MUON/AliMUONEventReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ////////////////////////////////////
  19 //
  20 // MUON event reconstructor in ALICE
  21 //
  22 // This class contains as data:
  23 // * the parameters for the event reconstruction
  24 // * a pointer to the array of hits to be reconstructed (the event)
  25 // * a pointer to the array of segments made with these hits inside each station
  26 // * a pointer to the array of reconstructed tracks
  27 //
  28 // It contains as methods, among others:
  29 // * MakeEventToBeReconstructed to build the array of hits to be reconstructed
  30 // * MakeSegments to build the segments
  31 // * MakeTracks to build the tracks
  32 //
  33 ////////////////////////////////////
  34
  35 #include <Riostream.h> // for cout
  36 #include <stdlib.h> // for exit()
  37
  38 #include <TTree.h>
  39
  40 #include "AliMUON.h"
  41 //#include "AliMUONChamber.h"
  42 #include "AliMUONEventReconstructor.h"
  43 #include "AliMUONHitForRec.h"
  44 #include "AliMUONTriggerTrack.h"
  45 //#include "AliMUONTriggerConstants.h"
  46 #include "AliMUONTriggerCircuit.h"
  47 #include "AliMUONRawCluster.h"
  48 #include "AliMUONLocalTrigger.h"
  49 #include "AliMUONGlobalTrigger.h"
  50 #include "AliMUONRecoEvent.h"
  51 #include "AliMUONSegment.h"
  52 #include "AliMUONTrack.h"
  53 #include "AliMUONTrackHit.h"
  54 #include "AliMagF.h"
  55 #include "AliRun.h" // for gAlice
  56 #include "AliConfig.h"
  57 #include "AliRunLoader.h"
  58 #include "AliLoader.h"
  59 #include "AliMUONTrackK.h" //AZ
  60 #include <TMatrixD.h> //AZ
  61 #include "AliMC.h"
  62
  63 //************* Defaults parameters for reconstruction
  64 static const Double_t kDefaultMinBendingMomentum = 3.0;
  65 static const Double_t kDefaultMaxBendingMomentum = 500.0;
  66 static const Double_t kDefaultMaxChi2 = 100.0;
  67 static const Double_t kDefaultMaxSigma2Distance = 16.0;
  68 static const Double_t kDefaultBendingResolution = 0.01;
  69 static const Double_t kDefaultNonBendingResolution = 0.144;
  70 static const Double_t kDefaultChamberThicknessInX0 = 0.03;
  71 // Simple magnetic field:
  72 // Value taken from macro MUONtracking.C: 0.7 T, hence 7 kG
  73 // Length and Position from reco_muon.F, with opposite sign:
  74 // Length = ZMAGEND-ZCOIL
  75 // Position = (ZMAGEND+ZCOIL)/2
  76 // to be ajusted differently from real magnetic field ????
  77 static const Double_t kDefaultSimpleBValue = 7.0;
  78 static const Double_t kDefaultSimpleBLength = 428.0;
  79 static const Double_t kDefaultSimpleBPosition = 1019.0;
  80 static const Int_t kDefaultRecGeantHits = 0;
  81 static const Double_t kDefaultEfficiency = 0.95;
  82
  83 static const Int_t kDefaultPrintLevel = -1;
  84
  85 ClassImp(AliMUONEventReconstructor) // Class implementation in ROOT context
  86
  87   //__________________________________________________________________________
  88 AliMUONEventReconstructor::AliMUONEventReconstructor(AliLoader* loader)
  89 {
  90   // Constructor for class AliMUONEventReconstructor
  91   SetReconstructionParametersToDefaults();
  92   fTrackMethod = 1; //AZ - tracking method (1-default, 2-Kalman)
  93   // Memory allocation for the TClonesArray of hits for reconstruction
  94   // Is 10000 the right size ????
  95   fHitsForRecPtr = new TClonesArray("AliMUONHitForRec", 10000);
  96   fNHitsForRec = 0; // really needed or GetEntriesFast sufficient ????
  97   // Memory allocation for the TClonesArray's of segments in stations
  98   // Is 2000 the right size ????
  99   for (Int_t st = 0; st < kMaxMuonTrackingStations; st++) {
 100     fSegmentsPtr[st] = new TClonesArray("AliMUONSegment", 2000);
 101     fNSegments[st] = 0; // really needed or GetEntriesFast sufficient ????
 102   }
 103   // Memory allocation for the TClonesArray of reconstructed tracks
 104   // Is 10 the right size ????
 105   fRecTracksPtr = new TClonesArray("AliMUONTrack", 10);
 106   fNRecTracks = 0; // really needed or GetEntriesFast sufficient ????
 107 // trigger tracks
 108   fRecTriggerTracksPtr = new TClonesArray("AliMUONTriggerTrack", 10);
 109   fNRecTriggerTracks = 0; // really needed or GetEntriesFast sufficient ????
 110   // Memory allocation for the TClonesArray of hits on reconstructed tracks
 111   // Is 100 the right size ????
 112   fRecTrackHitsPtr = new TClonesArray("AliMUONTrack", 100);
 113   fNRecTrackHits = 0; // really needed or GetEntriesFast sufficient ????
 114
 115   // Sign of fSimpleBValue according to sign of Bx value at (50,50,-950).
 116   Float_t b[3], x[3];
 117   x[0] = 50.; x[1] = 50.; x[2] = -950.;
 118   gAlice->Field()->Field(x, b);
 119   fSimpleBValue = TMath::Sign(fSimpleBValue,(Double_t) b[0]);
 120   fSimpleBPosition = TMath::Sign(fSimpleBPosition,(Double_t) x[2]);
 121   // See how to get fSimple(BValue, BLength, BPosition)
 122   // automatically calculated from the actual magnetic field ????
 123
 124   if (fPrintLevel >= 0) {
 125     cout << "AliMUONEventReconstructor constructed with defaults" << endl; Dump();
 126     cout << endl << "Magnetic field from root file:" << endl;
 127     gAlice->Field()->Dump();
 128     cout << endl;
 129   }
 130
 131   // Initializions for GEANT background events
 132   fBkgGeantFile = 0;
 133   fBkgGeantTK = 0;
 134   fBkgGeantParticles = 0;
 135   fBkgGeantTH = 0;
 136   fBkgGeantHits = 0;
 137   fBkgGeantEventNumber = -1;
 138
 139   // Initialize to 0 pointers to RecoEvent, tree and tree file
 140   fRecoEvent = 0;
 141   fEventTree = 0;
 142   fTreeFile  = 0;
 143
 144   // initialize loader's
 145   fLoader = loader;
 146
 147   // initialize container
 148   fMUONData  = new AliMUONData(fLoader,"MUON","MUON");
 149
 150    // Loading AliRun master
 151   AliRunLoader* runloader = fLoader->GetRunLoader();
 152   if (runloader->GetAliRun() == 0x0) runloader->LoadgAlice();
 153   gAlice = runloader->GetAliRun();
 154
 155   return;
 156 }
 157   //__________________________________________________________________________
 158 AliMUONEventReconstructor::AliMUONEventReconstructor (const AliMUONEventReconstructor& Reconstructor):TObject(Reconstructor)
 159 {
 160   // Dummy copy constructor
 161 }
 162
 163 AliMUONEventReconstructor & AliMUONEventReconstructor::operator=(const AliMUONEventReconstructor& /*Reconstructor*/)
 164 {
 165   // Dummy assignment operator
 166     return *this;
 167 }
 168
 169   //__________________________________________________________________________
 170 AliMUONEventReconstructor::~AliMUONEventReconstructor(void)
 171 {
 172   // Destructor for class AliMUONEventReconstructor
 173   if (fTreeFile) {
 174      fTreeFile->Close();
 175      delete fTreeFile;
 176   }
 177 //  if (fEventTree) delete fEventTree;
 178   if (fRecoEvent) delete fRecoEvent;
 179   delete fHitsForRecPtr; // Correct destruction of everything ???? or delete [] ????
 180   for (Int_t st = 0; st < kMaxMuonTrackingStations; st++)
 181     delete fSegmentsPtr[st]; // Correct destruction of everything ????
 182   return;
 183 }
 184
 185   //__________________________________________________________________________
 186 void AliMUONEventReconstructor::SetReconstructionParametersToDefaults(void)
 187 {
 188   // Set reconstruction parameters to default values
 189   // Would be much more convenient with a structure (or class) ????
 190   fMinBendingMomentum = kDefaultMinBendingMomentum;
 191   fMaxBendingMomentum = kDefaultMaxBendingMomentum;
 192   fMaxChi2 = kDefaultMaxChi2;
 193   fMaxSigma2Distance = kDefaultMaxSigma2Distance;
 194
 195   AliMUON *pMUON = (AliMUON*) gAlice->GetModule("MUON");
 196   // ******** Parameters for making HitsForRec
 197   // minimum radius,
 198   // like in TRACKF_STAT:
 199   // 2 degrees for stations 1 and 2, or ch(0...) from 0 to 3;
 200   // 30 cm for stations 3 to 5, or ch(0...) from 4 to 9
 201   for (Int_t ch = 0; ch < kMaxMuonTrackingChambers; ch++) {
 202     if (ch < 4) fRMin[ch] = TMath::Abs((&(pMUON->Chamber(ch)))->Z()) *
 203                   2.0 * TMath::Pi() / 180.0;
 204     else fRMin[ch] = 30.0;
 205     // maximum radius at 10 degrees and Z of chamber
 206     fRMax[ch] = TMath::Abs((&(pMUON->Chamber(ch)))->Z()) *
 207                   10.0 * TMath::Pi() / 180.0;
 208   }
 209
 210   // ******** Parameters for making segments
 211   // should be parametrized ????
 212   // according to interval between chambers in a station ????
 213   // Maximum distance in non bending plane
 214   // 5 * 0.22 just to remember the way it was made in TRACKF_STAT
 215   // SIGCUT*DYMAX(IZ)
 216   for (Int_t st = 0; st < kMaxMuonTrackingStations; st++)
 217     fSegmentMaxDistNonBending[st] = 5. * 0.22;
 218   // Maximum distance in bending plane:
 219   // values from TRACKF_STAT, corresponding to (J psi 20cm),
 220   // scaled to the real distance between chambers in a station
 221   fSegmentMaxDistBending[0] = TMath::Abs( 1.5 *
 222     ((&(pMUON->Chamber(1)))->Z() - (&(pMUON->Chamber(0)))->Z()) / 20.0);
 223   fSegmentMaxDistBending[1] =  TMath::Abs( 1.5 *
 224     ((&(pMUON->Chamber(3)))->Z() - (&(pMUON->Chamber(2)))->Z()) / 20.0);
 225   fSegmentMaxDistBending[2] =  TMath::Abs( 3.0 *
 226     ((&(pMUON->Chamber(5)))->Z() - (&(pMUON->Chamber(4)))->Z()) / 20.0);
 227   fSegmentMaxDistBending[3] =  TMath::Abs( 6.0 *
 228     ((&(pMUON->Chamber(7)))->Z() - (&(pMUON->Chamber(6)))->Z()) / 20.0);
 229   fSegmentMaxDistBending[4] =  TMath::Abs( 6.0 *
 230     ((&(pMUON->Chamber(9)))->Z() - (&(pMUON->Chamber(8)))->Z()) / 20.0);
 231
 232   fBendingResolution = kDefaultBendingResolution;
 233   fNonBendingResolution = kDefaultNonBendingResolution;
 234   fChamberThicknessInX0 = kDefaultChamberThicknessInX0;
 235   fSimpleBValue = kDefaultSimpleBValue;
 236   fSimpleBLength = kDefaultSimpleBLength;
 237   fSimpleBPosition = kDefaultSimpleBPosition;
 238   fRecGeantHits = kDefaultRecGeantHits;
 239   fEfficiency = kDefaultEfficiency;
 240   fPrintLevel = kDefaultPrintLevel;
 241   return;
 242 }
 243
 244 //__________________________________________________________________________
 245 Double_t AliMUONEventReconstructor::GetImpactParamFromBendingMomentum(Double_t BendingMomentum) const
 246 {
 247   // Returns impact parameter at vertex in bending plane (cm),
 248   // from the signed bending momentum "BendingMomentum" in bending plane (GeV/c),
 249   // using simple values for dipole magnetic field.
 250   // The sign of "BendingMomentum" is the sign of the charge.
 251   return (-0.0003 * fSimpleBValue * fSimpleBLength * fSimpleBPosition /
 252           BendingMomentum);
 253 }
 254
 255 //__________________________________________________________________________
 256 Double_t AliMUONEventReconstructor::GetBendingMomentumFromImpactParam(Double_t ImpactParam) const
 257 {
 258   // Returns signed bending momentum in bending plane (GeV/c),
 259   // the sign being the sign of the charge for particles moving forward in Z,
 260   // from the impact parameter "ImpactParam" at vertex in bending plane (cm),
 261   // using simple values for dipole magnetic field.
 262   return (-0.0003 * fSimpleBValue * fSimpleBLength * fSimpleBPosition /
 263           ImpactParam);
 264 }
 265
 266 //__________________________________________________________________________
 267 void AliMUONEventReconstructor::SetBkgGeantFile(Text_t *BkgGeantFileName)
 268 {
 269   // Set background file ... for GEANT hits
 270   // Must be called after having loaded the firts signal event
 271   if (fPrintLevel >= 0) {
 272     cout << "Enter SetBkgGeantFile with BkgGeantFileName ``"
 273          << BkgGeantFileName << "''" << endl;}
 274   if (strlen(BkgGeantFileName)) {
 275     // BkgGeantFileName not empty: try to open the file
 276     if (fPrintLevel >= 2) {cout << "Before File(Bkg)" << endl; gDirectory->Dump();}
 277     fBkgGeantFile = new TFile(BkgGeantFileName);
 278     if (fPrintLevel >= 2) {cout << "After File(Bkg)" << endl; gDirectory->Dump();}
 279     if (fBkgGeantFile-> IsOpen()) {
 280       if (fPrintLevel >= 0) {
 281         cout << "Background for GEANT hits in file: ``" << BkgGeantFileName
 282              << "'' successfully opened" << endl;}
 283     }
 284     else {
 285       cout << "Background for GEANT hits in file: " << BkgGeantFileName << endl;
 286       cout << "NOT FOUND: EXIT" << endl;
 287       exit(0); // right instruction for exit ????
 288     }
 289     // Arrays for "particles" and "hits"
 290     fBkgGeantParticles = new TClonesArray("TParticle", 200);
 291     fBkgGeantHits = new TClonesArray("AliMUONHit", 2000);
 292     // Event number to -1 for initialization
 293     fBkgGeantEventNumber = -1;
 294     // Back to the signal file:
 295     // first signal event must have been loaded previously,
 296     // otherwise, Segmentation violation at the next instruction
 297     // How is it possible to do smething better ????
 298     ((gAlice->TreeK())->GetCurrentFile())->cd();
 299     if (fPrintLevel >= 2) {cout << "After cd(gAlice)" << endl; gDirectory->Dump();}
 300   }
 301   return;
 302 }
 303
 304 //__________________________________________________________________________
 305 void AliMUONEventReconstructor::NextBkgGeantEvent(void)
 306 {
 307   // Get next event in background file for GEANT hits
 308   // Goes back to event number 0 when end of file is reached
 309   char treeName[20];
 310   TBranch *branch;
 311   if (fPrintLevel >= 0) {
 312     cout << "Enter NextBkgGeantEvent" << endl;}
 313   // Clean previous event
 314   if(fBkgGeantTK) delete fBkgGeantTK;
 315   fBkgGeantTK = NULL;
 316   if(fBkgGeantParticles) fBkgGeantParticles->Clear();
 317   if(fBkgGeantTH) delete fBkgGeantTH;
 318   fBkgGeantTH = NULL;
 319   if(fBkgGeantHits) fBkgGeantHits->Clear();
 320   // Increment event number
 321   fBkgGeantEventNumber++;
 322   // Get access to Particles and Hits for event from background file
 323   if (fPrintLevel >= 2) {cout << "Before cd(Bkg)" << endl; gDirectory->Dump();}
 324   fBkgGeantFile->cd();
 325   if (fPrintLevel >= 2) {cout << "After cd(Bkg)" << endl; gDirectory->Dump();}
 326   // Particles: TreeK for event and branch "Particles"
 327   sprintf(treeName, "TreeK%d", fBkgGeantEventNumber);
 328   fBkgGeantTK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 329   if (!fBkgGeantTK) {
 330     if (fPrintLevel >= 0) {
 331       cout << "Cannot find Kine Tree for background event: " <<
 332         fBkgGeantEventNumber << endl;
 333       cout << "Goes back to event 0" << endl;
 334     }
 335     fBkgGeantEventNumber = 0;
 336     sprintf(treeName, "TreeK%d", fBkgGeantEventNumber);
 337     fBkgGeantTK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 338     if (!fBkgGeantTK) {
 339       cout << "ERROR: cannot find Kine Tree for background event: " <<
 340         fBkgGeantEventNumber << endl;
 341       exit(0);
 342     }
 343   }
 344   if (fBkgGeantTK)
 345     fBkgGeantTK->SetBranchAddress("Particles", &fBkgGeantParticles);
 346   fBkgGeantTK->GetEvent(0); // why event 0 ???? necessary ????
 347   // Hits: TreeH for event and branch "MUON"
 348   sprintf(treeName, "TreeH%d", fBkgGeantEventNumber);
 349   fBkgGeantTH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 350   if (!fBkgGeantTH) {
 351     cout << "ERROR: cannot find Hits Tree for background event: " <<
 352       fBkgGeantEventNumber << endl;
 353       exit(0);
 354   }
 355   if (fBkgGeantTH && fBkgGeantHits) {
 356     branch = fBkgGeantTH->GetBranch("MUON");
 357     if (branch) branch->SetAddress(&fBkgGeantHits);
 358   }
 359   fBkgGeantTH->GetEntries(); // necessary ????
 360   // Back to the signal file
 361   ((gAlice->TreeK())->GetCurrentFile())->cd();
 362   if (fPrintLevel >= 2) {cout << "After cd(gAlice)" << endl; gDirectory->Dump();}
 363   return;
 364 }
 365
 366 //__________________________________________________________________________
 367 void AliMUONEventReconstructor::EventReconstruct(void)
 368 {
 369   // To reconstruct one event
 370   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter EventReconstruct" << endl;
 371   MakeEventToBeReconstructed();
 372   MakeSegments();
 373   MakeTracks();
 374   return;
 375 }
 376
 377 //__________________________________________________________________________
 378 void AliMUONEventReconstructor::EventReconstructTrigger(void)
 379 {
 380   // To reconstruct one event
 381   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter EventReconstructTrigger" << endl;
 382   MakeTriggerTracks();
 383   return;
 384 }
 385
 386   //__________________________________________________________________________
 387 void AliMUONEventReconstructor::ResetHitsForRec(void)
 388 {
 389   // To reset the array and the number of HitsForRec,
 390   // and also the number of HitsForRec
 391   // and the index of the first HitForRec per chamber
 392   if (fHitsForRecPtr) fHitsForRecPtr->Clear();
 393   fNHitsForRec = 0;
 394   for (Int_t ch = 0; ch < kMaxMuonTrackingChambers; ch++)
 395     fNHitsForRecPerChamber[ch] = fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = 0;
 396   return;
 397 }
 398
 399   //__________________________________________________________________________
 400 void AliMUONEventReconstructor::ResetSegments(void)
 401 {
 402   // To reset the TClonesArray of segments and the number of Segments
 403   // for all stations
 404   for (Int_t st = 0; st < kMaxMuonTrackingStations; st++) {
 405     if (fSegmentsPtr[st]) fSegmentsPtr[st]->Clear();
 406     fNSegments[st] = 0;
 407   }
 408   return;
 409 }
 410
 411   //__________________________________________________________________________
 412 void AliMUONEventReconstructor::ResetTracks(void)
 413 {
 414   // To reset the TClonesArray of reconstructed tracks
 415   if (fRecTracksPtr) fRecTracksPtr->Delete();
 416   // Delete in order that the Track destructors are called,
 417   // hence the space for the TClonesArray of pointers to TrackHit's is freed
 418   fNRecTracks = 0;
 419   return;
 420 }
 421
 422   //__________________________________________________________________________
 423 void AliMUONEventReconstructor::ResetTriggerTracks(void)
 424 {
 425   // To reset the TClonesArray of reconstructed trigger tracks
 426     if (fRecTriggerTracksPtr) fRecTriggerTracksPtr->Delete();
 427   // Delete in order that the Track destructors are called,
 428   // hence the space for the TClonesArray of pointers to TrackHit's is freed
 429     fNRecTriggerTracks = 0;
 430   return;
 431 }
 432
 433   //__________________________________________________________________________
 434 void AliMUONEventReconstructor::ResetTrackHits(void)
 435 {
 436   // To reset the TClonesArray of hits on reconstructed tracks
 437   if (fRecTrackHitsPtr) fRecTrackHitsPtr->Clear();
 438   fNRecTrackHits = 0;
 439   return;
 440 }
 441
 442   //__________________________________________________________________________
 443 void AliMUONEventReconstructor::MakeEventToBeReconstructed(void)
 444 {
 445   // To make the list of hits to be reconstructed,
 446   // either from the GEANT hits or from the raw clusters
 447   // according to the parameter set for the reconstructor
 448 //   TString evfoldname = AliConfig::fgkDefaultEventFolderName;//to be interfaced properly
 449
 450 //   AliRunLoader* rl = AliRunLoader::GetRunLoader(evfoldname);
 451 //   if (rl == 0x0)
 452 //    {
 453 //      Error("MakeEventToBeReconstructed",
 454 //            "Can not find Run Loader in Event Folder named %s.",
 455 //            evfoldname.Data());
 456 //      return;
 457 //    }
 458 //   AliLoader* gime = rl->GetLoader("MUONLoader");
 459 //   if (gime == 0x0)
 460 //    {
 461 //      Error("MakeEventToBeReconstructed","Can not get MUON Loader from Run Loader.");
 462 //      return;
 463 //    }
 464
 465   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter MakeEventToBeReconstructed" << endl;
 466   ResetHitsForRec();
 467   if (fRecGeantHits == 1) {
 468     // Reconstruction from GEANT hits
 469     // Back to the signal file
 470       TTree* treeH = fLoader->TreeH();
 471       if (treeH == 0x0)
 472        {
 473          Int_t retval = fLoader->LoadHits();
 474          if ( retval)
 475           {
 476             Error("MakeEventToBeReconstructed","Error occured while loading hits.");
 477             return;
 478           }
 479          treeH = fLoader->TreeH();
 480          if (treeH == 0x0)
 481           {
 482            Error("MakeEventToBeReconstructed","Can not get TreeH");
 483            return;
 484           }
 485        }
 486       fMUONData->SetTreeAddress("H");
 487       AddHitsForRecFromGEANT(treeH);
 488
 489     // Background hits
 490     AddHitsForRecFromBkgGEANT(fBkgGeantTH, fBkgGeantHits);
 491     // Sort HitsForRec in increasing order with respect to chamber number
 492     SortHitsForRecWithIncreasingChamber();
 493   }
 494   else {
 495     // Reconstruction from raw clusters
 496     // AliMUON *MUON  = (AliMUON*) gAlice->GetModule("MUON"); // necessary ????
 497     // Security on MUON ????
 498     // TreeR assumed to be be "prepared" in calling function
 499     // by "MUON->GetTreeR(nev)" ????
 500     TTree *treeR = fLoader->TreeR();
 501     fMUONData->SetTreeAddress("RC");
 502     AddHitsForRecFromRawClusters(treeR);
 503     // No sorting: it is done automatically in the previous function
 504   }
 505   if (fPrintLevel >= 10) {
 506     cout << "end of MakeEventToBeReconstructed" << endl;
 507     cout << "NHitsForRec: " << fNHitsForRec << endl;
 508     for (Int_t ch = 0; ch < kMaxMuonTrackingChambers; ch++) {
 509       cout << "chamber(0...): " << ch
 510            << "  NHitsForRec: " << fNHitsForRecPerChamber[ch]
 511            << "  index(first HitForRec): " << fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch]
 512            << endl;
 513       for (Int_t hit = fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch];
 514            hit < fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] + fNHitsForRecPerChamber[ch];
 515            hit++) {
 516         cout << "HitForRec index(0...): " << hit << endl;
 517         ((*fHitsForRecPtr)[hit])->Dump();
 518       }
 519     }
 520   }
 521   return;
 522 }
 523
 524   //__________________________________________________________________________
 525 void AliMUONEventReconstructor::AddHitsForRecFromGEANT(TTree *TH)
 526 {
 527   // To add to the list of hits for reconstruction
 528   // the GEANT signal hits from a hit tree TH.
 529   Int_t hitBits, chamBits; //AZ
 530   if (fPrintLevel >= 2)
 531     cout << "enter AddHitsForRecFromGEANT with TH: " << TH << endl;
 532   if (TH == NULL) return;
 533   //  AliMUON *pMUON  = (AliMUON*) gAlice->GetModule("MUON"); // necessary ????
 534   //AliMUONData * muondata = pMUON->GetMUONData();
 535   // Security on MUON ????
 536   // See whether it could be the same for signal and background ????
 537   // Loop over tracks in tree
 538   Int_t ntracks = (Int_t) TH->GetEntries();
 539   if (fPrintLevel >= 2)
 540     cout << "ntracks: " << ntracks << endl;
 541   fMuons = 0; //AZ
 542   for (Int_t track = 0; track < ntracks; track++) {
 543     fMUONData->ResetHits();
 544     TH->GetEvent(track);
 545     // Loop over hits
 546     Int_t hit = 0;
 547     hitBits = 0; // AZ
 548     chamBits = 0; // AZ
 549     Int_t itrack = track; //AZ
 550
 551     Int_t ihit, nhits=0;
 552       nhits = (Int_t) fMUONData->Hits()->GetEntriesFast();
 553       AliMUONHit* mHit=0x0;
 554
 555       for(ihit=0; ihit<nhits; ihit++) {
 556         mHit = static_cast<AliMUONHit*>(fMUONData->Hits()->At(ihit));
 557         Int_t ipart = TMath::Abs ((Int_t) mHit->Particle()); //AZ
 558         if (NewHitForRecFromGEANT(mHit,track, hit, 1) && ipart == 13
 559             //if (NewHitForRecFromGEANT(mHit,itrack-1, hit, 1) && ipart == 13
 560             && itrack <= 2 && !BIT(mHit->Chamber()-1)  ) chamBits |= BIT(mHit->Chamber()-1); //AZ - set bit
 561       }
 562
 563     if (chamBits&3 && chamBits>>2&3 && chamBits>>4&3 && chamBits>>6&3 &&
 564         chamBits>>8&3 && ((chamBits>>6&3)==3 || (chamBits>>8&3)==3))
 565       fMuons += 1; //AZ
 566     //if (chamBits&3 && chamBits>>2&3 && chamBits>>4&3 && chamBits>>6&3 &&
 567     //      chamBits>>8&3 && ((chamBits>>6&3)==3 || (chamBits>>8&3)==3) &&
 568     //      ((chamBits&3)==3 || (chamBits>>2&3)==3)) fMuons += 1;
 569   } // end of track loop
 570   return;
 571 }
 572
 573   //__________________________________________________________________________
 574 void AliMUONEventReconstructor::AddHitsForRecFromBkgGEANT(TTree *TH, TClonesArray *Hits)
 575 {
 576   // To add to the list of hits for reconstruction
 577   // the GEANT background hits from a hit tree TH and a pointer Hits to a hit list.
 578   // How to have only one function "AddHitsForRecFromGEANT" ????
 579   if (fPrintLevel >= 2)
 580     cout << "enter AddHitsForRecFromBkgGEANT with TH: " << TH << endl;
 581   if (TH == NULL) return;
 582   // Loop over tracks in tree
 583   Int_t ntracks = (Int_t) TH->GetEntries();
 584   if (fPrintLevel >= 2)
 585     cout << "ntracks: " << ntracks << endl;
 586   for (Int_t track = 0; track < ntracks; track++) {
 587     if (Hits) Hits->Clear();
 588     TH->GetEvent(track);
 589     // Loop over hits
 590     for (Int_t hit = 0; hit < Hits->GetEntriesFast(); hit++) {
 591       NewHitForRecFromGEANT((AliMUONHit*) (*Hits)[hit], track, hit, 0);
 592     } // end of hit loop
 593   } // end of track loop
 594   return;
 595 }
 596
 597   //__________________________________________________________________________
 598 AliMUONHitForRec* AliMUONEventReconstructor::NewHitForRecFromGEANT(AliMUONHit* Hit, Int_t TrackNumber, Int_t HitNumber, Int_t Signal)
 599 {
 600   // To make a new hit for reconstruction from a GEANT hit pointed to by "Hit",
 601   // with hit number "HitNumber" in the track numbered "TrackNumber",
 602   // either from signal ("Signal" = 1) or background ("Signal" = 0) event.
 603   // Selects hits in tracking (not trigger) chambers.
 604   // Takes into account the efficiency (fEfficiency)
 605   // and the smearing from resolution (fBendingResolution and fNonBendingResolution).
 606   // Adds a condition on the radius between RMin and RMax
 607   // to better simulate the real chambers.
 608   // Returns the pointer to the new hit for reconstruction,
 609   // or NULL in case of inefficiency or non tracking chamber or bad radius.
 610   // No condition on at most 20 cm from a muon from a resonance
 611   // like in Fortran TRACKF_STAT.
 612   AliMUONHitForRec* hitForRec;
 613   Double_t bendCoor, nonBendCoor, radius;
 614   Int_t chamber = Hit->Chamber() - 1; // chamber(0...)
 615   // only in tracking chambers (fChamber starts at 1)
 616   if (chamber >= kMaxMuonTrackingChambers) return NULL;
 617   // only if hit is efficient (keep track for checking ????)
 618   if (gRandom->Rndm() > fEfficiency) return NULL;
 619   // only if radius between RMin and RMax
 620   bendCoor = Hit->Y();
 621   nonBendCoor = Hit->X();
 622   radius = TMath::Sqrt((bendCoor * bendCoor) + (nonBendCoor * nonBendCoor));
 623   // This cut is not needed with a realistic chamber geometry !!!!
 624 //   if ((radius < fRMin[chamber]) || (radius > fRMax[chamber])) return NULL;
 625   // new AliMUONHitForRec from GEANT hit and increment number of AliMUONHitForRec's
 626   hitForRec = new ((*fHitsForRecPtr)[fNHitsForRec]) AliMUONHitForRec(Hit);
 627   fNHitsForRec++;
 628   // add smearing from resolution
 629   hitForRec->SetBendingCoor(bendCoor + gRandom->Gaus(0., fBendingResolution));
 630   hitForRec->SetNonBendingCoor(nonBendCoor
 631                                + gRandom->Gaus(0., fNonBendingResolution));
 632 //   // !!!! without smearing
 633 //   hitForRec->SetBendingCoor(bendCoor);
 634 //   hitForRec->SetNonBendingCoor(nonBendCoor);
 635   // more information into HitForRec
 636   //  resolution: angular effect to be added here ????
 637   hitForRec->SetBendingReso2(fBendingResolution * fBendingResolution);
 638   hitForRec->SetNonBendingReso2(fNonBendingResolution * fNonBendingResolution);
 639   //  GEANT track info
 640   hitForRec->SetHitNumber(HitNumber);
 641   hitForRec->SetTHTrack(TrackNumber);
 642   hitForRec->SetGeantSignal(Signal);
 643   if (fPrintLevel >= 10) {
 644     cout << "track: " << TrackNumber << " hit: " << HitNumber << endl;
 645     Hit->Dump();
 646     cout << "AliMUONHitForRec number (1...): " << fNHitsForRec << endl;
 647     hitForRec->Dump();}
 648   return hitForRec;
 649 }
 650
 651   //__________________________________________________________________________
 652 void AliMUONEventReconstructor::SortHitsForRecWithIncreasingChamber()
 653 {
 654   // Sort HitsForRec's in increasing order with respect to chamber number.
 655   // Uses the function "Compare".
 656   // Update the information for HitsForRec per chamber too.
 657   Int_t ch, nhits, prevch;
 658   fHitsForRecPtr->Sort();
 659   for (ch = 0; ch < kMaxMuonTrackingChambers; ch++) {
 660     fNHitsForRecPerChamber[ch] = 0;
 661     fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = 0;
 662   }
 663   prevch = 0; // previous chamber
 664   nhits = 0; // number of hits in current chamber
 665   // Loop over HitsForRec
 666   for (Int_t hit = 0; hit < fNHitsForRec; hit++) {
 667     // chamber number (0...)
 668     ch = ((AliMUONHitForRec*)  ((*fHitsForRecPtr)[hit]))->GetChamberNumber();
 669     // increment number of hits in current chamber
 670     (fNHitsForRecPerChamber[ch])++;
 671     // update index of first HitForRec in current chamber
 672     // if chamber number different from previous one
 673     if (ch != prevch) {
 674       fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = hit;
 675       prevch = ch;
 676     }
 677   }
 678   return;
 679 }
 680
 681 //   //__________________________________________________________________________
 682 // void AliMUONEventReconstructor::AddHitsForRecFromCathodeCorrelations(TTree* TC)
 683 // {
 684 //   // OLD VERSION WHEN ONE ONE WAS USING SO CALLED CATHODE CORRELATIONS
 685 //   // To add to the list of hits for reconstruction
 686 //   // the (cathode correlated) raw clusters
 687 //   // No condition added, like in Fortran TRACKF_STAT,
 688 //   // on the radius between RMin and RMax.
 689 //   AliMUONHitForRec *hitForRec;
 690 //   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter AddHitsForRecFromCathodeCorrelations" << endl;
 691 //   AliMUON *MUON  = (AliMUON*) gAlice->GetModule("MUON"); // necessary ????
 692 //   // Security on MUON ????
 693 //   // Loop over tracking chambers
 694 //   for (Int_t ch = 0; ch < kMaxMuonTrackingChambers; ch++) {
 695 //     // number of HitsForRec to 0 for the chamber
 696 //     fNHitsForRecPerChamber[ch] = 0;
 697 //     // index of first HitForRec for the chamber
 698 //     if (ch == 0) fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = 0;
 699 //     else fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = fNHitsForRec;
 700 //     TClonesArray *reconst_hits  = MUON->ReconstHitsAddress(ch);
 701 //     MUON->ResetReconstHits();
 702 //     TC->GetEvent();
 703 //     Int_t ncor = (Int_t)reconst_hits->GetEntries();
 704 //     // Loop over (cathode correlated) raw clusters
 705 //     for (Int_t cor = 0; cor < ncor; cor++) {
 706 //       AliMUONReconstHit * mCor =
 707 //      (AliMUONReconstHit*) reconst_hits->UncheckedAt(cor);
 708 //       // new AliMUONHitForRec from (cathode correlated) raw cluster
 709 //       // and increment number of AliMUONHitForRec's (total and in chamber)
 710 //       hitForRec = new ((*fHitsForRecPtr)[fNHitsForRec]) AliMUONHitForRec(mCor);
 711 //       fNHitsForRec++;
 712 //       (fNHitsForRecPerChamber[ch])++;
 713 //       // more information into HitForRec
 714 //       hitForRec->SetChamberNumber(ch);
 715 //       hitForRec->SetHitNumber(cor);
 716 //       // Z coordinate of the chamber (cm) with sign opposite to GEANT sign
 717 //       // could (should) be more exact from chamber geometry ????
 718 //       hitForRec->SetZ(-(&(MUON->Chamber(ch)))->Z());
 719 //       if (fPrintLevel >= 10) {
 720 //      cout << "chamber (0...): " << ch <<
 721 //        " cathcorrel (0...): " << cor << endl;
 722 //      mCor->Dump();
 723 //      cout << "AliMUONHitForRec number (1...): " << fNHitsForRec << endl;
 724 //      hitForRec->Dump();}
 725 //     } // end of cluster loop
 726 //   } // end of chamber loop
 727 //   return;
 728 // }
 729
 730   //__________________________________________________________________________
 731 void AliMUONEventReconstructor::AddHitsForRecFromRawClusters(TTree* TR)
 732 {
 733   // To add to the list of hits for reconstruction all the raw clusters
 734   // No condition added, like in Fortran TRACKF_STAT,
 735   // on the radius between RMin and RMax.
 736   AliMUONHitForRec *hitForRec;
 737   AliMUONRawCluster *clus;
 738   Int_t iclus, nclus, nTRentries;
 739   TClonesArray *rawclusters;
 740   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter AddHitsForRecFromRawClusters" << endl;
 741
 742 //   TString evfoldname = AliConfig::fgkDefaultEventFolderName;//to be interfaced properly
 743 //   AliRunLoader* rl = AliRunLoader::GetRunLoader(evfoldname);
 744 //   if (rl == 0x0)
 745 //    {
 746 //      Error("MakeEventToBeReconstructed",
 747 //            "Can not find Run Loader in Event Folder named %s.",
 748 //            evfoldname.Data());
 749 //      return;
 750 //    }
 751 //   AliLoader* gime = rl->GetLoader("MUONLoader");
 752 //   if (gime == 0x0)
 753 //    {
 754 //      Error("MakeEventToBeReconstructed","Can not get MUON Loader from Run Loader.");
 755 //      return;
 756 //    }
 757 //    // Loading AliRun master
 758 //   rl->LoadgAlice();
 759 //   gAlice = rl->GetAliRun();
 760
 761   // Loading MUON subsystem
 762   //  AliMUON * pMUON = (AliMUON *) gAlice->GetDetector("MUON");
 763
 764   nTRentries = Int_t(TR->GetEntries());
 765   if (nTRentries != 1) {
 766     cout << "Error in AliMUONEventReconstructor::AddHitsForRecFromRawClusters"
 767          << endl;
 768     cout << "nTRentries = " << nTRentries << " not equal to 1" << endl;
 769     exit(0);
 770   }
 771   fLoader->TreeR()->GetEvent(0); // only one entry
 772
 773   // Loop over tracking chambers
 774   for (Int_t ch = 0; ch < kMaxMuonTrackingChambers; ch++) {
 775     // number of HitsForRec to 0 for the chamber
 776     fNHitsForRecPerChamber[ch] = 0;
 777     // index of first HitForRec for the chamber
 778     if (ch == 0) fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = 0;
 779     else fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = fNHitsForRec;
 780     rawclusters =fMUONData->RawClusters(ch);
 781 //     pMUON->ResetRawClusters();
 782 //     TR->GetEvent((Int_t) (TR->GetEntries()) - 1); // to be checked ????
 783     nclus = (Int_t) (rawclusters->GetEntries());
 784     // Loop over (cathode correlated) raw clusters
 785     for (iclus = 0; iclus < nclus; iclus++) {
 786       clus = (AliMUONRawCluster*) rawclusters->UncheckedAt(iclus);
 787       // new AliMUONHitForRec from raw cluster
 788       // and increment number of AliMUONHitForRec's (total and in chamber)
 789       hitForRec = new ((*fHitsForRecPtr)[fNHitsForRec]) AliMUONHitForRec(clus);
 790       fNHitsForRec++;
 791       (fNHitsForRecPerChamber[ch])++;
 792       // more information into HitForRec
 793       //  resolution: info should be already in raw cluster and taken from it ????
 794       hitForRec->SetBendingReso2(fBendingResolution * fBendingResolution);
 795       hitForRec->SetNonBendingReso2(fNonBendingResolution * fNonBendingResolution);
 796       //  original raw cluster
 797       hitForRec->SetChamberNumber(ch);
 798       hitForRec->SetHitNumber(iclus);
 799       // Z coordinate of the raw cluster (cm)
 800       hitForRec->SetZ(clus->fZ[0]);
 801       if (fPrintLevel >= 10) {
 802         cout << "chamber (0...): " << ch <<
 803           " raw cluster (0...): " << iclus << endl;
 804         clus->Dump();
 805         cout << "AliMUONHitForRec number (1...): " << fNHitsForRec << endl;
 806         hitForRec->Dump();}
 807     } // end of cluster loop
 808   } // end of chamber loop
 809   SortHitsForRecWithIncreasingChamber(); //AZ
 810   return;
 811 }
 812
 813   //__________________________________________________________________________
 814 void AliMUONEventReconstructor::MakeSegments(void)
 815 {
 816   // To make the list of segments in all stations,
 817   // from the list of hits to be reconstructed
 818   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter MakeSegments" << endl;
 819   ResetSegments();
 820   // Loop over stations
 821   Int_t nb = (fTrackMethod == 2) ? 3 : 0; //AZ
 822   //AZ for (Int_t st = 0; st < kMaxMuonTrackingStations; st++)
 823   for (Int_t st = nb; st < kMaxMuonTrackingStations; st++) //AZ
 824     MakeSegmentsPerStation(st);
 825   if (fPrintLevel >= 10) {
 826     cout << "end of MakeSegments" << endl;
 827     for (Int_t st = 0; st < kMaxMuonTrackingStations; st++) {
 828       cout << "station(0...): " << st
 829            << "  Segments: " << fNSegments[st]
 830            << endl;
 831       for (Int_t seg = 0;
 832            seg < fNSegments[st];
 833            seg++) {
 834         cout << "Segment index(0...): " << seg << endl;
 835         ((*fSegmentsPtr[st])[seg])->Dump();
 836       }
 837     }
 838   }
 839   return;
 840 }
 841
 842   //__________________________________________________________________________
 843 void AliMUONEventReconstructor::MakeSegmentsPerStation(Int_t Station)
 844 {
 845   // To make the list of segments in station number "Station" (0...)
 846   // from the list of hits to be reconstructed.
 847   // Updates "fNSegments"[Station].
 848   // Segments in stations 4 and 5 are sorted
 849   // according to increasing absolute value of "impact parameter"
 850   AliMUONHitForRec *hit1Ptr, *hit2Ptr;
 851   AliMUONSegment *segment;
 852   Bool_t last2st;
 853   Double_t bendingSlope, distBend, distNonBend, extBendCoor, extNonBendCoor,
 854       impactParam = 0., maxImpactParam = 0., minImpactParam = 0.; // =0 to avoid compilation warnings.
 855   AliMUON *pMUON  = (AliMUON*) gAlice->GetModule("MUON"); // necessary ????
 856   if (fPrintLevel >= 1)
 857     cout << "enter MakeSegmentsPerStation (0...) " << Station << endl;
 858   // first and second chambers (0...) in the station
 859   Int_t ch1 = 2 * Station;
 860   Int_t ch2 = ch1 + 1;
 861   // variable true for stations downstream of the dipole:
 862   // Station(0..4) equal to 3 or 4
 863   if ((Station == 3) || (Station == 4)) {
 864     last2st = kTRUE;
 865     // maximum impact parameter (cm) according to fMinBendingMomentum...
 866     maxImpactParam =
 867       TMath::Abs(GetImpactParamFromBendingMomentum(fMinBendingMomentum));
 868     // minimum impact parameter (cm) according to fMaxBendingMomentum...
 869     minImpactParam =
 870       TMath::Abs(GetImpactParamFromBendingMomentum(fMaxBendingMomentum));
 871   }
 872   else last2st = kFALSE;
 873   // extrapolation factor from Z of first chamber to Z of second chamber
 874   // dZ to be changed to take into account fine structure of chambers ????
 875   Double_t extrapFact =
 876     (&(pMUON->Chamber(ch2)))->Z() / (&(pMUON->Chamber(ch1)))->Z();
 877   // index for current segment
 878   Int_t segmentIndex = 0;
 879   // Loop over HitsForRec in the first chamber of the station
 880   for (Int_t hit1 = fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch1];
 881        hit1 < fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch1] + fNHitsForRecPerChamber[ch1];
 882        hit1++) {
 883     // pointer to the HitForRec
 884     hit1Ptr = (AliMUONHitForRec*) ((*fHitsForRecPtr)[hit1]);
 885     // extrapolation,
 886     // on the straight line joining the HitForRec to the vertex (0,0,0),
 887     // to the Z of the second chamber of the station
 888     extBendCoor = extrapFact * hit1Ptr->GetBendingCoor();
 889     extNonBendCoor = extrapFact * hit1Ptr->GetNonBendingCoor();
 890     // Loop over HitsForRec in the second chamber of the station
 891     for (Int_t hit2 = fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch2];
 892          hit2 < fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch2] + fNHitsForRecPerChamber[ch2];
 893          hit2++) {
 894       // pointer to the HitForRec
 895       hit2Ptr = (AliMUONHitForRec*) ((*fHitsForRecPtr)[hit2]);
 896       // absolute values of distances, in bending and non bending planes,
 897       // between the HitForRec in the second chamber
 898       // and the previous extrapolation
 899       distBend = TMath::Abs(hit2Ptr->GetBendingCoor() - extBendCoor);
 900       distNonBend = TMath::Abs(hit2Ptr->GetNonBendingCoor() - extNonBendCoor);
 901       if (last2st) {
 902         // bending slope
 903         bendingSlope = (hit1Ptr->GetBendingCoor() - hit2Ptr->GetBendingCoor()) /
 904           (hit1Ptr->GetZ() - hit2Ptr->GetZ());
 905         // absolute value of impact parameter
 906         impactParam =
 907           TMath::Abs(hit1Ptr->GetBendingCoor() - hit1Ptr->GetZ() * bendingSlope);
 908       }
 909       // check for distances not too large,
 910       // and impact parameter not too big if stations downstream of the dipole.
 911       // Conditions "distBend" and "impactParam" correlated for these stations ????
 912       if ((distBend < fSegmentMaxDistBending[Station]) &&
 913           (distNonBend < fSegmentMaxDistNonBending[Station]) &&
 914           (!last2st || (impactParam < maxImpactParam)) &&
 915           (!last2st || (impactParam > minImpactParam))) {
 916         // make new segment
 917         segment = new ((*fSegmentsPtr[Station])[segmentIndex])
 918           AliMUONSegment(hit1Ptr, hit2Ptr);
 919         // update "link" to this segment from the hit in the first chamber
 920         if (hit1Ptr->GetNSegments() == 0)
 921           hit1Ptr->SetIndexOfFirstSegment(segmentIndex);
 922         hit1Ptr->SetNSegments(hit1Ptr->GetNSegments() + 1);
 923         if (fPrintLevel >= 10) {
 924           cout << "segmentIndex(0...): " << segmentIndex
 925                << "  distBend: " << distBend
 926                << "  distNonBend: " << distNonBend
 927                << endl;
 928           segment->Dump();
 929           cout << "HitForRec in first chamber" << endl;
 930           hit1Ptr->Dump();
 931           cout << "HitForRec in second chamber" << endl;
 932           hit2Ptr->Dump();
 933         };
 934         // increment index for current segment
 935         segmentIndex++;
 936       }
 937     } //for (Int_t hit2
 938   } // for (Int_t hit1...
 939   fNSegments[Station] = segmentIndex;
 940   // Sorting according to "impact parameter" if station(1..5) 4 or 5,
 941   // i.e. Station(0..4) 3 or 4, using the function "Compare".
 942   // After this sorting, it is impossible to use
 943   // the "fNSegments" and "fIndexOfFirstSegment"
 944   // of the HitForRec in the first chamber to explore all segments formed with it.
 945   // Is this sorting really needed ????
 946   if ((Station == 3) || (Station == 4)) (fSegmentsPtr[Station])->Sort();
 947   if (fPrintLevel >= 1) cout << "Station: " << Station << "  NSegments: "
 948                              << fNSegments[Station] << endl;
 949   return;
 950 }
 951
 952   //__________________________________________________________________________
 953 void AliMUONEventReconstructor::MakeTracks(void)
 954 {
 955   // To make the tracks,
 956   // from the list of segments and points in all stations
 957   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter MakeTracks" << endl;
 958   // The order may be important for the following Reset's
 959   ResetTracks();
 960   ResetTrackHits();
 961   if (fTrackMethod == 2) { //AZ - Kalman filter
 962     MakeTrackCandidatesK();
 963     // Follow tracks in stations(1..) 3, 2 and 1
 964     FollowTracksK();
 965     // Remove double tracks
 966     RemoveDoubleTracksK();
 967     // Propagate tracks to the vertex thru absorber
 968     GoToVertex();
 969   } else { //AZ
 970     // Look for candidates from at least 3 aligned points in stations(1..) 4 and 5
 971     MakeTrackCandidates();
 972     // Follow tracks in stations(1..) 3, 2 and 1
 973     FollowTracks();
 974     // Remove double tracks
 975     RemoveDoubleTracks();
 976   }
 977   //  AliMUON * pMUON = (AliMUON *) gAlice->GetDetector("MUON");
 978   for(Int_t i=0; i<GetNRecTracks(); i++) {
 979     AliMUONTrack * track = (AliMUONTrack*) GetRecTracksPtr()->At(i);
 980      fMUONData->AddRecTrack(*track);
 981   }
 982   return;
 983 }
 984
 985   //__________________________________________________________________________
 986 void AliMUONEventReconstructor::MakeTriggerTracks(void)
 987 {
 988     // To make the trigger tracks from Local Trigger
 989     if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter MakeTriggerTracks" << endl;
 990     //    ResetTriggerTracks();
 991
 992     Int_t nTRentries;
 993     Long_t gloTrigPat;
 994     TClonesArray *localTrigger;
 995     TClonesArray *globalTrigger;
 996     AliMUONLocalTrigger *locTrg;
 997     AliMUONGlobalTrigger *gloTrg;
 998     AliMUONTriggerCircuit *circuit;
 999     AliMUONTriggerTrack *recTriggerTrack = 0;
1000 //     TString evfoldname = AliConfig::fgkDefaultEventFolderName;//to be interfaced properly
1001 //     AliRunLoader* rl = AliRunLoader::GetRunLoader(evfoldname);
1002 //     if (rl == 0x0)
1003 //     {
1004 //      Error("MakeTriggerTracks",
1005 //            "Can not find Run Loader in Event Folder named %s.",
1006 //            evfoldname.Data());
1007 //      return;
1008 //     }
1009 //     AliLoader* gime = rl->GetLoader("MUONLoader");
1010 //     if (gime == 0x0)
1011 //     {
1012 //      Error("MakeTriggerTracks","Can not get MUON Loader from Run Loader.");
1013 //      return;
1014 //     }
1015     TTree* TR = fLoader->TreeR();
1016
1017     // Loading AliRun master
1018 //     rl->LoadgAlice();
1019 //     gAlice = rl->GetAliRun();
1020
1021     // Loading MUON subsystem
1022     AliMUON * pMUON = (AliMUON *) gAlice->GetDetector("MUON");
1023
1024     nTRentries = Int_t(TR->GetEntries());
1025     if (nTRentries != 1) {
1026       cout << "Error in AliMUONEventReconstructor::MakeTriggerTracks"
1027            << endl;
1028       cout << "nTRentries = " << nTRentries << " not equal to 1" << endl;
1029       exit(0);
1030     }
1031     fLoader->TreeR()->GetEvent(0); // only one entry
1032
1033     fMUONData->SetTreeAddress("GLT");
1034     fMUONData->GetTrigger();
1035
1036     // global trigger for trigger pattern
1037     gloTrigPat = 0;
1038     globalTrigger = fMUONData->GlobalTrigger();
1039     gloTrg = (AliMUONGlobalTrigger*)globalTrigger->UncheckedAt(0);
1040     if (gloTrg->SinglePlusLpt())  gloTrigPat|= 0x1;
1041     if (gloTrg->SinglePlusHpt())  gloTrigPat|= 0x2;
1042     if (gloTrg->SinglePlusApt())  gloTrigPat|= 0x4;
1043
1044     if (gloTrg->SingleMinusLpt()) gloTrigPat|= 0x8;
1045     if (gloTrg->SingleMinusHpt()) gloTrigPat|= 0x10;
1046     if (gloTrg->SingleMinusApt()) gloTrigPat|= 0x20;
1047
1048     if (gloTrg->SingleUndefLpt()) gloTrigPat|= 0x40;
1049     if (gloTrg->SingleUndefHpt()) gloTrigPat|= 0x80;
1050     if (gloTrg->SingleUndefApt()) gloTrigPat|= 0x100;
1051
1052     if (gloTrg->PairUnlikeLpt())  gloTrigPat|= 0x200;
1053     if (gloTrg->PairUnlikeHpt())  gloTrigPat|= 0x400;
1054     if (gloTrg->PairUnlikeApt())  gloTrigPat|= 0x800;
1055
1056     if (gloTrg->PairLikeLpt())    gloTrigPat|= 0x1000;
1057     if (gloTrg->PairLikeHpt())    gloTrigPat|= 0x2000;
1058     if (gloTrg->PairLikeApt())    gloTrigPat|= 0x4000;
1059
1060
1061
1062     // local trigger for tracking
1063     localTrigger = fMUONData->LocalTrigger();
1064     Int_t nlocals = (Int_t) (localTrigger->GetEntries());
1065     Float_t z11 = ( &(pMUON->Chamber(10)) )->Z();
1066     Float_t z21 = ( &(pMUON->Chamber(12)) )->Z();
1067
1068     for (Int_t i=0; i<nlocals; i++) { // loop on Local Trigger
1069       locTrg = (AliMUONLocalTrigger*)localTrigger->UncheckedAt(i);
1070       circuit = &(pMUON->TriggerCircuit(locTrg->LoCircuit()));
1071       Float_t y11 = circuit->GetY11Pos(locTrg->LoStripX());
1072       Int_t stripX21 = locTrg->LoStripX()+locTrg->LoDev()+1;
1073       Float_t y21 = circuit->GetY21Pos(stripX21);
1074       Float_t x11 = circuit->GetX11Pos(locTrg->LoStripY());
1075       Float_t thetax = TMath::ATan2( x11 , z11 );
1076       Float_t thetay = TMath::ATan2( (y21-y11) , (z21-z11) );
1077
1078       recTriggerTrack = new AliMUONTriggerTrack(x11,y11,thetax,thetay,gloTrigPat,this);
1079       // since static statement does not work, set gloTrigPat for each track
1080
1081       //        fNRecTriggerTracks++;
1082       fMUONData->AddRecTriggerTrack(*recTriggerTrack);
1083     } // end of loop on Local Trigger
1084     return;
1085 }
1086
1087   //__________________________________________________________________________
1088 Int_t AliMUONEventReconstructor::MakeTrackCandidatesWithTwoSegments(AliMUONSegment *BegSegment)
1089 {
1090   // To make track candidates with two segments in stations(1..) 4 and 5,
1091   // the first segment being pointed to by "BegSegment".
1092   // Returns the number of such track candidates.
1093   Int_t endStation, iEndSegment, nbCan2Seg;
1094   AliMUONSegment *endSegment, *extrapSegment;
1095   AliMUONTrack *recTrack;
1096   Double_t mcsFactor;
1097   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter MakeTrackCandidatesWithTwoSegments" << endl;
1098   // Station for the end segment
1099   endStation = 7 - (BegSegment->GetHitForRec1())->GetChamberNumber() / 2;
1100   // multiple scattering factor corresponding to one chamber
1101   mcsFactor = 0.0136 /
1102     GetBendingMomentumFromImpactParam(BegSegment->GetBendingImpact());
1103   mcsFactor     = fChamberThicknessInX0 * mcsFactor * mcsFactor;
1104   // linear extrapolation to end station
1105   extrapSegment =
1106     BegSegment->CreateSegmentFromLinearExtrapToStation(endStation, mcsFactor);
1107   // number of candidates with 2 segments to 0
1108   nbCan2Seg = 0;
1109   // Loop over segments in the end station
1110   for (iEndSegment = 0; iEndSegment < fNSegments[endStation]; iEndSegment++) {
1111     // pointer to segment
1112     endSegment = (AliMUONSegment*) ((*fSegmentsPtr[endStation])[iEndSegment]);
1113     // test compatibility between current segment and "extrapSegment"
1114     // 4 because 4 quantities in chi2
1115     if ((endSegment->
1116          NormalizedChi2WithSegment(extrapSegment,
1117                                    fMaxSigma2Distance)) <= 4.0) {
1118       // both segments compatible:
1119       // make track candidate from "begSegment" and "endSegment"
1120       if (fPrintLevel >= 2)
1121         cout << "TrackCandidate with Segment " << iEndSegment <<
1122           " in Station(0..) " << endStation << endl;
1123       // flag for both segments in one track:
1124       // to be done in track constructor ????
1125       BegSegment->SetInTrack(kTRUE);
1126       endSegment->SetInTrack(kTRUE);
1127       recTrack = new ((*fRecTracksPtr)[fNRecTracks])
1128         AliMUONTrack(BegSegment, endSegment, this);
1129       fNRecTracks++;
1130       if (fPrintLevel >= 10) recTrack->RecursiveDump();
1131       // increment number of track candidates with 2 segments
1132       nbCan2Seg++;
1133     }
1134   } // for (iEndSegment = 0;...
1135   delete extrapSegment; // should not delete HitForRec's it points to !!!!
1136   return nbCan2Seg;
1137 }
1138
1139   //__________________________________________________________________________
1140 Int_t AliMUONEventReconstructor::MakeTrackCandidatesWithOneSegmentAndOnePoint(AliMUONSegment *BegSegment)
1141 {
1142   // To make track candidates with one segment and one point
1143   // in stations(1..) 4 and 5,
1144   // the segment being pointed to by "BegSegment".
1145   Int_t ch, ch1, ch2, endStation, iHit, iHitMax, iHitMin, nbCan1Seg1Hit;
1146   AliMUONHitForRec *extrapHitForRec, *hit;
1147   AliMUONTrack *recTrack;
1148   Double_t mcsFactor;
1149   if (fPrintLevel >= 1)
1150     cout << "enter MakeTrackCandidatesWithOneSegmentAndOnePoint" << endl;
1151   // station for the end point
1152   endStation = 7 - (BegSegment->GetHitForRec1())->GetChamberNumber() / 2;
1153   // multiple scattering factor corresponding to one chamber
1154   mcsFactor = 0.0136 /
1155     GetBendingMomentumFromImpactParam(BegSegment->GetBendingImpact());
1156   mcsFactor     = fChamberThicknessInX0 * mcsFactor * mcsFactor;
1157   // first and second chambers(0..) in the end station
1158   ch1 = 2 * endStation;
1159   ch2 = ch1 + 1;
1160   // number of candidates to 0
1161   nbCan1Seg1Hit = 0;
1162   // Loop over chambers of the end station
1163   for (ch = ch2; ch >= ch1; ch--) {
1164     // linear extrapolation to chamber
1165     extrapHitForRec =
1166       BegSegment->CreateHitForRecFromLinearExtrapToChamber(ch, mcsFactor);
1167     // limits for the hit index in the loop
1168     iHitMin = fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch];
1169     iHitMax = iHitMin + fNHitsForRecPerChamber[ch];
1170     // Loop over HitForRec's in the chamber
1171     for (iHit = iHitMin; iHit < iHitMax; iHit++) {
1172       // pointer to HitForRec
1173       hit = (AliMUONHitForRec*) ((*fHitsForRecPtr)[iHit]);
1174       // test compatibility between current HitForRec and "extrapHitForRec"
1175       // 2 because 2 quantities in chi2
1176       if ((hit->
1177            NormalizedChi2WithHitForRec(extrapHitForRec,
1178                                        fMaxSigma2Distance)) <= 2.0) {
1179         // both HitForRec's compatible:
1180         // make track candidate from begSegment and current HitForRec
1181         if (fPrintLevel >= 2)
1182           cout << "TrackCandidate with HitForRec " << iHit <<
1183             " in Chamber(0..) " << ch << endl;
1184         // flag for beginning segments in one track:
1185         // to be done in track constructor ????
1186         BegSegment->SetInTrack(kTRUE);
1187         recTrack = new ((*fRecTracksPtr)[fNRecTracks])
1188           AliMUONTrack(BegSegment, hit, this);
1189         // the right place to eliminate "double counting" ???? how ????
1190         fNRecTracks++;
1191         if (fPrintLevel >= 10) recTrack->RecursiveDump();
1192         // increment number of track candidates
1193         nbCan1Seg1Hit++;
1194       }
1195     } // for (iHit = iHitMin;...
1196     delete extrapHitForRec;
1197   } // for (ch = ch2;...
1198   return nbCan1Seg1Hit;
1199 }
1200
1201   //__________________________________________________________________________
1202 void AliMUONEventReconstructor::MakeTrackCandidates(void)
1203 {
1204   // To make track candidates
1205   // with at least 3 aligned points in stations(1..) 4 and 5
1206   // (two Segment's or one Segment and one HitForRec)
1207   Int_t begStation, iBegSegment, nbCan1Seg1Hit, nbCan2Seg;
1208   AliMUONSegment *begSegment;
1209   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter MakeTrackCandidates" << endl;
1210   // Loop over stations(1..) 5 and 4 for the beginning segment
1211   for (begStation = 4; begStation > 2; begStation--) {
1212     // Loop over segments in the beginning station
1213     for (iBegSegment = 0; iBegSegment < fNSegments[begStation]; iBegSegment++) {
1214       // pointer to segment
1215       begSegment = (AliMUONSegment*) ((*fSegmentsPtr[begStation])[iBegSegment]);
1216       if (fPrintLevel >= 2)
1217         cout << "look for TrackCandidate's with Segment " << iBegSegment <<
1218           " in Station(0..) " << begStation << endl;
1219       // Look for track candidates with two segments,
1220       // "begSegment" and all compatible segments in other station.
1221       // Only for beginning station(1..) 5
1222       // because candidates with 2 segments have to looked for only once.
1223       if (begStation == 4)
1224         nbCan2Seg = MakeTrackCandidatesWithTwoSegments(begSegment);
1225       // Look for track candidates with one segment and one point,
1226       // "begSegment" and all compatible HitForRec's in other station.
1227       // Only if "begSegment" does not belong already to a track candidate.
1228       // Is that a too strong condition ????
1229       if (!(begSegment->GetInTrack()))
1230         nbCan1Seg1Hit = MakeTrackCandidatesWithOneSegmentAndOnePoint(begSegment);
1231     } // for (iBegSegment = 0;...
1232   } // for (begStation = 4;...
1233   return;
1234 }
1235
1236   //__________________________________________________________________________
1237 void AliMUONEventReconstructor::FollowTracks(void)
1238 {
1239   // Follow tracks in stations(1..) 3, 2 and 1
1240   // too long: should be made more modular !!!!
1241   AliMUONHitForRec *bestHit, *extrapHit, *extrapCorrHit, *hit;
1242   AliMUONSegment *bestSegment, *extrapSegment, *extrapCorrSegment, *segment;
1243   AliMUONTrack *track, *nextTrack;
1244   AliMUONTrackParam *trackParam1, trackParam[2], trackParamVertex;
1245   // -1 to avoid compilation warnings
1246   Int_t ch = -1, chInStation, chBestHit = -1, iHit, iSegment, station, trackIndex;
1247   Double_t bestChi2, chi2, dZ1, dZ2, dZ3, maxSigma2Distance, mcsFactor;
1248   Double_t bendingMomentum, chi2Norm = 0.;
1249   AliMUON *pMUON = (AliMUON*) gAlice->GetModule("MUON"); // necessary ????
1250   // local maxSigma2Distance, for easy increase in testing
1251   maxSigma2Distance = fMaxSigma2Distance;
1252   if (fPrintLevel >= 2)
1253     cout << "enter FollowTracks" << endl;
1254   // Loop over track candidates
1255   track = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->First();
1256   trackIndex = -1;
1257   while (track) {
1258     // Follow function for each track candidate ????
1259     trackIndex++;
1260     nextTrack = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->After(track); // prepare next track
1261     if (fPrintLevel >= 2)
1262       cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex << endl;
1263     // Fit track candidate
1264     track->SetFitMCS(0); // without multiple Coulomb scattering
1265     track->SetFitNParam(3); // with 3 parameters (X = Y = 0)
1266     track->SetFitStart(0); // from parameters at vertex
1267     track->Fit();
1268     if (fPrintLevel >= 10) {
1269       cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1270            << " after fit in stations(0..) 3 and 4" << endl;
1271       track->RecursiveDump();
1272     }
1273     // Loop over stations(1..) 3, 2 and 1
1274     // something SPECIAL for stations 2 and 1 for majority 3 coincidence ????
1275     // otherwise: majority coincidence 2 !!!!
1276     for (station = 2; station >= 0; station--) {
1277       // Track parameters at first track hit (smallest Z)
1278       trackParam1 = ((AliMUONTrackHit*)
1279                      (track->GetTrackHitsPtr()->First()))->GetTrackParam();
1280       // extrapolation to station
1281       trackParam1->ExtrapToStation(station, trackParam);
1282       extrapSegment = new AliMUONSegment(); //  empty segment
1283       extrapCorrSegment = new AliMUONSegment(); //  empty corrected segment
1284       // multiple scattering factor corresponding to one chamber
1285       // and momentum in bending plane (not total)
1286       mcsFactor = 0.0136 * trackParam1->GetInverseBendingMomentum();
1287       mcsFactor = fChamberThicknessInX0 * mcsFactor * mcsFactor;
1288       // Z difference from previous station
1289       dZ1 = (&(pMUON->Chamber(2 * station)))->Z() -
1290         (&(pMUON->Chamber(2 * station + 2)))->Z();
1291       // Z difference between the two previous stations
1292       dZ2 = (&(pMUON->Chamber(2 * station + 2)))->Z() -
1293         (&(pMUON->Chamber(2 * station + 4)))->Z();
1294       // Z difference between the two chambers in the previous station
1295       dZ3 = (&(pMUON->Chamber(2 * station)))->Z() -
1296         (&(pMUON->Chamber(2 * station + 1)))->Z();
1297       extrapSegment->SetBendingCoorReso2(fBendingResolution * fBendingResolution);
1298       extrapSegment->
1299         SetNonBendingCoorReso2(fNonBendingResolution * fNonBendingResolution);
1300       extrapSegment->UpdateFromStationTrackParam
1301         (trackParam, mcsFactor, dZ1, dZ2, dZ3, station,
1302          trackParam1->GetInverseBendingMomentum());
1303       // same thing for corrected segment
1304       // better to use copy constructor, after checking that it works properly !!!!
1305       extrapCorrSegment->SetBendingCoorReso2(fBendingResolution * fBendingResolution);
1306       extrapCorrSegment->
1307         SetNonBendingCoorReso2(fNonBendingResolution * fNonBendingResolution);
1308       extrapCorrSegment->UpdateFromStationTrackParam
1309         (trackParam, mcsFactor, dZ1, dZ2, dZ3, station,
1310          trackParam1->GetInverseBendingMomentum());
1311       bestChi2 = 5.0;
1312       bestSegment = NULL;
1313       if (fPrintLevel >= 10) {
1314         cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1315              << " Look for segment in station(0..): " << station << endl;
1316       }
1317       // Loop over segments in station
1318       for (iSegment = 0; iSegment < fNSegments[station]; iSegment++) {
1319         // Look for best compatible Segment in station
1320         // should consider all possibilities ????
1321         // multiple scattering ????
1322         // separation in 2 functions: Segment and HitForRec ????
1323         segment = (AliMUONSegment*) ((*fSegmentsPtr[station])[iSegment]);
1324         // correction of corrected segment (fBendingCoor and fNonBendingCoor)
1325         // according to real Z value of "segment" and slopes of "extrapSegment"
1326         extrapCorrSegment->
1327           SetBendingCoor(extrapSegment->GetBendingCoor() +
1328                          extrapSegment->GetBendingSlope() *
1329                          (segment->GetHitForRec1()->GetZ() -
1330                           (&(pMUON->Chamber(2 * station)))->Z()));
1331         extrapCorrSegment->
1332           SetNonBendingCoor(extrapSegment->GetNonBendingCoor() +
1333                             extrapSegment->GetNonBendingSlope() *
1334                             (segment->GetHitForRec1()->GetZ() -
1335                              (&(pMUON->Chamber(2 * station)))->Z()));
1336         chi2 = segment->
1337           NormalizedChi2WithSegment(extrapCorrSegment, maxSigma2Distance);
1338         if (chi2 < bestChi2) {
1339           // update best Chi2 and Segment if better found
1340           bestSegment = segment;
1341           bestChi2 = chi2;
1342         }
1343       }
1344       if (bestSegment) {
1345         // best segment found: add it to track candidate
1346         track->AddSegment(bestSegment);
1347         // set track parameters at these two TrakHit's
1348         track->SetTrackParamAtHit(track->GetNTrackHits() - 2, &(trackParam[0]));
1349         track->SetTrackParamAtHit(track->GetNTrackHits() - 1, &(trackParam[1]));
1350         if (fPrintLevel >= 10) {
1351           cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1352                << " Added segment in station(0..): " << station << endl;
1353           track->RecursiveDump();
1354         }
1355       }
1356       else {
1357         // No best segment found:
1358         // Look for best compatible HitForRec in station:
1359         // should consider all possibilities ????
1360         // multiple scattering ???? do about like for extrapSegment !!!!
1361         extrapHit = new AliMUONHitForRec(); //  empty hit
1362         extrapCorrHit = new AliMUONHitForRec(); //  empty corrected hit
1363         bestChi2 = 3.0;
1364         bestHit = NULL;
1365         if (fPrintLevel >= 10) {
1366           cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1367                << " Segment not found, look for hit in station(0..): " << station
1368                << endl;
1369         }
1370         // Loop over chambers of the station
1371         for (chInStation = 0; chInStation < 2; chInStation++) {
1372           // coordinates of extrapolated hit
1373           extrapHit->
1374             SetBendingCoor((&(trackParam[chInStation]))->GetBendingCoor());
1375           extrapHit->
1376             SetNonBendingCoor((&(trackParam[chInStation]))->GetNonBendingCoor());
1377           // resolutions from "extrapSegment"
1378           extrapHit->SetBendingReso2(extrapSegment->GetBendingCoorReso2());
1379           extrapHit->SetNonBendingReso2(extrapSegment->GetNonBendingCoorReso2());
1380           // same things for corrected hit
1381           // better to use copy constructor, after checking that it works properly !!!!
1382           extrapCorrHit->
1383             SetBendingCoor((&(trackParam[chInStation]))->GetBendingCoor());
1384           extrapCorrHit->
1385             SetNonBendingCoor((&(trackParam[chInStation]))->GetNonBendingCoor());
1386           extrapHit->SetBendingReso2(extrapSegment->GetBendingCoorReso2());
1387           extrapHit->SetNonBendingReso2(extrapSegment->GetNonBendingCoorReso2());
1388           // Loop over hits in the chamber
1389           ch = 2 * station + chInStation;
1390           for (iHit = fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch];
1391                iHit < fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] +
1392                  fNHitsForRecPerChamber[ch];
1393                iHit++) {
1394             hit = (AliMUONHitForRec*) ((*fHitsForRecPtr)[iHit]);
1395             // correction of corrected hit (fBendingCoor and fNonBendingCoor)
1396             // according to real Z value of "hit" and slopes of right "trackParam"
1397             extrapCorrHit->
1398               SetBendingCoor((&(trackParam[chInStation]))->GetBendingCoor() +
1399                              (&(trackParam[chInStation]))->GetBendingSlope() *
1400                              (hit->GetZ() -
1401                               (&(trackParam[chInStation]))->GetZ()));
1402             extrapCorrHit->
1403               SetNonBendingCoor((&(trackParam[chInStation]))->GetNonBendingCoor() +
1404                                 (&(trackParam[chInStation]))->GetNonBendingSlope() *
1405                                 (hit->GetZ() -
1406                                  (&(trackParam[chInStation]))->GetZ()));
1407             // condition for hit not already in segment ????
1408             chi2 = hit->NormalizedChi2WithHitForRec(extrapHit, maxSigma2Distance);
1409             if (chi2 < bestChi2) {
1410               // update best Chi2 and HitForRec if better found
1411               bestHit = hit;
1412               bestChi2 = chi2;
1413               chBestHit = chInStation;
1414             }
1415           }
1416         }
1417         if (bestHit) {
1418           // best hit found: add it to track candidate
1419           track->AddHitForRec(bestHit);
1420           // set track parameters at this TrackHit
1421           track->SetTrackParamAtHit(track->GetNTrackHits() - 1,
1422                                     &(trackParam[chBestHit]));
1423           if (fPrintLevel >= 10) {
1424             cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1425                  << " Added hit in station(0..): " << station << endl;
1426             track->RecursiveDump();
1427           }
1428         }
1429         else {
1430           // Remove current track candidate
1431           // and corresponding TrackHit's, ...
1432           track->Remove();
1433           delete extrapSegment;
1434           delete extrapCorrSegment;
1435           delete extrapHit;
1436           delete extrapCorrHit;
1437           break; // stop the search for this candidate:
1438           // exit from the loop over station
1439         }
1440         delete extrapHit;
1441         delete extrapCorrHit;
1442       }
1443       delete extrapSegment;
1444       delete extrapCorrSegment;
1445       // Sort track hits according to increasing Z
1446       track->GetTrackHitsPtr()->Sort();
1447       // Update track parameters at first track hit (smallest Z)
1448       trackParam1 = ((AliMUONTrackHit*)
1449                      (track->GetTrackHitsPtr()->First()))->GetTrackParam();
1450       bendingMomentum = 0.;
1451       if (TMath::Abs(trackParam1->GetInverseBendingMomentum()) > 0.)
1452         bendingMomentum = TMath::Abs(1/(trackParam1->GetInverseBendingMomentum()));
1453       // Track removed if bendingMomentum not in window [min, max]
1454       if ((bendingMomentum < fMinBendingMomentum) || (bendingMomentum > fMaxBendingMomentum)) {
1455         track->Remove();
1456         break; // stop the search for this candidate:
1457         // exit from the loop over station
1458       }
1459       // Track fit
1460       // with multiple Coulomb scattering if all stations
1461       if (station == 0) track->SetFitMCS(1);
1462       // without multiple Coulomb scattering if not all stations
1463       else track->SetFitMCS(0);
1464       track->SetFitNParam(5);  // with 5 parameters (momentum and position)
1465       track->SetFitStart(1);  // from parameters at first hit
1466       track->Fit();
1467       Double_t numberOfDegFree = (2.0 * track->GetNTrackHits() - 5);
1468       if (numberOfDegFree > 0) {
1469         chi2Norm =  track->GetFitFMin() / numberOfDegFree;
1470       } else {
1471         chi2Norm = 1.e10;
1472       }
1473       // Track removed if normalized chi2 too high
1474       if (chi2Norm > fMaxChi2) {
1475         track->Remove();
1476         break; // stop the search for this candidate:
1477         // exit from the loop over station
1478       }
1479       if (fPrintLevel >= 10) {
1480         cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1481              << " after fit from station(0..): " << station << " to 4" << endl;
1482         track->RecursiveDump();
1483       }
1484       // Track extrapolation to the vertex through the absorber (Branson)
1485       // after going through the first station
1486       if (station == 0) {
1487         trackParamVertex = *trackParam1;
1488         (&trackParamVertex)->ExtrapToVertex();
1489         track->SetTrackParamAtVertex(&trackParamVertex);
1490         if (fPrintLevel >= 1) {
1491           cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1492                << " after extrapolation to vertex" << endl;
1493           track->RecursiveDump();
1494         }
1495       }
1496     } // for (station = 2;...
1497     // go really to next track
1498     track = nextTrack;
1499   } // while (track)
1500   // Compression of track array (necessary after Remove ????)
1501   fRecTracksPtr->Compress();
1502   return;
1503 }
1504
1505   //__________________________________________________________________________
1506 void AliMUONEventReconstructor::RemoveDoubleTracks(void)
1507 {
1508   // To remove double tracks.
1509   // Tracks are considered identical
1510   // if they have at least half of their hits in common.
1511   // Among two identical tracks, one keeps the track with the larger number of hits
1512   // or, if these numbers are equal, the track with the minimum Chi2.
1513   AliMUONTrack *track1, *track2, *trackToRemove;
1514   Bool_t identicalTracks;
1515   Int_t hitsInCommon, nHits1, nHits2;
1516   identicalTracks = kTRUE;
1517   while (identicalTracks) {
1518     identicalTracks = kFALSE;
1519     // Loop over first track of the pair
1520     track1 = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->First();
1521     while (track1 && (!identicalTracks)) {
1522       nHits1 = track1->GetNTrackHits();
1523       // Loop over second track of the pair
1524       track2 = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->After(track1);
1525       while (track2 && (!identicalTracks)) {
1526         nHits2 = track2->GetNTrackHits();
1527         // number of hits in common between two tracks
1528         hitsInCommon = track1->HitsInCommon(track2);
1529         // check for identical tracks
1530         if ((4 * hitsInCommon) >= (nHits1 + nHits2)) {
1531           identicalTracks = kTRUE;
1532           // decide which track to remove
1533           if (nHits1 > nHits2) trackToRemove = track2;
1534           else if (nHits1 < nHits2) trackToRemove = track1;
1535           else if ((track1->GetFitFMin()) < (track2->GetFitFMin()))
1536             trackToRemove = track2;
1537           else trackToRemove = track1;
1538           // remove it
1539           trackToRemove->Remove();
1540         }
1541         track2 = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->After(track2);
1542       } // track2
1543       track1 = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->After(track1);
1544     } // track1
1545   }
1546   return;
1547 }
1548
1549   //__________________________________________________________________________
1550 void AliMUONEventReconstructor::EventDump(void)
1551 {
1552   // Dump reconstructed event (track parameters at vertex and at first hit),
1553   // and the particle parameters
1554
1555   AliMUONTrack *track;
1556   AliMUONTrackParam *trackParam, *trackParam1;
1557   Double_t bendingSlope, nonBendingSlope, pYZ;
1558   Double_t pX, pY, pZ, x, y, z, c;
1559   Int_t np, trackIndex, nTrackHits;
1560
1561   if (fPrintLevel >= 1) cout << "****** enter EventDump ******" << endl;
1562   if (fPrintLevel >= 1) {
1563     cout << " Number of Reconstructed tracks :" <<  fNRecTracks << endl;
1564   }
1565   fRecTracksPtr->Compress(); // for simple loop without "Next" since no hole
1566   // Loop over reconstructed tracks
1567   for (trackIndex = 0; trackIndex < fNRecTracks; trackIndex++) {
1568     if (fTrackMethod != 1) continue; //AZ - skip the rest for now
1569     if (fPrintLevel >= 1)
1570       cout << " track number: " << trackIndex << endl;
1571     // function for each track for modularity ????
1572     track = (AliMUONTrack*) ((*fRecTracksPtr)[trackIndex]);
1573     nTrackHits = track->GetNTrackHits();
1574     if (fPrintLevel >= 1)
1575       cout << " number of track hits: " << nTrackHits << endl;
1576     // track parameters at Vertex
1577     trackParam = track->GetTrackParamAtVertex();
1578     x = trackParam->GetNonBendingCoor();
1579     y = trackParam->GetBendingCoor();
1580     z = trackParam->GetZ();
1581     bendingSlope = trackParam->GetBendingSlope();
1582     nonBendingSlope = trackParam->GetNonBendingSlope();
1583     pYZ = 1/TMath::Abs(trackParam->GetInverseBendingMomentum());
1584     pZ = pYZ/TMath::Sqrt(1+bendingSlope*bendingSlope);
1585     pX = pZ * nonBendingSlope;
1586     pY = pZ * bendingSlope;
1587     c = TMath::Sign(1.0, trackParam->GetInverseBendingMomentum());
1588     if (fPrintLevel >= 1)
1589       printf(" track parameters at Vertex z= %f: X= %f Y= %f pX= %f pY= %f pZ= %f c= %f\n",
1590              z, x, y, pX, pY, pZ, c);
1591
1592     // track parameters at first hit
1593     trackParam1 = ((AliMUONTrackHit*)
1594                    (track->GetTrackHitsPtr()->First()))->GetTrackParam();
1595     x = trackParam1->GetNonBendingCoor();
1596     y = trackParam1->GetBendingCoor();
1597     z = trackParam1->GetZ();
1598     bendingSlope = trackParam1->GetBendingSlope();
1599     nonBendingSlope = trackParam1->GetNonBendingSlope();
1600     pYZ = 1/TMath::Abs(trackParam1->GetInverseBendingMomentum());
1601     pZ = pYZ/TMath::Sqrt(1.0 + bendingSlope * bendingSlope);
1602     pX = pZ * nonBendingSlope;
1603     pY = pZ * bendingSlope;
1604     c = TMath::Sign(1.0, trackParam1->GetInverseBendingMomentum());
1605     if (fPrintLevel >= 1)
1606       printf(" track parameters at z= %f: X= %f Y= %f pX= %f pY= %f pZ= %f c= %f\n",
1607              z, x, y, pX, pY, pZ, c);
1608   }
1609   // informations about generated particles
1610   np = gAlice->GetMCApp()->GetNtrack();
1611   printf(" **** number of generated particles: %d  \n", np);
1612
1613 //    for (Int_t iPart = 0; iPart < np; iPart++) {
1614 //      p = gAlice->Particle(iPart);
1615 //      printf(" particle %d: type= %d px= %f py= %f pz= %f pdg= %d\n",
1616 //         iPart, p->GetPdgCode(), p->Px(), p->Py(), p->Pz(), p->GetPdgCode());
1617 //    }
1618   return;
1619 }
1620
1621
1622 //__________________________________________________________________________
1623 void AliMUONEventReconstructor::EventDumpTrigger(void)
1624 {
1625   // Dump reconstructed trigger event
1626   // and the particle parameters
1627
1628   AliMUONTriggerTrack *triggertrack ;
1629   Int_t nTriggerTracks = fMUONData->RecTriggerTracks()->GetEntriesFast();
1630
1631   if (fPrintLevel >= 1) {
1632     cout << "****** enter EventDumpTrigger ******" << endl;
1633     cout << " Number of Reconstructed tracks :" <<  nTriggerTracks << endl;
1634   }
1635   // Loop over reconstructed tracks
1636   for (Int_t trackIndex = 0; trackIndex < nTriggerTracks; trackIndex++) {
1637     triggertrack = (AliMUONTriggerTrack*)fMUONData->RecTriggerTracks()->At(trackIndex);
1638       printf(" trigger track number %i x11=%f y11=%f thetax=%f thetay=%f \n",
1639              trackIndex,
1640              triggertrack->GetX11(),triggertrack->GetY11(),
1641              triggertrack->GetThetax(),triggertrack->GetThetay());
1642   }
1643 }
1644
1645 //__________________________________________________________________________
1646 void AliMUONEventReconstructor::FillEvent()
1647 {
1648 // Create a new AliMUONRecoEvent, fill its track list, then add it as a
1649 // leaf in the Event branch of TreeRecoEvent tree
1650    cout << "Enter FillEvent() ...\n";
1651
1652    if (!fRecoEvent) {
1653       fRecoEvent = new AliMUONRecoEvent();
1654    } else {
1655       fRecoEvent->Clear();
1656    }
1657    //save current directory
1658    TDirectory *current =  gDirectory;
1659    if (!fTreeFile)  fTreeFile  = new TFile("tree_reco.root", "RECREATE");
1660    if (!fEventTree) fEventTree = new TTree("TreeRecoEvent", "MUON reconstructed events");
1661    //AZif (fRecoEvent->MakeDumpTracks(fRecTracksPtr)) {
1662    if (fRecoEvent->MakeDumpTracks(fMuons, fRecTracksPtr, this)) { //AZ
1663       if (fPrintLevel > 1) fRecoEvent->EventInfo();
1664       TBranch *branch = fEventTree->GetBranch("Event");
1665       if (!branch) branch = fEventTree->Branch("Event", "AliMUONRecoEvent", &fRecoEvent, 64000);
1666       branch->SetAutoDelete();
1667       fTreeFile->cd();
1668       fEventTree->Fill();
1669       fTreeFile->Write();
1670    }
1671    // restore directory
1672    current->cd();
1673 }
1674
1675 //__________________________________________________________________________
1676 void AliMUONEventReconstructor::MakeTrackCandidatesK(void)
1677 {
1678   // To make initial tracks for Kalman filter from the list of segments
1679   Int_t istat, iseg;
1680   AliMUONSegment *segment;
1681   AliMUONTrackK *trackK;
1682
1683   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter MakeTrackCandidatesK" << endl;
1684   // Reset the TClonesArray of reconstructed tracks
1685   if (fRecTracksPtr) fRecTracksPtr->Delete();
1686   // Delete in order that the Track destructors are called,
1687   // hence the space for the TClonesArray of pointers to TrackHit's is freed
1688   fNRecTracks = 0;
1689
1690   AliMUONTrackK a(this, fHitsForRecPtr); // bad idea ???
1691   // Loop over stations(1...) 5 and 4
1692   for (istat=4; istat>=3; istat--) {
1693     // Loop over segments in the station
1694     for (iseg=0; iseg<fNSegments[istat]; iseg++) {
1695       // Transform segments to tracks and evaluate covariance matrix
1696       segment = (AliMUONSegment*) ((*fSegmentsPtr[istat])[iseg]);
1697       trackK = new ((*fRecTracksPtr)[fNRecTracks]) AliMUONTrackK(segment);
1698       fNRecTracks++;
1699     } // for (iseg=0;...)
1700   } // for (istat=4;...)
1701   return;
1702 }
1703
1704 //__________________________________________________________________________
1705 void AliMUONEventReconstructor::FollowTracksK(void)
1706 {
1707   // Follow tracks using Kalman filter
1708   Bool_t Ok;
1709   Int_t icand, ichamBeg, ichamEnd, chamBits;
1710   Double_t zDipole1, zDipole2;
1711   AliMUONTrackK *trackK;
1712   AliMUONHitForRec *hit;
1713   AliMUONRawCluster *clus;
1714   TClonesArray *rawclusters;
1715   AliMUON *pMUON;
1716   clus = 0; rawclusters = 0;
1717
1718   zDipole1 = GetSimpleBPosition() - GetSimpleBLength()/2;
1719   zDipole2 = zDipole1 + GetSimpleBLength();
1720
1721   // Print hits
1722   pMUON  = (AliMUON*) gAlice->GetModule("MUON");
1723   for (Int_t i1=0; i1<fNHitsForRec; i1++) {
1724     hit = (AliMUONHitForRec*) ((*fHitsForRecPtr)[i1]);
1725     //if (hit->GetTHTrack() > 1 || hit->GetGeantSignal() == 0) continue;
1726     /*
1727     cout << " Hit #" << hit->GetChamberNumber() << " ";
1728     cout << hit->GetBendingCoor() << " ";
1729     cout << hit->GetNonBendingCoor() << " ";
1730     cout << hit->GetZ() << " ";
1731     cout << hit->GetGeantSignal() << " ";
1732     cout << hit->GetTHTrack() << endl;
1733     */
1734     /*
1735     printf(" Hit # %d %10.4f %10.4f %10.4f",
1736            hit->GetChamberNumber(), hit->GetBendingCoor(),
1737            hit->GetNonBendingCoor(), hit->GetZ());
1738     if (fRecGeantHits) {
1739       // from GEANT hits
1740       printf(" %3d %3d \n", hit->GetGeantSignal(), hit->GetTHTrack());
1741     } else {
1742       // from raw clusters
1743       rawclusters = pMUON->RawClustAddress(hit->GetChamberNumber());
1744       clus = (AliMUONRawCluster*) rawclusters->UncheckedAt(hit->
1745                                                GetHitNumber());
1746       printf("%3d", clus->fTracks[1]-1);
1747       if (clus->fTracks[2] != 0) printf("%3d \n", clus->fTracks[2]-1);
1748       else printf("\n");
1749     }
1750     */
1751   }
1752
1753   icand = -1;
1754   Int_t nSeeds = fNRecTracks; // starting number of seeds
1755   // Loop over track candidates
1756   while (icand < fNRecTracks-1) {
1757     icand ++;
1758     trackK = (AliMUONTrackK*) ((*fRecTracksPtr)[icand]);
1759
1760     // Discard candidate which will produce the double track
1761     if (icand > 0) {
1762       Ok = CheckCandidateK(icand,nSeeds);
1763       if (!Ok) {
1764         //trackK->SetRecover(-1); // mark candidate to be removed
1765         //continue;
1766       }
1767     }
1768
1769     Ok = kTRUE;
1770     if (trackK->GetRecover() == 0) hit = (AliMUONHitForRec*)
1771                                    trackK->GetHitOnTrack()->Last(); // last hit
1772     else hit = (AliMUONHitForRec*) (*trackK->GetHitOnTrack())[1]; // 2'nd hit
1773     ichamBeg = hit->GetChamberNumber();
1774     ichamEnd = 0;
1775     // Check propagation direction
1776     if (trackK->GetTrackDir() > 0) {
1777       ichamEnd = 9; // forward propagation
1778       Ok = trackK->KalmanFilter(ichamBeg,ichamEnd,kFALSE,zDipole1,zDipole2);
1779       if (Ok) {
1780         ichamBeg = ichamEnd;
1781         ichamEnd = 6; // backward propagation
1782         // Change weight matrix and zero fChi2 for backpropagation
1783         trackK->StartBack();
1784         Ok = trackK->KalmanFilter(ichamBeg,ichamEnd,kTRUE,zDipole1,zDipole2);
1785         ichamBeg = ichamEnd;
1786         ichamEnd = 0;
1787       }
1788     } else {
1789       if (trackK->GetBPFlag()) {
1790         // backpropagation
1791         ichamEnd = 6; // backward propagation
1792         // Change weight matrix and zero fChi2 for backpropagation
1793         trackK->StartBack();
1794         Ok = trackK->KalmanFilter(ichamBeg,ichamEnd,kTRUE,zDipole1,zDipole2);
1795         ichamBeg = ichamEnd;
1796         ichamEnd = 0;
1797       }
1798     }
1799
1800     if (Ok) {
1801       trackK->SetTrackDir(-1);
1802       trackK->SetBPFlag(kFALSE);
1803       Ok = trackK->KalmanFilter(ichamBeg,ichamEnd,kFALSE,zDipole1,zDipole2);
1804     }
1805     if (Ok) trackK->SetTrackQuality(0); // compute "track quality"
1806     else trackK->SetRecover(-1); // mark candidate to be removed
1807
1808     // Majority 3 of 4 in first 2 stations
1809     chamBits = 0;
1810     for (Int_t i=0; i<trackK->GetNTrackHits(); i++) {
1811       hit = (AliMUONHitForRec*) (*trackK->GetHitOnTrack())[i];
1812       chamBits |= BIT(hit->GetChamberNumber()-1);
1813     }
1814     //if (!((chamBits&3)==3 || (chamBits>>2&3)==3)) trackK->SetRecover(-1);
1815                                  //mark candidate to be removed
1816   } // while
1817
1818   for (Int_t i=0; i<fNRecTracks; i++) {
1819     trackK = (AliMUONTrackK*) ((*fRecTracksPtr)[i]);
1820     if (trackK->GetRecover() < 0) fRecTracksPtr->RemoveAt(i);
1821   }
1822
1823   // Compress TClonesArray
1824   fRecTracksPtr->Compress();
1825   fNRecTracks = fRecTracksPtr->GetEntriesFast();
1826   return;
1827 }
1828
1829 //__________________________________________________________________________
1830 Bool_t AliMUONEventReconstructor::CheckCandidateK(Int_t icand, Int_t nSeeds)
1831 {
1832   // Discards track candidate if it will produce the double track (having
1833   // the same seed segment hits as hits of a good track found before)
1834   AliMUONTrackK *track1, *track2;
1835   AliMUONHitForRec *hit1, *hit2, *hit;
1836
1837   track1 = (AliMUONTrackK*) ((*fRecTracksPtr)[icand]);
1838   hit1 = (AliMUONHitForRec*) (*track1->GetHitOnTrack())[0]; // 1'st hit
1839   hit2 = (AliMUONHitForRec*) (*track1->GetHitOnTrack())[1]; // 2'nd hit
1840
1841   for (Int_t i=0; i<icand; i++) {
1842     track2 = (AliMUONTrackK*) ((*fRecTracksPtr)[i]);
1843     //if (track2->GetRecover() < 0) continue;
1844     if (track2->GetRecover() < 0 && icand >= nSeeds) continue;
1845
1846     if (track1->GetStartSegment() == track2->GetStartSegment()) {
1847       return kFALSE;
1848     } else {
1849       Int_t nSame = 0;
1850       for (Int_t j=0; j<track2->GetNTrackHits(); j++) {
1851         hit = (AliMUONHitForRec*) (*track2->GetHitOnTrack())[j];
1852         if (hit == hit1 || hit == hit2) {
1853           nSame++;
1854           if (nSame == 2) return kFALSE;
1855         }
1856       } // for (Int_t j=0;
1857     }
1858   } // for (Int_t i=0;
1859   return kTRUE;
1860 }
1861
1862 //__________________________________________________________________________
1863 void AliMUONEventReconstructor::RemoveDoubleTracksK(void)
1864 {
1865   // Removes double tracks (sharing more than half of their hits). Keeps
1866   // the track with higher quality
1867   AliMUONTrackK *track1, *track2, *trackToKill;
1868
1869   // Sort tracks according to their quality
1870   fRecTracksPtr->Sort();
1871
1872   // Loop over first track of the pair
1873   track1 = (AliMUONTrackK*) fRecTracksPtr->First();
1874   while (track1) {
1875     // Loop over second track of the pair
1876     track2 = (AliMUONTrackK*) fRecTracksPtr->After(track1);
1877     while (track2) {
1878       // Check whether or not to keep track2
1879       if (!track2->KeepTrack(track1)) {
1880         cout << " Killed track: " << 1/(*track2->GetTrackParameters())(4,0) <<
1881           " " << track2->GetTrackQuality() << endl;
1882         trackToKill = track2;
1883         track2 = (AliMUONTrackK*) fRecTracksPtr->After(track2);
1884         trackToKill->Kill();
1885         fRecTracksPtr->Compress();
1886       } else track2 = (AliMUONTrackK*) fRecTracksPtr->After(track2);
1887     } // track2
1888     track1 = (AliMUONTrackK*) fRecTracksPtr->After(track1);
1889   } // track1
1890
1891   fNRecTracks = fRecTracksPtr->GetEntriesFast();
1892   cout << " Number of Kalman tracks: " << fNRecTracks << endl;
1893 }
1894
1895 //__________________________________________________________________________
1896 void AliMUONEventReconstructor::GoToVertex(void)
1897 {
1898   // Propagates track to the vertex thru absorber
1899   // (using Branson correction for now)
1900
1901   Double_t zVertex;
1902   zVertex = 0;
1903   for (Int_t i=0; i<fNRecTracks; i++) {
1904     //((AliMUONTrackK*)(*fRecTracksPtr)[i])->Branson();
1905     //((AliMUONTrackK*)(*fRecTracksPtr)[i])->GoToZ(zVertex); // w/out absorber
1906     ((AliMUONTrackK*)(*fRecTracksPtr)[i])->SetTrackQuality(1); // compute Chi2
1907     ((AliMUONTrackK*)(*fRecTracksPtr)[i])->GoToVertex(); // with absorber
1908   }
1909 }