PWG3/vertexingHF/RunAnalysisAODVertexingHF.C

   1 class AliAnalysisGrid;\r
   2 TString mySE="ALICE::CNAF::SE";\r
   3 \r
   4 void RunAnalysisAODVertexingHF()\r
   5 {\r
   6   //\r
   7   // Test macro for AliAnalysisTaskSE's for heavy-flavour candidates\r
   8   // It has the structure of a Analysis Train:\r
   9   // - in this macro, change things related to running mode\r
  10   //   and input preparation \r
  11   // - add your task using a AddTaskXXX macro \r
  12   //\r
  13   // A.Dainese, andrea.dainese@lnl.infn.it\r
  14   // "grid" mode added by R.Bala, bala@to.infn.it\r
  15   //\r
  16 \r
  17   gSystem->Setenv("alien_CLOSE_SE",mySE.Data());\r
  18 \r
  19   gSystem->SetIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g"); \r
  20   //\r
  21   TString trainName = "D2H";\r
  22   TString analysisMode = "grid"; // "local", "grid", or "proof"\r
  23   TString inputMode    = "list"; // "list", "xml", or "dataset"\r
  24   Long64_t nentries=1000,firstentry=0;\r
  25   Bool_t useParFiles=kFALSE;\r
  26   Bool_t useAlienPlugin=kTRUE;\r
  27   TString pluginmode="test";\r
  28   Bool_t saveProofToAlien=kFALSE;\r
  29   TString proofOutdir = "";\r
  30   TString loadMacroPath="$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/macros/";\r
  31   //TString loadMacroPath="./"; // this is normally needed for CAF\r
  32   //\r
  33 \r
  34   if(analysisMode=="grid") {\r
  35     // Connect to AliEn\r
  36     TGrid::Connect("alien://");\r
  37   } else if(analysisMode=="proof") {\r
  38     // Connect to the PROOF cluster\r
  39     if(inputMode!="dataset") {printf("Input mode must be dataset, for proof analysis\n"); return;}\r
  40     gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy","2");\r
  41     TProof::Open("alicecaf");\r
  42     //TProof::Reset("alicecaf");\r
  43     if(saveProofToAlien) {\r
  44       TGrid::Connect("alien://");\r
  45       if(gGrid) {\r
  46         TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();\r
  47         TString workdir = homedir + trainName;\r
  48         if(!gGrid->Cd(workdir)) {\r
  49           gGrid->Cd(homedir);\r
  50           if(gGrid->Mkdir(workdir)) {\r
  51             gGrid->Cd(trainName);\r
  52             ::Info("VertexingTrain::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());\r
  53           }\r
  54         }          \r
  55         gGrid->Mkdir("proof_output");\r
  56         gGrid->Cd("proof_output");\r
  57         proofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());\r
  58       } \r
  59     }\r
  60   }\r
  61 \r
  62 \r
  63   // AliRoot libraries\r
  64   if(analysisMode=="local" || analysisMode=="grid") {\r
  65     TString loadLibraries="LoadLibraries.C"; loadLibraries.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
  66     gROOT->LoadMacro(loadLibraries.Data());\r
  67     LoadLibraries(useParFiles);\r
  68   } else if (analysisMode=="proof") {\r
  69     gSystem->Load("libTree.so");\r
  70     gSystem->Load("libGeom.so");\r
  71     gSystem->Load("libPhysics.so");\r
  72     gSystem->Load("libVMC.so");    \r
  73     gSystem->Load("libMinuit.so");    \r
  74     // Enable the needed packages\r
  75     //gProof->ClearPackages();\r
  76     TString parDir="/afs/cern.ch/user/d/dainesea/code/";\r
  77     TString parFile;\r
  78     if(!useParFiles) {\r
  79       gProof->UploadPackage("AF-v4-17");\r
  80       gProof->EnablePackage("AF-v4-17");\r
  81       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package\r
  82       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  83       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
  84       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");\r
  85     } else {\r
  86       // --- Enable the STEERBase Package\r
  87       parFile="STEERBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  88       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
  89       gProof->EnablePackage("STEERBase");\r
  90       // --- Enable the ESD Package\r
  91       parFile="ESD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  92       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
  93       gProof->EnablePackage("ESD");\r
  94       // --- Enable the AOD Package\r
  95       parFile="AOD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  96       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
  97       gProof->EnablePackage("AOD");\r
  98       // --- Enable the ANALYSIS Package\r
  99       parFile="ANALYSIS.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 100       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 101       gProof->EnablePackage("ANALYSIS");\r
 102       // --- Enable the ANALYSISalice Package\r
 103       parFile="ANALYSISalice.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 104       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 105       gProof->EnablePackage("ANALYSISalice");\r
 106       // --- Enable the CORRFW Package\r
 107       parFile="CORRFW.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 108       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 109       gProof->EnablePackage("CORRFW");\r
 110       // --- Enable the PWG3base Package\r
 111       parFile="PWG3base.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 112       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 113       gProof->EnablePackage("PWG3base");\r
 114       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package\r
 115       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 116       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 117       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");\r
 118       // --- Enable the PWG3muon Package\r
 119       parFile="PWG3muon.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 120       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 121       gProof->EnablePackage("PWG3muon");\r
 122     }\r
 123     gProof->ShowEnabledPackages(); // show a list of enabled packages\r
 124   }\r
 125 \r
 126 \r
 127   // Create Alien plugin, if requested\r
 128   if(useAlienPlugin) {  \r
 129     if(analysisMode!="grid") {printf("Analysis mode must be grid, to use alien plugin\n"); return;}\r
 130     AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(pluginmode,useParFiles);  \r
 131     if(!alienHandler) return;\r
 132   }\r
 133 \r
 134 \r
 135   //-------------------------------------------------------------------\r
 136   // Prepare input\r
 137   TChain *chainAOD = 0;\r
 138   TString dataset; // for proof\r
 139 \r
 140   if(!useAlienPlugin) {\r
 141     TString makeAODInputChain="MakeAODInputChain.C"; makeAODInputChain.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 142     if(inputMode=="list") {\r
 143       // Local files\r
 144       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());\r
 145       chainAOD = MakeAODInputChain();// with this it reads ./AliAOD.root and ./AliAOD.VertexingHF.root\r
 146       //chainAOD = MakeAODInputChain("alien:///alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/180100/",1,1);\r
 147       printf("ENTRIES %d\n",chainAOD->GetEntries());\r
 148     } else if(inputMode=="xml") {\r
 149       // xml\r
 150       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());\r
 151       chainAOD = MakeAODInputChain("collection_aod.xml","collection_aodHF.xml");\r
 152     } else if(inputMode=="dataset") {\r
 153       // CAF dataset\r
 154       //gProof->ShowDataSets();\r
 155       dataset="/ITS/dainesea/AODVertexingHF_LHC08x_180100";\r
 156     }\r
 157   }\r
 158 \r
 159   // Create the analysis manager\r
 160   AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("My Manager","My Manager");\r
 161   mgr->SetDebugLevel(10);\r
 162   // Connect plug-in to the analysis manager\r
 163   if(useAlienPlugin) mgr->SetGridHandler(alienHandler);\r
 164 \r
 165   // Input\r
 166   AliAODInputHandler *inputHandler = new AliAODInputHandler();\r
 167   if(analysisMode=="proof" ) {\r
 168     inputHandler->AddFriend("AliAOD.VertexingHF.root");\r
 169     if(saveProofToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(proofOutdir);\r
 170   }\r
 171   mgr->SetInputEventHandler(inputHandler);\r
 172   //-------------------------------------------------------------------\r
 173 \r
 174   \r
 175   //-------------------------------------------------------------------\r
 176   // Analysis tasks (wagons of the train)   \r
 177   //\r
 178   TString taskName;\r
 179   ////// ADD THE FULL D2H TRAIN\r
 180   taskName="AddD2HTrain.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 181   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 182   Bool_t readMC=kFALSE;\r
 183   AddD2HTrain(readMC);//,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);\r
 184 \r
 185   ////// OR ADD INDIVIDUAL TASKS\r
 186   /*\r
 187   \r
 188   //taskName="AddTaskCompareHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 189   //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 190   //AliAnalysisTaskSECompareHF *cmpTask = AddTaskCompareHF();\r
 191   \r
 192   taskName="AddTaskD0Mass.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 193   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 194   AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massTask = AddTaskD0Mass();\r
 195   AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massLikeSignTask = AddTaskD0Mass(1); \r
 196   \r
 197   taskName="AddTaskDplus.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 198   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 199   AliAnalysisTaskSEDplus *dplusTask = AddTaskDplus();\r
 200   \r
 201   taskName="AddTaskDs.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 202   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 203   AliAnalysisTaskSEDs *dsTask = AddTaskDs();\r
 204 \r
 205   //taskName="AddTaskSelectHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 206   //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 207   //AliAnalysisTaskSESelectHF *seleTask = AddTaskSelectHF();\r
 208   \r
 209   taskName="AddTaskBkgLikeSignD0.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 210   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 211   AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignD0 *lsD0Task = AddTaskBkgLikeSignD0();\r
 212 \r
 213   taskName="AddTaskBkgLikeSignJPSI.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 214   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 215   AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignJPSI *lsJPSITask = AddTaskBkgLikeSignJPSI();\r
 216 \r
 217   //taskName="AddTaskBtoJPSItoEle.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 218   //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 219   //AliAnalysisTaskSEBtoJPSItoEle *jpsiTask = AddTaskBtoJPSItoEle();\r
 220 \r
 221   taskName="AddTaskCFMultiVarMultiStep.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 222   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 223   AliCFHeavyFlavourTaskMultiVarMultiStep *cfmvmsTask = AddTaskCFMultiVarMultiStep();\r
 224 \r
 225   taskName="AddTaskCharmFraction.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 226   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 227   Int_t switchMC[5]={1,1,1,1,1};\r
 228   AliAnalysisTaskSECharmFraction *cFractTask = AddTaskCharmFraction("d0D0",switchMC);\r
 229   */\r
 230   // attach a private task (not committed)\r
 231   // (the files MyTask.h MyTask.cxx AddMyTask.C have to be declared in plugin\r
 232   // configuration, see below)\r
 233   /*\r
 234   if(analysisMode.Data()=="proof") {\r
 235     gProof->LoadMacro("MyTask.cxx++g");\r
 236   } else {\r
 237     gROOT->LoadMacro("MyTask.cxx++g");\r
 238   }\r
 239   gROOT->LoadMacro("AddMyTask.C");\r
 240   MyTask *myTask = AddMyTask();\r
 241   */\r
 242   /*\r
 243   if(analysisMode.Data()=="proof") {\r
 244     gProof->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");\r
 245   } else {\r
 246     gROOT->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");\r
 247   }\r
 248   gROOT->LoadMacro("AddTaskDStarJets.C");\r
 249   AliDStarJets *myTask = AddTaskDStarJets();\r
 250   */\r
 251   //-------------------------------------------------------------------\r
 252 \r
 253   //\r
 254   // Run the analysis\r
 255   //    \r
 256   if(chainAOD) printf("CHAIN HAS %d ENTRIES\n",(Int_t)chainAOD->GetEntries());\r
 257 \r
 258   if(!mgr->InitAnalysis()) return;\r
 259   mgr->PrintStatus();\r
 260   if(analysisMode=="grid" && !useAlienPlugin) analysisMode="local";\r
 261   if(analysisMode!="proof") {\r
 262     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),chainAOD,nentries,firstentry);\r
 263   } else {\r
 264     // proof\r
 265     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),dataset.Data(),nentries,firstentry);\r
 266   }\r
 267 \r
 268   return;\r
 269 }\r
 270 //_____________________________________________________________________________\r
 271 //\r
 272 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(TString pluginmode="test",Bool_t useParFiles=kFALSE)\r
 273 {\r
 274   // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.\r
 275   // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then\r
 276   //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.\r
 277    if (!AliAnalysisGrid::CreateToken()) return NULL;\r
 278    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();\r
 279    // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")\r
 280    plugin->SetRunMode(pluginmode.Data());\r
 281    plugin->SetUser("dainesea");\r
 282    plugin->SetNtestFiles(1);\r
 283    // Set versions of used packages\r
 284    plugin->SetAPIVersion("V2.4");\r
 285    plugin->SetROOTVersion("v5-24-00");\r
 286    plugin->SetAliROOTVersion("v4-18-07-AN");\r
 287    // Declare input data to be processed.\r
 288    // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.\r
 289    // Define production directory LFN\r
 290    plugin->SetGridDataDir("/alice/cern.ch/user/r/rbala/data_pass4_good_runCINT1B_8thfeb/");\r
 291    //plugin->SetGridDataDir("/alice/sim/PDC_09/LHC09a4/AOD3/");\r
 292    // Set data search pattern\r
 293    plugin->SetDataPattern("AliAOD.root");\r
 294    plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");\r
 295    //plugin->SetFriendChainName("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");\r
 296    // ...then add run numbers to be considered\r
 297    //plugin->AddRunNumber(529007);\r
 298    //  or\r
 299    //plugin->SetRunRange(529000,529007);\r
 300    // Method 2: Declare existing data files (raw collections, xml collections, root file)\r
 301    // If no path mentioned data is supposed to be in the work directory (see SetGridWorkingDir())\r
 302    // XML collections added via this method can be combined with the first method if\r
 303    // the content is compatible (using or not tags)\r
 304    //plugin->AddDataFile("/alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/collection/collection_aod_lhc08w.xml");\r
 305    //   plugin->AddDataFile("/alice/data/2008/LHC08c/000057657/raw/Run57657.Merged.RAW.tag.root");\r
 306    // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.\r
 307    plugin->SetGridWorkingDir("lhc09a5_231009");\r
 308    // Declare alien output directory. Relative to working directory.\r
 309    plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output\r
 310    // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime\r
 311    // using ACLiC on the worker nodes.\r
 312    //plugin->SetAnalysisSource("AliDStarJets.cxx");\r
 313    // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be\r
 314    // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.\r
 315    plugin->SetAdditionalLibs("libPWG3vertexingHF.so libPWG3base.so libPWG3muon.so");\r
 316    // use par files\r
 317    if(useParFiles) {\r
 318      plugin->EnablePackage("STEERBase.par");\r
 319      plugin->EnablePackage("ESD.par");\r
 320      plugin->EnablePackage("AOD.par");\r
 321      plugin->EnablePackage("ANALYSIS.par");\r
 322      plugin->EnablePackage("ANALYSISalice.par");\r
 323      plugin->EnablePackage("CORRFW.par");\r
 324      plugin->EnablePackage("PWG3base.par");\r
 325      plugin->EnablePackage("PWG3vertexingHF.par");\r
 326      plugin->EnablePackage("PWG3muon.par");\r
 327    }\r
 328    plugin->AddIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g");\r
 329    // Declare the output file names separated by blancs.\r
 330    // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)\r
 331    plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);\r
 332    //plugin->SetOutputFiles("output.root CmpHF.root CmpHFnt.root D0InvMass.root InvMassDplus.root InvMassDplus_nt1.root InvMassDplus_nt2.root");\r
 333    // Optionally define the files to be archived.\r
 334    //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:*.root@ALICE::NIHAM::File");\r
 335    plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr");\r
 336    // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)\r
 337    plugin->SetAnalysisMacro("AnalysisHF.C");\r
 338    // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)\r
 339    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(5);\r
 340    // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.\r
 341    //plugin->SetMaxInitFailed(5);\r
 342    // Optionally resubmit threshold.\r
 343    //plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);\r
 344    // Optionally set time to live (default 30000 sec)\r
 345    //plugin->SetTTL(20000);\r
 346    // Optionally set input format (default xml-single)\r
 347    plugin->SetInputFormat("xml-single");\r
 348    // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)\r
 349    plugin->SetJDLName("TaskHF.jdl");\r
 350    // Optionally modify job price (default 1)\r
 351    //plugin->SetPrice(1);      \r
 352    // Optionally modify split mode (default 'se')    \r
 353    plugin->SetSplitMode("se");\r
 354    // Optionally set the preferred SE    \r
 355    plugin->SetPreferedSE(mySE.Data());\r
 356    \r
 357    return plugin;\r
 358 }\r