PHOS/AliPHOSTrigger.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15 /* $Id$ */
  16
  17 //_________________________________________________________________________
  18 //  Class for trigger analysis.
  19 //  Digits are grouped in TRU's (Trigger Units). A TRU consist of 16x28
  20 //  crystals ordered fNTRUPhi x fNTRUZ. The algorithm searches all possible
  21 //  2x2 and nxn (n multiple of 2) crystal combinations per each TRU, adding the
  22 //  digits amplitude and  finding the maximum. If found, look if it is isolated.
  23 //  Maxima are transformed in ADC time samples. Each time bin is compared to the trigger
  24 //  threshold until it is larger and then, triggers are set. Thresholds need to be fixed.
  25 //  Usage:
  26 //
  27 //  //Inside the event loop
  28 //  AliPHOSTrigger *tr = new AliPHOSTrigger();//Init Trigger
  29 //  tr->SetL0Threshold(100);
  30 //  tr->SetL1JetLowPtThreshold(1000);
  31 //  tr->SetL1JetMediumPtThreshold(10000);
  32 //  tr->SetL1JetHighPtThreshold(20000);
  33 //  ....
  34 //  tr->Trigger(); //Execute Trigger
  35 //  tr->Print(""); //Print data members after calculation.
  36 //
  37 //
  38 //*-- Author: Gustavo Conesa & Yves Schutz (IFIC, CERN)
  39 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  40
  41
  42 // --- ROOT system ---
  43
  44 // --- ALIROOT system ---
  45 #include "AliPHOS.h"
  46 #include "AliPHOSTrigger.h"
  47 #include "AliPHOSGeometry.h"
  48 #include "AliPHOSGetter.h"
  49 #include "AliPHOSPulseGenerator.h"
  50 #include "AliTriggerInput.h"
  51
  52
  53 ClassImp(AliPHOSTrigger)
  54
  55 //______________________________________________________________________
  56 AliPHOSTrigger::AliPHOSTrigger()
  57   : AliTriggerDetector(),
  58     f2x2MaxAmp(-1), f2x2CrystalPhi(-1),  f2x2CrystalEta(-1), f2x2SM(0),
  59     fnxnMaxAmp(-1), fnxnCrystalPhi(-1),  fnxnCrystalEta(-1), fnxnSM(0),
  60     fADCValuesHighnxn(0), fADCValuesLownxn(0),
  61     fADCValuesHigh2x2(0), fADCValuesLow2x2(0), fDigitsList(0),
  62     fL0Threshold(50), fL1JetLowPtThreshold(200),   fL1JetMediumPtThreshold(500),
  63     fL1JetHighPtThreshold(1000),
  64     fNTRU(8), fNTRUZ(2), fNTRUPhi(4),
  65     fNCrystalsPhi(16),
  66     fNCrystalsZ(28),
  67     fPatchSize(1), fIsolPatchSize(1),
  68     f2x2AmpOutOfPatch(-1), fnxnAmpOutOfPatch(-1),
  69     f2x2AmpOutOfPatchThres(2),  fnxnAmpOutOfPatchThres(2), //2 GeV out of patch
  70     fIs2x2Isol(kFALSE), fIsnxnIsol(kFALSE),
  71     fSimulation(kTRUE), fIsolateInModule(kTRUE)
  72 {
  73   //ctor
  74   fADCValuesHighnxn = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  75   fADCValuesLownxn  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  76   fADCValuesHigh2x2 = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  77   fADCValuesLow2x2  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  78
  79   SetName("PHOS");
  80   CreateInputs();
  81
  82   //Print("") ;
  83 }
  84
  85 //____________________________________________________________________________
  86 AliPHOSTrigger::AliPHOSTrigger(const AliPHOSTrigger & trig) :
  87   AliTriggerDetector(trig),
  88   f2x2MaxAmp(trig.f2x2MaxAmp),
  89   f2x2CrystalPhi(trig.f2x2CrystalPhi),
  90   f2x2CrystalEta(trig.f2x2CrystalEta),
  91   f2x2SM(trig.f2x2SM),
  92   fnxnMaxAmp(trig.fnxnMaxAmp),
  93   fnxnCrystalPhi(trig.fnxnCrystalPhi),
  94   fnxnCrystalEta(trig.fnxnCrystalEta),
  95   fnxnSM(trig.fnxnSM),
  96   fADCValuesHighnxn(trig.fADCValuesHighnxn),
  97   fADCValuesLownxn(trig.fADCValuesLownxn),
  98   fADCValuesHigh2x2(trig.fADCValuesHigh2x2),
  99   fADCValuesLow2x2(trig.fADCValuesLow2x2),
 100   fDigitsList(trig.fDigitsList),
 101   fL0Threshold(trig.fL0Threshold),
 102   fL1JetLowPtThreshold(trig.fL1JetLowPtThreshold),
 103   fL1JetMediumPtThreshold(trig.fL1JetMediumPtThreshold),
 104   fL1JetHighPtThreshold(trig.fL1JetHighPtThreshold),
 105   fNTRU(trig.fNTRU),
 106   fNTRUZ(trig.fNTRUZ),
 107   fNTRUPhi(trig.fNTRUPhi),
 108   fNCrystalsPhi(trig.fNCrystalsPhi),
 109   fNCrystalsZ(trig. fNCrystalsZ),
 110   fPatchSize(trig.fPatchSize),
 111   fIsolPatchSize(trig.fIsolPatchSize),
 112   f2x2AmpOutOfPatch(trig.f2x2AmpOutOfPatch),
 113   fnxnAmpOutOfPatch(trig.fnxnAmpOutOfPatch),
 114   f2x2AmpOutOfPatchThres(trig.f2x2AmpOutOfPatchThres),
 115   fnxnAmpOutOfPatchThres(trig.fnxnAmpOutOfPatchThres),
 116   fIs2x2Isol(trig.fIs2x2Isol),
 117   fIsnxnIsol(trig.fIsnxnIsol),
 118   fSimulation(trig.fSimulation),
 119   fIsolateInModule(trig.fIsolateInModule)
 120 {
 121   // cpy ctor
 122 }
 123
 124 //_________________________________________________________________________
 125 AliPHOSTrigger & AliPHOSTrigger::operator = (const AliPHOSTrigger &)
 126 {
 127   Fatal("operator =", "no implemented");
 128   return *this;
 129 }
 130
 131 void AliPHOSTrigger::CreateInputs()
 132 {
 133    // inputs
 134
 135    // Do not create inputs again!!
 136    if( fInputs.GetEntriesFast() > 0 ) return;
 137
 138    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_L0",       "PHOS L0", 0x02 ) );
 139    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetHPt_L1","PHOS Jet High Pt L1", 0x04 ) );
 140    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetMPt_L1","PHOS Jet Medium Pt L1", 0x08 ) );
 141    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetLPt_L1","PHOS Jet Low Pt L1", 0x016 ) );
 142
 143 }
 144
 145 //____________________________________________________________________________
 146 void AliPHOSTrigger::FillTRU(const TClonesArray * digits, const AliPHOSGeometry * geom, TClonesArray * ampmatrixtru, TClonesArray * ampmatrixmod, TClonesArray * timeRmatrixtru) const {
 147
 148   //Orders digits ampitudes list and times in fNTRU TRUs (28x16 crystals)
 149   //per module. Each TRU is a TMatrixD, and they are kept in TClonesArrays.
 150   //In a module, the number of TRU in phi is fNTRUPhi, and the number of
 151   //TRU in eta is fNTRUZ. Also fill a matrix with all amplitudes in module for isolation studies.
 152
 153   //Check data members
 154
 155   if(fNTRUZ*fNTRUPhi != fNTRU)
 156     Error("FillTRU"," Wrong number of TRUS per Z or Phi");
 157
 158   //Initilize and declare variables
 159   Int_t nModules     = geom->GetNModules();
 160   Int_t relid[4] ;
 161   Float_t amp   = -1;
 162   Float_t timeR = -1;
 163   Int_t id      = -1;
 164
 165   //List of TRU matrices initialized to 0.
 166   for(Int_t k = 0; k < fNTRU*nModules ; k++){
 167     TMatrixD   amptrus(fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ) ;
 168     TMatrixD   timeRtrus(fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ) ;
 169     for(Int_t i = 0; i < fNCrystalsPhi; i++){
 170       for(Int_t j = 0; j < fNCrystalsZ; j++){
 171         amptrus(i,j)   = 0.0;
 172         timeRtrus(i,j) = 0.0;
 173       }
 174     }
 175     new((*ampmatrixtru)[k])   TMatrixD(amptrus) ;
 176     new((*timeRmatrixtru)[k]) TMatrixD(timeRtrus) ;
 177   }
 178
 179   //List of Modules matrices initialized to 0.
 180   Int_t nmodphi = geom->GetNPhi();
 181   Int_t nmodz = geom->GetNZ();
 182
 183   for(Int_t k = 0; k < nModules ; k++){
 184     TMatrixD  ampmods(nmodphi,nmodz) ;
 185     for(Int_t i = 0; i < nmodphi; i++){
 186       for(Int_t j = 0; j < nmodz; j++){
 187         ampmods(i,j)   = 0.0;
 188       }
 189     }
 190     new((*ampmatrixmod)[k])   TMatrixD(ampmods) ;
 191   }
 192
 193   AliPHOSDigit * dig ;
 194
 195   //Digits loop to fill TRU matrices with amplitudes.
 196   for(Int_t idig = 0 ; idig < digits->GetEntriesFast() ; idig++){
 197
 198     dig    = static_cast<AliPHOSDigit *>(digits->At(idig)) ;
 199     amp    = dig->GetEnergy() ;   // Energy of the digit
 200     id     = dig->GetId() ;    // Id label of the cell
 201     timeR  = dig->GetTimeR() ; // Earliest time of the digit
 202     geom->AbsToRelNumbering(id, relid) ;
 203     //Transform digit number into 4 numbers
 204     //relid[0] = module
 205     //relid[1] = EMC (0) or CPV (-1)
 206     //relid[2] = row <= 64 (fNPhi)
 207     //relid[3] = column <= 56 (fNZ)
 208
 209     if(relid[1] == 0){//Not CPV, Only EMC digits
 210       //############# TRU ###################
 211       //Check to which TRU in the supermodule belongs the crystal.
 212       //Supermodules are divided in a TRU matrix of dimension
 213       //(fNTRUPhi,fNTRUZ).
 214       //Each TRU is a crystal matrix of dimension (fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ)
 215
 216       //First calculate the row and column in the supermodule
 217       //of the TRU to which the crystal belongs.
 218       Int_t col   = (relid[3]-1)/fNCrystalsZ+1;
 219       Int_t row   = (relid[2]-1)/fNCrystalsPhi+1;
 220
 221       //Calculate label number of the TRU
 222       Int_t itru  = (row-1) + (col-1)*fNTRUPhi + (relid[0]-1)*fNTRU ;
 223
 224       //Fill TRU matrix with crystal values
 225       TMatrixD * amptrus   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixtru->At(itru)) ;
 226       TMatrixD * timeRtrus = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRmatrixtru->At(itru)) ;
 227
 228       //Calculate row and column of the crystal inside the TRU with number itru
 229       Int_t irow = (relid[2]-1) - (row-1) *  fNCrystalsPhi;
 230       Int_t icol = (relid[3]-1) - (col-1) *  fNCrystalsZ;
 231
 232       (*amptrus)(irow,icol)   = amp ;
 233       (*timeRtrus)(irow,icol) = timeR ;
 234
 235       //####################MODULE MATRIX ##################
 236       TMatrixD * ampmods   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixmod->At(relid[0]-1)) ;
 237       (*ampmods)(relid[2]-1,relid[3]-1)   = amp ;
 238     }
 239   }
 240 }
 241
 242 //______________________________________________________________________
 243 void AliPHOSTrigger::GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(const Int_t itru,const Int_t iphitru,const Int_t ietatru,Int_t &iphiMod,Int_t &ietaMod) const
 244 {
 245   // This method transforms the (eta,phi) index of a crystals in a
 246   // TRU matrix into Super Module (eta,phi) index.
 247
 248   // Calculate in which row and column in which the TRU are
 249   // ordered in the SM
 250   Int_t col = itru/ fNTRUPhi + 1;
 251   Int_t row = itru - (col-1)*fNTRUPhi + 1;
 252
 253   //Calculate the (eta,phi) index in SM
 254
 255   iphiMod = fNCrystalsPhi*(row-1) + iphitru + 1 ;
 256   ietaMod = fNCrystalsZ*(col-1)   + ietatru + 1 ;
 257
 258 }
 259
 260 //____________________________________________________________________________
 261 Bool_t AliPHOSTrigger::IsPatchIsolated(Int_t iPatchType, const TClonesArray * ampmatrixes, const Int_t imod, const Int_t mtru, const Float_t maxamp, const Int_t maxphi, const Int_t maxeta) {
 262
 263   //Calculate if the maximum patch found is isolated, find amplitude around maximum (2x2 or nxn) patch,
 264   //inside isolation patch . iPatchType = 0 means calculation for 2x2 patch,
 265   //iPatchType = 1 means calculation for nxn patch.
 266   //In the next table there is an example of the different options of patch size and isolation patch size:
 267   //                                                                                 Patch Size (fPatchSize)
 268   //                                                             0                          1                                  2
 269   //          fIsolPatchSize                 2x2 (not overlap)   4x4 (overlapped)        6x6(overlapped) ...
 270   //                   1                                       4x4                      8x8                              10x10
 271   //                   2                                       6x6                     12x12                           14x14
 272   //                   3                                       8x8                     16x16                           18x18
 273
 274   Bool_t b = kFALSE;
 275   Float_t amp = 0;
 276
 277  //Get matrix of TRU or Module with maximum amplitude patch.
 278   Int_t itru = mtru+imod*fNTRU ; //number of tru, min 0 max 8*5.
 279   TMatrixD * ampmatrix   = 0x0;
 280   Int_t colborder = 0;
 281   Int_t rowborder = 0;
 282
 283   if(fIsolateInModule){
 284     ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixes->At(imod)) ;
 285     rowborder = fNCrystalsPhi*fNTRUPhi;
 286     colborder = fNCrystalsZ*fNTRUZ;
 287     AliDebug(2,"Isolate trigger in Module");
 288   }
 289   else{
 290     ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixes->At(itru)) ;
 291     rowborder = fNCrystalsPhi;
 292     colborder = fNCrystalsZ;
 293     AliDebug(2,"Isolate trigger in TRU");
 294   }
 295
 296   //Define patch cells
 297   Int_t isolcells = fIsolPatchSize*(1+iPatchType);
 298   Int_t ipatchcells = 2*(1+fPatchSize*iPatchType);
 299   Int_t minrow =  maxphi - isolcells;
 300   Int_t mincol =  maxeta - isolcells;
 301   Int_t maxrow =  maxphi + isolcells + ipatchcells;
 302   Int_t maxcol = maxeta +  isolcells + ipatchcells;
 303
 304   AliDebug(2,Form("Number of added Isol Cells %d, Patch Size %d",isolcells, ipatchcells));
 305   AliDebug(2,Form("Patch: minrow %d, maxrow %d, mincol %d, maxcol %d",minrow,maxrow,mincol,maxcol));
 306
 307   if(minrow < 0 || mincol < 0 || maxrow > rowborder || maxcol > colborder){
 308     AliDebug(1,Form("Out of Module/TRU range, cannot isolate patch"));
 309     return kFALSE;
 310   }
 311
 312   //Add amplitudes in all isolation patch
 313   for(Int_t irow = minrow ; irow <  maxrow; irow ++)
 314     for(Int_t icol = mincol ; icol < maxcol ; icol ++)
 315       amp += (*ampmatrix)(irow,icol);
 316
 317   AliDebug(2,Form("Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
 318
 319   if(TMath::Nint(amp*1E5) < TMath::Nint(maxamp*1E5)){
 320     AliError(Form("Bad sum: Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
 321     return kFALSE;
 322   }
 323   else
 324     amp-=maxamp; //Calculate energy in isolation patch that do not comes from maximum patch.
 325
 326   AliDebug(2, Form("Maximum amplitude %f, Out of patch %f",maxamp, amp));
 327
 328   //Fill isolation amplitude data member and say if patch is isolated.
 329   if(iPatchType == 0){ //2x2 case
 330     f2x2AmpOutOfPatch = amp;
 331     if(amp < f2x2AmpOutOfPatchThres)
 332       b=kTRUE;
 333   }
 334   else  if(iPatchType == 1){ //nxn case
 335     fnxnAmpOutOfPatch = amp;
 336     if(amp < fnxnAmpOutOfPatchThres)
 337       b=kTRUE;
 338   }
 339
 340   return b;
 341
 342 }
 343
 344
 345 //____________________________________________________________________________
 346 void AliPHOSTrigger::MakeSlidingCell(const TClonesArray * amptrus, const TClonesArray * timeRtrus, const Int_t imod, TMatrixD &ampmax2, TMatrixD &ampmaxn){
 347   //Sums energy of all possible 2x2 (L0) and nxn (L1) crystals per each TRU.
 348   //Fast signal in the experiment is given by 2x2 crystals,
 349   //for this reason we loop inside the TRU crystals by 2.
 350
 351   //Declare and initialize varibles
 352   Float_t amp2 = 0 ;
 353   Float_t ampn = 0 ;
 354   for(Int_t i = 0; i < 4; i++){
 355     for(Int_t j = 0; j < fNTRU; j++){
 356       ampmax2(i,j) = -1;
 357       ampmaxn(i,j) = -1;
 358     }
 359   }
 360
 361   //Create matrix that will contain 2x2 amplitude sums
 362   //used to calculate the nxn sums
 363   TMatrixD  tru2x2(fNCrystalsPhi/2,fNCrystalsZ/2) ;
 364   for(Int_t i = 0; i < fNCrystalsPhi/2; i++)
 365     for(Int_t j = 0; j < fNCrystalsZ/2; j++)
 366       tru2x2(i,j) = -1.;
 367
 368   //Loop over all TRUS in a module
 369   for(Int_t itru = 0 + imod  * fNTRU ; itru < (imod+1)*fNTRU ; itru++){
 370     TMatrixD * amptru   = dynamic_cast<TMatrixD *>(amptrus->At(itru)) ;
 371     TMatrixD * timeRtru = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRtrus->At(itru)) ;
 372     Int_t mtru = itru-imod*fNTRU ; //Number of TRU in Module
 373
 374     //Sliding 2x2, add 2x2 amplitudes (NOT OVERLAP)
 375     for(Int_t irow = 0 ; irow <  fNCrystalsPhi; irow += 2){
 376       for(Int_t icol = 0 ; icol < fNCrystalsZ ; icol += 2){
 377         amp2 = (*amptru)(irow,icol)+(*amptru)(irow+1,icol)+
 378           (*amptru)(irow,icol+1)+(*amptru)(irow+1,icol+1);
 379         //Fill new matrix with added 2x2 crystals for use in nxn sums
 380         tru2x2(irow/2,icol/2) = amp2 ;
 381         //Select 2x2 maximum sums to select L0
 382         if(amp2 > ampmax2(0,mtru)){
 383           ampmax2(0,mtru) = amp2 ;
 384           ampmax2(1,mtru) = irow;
 385           ampmax2(2,mtru) = icol;
 386         }
 387       }
 388     }
 389
 390     //Find most recent time in the selected 2x2 cell
 391     ampmax2(3,mtru) = 1 ;
 392     Int_t row2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(1,mtru));
 393     Int_t col2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(2,mtru));
 394     for(Int_t i = 0; i<2; i++){
 395       for(Int_t j = 0; j<2; j++){
 396         if((*amptru)(row2+i,col2+j) > 0 &&  (*timeRtru)(row2+i,col2+j)> 0){
 397           if((*timeRtru)(row2+i,col2+j) <  ampmax2(3,mtru)  )
 398             ampmax2(3,mtru) =  (*timeRtru)(row2+i,col2+j);
 399         }
 400       }
 401     }
 402
 403     //Sliding nxn, add nxn amplitudes (OVERLAP)
 404     if(fPatchSize > 0){
 405       for(Int_t irow = 0 ; irow <  fNCrystalsPhi/2; irow++){
 406         for(Int_t icol = 0 ; icol < fNCrystalsZ/2 ; icol++){
 407           ampn = 0;
 408           if( (irow+fPatchSize) < fNCrystalsPhi/2 && (icol+fPatchSize) < fNCrystalsZ/2){//Avoid exit the TRU
 409             for(Int_t i = 0 ; i <= fPatchSize ; i++)
 410               for(Int_t j = 0 ; j <= fPatchSize ; j++)
 411                 ampn += tru2x2(irow+i,icol+j);
 412             //Select nxn maximum sums to select L1
 413             if(ampn > ampmaxn(0,mtru)){
 414               ampmaxn(0,mtru) = ampn ;
 415               ampmaxn(1,mtru) = irow*2;
 416               ampmaxn(2,mtru) = icol*2;
 417             }
 418           }
 419         }
 420       }
 421
 422       //Find most recent time in selected nxn cell
 423       ampmaxn(3,mtru) = 1 ;
 424       Int_t rown =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(1,mtru));
 425       Int_t coln =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(2,mtru));
 426       for(Int_t i = 0; i<4*fPatchSize; i++){
 427         for(Int_t j = 0; j<4*fPatchSize; j++){
 428           if( (rown+i) < fNCrystalsPhi && (coln+j) < fNCrystalsZ/2){//Avoid exit the TRU
 429             if((*amptru)(rown+i,coln+j) > 0 &&  (*timeRtru)(rown+i,coln+j)> 0){
 430               if((*timeRtru)(rown+i,coln+j) <  ampmaxn(3,mtru)  )
 431                 ampmaxn(3,mtru) =  (*timeRtru)(rown+i,coln+j);
 432             }
 433           }
 434         }
 435       }
 436     }
 437     else {
 438         ampmaxn(0,mtru) =  ampmax2(0,mtru);
 439         ampmaxn(1,mtru) =  ampmax2(1,mtru);
 440         ampmaxn(2,mtru) =  ampmax2(2,mtru);
 441         ampmaxn(3,mtru) =  ampmax2(3,mtru);
 442       }
 443   }
 444 }
 445
 446
 447 //____________________________________________________________________________
 448 void AliPHOSTrigger::Print(const Option_t * opt) const
 449 {
 450
 451   //Prints main parameters
 452
 453   if(! opt)
 454     return;
 455   AliTriggerInput* in = 0x0 ;
 456
 457   printf( "             Maximum Amplitude after Sliding Crystal, \n") ;
 458   printf( "               -2x2 crystals sum (not overlapped): %10.2f, in Super Module %d\n",
 459           f2x2MaxAmp,f2x2SM) ;
 460   printf( "               -2x2 from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", f2x2CrystalPhi, f2x2CrystalPhi+2, f2x2CrystalEta, f2x2CrystalEta+2) ;
 461   printf( "               -2x2 Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of 2x2 patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n",
 462           2*fIsolPatchSize+2, 2*fIsolPatchSize+2,  f2x2AmpOutOfPatch,  f2x2AmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIs2x2Isol)) ;
 463   if(fPatchSize > 0){
 464     printf( "             Patch Size, n x n: %d x %d cells\n",2*(fPatchSize+1), 2*(fPatchSize+1));
 465     printf( "               -nxn crystals sum (overlapped)    : %10.2f, in Super Module %d\n",
 466             fnxnMaxAmp,fnxnSM) ;
 467     printf( "               -nxn from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", fnxnCrystalPhi, fnxnCrystalPhi+4*fPatchSize, fnxnCrystalEta, fnxnCrystalEta+4*fPatchSize) ;
 468     printf( "               -nxn Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of nxn patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n",
 469             4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1),4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1) ,  fnxnAmpOutOfPatch,  fnxnAmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIsnxnIsol) ) ;
 470   }
 471
 472   printf( "             Isolate in Module? %d\n",
 473           fIsolateInModule) ;
 474
 475   printf( "             Threshold for LO %10.1f\n",
 476           fL0Threshold) ;
 477
 478   printf( "             Threshold for LO %10.2f\n", fL0Threshold) ;
 479   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_L0" );
 480   if(in->GetValue())
 481     printf( "             *** PHOS LO is set ***\n") ;
 482
 483   printf( "             Jet Low Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetLowPtThreshold) ;
 484   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_JetLPt_L1" );
 485   if(in->GetValue())
 486     printf( "             *** PHOS Jet Low Pt for L1 is set ***\n") ;
 487
 488   printf( "             Jet Medium Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetMediumPtThreshold) ;
 489   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_JetMPt_L1" );
 490   if(in->GetValue())
 491     printf( "             *** PHOS Jet Medium Pt for L1 is set ***\n") ;
 492
 493   printf( "             Jet High Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetHighPtThreshold) ;
 494   in = (AliTriggerInput*) fInputs.FindObject( "PHOS_JetHPt_L1" );
 495   if(in->GetValue())
 496     printf( "              *** PHOS Jet High Pt for L1 is set ***\n") ;
 497
 498 }
 499
 500 //____________________________________________________________________________
 501 void AliPHOSTrigger::SetTriggers(const TClonesArray * ampmatrix, const Int_t iMod, const TMatrixD & ampmax2, const TMatrixD & ampmaxn)
 502 {
 503   //Checks the 2x2 and nxn maximum amplitude per each TRU and compares
 504   //with the different L0 and L1 triggers thresholds. It finds if maximum amplitudes are isolated.
 505
 506   //Initialize variables
 507   Float_t max2[] = {-1,-1,-1,-1} ;
 508   Float_t maxn[] = {-1,-1,-1,-1} ;
 509   Int_t   mtru2  = -1 ;
 510   Int_t   mtrun  = -1 ;
 511
 512
 513   //Find maximum summed amplitude of all the TRU
 514   //in a Module
 515   for(Int_t i = 0 ; i < fNTRU ; i++){
 516     if(max2[0] < ampmax2(0,i) ){
 517       max2[0] =  ampmax2(0,i) ; // 2x2 summed max amplitude
 518       max2[1] =  ampmax2(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
 519       max2[2] =  ampmax2(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
 520       max2[3] =  ampmax2(3,i) ; // corresponding most recent time
 521       mtru2   = i ; // TRU number in module
 522     }
 523     if(maxn[0] < ampmaxn(0,i) ){
 524       maxn[0] =  ampmaxn(0,i) ; // nxn summed max amplitude
 525       maxn[1] =  ampmaxn(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
 526       maxn[2] =  ampmaxn(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
 527       maxn[3] =  ampmaxn(3,i) ; // corresponding most recent time
 528       mtrun   = i ; // TRU number in module
 529     }
 530   }
 531
 532   //Set max amplitude if larger than in other Modules
 533   Float_t maxtimeR2 = -1 ;
 534   Float_t maxtimeRn = -1 ;
 535   // Create a shaper pulse object
 536   AliPHOSPulseGenerator pulse ;
 537   Int_t nTimeBins = pulse.GetRawFormatTimeBins() ;
 538
 539   //Set max 2x2 amplitude and select L0 trigger
 540   if(max2[0] > f2x2MaxAmp ){
 541     f2x2MaxAmp  = max2[0] ;
 542     f2x2SM      = iMod ;
 543     maxtimeR2   = max2[3] ;
 544     GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(mtru2,
 545                                               static_cast<Int_t>(max2[1]),
 546                                               static_cast<Int_t>(max2[2]),
 547                                               f2x2CrystalPhi,f2x2CrystalEta) ;
 548
 549     //Isolated patch?
 550     if(fIsolateInModule)
 551       fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, ampmatrix, iMod, mtru2,  f2x2MaxAmp, f2x2CrystalPhi,f2x2CrystalEta) ;
 552     else
 553       fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, ampmatrix, iMod, mtru2,  f2x2MaxAmp,  static_cast<Int_t>(max2[1]), static_cast<Int_t>(max2[2])) ;
 554
 555     //Transform digit amplitude in Raw Samples
 556     if (fADCValuesLow2x2 == 0) {
 557       fADCValuesLow2x2  = new Int_t[nTimeBins];
 558       fADCValuesHigh2x2 = new Int_t[nTimeBins];
 559     }
 560
 561     pulse.SetAmplitude(f2x2MaxAmp);
 562     pulse.SetTZero(maxtimeR2);
 563     pulse.MakeSamples();
 564     pulse.GetSamples(fADCValuesHigh2x2, fADCValuesLow2x2) ;
 565
 566     //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
 567     //Set L0
 568     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 569       if(fADCValuesHigh2x2[i] >= fL0Threshold || fADCValuesLow2x2[i] >= fL0Threshold) {
 570         SetInput("PHOS_L0") ;
 571         break;
 572       }
 573     }
 574   }
 575
 576   //Set max nxn amplitude and select L1 triggers
 577   if(maxn[0] > fnxnMaxAmp  && fPatchSize > 0){
 578     fnxnMaxAmp  = maxn[0] ;
 579     fnxnSM      = iMod ;
 580     maxtimeRn   = maxn[3] ;
 581     GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(mtrun,
 582                                               static_cast<Int_t>(maxn[1]),
 583                                               static_cast<Int_t>(maxn[2]),
 584                                               fnxnCrystalPhi,fnxnCrystalEta) ;
 585
 586     //Isolated patch?
 587     if(fIsolateInModule)
 588       fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, ampmatrix, iMod, mtrun,  fnxnMaxAmp, fnxnCrystalPhi, fnxnCrystalEta) ;
 589     else
 590       fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, ampmatrix, iMod, mtrun,  fnxnMaxAmp,  static_cast<Int_t>(maxn[1]), static_cast<Int_t>(maxn[2])) ;
 591
 592     //Transform digit amplitude in Raw Samples
 593     if (fADCValuesHighnxn == 0) {
 594       fADCValuesHighnxn = new Int_t[nTimeBins];
 595       fADCValuesLownxn  = new Int_t[nTimeBins];
 596     }
 597
 598     pulse.SetAmplitude(fnxnMaxAmp);
 599     pulse.SetTZero(maxtimeRn);
 600     pulse.MakeSamples();
 601     pulse.GetSamples(fADCValuesHighnxn, fADCValuesLownxn) ;
 602
 603     //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
 604     //SetL1 Low
 605     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 606       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetLowPtThreshold  || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetLowPtThreshold){
 607         SetInput("PHOS_JetLPt_L1") ;
 608         break;
 609       }
 610     }
 611     //SetL1 Medium
 612     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 613       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetMediumPtThreshold  || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetMediumPtThreshold){
 614         SetInput("PHOS_JetMPt_L1") ;
 615         break;
 616       }
 617     }
 618     //SetL1 High
 619     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 620       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetHighPtThreshold || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetHighPtThreshold){
 621         SetInput("PHOS_JetHPt_L1") ;
 622         break;
 623       }
 624     }
 625   }
 626 }
 627
 628 //____________________________________________________________________________
 629 void AliPHOSTrigger::Trigger()
 630 {
 631
 632   //Main Method to select triggers.
 633
 634   AliRunLoader * rl = AliRunLoader::GetRunLoader();
 635   TString fileName = rl->GetFileName() ;
 636   DoIt(fileName.Data()) ;
 637 }
 638
 639 //____________________________________________________________________________
 640 void AliPHOSTrigger::Trigger(const char * fileName)
 641 {
 642
 643   //Main Method to select triggers.
 644
 645
 646   DoIt(fileName) ;
 647 }
 648
 649 //____________________________________________________________________________
 650 void AliPHOSTrigger::DoIt(const char * fileName)
 651 {
 652   // does the trigger job
 653
 654   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance( fileName ) ;
 655
 656   //Get Geometry
 657   const AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::Instance()->PHOSGeometry() ;
 658
 659   //Define parameters
 660   Int_t nModules     = geom->GetNModules();
 661   fNCrystalsPhi = geom->GetNPhi()/fNTRUPhi ;// 64/4=16
 662   fNCrystalsZ   = geom->GetNZ()/fNTRUZ ;// 56/2=28
 663
 664   //Intialize data members each time the trigger is called in event loop
 665   f2x2MaxAmp = -1; f2x2CrystalPhi = -1;  f2x2CrystalEta = -1;
 666   fnxnMaxAmp = -1; fnxnCrystalPhi = -1;  fnxnCrystalEta = -1;
 667
 668   //Take the digits list if simulation
 669   if(fSimulation)
 670     fDigitsList = gime->Digits() ;
 671
 672   if(!fDigitsList)
 673     AliFatal("Digits not found !") ;
 674
 675   //Fill TRU Matrix
 676   TClonesArray * amptrus   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
 677   TClonesArray * ampmods   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
 678   TClonesArray * timeRtrus = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
 679   FillTRU(fDigitsList,geom,amptrus, ampmods,timeRtrus) ;
 680
 681   //Do Crystal Sliding and select Trigger
 682   //Initialize varible that will contain maximum amplitudes and
 683   //its corresponding cell position in eta and phi, and time.
 684   TMatrixD   ampmax2(4,fNTRU) ;
 685   TMatrixD   ampmaxn(4,fNTRU) ;
 686
 687   for(Int_t imod = 0 ; imod < nModules ; imod++) {
 688
 689     //Do 2x2 and nxn sums, select maximums.
 690     MakeSlidingCell(amptrus, timeRtrus, imod, ampmax2, ampmaxn);
 691     //Set the trigger
 692     if(fIsolateInModule)
 693       SetTriggers(ampmods,imod,ampmax2,ampmaxn) ;
 694     if(!fIsolateInModule)
 695       SetTriggers(amptrus,imod,ampmax2,ampmaxn) ;
 696   }
 697
 698   amptrus->Delete();
 699   delete amptrus; amptrus=0;
 700   ampmods->Delete();
 701   delete ampmods; ampmods=0;
 702   timeRtrus->Delete();
 703   delete timeRtrus; timeRtrus=0;
 704   //Print();
 705
 706 }