PWG4/macros/anaM.C

   1 /* $Id$ */
   2 //--------------------------------------------------
   3 // Example macro to do analysis with the
   4 // analysis classes in PWG4PartCorr
   5 // Can be executed with Root and AliRoot
   6 //
   7 // Pay attention to the options and definitions
   8 // set in the lines below
   9 //
  10 //  Author : Gustavo Conesa Balbastre (INFN-LNF)
  11 //
  12 //-------------------------------------------------
  13 enum anaModes {mLocal, mLocalCAF,mPROOF,mGRID};
  14 //mLocal: Analyze locally files in your computer
  15 //mLocalCAF: Analyze locally CAF files
  16 //mPROOF: Analyze CAF files with PROOF
  17
  18 //---------------------------------------------------------------------------
  19 //Settings to read locally several files, only for "mLocal" mode
  20 //The different values are default, they can be set with environmental
  21 //variables: INDIR, PATTERN, NFILES, respectivelly
  22 //char * kInDir = "/Users/Gustavo/Work/mixed/data";
  23 char * kPattern = ""; // Data are in files kInDir/kPattern+i
  24 Int_t kFile = 1; // Number of files
  25 //---------------------------------------------------------------------------
  26 //Collection file for grid analysis
  27 char * kXML = "collection.xml";
  28 //---------------------------------------------------------------------------
  29 //Scale histograms from file. Change to kTRUE when xsection file exists
  30 //Put name of file containing xsection
  31 //Put number of events per ESD file
  32 //This is an specific case for normalization of Pythia files.
  33 const Bool_t kGetXSectionFromFileAndScale = kFALSE ;
  34 const char * kXSFileName = "pyxsec.root";
  35 //---------------------------------------------------------------------------
  36
  37 const Bool_t kMC = kFALSE; //With real data kMC = kFALSE
  38 const TString kInputData = "AOD"; //ESD, AOD, MC
  39 TString kTreeName ;
  40
  41 void anaM(Int_t mode=mLocal)
  42 {
  43   // Main
  44
  45   //--------------------------------------------------------------------
  46   // Load analysis libraries
  47   // Look at the method below,
  48   // change whatever you need for your analysis case
  49   // ------------------------------------------------------------------
  50   LoadLibraries(mode) ;
  51
  52   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  53   //Create chain from ESD and from cross sections files, look below for options.
  54   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  55   if(kInputData == "ESD") kTreeName = "esdTree" ;
  56   else if(kInputData == "AOD") kTreeName = "aodTree" ;
  57   else if (kInputData == "MC") kTreeName = "TE" ;
  58   else {
  59     cout<<"Wrong  data type "<<kInputData<<endl;
  60     break;
  61   }
  62
  63   TChain *chain       = new TChain(kTreeName) ;
  64   TChain * chainxs = new TChain("Xsection") ;
  65   CreateChain(mode, chain, chainxs);
  66
  67   if(chain){
  68     AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);//Minimum prints on screen
  69
  70     //--------------------------------------
  71     // Make the analysis manager
  72     //-------------------------------------
  73     AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("Manager", "Manager");
  74     // MC handler
  75     if((kMC || kInputData == "MC") && kInputData!="AOD"){
  76       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
  77       mcHandler->SetReadTR(kFALSE);//Do not search TrackRef file
  78       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
  79           if( kInputData == "MC") mgr->SetInputEventHandler(NULL);
  80     }
  81
  82     // AOD output handler
  83 //      AliAODHandler* aodoutHandler   = new AliAODHandler();
  84 //     aodoutHandler->SetOutputFileName("aod.root");
  85 //     ////aodoutHandler->SetCreateNonStandardAOD();
  86 //     mgr->SetOutputEventHandler(aodoutHandler);
  87
  88     //input
  89     Int_t maxiterations = 1;
  90     AliEventPoolLoop* pool = new AliEventPoolLoop(maxiterations);
  91     pool->SetChain(chain);
  92     Int_t eventsInPool = 2;
  93     AliMultiEventInputHandler *inpHandler = NULL ;
  94     if(kInputData == "ESD"){
  95       // ESD handler
  96       printf("ESD MultiInput \n");
  97       inpHandler = new AliMultiEventInputHandler(eventsInPool, 0);
  98     }
  99     if(kInputData == "AOD"){
 100       // AOD handler
 101       inpHandler = new AliMultiEventInputHandler(eventsInPool, 1);
 102     }
 103     mgr->SetInputEventHandler(inpHandler);
 104     cout<<"Input handler "<<mgr->GetInputEventHandler()<<endl;
 105     mgr->SetEventPool(pool);
 106     inpHandler->SetEventPool(pool);
 107
 108       //mgr->SetDebugLevel(10); // For debugging, do not uncomment if you want no messages.
 109
 110     //-------------------------------------------------------------------------
 111     //Define task, put here any other task that you want to use.
 112     //-------------------------------------------------------------------------
 113     //    AliAnalysisDataContainer *cinput1 = mgr->GetCommonInputContainer();
 114     // AliAnalysisDataContainer *coutput1 = mgr->GetCommonOutputContainer();
 115
 116     //gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskESDFilter.C");
 117     //AliAnalysisTaskESDfilter *taskesdfilter = AddTaskESDFilter(kTRUE);
 118
 119     gROOT->LoadMacro("AddTaskPartCorrM.C");
 120
 121     AliAnalysisTaskParticleCorrelationM *taskEMCAL = AddTaskPartCorrM(kInputData,"EMCAL", kFALSE,kFALSE,kFALSE,kTRUE);
 122     mgr->AddTask(taskEMCAL);
 123     AliAnalysisTaskParticleCorrelationM *taskPHOS  = AddTaskPartCorrM(kInputData,"PHOS", kFALSE, kFALSE);
 124     mgr->AddTask(taskPHOS);
 125
 126     //gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskCalorimeterQA.C");
 127     //gROOT->LoadMacro("AddTaskCalorimeterQA.C");
 128     //AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskQA = AddTaskCalorimeterQA(kInputData,kFALSE,kTRUE);
 129
 130     //gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskomega3pi.C");
 131     //AliAnalysisTaskOmegaPi0PiPi * taskomega = AddTaskomega3pi();
 132     //mgr->AddTask(taskomega);
 133
 134
 135
 136     //-----------------------
 137     // Run the analysis
 138     //-----------------------
 139     TString smode = "";
 140     if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF)
 141       smode = "mix";
 142     else if (mode==mPROOF)
 143       smode = "proof";
 144     else if (mode==mGRID)
 145       smode = "mix";
 146
 147     mgr->InitAnalysis();
 148     mgr->PrintStatus();
 149     mgr->StartAnalysis(smode.Data(),chain,1000);
 150
 151 cout <<" Analysis ended sucessfully "<< endl ;
 152
 153   }
 154   else cout << "Chain was not produced ! "<<endl;
 155
 156 }
 157
 158 void  LoadLibraries(const anaModes mode) {
 159
 160   //--------------------------------------
 161   // Load the needed libraries most of them already loaded by aliroot
 162   //--------------------------------------
 163   gSystem->Load("libTree.so");
 164   gSystem->Load("libGeom.so");
 165   gSystem->Load("libVMC.so");
 166   gSystem->Load("libXMLIO.so");
 167   gSystem->Load("libMatrix.so");
 168   gSystem->Load("libPhysics.so");
 169
 170   //----------------------------------------------------------
 171   // >>>>>>>>>>> Local mode <<<<<<<<<<<<<<
 172   //----------------------------------------------------------
 173   if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF || mode == mGRID) {
 174     //--------------------------------------------------------
 175     // If you want to use already compiled libraries
 176     // in the aliroot distribution
 177     //--------------------------------------------------------
 178     //gSystem->Load("/Users/Gustavo/Work/analysis/STEERBase/libSTEERBase.so");
 179     //gSystem->Load("/Users/Gustavo/Work/analysis/ESD/libESD.so");
 180     //gSystem->Load("/Users/Gustavo/Work/analysis/AOD/libAOD.so");
 181     //gSystem->Load("/Users/Gustavo/Work/analysis/ANALYSIS/libANALYSIS.so");
 182     //gSystem->Load("/Users/Gustavo/Work/analysis/ANALYSISalice/libANALYSISalice.so");
 183     //gSystem->Load("libPHOSUtils");
 184     //gSystem->Load("/Users/Gustavo/Work/analysis/PWG4PartCorrBase/libPWG4PartCorrBase.so");
 185     //gSystem->Load("/Users/Gustavo/Work/analysis/PWG4PartCorrDep/libPWG4PartCorrDep.so");
 186
 187     gSystem->Load("libSTEERBase.so");
 188     gSystem->Load("libESD.so");
 189     gSystem->Load("libAOD.so");
 190     gSystem->Load("libANALYSIS.so");
 191     gSystem->Load("libANALYSISalice.so");
 192     gSystem->Load("libPHOSUtils");
 193     gSystem->Load("libEMCALUtils");
 194     gSystem->Load("libPWG4PartCorrBase.so");
 195     gSystem->Load("libPWG4PartCorrDep.so");
 196 //     gSystem->Load("libPWG4omega3pi.so");
 197 //     gSystem->Load("libCORRFW.so");
 198 //     gSystem->Load("libPWG3base.so");
 199 //     gSystem->Load("libPWG3muon.so");
 200
 201     //--------------------------------------------------------
 202     //If you want to use root and par files from aliroot
 203     //--------------------------------------------------------
 204 //     SetupPar("STEERBase");
 205 //     SetupPar("ESD");
 206 //     SetupPar("AOD");
 207 //     SetupPar("ANALYSIS");
 208 //     SetupPar("ANALYSISalice");
 209 //     //If your analysis needs PHOS geometry uncomment following lines
 210 //     SetupPar("PHOSUtils");
 211 //     SetupPar("EMCALUtils");
 212 //     //       //Create Geometry
 213 //     //    TGeoManager::Import("geometry.root") ; //need file "geometry.root" in local dir!!!!
 214 //     SetupPar("PWG4PartCorrBase");
 215 //     SetupPar("PWG4PartCorrDep");
 216 //     //SetupPar("PWG4omega3pi");
 217   }
 218
 219   //---------------------------------------------------------
 220   // <<<<<<<<<< PROOF mode >>>>>>>>>>>>
 221   //---------------------------------------------------------
 222   else if (mode==mPROOF) {
 223     //
 224     // Connect to proof
 225     // Put appropriate username here
 226     // TProof::Reset("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
 227     TProof::Open("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
 228
 229     //    gProof->ClearPackages();
 230     //    gProof->ClearPackage("ESD");
 231     //    gProof->ClearPackage("AOD");
 232     //    gProof->ClearPackage("ANALYSIS");
 233     //    gProof->ClearPackage("PWG4PartCorrBase");
 234     //    gProof->ClearPackage("PWG4PartCorrDep");
 235
 236     // Enable the STEERBase Package
 237     gProof->UploadPackage("STEERBase.par");
 238     gProof->EnablePackage("STEERBase");
 239     // Enable the ESD Package
 240     gProof->UploadPackage("ESD.par");
 241     gProof->EnablePackage("ESD");
 242     // Enable the AOD Package
 243     gProof->UploadPackage("AOD.par");
 244     gProof->EnablePackage("AOD");
 245     // Enable the Analysis Package
 246     gProof->UploadPackage("ANALYSIS.par");
 247     gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
 248     // Enable the PHOS geometry Package
 249     //gProof->UploadPackage("PHOSUtils.par");
 250     //gProof->EnablePackage("PHOSUtils");
 251     // Enable PartCorr analysis
 252     gProof->UploadPackage("PWG4PartCorrBase.par");
 253     gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrBase");
 254     gProof->UploadPackage("PWG4PartCorrDep.par");
 255     gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrDep");
 256     gProof->ShowEnabledPackages();
 257   }
 258
 259 }
 260
 261 void SetupPar(char* pararchivename)
 262 {
 263   //Load par files, create analysis libraries
 264   //For testing, if par file already decompressed and modified
 265   //classes then do not decompress.
 266
 267   TString cdir(Form("%s", gSystem->WorkingDirectory() )) ;
 268   TString parpar(Form("%s.par", pararchivename)) ;
 269   if ( gSystem->AccessPathName(parpar.Data()) ) {
 270     gSystem->ChangeDirectory(gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) ;
 271     TString processline(Form(".! make %s", parpar.Data())) ;
 272     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
 273     gSystem->ChangeDirectory(cdir) ;
 274     processline = Form(".! mv $ALICE_ROOT/%s .", parpar.Data()) ;
 275     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
 276   }
 277   if ( gSystem->AccessPathName(pararchivename) ) {
 278     TString processline = Form(".! tar xvzf %s",parpar.Data()) ;
 279     gROOT->ProcessLine(processline.Data());
 280   }
 281
 282   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 283   gSystem->ChangeDirectory(pararchivename);
 284
 285   // check for BUILD.sh and execute
 286   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 287     printf("*******************************\n");
 288     printf("*** Building PAR archive    ***\n");
 289     cout<<pararchivename<<endl;
 290     printf("*******************************\n");
 291
 292     if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 293       Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
 294       return -1;
 295     }
 296   }
 297   // check for SETUP.C and execute
 298   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
 299     printf("*******************************\n");
 300     printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
 301     cout<<pararchivename<<endl;
 302     printf("*******************************\n");
 303     gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
 304   }
 305
 306   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
 307   printf("Current dir: %s\n", ocwd.Data());
 308 }
 309
 310
 311
 312 void CreateChain(const anaModes mode, TChain * chain, TChain * chainxs){
 313   //Fills chain with data
 314   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 315
 316   //-----------------------------------------------------------
 317   //Analysis of CAF data locally and with PROOF
 318   //-----------------------------------------------------------
 319   if(mode ==mPROOF || mode ==mLocalCAF){
 320     // Chain from CAF
 321     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG0/CreateESDChain.C");
 322     // The second parameter is the number of input files in the chain
 323     chain = CreateESDChain("ESD12001.txt", 5);
 324   }
 325
 326   //---------------------------------------
 327   //Local files analysis
 328   //---------------------------------------
 329   else if(mode == mLocal){
 330     //If you want to add several ESD files sitting in a common directory INDIR
 331     //Specify as environmental variables the directory (INDIR), the number of files
 332     //to analyze (NFILES) and the pattern name of the directories with files (PATTERN)
 333
 334     if(gSystem->Getenv("INDIR"))
 335       kInDir = gSystem->Getenv("INDIR") ;
 336     else cout<<"INDIR not set, use default: "<<kInDir<<endl;
 337
 338     if(gSystem->Getenv("PATTERN"))
 339       kPattern = gSystem->Getenv("PATTERN") ;
 340     else  cout<<"PATTERN not set, use default: "<<kPattern<<endl;
 341
 342     if(gSystem->Getenv("NFILES"))
 343       kFile = atoi(gSystem->Getenv("NFILES")) ;
 344     else cout<<"NFILES not set, use default: "<<kFile<<endl;
 345
 346     //Check if env variables are set and are correct
 347     if ( kInDir  && kFile) {
 348       printf("Get %d files from directory %s\n",kFile,kInDir);
 349       if ( ! gSystem->cd(kInDir) ) {//check if ESDs directory exist
 350         printf("%s does not exist\n", kInDir) ;
 351         return ;
 352       }
 353
 354       //if(gSystem->Getenv("XSFILE"))
 355       //kXSFileName = gSystem->Getenv("XSFILE") ;
 356       //else cout<<" XS file name not set, use default: "<<kXSFileName<<endl;
 357       char * kGener = gSystem->Getenv("GENER");
 358       if(kGener) {
 359         cout<<"GENER "<<kGener<<endl;
 360         if(!strcmp(kGener,"PYTHIA")) kXSFileName = "pyxsec.root";
 361         else if(!strcmp(kGener,"HERWIG")) kXSFileName = "hexsec.root";
 362         else cout<<" UNKNOWN GENER, use default: "<<kXSFileName<<endl;
 363       }
 364       else cout<<" GENER not set, use default xs file name: "<<kXSFileName<<endl;
 365
 366       cout<<"INDIR   : "<<kInDir<<endl;
 367       cout<<"NFILES  : "<<kFile<<endl;
 368       cout<<"PATTERN : " <<kPattern<<endl;
 369       cout<<"XSFILE  : "<<kXSFileName<<endl;
 370
 371       TString datafile="";
 372       if(kInputData == "ESD") datafile = "AliESDs.root" ;
 373       else if(kInputData == "AOD") datafile = "AliAOD.root" ;
 374       else if(kInputData == "MC")  datafile = "galice.root" ;
 375
 376       //Loop on ESD files, add them to chain
 377       Int_t event =0;
 378       Int_t skipped=0 ;
 379       char file[120] ;
 380       char filexs[120] ;
 381
 382       for (event = 0 ; event < kFile ; event++) {
 383         sprintf(file, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,datafile.Data()) ;
 384         sprintf(filexs, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,kXSFileName) ;
 385         TFile * fESD = 0 ;
 386         //Check if file exists and add it, if not skip it
 387         if ( fESD = TFile::Open(file)) {
 388           if ( fESD->Get(kTreeName) ) {
 389             printf("++++ Adding %s\n", file) ;
 390             chain->AddFile(file);
 391             chainxs->Add(filexs) ;
 392           }
 393         }
 394         else {
 395           printf("---- Skipping %s\n", file) ;
 396           skipped++ ;
 397         }
 398       }
 399       printf("number of entries # %lld, skipped %d\n", chain->GetEntries(), skipped*100) ;
 400     }
 401     else {
 402       TString input = "AliESDs.root" ;
 403       cout<<">>>>>> No list added, take a single file <<<<<<<<< "<<input<<endl;
 404       chain->AddFile(input);
 405     }
 406
 407   }// local files analysis
 408
 409   //------------------------------
 410   //GRID xml files
 411   //-----------------------------
 412   else if(mode == mGRID){
 413     //Get colection file. It is specified by the environmental
 414     //variable XML
 415
 416     if(gSystem->Getenv("XML") )
 417       kXML = gSystem->Getenv("XML");
 418     else
 419       sprintf(kXML, "collection.xml") ;
 420
 421     if (!TFile::Open(kXML)) {
 422       printf("No collection file with name -- %s -- was found\n",kXML);
 423       return ;
 424     }
 425     else cout<<"XML file "<<kXML<<endl;
 426
 427     //Load necessary libraries and connect to the GRID
 428     gSystem->Load("libNetx.so") ;
 429     gSystem->Load("libRAliEn.so");
 430     TGrid::Connect("alien://") ;
 431
 432     //Feed Grid with collection file
 433     //TGridCollection * collection =  (TGridCollection*)gROOT->ProcessLine(Form("TAlienCollection::Open(\"%s\", 0)", kXML));
 434     TGridCollection * collection = (TGridCollection*) TAlienCollection::Open(kXML);
 435     if (! collection) {
 436       AliError(Form("%s not found", kXML)) ;
 437       return kFALSE ;
 438     }
 439     TGridResult* result = collection->GetGridResult("",0 ,0);
 440
 441     // Makes the ESD chain
 442     printf("*** Getting the Chain       ***\n");
 443     for (Int_t index = 0; index < result->GetEntries(); index++) {
 444       TString alienURL = result->GetKey(index, "turl") ;
 445       cout << "================== " << alienURL << endl ;
 446       chain->Add(alienURL) ;
 447       alienURL.ReplaceAll("AliESDs.root",kXSFileName);
 448       chainxs->Add(alienURL) ;
 449     }
 450   }// xml analysis
 451
 452   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
 453 }
 454
 455 //________________________________________________
 456 void GetAverageXsection(TTree * tree, Double_t & xs, Float_t & ntr)
 457 {
 458   // Read the PYTHIA statistics from the file pyxsec.root created by
 459   // the function WriteXsection():
 460   // integrated cross section (xsection) and
 461   // the  number of Pyevent() calls (ntrials)
 462   // and calculate the weight per one event xsection/ntrials
 463   // The spectrum calculated by a user should be
 464   // multiplied by this weight, something like this:
 465   // TH1F *userSpectrum ... // book and fill the spectrum
 466   // userSpectrum->Scale(weight)
 467   //
 468   // Yuri Kharlov 19 June 2007
 469   // Gustavo Conesa 15 April 2008
 470   Double_t xsection = 0;
 471   UInt_t    ntrials = 0;
 472   xs = 0;
 473   ntr = 0;
 474
 475   Int_t nfiles =  tree->GetEntries()  ;
 476   if (tree && nfiles > 0) {
 477     tree->SetBranchAddress("xsection",&xsection);
 478     tree->SetBranchAddress("ntrials",&ntrials);
 479     for(Int_t i = 0; i < nfiles; i++){
 480       tree->GetEntry(i);
 481       xs += xsection ;
 482       ntr += ntrials ;
 483       cout << "xsection " <<xsection<<" ntrials "<<ntrials<<endl;
 484     }
 485
 486     xs =   xs /  nfiles;
 487     ntr =  ntr / nfiles;
 488     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
 489     cout << "Average of "<< nfiles<<" files: xsection " <<xs<<" ntrials "<<ntr<<endl;
 490     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
 491   }
 492   else cout << " >>>> Empty tree !!!! <<<<< "<<endl;
 493
 494 }
 495
 496
 497