PWG3/vertexingHF/RunAnalysisAODVertexingHF.C

   1 class AliAnalysisGrid;
   2 class AliAnalysisAlien;
   3
   4 void RunAnalysisAODVertexingHF()
   5 {
   6   //
   7   // Test macro for AliAnalysisTaskSE's for heavy-flavour candidates
   8   // It has the structure of a Analysis Train:
   9   // - in this macro, change things related to running mode
  10   //   and input preparation
  11   // - add your task using a AddTaskXXX macro
  12   //
  13   // A.Dainese, andrea.dainese@lnl.infn.it
  14   // "grid" mode added by R.Bala, bala@to.infn.it
  15   //
  16
  17
  18   gSystem->SetIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/base -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g");
  19   //
  20   TString trainName = "D2H";
  21   TString analysisMode = "grid"; // "local", "grid", or "proof"
  22   TString inputMode    = "list"; // "list", "xml", or "dataset"
  23   Long64_t nentries=123567890,firstentry=0;
  24   Bool_t useParFiles=kFALSE;
  25   Bool_t useAlienPlugin=kTRUE;
  26   TString pluginmode="full";
  27   Bool_t saveProofToAlien=kFALSE;
  28   TString proofOutdir = "";
  29   TString loadMacroPath="$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/macros/";
  30   //TString loadMacroPath="./"; // this is normally needed for CAF
  31   //
  32
  33   if(analysisMode=="grid") {
  34     // Connect to AliEn
  35     TGrid::Connect("alien://");
  36   } else if(analysisMode=="proof") {
  37     // Connect to the PROOF cluster
  38     if(inputMode!="dataset") {printf("Input mode must be dataset, for proof analysis\n"); return;}
  39     gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy","2");
  40     TProof::Open("alicecaf");
  41     //TProof::Reset("alicecaf");
  42     if(saveProofToAlien) {
  43       TGrid::Connect("alien://");
  44       if(gGrid) {
  45         TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
  46         TString workdir = homedir + trainName;
  47         if(!gGrid->Cd(workdir)) {
  48           gGrid->Cd(homedir);
  49           if(gGrid->Mkdir(workdir)) {
  50             gGrid->Cd(trainName);
  51             ::Info("VertexingTrain::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
  52           }
  53         }
  54         gGrid->Mkdir("proof_output");
  55         gGrid->Cd("proof_output");
  56         proofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
  57       }
  58     }
  59   }
  60
  61
  62   // AliRoot libraries
  63   if(analysisMode=="local" || analysisMode=="grid") {
  64     TString loadLibraries="LoadLibraries.C"; loadLibraries.Prepend(loadMacroPath.Data());
  65     gROOT->LoadMacro(loadLibraries.Data());
  66     LoadLibraries(useParFiles);
  67   } else if (analysisMode=="proof") {
  68     gSystem->Load("libTree.so");
  69     gSystem->Load("libGeom.so");
  70     gSystem->Load("libPhysics.so");
  71     gSystem->Load("libVMC.so");
  72     gSystem->Load("libMinuit.so");
  73     // Enable the needed packages
  74     //gProof->ClearPackages();
  75     TString parDir="/afs/cern.ch/user/d/dainesea/code/";
  76     TString parFile;
  77     if(!useParFiles) {
  78       gProof->UploadPackage("AF-v4-17");
  79       gProof->EnablePackage("AF-v4-17");
  80       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package
  81       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  82       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  83       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");
  84     } else {
  85       // --- Enable the STEERBase Package
  86       parFile="STEERBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  87       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  88       gProof->EnablePackage("STEERBase");
  89       // --- Enable the ESD Package
  90       parFile="ESD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  91       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  92       gProof->EnablePackage("ESD");
  93       // --- Enable the AOD Package
  94       parFile="AOD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  95       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  96       gProof->EnablePackage("AOD");
  97       // --- Enable the ANALYSIS Package
  98       parFile="ANALYSIS.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  99       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 100       gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
 101       // --- Enable the ANALYSISalice Package
 102       parFile="ANALYSISalice.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 103       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 104       gProof->EnablePackage("ANALYSISalice");
 105       // --- Enable the CORRFW Package
 106       parFile="CORRFW.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 107       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 108       gProof->EnablePackage("CORRFW");
 109       // --- Enable the PWG3base Package
 110       parFile="PWG3base.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 111       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 112       gProof->EnablePackage("PWG3base");
 113       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package
 114       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 115       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 116       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");
 117       // --- Enable the PWG3muon Package
 118       parFile="PWG3muon.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 119       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 120       gProof->EnablePackage("PWG3muon");
 121     }
 122     gProof->ShowEnabledPackages(); // show a list of enabled packages
 123   }
 124
 125
 126   // Create Alien plugin, if requested
 127   if(useAlienPlugin) {
 128     if(analysisMode!="grid") {printf("Analysis mode must be grid, to use alien plugin\n"); return;}
 129     AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(pluginmode,useParFiles);
 130     if(!alienHandler) return;
 131   }
 132
 133
 134   //-------------------------------------------------------------------
 135   // Prepare input
 136   TChain *chainAOD = 0;
 137   TString dataset; // for proof
 138
 139   if(!useAlienPlugin) {
 140     TString makeAODInputChain="../MakeAODInputChain.C"; makeAODInputChain.Prepend(loadMacroPath.Data());
 141     if(inputMode=="list") {
 142       // Local files
 143       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
 144       chainAOD = MakeAODInputChain();// with this it reads ./AliAOD.root and ./AliAOD.VertexingHF.root
 145       //chainAOD = MakeAODInputChain("alien:///alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/180100/",1,1);
 146       printf("ENTRIES %d\n",chainAOD->GetEntries());
 147     } else if(inputMode=="xml") {
 148       // xml
 149       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
 150       chainAOD = MakeAODInputChain("collection_aod.xml","collection_aodHF.xml");
 151     } else if(inputMode=="dataset") {
 152       // CAF dataset
 153       //gProof->ShowDataSets();
 154       dataset="/ITS/dainesea/AODVertexingHF_LHC08x_180100";
 155     }
 156   }
 157
 158   // Create the analysis manager
 159   AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("My Manager","My Manager");
 160   mgr->SetDebugLevel(10);
 161   // Connect plug-in to the analysis manager
 162   if(useAlienPlugin) mgr->SetGridHandler(alienHandler);
 163
 164   // Input
 165   AliAODInputHandler *inputHandler = new AliAODInputHandler();
 166   if(analysisMode=="proof" ) {
 167     inputHandler->AddFriend("./AliAOD.VertexingHF.root");
 168     //inputHandler->AddFriend("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 169     if(saveProofToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(proofOutdir);
 170   }
 171   mgr->SetInputEventHandler(inputHandler);
 172   //-------------------------------------------------------------------
 173
 174
 175   //-------------------------------------------------------------------
 176   // Analysis tasks (wagons of the train)
 177   //
 178   TString taskName;
 179
 180   ////// ADD THE FULL D2H TRAIN
 181   /*taskName="../AddD2HTrain.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 182   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 183   Bool_t readMC=kFALSE;
 184   AddD2HTrain(readMC);//,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);*/
 185
 186   ////// OR ADD INDIVIDUAL TASKS
 187
 188
 189   /*  taskName="AddTaskCompareHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 190     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 191     AliAnalysisTaskSECompareHF *cmpTask = AddTaskCompareHF();
 192   */
 193     taskName="AddTaskD0Mass.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 194     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 195     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massTask = AddTaskD0Mass();
 196     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massLikeSignTask = AddTaskD0Mass(1);
 197     /*
 198     taskName="AddTaskDplus.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 199     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 200     AliAnalysisTaskSEDplus *dplusTask = AddTaskDplus();
 201
 202     taskName="AddTaskDs.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 203     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 204     AliAnalysisTaskSEDs *dsTask = AddTaskDs();
 205
 206     //taskName="AddTaskSelectHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 207     //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 208     //AliAnalysisTaskSESelectHF *seleTask = AddTaskSelectHF();
 209
 210     taskName="AddTaskBkgLikeSignD0.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 211     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 212     AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignD0 *lsD0Task = AddTaskBkgLikeSignD0();
 213
 214     taskName="AddTaskBkgLikeSignJPSI.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 215     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 216     AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignJPSI *lsJPSITask = AddTaskBkgLikeSignJPSI();
 217
 218     //taskName="AddTaskBtoJPSItoEle.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 219     //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 220     //AliAnalysisTaskSEBtoJPSItoEle *jpsiTask = AddTaskBtoJPSItoEle();
 221
 222     taskName="AddTaskCFMultiVarMultiStep.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 223     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 224     AliCFHeavyFlavourTaskMultiVarMultiStep *cfmvmsTask = AddTaskCFMultiVarMultiStep();
 225
 226
 227     taskName="AddTaskSECharmFraction.C";
 228     taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 229     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 230     Int_t switchMC[5]={0,0,0,0,0};
 231     Int_t ppPbPb=1;// 0 for pp, 1 for PbPb, used to siwtch on/off the removal of daughters from the primary vertex
 232     AliAnalysisTaskSECharmFraction *cFractTask = AddTaskSECharmFraction("standard",switchMC,readMC,kTRUE,kFALSE,"D0toKpiCharmFractCuts.root","c",ppPbPb);
 233     // arguments: filename,switchMC,readmc,usepid,likesign,cutfilename,containerprefix
 234
 235
 236     // attach a private task (not committed)
 237     // (the files MyTask.h MyTask.cxx AddMyTask.C have to be declared in plugin
 238     // configuration, see below)
 239
 240     if(analysisMode.Data()=="proof") {
 241     gProof->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
 242     } else {
 243     gROOT->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
 244     }
 245     gROOT->LoadMacro("AddMyTask.C");
 246     MyTask *myTask = AddMyTask();
 247
 248
 249     if(analysisMode.Data()=="proof") {
 250     gProof->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
 251     } else {
 252     gROOT->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
 253     }
 254     gROOT->LoadMacro("AddTaskDStarJets.C");
 255     AliDStarJets *myTask = AddTaskDStarJets();
 256   */
 257   //-------------------------------------------------------------------
 258
 259   //
 260   // Run the analysis
 261   //
 262   if(chainAOD) printf("CHAIN HAS %d ENTRIES\n",(Int_t)chainAOD->GetEntries());
 263
 264   if(!mgr->InitAnalysis()) return;
 265   mgr->PrintStatus();
 266   if(analysisMode=="grid" && !useAlienPlugin) analysisMode="local";
 267   if(analysisMode!="proof") {
 268     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),chainAOD,nentries,firstentry);
 269   } else {
 270     // proof
 271     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),dataset.Data(),nentries,firstentry);
 272   }
 273
 274   return;
 275 }
 276 //_____________________________________________________________________________
 277 //
 278 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(TString pluginmode="test",Bool_t useParFiles=kFALSE)
 279 {
 280   // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
 281   // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
 282   //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
 283    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
 284    // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
 285    plugin->SetRunMode(pluginmode.Data());
 286    plugin->SetUser();
 287    // Set versions of used packages
 288    plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
 289    plugin->SetROOTVersion();
 290    plugin->SetAliROOTVersion();
 291
 292    // Declare input data to be processed.
 293    //************************************************
 294    // Set data search pattern for DATA
 295    //************************************************
 296    plugin->SetGridDataDir("/alice/data/2010/LHC10d"); // specify LHC period
 297    plugin->SetDataPattern("pass2/AOD018/*AliAOD.root"); // specify reco pass and AOD set
 298    plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
 299    // OR plugin->SetFriendChainName("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 300    // Adds only the good runs from the Monalisa Run Condition Table
 301    // More than one period can be added but the period name has to be removed from GridDataDir (to be tested)
 302    Int_t totruns=0;
 303    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10b"); // specify LHC period
 304    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10c"); // specify LHC period
 305    totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10d"); // specify LHC period
 306    plugin->SetNrunsPerMaster(totruns);
 307
 308    //************************************************
 309    // Set data search pattern for MONTECARLO
 310    //************************************************
 311    /*
 312    plugin->SetGridDataDir("/alice/sim/LHC10d3"); // specify MC sample
 313    plugin->SetDataPattern("AOD005/*AliAOD.root"); // specify AOD set
 314    plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
 315    // OR plugin->SetFriendChainName("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 316    // Adds only the good runs from the Monalisa Run Condition Table
 317    // More than one period can be added!
 318    Int_t totruns=0;
 319    totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10b","LHC10d3"); // specify LHC period for anchor runs; and the name of the MC production
 320    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10c","LHC10f7"); // specify LHC period for anchor runs;  and the name of the MC production
 321    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10d","LHC10f7"); // specify LHC period for anchor runs;  and the name of the MC production
 322    plugin->SetNrunsPerMaster(totruns);
 323    */
 324    //
 325    // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
 326    plugin->SetGridWorkingDir("myHFanalysis");
 327    // Declare alien output directory. Relative to working directory.
 328    plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output
 329    // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
 330    // using ACLiC on the worker nodes.
 331    //plugin->SetAnalysisSource("AliDStarJets.cxx");
 332    // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
 333    // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
 334    plugin->SetAdditionalLibs("libPWG3base.so libPWG3vertexingHF.so");
 335    // use par files
 336    if(useParFiles) {
 337      plugin->EnablePackage("STEERBase.par");
 338      plugin->EnablePackage("ESD.par");
 339      plugin->EnablePackage("AOD.par");
 340      plugin->EnablePackage("ANALYSIS.par");
 341      plugin->EnablePackage("ANALYSISalice.par");
 342      plugin->EnablePackage("CORRFW.par");
 343      plugin->EnablePackage("PWG3base.par");
 344      plugin->EnablePackage("PWG3vertexingHF.par");
 345    }
 346    plugin->AddIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/base -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g");
 347
 348    plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);
 349    // merging via jdl
 350    plugin->SetMergeViaJDL(kTRUE);
 351    plugin->SetOneStageMerging(kFALSE);
 352    plugin->SetMaxMergeStages(2);
 353
 354    // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
 355    plugin->SetAnalysisMacro("AnalysisHF.C");
 356    // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
 357    // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
 358    plugin->SetJDLName("TaskHF.jdl");
 359
 360    return plugin;
 361 }
 362 //----------------------------------------------------------------------------
 363 Int_t AddGoodRuns(AliAnalysisAlien* plugin,TString lhcPeriod,TString mcprod="") {
 364   //
 365   // Adds good runs from the Monalisa Run Condition Table
 366   //
 367   if(mcprod=="") plugin->SetRunPrefix("000"); // DATA
 368
 369   Int_t firstrun=0,lastrun=9999999;
 370   Int_t nruns=0,ngoodruns=0;
 371
 372   if(mcprod=="LHC10d3") {firstrun=117054;lastrun=117222;}
 373   if(mcprod=="LHC10d5") {firstrun=117086;lastrun=117222;}
 374
 375
 376   if(lhcPeriod=="LHC10b") {
 377     nruns=31;
 378     Int_t runlist[31]={117222, 117220, 117116, 117112, 117109, 117099, 117092, 117086, 117077, 117065, 117063, 117060, 117059, 117054, 117053, 117052, 117050, 117048, 116645, 116643, 116574, 116571, 116562, 116403, 116288, 116102, 115401, 115393, 115193, 115186, 114931};
 379
 380     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
 381       if(runlist[k]<firstrun || runlist[k]>lastrun) continue;
 382       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
 383       ngoodruns++;
 384     }
 385     plugin->SetNrunsPerMaster(ngoodruns);
 386   }
 387
 388   if(lhcPeriod=="LHC10c") {
 389     nruns=36;
 390     Int_t runlist[36]={120829, 120825, 120824, 120823, 120822, 120821, 120820, 120758, 120750, 120741, 120671, 120617, 120616, 120505, 120504, 120503, 120244, 120079, 120076, 120073, 120072, 120069, 120067, 119862, 119859, 119856, 119853, 119849, 119846, 119845, 119844, 119842, 119841, 119163, 119161, 119159};
 391
 392     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
 393       if(runlist[k]<firstrun || runlist[k]>lastrun) continue;
 394       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
 395       ngoodruns++;
 396     }
 397     plugin->SetNrunsPerMaster(ngoodruns);
 398   }
 399
 400   if(lhcPeriod=="LHC10dhighmu") { // only runs with high mu
 401     nruns=17;
 402     Int_t runlist[17]={124750, 124746, 124702, 124608, 124607, 124606, 124605, 124604, 124381, 124380, 124378, 124367, 124362, 124358, 124355, 124191, 124187};
 403
 404     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
 405       if(runlist[k]<firstrun || runlist[k]>lastrun) continue;
 406       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
 407       ngoodruns++;
 408     }
 409     plugin->SetNrunsPerMaster(ngoodruns);
 410   }
 411
 412   if(lhcPeriod=="LHC10d") { // runs with high mu excluded
 413     nruns=55;
 414     Int_t runlist[55]={126437, 126432, 126425, 126424, 126422, 126409, 126408, 126407, 126406, 126405, 126404, 126403, 126359, 126352, 126351, 126350, 126285, 126284, 126283, 126168, 126167, 126160, 126158, 126097, 126090, 126088, 126082, 126081, 126078, 126073, 126008, 126007, 126004, 125855, 125851, 125850, 125849, 125848, 125847, 125844, 125843, 125842, 125633, 125632, 125630, 125296, 125134, 125101, 125100, 125097, 125085, 125023, 124751, 122375, 122374};
 415
 416     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
 417       if(runlist[k]<firstrun || runlist[k]>lastrun) continue;
 418       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
 419       ngoodruns++;
 420     }
 421     plugin->SetNrunsPerMaster(ngoodruns);
 422   }
 423
 424
 425   return ngoodruns;
 426 }