STEER/AliRun.cxx

   1 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
   2 //                                                                           //
   3 //  Control class for Alice C++                                              //
   4 //  Only one single instance of this class exists.                           //
   5 //  The object is created in main program aliroot                            //
   6 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
   7 //                                                                           //
   8 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
   9 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
  10 //   -Supports the Trees.                                                    //
  11 //   -Supports the geometry.                                                 //
  12 //   -Supports the event display.                                            //
  13 //Begin_Html
  14 /*
  15 <img src="picts/AliRunClass.gif">
  16 */
  17 //End_Html
  18 //Begin_Html
  19 /*
  20 <img src="picts/alirun.gif">
  21 */
  22 //End_Html
  23 //                                                                           //
  24 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  25
  26 #include <TFile.h>
  27 #include <TRandom.h>
  28 #include <TBRIK.h>
  29 #include <TNode.h>
  30 #include <TCint.h>
  31 #include <TSystem.h>
  32
  33 #include "TParticle.h"
  34 #include "AliRun.h"
  35 #include "AliDisplay.h"
  36
  37 #include "AliCallf77.h"
  38
  39 #include <stdlib.h>
  40 #include <stdio.h>
  41 #include <string.h>
  42
  43 AliRun *gAlice;
  44
  45 static AliHeader *header;
  46
  47 #ifndef WIN32
  48
  49 # define rxgtrak rxgtrak_
  50 # define rxstrak rxstrak_
  51 # define rxkeep  rxkeep_
  52 # define rxouth  rxouth_
  53 #else
  54
  55 # define rxgtrak RXGTRAK
  56 # define rxstrak RXSTRAK
  57 # define rxkeep  RXKEEP
  58 # define rxouth  RXOUTH
  59 #endif
  60
  61 static TArrayF sEventEnergy;
  62 static TArrayF sSummEnergy;
  63 static TArrayF sSum2Energy;
  64
  65 ClassImp(AliRun)
  66
  67 //_____________________________________________________________________________
  68 AliRun::AliRun()
  69 {
  70   //
  71   // Default constructor for AliRun
  72   //
  73   header=&fHeader;
  74   fRun       = 0;
  75   fEvent     = 0;
  76   fCurrent   = -1;
  77   fModules = 0;
  78   fGenerator = 0;
  79   fTreeD     = 0;
  80   fTreeK     = 0;
  81   fTreeH     = 0;
  82   fTreeE     = 0;
  83   fTreeR     = 0;
  84   fParticles = 0;
  85   fGeometry  = 0;
  86   fDisplay   = 0;
  87   fField     = 0;
  88   fMC        = 0;
  89   fNdets     = 0;
  90   fImedia    = 0;
  91   fTrRmax    = 1.e10;
  92   fTrZmax    = 1.e10;
  93   fIdtmed    = 0;
  94   fInitDone  = kFALSE;
  95   fLego      = 0;
  96   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
  97 }
  98
  99 //_____________________________________________________________________________
 100 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 101   : TNamed(name,title)
 102 {
 103   //
 104   //  Constructor for the main processor.
 105   //  Creates the geometry
 106   //  Creates the list of Detectors.
 107   //  Creates the list of particles.
 108   //
 109   Int_t i;
 110
 111   gAlice     = this;
 112   fTreeD     = 0;
 113   fTreeK     = 0;
 114   fTreeH     = 0;
 115   fTreeE     = 0;
 116   fTreeR     = 0;
 117   fTrRmax    = 1.e10;
 118   fTrZmax    = 1.e10;
 119   fGenerator = 0;
 120   fInitDone  = kFALSE;
 121   fLego      = 0;
 122   fField     = 0;
 123
 124   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 125   //
 126   // create the support list for the various Detectors
 127   fModules = new TObjArray(77);
 128   //
 129   // Create the TNode geometry for the event display
 130
 131   BuildSimpleGeometry();
 132
 133
 134   fNtrack=0;
 135   fHgwmk=0;
 136   fCurrent=-1;
 137   header=&fHeader;
 138   fRun       = 0;
 139   fEvent     = 0;
 140   //
 141   // Create the particle stack
 142   fParticles = new TClonesArray("TParticle",100);
 143
 144   fDisplay = 0;
 145   //
 146   // Create default mag field
 147   SetField();
 148   //
 149   fMC      = AliMC::GetMC();
 150   //
 151   //---------------Load detector names
 152
 153   fNdets=21;
 154   strcpy(fDnames[0],"BODY");
 155   strcpy(fDnames[1],"NULL");
 156   strcpy(fDnames[2],"ITS");
 157   strcpy(fDnames[3],"MAG");
 158   strcpy(fDnames[4],"TPC");
 159   strcpy(fDnames[5],"TOF");
 160   strcpy(fDnames[6],"PMD");
 161   strcpy(fDnames[7],"PHOS");
 162   strcpy(fDnames[8],"ZDC");
 163   strcpy(fDnames[9],"FMD");
 164   strcpy(fDnames[10],"RICH");
 165   strcpy(fDnames[11],"MUON");
 166   strcpy(fDnames[12],"FRAME");
 167   strcpy(fDnames[13],"TRD");
 168   strcpy(fDnames[14],"NULL");
 169   strcpy(fDnames[15],"CASTOR");
 170   strcpy(fDnames[16],"ABSO");
 171   strcpy(fDnames[17],"SHIL");
 172   strcpy(fDnames[18],"DIPO");
 173   strcpy(fDnames[19],"HALL");
 174   strcpy(fDnames[20],"PIPE");
 175
 176   //
 177   // Prepare the tracking medium lists
 178   fImedia = new TArrayI(1000);
 179   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 180   fIdtmed = new Int_t[fNdets*100];
 181   for(i=0;i<fNdets*100;i++) fIdtmed[i]=0;
 182   //
 183   // Make particles
 184   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 185 }
 186
 187 //_____________________________________________________________________________
 188 AliRun::~AliRun()
 189 {
 190   //
 191   // Defaullt AliRun destructor
 192   //
 193   delete [] fIdtmed;
 194   delete fImedia;
 195   delete fField;
 196   delete fMC;
 197   delete fGeometry;
 198   delete fDisplay;
 199   delete fGenerator;
 200   delete fLego;
 201   delete fTreeD;
 202   delete fTreeK;
 203   delete fTreeH;
 204   delete fTreeE;
 205   delete fTreeR;
 206   if (fModules) {
 207     fModules->Delete();
 208     delete fModules;
 209   }
 210   if (fParticles) {
 211     fParticles->Delete();
 212     delete fParticles;
 213   }
 214 }
 215
 216 //_____________________________________________________________________________
 217 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 218 {
 219   //
 220   //  Add a hit to detector id
 221   //
 222   TObjArray &dets = *fModules;
 223   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 224 }
 225
 226 //_____________________________________________________________________________
 227 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 228 {
 229   //
 230   // Add digit to detector id
 231   //
 232   TObjArray &dets = *fModules;
 233   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 234 }
 235
 236 //_____________________________________________________________________________
 237 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 238 {
 239   //
 240   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 241   // of the Root browser.
 242   // It displays the Root Trees and all detectors.
 243   //
 244   if (fTreeK) b->Add(fTreeK,fTreeK->GetName());
 245   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 246   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 247   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 248   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 249
 250   TIter next(fModules);
 251   AliModule *detector;
 252   while((detector = (AliModule*)next())) {
 253     b->Add(detector,detector->GetName());
 254   }
 255 }
 256
 257 //_____________________________________________________________________________
 258 void AliRun::Build()
 259 {
 260   //
 261   // Initialize Alice geometry
 262   // Dummy routine
 263   //
 264 }
 265
 266 //_____________________________________________________________________________
 267 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 268 {
 269   //
 270   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 271   //
 272   // Initialise geometry
 273   //
 274   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 275   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 276   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 277   brik->SetVisibility(0);
 278   new TNode("alice","alice","S_alice");
 279 }
 280
 281 //_____________________________________________________________________________
 282 void AliRun::CleanDetectors()
 283 {
 284   //
 285   // Clean Detectors at the end of event
 286   //
 287   TIter next(fModules);
 288   AliModule *detector;
 289   while((detector = (AliModule*)next())) {
 290     detector->FinishEvent();
 291   }
 292 }
 293
 294 //_____________________________________________________________________________
 295 void AliRun::CleanParents()
 296 {
 297   //
 298   // Clean Particles stack.
 299   // Set parent/daughter relations
 300   //
 301   TClonesArray &particles = *(gAlice->Particles());
 302   TParticle *part;
 303   int i;
 304   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
 305     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
 306     if(!part->TestBit(Daughters_Bit)) {
 307       part->SetFirstDaughter(-1);
 308       part->SetLastDaughter(-1);
 309     }
 310   }
 311 }
 312
 313 //_____________________________________________________________________________
 314 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 315 {
 316   //
 317   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 318   // Dummy routine
 319   //
 320   return 9999;
 321 }
 322
 323 //_____________________________________________________________________________
 324 void AliRun::DumpPart (Int_t i)
 325 {
 326   //
 327   // Dumps particle i in the stack
 328   //
 329   TClonesArray &particles = *fParticles;
 330   ((TParticle*) particles[i])->Print();
 331 }
 332
 333 //_____________________________________________________________________________
 334 void AliRun::DumpPStack ()
 335 {
 336   //
 337   // Dumps the particle stack
 338   //
 339   TClonesArray &particles = *fParticles;
 340   printf(
 341          "\n\n=======================================================================\n");
 342   for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++)
 343     {
 344       printf("-> %d ",i); ((TParticle*) particles[i])->Print();
 345       printf("--------------------------------------------------------------\n");
 346     }
 347   printf(
 348          "\n=======================================================================\n\n");
 349 }
 350
 351 //_____________________________________________________________________________
 352 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 353                       Float_t maxField, char* filename)
 354 {
 355   //
 356   //  Set magnetic field parameters
 357   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 358   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 359   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 360   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 361
 362   //
 363   // --- Sanity check on mag field flags
 364   if(type<0 || type > 2) {
 365     printf(" Invalid magnetic field flag: %5d; Helix tracking chosen instead\n"
 366            ,type);
 367     type=2;
 368   }
 369   if(fField) delete fField;
 370   if(version==1) {
 371     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,version,scale,maxField);
 372   } else if(version<=3) {
 373     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,version,scale,maxField);
 374     fField->ReadField();
 375   } else {
 376     printf("Invalid map %d\n",version);
 377   }
 378 }
 379
 380 //_____________________________________________________________________________
 381 void AliRun::FillTree()
 382 {
 383   //
 384   // Fills all AliRun TTrees
 385   //
 386   if (fTreeK) fTreeK->Fill();
 387   if (fTreeH) fTreeH->Fill();
 388   if (fTreeD) fTreeD->Fill();
 389   if (fTreeR) fTreeR->Fill();
 390 }
 391
 392 //_____________________________________________________________________________
 393 void AliRun::FinishPrimary()
 394 {
 395   //
 396   // Called  at the end of each primary track
 397   //
 398
 399   // This primary is finished, purify stack
 400   gAlice->PurifyKine();
 401
 402   // Write out hits if any
 403   if (gAlice->TreeH()) {
 404     gAlice->TreeH()->Fill();
 405   }
 406
 407   // Reset Hits info
 408   gAlice->ResetHits();
 409 }
 410
 411 //_____________________________________________________________________________
 412 void AliRun::FinishEvent()
 413 {
 414   //
 415   // Called at the end of the event.
 416   //
 417
 418   //Update the energy deposit tables
 419   Int_t i;
 420   for(i=0;i<sEventEnergy.GetSize();i++) {
 421     sSummEnergy[i]+=sEventEnergy[i];
 422     sSum2Energy[i]+=sEventEnergy[i]*sEventEnergy[i];
 423   }
 424   sEventEnergy.Reset();
 425
 426   // Clean detector information
 427   CleanDetectors();
 428
 429   // Write out the kinematics
 430   if (fTreeK) {
 431     CleanParents();
 432     fTreeK->Fill();
 433   }
 434
 435   // Write out the digits
 436   if (fTreeD) {
 437     fTreeD->Fill();
 438     ResetDigits();
 439   }
 440
 441   // Write out reconstructed clusters
 442   if (fTreeR) {
 443     fTreeR->Fill();
 444   }
 445
 446   // Write out the event Header information
 447   if (fTreeE) fTreeE->Fill();
 448
 449   // Reset stack info
 450   ResetStack();
 451
 452   // Write Tree headers
 453   Int_t ievent = fHeader.GetEvent();
 454   char hname[30];
 455   sprintf(hname,"TreeK%d",ievent);
 456   if (fTreeK) fTreeK->Write(hname);
 457   sprintf(hname,"TreeH%d",ievent);
 458   if (fTreeH) fTreeH->Write(hname);
 459   sprintf(hname,"TreeD%d",ievent);
 460   if (fTreeD) fTreeD->Write(hname);
 461   sprintf(hname,"TreeR%d",ievent);
 462   if (fTreeR) fTreeR->Write(hname);
 463 }
 464
 465 //_____________________________________________________________________________
 466 void AliRun::FinishRun()
 467 {
 468   //
 469   // Called at the end of the run.
 470   //
 471
 472   // Clean detector information
 473   TIter next(fModules);
 474   AliModule *detector;
 475   while((detector = (AliModule*)next())) {
 476     detector->FinishRun();
 477   }
 478
 479   //Output energy summary tables
 480   EnergySummary();
 481
 482   // file is retrieved from whatever tree
 483   TFile *File = 0;
 484   if (fTreeK) File = fTreeK->GetCurrentFile();
 485   if ((!File) && (fTreeH)) File = fTreeH->GetCurrentFile();
 486   if ((!File) && (fTreeD)) File = fTreeD->GetCurrentFile();
 487   if ((!File) && (fTreeE)) File = fTreeE->GetCurrentFile();
 488   if( NULL==File ) {
 489     Error("FinishRun","There isn't root file!");
 490     exit(1);
 491   }
 492   File->cd();
 493   fTreeE->Write();
 494
 495   // Clean tree information
 496   delete fTreeK; fTreeK = 0;
 497   delete fTreeH; fTreeH = 0;
 498   delete fTreeD; fTreeD = 0;
 499   delete fTreeR; fTreeR = 0;
 500   delete fTreeE; fTreeE = 0;
 501
 502   // Write AliRun info and all detectors parameters
 503   Write();
 504
 505   // Close output file
 506   File->Write();
 507   File->Close();
 508 }
 509
 510 //_____________________________________________________________________________
 511 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 512 {
 513   //
 514   // Flags a track and all its family tree to be kept
 515   //
 516   int curr;
 517   TParticle *particle;
 518
 519   curr=track;
 520   while(1) {
 521     particle=(TParticle*)fParticles->UncheckedAt(curr);
 522
 523     // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
 524     if(particle->TestBit(Keep_Bit)) return;
 525
 526     // Save this particle
 527     particle->SetBit(Keep_Bit);
 528
 529     // Move to father if any
 530     if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
 531   }
 532 }
 533
 534 //_____________________________________________________________________________
 535 void AliRun::EnergySummary()
 536 {
 537   //
 538   // Print summary of deposited energy
 539   //
 540
 541   AliMC* pMC = AliMC::GetMC();
 542
 543   Int_t ndep=0;
 544   Float_t edtot=0;
 545   Float_t ed, ed2;
 546   Int_t kn, i, left, j, id;
 547   const Float_t zero=0;
 548   Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
 549   //
 550   // Energy loss information
 551   if(ievent) {
 552     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 553     for(kn=1;kn<sEventEnergy.GetSize();kn++) {
 554       ed=sSummEnergy[kn];
 555       if(ed>0) {
 556         sEventEnergy[ndep]=kn;
 557         if(ievent>1) {
 558           ed=ed/ievent;
 559           ed2=sSum2Energy[kn];
 560           ed2=ed2/ievent;
 561           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,zero))/ed;
 562         } else
 563           ed2=99;
 564         sSummEnergy[ndep]=ed;
 565         sSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,zero));
 566         edtot+=ed;
 567         ndep++;
 568       }
 569     }
 570     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 571       left=ndep-kn*3;
 572       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 573         j=kn*3+i;
 574         id=Int_t (sEventEnergy[j]+0.1);
 575         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",pMC->VolName(id),sSummEnergy[j],sSum2Energy[j]);
 576       }
 577       printf("\n");
 578     }
 579     //
 580     // Relative energy loss in different detectors
 581     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 582     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 583     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 584       left=ndep-kn*5;
 585       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 586         j=kn*5+i;
 587         id=Int_t (sEventEnergy[j]+0.1);
 588         printf(" %s %10.3f%%;",pMC->VolName(id),100*sSummEnergy[j]/edtot);
 589       }
 590       printf("\n");
 591     }
 592     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 593     printf("\n");
 594   }
 595   //
 596   // Reset the TArray's
 597   sEventEnergy.Set(0);
 598   sSummEnergy.Set(0);
 599   sSum2Energy.Set(0);
 600 }
 601
 602 //_____________________________________________________________________________
 603 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name)
 604 {
 605   //
 606   // Return pointer to detector from name
 607   //
 608   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 609 }
 610
 611 //_____________________________________________________________________________
 612 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name)
 613 {
 614   //
 615   // Return pointer to detector from name
 616   //
 617   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 618 }
 619
 620 //_____________________________________________________________________________
 621 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name)
 622 {
 623   //
 624   // Return galice internal detector identifier from name
 625   //
 626   Int_t i;
 627   for(i=0;i<fNdets;i++) if(!strcmp(fDnames[i],name)) {
 628     return i;
 629   }
 630   printf(" * GetDetectorID * Detector %s not found: returning -1\n",name);
 631   return -1;
 632 }
 633
 634 //_____________________________________________________________________________
 635 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 636 {
 637   //
 638   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 639   // Set branch addresses
 640   //
 641   fHeader.SetEvent(event);
 642
 643   // Reset existing structures
 644   ResetStack();
 645   ResetHits();
 646   ResetDigits();
 647
 648   // Delete Trees already connected
 649   if (fTreeK) delete fTreeK;
 650   if (fTreeH) delete fTreeH;
 651   if (fTreeD) delete fTreeD;
 652   if (fTreeR) delete fTreeR;
 653
 654   // Get Kine Tree from file
 655   char treeName[20];
 656   sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
 657   fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 658   if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticles);
 659   else        printf("ERROR: cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
 660
 661   // Get Hits Tree header from file
 662   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 663   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 664   if (!fTreeH) {
 665     printf("ERROR: cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 666     return 0;
 667   }
 668
 669   // Get Digits Tree header from file
 670   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 671   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 672   if (!fTreeD) {
 673     printf("WARNING: cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 674   }
 675
 676
 677   // Get Reconstruct Tree header from file
 678   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 679   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 680   if (!fTreeR) {
 681     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 682   }
 683
 684   // Set Trees branch addresses
 685   TIter next(fModules);
 686   AliModule *detector;
 687   while((detector = (AliModule*)next())) {
 688     detector->SetTreeAddress();
 689   }
 690
 691   if (fTreeK) fTreeK->GetEvent(0);
 692   fNtrack = Int_t (fParticles->GetEntries());
 693   return fNtrack;
 694 }
 695
 696 //_____________________________________________________________________________
 697 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 698 {
 699   //
 700   // Import Alice geometry from current file
 701   // Return pointer to geometry object
 702   //
 703   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 704   //
 705   // Unlink and relink nodes in detectors
 706   // This is bad and there must be a better way...
 707   //
 708   TList *tnodes=fGeometry->GetListOfNodes();
 709   TNode *alice=(TNode*)tnodes->At(0);
 710   TList *gnodes=alice->GetListOfNodes();
 711
 712   TIter next(fModules);
 713   AliModule *detector;
 714   while((detector = (AliModule*)next())) {
 715     detector->SetTreeAddress();
 716     TList *dnodes=detector->Nodes();
 717     Int_t j;
 718     TNode *node, *node1;
 719     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 720       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 721       node1 = (TNode*) gnodes->FindObject(node->GetName());
 722       dnodes->Remove(node);
 723       dnodes->AddAt(node1,j);
 724     }
 725   }
 726   return fGeometry;
 727 }
 728
 729 //_____________________________________________________________________________
 730 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 731                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 732                           Float_t &tof)
 733 {
 734   //
 735   // Return next track from stack of particles
 736   //
 737   const TVector3 *pol;
 738   fCurrent=-1;
 739   TParticle *track;
 740   for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
 741     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(i);
 742     if(!track->TestBit(Done_Bit)) {
 743       //
 744       // The track has not yet been processed
 745       fCurrent=i;
 746       ipart=track->GetPdgCode();
 747       pmom[0]=track->Px();
 748       pmom[1]=track->Py();
 749       pmom[2]=track->Pz();
 750       e     =track->Energy();
 751       vpos[0]=track->Vx();
 752       vpos[1]=track->Vy();
 753       vpos[2]=track->Vz();
 754       pol = track->GetPolarisation();
 755       polar[0]=pol->X();
 756       polar[1]=pol->Y();
 757       polar[2]=pol->Z();
 758       tof=track->T();
 759       track->SetBit(Done_Bit);
 760       break;
 761     }
 762   }
 763   mtrack=fCurrent;
 764   //
 765   // stop and start timer when we start a primary track
 766   Int_t nprimaries = fHeader.GetNprimary();
 767   if (fCurrent >= nprimaries) return;
 768   if (fCurrent < nprimaries-1) {
 769     fTimer.Stop();
 770     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(fCurrent+1);
 771     //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
 772   }
 773   fTimer.Start();
 774 }
 775
 776 //_____________________________________________________________________________
 777 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track)
 778 {
 779   //
 780   // return number of primary that has generated track
 781   //
 782   int current, parent;
 783   TParticle *part;
 784   //
 785   parent=track;
 786   while (1) {
 787     current=parent;
 788     part = (TParticle *)fParticles->UncheckedAt(current);
 789     parent=part->GetFirstMother();
 790     if(parent<0) return current;
 791   }
 792 }
 793
 794 //_____________________________________________________________________________
 795 void AliRun::Init(const char *setup)
 796 {
 797   //
 798   // Initialize the Alice setup
 799   //
 800
 801   gROOT->LoadMacro(setup);
 802   gInterpreter->ProcessLine("Config();");
 803
 804   AliMC* pMC = AliMC::GetMC();
 805
 806   pMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
 807
 808   TObject *objfirst, *objlast;
 809
 810   //
 811   //=================Create Materials, geometry, histograms, etc
 812    TIter next(fModules);
 813    AliModule *detector;
 814    while((detector = (AliModule*)next())) {
 815       detector->SetTreeAddress();
 816       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
 817
 818       // Initialise detector materials, geometry, histograms,etc
 819       detector->CreateMaterials();
 820       detector->CreateGeometry();
 821       detector->BuildGeometry();
 822       detector->Init();
 823
 824       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
 825       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
 826       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
 827       while (objfirst) {
 828         detector->Histograms()->Add(objfirst);
 829         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
 830       }
 831    }
 832    SetTransPar(); //Read the cuts for all materials
 833
 834    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
 835
 836    //Close the geometry structure
 837    pMC->Ggclos();
 838
 839    //Initialise geometry deposition table
 840    sEventEnergy.Set(pMC->NofVolumes()+1);
 841    sSummEnergy.Set(pMC->NofVolumes()+1);
 842    sSum2Energy.Set(pMC->NofVolumes()+1);
 843
 844    //Create the color table
 845    pMC->SetColors();
 846
 847    //Compute cross-sections
 848    pMC->Gphysi();
 849
 850    //Write Geometry object to current file.
 851    fGeometry->Write();
 852
 853    fInitDone = kTRUE;
 854 }
 855
 856 //_____________________________________________________________________________
 857 void AliRun::MediaTable()
 858 {
 859   //
 860   // Built media table to get from the media number to
 861   // the detector id
 862   //
 863   Int_t kz, ibeg, nz, idt, lz, i, k, ind;
 864   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
 865   AliModule *det;
 866   //
 867   // For all detectors
 868   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
 869     // If detector is defined
 870     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
 871       ibeg=100*kz-1;
 872       for(nz=ibeg==-1?1:0;nz<100;nz++) {
 873         // Find max and min material number
 874         if((idt=fIdtmed[ibeg+nz])) {
 875           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
 876           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
 877         }
 878       }
 879       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
 880         det->LoMedium() = 0;
 881         det->HiMedium() = 0;
 882       } else {
 883         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
 884           Error("MediaTable","Increase fImedia");
 885           return;
 886         }
 887         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
 888         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
 889           (*fImedia)[lz]=kz;
 890         }
 891       }
 892     }
 893   }
 894   //
 895   // Print summary table
 896   printf(" Traking media ranges:\n");
 897   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
 898     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
 899       ind=i*6+k;
 900       det=(AliModule*)dets[ind];
 901       if(det)
 902         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
 903                det->HiMedium());
 904       else
 905         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
 906     }
 907     printf("\n");
 908   }
 909 }
 910
 911 //____________________________________________________________________________
 912 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
 913 {
 914   //
 915   // Load the event generator
 916   //
 917   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
 918 }
 919
 920 //____________________________________________________________________________
 921 void AliRun::SetTransPar(char* filename)
 922 {
 923   //
 924   // Read filename to set the transport parameters
 925   //
 926
 927   AliMC* pMC = AliMC::GetMC();
 928
 929   const Int_t ncuts=10;
 930   const Int_t nflags=11;
 931   const Int_t npars=ncuts+nflags;
 932   const char pars[npars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
 933                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
 934                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
 935                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
 936   char line[256];
 937   char* filtmp;
 938   Float_t cut[ncuts];
 939   Int_t flag[nflags];
 940   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
 941   FILE *lun;
 942   //
 943   // See whether the file is there
 944   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filename);
 945   lun=fopen(filtmp,"r");
 946   delete [] filtmp;
 947   if(!lun) {
 948     printf(" * AliRun::SetTransPar * file %s does not exist!\n",filename);
 949     return;
 950   }
 951   //
 952   printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 953   printf(" *%59s\n","*");
 954   printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
 955   printf(" *%59s\n","*");
 956   //
 957   while(1) {
 958     // Initialise cuts and flags
 959     for(i=0;i<ncuts;i++) cut[i]=-99;
 960     for(i=0;i<nflags;i++) flag[i]=-99;
 961     itmed=0;
 962     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
 963     // Read up to the end of line excluded
 964     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
 965     if(iret<0) {
 966       //End of file
 967       fclose(lun);
 968       printf(" *%59s\n","*");
 969       printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 970       return;
 971     }
 972     // Read the end of line
 973     fscanf(lun,"%*c");
 974     if(!iret) continue;
 975     if(line[0]=='*') continue;
 976     // Read the numbers
 977     iret=sscanf(line,"%d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
 978                 &itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],&cut[9],
 979                 &flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],&flag[8],
 980                 &flag[9],&flag[10]);
 981     if(!iret) continue;
 982     if(iret<0) {
 983       //reading error
 984       printf(" *   Error reading file %s\n",filename);
 985       continue;
 986     }
 987     // Check that the tracking medium code is valid
 988     if(0<itmed && itmed < 100*fNdets) {
 989       ktmed=fIdtmed[itmed-1];
 990       if(!ktmed) {
 991         printf(" *     Invalid tracking medium code %d *\n",itmed);
 992         continue;
 993       }
 994       // Set energy thresholds
 995       for(kz=0;kz<ncuts;kz++) {
 996         if(cut[kz]>=0) {
 997           printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d  *\n",pars[kz],cut[kz],itmed);
 998           pMC->Gstpar(ktmed,pars[kz],cut[kz]);
 999         }
1000       }
1001       // Set transport mechanisms
1002       for(kz=0;kz<nflags;kz++) {
1003         if(flag[kz]>=0) {
1004           printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d  *\n",pars[ncuts+kz],flag[kz],itmed);
1005           pMC->Gstpar(ktmed,pars[ncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1006         }
1007       }
1008     } else {
1009       printf(" *     Invalid tracking medium code %d *\n",itmed);
1010       continue;
1011     }
1012   }
1013 }
1014
1015 //_____________________________________________________________________________
1016 void AliRun::MakeTree(Option_t *option)
1017 {
1018   //
1019   //  Create the ROOT trees
1020   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1021   //
1022
1023   //
1024   // Analyse options
1025   char *K = strstr(option,"K");
1026   char *H = strstr(option,"H");
1027   char *E = strstr(option,"E");
1028   char *D = strstr(option,"D");
1029   char *R = strstr(option,"R");
1030   //
1031   if (K && !fTreeK) fTreeK = new TTree("TK","Kinematics");
1032   if (H && !fTreeH) fTreeH = new TTree("TH","Hits");
1033   if (D && !fTreeD) fTreeD = new TTree("TD","Digits");
1034   if (E && !fTreeE) fTreeE = new TTree("TE","Header");
1035   if (R && !fTreeR) fTreeR = new TTree("TR","Reconstruction");
1036   if (fTreeH) fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1037   //
1038   // Create a branch for hits/digits for each detector
1039   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1040   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1041   TIter next(fModules);
1042   AliModule *detector;
1043   while((detector = (AliModule*)next())) {
1044      if (H || D || R) detector->MakeBranch(option);
1045   }
1046   //  Create a branch for particles
1047   if (fTreeK && K) fTreeK->Branch("Particles",&fParticles,4000);
1048
1049   //  Create a branch for Header
1050   if (fTreeE && E) fTreeE->Branch("Header","AliHeader",&header,4000);
1051 }
1052
1053 //_____________________________________________________________________________
1054 Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
1055 {
1056   //
1057   // PurifyKine with external parameters
1058   //
1059   fHgwmk = lastSavedTrack;
1060   fNtrack = nofTracks;
1061   PurifyKine();
1062   return fHgwmk;
1063 }
1064
1065 //_____________________________________________________________________________
1066 void AliRun::PurifyKine()
1067 {
1068   //
1069   // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
1070   // and renaming the particle id's in all the hits
1071   //
1072   TClonesArray &particles = *fParticles;
1073   int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
1074   TParticle *part, *partnew, *father;
1075   AliHit *OneHit;
1076   int *map = new int[particles.GetEntries()];
1077
1078   // Save in Header total number of tracks before compression
1079   fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
1080
1081   // Preset map, to be removed later
1082   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
1083     if(i<=fHgwmk) map[i]=i ; else map[i] = -99 ;}
1084   // Second pass, build map between old and new numbering
1085   for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1086     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1087     if(part->TestBit(Keep_Bit)) {
1088
1089       // This particle has to be kept
1090       map[i]=nkeep;
1091       if(i!=nkeep) {
1092
1093         // Old and new are different, have to copy
1094         partnew = (TParticle *)particles.UncheckedAt(nkeep);
1095         *partnew = *part;
1096       } else partnew = part;
1097
1098       // as the parent is always *before*, it must be already
1099       // in place. This is what we are checking anyway!
1100       if((parent=partnew->GetFirstMother())>fHgwmk) {
1101         if(map[parent]==-99) printf("map[%d] = -99!\n",parent);
1102         partnew->SetFirstMother(map[parent]);
1103       }
1104       nkeep++;
1105     }
1106   }
1107   fNtrack=nkeep;
1108
1109   // Fix daughters information
1110   for (i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1111     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1112     parent = part->GetFirstMother();
1113     father = (TParticle *)particles.UncheckedAt(parent);
1114     if(father->TestBit(Daughters_Bit)) {
1115
1116       if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
1117       if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
1118     } else {
1119       // Iitialise daughters info for first pass
1120       father->SetFirstDaughter(i);
1121       father->SetLastDaughter(i);
1122       father->SetBit(Daughters_Bit);
1123     }
1124   }
1125
1126   // Now loop on all detectors and reset the hits
1127   TIter next(fModules);
1128   AliModule *detector;
1129   while((detector = (AliModule*)next())) {
1130     if (!detector->Hits()) continue;
1131     TClonesArray &vHits=*(detector->Hits());
1132     if(vHits.GetEntries() != detector->GetNhits())
1133       printf("vHits.GetEntries()!=detector->GetNhits(): %d != %d\n",
1134              vHits.GetEntries(),detector->GetNhits());
1135     for (i=0; i<detector->GetNhits(); i++) {
1136       OneHit = (AliHit *)vHits.UncheckedAt(i);
1137       OneHit->SetTrack(map[OneHit->GetTrack()]);
1138     }
1139   }
1140
1141   fHgwmk=nkeep-1;
1142   particles.SetLast(fHgwmk);
1143   delete [] map;
1144 }
1145
1146 //_____________________________________________________________________________
1147 void AliRun::Reset(Int_t run, Int_t idevent)
1148 {
1149   //
1150   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1151   //
1152   ResetStack();
1153   ResetHits();
1154   ResetDigits();
1155
1156   // Initialise event header
1157   fHeader.Reset(run,idevent);
1158
1159   if(fTreeK) fTreeK->Reset();
1160   if(fTreeH) fTreeH->Reset();
1161   if(fTreeD) fTreeD->Reset();
1162 }
1163
1164 //_____________________________________________________________________________
1165 void AliRun::ResetDigits()
1166 {
1167   //
1168   //  Reset all Detectors digits
1169   //
1170   TIter next(fModules);
1171   AliModule *detector;
1172   while((detector = (AliModule*)next())) {
1173      detector->ResetDigits();
1174   }
1175 }
1176
1177 //_____________________________________________________________________________
1178 void AliRun::ResetHits()
1179 {
1180   //
1181   //  Reset all Detectors hits
1182   //
1183   TIter next(fModules);
1184   AliModule *detector;
1185   while((detector = (AliModule*)next())) {
1186      detector->ResetHits();
1187   }
1188 }
1189
1190 //_____________________________________________________________________________
1191 void AliRun::ResetPoints()
1192 {
1193   //
1194   // Reset all Detectors points
1195   //
1196   TIter next(fModules);
1197   AliModule *detector;
1198   while((detector = (AliModule*)next())) {
1199      detector->ResetPoints();
1200   }
1201 }
1202
1203 //_____________________________________________________________________________
1204 void AliRun::Run(Int_t nevent, const char *setup)
1205 {
1206   //
1207   // Main function to be called to process a galice run
1208   // example
1209   //    Root > gAlice.Run();
1210   // a positive number of events will cause the finish routine
1211   // to be called
1212   //
1213
1214   Int_t i, todo;
1215   // check if initialisation has been done
1216   if (!fInitDone) Init(setup);
1217
1218   AliMC* pMC = AliMC::GetMC();
1219
1220   // Create the Root Tree with one branch per detector
1221   if(!fEvent) {
1222     gAlice->MakeTree("KHDER");
1223   }
1224
1225   todo = TMath::Abs(nevent);
1226   for (i=0; i<todo; i++) {
1227   // Process one run (one run = one event)
1228      gAlice->Reset(fRun, fEvent);
1229      pMC->Gtrigi();
1230      pMC->Gtrigc();
1231      pMC->Gtrig();
1232      gAlice->FinishEvent();
1233      fEvent++;
1234   }
1235
1236   // End of this run, close files
1237   if(nevent>0) gAlice->FinishRun();
1238 }
1239
1240 //_____________________________________________________________________________
1241 void AliRun::RunLego(const char *setup,Int_t ntheta,Float_t themin,
1242                      Float_t themax,Int_t nphi,Float_t phimin,Float_t phimax,
1243                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax)
1244 {
1245   //
1246   // Generates lego plots of:
1247   //    - radiation length map phi vs theta
1248   //    - radiation length map phi vs eta
1249   //    - interaction length map
1250   //    - g/cm2 length map
1251   //
1252   //  ntheta    bins in theta, eta
1253   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1254   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1255   //  nphi      bins in phi
1256   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1257   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1258   //  rmin      minimum radius
1259   //  rmax      maximum radius
1260   //
1261   //
1262   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1263   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1264   //
1265   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1266   //Begin_Html
1267   /*
1268     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1269   */
1270   //End_Html
1271   //Begin_Html
1272   /*
1273     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1274   */
1275   //End_Html
1276   //Begin_Html
1277   /*
1278     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1279   */
1280   //End_Html
1281   //
1282
1283   // check if initialisation has been done
1284   if (!fInitDone) Init(setup);
1285
1286   fLego = new AliLego("lego","lego");
1287   fLego->Init(ntheta,themin,themax,nphi,phimin,phimax,rmin,rmax,zmax);
1288   fLego->Run();
1289
1290   // Create only the Root event Tree
1291   gAlice->MakeTree("E");
1292
1293   // End of this run, close files
1294   gAlice->FinishRun();
1295 }
1296
1297 //_____________________________________________________________________________
1298 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1299 {
1300   //
1301   // Set current track number
1302   //
1303   fCurrent = track;
1304 }
1305
1306 //_____________________________________________________________________________
1307 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1308                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1309                       const char *mecha, Int_t &ntr, Float_t weight)
1310 {
1311   //
1312   // Load a track on the stack
1313   //
1314   // done     0 if the track has to be transported
1315   //          1 if not
1316   // parent   identifier of the parent track. -1 for a primary
1317   // pdg    particle code
1318   // pmom     momentum GeV/c
1319   // vpos     position
1320   // polar    polarisation
1321   // tof      time of flight in seconds
1322   // mecha    production mechanism
1323   // ntr      on output the number of the track stored
1324   //
1325   TClonesArray &particles = *fParticles;
1326   TParticle *particle;
1327   Float_t mass;
1328   const Int_t firstdaughter=-1;
1329   const Int_t lastdaughter=-1;
1330   const Int_t KS=0;
1331   //  const Float_t tlife=0;
1332
1333   //
1334   // Here we get the static mass
1335   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1336   // if the calculated mass is required
1337   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1338   // used in the MC is not the same of the PDG database
1339   //
1340   mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1341   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1342                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1343
1344   //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f KS %d m %s\n",
1345   //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],KS,mecha);
1346
1347   particle=new(particles[fNtrack]) TParticle(pdg,KS,parent,-1,firstdaughter,
1348                                              lastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
1349                                              e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
1350   //                                         polar[0],polar[1],polar[2],tof,
1351   //                                         mecha,weight);
1352   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
1353   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetWeight(weight);
1354   if(!done) particle->SetBit(Done_Bit);
1355
1356   if(parent>=0) {
1357     particle=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(parent);
1358     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
1359     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
1360   } else {
1361     //
1362     // This is a primary track. Set high water mark for this event
1363     fHgwmk=fNtrack;
1364     //
1365     // Set also number if primary tracks
1366     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
1367     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
1368   }
1369   ntr = fNtrack++;
1370 }
1371
1372 //_____________________________________________________________________________
1373 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
1374 {
1375   //
1376   // flags a track to be kept
1377   //
1378   TClonesArray &particles = *fParticles;
1379   ((TParticle*)particles[track])->SetBit(Keep_Bit);
1380 }
1381
1382 //_____________________________________________________________________________
1383 void AliRun::StepManager(Int_t id) const
1384 {
1385   //
1386   // Called at every step during transport
1387   //
1388
1389   AliMC* pMC = AliMC::GetMC();
1390
1391   Int_t copy;
1392   //
1393   // --- If lego option, do it and leave
1394   if (fLego) {
1395     fLego->StepManager();
1396     return;
1397   }
1398   //Update energy deposition tables
1399   sEventEnergy[pMC->CurrentVol(0,copy)]+=pMC->Edep();
1400
1401   //Call the appropriate stepping routine;
1402   AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
1403   if(det) det->StepManager();
1404 }
1405
1406 //_____________________________________________________________________________
1407 void AliRun::ReadEuclid(const char* filnam, Int_t id_det, const char* topvol)
1408 {
1409   //
1410   //       read in the geometry of the detector in euclid file format
1411   //
1412   //        id_det : the detector identification (2=its,...)
1413   //        topvol : return parameter describing the name of the top
1414   //        volume of geometry.
1415   //
1416   //            author : m. maire
1417   //
1418   //     28.07.98
1419   //     several changes have been made by miroslav helbich
1420   //     subroutine is rewrited to follow the new established way of memory
1421   //     booking for tracking medias and rotation matrices.
1422   //     all used tracking media have to be defined first, for this you can use
1423   //     subroutine  greutmed.
1424   //     top volume is searched as only volume not positioned into another
1425   //
1426
1427   AliMC* pMC = AliMC::GetMC();
1428
1429   Int_t i, nvol, iret, itmed, irot, numed, npar, ndiv, iaxe;
1430   Int_t ndvmx, nr, flag;
1431   char key[5], card[77], natmed[21];
1432   char name[5], mother[5], shape[5], konly[5], volst[7000][5];
1433   char *filtmp;
1434   Float_t par[50];
1435   Float_t teta1, phi1, teta2, phi2, teta3, phi3, orig, step;
1436   Float_t xo, yo, zo;
1437   Int_t idrot[5000],istop[7000];
1438   FILE *lun;
1439   AliModule *det;
1440   //
1441   TObjArray &dets = *fModules;
1442   if(!dets[id_det]) {
1443     printf(" *** GREUTMED *** Detector %d not defined\n",id_det);
1444     return;
1445   } else {
1446     det = (AliModule*) dets[id_det];
1447   }
1448   //
1449   // *** The input filnam name will be with extension '.euc'
1450   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filnam);
1451   lun=fopen(filtmp,"r");
1452   delete [] filtmp;
1453   if(!lun) {
1454     printf(" *** GREUCL *** Could not open file %s\n",filnam);
1455     return;
1456   }
1457   //* --- definition of rotation matrix 0 ---
1458   idrot[0]=0;
1459   nvol=0;
1460  L10:
1461   for(i=0;i<77;i++) card[i]=0;
1462   iret=fscanf(lun,"%77[^\n]",card);
1463   if(iret<=0) goto L20;
1464   fscanf(lun,"%*c");
1465   //*
1466   strncpy(key,card,4);
1467   key[4]='\0';
1468   if (!strcmp(key,"TMED")) {
1469     sscanf(&card[5],"%d '%[^']'",&itmed,natmed);
1470     //Pad the string with blanks
1471     i=-1;
1472     while(natmed[++i]);
1473     while(i<20) natmed[i++]=' ';
1474     natmed[i]='\0';
1475     //
1476     pMC->Gckmat(fIdtmed[itmed+id_det*100-1],natmed);
1477     //*
1478   } else if (!strcmp(key,"ROTM")) {
1479     sscanf(&card[4],"%d %f %f %f %f %f %f",&irot,&teta1,&phi1,&teta2,&phi2,&teta3,&phi3);
1480     det->AliMatrix(idrot[irot],teta1,phi1,teta2,phi2,teta3,phi3);
1481     //*
1482   } else if (!strcmp(key,"VOLU")) {
1483     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %d %d", name, shape, &numed, &npar);
1484     if (npar>0) {
1485       for(i=0;i<npar;i++) fscanf(lun,"%f",&par[i]);
1486       fscanf(lun,"%*c");
1487     }
1488     pMC->Gsvolu( name, shape, fIdtmed[numed+id_det*100-1], par, npar);
1489     //*     save the defined volumes
1490     strcpy(volst[++nvol],name);
1491     istop[nvol]=1;
1492     //*
1493   } else if (!strcmp(key,"DIVN")) {
1494     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %d %d", name, mother, &ndiv, &iaxe);
1495     pMC->Gsdvn  ( name, mother, ndiv, iaxe );
1496     //*
1497   } else if (!strcmp(key,"DVN2")) {
1498     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %d %d %f %d",name, mother, &ndiv, &iaxe, &orig, &numed);
1499     pMC->Gsdvn2( name, mother, ndiv, iaxe, orig,fIdtmed[numed+id_det*100-1]);
1500     //*
1501   } else if (!strcmp(key,"DIVT")) {
1502     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %f %d %d %d", name, mother, &step, &iaxe, &numed, &ndvmx);
1503     pMC->Gsdvt ( name, mother, step, iaxe, fIdtmed[numed+id_det*100-1], ndvmx);
1504     //*
1505   } else if (!strcmp(key,"DVT2")) {
1506     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %f %d %f %d %d", name, mother, &step, &iaxe, &orig, &numed, &ndvmx);
1507     pMC->Gsdvt2 ( name, mother, step, iaxe, orig, fIdtmed[numed+id_det*100-1], ndvmx );
1508     //*
1509   } else if (!strcmp(key,"POSI")) {
1510     sscanf(&card[5],"'%[^']' %d '%[^']' %f %f %f %d '%[^']'", name, &nr, mother, &xo, &yo, &zo, &irot, konly);
1511     //*** volume name cannot be the top volume
1512     for(i=1;i<=nvol;i++) {
1513       if (!strcmp(volst[i],name)) istop[i]=0;
1514     }
1515     //*
1516     pMC->Gspos  ( name, nr, mother, xo, yo, zo, idrot[irot], konly );
1517     //*
1518   } else if (!strcmp(key,"POSP")) {
1519     sscanf(&card[5],"'%[^']' %d '%[^']' %f %f %f %d '%[^']' %d", name, &nr, mother, &xo, &yo, &zo, &irot, konly, &npar);
1520     if (npar > 0) {
1521       for(i=0;i<npar;i++) fscanf(lun,"%f",&par[i]);
1522       fscanf(lun,"%*c");
1523     }
1524     //*** volume name cannot be the top volume
1525     for(i=1;i<=nvol;i++) {
1526       if (!strcmp(volst[i],name)) istop[i]=0;
1527     }
1528     //*
1529     pMC->Gsposp ( name, nr, mother, xo,yo,zo, idrot[irot], konly, par, npar);
1530   }
1531   //*
1532   if (strcmp(key,"END")) goto L10;
1533   //* find top volume in the geometry
1534   flag=0;
1535   for(i=1;i<=nvol;i++) {
1536     if (istop[i] && flag) {
1537       printf(" *** GREUCL *** warning: %s is another possible top volume\n",volst[i]);
1538     }
1539     if (istop[i] && !flag) {
1540       topvol=volst[i];
1541       printf(" *** GREUCL *** volume %s taken as a top volume\n",topvol);
1542       flag=1;
1543     }
1544   }
1545   if (!flag) {
1546     printf("*** GREUCL *** warning: top volume not found\n");
1547   }
1548   fclose (lun);
1549   //*
1550   //*     commented out only for the not cernlib version
1551   printf(" *** GREUCL *** file: %s is now read in\n",filnam);
1552   //
1553   return;
1554   //*
1555   L20:
1556   printf(" *** GREUCL *** reading error or premature end of file\n");
1557 }
1558
1559 //_____________________________________________________________________________
1560 void AliRun::ReadEuclidMedia(const char* filnam, Int_t id_det)
1561 {
1562   //
1563   //       read in the materials and tracking media for the detector
1564   //                   in euclid file format
1565   //
1566   //       filnam: name of the input file
1567   //       id_det: id_det is the detector identification (2=its,...)
1568   //
1569   //            author : miroslav helbich
1570   //
1571   Float_t sxmgmx = gAlice->Field()->Max();
1572   Int_t   isxfld = gAlice->Field()->Integ();
1573   Int_t end, i, iret, itmed;
1574   char key[5], card[130], natmed[21], namate[21];
1575   Float_t ubuf[50];
1576   char* filtmp;
1577   FILE *lun;
1578   Int_t imate;
1579   Int_t nwbuf, isvol, ifield, nmat;
1580   Float_t a, z, dens, radl, absl, fieldm, tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin;
1581   AliModule* det;
1582 //
1583   TObjArray &dets = *fModules;
1584   if(!dets[id_det]) {
1585     printf(" *** GREUTMED *** Detector %d not defined\n",id_det);
1586     return;
1587   } else {
1588     det = (AliModule*) dets[id_det];
1589   }
1590   end=strlen(filnam);
1591   for(i=0;i<end;i++) if(filnam[i]=='.') {
1592     end=i;
1593     break;
1594   }
1595   //
1596   // *** The input filnam name will be with extension '.euc'
1597   printf("The file name is %s\n",filnam); //Debug
1598   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filnam);
1599   lun=fopen(filtmp,"r");
1600   delete [] filtmp;
1601   if(!lun) {
1602     printf(" *** GREUTMED *** Could not open file %s\n",filnam);
1603     return;
1604   }
1605   //
1606   // Retrieve Mag Field parameters
1607   Int_t ISXFLD=gAlice->Field()->Integ();
1608   Float_t SXMGMX=gAlice->Field()->Max();
1609   //
1610  L10:
1611   for(i=0;i<130;i++) card[i]=0;
1612   iret=fscanf(lun,"%4s %[^\n]",key,card);
1613   if(iret<=0) goto L20;
1614   fscanf(lun,"%*c");
1615   //*
1616   //* read material
1617   if (!strcmp(key,"MATE")) {
1618     sscanf(card,"%d '%[^']' %f %f %f %f %f %d",&imate,namate,&a,&z,&dens,&radl,&absl,&nwbuf);
1619     if (nwbuf>0) for(i=0;i<nwbuf;i++) fscanf(lun,"%f",&ubuf[i]);
1620     //Pad the string with blanks
1621     i=-1;
1622     while(namate[++i]);
1623     while(i<20) namate[i++]=' ';
1624     namate[i]='\0';
1625     //
1626     det->AliMaterial(imate,namate,a,z,dens,radl,absl,ubuf,nwbuf);
1627     //* read tracking medium
1628   } else if (!strcmp(key,"TMED")) {
1629     sscanf(card,"%d '%[^']' %d %d %d %f %f %f %f %f %f %d",
1630            &itmed,natmed,&nmat,&isvol,&ifield,&fieldm,&tmaxfd,
1631            &stemax,&deemax,&epsil,&stmin,&nwbuf);
1632     if (nwbuf>0) for(i=0;i<nwbuf;i++) fscanf(lun,"%f",&ubuf[i]);
1633     if (ifield<0) ifield=isxfld;
1634     if (fieldm<0) fieldm=sxmgmx;
1635     //Pad the string with blanks
1636     i=-1;
1637     while(natmed[++i]);
1638     while(i<20) natmed[i++]=' ';
1639     natmed[i]='\0';
1640     //
1641     det->AliMedium(itmed+id_det*100,natmed,nmat,isvol,ISXFLD,SXMGMX,tmaxfd,
1642                    stemax,deemax,epsil,stmin,ubuf,nwbuf);
1643     (*fImedia)[fIdtmed[itmed+id_det*100-1]-1]=id_det;
1644     //*
1645   }
1646   //*
1647   if (strcmp(key,"END")) goto L10;
1648   fclose (lun);
1649   //*
1650   //*     commented out only for the not cernlib version
1651   printf(" *** GREUTMED *** file: %s is now read in\n",filnam);
1652   //*
1653   return;
1654   //*
1655  L20:
1656   printf(" *** GREUTMED *** reading error or premature end of file\n");
1657 }
1658
1659 //_____________________________________________________________________________
1660 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
1661 {
1662   //
1663   // Stream an object of class AliRun.
1664   //
1665   if (R__b.IsReading()) {
1666     Version_t R__v = R__b.ReadVersion(); if (R__v) { }
1667     TNamed::Streamer(R__b);
1668     if (!gAlice) gAlice = this;
1669     gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
1670     R__b >> fNtrack;
1671     R__b >> fHgwmk;
1672     R__b >> fDebug;
1673     fHeader.Streamer(R__b);
1674     R__b >> fModules;
1675     R__b >> fParticles;
1676     R__b >> fField;
1677     //    R__b >> fMC;
1678     R__b >> fNdets;
1679     R__b >> fTrRmax;
1680     R__b >> fTrZmax;
1681     R__b >> fGenerator;
1682     R__b >> fPDGDB;        //Particle factory object!
1683   } else {
1684     R__b.WriteVersion(AliRun::IsA());
1685     TNamed::Streamer(R__b);
1686     R__b << fNtrack;
1687     R__b << fHgwmk;
1688     R__b << fDebug;
1689     fHeader.Streamer(R__b);
1690     R__b << fModules;
1691     R__b << fParticles;
1692     R__b << fField;
1693     //    R__b << fMC;
1694     R__b << fNdets;
1695     R__b << fTrRmax;
1696     R__b << fTrZmax;
1697     R__b << fGenerator;
1698     R__b << fPDGDB;        //Particle factory object!
1699   }
1700 }
1701
1702
1703 //_____________________________________________________________________________
1704 //
1705 //                 Interfaces to Fortran
1706 //
1707 //_____________________________________________________________________________
1708
1709 extern "C" void type_of_call  rxgtrak (Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
1710                                        Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t &tof)
1711 {
1712   //
1713   //     Fetches next track from the ROOT stack for transport. Called by the
1714   //     modified version of GTREVE.
1715   //
1716   //              Track number in the ROOT stack. If MTRACK=0 no
1717   //      mtrack  more tracks are left in the stack to be
1718   //              transported.
1719   //      ipart   Particle code in the GEANT conventions.
1720   //      pmom[3] Particle momentum in GeV/c
1721   //      e       Particle energy in GeV
1722   //      vpos[3] Particle position
1723   //      tof     Particle time of flight in seconds
1724   //
1725   Float_t polar[3];
1726   Int_t pdg;
1727   gAlice->GetNextTrack(mtrack, pdg, pmom, e, vpos, polar, tof);
1728   ipart = gMC->IdFromPDG(pdg);
1729   mtrack++;
1730 }
1731
1732 //_____________________________________________________________________________
1733 extern "C" void type_of_call
1734 #ifndef WIN32
1735 rxstrak (Int_t &keep, Int_t &parent, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
1736                Float_t *vpos, Float_t &tof, const char* cmech, Int_t &ntr, const int cmlen)
1737 #else
1738 rxstrak (Int_t &keep, Int_t &parent, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
1739          Float_t *vpos, Float_t &tof, const char* cmech, const int cmlen,
1740          Int_t &ntr)
1741 #endif
1742 {
1743   //
1744   //     Fetches next track from the ROOT stack for transport. Called by GUKINE
1745   //     and GUSTEP.
1746   //
1747   //              Status of the track. If keep=0 the track is put
1748   //      keep    on the ROOT stack but it is not fetched for
1749   //              transport.
1750   //      parent  Parent track. If parent=0 the track is a primary.
1751   //              In GUSTEP the routine is normally called to store
1752   //              secondaries generated by the current track whose
1753   //              ROOT stack number is MTRACK (common SCKINE.
1754   //      ipart   Particle code in the GEANT conventions.
1755   //      pmom[3] Particle momentum in GeV/c
1756   //      vpos[3] Particle position
1757   //      tof     Particle time of flight in seconds
1758   //
1759   //      cmech   (CHARACTER*10) Particle origin. This field is user
1760   //              defined and it is not used inside the GALICE code.
1761   //      ntr     Number assigned to the particle in the ROOT stack.
1762   //
1763   char mecha[11];
1764   Float_t polar[3]={0.,0.,0.};
1765   for(int i=0; i<10 && i<cmlen; i++) mecha[i]=cmech[i];
1766   mecha[10]=0;
1767   Int_t pdg=gMC->PDGFromId(ipart);
1768   gAlice->SetTrack(keep, parent-1, pdg, pmom, vpos, polar, tof, mecha, ntr);
1769   ntr++;
1770 }
1771
1772 //_____________________________________________________________________________
1773 extern "C" void type_of_call  rxkeep(const Int_t &n)
1774 {
1775   if( NULL==gAlice ) exit(1);
1776
1777   if( n<=0 || n>gAlice->Particles()->GetEntries() )
1778     {
1779       printf("  Bad index n=%d must be 0<n<=%d\n",
1780              n,gAlice->Particles()->GetEntries());
1781       exit(1);
1782     }
1783
1784   ((TParticle*)(gAlice->Particles()->UncheckedAt(n-1)))->SetBit(Keep_Bit);
1785 }
1786
1787 //_____________________________________________________________________________
1788 extern "C" void type_of_call  rxouth ()
1789 {
1790   //
1791   // Called by Gtreve at the end of each primary track
1792   //
1793   gAlice->FinishPrimary();
1794 }
1795