PHOS/AliPHOSTrigger.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15 /* $Id$ */
  16
  17 //_________________________________________________________________________
  18 //  Class for trigger analysis.
  19 //  Digits are grouped in TRU's (Trigger Units). A TRU consist of 16x28
  20 //  crystals ordered fNTRUPhi x fNTRUZ. The algorithm searches all possible
  21 //  2x2 and nxn (n multiple of 2) crystal combinations per each TRU, adding the
  22 //  digits amplitude and  finding the maximum. If found, look if it is isolated.
  23 //  Maxima are transformed in ADC time samples. Each time bin is compared to the trigger
  24 //  threshold until it is larger and then, triggers are set. Thresholds need to be fixed.
  25 //  Usage:
  26 //
  27 //  //Inside the event loop
  28 //  AliPHOSTrigger *tr = new AliPHOSTrigger();//Init Trigger
  29 //  tr->SetL0Threshold(100);
  30 //  tr->SetL1JetLowPtThreshold(1000);
  31 //  tr->SetL1JetMediumPtThreshold(10000);
  32 //  tr->SetL1JetHighPtThreshold(20000);
  33 //  ....
  34 //  tr->Trigger(); //Execute Trigger
  35 //  tr->Print(""); //Print data members after calculation.
  36 //
  37 //
  38 //*-- Author: Gustavo Conesa & Yves Schutz (IFIC, CERN)
  39 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  40
  41
  42 // --- ROOT system ---
  43
  44 // --- ALIROOT system ---
  45 #include "AliPHOS.h"
  46 #include "AliPHOSTrigger.h"
  47 #include "AliPHOSGeometry.h"
  48 #include "AliPHOSGetter.h"
  49 #include "AliPHOSPulseGenerator.h"
  50 #include "AliTriggerInput.h"
  51
  52
  53 ClassImp(AliPHOSTrigger)
  54
  55 //______________________________________________________________________
  56 AliPHOSTrigger::AliPHOSTrigger()
  57   : AliTriggerDetector(),
  58     f2x2MaxAmp(-1), f2x2CrystalPhi(-1),  f2x2CrystalEta(-1), f2x2SM(0),
  59     fnxnMaxAmp(-1), fnxnCrystalPhi(-1),  fnxnCrystalEta(-1), fnxnSM(0),
  60     fADCValuesHighnxn(0), fADCValuesLownxn(0),
  61     fADCValuesHigh2x2(0), fADCValuesLow2x2(0), fDigitsList(0),
  62     fL0Threshold(50), fL1JetLowPtThreshold(200),   fL1JetMediumPtThreshold(500),
  63     fL1JetHighPtThreshold(1000),
  64     fNTRU(8), fNTRUZ(2), fNTRUPhi(4),
  65     fNCrystalsPhi(16),
  66     fNCrystalsZ(28),
  67     fPatchSize(1), fIsolPatchSize(1),
  68     f2x2AmpOutOfPatch(-1), fnxnAmpOutOfPatch(-1),
  69     f2x2AmpOutOfPatchThres(2),  fnxnAmpOutOfPatchThres(2), //2 GeV out of patch
  70     fIs2x2Isol(kFALSE), fIsnxnIsol(kFALSE),
  71     fSimulation(kTRUE), fIsolateInModule(kTRUE)
  72 {
  73   //ctor
  74   fADCValuesHighnxn = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  75   fADCValuesLownxn  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  76   fADCValuesHigh2x2 = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  77   fADCValuesLow2x2  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  78
  79   SetName("PHOS");
  80   CreateInputs();
  81
  82   //Print("") ;
  83 }
  84
  85 //____________________________________________________________________________
  86 AliPHOSTrigger::AliPHOSTrigger(const AliPHOSTrigger & trig) :
  87   AliTriggerDetector(trig),
  88   f2x2MaxAmp(trig.f2x2MaxAmp),
  89   f2x2CrystalPhi(trig.f2x2CrystalPhi),
  90   f2x2CrystalEta(trig.f2x2CrystalEta),
  91   f2x2SM(trig.f2x2SM),
  92   fnxnMaxAmp(trig.fnxnMaxAmp),
  93   fnxnCrystalPhi(trig.fnxnCrystalPhi),
  94   fnxnCrystalEta(trig.fnxnCrystalEta),
  95   fnxnSM(trig.fnxnSM),
  96   fADCValuesHighnxn(trig.fADCValuesHighnxn),
  97   fADCValuesLownxn(trig.fADCValuesLownxn),
  98   fADCValuesHigh2x2(trig.fADCValuesHigh2x2),
  99   fADCValuesLow2x2(trig.fADCValuesLow2x2),
 100   fDigitsList(trig.fDigitsList),
 101   fL0Threshold(trig.fL0Threshold),
 102   fL1JetLowPtThreshold(trig.fL1JetLowPtThreshold),
 103   fL1JetMediumPtThreshold(trig.fL1JetMediumPtThreshold),
 104   fL1JetHighPtThreshold(trig.fL1JetHighPtThreshold),
 105   fNTRU(trig.fNTRU),
 106   fNTRUZ(trig.fNTRUZ),
 107   fNTRUPhi(trig.fNTRUPhi),
 108   fNCrystalsPhi(trig.fNCrystalsPhi),
 109   fNCrystalsZ(trig. fNCrystalsZ),
 110   fPatchSize(trig.fPatchSize),
 111   fIsolPatchSize(trig.fIsolPatchSize),
 112   f2x2AmpOutOfPatch(trig.f2x2AmpOutOfPatch),
 113   fnxnAmpOutOfPatch(trig.fnxnAmpOutOfPatch),
 114   f2x2AmpOutOfPatchThres(trig.f2x2AmpOutOfPatchThres),
 115   fnxnAmpOutOfPatchThres(trig.fnxnAmpOutOfPatchThres),
 116   fIs2x2Isol(trig.fIs2x2Isol),
 117   fIsnxnIsol(trig.fIsnxnIsol),
 118   fSimulation(trig.fSimulation),
 119   fIsolateInModule(trig.fIsolateInModule)
 120 {
 121   // cpy ctor
 122 }
 123
 124 AliPHOSTrigger::~AliPHOSTrigger()
 125 {
 126   // dtor
 127
 128   if(fADCValuesHighnxn)delete [] fADCValuesHighnxn;
 129   if(fADCValuesLownxn)delete [] fADCValuesLownxn;
 130   if(fADCValuesHigh2x2)delete []  fADCValuesHigh2x2;
 131   if(fADCValuesLow2x2)delete [] fADCValuesLow2x2;
 132   // fDigitsList is now ours...
 133 }
 134
 135 //_________________________________________________________________________
 136 AliPHOSTrigger & AliPHOSTrigger::operator = (const AliPHOSTrigger &)
 137 {
 138   Fatal("operator =", "no implemented");
 139   return *this;
 140 }
 141
 142 void AliPHOSTrigger::CreateInputs()
 143 {
 144    // inputs
 145
 146    // Do not create inputs again!!
 147    if( fInputs.GetEntriesFast() > 0 ) return;
 148
 149    TString name = GetName();
 150
 151    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_L0",       name, 0 ) );
 152    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetHPt_L1",name, 1 ) );
 153    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetMPt_L1",name, 1 ) );
 154    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetLPt_L1",name, 1 ) );
 155
 156 }
 157
 158 //____________________________________________________________________________
 159 void AliPHOSTrigger::FillTRU(const TClonesArray * digits, const AliPHOSGeometry * geom, TClonesArray * ampmatrixtru, TClonesArray * ampmatrixmod, TClonesArray * timeRmatrixtru) const {
 160
 161   //Orders digits ampitudes list and times in fNTRU TRUs (28x16 crystals)
 162   //per module. Each TRU is a TMatrixD, and they are kept in TClonesArrays.
 163   //In a module, the number of TRU in phi is fNTRUPhi, and the number of
 164   //TRU in eta is fNTRUZ. Also fill a matrix with all amplitudes in module for isolation studies.
 165
 166   //Check data members
 167
 168   if(fNTRUZ*fNTRUPhi != fNTRU)
 169     Error("FillTRU"," Wrong number of TRUS per Z or Phi");
 170
 171   //Initilize and declare variables
 172   Int_t nModules     = geom->GetNModules();
 173   Int_t relid[4] ;
 174   Float_t amp   = -1;
 175   Float_t timeR = -1;
 176   Int_t id      = -1;
 177
 178   //List of TRU matrices initialized to 0.
 179   for(Int_t k = 0; k < fNTRU*nModules ; k++){
 180     TMatrixD   amptrus(fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ) ;
 181     TMatrixD   timeRtrus(fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ) ;
 182     for(Int_t i = 0; i < fNCrystalsPhi; i++){
 183       for(Int_t j = 0; j < fNCrystalsZ; j++){
 184         amptrus(i,j)   = 0.0;
 185         timeRtrus(i,j) = 0.0;
 186       }
 187     }
 188     new((*ampmatrixtru)[k])   TMatrixD(amptrus) ;
 189     new((*timeRmatrixtru)[k]) TMatrixD(timeRtrus) ;
 190   }
 191
 192   //List of Modules matrices initialized to 0.
 193   Int_t nmodphi = geom->GetNPhi();
 194   Int_t nmodz = geom->GetNZ();
 195
 196   for(Int_t k = 0; k < nModules ; k++){
 197     TMatrixD  ampmods(nmodphi,nmodz) ;
 198     for(Int_t i = 0; i < nmodphi; i++){
 199       for(Int_t j = 0; j < nmodz; j++){
 200         ampmods(i,j)   = 0.0;
 201       }
 202     }
 203     new((*ampmatrixmod)[k])   TMatrixD(ampmods) ;
 204   }
 205
 206   AliPHOSDigit * dig ;
 207
 208   //Digits loop to fill TRU matrices with amplitudes.
 209   for(Int_t idig = 0 ; idig < digits->GetEntriesFast() ; idig++){
 210
 211     dig    = static_cast<AliPHOSDigit *>(digits->At(idig)) ;
 212     amp    = dig->GetEnergy() ;   // Energy of the digit
 213     id     = dig->GetId() ;    // Id label of the cell
 214     timeR  = dig->GetTimeR() ; // Earliest time of the digit
 215     geom->AbsToRelNumbering(id, relid) ;
 216     //Transform digit number into 4 numbers
 217     //relid[0] = module
 218     //relid[1] = EMC (0) or CPV (-1)
 219     //relid[2] = row <= 64 (fNPhi)
 220     //relid[3] = column <= 56 (fNZ)
 221
 222     if(relid[1] == 0){//Not CPV, Only EMC digits
 223       //############# TRU ###################
 224       //Check to which TRU in the supermodule belongs the crystal.
 225       //Supermodules are divided in a TRU matrix of dimension
 226       //(fNTRUPhi,fNTRUZ).
 227       //Each TRU is a crystal matrix of dimension (fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ)
 228
 229       //First calculate the row and column in the supermodule
 230       //of the TRU to which the crystal belongs.
 231       Int_t col   = (relid[3]-1)/fNCrystalsZ+1;
 232       Int_t row   = (relid[2]-1)/fNCrystalsPhi+1;
 233
 234       //Calculate label number of the TRU
 235       Int_t itru  = (row-1) + (col-1)*fNTRUPhi + (relid[0]-1)*fNTRU ;
 236
 237       //Fill TRU matrix with crystal values
 238       TMatrixD * amptrus   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixtru->At(itru)) ;
 239       TMatrixD * timeRtrus = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRmatrixtru->At(itru)) ;
 240
 241       //Calculate row and column of the crystal inside the TRU with number itru
 242       Int_t irow = (relid[2]-1) - (row-1) *  fNCrystalsPhi;
 243       Int_t icol = (relid[3]-1) - (col-1) *  fNCrystalsZ;
 244
 245       (*amptrus)(irow,icol)   = amp ;
 246       (*timeRtrus)(irow,icol) = timeR ;
 247
 248       //####################MODULE MATRIX ##################
 249       TMatrixD * ampmods   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixmod->At(relid[0]-1)) ;
 250       (*ampmods)(relid[2]-1,relid[3]-1)   = amp ;
 251     }
 252   }
 253 }
 254
 255 //______________________________________________________________________
 256 void AliPHOSTrigger::GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(const Int_t itru,const Int_t iphitru,const Int_t ietatru,Int_t &iphiMod,Int_t &ietaMod) const
 257 {
 258   // This method transforms the (eta,phi) index of a crystals in a
 259   // TRU matrix into Super Module (eta,phi) index.
 260
 261   // Calculate in which row and column in which the TRU are
 262   // ordered in the SM
 263   Int_t col = itru/ fNTRUPhi + 1;
 264   Int_t row = itru - (col-1)*fNTRUPhi + 1;
 265
 266   //Calculate the (eta,phi) index in SM
 267
 268   iphiMod = fNCrystalsPhi*(row-1) + iphitru + 1 ;
 269   ietaMod = fNCrystalsZ*(col-1)   + ietatru + 1 ;
 270
 271 }
 272
 273 //____________________________________________________________________________
 274 Bool_t AliPHOSTrigger::IsPatchIsolated(Int_t iPatchType, const TClonesArray * ampmatrixes, const Int_t imod, const Int_t mtru, const Float_t maxamp, const Int_t maxphi, const Int_t maxeta) {
 275
 276   //Calculate if the maximum patch found is isolated, find amplitude around maximum (2x2 or nxn) patch,
 277   //inside isolation patch . iPatchType = 0 means calculation for 2x2 patch,
 278   //iPatchType = 1 means calculation for nxn patch.
 279   //In the next table there is an example of the different options of patch size and isolation patch size:
 280   //                                                                                 Patch Size (fPatchSize)
 281   //                                                             0                          1                                  2
 282   //          fIsolPatchSize                 2x2 (not overlap)   4x4 (overlapped)        6x6(overlapped) ...
 283   //                   1                                       4x4                      8x8                              10x10
 284   //                   2                                       6x6                     12x12                           14x14
 285   //                   3                                       8x8                     16x16                           18x18
 286
 287   Bool_t b = kFALSE;
 288   Float_t amp = 0;
 289
 290  //Get matrix of TRU or Module with maximum amplitude patch.
 291   Int_t itru = mtru+imod*fNTRU ; //number of tru, min 0 max 8*5.
 292   TMatrixD * ampmatrix   = 0x0;
 293   Int_t colborder = 0;
 294   Int_t rowborder = 0;
 295
 296   if(fIsolateInModule){
 297     ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixes->At(imod)) ;
 298     rowborder = fNCrystalsPhi*fNTRUPhi;
 299     colborder = fNCrystalsZ*fNTRUZ;
 300     AliDebug(2,"Isolate trigger in Module");
 301   }
 302   else{
 303     ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixes->At(itru)) ;
 304     rowborder = fNCrystalsPhi;
 305     colborder = fNCrystalsZ;
 306     AliDebug(2,"Isolate trigger in TRU");
 307   }
 308
 309   //Define patch cells
 310   Int_t isolcells = fIsolPatchSize*(1+iPatchType);
 311   Int_t ipatchcells = 2*(1+fPatchSize*iPatchType);
 312   Int_t minrow =  maxphi - isolcells;
 313   Int_t mincol =  maxeta - isolcells;
 314   Int_t maxrow =  maxphi + isolcells + ipatchcells;
 315   Int_t maxcol = maxeta +  isolcells + ipatchcells;
 316
 317   AliDebug(2,Form("Number of added Isol Cells %d, Patch Size %d",isolcells, ipatchcells));
 318   AliDebug(2,Form("Patch: minrow %d, maxrow %d, mincol %d, maxcol %d",minrow,maxrow,mincol,maxcol));
 319
 320   if(minrow < 0 || mincol < 0 || maxrow > rowborder || maxcol > colborder){
 321     AliDebug(1,Form("Out of Module/TRU range, cannot isolate patch"));
 322     return kFALSE;
 323   }
 324
 325   //Add amplitudes in all isolation patch
 326   for(Int_t irow = minrow ; irow <  maxrow; irow ++)
 327     for(Int_t icol = mincol ; icol < maxcol ; icol ++)
 328       amp += (*ampmatrix)(irow,icol);
 329
 330   AliDebug(2,Form("Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
 331
 332   if(TMath::Nint(amp*1E5) < TMath::Nint(maxamp*1E5)){
 333     AliError(Form("Bad sum: Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
 334     return kFALSE;
 335   }
 336   else
 337     amp-=maxamp; //Calculate energy in isolation patch that do not comes from maximum patch.
 338
 339   AliDebug(2, Form("Maximum amplitude %f, Out of patch %f",maxamp, amp));
 340
 341   //Fill isolation amplitude data member and say if patch is isolated.
 342   if(iPatchType == 0){ //2x2 case
 343     f2x2AmpOutOfPatch = amp;
 344     if(amp < f2x2AmpOutOfPatchThres)
 345       b=kTRUE;
 346   }
 347   else  if(iPatchType == 1){ //nxn case
 348     fnxnAmpOutOfPatch = amp;
 349     if(amp < fnxnAmpOutOfPatchThres)
 350       b=kTRUE;
 351   }
 352
 353   return b;
 354
 355 }
 356
 357
 358 //____________________________________________________________________________
 359 void AliPHOSTrigger::MakeSlidingCell(const TClonesArray * amptrus, const TClonesArray * timeRtrus, const Int_t imod, TMatrixD &ampmax2, TMatrixD &ampmaxn){
 360   //Sums energy of all possible 2x2 (L0) and nxn (L1) crystals per each TRU.
 361   //Fast signal in the experiment is given by 2x2 crystals,
 362   //for this reason we loop inside the TRU crystals by 2.
 363
 364   //Declare and initialize varibles
 365   Float_t amp2 = 0 ;
 366   Float_t ampn = 0 ;
 367   for(Int_t i = 0; i < 4; i++){
 368     for(Int_t j = 0; j < fNTRU; j++){
 369       ampmax2(i,j) = -1;
 370       ampmaxn(i,j) = -1;
 371     }
 372   }
 373
 374   //Create matrix that will contain 2x2 amplitude sums
 375   //used to calculate the nxn sums
 376   TMatrixD  tru2x2(fNCrystalsPhi/2,fNCrystalsZ/2) ;
 377   for(Int_t i = 0; i < fNCrystalsPhi/2; i++)
 378     for(Int_t j = 0; j < fNCrystalsZ/2; j++)
 379       tru2x2(i,j) = -1.;
 380
 381   //Loop over all TRUS in a module
 382   for(Int_t itru = 0 + imod  * fNTRU ; itru < (imod+1)*fNTRU ; itru++){
 383     TMatrixD * amptru   = dynamic_cast<TMatrixD *>(amptrus->At(itru)) ;
 384     TMatrixD * timeRtru = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRtrus->At(itru)) ;
 385     Int_t mtru = itru-imod*fNTRU ; //Number of TRU in Module
 386
 387     //Sliding 2x2, add 2x2 amplitudes (NOT OVERLAP)
 388     for(Int_t irow = 0 ; irow <  fNCrystalsPhi; irow += 2){
 389       for(Int_t icol = 0 ; icol < fNCrystalsZ ; icol += 2){
 390         amp2 = (*amptru)(irow,icol)+(*amptru)(irow+1,icol)+
 391           (*amptru)(irow,icol+1)+(*amptru)(irow+1,icol+1);
 392         //Fill new matrix with added 2x2 crystals for use in nxn sums
 393         tru2x2(irow/2,icol/2) = amp2 ;
 394         //Select 2x2 maximum sums to select L0
 395         if(amp2 > ampmax2(0,mtru)){
 396           ampmax2(0,mtru) = amp2 ;
 397           ampmax2(1,mtru) = irow;
 398           ampmax2(2,mtru) = icol;
 399         }
 400       }
 401     }
 402
 403     //Find most recent time in the selected 2x2 cell
 404     ampmax2(3,mtru) = 1 ;
 405     Int_t row2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(1,mtru));
 406     Int_t col2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(2,mtru));
 407     for(Int_t i = 0; i<2; i++){
 408       for(Int_t j = 0; j<2; j++){
 409         if((*amptru)(row2+i,col2+j) > 0 &&  (*timeRtru)(row2+i,col2+j)> 0){
 410           if((*timeRtru)(row2+i,col2+j) <  ampmax2(3,mtru)  )
 411             ampmax2(3,mtru) =  (*timeRtru)(row2+i,col2+j);
 412         }
 413       }
 414     }
 415
 416     //Sliding nxn, add nxn amplitudes (OVERLAP)
 417     if(fPatchSize > 0){
 418       for(Int_t irow = 0 ; irow <  fNCrystalsPhi/2; irow++){
 419         for(Int_t icol = 0 ; icol < fNCrystalsZ/2 ; icol++){
 420           ampn = 0;
 421           if( (irow+fPatchSize) < fNCrystalsPhi/2 && (icol+fPatchSize) < fNCrystalsZ/2){//Avoid exit the TRU
 422             for(Int_t i = 0 ; i <= fPatchSize ; i++)
 423               for(Int_t j = 0 ; j <= fPatchSize ; j++)
 424                 ampn += tru2x2(irow+i,icol+j);
 425             //Select nxn maximum sums to select L1
 426             if(ampn > ampmaxn(0,mtru)){
 427               ampmaxn(0,mtru) = ampn ;
 428               ampmaxn(1,mtru) = irow*2;
 429               ampmaxn(2,mtru) = icol*2;
 430             }
 431           }
 432         }
 433       }
 434
 435       //Find most recent time in selected nxn cell
 436       ampmaxn(3,mtru) = 1 ;
 437       Int_t rown =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(1,mtru));
 438       Int_t coln =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(2,mtru));
 439       for(Int_t i = 0; i<4*fPatchSize; i++){
 440         for(Int_t j = 0; j<4*fPatchSize; j++){
 441           if( (rown+i) < fNCrystalsPhi && (coln+j) < fNCrystalsZ/2){//Avoid exit the TRU
 442             if((*amptru)(rown+i,coln+j) > 0 &&  (*timeRtru)(rown+i,coln+j)> 0){
 443               if((*timeRtru)(rown+i,coln+j) <  ampmaxn(3,mtru)  )
 444                 ampmaxn(3,mtru) =  (*timeRtru)(rown+i,coln+j);
 445             }
 446           }
 447         }
 448       }
 449     }
 450     else {
 451         ampmaxn(0,mtru) =  ampmax2(0,mtru);
 452         ampmaxn(1,mtru) =  ampmax2(1,mtru);
 453         ampmaxn(2,mtru) =  ampmax2(2,mtru);
 454         ampmaxn(3,mtru) =  ampmax2(3,mtru);
 455       }
 456   }
 457 }
 458
 459
 460 //____________________________________________________________________________
 461 void AliPHOSTrigger::Print(const Option_t * opt) const
 462 {
 463
 464   //Prints main parameters
 465
 466   if(! opt)
 467     return;
 468   AliTriggerInput* in = 0x0 ;
 469
 470   printf( "             Maximum Amplitude after Sliding Crystal, \n") ;
 471   printf( "               -2x2 crystals sum (not overlapped): %10.2f, in Super Module %d\n",
 472           f2x2MaxAmp,f2x2SM) ;
 473   printf( "               -2x2 from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", f2x2CrystalPhi, f2x2CrystalPhi+2, f2x2CrystalEta, f2x2CrystalEta+2) ;
 474   printf( "               -2x2 Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of 2x2 patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n",
 475           2*fIsolPatchSize+2, 2*fIsolPatchSize+2,  f2x2AmpOutOfPatch,  f2x2AmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIs2x2Isol)) ;
 476   if(fPatchSize > 0){
 477     printf( "             Patch Size, n x n: %d x %d cells\n",2*(fPatchSize+1), 2*(fPatchSize+1));
 478     printf( "               -nxn crystals sum (overlapped)    : %10.2f, in Super Module %d\n",
 479             fnxnMaxAmp,fnxnSM) ;
 480     printf( "               -nxn from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", fnxnCrystalPhi, fnxnCrystalPhi+4*fPatchSize, fnxnCrystalEta, fnxnCrystalEta+4*fPatchSize) ;
 481     printf( "               -nxn Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of nxn patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n",
 482             4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1),4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1) ,  fnxnAmpOutOfPatch,  fnxnAmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIsnxnIsol) ) ;
 483   }
 484
 485   printf( "             Isolate in Module? %d\n",
 486           fIsolateInModule) ;
 487
 488   printf( "             Threshold for LO %10.1f\n",
 489           fL0Threshold) ;
 490
 491   printf( "             Threshold for LO %10.2f\n", fL0Threshold) ;
 492   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_L0" );
 493   if(in->GetValue())
 494     printf( "             *** PHOS LO is set ***\n") ;
 495
 496   printf( "             Jet Low Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetLowPtThreshold) ;
 497   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_JetLPt_L1" );
 498   if(in->GetValue())
 499     printf( "             *** PHOS Jet Low Pt for L1 is set ***\n") ;
 500
 501   printf( "             Jet Medium Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetMediumPtThreshold) ;
 502   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_JetMPt_L1" );
 503   if(in->GetValue())
 504     printf( "             *** PHOS Jet Medium Pt for L1 is set ***\n") ;
 505
 506   printf( "             Jet High Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetHighPtThreshold) ;
 507   in = (AliTriggerInput*) fInputs.FindObject( "PHOS_JetHPt_L1" );
 508   if(in->GetValue())
 509     printf( "              *** PHOS Jet High Pt for L1 is set ***\n") ;
 510
 511 }
 512
 513 //____________________________________________________________________________
 514 void AliPHOSTrigger::SetTriggers(const TClonesArray * ampmatrix, const Int_t iMod, const TMatrixD & ampmax2, const TMatrixD & ampmaxn)
 515 {
 516   //Checks the 2x2 and nxn maximum amplitude per each TRU and compares
 517   //with the different L0 and L1 triggers thresholds. It finds if maximum amplitudes are isolated.
 518
 519   //Initialize variables
 520   Float_t max2[] = {-1,-1,-1,-1} ;
 521   Float_t maxn[] = {-1,-1,-1,-1} ;
 522   Int_t   mtru2  = -1 ;
 523   Int_t   mtrun  = -1 ;
 524
 525
 526   //Find maximum summed amplitude of all the TRU
 527   //in a Module
 528   for(Int_t i = 0 ; i < fNTRU ; i++){
 529     if(max2[0] < ampmax2(0,i) ){
 530       max2[0] =  ampmax2(0,i) ; // 2x2 summed max amplitude
 531       max2[1] =  ampmax2(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
 532       max2[2] =  ampmax2(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
 533       max2[3] =  ampmax2(3,i) ; // corresponding most recent time
 534       mtru2   = i ; // TRU number in module
 535     }
 536     if(maxn[0] < ampmaxn(0,i) ){
 537       maxn[0] =  ampmaxn(0,i) ; // nxn summed max amplitude
 538       maxn[1] =  ampmaxn(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
 539       maxn[2] =  ampmaxn(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
 540       maxn[3] =  ampmaxn(3,i) ; // corresponding most recent time
 541       mtrun   = i ; // TRU number in module
 542     }
 543   }
 544
 545   //Set max amplitude if larger than in other Modules
 546   Float_t maxtimeR2 = -1 ;
 547   Float_t maxtimeRn = -1 ;
 548   // Create a shaper pulse object
 549   AliPHOSPulseGenerator pulse ;
 550   Int_t nTimeBins = pulse.GetRawFormatTimeBins() ;
 551
 552   //Set max 2x2 amplitude and select L0 trigger
 553   if(max2[0] > f2x2MaxAmp ){
 554     f2x2MaxAmp  = max2[0] ;
 555     f2x2SM      = iMod ;
 556     maxtimeR2   = max2[3] ;
 557     GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(mtru2,
 558                                               static_cast<Int_t>(max2[1]),
 559                                               static_cast<Int_t>(max2[2]),
 560                                               f2x2CrystalPhi,f2x2CrystalEta) ;
 561
 562     //Isolated patch?
 563     if(fIsolateInModule)
 564       fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, ampmatrix, iMod, mtru2,  f2x2MaxAmp, f2x2CrystalPhi,f2x2CrystalEta) ;
 565     else
 566       fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, ampmatrix, iMod, mtru2,  f2x2MaxAmp,  static_cast<Int_t>(max2[1]), static_cast<Int_t>(max2[2])) ;
 567
 568     //Transform digit amplitude in Raw Samples
 569     if (fADCValuesLow2x2 == 0) {
 570       fADCValuesLow2x2  = new Int_t[nTimeBins];
 571     }
 572     if(!fADCValuesHigh2x2) fADCValuesHigh2x2 = new Int_t[nTimeBins];
 573
 574
 575     pulse.SetAmplitude(f2x2MaxAmp);
 576     pulse.SetTZero(maxtimeR2);
 577     pulse.MakeSamples();
 578     pulse.GetSamples(fADCValuesHigh2x2, fADCValuesLow2x2) ;
 579
 580     //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
 581     //Set L0
 582     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 583       if(fADCValuesHigh2x2[i] >= fL0Threshold || fADCValuesLow2x2[i] >= fL0Threshold) {
 584         SetInput("PHOS_L0") ;
 585         break;
 586       }
 587     }
 588   }
 589
 590   //Set max nxn amplitude and select L1 triggers
 591   if(maxn[0] > fnxnMaxAmp  && fPatchSize > 0){
 592     fnxnMaxAmp  = maxn[0] ;
 593     fnxnSM      = iMod ;
 594     maxtimeRn   = maxn[3] ;
 595     GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(mtrun,
 596                                               static_cast<Int_t>(maxn[1]),
 597                                               static_cast<Int_t>(maxn[2]),
 598                                               fnxnCrystalPhi,fnxnCrystalEta) ;
 599
 600     //Isolated patch?
 601     if(fIsolateInModule)
 602       fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, ampmatrix, iMod, mtrun,  fnxnMaxAmp, fnxnCrystalPhi, fnxnCrystalEta) ;
 603     else
 604       fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, ampmatrix, iMod, mtrun,  fnxnMaxAmp,  static_cast<Int_t>(maxn[1]), static_cast<Int_t>(maxn[2])) ;
 605
 606     //Transform digit amplitude in Raw Samples
 607     if (fADCValuesHighnxn == 0) {
 608       fADCValuesHighnxn = new Int_t[nTimeBins];
 609       fADCValuesLownxn  = new Int_t[nTimeBins];
 610     }
 611
 612     pulse.SetAmplitude(fnxnMaxAmp);
 613     pulse.SetTZero(maxtimeRn);
 614     pulse.MakeSamples();
 615     pulse.GetSamples(fADCValuesHighnxn, fADCValuesLownxn) ;
 616
 617     //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
 618     //SetL1 Low
 619     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 620       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetLowPtThreshold  || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetLowPtThreshold){
 621         SetInput("PHOS_JetLPt_L1") ;
 622         break;
 623       }
 624     }
 625     //SetL1 Medium
 626     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 627       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetMediumPtThreshold  || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetMediumPtThreshold){
 628         SetInput("PHOS_JetMPt_L1") ;
 629         break;
 630       }
 631     }
 632     //SetL1 High
 633     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 634       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetHighPtThreshold || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetHighPtThreshold){
 635         SetInput("PHOS_JetHPt_L1") ;
 636         break;
 637       }
 638     }
 639   }
 640 }
 641
 642 //____________________________________________________________________________
 643 void AliPHOSTrigger::Trigger()
 644 {
 645
 646   //Main Method to select triggers.
 647
 648   AliRunLoader * rl = AliRunLoader::GetRunLoader();
 649   TString fileName = rl->GetFileName() ;
 650   DoIt(fileName.Data()) ;
 651 }
 652
 653 //____________________________________________________________________________
 654 void AliPHOSTrigger::Trigger(const char * fileName)
 655 {
 656
 657   //Main Method to select triggers.
 658
 659
 660   DoIt(fileName) ;
 661 }
 662
 663 //____________________________________________________________________________
 664 void AliPHOSTrigger::DoIt(const char * fileName)
 665 {
 666   // does the trigger job
 667
 668   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance( fileName ) ;
 669
 670   //Get Geometry
 671   const AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::Instance()->PHOSGeometry() ;
 672
 673   //Define parameters
 674   Int_t nModules     = geom->GetNModules();
 675   fNCrystalsPhi = geom->GetNPhi()/fNTRUPhi ;// 64/4=16
 676   fNCrystalsZ   = geom->GetNZ()/fNTRUZ ;// 56/2=28
 677
 678   //Intialize data members each time the trigger is called in event loop
 679   f2x2MaxAmp = -1; f2x2CrystalPhi = -1;  f2x2CrystalEta = -1;
 680   fnxnMaxAmp = -1; fnxnCrystalPhi = -1;  fnxnCrystalEta = -1;
 681
 682   //Take the digits list if simulation
 683   if(fSimulation)
 684     fDigitsList = gime->Digits() ;
 685
 686   if(!fDigitsList)
 687     AliFatal("Digits not found !") ;
 688
 689   //Fill TRU Matrix
 690   TClonesArray * amptrus   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
 691   TClonesArray * ampmods   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
 692   TClonesArray * timeRtrus = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
 693   FillTRU(fDigitsList,geom,amptrus, ampmods,timeRtrus) ;
 694
 695   //Do Crystal Sliding and select Trigger
 696   //Initialize varible that will contain maximum amplitudes and
 697   //its corresponding cell position in eta and phi, and time.
 698   TMatrixD   ampmax2(4,fNTRU) ;
 699   TMatrixD   ampmaxn(4,fNTRU) ;
 700
 701   for(Int_t imod = 0 ; imod < nModules ; imod++) {
 702
 703     //Do 2x2 and nxn sums, select maximums.
 704     MakeSlidingCell(amptrus, timeRtrus, imod, ampmax2, ampmaxn);
 705     //Set the trigger
 706     if(fIsolateInModule)
 707       SetTriggers(ampmods,imod,ampmax2,ampmaxn) ;
 708     if(!fIsolateInModule)
 709       SetTriggers(amptrus,imod,ampmax2,ampmaxn) ;
 710   }
 711
 712   amptrus->Delete();
 713   delete amptrus; amptrus=0;
 714   ampmods->Delete();
 715   delete ampmods; ampmods=0;
 716   timeRtrus->Delete();
 717   delete timeRtrus; timeRtrus=0;
 718   //Print();
 719
 720 }