PHOS/AliPHOSReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //_________________________________________________________________________
  19 //--
  20 //-- Yves Schutz (SUBATECH)
  21 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and
  22 // derived from STEER/AliReconstructor.
  23 //
  24 // --- ROOT system ---
  25 #include "TGeoManager.h"
  26 #include "TGeoMatrix.h"
  27
  28 // --- Standard library ---
  29
  30 // --- AliRoot header files ---
  31 #include "AliLog.h"
  32 #include "AliAltroMapping.h"
  33 #include "AliESDEvent.h"
  34 #include "AliESDCaloCluster.h"
  35 #include "AliESDCaloCells.h"
  36 #include "AliPHOSReconstructor.h"
  37 #include "AliPHOSClusterizerv1.h"
  38 #include "AliPHOSTrackSegmentMakerv1.h"
  39 #include "AliPHOSPIDv1.h"
  40 #include "AliPHOSTracker.h"
  41 #include "AliRawReader.h"
  42 #include "AliPHOSCalibData.h"
  43 #include "AliCDBEntry.h"
  44 #include "AliCDBManager.h"
  45 #include "AliPHOSTrigger.h"
  46 #include "AliPHOSGeometry.h"
  47 #include "AliPHOSDigit.h"
  48 #include "AliPHOSTrackSegment.h"
  49 #include "AliPHOSEmcRecPoint.h"
  50 #include "AliPHOSRecParticle.h"
  51 #include "AliPHOSRawFitterv0.h"
  52 #include "AliPHOSRawFitterv1.h"
  53 #include "AliPHOSRawFitterv2.h"
  54 #include "AliPHOSRawFitterv3.h"
  55 #include "AliPHOSRawFitterv4.h"
  56 #include "AliPHOSRawDigiProducer.h"
  57 #include "AliPHOSPulseGenerator.h"
  58 #include "AliPHOSTriggerRawDigit.h"
  59 #include "AliPHOSTriggerRawDigiProducer.h"
  60 #include "AliPHOSTriggerParameters.h"
  61
  62 ClassImp(AliPHOSReconstructor)
  63
  64 Bool_t AliPHOSReconstructor::fgDebug = kFALSE ;
  65 TClonesArray*     AliPHOSReconstructor::fgDigitsArray = 0;   // Array of PHOS digits
  66 TObjArray*        AliPHOSReconstructor::fgEMCRecPoints = 0;   // Array of EMC rec.points
  67 AliPHOSCalibData * AliPHOSReconstructor::fgCalibData  = 0 ;
  68 TClonesArray*     AliPHOSReconstructor::fgTriggerDigits = 0;   // Array of PHOS trigger digits
  69
  70 //____________________________________________________________________________
  71 AliPHOSReconstructor::AliPHOSReconstructor() :
  72   fGeom(NULL),fClusterizer(NULL),fTSM(NULL),fPID(NULL),fTmpDigLG(NULL)
  73 {
  74   // ctor
  75   fGeom          = AliPHOSGeometry::GetInstance("IHEP","");
  76   fClusterizer   = new AliPHOSClusterizerv1      (fGeom);
  77   fTSM           = new AliPHOSTrackSegmentMakerv1(fGeom);
  78   fPID           = new AliPHOSPIDv1              (fGeom);
  79   fTmpDigLG      = new TClonesArray("AliPHOSDigit",100);
  80   fgDigitsArray  = new TClonesArray("AliPHOSDigit",100);
  81   fgEMCRecPoints = new TObjArray(100) ;
  82   if (!fgCalibData)
  83     fgCalibData = new AliPHOSCalibData(-1); //use AliCDBManager's run number
  84
  85   fgTriggerDigits  = new TClonesArray("AliPHOSTriggerRawDigit",100);
  86
  87   AliInfo(Form("PHOS bad channel map contains %d bad channel(s).\n",
  88                fgCalibData->GetNumOfEmcBadChannels()));
  89
  90 }
  91
  92 //____________________________________________________________________________
  93 AliPHOSReconstructor::~AliPHOSReconstructor()
  94 {
  95   // dtor
  96   delete fGeom;
  97   delete fClusterizer;
  98   delete fTSM;
  99   delete fPID;
 100   delete fTmpDigLG;
 101   delete fgDigitsArray;
 102   delete fgEMCRecPoints;
 103   delete fgTriggerDigits;
 104 }
 105
 106 //____________________________________________________________________________
 107 void AliPHOSReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
 108 {
 109   // 'single-event' local reco method called by AliReconstruction;
 110   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
 111   // segment maker needs access to the AliESDEvent object to retrieve the tracks reconstructed by
 112   // the global tracking.
 113
 114   fClusterizer->InitParameters();
 115   fClusterizer->SetInput(digitsTree);
 116   fClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 117   if ( Debug() )
 118     fClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ;
 119   else
 120     fClusterizer->Digits2Clusters("") ;
 121 }
 122
 123 //____________________________________________________________________________
 124 void AliPHOSReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
 125                                    AliESDEvent* esd) const
 126 {
 127   // This method produces PHOS rec-particles,
 128   // then it creates AliESDtracks out of them and
 129   // write tracks to the ESD
 130
 131
 132   // do current event; the loop over events is done by AliReconstruction::Run()
 133   fTSM->SetESD(esd) ;
 134   fTSM->SetInput(clustersTree);
 135   if ( Debug() )
 136     fTSM->Clusters2TrackSegments("deb all") ;
 137   else
 138     fTSM->Clusters2TrackSegments("") ;
 139
 140   fPID->SetInput(clustersTree, fTSM->GetTrackSegments()) ;
 141   fPID->SetESD(esd) ;
 142   if ( Debug() )
 143     fPID->TrackSegments2RecParticles("deb all") ;
 144   else
 145     fPID->TrackSegments2RecParticles("") ;
 146
 147   TClonesArray *recParticles  = fPID->GetRecParticles();
 148   Int_t nOfRecParticles = recParticles->GetEntriesFast();
 149
 150   AliDebug(2,Form("%d rec. particles, option %s",nOfRecParticles,GetOption()));
 151
 152   // Read digits array
 153
 154   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("PHOS");
 155   if (!branch) {
 156     AliError("can't get the branch with the PHOS digits !");
 157     return;
 158   }
 159   branch->SetAddress(&fgDigitsArray);
 160   branch->GetEntry(0);
 161
 162   // Get the clusters array
 163
 164   TBranch *emcbranch = clustersTree->GetBranch("PHOSEmcRP");
 165   if (!emcbranch) {
 166     AliError("can't get the branch with the PHOS EMC clusters !");
 167     return;
 168   }
 169
 170   emcbranch->SetAddress(&fgEMCRecPoints);
 171   emcbranch->GetEntry(0);
 172
 173
 174   // Trigger
 175
 176   TBranch *tbranch = digitsTree->GetBranch("TPHOS");
 177   if (tbranch) {
 178
 179     tbranch->SetAddress(&fgTriggerDigits);
 180     tbranch->GetEntry(0);
 181
 182     AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("PHOS");
 183
 184     if (trgESD) {
 185       trgESD->Allocate(fgTriggerDigits->GetEntriesFast());
 186
 187       for (Int_t i = 0; i < fgTriggerDigits->GetEntriesFast(); i++) {
 188         AliPHOSTriggerRawDigit* tdig = (AliPHOSTriggerRawDigit*)fgTriggerDigits->At(i);
 189
 190         Int_t mod,modX,modZ;
 191         tdig->GetModXZ(mod,modX,modZ);
 192
 193         const Int_t relId[4] = {5-mod,0,modX+1,modZ+1};
 194         Int_t absId;
 195
 196         fGeom->RelToAbsNumbering(relId,absId);
 197         trgESD->Add(mod,absId,tdig->GetAmp(),0.,(Int_t*)NULL,0,0,0);
 198       }
 199     }
 200   }
 201
 202 //   //#########Calculate trigger and set trigger info###########
 203
 204 //   AliPHOSTrigger tr ;
 205 //   //   tr.SetPatchSize(1);//create 4x4 patches
 206 //   tr.SetSimulation(kFALSE);
 207 //   tr.Trigger(fgDigitsArray);
 208
 209 //   Float_t maxAmp2x2  = tr.Get2x2MaxAmplitude();
 210 //   Float_t maxAmpnxn  = tr.GetnxnMaxAmplitude();
 211 //   Float_t ampOutOfPatch2x2  = tr.Get2x2AmpOutOfPatch() ;
 212 //   Float_t ampOutOfPatchnxn  = tr.GetnxnAmpOutOfPatch() ;
 213
 214 //   Int_t iSM2x2      = tr.Get2x2SuperModule();
 215 //   Int_t iSMnxn      = tr.GetnxnSuperModule();
 216 //   Int_t iCrystalPhi2x2 = tr.Get2x2CrystalPhi();
 217 //   Int_t iCrystalPhinxn = tr.GetnxnCrystalPhi();
 218 //   Int_t iCrystalEta2x2 = tr.Get2x2CrystalEta();
 219 //   Int_t iCrystalEtanxn = tr.GetnxnCrystalEta();
 220
 221 //   AliDebug(2, Form("Trigger 2x2 max amp %f, out amp %f, SM %d, iphi %d ieta %d",
 222 //                 maxAmp2x2, ampOutOfPatch2x2, iSM2x2,iCrystalPhi2x2, iCrystalEta2x2));
 223 //   AliDebug(2, Form("Trigger 4x4 max amp %f , out amp %f, SM %d, iphi %d, ieta %d",
 224 //                 maxAmpnxn, ampOutOfPatchnxn, iSMnxn,iCrystalPhinxn, iCrystalEtanxn));
 225
 226 //   // Attention! PHOS modules in order to calculate AbsId need to be 1-5 not 0-4 as returns trigger.
 227 //   Int_t iRelId2x2 []= {iSM2x2+1,0,iCrystalPhi2x2,iCrystalEta2x2};
 228 //   Int_t iAbsId2x2 =-1;
 229 //   Int_t iRelIdnxn []= {iSMnxn+1,0,iCrystalPhinxn,iCrystalEtanxn};
 230 //   Int_t iAbsIdnxn =-1;
 231 //   TVector3    pos2x2(-1,-1,-1);
 232 //   TVector3    posnxn(-1,-1,-1);
 233 //   fGeom->RelToAbsNumbering(iRelId2x2, iAbsId2x2);
 234 //   fGeom->RelToAbsNumbering(iRelIdnxn, iAbsIdnxn);
 235 //   fGeom->RelPosInAlice(iAbsId2x2, pos2x2);
 236 //   fGeom->RelPosInAlice(iAbsIdnxn, posnxn);
 237
 238 //   TArrayF triggerPosition(6);
 239 //   triggerPosition[0] = pos2x2(0) ;
 240 //   triggerPosition[1] = pos2x2(1) ;
 241 //   triggerPosition[2] = pos2x2(2) ;
 242 //   triggerPosition[3] = posnxn(0) ;
 243 //   triggerPosition[4] = posnxn(1) ;
 244 //   triggerPosition[5] = posnxn(2) ;
 245
 246 //   TArrayF triggerAmplitudes(4);
 247 //   triggerAmplitudes[0] = maxAmp2x2 ;
 248 //   triggerAmplitudes[1] = ampOutOfPatch2x2 ;
 249 //   triggerAmplitudes[2] = maxAmpnxn ;
 250 //   triggerAmplitudes[3] = ampOutOfPatchnxn ;
 251
 252 //   //esd->SetPHOSTriggerCells(triggerPosition);
 253 //   esd->AddPHOSTriggerPosition(triggerPosition);
 254 //   esd->AddPHOSTriggerAmplitudes(triggerAmplitudes);
 255
 256
 257   //########################################
 258   //############# Fill CaloCells ###########
 259   //########################################
 260
 261   Int_t nDigits = fgDigitsArray->GetEntries();
 262   Int_t idignew = 0 ;
 263   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
 264
 265   const Int_t knEMC = fGeom->GetNModules()*fGeom->GetNPhi()*fGeom->GetNZ();
 266   AliESDCaloCells &phsCells = *(esd->GetPHOSCells());
 267   phsCells.CreateContainer(nDigits);
 268   phsCells.SetType(AliESDCaloCells::kPHOSCell);
 269
 270   // Add to CaloCells only EMC digits with non-zero energy
 271   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
 272     const AliPHOSDigit * dig = (const AliPHOSDigit*)fgDigitsArray->At(idig);
 273     if(dig->GetId() <= knEMC &&
 274        Calibrate(dig->GetEnergy(),dig->GetId()) > GetRecoParam()->GetEMCMinE() ){
 275       Int_t primary = dig->GetPrimary(1) ;
 276       //For real data always primary==-1, we use this field to mark cells with overflow
 277       //in HG channel. This is not needed in MC simulations,
 278       if(primary==-1 && dig->IsLG())
 279         primary=-2 ;
 280       phsCells.SetCell(idignew,dig->GetId(), Calibrate(dig->GetEnergy(),dig->GetId()),
 281                                              CalibrateT(dig->GetTime(),dig->GetId(),dig->IsLG()),
 282                                              primary) ;
 283       idignew++;
 284     }
 285   }
 286   phsCells.SetNumberOfCells(idignew);
 287   phsCells.Sort();
 288
 289   //########################################
 290   //############## Fill CaloClusters #######
 291   //########################################
 292
 293   for (Int_t recpart = 0 ; recpart < nOfRecParticles ; recpart++) {
 294     AliPHOSRecParticle  *rp    = static_cast<AliPHOSRecParticle*>(recParticles->At(recpart));
 295     if (Debug())
 296       rp->Print();
 297     // Get track segment and EMC rec.point associated with this rec.particle
 298     AliPHOSTrackSegment *ts    = static_cast<AliPHOSTrackSegment *>(fTSM->GetTrackSegments()
 299                                                                     ->At(rp->GetPHOSTSIndex()));
 300
 301     AliPHOSEmcRecPoint  *emcRP = static_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>(fgEMCRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()));
 302     AliESDCaloCluster   *ec    = new AliESDCaloCluster() ;
 303
 304     Float_t xyz[3];
 305     for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
 306       xyz[ixyz] = rp->GetPos()[ixyz];
 307
 308     AliDebug(2,Form("Global position xyz=(%f,%f,%f)",xyz[0],xyz[1],xyz[2]));
 309
 310     // Create cell lists
 311
 312     Int_t     cellMult   = emcRP->GetDigitsMultiplicity();
 313     Int_t    *digitsList = emcRP->GetDigitsList();
 314     Float_t  *rpElist    = emcRP->GetEnergiesList() ;
 315     UShort_t *absIdList  = new UShort_t[cellMult];
 316     Double_t *fracList   = new Double_t[cellMult];
 317
 318     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
 319       AliPHOSDigit *digit = static_cast<AliPHOSDigit *>(fgDigitsArray->At(digitsList[iCell]));
 320       absIdList[iCell] = (UShort_t)(digit->GetId());
 321       if (digit->GetEnergy() > 0)
 322         fracList[iCell] = rpElist[iCell]/(Calibrate(digit->GetEnergy(),digit->GetId()));
 323       else
 324         fracList[iCell] = 0;
 325     }
 326
 327     //Primaries
 328     Int_t  primMult  = 0;
 329     Int_t *primList =  emcRP->GetPrimaries(primMult);
 330
 331     Float_t energy=0.;
 332     if (GetRecoParam()->EMCEcore2ESD())
 333       energy = emcRP->GetCoreEnergy();
 334     else
 335       energy = rp->Energy();
 336     //Apply nonlinearity correction
 337     if(GetRecoParam()->GetEMCEnergyCorrectionOn())
 338       energy=CorrectNonlinearity(energy) ;
 339
 340     // fills the ESDCaloCluster
 341     ec->SetType(AliVCluster::kPHOSNeutral);
 342     ec->SetPosition(xyz);                       //rec.point position in MARS
 343     ec->SetE(energy);                           //total or core particle energy
 344     ec->SetDispersion(emcRP->GetDispersion());  //cluster dispersion
 345     ec->SetPID(rp->GetPID()) ;            //array of particle identification
 346     ec->SetM02(emcRP->GetM2x()) ;               //second moment M2x
 347     ec->SetM20(emcRP->GetM2z()) ;               //second moment M2z
 348     ec->SetNExMax(emcRP->GetNExMax());          //number of local maxima
 349     ec->SetEmcCpvDistance(ts->GetCpvDistance("r")); //Only radius, what about separate x,z????
 350     ec->SetTrackDistance(ts->GetCpvDistance("x"),ts->GetCpvDistance("z"));
 351     ec->SetChi2(-1);                     //not yet implemented
 352     ec->SetTOF(emcRP->GetTime());               //Time of flight - already calibrated in EMCRecPoint
 353
 354     //Cells contributing to clusters
 355     ec->SetNCells(cellMult);
 356     ec->SetCellsAbsId(absIdList);
 357     ec->SetCellsAmplitudeFraction(fracList);
 358
 359     //Distance to the nearest bad crystal
 360     ec->SetDistanceToBadChannel(emcRP->GetDistanceToBadCrystal());
 361
 362     //Array of MC indeces
 363     TArrayI arrayPrim(primMult,primList);
 364     ec->AddLabels(arrayPrim);
 365
 366     //Matched ESD track
 367     TArrayI arrayTrackMatched(1);
 368     arrayTrackMatched[0]= ts->GetTrackIndex();
 369     ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
 370
 371     Int_t index = esd->AddCaloCluster(ec);
 372
 373     //Set pointer to this cluster in ESD track
 374     Int_t nt=esd->GetNumberOfTracks();
 375     for (Int_t itr=0; itr<nt; itr++) {
 376       AliESDtrack *esdTrack=esd->GetTrack(itr);
 377       if(!esdTrack->IsPHOS())
 378         continue ;
 379       if(esdTrack->GetPHOScluster()==-recpart){ //we store negative cluster number
 380         esdTrack->SetPHOScluster(index) ;
 381 //no garatie that only one track matched this cluster
 382 //      break ;
 383       }
 384     }
 385
 386     delete ec;
 387     delete [] fracList;
 388     delete [] absIdList;
 389   }
 390   fgDigitsArray ->Clear("C");
 391   fgEMCRecPoints->Clear("C");
 392   recParticles  ->Clear();
 393
 394   //Store PHOS misalignment matrixes
 395   FillMisalMatrixes(esd) ;
 396
 397 }
 398
 399 //____________________________________________________________________________
 400 AliTracker* AliPHOSReconstructor::CreateTracker() const
 401 {
 402   // creates the PHOS tracker
 403   return new AliPHOSTracker();
 404 }
 405
 406 //____________________________________________________________________________
 407 void  AliPHOSReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
 408 {
 409   // Converts raw data to
 410   // PHOS digits
 411   // Works on a single-event basis
 412   rawReader->Reset() ;
 413
 414   AliPHOSRawFitterv0 * fitter ;
 415
 416   const TObjArray* maps = AliPHOSRecoParam::GetMappings();
 417   if(!maps) AliFatal("Cannot retrieve ALTRO mappings!!");
 418
 419   AliAltroMapping *mapping[20];
 420   for(Int_t i = 0; i < 20; i++) {
 421     mapping[i] = (AliAltroMapping*)maps->At(i);
 422   }
 423
 424   if      (strcmp(GetRecoParam()->EMCFitterVersion(),"v0")==0)
 425     fitter=new AliPHOSRawFitterv0();
 426   else if (strcmp(GetRecoParam()->EMCFitterVersion(),"v1")==0)
 427     fitter=new AliPHOSRawFitterv1();
 428   else if (strcmp(GetRecoParam()->EMCFitterVersion(),"v2")==0)
 429     fitter=new AliPHOSRawFitterv2();
 430   else if (strcmp(GetRecoParam()->EMCFitterVersion(),"v3")==0)
 431     fitter=new AliPHOSRawFitterv3();
 432   else
 433     fitter=new AliPHOSRawFitterv4();
 434
 435   fitter->SubtractPedestals(GetRecoParam()->EMCSubtractPedestals());
 436   fitter->SetAmpOffset     (GetRecoParam()->GetGlobalAltroOffset());
 437   fitter->SetAmpThreshold  (GetRecoParam()->GetGlobalAltroThreshold());
 438
 439   TClonesArray *digits = new TClonesArray("AliPHOSDigit",1);
 440   digits->SetName("DIGITS");
 441   Int_t bufsize = 32000;
 442   digitsTree->Branch("PHOS", &digits, bufsize);
 443
 444   AliPHOSRawDigiProducer rdp(rawReader,mapping);
 445
 446   rdp.SetEmcMinAmp(GetRecoParam()->GetEMCRawDigitThreshold()); // in ADC
 447   rdp.SetCpvMinAmp(GetRecoParam()->GetCPVMinE());
 448   rdp.SetSampleQualityCut(GetRecoParam()->GetEMCSampleQualityCut());
 449   rdp.MakeDigits(digits,fTmpDigLG,fitter);
 450
 451   delete fitter ;
 452
 453   TClonesArray *tdigits = new TClonesArray("AliPHOSTriggerRawDigit",1);
 454   tdigits->SetName("TDIGITS");
 455   digitsTree->Branch("TPHOS", &tdigits, bufsize);
 456
 457   rawReader->Reset();
 458   AliPHOSTriggerRawDigiProducer tdp(rawReader);
 459
 460   AliPHOSTriggerParameters* parameters = (AliPHOSTriggerParameters*)AliPHOSRecoParam::GetTriggerParameters();
 461
 462   tdp.SetTriggerParameters(parameters);
 463   tdp.ProcessEvent(tdigits);
 464
 465   if (AliLog::GetGlobalDebugLevel() == 1) {
 466     Int_t modMax=-111;
 467     Int_t colMax=-111;
 468     Int_t rowMax=-111;
 469     Float_t eMax=-333;
 470     //!!!for debug!!!
 471
 472     Int_t relId[4];
 473     for(Int_t iDigit=0; iDigit<digits->GetEntries(); iDigit++) {
 474       AliPHOSDigit* digit = (AliPHOSDigit*)digits->At(iDigit);
 475       if(digit->GetEnergy()>eMax) {
 476         fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(),relId);
 477         eMax=digit->GetEnergy();
 478         modMax=relId[0];
 479         rowMax=relId[2];
 480         colMax=relId[3];
 481       }
 482     }
 483
 484     AliDebug(1,Form("Digit with max. energy:  modMax %d colMax %d rowMax %d  eMax %f\n\n",
 485                     modMax,colMax,rowMax,eMax));
 486   }
 487
 488   digitsTree->Fill();
 489
 490   digits->Delete();
 491   delete digits;
 492
 493   tdigits->Delete();
 494   delete tdigits;
 495 }
 496 //==================================================================================
 497 Float_t AliPHOSReconstructor::Calibrate(Float_t amp, Int_t absId)const{
 498   // Calibrate EMC digit, i.e. multiply its Amp by a factor read from CDB
 499
 500   const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
 501
 502   //Determine rel.position of the cell absolute ID
 503   Int_t relId[4];
 504   geom->AbsToRelNumbering(absId,relId);
 505   Int_t module=relId[0];
 506   Int_t row   =relId[2];
 507   Int_t column=relId[3];
 508   if(relId[1]){ //CPV
 509     Float_t calibration = fgCalibData->GetADCchannelCpv(module,column,row);
 510     return amp*calibration ;
 511   }
 512   else{ //EMC
 513     Float_t calibration = fgCalibData->GetADCchannelEmc(module,column,row);
 514     return amp*calibration ;
 515   }
 516 }
 517 //==================================================================================
 518 Float_t AliPHOSReconstructor::CalibrateT(Float_t time, Int_t absId,Bool_t isLG)const{
 519   // Calibrate EMC digit, i.e. multiply its Amp by a factor read from CDB
 520
 521   const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
 522
 523   //Determine rel.position of the cell absolute ID
 524   Int_t relId[4];
 525   geom->AbsToRelNumbering(absId,relId);
 526   Int_t module=relId[0];
 527   Int_t row   =relId[2];
 528   Int_t column=relId[3];
 529   if(relId[1]){ //CPV
 530     return 0. ;
 531   }
 532   else{ //EMC
 533     if(isLG)
 534       time += fgCalibData->GetLGTimeShiftEmc(module,column,row);
 535     else
 536       time += fgCalibData->GetTimeShiftEmc(module,column,row);
 537     return time ;
 538   }
 539 }
 540 //==================================================================================
 541 void AliPHOSReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
 542   //Store PHOS matrixes in ESD Header
 543
 544   //Check, if matrixes was already stored
 545   for(Int_t mod=0 ;mod<5; mod++){
 546     if(esd->GetPHOSMatrix(mod)!=0)
 547       return ;
 548   }
 549
 550   //Create and store matrixes
 551   if(!gGeoManager){
 552     AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
 553     return ;
 554   }
 555   //Note, that owner of copied marixes will be header
 556   char path[255] ;
 557   TGeoHMatrix * m ;
 558   for(Int_t mod=0; mod<5; mod++){
 559     snprintf(path,255,"/ALIC_1/PHOS_%d",mod+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
 560     if (gGeoManager->cd(path)){
 561       m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
 562       esd->SetPHOSMatrix(new TGeoHMatrix(*m),mod) ;
 563     }
 564     else{
 565       esd->SetPHOSMatrix(NULL,mod) ;
 566     }
 567   }
 568
 569 }
 570 //==================================================================================
 571 Float_t AliPHOSReconstructor::CorrectNonlinearity(Float_t en){
 572
 573   //For backward compatibility, if no RecoParameters found
 574   if(!GetRecoParam()){
 575     return 0.0241+1.0504*en+0.000249*en*en ;
 576   }
 577
 578   if(strcmp(GetRecoParam()->GetNonlinearityCorrectionVersion(),"NoCorrection")==0){
 579     return en ;
 580   }
 581   if(strcmp(GetRecoParam()->GetNonlinearityCorrectionVersion(),"Gustavo2005")==0){
 582     const Float_t *par=GetRecoParam()->GetNonlinearityParams() ;
 583     return par[0]+par[1]*en + par[2]*en*en ;
 584   }
 585   if(strcmp(GetRecoParam()->GetNonlinearityCorrectionVersion(),"Henrik2010")==0){
 586      const Float_t *par=GetRecoParam()->GetNonlinearityParams() ;
 587      return en*(par[0]+par[1]*TMath::Exp(-en*par[2]))*(1.+par[3]*TMath::Exp(-en*par[4]))*(1.+par[6]/(en*en+par[5])) ;
 588   }
 589   //For backward compatibility
 590   if(strcmp(GetRecoParam()->GetNonlinearityCorrectionVersion(),"")==0){
 591     return 0.0241+1.0504*en+0.000249*en*en ;
 592   }
 593   return en ;
 594 }
 595
 596 void AliPHOSReconstructor::readTRUParameters(AliPHOSTriggerParameters* parameters) const
 597 {
 598   //Read trigger parameters.
 599
 600   TString path(gSystem->Getenv("ALICE_ROOT"));
 601   path += "/PHOS/macros/Trigger/OCDB/";
 602
 603   for (Int_t mod = 2; mod < 5; ++mod) { // module
 604     for (Int_t tru = 0; tru < 4; tru++) { // tru row
 605       for (Int_t branch = 0; branch < 2; branch++) { // branch
 606
 607         // Open the Appropriate pedestal file
 608         TString fileName = path;
 609         fileName += "pedestal_m";
 610         fileName = fileName += mod;
 611         fileName+="_r";
 612         fileName+=tru;
 613         fileName+="_b";
 614         fileName+=branch;
 615         fileName+=".dat";
 616         std::ifstream instream;
 617         instream.open(fileName.Data());
 618
 619         // Read pedestals from file
 620         if( ! instream.is_open() )
 621           Printf("E-TRUPedestals: could not open %s", fileName.Data());
 622         else
 623           {
 624             Int_t ped[112];
 625
 626             char ch_s[36];
 627             char *ch_s_p = ch_s;
 628             //Int_t nlines = 0;
 629
 630             Int_t t_ped_0 =0;
 631             Int_t t_ped_1 =0;
 632             Int_t t_ped_2 =0;
 633
 634             for(Int_t n=0; n<112; n++)
 635               {
 636                 instream.getline(ch_s_p,36);
 637                 if (ch_s_p[23]<='9' && ch_s_p[23]>='0')
 638                   {
 639                     t_ped_0 = ch_s_p[23]-'0';
 640                   }
 641                 else if (ch_s_p[23]>='A' && ch_s_p[23]<='Z')
 642                   {
 643                     t_ped_0 = ch_s_p[23]-'A'+10;
 644
 645                   }
 646
 647                 if (ch_s_p[22]<='9' && ch_s_p[22]>='0')
 648                   {
 649                     t_ped_1 = ch_s_p[22]-'0';
 650                   }
 651                 else if (ch_s_p[22]<='Z' && ch_s_p[22]>='A')
 652                   {
 653                     t_ped_1 = ch_s_p[22]-'A'+10;
 654                   }
 655
 656                 if (ch_s_p[21]<='9' && ch_s_p[21]>='0')
 657                   {
 658                     t_ped_2 = ch_s_p[21]-'0';
 659                   }
 660                 else if (ch_s_p[21]<='Z' && ch_s_p[21]>='A')
 661                   {
 662                     t_ped_2 = ch_s_p[21]-'A'+10;
 663                   }
 664
 665                 ped[n]=t_ped_2*256+t_ped_1*16+t_ped_0;
 666
 667
 668               }
 669             for (Int_t xrow = 0; xrow < 8; xrow++){
 670               for (Int_t zcol = 0; zcol < 14; zcol++){
 671                 Int_t pedestal = ped[zcol*8+xrow];
 672
 673                 if( pedestal < 612 && pedestal > 412 ) // resonable
 674                   parameters->SetTRUPedestal(pedestal, mod, tru, branch, xrow, zcol);
 675                 else // unresonable
 676                   continue;
 677               }
 678             }
 679           } // Ends read of pedestals from branch from file.
 680         instream.close();
 681       }// end branch
 682     }// end tru
 683
 684   }// end for mod
 685 }
 686
 687
 688
 689