PWG3/vertexingHF/RunAnalysisAODVertexingHF.C

   1 class AliAnalysisGrid;\r
   2 \r
   3 void RunAnalysisAODVertexingHF()\r
   4 {\r
   5   //\r
   6   // Test macro for AliAnalysisTaskSE's for heavy-flavour candidates\r
   7   // It has the structure of a Analysis Train:\r
   8   // - in this macro, change things related to running mode\r
   9   //   and input preparation \r
  10   // - add your task using a AddTaskXXX macro \r
  11   //\r
  12   // A.Dainese, andrea.dainese@lnl.infn.it\r
  13   // "grid" mode added by R.Bala, bala@to.infn.it\r
  14   //\r
  15 \r
  16   gSystem->SetIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g"); \r
  17   //\r
  18   TString trainName = "Test";\r
  19   TString analysisMode = "grid"; // "local", "grid", or "proof"\r
  20   TString inputMode    = "list"; // "list", "xml", or "dataset"\r
  21   Long64_t nentries=1234567890,firstentry=0;\r
  22   Bool_t useParFiles=kFALSE;\r
  23   Bool_t useAlienPlugin=kTRUE;\r
  24   TString pluginmode="test";\r
  25   Bool_t saveProofToAlien=kFALSE;\r
  26   TString proofOutdir = "";\r
  27   TString loadMacroPath="$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/";\r
  28   //TString loadMacroPath="./"; // this is normally needed for CAF\r
  29   //\r
  30 \r
  31   if(analysisMode=="grid") {\r
  32     // Connect to AliEn\r
  33     TGrid::Connect("alien://");\r
  34   } else if(analysisMode=="proof") {\r
  35     // Connect to the PROOF cluster\r
  36     if(inputMode!="dataset") {printf("Input mode must be dataset, for proof analysis\n"); return;}\r
  37     gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy","2");\r
  38     TProof::Open("alicecaf");\r
  39     //TProof::Reset("alicecaf");\r
  40     if(saveProofToAlien) {\r
  41       TGrid::Connect("alien://");\r
  42       if(gGrid) {\r
  43         TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();\r
  44         TString workdir = homedir + trainName;\r
  45         if(!gGrid->Cd(workdir)) {\r
  46           gGrid->Cd(homedir);\r
  47           if(gGrid->Mkdir(workdir)) {\r
  48             gGrid->Cd(trainName);\r
  49             ::Info("VertexingTrain::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());\r
  50           }\r
  51         }          \r
  52         gGrid->Mkdir("proof_output");\r
  53         gGrid->Cd("proof_output");\r
  54         proofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());\r
  55       } \r
  56     }\r
  57   }\r
  58 \r
  59 \r
  60   // AliRoot libraries\r
  61   if(analysisMode=="local" || analysisMode=="grid") {\r
  62     TString loadLibraries="LoadLibraries.C"; loadLibraries.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
  63     gROOT->LoadMacro(loadLibraries.Data());\r
  64     LoadLibraries(useParFiles);\r
  65   } else if (analysisMode=="proof") {\r
  66     gSystem->Load("libTree.so");\r
  67     gSystem->Load("libGeom.so");\r
  68     gSystem->Load("libPhysics.so");\r
  69     gSystem->Load("libVMC.so");    \r
  70     // Enable the needed packages\r
  71     //gProof->ClearPackages();\r
  72     TString parDir="/afs/cern.ch/user/d/dainesea/code/";\r
  73     TString parFile;\r
  74     if(!useParFiles) {\r
  75       gProof->UploadPackage("AF-v4-17");\r
  76       gProof->EnablePackage("AF-v4-17");\r
  77       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package\r
  78       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  79       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
  80       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");\r
  81     } else {\r
  82       // --- Enable the STEERBase Package\r
  83       parFile="STEERBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  84       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
  85       gProof->EnablePackage("STEERBase");\r
  86       // --- Enable the ESD Package\r
  87       parFile="ESD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  88       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
  89       gProof->EnablePackage("ESD");\r
  90       // --- Enable the AOD Package\r
  91       parFile="AOD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  92       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
  93       gProof->EnablePackage("AOD");\r
  94       // --- Enable the ANALYSIS Package\r
  95       parFile="ANALYSIS.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  96       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
  97       gProof->EnablePackage("ANALYSIS");\r
  98       // --- Enable the ANALYSISalice Package\r
  99       parFile="ANALYSISalice.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 100       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 101       gProof->EnablePackage("ANALYSISalice");\r
 102       // --- Enable the CORRFW Package\r
 103       parFile="CORRFW.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 104       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 105       gProof->EnablePackage("CORRFW");\r
 106       // --- Enable the PWG3base Package\r
 107       parFile="PWG3base.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 108       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 109       gProof->EnablePackage("PWG3base");\r
 110       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package\r
 111       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 112       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 113       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");\r
 114       // --- Enable the JETAN Package\r
 115       parFile="JETAN.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 116       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 117       gProof->EnablePackage("JETAN");\r
 118       // --- Enable the PWG3muon Package\r
 119       parFile="PWG3muon.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 120       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 121       gProof->EnablePackage("PWG3muon");\r
 122       // --- Enable the PWG4PartCorrBase Package\r
 123       parFile="PWG4PartCorrBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 124       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 125       gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrBase");\r
 126       // --- Enable the PWG4PartCorrDep Package\r
 127       parFile="PWG4PartCorrDep.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 128       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 129       gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrDep");\r
 130     }\r
 131     gProof->ShowEnabledPackages(); // show a list of enabled packages\r
 132   }\r
 133 \r
 134 \r
 135   // Create Alien plugin, if requested\r
 136   if(useAlienPlugin) {  \r
 137     if(analysisMode!="grid") {printf("Analysis mode must be grid, to use alien plugin\n"); return;}\r
 138     AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(pluginmode,useParFiles);  \r
 139     if(!alienHandler) return;\r
 140   }\r
 141 \r
 142 \r
 143   //-------------------------------------------------------------------\r
 144   // Prepare input\r
 145   TChain *chainAOD = 0;\r
 146   TString dataset; // for proof\r
 147 \r
 148   if(!useAlienPlugin) {\r
 149     TString makeAODInputChain="MakeAODInputChain.C"; makeAODInputChain.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 150     if(inputMode=="list") {\r
 151       // Local files\r
 152       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());\r
 153       chainAOD = MakeAODInputChain();// with this it reads ./AliAOD.root and ./AliAOD.VertexingHF.root\r
 154       //chainAOD = MakeAODInputChain("alien:///alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/180100/",1,1);\r
 155     } else if(inputMode=="xml") {\r
 156       // xml\r
 157       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());\r
 158       chainAOD = MakeAODInputChain("collection_aod.xml","collection_aodHF.xml");\r
 159     } else if(inputMode=="dataset") {\r
 160       // CAF dataset\r
 161       //gProof->ShowDataSets();\r
 162       dataset="/ITS/dainesea/AODVertexingHF_LHC08x_180100";\r
 163     }\r
 164   }\r
 165 \r
 166   // Create the analysis manager\r
 167   AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("My Manager","My Manager");\r
 168   mgr->SetDebugLevel(10);\r
 169   // Connect plug-in to the analysis manager\r
 170   if(useAlienPlugin) mgr->SetGridHandler(alienHandler);\r
 171 \r
 172   // Input\r
 173   AliAODInputHandler *inputHandler = new AliAODInputHandler();\r
 174   if(analysisMode=="proof") {\r
 175     inputHandler->AddFriend("AliAOD.VertexingHF.root");\r
 176     if(saveProofToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(proofOutdir);\r
 177   }\r
 178   mgr->SetInputEventHandler(inputHandler);\r
 179   //-------------------------------------------------------------------\r
 180 \r
 181   \r
 182   //-------------------------------------------------------------------\r
 183   // Analysis tasks (wagons of the train)   \r
 184   //\r
 185   TString taskName;\r
 186 \r
 187   taskName="AddTaskCompareHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 188   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 189   AliAnalysisTaskSECompareHF *cmpTask = AddTaskCompareHF();\r
 190   \r
 191   taskName="AddTaskD0Mass.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 192   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 193   AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massTask = AddTaskD0Mass();\r
 194 \r
 195   \r
 196   taskName="AddTaskDplus.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 197   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 198   AliAnalysisTaskSEDplus *dplusTask = AddTaskDplus();\r
 199   \r
 200   //taskName="AddTaskSelectHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 201   //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 202   //AliAnalysisTaskSESelectHF *seleTask = AddTaskSelectHF();\r
 203 \r
 204   taskName="AddTaskBkgLikeSignD0.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 205   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 206   AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignD0 *lsD0Task = AddTaskBkgLikeSignD0();\r
 207 \r
 208   taskName="AddTaskBkgLikeSignJPSI.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 209   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 210   AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignJPSI *lsJPSITask = AddTaskBkgLikeSignJPSI();\r
 211 \r
 212   taskName="AddTaskBtoJPSItoEle.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 213   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 214   AliAnalysisTaskSEBtoJPSItoEle *jpsiTask = AddTaskBtoJPSItoEle();\r
 215 \r
 216   taskName="AddTaskCFMultiVarMultiStep.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 217   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 218   AliCFHeavyFlavourTaskMultiVarMultiStep *cfmvmsTask = AddTaskCFMultiVarMultiStep();\r
 219 \r
 220   taskName="AddTaskCharmFraction.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 221   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 222   // The task is added several times with different settings:\r
 223   AliAnalysisTaskCharmFraction *cFractTaskSignal   = AddTaskCharmFraction("d0D0_Signal.root");\r
 224   AliAnalysisTaskCharmFraction *cFractTaskNoMCSel  = AddTaskCharmFraction("d0D0NoMCSel.root",kFALSE,kTRUE,kFALSE);\r
 225   AliAnalysisTaskCharmFraction *cFractTaskNoMCSel  = AddTaskCharmFraction("d0D0NoMCSel_SideBand.root",kTRUE,kTRUE,kFALSE);\r
 226   AliAnalysisTaskCharmFraction *cFractTaskPureBack = AddTaskCharmFraction("d0D0_PureBack.root",kFALSE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kFALSE,kTRUE,kTRUE,kFALSE,kTRUE);\r
 227   AliAnalysisTaskCharmFraction *cFractTaskFromB    = AddTaskCharmFraction("d0D0_FromB.root",kFALSE,kTRUE,kTRUE,kFALSE,kTRUE);\r
 228 \r
 229   // attach a private task (not committed)\r
 230   // (the files MyTask.h MyTask.cxx AddMyTask.C have to be declared in plugin\r
 231   // configuration, see below)\r
 232   /*\r
 233   if(analysisMode.Data()=="proof") {\r
 234     gProof->LoadMacro("MyTask.cxx++g");\r
 235   } else {\r
 236     gROOT->LoadMacro("MyTask.cxx++g");\r
 237   }\r
 238   gROOT->LoadMacro("AddMyTask.C");\r
 239   MyTask *myTask = AddMyTask();\r
 240   */\r
 241 \r
 242   //-------------------------------------------------------------------\r
 243 \r
 244   //\r
 245   // Run the analysis\r
 246   //    \r
 247   if(chainAOD) printf("CHAIN HAS %d ENTRIES\n",(Int_t)chainAOD->GetEntries());\r
 248 \r
 249   if(!mgr->InitAnalysis()) return;\r
 250   mgr->PrintStatus();\r
 251   if(analysisMode=="grid" && !useAlienPlugin) analysisMode="local";\r
 252   if(analysisMode!="proof") {\r
 253     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),chainAOD,nentries,firstentry);\r
 254   } else {\r
 255     // proof\r
 256     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),dataset.Data(),nentries,firstentry);\r
 257   }\r
 258 \r
 259   return;\r
 260 }\r
 261 //_____________________________________________________________________________\r
 262 //\r
 263 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(TString pluginmode="test",Bool_t useParFiles=kFALSE)\r
 264 {\r
 265   // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.\r
 266   // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then\r
 267   //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.\r
 268    if (!AliAnalysisGrid::CreateToken()) return NULL;\r
 269    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();\r
 270    // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")\r
 271    plugin->SetRunMode(pluginmode.Data());\r
 272    plugin->SetUser("dainesea");\r
 273    plugin->SetNtestFiles(1);\r
 274    // Set versions of used packages\r
 275    plugin->SetAPIVersion("V2.4");\r
 276    plugin->SetROOTVersion("v5-24-00");\r
 277    plugin->SetAliROOTVersion("v4-18-01-AN");\r
 278    // Declare input data to be processed.\r
 279    // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.\r
 280    // Define production directory LFN\r
 281    //plugin->SetGridDataDir("/alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/");\r
 282    //plugin->SetGridDataDir("/alice/cern.ch/user/m/mgheata/analysisESD/output_train_default_28May2009_09h33/");\r
 283    plugin->SetGridDataDir("/alice/sim/PDC_09/LHC09a6/AOD/");\r
 284    // Set data search pattern\r
 285    plugin->SetDataPattern("AliAOD.root");\r
 286    plugin->SetFriendChainName("AliAOD.VertexingHF.root");\r
 287    // ...then add run numbers to be considered\r
 288    //plugin->AddRunNumber(529007);\r
 289    //  or\r
 290    //plugin->SetRunRange(529000,529007);\r
 291    // Method 2: Declare existing data files (raw collections, xml collections, root file)\r
 292    // If no path mentioned data is supposed to be in the work directory (see SetGridWorkingDir())\r
 293    // XML collections added via this method can be combined with the first method if\r
 294    // the content is compatible (using or not tags)\r
 295    //plugin->AddDataFile("/alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/collection/collection_aod_lhc08w.xml");\r
 296    //   plugin->AddDataFile("/alice/data/2008/LHC08c/000057657/raw/Run57657.Merged.RAW.tag.root");\r
 297    // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.\r
 298    plugin->SetGridWorkingDir("work");\r
 299    // Declare alien output directory. Relative to working directory.\r
 300    plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output\r
 301    // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime\r
 302    // using ACLiC on the worker nodes.\r
 303    //plugin->SetAnalysisSource("MyTask.cxx");\r
 304    // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be\r
 305    // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.\r
 306    plugin->SetAdditionalLibs("libPWG3vertexingHF.so libPWG3base.so libPWG3muon.so libPWG4PartCorrBase.so libPWG4PartCorrDep.so MakeAODInputChain.C"/* MyTask.cxx MyTask.h" */);\r
 307    // use par files\r
 308    if(useParFiles) {\r
 309      plugin->EnablePackage("STEERBase.par");\r
 310      plugin->EnablePackage("ESD.par");\r
 311      plugin->EnablePackage("AOD.par");\r
 312      plugin->EnablePackage("ANALYSIS.par");\r
 313      plugin->EnablePackage("ANALYSISalice.par");\r
 314      plugin->EnablePackage("CORRFW.par");\r
 315      plugin->EnablePackage("PWG3base.par");\r
 316      plugin->EnablePackage("PWG3vertexingHF.par");\r
 317      plugin->EnablePackage("PWG3muon.par");\r
 318      plugin->EnablePackage("PWG4PartCorrBase.par");\r
 319      plugin->EnablePackage("PWG4PartCorrDep.par");\r
 320    }\r
 321    plugin->AddIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g");\r
 322    // Declare the output file names separated by blancs.\r
 323    // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)\r
 324    plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);\r
 325    //plugin->SetOutputFiles("output.root CmpHF.root CmpHFnt.root D0InvMass.root InvMassDplus.root InvMassDplus_nt1.root InvMassDplus_nt2.root");\r
 326    // Optionally define the files to be archived.\r
 327    //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:*.root@ALICE::NIHAM::File");\r
 328    plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr");\r
 329    // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)\r
 330    plugin->SetAnalysisMacro("AnalysisHF.C");\r
 331    // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)\r
 332    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(5);\r
 333    // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.\r
 334    //plugin->SetMaxInitFailed(5);\r
 335    // Optionally resubmit threshold.\r
 336    //plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);\r
 337    // Optionally set time to live (default 30000 sec)\r
 338    //plugin->SetTTL(20000);\r
 339    // Optionally set input format (default xml-single)\r
 340    plugin->SetInputFormat("xml-single");\r
 341    // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)\r
 342    plugin->SetJDLName("TaskHF.jdl");\r
 343    // Optionally modify job price (default 1)\r
 344    //plugin->SetPrice(1);      \r
 345    // Optionally modify split mode (default 'se')    \r
 346    plugin->SetSplitMode("se");\r
 347    // Optionally set the preferred SE    \r
 348    plugin->SetPreferedSE("ALICE::Torino::DPM");\r
 349    \r
 350    return plugin;\r
 351 }\r