance();
  44     fHitMap[0] = 0;
  45     fHitMap[1] = 0;
  46     fTrack[0]=fTrack[1]=-1;
  47     fDebugLevel = 0; // make silent default
  48     fGhostChi2Cut = 1e6; // nothing done by default
  49     fSeg[0]    = 0;
  50     fSeg[1]    = 0;
  51     for(Int_t i=0; i<100; i++) {
  52       for (Int_t j=0; j<2; j++) {
  53         fDig[i][j] = 0;
  54       }
  55     }
  56     fRawClusters = new TClonesArray("AliMUONRawCluster",1000);
  57     fNRawClusters = 0;
  58 }
  59  //____________________________________________________________________________
  60 AliMUONClusterFinderVS::~AliMUONClusterFinderVS()
  61 {
  62   // Reset tracks information
  63    fNRawClusters = 0;
  64    if (fRawClusters) {
  65      fRawClusters->Delete();
  66      delete fRawClusters;
  67    }
  68 }
  69
  70 AliMUONClusterFinderVS::AliMUONClusterFinderVS(const AliMUONClusterFinderVS & clusterFinder):TObject(clusterFinder)
  71 {
  72 // Protected copy constructor
  73
  74   AliFatal("Not implemented.");
  75 }
  76 //____________________________________________________________________________
  77 void AliMUONClusterFinderVS::ResetRawClusters()
  78 {
  79   // Reset tracks information
  80   fNRawClusters = 0;
  81   if (fRawClusters) fRawClusters->Clear();
  82 }
  83 //____________________________________________________________________________
  84 void AliMUONClusterFinderVS::Decluster(AliMUONRawCluster *cluster)
  85 {
  86 // Decluster by local maxima
  87     SplitByLocalMaxima(cluster);
  88 }
  89 //____________________________________________________________________________
  90 void AliMUONClusterFinderVS::SplitByLocalMaxima(AliMUONRawCluster *c)
  91 {
  92 // Split complex cluster by local maxima
  93     Int_t cath, i;
  94
  95     fInput->SetCluster(c);
  96
  97     fMul[0]=c->GetMultiplicity(0);
  98     fMul[1]=c->GetMultiplicity(1);
  99
 100 //
 101 //  dump digit information into arrays
 102 //
 103
 104     Float_t qtot;
 105
 106     for (cath=0; cath<2; cath++) {
 107         qtot=0;
 108         for (i=0; i<fMul[cath]; i++)
 109         {
 110             // pointer to digit
 111             fDig[i][cath]=fInput->Digit(cath, c->GetIndex(i, cath));
 112             // pad coordinates
 113             fIx[i][cath]= fDig[i][cath]->PadX();
 114             fIy[i][cath]= fDig[i][cath]->PadY();
 115             // pad charge
 116             fQ[i][cath] = fDig[i][cath]->Signal();
 117             // pad centre coordinates
 118             fSeg[cath]->
 119                 GetPadC(fIx[i][cath], fIy[i][cath], fX[i][cath], fY[i][cath], fZ[i][cath]);
 120         } // loop over cluster digits
 121     }  // loop over cathodes
 122
 123
 124     FindLocalMaxima(c);
 125
 126 //
 127 //  Initialise and perform mathieson fits
 128     Float_t chi2, oldchi2;
 129 //  ++++++++++++++++++*************+++++++++++++++++++++
 130 //  (1) No more than one local maximum per cathode plane
 131 //  +++++++++++++++++++++++++++++++*************++++++++
 132     if ((fNLocal[0]==1 && (fNLocal[1]==0 ||  fNLocal[1]==1)) ||
 133         (fNLocal[0]==0 && fNLocal[1]==1)) {
 134 // Perform combined single Mathieson fit
 135 // Initial values for coordinates (x,y)
 136
 137         // One local maximum on cathodes 1 and 2 (X->cathode 2, Y->cathode 1)
 138         if (fNLocal[0]==1 &&  fNLocal[1]==1) {
 139             fXInit[0]=c->GetX(1);
 140             fYInit[0]=c->GetY(0);
 141             // One local maximum on cathode 1 (X,Y->cathode 1)
 142         } else if (fNLocal[0]==1) {
 143             fXInit[0]=c->GetX(0);
 144             fYInit[0]=c->GetY(0);
 145             // One local maximum on cathode 2  (X,Y->cathode 2)
 146         } else {
 147             fXInit[0]=c->GetX(1);
 148             fYInit[0]=c->GetY(1);
 149         }
 150         AliDebug(1,"cas (1) CombiSingleMathiesonFit(c)");
 151         chi2=CombiSingleMathiesonFit(c);
 152 //      Int_t ndf = fgNbins[0]+fgNbins[1]-2;
 153 //      Float_t prob = TMath::Prob(Double_t(chi2),ndf);
 154 //      prob1->Fill(prob);
 155 //      chi2_1->Fill(chi2);
 156         oldchi2=chi2;
 157         AliDebug(1,Form(" chi2 %f ",chi2));
 158
 159         c->SetX(0, fXFit[0]);
 160         c->SetY(0, fYFit[0]);
 161
 162         c->SetX(1,fXFit[0]);
 163         c->SetY(1,fYFit[0]);
 164         c->SetChi2(0,chi2);
 165         c->SetChi2(1,chi2);
 166         // Force on anod
 167         c->SetX(0, fSeg[0]->GetAnod(c->GetX(0)));
 168         c->SetX(1, fSeg[1]->GetAnod(c->GetX(1)));
 169
 170 // If reasonable chi^2 add result to the list of rawclusters
 171         if (chi2 < 0.3) {
 172             AddRawCluster(*c);
 173 // If not try combined double Mathieson Fit
 174         } else {
 175                 AliDebug(1," MAUVAIS CHI2 !!!\n");
 176             if (fNLocal[0]==1 &&  fNLocal[1]==1) {
 177                 fXInit[0]=fX[fIndLocal[0][1]][1];
 178                 fYInit[0]=fY[fIndLocal[0][0]][0];
 179                 fXInit[1]=fX[fIndLocal[0][1]][1];
 180                 fYInit[1]=fY[fIndLocal[0][0]][0];
 181             } else if (fNLocal[0]==1) {
 182                 fXInit[0]=fX[fIndLocal[0][0]][0];
 183                 fYInit[0]=fY[fIndLocal[0][0]][0];
 184                 fXInit[1]=fX[fIndLocal[0][0]][0];
 185                 fYInit[1]=fY[fIndLocal[0][0]][0];
 186             } else {
 187                 fXInit[0]=fX[fIndLocal[0][1]][1];
 188                 fYInit[0]=fY[fIndLocal[0][1]][1];
 189                 fXInit[1]=fX[fIndLocal[0][1]][1];
 190                 fYInit[1]=fY[fIndLocal[0][1]][1];
 191             }
 192
 193 //  Initial value for charge ratios
 194             fQrInit[0]=0.5;
 195             fQrInit[1]=0.5;
 196             AliDebug(1,"\n cas (1) CombiDoubleMathiesonFit(c)\n");
 197             chi2=CombiDoubleMathiesonFit(c);
 198 //          Int_t ndf = fgNbins[0]+fgNbins[1]-6;
 199 //          Float_t prob = TMath::Prob(chi2,ndf);
 200 //          prob2->Fill(prob);
 201 //          chi2_2->Fill(chi2);
 202
 203 // Was this any better ??
 204             AliDebug(1,Form(" Old and new chi2 %f %f ", oldchi2, chi2));
 205             if (fFitStat!=0 && chi2>0 && (2.*chi2 < oldchi2)) {
 206               AliDebug(1,"Split");
 207                 // Split cluster into two according to fit result
 208                 Split(c);
 209             } else {
 210               AliDebug(1,"Do not Split");
 211                 // Don't split
 212                 AddRawCluster(*c);
 213             }
 214         }
 215
 216 //  +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 217 //  (2) Two local maxima per cathode plane
 218 //  +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 219     } else if (fNLocal[0]==2 &&  fNLocal[1]==2) {
 220 //
 221 //  Let's look for ghosts first
 222
 223         Float_t xm[4][2], ym[4][2];
 224         Float_t dpx, dpy, dx, dy;
 225         Int_t ixm[4][2], iym[4][2];
 226         Int_t isec, im1, im2, ico;
 227 //
 228 //  Form the 2x2 combinations
 229 //  0-0, 0-1, 1-0, 1-1
 230         ico=0;
 231         for (im1=0; im1<2; im1++) {
 232             for (im2=0; im2<2; im2++) {
 233                 xm[ico][0]=fX[fIndLocal[im1][0]][0];
 234                 ym[ico][0]=fY[fIndLocal[im1][0]][0];
 235                 xm[ico][1]=fX[fIndLocal[im2][1]][1];
 236                 ym[ico][1]=fY[fIndLocal[im2][1]][1];
 237
 238                 ixm[ico][0]=fIx[fIndLocal[im1][0]][0];
 239                 iym[ico][0]=fIy[fIndLocal[im1][0]][0];
 240                 ixm[ico][1]=fIx[fIndLocal[im2][1]][1];
 241                 iym[ico][1]=fIy[fIndLocal[im2][1]][1];
 242                 ico++;
 243             }
 244         }
 245 // ico = 0 : first local maximum on cathodes 1 and 2
 246 // ico = 1 : fisrt local maximum on cathode 1 and second on cathode 2
 247 // ico = 2 : second local maximum on cathode 1 and first on cathode 1
 248 // ico = 3 : second local maximum on cathodes 1 and 2
 249
 250 // Analyse the combinations and keep those that are possible !
 251 // For each combination check consistency in x and y
 252         Int_t   iacc;
 253         Bool_t  accepted[4];
 254         Float_t dr[4] = {1.e4, 1.e4, 1.e4, 1.e4};
 255         iacc=0;
 256
 257 // In case of staggering maxima are displaced by exactly half the pad-size in y.
 258 // We have to take into account the numerical precision in the consistency check;
 259         Float_t eps = 1.e-5;
 260 //
 261         for (ico=0; ico<4; ico++) {
 262             accepted[ico]=kFALSE;
 263 // cathode one: x-coordinate
 264             isec=fSeg[0]->Sector(ixm[ico][0], iym[ico][0]);
 265             dpx=fSeg[0]->Dpx(isec)/2.;
 266             dx=TMath::Abs(xm[ico][0]-xm[ico][1]);
 267 // cathode two: y-coordinate
 268             isec=fSeg[1]->Sector(ixm[ico][1], iym[ico][1]);
 269             dpy=fSeg[1]->Dpy(isec)/2.;
 270             dy=TMath::Abs(ym[ico][0]-ym[ico][1]);
 271             AliDebug(2,Form("\n %i %f %f %f %f %f %f \n", ico, ym[ico][0], ym[ico][1], dy, dpy, dx, dpx ));
 272             if ((dx <= dpx) && (dy <= dpy+eps)) {
 273                 // consistent
 274                 accepted[ico]=kTRUE;
 275                 dr[ico] = TMath::Sqrt(dx*dx+dy*dy);
 276                 iacc++;
 277             } else {
 278                 // reject
 279                 accepted[ico]=kFALSE;
 280             }
 281         }
 282         AliDebug(1,Form("\n iacc= %d:\n", iacc));
 283         if (iacc == 3) {
 284             if (accepted[0] && accepted[1]) {
 285                 if (dr[0] >= dr[1]) {
 286                     accepted[0]=kFALSE;
 287                 } else {
 288                     accepted[1]=kFALSE;
 289                 }
 290             }
 291
 292             if (accepted[2] && accepted[3]) {
 293                 if (dr[2] >= dr[3]) {
 294                     accepted[2]=kFALSE;
 295                 } else {
 296                     accepted[3]=kFALSE;
 297                 }
 298             }
 299 /*
 300 // eliminate one candidate
 301             Float_t drmax = 0;
 302             Int_t icobad = -1;
 303
 304             for (ico=0; ico<4; ico++) {
 305                 if (accepted[ico] && dr[ico] > drmax) {
 306                     icobad = ico;
 307                     drmax  = dr[ico];
 308                 }
 309             }
 310
 311             accepted[icobad] = kFALSE;
 312 */
 313             iacc = 2;
 314         }
 315
 316
 317         AliDebug(1,Form("\n iacc= %d:\n", iacc));
 318         if (iacc==2) {
 319                 AliDebug(1,"\n iacc=2: No problem ! \n");
 320         } else if (iacc==4) {
 321                 AliDebug(1,"\n iacc=4: Ok, but ghost problem !!! \n");
 322         } else if (iacc==0) {
 323                 AliDebug(1,"\n iacc=0: I don't know what to do with this !!!!!!!!! \n");
 324         }
 325
 326 //  Initial value for charge ratios
 327         fQrInit[0]=Float_t(fQ[fIndLocal[0][0]][0])/
 328             Float_t(fQ[fIndLocal[0][0]][0]+fQ[fIndLocal[1][0]][0]);
 329         fQrInit[1]=Float_t(fQ[fIndLocal[0][1]][1])/
 330             Float_t(fQ[fIndLocal[0][1]][1]+fQ[fIndLocal[1][1]][1]);
 331
 332 // ******* iacc = 0 *******
 333 // No combinations found between the 2 cathodes
 334 // We keep the center of gravity of the cluster
 335         if (iacc==0) {
 336             AddRawCluster(*c);
 337         }
 338
 339 // ******* iacc = 1 *******
 340 // Only one combination found between the 2 cathodes
 341         if (iacc==1) {
 342 // Initial values for the 2 maxima (x,y)
 343
 344 // 1 maximum is initialised with the maximum of the combination found (X->cathode 2, Y->cathode 1)
 345 // 1 maximum is initialised with the other maximum of the first cathode
 346             if (accepted[0]){
 347                 AliDebug(1,"ico=0");
 348                 fXInit[0]=xm[0][1];
 349                 fYInit[0]=ym[0][0];
 350                 fXInit[1]=xm[3][0];
 351                 fYInit[1]=ym[3][0];
 352             } else if (accepted[1]){
 353                 AliDebug(1,"ico=1");
 354                 fXInit[0]=xm[1][1];
 355                 fYInit[0]=ym[1][0];
 356                 fXInit[1]=xm[2][0];
 357                 fYInit[1]=ym[2][0];
 358             } else if (accepted[2]){
 359                 AliDebug(1,"ico=2");
 360                 fXInit[0]=xm[2][1];
 361                 fYInit[0]=ym[2][0];
 362                 fXInit[1]=xm[1][0];
 363                 fYInit[1]=ym[1][0];
 364             } else if (accepted[3]){
 365                 AliDebug(1,"ico=3");
 366                 fXInit[0]=xm[3][1];
 367                 fYInit[0]=ym[3][0];
 368                 fXInit[1]=xm[0][0];
 369                 fYInit[1]=ym[0][0];
 370             }
 371                 AliDebug(1,"cas (2) CombiDoubleMathiesonFit(c)");
 372             chi2=CombiDoubleMathiesonFit(c);
 373 //          Int_t ndf = fgNbins[0]+fgNbins[1]-6;
 374 //          Float_t prob = TMath::Prob(chi2,ndf);
 375 //          prob2->Fill(prob);
 376 //          chi2_2->Fill(chi2);
 377             AliDebug(1,Form(" chi2 %f\n",chi2));
 378
 379 // If reasonable chi^2 add result to the list of rawclusters
 380             if (chi2<10) {
 381                 Split(c);
 382
 383             } else {
 384 // 1 maximum is initialised with the maximum of the combination found (X->cathode 2, Y->cathode 1)
 385 // 1 maximum is initialised with the other maximum of the second cathode
 386                 if (accepted[0]){
 387                         AliDebug(1,"ico=0");
 388                     fXInit[0]=xm[0][1];
 389                     fYInit[0]=ym[0][0];
 390                     fXInit[1]=xm[3][1];
 391                     fYInit[1]=ym[3][1];
 392                 } else if (accepted[1]){
 393                         AliDebug(1,"ico=1");
 394                     fXInit[0]=xm[1][1];
 395                     fYInit[0]=ym[1][0];
 396                     fXInit[1]=xm[2][1];
 397                     fYInit[1]=ym[2][1];
 398                 } else if (accepted[2]){
 399                         AliDebug(1,"ico=2");
 400                     fXInit[0]=xm[2][1];
 401                     fYInit[0]=ym[2][0];
 402                     fXInit[1]=xm[1][1];
 403                     fYInit[1]=ym[1][1];
 404                 } else if (accepted[3]){
 405                         AliDebug(1,"ico=3");
 406                     fXInit[0]=xm[3][1];
 407                     fYInit[0]=ym[3][0];
 408                     fXInit[1]=xm[0][1];
 409                     fYInit[1]=ym[0][1];
 410                 }
 411                 AliDebug(1,"\n cas (2) CombiDoubleMathiesonFit(c)\n");
 412                 chi2=CombiDoubleMathiesonFit(c);
 413 //              Int_t ndf = fgNbins[0]+fgNbins[1]-6;
 414 //              Float_t prob = TMath::Prob(chi2,ndf);
 415 //              prob2->Fill(prob);
 416 //              chi2_2->Fill(chi2);
 417                 AliDebug(1,Form(" chi2 %f\n",chi2));
 418
 419 // If reasonable chi^2 add result to the list of rawclusters
 420                 if (chi2<10) {
 421                     Split(c);
 422                 } else {
 423 //We keep only the combination found (X->cathode 2, Y->cathode 1)
 424                     for (Int_t ico=0; ico<2; ico++) {
 425                         if (accepted[ico]) {
 426                             AliMUONRawCluster cnew;
 427                             Int_t cath;
 428                             for (cath=0; cath<2; cath++) {
 429                                 cnew.SetX(cath, Float_t(xm[ico][1]));
 430                                 cnew.SetY(cath, Float_t(ym[ico][0]));
 431                                 cnew.SetZ(cath, fZPlane);
 432
 433                                 cnew.SetMultiplicity(cath,c->GetMultiplicity(cath));
 434                                 for (i=0; i<fMul[cath]; i++) {
 435                                     cnew.SetIndex(i, cath, c->GetIndex(i,cath));
 436                                     fSeg[cath]->SetPad(fIx[i][cath], fIy[i][cath]);
 437                                 }
 438                                 AliDebug(1,Form("\nRawCluster %d cath %d\n",ico,cath));
 439                                 AliDebug(1,Form("mult_av %d\n",c->GetMultiplicity(cath)));
 440                                 FillCluster(&cnew,cath);
 441                             }
 442                             cnew.SetClusterType(cnew.PhysicsContribution());
 443                             AddRawCluster(cnew);
 444                             fNPeaks++;
 445                         }
 446                     }
 447                 }
 448             }
 449         }
 450
 451 // ******* iacc = 2 *******
 452 // Two combinations found between the 2 cathodes
 453         if (iacc==2) {
 454 // Was the same maximum taken twice
 455             if ((accepted[0]&&accepted[1]) || (accepted[2]&&accepted[3])) {
 456                 AliDebug(1,"\n Maximum taken twice !!!\n");
 457
 458 // Have a try !! with that
 459                 if (accepted[0]&&accepted[3]) {
 460                     fXInit[0]=xm[0][1];
 461                     fYInit[0]=ym[0][0];
 462                     fXInit[1]=xm[1][1];
 463                     fYInit[1]=ym[1][0];
 464                 } else {
 465                     fXInit[0]=xm[2][1];
 466                     fYInit[0]=ym[2][0];
 467                     fXInit[1]=xm[3][1];
 468                     fYInit[1]=ym[3][0];
 469                 }
 470                 AliDebug(1,"\n cas (2) CombiDoubleMathiesonFit(c)\n");
 471                 chi2=CombiDoubleMathiesonFit(c);
 472 //                  Int_t ndf = fgNbins[0]+fgNbins[1]-6;
 473 //                  Float_t prob = TMath::Prob(chi2,ndf);
 474 //                  prob2->Fill(prob);
 475 //                  chi2_2->Fill(chi2);
 476                 Split(c);
 477
 478             } else {
 479 // No ghosts ! No Problems ! -  Perform one fit only !
 480                 if (accepted[0]&&accepted[3]) {
 481                     fXInit[0]=xm[0][1];
 482                     fYInit[0]=ym[0][0];
 483                     fXInit[1]=xm[3][1];
 484                     fYInit[1]=ym[3][0];
 485                 } else {
 486                     fXInit[0]=xm[1][1];
 487                     fYInit[0]=ym[1][0];
 488                     fXInit[1]=xm[2][1];
 489                     fYInit[1]=ym[2][0];
 490                 }
 491                 AliDebug(1,"\n cas (2) CombiDoubleMathiesonFit(c)\n");
 492                 chi2=CombiDoubleMathiesonFit(c);
 493 //                  Int_t ndf = fgNbins[0]+fgNbins[1]-6;
 494 //                  Float_t prob = TMath::Prob(chi2,ndf);
 495 //                  prob2->Fill(prob);
 496 //                  chi2_2->Fill(chi2);
 497                 AliDebug(1,Form(" chi2 %f\n",chi2));
 498                 Split(c);
 499             }
 500
 501 // ******* iacc = 4 *******
 502 // Four combinations found between the 2 cathodes
 503 // Ghost !!
 504         } else if (iacc==4) {
 505 // Perform fits for the two possibilities !!
 506 // Accept if charges are compatible on both cathodes
 507 // If none are compatible, keep everything
 508             fXInit[0]=xm[0][1];
 509             fYInit[0]=ym[0][0];
 510             fXInit[1]=xm[3][1];
 511             fYInit[1]=ym[3][0];
 512             AliDebug(1,"\n cas (2) CombiDoubleMathiesonFit(c)\n");
 513             chi2=CombiDoubleMathiesonFit(c);
 514 //              Int_t ndf = fgNbins[0]+fgNbins[1]-6;
 515 //              Float_t prob = TMath::Prob(chi2,ndf);
 516 //              prob2->Fill(prob);
 517 //              chi2_2->Fill(chi2);
 518             AliDebug(1,Form(" chi2 %f\n",chi2));
 519             // store results of fit and postpone decision
 520             Double_t sXFit[2],sYFit[2],sQrFit[2];
 521             Float_t sChi2[2];
 522             for (Int_t i=0;i<2;i++) {
 523                 sXFit[i]=fXFit[i];
 524                 sYFit[i]=fYFit[i];
 525                 sQrFit[i]=fQrFit[i];
 526                 sChi2[i]=fChi2[i];
 527             }
 528             fXInit[0]=xm[1][1];
 529             fYInit[0]=ym[1][0];
 530             fXInit[1]=xm[2][1];
 531             fYInit[1]=ym[2][0];
 532             AliDebug(1,"\n cas (2) CombiDoubleMathiesonFit(c)\n");
 533             chi2=CombiDoubleMathiesonFit(c);
 534 //              ndf = fgNbins[0]+fgNbins[1]-6;
 535 //              prob = TMath::Prob(chi2,ndf);
 536 //              prob2->Fill(prob);
 537 //              chi2_2->Fill(chi2);
 538             AliDebug(1,Form(" chi2 %f\n",chi2));
 539             // We have all informations to perform the decision
 540             // Compute the chi2 for the 2 possibilities
 541             Float_t chi2fi,chi2si,chi2f,chi2s;
 542
 543             chi2f = (TMath::Log(fInput->TotalCharge(0)*fQrFit[0]
 544                   /  (fInput->TotalCharge(1)*fQrFit[1]) )
 545                   / fInput->ChargeCorrel() );
 546             chi2f *=chi2f;
 547             chi2fi = (TMath::Log(fInput->TotalCharge(0)*(1-fQrFit[0])
 548                   /  (fInput->TotalCharge(1)*(1-fQrFit[1])) )
 549                   / fInput->ChargeCorrel() );
 550             chi2f += chi2fi*chi2fi;
 551
 552             chi2s = (TMath::Log(fInput->TotalCharge(0)*sQrFit[0]
 553                   /  (fInput->TotalCharge(1)*sQrFit[1]) )
 554                   / fInput->ChargeCorrel() );
 555             chi2s *=chi2s;
 556             chi2si = (TMath::Log(fInput->TotalCharge(0)*(1-sQrFit[0])
 557                   /  (fInput->TotalCharge(1)*(1-sQrFit[1])) )
 558                   / fInput->ChargeCorrel() );
 559             chi2s += chi2si*chi2si;
 560
 561             // usefull to store the charge matching chi2 in the cluster
 562             // fChi2[0]=sChi2[1]=chi2f;
 563             // fChi2[1]=sChi2[0]=chi2s;
 564
 565             if (chi2f<=fGhostChi2Cut && chi2s<=fGhostChi2Cut)
 566                 c->SetGhost(1);
 567             if   (chi2f>fGhostChi2Cut && chi2s>fGhostChi2Cut) {
 568                 // we keep the ghost
 569                 c->SetGhost(2);
 570                 chi2s=-1;
 571                 chi2f=-1;
 572             }
 573             if (chi2f<=fGhostChi2Cut)
 574                 Split(c);
 575             if (chi2s<=fGhostChi2Cut) {
 576                 // retreive saved values
 577                 for (Int_t i=0;i<2;i++) {
 578                     fXFit[i]=sXFit[i];
 579                     fYFit[i]=sYFit[i];
 580                     fQrFit[i]=sQrFit[i];
 581                     fChi2[i]=sChi2[i];
 582                 }
 583                 Split(c);
 584             }
 585             c->SetGhost(0);
 586         }
 587
 588     } else if (fNLocal[0]==2 &&  fNLocal[1]==1) {
 589 //  ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 590 //  (3) Two local maxima on cathode 1 and one maximum on cathode 2
 591 //  ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 592 //
 593         Float_t xm[4][2], ym[4][2];
 594         Float_t dpx, dpy, dx, dy;
 595         Int_t ixm[4][2], iym[4][2];
 596         Int_t isec, im1, ico;
 597 //
 598 //  Form the 2x2 combinations
 599 //  0-0, 0-1, 1-0, 1-1
 600         ico=0;
 601         for (im1=0; im1<2; im1++) {
 602             xm[ico][0]=fX[fIndLocal[im1][0]][0];
 603             ym[ico][0]=fY[fIndLocal[im1][0]][0];
 604             xm[ico][1]=fX[fIndLocal[0][1]][1];
 605             ym[ico][1]=fY[fIndLocal[0][1]][1];
 606
 607             ixm[ico][0]=fIx[fIndLocal[im1][0]][0];
 608             iym[ico][0]=fIy[fIndLocal[im1][0]][0];
 609             ixm[ico][1]=fIx[fIndLocal[0][1]][1];
 610             iym[ico][1]=fIy[fIndLocal[0][1]][1];
 611             ico++;
 612         }
 613 // ico = 0 : first local maximum on cathodes 1 and 2
 614 // ico = 1 : second local maximum on cathode 1 and first on cathode 2
 615
 616 // Analyse the combinations and keep those that are possible !
 617 // For each combination check consistency in x and y
 618         Int_t iacc;
 619         Bool_t accepted[4];
 620         iacc=0;
 621         // In case of staggering maxima are displaced by exactly half the pad-size in y.
 622         // We have to take into account the numerical precision in the consistency check;
 623
 624         Float_t eps = 1.e-5;
 625
 626         for (ico=0; ico<2; ico++) {
 627             accepted[ico]=kFALSE;
 628             isec=fSeg[0]->Sector(ixm[ico][0], iym[ico][0]);
 629             dpx=fSeg[0]->Dpx(isec)/2.;
 630             dx=TMath::Abs(xm[ico][0]-xm[ico][1]);
 631             isec=fSeg[1]->Sector(ixm[ico][1], iym[ico][1]);
 632             dpy=fSeg[1]->Dpy(isec)/2.;
 633             dy=TMath::Abs(ym[ico][0]-ym[ico][1]);
 634             AliDebug(2,Form("\n %i %f %f %f %f \n", ico, ym[ico][0], ym[ico][1], dy, dpy ));
 635             if ((dx <= dpx) && (dy <= dpy+eps)) {
 636                 // consistent
 637                 accepted[ico]=kTRUE;
 638                 iacc++;
 639             } else {
 640                 // reject
 641                 accepted[ico]=kFALSE;
 642             }
 643         }
 644
 645         Float_t chi21 = 100;
 646         Float_t chi22 = 100;
 647         Float_t chi23 = 100;
 648
 649         //  Initial value for charge ratios
 650         fQrInit[0]=Float_t(fQ[fIndLocal[0][0]][0])/
 651             Float_t(fQ[fIndLocal[0][0]][0]+fQ[fIndLocal[1][0]][0]);
 652         fQrInit[1]=fQrInit[0];
 653
 654         if (accepted[0] && accepted[1]) {
 655
 656             fXInit[0]=0.5*(xm[0][1]+xm[0][0]);
 657             fYInit[0]=ym[0][0];
 658             fXInit[1]=0.5*(xm[0][1]+xm[1][0]);
 659             fYInit[1]=ym[1][0];
 660             fQrInit[0]=0.5;
 661             fQrInit[1]=0.5;
 662             chi23=CombiDoubleMathiesonFit(c);
 663             if (chi23<10) {
 664                 Split(c);
 665                 Float_t yst;
 666                 yst = fYFit[0];
 667                 fYFit[0] = fYFit[1];
 668                 fYFit[1] = yst;
 669                 Split(c);
 670             }
 671         } else if (accepted[0]) {
 672             fXInit[0]=xm[0][1];
 673             fYInit[0]=ym[0][0];
 674             fXInit[1]=xm[1][0];
 675             fYInit[1]=ym[1][0];
 676             chi21=CombiDoubleMathiesonFit(c);
 677 //          Int_t ndf = fgNbins[0]+fgNbins[1]-6;
 678 //          Float_t prob = TMath::Prob(chi2,ndf);
 679 //          prob2->Fill(prob);
 680 //          chi2_2->Fill(chi21);
 681             AliDebug(1,Form(" chi2 %f\n",chi21));
 682             if (chi21<10) Split(c);
 683         } else if (accepted[1]) {
 684             fXInit[0]=xm[1][1];
 685             fYInit[0]=ym[1][0];
 686             fXInit[1]=xm[0][0];
 687             fYInit[1]=ym[0][0];
 688             chi22=CombiDoubleMathiesonFit(c);
 689 //          Int_t ndf = fgNbins[0]+fgNbins[1]-6;
 690 //          Float_t prob = TMath::Prob(chi2,ndf);
 691 //          prob2->Fill(prob);
 692 //          chi2_2->Fill(chi22);
 693             AliDebug(1,Form(" chi2 %f\n",chi22));
 694             if (chi22<10) Split(c);
 695         }
 696
 697         if (chi21 > 10 && chi22 > 10 && chi23 > 10) {
 698 // We keep only the combination found (X->cathode 2, Y->cathode 1)
 699             for (Int_t ico=0; ico<2; ico++) {
 700                 if (accepted[ico]) {
 701                     AliMUONRawCluster cnew;
 702                     Int_t cath;
 703                     for (cath=0; cath<2; cath++) {
 704                         cnew.SetX(cath, Float_t(xm[ico][1]));
 705                         cnew.SetY(cath, Float_t(ym[ico][0]));
 706                         cnew.SetZ(cath, fZPlane);
 707                         cnew.SetMultiplicity(cath, c->GetMultiplicity(cath));
 708                         for (i=0; i<fMul[cath]; i++) {
 709                             cnew.SetIndex(i, cath, c->GetIndex(i, cath));
 710                             fSeg[cath]->SetPad(fIx[i][cath], fIy[i][cath]);
 711                         }
 712                         AliDebug(1,Form("\nRawCluster %d cath %d\n",ico,cath));
 713                         AliDebug(1,Form("mult_av %d\n",c->GetMultiplicity(cath)));
 714
 715                         FillCluster(&cnew,cath);
 716                     }
 717                     cnew.SetClusterType(cnew.PhysicsContribution());
 718                     AddRawCluster(cnew);
 719                     fNPeaks++;
 720                 }
 721             }
 722         }
 723
 724 //  +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 725 //  (3') One local maximum on cathode 1 and two maxima on cathode 2
 726 //  +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 727     } else if (fNLocal[0]==1 && fNLocal[1]==2) {
 728         Float_t xm[4][2], ym[4][2];
 729         Float_t dpx, dpy, dx, dy;
 730         Int_t ixm[4][2], iym[4][2];
 731         Int_t isec, im1, ico;
 732 //
 733 //  Form the 2x2 combinations
 734 //  0-0, 0-1, 1-0, 1-1
 735         ico=0;
 736         for (im1=0; im1<2; im1++) {
 737             xm[ico][0]=fX[fIndLocal[0][0]][0];
 738             ym[ico][0]=fY[fIndLocal[0][0]][0];
 739             xm[ico][1]=fX[fIndLocal[im1][1]][1];
 740             ym[ico][1]=fY[fIndLocal[im1][1]][1];
 741
 742             ixm[ico][0]=fIx[fIndLocal[0][0]][0];
 743             iym[ico][0]=fIy[fIndLocal[0][0]][0];
 744             ixm[ico][1]=fIx[fIndLocal[im1][1]][1];
 745             iym[ico][1]=fIy[fIndLocal[im1][1]][1];
 746             ico++;
 747         }
 748 // ico = 0 : first local maximum on cathodes 1 and 2
 749 // ico = 1 : first local maximum on cathode 1 and second on cathode 2
 750
 751 // Analyse the combinations and keep those that are possible !
 752 // For each combination check consistency in x and y
 753         Int_t iacc;
 754         Bool_t accepted[4];
 755         iacc=0;
 756         // In case of staggering maxima are displaced by exactly half the pad-size in y.
 757         // We have to take into account the numerical precision in the consistency check;
 758         Float_t eps = 1.e-5;
 759
 760
 761         for (ico=0; ico<2; ico++) {
 762             accepted[ico]=kFALSE;
 763             isec=fSeg[0]->Sector(ixm[ico][0], iym[ico][0]);
 764             dpx=fSeg[0]->Dpx(isec)/2.;
 765             dx=TMath::Abs(xm[ico][0]-xm[ico][1]);
 766             isec=fSeg[1]->Sector(ixm[ico][1], iym[ico][1]);
 767             dpy=fSeg[1]->Dpy(isec)/2.;
 768             dy=TMath::Abs(ym[ico][0]-ym[ico][1]);
 769             AliDebug(1,Form("\n %i %f %f %f %f \n", ico, ym[ico][0], ym[ico][1], dy, dpy ));
 770             if ((dx <= dpx) && (dy <= dpy+eps)) {
 771                 // consistent
 772                 accepted[ico]=kTRUE;
 773                 AliDebug(1,Form("ico %d\n",ico));
 774                 iacc++;
 775             } else {
 776                 // reject
 777                 accepted[ico]=kFALSE;
 778             }
 779         }
 780
 781         Float_t chi21 = 100;
 782         Float_t chi22 = 100;
 783         Float_t chi23 = 100;
 784
 785         fQrInit[1]=Float_t(fQ[fIndLocal[0][1]][1])/
 786             Float_t(fQ[fIndLocal[0][1]][1]+fQ[fIndLocal[1][1]][1]);
 787
 788         fQrInit[0]=fQrInit[1];
 789
 790
 791         if (accepted[0] && accepted[1]) {
 792             fXInit[0]=xm[0][1];
 793             fYInit[0]=0.5*(ym[0][0]+ym[0][1]);
 794             fXInit[1]=xm[1][1];
 795             fYInit[1]=0.5*(ym[0][0]+ym[1][1]);
 796             fQrInit[0]=0.5;
 797             fQrInit[1]=0.5;
 798             chi23=CombiDoubleMathiesonFit(c);
 799             if (chi23<10) {
 800                 Split(c);
 801                 Float_t yst;
 802                 yst = fYFit[0];
 803                 fYFit[0] = fYFit[1];
 804                 fYFit[1] = yst;
 805                 Split(c);
 806             }
 807         } else if (accepted[0]) {
 808             fXInit[0]=xm[0][0];
 809             fYInit[0]=ym[0][1];
 810             fXInit[1]=xm[1][1];
 811             fYInit[1]=ym[1][1];
 812             chi21=CombiDoubleMathiesonFit(c);
 813 //          Int_t ndf = fgNbins[0]+fgNbins[1]-6;
 814 //          Float_t prob = TMath::Prob(chi2,ndf);
 815 //          prob2->Fill(prob);
 816 //          chi2_2->Fill(chi21);
 817             AliDebug(1,Form(" chi2 %f\n",chi21));
 818             if (chi21<10) Split(c);
 819         } else if (accepted[1]) {
 820             fXInit[0]=xm[1][0];
 821             fYInit[0]=ym[1][1];
 822             fXInit[1]=xm[0][1];
 823             fYInit[1]=ym[0][1];
 824             chi22=CombiDoubleMathiesonFit(c);
 825 //          Int_t ndf = fgNbins[0]+fgNbins[1]-6;
 826 //          Float_t prob = TMath::Prob(chi2,ndf);
 827 //          prob2->Fill(prob);
 828 //          chi2_2->Fill(chi22);
 829             AliDebug(1,Form(" chi2 %f\n",chi22));
 830             if (chi22<10) Split(c);
 831         }
 832
 833         if (chi21 > 10 && chi22 > 10 && chi23 > 10) {
 834 //We keep only the combination found (X->cathode 2, Y->cathode 1)
 835             for (Int_t ico=0; ico<2; ico++) {
 836                 if (accepted[ico]) {
 837                     AliMUONRawCluster cnew;
 838                     Int_t cath;
 839                     for (cath=0; cath<2; cath++) {
 840                         cnew.SetX(cath, Float_t(xm[ico][1]));
 841                         cnew.SetY(cath, Float_t(ym[ico][0]));
 842                         cnew.SetZ(cath, fZPlane);
 843                         cnew.SetMultiplicity(cath, c->GetMultiplicity(cath));
 844                         for (i=0; i<fMul[cath]; i++) {
 845                             cnew.SetIndex(i, cath, c->GetIndex(i, cath));
 846                             fSeg[cath]->SetPad(fIx[i][cath], fIy[i][cath]);
 847                         }
 848                         AliDebug(1,Form("\nRawCluster %d cath %d\n",ico,cath));
 849                         AliDebug(1,Form("mult_av %d\n",c->GetMultiplicity(cath)));
 850                         FillCluster(&cnew,cath);
 851                     }
 852                     cnew.SetClusterType(cnew.PhysicsContribution());
 853                     AddRawCluster(cnew);
 854                     fNPeaks++;
 855                 }
 856             }
 857         }
 858
 859 //  ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 860 //  (4) At least three local maxima on cathode 1 or on cathode 2
 861 //  ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 862     } else if (fNLocal[0]>2 || fNLocal[1]>2) {
 863         Int_t param = fNLocal[0]*fNLocal[1];
 864         Int_t ii;
 865
 866         Float_t ** xm = new Float_t * [param];
 867         for (ii=0; ii<param; ii++) xm[ii]=new Float_t [2];
 868         Float_t ** ym = new Float_t * [param];
 869         for (ii=0; ii<param; ii++) ym[ii]=new Float_t [2];
 870         Int_t ** ixm = new Int_t * [param];
 871         for (ii=0; ii<param; ii++) ixm[ii]=new Int_t [2];
 872         Int_t ** iym = new Int_t * [param];
 873         for (ii=0; ii<param; ii++) iym[ii]=new Int_t [2];
 874
 875         Int_t isec, ico;
 876         Float_t dpx, dpy, dx, dy;
 877
 878         ico=0;
 879         for (Int_t im1=0; im1<fNLocal[0]; im1++) {
 880             for (Int_t im2=0; im2<fNLocal[1]; im2++) {
 881                 xm[ico][0]=fX[fIndLocal[im1][0]][0];
 882                 ym[ico][0]=fY[fIndLocal[im1][0]][0];
 883                 xm[ico][1]=fX[fIndLocal[im2][1]][1];
 884                 ym[ico][1]=fY[fIndLocal[im2][1]][1];
 885
 886                 ixm[ico][0]=fIx[fIndLocal[im1][0]][0];
 887                 iym[ico][0]=fIy[fIndLocal[im1][0]][0];
 888                 ixm[ico][1]=fIx[fIndLocal[im2][1]][1];
 889                 iym[ico][1]=fIy[fIndLocal[im2][1]][1];
 890                 ico++;
 891             }
 892         }
 893
 894         Int_t nIco = ico;
 895         AliDebug(1,Form("nIco %d\n",nIco));
 896         for (ico=0; ico<nIco; ico++) {
 897             AliDebug(1,Form("ico = %d\n",ico));
 898             isec=fSeg[0]->Sector(ixm[ico][0], iym[ico][0]);
 899             dpx=fSeg[0]->Dpx(isec)/2.;
 900             dx=TMath::Abs(xm[ico][0]-xm[ico][1]);
 901             isec=fSeg[1]->Sector(ixm[ico][1], iym[ico][1]);
 902             dpy=fSeg[1]->Dpy(isec)/2.;
 903             dy=TMath::Abs(ym[ico][0]-ym[ico][1]);
 904                 AliDebug(1,Form("dx %f dpx %f dy %f dpy %f\n",dx,dpx,dy,dpy));
 905                 AliDebug(1,Form("  X %f Y %f\n",xm[ico][1],ym[ico][0]));
 906             if ((dx <= dpx) && (dy <= dpy)) {
 907                         AliDebug(1,"ok\n");
 908                 Int_t cath;
 909                 AliMUONRawCluster cnew;
 910                 for (cath=0; cath<2; cath++) {
 911                     cnew.SetX(cath, Float_t(xm[ico][1]));
 912                     cnew.SetY(cath, Float_t(ym[ico][0]));
 913                     cnew.SetZ(cath, fZPlane);
 914                     cnew.SetMultiplicity(cath, c->GetMultiplicity(cath));
 915                     for (i=0; i<fMul[cath]; i++) {
 916                         cnew.SetIndex(i, cath, c->GetIndex(i, cath));
 917                         fSeg[cath]->SetPad(fIx[i][cath], fIy[i][cath]);
 918                     }
 919                     FillCluster(&cnew,cath);
 920                 }
 921                 cnew.SetClusterType(cnew.PhysicsContribution());
 922                 AddRawCluster(cnew);
 923                 fNPeaks++;
 924             }
 925         }
 926         delete [] xm;
 927         delete [] ym;
 928         delete [] ixm;
 929         delete [] iym;
 930     }
 931 }
 932
 933 void AliMUONClusterFinderVS::FindLocalMaxima(AliMUONRawCluster* /*c*/)
 934 {
 935 // Find all local maxima of a cluster
 936     AliDebug(1,"\n Find Local maxima  !");
 937
 938     AliMUONDigit* digt;
 939
 940     Int_t cath, cath1; // loops over cathodes
 941     Int_t i;           // loops over digits
 942     Int_t j;           // loops over cathodes
 943 //
 944 //  Find local maxima
 945 //
 946 //  counters for number of local maxima
 947     fNLocal[0]=fNLocal[1]=0;
 948 //  flags digits as local maximum
 949     Bool_t isLocal[100][2];
 950     for (i=0; i<100;i++) {
 951         isLocal[i][0]=isLocal[i][1]=kFALSE;
 952     }
 953 //  number of next neighbours and arrays to store them
 954     Int_t nn;
 955     Int_t x[10], y[10];
 956 // loop over cathodes
 957     for (cath=0; cath<2; cath++) {
 958 // loop over cluster digits
 959         for (i=0; i<fMul[cath]; i++) {
 960 // get neighbours for that digit and assume that it is local maximum
 961             fSeg[cath]->Neighbours(fIx[i][cath], fIy[i][cath], &nn, x, y);
 962             isLocal[i][cath]=kTRUE;
 963             Int_t isec= fSeg[cath]->Sector(fIx[i][cath], fIy[i][cath]);
 964             Float_t a0 = fSeg[cath]->Dpx(isec)*fSeg[cath]->Dpy(isec);
 965 // loop over next neighbours, if at least one neighbour has higher charger assumption
 966 // digit is not local maximum
 967             for (j=0; j<nn; j++) {
 968                 if (fHitMap[cath]->TestHit(x[j], y[j])==kEmpty) continue;
 969                 digt=(AliMUONDigit*) fHitMap[cath]->GetHit(x[j], y[j]);
 970                 isec=fSeg[cath]->Sector(x[j], y[j]);
 971                 Float_t a1 = fSeg[cath]->Dpx(isec)*fSeg[cath]->Dpy(isec);
 972                 if (digt->Signal()/a1 > fQ[i][cath]/a0) {
 973                     isLocal[i][cath]=kFALSE;
 974                     break;
 975 //
 976 // handle special case of neighbouring pads with equal signal
 977                 } else if (digt->Signal() == fQ[i][cath]) {
 978                     if (fNLocal[cath]>0) {
 979                         for (Int_t k=0; k<fNLocal[cath]; k++) {
 980                             if (x[j]==fIx[fIndLocal[k][cath]][cath]
 981                                 && y[j]==fIy[fIndLocal[k][cath]][cath])
 982                             {
 983                                 isLocal[i][cath]=kFALSE;
 984                             }
 985                         } // loop over local maxima
 986                     } // are there already local maxima
 987                 } // same charge ?
 988             } // loop over next neighbours
 989             if (isLocal[i][cath]) {
 990                 fIndLocal[fNLocal[cath]][cath]=i;
 991                 fNLocal[cath]++;
 992             }
 993         } // loop over all digits
 994     } // loop over cathodes
 995
 996     AliDebug(1,Form("\n Found %d %d %d %d local Maxima\n",
 997                fNLocal[0], fNLocal[1], fMul[0], fMul[1]));
 998         AliDebug(1,Form("\n Cathode 1 local Maxima %d Multiplicite %d\n",fNLocal[0], fMul[0]));
 999         AliDebug(1,Form(" Cathode 2 local Maxima %d Multiplicite %d\n",fNLocal[1], fMul[1]));
1000     Int_t ix, iy, isec;
1001     Float_t dpx, dpy;
1002
1003
1004     if (fNLocal[1]==2 &&  (fNLocal[0]==1 || fNLocal[0]==0)) {
1005         Int_t iback=fNLocal[0];
1006
1007 //  Two local maxima on cathode 2 and one maximum on cathode 1
1008 //  Look for local maxima considering up and down neighbours on the 1st cathode only
1009 //
1010 //  Loop over cluster digits
1011         cath=0;
1012         cath1=1;
1013
1014         for (i=0; i<fMul[cath]; i++) {
1015             isec=fSeg[cath]->Sector(fIx[i][cath],fIy[i][cath]);
1016             dpy=fSeg[cath]->Dpy(isec);
1017             dpx=fSeg[cath]->Dpx(isec);
1018             if (isLocal[i][cath]) continue;
1019 // Pad position should be consistent with position of local maxima on the opposite cathode
1020             if ((TMath::Abs(fX[i][cath]-fX[fIndLocal[0][cath1]][cath1]) > dpx/2.) &&
1021                 (TMath::Abs(fX[i][cath]-fX[fIndLocal[1][cath1]][cath1]) > dpx/2.))
1022                 continue;
1023
1024 // get neighbours for that digit and assume that it is local maximum
1025             isLocal[i][cath]=kTRUE;
1026 // compare signal to that on the two neighbours on the left and on the right
1027 // iNN counts the number of neighbours with signal, it should be 1 or 2
1028             Int_t iNN=0;
1029
1030             for (fSeg[cath]
1031                      ->FirstPad(fX[i][cath], fY[i][cath], fZPlane, 0., dpy);
1032                  fSeg[cath]
1033                      ->MorePads();
1034                  fSeg[cath]
1035                      ->NextPad())
1036             {
1037                 ix = fSeg[cath]->Ix();
1038                 iy = fSeg[cath]->Iy();
1039                 // skip the current pad
1040                 if (iy == fIy[i][cath]) continue;
1041
1042                 if (fHitMap[cath]->TestHit(ix, iy)!=kEmpty) {
1043                     iNN++;
1044                     digt=(AliMUONDigit*) fHitMap[cath]->GetHit(ix,iy);
1045                     if (digt->Signal() > fQ[i][cath]) isLocal[i][cath]=kFALSE;
1046                 }
1047             } // Loop over pad neighbours in y
1048             if (isLocal[i][cath] && iNN>0) {
1049                 fIndLocal[fNLocal[cath]][cath]=i;
1050                 fNLocal[cath]++;
1051             }
1052         } // loop over all digits
1053 // if one additional maximum has been found we are happy
1054 // if more maxima have been found restore the previous situation
1055         AliDebug(1,Form("\n New search gives %d local maxima for cathode 1 \n",
1056                     fNLocal[0]));
1057         AliDebug(1,Form("                  %d local maxima for cathode 2 \n",
1058                     fNLocal[1]));
1059         if (fNLocal[cath]>2) {
1060             fNLocal[cath]=iback;
1061         }
1062
1063     } // 1,2 local maxima
1064
1065     if (fNLocal[0]==2 &&  (fNLocal[1]==1 || fNLocal[1]==0)) {
1066         Int_t iback=fNLocal[1];
1067
1068 //  Two local maxima on cathode 1 and one maximum on cathode 2
1069 //  Look for local maxima considering left and right neighbours on the 2nd cathode only
1070         cath=1;
1071         Int_t cath1 = 0;
1072         Float_t eps = 1.e-5;
1073
1074 //
1075 //  Loop over cluster digits
1076         for (i=0; i<fMul[cath]; i++) {
1077             isec=fSeg[cath]->Sector(fIx[i][cath],fIy[i][cath]);
1078             dpx=fSeg[cath]->Dpx(isec);
1079             dpy=fSeg[cath]->Dpy(isec);
1080             if (isLocal[i][cath]) continue;
1081 // Pad position should be consistent with position of local maxima on the opposite cathode
1082             if ((TMath::Abs(fY[i][cath]-fY[fIndLocal[0][cath1]][cath1]) > dpy/2.+eps) &&
1083                 (TMath::Abs(fY[i][cath]-fY[fIndLocal[1][cath1]][cath1]) > dpy/2.+eps))
1084                 continue;
1085
1086 //
1087 // get neighbours for that digit and assume that it is local maximum
1088             isLocal[i][cath]=kTRUE;
1089 // compare signal to that on the two neighbours on the left and on the right
1090
1091 // iNN counts the number of neighbours with signal, it should be 1 or 2
1092             Int_t iNN=0;
1093             for (fSeg[cath]
1094                      ->FirstPad(fX[i][cath], fY[i][cath], fZPlane, dpx, 0.);
1095                  fSeg[cath]
1096                      ->MorePads();
1097                  fSeg[cath]
1098                      ->NextPad())
1099             {
1100
1101                 ix = fSeg[cath]->Ix();
1102                 iy = fSeg[cath]->Iy();
1103
1104                 // skip the current pad
1105                 if (ix == fIx[i][cath]) continue;
1106
1107                 if (fHitMap[cath]->TestHit(ix, iy)!=kEmpty) {
1108                     iNN++;
1109                     digt=(AliMUONDigit*) fHitMap[cath]->GetHit(ix,iy);
1110                     if (digt->Signal() > fQ[i][cath]) isLocal[i][cath]=kFALSE;
1111                 }
1112             } // Loop over pad neighbours in x
1113             if (isLocal[i][cath] && iNN>0) {
1114                 fIndLocal[fNLocal[cath]][cath]=i;
1115                 fNLocal[cath]++;
1116             }
1117         } // loop over all digits
1118 // if one additional maximum has been found we are happy
1119 // if more maxima have been found restore the previous situation
1120         AliDebug(1,Form("\n New search gives %d local maxima for cathode 1 \n",fNLocal[0]));
1121         AliDebug(1,Form("\n                  %d local maxima for cathode 2 \n",fNLocal[1]));
1122         AliDebug(1,Form("\n New search gives %d %d \n",fNLocal[0],fNLocal[1]));
1123         if (fNLocal[cath]>2) {
1124             fNLocal[cath]=iback;
1125         }
1126     } // 2,1 local maxima
1127 }
1128
1129
1130 void  AliMUONClusterFinderVS::FillCluster(AliMUONRawCluster* c, Int_t flag, Int_t cath)
1131 {
1132 //
1133 //  Completes cluster information starting from list of digits
1134 //
1135     AliMUONDigit* dig;
1136     Float_t x, y, z;
1137     Int_t  ix, iy;
1138
1139     if (cath==1) {
1140         c->SetPeakSignal(cath,c->GetPeakSignal(0));
1141     } else {
1142         c->SetPeakSignal(cath,0);
1143     }
1144
1145
1146     if (flag) {
1147         c->SetX(cath,0.);
1148         c->SetY(cath,0.);
1149         c->SetCharge(cath,0);
1150     }
1151
1152     AliDebug(1,Form("\n fPeakSignal %d\n",c->GetPeakSignal(cath)));
1153     for (Int_t i=0; i<c->GetMultiplicity(cath); i++)
1154     {
1155         dig= fInput->Digit(cath,c->GetIndex(i,cath));
1156         ix=dig->PadX()+c->GetOffset(i,cath);
1157         iy=dig->PadY();
1158         Int_t q=dig->Signal();
1159         if (!flag) q=Int_t(q*c->GetContrib(i,cath));
1160 //      fprintf(stderr,"q %d c->fPeakSignal[ %d ] %d\n",q,cath,c->fPeakSignal[cath]);
1161         if (dig->Physics() >= dig->Signal()) {
1162             c->SetPhysics(i,2);
1163         } else if (dig->Physics() == 0) {
1164             c->SetPhysics(i,0);
1165         } else  c->SetPhysics(i,1);
1166 //
1167 //
1168         AliDebug(2,Form("q %d c->fPeakSignal[cath] %d\n",q,c->GetPeakSignal(cath)));
1169 // peak signal and track list
1170         if (q>c->GetPeakSignal(cath)) {
1171             c->SetPeakSignal(cath, q);
1172             c->SetTrack(0,dig->Hit());
1173             c->SetTrack(1,dig->Track(0));
1174             c->SetTrack(2,dig->Track(1));
1175 //          fprintf(stderr," c->fTracks[0] %d c->fTracks[1] %d\n",dig->fHit,dig->fTracks[0]);
1176         }
1177 //
1178         if (flag) {
1179             fSeg[cath]->GetPadC(ix, iy, x, y, z);
1180             c->AddX(cath, q*x);
1181             c->AddY(cath, q*y);
1182             c->AddCharge(cath, q);
1183         }
1184     } // loop over digits
1185     AliDebug(1," fin du cluster c\n");
1186
1187
1188     if (flag) {
1189         c->SetX(cath, c->GetX(cath)/c->GetCharge(cath));
1190 // Force on anod
1191         c->SetX(cath, fSeg[cath]->GetAnod(c->GetX(cath)));
1192         c->SetY(cath, c->GetY(cath)/c->GetCharge(cath));
1193 //
1194 //  apply correction to the coordinate along the anode wire
1195 //
1196         x=c->GetX(cath);
1197         y=c->GetY(cath);
1198         fSeg[cath]->GetPadI(x, y, fZPlane, ix, iy);
1199         fSeg[cath]->GetPadC(ix, iy, x, y, z);
1200         Int_t isec=fSeg[cath]->Sector(ix,iy);
1201         TF1* cogCorr = fSeg[cath]->CorrFunc(isec-1);
1202
1203         if (cogCorr) {
1204             Float_t yOnPad=(c->GetY(cath)-y)/fSeg[cath]->Dpy(isec);
1205             c->SetY(cath, c->GetY(cath)-cogCorr->Eval(yOnPad, 0, 0));
1206         }
1207     }
1208 }
1209
1210 void  AliMUONClusterFinderVS::FillCluster(AliMUONRawCluster* c, Int_t cath)
1211 {
1212 //
1213 //  Completes cluster information starting from list of digits
1214 //
1215     static Float_t dr0;
1216
1217     AliMUONDigit* dig;
1218
1219     if (cath==0) {
1220         dr0 = 10000;
1221     }
1222
1223     Float_t xpad, ypad, zpad;
1224     Float_t dx, dy, dr;
1225
1226     for (Int_t i=0; i<c->GetMultiplicity(cath); i++)
1227     {
1228         dig = fInput->Digit(cath,c->GetIndex(i,cath));
1229         fSeg[cath]->
1230         GetPadC(dig->PadX(),dig->PadY(),xpad,ypad, zpad);
1231         AliDebug(1,Form("x %f y %f cx %f cy %f\n",xpad,ypad,c->GetX(0),c->GetY(0)));
1232         dx = xpad - c->GetX(0);
1233         dy = ypad - c->GetY(0);
1234         dr = TMath::Sqrt(dx*dx+dy*dy);
1235
1236         if (dr < dr0) {
1237             dr0 = dr;
1238             AliDebug(1,Form(" dr %f\n",dr));
1239             Int_t q=dig->Signal();
1240             if (dig->Physics() >= dig->Signal()) {
1241                 c->SetPhysics(i,2);
1242             } else if (dig->Physics() == 0) {
1243                 c->SetPhysics(i,0);
1244             } else  c->SetPhysics(i,1);
1245             c->SetPeakSignal(cath,q);
1246             c->SetTrack(0,dig->Hit());
1247             c->SetTrack(1,dig->Track(0));
1248             c->SetTrack(2,dig->Track(1));
1249             AliDebug(1,Form(" c->fTracks[0] %d c->fTracks[1] %d\n",dig->Hit(),
1250                     dig->Track(0)));
1251         }
1252 //
1253     } // loop over digits
1254
1255 //  apply correction to the coordinate along the anode wire
1256 // Force on anod
1257     c->SetX(cath,fSeg[cath]->GetAnod(c->GetX(cath)));
1258 }
1259
1260 void  AliMUONClusterFinderVS::FindCluster(Int_t i, Int_t j, Int_t cath, AliMUONRawCluster &c){
1261
1262
1263 //
1264 //  Find a super cluster on both cathodes
1265 //
1266 //
1267 //  Add i,j as element of the cluster
1268 //
1269
1270     Int_t idx = fHitMap[cath]->GetHitIndex(i,j);
1271     AliMUONDigit* dig = (AliMUONDigit*) fHitMap[cath]->GetHit(i,j);
1272     Int_t q=dig->Signal();
1273     Int_t theX=dig->PadX();
1274     Int_t theY=dig->PadY();
1275
1276     if (q > TMath::Abs(c.GetPeakSignal(0)) && q > TMath::Abs(c.GetPeakSignal(1))) {
1277         c.SetPeakSignal(cath,q);
1278         c.SetTrack(0,dig->Hit());
1279         c.SetTrack(1,dig->Track(0));
1280         c.SetTrack(2,dig->Track(1));
1281     }
1282
1283 //
1284 //  Make sure that list of digits is ordered
1285 //
1286     Int_t mu=c.GetMultiplicity(cath);
1287     c.SetIndex(mu, cath, idx);
1288
1289     if (dig->Physics() >= dig->Signal()) {
1290         c.SetPhysics(mu,2);
1291     } else if (dig->Physics() == 0) {
1292         c.SetPhysics(mu,0);
1293     } else  c.SetPhysics(mu,1);
1294
1295
1296     if (mu > 0) {
1297         for (Int_t ind = mu-1; ind >= 0; ind--) {
1298             Int_t ist=c.GetIndex(ind,cath);
1299             Int_t ql=fInput->Digit(cath, ist)->Signal();
1300             Int_t ix=fInput->Digit(cath, ist)->PadX();
1301             Int_t iy=fInput->Digit(cath, ist)->PadY();
1302
1303             if (q>ql || (q==ql && theX > ix && theY < iy)) {
1304                 c.SetIndex(ind, cath, idx);
1305                 c.SetIndex(ind+1, cath, ist);
1306             } else {
1307
1308                 break;
1309             }
1310         }
1311     }
1312
1313     c.SetMultiplicity(cath, c.GetMultiplicity(cath)+1);
1314     if (c.GetMultiplicity(cath) >= 50 ) {
1315       AliDebug(1,Form("FindCluster - multiplicity >50  %d \n",c.GetMultiplicity(0)));
1316         c.SetMultiplicity(cath, 49);
1317     }
1318
1319 // Prepare center of gravity calculation
1320     Float_t x, y, z;
1321     fSeg[cath]->GetPadC(i, j, x, y, z);
1322
1323     c.AddX(cath,q*x);
1324     c.AddY(cath,q*y);
1325     c.AddCharge(cath,q);
1326 //
1327 // Flag hit as "taken"
1328     fHitMap[cath]->FlagHit(i,j);
1329 //
1330 //  Now look recursively for all neighbours and pad hit on opposite cathode
1331 //
1332 //  Loop over neighbours
1333     Int_t ix,iy;
1334     ix=iy=0;
1335     Int_t nn;
1336     Int_t xList[10], yList[10];
1337     fSeg[cath]->Neighbours(i,j,&nn,xList,yList);
1338     for (Int_t in=0; in<nn; in++) {
1339         ix=xList[in];
1340         iy=yList[in];
1341
1342         if (fHitMap[cath]->TestHit(ix,iy)==kUnused) {
1343             AliDebug(2,Form("\n Neighbours %d %d %d", cath, ix, iy));
1344             FindCluster(ix, iy, cath, c);
1345         }
1346
1347    }
1348     Int_t nOpp=0;
1349     Int_t iXopp[50], iYopp[50];
1350
1351 //  Neighbours on opposite cathode
1352 //  Take into account that several pads can overlap with the present pad
1353     Int_t isec=fSeg[cath]->Sector(i,j);
1354     Int_t iop;
1355     Float_t dx, dy;
1356
1357     if (cath==0) {
1358         iop = 1;
1359         dx  = (fSeg[cath]->Dpx(isec))/2.;
1360         dy  = 0.;
1361     } else {
1362         iop = 0;
1363         dx  = 0.;
1364         dy  = (fSeg[cath]->Dpy(isec))/2;
1365     }
1366 // loop over pad neighbours on opposite cathode
1367     for (fSeg[iop]->FirstPad(x, y, fZPlane, dx, dy);
1368          fSeg[iop]->MorePads();
1369          fSeg[iop]->NextPad())
1370     {
1371
1372         ix = fSeg[iop]->Ix(); iy = fSeg[iop]->Iy();
1373         AliDebug(2,Form("\n ix, iy: %f %f %f %d %d %d", x,y,z,ix, iy, fSector));
1374         if (fHitMap[iop]->TestHit(ix,iy)==kUnused){
1375             iXopp[nOpp]=ix;
1376             iYopp[nOpp++]=iy;
1377             AliDebug(2,Form("\n Opposite %d %d %d", iop, ix, iy));
1378         }
1379
1380     } // Loop over pad neighbours
1381 //  This had to go outside the loop since recursive calls inside the iterator are not possible
1382 //
1383     Int_t jopp;
1384     for (jopp=0; jopp<nOpp; jopp++) {
1385         if (fHitMap[iop]->TestHit(iXopp[jopp],iYopp[jopp]) == kUnused)
1386             FindCluster(iXopp[jopp], iYopp[jopp], iop, c);
1387     }
1388 }
1389
1390 //_____________________________________________________________________________
1391
1392 void AliMUONClusterFinderVS::FindRawClusters()
1393 {
1394   //
1395   // MUON cluster finder from digits -- finds neighbours on both cathodes and
1396   // fills the tree with raw clusters
1397   //
1398
1399     ResetRawClusters();
1400 //  Return if no input datad available
1401     if (!fInput->NDigits(0) && !fInput->NDigits(1)) return;
1402
1403     fSeg[0] = fInput->Segmentation(0);
1404     fSeg[1] = fInput->Segmentation(1);
1405
1406     fHitMap[0]  = new AliMUONHitMapA1(fSeg[0], fInput->Digits(0));
1407     fHitMap[1]  = new AliMUONHitMapA1(fSeg[1], fInput->Digits(1));
1408
1409
1410     AliMUONDigit *dig;
1411
1412     Int_t ndig, cath;
1413     Int_t nskip=0;
1414     Int_t ncls=0;
1415     fHitMap[0]->FillHits();
1416     fHitMap[1]->FillHits();
1417 //
1418 //  Outer Loop over Cathodes
1419     for (cath=0; cath<2; cath++) {
1420         for (ndig=0; ndig<fInput->NDigits(cath); ndig++) {
1421             dig = fInput->Digit(cath, ndig);
1422             Int_t i=dig->PadX();
1423             Int_t j=dig->PadY();
1424             if (fHitMap[cath]->TestHit(i,j)==kUsed ||fHitMap[0]->TestHit(i,j)==kEmpty) {
1425                 nskip++;
1426                 continue;
1427             }
1428             AliDebug(1,Form("\n CATHODE %d CLUSTER %d\n",cath,ncls));
1429             AliMUONRawCluster c;
1430             c.SetMultiplicity(0, 0);
1431             c.SetMultiplicity(1, 0);
1432             c.SetPeakSignal(cath,dig->Signal());
1433             c.SetTrack(0, dig->Hit());
1434             c.SetTrack(1, dig->Track(0));
1435             c.SetTrack(2, dig->Track(1));
1436             // tag the beginning of cluster list in a raw cluster
1437             c.SetNcluster(0,-1);
1438             Float_t xcu, ycu;
1439             fSeg[cath]->GetPadC(i,j,xcu, ycu, fZPlane);
1440             fSector= fSeg[cath]->Sector(i,j)/100;
1441             AliDebug(1,Form("\n New Seed %d %d ", i,j));
1442
1443
1444             FindCluster(i,j,cath,c);
1445 //          ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
1446             // center of gravity
1447             if (c.GetX(0)!=0.) c.SetX(0, c.GetX(0)/c.GetCharge(0)); // c.fX[0] /= c.fQ[0];
1448 // Force on anod
1449             c.SetX(0,fSeg[0]->GetAnod(c.GetX(0)));
1450             if (c.GetY(0)!=0.) c.SetY(0, c.GetY(0)/c.GetCharge(0)); // c.fY[0] /= c.fQ[0];
1451
1452             if(c.GetCharge(1)!=0.) c.SetX(1, c.GetX(1)/c.GetCharge(1));  // c.fX[1] /= c.fQ[1];
1453
1454            // Force on anod
1455             c.SetX(1, fSeg[0]->GetAnod(c.GetX(1)));
1456             if(c.GetCharge(1)!=0.) c.SetY(1, c.GetY(1)/c.GetCharge(1));// c.fY[1] /= c.fQ[1];
1457
1458             c.SetZ(0, fZPlane);
1459             c.SetZ(1, fZPlane);
1460
1461                 AliDebug(1,Form("\n Cathode 1 multiplicite %d X(CG) %f Y(CG) %f\n",
1462                         c.GetMultiplicity(0),c.GetX(0),c.GetY(0)));
1463                 AliDebug(1,Form(" Cathode 2 multiplicite %d X(CG) %f Y(CG) %f\n",
1464                         c.GetMultiplicity(1),c.GetX(1),c.GetY(1)));
1465 //      Analyse cluster and decluster if necessary
1466 //
1467         ncls++;
1468         c.SetNcluster(1,fNRawClusters);
1469         c.SetClusterType(c.PhysicsContribution());
1470
1471         fNPeaks=0;
1472 //
1473 //
1474         Decluster(&c);
1475 //
1476 //      reset Cluster object
1477         { // begin local scope
1478             for (int k=0;k<c.GetMultiplicity(0);k++) c.SetIndex(k, 0, 0);
1479         } // end local scope
1480
1481         { // begin local scope
1482             for (int k=0;k<c.GetMultiplicity(1);k++) c.SetIndex(k, 1, 0);
1483         } // end local scope
1484
1485         c.SetMultiplicity(0,0);
1486         c.SetMultiplicity(1,0);
1487
1488
1489         } // end loop ndig
1490     } // end loop cathodes
1491     delete fHitMap[0];
1492     delete fHitMap[1];
1493 }
1494
1495 Float_t AliMUONClusterFinderVS::SingleMathiesonFit(AliMUONRawCluster *c, Int_t cath)
1496 {
1497 // Performs a single Mathieson fit on one cathode
1498 //
1499     Double_t arglist[20];
1500     Int_t ierflag=0;
1501     AliMUONClusterInput& clusterInput = *(AliMUONClusterInput::Instance());
1502
1503     clusterInput.Fitter()->SetFCN(fcnS1);
1504     clusterInput.Fitter()->mninit(2,10,7);
1505     clusterInput.Fitter()->SetPrintLevel(-1+fDebugLevel);
1506     arglist[0]=-1;
1507     clusterInput.Fitter()->mnexcm("SET NOW", arglist, 0, ierflag);
1508 // Set starting values
1509     static Double_t vstart[2];
1510     vstart[0]=c->GetX(1);
1511     vstart[1]=c->GetY(0);
1512
1513
1514 // lower and upper limits
1515     static Double_t lower[2], upper[2];
1516     Int_t ix,iy;
1517     fSeg[cath]->GetPadI(c->GetX(cath), c->GetY(cath), fZPlane, ix, iy);
1518     Int_t isec=fSeg[cath]->Sector(ix, iy);
1519     lower[0]=vstart[0]-fSeg[cath]->Dpx(isec)/2;
1520     lower[1]=vstart[1]-fSeg[cath]->Dpy(isec)/2;
1521
1522     upper[0]=lower[0]+fSeg[cath]->Dpx(isec);
1523     upper[1]=lower[1]+fSeg[cath]->Dpy(isec);
1524
1525 // step sizes
1526     static Double_t step[2]={0.0005, 0.0005};
1527
1528     clusterInput.Fitter()->mnparm(0,"x1",vstart[0],step[0],lower[0],upper[0],ierflag);
1529     clusterInput.Fitter()->mnparm(1,"y1",vstart[1],step[1],lower[1],upper[1],ierflag);
1530 // ready for minimisation
1531     arglist[0]= -1;
1532     arglist[1]= 0;
1533
1534     clusterInput.Fitter()->mnexcm("SET NOGR", arglist, 0, ierflag);
1535     clusterInput.Fitter()->mnexcm("MIGRAD", arglist, 0, ierflag);
1536     //    clusterInput.Fitter()->mnexcm("EXIT" , arglist, 0, ierflag);
1537     Double_t fmin, fedm, errdef;
1538     Int_t   npari, nparx, istat;
1539
1540     clusterInput.Fitter()->mnstat(fmin, fedm, errdef, npari, nparx, istat);
1541     fFitStat=istat;
1542
1543 // Print results
1544 // Get fitted parameters
1545     Double_t xrec, yrec;
1546     TString chname;
1547     Double_t epxz, b1, b2;
1548     Int_t ierflg;
1549     clusterInput.Fitter()->mnpout(0, chname, xrec, epxz, b1, b2, ierflg);
1550     clusterInput.Fitter()->mnpout(1, chname, yrec, epxz, b1, b2, ierflg);
1551     fXFit[cath]=xrec;
1552     fYFit[cath]=yrec;
1553     return fmin;
1554 }
1555
1556 Float_t AliMUONClusterFinderVS::CombiSingleMathiesonFit(AliMUONRawCluster * /*c*/)
1557 {
1558 // Perform combined Mathieson fit on both cathode planes
1559 //
1560     Double_t arglist[20];
1561     Int_t ierflag=0;
1562     AliMUONClusterInput& clusterInput = *(AliMUONClusterInput::Instance());
1563     clusterInput.Fitter()->SetFCN(fcnCombiS1);
1564     clusterInput.Fitter()->mninit(2,10,7);
1565     clusterInput.Fitter()->SetPrintLevel(-1+fDebugLevel);
1566     arglist[0]=-1;
1567     clusterInput.Fitter()->mnexcm("SET NOW", arglist, 0, ierflag);
1568     static Double_t vstart[2];
1569     vstart[0]=fXInit[0];
1570     vstart[1]=fYInit[0];
1571
1572
1573 // lower and upper limits
1574     static Float_t lower[2], upper[2];
1575     Int_t ix,iy,isec;
1576     fSeg[0]->GetPadI(fXInit[0], fYInit[0], fZPlane, ix, iy);
1577     isec=fSeg[0]->Sector(ix, iy);
1578     Float_t dpy=fSeg[0]->Dpy(isec);
1579     fSeg[1]->GetPadI(fXInit[0], fYInit[0], fZPlane, ix, iy);
1580     isec=fSeg[1]->Sector(ix, iy);
1581     Float_t dpx=fSeg[1]->Dpx(isec);
1582
1583     Int_t icount;
1584     Float_t xdum, ydum, zdum;
1585
1586 //  Find save upper and lower limits
1587
1588     icount = 0;
1589
1590     for (fSeg[1]->FirstPad(fXInit[0], fYInit[0], fZPlane, dpx, 0.);
1591          fSeg[1]->MorePads(); fSeg[1]->NextPad())
1592     {
1593         ix=fSeg[1]->Ix(); iy=fSeg[1]->Iy();
1594         fSeg[1]->GetPadC(ix,iy, upper[0], ydum, zdum);
1595         if (icount ==0) lower[0]=upper[0];
1596         icount++;
1597     }
1598
1599     if (lower[0]>upper[0]) {xdum=lower[0]; lower[0]=upper[0]; upper[0]=xdum;}
1600
1601     icount=0;
1602     AliDebug(1,Form("\n single y %f %f", fXInit[0], fYInit[0]));
1603
1604     for (fSeg[0]->FirstPad(fXInit[0], fYInit[0], fZPlane, 0., dpy);
1605          fSeg[0]->MorePads(); fSeg[0]->NextPad())
1606     {
1607         ix=fSeg[0]->Ix(); iy=fSeg[0]->Iy();
1608         fSeg[0]->GetPadC(ix,iy,xdum,upper[1],zdum);
1609         if (icount ==0) lower[1]=upper[1];
1610         icount++;
1611         AliDebug(1,Form("\n upper lower %d %f %f", icount, upper[1], lower[1]));
1612     }
1613
1614     if (lower[1]>upper[1]) {xdum=lower[1]; lower[1]=upper[1]; upper[1]=xdum;}
1615
1616 // step sizes
1617     static Double_t step[2]={0.00001, 0.0001};
1618
1619     clusterInput.Fitter()->mnparm(0,"x1",vstart[0],step[0],lower[0],upper[0],ierflag);
1620     clusterInput.Fitter()->mnparm(1,"y1",vstart[1],step[1],lower[1],upper[1],ierflag);
1621 // ready for minimisation
1622     arglist[0]= -1;
1623     arglist[1]= 0;
1624
1625     clusterInput.Fitter()->mnexcm("SET NOGR", arglist, 0, ierflag);
1626     clusterInput.Fitter()->mnexcm("MIGRAD", arglist, 0, ierflag);
1627     //    clusterInput.Fitter()->mnexcm("EXIT" , arglist, 0, ierflag);
1628     Double_t fmin, fedm, errdef;
1629     Int_t   npari, nparx, istat;
1630
1631     clusterInput.Fitter()->mnstat(fmin, fedm, errdef, npari, nparx, istat);
1632     fFitStat=istat;
1633
1634 // Print results
1635 // Get fitted parameters
1636     Double_t xrec, yrec;
1637     TString chname;
1638     Double_t epxz, b1, b2;
1639     Int_t ierflg;
1640     clusterInput.Fitter()->mnpout(0, chname, xrec, epxz, b1, b2, ierflg);
1641     clusterInput.Fitter()->mnpout(1, chname, yrec, epxz, b1, b2, ierflg);
1642     fXFit[0]=xrec;
1643     fYFit[0]=yrec;
1644     return fmin;
1645 }
1646
1647 Bool_t AliMUONClusterFinderVS::DoubleMathiesonFit(AliMUONRawCluster * /*c*/, Int_t cath)
1648 {
1649 // Performs a double Mathieson fit on one cathode
1650 //
1651
1652 //
1653 //  Initialise global variables for fit
1654     Double_t arglist[20];
1655     Int_t ierflag=0;
1656     AliMUONClusterInput& clusterInput = *(AliMUONClusterInput::Instance());
1657     clusterInput.Fitter()->SetFCN(fcnS2);
1658     clusterInput.Fitter()->mninit(5,10,7);
1659     clusterInput.Fitter()->SetPrintLevel(-1+fDebugLevel);
1660     arglist[0]=-1;
1661     clusterInput.Fitter()->mnexcm("SET NOW", arglist, 0, ierflag);
1662 // Set starting values
1663     static Double_t vstart[5];
1664     vstart[0]=fX[fIndLocal[0][cath]][cath];
1665     vstart[1]=fY[fIndLocal[0][cath]][cath];
1666     vstart[2]=fX[fIndLocal[1][cath]][cath];
1667     vstart[3]=fY[fIndLocal[1][cath]][cath];
1668     vstart[4]=Float_t(fQ[fIndLocal[0][cath]][cath])/
1669         Float_t(fQ[fIndLocal[0][cath]][cath]+fQ[fIndLocal[1][cath]][cath]);
1670 // lower and upper limits
1671     static Float_t lower[5], upper[5];
1672     Int_t isec=fSeg[cath]->Sector(fIx[fIndLocal[0][cath]][cath], fIy[fIndLocal[0][cath]][cath]);
1673     lower[0]=vstart[0]-fSeg[cath]->Dpx(isec);
1674     lower[1]=vstart[1]-fSeg[cath]->Dpy(isec);
1675
1676     upper[0]=lower[0]+2.*fSeg[cath]->Dpx(isec);
1677     upper[1]=lower[1]+2.*fSeg[cath]->Dpy(isec);
1678
1679     isec=fSeg[cath]->Sector(fIx[fIndLocal[1][cath]][cath], fIy[fIndLocal[1][cath]][cath]);
1680     lower[2]=vstart[2]-fSeg[cath]->Dpx(isec)/2;
1681     lower[3]=vstart[3]-fSeg[cath]->Dpy(isec)/2;
1682
1683     upper[2]=lower[2]+fSeg[cath]->Dpx(isec);
1684     upper[3]=lower[3]+fSeg[cath]->Dpy(isec);
1685
1686     lower[4]=0.;
1687     upper[4]=1.;
1688 // step sizes
1689     static Double_t step[5]={0.0005, 0.0005, 0.0005, 0.0005, 0.0001};
1690
1691     clusterInput.Fitter()->mnparm(0,"x1",vstart[0],step[0],lower[0],upper[0],ierflag);
1692     clusterInput.Fitter()->mnparm(1,"y1",vstart[1],step[1],lower[1],upper[1],ierflag);
1693     clusterInput.Fitter()->mnparm(2,"x2",vstart[2],step[2],lower[2],upper[2],ierflag);
1694     clusterInput.Fitter()->mnparm(3,"y2",vstart[3],step[3],lower[3],upper[3],ierflag);
1695     clusterInput.Fitter()->mnparm(4,"a0",vstart[4],step[4],lower[4],upper[4],ierflag);
1696 // ready for minimisation
1697     arglist[0]= -1;
1698     arglist[1]= 0;
1699
1700     clusterInput.Fitter()->mnexcm("SET NOGR", arglist, 0, ierflag);
1701     clusterInput.Fitter()->mnexcm("MIGRAD", arglist, 0, ierflag);
1702     //    clusterInput.Fitter()->mnexcm("EXIT" , arglist, 0, ierflag);
1703 // Get fitted parameters
1704     Double_t xrec[2], yrec[2], qfrac;
1705     TString chname;
1706     Double_t epxz, b1, b2;
1707     Int_t ierflg;
1708     clusterInput.Fitter()->mnpout(0, chname, xrec[0], epxz, b1, b2, ierflg);
1709     clusterInput.Fitter()->mnpout(1, chname, yrec[0], epxz, b1, b2, ierflg);
1710     clusterInput.Fitter()->mnpout(2, chname, xrec[1], epxz, b1, b2, ierflg);
1711     clusterInput.Fitter()->mnpout(3, chname, yrec[1], epxz, b1, b2, ierflg);
1712     clusterInput.Fitter()->mnpout(4, chname, qfrac,   epxz, b1, b2, ierflg);
1713
1714     Double_t fmin, fedm, errdef;
1715     Int_t   npari, nparx, istat;
1716
1717     clusterInput.Fitter()->mnstat(fmin, fedm, errdef, npari, nparx, istat);
1718     fFitStat=istat;
1719     return kTRUE;
1720 }
1721
1722 Float_t AliMUONClusterFinderVS::CombiDoubleMathiesonFit(AliMUONRawCluster * /*c*/)
1723 {
1724 //
1725 // Perform combined double Mathieson fit on both cathode planes
1726 //
1727     Double_t arglist[20];
1728     Int_t ierflag=0;
1729     AliMUONClusterInput& clusterInput = *(AliMUONClusterInput::Instance());
1730     clusterInput.Fitter()->SetFCN(fcnCombiS2);
1731     clusterInput.Fitter()->mninit(6,10,7);
1732     clusterInput.Fitter()->SetPrintLevel(-1+fDebugLevel);
1733     arglist[0]=-1;
1734     clusterInput.Fitter()->mnexcm("SET NOW", arglist, 0, ierflag);
1735 // Set starting values
1736     static Double_t vstart[6];
1737     vstart[0]=fXInit[0];
1738     vstart[1]=fYInit[0];
1739     vstart[2]=fXInit[1];
1740     vstart[3]=fYInit[1];
1741     vstart[4]=fQrInit[0];
1742     vstart[5]=fQrInit[1];
1743 // lower and upper limits
1744     static Float_t lower[6], upper[6];
1745     Int_t ix,iy,isec;
1746     Float_t dpx, dpy;
1747
1748     fSeg[1]->GetPadI(fXInit[0], fYInit[0], fZPlane, ix, iy);
1749     isec=fSeg[1]->Sector(ix, iy);
1750     dpx=fSeg[1]->Dpx(isec);
1751
1752     fSeg[0]->GetPadI(fXInit[0], fYInit[0], fZPlane, ix, iy);
1753     isec=fSeg[0]->Sector(ix, iy);
1754     dpy=fSeg[0]->Dpy(isec);
1755
1756
1757     Int_t icount;
1758     Float_t xdum, ydum, zdum;
1759     AliDebug(1,Form("\n Cluster Finder: %f %f %f %f  ", fXInit[0], fXInit[1],fYInit[0], fYInit[1] ));
1760
1761 //  Find save upper and lower limits
1762     icount = 0;
1763
1764     for (fSeg[1]->FirstPad(fXInit[0], fYInit[0], fZPlane, dpx, 0.);
1765          fSeg[1]->MorePads(); fSeg[1]->NextPad())
1766     {
1767         ix=fSeg[1]->Ix(); iy=fSeg[1]->Iy();
1768 //      if (fHitMap[1]->TestHit(ix, iy) == kEmpty) continue;
1769         fSeg[1]->GetPadC(ix,iy,upper[0],ydum,zdum);
1770         if (icount ==0) lower[0]=upper[0];
1771         icount++;
1772     }
1773     if (lower[0]>upper[0]) {xdum=lower[0]; lower[0]=upper[0]; upper[0]=xdum;}
1774 //    vstart[0] = 0.5*(lower[0]+upper[0]);
1775
1776
1777     icount=0;
1778
1779     for (fSeg[0]->FirstPad(fXInit[0], fYInit[0], fZPlane, 0., dpy);
1780          fSeg[0]->MorePads(); fSeg[0]->NextPad())
1781     {
1782         ix=fSeg[0]->Ix(); iy=fSeg[0]->Iy();
1783 //      if (fHitMap[0]->TestHit(ix, iy) == kEmpty) continue;
1784         fSeg[0]->GetPadC(ix,iy,xdum,upper[1],zdum);
1785         if (icount ==0) lower[1]=upper[1];
1786         icount++;
1787     }
1788
1789     if (lower[1]>upper[1]) {xdum=lower[1]; lower[1]=upper[1]; upper[1]=xdum;}
1790 //     vstart[1] = 0.5*(lower[1]+upper[1]);
1791
1792
1793     fSeg[1]->GetPadI(fXInit[1], fYInit[1], fZPlane, ix, iy);
1794     isec=fSeg[1]->Sector(ix, iy);
1795     dpx=fSeg[1]->Dpx(isec);
1796     fSeg[0]->GetPadI(fXInit[1], fYInit[1], fZPlane, ix, iy);
1797     isec=fSeg[0]->Sector(ix, iy);
1798     dpy=fSeg[0]->Dpy(isec);
1799
1800
1801 //  Find save upper and lower limits
1802
1803     icount=0;
1804
1805     for (fSeg[1]->FirstPad(fXInit[1], fYInit[1], fZPlane, dpx, 0);
1806          fSeg[1]->MorePads(); fSeg[1]->NextPad())
1807     {
1808         ix=fSeg[1]->Ix(); iy=fSeg[1]->Iy();
1809 //      if (fHitMap[1]->TestHit(ix, iy) == kEmpty) continue;
1810         fSeg[1]->GetPadC(ix,iy,upper[2],ydum,zdum);
1811         if (icount ==0) lower[2]=upper[2];
1812         icount++;
1813     }
1814     if (lower[2]>upper[2]) {xdum=lower[2]; lower[2]=upper[2]; upper[2]=xdum;}
1815     //    vstart[2] = 0.5*(lower[2]+upper[2]);
1816
1817     icount=0;
1818
1819     for (fSeg[0]->FirstPad(fXInit[1], fYInit[1], fZPlane, 0, dpy);
1820          fSeg[0]-> MorePads(); fSeg[0]->NextPad())
1821     {
1822         ix=fSeg[0]->Ix(); iy=fSeg[0]->Iy();
1823 //      if (fHitMap[0]->TestHit(ix, iy) != kEmpty) continue;
1824
1825         fSeg[0]->GetPadC(ix,iy,xdum,upper[3],zdum);
1826         if (icount ==0) lower[3]=upper[3];
1827         icount++;
1828
1829     }
1830     if (lower[3]>upper[3]) {xdum=lower[3]; lower[3]=upper[3]; upper[3]=xdum;}
1831
1832 //     vstart[3] = 0.5*(lower[3]+upper[3]);
1833
1834     lower[4]=0.;
1835     upper[4]=1.;
1836     lower[5]=0.;
1837     upper[5]=1.;
1838
1839 // step sizes
1840     static Double_t step[6]={0.0005, 0.0005, 0.0005, 0.0005, 0.001, 0.001};
1841     clusterInput.Fitter()->mnparm(0,"x1",vstart[0],step[0],lower[0],upper[0],ierflag);
1842     clusterInput.Fitter()->mnparm(1,"y1",vstart[1],step[1],lower[1],upper[1],ierflag);
1843     clusterInput.Fitter()->mnparm(2,"x2",vstart[2],step[2],lower[2],upper[2],ierflag);
1844     clusterInput.Fitter()->mnparm(3,"y2",vstart[3],step[3],lower[3],upper[3],ierflag);
1845     clusterInput.Fitter()->mnparm(4,"a0",vstart[4],step[4],lower[4],upper[4],ierflag);
1846     clusterInput.Fitter()->mnparm(5,"a1",vstart[5],step[5],lower[5],upper[5],ierflag);
1847 // ready for minimisation
1848     arglist[0]= -1;
1849     arglist[1]= 0;
1850
1851     clusterInput.Fitter()->mnexcm("SET NOGR", arglist, 0, ierflag);
1852     clusterInput.Fitter()->mnexcm("MIGRAD", arglist, 0, ierflag);
1853     //    clusterInput.Fitter()->mnexcm("EXIT" , arglist, 0, ierflag);
1854 // Get fitted parameters
1855     TString chname;
1856     Double_t epxz, b1, b2;
1857     Int_t ierflg;
1858     clusterInput.Fitter()->mnpout(0, chname, fXFit[0],  epxz, b1, b2, ierflg);
1859     clusterInput.Fitter()->mnpout(1, chname, fYFit[0],  epxz, b1, b2, ierflg);
1860     clusterInput.Fitter()->mnpout(2, chname, fXFit[1],  epxz, b1, b2, ierflg);
1861     clusterInput.Fitter()->mnpout(3, chname, fYFit[1],  epxz, b1, b2, ierflg);
1862     clusterInput.Fitter()->mnpout(4, chname, fQrFit[0], epxz, b1, b2, ierflg);
1863     clusterInput.Fitter()->mnpout(5, chname, fQrFit[1], epxz, b1, b2, ierflg);
1864
1865     Double_t fmin, fedm, errdef;
1866     Int_t   npari, nparx, istat;
1867
1868     clusterInput.Fitter()->mnstat(fmin, fedm, errdef, npari, nparx, istat);
1869     fFitStat=istat;
1870
1871     fChi2[0]=fmin;
1872     fChi2[1]=fmin;
1873     return fmin;
1874 }
1875
1876 void AliMUONClusterFinderVS::Split(AliMUONRawCluster* c)
1877 {
1878 //
1879 // One cluster for each maximum
1880 //
1881     Int_t i, j, cath;
1882     AliMUONClusterInput& clusterInput = *(AliMUONClusterInput::Instance());
1883     for (j=0; j<2; j++) {
1884         AliMUONRawCluster cnew;
1885         cnew.SetGhost(c->GetGhost());
1886         for (cath=0; cath<2; cath++) {
1887             cnew.SetChi2(cath,fChi2[0]);
1888             // ?? why not cnew.fChi2[cath]=fChi2[cath];
1889
1890             if (fNPeaks == 0) {
1891                 cnew.SetNcluster(0,-1);
1892                 cnew.SetNcluster(1,fNRawClusters);
1893             } else {
1894                 cnew.SetNcluster(0,fNPeaks);
1895                 cnew.SetNcluster(1,0);
1896             }
1897             cnew.SetMultiplicity(cath,0);
1898             cnew.SetX(cath, Float_t(fXFit[j]));
1899             cnew.SetY(cath, Float_t(fYFit[j]));
1900             cnew.SetZ(cath, fZPlane);
1901             if (j==0) {
1902                 cnew.SetCharge(cath, Int_t(clusterInput.TotalCharge(cath)*fQrFit[cath]));
1903             } else {
1904                 cnew.SetCharge(cath, Int_t(clusterInput.TotalCharge(cath)*(1-fQrFit[cath])));
1905             }
1906             fSeg[cath]->SetHit(fXFit[j],fYFit[j],fZPlane);
1907             for (i=0; i<fMul[cath]; i++) {
1908                 cnew.SetIndex(cnew.GetMultiplicity(cath), cath, c->GetIndex(i,cath));
1909                 fSeg[cath]->SetPad(fIx[i][cath], fIy[i][cath]);
1910                 Float_t q1 = fInput->Mathieson()->IntXY(fSeg[cath]);
1911                 cnew.SetContrib(i, cath, q1*Float_t(cnew.GetCharge(cath))/Float_t(fQ[i][cath]));
1912                 cnew.SetMultiplicity(cath, cnew.GetMultiplicity(cath)+1 );
1913             }
1914             FillCluster(&cnew,0,cath);
1915         } // cathode loop
1916
1917         cnew.SetClusterType(cnew.PhysicsContribution());
1918         if (cnew.GetCharge(0)>0 && cnew.GetCharge(1)>0) AddRawCluster(cnew);
1919         fNPeaks++;
1920     }
1921 }
1922 void AliMUONClusterFinderVS::AddRawCluster(const AliMUONRawCluster& c)
1923 {
1924   //
1925   // Add a raw cluster copy to the list
1926   //
1927
1928 //     AliMUON *pMUON=(AliMUON*)gAlice->GetModule("MUON");
1929 //     pMUON->GetMUONData()->AddRawCluster(fInput->Chamber(),c);
1930 //     fNRawClusters++;
1931
1932
1933     TClonesArray &lrawcl = *fRawClusters;
1934     new(lrawcl[fNRawClusters++]) AliMUONRawCluster(c);
1935     AliDebug(1,Form("\nfNRawClusters %d\n",fNRawClusters));
1936 }
1937
1938 AliMUONClusterFinderVS& AliMUONClusterFinderVS
1939 ::operator = (const AliMUONClusterFinderVS& rhs)
1940 {
1941 // Protected assignement operator
1942
1943   if (this == &rhs) return *this;
1944
1945   AliFatal("Not implemented.");
1946
1947   return *this;
1948 }
1949
1950 //
1951 // Minimisation functions
1952 // Single Mathieson
1953 void fcnS1(Int_t & /*npar*/, Double_t * /*gin*/, Double_t &f, Double_t *par, Int_t /*iflag*/)
1954 {
1955     AliMUONClusterInput& clusterInput = *(AliMUONClusterInput::Instance());
1956     Int_t i;
1957     Float_t delta;
1958     Float_t chisq=0;
1959     Float_t qcont=0;
1960     Float_t qtot=0;
1961
1962     for (i=0; i<clusterInput.Nmul(0); i++) {
1963         Float_t q0=clusterInput.Charge(i,0);
1964         Float_t q1=clusterInput.DiscrChargeS1(i,par);
1965         delta=(q0-q1)/q0;
1966         chisq+=delta*delta;
1967         qcont+=q1;
1968         qtot+=q0;
1969     }
1970     f=chisq;
1971 }
1972
1973 void fcnCombiS1(Int_t & /*npar*/, Double_t * /*gin*/, Double_t &f, Double_t *par, Int_t /*iflag*/)
1974 {
1975     AliMUONClusterInput& clusterInput = *(AliMUONClusterInput::Instance());
1976     Int_t i, cath;
1977     Float_t delta;
1978     Float_t chisq=0;
1979     Float_t qcont=0;
1980     Float_t qtot=0;
1981
1982     for (cath=0; cath<2; cath++) {
1983         for (i=0; i<clusterInput.Nmul(cath); i++) {
1984             Float_t q0=clusterInput.Charge(i,cath);
1985             Float_t q1=clusterInput.DiscrChargeCombiS1(i,par,cath);
1986             delta=(q0-q1)/q0;
1987             chisq+=delta*delta;
1988             qcont+=q1;
1989             qtot+=q0;
1990         }
1991     }
1992     f=chisq;
1993 }
1994
1995 // Double Mathieson
1996 void fcnS2(Int_t & /*npar*/, Double_t * /*gin*/, Double_t &f, Double_t *par, Int_t /*iflag*/)
1997 {
1998     AliMUONClusterInput& clusterInput = *(AliMUONClusterInput::Instance());
1999     Int_t i;
2000     Float_t delta;
2001     Float_t chisq=0;
2002     Float_t qcont=0;
2003     Float_t qtot=0;
2004
2005     for (i=0; i<clusterInput.Nmul(0); i++) {
2006
2007         Float_t q0=clusterInput.Charge(i,0);
2008         Float_t q1=clusterInput.DiscrChargeS2(i,par);
2009         delta=(q0-q1)/q0;
2010         chisq+=delta*delta;
2011         qcont+=q1;
2012         qtot+=q0;
2013     }
2014     f=chisq;
2015 }
2016
2017 // Double Mathieson
2018 void fcnCombiS2(Int_t & /*npar*/, Double_t * /*gin*/, Double_t &f, Double_t *par, Int_t /*iflag*/)
2019 {
2020     AliMUONClusterInput& clusterInput = *(AliMUONClusterInput::Instance());
2021     Int_t i, cath;
2022     Float_t delta;
2023     Float_t chisq=0;
2024     Float_t qcont=0;
2025     Float_t qtot=0;
2026     for (cath=0; cath<2; cath++) {
2027         for (i=0; i<clusterInput.Nmul(cath); i++) {
2028             Float_t q0=clusterInput.Charge(i,cath);
2029             Float_t q1=clusterInput.DiscrChargeCombiS2(i,par,cath);
2030             delta=(q0-q1)/q0;
2031             chisq+=delta*delta;
2032             qcont+=q1;
2033             qtot+=q0;
2034         }
2035     }
2036     f=chisq;
2037 }