PWG3/vertexingHF/RunAnalysisAODVertexingHF.C

   1 class AliAnalysisGrid;\r
   2 TString mySE="ALICE::CNAF::SE";\r
   3 \r
   4 void RunAnalysisAODVertexingHF()\r
   5 {\r
   6   //\r
   7   // Test macro for AliAnalysisTaskSE's for heavy-flavour candidates\r
   8   // It has the structure of a Analysis Train:\r
   9   // - in this macro, change things related to running mode\r
  10   //   and input preparation \r
  11   // - add your task using a AddTaskXXX macro \r
  12   //\r
  13   // A.Dainese, andrea.dainese@lnl.infn.it\r
  14   // "grid" mode added by R.Bala, bala@to.infn.it\r
  15   //\r
  16 \r
  17   gSystem->Setenv("alien_CLOSE_SE",mySE.Data());\r
  18 \r
  19   gSystem->SetIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g"); \r
  20   //\r
  21   TString trainName = "Test";\r
  22   TString analysisMode = "grid"; // "local", "grid", or "proof"\r
  23   TString inputMode    = "list"; // "list", "xml", or "dataset"\r
  24   Long64_t nentries=1234567890,firstentry=0;\r
  25   Bool_t useParFiles=kFALSE;\r
  26   Bool_t useAlienPlugin=kTRUE;\r
  27   TString pluginmode="test";\r
  28   Bool_t saveProofToAlien=kFALSE;\r
  29   TString proofOutdir = "";\r
  30   TString loadMacroPath="$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/";\r
  31   //TString loadMacroPath="./"; // this is normally needed for CAF\r
  32   //\r
  33 \r
  34   if(analysisMode=="grid") {\r
  35     // Connect to AliEn\r
  36     TGrid::Connect("alien://");\r
  37   } else if(analysisMode=="proof") {\r
  38     // Connect to the PROOF cluster\r
  39     if(inputMode!="dataset") {printf("Input mode must be dataset, for proof analysis\n"); return;}\r
  40     gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy","2");\r
  41     TProof::Open("alicecaf");\r
  42     //TProof::Reset("alicecaf");\r
  43     if(saveProofToAlien) {\r
  44       TGrid::Connect("alien://");\r
  45       if(gGrid) {\r
  46         TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();\r
  47         TString workdir = homedir + trainName;\r
  48         if(!gGrid->Cd(workdir)) {\r
  49           gGrid->Cd(homedir);\r
  50           if(gGrid->Mkdir(workdir)) {\r
  51             gGrid->Cd(trainName);\r
  52             ::Info("VertexingTrain::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());\r
  53           }\r
  54         }          \r
  55         gGrid->Mkdir("proof_output");\r
  56         gGrid->Cd("proof_output");\r
  57         proofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());\r
  58       } \r
  59     }\r
  60   }\r
  61 \r
  62 \r
  63   // AliRoot libraries\r
  64   if(analysisMode=="local" || analysisMode=="grid") {\r
  65     TString loadLibraries="LoadLibraries.C"; loadLibraries.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
  66     gROOT->LoadMacro(loadLibraries.Data());\r
  67     LoadLibraries(useParFiles);\r
  68   } else if (analysisMode=="proof") {\r
  69     gSystem->Load("libTree.so");\r
  70     gSystem->Load("libGeom.so");\r
  71     gSystem->Load("libPhysics.so");\r
  72     gSystem->Load("libVMC.so");    \r
  73     // Enable the needed packages\r
  74     //gProof->ClearPackages();\r
  75     TString parDir="/afs/cern.ch/user/d/dainesea/code/";\r
  76     TString parFile;\r
  77     if(!useParFiles) {\r
  78       gProof->UploadPackage("AF-v4-17");\r
  79       gProof->EnablePackage("AF-v4-17");\r
  80       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package\r
  81       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  82       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
  83       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");\r
  84     } else {\r
  85       // --- Enable the STEERBase Package\r
  86       parFile="STEERBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  87       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
  88       gProof->EnablePackage("STEERBase");\r
  89       // --- Enable the ESD Package\r
  90       parFile="ESD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  91       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
  92       gProof->EnablePackage("ESD");\r
  93       // --- Enable the AOD Package\r
  94       parFile="AOD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  95       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
  96       gProof->EnablePackage("AOD");\r
  97       // --- Enable the ANALYSIS Package\r
  98       parFile="ANALYSIS.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  99       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 100       gProof->EnablePackage("ANALYSIS");\r
 101       // --- Enable the ANALYSISalice Package\r
 102       parFile="ANALYSISalice.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 103       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 104       gProof->EnablePackage("ANALYSISalice");\r
 105       // --- Enable the CORRFW Package\r
 106       parFile="CORRFW.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 107       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 108       gProof->EnablePackage("CORRFW");\r
 109       // --- Enable the PWG3base Package\r
 110       parFile="PWG3base.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 111       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 112       gProof->EnablePackage("PWG3base");\r
 113       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package\r
 114       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 115       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 116       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");\r
 117       // --- Enable the JETAN Package\r
 118       parFile="JETAN.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 119       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 120       gProof->EnablePackage("JETAN");\r
 121       // --- Enable the PWG3muon Package\r
 122       parFile="PWG3muon.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 123       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 124       gProof->EnablePackage("PWG3muon");\r
 125       // --- Enable the PWG4PartCorrBase Package\r
 126       parFile="PWG4PartCorrBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 127       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 128       gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrBase");\r
 129       // --- Enable the PWG4PartCorrDep Package\r
 130       parFile="PWG4PartCorrDep.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 131       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 132       gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrDep");\r
 133     }\r
 134     gProof->ShowEnabledPackages(); // show a list of enabled packages\r
 135   }\r
 136 \r
 137 \r
 138   // Create Alien plugin, if requested\r
 139   if(useAlienPlugin) {  \r
 140     if(analysisMode!="grid") {printf("Analysis mode must be grid, to use alien plugin\n"); return;}\r
 141     AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(pluginmode,useParFiles);  \r
 142     if(!alienHandler) return;\r
 143   }\r
 144 \r
 145 \r
 146   //-------------------------------------------------------------------\r
 147   // Prepare input\r
 148   TChain *chainAOD = 0;\r
 149   TString dataset; // for proof\r
 150 \r
 151   if(!useAlienPlugin) {\r
 152     TString makeAODInputChain="MakeAODInputChain.C"; makeAODInputChain.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 153     if(inputMode=="list") {\r
 154       // Local files\r
 155       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());\r
 156       chainAOD = MakeAODInputChain();// with this it reads ./AliAOD.root and ./AliAOD.VertexingHF.root\r
 157       //chainAOD = MakeAODInputChain("alien:///alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/180100/",1,1);\r
 158     } else if(inputMode=="xml") {\r
 159       // xml\r
 160       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());\r
 161       chainAOD = MakeAODInputChain("collection_aod.xml","collection_aodHF.xml");\r
 162     } else if(inputMode=="dataset") {\r
 163       // CAF dataset\r
 164       //gProof->ShowDataSets();\r
 165       dataset="/ITS/dainesea/AODVertexingHF_LHC08x_180100";\r
 166     }\r
 167   }\r
 168 \r
 169   // Create the analysis manager\r
 170   AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("My Manager","My Manager");\r
 171   mgr->SetDebugLevel(0);\r
 172   // Connect plug-in to the analysis manager\r
 173   if(useAlienPlugin) mgr->SetGridHandler(alienHandler);\r
 174 \r
 175   // Input\r
 176   AliAODInputHandler *inputHandler = new AliAODInputHandler();\r
 177   if(analysisMode=="proof") {\r
 178     inputHandler->AddFriend("AliAOD.VertexingHF.root");\r
 179     if(saveProofToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(proofOutdir);\r
 180   }\r
 181   mgr->SetInputEventHandler(inputHandler);\r
 182   //-------------------------------------------------------------------\r
 183 \r
 184   \r
 185   //-------------------------------------------------------------------\r
 186   // Analysis tasks (wagons of the train)   \r
 187   //\r
 188   TString taskName;\r
 189 \r
 190   taskName="AddTaskCompareHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 191   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 192   AliAnalysisTaskSECompareHF *cmpTask = AddTaskCompareHF();\r
 193   \r
 194   taskName="AddTaskD0Mass.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 195   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 196   AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massTask = AddTaskD0Mass();\r
 197 \r
 198   \r
 199   taskName="AddTaskDplus.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 200   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 201   AliAnalysisTaskSEDplus *dplusTask = AddTaskDplus();\r
 202   \r
 203   //taskName="AddTaskSelectHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 204   //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 205   //AliAnalysisTaskSESelectHF *seleTask = AddTaskSelectHF();\r
 206 \r
 207   taskName="AddTaskBkgLikeSignD0.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 208   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 209   AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignD0 *lsD0Task = AddTaskBkgLikeSignD0();\r
 210 \r
 211   taskName="AddTaskBkgLikeSignJPSI.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 212   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 213   AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignJPSI *lsJPSITask = AddTaskBkgLikeSignJPSI();\r
 214 \r
 215   taskName="AddTaskBtoJPSItoEle.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 216   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 217   AliAnalysisTaskSEBtoJPSItoEle *jpsiTask = AddTaskBtoJPSItoEle();\r
 218 \r
 219   taskName="AddTaskCFMultiVarMultiStep.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 220   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 221   AliCFHeavyFlavourTaskMultiVarMultiStep *cfmvmsTask = AddTaskCFMultiVarMultiStep();\r
 222 \r
 223   taskName="AddTaskCharmFraction.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 224   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 225   // The task is added several times with different settings:\r
 226   AliAnalysisTaskCharmFraction *cFractTaskSignal   = AddTaskCharmFraction("d0D0_Signal.root");\r
 227   AliAnalysisTaskCharmFraction *cFractTaskNoMCSel  = AddTaskCharmFraction("d0D0NoMCSel.root",kFALSE,kTRUE,kFALSE);\r
 228   AliAnalysisTaskCharmFraction *cFractTaskNoMCSel  = AddTaskCharmFraction("d0D0NoMCSel_SideBand.root",kTRUE,kTRUE,kFALSE);\r
 229   AliAnalysisTaskCharmFraction *cFractTaskPureBack = AddTaskCharmFraction("d0D0_PureBack.root",kFALSE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kFALSE,kTRUE,kTRUE,kFALSE,kTRUE);\r
 230   AliAnalysisTaskCharmFraction *cFractTaskFromB    = AddTaskCharmFraction("d0D0_FromB.root",kFALSE,kTRUE,kTRUE,kFALSE,kTRUE);\r
 231 \r
 232   // attach a private task (not committed)\r
 233   // (the files MyTask.h MyTask.cxx AddMyTask.C have to be declared in plugin\r
 234   // configuration, see below)\r
 235   /*\r
 236   if(analysisMode.Data()=="proof") {\r
 237     gProof->LoadMacro("MyTask.cxx++g");\r
 238   } else {\r
 239     gROOT->LoadMacro("MyTask.cxx++g");\r
 240   }\r
 241   gROOT->LoadMacro("AddMyTask.C");\r
 242   MyTask *myTask = AddMyTask();\r
 243   */\r
 244 \r
 245   //-------------------------------------------------------------------\r
 246 \r
 247   //\r
 248   // Run the analysis\r
 249   //    \r
 250   if(chainAOD) printf("CHAIN HAS %d ENTRIES\n",(Int_t)chainAOD->GetEntries());\r
 251 \r
 252   if(!mgr->InitAnalysis()) return;\r
 253   mgr->PrintStatus();\r
 254   if(analysisMode=="grid" && !useAlienPlugin) analysisMode="local";\r
 255   if(analysisMode!="proof") {\r
 256     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),chainAOD,nentries,firstentry);\r
 257   } else {\r
 258     // proof\r
 259     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),dataset.Data(),nentries,firstentry);\r
 260   }\r
 261 \r
 262   return;\r
 263 }\r
 264 //_____________________________________________________________________________\r
 265 //\r
 266 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(TString pluginmode="test",Bool_t useParFiles=kFALSE)\r
 267 {\r
 268   // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.\r
 269   // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then\r
 270   //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.\r
 271    if (!AliAnalysisGrid::CreateToken()) return NULL;\r
 272    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();\r
 273    // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")\r
 274    plugin->SetRunMode(pluginmode.Data());\r
 275    plugin->SetUser("dainesea");\r
 276    plugin->SetNtestFiles(1);\r
 277    // Set versions of used packages\r
 278    plugin->SetAPIVersion("V2.4");\r
 279    plugin->SetROOTVersion("v5-24-00");\r
 280    plugin->SetAliROOTVersion("v4-18-06-AN");\r
 281    // Declare input data to be processed.\r
 282    // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.\r
 283    // Define production directory LFN\r
 284    //plugin->SetGridDataDir("/alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/");\r
 285    //plugin->SetGridDataDir("/alice/cern.ch/user/m/mgheata/analysisESD/output_train_default_28May2009_09h33/");\r
 286    plugin->SetGridDataDir("/alice/sim/PDC_09/LHC09a5/AOD1/");\r
 287    // Set data search pattern\r
 288    plugin->SetDataPattern("AliAOD.root");\r
 289    plugin->SetFriendChainName("AliAOD.VertexingHF.root");\r
 290    // ...then add run numbers to be considered\r
 291    //plugin->AddRunNumber(529007);\r
 292    //  or\r
 293    //plugin->SetRunRange(529000,529007);\r
 294    // Method 2: Declare existing data files (raw collections, xml collections, root file)\r
 295    // If no path mentioned data is supposed to be in the work directory (see SetGridWorkingDir())\r
 296    // XML collections added via this method can be combined with the first method if\r
 297    // the content is compatible (using or not tags)\r
 298    //plugin->AddDataFile("/alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/collection/collection_aod_lhc08w.xml");\r
 299    //   plugin->AddDataFile("/alice/data/2008/LHC08c/000057657/raw/Run57657.Merged.RAW.tag.root");\r
 300    // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.\r
 301    plugin->SetGridWorkingDir("lhc09a5_061009");\r
 302    // Declare alien output directory. Relative to working directory.\r
 303    plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output\r
 304    // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime\r
 305    // using ACLiC on the worker nodes.\r
 306    //plugin->SetAnalysisSource("MyTask.cxx");\r
 307    // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be\r
 308    // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.\r
 309    plugin->SetAdditionalLibs("libPWG3vertexingHF.so libPWG3base.so libPWG3muon.so libPWG4PartCorrBase.so libPWG4PartCorrDep.so MakeAODInputChain.C"/* MyTask.cxx MyTask.h" */);\r
 310    // use par files\r
 311    if(useParFiles) {\r
 312      plugin->EnablePackage("STEERBase.par");\r
 313      plugin->EnablePackage("ESD.par");\r
 314      plugin->EnablePackage("AOD.par");\r
 315      plugin->EnablePackage("ANALYSIS.par");\r
 316      plugin->EnablePackage("ANALYSISalice.par");\r
 317      plugin->EnablePackage("CORRFW.par");\r
 318      plugin->EnablePackage("PWG3base.par");\r
 319      plugin->EnablePackage("PWG3vertexingHF.par");\r
 320      plugin->EnablePackage("PWG3muon.par");\r
 321      plugin->EnablePackage("PWG4PartCorrBase.par");\r
 322      plugin->EnablePackage("PWG4PartCorrDep.par");\r
 323    }\r
 324    plugin->AddIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g");\r
 325    // Declare the output file names separated by blancs.\r
 326    // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)\r
 327    plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);\r
 328    //plugin->SetOutputFiles("output.root CmpHF.root CmpHFnt.root D0InvMass.root InvMassDplus.root InvMassDplus_nt1.root InvMassDplus_nt2.root");\r
 329    // Optionally define the files to be archived.\r
 330    //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:*.root@ALICE::NIHAM::File");\r
 331    plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr");\r
 332    // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)\r
 333    plugin->SetAnalysisMacro("AnalysisHF.C");\r
 334    // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)\r
 335    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(5);\r
 336    // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.\r
 337    //plugin->SetMaxInitFailed(5);\r
 338    // Optionally resubmit threshold.\r
 339    //plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);\r
 340    // Optionally set time to live (default 30000 sec)\r
 341    //plugin->SetTTL(20000);\r
 342    // Optionally set input format (default xml-single)\r
 343    plugin->SetInputFormat("xml-single");\r
 344    // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)\r
 345    plugin->SetJDLName("TaskHF.jdl");\r
 346    // Optionally modify job price (default 1)\r
 347    //plugin->SetPrice(1);      \r
 348    // Optionally modify split mode (default 'se')    \r
 349    plugin->SetSplitMode("se");\r
 350    // Optionally set the preferred SE    \r
 351    plugin->SetPreferedSE(mySE.Data());\r
 352    \r
 353    return plugin;\r
 354 }\r