STEER/AliRun.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.26  2000/03/22 13:42:26  fca
  19 SetGenerator does not replace an existing generator, ResetGenerator does
  20
  21 Revision 1.25  2000/02/23 16:25:22  fca
  22 AliVMC and AliGeant3 classes introduced
  23 ReadEuclid moved from AliRun to AliModule
  24
  25 Revision 1.24  2000/01/19 17:17:20  fca
  26 Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
  27
  28 Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
  29 Fixing previous wrong checking
  30
  31 Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
  32 Fixing daughters information also in primary tracks
  33
  34 Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
  35 Adding protection against inconsistent Euclid files
  36
  37 Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
  38 Introduction of the Copyright and cvs Log
  39
  40 */
  41
  42 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  43 //                                                                           //
  44 //  Control class for Alice C++                                              //
  45 //  Only one single instance of this class exists.                           //
  46 //  The object is created in main program aliroot                            //
  47 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
  48 //                                                                           //
  49 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
  50 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
  51 //   -Supports the Trees.                                                    //
  52 //   -Supports the geometry.                                                 //
  53 //   -Supports the event display.                                            //
  54 //Begin_Html
  55 /*
  56 <img src="picts/AliRunClass.gif">
  57 */
  58 //End_Html
  59 //Begin_Html
  60 /*
  61 <img src="picts/alirun.gif">
  62 */
  63 //End_Html
  64 //                                                                           //
  65 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  66
  67 #include <TFile.h>
  68 #include <TRandom.h>
  69 #include <TBRIK.h>
  70 #include <TNode.h>
  71 #include <TCint.h>
  72 #include <TSystem.h>
  73 #include <TObjectTable.h>
  74
  75 #include "TParticle.h"
  76 #include "AliRun.h"
  77 #include "AliDisplay.h"
  78 #include "AliVMC.h"
  79
  80 #include <stdlib.h>
  81 #include <stdio.h>
  82 #include <string.h>
  83
  84 AliRun *gAlice;
  85
  86 static AliHeader *header;
  87
  88 static TArrayF sEventEnergy;
  89 static TArrayF sSummEnergy;
  90 static TArrayF sSum2Energy;
  91
  92 ClassImp(AliRun)
  93
  94 //_____________________________________________________________________________
  95 AliRun::AliRun()
  96 {
  97   //
  98   // Default constructor for AliRun
  99   //
 100   header=&fHeader;
 101   fRun       = 0;
 102   fEvent     = 0;
 103   fCurrent   = -1;
 104   fModules = 0;
 105   fGenerator = 0;
 106   fTreeD     = 0;
 107   fTreeK     = 0;
 108   fTreeH     = 0;
 109   fTreeE     = 0;
 110   fTreeR     = 0;
 111   fParticles = 0;
 112   fGeometry  = 0;
 113   fDisplay   = 0;
 114   fField     = 0;
 115   fVMC       = 0;
 116   fNdets     = 0;
 117   fImedia    = 0;
 118   fTrRmax    = 1.e10;
 119   fTrZmax    = 1.e10;
 120   fInitDone  = kFALSE;
 121   fLego      = 0;
 122   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
 123   fHitLists  = 0;
 124 }
 125
 126 //_____________________________________________________________________________
 127 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 128   : TNamed(name,title)
 129 {
 130   //
 131   //  Constructor for the main processor.
 132   //  Creates the geometry
 133   //  Creates the list of Detectors.
 134   //  Creates the list of particles.
 135   //
 136   Int_t i;
 137
 138   gAlice     = this;
 139   fTreeD     = 0;
 140   fTreeK     = 0;
 141   fTreeH     = 0;
 142   fTreeE     = 0;
 143   fTreeR     = 0;
 144   fTrRmax    = 1.e10;
 145   fTrZmax    = 1.e10;
 146   fGenerator = 0;
 147   fInitDone  = kFALSE;
 148   fLego      = 0;
 149   fField     = 0;
 150
 151   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 152   //
 153   // create the support list for the various Detectors
 154   fModules = new TObjArray(77);
 155   //
 156   // Create the TNode geometry for the event display
 157
 158   BuildSimpleGeometry();
 159
 160
 161   fNtrack=0;
 162   fHgwmk=0;
 163   fCurrent=-1;
 164   header=&fHeader;
 165   fRun       = 0;
 166   fEvent     = 0;
 167   //
 168   // Create the particle stack
 169   fParticles = new TClonesArray("TParticle",100);
 170
 171   fDisplay = 0;
 172   //
 173   // Create default mag field
 174   SetField();
 175   //
 176   fVMC      = gVMC;
 177   //
 178   // Prepare the tracking medium lists
 179   fImedia = new TArrayI(1000);
 180   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 181   //
 182   // Make particles
 183   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 184   //
 185   // Create HitLists list
 186   fHitLists  = new TList();
 187 }
 188
 189 //_____________________________________________________________________________
 190 AliRun::~AliRun()
 191 {
 192   //
 193   // Defaullt AliRun destructor
 194   //
 195   delete fImedia;
 196   delete fField;
 197   delete fVMC;
 198   delete fGeometry;
 199   delete fDisplay;
 200   delete fGenerator;
 201   delete fLego;
 202   delete fTreeD;
 203   delete fTreeK;
 204   delete fTreeH;
 205   delete fTreeE;
 206   delete fTreeR;
 207   if (fModules) {
 208     fModules->Delete();
 209     delete fModules;
 210   }
 211   if (fParticles) {
 212     fParticles->Delete();
 213     delete fParticles;
 214   }
 215   delete fHitLists;
 216 }
 217
 218 //_____________________________________________________________________________
 219 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 220 {
 221   //
 222   //  Add a hit to detector id
 223   //
 224   TObjArray &dets = *fModules;
 225   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 226 }
 227
 228 //_____________________________________________________________________________
 229 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 230 {
 231   //
 232   // Add digit to detector id
 233   //
 234   TObjArray &dets = *fModules;
 235   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 236 }
 237
 238 //_____________________________________________________________________________
 239 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 240 {
 241   //
 242   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 243   // of the Root browser.
 244   // It displays the Root Trees and all detectors.
 245   //
 246   if (fTreeK) b->Add(fTreeK,fTreeK->GetName());
 247   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 248   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 249   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 250   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 251
 252   TIter next(fModules);
 253   AliModule *detector;
 254   while((detector = (AliModule*)next())) {
 255     b->Add(detector,detector->GetName());
 256   }
 257 }
 258
 259 //_____________________________________________________________________________
 260 void AliRun::Build()
 261 {
 262   //
 263   // Initialize Alice geometry
 264   // Dummy routine
 265   //
 266 }
 267
 268 //_____________________________________________________________________________
 269 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 270 {
 271   //
 272   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 273   //
 274   // Initialise geometry
 275   //
 276   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 277   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 278   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 279   brik->SetVisibility(0);
 280   new TNode("alice","alice","S_alice");
 281 }
 282
 283 //_____________________________________________________________________________
 284 void AliRun::CleanDetectors()
 285 {
 286   //
 287   // Clean Detectors at the end of event
 288   //
 289   TIter next(fModules);
 290   AliModule *detector;
 291   while((detector = (AliModule*)next())) {
 292     detector->FinishEvent();
 293   }
 294 }
 295
 296 //_____________________________________________________________________________
 297 void AliRun::CleanParents()
 298 {
 299   //
 300   // Clean Particles stack.
 301   // Set parent/daughter relations
 302   //
 303   TClonesArray &particles = *(gAlice->Particles());
 304   TParticle *part;
 305   int i;
 306   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
 307     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
 308     if(!part->TestBit(Daughters_Bit)) {
 309       part->SetFirstDaughter(-1);
 310       part->SetLastDaughter(-1);
 311     }
 312   }
 313 }
 314
 315 //_____________________________________________________________________________
 316 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 317 {
 318   //
 319   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 320   // Dummy routine
 321   //
 322   return 9999;
 323 }
 324
 325 //_____________________________________________________________________________
 326 void AliRun::DumpPart (Int_t i)
 327 {
 328   //
 329   // Dumps particle i in the stack
 330   //
 331   TClonesArray &particles = *fParticles;
 332   ((TParticle*) particles[i])->Print();
 333 }
 334
 335 //_____________________________________________________________________________
 336 void AliRun::DumpPStack ()
 337 {
 338   //
 339   // Dumps the particle stack
 340   //
 341   TClonesArray &particles = *fParticles;
 342   printf(
 343          "\n\n=======================================================================\n");
 344   for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++)
 345     {
 346       printf("-> %d ",i); ((TParticle*) particles[i])->Print();
 347       printf("--------------------------------------------------------------\n");
 348     }
 349   printf(
 350          "\n=======================================================================\n\n");
 351 }
 352
 353 //_____________________________________________________________________________
 354 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 355                       Float_t maxField, char* filename)
 356 {
 357   //
 358   //  Set magnetic field parameters
 359   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 360   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 361   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 362   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 363
 364   //
 365   // --- Sanity check on mag field flags
 366   if(type<0 || type > 2) {
 367     Warning("SetField",
 368             "Invalid magnetic field flag: %5d; Helix tracking chosen instead\n"
 369            ,type);
 370     type=2;
 371   }
 372   if(fField) delete fField;
 373   if(version==1) {
 374     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,version,scale,maxField);
 375   } else if(version<=3) {
 376     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,version,scale,maxField);
 377     fField->ReadField();
 378   } else {
 379     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
 380   }
 381 }
 382
 383 //_____________________________________________________________________________
 384 void AliRun::FillTree()
 385 {
 386   //
 387   // Fills all AliRun TTrees
 388   //
 389   if (fTreeK) fTreeK->Fill();
 390   if (fTreeH) fTreeH->Fill();
 391   if (fTreeD) fTreeD->Fill();
 392   if (fTreeR) fTreeR->Fill();
 393 }
 394
 395 //_____________________________________________________________________________
 396 void AliRun::FinishPrimary()
 397 {
 398   //
 399   // Called  at the end of each primary track
 400   //
 401
 402   //  static Int_t count=0;
 403   //  const Int_t times=10;
 404   // This primary is finished, purify stack
 405   PurifyKine();
 406
 407   // Write out hits if any
 408   if (gAlice->TreeH()) {
 409     gAlice->TreeH()->Fill();
 410   }
 411
 412   // Reset Hits info
 413   gAlice->ResetHits();
 414
 415   //
 416   //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
 417 }
 418
 419 //_____________________________________________________________________________
 420 void AliRun::FinishEvent()
 421 {
 422   //
 423   // Called at the end of the event.
 424   //
 425
 426   //Update the energy deposit tables
 427   Int_t i;
 428   for(i=0;i<sEventEnergy.GetSize();i++) {
 429     sSummEnergy[i]+=sEventEnergy[i];
 430     sSum2Energy[i]+=sEventEnergy[i]*sEventEnergy[i];
 431   }
 432   sEventEnergy.Reset();
 433
 434   // Clean detector information
 435   CleanDetectors();
 436
 437   // Write out the kinematics
 438   if (fTreeK) {
 439     CleanParents();
 440     fTreeK->Fill();
 441   }
 442
 443   // Write out the digits
 444   if (fTreeD) {
 445     fTreeD->Fill();
 446     ResetDigits();
 447   }
 448
 449   // Write out reconstructed clusters
 450   if (fTreeR) {
 451     fTreeR->Fill();
 452   }
 453
 454   // Write out the event Header information
 455   if (fTreeE) fTreeE->Fill();
 456
 457   // Reset stack info
 458   ResetStack();
 459
 460   // Write Tree headers
 461   //  Int_t ievent = fHeader.GetEvent();
 462   //  char hname[30];
 463   //  sprintf(hname,"TreeK%d",ievent);
 464   if (fTreeK) fTreeK->Write();
 465   //  sprintf(hname,"TreeH%d",ievent);
 466   if (fTreeH) fTreeH->Write();
 467   //  sprintf(hname,"TreeD%d",ievent);
 468   if (fTreeD) fTreeD->Write();
 469   //  sprintf(hname,"TreeR%d",ievent);
 470   if (fTreeR) fTreeR->Write();
 471 }
 472
 473 //_____________________________________________________________________________
 474 void AliRun::FinishRun()
 475 {
 476   //
 477   // Called at the end of the run.
 478   //
 479
 480   // Clean detector information
 481   TIter next(fModules);
 482   AliModule *detector;
 483   while((detector = (AliModule*)next())) {
 484     detector->FinishRun();
 485   }
 486
 487   //Output energy summary tables
 488   EnergySummary();
 489
 490   // file is retrieved from whatever tree
 491   TFile *File = 0;
 492   if (fTreeK) File = fTreeK->GetCurrentFile();
 493   if ((!File) && (fTreeH)) File = fTreeH->GetCurrentFile();
 494   if ((!File) && (fTreeD)) File = fTreeD->GetCurrentFile();
 495   if ((!File) && (fTreeE)) File = fTreeE->GetCurrentFile();
 496   if( NULL==File ) {
 497     Error("FinishRun","There isn't root file!");
 498     exit(1);
 499   }
 500   File->cd();
 501   fTreeE->Write();
 502
 503   // Clean tree information
 504   delete fTreeK; fTreeK = 0;
 505   delete fTreeH; fTreeH = 0;
 506   delete fTreeD; fTreeD = 0;
 507   delete fTreeR; fTreeR = 0;
 508   delete fTreeE; fTreeE = 0;
 509
 510   // Write AliRun info and all detectors parameters
 511   Write();
 512
 513   // Close output file
 514   File->Write();
 515 }
 516
 517 //_____________________________________________________________________________
 518 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 519 {
 520   //
 521   // Flags a track and all its family tree to be kept
 522   //
 523   int curr;
 524   TParticle *particle;
 525
 526   curr=track;
 527   while(1) {
 528     particle=(TParticle*)fParticles->UncheckedAt(curr);
 529
 530     // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
 531     if(particle->TestBit(Keep_Bit)) return;
 532
 533     // Save this particle
 534     particle->SetBit(Keep_Bit);
 535
 536     // Move to father if any
 537     if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
 538   }
 539 }
 540
 541 //_____________________________________________________________________________
 542 void AliRun::EnergySummary()
 543 {
 544   //
 545   // Print summary of deposited energy
 546   //
 547
 548   Int_t ndep=0;
 549   Float_t edtot=0;
 550   Float_t ed, ed2;
 551   Int_t kn, i, left, j, id;
 552   const Float_t zero=0;
 553   Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
 554   //
 555   // Energy loss information
 556   if(ievent) {
 557     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 558     for(kn=1;kn<sEventEnergy.GetSize();kn++) {
 559       ed=sSummEnergy[kn];
 560       if(ed>0) {
 561         sEventEnergy[ndep]=kn;
 562         if(ievent>1) {
 563           ed=ed/ievent;
 564           ed2=sSum2Energy[kn];
 565           ed2=ed2/ievent;
 566           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,zero))/ed;
 567         } else
 568           ed2=99;
 569         sSummEnergy[ndep]=ed;
 570         sSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,zero));
 571         edtot+=ed;
 572         ndep++;
 573       }
 574     }
 575     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 576       left=ndep-kn*3;
 577       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 578         j=kn*3+i;
 579         id=Int_t (sEventEnergy[j]+0.1);
 580         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),sSummEnergy[j],sSum2Energy[j]);
 581       }
 582       printf("\n");
 583     }
 584     //
 585     // Relative energy loss in different detectors
 586     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 587     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 588     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 589       left=ndep-kn*5;
 590       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 591         j=kn*5+i;
 592         id=Int_t (sEventEnergy[j]+0.1);
 593         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*sSummEnergy[j]/edtot);
 594       }
 595       printf("\n");
 596     }
 597     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 598     printf("\n");
 599   }
 600   //
 601   // Reset the TArray's
 602   //  sEventEnergy.Set(0);
 603   //  sSummEnergy.Set(0);
 604   //  sSum2Energy.Set(0);
 605 }
 606
 607 //_____________________________________________________________________________
 608 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name)
 609 {
 610   //
 611   // Return pointer to detector from name
 612   //
 613   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 614 }
 615
 616 //_____________________________________________________________________________
 617 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name)
 618 {
 619   //
 620   // Return pointer to detector from name
 621   //
 622   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 623 }
 624
 625 //_____________________________________________________________________________
 626 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name)
 627 {
 628   //
 629   // Return galice internal detector identifier from name
 630   //
 631   Int_t i=-1;
 632   TObject *mod=fModules->FindObject(name);
 633   if(mod) i=fModules->IndexOf(mod);
 634   return i;
 635 }
 636
 637 //_____________________________________________________________________________
 638 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 639 {
 640   //
 641   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 642   // Set branch addresses
 643   //
 644
 645   // Reset existing structures
 646   ResetStack();
 647   ResetHits();
 648   ResetDigits();
 649
 650   // Delete Trees already connected
 651   if (fTreeK) delete fTreeK;
 652   if (fTreeH) delete fTreeH;
 653   if (fTreeD) delete fTreeD;
 654   if (fTreeR) delete fTreeR;
 655
 656   // Get header from file
 657   if(fTreeE) fTreeE->GetEntry(event);
 658   else Error("GetEvent","Cannot file Header Tree\n");
 659
 660   // Get Kine Tree from file
 661   char treeName[20];
 662   sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
 663   fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 664   if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticles);
 665   else    Error("GetEvent","cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
 666
 667   // Get Hits Tree header from file
 668   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 669   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 670   if (!fTreeH) {
 671     Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 672   }
 673
 674   // Get Digits Tree header from file
 675   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 676   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 677   if (!fTreeD) {
 678     Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 679   }
 680
 681
 682   // Get Reconstruct Tree header from file
 683   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 684   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 685   if (!fTreeR) {
 686     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 687   }
 688
 689   // Set Trees branch addresses
 690   TIter next(fModules);
 691   AliModule *detector;
 692   while((detector = (AliModule*)next())) {
 693     detector->SetTreeAddress();
 694   }
 695
 696   if (fTreeK) fTreeK->GetEvent(0);
 697   fNtrack = Int_t (fParticles->GetEntries());
 698   return fNtrack;
 699 }
 700
 701 //_____________________________________________________________________________
 702 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 703 {
 704   //
 705   // Import Alice geometry from current file
 706   // Return pointer to geometry object
 707   //
 708   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 709   //
 710   // Unlink and relink nodes in detectors
 711   // This is bad and there must be a better way...
 712   //
 713
 714   TIter next(fModules);
 715   AliModule *detector;
 716   while((detector = (AliModule*)next())) {
 717     detector->SetTreeAddress();
 718     TList *dnodes=detector->Nodes();
 719     Int_t j;
 720     TNode *node, *node1;
 721     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 722       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 723       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
 724       dnodes->Remove(node);
 725       dnodes->AddAt(node1,j);
 726     }
 727   }
 728   return fGeometry;
 729 }
 730
 731 //_____________________________________________________________________________
 732 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 733                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 734                           Float_t &tof)
 735 {
 736   //
 737   // Return next track from stack of particles
 738   //
 739   TVector3 pol;
 740   fCurrent=-1;
 741   TParticle *track;
 742   for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
 743     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(i);
 744     if(!track->TestBit(Done_Bit)) {
 745       //
 746       // The track has not yet been processed
 747       fCurrent=i;
 748       ipart=track->GetPdgCode();
 749       pmom[0]=track->Px();
 750       pmom[1]=track->Py();
 751       pmom[2]=track->Pz();
 752       e     =track->Energy();
 753       vpos[0]=track->Vx();
 754       vpos[1]=track->Vy();
 755       vpos[2]=track->Vz();
 756       track->GetPolarisation(pol);
 757       polar[0]=pol.X();
 758       polar[1]=pol.Y();
 759       polar[2]=pol.Z();
 760       tof=track->T();
 761       track->SetBit(Done_Bit);
 762       break;
 763     }
 764   }
 765   mtrack=fCurrent;
 766   //
 767   // stop and start timer when we start a primary track
 768   Int_t nprimaries = fHeader.GetNprimary();
 769   if (fCurrent >= nprimaries) return;
 770   if (fCurrent < nprimaries-1) {
 771     fTimer.Stop();
 772     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(fCurrent+1);
 773     //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
 774   }
 775   fTimer.Start();
 776 }
 777
 778 //_____________________________________________________________________________
 779 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track)
 780 {
 781   //
 782   // return number of primary that has generated track
 783   //
 784   int current, parent;
 785   TParticle *part;
 786   //
 787   parent=track;
 788   while (1) {
 789     current=parent;
 790     part = (TParticle *)fParticles->UncheckedAt(current);
 791     parent=part->GetFirstMother();
 792     if(parent<0) return current;
 793   }
 794 }
 795
 796 //_____________________________________________________________________________
 797 void AliRun::Init(const char *setup)
 798 {
 799   //
 800   // Initialize the Alice setup
 801   //
 802
 803   gROOT->LoadMacro(setup);
 804   gInterpreter->ProcessLine("Config();");
 805
 806   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
 807
 808   TObject *objfirst, *objlast;
 809
 810   fNdets = fModules->GetLast()+1;
 811
 812   //
 813   //=================Create Materials, geometry, histograms, etc
 814    TIter next(fModules);
 815    AliModule *detector;
 816    while((detector = (AliModule*)next())) {
 817       detector->SetTreeAddress();
 818       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
 819
 820       // Initialise detector materials, geometry, histograms,etc
 821       detector->CreateMaterials();
 822       detector->CreateGeometry();
 823       detector->BuildGeometry();
 824       detector->Init();
 825
 826       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
 827       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
 828       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
 829       while (objfirst) {
 830         detector->Histograms()->Add(objfirst);
 831         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
 832       }
 833    }
 834    SetTransPar(); //Read the cuts for all materials
 835
 836    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
 837
 838    //Terminate building of geometry
 839    printf("%p\n",gVMC);
 840    gVMC->FinishGeometry();
 841
 842    //Initialise geometry deposition table
 843    sEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 844    sSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 845    sSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 846
 847    //Compute cross-sections
 848    gVMC->BuildPhysics();
 849
 850    //Write Geometry object to current file.
 851    fGeometry->Write();
 852
 853    fInitDone = kTRUE;
 854 }
 855
 856 //_____________________________________________________________________________
 857 void AliRun::MediaTable()
 858 {
 859   //
 860   // Built media table to get from the media number to
 861   // the detector id
 862   //
 863   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
 864   //  Int_t ibeg;
 865   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
 866   AliModule *det;
 867   //
 868   // For all detectors
 869   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
 870     // If detector is defined
 871     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
 872         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
 873         for(nz=0;nz<100;nz++) {
 874         // Find max and min material number
 875         if((idt=idtmed[nz])) {
 876           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
 877           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
 878         }
 879       }
 880       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
 881         det->LoMedium() = 0;
 882         det->HiMedium() = 0;
 883       } else {
 884         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
 885           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
 886                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
 887           return;
 888         }
 889         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
 890         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
 891           (*fImedia)[lz]=kz;
 892         }
 893       }
 894     }
 895   }
 896   //
 897   // Print summary table
 898   printf(" Traking media ranges:\n");
 899   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
 900     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
 901       ind=i*6+k;
 902       det=(AliModule*)dets[ind];
 903       if(det)
 904         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
 905                det->HiMedium());
 906       else
 907         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
 908     }
 909     printf("\n");
 910   }
 911 }
 912
 913 //____________________________________________________________________________
 914 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
 915 {
 916   //
 917   // Load the event generator
 918   //
 919   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
 920 }
 921
 922 //____________________________________________________________________________
 923 void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
 924 {
 925   //
 926   // Load the event generator
 927   //
 928   if(fGenerator)
 929     Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
 930             fGenerator->GetName(),generator->GetName());
 931   fGenerator = generator;
 932 }
 933
 934 //____________________________________________________________________________
 935 void AliRun::SetTransPar(char* filename)
 936 {
 937   //
 938   // Read filename to set the transport parameters
 939   //
 940
 941
 942   const Int_t ncuts=10;
 943   const Int_t nflags=11;
 944   const Int_t npars=ncuts+nflags;
 945   const char pars[npars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
 946                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
 947                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
 948                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
 949   char line[256];
 950   char detName[7];
 951   char* filtmp;
 952   Float_t cut[ncuts];
 953   Int_t flag[nflags];
 954   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
 955   FILE *lun;
 956   //
 957   // See whether the file is there
 958   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filename);
 959   lun=fopen(filtmp,"r");
 960   delete [] filtmp;
 961   if(!lun) {
 962     Warning("SetTransPar","File %s does not exist!\n",filename);
 963     return;
 964   }
 965   //
 966   printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 967   printf(" *%59s\n","*");
 968   printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
 969   printf(" *%59s\n","*");
 970   //
 971   while(1) {
 972     // Initialise cuts and flags
 973     for(i=0;i<ncuts;i++) cut[i]=-99;
 974     for(i=0;i<nflags;i++) flag[i]=-99;
 975     itmed=0;
 976     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
 977     // Read up to the end of line excluded
 978     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
 979     if(iret<0) {
 980       //End of file
 981       fclose(lun);
 982       printf(" *%59s\n","*");
 983       printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 984       return;
 985     }
 986     // Read the end of line
 987     fscanf(lun,"%*c");
 988     if(!iret) continue;
 989     if(line[0]=='*') continue;
 990     // Read the numbers
 991     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
 992                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
 993                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
 994                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
 995     if(!iret) continue;
 996     if(iret<0) {
 997       //reading error
 998       Warning("SetTransPar","Error reading file %s\n",filename);
 999       continue;
1000     }
1001     // Check that the module exist
1002     AliModule *mod = GetModule(detName);
1003     if(mod) {
1004       // Get the array of media numbers
1005       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
1006       // Check that the tracking medium code is valid
1007       if(0<=itmed && itmed < 100) {
1008         ktmed=idtmed[itmed];
1009         if(!ktmed) {
1010           Warning("SetTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
1011           continue;
1012         }
1013         // Set energy thresholds
1014         for(kz=0;kz<ncuts;kz++) {
1015           if(cut[kz]>=0) {
1016             printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
1017                    pars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
1018             gMC->Gstpar(ktmed,pars[kz],cut[kz]);
1019           }
1020         }
1021         // Set transport mechanisms
1022         for(kz=0;kz<nflags;kz++) {
1023           if(flag[kz]>=0) {
1024             printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
1025                    pars[ncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
1026             gMC->Gstpar(ktmed,pars[ncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1027           }
1028         }
1029       } else {
1030         Warning("SetTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
1031         continue;
1032       }
1033     } else {
1034       Warning("SetTransPar","Module %s not present\n",detName);
1035       continue;
1036     }
1037   }
1038 }
1039
1040 //_____________________________________________________________________________
1041 void AliRun::MakeTree(Option_t *option)
1042 {
1043   //
1044   //  Create the ROOT trees
1045   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1046   //
1047
1048   char hname[30];
1049   //
1050   // Analyse options
1051   char *K = strstr(option,"K");
1052   char *H = strstr(option,"H");
1053   char *E = strstr(option,"E");
1054   char *D = strstr(option,"D");
1055   char *R = strstr(option,"R");
1056   //
1057   if (K && !fTreeK) {
1058     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1059     fTreeK = new TTree(hname,"Kinematics");
1060     //  Create a branch for particles
1061     fTreeK->Branch("Particles",&fParticles,4000);
1062   }
1063   if (H && !fTreeH) {
1064     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1065     fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
1066     fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1067   }
1068   if (D && !fTreeD) {
1069     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1070     fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
1071   }
1072   if (R && !fTreeR) {
1073     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1074     fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
1075   }
1076   if (E && !fTreeE) {
1077     fTreeE = new TTree("TE","Header");
1078     //  Create a branch for Header
1079     fTreeE->Branch("Header","AliHeader",&header,4000);
1080   }
1081   //
1082   // Create a branch for hits/digits for each detector
1083   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1084   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1085   TIter next(fModules);
1086   AliModule *detector;
1087   while((detector = (AliModule*)next())) {
1088      if (H || D || R) detector->MakeBranch(option);
1089   }
1090 }
1091
1092 //_____________________________________________________________________________
1093 Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
1094 {
1095   //
1096   // PurifyKine with external parameters
1097   //
1098   fHgwmk = lastSavedTrack;
1099   fNtrack = nofTracks;
1100   PurifyKine();
1101   return fHgwmk;
1102 }
1103
1104 //_____________________________________________________________________________
1105 void AliRun::PurifyKine()
1106 {
1107   //
1108   // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
1109   // and renaming the particle id's in all the hits
1110   //
1111   TClonesArray &particles = *fParticles;
1112   int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
1113   TParticle *part, *partnew, *father;
1114   int *map = new int[particles.GetEntries()];
1115
1116   // Save in Header total number of tracks before compression
1117   fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
1118
1119   // Preset map, to be removed later
1120   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
1121     if(i<=fHgwmk) map[i]=i ; else map[i] = -99 ;}
1122   // Second pass, build map between old and new numbering
1123   for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1124     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1125     if(part->TestBit(Keep_Bit)) {
1126
1127       // This particle has to be kept
1128       map[i]=nkeep;
1129       if(i!=nkeep) {
1130
1131         // Old and new are different, have to copy
1132         partnew = (TParticle *)particles.UncheckedAt(nkeep);
1133         *partnew = *part;
1134       } else partnew = part;
1135
1136       // as the parent is always *before*, it must be already
1137       // in place. This is what we are checking anyway!
1138       if((parent=partnew->GetFirstMother())>fHgwmk) {
1139         if(map[parent]==-99) printf("map[%d] = -99!\n",parent);
1140         partnew->SetFirstMother(map[parent]);
1141       }
1142       nkeep++;
1143     }
1144   }
1145   fNtrack=nkeep;
1146
1147   // Fix daughters information
1148   for (i=0; i<fNtrack; i++) {
1149     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1150     parent = part->GetFirstMother();
1151     if(parent>=0) {
1152       father = (TParticle *)particles.UncheckedAt(parent);
1153       if(father->TestBit(Daughters_Bit)) {
1154
1155         if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
1156         if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
1157       } else {
1158         // Iitialise daughters info for first pass
1159         father->SetFirstDaughter(i);
1160         father->SetLastDaughter(i);
1161         father->SetBit(Daughters_Bit);
1162       }
1163     }
1164   }
1165
1166 #ifdef old
1167   // Now loop on all detectors and reset the hits
1168   AliHit *OneHit;
1169   TIter next(fModules);
1170   AliModule *detector;
1171   while((detector = (AliModule*)next())) {
1172     if (!detector->Hits()) continue;
1173     TClonesArray &vHits=*(detector->Hits());
1174     if(vHits.GetEntries() != detector->GetNhits())
1175       printf("vHits.GetEntries()!=detector->GetNhits(): %d != %d\n",
1176              vHits.GetEntries(),detector->GetNhits());
1177     for (i=0; i<detector->GetNhits(); i++) {
1178       OneHit = (AliHit *)vHits.UncheckedAt(i);
1179       OneHit->SetTrack(map[OneHit->GetTrack()]);
1180     }
1181   }
1182 #else
1183
1184   // Now loop on all registered hit lists
1185   TIter next(fHitLists);
1186   TCollection *hitList;
1187   while((hitList = (TCollection*)next())) {
1188     TIter nexthit(hitList);
1189     AliHit *hit;
1190     while((hit = (AliHit*)nexthit())) {
1191       hit->SetTrack(map[hit->GetTrack()]);
1192     }
1193   }
1194 #endif
1195
1196   fHgwmk=nkeep-1;
1197   particles.SetLast(fHgwmk);
1198   delete [] map;
1199 }
1200
1201 //_____________________________________________________________________________
1202 void AliRun::Reset(Int_t run, Int_t idevent)
1203 {
1204   //
1205   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1206   //
1207   char hname[30];
1208   //
1209   ResetStack();
1210   ResetHits();
1211   ResetDigits();
1212
1213   // Initialise event header
1214   fHeader.Reset(run,idevent);
1215
1216   if(fTreeK) {
1217     fTreeK->Reset();
1218     sprintf(hname,"TreeK%d",idevent);
1219     fTreeK->SetName(hname);
1220   }
1221   if(fTreeH) {
1222     fTreeH->Reset();
1223     sprintf(hname,"TreeH%d",idevent);
1224     fTreeH->SetName(hname);
1225   }
1226   if(fTreeD) {
1227     fTreeD->Reset();
1228     sprintf(hname,"TreeD%d",idevent);
1229     fTreeD->SetName(hname);
1230   }
1231   if(fTreeR) {
1232     fTreeR->Reset();
1233     sprintf(hname,"TreeR%d",idevent);
1234     fTreeR->SetName(hname);
1235   }
1236 }
1237
1238 //_____________________________________________________________________________
1239 void AliRun::ResetDigits()
1240 {
1241   //
1242   //  Reset all Detectors digits
1243   //
1244   TIter next(fModules);
1245   AliModule *detector;
1246   while((detector = (AliModule*)next())) {
1247      detector->ResetDigits();
1248   }
1249 }
1250
1251 //_____________________________________________________________________________
1252 void AliRun::ResetHits()
1253 {
1254   //
1255   //  Reset all Detectors hits
1256   //
1257   TIter next(fModules);
1258   AliModule *detector;
1259   while((detector = (AliModule*)next())) {
1260      detector->ResetHits();
1261   }
1262 }
1263
1264 //_____________________________________________________________________________
1265 void AliRun::ResetPoints()
1266 {
1267   //
1268   // Reset all Detectors points
1269   //
1270   TIter next(fModules);
1271   AliModule *detector;
1272   while((detector = (AliModule*)next())) {
1273      detector->ResetPoints();
1274   }
1275 }
1276
1277 //_____________________________________________________________________________
1278 void AliRun::Run(Int_t nevent, const char *setup)
1279 {
1280   //
1281   // Main function to be called to process a galice run
1282   // example
1283   //    Root > gAlice.Run();
1284   // a positive number of events will cause the finish routine
1285   // to be called
1286   //
1287
1288   Int_t i, todo;
1289   // check if initialisation has been done
1290   if (!fInitDone) Init(setup);
1291
1292   // Create the Root Tree with one branch per detector
1293   MakeTree("KHDER");
1294
1295   todo = TMath::Abs(nevent);
1296   for (i=0; i<todo; i++) {
1297   // Process one run (one run = one event)
1298      Reset(fRun, fEvent);
1299      gVMC->ProcessEvent();
1300      FinishEvent();
1301      fEvent++;
1302   }
1303
1304   // End of this run, close files
1305   if(nevent>0) FinishRun();
1306 }
1307
1308 //_____________________________________________________________________________
1309 void AliRun::RunLego(const char *setup,Int_t ntheta,Float_t themin,
1310                      Float_t themax,Int_t nphi,Float_t phimin,Float_t phimax,
1311                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax)
1312 {
1313   //
1314   // Generates lego plots of:
1315   //    - radiation length map phi vs theta
1316   //    - radiation length map phi vs eta
1317   //    - interaction length map
1318   //    - g/cm2 length map
1319   //
1320   //  ntheta    bins in theta, eta
1321   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1322   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1323   //  nphi      bins in phi
1324   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1325   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1326   //  rmin      minimum radius
1327   //  rmax      maximum radius
1328   //
1329   //
1330   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1331   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1332   //
1333   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1334   //Begin_Html
1335   /*
1336     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1337   */
1338   //End_Html
1339   //Begin_Html
1340   /*
1341     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1342   */
1343   //End_Html
1344   //Begin_Html
1345   /*
1346     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1347   */
1348   //End_Html
1349   //
1350
1351   // check if initialisation has been done
1352   if (!fInitDone) Init(setup);
1353
1354   //Create Lego object
1355   fLego = new AliLego("lego",ntheta,themin,themax,nphi,phimin,phimax,rmin,rmax,zmax);
1356
1357   //Run Lego Object
1358   fLego->Run();
1359
1360   // Create only the Root event Tree
1361   MakeTree("E");
1362
1363   // End of this run, close files
1364   FinishRun();
1365 }
1366
1367 //_____________________________________________________________________________
1368 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1369 {
1370   //
1371   // Set current track number
1372   //
1373   fCurrent = track;
1374 }
1375
1376 //_____________________________________________________________________________
1377 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1378                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1379                       const char *mecha, Int_t &ntr, Float_t weight)
1380 {
1381   //
1382   // Load a track on the stack
1383   //
1384   // done     0 if the track has to be transported
1385   //          1 if not
1386   // parent   identifier of the parent track. -1 for a primary
1387   // pdg    particle code
1388   // pmom     momentum GeV/c
1389   // vpos     position
1390   // polar    polarisation
1391   // tof      time of flight in seconds
1392   // mecha    production mechanism
1393   // ntr      on output the number of the track stored
1394   //
1395   TClonesArray &particles = *fParticles;
1396   TParticle *particle;
1397   Float_t mass;
1398   const Int_t firstdaughter=-1;
1399   const Int_t lastdaughter=-1;
1400   const Int_t KS=0;
1401   //  const Float_t tlife=0;
1402
1403   //
1404   // Here we get the static mass
1405   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1406   // if the calculated mass is required
1407   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1408   // used in the MC is not the same of the PDG database
1409   //
1410   mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1411   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1412                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1413
1414   //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f KS %d m %s\n",
1415   //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],KS,mecha);
1416
1417   particle=new(particles[fNtrack]) TParticle(pdg,KS,parent,-1,firstdaughter,
1418                                              lastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
1419                                              e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
1420   //                                         polar[0],polar[1],polar[2],tof,
1421   //                                         mecha,weight);
1422   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
1423   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetWeight(weight);
1424   if(!done) particle->SetBit(Done_Bit);
1425
1426   if(parent>=0) {
1427     particle=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(parent);
1428     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
1429     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
1430   } else {
1431     //
1432     // This is a primary track. Set high water mark for this event
1433     fHgwmk=fNtrack;
1434     //
1435     // Set also number if primary tracks
1436     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
1437     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
1438   }
1439   ntr = fNtrack++;
1440 }
1441
1442 //_____________________________________________________________________________
1443 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
1444 {
1445   //
1446   // flags a track to be kept
1447   //
1448   TClonesArray &particles = *fParticles;
1449   ((TParticle*)particles[track])->SetBit(Keep_Bit);
1450 }
1451
1452 //_____________________________________________________________________________
1453 void AliRun::StepManager(Int_t id) const
1454 {
1455   //
1456   // Called at every step during transport
1457   //
1458
1459   //
1460   // --- If lego option, do it and leave
1461   if (fLego)
1462     fLego->StepManager();
1463   else {
1464     Int_t copy;
1465     //Update energy deposition tables
1466     sEventEnergy[gMC->CurrentVolID(copy)]+=gMC->Edep();
1467
1468     //Call the appropriate stepping routine;
1469     AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
1470     if(det) det->StepManager();
1471   }
1472 }
1473
1474 //_____________________________________________________________________________
1475 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
1476 {
1477   //
1478   // Stream an object of class AliRun.
1479   //
1480   if (R__b.IsReading()) {
1481     Version_t R__v = R__b.ReadVersion(); if (R__v) { }
1482     TNamed::Streamer(R__b);
1483     if (!gAlice) gAlice = this;
1484     gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
1485     fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
1486     if (fTreeE) fTreeE->SetBranchAddress("Header", &header);
1487     else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
1488     R__b >> fNtrack;
1489     R__b >> fHgwmk;
1490     R__b >> fDebug;
1491     fHeader.Streamer(R__b);
1492     R__b >> fModules;
1493     R__b >> fParticles;
1494     R__b >> fField;
1495     //    R__b >> fVMC;
1496     R__b >> fNdets;
1497     R__b >> fTrRmax;
1498     R__b >> fTrZmax;
1499     R__b >> fGenerator;
1500     if(R__v>1) {
1501       R__b >> fPDGDB;        //Particle factory object!
1502       fTreeE->GetEntry(0);
1503     } else {
1504       fHeader.SetEvent(0);
1505       fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
1506     }
1507   } else {
1508     R__b.WriteVersion(AliRun::IsA());
1509     TNamed::Streamer(R__b);
1510     R__b << fNtrack;
1511     R__b << fHgwmk;
1512     R__b << fDebug;
1513     fHeader.Streamer(R__b);
1514     R__b << fModules;
1515     R__b << fParticles;
1516     R__b << fField;
1517     //    R__b << fVMC;
1518     R__b << fNdets;
1519     R__b << fTrRmax;
1520     R__b << fTrZmax;
1521     R__b << fGenerator;
1522     R__b << fPDGDB;        //Particle factory object!
1523   }
1524 }