PWG3/vertexingHF/RunAnalysisAODVertexingHF.C

   1 class AliAnalysisGrid;
   2
   3 void RunAnalysisAODVertexingHF()
   4 {
   5   //
   6   // Test macro for AliAnalysisTaskSE's for heavy-flavour candidates
   7   // It has the structure of a Analysis Train:
   8   // - in this macro, change things related to running mode
   9   //   and input preparation
  10   // - add your task using a AddTaskXXX macro
  11   //
  12   // A.Dainese, andrea.dainese@lnl.infn.it
  13   // "grid" mode added by R.Bala, bala@to.infn.it
  14   //
  15
  16
  17   gSystem->SetIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g");
  18   //
  19   TString trainName = "D2H";
  20   TString analysisMode = "grid"; // "local", "grid", or "proof"
  21   TString inputMode    = "list"; // "list", "xml", or "dataset"
  22   Long64_t nentries=123567890,firstentry=0;
  23   Bool_t useParFiles=kFALSE;
  24   Bool_t useAlienPlugin=kTRUE;
  25   TString pluginmode="full";
  26   Bool_t saveProofToAlien=kFALSE;
  27   TString proofOutdir = "";
  28   TString loadMacroPath="$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/macros/";
  29   //TString loadMacroPath="./"; // this is normally needed for CAF
  30   //
  31
  32   if(analysisMode=="grid") {
  33     // Connect to AliEn
  34     TGrid::Connect("alien://");
  35   } else if(analysisMode=="proof") {
  36     // Connect to the PROOF cluster
  37     if(inputMode!="dataset") {printf("Input mode must be dataset, for proof analysis\n"); return;}
  38     gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy","2");
  39     TProof::Open("alicecaf");
  40     //TProof::Reset("alicecaf");
  41     if(saveProofToAlien) {
  42       TGrid::Connect("alien://");
  43       if(gGrid) {
  44         TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
  45         TString workdir = homedir + trainName;
  46         if(!gGrid->Cd(workdir)) {
  47           gGrid->Cd(homedir);
  48           if(gGrid->Mkdir(workdir)) {
  49             gGrid->Cd(trainName);
  50             ::Info("VertexingTrain::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
  51           }
  52         }
  53         gGrid->Mkdir("proof_output");
  54         gGrid->Cd("proof_output");
  55         proofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
  56       }
  57     }
  58   }
  59
  60
  61   // AliRoot libraries
  62   if(analysisMode=="local" || analysisMode=="grid") {
  63     TString loadLibraries="LoadLibraries.C"; loadLibraries.Prepend(loadMacroPath.Data());
  64     gROOT->LoadMacro(loadLibraries.Data());
  65     LoadLibraries(useParFiles);
  66   } else if (analysisMode=="proof") {
  67     gSystem->Load("libTree.so");
  68     gSystem->Load("libGeom.so");
  69     gSystem->Load("libPhysics.so");
  70     gSystem->Load("libVMC.so");
  71     gSystem->Load("libMinuit.so");
  72     // Enable the needed packages
  73     //gProof->ClearPackages();
  74     TString parDir="/afs/cern.ch/user/d/dainesea/code/";
  75     TString parFile;
  76     if(!useParFiles) {
  77       gProof->UploadPackage("AF-v4-17");
  78       gProof->EnablePackage("AF-v4-17");
  79       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package
  80       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  81       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  82       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");
  83     } else {
  84       // --- Enable the STEERBase Package
  85       parFile="STEERBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  86       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  87       gProof->EnablePackage("STEERBase");
  88       // --- Enable the ESD Package
  89       parFile="ESD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  90       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  91       gProof->EnablePackage("ESD");
  92       // --- Enable the AOD Package
  93       parFile="AOD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  94       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  95       gProof->EnablePackage("AOD");
  96       // --- Enable the ANALYSIS Package
  97       parFile="ANALYSIS.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  98       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  99       gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
 100       // --- Enable the ANALYSISalice Package
 101       parFile="ANALYSISalice.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 102       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 103       gProof->EnablePackage("ANALYSISalice");
 104       // --- Enable the CORRFW Package
 105       parFile="CORRFW.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 106       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 107       gProof->EnablePackage("CORRFW");
 108       // --- Enable the PWG3base Package
 109       parFile="PWG3base.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 110       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 111       gProof->EnablePackage("PWG3base");
 112       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package
 113       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 114       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 115       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");
 116       // --- Enable the PWG3muon Package
 117       parFile="PWG3muon.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 118       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 119       gProof->EnablePackage("PWG3muon");
 120     }
 121     gProof->ShowEnabledPackages(); // show a list of enabled packages
 122   }
 123
 124
 125   // Create Alien plugin, if requested
 126   if(useAlienPlugin) {
 127     if(analysisMode!="grid") {printf("Analysis mode must be grid, to use alien plugin\n"); return;}
 128     AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(pluginmode,useParFiles);
 129     if(!alienHandler) return;
 130   }
 131
 132
 133   //-------------------------------------------------------------------
 134   // Prepare input
 135   TChain *chainAOD = 0;
 136   TString dataset; // for proof
 137
 138   if(!useAlienPlugin) {
 139     TString makeAODInputChain="MakeAODInputChain.C"; makeAODInputChain.Prepend(loadMacroPath.Data());
 140     if(inputMode=="list") {
 141       // Local files
 142       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
 143       chainAOD = MakeAODInputChain();// with this it reads ./AliAOD.root and ./AliAOD.VertexingHF.root
 144       //chainAOD = MakeAODInputChain("alien:///alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/180100/",1,1);
 145       printf("ENTRIES %d\n",chainAOD->GetEntries());
 146     } else if(inputMode=="xml") {
 147       // xml
 148       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
 149       chainAOD = MakeAODInputChain("collection_aod.xml","collection_aodHF.xml");
 150     } else if(inputMode=="dataset") {
 151       // CAF dataset
 152       //gProof->ShowDataSets();
 153       dataset="/ITS/dainesea/AODVertexingHF_LHC08x_180100";
 154     }
 155   }
 156
 157   // Create the analysis manager
 158   AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("My Manager","My Manager");
 159   mgr->SetDebugLevel(10);
 160   // Connect plug-in to the analysis manager
 161   if(useAlienPlugin) mgr->SetGridHandler(alienHandler);
 162
 163   // Input
 164   AliAODInputHandler *inputHandler = new AliAODInputHandler();
 165   inputHandler->AddFriend("./AliAOD.VertexingHF.root");
 166   //inputHandler->AddFriend("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 167   if(analysisMode=="proof" ) {
 168     if(saveProofToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(proofOutdir);
 169   }
 170   mgr->SetInputEventHandler(inputHandler);
 171   //-------------------------------------------------------------------
 172
 173
 174   //-------------------------------------------------------------------
 175   // Analysis tasks (wagons of the train)
 176   //
 177   TString taskName;
 178
 179   ////// ADD THE FULL D2H TRAIN
 180   taskName="AddD2HTrain.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 181   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 182   Bool_t readMC=kFALSE;
 183   AddD2HTrain(readMC);//,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);
 184
 185   ////// OR ADD INDIVIDUAL TASKS
 186
 187   /*
 188     taskName="AddTaskCompareHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 189     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 190     AliAnalysisTaskSECompareHF *cmpTask = AddTaskCompareHF();
 191
 192     taskName="AddTaskD0Mass.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 193     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 194     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massTask = AddTaskD0Mass();
 195     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massLikeSignTask = AddTaskD0Mass(1);
 196
 197     taskName="AddTaskDplus.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 198     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 199     AliAnalysisTaskSEDplus *dplusTask = AddTaskDplus();
 200
 201     taskName="AddTaskDs.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 202     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 203     AliAnalysisTaskSEDs *dsTask = AddTaskDs();
 204
 205     //taskName="AddTaskSelectHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 206     //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 207     //AliAnalysisTaskSESelectHF *seleTask = AddTaskSelectHF();
 208
 209     taskName="AddTaskBkgLikeSignD0.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 210     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 211     AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignD0 *lsD0Task = AddTaskBkgLikeSignD0();
 212
 213     taskName="AddTaskBkgLikeSignJPSI.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 214     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 215     AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignJPSI *lsJPSITask = AddTaskBkgLikeSignJPSI();
 216
 217     //taskName="AddTaskBtoJPSItoEle.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 218     //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 219     //AliAnalysisTaskSEBtoJPSItoEle *jpsiTask = AddTaskBtoJPSItoEle();
 220
 221     taskName="AddTaskCFMultiVarMultiStep.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 222     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 223     AliCFHeavyFlavourTaskMultiVarMultiStep *cfmvmsTask = AddTaskCFMultiVarMultiStep();
 224
 225     taskName="AddTaskCharmFraction.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 226     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 227     Int_t switchMC[5]={1,1,1,1,1};
 228     AliAnalysisTaskSECharmFraction *cFractTask = AddTaskCharmFraction("d0D0",switchMC);
 229
 230     // attach a private task (not committed)
 231     // (the files MyTask.h MyTask.cxx AddMyTask.C have to be declared in plugin
 232     // configuration, see below)
 233
 234     if(analysisMode.Data()=="proof") {
 235     gProof->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
 236     } else {
 237     gROOT->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
 238     }
 239     gROOT->LoadMacro("AddMyTask.C");
 240     MyTask *myTask = AddMyTask();
 241
 242
 243     if(analysisMode.Data()=="proof") {
 244     gProof->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
 245     } else {
 246     gROOT->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
 247     }
 248     gROOT->LoadMacro("AddTaskDStarJets.C");
 249     AliDStarJets *myTask = AddTaskDStarJets();
 250   */
 251   //-------------------------------------------------------------------
 252
 253   //
 254   // Run the analysis
 255   //
 256   if(chainAOD) printf("CHAIN HAS %d ENTRIES\n",(Int_t)chainAOD->GetEntries());
 257
 258   if(!mgr->InitAnalysis()) return;
 259   mgr->PrintStatus();
 260   if(analysisMode=="grid" && !useAlienPlugin) analysisMode="local";
 261   if(analysisMode!="proof") {
 262     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),chainAOD,nentries,firstentry);
 263   } else {
 264     // proof
 265     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),dataset.Data(),nentries,firstentry);
 266   }
 267
 268   return;
 269 }
 270 //_____________________________________________________________________________
 271 //
 272 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(TString pluginmode="test",Bool_t useParFiles=kFALSE)
 273 {
 274   // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
 275   // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
 276   //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
 277    if (!AliAnalysisGrid::CreateToken()) return NULL;
 278    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
 279    // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
 280    plugin->SetRunMode(pluginmode.Data());
 281    plugin->SetUser("rbala");
 282    plugin->SetNtestFiles(1);
 283    // Set versions of used packages
 284    plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
 285    plugin->SetROOTVersion("v5-26-00b-6");
 286    plugin->SetAliROOTVersion("v4-19-18-AN");
 287    // Declare input data to be processed.
 288    // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.
 289    // Define production directory LFN
 290    //  plugin->SetGridDataDir("/alice/cern.ch/user/r/rbala/data_pass4_good_runCINT1B_8thfeb/");
 291    //plugin->SetGridDataDir("/alice/sim/PDC_09/LHC09a4/AOD3/");
 292    // Set data search pattern
 293    plugin->SetGridDataDir("/alice/data/2010/LHC10c");
 294    plugin->SetDataPattern("pass2/*AliAOD.root");
 295    // Adds only the good runs from the Monalisa Run Condition Table
 296    AddGoodRuns(plugin,"LHC10c");
 297    // ...then add run numbers to be considered
 298    plugin->SetMaxMergeFiles(100);
 299    plugin->SetNrunsPerMaster(100);
 300    plugin->SetNumberOfReplicas(2);
 301    //  or
 302    //plugin->SetRunRange(529000,529007);
 303    // Method 2: Declare existing data files (raw collections, xml collections, root file)
 304    // If no path mentioned data is supposed to be in the work directory (see SetGridWorkingDir())
 305    // XML collections added via this method can be combined with the first method if
 306    // the content is compatible (using or not tags)
 307    //plugin->AddDataFile("/alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/collection/collection_aod_lhc08w.xml");
 308    //   plugin->AddDataFile("/alice/data/2008/LHC08c/000057657/raw/Run57657.Merged.RAW.tag.root");
 309    // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
 310    plugin->SetGridWorkingDir("myHFanalysis");
 311    // Declare alien output directory. Relative to working directory.
 312    plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output
 313    // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
 314    // using ACLiC on the worker nodes.
 315    //plugin->SetAnalysisSource("AliDStarJets.cxx");
 316    // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
 317    // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
 318    plugin->SetAdditionalLibs("libPWG3vertexingHF.so libPWG3base.so libPWG3muon.so");
 319    // use par files
 320    if(useParFiles) {
 321      plugin->EnablePackage("STEERBase.par");
 322      plugin->EnablePackage("ESD.par");
 323      plugin->EnablePackage("AOD.par");
 324      plugin->EnablePackage("ANALYSIS.par");
 325      plugin->EnablePackage("ANALYSISalice.par");
 326      plugin->EnablePackage("CORRFW.par");
 327      plugin->EnablePackage("PWG3base.par");
 328      plugin->EnablePackage("PWG3vertexingHF.par");
 329      plugin->EnablePackage("PWG3muon.par");
 330    }
 331    plugin->AddIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g");
 332    // Declare the output file names separated by blancs.
 333    // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)
 334    plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);
 335    //plugin->SetOutputFiles("output.root CmpHF.root CmpHFnt.root D0InvMass.root InvMassDplus.root InvMassDplus_nt1.root InvMassDplus_nt2.root");
 336    // Optionally define the files to be archived.
 337    //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:*.root@ALICE::NIHAM::File");
 338    //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr");
 339    // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
 340    plugin->SetAnalysisMacro("AnalysisHF.C");
 341    // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
 342    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(10);
 343    // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.
 344    //plugin->SetMaxInitFailed(5);
 345    // Optionally resubmit threshold.
 346    //plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);
 347    // Optionally set time to live (default 30000 sec)
 348    //plugin->SetTTL(20000);
 349    // Optionally set input format (default xml-single)
 350    plugin->SetInputFormat("xml-single");
 351    // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
 352    plugin->SetJDLName("TaskHF.jdl");
 353    // Optionally modify job price (default 1)
 354    //plugin->SetPrice(1);
 355    // Optionally modify split mode (default 'se')
 356    plugin->SetSplitMode("se");
 357
 358
 359    return plugin;
 360 }
 361 //----------------------------------------------------------------------------
 362 void AddGoodRuns(AliAnalysisAlien* plugin,TString lhcPeriod) {
 363   //
 364   // Adds good runs from the Monalisa Run Condition Table
 365   //
 366   plugin->SetRunPrefix("000");
 367
 368   if(lhcPeriod=="LHC10b") {
 369     Int_t nruns=52;
 370     Int_t runlist[52]={117222, 117220, 117120, 117118, 117116, 117112, 117109, 117099, 117092, 117086, 117082, 117077, 117063, 117060, 117059, 117054, 117053, 117052, 117050, 117048, 116684, 116643, 116642, 116611, 116610, 116609, 116574, 116571, 116562, 116561, 116559, 116403, 116402, 116401, 116288, 116287, 116102, 115514, 115414, 115413, 115401, 115393, 115345, 115335, 115328, 115325, 115322, 115318, 115310, 115193, 115186, 114931};
 371
 372     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
 373       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
 374     }
 375     plugin->SetNRuns(nruns);
 376   }
 377
 378   if(lhcPeriod=="LHC10c") {
 379     Int_t nruns=57;
 380     Int_t runlist[57]={120829, 120825, 120824, 120823, 120822, 120821, 120820, 120758, 120750, 120741, 120671, 120617, 120616, 120505, 120504, 120503, 120244, 120079, 120076, 120073, 120072, 120069, 120067, 120066, 120064, 119971, 119969, 119965, 119961, 119952, 119948, 119941, 119935, 119934, 119926, 119924, 119923, 119917, 119913, 119909, 119907, 119904, 119862, 119859, 119856, 119853, 119849, 119846, 119845, 119844, 119842, 119841, 119838, 119837, 119163, 119161, 119159};
 381
 382     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
 383       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
 384     }
 385     plugin->SetNRuns(nruns);
 386   }
 387
 388   return;
 389 }