STEER/AliRun.cxx

   1 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
   2 //                                                                           //
   3 //  Control class for Alice C++                                              //
   4 //  Only one single instance of this class exists.                           //
   5 //  The object is created in main program aliroot                            //
   6 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
   7 //                                                                           //
   8 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
   9 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
  10 //   -Supports the Trees.                                                    //
  11 //   -Supports the geometry.                                                 //
  12 //   -Supports the event display.                                            //
  13 //Begin_Html
  14 /*
  15 <img src="picts/AliRunClass.gif">
  16 */
  17 //End_Html
  18 //Begin_Html
  19 /*
  20 <img src="picts/alirun.gif">
  21 */
  22 //End_Html
  23 //                                                                           //
  24 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  25
  26 #include <TFile.h>
  27 #include <TRandom.h>
  28 #include <TBRIK.h>
  29 #include <TNode.h>
  30 #include <TCint.h>
  31 #include <TSystem.h>
  32
  33 #include "TParticle.h"
  34 #include "AliRun.h"
  35 #include "AliDisplay.h"
  36
  37 #include "AliCallf77.h"
  38
  39 #include <stdlib.h>
  40 #include <stdio.h>
  41 #include <string.h>
  42
  43 AliRun *gAlice;
  44
  45 static AliHeader *header;
  46
  47 #ifndef WIN32
  48
  49 # define rxgtrak rxgtrak_
  50 # define rxstrak rxstrak_
  51 # define rxkeep  rxkeep_
  52 # define rxouth  rxouth_
  53 #else
  54
  55 # define rxgtrak RXGTRAK
  56 # define rxstrak RXSTRAK
  57 # define rxkeep  RXKEEP
  58 # define rxouth  RXOUTH
  59 #endif
  60
  61 static TArrayF sEventEnergy;
  62 static TArrayF sSummEnergy;
  63 static TArrayF sSum2Energy;
  64
  65 ClassImp(AliRun)
  66
  67 //_____________________________________________________________________________
  68 AliRun::AliRun()
  69 {
  70   //
  71   // Default constructor for AliRun
  72   //
  73   header=&fHeader;
  74   fRun       = 0;
  75   fEvent     = 0;
  76   fCurrent   = -1;
  77   fModules = 0;
  78   fGenerator = 0;
  79   fTreeD     = 0;
  80   fTreeK     = 0;
  81   fTreeH     = 0;
  82   fTreeE     = 0;
  83   fTreeR     = 0;
  84   fParticles = 0;
  85   fGeometry  = 0;
  86   fDisplay   = 0;
  87   fField     = 0;
  88   fMC        = 0;
  89   fNdets     = 0;
  90   fImedia    = 0;
  91   fTrRmax    = 1.e10;
  92   fTrZmax    = 1.e10;
  93   fInitDone  = kFALSE;
  94   fLego      = 0;
  95   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
  96 }
  97
  98 //_____________________________________________________________________________
  99 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 100   : TNamed(name,title)
 101 {
 102   //
 103   //  Constructor for the main processor.
 104   //  Creates the geometry
 105   //  Creates the list of Detectors.
 106   //  Creates the list of particles.
 107   //
 108   Int_t i;
 109
 110   gAlice     = this;
 111   fTreeD     = 0;
 112   fTreeK     = 0;
 113   fTreeH     = 0;
 114   fTreeE     = 0;
 115   fTreeR     = 0;
 116   fTrRmax    = 1.e10;
 117   fTrZmax    = 1.e10;
 118   fGenerator = 0;
 119   fInitDone  = kFALSE;
 120   fLego      = 0;
 121   fField     = 0;
 122
 123   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 124   //
 125   // create the support list for the various Detectors
 126   fModules = new TObjArray(77);
 127   //
 128   // Create the TNode geometry for the event display
 129
 130   BuildSimpleGeometry();
 131
 132
 133   fNtrack=0;
 134   fHgwmk=0;
 135   fCurrent=-1;
 136   header=&fHeader;
 137   fRun       = 0;
 138   fEvent     = 0;
 139   //
 140   // Create the particle stack
 141   fParticles = new TClonesArray("TParticle",100);
 142
 143   fDisplay = 0;
 144   //
 145   // Create default mag field
 146   SetField();
 147   //
 148   fMC      = AliMC::GetMC();
 149   //
 150   //---------------Load detector names
 151
 152   fNdets=21;
 153   strcpy(fDnames[0],"BODY");
 154   strcpy(fDnames[1],"NULL");
 155   strcpy(fDnames[2],"ITS");
 156   strcpy(fDnames[3],"MAG");
 157   strcpy(fDnames[4],"TPC");
 158   strcpy(fDnames[5],"TOF");
 159   strcpy(fDnames[6],"PMD");
 160   strcpy(fDnames[7],"PHOS");
 161   strcpy(fDnames[8],"ZDC");
 162   strcpy(fDnames[9],"FMD");
 163   strcpy(fDnames[10],"RICH");
 164   strcpy(fDnames[11],"MUON");
 165   strcpy(fDnames[12],"FRAME");
 166   strcpy(fDnames[13],"TRD");
 167   strcpy(fDnames[14],"NULL");
 168   strcpy(fDnames[15],"CASTOR");
 169   strcpy(fDnames[16],"ABSO");
 170   strcpy(fDnames[17],"SHIL");
 171   strcpy(fDnames[18],"DIPO");
 172   strcpy(fDnames[19],"HALL");
 173   strcpy(fDnames[20],"PIPE");
 174
 175   //
 176   // Prepare the tracking medium lists
 177   fImedia = new TArrayI(1000);
 178   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 179   //
 180   // Make particles
 181   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 182 }
 183
 184 //_____________________________________________________________________________
 185 AliRun::~AliRun()
 186 {
 187   //
 188   // Defaullt AliRun destructor
 189   //
 190   delete fImedia;
 191   delete fField;
 192   delete fMC;
 193   delete fGeometry;
 194   delete fDisplay;
 195   delete fGenerator;
 196   delete fLego;
 197   delete fTreeD;
 198   delete fTreeK;
 199   delete fTreeH;
 200   delete fTreeE;
 201   delete fTreeR;
 202   if (fModules) {
 203     fModules->Delete();
 204     delete fModules;
 205   }
 206   if (fParticles) {
 207     fParticles->Delete();
 208     delete fParticles;
 209   }
 210 }
 211
 212 //_____________________________________________________________________________
 213 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 214 {
 215   //
 216   //  Add a hit to detector id
 217   //
 218   TObjArray &dets = *fModules;
 219   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 220 }
 221
 222 //_____________________________________________________________________________
 223 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 224 {
 225   //
 226   // Add digit to detector id
 227   //
 228   TObjArray &dets = *fModules;
 229   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 230 }
 231
 232 //_____________________________________________________________________________
 233 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 234 {
 235   //
 236   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 237   // of the Root browser.
 238   // It displays the Root Trees and all detectors.
 239   //
 240   if (fTreeK) b->Add(fTreeK,fTreeK->GetName());
 241   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 242   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 243   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 244   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 245
 246   TIter next(fModules);
 247   AliModule *detector;
 248   while((detector = (AliModule*)next())) {
 249     b->Add(detector,detector->GetName());
 250   }
 251 }
 252
 253 //_____________________________________________________________________________
 254 void AliRun::Build()
 255 {
 256   //
 257   // Initialize Alice geometry
 258   // Dummy routine
 259   //
 260 }
 261
 262 //_____________________________________________________________________________
 263 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 264 {
 265   //
 266   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 267   //
 268   // Initialise geometry
 269   //
 270   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 271   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 272   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 273   brik->SetVisibility(0);
 274   new TNode("alice","alice","S_alice");
 275 }
 276
 277 //_____________________________________________________________________________
 278 void AliRun::CleanDetectors()
 279 {
 280   //
 281   // Clean Detectors at the end of event
 282   //
 283   TIter next(fModules);
 284   AliModule *detector;
 285   while((detector = (AliModule*)next())) {
 286     detector->FinishEvent();
 287   }
 288 }
 289
 290 //_____________________________________________________________________________
 291 void AliRun::CleanParents()
 292 {
 293   //
 294   // Clean Particles stack.
 295   // Set parent/daughter relations
 296   //
 297   TClonesArray &particles = *(gAlice->Particles());
 298   TParticle *part;
 299   int i;
 300   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
 301     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
 302     if(!part->TestBit(Daughters_Bit)) {
 303       part->SetFirstDaughter(-1);
 304       part->SetLastDaughter(-1);
 305     }
 306   }
 307 }
 308
 309 //_____________________________________________________________________________
 310 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 311 {
 312   //
 313   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 314   // Dummy routine
 315   //
 316   return 9999;
 317 }
 318
 319 //_____________________________________________________________________________
 320 void AliRun::DumpPart (Int_t i)
 321 {
 322   //
 323   // Dumps particle i in the stack
 324   //
 325   TClonesArray &particles = *fParticles;
 326   ((TParticle*) particles[i])->Print();
 327 }
 328
 329 //_____________________________________________________________________________
 330 void AliRun::DumpPStack ()
 331 {
 332   //
 333   // Dumps the particle stack
 334   //
 335   TClonesArray &particles = *fParticles;
 336   printf(
 337          "\n\n=======================================================================\n");
 338   for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++)
 339     {
 340       printf("-> %d ",i); ((TParticle*) particles[i])->Print();
 341       printf("--------------------------------------------------------------\n");
 342     }
 343   printf(
 344          "\n=======================================================================\n\n");
 345 }
 346
 347 //_____________________________________________________________________________
 348 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 349                       Float_t maxField, char* filename)
 350 {
 351   //
 352   //  Set magnetic field parameters
 353   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 354   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 355   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 356   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 357
 358   //
 359   // --- Sanity check on mag field flags
 360   if(type<0 || type > 2) {
 361     printf(" Invalid magnetic field flag: %5d; Helix tracking chosen instead\n"
 362            ,type);
 363     type=2;
 364   }
 365   if(fField) delete fField;
 366   if(version==1) {
 367     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,version,scale,maxField);
 368   } else if(version<=3) {
 369     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,version,scale,maxField);
 370     fField->ReadField();
 371   } else {
 372     printf("Invalid map %d\n",version);
 373   }
 374 }
 375
 376 //_____________________________________________________________________________
 377 void AliRun::FillTree()
 378 {
 379   //
 380   // Fills all AliRun TTrees
 381   //
 382   if (fTreeK) fTreeK->Fill();
 383   if (fTreeH) fTreeH->Fill();
 384   if (fTreeD) fTreeD->Fill();
 385   if (fTreeR) fTreeR->Fill();
 386 }
 387
 388 //_____________________________________________________________________________
 389 void AliRun::FinishPrimary()
 390 {
 391   //
 392   // Called  at the end of each primary track
 393   //
 394
 395   // This primary is finished, purify stack
 396   gAlice->PurifyKine();
 397
 398   // Write out hits if any
 399   if (gAlice->TreeH()) {
 400     gAlice->TreeH()->Fill();
 401   }
 402
 403   // Reset Hits info
 404   gAlice->ResetHits();
 405 }
 406
 407 //_____________________________________________________________________________
 408 void AliRun::FinishEvent()
 409 {
 410   //
 411   // Called at the end of the event.
 412   //
 413
 414   //Update the energy deposit tables
 415   Int_t i;
 416   for(i=0;i<sEventEnergy.GetSize();i++) {
 417     sSummEnergy[i]+=sEventEnergy[i];
 418     sSum2Energy[i]+=sEventEnergy[i]*sEventEnergy[i];
 419   }
 420   sEventEnergy.Reset();
 421
 422   // Clean detector information
 423   CleanDetectors();
 424
 425   // Write out the kinematics
 426   if (fTreeK) {
 427     CleanParents();
 428     fTreeK->Fill();
 429   }
 430
 431   // Write out the digits
 432   if (fTreeD) {
 433     fTreeD->Fill();
 434     ResetDigits();
 435   }
 436
 437   // Write out reconstructed clusters
 438   if (fTreeR) {
 439     fTreeR->Fill();
 440   }
 441
 442   // Write out the event Header information
 443   if (fTreeE) fTreeE->Fill();
 444
 445   // Reset stack info
 446   ResetStack();
 447
 448   // Write Tree headers
 449   Int_t ievent = fHeader.GetEvent();
 450   char hname[30];
 451   sprintf(hname,"TreeK%d",ievent);
 452   if (fTreeK) fTreeK->Write(hname);
 453   sprintf(hname,"TreeH%d",ievent);
 454   if (fTreeH) fTreeH->Write(hname);
 455   sprintf(hname,"TreeD%d",ievent);
 456   if (fTreeD) fTreeD->Write(hname);
 457   sprintf(hname,"TreeR%d",ievent);
 458   if (fTreeR) fTreeR->Write(hname);
 459 }
 460
 461 //_____________________________________________________________________________
 462 void AliRun::FinishRun()
 463 {
 464   //
 465   // Called at the end of the run.
 466   //
 467
 468   // Clean detector information
 469   TIter next(fModules);
 470   AliModule *detector;
 471   while((detector = (AliModule*)next())) {
 472     detector->FinishRun();
 473   }
 474
 475   //Output energy summary tables
 476   EnergySummary();
 477
 478   // file is retrieved from whatever tree
 479   TFile *File = 0;
 480   if (fTreeK) File = fTreeK->GetCurrentFile();
 481   if ((!File) && (fTreeH)) File = fTreeH->GetCurrentFile();
 482   if ((!File) && (fTreeD)) File = fTreeD->GetCurrentFile();
 483   if ((!File) && (fTreeE)) File = fTreeE->GetCurrentFile();
 484   if( NULL==File ) {
 485     Error("FinishRun","There isn't root file!");
 486     exit(1);
 487   }
 488   File->cd();
 489   fTreeE->Write();
 490
 491   // Clean tree information
 492   delete fTreeK; fTreeK = 0;
 493   delete fTreeH; fTreeH = 0;
 494   delete fTreeD; fTreeD = 0;
 495   delete fTreeR; fTreeR = 0;
 496   delete fTreeE; fTreeE = 0;
 497
 498   // Write AliRun info and all detectors parameters
 499   Write();
 500
 501   // Close output file
 502   File->Write();
 503   File->Close();
 504 }
 505
 506 //_____________________________________________________________________________
 507 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 508 {
 509   //
 510   // Flags a track and all its family tree to be kept
 511   //
 512   int curr;
 513   TParticle *particle;
 514
 515   curr=track;
 516   while(1) {
 517     particle=(TParticle*)fParticles->UncheckedAt(curr);
 518
 519     // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
 520     if(particle->TestBit(Keep_Bit)) return;
 521
 522     // Save this particle
 523     particle->SetBit(Keep_Bit);
 524
 525     // Move to father if any
 526     if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
 527   }
 528 }
 529
 530 //_____________________________________________________________________________
 531 void AliRun::EnergySummary()
 532 {
 533   //
 534   // Print summary of deposited energy
 535   //
 536
 537   AliMC* pMC = AliMC::GetMC();
 538
 539   Int_t ndep=0;
 540   Float_t edtot=0;
 541   Float_t ed, ed2;
 542   Int_t kn, i, left, j, id;
 543   const Float_t zero=0;
 544   Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
 545   //
 546   // Energy loss information
 547   if(ievent) {
 548     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 549     for(kn=1;kn<sEventEnergy.GetSize();kn++) {
 550       ed=sSummEnergy[kn];
 551       if(ed>0) {
 552         sEventEnergy[ndep]=kn;
 553         if(ievent>1) {
 554           ed=ed/ievent;
 555           ed2=sSum2Energy[kn];
 556           ed2=ed2/ievent;
 557           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,zero))/ed;
 558         } else
 559           ed2=99;
 560         sSummEnergy[ndep]=ed;
 561         sSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,zero));
 562         edtot+=ed;
 563         ndep++;
 564       }
 565     }
 566     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 567       left=ndep-kn*3;
 568       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 569         j=kn*3+i;
 570         id=Int_t (sEventEnergy[j]+0.1);
 571         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",pMC->VolName(id),sSummEnergy[j],sSum2Energy[j]);
 572       }
 573       printf("\n");
 574     }
 575     //
 576     // Relative energy loss in different detectors
 577     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 578     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 579     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 580       left=ndep-kn*5;
 581       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 582         j=kn*5+i;
 583         id=Int_t (sEventEnergy[j]+0.1);
 584         printf(" %s %10.3f%%;",pMC->VolName(id),100*sSummEnergy[j]/edtot);
 585       }
 586       printf("\n");
 587     }
 588     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 589     printf("\n");
 590   }
 591   //
 592   // Reset the TArray's
 593   sEventEnergy.Set(0);
 594   sSummEnergy.Set(0);
 595   sSum2Energy.Set(0);
 596 }
 597
 598 //_____________________________________________________________________________
 599 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name)
 600 {
 601   //
 602   // Return pointer to detector from name
 603   //
 604   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 605 }
 606
 607 //_____________________________________________________________________________
 608 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name)
 609 {
 610   //
 611   // Return pointer to detector from name
 612   //
 613   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 614 }
 615
 616 //_____________________________________________________________________________
 617 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name)
 618 {
 619   //
 620   // Return galice internal detector identifier from name
 621   //
 622   Int_t i;
 623   for(i=0;i<fNdets;i++) if(!strcmp(fDnames[i],name)) {
 624     return i;
 625   }
 626   printf(" * GetDetectorID * Detector %s not found: returning -1\n",name);
 627   return -1;
 628 }
 629
 630 //_____________________________________________________________________________
 631 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 632 {
 633   //
 634   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 635   // Set branch addresses
 636   //
 637   fHeader.SetEvent(event);
 638
 639   // Reset existing structures
 640   ResetStack();
 641   ResetHits();
 642   ResetDigits();
 643
 644   // Delete Trees already connected
 645   if (fTreeK) delete fTreeK;
 646   if (fTreeH) delete fTreeH;
 647   if (fTreeD) delete fTreeD;
 648   if (fTreeR) delete fTreeR;
 649
 650   // Get Kine Tree from file
 651   char treeName[20];
 652   sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
 653   fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 654   if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticles);
 655   else        printf("ERROR: cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
 656
 657   // Get Hits Tree header from file
 658   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 659   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 660   if (!fTreeH) {
 661     printf("ERROR: cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 662     return 0;
 663   }
 664
 665   // Get Digits Tree header from file
 666   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 667   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 668   if (!fTreeD) {
 669     printf("WARNING: cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 670   }
 671
 672
 673   // Get Reconstruct Tree header from file
 674   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 675   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 676   if (!fTreeR) {
 677     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 678   }
 679
 680   // Set Trees branch addresses
 681   TIter next(fModules);
 682   AliModule *detector;
 683   while((detector = (AliModule*)next())) {
 684     detector->SetTreeAddress();
 685   }
 686
 687   if (fTreeK) fTreeK->GetEvent(0);
 688   fNtrack = Int_t (fParticles->GetEntries());
 689   return fNtrack;
 690 }
 691
 692 //_____________________________________________________________________________
 693 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 694 {
 695   //
 696   // Import Alice geometry from current file
 697   // Return pointer to geometry object
 698   //
 699   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 700   //
 701   // Unlink and relink nodes in detectors
 702   // This is bad and there must be a better way...
 703   //
 704   TList *tnodes=fGeometry->GetListOfNodes();
 705   TNode *alice=(TNode*)tnodes->At(0);
 706   TList *gnodes=alice->GetListOfNodes();
 707
 708   TIter next(fModules);
 709   AliModule *detector;
 710   while((detector = (AliModule*)next())) {
 711     detector->SetTreeAddress();
 712     TList *dnodes=detector->Nodes();
 713     Int_t j;
 714     TNode *node, *node1;
 715     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 716       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 717       node1 = (TNode*) gnodes->FindObject(node->GetName());
 718       dnodes->Remove(node);
 719       dnodes->AddAt(node1,j);
 720     }
 721   }
 722   return fGeometry;
 723 }
 724
 725 //_____________________________________________________________________________
 726 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 727                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 728                           Float_t &tof)
 729 {
 730   //
 731   // Return next track from stack of particles
 732   //
 733   const TVector3 *pol;
 734   fCurrent=-1;
 735   TParticle *track;
 736   for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
 737     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(i);
 738     if(!track->TestBit(Done_Bit)) {
 739       //
 740       // The track has not yet been processed
 741       fCurrent=i;
 742       ipart=track->GetPdgCode();
 743       pmom[0]=track->Px();
 744       pmom[1]=track->Py();
 745       pmom[2]=track->Pz();
 746       e     =track->Energy();
 747       vpos[0]=track->Vx();
 748       vpos[1]=track->Vy();
 749       vpos[2]=track->Vz();
 750       pol = track->GetPolarisation();
 751       polar[0]=pol->X();
 752       polar[1]=pol->Y();
 753       polar[2]=pol->Z();
 754       tof=track->T();
 755       track->SetBit(Done_Bit);
 756       break;
 757     }
 758   }
 759   mtrack=fCurrent;
 760   //
 761   // stop and start timer when we start a primary track
 762   Int_t nprimaries = fHeader.GetNprimary();
 763   if (fCurrent >= nprimaries) return;
 764   if (fCurrent < nprimaries-1) {
 765     fTimer.Stop();
 766     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(fCurrent+1);
 767     //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
 768   }
 769   fTimer.Start();
 770 }
 771
 772 //_____________________________________________________________________________
 773 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track)
 774 {
 775   //
 776   // return number of primary that has generated track
 777   //
 778   int current, parent;
 779   TParticle *part;
 780   //
 781   parent=track;
 782   while (1) {
 783     current=parent;
 784     part = (TParticle *)fParticles->UncheckedAt(current);
 785     parent=part->GetFirstMother();
 786     if(parent<0) return current;
 787   }
 788 }
 789
 790 //_____________________________________________________________________________
 791 void AliRun::Init(const char *setup)
 792 {
 793   //
 794   // Initialize the Alice setup
 795   //
 796
 797   gROOT->LoadMacro(setup);
 798   gInterpreter->ProcessLine("Config();");
 799
 800   AliMC* pMC = AliMC::GetMC();
 801
 802   pMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
 803
 804   TObject *objfirst, *objlast;
 805
 806   //
 807   //=================Create Materials, geometry, histograms, etc
 808    TIter next(fModules);
 809    AliModule *detector;
 810    while((detector = (AliModule*)next())) {
 811       detector->SetTreeAddress();
 812       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
 813
 814       // Initialise detector materials, geometry, histograms,etc
 815       detector->CreateMaterials();
 816       detector->CreateGeometry();
 817       detector->BuildGeometry();
 818       detector->Init();
 819
 820       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
 821       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
 822       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
 823       while (objfirst) {
 824         detector->Histograms()->Add(objfirst);
 825         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
 826       }
 827    }
 828    SetTransPar(); //Read the cuts for all materials
 829
 830    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
 831
 832    //Close the geometry structure
 833    pMC->Ggclos();
 834
 835    //Initialise geometry deposition table
 836    sEventEnergy.Set(pMC->NofVolumes()+1);
 837    sSummEnergy.Set(pMC->NofVolumes()+1);
 838    sSum2Energy.Set(pMC->NofVolumes()+1);
 839
 840    //Create the color table
 841    pMC->SetColors();
 842
 843    //Compute cross-sections
 844    pMC->Gphysi();
 845
 846    //Write Geometry object to current file.
 847    fGeometry->Write();
 848
 849    fInitDone = kTRUE;
 850 }
 851
 852 //_____________________________________________________________________________
 853 void AliRun::MediaTable()
 854 {
 855   //
 856   // Built media table to get from the media number to
 857   // the detector id
 858   //
 859   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
 860   //  Int_t ibeg;
 861   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
 862   AliModule *det;
 863   //
 864   // For all detectors
 865   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
 866     // If detector is defined
 867     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
 868         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
 869         for(nz=0;nz<100;nz++) {
 870         // Find max and min material number
 871         if((idt=idtmed[nz])) {
 872           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
 873           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
 874         }
 875       }
 876       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
 877         det->LoMedium() = 0;
 878         det->HiMedium() = 0;
 879       } else {
 880         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
 881           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
 882                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
 883           return;
 884         }
 885         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
 886         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
 887           (*fImedia)[lz]=kz;
 888         }
 889       }
 890     }
 891   }
 892   //
 893   // Print summary table
 894   printf(" Traking media ranges:\n");
 895   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
 896     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
 897       ind=i*6+k;
 898       det=(AliModule*)dets[ind];
 899       if(det)
 900         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
 901                det->HiMedium());
 902       else
 903         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
 904     }
 905     printf("\n");
 906   }
 907 }
 908
 909 //____________________________________________________________________________
 910 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
 911 {
 912   //
 913   // Load the event generator
 914   //
 915   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
 916 }
 917
 918 //____________________________________________________________________________
 919 void AliRun::SetTransPar(char* filename)
 920 {
 921   //
 922   // Read filename to set the transport parameters
 923   //
 924
 925
 926   AliMC* pMC = AliMC::GetMC();
 927   const Int_t ncuts=10;
 928   const Int_t nflags=11;
 929   const Int_t npars=ncuts+nflags;
 930   const char pars[npars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
 931                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
 932                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
 933                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
 934   char line[256];
 935   char detName[7];
 936   char* filtmp;
 937   Float_t cut[ncuts];
 938   Int_t flag[nflags];
 939   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
 940   FILE *lun;
 941   //
 942   // See whether the file is there
 943   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filename);
 944   lun=fopen(filtmp,"r");
 945   delete [] filtmp;
 946   if(!lun) {
 947     Warning("SetTransPar","File %s does not exist!\n",filename);
 948     return;
 949   }
 950   //
 951   printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 952   printf(" *%59s\n","*");
 953   printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
 954   printf(" *%59s\n","*");
 955   //
 956   while(1) {
 957     // Initialise cuts and flags
 958     for(i=0;i<ncuts;i++) cut[i]=-99;
 959     for(i=0;i<nflags;i++) flag[i]=-99;
 960     itmed=0;
 961     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
 962     // Read up to the end of line excluded
 963     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
 964     if(iret<0) {
 965       //End of file
 966       fclose(lun);
 967       printf(" *%59s\n","*");
 968       printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 969       return;
 970     }
 971     // Read the end of line
 972     fscanf(lun,"%*c");
 973     if(!iret) continue;
 974     if(line[0]=='*') continue;
 975     // Read the numbers
 976     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
 977                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
 978                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
 979                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
 980     if(!iret) continue;
 981     if(iret<0) {
 982       //reading error
 983       Warning("SetTransPar","Error reading file %s\n",filename);
 984       continue;
 985     }
 986     // Check that the module exist
 987     AliModule *mod = GetModule(detName);
 988     if(mod) {
 989       // Get the array of media numbers
 990       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
 991       // Check that the tracking medium code is valid
 992       if(0<=itmed && itmed < 100) {
 993         ktmed=idtmed[itmed];
 994         if(!ktmed) {
 995           Warning("SetTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
 996           continue;
 997         }
 998         // Set energy thresholds
 999         for(kz=0;kz<ncuts;kz++) {
1000           if(cut[kz]>=0) {
1001             printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d %s\n",
1002                    pars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
1003             pMC->Gstpar(ktmed,pars[kz],cut[kz]);
1004           }
1005         }
1006         // Set transport mechanisms
1007         for(kz=0;kz<nflags;kz++) {
1008           if(flag[kz]>=0) {
1009             printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
1010                    pars[ncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
1011             pMC->Gstpar(ktmed,pars[ncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1012           }
1013         }
1014       } else {
1015         Warning("SetTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
1016         continue;
1017       }
1018     } else {
1019       Warning("SetTransPar","Module %s not present\n",detName);
1020       continue;
1021     }
1022   }
1023 }
1024
1025 //_____________________________________________________________________________
1026 void AliRun::MakeTree(Option_t *option)
1027 {
1028   //
1029   //  Create the ROOT trees
1030   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1031   //
1032
1033   //
1034   // Analyse options
1035   char *K = strstr(option,"K");
1036   char *H = strstr(option,"H");
1037   char *E = strstr(option,"E");
1038   char *D = strstr(option,"D");
1039   char *R = strstr(option,"R");
1040   //
1041   if (K && !fTreeK) fTreeK = new TTree("TK","Kinematics");
1042   if (H && !fTreeH) fTreeH = new TTree("TH","Hits");
1043   if (D && !fTreeD) fTreeD = new TTree("TD","Digits");
1044   if (E && !fTreeE) fTreeE = new TTree("TE","Header");
1045   if (R && !fTreeR) fTreeR = new TTree("TR","Reconstruction");
1046   if (fTreeH) fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1047   //
1048   // Create a branch for hits/digits for each detector
1049   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1050   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1051   TIter next(fModules);
1052   AliModule *detector;
1053   while((detector = (AliModule*)next())) {
1054      if (H || D || R) detector->MakeBranch(option);
1055   }
1056   //  Create a branch for particles
1057   if (fTreeK && K) fTreeK->Branch("Particles",&fParticles,4000);
1058
1059   //  Create a branch for Header
1060   if (fTreeE && E) fTreeE->Branch("Header","AliHeader",&header,4000);
1061 }
1062
1063 //_____________________________________________________________________________
1064 Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
1065 {
1066   //
1067   // PurifyKine with external parameters
1068   //
1069   fHgwmk = lastSavedTrack;
1070   fNtrack = nofTracks;
1071   PurifyKine();
1072   return fHgwmk;
1073 }
1074
1075 //_____________________________________________________________________________
1076 void AliRun::PurifyKine()
1077 {
1078   //
1079   // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
1080   // and renaming the particle id's in all the hits
1081   //
1082   TClonesArray &particles = *fParticles;
1083   int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
1084   TParticle *part, *partnew, *father;
1085   AliHit *OneHit;
1086   int *map = new int[particles.GetEntries()];
1087
1088   // Save in Header total number of tracks before compression
1089   fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
1090
1091   // Preset map, to be removed later
1092   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
1093     if(i<=fHgwmk) map[i]=i ; else map[i] = -99 ;}
1094   // Second pass, build map between old and new numbering
1095   for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1096     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1097     if(part->TestBit(Keep_Bit)) {
1098
1099       // This particle has to be kept
1100       map[i]=nkeep;
1101       if(i!=nkeep) {
1102
1103         // Old and new are different, have to copy
1104         partnew = (TParticle *)particles.UncheckedAt(nkeep);
1105         *partnew = *part;
1106       } else partnew = part;
1107
1108       // as the parent is always *before*, it must be already
1109       // in place. This is what we are checking anyway!
1110       if((parent=partnew->GetFirstMother())>fHgwmk) {
1111         if(map[parent]==-99) printf("map[%d] = -99!\n",parent);
1112         partnew->SetFirstMother(map[parent]);
1113       }
1114       nkeep++;
1115     }
1116   }
1117   fNtrack=nkeep;
1118
1119   // Fix daughters information
1120   for (i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1121     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1122     parent = part->GetFirstMother();
1123     father = (TParticle *)particles.UncheckedAt(parent);
1124     if(father->TestBit(Daughters_Bit)) {
1125
1126       if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
1127       if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
1128     } else {
1129       // Iitialise daughters info for first pass
1130       father->SetFirstDaughter(i);
1131       father->SetLastDaughter(i);
1132       father->SetBit(Daughters_Bit);
1133     }
1134   }
1135
1136   // Now loop on all detectors and reset the hits
1137   TIter next(fModules);
1138   AliModule *detector;
1139   while((detector = (AliModule*)next())) {
1140     if (!detector->Hits()) continue;
1141     TClonesArray &vHits=*(detector->Hits());
1142     if(vHits.GetEntries() != detector->GetNhits())
1143       printf("vHits.GetEntries()!=detector->GetNhits(): %d != %d\n",
1144              vHits.GetEntries(),detector->GetNhits());
1145     for (i=0; i<detector->GetNhits(); i++) {
1146       OneHit = (AliHit *)vHits.UncheckedAt(i);
1147       OneHit->SetTrack(map[OneHit->GetTrack()]);
1148     }
1149   }
1150
1151   fHgwmk=nkeep-1;
1152   particles.SetLast(fHgwmk);
1153   delete [] map;
1154 }
1155
1156 //_____________________________________________________________________________
1157 void AliRun::Reset(Int_t run, Int_t idevent)
1158 {
1159   //
1160   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1161   //
1162   ResetStack();
1163   ResetHits();
1164   ResetDigits();
1165
1166   // Initialise event header
1167   fHeader.Reset(run,idevent);
1168
1169   if(fTreeK) fTreeK->Reset();
1170   if(fTreeH) fTreeH->Reset();
1171   if(fTreeD) fTreeD->Reset();
1172 }
1173
1174 //_____________________________________________________________________________
1175 void AliRun::ResetDigits()
1176 {
1177   //
1178   //  Reset all Detectors digits
1179   //
1180   TIter next(fModules);
1181   AliModule *detector;
1182   while((detector = (AliModule*)next())) {
1183      detector->ResetDigits();
1184   }
1185 }
1186
1187 //_____________________________________________________________________________
1188 void AliRun::ResetHits()
1189 {
1190   //
1191   //  Reset all Detectors hits
1192   //
1193   TIter next(fModules);
1194   AliModule *detector;
1195   while((detector = (AliModule*)next())) {
1196      detector->ResetHits();
1197   }
1198 }
1199
1200 //_____________________________________________________________________________
1201 void AliRun::ResetPoints()
1202 {
1203   //
1204   // Reset all Detectors points
1205   //
1206   TIter next(fModules);
1207   AliModule *detector;
1208   while((detector = (AliModule*)next())) {
1209      detector->ResetPoints();
1210   }
1211 }
1212
1213 //_____________________________________________________________________________
1214 void AliRun::Run(Int_t nevent, const char *setup)
1215 {
1216   //
1217   // Main function to be called to process a galice run
1218   // example
1219   //    Root > gAlice.Run();
1220   // a positive number of events will cause the finish routine
1221   // to be called
1222   //
1223
1224   Int_t i, todo;
1225   // check if initialisation has been done
1226   if (!fInitDone) Init(setup);
1227
1228   AliMC* pMC = AliMC::GetMC();
1229
1230   // Create the Root Tree with one branch per detector
1231   if(!fEvent) {
1232     gAlice->MakeTree("KHDER");
1233   }
1234
1235   todo = TMath::Abs(nevent);
1236   for (i=0; i<todo; i++) {
1237   // Process one run (one run = one event)
1238      gAlice->Reset(fRun, fEvent);
1239      pMC->Gtrigi();
1240      pMC->Gtrigc();
1241      pMC->Gtrig();
1242      gAlice->FinishEvent();
1243      fEvent++;
1244   }
1245
1246   // End of this run, close files
1247   if(nevent>0) gAlice->FinishRun();
1248 }
1249
1250 //_____________________________________________________________________________
1251 void AliRun::RunLego(const char *setup,Int_t ntheta,Float_t themin,
1252                      Float_t themax,Int_t nphi,Float_t phimin,Float_t phimax,
1253                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax)
1254 {
1255   //
1256   // Generates lego plots of:
1257   //    - radiation length map phi vs theta
1258   //    - radiation length map phi vs eta
1259   //    - interaction length map
1260   //    - g/cm2 length map
1261   //
1262   //  ntheta    bins in theta, eta
1263   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1264   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1265   //  nphi      bins in phi
1266   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1267   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1268   //  rmin      minimum radius
1269   //  rmax      maximum radius
1270   //
1271   //
1272   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1273   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1274   //
1275   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1276   //Begin_Html
1277   /*
1278     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1279   */
1280   //End_Html
1281   //Begin_Html
1282   /*
1283     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1284   */
1285   //End_Html
1286   //Begin_Html
1287   /*
1288     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1289   */
1290   //End_Html
1291   //
1292
1293   // check if initialisation has been done
1294   if (!fInitDone) Init(setup);
1295
1296   fLego = new AliLego("lego","lego");
1297   fLego->Init(ntheta,themin,themax,nphi,phimin,phimax,rmin,rmax,zmax);
1298   fLego->Run();
1299
1300   // Create only the Root event Tree
1301   gAlice->MakeTree("E");
1302
1303   // End of this run, close files
1304   gAlice->FinishRun();
1305 }
1306
1307 //_____________________________________________________________________________
1308 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1309 {
1310   //
1311   // Set current track number
1312   //
1313   fCurrent = track;
1314 }
1315
1316 //_____________________________________________________________________________
1317 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1318                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1319                       const char *mecha, Int_t &ntr, Float_t weight)
1320 {
1321   //
1322   // Load a track on the stack
1323   //
1324   // done     0 if the track has to be transported
1325   //          1 if not
1326   // parent   identifier of the parent track. -1 for a primary
1327   // pdg    particle code
1328   // pmom     momentum GeV/c
1329   // vpos     position
1330   // polar    polarisation
1331   // tof      time of flight in seconds
1332   // mecha    production mechanism
1333   // ntr      on output the number of the track stored
1334   //
1335   TClonesArray &particles = *fParticles;
1336   TParticle *particle;
1337   Float_t mass;
1338   const Int_t firstdaughter=-1;
1339   const Int_t lastdaughter=-1;
1340   const Int_t KS=0;
1341   //  const Float_t tlife=0;
1342
1343   //
1344   // Here we get the static mass
1345   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1346   // if the calculated mass is required
1347   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1348   // used in the MC is not the same of the PDG database
1349   //
1350   mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1351   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1352                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1353
1354   //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f KS %d m %s\n",
1355   //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],KS,mecha);
1356
1357   particle=new(particles[fNtrack]) TParticle(pdg,KS,parent,-1,firstdaughter,
1358                                              lastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
1359                                              e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
1360   //                                         polar[0],polar[1],polar[2],tof,
1361   //                                         mecha,weight);
1362   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
1363   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetWeight(weight);
1364   if(!done) particle->SetBit(Done_Bit);
1365
1366   if(parent>=0) {
1367     particle=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(parent);
1368     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
1369     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
1370   } else {
1371     //
1372     // This is a primary track. Set high water mark for this event
1373     fHgwmk=fNtrack;
1374     //
1375     // Set also number if primary tracks
1376     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
1377     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
1378   }
1379   ntr = fNtrack++;
1380 }
1381
1382 //_____________________________________________________________________________
1383 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
1384 {
1385   //
1386   // flags a track to be kept
1387   //
1388   TClonesArray &particles = *fParticles;
1389   ((TParticle*)particles[track])->SetBit(Keep_Bit);
1390 }
1391
1392 //_____________________________________________________________________________
1393 void AliRun::StepManager(Int_t id) const
1394 {
1395   //
1396   // Called at every step during transport
1397   //
1398
1399   AliMC* pMC = AliMC::GetMC();
1400
1401   Int_t copy;
1402   //
1403   // --- If lego option, do it and leave
1404   if (fLego) {
1405     fLego->StepManager();
1406     return;
1407   }
1408   //Update energy deposition tables
1409   sEventEnergy[pMC->CurrentVol(0,copy)]+=pMC->Edep();
1410
1411   //Call the appropriate stepping routine;
1412   AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
1413   if(det) det->StepManager();
1414 }
1415
1416 //_____________________________________________________________________________
1417 void AliRun::ReadEuclid(const char* filnam, Int_t id_det, const char* topvol)
1418 {
1419   //
1420   //       read in the geometry of the detector in euclid file format
1421   //
1422   //        id_det : the detector identification (2=its,...)
1423   //        topvol : return parameter describing the name of the top
1424   //        volume of geometry.
1425   //
1426   //            author : m. maire
1427   //
1428   //     28.07.98
1429   //     several changes have been made by miroslav helbich
1430   //     subroutine is rewrited to follow the new established way of memory
1431   //     booking for tracking medias and rotation matrices.
1432   //     all used tracking media have to be defined first, for this you can use
1433   //     subroutine  greutmed.
1434   //     top volume is searched as only volume not positioned into another
1435   //
1436
1437   AliMC* pMC = AliMC::GetMC();
1438   Int_t i, nvol, iret, itmed, irot, numed, npar, ndiv, iaxe;
1439   Int_t ndvmx, nr, flag;
1440   char key[5], card[77], natmed[21];
1441   char name[5], mother[5], shape[5], konly[5], volst[7000][5];
1442   char *filtmp;
1443   Float_t par[50];
1444   Float_t teta1, phi1, teta2, phi2, teta3, phi3, orig, step;
1445   Float_t xo, yo, zo;
1446   Int_t idrot[5000],istop[7000];
1447   FILE *lun;
1448   AliModule *det;
1449   //
1450   TObjArray &dets = *fModules;
1451   if(!dets[id_det]) {
1452     printf(" *** GREUTMED *** Detector %d not defined\n",id_det);
1453     return;
1454   } else {
1455     det = (AliModule*) dets[id_det];
1456   }
1457   //
1458   // *** The input filnam name will be with extension '.euc'
1459   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filnam);
1460   lun=fopen(filtmp,"r");
1461   delete [] filtmp;
1462   if(!lun) {
1463     printf(" *** GREUCL *** Could not open file %s\n",filnam);
1464     return;
1465   }
1466   //* --- definition of rotation matrix 0 ---
1467   TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
1468   idrot[0]=0;
1469   nvol=0;
1470  L10:
1471   for(i=0;i<77;i++) card[i]=0;
1472   iret=fscanf(lun,"%77[^\n]",card);
1473   if(iret<=0) goto L20;
1474   fscanf(lun,"%*c");
1475   //*
1476   strncpy(key,card,4);
1477   key[4]='\0';
1478   if (!strcmp(key,"TMED")) {
1479     sscanf(&card[5],"%d '%[^']'",&itmed,natmed);
1480     //Pad the string with blanks
1481     i=-1;
1482     while(natmed[++i]);
1483     while(i<20) natmed[i++]=' ';
1484     natmed[i]='\0';
1485     //
1486     //    pMC->Gckmat(idtmed[itmed+id_det*100-1],natmed);
1487     pMC->Gckmat(idtmed[itmed],natmed);
1488     //*
1489   } else if (!strcmp(key,"ROTM")) {
1490     sscanf(&card[4],"%d %f %f %f %f %f %f",&irot,&teta1,&phi1,&teta2,&phi2,&teta3,&phi3);
1491     det->AliMatrix(idrot[irot],teta1,phi1,teta2,phi2,teta3,phi3);
1492     //*
1493   } else if (!strcmp(key,"VOLU")) {
1494     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %d %d", name, shape, &numed, &npar);
1495     if (npar>0) {
1496       for(i=0;i<npar;i++) fscanf(lun,"%f",&par[i]);
1497       fscanf(lun,"%*c");
1498     }
1499     pMC->Gsvolu( name, shape, idtmed[numed], par, npar);
1500     //*     save the defined volumes
1501     strcpy(volst[++nvol],name);
1502     istop[nvol]=1;
1503     //*
1504   } else if (!strcmp(key,"DIVN")) {
1505     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %d %d", name, mother, &ndiv, &iaxe);
1506     pMC->Gsdvn  ( name, mother, ndiv, iaxe );
1507     //*
1508   } else if (!strcmp(key,"DVN2")) {
1509     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %d %d %f %d",name, mother, &ndiv, &iaxe, &orig, &numed);
1510     pMC->Gsdvn2( name, mother, ndiv, iaxe, orig,idtmed[numed]);
1511     //*
1512   } else if (!strcmp(key,"DIVT")) {
1513     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %f %d %d %d", name, mother, &step, &iaxe, &numed, &ndvmx);
1514     pMC->Gsdvt ( name, mother, step, iaxe, idtmed[numed], ndvmx);
1515     //*
1516   } else if (!strcmp(key,"DVT2")) {
1517     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %f %d %f %d %d", name, mother, &step, &iaxe, &orig, &numed, &ndvmx);
1518     pMC->Gsdvt2 ( name, mother, step, iaxe, orig, idtmed[numed], ndvmx );
1519     //*
1520   } else if (!strcmp(key,"POSI")) {
1521     sscanf(&card[5],"'%[^']' %d '%[^']' %f %f %f %d '%[^']'", name, &nr, mother, &xo, &yo, &zo, &irot, konly);
1522     //*** volume name cannot be the top volume
1523     for(i=1;i<=nvol;i++) {
1524       if (!strcmp(volst[i],name)) istop[i]=0;
1525     }
1526     //*
1527     pMC->Gspos  ( name, nr, mother, xo, yo, zo, idrot[irot], konly );
1528     //*
1529   } else if (!strcmp(key,"POSP")) {
1530     sscanf(&card[5],"'%[^']' %d '%[^']' %f %f %f %d '%[^']' %d", name, &nr, mother, &xo, &yo, &zo, &irot, konly, &npar);
1531     if (npar > 0) {
1532       for(i=0;i<npar;i++) fscanf(lun,"%f",&par[i]);
1533       fscanf(lun,"%*c");
1534     }
1535     //*** volume name cannot be the top volume
1536     for(i=1;i<=nvol;i++) {
1537       if (!strcmp(volst[i],name)) istop[i]=0;
1538     }
1539     //*
1540     pMC->Gsposp ( name, nr, mother, xo,yo,zo, idrot[irot], konly, par, npar);
1541   }
1542   //*
1543   if (strcmp(key,"END")) goto L10;
1544   //* find top volume in the geometry
1545   flag=0;
1546   for(i=1;i<=nvol;i++) {
1547     if (istop[i] && flag) {
1548       printf(" *** GREUCL *** warning: %s is another possible top volume\n",volst[i]);
1549     }
1550     if (istop[i] && !flag) {
1551       topvol=volst[i];
1552       printf(" *** GREUCL *** volume %s taken as a top volume\n",topvol);
1553       flag=1;
1554     }
1555   }
1556   if (!flag) {
1557     printf("*** GREUCL *** warning: top volume not found\n");
1558   }
1559   fclose (lun);
1560   //*
1561   //*     commented out only for the not cernlib version
1562   printf(" *** GREUCL *** file: %s is now read in\n",filnam);
1563   //
1564   return;
1565   //*
1566   L20:
1567   printf(" *** GREUCL *** reading error or premature end of file\n");
1568 }
1569
1570 //_____________________________________________________________________________
1571 void AliRun::ReadEuclidMedia(const char* filnam, Int_t id_det)
1572 {
1573   //
1574   //       read in the materials and tracking media for the detector
1575   //                   in euclid file format
1576   //
1577   //       filnam: name of the input file
1578   //       id_det: id_det is the detector identification (2=its,...)
1579   //
1580   //            author : miroslav helbich
1581   //
1582   Float_t sxmgmx = gAlice->Field()->Max();
1583   Int_t   isxfld = gAlice->Field()->Integ();
1584   Int_t end, i, iret, itmed;
1585   char key[5], card[130], natmed[21], namate[21];
1586   Float_t ubuf[50];
1587   char* filtmp;
1588   FILE *lun;
1589   Int_t imate;
1590   Int_t nwbuf, isvol, ifield, nmat;
1591   Float_t a, z, dens, radl, absl, fieldm, tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin;
1592   AliModule* det;
1593 //
1594   TObjArray &dets = *fModules;
1595   if(!dets[id_det]) {
1596     printf(" *** GREUTMED *** Detector %d not defined\n",id_det);
1597     return;
1598   } else {
1599     det = (AliModule*) dets[id_det];
1600   }
1601   end=strlen(filnam);
1602   for(i=0;i<end;i++) if(filnam[i]=='.') {
1603     end=i;
1604     break;
1605   }
1606   //
1607   // *** The input filnam name will be with extension '.euc'
1608   printf("The file name is %s\n",filnam); //Debug
1609   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filnam);
1610   lun=fopen(filtmp,"r");
1611   delete [] filtmp;
1612   if(!lun) {
1613     printf(" *** GREUTMED *** Could not open file %s\n",filnam);
1614     return;
1615   }
1616   //
1617   // Retrieve Mag Field parameters
1618   Int_t ISXFLD=gAlice->Field()->Integ();
1619   Float_t SXMGMX=gAlice->Field()->Max();
1620   TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
1621   //
1622  L10:
1623   for(i=0;i<130;i++) card[i]=0;
1624   iret=fscanf(lun,"%4s %[^\n]",key,card);
1625   if(iret<=0) goto L20;
1626   fscanf(lun,"%*c");
1627   //*
1628   //* read material
1629   if (!strcmp(key,"MATE")) {
1630     sscanf(card,"%d '%[^']' %f %f %f %f %f %d",&imate,namate,&a,&z,&dens,&radl,&absl,&nwbuf);
1631     if (nwbuf>0) for(i=0;i<nwbuf;i++) fscanf(lun,"%f",&ubuf[i]);
1632     //Pad the string with blanks
1633     i=-1;
1634     while(namate[++i]);
1635     while(i<20) namate[i++]=' ';
1636     namate[i]='\0';
1637     //
1638     det->AliMaterial(imate,namate,a,z,dens,radl,absl,ubuf,nwbuf);
1639     //* read tracking medium
1640   } else if (!strcmp(key,"TMED")) {
1641     sscanf(card,"%d '%[^']' %d %d %d %f %f %f %f %f %f %d",
1642            &itmed,natmed,&nmat,&isvol,&ifield,&fieldm,&tmaxfd,
1643            &stemax,&deemax,&epsil,&stmin,&nwbuf);
1644     if (nwbuf>0) for(i=0;i<nwbuf;i++) fscanf(lun,"%f",&ubuf[i]);
1645     if (ifield<0) ifield=isxfld;
1646     if (fieldm<0) fieldm=sxmgmx;
1647     //Pad the string with blanks
1648     i=-1;
1649     while(natmed[++i]);
1650     while(i<20) natmed[i++]=' ';
1651     natmed[i]='\0';
1652     //
1653     det->AliMedium(itmed,natmed,nmat,isvol,ISXFLD,SXMGMX,tmaxfd,
1654                    stemax,deemax,epsil,stmin,ubuf,nwbuf);
1655     (*fImedia)[idtmed[itmed]-1]=id_det;
1656     //*
1657   }
1658   //*
1659   if (strcmp(key,"END")) goto L10;
1660   fclose (lun);
1661   //*
1662   //*     commented out only for the not cernlib version
1663   printf(" *** GREUTMED *** file: %s is now read in\n",filnam);
1664   //*
1665   return;
1666   //*
1667  L20:
1668   printf(" *** GREUTMED *** reading error or premature end of file\n");
1669 }
1670
1671 //_____________________________________________________________________________
1672 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
1673 {
1674   //
1675   // Stream an object of class AliRun.
1676   //
1677   if (R__b.IsReading()) {
1678     Version_t R__v = R__b.ReadVersion(); if (R__v) { }
1679     TNamed::Streamer(R__b);
1680     if (!gAlice) gAlice = this;
1681     gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
1682     R__b >> fNtrack;
1683     R__b >> fHgwmk;
1684     R__b >> fDebug;
1685     fHeader.Streamer(R__b);
1686     R__b >> fModules;
1687     R__b >> fParticles;
1688     R__b >> fField;
1689     //    R__b >> fMC;
1690     R__b >> fNdets;
1691     R__b >> fTrRmax;
1692     R__b >> fTrZmax;
1693     R__b >> fGenerator;
1694     R__b >> fPDGDB;        //Particle factory object!
1695   } else {
1696     R__b.WriteVersion(AliRun::IsA());
1697     TNamed::Streamer(R__b);
1698     R__b << fNtrack;
1699     R__b << fHgwmk;
1700     R__b << fDebug;
1701     fHeader.Streamer(R__b);
1702     R__b << fModules;
1703     R__b << fParticles;
1704     R__b << fField;
1705     //    R__b << fMC;
1706     R__b << fNdets;
1707     R__b << fTrRmax;
1708     R__b << fTrZmax;
1709     R__b << fGenerator;
1710     R__b << fPDGDB;        //Particle factory object!
1711   }
1712 }
1713
1714
1715 //_____________________________________________________________________________
1716 //
1717 //                 Interfaces to Fortran
1718 //
1719 //_____________________________________________________________________________
1720
1721 extern "C" void type_of_call  rxgtrak (Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
1722                                        Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t &tof)
1723 {
1724   //
1725   //     Fetches next track from the ROOT stack for transport. Called by the
1726   //     modified version of GTREVE.
1727   //
1728   //              Track number in the ROOT stack. If MTRACK=0 no
1729   //      mtrack  more tracks are left in the stack to be
1730   //              transported.
1731   //      ipart   Particle code in the GEANT conventions.
1732   //      pmom[3] Particle momentum in GeV/c
1733   //      e       Particle energy in GeV
1734   //      vpos[3] Particle position
1735   //      tof     Particle time of flight in seconds
1736   //
1737   Float_t polar[3];
1738   Int_t pdg;
1739   gAlice->GetNextTrack(mtrack, pdg, pmom, e, vpos, polar, tof);
1740   ipart = gMC->IdFromPDG(pdg);
1741   mtrack++;
1742 }
1743
1744 //_____________________________________________________________________________
1745 extern "C" void type_of_call
1746 #ifndef WIN32
1747 rxstrak (Int_t &keep, Int_t &parent, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
1748                Float_t *vpos, Float_t &tof, const char* cmech, Int_t &ntr, const int cmlen)
1749 #else
1750 rxstrak (Int_t &keep, Int_t &parent, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
1751          Float_t *vpos, Float_t &tof, const char* cmech, const int cmlen,
1752          Int_t &ntr)
1753 #endif
1754 {
1755   //
1756   //     Fetches next track from the ROOT stack for transport. Called by GUKINE
1757   //     and GUSTEP.
1758   //
1759   //              Status of the track. If keep=0 the track is put
1760   //      keep    on the ROOT stack but it is not fetched for
1761   //              transport.
1762   //      parent  Parent track. If parent=0 the track is a primary.
1763   //              In GUSTEP the routine is normally called to store
1764   //              secondaries generated by the current track whose
1765   //              ROOT stack number is MTRACK (common SCKINE.
1766   //      ipart   Particle code in the GEANT conventions.
1767   //      pmom[3] Particle momentum in GeV/c
1768   //      vpos[3] Particle position
1769   //      tof     Particle time of flight in seconds
1770   //
1771   //      cmech   (CHARACTER*10) Particle origin. This field is user
1772   //              defined and it is not used inside the GALICE code.
1773   //      ntr     Number assigned to the particle in the ROOT stack.
1774   //
1775   char mecha[11];
1776   Float_t polar[3]={0.,0.,0.};
1777   for(int i=0; i<10 && i<cmlen; i++) mecha[i]=cmech[i];
1778   mecha[10]=0;
1779   Int_t pdg=gMC->PDGFromId(ipart);
1780   gAlice->SetTrack(keep, parent-1, pdg, pmom, vpos, polar, tof, mecha, ntr);
1781   ntr++;
1782 }
1783
1784 //_____________________________________________________________________________
1785 extern "C" void type_of_call  rxkeep(const Int_t &n)
1786 {
1787   if( NULL==gAlice ) exit(1);
1788
1789   if( n<=0 || n>gAlice->Particles()->GetEntries() )
1790     {
1791       printf("  Bad index n=%d must be 0<n<=%d\n",
1792              n,gAlice->Particles()->GetEntries());
1793       exit(1);
1794     }
1795
1796   ((TParticle*)(gAlice->Particles()->UncheckedAt(n-1)))->SetBit(Keep_Bit);
1797 }
1798
1799 //_____________________________________________________________________________
1800 extern "C" void type_of_call  rxouth ()
1801 {
1802   //
1803   // Called by Gtreve at the end of each primary track
1804   //
1805   gAlice->FinishPrimary();
1806 }
1807