PWG4/macros/ana.C

   1 /* $Id:  $ */
   2 //--------------------------------------------------
   3 // Example macro to do analysis with the
   4 // analysis classes in PWG4PartCorr
   5 // Can be executed with Root and AliRoot
   6 //
   7 // Pay attention to the options and definitions
   8 // set in the lines below
   9 //
  10 //  Author : Gustavo Conesa Balbastre (INFN-LNF)
  11 //
  12 //-------------------------------------------------
  13 enum anaModes {mLocal, mLocalCAF,mPROOF,mGRID};
  14 //mLocal: Analyze locally files in your computer
  15 //mLocalCAF: Analyze locally CAF files
  16 //mPROOF: Analyze CAF files with PROOF
  17
  18 //---------------------------------------------------------------------------
  19 //Settings to read locally several files, only for "mLocal" mode
  20 //The different values are default, they can be set with environmental
  21 //variables: INDIR, PATTERN, NEVENT, respectivelly
  22 char * kInDir = "/user/data/files/";
  23 char * kPattern = ""; // Data are in files kInDir/kPattern+i
  24 Int_t kEvent = 1; // Number of files
  25 //---------------------------------------------------------------------------
  26 //Collection file for grid analysis
  27 char * kXML = "collection.xml";
  28 //---------------------------------------------------------------------------
  29 //Scale histograms from file. Change to kTRUE when xsection file exists
  30 //Put name of file containing xsection
  31 //Put number of events per ESD file
  32 //This is an specific case for normalization of Pythia files.
  33 const Bool_t kGetXSectionFromFileAndScale = kFALSE ;
  34 const char * kXSFileName = "pyxsec.root";
  35 const Int_t kNumberOfEventsPerFile = 100;
  36 //---------------------------------------------------------------------------
  37
  38 const Bool_t kMC = kTRUE; //With real data kMC = kFALSE
  39 const TString kInputData = "ESD";
  40 void ana(Int_t mode=mLocal, TString configName = "ConfigAnalysisPhoton")
  41 {
  42   // Main
  43
  44   //--------------------------------------------------------------------
  45   // Load analysis libraries
  46   // Look at the method below,
  47   // change whatever you need for your analysis case
  48   // ------------------------------------------------------------------
  49   LoadLibraries(mode) ;
  50
  51   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  52   //Create chain from ESD and from cross sections files, look below for options.
  53   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  54   TChain *chain   = new TChain("esdTree") ;
  55   TChain * chainxs = new TChain("Xsection") ;
  56   CreateChain(mode, chain, chainxs);
  57
  58   if(chain){
  59     AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);//Minimum prints on screen
  60
  61     //--------------------------------------
  62     // Make the analysis manager
  63     //-------------------------------------
  64     AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("Manager", "Manager");
  65     // MC handler
  66     if(kMC){
  67       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
  68       mcHandler->SetReadTR(kFALSE);//Do not search TrackRef file
  69       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
  70     }
  71
  72     // AOD output handler
  73     AliAODHandler* aodoutHandler   = new AliAODHandler();
  74     aodoutHandler->SetOutputFileName("aod.root");
  75     //aodoutHandler->SetCreateNonStandardAOD();
  76     mgr->SetOutputEventHandler(aodoutHandler);
  77
  78     //input
  79     if(kInputData == "ESD"){
  80       // ESD handler
  81       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
  82       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
  83     }
  84     if(kInputData == "AOD"){
  85       // AOD handler
  86       AliAODInputHandler *aodHandler = new AliAODInputHandler();
  87       mgr->SetInputEventHandler(aodHandler);
  88     }
  89
  90     //mgr->SetDebugLevel(-1); // For debugging, do not uncomment if you want no messages.
  91
  92     //-------------------------------------------------------------------------
  93     //Define task, put here any other task that you want to use.
  94     //-------------------------------------------------------------------------
  95     AliAnalysisTaskParticleCorrelation * taskpwg4 = new AliAnalysisTaskParticleCorrelation ("Particle");
  96     taskpwg4->SetConfigFileName(configName); //Default name is ConfigAnalysis
  97
  98     mgr->AddTask(taskpwg4);
  99
 100     // Create containers for input/output
 101     AliAnalysisDataContainer *cinput1 = mgr->CreateContainer("cchain",TChain::Class(),
 102                                                              AliAnalysisManager::kInputContainer);
 103     AliAnalysisDataContainer *coutput1 = mgr->CreateContainer("tree", TTree::Class(),
 104                                                               AliAnalysisManager::kOutputContainer, "default");
 105     AliAnalysisDataContainer *coutput2 = mgr->CreateContainer("histos", TList::Class(),
 106                                                               AliAnalysisManager::kOutputContainer, "histos.root");
 107
 108     mgr->ConnectInput  (taskpwg4,     0, cinput1);
 109     mgr->ConnectOutput (taskpwg4,     0, coutput1 );
 110     mgr->ConnectOutput (taskpwg4,     1, coutput2 );
 111
 112     //------------------------
 113     //Scaling task
 114     //-----------------------
 115     Int_t nfiles = chainxs->GetEntries();
 116     //cout<<"Get? "<<kGetXSectionFromFileAndScale<<" nfiles "<<nfiles<<endl;
 117     if(kGetXSectionFromFileAndScale && nfiles > 0){
 118       //cout<<"Init AnaScale"<<endl;
 119       //Get the cross section
 120       Double_t xsection=0;
 121       Float_t ntrials = 0;
 122       GetAverageXsection(chainxs, xsection, ntrials);
 123
 124       AliAnaScale * scale = new AliAnaScale("scale") ;
 125       scale->Set(xsection/ntrials/kNumberOfEventsPerFile/nfiles) ;
 126       scale->MakeSumw2(kFALSE);//If you want histograms with error bars set to kTRUE
 127       //scale->SetDebugLevel(2);
 128       mgr->AddTask(scale);
 129
 130       AliAnalysisDataContainer *coutput3 = mgr->CreateContainer("histosscaled", TList::Class(),
 131                                                                 AliAnalysisManager::kOutputContainer, "histosscaled.root");
 132       mgr->ConnectInput  (scale,     0, coutput2);
 133       mgr->ConnectOutput (scale,     0, coutput3 );
 134     }
 135
 136     //-----------------------
 137     // Run the analysis
 138     //-----------------------
 139     TString smode = "";
 140     if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF)
 141       smode = "local";
 142     else if (mode==mPROOF)
 143       smode = "proof";
 144     else if (mode==mGRID)
 145       smode = "grid";
 146
 147     mgr->InitAnalysis();
 148     mgr->PrintStatus();
 149     mgr->StartAnalysis(smode.Data(),chain);
 150
 151 cout <<" Analysis ended sucessfully "<< endl ;
 152
 153   }
 154   else cout << "Chain was not produced ! "<<endl;
 155
 156 }
 157
 158 void  LoadLibraries(const anaModes mode) {
 159
 160   //--------------------------------------
 161   // Load the needed libraries most of them already loaded by aliroot
 162   //--------------------------------------
 163   gSystem->Load("libTree.so");
 164   gSystem->Load("libGeom.so");
 165   gSystem->Load("libVMC.so");
 166   gSystem->Load("libXMLIO.so");
 167
 168   //----------------------------------------------------------
 169   // >>>>>>>>>>> Local mode <<<<<<<<<<<<<<
 170   //----------------------------------------------------------
 171   if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF || mode == mGRID) {
 172     //--------------------------------------------------------
 173     // If you want to use already compiled libraries
 174     // in the aliroot distribution
 175     //--------------------------------------------------------
 176     //gSystem->Load("libSTEERBase");
 177     //gSystem->Load("libESD");
 178     //gSystem->Load("libAOD");
 179     //gSystem->Load("libANALYSIS");
 180     //gSystem->Load("libANALYSISalice");
 181     //gSystem->Load("libPHOSUtils");
 182     //gSystem->Load("libPWG4PartCorrBase");
 183     //gSystem->Load("libPWG4PartCorrDep");
 184
 185     //--------------------------------------------------------
 186     //If you want to use root and par files from aliroot
 187     //--------------------------------------------------------
 188     SetupPar("STEERBase");
 189     SetupPar("ESD");
 190     SetupPar("AOD");
 191     SetupPar("ANALYSIS");
 192     SetupPar("ANALYSISalice");
 193 //If your analysis needs PHOS geometry uncomment following lines
 194 //      SetupPar("PHOSUtils");
 195 //      //Create Geometry
 196 //    TGeoManager::Import("geometry.root") ; //need file "geometry.root" in local dir!!!!
 197      SetupPar("PWG4PartCorrBase");
 198      SetupPar("PWG4PartCorrDep");
 199   }
 200
 201   //---------------------------------------------------------
 202   // <<<<<<<<<< PROOF mode >>>>>>>>>>>>
 203   //---------------------------------------------------------
 204   else if (mode==mPROOF) {
 205     //
 206     // Connect to proof
 207     // Put appropriate username here
 208     // TProof::Reset("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
 209     TProof::Open("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
 210
 211     //    gProof->ClearPackages();
 212     //    gProof->ClearPackage("ESD");
 213     //    gProof->ClearPackage("AOD");
 214     //    gProof->ClearPackage("ANALYSIS");
 215     //    gProof->ClearPackage("PWG4PartCorrBase");
 216     //    gProof->ClearPackage("PWG4PartCorrDep");
 217
 218     // Enable the STEERBase Package
 219     gProof->UploadPackage("STEERBase.par");
 220     gProof->EnablePackage("STEERBase");
 221     // Enable the ESD Package
 222     gProof->UploadPackage("ESD.par");
 223     gProof->EnablePackage("ESD");
 224     // Enable the AOD Package
 225     gProof->UploadPackage("AOD.par");
 226     gProof->EnablePackage("AOD");
 227     // Enable the Analysis Package
 228     gProof->UploadPackage("ANALYSIS.par");
 229     gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
 230         // Enable the PHOS geometry Package
 231     //gProof->UploadPackage("PHOSUtils.par");
 232     //gProof->EnablePackage("PHOSUtils");
 233     // Enable PartCorr analysis
 234     gProof->UploadPackage("PWG4PartCorrBase.par");
 235     gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrBase");
 236         gProof->UploadPackage("PWG4PartCorrDep.par");
 237     gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrDep");
 238     gProof->ShowEnabledPackages();
 239   }
 240
 241 }
 242
 243 void SetupPar(char* pararchivename)
 244 {
 245   //Load par files, create analysis libraries
 246   //For testing, if par file already decompressed and modified
 247   //classes then do not decompress.
 248
 249   TString cdir(Form("%s", gSystem->WorkingDirectory() )) ;
 250   TString parpar(Form("%s.par", pararchivename)) ;
 251   if ( gSystem->AccessPathName(parpar.Data()) ) {
 252     gSystem->ChangeDirectory(gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) ;
 253     TString processline(Form(".! make %s", parpar.Data())) ;
 254     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
 255     gSystem->ChangeDirectory(cdir) ;
 256     processline = Form(".! mv $ALICE_ROOT/%s .", parpar.Data()) ;
 257     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
 258   }
 259   if ( gSystem->AccessPathName(pararchivename) ) {
 260     TString processline = Form(".! tar xvzf %s",parpar.Data()) ;
 261     gROOT->ProcessLine(processline.Data());
 262   }
 263
 264   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 265   gSystem->ChangeDirectory(pararchivename);
 266
 267   // check for BUILD.sh and execute
 268   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 269     printf("*******************************\n");
 270     printf("*** Building PAR archive    ***\n");
 271     cout<<pararchivename<<endl;
 272     printf("*******************************\n");
 273
 274     if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 275       Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
 276       return -1;
 277     }
 278   }
 279   // check for SETUP.C and execute
 280   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
 281     printf("*******************************\n");
 282     printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
 283     cout<<pararchivename<<endl;
 284     printf("*******************************\n");
 285     gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
 286   }
 287
 288   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
 289   printf("Current dir: %s\n", ocwd.Data());
 290 }
 291
 292
 293
 294 void CreateChain(const anaModes mode, TChain * chain, TChain * chainxs){
 295   //Fills chain with data
 296   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 297
 298   //-----------------------------------------------------------
 299   //Analysis of CAF data locally and with PROOF
 300   //-----------------------------------------------------------
 301   if(mode ==mPROOF || mode ==mLocalCAF){
 302     // Chain from CAF
 303     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG0/CreateESDChain.C");
 304     // The second parameter is the number of input files in the chain
 305     chain = CreateESDChain("ESD12001.txt", 5);
 306   }
 307
 308   //---------------------------------------
 309   //Local files analysis
 310   //---------------------------------------
 311   else if(mode == mLocal){
 312     //If you want to add several ESD files sitting in a common directory INDIR
 313     //Specify as environmental variables the directory (INDIR), the number of files
 314     //to analyze (NEVENT) and the pattern name of the directories with files (PATTERN)
 315
 316     if(gSystem->Getenv("INDIR"))
 317       kInDir = gSystem->Getenv("INDIR") ;
 318     else cout<<"INDIR not set, use default: "<<kInDir<<endl;
 319
 320     if(gSystem->Getenv("PATTERN"))
 321       kPattern = gSystem->Getenv("PATTERN") ;
 322     else  cout<<"PATTERN not set, use default: "<<kPattern<<endl;
 323
 324     if(gSystem->Getenv("NEVENT"))
 325       kEvent = atoi(gSystem->Getenv("NEVENT")) ;
 326     else cout<<"NEVENT not set, use default: "<<kEvent<<endl;
 327
 328     //Check if env variables are set and are correct
 329     if ( kInDir  && kEvent) {
 330       printf("Get %d files from directory %s\n",kEvent,kInDir);
 331       if ( ! gSystem->cd(kInDir) ) {//check if ESDs directory exist
 332         printf("%s does not exist\n", kInDir) ;
 333         return ;
 334       }
 335       cout<<"INDIR : "<<kInDir<<endl;
 336       cout<<"NEVENT : "<<kEvent<<endl;
 337       cout<<"PATTERN: " <<kPattern<<endl;
 338
 339       //Loop on ESD files, add them to chain
 340       Int_t event =0;
 341       Int_t skipped=0 ;
 342       char file[120] ;
 343       char filexs[120] ;
 344
 345       for (event = 0 ; event < kEvent ; event++) {
 346         sprintf(file, "%s/%s%d/AliESDs.root", kInDir,kPattern,event) ;
 347         sprintf(filexs, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,kXSFileName) ;
 348         TFile * fESD = 0 ;
 349         //Check if file exists and add it, if not skip it
 350         if ( fESD = TFile::Open(file)) {
 351           if ( fESD->Get("esdTree") ) {
 352             printf("++++ Adding %s\n", file) ;
 353             chain->AddFile(file);
 354             chainxs->Add(filexs) ;
 355           }
 356         }
 357         else {
 358           printf("---- Skipping %s\n", file) ;
 359           skipped++ ;
 360         }
 361       }
 362       printf("number of entries # %lld, skipped %d\n", chain->GetEntries(), skipped*100) ;
 363     }
 364     else {
 365       TString input = "AliESDs.root" ;
 366       cout<<">>>>>> No list added, take a single file <<<<<<<<< "<<input<<endl;
 367       chain->AddFile(input);
 368     }
 369
 370   }// local files analysis
 371
 372   //------------------------------
 373   //GRID xml files
 374   //-----------------------------
 375   else if(mode == mGRID){
 376     //Get colection file. It is specified by the environmental
 377     //variable XML
 378
 379     if(gSystem->Getenv("XML") )
 380       kXML = gSystem->Getenv("XML");
 381     else
 382       sprintf(kXML, "collection.xml") ;
 383
 384     if (!TFile::Open(kXML)) {
 385       printf("No collection file with name -- %s -- was found\n",kXML);
 386       return ;
 387     }
 388     else cout<<"XML file "<<kXML<<endl;
 389
 390     //Load necessary libraries and connect to the GRID
 391     gSystem->Load("libNetx.so") ;
 392     gSystem->Load("libRAliEn.so");
 393     TGrid::Connect("alien://") ;
 394
 395     //Feed Grid with collection file
 396     //TGridCollection * collection =  (TGridCollection*)gROOT->ProcessLine(Form("TAlienCollection::Open(\"%s\", 0)", kXML));
 397     TGridCollection * collection = (TGridCollection*) TAlienCollection::Open(kXML);
 398     if (! collection) {
 399       AliError(Form("%s not found", kXML)) ;
 400       return kFALSE ;
 401     }
 402     TGridResult* result = collection->GetGridResult("",0 ,0);
 403
 404     // Makes the ESD chain
 405     printf("*** Getting the Chain       ***\n");
 406     for (Int_t index = 0; index < result->GetEntries(); index++) {
 407       TString alienURL = result->GetKey(index, "turl") ;
 408       cout << "================== " << alienURL << endl ;
 409       chain->Add(alienURL) ;
 410       alienURL.ReplaceAll("AliESDs.root",kXSFileName);
 411       chainxs->Add(alienURL) ;
 412     }
 413   }// xml analysis
 414
 415   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
 416 }
 417
 418 //________________________________________________
 419 void GetAverageXsection(TTree * tree, Double_t & xs, Float_t & ntr)
 420 {
 421   // Read the PYTHIA statistics from the file pyxsec.root created by
 422   // the function WriteXsection():
 423   // integrated cross section (xsection) and
 424   // the  number of Pyevent() calls (ntrials)
 425   // and calculate the weight per one event xsection/ntrials
 426   // The spectrum calculated by a user should be
 427   // multiplied by this weight, something like this:
 428   // TH1F *userSpectrum ... // book and fill the spectrum
 429   // userSpectrum->Scale(weight)
 430   //
 431   // Yuri Kharlov 19 June 2007
 432   // Gustavo Conesa 15 April 2008
 433   Double_t xsection = 0;
 434   UInt_t    ntrials = 0;
 435   xs = 0;
 436   ntr = 0;
 437
 438   Int_t nfiles =  tree->GetEntries()  ;
 439   if (tree && nfiles > 0) {
 440     tree->SetBranchAddress("xsection",&xsection);
 441     tree->SetBranchAddress("ntrials",&ntrials);
 442     for(Int_t i = 0; i < nfiles; i++){
 443       tree->GetEntry(i);
 444       xs += xsection ;
 445       ntr += ntrials ;
 446       cout << "xsection " <<xsection<<" ntrials "<<ntrials<<endl;
 447     }
 448
 449     xs =   xs /  nfiles;
 450     ntr =  ntr / nfiles;
 451     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
 452     cout << "Average of "<< nfiles<<" files: xsection " <<xs<<" ntrials "<<ntr<<endl;
 453     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
 454   }
 455   else cout << " >>>> Empty tree !!!! <<<<< "<<endl;
 456
 457 }
 458
 459
 460