STEER/AliRun.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.28  2000/04/05 06:51:06  fca
  19 Workaround for an HP compiler problem
  20
  21 Revision 1.27  2000/03/22 18:08:07  fca
  22 Rationalisation of the virtual MC interfaces
  23
  24 Revision 1.26  2000/03/22 13:42:26  fca
  25 SetGenerator does not replace an existing generator, ResetGenerator does
  26
  27 Revision 1.25  2000/02/23 16:25:22  fca
  28 AliVMC and AliGeant3 classes introduced
  29 ReadEuclid moved from AliRun to AliModule
  30
  31 Revision 1.24  2000/01/19 17:17:20  fca
  32 Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
  33
  34 Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
  35 Fixing previous wrong checking
  36
  37 Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
  38 Fixing daughters information also in primary tracks
  39
  40 Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
  41 Adding protection against inconsistent Euclid files
  42
  43 Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
  44 Introduction of the Copyright and cvs Log
  45
  46 */
  47
  48 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  49 //                                                                           //
  50 //  Control class for Alice C++                                              //
  51 //  Only one single instance of this class exists.                           //
  52 //  The object is created in main program aliroot                            //
  53 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
  54 //                                                                           //
  55 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
  56 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
  57 //   -Supports the Trees.                                                    //
  58 //   -Supports the geometry.                                                 //
  59 //   -Supports the event display.                                            //
  60 //Begin_Html
  61 /*
  62 <img src="picts/AliRunClass.gif">
  63 */
  64 //End_Html
  65 //Begin_Html
  66 /*
  67 <img src="picts/alirun.gif">
  68 */
  69 //End_Html
  70 //                                                                           //
  71 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  72
  73 #include <TFile.h>
  74 #include <TRandom.h>
  75 #include <TBRIK.h>
  76 #include <TNode.h>
  77 #include <TCint.h>
  78 #include <TSystem.h>
  79 #include <TObjectTable.h>
  80
  81 #include "TParticle.h"
  82 #include "AliRun.h"
  83 #include "AliDisplay.h"
  84 #include "AliMC.h"
  85
  86 #include <stdlib.h>
  87 #include <stdio.h>
  88 #include <string.h>
  89
  90 AliRun *gAlice;
  91
  92 static AliHeader *header;
  93
  94 ClassImp(AliRun)
  95
  96 //_____________________________________________________________________________
  97 AliRun::AliRun()
  98 {
  99   //
 100   // Default constructor for AliRun
 101   //
 102   header=&fHeader;
 103   fRun       = 0;
 104   fEvent     = 0;
 105   fCurrent   = -1;
 106   fModules = 0;
 107   fGenerator = 0;
 108   fTreeD     = 0;
 109   fTreeK     = 0;
 110   fTreeH     = 0;
 111   fTreeE     = 0;
 112   fTreeR     = 0;
 113   fParticles = 0;
 114   fGeometry  = 0;
 115   fDisplay   = 0;
 116   fField     = 0;
 117   fMC       = 0;
 118   fNdets     = 0;
 119   fImedia    = 0;
 120   fTrRmax    = 1.e10;
 121   fTrZmax    = 1.e10;
 122   fInitDone  = kFALSE;
 123   fLego      = 0;
 124   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
 125   fHitLists  = 0;
 126 }
 127
 128 //_____________________________________________________________________________
 129 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 130   : TNamed(name,title)
 131 {
 132   //
 133   //  Constructor for the main processor.
 134   //  Creates the geometry
 135   //  Creates the list of Detectors.
 136   //  Creates the list of particles.
 137   //
 138   Int_t i;
 139
 140   gAlice     = this;
 141   fTreeD     = 0;
 142   fTreeK     = 0;
 143   fTreeH     = 0;
 144   fTreeE     = 0;
 145   fTreeR     = 0;
 146   fTrRmax    = 1.e10;
 147   fTrZmax    = 1.e10;
 148   fGenerator = 0;
 149   fInitDone  = kFALSE;
 150   fLego      = 0;
 151   fField     = 0;
 152
 153   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 154   //
 155   // create the support list for the various Detectors
 156   fModules = new TObjArray(77);
 157   //
 158   // Create the TNode geometry for the event display
 159
 160   BuildSimpleGeometry();
 161
 162
 163   fNtrack=0;
 164   fHgwmk=0;
 165   fCurrent=-1;
 166   header=&fHeader;
 167   fRun       = 0;
 168   fEvent     = 0;
 169   //
 170   // Create the particle stack
 171   fParticles = new TClonesArray("TParticle",100);
 172
 173   fDisplay = 0;
 174   //
 175   // Create default mag field
 176   SetField();
 177   //
 178   fMC      = gMC;
 179   //
 180   // Prepare the tracking medium lists
 181   fImedia = new TArrayI(1000);
 182   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 183   //
 184   // Make particles
 185   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 186   //
 187   // Create HitLists list
 188   fHitLists  = new TList();
 189 }
 190
 191 //_____________________________________________________________________________
 192 AliRun::~AliRun()
 193 {
 194   //
 195   // Defaullt AliRun destructor
 196   //
 197   delete fImedia;
 198   delete fField;
 199   delete fMC;
 200   delete fGeometry;
 201   delete fDisplay;
 202   delete fGenerator;
 203   delete fLego;
 204   delete fTreeD;
 205   delete fTreeK;
 206   delete fTreeH;
 207   delete fTreeE;
 208   delete fTreeR;
 209   if (fModules) {
 210     fModules->Delete();
 211     delete fModules;
 212   }
 213   if (fParticles) {
 214     fParticles->Delete();
 215     delete fParticles;
 216   }
 217   delete fHitLists;
 218 }
 219
 220 //_____________________________________________________________________________
 221 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 222 {
 223   //
 224   //  Add a hit to detector id
 225   //
 226   TObjArray &dets = *fModules;
 227   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 228 }
 229
 230 //_____________________________________________________________________________
 231 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 232 {
 233   //
 234   // Add digit to detector id
 235   //
 236   TObjArray &dets = *fModules;
 237   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 238 }
 239
 240 //_____________________________________________________________________________
 241 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 242 {
 243   //
 244   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 245   // of the Root browser.
 246   // It displays the Root Trees and all detectors.
 247   //
 248   if (fTreeK) b->Add(fTreeK,fTreeK->GetName());
 249   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 250   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 251   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 252   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 253
 254   TIter next(fModules);
 255   AliModule *detector;
 256   while((detector = (AliModule*)next())) {
 257     b->Add(detector,detector->GetName());
 258   }
 259 }
 260
 261 //_____________________________________________________________________________
 262 void AliRun::Build()
 263 {
 264   //
 265   // Initialize Alice geometry
 266   // Dummy routine
 267   //
 268 }
 269
 270 //_____________________________________________________________________________
 271 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 272 {
 273   //
 274   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 275   //
 276   // Initialise geometry
 277   //
 278   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 279   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 280   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 281   brik->SetVisibility(0);
 282   new TNode("alice","alice","S_alice");
 283 }
 284
 285 //_____________________________________________________________________________
 286 void AliRun::CleanDetectors()
 287 {
 288   //
 289   // Clean Detectors at the end of event
 290   //
 291   TIter next(fModules);
 292   AliModule *detector;
 293   while((detector = (AliModule*)next())) {
 294     detector->FinishEvent();
 295   }
 296 }
 297
 298 //_____________________________________________________________________________
 299 void AliRun::CleanParents()
 300 {
 301   //
 302   // Clean Particles stack.
 303   // Set parent/daughter relations
 304   //
 305   TClonesArray &particles = *(gAlice->Particles());
 306   TParticle *part;
 307   int i;
 308   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
 309     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
 310     if(!part->TestBit(Daughters_Bit)) {
 311       part->SetFirstDaughter(-1);
 312       part->SetLastDaughter(-1);
 313     }
 314   }
 315 }
 316
 317 //_____________________________________________________________________________
 318 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 319 {
 320   //
 321   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 322   // Dummy routine
 323   //
 324   return 9999;
 325 }
 326
 327 //_____________________________________________________________________________
 328 void AliRun::DumpPart (Int_t i)
 329 {
 330   //
 331   // Dumps particle i in the stack
 332   //
 333   TClonesArray &particles = *fParticles;
 334   ((TParticle*) particles[i])->Print();
 335 }
 336
 337 //_____________________________________________________________________________
 338 void AliRun::DumpPStack ()
 339 {
 340   //
 341   // Dumps the particle stack
 342   //
 343   TClonesArray &particles = *fParticles;
 344   printf(
 345          "\n\n=======================================================================\n");
 346   for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++)
 347     {
 348       printf("-> %d ",i); ((TParticle*) particles[i])->Print();
 349       printf("--------------------------------------------------------------\n");
 350     }
 351   printf(
 352          "\n=======================================================================\n\n");
 353 }
 354
 355 //_____________________________________________________________________________
 356 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 357                       Float_t maxField, char* filename)
 358 {
 359   //
 360   //  Set magnetic field parameters
 361   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 362   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 363   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 364   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 365
 366   //
 367   // --- Sanity check on mag field flags
 368   if(type<0 || type > 2) {
 369     Warning("SetField",
 370             "Invalid magnetic field flag: %5d; Helix tracking chosen instead\n"
 371            ,type);
 372     type=2;
 373   }
 374   if(fField) delete fField;
 375   if(version==1) {
 376     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,version,scale,maxField);
 377   } else if(version<=3) {
 378     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,version,scale,maxField);
 379     fField->ReadField();
 380   } else {
 381     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
 382   }
 383 }
 384
 385 //_____________________________________________________________________________
 386 void AliRun::FillTree()
 387 {
 388   //
 389   // Fills all AliRun TTrees
 390   //
 391   if (fTreeK) fTreeK->Fill();
 392   if (fTreeH) fTreeH->Fill();
 393   if (fTreeD) fTreeD->Fill();
 394   if (fTreeR) fTreeR->Fill();
 395 }
 396
 397 //_____________________________________________________________________________
 398 void AliRun::FinishPrimary()
 399 {
 400   //
 401   // Called  at the end of each primary track
 402   //
 403
 404   //  static Int_t count=0;
 405   //  const Int_t times=10;
 406   // This primary is finished, purify stack
 407   PurifyKine();
 408
 409   // Write out hits if any
 410   if (gAlice->TreeH()) {
 411     gAlice->TreeH()->Fill();
 412   }
 413
 414   // Reset Hits info
 415   gAlice->ResetHits();
 416
 417   //
 418   //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
 419 }
 420
 421 //_____________________________________________________________________________
 422 void AliRun::FinishEvent()
 423 {
 424   //
 425   // Called at the end of the event.
 426   //
 427
 428   //Update the energy deposit tables
 429   Int_t i;
 430   for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) {
 431     fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
 432     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
 433   }
 434   fEventEnergy.Reset();
 435
 436   // Clean detector information
 437   CleanDetectors();
 438
 439   // Write out the kinematics
 440   if (fTreeK) {
 441     CleanParents();
 442     fTreeK->Fill();
 443   }
 444
 445   // Write out the digits
 446   if (fTreeD) {
 447     fTreeD->Fill();
 448     ResetDigits();
 449   }
 450
 451   // Write out reconstructed clusters
 452   if (fTreeR) {
 453     fTreeR->Fill();
 454   }
 455
 456   // Write out the event Header information
 457   if (fTreeE) fTreeE->Fill();
 458
 459   // Reset stack info
 460   ResetStack();
 461
 462   // Write Tree headers
 463   //  Int_t ievent = fHeader.GetEvent();
 464   //  char hname[30];
 465   //  sprintf(hname,"TreeK%d",ievent);
 466   if (fTreeK) fTreeK->Write();
 467   //  sprintf(hname,"TreeH%d",ievent);
 468   if (fTreeH) fTreeH->Write();
 469   //  sprintf(hname,"TreeD%d",ievent);
 470   if (fTreeD) fTreeD->Write();
 471   //  sprintf(hname,"TreeR%d",ievent);
 472   if (fTreeR) fTreeR->Write();
 473
 474   ++fEvent;
 475 }
 476
 477 //_____________________________________________________________________________
 478 void AliRun::FinishRun()
 479 {
 480   //
 481   // Called at the end of the run.
 482   //
 483
 484   // Clean detector information
 485   TIter next(fModules);
 486   AliModule *detector;
 487   while((detector = (AliModule*)next())) {
 488     detector->FinishRun();
 489   }
 490
 491   //Output energy summary tables
 492   EnergySummary();
 493
 494   // file is retrieved from whatever tree
 495   TFile *File = 0;
 496   if (fTreeK) File = fTreeK->GetCurrentFile();
 497   if ((!File) && (fTreeH)) File = fTreeH->GetCurrentFile();
 498   if ((!File) && (fTreeD)) File = fTreeD->GetCurrentFile();
 499   if ((!File) && (fTreeE)) File = fTreeE->GetCurrentFile();
 500   if( NULL==File ) {
 501     Error("FinishRun","There isn't root file!");
 502     exit(1);
 503   }
 504   File->cd();
 505   fTreeE->Write();
 506
 507   // Clean tree information
 508   delete fTreeK; fTreeK = 0;
 509   delete fTreeH; fTreeH = 0;
 510   delete fTreeD; fTreeD = 0;
 511   delete fTreeR; fTreeR = 0;
 512   delete fTreeE; fTreeE = 0;
 513
 514   // Write AliRun info and all detectors parameters
 515   Write();
 516
 517   // Close output file
 518   File->Write();
 519 }
 520
 521 //_____________________________________________________________________________
 522 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 523 {
 524   //
 525   // Flags a track and all its family tree to be kept
 526   //
 527   int curr;
 528   TParticle *particle;
 529
 530   curr=track;
 531   while(1) {
 532     particle=(TParticle*)fParticles->UncheckedAt(curr);
 533
 534     // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
 535     if(particle->TestBit(Keep_Bit)) return;
 536
 537     // Save this particle
 538     particle->SetBit(Keep_Bit);
 539
 540     // Move to father if any
 541     if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
 542   }
 543 }
 544
 545 //_____________________________________________________________________________
 546 void AliRun::EnergySummary()
 547 {
 548   //
 549   // Print summary of deposited energy
 550   //
 551
 552   Int_t ndep=0;
 553   Float_t edtot=0;
 554   Float_t ed, ed2;
 555   Int_t kn, i, left, j, id;
 556   const Float_t zero=0;
 557   Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
 558   //
 559   // Energy loss information
 560   if(ievent) {
 561     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 562     for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
 563       ed=fSummEnergy[kn];
 564       if(ed>0) {
 565         fEventEnergy[ndep]=kn;
 566         if(ievent>1) {
 567           ed=ed/ievent;
 568           ed2=fSum2Energy[kn];
 569           ed2=ed2/ievent;
 570           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,zero))/ed;
 571         } else
 572           ed2=99;
 573         fSummEnergy[ndep]=ed;
 574         fSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,zero));
 575         edtot+=ed;
 576         ndep++;
 577       }
 578     }
 579     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 580       left=ndep-kn*3;
 581       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 582         j=kn*3+i;
 583         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 584         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
 585       }
 586       printf("\n");
 587     }
 588     //
 589     // Relative energy loss in different detectors
 590     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 591     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 592     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 593       left=ndep-kn*5;
 594       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 595         j=kn*5+i;
 596         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 597         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
 598       }
 599       printf("\n");
 600     }
 601     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 602     printf("\n");
 603   }
 604   //
 605   // Reset the TArray's
 606   //  fEventEnergy.Set(0);
 607   //  fSummEnergy.Set(0);
 608   //  fSum2Energy.Set(0);
 609 }
 610
 611 //_____________________________________________________________________________
 612 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name)
 613 {
 614   //
 615   // Return pointer to detector from name
 616   //
 617   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 618 }
 619
 620 //_____________________________________________________________________________
 621 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name)
 622 {
 623   //
 624   // Return pointer to detector from name
 625   //
 626   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 627 }
 628
 629 //_____________________________________________________________________________
 630 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name)
 631 {
 632   //
 633   // Return galice internal detector identifier from name
 634   //
 635   Int_t i=-1;
 636   TObject *mod=fModules->FindObject(name);
 637   if(mod) i=fModules->IndexOf(mod);
 638   return i;
 639 }
 640
 641 //_____________________________________________________________________________
 642 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 643 {
 644   //
 645   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 646   // Set branch addresses
 647   //
 648
 649   // Reset existing structures
 650   ResetStack();
 651   ResetHits();
 652   ResetDigits();
 653
 654   // Delete Trees already connected
 655   if (fTreeK) delete fTreeK;
 656   if (fTreeH) delete fTreeH;
 657   if (fTreeD) delete fTreeD;
 658   if (fTreeR) delete fTreeR;
 659
 660   // Get header from file
 661   if(fTreeE) fTreeE->GetEntry(event);
 662   else Error("GetEvent","Cannot file Header Tree\n");
 663
 664   // Get Kine Tree from file
 665   char treeName[20];
 666   sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
 667   fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 668   if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticles);
 669   else    Error("GetEvent","cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
 670
 671   // Get Hits Tree header from file
 672   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 673   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 674   if (!fTreeH) {
 675     Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 676   }
 677
 678   // Get Digits Tree header from file
 679   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 680   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 681   if (!fTreeD) {
 682     Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 683   }
 684
 685
 686   // Get Reconstruct Tree header from file
 687   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 688   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 689   if (!fTreeR) {
 690     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 691   }
 692
 693   // Set Trees branch addresses
 694   TIter next(fModules);
 695   AliModule *detector;
 696   while((detector = (AliModule*)next())) {
 697     detector->SetTreeAddress();
 698   }
 699
 700   if (fTreeK) fTreeK->GetEvent(0);
 701   fNtrack = Int_t (fParticles->GetEntries());
 702   return fNtrack;
 703 }
 704
 705 //_____________________________________________________________________________
 706 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 707 {
 708   //
 709   // Import Alice geometry from current file
 710   // Return pointer to geometry object
 711   //
 712   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 713   //
 714   // Unlink and relink nodes in detectors
 715   // This is bad and there must be a better way...
 716   //
 717
 718   TIter next(fModules);
 719   AliModule *detector;
 720   while((detector = (AliModule*)next())) {
 721     detector->SetTreeAddress();
 722     TList *dnodes=detector->Nodes();
 723     Int_t j;
 724     TNode *node, *node1;
 725     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 726       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 727       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
 728       dnodes->Remove(node);
 729       dnodes->AddAt(node1,j);
 730     }
 731   }
 732   return fGeometry;
 733 }
 734
 735 //_____________________________________________________________________________
 736 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 737                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 738                           Float_t &tof)
 739 {
 740   //
 741   // Return next track from stack of particles
 742   //
 743   TVector3 pol;
 744   fCurrent=-1;
 745   TParticle *track;
 746   for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
 747     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(i);
 748     if(!track->TestBit(Done_Bit)) {
 749       //
 750       // The track has not yet been processed
 751       fCurrent=i;
 752       ipart=track->GetPdgCode();
 753       pmom[0]=track->Px();
 754       pmom[1]=track->Py();
 755       pmom[2]=track->Pz();
 756       e     =track->Energy();
 757       vpos[0]=track->Vx();
 758       vpos[1]=track->Vy();
 759       vpos[2]=track->Vz();
 760       track->GetPolarisation(pol);
 761       polar[0]=pol.X();
 762       polar[1]=pol.Y();
 763       polar[2]=pol.Z();
 764       tof=track->T();
 765       track->SetBit(Done_Bit);
 766       break;
 767     }
 768   }
 769   mtrack=fCurrent;
 770   //
 771   // stop and start timer when we start a primary track
 772   Int_t nprimaries = fHeader.GetNprimary();
 773   if (fCurrent >= nprimaries) return;
 774   if (fCurrent < nprimaries-1) {
 775     fTimer.Stop();
 776     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(fCurrent+1);
 777     //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
 778   }
 779   fTimer.Start();
 780 }
 781
 782 //_____________________________________________________________________________
 783 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track)
 784 {
 785   //
 786   // return number of primary that has generated track
 787   //
 788   int current, parent;
 789   TParticle *part;
 790   //
 791   parent=track;
 792   while (1) {
 793     current=parent;
 794     part = (TParticle *)fParticles->UncheckedAt(current);
 795     parent=part->GetFirstMother();
 796     if(parent<0) return current;
 797   }
 798 }
 799
 800 //_____________________________________________________________________________
 801 void AliRun::InitMC(const char *setup)
 802 {
 803   //
 804   // Initialize the Alice setup
 805   //
 806
 807   gROOT->LoadMacro(setup);
 808   gInterpreter->ProcessLine("Config();");
 809
 810   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
 811
 812   TObject *objfirst, *objlast;
 813
 814   fNdets = fModules->GetLast()+1;
 815
 816   //
 817   //=================Create Materials and geometry
 818   gMC->Init();
 819
 820    TIter next(fModules);
 821    AliModule *detector;
 822    while((detector = (AliModule*)next())) {
 823       detector->SetTreeAddress();
 824       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
 825
 826       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
 827       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
 828       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
 829       while (objfirst) {
 830         detector->Histograms()->Add(objfirst);
 831         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
 832       }
 833    }
 834    SetTransPar(); //Read the cuts for all materials
 835
 836    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
 837
 838    //Initialise geometry deposition table
 839    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 840    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 841    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 842
 843    //Compute cross-sections
 844    gMC->BuildPhysics();
 845
 846    //Write Geometry object to current file.
 847    fGeometry->Write();
 848
 849    fInitDone = kTRUE;
 850 }
 851
 852 //_____________________________________________________________________________
 853 void AliRun::MediaTable()
 854 {
 855   //
 856   // Built media table to get from the media number to
 857   // the detector id
 858   //
 859   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
 860   //  Int_t ibeg;
 861   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
 862   AliModule *det;
 863   //
 864   // For all detectors
 865   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
 866     // If detector is defined
 867     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
 868         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
 869         for(nz=0;nz<100;nz++) {
 870         // Find max and min material number
 871         if((idt=idtmed[nz])) {
 872           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
 873           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
 874         }
 875       }
 876       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
 877         det->LoMedium() = 0;
 878         det->HiMedium() = 0;
 879       } else {
 880         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
 881           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
 882                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
 883           return;
 884         }
 885         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
 886         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
 887           (*fImedia)[lz]=kz;
 888         }
 889       }
 890     }
 891   }
 892   //
 893   // Print summary table
 894   printf(" Traking media ranges:\n");
 895   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
 896     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
 897       ind=i*6+k;
 898       det=(AliModule*)dets[ind];
 899       if(det)
 900         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
 901                det->HiMedium());
 902       else
 903         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
 904     }
 905     printf("\n");
 906   }
 907 }
 908
 909 //____________________________________________________________________________
 910 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
 911 {
 912   //
 913   // Load the event generator
 914   //
 915   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
 916 }
 917
 918 //____________________________________________________________________________
 919 void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
 920 {
 921   //
 922   // Load the event generator
 923   //
 924   if(fGenerator)
 925     Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
 926             fGenerator->GetName(),generator->GetName());
 927   fGenerator = generator;
 928 }
 929
 930 //____________________________________________________________________________
 931 void AliRun::SetTransPar(char* filename)
 932 {
 933   //
 934   // Read filename to set the transport parameters
 935   //
 936
 937
 938   const Int_t ncuts=10;
 939   const Int_t nflags=11;
 940   const Int_t npars=ncuts+nflags;
 941   const char pars[npars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
 942                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
 943                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
 944                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
 945   char line[256];
 946   char detName[7];
 947   char* filtmp;
 948   Float_t cut[ncuts];
 949   Int_t flag[nflags];
 950   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
 951   FILE *lun;
 952   //
 953   // See whether the file is there
 954   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filename);
 955   lun=fopen(filtmp,"r");
 956   delete [] filtmp;
 957   if(!lun) {
 958     Warning("SetTransPar","File %s does not exist!\n",filename);
 959     return;
 960   }
 961   //
 962   printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 963   printf(" *%59s\n","*");
 964   printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
 965   printf(" *%59s\n","*");
 966   //
 967   while(1) {
 968     // Initialise cuts and flags
 969     for(i=0;i<ncuts;i++) cut[i]=-99;
 970     for(i=0;i<nflags;i++) flag[i]=-99;
 971     itmed=0;
 972     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
 973     // Read up to the end of line excluded
 974     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
 975     if(iret<0) {
 976       //End of file
 977       fclose(lun);
 978       printf(" *%59s\n","*");
 979       printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 980       return;
 981     }
 982     // Read the end of line
 983     fscanf(lun,"%*c");
 984     if(!iret) continue;
 985     if(line[0]=='*') continue;
 986     // Read the numbers
 987     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
 988                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
 989                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
 990                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
 991     if(!iret) continue;
 992     if(iret<0) {
 993       //reading error
 994       Warning("SetTransPar","Error reading file %s\n",filename);
 995       continue;
 996     }
 997     // Check that the module exist
 998     AliModule *mod = GetModule(detName);
 999     if(mod) {
1000       // Get the array of media numbers
1001       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
1002       // Check that the tracking medium code is valid
1003       if(0<=itmed && itmed < 100) {
1004         ktmed=idtmed[itmed];
1005         if(!ktmed) {
1006           Warning("SetTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
1007           continue;
1008         }
1009         // Set energy thresholds
1010         for(kz=0;kz<ncuts;kz++) {
1011           if(cut[kz]>=0) {
1012             printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
1013                    pars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
1014             gMC->Gstpar(ktmed,pars[kz],cut[kz]);
1015           }
1016         }
1017         // Set transport mechanisms
1018         for(kz=0;kz<nflags;kz++) {
1019           if(flag[kz]>=0) {
1020             printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
1021                    pars[ncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
1022             gMC->Gstpar(ktmed,pars[ncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1023           }
1024         }
1025       } else {
1026         Warning("SetTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
1027         continue;
1028       }
1029     } else {
1030       Warning("SetTransPar","Module %s not present\n",detName);
1031       continue;
1032     }
1033   }
1034 }
1035
1036 //_____________________________________________________________________________
1037 void AliRun::MakeTree(Option_t *option)
1038 {
1039   //
1040   //  Create the ROOT trees
1041   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1042   //
1043
1044   char hname[30];
1045   //
1046   // Analyse options
1047   char *K = strstr(option,"K");
1048   char *H = strstr(option,"H");
1049   char *E = strstr(option,"E");
1050   char *D = strstr(option,"D");
1051   char *R = strstr(option,"R");
1052   //
1053   if (K && !fTreeK) {
1054     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1055     fTreeK = new TTree(hname,"Kinematics");
1056     //  Create a branch for particles
1057     fTreeK->Branch("Particles",&fParticles,4000);
1058   }
1059   if (H && !fTreeH) {
1060     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1061     fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
1062     fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1063   }
1064   if (D && !fTreeD) {
1065     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1066     fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
1067   }
1068   if (R && !fTreeR) {
1069     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1070     fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
1071   }
1072   if (E && !fTreeE) {
1073     fTreeE = new TTree("TE","Header");
1074     //  Create a branch for Header
1075     fTreeE->Branch("Header","AliHeader",&header,4000);
1076   }
1077   //
1078   // Create a branch for hits/digits for each detector
1079   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1080   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1081   TIter next(fModules);
1082   AliModule *detector;
1083   while((detector = (AliModule*)next())) {
1084      if (H || D || R) detector->MakeBranch(option);
1085   }
1086 }
1087
1088 //_____________________________________________________________________________
1089 Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
1090 {
1091   //
1092   // PurifyKine with external parameters
1093   //
1094   fHgwmk = lastSavedTrack;
1095   fNtrack = nofTracks;
1096   PurifyKine();
1097   return fHgwmk;
1098 }
1099
1100 //_____________________________________________________________________________
1101 void AliRun::PurifyKine()
1102 {
1103   //
1104   // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
1105   // and renaming the particle id's in all the hits
1106   //
1107   TClonesArray &particles = *fParticles;
1108   int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
1109   TParticle *part, *partnew, *father;
1110   int *map = new int[particles.GetEntries()];
1111
1112   // Save in Header total number of tracks before compression
1113   fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
1114
1115   // Preset map, to be removed later
1116   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
1117     if(i<=fHgwmk) map[i]=i ; else map[i] = -99 ;}
1118   // Second pass, build map between old and new numbering
1119   for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1120     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1121     if(part->TestBit(Keep_Bit)) {
1122
1123       // This particle has to be kept
1124       map[i]=nkeep;
1125       if(i!=nkeep) {
1126
1127         // Old and new are different, have to copy
1128         partnew = (TParticle *)particles.UncheckedAt(nkeep);
1129         // Change due to a bug in the HP compiler
1130         //      *partnew = *part;
1131         memcpy(partnew,part,sizeof(TParticle));
1132       } else partnew = part;
1133
1134       // as the parent is always *before*, it must be already
1135       // in place. This is what we are checking anyway!
1136       if((parent=partnew->GetFirstMother())>fHgwmk) {
1137         if(map[parent]==-99) printf("map[%d] = -99!\n",parent);
1138         partnew->SetFirstMother(map[parent]);
1139       }
1140       nkeep++;
1141     }
1142   }
1143   fNtrack=nkeep;
1144
1145   // Fix daughters information
1146   for (i=0; i<fNtrack; i++) {
1147     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1148     parent = part->GetFirstMother();
1149     if(parent>=0) {
1150       father = (TParticle *)particles.UncheckedAt(parent);
1151       if(father->TestBit(Daughters_Bit)) {
1152
1153         if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
1154         if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
1155       } else {
1156         // Iitialise daughters info for first pass
1157         father->SetFirstDaughter(i);
1158         father->SetLastDaughter(i);
1159         father->SetBit(Daughters_Bit);
1160       }
1161     }
1162   }
1163
1164 #ifdef old
1165   // Now loop on all detectors and reset the hits
1166   AliHit *OneHit;
1167   TIter next(fModules);
1168   AliModule *detector;
1169   while((detector = (AliModule*)next())) {
1170     if (!detector->Hits()) continue;
1171     TClonesArray &vHits=*(detector->Hits());
1172     if(vHits.GetEntries() != detector->GetNhits())
1173       printf("vHits.GetEntries()!=detector->GetNhits(): %d != %d\n",
1174              vHits.GetEntries(),detector->GetNhits());
1175     for (i=0; i<detector->GetNhits(); i++) {
1176       OneHit = (AliHit *)vHits.UncheckedAt(i);
1177       OneHit->SetTrack(map[OneHit->GetTrack()]);
1178     }
1179   }
1180 #else
1181
1182   // Now loop on all registered hit lists
1183   TIter next(fHitLists);
1184   TCollection *hitList;
1185   while((hitList = (TCollection*)next())) {
1186     TIter nexthit(hitList);
1187     AliHit *hit;
1188     while((hit = (AliHit*)nexthit())) {
1189       hit->SetTrack(map[hit->GetTrack()]);
1190     }
1191   }
1192 #endif
1193
1194   fHgwmk=nkeep-1;
1195   particles.SetLast(fHgwmk);
1196   delete [] map;
1197 }
1198
1199 //_____________________________________________________________________________
1200 void AliRun::Reset()
1201 {
1202   //
1203   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1204   //
1205   char hname[30];
1206   //
1207   ResetStack();
1208   ResetHits();
1209   ResetDigits();
1210
1211   // Initialise event header
1212   fHeader.Reset(fRun,fEvent);
1213
1214   if(fTreeK) {
1215     fTreeK->Reset();
1216     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1217     fTreeK->SetName(hname);
1218   }
1219   if(fTreeH) {
1220     fTreeH->Reset();
1221     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1222     fTreeH->SetName(hname);
1223   }
1224   if(fTreeD) {
1225     fTreeD->Reset();
1226     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1227     fTreeD->SetName(hname);
1228   }
1229   if(fTreeR) {
1230     fTreeR->Reset();
1231     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1232     fTreeR->SetName(hname);
1233   }
1234 }
1235
1236 //_____________________________________________________________________________
1237 void AliRun::ResetDigits()
1238 {
1239   //
1240   //  Reset all Detectors digits
1241   //
1242   TIter next(fModules);
1243   AliModule *detector;
1244   while((detector = (AliModule*)next())) {
1245      detector->ResetDigits();
1246   }
1247 }
1248
1249 //_____________________________________________________________________________
1250 void AliRun::ResetHits()
1251 {
1252   //
1253   //  Reset all Detectors hits
1254   //
1255   TIter next(fModules);
1256   AliModule *detector;
1257   while((detector = (AliModule*)next())) {
1258      detector->ResetHits();
1259   }
1260 }
1261
1262 //_____________________________________________________________________________
1263 void AliRun::ResetPoints()
1264 {
1265   //
1266   // Reset all Detectors points
1267   //
1268   TIter next(fModules);
1269   AliModule *detector;
1270   while((detector = (AliModule*)next())) {
1271      detector->ResetPoints();
1272   }
1273 }
1274
1275 //_____________________________________________________________________________
1276 void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
1277 {
1278   //
1279   // Main function to be called to process a galice run
1280   // example
1281   //    Root > gAlice.Run();
1282   // a positive number of events will cause the finish routine
1283   // to be called
1284   //
1285
1286   // check if initialisation has been done
1287   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1288
1289   // Create the Root Tree with one branch per detector
1290   MakeTree("KHDER");
1291
1292   gMC->ProcessRun(nevent);
1293
1294   // End of this run, close files
1295   if(nevent>0) FinishRun();
1296 }
1297
1298 //_____________________________________________________________________________
1299 void AliRun::RunLego(const char *setup,Int_t ntheta,Float_t themin,
1300                      Float_t themax,Int_t nphi,Float_t phimin,Float_t phimax,
1301                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax)
1302 {
1303   //
1304   // Generates lego plots of:
1305   //    - radiation length map phi vs theta
1306   //    - radiation length map phi vs eta
1307   //    - interaction length map
1308   //    - g/cm2 length map
1309   //
1310   //  ntheta    bins in theta, eta
1311   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1312   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1313   //  nphi      bins in phi
1314   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1315   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1316   //  rmin      minimum radius
1317   //  rmax      maximum radius
1318   //
1319   //
1320   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1321   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1322   //
1323   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1324   //Begin_Html
1325   /*
1326     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1327   */
1328   //End_Html
1329   //Begin_Html
1330   /*
1331     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1332   */
1333   //End_Html
1334   //Begin_Html
1335   /*
1336     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1337   */
1338   //End_Html
1339   //
1340
1341   // check if initialisation has been done
1342   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1343
1344   //Create Lego object
1345   fLego = new AliLego("lego",ntheta,themin,themax,nphi,phimin,phimax,rmin,rmax,zmax);
1346
1347   //Run Lego Object
1348   fLego->Run();
1349
1350   // Create only the Root event Tree
1351   MakeTree("E");
1352
1353   // End of this run, close files
1354   FinishRun();
1355 }
1356
1357 //_____________________________________________________________________________
1358 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1359 {
1360   //
1361   // Set current track number
1362   //
1363   fCurrent = track;
1364 }
1365
1366 //_____________________________________________________________________________
1367 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1368                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1369                       const char *mecha, Int_t &ntr, Float_t weight)
1370 {
1371   //
1372   // Load a track on the stack
1373   //
1374   // done     0 if the track has to be transported
1375   //          1 if not
1376   // parent   identifier of the parent track. -1 for a primary
1377   // pdg    particle code
1378   // pmom     momentum GeV/c
1379   // vpos     position
1380   // polar    polarisation
1381   // tof      time of flight in seconds
1382   // mecha    production mechanism
1383   // ntr      on output the number of the track stored
1384   //
1385   TClonesArray &particles = *fParticles;
1386   TParticle *particle;
1387   Float_t mass;
1388   const Int_t firstdaughter=-1;
1389   const Int_t lastdaughter=-1;
1390   const Int_t KS=0;
1391   //  const Float_t tlife=0;
1392
1393   //
1394   // Here we get the static mass
1395   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1396   // if the calculated mass is required
1397   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1398   // used in the MC is not the same of the PDG database
1399   //
1400   mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1401   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1402                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1403
1404   //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f KS %d m %s\n",
1405   //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],KS,mecha);
1406
1407   particle=new(particles[fNtrack]) TParticle(pdg,KS,parent,-1,firstdaughter,
1408                                              lastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
1409                                              e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
1410   //                                         polar[0],polar[1],polar[2],tof,
1411   //                                         mecha,weight);
1412   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
1413   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetWeight(weight);
1414   if(!done) particle->SetBit(Done_Bit);
1415
1416   if(parent>=0) {
1417     particle=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(parent);
1418     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
1419     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
1420   } else {
1421     //
1422     // This is a primary track. Set high water mark for this event
1423     fHgwmk=fNtrack;
1424     //
1425     // Set also number if primary tracks
1426     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
1427     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
1428   }
1429   ntr = fNtrack++;
1430 }
1431
1432 //_____________________________________________________________________________
1433 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
1434 {
1435   //
1436   // flags a track to be kept
1437   //
1438   TClonesArray &particles = *fParticles;
1439   ((TParticle*)particles[track])->SetBit(Keep_Bit);
1440 }
1441
1442 //_____________________________________________________________________________
1443 void AliRun::StepManager(Int_t id)
1444 {
1445   //
1446   // Called at every step during transport
1447   //
1448
1449   //
1450   // --- If lego option, do it and leave
1451   if (fLego)
1452     fLego->StepManager();
1453   else {
1454     Int_t copy;
1455     //Update energy deposition tables
1456     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
1457
1458     //Call the appropriate stepping routine;
1459     AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
1460     if(det) det->StepManager();
1461   }
1462 }
1463
1464 //_____________________________________________________________________________
1465 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
1466 {
1467   //
1468   // Stream an object of class AliRun.
1469   //
1470   if (R__b.IsReading()) {
1471     Version_t R__v = R__b.ReadVersion(); if (R__v) { }
1472     TNamed::Streamer(R__b);
1473     if (!gAlice) gAlice = this;
1474     gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
1475     fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
1476     if (fTreeE) fTreeE->SetBranchAddress("Header", &header);
1477     else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
1478     R__b >> fNtrack;
1479     R__b >> fHgwmk;
1480     R__b >> fDebug;
1481     fHeader.Streamer(R__b);
1482     R__b >> fModules;
1483     R__b >> fParticles;
1484     R__b >> fField;
1485     //    R__b >> fMC;
1486     R__b >> fNdets;
1487     R__b >> fTrRmax;
1488     R__b >> fTrZmax;
1489     R__b >> fGenerator;
1490     if(R__v>1) {
1491       R__b >> fPDGDB;        //Particle factory object!
1492       fTreeE->GetEntry(0);
1493     } else {
1494       fHeader.SetEvent(0);
1495       fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
1496     }
1497   } else {
1498     R__b.WriteVersion(AliRun::IsA());
1499     TNamed::Streamer(R__b);
1500     R__b << fNtrack;
1501     R__b << fHgwmk;
1502     R__b << fDebug;
1503     fHeader.Streamer(R__b);
1504     R__b << fModules;
1505     R__b << fParticles;
1506     R__b << fField;
1507     //    R__b << fMC;
1508     R__b << fNdets;
1509     R__b << fTrRmax;
1510     R__b << fTrZmax;
1511     R__b << fGenerator;
1512     R__b << fPDGDB;        //Particle factory object!
1513   }
1514 }