STEER/AliRun.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.32  2000/04/27 10:38:21  fca
  19 Correct termination of Lego Run and introduce Lego getter in AliRun
  20
  21 Revision 1.31  2000/04/26 10:17:32  fca
  22 Changes in Lego for G4 compatibility
  23
  24 Revision 1.30  2000/04/18 19:11:40  fca
  25 Introduce variable Config.C function signature
  26
  27 Revision 1.29  2000/04/07 11:12:34  fca
  28 G4 compatibility changes
  29
  30 Revision 1.28  2000/04/05 06:51:06  fca
  31 Workaround for an HP compiler problem
  32
  33 Revision 1.27  2000/03/22 18:08:07  fca
  34 Rationalisation of the virtual MC interfaces
  35
  36 Revision 1.26  2000/03/22 13:42:26  fca
  37 SetGenerator does not replace an existing generator, ResetGenerator does
  38
  39 Revision 1.25  2000/02/23 16:25:22  fca
  40 AliVMC and AliGeant3 classes introduced
  41 ReadEuclid moved from AliRun to AliModule
  42
  43 Revision 1.24  2000/01/19 17:17:20  fca
  44 Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
  45
  46 Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
  47 Fixing previous wrong checking
  48
  49 Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
  50 Fixing daughters information also in primary tracks
  51
  52 Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
  53 Adding protection against inconsistent Euclid files
  54
  55 Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
  56 Introduction of the Copyright and cvs Log
  57
  58 */
  59
  60 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  61 //                                                                           //
  62 //  Control class for Alice C++                                              //
  63 //  Only one single instance of this class exists.                           //
  64 //  The object is created in main program aliroot                            //
  65 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
  66 //                                                                           //
  67 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
  68 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
  69 //   -Supports the Trees.                                                    //
  70 //   -Supports the geometry.                                                 //
  71 //   -Supports the event display.                                            //
  72 //Begin_Html
  73 /*
  74 <img src="picts/AliRunClass.gif">
  75 */
  76 //End_Html
  77 //Begin_Html
  78 /*
  79 <img src="picts/alirun.gif">
  80 */
  81 //End_Html
  82 //                                                                           //
  83 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  84
  85 #include <TFile.h>
  86 #include <TRandom.h>
  87 #include <TBRIK.h>
  88 #include <TNode.h>
  89 #include <TCint.h>
  90 #include <TSystem.h>
  91 #include <TObjectTable.h>
  92
  93 #include "TParticle.h"
  94 #include "AliRun.h"
  95 #include "AliDisplay.h"
  96 #include "AliMC.h"
  97 #include "AliLego.h"
  98
  99 #include <stdlib.h>
 100 #include <stdio.h>
 101 #include <string.h>
 102
 103 AliRun *gAlice;
 104
 105 static AliHeader *header;
 106
 107 ClassImp(AliRun)
 108
 109 //_____________________________________________________________________________
 110 AliRun::AliRun()
 111 {
 112   //
 113   // Default constructor for AliRun
 114   //
 115   header=&fHeader;
 116   fRun       = 0;
 117   fEvent     = 0;
 118   fCurrent   = -1;
 119   fModules = 0;
 120   fGenerator = 0;
 121   fTreeD     = 0;
 122   fTreeK     = 0;
 123   fTreeH     = 0;
 124   fTreeE     = 0;
 125   fTreeR     = 0;
 126   fParticles = 0;
 127   fGeometry  = 0;
 128   fDisplay   = 0;
 129   fField     = 0;
 130   fMC       = 0;
 131   fNdets     = 0;
 132   fImedia    = 0;
 133   fTrRmax    = 1.e10;
 134   fTrZmax    = 1.e10;
 135   fInitDone  = kFALSE;
 136   fLego      = 0;
 137   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
 138   fHitLists  = 0;
 139   fConfigFunction    = "\0";
 140 }
 141
 142 //_____________________________________________________________________________
 143 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 144   : TNamed(name,title)
 145 {
 146   //
 147   //  Constructor for the main processor.
 148   //  Creates the geometry
 149   //  Creates the list of Detectors.
 150   //  Creates the list of particles.
 151   //
 152   Int_t i;
 153
 154   gAlice     = this;
 155   fTreeD     = 0;
 156   fTreeK     = 0;
 157   fTreeH     = 0;
 158   fTreeE     = 0;
 159   fTreeR     = 0;
 160   fTrRmax    = 1.e10;
 161   fTrZmax    = 1.e10;
 162   fGenerator = 0;
 163   fInitDone  = kFALSE;
 164   fLego      = 0;
 165   fField     = 0;
 166   fConfigFunction    = "Config();";
 167
 168   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 169   //
 170   // create the support list for the various Detectors
 171   fModules = new TObjArray(77);
 172   //
 173   // Create the TNode geometry for the event display
 174
 175   BuildSimpleGeometry();
 176
 177
 178   fNtrack=0;
 179   fHgwmk=0;
 180   fCurrent=-1;
 181   header=&fHeader;
 182   fRun       = 0;
 183   fEvent     = 0;
 184   //
 185   // Create the particle stack
 186   fParticles = new TClonesArray("TParticle",100);
 187
 188   fDisplay = 0;
 189   //
 190   // Create default mag field
 191   SetField();
 192   //
 193   fMC      = gMC;
 194   //
 195   // Prepare the tracking medium lists
 196   fImedia = new TArrayI(1000);
 197   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 198   //
 199   // Make particles
 200   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 201   //
 202   // Create HitLists list
 203   fHitLists  = new TList();
 204 }
 205
 206 //_____________________________________________________________________________
 207 AliRun::~AliRun()
 208 {
 209   //
 210   // Defaullt AliRun destructor
 211   //
 212   delete fImedia;
 213   delete fField;
 214   delete fMC;
 215   delete fGeometry;
 216   delete fDisplay;
 217   delete fGenerator;
 218   delete fLego;
 219   delete fTreeD;
 220   delete fTreeK;
 221   delete fTreeH;
 222   delete fTreeE;
 223   delete fTreeR;
 224   if (fModules) {
 225     fModules->Delete();
 226     delete fModules;
 227   }
 228   if (fParticles) {
 229     fParticles->Delete();
 230     delete fParticles;
 231   }
 232   delete fHitLists;
 233 }
 234
 235 //_____________________________________________________________________________
 236 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 237 {
 238   //
 239   //  Add a hit to detector id
 240   //
 241   TObjArray &dets = *fModules;
 242   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 243 }
 244
 245 //_____________________________________________________________________________
 246 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 247 {
 248   //
 249   // Add digit to detector id
 250   //
 251   TObjArray &dets = *fModules;
 252   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 253 }
 254
 255 //_____________________________________________________________________________
 256 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 257 {
 258   //
 259   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 260   // of the Root browser.
 261   // It displays the Root Trees and all detectors.
 262   //
 263   if (fTreeK) b->Add(fTreeK,fTreeK->GetName());
 264   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 265   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 266   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 267   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 268
 269   TIter next(fModules);
 270   AliModule *detector;
 271   while((detector = (AliModule*)next())) {
 272     b->Add(detector,detector->GetName());
 273   }
 274 }
 275
 276 //_____________________________________________________________________________
 277 void AliRun::Build()
 278 {
 279   //
 280   // Initialize Alice geometry
 281   // Dummy routine
 282   //
 283 }
 284
 285 //_____________________________________________________________________________
 286 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 287 {
 288   //
 289   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 290   //
 291   // Initialise geometry
 292   //
 293   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 294   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 295   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 296   brik->SetVisibility(0);
 297   new TNode("alice","alice","S_alice");
 298 }
 299
 300 //_____________________________________________________________________________
 301 void AliRun::CleanDetectors()
 302 {
 303   //
 304   // Clean Detectors at the end of event
 305   //
 306   TIter next(fModules);
 307   AliModule *detector;
 308   while((detector = (AliModule*)next())) {
 309     detector->FinishEvent();
 310   }
 311 }
 312
 313 //_____________________________________________________________________________
 314 void AliRun::CleanParents()
 315 {
 316   //
 317   // Clean Particles stack.
 318   // Set parent/daughter relations
 319   //
 320   TClonesArray &particles = *(gAlice->Particles());
 321   TParticle *part;
 322   int i;
 323   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
 324     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
 325     if(!part->TestBit(Daughters_Bit)) {
 326       part->SetFirstDaughter(-1);
 327       part->SetLastDaughter(-1);
 328     }
 329   }
 330 }
 331
 332 //_____________________________________________________________________________
 333 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 334 {
 335   //
 336   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 337   // Dummy routine
 338   //
 339   return 9999;
 340 }
 341
 342 //_____________________________________________________________________________
 343 void AliRun::DumpPart (Int_t i)
 344 {
 345   //
 346   // Dumps particle i in the stack
 347   //
 348   TClonesArray &particles = *fParticles;
 349   ((TParticle*) particles[i])->Print();
 350 }
 351
 352 //_____________________________________________________________________________
 353 void AliRun::DumpPStack ()
 354 {
 355   //
 356   // Dumps the particle stack
 357   //
 358   TClonesArray &particles = *fParticles;
 359   printf(
 360          "\n\n=======================================================================\n");
 361   for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++)
 362     {
 363       printf("-> %d ",i); ((TParticle*) particles[i])->Print();
 364       printf("--------------------------------------------------------------\n");
 365     }
 366   printf(
 367          "\n=======================================================================\n\n");
 368 }
 369
 370 //_____________________________________________________________________________
 371 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 372                       Float_t maxField, char* filename)
 373 {
 374   //
 375   //  Set magnetic field parameters
 376   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 377   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 378   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 379   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 380
 381   //
 382   // --- Sanity check on mag field flags
 383   if(type<0 || type > 2) {
 384     Warning("SetField",
 385             "Invalid magnetic field flag: %5d; Helix tracking chosen instead\n"
 386            ,type);
 387     type=2;
 388   }
 389   if(fField) delete fField;
 390   if(version==1) {
 391     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,version,scale,maxField);
 392   } else if(version<=3) {
 393     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,version,scale,maxField);
 394     fField->ReadField();
 395   } else {
 396     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
 397   }
 398 }
 399
 400 //_____________________________________________________________________________
 401 void AliRun::FillTree()
 402 {
 403   //
 404   // Fills all AliRun TTrees
 405   //
 406   if (fTreeK) fTreeK->Fill();
 407   if (fTreeH) fTreeH->Fill();
 408   if (fTreeD) fTreeD->Fill();
 409   if (fTreeR) fTreeR->Fill();
 410 }
 411
 412 //_____________________________________________________________________________
 413 void AliRun::FinishPrimary()
 414 {
 415   //
 416   // Called  at the end of each primary track
 417   //
 418
 419   //  static Int_t count=0;
 420   //  const Int_t times=10;
 421   // This primary is finished, purify stack
 422   PurifyKine();
 423
 424   // Write out hits if any
 425   if (gAlice->TreeH()) {
 426     gAlice->TreeH()->Fill();
 427   }
 428
 429   // Reset Hits info
 430   gAlice->ResetHits();
 431
 432   //
 433   //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
 434 }
 435
 436 //_____________________________________________________________________________
 437 void AliRun::FinishEvent()
 438 {
 439   //
 440   // Called at the end of the event.
 441   //
 442
 443   //
 444   if(fLego) fLego->FinishEvent();
 445
 446   //Update the energy deposit tables
 447   Int_t i;
 448   for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) {
 449     fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
 450     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
 451   }
 452   fEventEnergy.Reset();
 453
 454   // Clean detector information
 455   CleanDetectors();
 456
 457   // Write out the kinematics
 458   if (fTreeK) {
 459     CleanParents();
 460     fTreeK->Fill();
 461   }
 462
 463   // Write out the digits
 464   if (fTreeD) {
 465     fTreeD->Fill();
 466     ResetDigits();
 467   }
 468
 469   // Write out reconstructed clusters
 470   if (fTreeR) {
 471     fTreeR->Fill();
 472   }
 473
 474   // Write out the event Header information
 475   if (fTreeE) fTreeE->Fill();
 476
 477   // Reset stack info
 478   ResetStack();
 479
 480   // Write Tree headers
 481   //  Int_t ievent = fHeader.GetEvent();
 482   //  char hname[30];
 483   //  sprintf(hname,"TreeK%d",ievent);
 484   if (fTreeK) fTreeK->Write();
 485   //  sprintf(hname,"TreeH%d",ievent);
 486   if (fTreeH) fTreeH->Write();
 487   //  sprintf(hname,"TreeD%d",ievent);
 488   if (fTreeD) fTreeD->Write();
 489   //  sprintf(hname,"TreeR%d",ievent);
 490   if (fTreeR) fTreeR->Write();
 491
 492   ++fEvent;
 493 }
 494
 495 //_____________________________________________________________________________
 496 void AliRun::FinishRun()
 497 {
 498   //
 499   // Called at the end of the run.
 500   //
 501
 502   //
 503   if(fLego) fLego->FinishRun();
 504
 505   // Clean detector information
 506   TIter next(fModules);
 507   AliModule *detector;
 508   while((detector = (AliModule*)next())) {
 509     detector->FinishRun();
 510   }
 511
 512   //Output energy summary tables
 513   EnergySummary();
 514
 515   // file is retrieved from whatever tree
 516   TFile *File = 0;
 517   if (fTreeK) File = fTreeK->GetCurrentFile();
 518   if ((!File) && (fTreeH)) File = fTreeH->GetCurrentFile();
 519   if ((!File) && (fTreeD)) File = fTreeD->GetCurrentFile();
 520   if ((!File) && (fTreeE)) File = fTreeE->GetCurrentFile();
 521   if( NULL==File ) {
 522     Error("FinishRun","There isn't root file!");
 523     exit(1);
 524   }
 525   File->cd();
 526   fTreeE->Write();
 527
 528   // Clean tree information
 529   delete fTreeK; fTreeK = 0;
 530   delete fTreeH; fTreeH = 0;
 531   delete fTreeD; fTreeD = 0;
 532   delete fTreeR; fTreeR = 0;
 533   delete fTreeE; fTreeE = 0;
 534
 535   // Write AliRun info and all detectors parameters
 536   Write();
 537
 538   // Close output file
 539   File->Write();
 540 }
 541
 542 //_____________________________________________________________________________
 543 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 544 {
 545   //
 546   // Flags a track and all its family tree to be kept
 547   //
 548   int curr;
 549   TParticle *particle;
 550
 551   curr=track;
 552   while(1) {
 553     particle=(TParticle*)fParticles->UncheckedAt(curr);
 554
 555     // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
 556     if(particle->TestBit(Keep_Bit)) return;
 557
 558     // Save this particle
 559     particle->SetBit(Keep_Bit);
 560
 561     // Move to father if any
 562     if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
 563   }
 564 }
 565
 566 //_____________________________________________________________________________
 567 void AliRun::EnergySummary()
 568 {
 569   //
 570   // Print summary of deposited energy
 571   //
 572
 573   Int_t ndep=0;
 574   Float_t edtot=0;
 575   Float_t ed, ed2;
 576   Int_t kn, i, left, j, id;
 577   const Float_t zero=0;
 578   Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
 579   //
 580   // Energy loss information
 581   if(ievent) {
 582     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 583     for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
 584       ed=fSummEnergy[kn];
 585       if(ed>0) {
 586         fEventEnergy[ndep]=kn;
 587         if(ievent>1) {
 588           ed=ed/ievent;
 589           ed2=fSum2Energy[kn];
 590           ed2=ed2/ievent;
 591           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,zero))/ed;
 592         } else
 593           ed2=99;
 594         fSummEnergy[ndep]=ed;
 595         fSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,zero));
 596         edtot+=ed;
 597         ndep++;
 598       }
 599     }
 600     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 601       left=ndep-kn*3;
 602       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 603         j=kn*3+i;
 604         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 605         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
 606       }
 607       printf("\n");
 608     }
 609     //
 610     // Relative energy loss in different detectors
 611     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 612     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 613     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 614       left=ndep-kn*5;
 615       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 616         j=kn*5+i;
 617         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 618         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
 619       }
 620       printf("\n");
 621     }
 622     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 623     printf("\n");
 624   }
 625   //
 626   // Reset the TArray's
 627   //  fEventEnergy.Set(0);
 628   //  fSummEnergy.Set(0);
 629   //  fSum2Energy.Set(0);
 630 }
 631
 632 //_____________________________________________________________________________
 633 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name)
 634 {
 635   //
 636   // Return pointer to detector from name
 637   //
 638   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 639 }
 640
 641 //_____________________________________________________________________________
 642 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name)
 643 {
 644   //
 645   // Return pointer to detector from name
 646   //
 647   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 648 }
 649
 650 //_____________________________________________________________________________
 651 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name)
 652 {
 653   //
 654   // Return galice internal detector identifier from name
 655   //
 656   Int_t i=-1;
 657   TObject *mod=fModules->FindObject(name);
 658   if(mod) i=fModules->IndexOf(mod);
 659   return i;
 660 }
 661
 662 //_____________________________________________________________________________
 663 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 664 {
 665   //
 666   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 667   // Set branch addresses
 668   //
 669
 670   // Reset existing structures
 671   ResetStack();
 672   ResetHits();
 673   ResetDigits();
 674
 675   // Delete Trees already connected
 676   if (fTreeK) delete fTreeK;
 677   if (fTreeH) delete fTreeH;
 678   if (fTreeD) delete fTreeD;
 679   if (fTreeR) delete fTreeR;
 680
 681   // Get header from file
 682   if(fTreeE) fTreeE->GetEntry(event);
 683   else Error("GetEvent","Cannot file Header Tree\n");
 684
 685   // Get Kine Tree from file
 686   char treeName[20];
 687   sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
 688   fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 689   if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticles);
 690   else    Error("GetEvent","cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
 691
 692   // Get Hits Tree header from file
 693   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 694   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 695   if (!fTreeH) {
 696     Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 697   }
 698
 699   // Get Digits Tree header from file
 700   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 701   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 702   if (!fTreeD) {
 703     Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 704   }
 705
 706
 707   // Get Reconstruct Tree header from file
 708   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 709   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 710   if (!fTreeR) {
 711     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 712   }
 713
 714   // Set Trees branch addresses
 715   TIter next(fModules);
 716   AliModule *detector;
 717   while((detector = (AliModule*)next())) {
 718     detector->SetTreeAddress();
 719   }
 720
 721   if (fTreeK) fTreeK->GetEvent(0);
 722   fNtrack = Int_t (fParticles->GetEntries());
 723   return fNtrack;
 724 }
 725
 726 //_____________________________________________________________________________
 727 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 728 {
 729   //
 730   // Import Alice geometry from current file
 731   // Return pointer to geometry object
 732   //
 733   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 734   //
 735   // Unlink and relink nodes in detectors
 736   // This is bad and there must be a better way...
 737   //
 738
 739   TIter next(fModules);
 740   AliModule *detector;
 741   while((detector = (AliModule*)next())) {
 742     detector->SetTreeAddress();
 743     TList *dnodes=detector->Nodes();
 744     Int_t j;
 745     TNode *node, *node1;
 746     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 747       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 748       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
 749       dnodes->Remove(node);
 750       dnodes->AddAt(node1,j);
 751     }
 752   }
 753   return fGeometry;
 754 }
 755
 756 //_____________________________________________________________________________
 757 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 758                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 759                           Float_t &tof)
 760 {
 761   //
 762   // Return next track from stack of particles
 763   //
 764   TVector3 pol;
 765   fCurrent=-1;
 766   TParticle *track;
 767   for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
 768     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(i);
 769     if(!track->TestBit(Done_Bit)) {
 770       //
 771       // The track has not yet been processed
 772       fCurrent=i;
 773       ipart=track->GetPdgCode();
 774       pmom[0]=track->Px();
 775       pmom[1]=track->Py();
 776       pmom[2]=track->Pz();
 777       e     =track->Energy();
 778       vpos[0]=track->Vx();
 779       vpos[1]=track->Vy();
 780       vpos[2]=track->Vz();
 781       track->GetPolarisation(pol);
 782       polar[0]=pol.X();
 783       polar[1]=pol.Y();
 784       polar[2]=pol.Z();
 785       tof=track->T();
 786       track->SetBit(Done_Bit);
 787       break;
 788     }
 789   }
 790   mtrack=fCurrent;
 791   //
 792   // stop and start timer when we start a primary track
 793   Int_t nprimaries = fHeader.GetNprimary();
 794   if (fCurrent >= nprimaries) return;
 795   if (fCurrent < nprimaries-1) {
 796     fTimer.Stop();
 797     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(fCurrent+1);
 798     //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
 799   }
 800   fTimer.Start();
 801 }
 802
 803 //_____________________________________________________________________________
 804 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track)
 805 {
 806   //
 807   // return number of primary that has generated track
 808   //
 809   int current, parent;
 810   TParticle *part;
 811   //
 812   parent=track;
 813   while (1) {
 814     current=parent;
 815     part = (TParticle *)fParticles->UncheckedAt(current);
 816     parent=part->GetFirstMother();
 817     if(parent<0) return current;
 818   }
 819 }
 820
 821 //_____________________________________________________________________________
 822 void AliRun::InitMC(const char *setup)
 823 {
 824   //
 825   // Initialize the Alice setup
 826   //
 827
 828   gROOT->LoadMacro(setup);
 829   gInterpreter->ProcessLine(fConfigFunction.Data());
 830
 831   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
 832
 833   TObject *objfirst, *objlast;
 834
 835   fNdets = fModules->GetLast()+1;
 836
 837   //
 838   //=================Create Materials and geometry
 839   gMC->Init();
 840
 841    TIter next(fModules);
 842    AliModule *detector;
 843    while((detector = (AliModule*)next())) {
 844       detector->SetTreeAddress();
 845       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
 846
 847       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
 848       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
 849       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
 850       while (objfirst) {
 851         detector->Histograms()->Add(objfirst);
 852         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
 853       }
 854    }
 855    SetTransPar(); //Read the cuts for all materials
 856
 857    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
 858
 859    //Initialise geometry deposition table
 860    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 861    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 862    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 863
 864    //Compute cross-sections
 865    gMC->BuildPhysics();
 866
 867    //Write Geometry object to current file.
 868    fGeometry->Write();
 869
 870    fInitDone = kTRUE;
 871 }
 872
 873 //_____________________________________________________________________________
 874 void AliRun::MediaTable()
 875 {
 876   //
 877   // Built media table to get from the media number to
 878   // the detector id
 879   //
 880   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
 881   //  Int_t ibeg;
 882   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
 883   AliModule *det;
 884   //
 885   // For all detectors
 886   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
 887     // If detector is defined
 888     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
 889         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
 890         for(nz=0;nz<100;nz++) {
 891         // Find max and min material number
 892         if((idt=idtmed[nz])) {
 893           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
 894           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
 895         }
 896       }
 897       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
 898         det->LoMedium() = 0;
 899         det->HiMedium() = 0;
 900       } else {
 901         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
 902           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
 903                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
 904           return;
 905         }
 906         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
 907         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
 908           (*fImedia)[lz]=kz;
 909         }
 910       }
 911     }
 912   }
 913   //
 914   // Print summary table
 915   printf(" Traking media ranges:\n");
 916   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
 917     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
 918       ind=i*6+k;
 919       det=(AliModule*)dets[ind];
 920       if(det)
 921         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
 922                det->HiMedium());
 923       else
 924         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
 925     }
 926     printf("\n");
 927   }
 928 }
 929
 930 //____________________________________________________________________________
 931 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
 932 {
 933   //
 934   // Load the event generator
 935   //
 936   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
 937 }
 938
 939 //____________________________________________________________________________
 940 void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
 941 {
 942   //
 943   // Load the event generator
 944   //
 945   if(fGenerator)
 946     if(generator)
 947       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
 948               fGenerator->GetName(),generator->GetName());
 949     else
 950       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with NULL\n",
 951               fGenerator->GetName());
 952   fGenerator = generator;
 953 }
 954
 955 //____________________________________________________________________________
 956 void AliRun::SetTransPar(char* filename)
 957 {
 958   //
 959   // Read filename to set the transport parameters
 960   //
 961
 962
 963   const Int_t ncuts=10;
 964   const Int_t nflags=11;
 965   const Int_t npars=ncuts+nflags;
 966   const char pars[npars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
 967                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
 968                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
 969                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
 970   char line[256];
 971   char detName[7];
 972   char* filtmp;
 973   Float_t cut[ncuts];
 974   Int_t flag[nflags];
 975   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
 976   FILE *lun;
 977   //
 978   // See whether the file is there
 979   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filename);
 980   lun=fopen(filtmp,"r");
 981   delete [] filtmp;
 982   if(!lun) {
 983     Warning("SetTransPar","File %s does not exist!\n",filename);
 984     return;
 985   }
 986   //
 987   printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 988   printf(" *%59s\n","*");
 989   printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
 990   printf(" *%59s\n","*");
 991   //
 992   while(1) {
 993     // Initialise cuts and flags
 994     for(i=0;i<ncuts;i++) cut[i]=-99;
 995     for(i=0;i<nflags;i++) flag[i]=-99;
 996     itmed=0;
 997     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
 998     // Read up to the end of line excluded
 999     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
1000     if(iret<0) {
1001       //End of file
1002       fclose(lun);
1003       printf(" *%59s\n","*");
1004       printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1005       return;
1006     }
1007     // Read the end of line
1008     fscanf(lun,"%*c");
1009     if(!iret) continue;
1010     if(line[0]=='*') continue;
1011     // Read the numbers
1012     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
1013                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
1014                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
1015                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
1016     if(!iret) continue;
1017     if(iret<0) {
1018       //reading error
1019       Warning("SetTransPar","Error reading file %s\n",filename);
1020       continue;
1021     }
1022     // Check that the module exist
1023     AliModule *mod = GetModule(detName);
1024     if(mod) {
1025       // Get the array of media numbers
1026       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
1027       // Check that the tracking medium code is valid
1028       if(0<=itmed && itmed < 100) {
1029         ktmed=idtmed[itmed];
1030         if(!ktmed) {
1031           Warning("SetTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
1032           continue;
1033         }
1034         // Set energy thresholds
1035         for(kz=0;kz<ncuts;kz++) {
1036           if(cut[kz]>=0) {
1037             printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
1038                    pars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
1039             gMC->Gstpar(ktmed,pars[kz],cut[kz]);
1040           }
1041         }
1042         // Set transport mechanisms
1043         for(kz=0;kz<nflags;kz++) {
1044           if(flag[kz]>=0) {
1045             printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
1046                    pars[ncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
1047             gMC->Gstpar(ktmed,pars[ncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1048           }
1049         }
1050       } else {
1051         Warning("SetTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
1052         continue;
1053       }
1054     } else {
1055       Warning("SetTransPar","Module %s not present\n",detName);
1056       continue;
1057     }
1058   }
1059 }
1060
1061 //_____________________________________________________________________________
1062 void AliRun::MakeTree(Option_t *option)
1063 {
1064   //
1065   //  Create the ROOT trees
1066   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1067   //
1068
1069   char hname[30];
1070   //
1071   // Analyse options
1072   char *K = strstr(option,"K");
1073   char *H = strstr(option,"H");
1074   char *E = strstr(option,"E");
1075   char *D = strstr(option,"D");
1076   char *R = strstr(option,"R");
1077   //
1078   if (K && !fTreeK) {
1079     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1080     fTreeK = new TTree(hname,"Kinematics");
1081     //  Create a branch for particles
1082     fTreeK->Branch("Particles",&fParticles,4000);
1083   }
1084   if (H && !fTreeH) {
1085     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1086     fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
1087     fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1088   }
1089   if (D && !fTreeD) {
1090     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1091     fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
1092   }
1093   if (R && !fTreeR) {
1094     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1095     fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
1096   }
1097   if (E && !fTreeE) {
1098     fTreeE = new TTree("TE","Header");
1099     //  Create a branch for Header
1100     fTreeE->Branch("Header","AliHeader",&header,4000);
1101   }
1102   //
1103   // Create a branch for hits/digits for each detector
1104   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1105   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1106   TIter next(fModules);
1107   AliModule *detector;
1108   while((detector = (AliModule*)next())) {
1109      if (H || D || R) detector->MakeBranch(option);
1110   }
1111 }
1112
1113 //_____________________________________________________________________________
1114 Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
1115 {
1116   //
1117   // PurifyKine with external parameters
1118   //
1119   fHgwmk = lastSavedTrack;
1120   fNtrack = nofTracks;
1121   PurifyKine();
1122   return fHgwmk;
1123 }
1124
1125 //_____________________________________________________________________________
1126 void AliRun::PurifyKine()
1127 {
1128   //
1129   // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
1130   // and renaming the particle id's in all the hits
1131   //
1132   TClonesArray &particles = *fParticles;
1133   int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
1134   TParticle *part, *partnew, *father;
1135   int *map = new int[particles.GetEntries()];
1136
1137   // Save in Header total number of tracks before compression
1138   fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
1139
1140   // First pass, invalid Daughter information
1141   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
1142     // Preset map, to be removed later
1143     if(i<=fHgwmk) map[i]=i ; else map[i] = -99;
1144     ((TParticle *)particles.UncheckedAt(i))->ResetBit(Daughters_Bit);
1145   }
1146   // Second pass, build map between old and new numbering
1147   for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1148     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1149     if(part->TestBit(Keep_Bit)) {
1150
1151       // This particle has to be kept
1152       map[i]=nkeep;
1153       if(i!=nkeep) {
1154
1155         // Old and new are different, have to copy
1156         partnew = (TParticle *)particles.UncheckedAt(nkeep);
1157         // Change due to a bug in the HP compiler
1158         //      *partnew = *part;
1159         memcpy(partnew,part,sizeof(TParticle));
1160       } else partnew = part;
1161
1162       // as the parent is always *before*, it must be already
1163       // in place. This is what we are checking anyway!
1164       if((parent=partnew->GetFirstMother())>fHgwmk) {
1165         if(map[parent]==-99) printf("map[%d] = -99!\n",parent);
1166         partnew->SetFirstMother(map[parent]);
1167       }
1168       nkeep++;
1169     }
1170   }
1171   fNtrack=nkeep;
1172
1173   // Fix daughters information
1174   for (i=0; i<fNtrack; i++) {
1175     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1176     parent = part->GetFirstMother();
1177     if(parent>=0) {
1178       father = (TParticle *)particles.UncheckedAt(parent);
1179       if(father->TestBit(Daughters_Bit)) {
1180
1181         if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
1182         if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
1183       } else {
1184         // Iitialise daughters info for first pass
1185         father->SetFirstDaughter(i);
1186         father->SetLastDaughter(i);
1187         father->SetBit(Daughters_Bit);
1188       }
1189     }
1190   }
1191
1192 #ifdef old
1193   // Now loop on all detectors and reset the hits
1194   AliHit *OneHit;
1195   TIter next(fModules);
1196   AliModule *detector;
1197   while((detector = (AliModule*)next())) {
1198     if (!detector->Hits()) continue;
1199     TClonesArray &vHits=*(detector->Hits());
1200     if(vHits.GetEntries() != detector->GetNhits())
1201       printf("vHits.GetEntries()!=detector->GetNhits(): %d != %d\n",
1202              vHits.GetEntries(),detector->GetNhits());
1203     for (i=0; i<detector->GetNhits(); i++) {
1204       OneHit = (AliHit *)vHits.UncheckedAt(i);
1205       OneHit->SetTrack(map[OneHit->GetTrack()]);
1206     }
1207   }
1208 #else
1209
1210   // Now loop on all registered hit lists
1211   TIter next(fHitLists);
1212   TCollection *hitList;
1213   while((hitList = (TCollection*)next())) {
1214     TIter nexthit(hitList);
1215     AliHit *hit;
1216     while((hit = (AliHit*)nexthit())) {
1217       hit->SetTrack(map[hit->GetTrack()]);
1218     }
1219   }
1220 #endif
1221
1222   fHgwmk=nkeep-1;
1223   particles.SetLast(fHgwmk);
1224   delete [] map;
1225 }
1226
1227 //_____________________________________________________________________________
1228 void AliRun::BeginEvent()
1229 {
1230   //
1231   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1232   //
1233   char hname[30];
1234   //
1235
1236   //
1237   if(fLego) {
1238     fLego->BeginEvent();
1239     return;
1240   }
1241
1242   //
1243   ResetStack();
1244   ResetHits();
1245   ResetDigits();
1246
1247   // Initialise event header
1248   fHeader.Reset(fRun,fEvent);
1249
1250   if(fTreeK) {
1251     fTreeK->Reset();
1252     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1253     fTreeK->SetName(hname);
1254   }
1255   if(fTreeH) {
1256     fTreeH->Reset();
1257     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1258     fTreeH->SetName(hname);
1259   }
1260   if(fTreeD) {
1261     fTreeD->Reset();
1262     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1263     fTreeD->SetName(hname);
1264   }
1265   if(fTreeR) {
1266     fTreeR->Reset();
1267     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1268     fTreeR->SetName(hname);
1269   }
1270 }
1271
1272 //_____________________________________________________________________________
1273 void AliRun::ResetDigits()
1274 {
1275   //
1276   //  Reset all Detectors digits
1277   //
1278   TIter next(fModules);
1279   AliModule *detector;
1280   while((detector = (AliModule*)next())) {
1281      detector->ResetDigits();
1282   }
1283 }
1284
1285 //_____________________________________________________________________________
1286 void AliRun::ResetHits()
1287 {
1288   //
1289   //  Reset all Detectors hits
1290   //
1291   TIter next(fModules);
1292   AliModule *detector;
1293   while((detector = (AliModule*)next())) {
1294      detector->ResetHits();
1295   }
1296 }
1297
1298 //_____________________________________________________________________________
1299 void AliRun::ResetPoints()
1300 {
1301   //
1302   // Reset all Detectors points
1303   //
1304   TIter next(fModules);
1305   AliModule *detector;
1306   while((detector = (AliModule*)next())) {
1307      detector->ResetPoints();
1308   }
1309 }
1310
1311 //_____________________________________________________________________________
1312 void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
1313 {
1314   //
1315   // Main function to be called to process a galice run
1316   // example
1317   //    Root > gAlice.Run();
1318   // a positive number of events will cause the finish routine
1319   // to be called
1320   //
1321
1322   // check if initialisation has been done
1323   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1324
1325   // Create the Root Tree with one branch per detector
1326   MakeTree("KHDER");
1327
1328   gMC->ProcessRun(nevent);
1329
1330   // End of this run, close files
1331   if(nevent>0) FinishRun();
1332 }
1333
1334 //_____________________________________________________________________________
1335 void AliRun::RunLego(const char *setup,Int_t ntheta,Float_t themin,
1336                      Float_t themax,Int_t nphi,Float_t phimin,Float_t phimax,
1337                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax)
1338 {
1339   //
1340   // Generates lego plots of:
1341   //    - radiation length map phi vs theta
1342   //    - radiation length map phi vs eta
1343   //    - interaction length map
1344   //    - g/cm2 length map
1345   //
1346   //  ntheta    bins in theta, eta
1347   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1348   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1349   //  nphi      bins in phi
1350   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1351   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1352   //  rmin      minimum radius
1353   //  rmax      maximum radius
1354   //
1355   //
1356   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1357   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1358   //
1359   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1360   //Begin_Html
1361   /*
1362     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1363   */
1364   //End_Html
1365   //Begin_Html
1366   /*
1367     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1368   */
1369   //End_Html
1370   //Begin_Html
1371   /*
1372     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1373   */
1374   //End_Html
1375   //
1376
1377   // check if initialisation has been done
1378   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1379
1380   //Save current generator
1381   AliGenerator *gen=Generator();
1382
1383   //Create Lego object
1384   fLego = new AliLego("lego",ntheta,themin,themax,nphi,phimin,phimax,rmin,rmax,zmax);
1385
1386   //Prepare MC for Lego Run
1387   gMC->InitLego();
1388
1389   //Run Lego Object
1390   gMC->ProcessRun(ntheta*nphi+1);
1391
1392   // Create only the Root event Tree
1393   MakeTree("E");
1394
1395   // End of this run, close files
1396   FinishRun();
1397
1398   // Delete Lego Object
1399   delete fLego; fLego=0;
1400
1401   // Restore current generator
1402   SetGenerator(gen);
1403 }
1404
1405 //_____________________________________________________________________________
1406 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1407 {
1408   //
1409   // Set current track number
1410   //
1411   fCurrent = track;
1412 }
1413
1414 //_____________________________________________________________________________
1415 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1416                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1417                       const char *mecha, Int_t &ntr, Float_t weight)
1418 {
1419   //
1420   // Load a track on the stack
1421   //
1422   // done     0 if the track has to be transported
1423   //          1 if not
1424   // parent   identifier of the parent track. -1 for a primary
1425   // pdg    particle code
1426   // pmom     momentum GeV/c
1427   // vpos     position
1428   // polar    polarisation
1429   // tof      time of flight in seconds
1430   // mecha    production mechanism
1431   // ntr      on output the number of the track stored
1432   //
1433   TClonesArray &particles = *fParticles;
1434   TParticle *particle;
1435   Float_t mass;
1436   const Int_t firstdaughter=-1;
1437   const Int_t lastdaughter=-1;
1438   const Int_t KS=0;
1439   //  const Float_t tlife=0;
1440
1441   //
1442   // Here we get the static mass
1443   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1444   // if the calculated mass is required
1445   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1446   // used in the MC is not the same of the PDG database
1447   //
1448   mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1449   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1450                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1451
1452   //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f KS %d m %s\n",
1453   //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],KS,mecha);
1454
1455   particle=new(particles[fNtrack]) TParticle(pdg,KS,parent,-1,firstdaughter,
1456                                              lastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
1457                                              e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
1458   //                                         polar[0],polar[1],polar[2],tof,
1459   //                                         mecha,weight);
1460   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
1461   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetWeight(weight);
1462   if(!done) particle->SetBit(Done_Bit);
1463   //Declare that the daughter information is valid
1464   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetBit(Daughters_Bit);
1465
1466   if(parent>=0) {
1467     particle=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(parent);
1468     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
1469     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
1470   } else {
1471     //
1472     // This is a primary track. Set high water mark for this event
1473     fHgwmk=fNtrack;
1474     //
1475     // Set also number if primary tracks
1476     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
1477     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
1478   }
1479   ntr = fNtrack++;
1480 }
1481
1482 //_____________________________________________________________________________
1483 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
1484 {
1485   //
1486   // flags a track to be kept
1487   //
1488   TClonesArray &particles = *fParticles;
1489   ((TParticle*)particles[track])->SetBit(Keep_Bit);
1490 }
1491
1492 //_____________________________________________________________________________
1493 void AliRun::StepManager(Int_t id)
1494 {
1495   //
1496   // Called at every step during transport
1497   //
1498
1499   //
1500   // --- If lego option, do it and leave
1501   if (fLego)
1502     fLego->StepManager();
1503   else {
1504     Int_t copy;
1505     //Update energy deposition tables
1506     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
1507
1508     //Call the appropriate stepping routine;
1509     AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
1510     if(det) det->StepManager();
1511   }
1512 }
1513
1514 //_____________________________________________________________________________
1515 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
1516 {
1517   //
1518   // Stream an object of class AliRun.
1519   //
1520   if (R__b.IsReading()) {
1521     Version_t R__v = R__b.ReadVersion(); if (R__v) { }
1522     TNamed::Streamer(R__b);
1523     if (!gAlice) gAlice = this;
1524     gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
1525     fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
1526     if (fTreeE) fTreeE->SetBranchAddress("Header", &header);
1527     else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
1528     R__b >> fNtrack;
1529     R__b >> fHgwmk;
1530     R__b >> fDebug;
1531     fHeader.Streamer(R__b);
1532     R__b >> fModules;
1533     R__b >> fParticles;
1534     R__b >> fField;
1535     //    R__b >> fMC;
1536     R__b >> fNdets;
1537     R__b >> fTrRmax;
1538     R__b >> fTrZmax;
1539     R__b >> fGenerator;
1540     if(R__v>1) {
1541       R__b >> fPDGDB;        //Particle factory object!
1542       fTreeE->GetEntry(0);
1543     } else {
1544       fHeader.SetEvent(0);
1545       fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
1546     }
1547     if(R__v>2) {
1548       fConfigFunction.Streamer(R__b);
1549     } else {
1550       fConfigFunction="Config();";
1551     }
1552   } else {
1553     R__b.WriteVersion(AliRun::IsA());
1554     TNamed::Streamer(R__b);
1555     R__b << fNtrack;
1556     R__b << fHgwmk;
1557     R__b << fDebug;
1558     fHeader.Streamer(R__b);
1559     R__b << fModules;
1560     R__b << fParticles;
1561     R__b << fField;
1562     //    R__b << fMC;
1563     R__b << fNdets;
1564     R__b << fTrRmax;
1565     R__b << fTrZmax;
1566     R__b << fGenerator;
1567     R__b << fPDGDB;        //Particle factory object!
1568     fConfigFunction.Streamer(R__b);
1569   }
1570 }