STEER/STEER/AliReconstruction.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //                                                                           //
  20 // class for running the reconstruction                                      //
  21 //                                                                           //
  22 // Clusters and tracks are created for all detectors and all events by       //
  23 // typing:                                                                   //
  24 //                                                                           //
  25 //   AliReconstruction rec;                                                  //
  26 //   rec.Run();                                                              //
  27 //                                                                           //
  28 // The Run method returns kTRUE in case of successful execution.             //
  29 //                                                                           //
  30 // If the input to the reconstruction are not simulated digits but raw data, //
  31 // this can be specified by an argument of the Run method or by the method   //
  32 //                                                                           //
  33 //   rec.SetInput("...");                                                    //
  34 //                                                                           //
  35 // The input formats and the corresponding argument are:                     //
  36 // - DDL raw data files: directory name, ends with "/"                       //
  37 // - raw data root file: root file name, extension ".root"                   //
  38 // - raw data DATE file: DATE file name, any other non-empty string          //
  39 // - MC root files     : empty string, default                               //
  40 //                                                                           //
  41 // By default all events are reconstructed. The reconstruction can be        //
  42 // limited to a range of events by giving the index of the first and the     //
  43 // last event as an argument to the Run method or by calling                 //
  44 //                                                                           //
  45 //   rec.SetEventRange(..., ...);                                            //
  46 //                                                                           //
  47 // The index -1 (default) can be used for the last event to indicate no      //
  48 // upper limit of the event range.                                           //
  49 //                                                                           //
  50 // In case of raw-data reconstruction the user can modify the default        //
  51 // number of events per digits/clusters/tracks file. In case the option      //
  52 // is not used the number is set 1. In case the user provides 0, than        //
  53 // the number of events is equal to the number of events inside the          //
  54 // raw-data file (i.e. one digits/clusters/tracks file):                     //
  55 //                                                                           //
  56 //   rec.SetNumberOfEventsPerFile(...);                                      //
  57 //                                                                           //
  58 //                                                                           //
  59 // The name of the galice file can be changed from the default               //
  60 // "galice.root" by passing it as argument to the AliReconstruction          //
  61 // constructor or by                                                         //
  62 //                                                                           //
  63 //   rec.SetGAliceFile("...");                                               //
  64 //                                                                           //
  65 // The local reconstruction can be switched on or off for individual         //
  66 // detectors by                                                              //
  67 //                                                                           //
  68 //   rec.SetRunLocalReconstruction("...");                                   //
  69 //                                                                           //
  70 // The argument is a (case sensitive) string with the names of the           //
  71 // detectors separated by a space. The special string "ALL" selects all      //
  72 // available detectors. This is the default.                                 //
  73 //                                                                           //
  74 // The reconstruction of the primary vertex position can be switched off by  //
  75 //                                                                           //
  76 //   rec.SetRunVertexFinder(kFALSE);                                         //
  77 //                                                                           //
  78 // The tracking and the creation of ESD tracks can be switched on for        //
  79 // selected detectors by                                                     //
  80 //                                                                           //
  81 //   rec.SetRunTracking("...");                                              //
  82 //                                                                           //
  83 // Uniform/nonuniform field tracking switches (default: uniform field)       //
  84 //                                                                           //
  85 //   rec.SetUniformFieldTracking(); ( rec.SetUniformFieldTracking(kFALSE); ) //
  86 //                                                                           //
  87 // The filling of additional ESD information can be steered by               //
  88 //                                                                           //
  89 //   rec.SetFillESD("...");                                                  //
  90 //                                                                           //
  91 // Again, for both methods the string specifies the list of detectors.       //
  92 // The default is "ALL".                                                     //
  93 //                                                                           //
  94 // The call of the shortcut method                                           //
  95 //                                                                           //
  96 //   rec.SetRunReconstruction("...");                                        //
  97 //                                                                           //
  98 // is equivalent to calling SetRunLocalReconstruction, SetRunTracking and    //
  99 // SetFillESD with the same detector selecting string as argument.           //
 100 //                                                                           //
 101 // The reconstruction requires digits or raw data as input. For the creation //
 102 // of digits and raw data have a look at the class AliSimulation.            //
 103 //                                                                           //
 104 // The input data of a detector can be replaced by the corresponding HLT     //
 105 // data by calling (usual detector string)                                   //
 106 // SetUseHLTData("...");                                                     //
 107 //                                                                           //
 108 //                                                                           //
 109 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 110
 111 #include <TArrayD.h>
 112 #include <TArrayF.h>
 113 #include <TArrayS.h>
 114 #include <TChain.h>
 115 #include <TFile.h>
 116 #include <TGeoGlobalMagField.h>
 117 #include <TGeoManager.h>
 118 #include <TList.h>
 119 #include <TLorentzVector.h>
 120 #include <TMap.h>
 121 #include <TObjArray.h>
 122 #include <TPRegexp.h>
 123 #include <TParameter.h>
 124 #include <TPluginManager.h>
 125 #include <TProof.h>
 126 #include <TProofOutputFile.h>
 127 #include <TROOT.h>
 128 #include <TSystem.h>
 129 #include <THashTable.h>
 130 #include <TGrid.h>
 131 #include <TMessage.h>
 132 #include <TUrl.h>
 133 #include <TRandom.h>
 134
 135 #include "AliAlignObj.h"
 136 #include "AliAnalysisManager.h"
 137 #include "AliAnalysisDataContainer.h"
 138 #include "AliCDBEntry.h"
 139 #include "AliCDBManager.h"
 140 #include "AliCDBStorage.h"
 141 #include "AliCTPRawStream.h"
 142 #include "AliCascadeVertexer.h"
 143 #include "AliCentralTrigger.h"
 144 #include "AliCodeTimer.h"
 145 #include "AliDAQ.h"
 146 #include "AliDetectorRecoParam.h"
 147 #include "AliESDCaloCells.h"
 148 #include "AliESDCaloCluster.h"
 149 #include "AliESDEvent.h"
 150 #include "AliESDMuonTrack.h"
 151 #include "AliESDPmdTrack.h"
 152 #include "AliESDTagCreator.h"
 153 #include "AliESDVertex.h"
 154 #include "AliESDcascade.h"
 155 #include "AliESDfriend.h"
 156 #include "AliESDkink.h"
 157 #include "AliESDpid.h"
 158 #include "AliESDtrack.h"
 159 #include "AliESDtrack.h"
 160 #include "AliEventInfo.h"
 161 #include "AliGRPObject.h"
 162 #include "AliGRPRecoParam.h"
 163 #include "AliGenEventHeader.h"
 164 #include "AliGeomManager.h"
 165 #include "AliGlobalQADataMaker.h"
 166 #include "AliHeader.h"
 167 #include "AliLog.h"
 168 #include "AliMagF.h"
 169 #include "AliMultiplicity.h"
 170 #include "AliPID.h"
 171 #include "AliPlaneEff.h"
 172 #include "AliQAv1.h"
 173 #include "AliQADataMakerRec.h"
 174 #include "AliQAManager.h"
 175 #include "AliRawVEvent.h"
 176 #include "AliRawEventHeaderBase.h"
 177 #include "AliRawHLTManager.h"
 178 #include "AliRawReaderDate.h"
 179 #include "AliRawReaderFile.h"
 180 #include "AliRawReaderRoot.h"
 181 #include "AliRecoInputHandler.h"
 182 #include "AliReconstruction.h"
 183 #include "AliReconstructor.h"
 184 #include "AliRun.h"
 185 #include "AliRunInfo.h"
 186 #include "AliRunLoader.h"
 187 #include "AliSysInfo.h" // memory snapshots
 188 #include "AliTrackPointArray.h"
 189 #include "AliTracker.h"
 190 #include "AliTriggerClass.h"
 191 #include "AliTriggerCluster.h"
 192 #include "AliTriggerIR.h"
 193 #include "AliTriggerConfiguration.h"
 194 #include "AliV0vertexer.h"
 195 #include "AliVertexer.h"
 196 #include "AliTrackleter.h"
 197 #include "AliVertexerTracks.h"
 198 #include "AliTriggerRunScalers.h"
 199 #include "AliCTPTimeParams.h"
 200 #include "AliESDHLTDecision.h"
 201 #include "AliTriggerInput.h"
 202 #include "AliLHCData.h"
 203 #include "ARVersion.h"
 204 #include <RVersion.h>
 205 ClassImp(AliReconstruction)
 206
 207 //_____________________________________________________________________________
 208 const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::kNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE"
 209 // #ifdef MFT_UPGRADE
 210 //                                                                                   , "MFT"
 211 // #endif
 212                                                                                   , "MFT"    // AU
 213                                                                                   , "HLT"
 214 };
 215
 216 //_____________________________________________________________________________
 217 AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
 218   TSelector(),
 219   fRunVertexFinder(kTRUE),
 220   fRunVertexFinderTracks(kTRUE),
 221   fRunHLTTracking(kFALSE),
 222   fRunMuonTracking(kFALSE),
 223   fRunV0Finder(kTRUE),
 224   fRunCascadeFinder(kTRUE),
 225   fRunMultFinder(kTRUE),
 226   fStopOnError(kTRUE),
 227   fWriteAlignmentData(kFALSE),
 228   fWriteESDfriend(kFALSE),
 229   fFillTriggerESD(kTRUE),
 230
 231   fCleanESD(kTRUE),
 232   fV0DCAmax(3.),
 233   fV0CsPmin(0.),
 234   fDmax(50.),
 235   fZmax(50.),
 236
 237   fRunLocalReconstruction("ALL"),
 238   fRunTracking("ALL"),
 239   fFillESD("ALL"),
 240   fLoadCDB(""),
 241   fUseTrackingErrorsForAlignment(""),
 242   fGAliceFileName(gAliceFilename),
 243   fRawInput(""),
 244   fESDOutput(""),
 245   fProofOutputFileName(""),
 246   fProofOutputLocation(""),
 247   fProofOutputDataset(kFALSE),
 248   fProofOutputArchive(""),
 249   fEquipIdMap(""),
 250   fFirstEvent(0),
 251   fLastEvent(-1),
 252   fNumberOfEventsPerFile((UInt_t)-1),
 253   fFractionFriends(0.04),
 254   fOptions(),
 255   fLoadAlignFromCDB(kTRUE),
 256   fLoadAlignData("ALL"),
 257   fUseHLTData(),
 258   fRunInfo(NULL),
 259   fEventInfo(),
 260   fRunScalers(NULL),
 261   fCTPTimeParams(NULL),
 262   fCTPTimeAlign(NULL),
 263
 264   fRunLoader(NULL),
 265   fRawReader(NULL),
 266   fParentRawReader(NULL),
 267
 268   fRecoParam(),
 269
 270   fSPDTrackleter(NULL),
 271
 272   fDiamondProfileSPD(NULL),
 273   fDiamondProfile(NULL),
 274   fDiamondProfileTPC(NULL),
 275   fListOfCosmicTriggers(NULL),
 276
 277   fGRPData(NULL),
 278
 279   fAlignObjArray(NULL),
 280   fCDBUri(),
 281   fQARefUri(),
 282   fSpecCDBUri(),
 283   fInitCDBCalled(kFALSE),
 284   fFromCDBSnapshot(kFALSE),
 285   fSnapshotFileName(""),
 286   fSetRunNumberFromDataCalled(kFALSE),
 287   fQADetectors("ALL"),
 288   fQATasks("ALL"),
 289   fRunQA(kTRUE),
 290   fRunGlobalQA(kTRUE),
 291   fSameQACycle(kFALSE),
 292   fInitQACalled(kFALSE),
 293   fWriteQAExpertData(kTRUE),
 294   fRunPlaneEff(kFALSE),
 295
 296   fesd(NULL),
 297   fhltesd(NULL),
 298   fesdf(NULL),
 299   ffile(NULL),
 300   ffileF(NULL),
 301   ftree(NULL),
 302   ftreeF(NULL),
 303   fhlttree(NULL),
 304   ftVertexer(NULL),
 305   fIsNewRunLoader(kFALSE),
 306   fRunAliEVE(kFALSE),
 307   fChain(NULL),
 308   fNall(0),
 309   fNspecie(0),
 310   fSspecie(0),
 311   fNhighPt(0),
 312   fShighPt(0),
 313   fUpgradeModule(""),
 314   fAnalysisMacro(),
 315   fAnalysis(0),
 316   fRecoHandler(0)
 317 {
 318 // create reconstruction object with default parameters
 319   gGeoManager = NULL;
 320
 321   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 322     fReconstructor[iDet] = NULL;
 323     fUpgradeMask[iDet]=kFALSE;
 324     fLoader[iDet] = NULL;
 325     fTracker[iDet] = NULL;
 326   }
 327   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQAv1::kNDET; iDet++) {
 328     fQACycles[iDet] = 999999 ;
 329     fQAWriteExpert[iDet] = kFALSE ;
 330   }
 331   fBeamInt[0][0]=fBeamInt[0][1]=fBeamInt[1][0]=fBeamInt[1][1] = -1;
 332
 333   AliPID pid;
 334 }
 335
 336 //_____________________________________________________________________________
 337 AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
 338   TSelector(),
 339   fRunVertexFinder(rec.fRunVertexFinder),
 340   fRunVertexFinderTracks(rec.fRunVertexFinderTracks),
 341   fRunHLTTracking(rec.fRunHLTTracking),
 342   fRunMuonTracking(rec.fRunMuonTracking),
 343   fRunV0Finder(rec.fRunV0Finder),
 344   fRunCascadeFinder(rec.fRunCascadeFinder),
 345   fRunMultFinder(rec.fRunMultFinder),
 346   fStopOnError(rec.fStopOnError),
 347   fWriteAlignmentData(rec.fWriteAlignmentData),
 348   fWriteESDfriend(rec.fWriteESDfriend),
 349   fFillTriggerESD(rec.fFillTriggerESD),
 350
 351   fCleanESD(rec.fCleanESD),
 352   fV0DCAmax(rec.fV0DCAmax),
 353   fV0CsPmin(rec.fV0CsPmin),
 354   fDmax(rec.fDmax),
 355   fZmax(rec.fZmax),
 356
 357   fRunLocalReconstruction(rec.fRunLocalReconstruction),
 358   fRunTracking(rec.fRunTracking),
 359   fFillESD(rec.fFillESD),
 360   fLoadCDB(rec.fLoadCDB),
 361   fUseTrackingErrorsForAlignment(rec.fUseTrackingErrorsForAlignment),
 362   fGAliceFileName(rec.fGAliceFileName),
 363   fRawInput(rec.fRawInput),
 364   fESDOutput(rec.fESDOutput),
 365   fProofOutputFileName(rec.fProofOutputFileName),
 366   fProofOutputLocation(rec.fProofOutputLocation),
 367   fProofOutputDataset(rec.fProofOutputDataset),
 368   fProofOutputArchive(rec.fProofOutputArchive),
 369   fEquipIdMap(rec.fEquipIdMap),
 370   fFirstEvent(rec.fFirstEvent),
 371   fLastEvent(rec.fLastEvent),
 372   fNumberOfEventsPerFile(rec.fNumberOfEventsPerFile),
 373   fFractionFriends(rec.fFractionFriends),
 374   fOptions(),
 375   fLoadAlignFromCDB(rec.fLoadAlignFromCDB),
 376   fLoadAlignData(rec.fLoadAlignData),
 377   fUseHLTData(rec.fUseHLTData),
 378   fRunInfo(NULL),
 379   fEventInfo(),
 380   fRunScalers(NULL),
 381   fCTPTimeParams(NULL),
 382   fCTPTimeAlign(NULL),
 383
 384   fRunLoader(NULL),
 385   fRawReader(NULL),
 386   fParentRawReader(NULL),
 387
 388   fRecoParam(rec.fRecoParam),
 389
 390   fSPDTrackleter(NULL),
 391
 392   fDiamondProfileSPD(rec.fDiamondProfileSPD),
 393   fDiamondProfile(rec.fDiamondProfile),
 394   fDiamondProfileTPC(rec.fDiamondProfileTPC),
 395   fListOfCosmicTriggers(NULL),
 396
 397   fGRPData(NULL),
 398
 399   fAlignObjArray(rec.fAlignObjArray),
 400   fCDBUri(rec.fCDBUri),
 401   fQARefUri(rec.fQARefUri),
 402   fSpecCDBUri(),
 403   fInitCDBCalled(rec.fInitCDBCalled),
 404   fFromCDBSnapshot(rec.fFromCDBSnapshot),
 405   fSnapshotFileName(rec.fSnapshotFileName),
 406   fSetRunNumberFromDataCalled(rec.fSetRunNumberFromDataCalled),
 407   fQADetectors(rec.fQADetectors),
 408   fQATasks(rec.fQATasks),
 409   fRunQA(rec.fRunQA),
 410   fRunGlobalQA(rec.fRunGlobalQA),
 411   fSameQACycle(rec.fSameQACycle),
 412   fInitQACalled(rec.fInitQACalled),
 413   fWriteQAExpertData(rec.fWriteQAExpertData),
 414   fRunPlaneEff(rec.fRunPlaneEff),
 415
 416   fesd(NULL),
 417   fhltesd(NULL),
 418   fesdf(NULL),
 419   ffile(NULL),
 420   ffileF(NULL),
 421   ftree(NULL),
 422   ftreeF(NULL),
 423   fhlttree(NULL),
 424   ftVertexer(NULL),
 425   fIsNewRunLoader(rec.fIsNewRunLoader),
 426   fRunAliEVE(kFALSE),
 427   fChain(NULL),
 428   fNall(0),
 429   fNspecie(0),
 430   fSspecie(0),
 431   fNhighPt(0),
 432   fShighPt(0),
 433   fUpgradeModule(""),
 434   fAnalysisMacro(rec.fAnalysisMacro),
 435   fAnalysis(0),
 436   fRecoHandler(0)
 437 {
 438 // copy constructor
 439
 440   for (Int_t i = 0; i < rec.fOptions.GetEntriesFast(); i++) {
 441     if (rec.fOptions[i]) fOptions.Add(rec.fOptions[i]->Clone());
 442   }
 443   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 444     fReconstructor[iDet] = NULL;
 445     fUpgradeMask[iDet] = kFALSE;
 446     fLoader[iDet] = NULL;
 447     fTracker[iDet] = NULL;
 448   }
 449
 450   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQAv1::kNDET; iDet++) {
 451     fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];
 452     fQAWriteExpert[iDet] = rec.fQAWriteExpert[iDet] ;
 453   }
 454
 455   for (Int_t i = 0; i < rec.fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
 456     if (rec.fSpecCDBUri[i]) fSpecCDBUri.Add(rec.fSpecCDBUri[i]->Clone());
 457   }
 458
 459   for (int i=2;i--;) for (int j=2;j--;) fBeamInt[i][j] = rec.fBeamInt[i][j];
 460
 461 }
 462
 463 //_____________________________________________________________________________
 464 AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
 465 {
 466 // assignment operator
 467 // Used in PROOF mode
 468 // Be very careful while modifing it!
 469 // Simple rules to follow:
 470 // for persistent data members - use their assignment operators
 471 // for non-persistent ones - do nothing or take the default values from constructor
 472 // TSelector members should not be touched
 473   if(&rec == this) return *this;
 474
 475   fRunVertexFinder       = rec.fRunVertexFinder;
 476   fRunVertexFinderTracks = rec.fRunVertexFinderTracks;
 477   fRunHLTTracking        = rec.fRunHLTTracking;
 478   fRunMuonTracking       = rec.fRunMuonTracking;
 479   fRunV0Finder           = rec.fRunV0Finder;
 480   fRunCascadeFinder      = rec.fRunCascadeFinder;
 481   fRunMultFinder         = rec.fRunMultFinder;
 482   fStopOnError           = rec.fStopOnError;
 483   fWriteAlignmentData    = rec.fWriteAlignmentData;
 484   fWriteESDfriend        = rec.fWriteESDfriend;
 485   fFillTriggerESD        = rec.fFillTriggerESD;
 486
 487   fCleanESD  = rec.fCleanESD;
 488   fV0DCAmax  = rec.fV0DCAmax;
 489   fV0CsPmin  = rec.fV0CsPmin;
 490   fDmax      = rec.fDmax;
 491   fZmax      = rec.fZmax;
 492
 493   fRunLocalReconstruction        = rec.fRunLocalReconstruction;
 494   fRunTracking                   = rec.fRunTracking;
 495   fFillESD                       = rec.fFillESD;
 496   fLoadCDB                       = rec.fLoadCDB;
 497   fUseTrackingErrorsForAlignment = rec.fUseTrackingErrorsForAlignment;
 498   fGAliceFileName                = rec.fGAliceFileName;
 499   fRawInput                      = rec.fRawInput;
 500   fESDOutput                     = rec.fESDOutput;
 501   fProofOutputFileName           = rec.fProofOutputFileName;
 502   fProofOutputLocation           = rec.fProofOutputLocation;
 503   fProofOutputDataset            = rec.fProofOutputDataset;
 504   fProofOutputArchive            = rec.fProofOutputArchive;
 505   fEquipIdMap                    = rec.fEquipIdMap;
 506   fFirstEvent                    = rec.fFirstEvent;
 507   fLastEvent                     = rec.fLastEvent;
 508   fNumberOfEventsPerFile         = rec.fNumberOfEventsPerFile;
 509   fFractionFriends               = rec.fFractionFriends;
 510
 511   for (Int_t i = 0; i < rec.fOptions.GetEntriesFast(); i++) {
 512     if (rec.fOptions[i]) fOptions.Add(rec.fOptions[i]->Clone());
 513   }
 514
 515   fLoadAlignFromCDB              = rec.fLoadAlignFromCDB;
 516   fLoadAlignData                 = rec.fLoadAlignData;
 517   fUseHLTData                    = rec.fUseHLTData;
 518
 519   delete fRunInfo; fRunInfo = NULL;
 520   if (rec.fRunInfo) fRunInfo = new AliRunInfo(*rec.fRunInfo);
 521
 522   fEventInfo                     = rec.fEventInfo;
 523
 524   delete fRunScalers; fRunScalers = NULL;
 525   if (rec.fRunScalers) fRunScalers = new AliTriggerRunScalers(*rec.fRunScalers);
 526
 527   delete fCTPTimeParams; fCTPTimeParams = NULL;
 528   if (rec.fCTPTimeParams) fCTPTimeParams = new AliCTPTimeParams(*rec.fCTPTimeParams);
 529   delete fCTPTimeAlign; fCTPTimeAlign = NULL;
 530   if (rec.fCTPTimeAlign) fCTPTimeAlign = new AliCTPTimeParams(*rec.fCTPTimeAlign);
 531
 532   fRunLoader       = NULL;
 533   fRawReader       = NULL;
 534   fParentRawReader = NULL;
 535
 536   fRecoParam = rec.fRecoParam;
 537
 538   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 539     fUpgradeMask[iDet] = kFALSE;
 540     delete fReconstructor[iDet]; fReconstructor[iDet] = NULL;
 541     delete fLoader[iDet]; fLoader[iDet] = NULL;
 542     delete fTracker[iDet]; fTracker[iDet] = NULL;
 543   }
 544
 545   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQAv1::kNDET; iDet++) {
 546     fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];
 547     fQAWriteExpert[iDet] = rec.fQAWriteExpert[iDet] ;
 548   }
 549
 550   delete fSPDTrackleter; fSPDTrackleter = NULL;
 551
 552   delete fDiamondProfileSPD; fDiamondProfileSPD = NULL;
 553   if (rec.fDiamondProfileSPD) fDiamondProfileSPD = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfileSPD);
 554   delete fDiamondProfile; fDiamondProfile = NULL;
 555   if (rec.fDiamondProfile) fDiamondProfile = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfile);
 556   delete fDiamondProfileTPC; fDiamondProfileTPC = NULL;
 557   if (rec.fDiamondProfileTPC) fDiamondProfileTPC = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfileTPC);
 558
 559   delete fListOfCosmicTriggers; fListOfCosmicTriggers = NULL;
 560   if (rec.fListOfCosmicTriggers) fListOfCosmicTriggers = (THashTable*)((rec.fListOfCosmicTriggers)->Clone());
 561
 562   delete fGRPData; fGRPData = NULL;
 563   //  if (rec.fGRPData) fGRPData = (TMap*)((rec.fGRPData)->Clone());
 564   if (rec.fGRPData) fGRPData = (AliGRPObject*)((rec.fGRPData)->Clone());
 565
 566   delete fAlignObjArray; fAlignObjArray = NULL;
 567
 568   fCDBUri        = "";
 569   fQARefUri      = rec.fQARefUri;
 570   fSpecCDBUri.Delete();
 571   fInitCDBCalled               = rec.fInitCDBCalled;
 572   fFromCDBSnapshot             = rec.fFromCDBSnapshot;
 573   fSnapshotFileName            = rec.fSnapshotFileName;
 574   fSetRunNumberFromDataCalled  = rec.fSetRunNumberFromDataCalled;
 575   fQADetectors                 = rec.fQADetectors;
 576   fQATasks                     = rec.fQATasks;
 577   fRunQA                       = rec.fRunQA;
 578   fRunGlobalQA                 = rec.fRunGlobalQA;
 579   fSameQACycle                 = rec.fSameQACycle;
 580   fInitQACalled                = rec.fInitQACalled;
 581   fWriteQAExpertData           = rec.fWriteQAExpertData;
 582   fRunPlaneEff                 = rec.fRunPlaneEff;
 583   for (int i=2;i--;) for (int j=2;j--;) fBeamInt[i][j] = rec.fBeamInt[i][j];
 584   fesd     = NULL;
 585   fhltesd  = NULL;
 586   fesdf    = NULL;
 587   ffile    = NULL;
 588   ffileF   = NULL;
 589   ftree    = NULL;
 590   ftreeF   = NULL;
 591   fhlttree = NULL;
 592   ftVertexer = NULL;
 593   fIsNewRunLoader = rec.fIsNewRunLoader;
 594   fRunAliEVE = kFALSE;
 595   fChain = NULL;
 596   fNall = 0;
 597   fNspecie = 0;
 598   fSspecie = 0;
 599   fNhighPt = 0;
 600   fShighPt = 0;
 601   fUpgradeModule="";
 602   fAnalysisMacro = rec.fAnalysisMacro;
 603   fAnalysis = 0;
 604   fRecoHandler = 0;
 605
 606   return *this;
 607 }
 608
 609 //_____________________________________________________________________________
 610 AliReconstruction::~AliReconstruction()
 611 {
 612 // clean up
 613
 614   CleanUp();
 615   if (fListOfCosmicTriggers) {
 616     fListOfCosmicTriggers->Delete();
 617     delete fListOfCosmicTriggers;
 618   }
 619   delete fGRPData;
 620   delete fRunScalers;
 621   delete fCTPTimeParams;
 622   delete fCTPTimeAlign;
 623   fOptions.Delete();
 624   if (fAlignObjArray) {
 625     fAlignObjArray->Delete();
 626     delete fAlignObjArray;
 627   }
 628   fSpecCDBUri.Delete();
 629
 630   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 631 }
 632
 633 //_____________________________________________________________________________
 634 void AliReconstruction::InitQA()
 635 {
 636   //Initialize the QA and start of cycle
 637   AliCodeTimerAuto("",0);
 638
 639   if (fInitQACalled) return;
 640   fInitQACalled = kTRUE;
 641
 642   if (fGRPData) AliQADataMaker::SetCloningRequest( fGRPData->GetQATrigClasses(), fGRPData->GetQACloningRequest());
 643
 644
 645   AliQAManager * qam = AliQAManager::QAManager(AliQAv1::kRECMODE) ;
 646   if (fWriteQAExpertData)
 647     qam->SetWriteExpert() ;
 648
 649   if (qam->IsDefaultStorageSet()) {
 650     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 651     AliWarning("Default QA reference storage has been already set !");
 652     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliReconstruction: %s",fQARefUri.Data()));
 653     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 654     fQARefUri = qam->GetDefaultStorage()->GetURI();
 655   } else {
 656     if (fQARefUri.Length() > 0) {
 657         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 658         AliDebug(2, Form("Default QA reference storage is set to: %s", fQARefUri.Data()));
 659         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 660       } else {
 661         fQARefUri="local://$ALICE_ROOT/QAref";
 662         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 663         AliWarning("Default QA refeference storage not yet set !!!!");
 664         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fQARefUri.Data()));
 665         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 666
 667       }
 668     qam->SetDefaultStorage(fQARefUri);
 669   }
 670
 671   if (fRunQA) {
 672   qam->SetActiveDetectors(fQADetectors) ;
 673   for (Int_t det = 0 ; det < AliQAv1::kNDET ; det++) {
 674     qam->SetCycleLength(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(det), fQACycles[det]) ;
 675     qam->SetWriteExpert(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(det)) ;
 676   }
 677   if (!fRawReader && !fInput && IsInTasks(AliQAv1::kRAWS))
 678     fQATasks.ReplaceAll(Form("%d",AliQAv1::kRAWS), "") ;
 679   qam->SetTasks(fQATasks) ;
 680   qam->InitQADataMaker(AliCDBManager::Instance()->GetRun()) ;
 681   }
 682   if (fRunGlobalQA) {
 683     Bool_t sameCycle = kFALSE ;
 684     AliQADataMaker *qadm = qam->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
 685     AliInfo(Form("Initializing the global QA data maker"));
 686     if (IsInTasks(AliQAv1::kRECPOINTS)) {
 687       qadm->StartOfCycle(AliQAv1::kRECPOINTS, AliCDBManager::Instance()->GetRun(), sameCycle) ;
 688       TObjArray **arr=qadm->Init(AliQAv1::kRECPOINTS);
 689       AliTracker::SetResidualsArray(arr);
 690       sameCycle = kTRUE ;
 691     }
 692     if (IsInTasks(AliQAv1::kESDS)) {
 693       qadm->StartOfCycle(AliQAv1::kESDS, AliCDBManager::Instance()->GetRun(), sameCycle) ;
 694       qadm->Init(AliQAv1::kESDS);
 695     }
 696   }
 697     AliSysInfo::AddStamp("InitQA") ;
 698 }
 699
 700 //_____________________________________________________________________________
 701 void AliReconstruction::MergeQA(const char *fileName)
 702 {
 703   //Initialize the QA and start of cycle
 704   AliCodeTimerAuto("",0) ;
 705   AliQAManager::QAManager()->Merge(AliCDBManager::Instance()->GetRun(),fileName) ;
 706   AliSysInfo::AddStamp("MergeQA") ;
 707 }
 708
 709 //_____________________________________________________________________________
 710 void AliReconstruction::InitCDB()
 711 {
 712 // activate a default CDB storage
 713 // First check if we have any CDB storage set, because it is used
 714 // to retrieve the calibration and alignment constants
 715   AliCodeTimerAuto("",0);
 716
 717   if (fInitCDBCalled) return;
 718   fInitCDBCalled = kTRUE;
 719
 720   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
 721   if (man->IsDefaultStorageSet())
 722   {
 723     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 724     AliWarning("Default CDB storage has been already set !");
 725     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliReconstruction: %s",fCDBUri.Data()));
 726     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 727     fCDBUri = man->GetDefaultStorage()->GetURI();
 728   }
 729   else {
 730     if (fCDBUri.Length() > 0)
 731     {
 732         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 733         AliDebug(2, Form("Default CDB storage is set to: %s", fCDBUri.Data()));
 734         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 735         man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
 736     }
 737     else if (!man->GetRaw()){
 738         fCDBUri="local://$ALICE_ROOT/OCDB";
 739         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 740         AliWarning("Default CDB storage not yet set !!!!");
 741         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fCDBUri.Data()));
 742         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 743         man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
 744     }
 745     else {
 746         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 747         AliWarning("Default storage will be set after setting the Run Number!!!");
 748         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 749     }
 750   }
 751
 752   // Now activate the detector specific CDB storage locations
 753   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
 754     TObject* obj = fSpecCDBUri[i];
 755     if (!obj) continue;
 756     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 757     AliDebug(2, Form("Specific CDB storage for %s is set to: %s",obj->GetName(),obj->GetTitle()));
 758     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 759     man->SetSpecificStorage(obj->GetName(), obj->GetTitle());
 760   }
 761   AliSysInfo::AddStamp("InitCDB");
 762 }
 763
 764 //_____________________________________________________________________________
 765 void AliReconstruction::SetDefaultStorage(const char* uri) {
 766 // Store the desired default CDB storage location
 767 // Activate it later within the Run() method
 768
 769   fCDBUri = uri;
 770
 771 }
 772
 773 //_____________________________________________________________________________
 774 void AliReconstruction::SetQARefDefaultStorage(const char* uri) {
 775   // Store the desired default CDB storage location
 776   // Activate it later within the Run() method
 777
 778   fQARefUri = uri;
 779   AliQAv1::SetQARefStorage(fQARefUri.Data()) ;
 780
 781 }
 782 //_____________________________________________________________________________
 783 void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* uri) {
 784 // Store a detector-specific CDB storage location
 785 // Activate it later within the Run() method
 786
 787   AliCDBPath aPath(calibType);
 788   if(!aPath.IsValid()){
 789         // if calibType is not wildcard but it is a valid detector, add "/*" to make it a valid path
 790         for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 791                 if(!strcmp(calibType, fgkDetectorName[iDet])) {
 792                         aPath.SetPath(Form("%s/*", calibType));
 793                         AliInfo(Form("Path for specific storage set to %s", aPath.GetPath().Data()));
 794                         break;
 795                 }
 796         }
 797         if(!aPath.IsValid()){
 798                 AliError(Form("Not a valid path or detector: %s", calibType));
 799                 return;
 800         }
 801   }
 802
 803 //  // check that calibType refers to a "valid" detector name
 804 //  Bool_t isDetector = kFALSE;
 805 //  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 806 //    TString detName = fgkDetectorName[iDet];
 807 //    if(aPath.GetLevel0() == detName) {
 808 //      isDetector = kTRUE;
 809 //      break;
 810 //    }
 811 //  }
 812 //
 813 //  if(!isDetector) {
 814 //      AliError(Form("Not a valid detector: %s", aPath.GetLevel0().Data()));
 815 //      return;
 816 //  }
 817
 818   TObject* obj = fSpecCDBUri.FindObject(aPath.GetPath().Data());
 819   if (obj) fSpecCDBUri.Remove(obj);
 820   fSpecCDBUri.Add(new TNamed(aPath.GetPath().Data(), uri));
 821
 822 }
 823
 824 //_____________________________________________________________________________
 825 Bool_t AliReconstruction::SetRunNumberFromData()
 826 {
 827   // The method is called in Run() in order
 828   // to set a correct run number.
 829   // In case of raw data reconstruction the
 830   // run number is taken from the raw data header
 831
 832   if (fSetRunNumberFromDataCalled) return kTRUE;
 833   fSetRunNumberFromDataCalled = kTRUE;
 834
 835   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
 836
 837   if(fRawReader) {
 838     if(fRawReader->NextEvent()) {
 839       if(man->GetRun() > 0) {
 840         AliWarning("Run number is taken from raw-event header! Ignoring settings in AliCDBManager!");
 841       }
 842       man->SetRun(fRawReader->GetRunNumber());
 843       fRawReader->RewindEvents();
 844     }
 845     else {
 846       if(man->GetRun() > 0) {
 847         AliWarning("No raw-data events are found ! Using settings in AliCDBManager !");
 848       }
 849       else {
 850         AliWarning("Neither raw events nor settings in AliCDBManager are found !");
 851         return kFALSE;
 852       }
 853     }
 854   }
 855   else {
 856     AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data());
 857     if (!rl) {
 858       AliError(Form("No run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
 859       return kFALSE;
 860     }
 861     else {
 862       rl->LoadHeader();
 863       // read run number from gAlice
 864       if(rl->GetHeader()) {
 865         man->SetRun(rl->GetHeader()->GetRun());
 866         rl->UnloadHeader();
 867         delete rl;
 868       }
 869       else {
 870         AliError("Neither run-loader header nor RawReader objects are found !");
 871         delete rl;
 872         return kFALSE;
 873       }
 874     }
 875   }
 876
 877   man->Print();
 878
 879   return kTRUE;
 880 }
 881
 882 //_____________________________________________________________________________
 883 void AliReconstruction::SetCDBLock() {
 884   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
 885   // or the default storage or to activate any further storage!
 886
 887   AliCDBManager::Instance()->SetLock(1);
 888 }
 889
 890 //_____________________________________________________________________________
 891 void AliReconstruction::MatchUpgradeDetector() {
 892   // Translates detector name in a boolean.
 893   // The boolean is used in GetReconstructor to load the
 894   // upgrade reconstructor instead of the standard one.
 895    for(Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 896     if(fUpgradeModule.Contains(fgkDetectorName[iDet])) fUpgradeMask[iDet]=kTRUE;
 897    }
 898 }
 899 //_____________________________________________________________________________
 900 Bool_t AliReconstruction::MisalignGeometry(const TString& detectors)
 901 {
 902   // Read the alignment objects from CDB.
 903   // Each detector is supposed to have the
 904   // alignment objects in DET/Align/Data CDB path.
 905   // All the detector objects are then collected,
 906   // sorted by geometry level (starting from ALIC) and
 907   // then applied to the TGeo geometry.
 908   // Finally an overlaps check is performed.
 909
 910   // Load alignment data from CDB and fill fAlignObjArray
 911   if(fLoadAlignFromCDB){
 912
 913     TString detStr = detectors;
 914     TString loadAlObjsListOfDets = "";
 915
 916     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 917       if(!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
 918       if(!strcmp(fgkDetectorName[iDet],"HLT")) continue;
 919
 920       if(AliGeomManager::GetNalignable(fgkDetectorName[iDet]) != 0)
 921       {
 922         loadAlObjsListOfDets += fgkDetectorName[iDet];
 923         loadAlObjsListOfDets += " ";
 924       }
 925     } // end loop over detectors
 926
 927     if(AliGeomManager::GetNalignable("GRP") != 0)
 928       loadAlObjsListOfDets.Prepend("GRP "); //add alignment objects for non-sensitive modules
 929     AliGeomManager::ApplyAlignObjsFromCDB(loadAlObjsListOfDets.Data());
 930     AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("*/Align/*");
 931   }else{
 932     // Check if the array with alignment objects was
 933     // provided by the user. If yes, apply the objects
 934     // to the present TGeo geometry
 935     if (fAlignObjArray) {
 936       if (gGeoManager && gGeoManager->IsClosed()) {
 937         if (AliGeomManager::ApplyAlignObjsToGeom(*fAlignObjArray) == kFALSE) {
 938           AliError("The misalignment of one or more volumes failed!"
 939                    "Compare the list of simulated detectors and the list of detector alignment data!");
 940           return kFALSE;
 941         }
 942       }
 943       else {
 944         AliError("Can't apply the misalignment! gGeoManager doesn't exist or it is still opened!");
 945         return kFALSE;
 946       }
 947     }
 948   }
 949
 950   if (fAlignObjArray) {
 951     fAlignObjArray->Delete();
 952     delete fAlignObjArray; fAlignObjArray=NULL;
 953   }
 954
 955   return kTRUE;
 956 }
 957
 958 //_____________________________________________________________________________
 959 void AliReconstruction::SetGAliceFile(const char* fileName)
 960 {
 961 // set the name of the galice file
 962
 963   fGAliceFileName = fileName;
 964 }
 965
 966 //_____________________________________________________________________________
 967 void AliReconstruction::SetInput(const char* input)
 968 {
 969   // In case the input string starts with 'mem://', we run in an online mode
 970   // and AliRawReaderDateOnline object is created. In all other cases a raw-data
 971   // file is assumed. One can give as an input:
 972   // mem://: - events taken from DAQ monitoring libs online
 973   //  or
 974   // mem://<filename> - emulation of the above mode (via DATE monitoring libs)
 975   if (input) fRawInput = input;
 976 }
 977
 978 //_____________________________________________________________________________
 979 void AliReconstruction::SetOutput(const char* output)
 980 {
 981   // Set the output ESD filename
 982   // 'output' is a normalt ROOT url
 983   // The method is used in case of raw-data reco with PROOF
 984   if (output) fESDOutput = output;
 985 }
 986
 987 //_____________________________________________________________________________
 988 void AliReconstruction::SetOption(const char* detector, const char* option)
 989 {
 990 // set options for the reconstruction of a detector
 991
 992   TObject* obj = fOptions.FindObject(detector);
 993   if (obj) fOptions.Remove(obj);
 994   fOptions.Add(new TNamed(detector, option));
 995 }
 996
 997 //_____________________________________________________________________________
 998 void AliReconstruction::SetRecoParam(const char* detector, AliDetectorRecoParam *par)
 999 {
1000   // Set custom reconstruction parameters for a given detector
1001   // Single set of parameters for all the events
1002
1003   // First check if the reco-params are global
1004   if(!strcmp(detector, "GRP")) {
1005     par->SetAsDefault();
1006     fRecoParam.AddDetRecoParam(kNDetectors,par);
1007     return;
1008   }
1009
1010   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
1011     if(!strcmp(detector, fgkDetectorName[iDet])) {
1012       par->SetAsDefault();
1013       fRecoParam.AddDetRecoParam(iDet,par);
1014       break;
1015     }
1016   }
1017
1018 }
1019
1020 //_____________________________________________________________________________
1021 Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
1022   //------------------------------------
1023   // Initialization of the GRP entry
1024   //------------------------------------
1025   AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/GRP/Data");
1026
1027   if (entry) {
1028
1029     TMap* m = dynamic_cast<TMap*>(entry->GetObject());  // old GRP entry
1030
1031     if (m) {
1032        AliInfo("Found a TMap in GRP/GRP/Data, converting it into an AliGRPObject");
1033        m->Print();
1034        fGRPData = new AliGRPObject();
1035        fGRPData->ReadValuesFromMap(m);
1036     }
1037
1038     else {
1039        AliInfo("Found an AliGRPObject in GRP/GRP/Data, reading it");
1040        fGRPData = dynamic_cast<AliGRPObject*>(entry->GetObject());  // new GRP entry
1041        entry->SetOwner(0);
1042     }
1043
1044     //    FIX ME: The unloading of GRP entry is temporarily disabled
1045     //    because ZDC and VZERO are using it in order to initialize
1046     //    their reconstructor objects. In the future one has to think
1047     //    of propagating AliRunInfo to the reconstructors.
1048     //    AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/GRP/Data");
1049   }
1050
1051   if (!fGRPData) {
1052      AliError("No GRP entry found in OCDB!");
1053      return kFALSE;
1054   }
1055
1056   TString lhcState = fGRPData->GetLHCState();
1057   if (lhcState==AliGRPObject::GetInvalidString()) {
1058     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the LHC state ! Using UNKNOWN");
1059     lhcState = "UNKNOWN";
1060   }
1061
1062   TString beamType = fGRPData->GetBeamType();
1063   if (beamType==AliGRPObject::GetInvalidString()) {
1064     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the beam type ! Using UNKNOWN");
1065     beamType = "UNKNOWN";
1066   }
1067
1068   Float_t beamEnergy = fGRPData->GetBeamEnergy();
1069   if (beamEnergy==AliGRPObject::GetInvalidFloat()) {
1070     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the beam energy ! Using 0");
1071     beamEnergy = 0;
1072   }
1073
1074   TString runType = fGRPData->GetRunType();
1075   if (runType==AliGRPObject::GetInvalidString()) {
1076     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the run type ! Using UNKNOWN");
1077     runType = "UNKNOWN";
1078   }
1079
1080   Int_t activeDetectors = fGRPData->GetDetectorMask();
1081   if (activeDetectors==AliGRPObject::GetInvalidUInt()) {
1082     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the detector mask ! Using 1074790399");
1083     activeDetectors = 1074790399;
1084   }
1085   AliDebug(1, Form("activeDetectors = %d", activeDetectors));
1086
1087   fRunInfo = new AliRunInfo(lhcState, beamType, beamEnergy, runType, activeDetectors);
1088   fRunInfo->Dump();
1089
1090
1091   // Process the list of active detectors
1092   if (activeDetectors) {
1093     UInt_t detMask = activeDetectors;
1094     AliDebug(1, Form("Detector List = %s", fRunLocalReconstruction.Data()));
1095     fRunLocalReconstruction = MatchDetectorList(fRunLocalReconstruction,detMask);
1096     AliDebug(1, Form("Detector List = %s", fRunLocalReconstruction.Data()));
1097     fRunTracking = MatchDetectorList(fRunTracking,detMask);
1098     fFillESD = MatchDetectorList(fFillESD,detMask);
1099     fQADetectors = MatchDetectorList(fQADetectors,detMask);
1100     fLoadCDB.Form("%s %s %s %s",
1101                   fRunLocalReconstruction.Data(),
1102                   fRunTracking.Data(),
1103                   fFillESD.Data(),
1104                   fQADetectors.Data());
1105     fLoadCDB = MatchDetectorList(fLoadCDB,detMask);
1106     if (!((detMask >> AliDAQ::DetectorID("ITSSPD")) & 0x1) &&
1107         !((detMask >> AliDAQ::DetectorID("ITSSDD")) & 0x1) &&
1108         !((detMask >> AliDAQ::DetectorID("ITSSSD")) & 0x1) ) {
1109       // switch off the vertexer
1110       AliInfo("SPD,SDD,SSD is not in the list of active detectors. Vertexer and Trackleter are switched off.");
1111       fRunVertexFinder = kFALSE;
1112       fRunMultFinder = kFALSE;
1113     }
1114     if (!((detMask >> AliDAQ::DetectorID("TRG")) & 0x1)) {
1115       // switch off the reading of CTP raw-data payload
1116       if (fFillTriggerESD) {
1117         AliInfo("CTP is not in the list of active detectors. CTP data reading switched off.");
1118         fFillTriggerESD = kFALSE;
1119       }
1120     }
1121   }
1122
1123   AliInfo("===================================================================================");
1124   AliInfo(Form("Running local reconstruction for detectors: %s",fRunLocalReconstruction.Data()));
1125   AliInfo(Form("Running tracking for detectors: %s",fRunTracking.Data()));
1126   AliInfo(Form("Filling ESD for detectors: %s",fFillESD.Data()));
1127   AliInfo(Form("Quality assurance is active for detectors: %s",fQADetectors.Data()));
1128   AliInfo(Form("CDB and reconstruction parameters are loaded for detectors: %s",fLoadCDB.Data()));
1129   AliInfo("===================================================================================");
1130
1131   //*** Dealing with the magnetic field map
1132   if ( TGeoGlobalMagField::Instance()->IsLocked() ) {
1133     if (TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField()->TestBit(AliMagF::kOverrideGRP)) {
1134       AliInfo("ExpertMode!!! GRP information will be ignored !");
1135       AliInfo("ExpertMode!!! Running with the externally locked B field !");
1136     }
1137     else {
1138       AliInfo("Destroying existing B field instance!");
1139       delete TGeoGlobalMagField::Instance();
1140     }
1141   }
1142   if ( !TGeoGlobalMagField::Instance()->IsLocked() ) {
1143     // Construct the field map out of the information retrieved from GRP.
1144     Bool_t ok = kTRUE;
1145     // L3
1146     Float_t l3Current = fGRPData->GetL3Current((AliGRPObject::Stats)0);
1147     if (l3Current == AliGRPObject::GetInvalidFloat()) {
1148       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 current !");
1149       ok = kFALSE;
1150     }
1151
1152     Char_t l3Polarity = fGRPData->GetL3Polarity();
1153     if (l3Polarity == AliGRPObject::GetInvalidChar()) {
1154       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 polarity !");
1155       ok = kFALSE;
1156     }
1157
1158     // Dipole
1159     Float_t diCurrent = fGRPData->GetDipoleCurrent((AliGRPObject::Stats)0);
1160     if (diCurrent == AliGRPObject::GetInvalidFloat()) {
1161       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole current !");
1162       ok = kFALSE;
1163     }
1164
1165     Char_t diPolarity = fGRPData->GetDipolePolarity();
1166     if (diPolarity == AliGRPObject::GetInvalidChar()) {
1167       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole polarity !");
1168       ok = kFALSE;
1169     }
1170
1171     // read special bits for the polarity convention and map type
1172     Int_t  polConvention = fGRPData->IsPolarityConventionLHC() ? AliMagF::kConvLHC : AliMagF::kConvDCS2008;
1173     Bool_t uniformB = fGRPData->IsUniformBMap();
1174
1175     if (ok) {
1176       AliMagF* fld = AliMagF::CreateFieldMap(TMath::Abs(l3Current) * (l3Polarity ? -1:1),
1177                                              TMath::Abs(diCurrent) * (diPolarity ? -1:1),
1178                                              polConvention,uniformB,beamEnergy, beamType.Data());
1179       if (fld) {
1180         TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField( fld );
1181         TGeoGlobalMagField::Instance()->Lock();
1182         AliInfo("Running with the B field constructed out of GRP !");
1183       }
1184       else AliFatal("Failed to create a B field map !");
1185     }
1186     else AliFatal("B field is neither set nor constructed from GRP ! Exitig...");
1187   }
1188
1189   //*** Get the diamond profiles from OCDB
1190   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertexSPD");
1191   if (entry) {
1192     fDiamondProfileSPD = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
1193   } else {
1194      AliError("No SPD diamond profile found in OCDB!");
1195   }
1196
1197   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertex");
1198   if (entry) {
1199     fDiamondProfile = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
1200   } else {
1201      AliError("No diamond profile found in OCDB!");
1202   }
1203
1204   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertexTPC");
1205   if (entry) {
1206     fDiamondProfileTPC = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
1207   } else {
1208      AliError("No TPC diamond profile found in OCDB!");
1209   }
1210
1211   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/CosmicTriggers");
1212   if (entry) {
1213     fListOfCosmicTriggers = dynamic_cast<THashTable*>(entry->GetObject());
1214     entry->SetOwner(0);
1215     AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Calib/CosmicTriggers");
1216   }
1217
1218   if (!fListOfCosmicTriggers) {
1219     AliWarning("Can not get list of cosmic triggers from OCDB! Cosmic event specie will be effectively disabled!");
1220   }
1221
1222   return kTRUE;
1223 }
1224
1225 //_____________________________________________________________________________
1226 Bool_t AliReconstruction::LoadCDB()
1227 {
1228   // Load CDB entries for all active detectors.
1229   // By default we load all the entries in <det>/Calib
1230   // folder.
1231
1232   AliCodeTimerAuto("",0);
1233
1234   AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/Config");
1235
1236   AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/LHCClockPhase");
1237
1238   TString detStr = fLoadCDB;
1239   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
1240     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1241     AliCDBManager::Instance()->GetAll(Form("%s/Calib/*",fgkDetectorName[iDet]));
1242   }
1243
1244   // Temporary fix - one has to define the correct policy in order
1245   // to load the trigger OCDB entries only for the detectors that
1246   // in the trigger or that are needed in order to put correct
1247   // information in ESD
1248   AliCDBManager::Instance()->GetAll("TRIGGER/*/*");
1249
1250   return kTRUE;
1251 }
1252 //_____________________________________________________________________________
1253 Bool_t AliReconstruction::LoadTriggerScalersCDB()
1254 {
1255   // Load CTP scalers from OCDB.
1256   // The scalers are checked for consistency.
1257
1258   AliCodeTimerAuto("",0);
1259
1260   AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/Scalers");
1261
1262   if (entry) {
1263
1264        AliInfo("Found an AliTriggerRunScalers in GRP/CTP/Scalers, reading it");
1265        fRunScalers = dynamic_cast<AliTriggerRunScalers*> (entry->GetObject());
1266        entry->SetOwner(0);
1267        if (fRunScalers && (fRunScalers->CorrectScalersOverflow() == 0)) AliInfo("32bit Trigger counters corrected for overflow");
1268
1269   }
1270   return kTRUE;
1271 }
1272 //_____________________________________________________________________________
1273 Bool_t AliReconstruction::LoadCTPTimeParamsCDB()
1274 {
1275   // Load CTP timing information (alignment)
1276   // from OCDB.
1277
1278   AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/CTPtiming");
1279   if (!entry) return kFALSE;
1280
1281   AliInfo("Found an AliCTPTimeParams in GRP/CTP/CTPtiming, reading it");
1282   fCTPTimeParams = dynamic_cast<AliCTPTimeParams*> (entry->GetObject());
1283   entry->SetOwner(0);
1284
1285   AliCDBEntry* entry2 = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/TimeAlign");
1286   if (!entry2) return kFALSE;
1287
1288   AliInfo("Found an AliCTPTimeParams in GRP/CTP/TimeAlign, reading it");
1289   fCTPTimeAlign = dynamic_cast<AliCTPTimeParams*> (entry2->GetObject());
1290   entry2->SetOwner(0);
1291
1292   return kTRUE;
1293 }
1294
1295 //_____________________________________________________________________________
1296 Bool_t AliReconstruction::ReadIntensityInfoCDB()
1297 {
1298   // Load LHC DIP data
1299   AliCDBEntry* entry    = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/GRP/LHCData");
1300   AliCDBEntry* entryCTP = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/Config");
1301   //
1302   if (!entry || !entryCTP) {
1303     AliError(Form("Failed to extract CDB objects GRP/GRP/LHCData: %p or GRP/CTP/Config: %p",entry,entryCTP));
1304     return kFALSE;
1305   }
1306   // extract BC masks
1307   enum {kA,kB,kC,kE,kNMasks};
1308   AliTriggerConfiguration* conf = (AliTriggerConfiguration*)entryCTP->GetObject();
1309   const TObjArray& clArr = conf->GetClasses();
1310   TObjArray masks(kNMasks);
1311   TIter next(&clArr);
1312   AliTriggerClass* trClass = 0;
1313   int nFound = 0;
1314   masks.SetOwner(kFALSE);
1315   //
1316   while ( (trClass=(AliTriggerClass*)next()) ) {
1317     TString trName = trClass->GetName();
1318     int ind = trName.Index("-"); // prefix in front of A,B,C,E
1319     if (ind<1) continue;   // anomaly
1320     //
1321     trName = trName.Data() + ind;
1322     AliTriggerBCMask* bcMask = trClass->GetBCMask();
1323     if (!bcMask) continue;
1324     UInt_t which = 0;
1325     if      (trName.BeginsWith("-A-"))  which |= 0x1<<kA;
1326     else if (trName.BeginsWith("-B-"))  which |= 0x1<<kB;
1327     else if (trName.BeginsWith("-C-"))  which |= 0x1<<kC;
1328     else if (trName.BeginsWith("-E-"))  which |= 0x1<<kE;
1329     else if (trName.BeginsWith("-AC-")) which |= (0x1<<kA) | (0x1<<kC);
1330     else if (trName.BeginsWith("-CA-")) which |= (0x1<<kA) | (0x1<<kC);
1331     else { AliWarning(Form("Unknown trigger type %s\n",trClass->GetName())); continue;}
1332     //
1333     for (int ip=kNMasks;ip--;) {
1334       if ( !(which&(0x1<<ip)) || masks[ip] ) continue; // does not match or already done
1335       masks[ip] = (TObject*)bcMask;
1336       nFound++;
1337     }
1338     if (nFound==kNMasks) break;
1339   }
1340   //
1341   AliInfo("Reading mean bunch intensities from GRP/GRP/LHCData");
1342   AliLHCData* dipData = dynamic_cast<AliLHCData*> (entry->GetObject());
1343   //
1344   for (int ib=2;ib--;) {
1345     double intI,intNI;
1346     if (dipData && (dipData->GetMeanIntensity(ib,intI,intNI,&masks)>=0)) {
1347       fBeamInt[ib][0] = intI;
1348       fBeamInt[ib][1] = intNI;
1349       AliInfo(Form("Mean intensity for beam %d: Interacting:%.2e Non-Interacting:%.2e",ib,intI,intNI));
1350     }
1351   }
1352   return kTRUE;
1353   //
1354 }
1355
1356
1357 //_____________________________________________________________________________
1358 Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
1359 {
1360   // Run Run Run
1361   AliCodeTimerAuto("",0);
1362
1363   InitRun(input);
1364   if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1365
1366   TChain *chain = NULL;
1367   if (fRawReader && (chain = fRawReader->GetChain())) {
1368     Long64_t nEntries = (fLastEvent < 0) ? (TChain::kBigNumber) : (fLastEvent - fFirstEvent + 1);
1369     // Proof mode
1370     if (gProof) {
1371       // Temporary fix for long raw-data runs (until socket timeout handling in PROOF is revised)
1372       gProof->Exec("gEnv->SetValue(\"Proof.SocketActivityTimeout\",-1)", kTRUE);
1373
1374       if (gGrid)
1375         gProof->Exec("TGrid::Connect(\"alien://\")",kTRUE);
1376
1377       TMessage::EnableSchemaEvolutionForAll(kTRUE);
1378       gProof->Exec("TMessage::EnableSchemaEvolutionForAll(kTRUE)",kTRUE);
1379
1380       gProof->AddInput(this);
1381
1382       if (!ParseOutput()) return kFALSE;
1383
1384       gProof->SetParameter("PROOF_MaxSlavesPerNode", 9999);
1385       chain->SetProof();
1386       chain->Process("AliReconstruction","",nEntries,fFirstEvent);
1387     }
1388     else {
1389       chain->Process(this,"",nEntries,fFirstEvent);
1390     }
1391   }
1392   else {
1393     Begin(NULL);
1394     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1395     SlaveBegin(NULL);
1396     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1397     //******* The loop over events
1398     AliInfo("Starting looping over events");
1399     Int_t iEvent = 0;
1400     while ((iEvent < fRunLoader->GetNumberOfEvents()) ||
1401            (fRawReader && fRawReader->NextEvent())) {
1402       if (!ProcessEvent(iEvent)) {
1403         Abort("ProcessEvent",TSelector::kAbortFile);
1404         return kFALSE;
1405       }
1406       iEvent++;
1407     }
1408     SlaveTerminate();
1409     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1410     Terminate();
1411     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1412   }
1413
1414   return kTRUE;
1415 }
1416
1417 //_____________________________________________________________________________
1418 void AliReconstruction::InitRawReader(const char* input)
1419 {
1420   // Init raw-reader and
1421   // set the input in case of raw data
1422
1423   AliCodeTimerAuto("",0);
1424
1425   if (input) fRawInput = input;
1426   fRawReader = AliRawReader::Create(fRawInput.Data());
1427   if (!fRawReader) {
1428     if (fRawInput.IsNull()) {
1429       AliInfo("Reconstruction will run over digits");
1430     }
1431     else {
1432       AliFatal("Can not create raw-data reader ! Exiting...");
1433     }
1434   }
1435
1436   if (!fEquipIdMap.IsNull() && fRawReader)
1437     fRawReader->LoadEquipmentIdsMap(fEquipIdMap);
1438
1439   if (!fUseHLTData.IsNull()) {
1440     // create the RawReaderHLT which performs redirection of HLT input data for
1441     // the specified detectors
1442     AliRawReader* pRawReader=AliRawHLTManager::CreateRawReaderHLT(fRawReader, fUseHLTData.Data());
1443     if (pRawReader) {
1444       fParentRawReader=fRawReader;
1445       fRawReader=pRawReader;
1446     } else {
1447       AliError(Form("can not create Raw Reader for HLT input %s", fUseHLTData.Data()));
1448     }
1449   }
1450   AliSysInfo::AddStamp("CreateRawReader");
1451 }
1452
1453 //_____________________________________________________________________________
1454 void AliReconstruction::InitRun(const char* input)
1455 {
1456   // Initialization of raw-reader,
1457   // run number, CDB etc.
1458   AliCodeTimerAuto("",0);
1459   AliSysInfo::AddStamp("Start");
1460
1461   // Initialize raw-reader if any
1462   InitRawReader(input);
1463
1464   // Initialize the CDB storage
1465   InitCDB();
1466
1467   // Set run number in CDBManager (if it is not already set by the user)
1468   if (!SetRunNumberFromData()) {
1469     Abort("SetRunNumberFromData", TSelector::kAbortProcess);
1470     return;
1471   }
1472
1473   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
1474   // or the default storage or to activate any further storage!
1475   SetCDBLock();
1476
1477 }
1478
1479 //_____________________________________________________________________________
1480 void AliReconstruction::Begin(TTree *)
1481 {
1482   // Initialize AlReconstruction before
1483   // going into the event loop
1484   // Should follow the TSelector convention
1485   // i.e. initialize only the object on the client side
1486   AliCodeTimerAuto("",0);
1487
1488   AliReconstruction *reco = NULL;
1489   if (fInput) {
1490     if ((reco = (AliReconstruction*)fInput->FindObject("AliReconstruction"))) {
1491       *this = *reco;
1492     }
1493     AliSysInfo::AddStamp("ReadInputInBegin");
1494   }
1495
1496   // Import ideal TGeo geometry and apply misalignment
1497   if (!gGeoManager) {
1498     TString geom(gSystem->DirName(fGAliceFileName));
1499     geom += "/geometry.root";
1500     AliGeomManager::LoadGeometry(geom.Data());
1501     if (!gGeoManager) {
1502       Abort("LoadGeometry", TSelector::kAbortProcess);
1503       return;
1504     }
1505     AliSysInfo::AddStamp("LoadGeom");
1506     TString detsToCheck=fRunLocalReconstruction;
1507     if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT(detsToCheck.Data())) {
1508       Abort("CheckSymNamesLUT", TSelector::kAbortProcess);
1509       return;
1510     }
1511     AliSysInfo::AddStamp("CheckGeom");
1512   }
1513
1514   if(fFromCDBSnapshot){
1515       AliDebug(2,"Initializing from a CDB snapshot");
1516       if(!AliCDBManager::Instance()->InitFromSnapshot(fSnapshotFileName.Data())){
1517           Abort("InitFromSnapshot", TSelector::kAbortProcess);
1518           return;
1519       }
1520   }
1521
1522   if (!MisalignGeometry(fLoadAlignData)) {
1523     Abort("MisalignGeometry", TSelector::kAbortProcess);
1524     return;
1525   }
1526   AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Geometry/Data");
1527   AliSysInfo::AddStamp("MisalignGeom");
1528
1529   if (!InitGRP()) {
1530     Abort("InitGRP", TSelector::kAbortProcess);
1531     return;
1532   }
1533   AliSysInfo::AddStamp("InitGRP");
1534
1535   if(!fFromCDBSnapshot){
1536       if (!LoadCDB()) {
1537           Abort("LoadCDB", TSelector::kAbortProcess);
1538           return;
1539       }
1540       AliSysInfo::AddStamp("LoadCDB");
1541   }
1542
1543   if (!LoadTriggerScalersCDB()) {
1544     Abort("LoadTriggerScalersCDB", TSelector::kAbortProcess);
1545     return;
1546   }
1547   AliSysInfo::AddStamp("LoadTriggerScalersCDB");
1548
1549   if (!LoadCTPTimeParamsCDB()) {
1550     Abort("LoadCTPTimeParamsCDB", TSelector::kAbortProcess);
1551     return;
1552   }
1553   AliSysInfo::AddStamp("LoadCTPTimeParamsCDB");
1554
1555   if (!ReadIntensityInfoCDB()) {
1556     Abort("ReadIntensityInfoCDB", TSelector::kAbortProcess);
1557     return;
1558   }
1559   AliSysInfo::AddStamp("ReadIntensityInfoCDB");
1560
1561   // Read the reconstruction parameters from OCDB
1562   if (!InitRecoParams()) {
1563     AliWarning("Not all detectors have correct RecoParam objects initialized");
1564   }
1565   AliSysInfo::AddStamp("InitRecoParams");
1566
1567   if (fInput && gProof) {
1568     if (reco) *reco = *this;
1569
1570     gGeoManager->SetName("Geometry");
1571     gProof->AddInputData(gGeoManager,kTRUE);
1572     gGeoManager = NULL;
1573     gProof->AddInputData(const_cast<TMap*>(AliCDBManager::Instance()->GetEntryCache()),kTRUE);
1574     fInput->Add(new TParameter<Int_t>("RunNumber",AliCDBManager::Instance()->GetRun()));
1575     AliMagF *magFieldMap = (AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField();
1576     magFieldMap->SetName("MagneticFieldMap");
1577     gProof->AddInputData(magFieldMap,kTRUE);
1578     if (fAnalysis) {
1579       fAnalysis->SetName("Analysis");
1580       gProof->AddInputData(fAnalysis,kTRUE);
1581     }
1582   }
1583
1584 }
1585
1586 //_____________________________________________________________________________
1587 void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
1588 {
1589   // Initialization related to run-loader,
1590   // vertexer, trackers, recontructors
1591   // In proof mode it is executed on the slave
1592   AliCodeTimerAuto("",0);
1593
1594   TProofOutputFile *outProofFile = NULL;
1595   if (fInput) {
1596     if (AliDebugLevel() > 0) fInput->Print();
1597     if (AliDebugLevel() > 10) fInput->Dump();
1598     if (AliReconstruction *reco = (AliReconstruction*)fInput->FindObject("AliReconstruction")) {
1599       *this = *reco;
1600     }
1601     if (TGeoManager *tgeo = (TGeoManager*)fInput->FindObject("Geometry")) {
1602       gGeoManager = tgeo;
1603       AliGeomManager::SetGeometry(tgeo);
1604     }
1605     if (TMap *entryCache = (TMap*)fInput->FindObject("CDBEntryCache")) {
1606       Int_t runNumber = -1;
1607       if (TProof::GetParameter(fInput,"RunNumber",runNumber) == 0) {
1608         AliCDBManager *man = AliCDBManager::Instance(entryCache,runNumber);
1609         man->SetCacheFlag(kTRUE);
1610         man->SetLock(kTRUE);
1611         man->Print();
1612       }
1613     }
1614     if (AliMagF *map = (AliMagF*)fInput->FindObject("MagneticFieldMap")) {
1615       AliMagF *newMap = new AliMagF(*map);
1616       if (!newMap->LoadParameterization()) {
1617         Abort("AliMagF::LoadParameterization", TSelector::kAbortProcess);
1618         return;
1619       }
1620       TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField(newMap);
1621       TGeoGlobalMagField::Instance()->Lock();
1622     }
1623     if (!fAnalysis) {
1624        // Attempt to get the analysis manager from the input list
1625        fAnalysis = (AliAnalysisManager*)fInput->FindObject("Analysis");
1626        if (fAnalysis) AliInfo("==== Analysis manager retrieved from input list ====");
1627     }
1628     if (TNamed *outputFileName = (TNamed*)fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE"))
1629       fProofOutputFileName = outputFileName->GetTitle();
1630     if (TNamed *outputLocation = (TNamed*)fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE_LOCATION"))
1631       fProofOutputLocation = outputLocation->GetTitle();
1632     if (fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE_DATASET"))
1633       fProofOutputDataset = kTRUE;
1634     if (TNamed *archiveList = (TNamed*)fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE_ARCHIVE"))
1635       fProofOutputArchive = archiveList->GetTitle();
1636     if (!fProofOutputFileName.IsNull() &&
1637         !fProofOutputLocation.IsNull() &&
1638         fProofOutputArchive.IsNull()) {
1639       if (!fProofOutputDataset) {
1640         outProofFile = new TProofOutputFile(fProofOutputFileName.Data(),"M");
1641         outProofFile->SetOutputFileName(Form("%s%s",fProofOutputLocation.Data(),fProofOutputFileName.Data()));
1642       }
1643       else {
1644         outProofFile = new TProofOutputFile(fProofOutputFileName.Data(),"DROV",fProofOutputLocation.Data());
1645       }
1646       if (AliDebugLevel() > 0) outProofFile->Dump();
1647       fOutput->Add(outProofFile);
1648     }
1649     AliSysInfo::AddStamp("ReadInputInSlaveBegin");
1650   }
1651   // Check if analysis was requested in the reconstruction event loop
1652   if (!fAnalysis) {
1653     // Attempt to connect in-memory singleton
1654     fAnalysis = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1655     if (fAnalysis) AliInfo(Form("==== Analysis manager <%s> found in memory ====", fAnalysis->GetName()));
1656     // Check if an analysis macro was specified
1657     if (!fAnalysis && !fAnalysisMacro.IsNull()) {
1658       // Run specified analysis macro
1659       gROOT->ProcessLine(Form(".x %s",fAnalysisMacro.Data()));
1660       fAnalysis = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1661       if (!fAnalysis) AliError(Form("No analysis manager produced by analysis macro %s", fAnalysisMacro.Data()));
1662       else AliInfo(Form("==== Analysis manager <%s> produced by analysis macro <%s> ====",
1663                         fAnalysis->GetName(), fAnalysisMacro.Data()));
1664     }
1665   }
1666
1667   // get the run loader
1668   if (!InitRunLoader()) {
1669     Abort("InitRunLoader", TSelector::kAbortProcess);
1670     return;
1671   }
1672   AliSysInfo::AddStamp("LoadLoader");
1673
1674   ftVertexer = new AliVertexerTracks(AliTracker::GetBz());
1675
1676   // get trackers
1677   if (!fRunTracking.IsNull() && !CreateTrackers(fRunTracking)) {
1678     Abort("CreateTrackers", TSelector::kAbortProcess);
1679     return;
1680   }
1681   AliSysInfo::AddStamp("CreateTrackers");
1682
1683   // create the ESD output file and tree
1684   if (!outProofFile) {
1685     ffile = TFile::Open("AliESDs.root", "RECREATE");
1686     ffile->SetCompressionLevel(2);
1687     if (!ffile->IsOpen()) {
1688       Abort("OpenESDFile", TSelector::kAbortProcess);
1689       return;
1690     }
1691   }
1692   else {
1693     AliInfo(Form("Opening output PROOF file: %s/%s",
1694                  outProofFile->GetDir(), outProofFile->GetFileName()));
1695     if (!(ffile = outProofFile->OpenFile("RECREATE"))) {
1696       Abort(Form("Problems opening output PROOF file: %s/%s",
1697                  outProofFile->GetDir(), outProofFile->GetFileName()),
1698             TSelector::kAbortProcess);
1699       return;
1700     }
1701   }
1702
1703   ftree = new TTree("esdTree", "Tree with ESD objects");
1704   fesd = new AliESDEvent();
1705   fesd->CreateStdContent();
1706   // add a so far non-std object to the ESD, this will
1707   // become part of the std content
1708   fesd->AddObject(new AliESDHLTDecision);
1709
1710   fesd->WriteToTree(ftree);
1711   if (fWriteESDfriend) {
1712     ffileF = TFile::Open("AliESDfriends.root", "RECREATE");
1713     ftreeF = new TTree("esdFriendTree", "Tree with ESD Friend objects");
1714     fesdf  = new AliESDfriend();
1715     ftreeF->Branch("ESDfriend.","AliESDfriend", &fesdf);
1716     fesd->AddObject(fesdf);
1717     ffile->cd();
1718   }
1719   ftree->GetUserInfo()->Add(fesd);
1720
1721   fhlttree = new TTree("HLTesdTree", "Tree with HLT ESD objects");
1722   fhltesd = new AliESDEvent();
1723   fhltesd->CreateStdContent();
1724   // read the ESD template from CDB
1725   // HLT is allowed to put non-std content to its ESD, the non-std
1726   // objects need to be created before invocation of WriteToTree in
1727   // order to create all branches. Initialization is done from an
1728   // ESD layout template in CDB
1729   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
1730   AliCDBPath hltESDConfigPath("HLT/ConfigHLT/esdLayout");
1731   AliCDBEntry* hltESDConfig=NULL;
1732   if (man->GetId(hltESDConfigPath)!=NULL &&
1733       (hltESDConfig=man->Get(hltESDConfigPath))!=NULL) {
1734     AliESDEvent* pESDLayout=dynamic_cast<AliESDEvent*>(hltESDConfig->GetObject());
1735     if (pESDLayout) {
1736       // init all internal variables from the list of objects
1737       pESDLayout->GetStdContent();
1738
1739       // copy content and create non-std objects
1740       *fhltesd=*pESDLayout;
1741       fhltesd->Reset();
1742     } else {
1743       AliError(Form("error setting hltEsd layout from %s: invalid object type",
1744                     hltESDConfigPath.GetPath().Data()));
1745     }
1746   }
1747
1748   fhltesd->WriteToTree(fhlttree);
1749   fhlttree->GetUserInfo()->Add(fhltesd);
1750
1751   ProcInfo_t procInfo;
1752   gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
1753   AliInfo(Form("Current memory usage %ld %ld", procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
1754
1755   //QA
1756   //Initialize the QA and start of cycle
1757   if (fRunQA || fRunGlobalQA)
1758     InitQA() ;
1759
1760   //Initialize the Plane Efficiency framework
1761   if (fRunPlaneEff && !InitPlaneEff()) {
1762     Abort("InitPlaneEff", TSelector::kAbortProcess);
1763     return;
1764   }
1765
1766   if (strcmp(gProgName,"alieve") == 0)
1767     fRunAliEVE = InitAliEVE();
1768   // If we have an analysis manager, connect the AliRecoInputHandler here
1769   if (fAnalysis) {
1770     if (!dynamic_cast<AliRecoInputHandler*>(fAnalysis->GetInputEventHandler())) {
1771        AliError("Analysis manager used in reconstruction should use AliRecoInputHandler - \
1772                  \n  ->Replacing with AliRecoInputHandler instance.");
1773        delete fAnalysis->GetInputEventHandler();
1774     }
1775     // Set the event and other data pointers
1776     fRecoHandler = new AliRecoInputHandler();
1777     fRecoHandler->Init(ftree, "LOCAL");
1778     fRecoHandler->SetEvent(fesd);
1779     fRecoHandler->SetESDfriend(fesdf);
1780     fRecoHandler->SetHLTEvent(fhltesd);
1781     fRecoHandler->SetHLTTree(fhlttree);
1782     fAnalysis->SetInputEventHandler(fRecoHandler);
1783     // Enter external loop mode
1784     fAnalysis->SetExternalLoop(kTRUE);
1785     // Initialize analysis
1786     fAnalysis->StartAnalysis("local", (TTree*)0);
1787     // Connect ESD tree with the input container
1788     fAnalysis->GetCommonInputContainer()->SetData(ftree);
1789   }
1790   return;
1791 }
1792
1793 //_____________________________________________________________________________
1794 Bool_t AliReconstruction::Process(Long64_t entry)
1795 {
1796   // run the reconstruction over a single entry
1797   // from the chain with raw data
1798   AliCodeTimerAuto("",0);
1799
1800   TTree *currTree = fChain->GetTree();
1801   AliRawVEvent *event = NULL;
1802   currTree->SetBranchAddress("rawevent",&event);
1803   currTree->GetEntry(entry);
1804   fRawReader = new AliRawReaderRoot(event);
1805   fStatus = ProcessEvent(fRunLoader->GetNumberOfEvents());
1806   delete fRawReader;
1807   fRawReader = NULL;
1808   delete event;
1809
1810   return fStatus;
1811 }
1812
1813 //_____________________________________________________________________________
1814 void AliReconstruction::Init(TTree *tree)
1815 {
1816   // Implementation of TSelector::Init()
1817   // method
1818   if (tree == 0) {
1819     AliError("The input tree is not found!");
1820     return;
1821   }
1822   fChain = tree;
1823 }
1824
1825 //_____________________________________________________________________________
1826 Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
1827 {
1828   // run the reconstruction over a single event
1829   // The event loop is steered in Run method
1830
1831
1832   static Long_t oldMres=0;
1833   static Long_t oldMvir=0;
1834   static Float_t oldCPU=0;
1835   static Long_t aveDMres=0;
1836   static Long_t aveDMvir=0;
1837   static Float_t aveDCPU=0;
1838
1839   AliCodeTimerAuto("",0);
1840
1841   AliESDpid pid;
1842
1843   if (iEvent >= fRunLoader->GetNumberOfEvents()) {
1844     fRunLoader->SetEventNumber(iEvent);
1845     if (fRawReader)
1846       fRunLoader->GetHeader()->Reset(fRawReader->GetRunNumber(),
1847                                      iEvent, iEvent);
1848     fRunLoader->TreeE()->Fill();
1849
1850     if (fRawReader && fRawReader->UseAutoSaveESD())
1851       fRunLoader->TreeE()->AutoSave("SaveSelf");
1852   }
1853
1854   if ((iEvent < fFirstEvent) || ((fLastEvent >= 0) && (iEvent > fLastEvent))) {
1855     return kTRUE;
1856   }
1857
1858
1859   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
1860
1861   // Fill Event-info object
1862   GetEventInfo();
1863   fRecoParam.SetEventSpecie(fRunInfo,fEventInfo,fListOfCosmicTriggers);
1864
1865   ProcInfo_t procInfo;
1866   if(iEvent==fFirstEvent) {
1867     gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
1868     oldMres=procInfo.fMemResident;
1869     oldMvir=procInfo.fMemVirtual;
1870     oldCPU=procInfo.fCpuUser+procInfo.fCpuSys;
1871   }
1872   AliInfo(Form("================================= Processing event %d of type %-10s ==================================", iEvent,fRecoParam.PrintEventSpecie()));
1873
1874   // Set the reco-params
1875   {
1876     TString detStr = fLoadCDB;
1877     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
1878       if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1879       AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
1880       if (reconstructor && fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet)) {
1881         const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
1882         reconstructor->SetRecoParam(par);
1883         reconstructor->GetPidSettings(&pid);
1884         reconstructor->SetEventInfo(&fEventInfo);
1885         if (fRunQA) {
1886           AliQAManager::QAManager()->SetEventInfo(&fEventInfo) ;
1887           AliQAManager::QAManager()->SetRecoParam(iDet, par) ;
1888           if (par) AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(AliRecoParam::Convert(par->GetEventSpecie())) ;
1889         }
1890       }
1891     }
1892     //
1893     if (fRunQA || fRunGlobalQA) AliQADataMaker::SetEventTrigClasses(fEventInfo.GetTriggerClasses()); // RS: select which histo clones are to be filled
1894     //
1895     if (fRunQA) {
1896       const AliDetectorRecoParam *grppar = fRecoParam.GetDetRecoParam(kNDetectors);
1897       AliQAManager::QAManager()->SetRecoParam(AliQAv1::kGLOBAL, grppar) ;
1898       AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(AliRecoParam::Convert(grppar->GetEventSpecie())) ;
1899     }
1900   }
1901
1902     // QA on single raw
1903   if (fRunQA && IsInTasks(AliQAv1::kRAWS)) {
1904     AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
1905     AliQAManager::QAManager()->RunOneEvent(fRawReader) ;
1906   }
1907     // local single event reconstruction
1908     if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
1909       TString detectors=fRunLocalReconstruction;
1910       // run HLT event reconstruction first
1911       // ;-( IsSelected changes the string
1912       if (IsSelected("HLT", detectors) &&
1913           !RunLocalEventReconstruction("HLT")) {
1914         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1915       }
1916       detectors=fRunLocalReconstruction;
1917       detectors.ReplaceAll("HLT", "");
1918       if (!RunLocalEventReconstruction(detectors)) {
1919         if (fStopOnError) {
1920           CleanUp();
1921           return kFALSE;
1922         }
1923       }
1924     }
1925
1926
1927     // fill Event header information from the RawEventHeader
1928     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(fesd);}
1929     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(fhltesd);}
1930
1931     fesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
1932     fhltesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
1933
1934     ((AliESDRun*)fesd->GetESDRun())->SetDetectorsInDAQ(fRunInfo->GetDetectorMask());
1935     ((AliESDRun*)fhltesd->GetESDRun())->SetDetectorsInDAQ(fRunInfo->GetDetectorMask());
1936     ((AliESDRun*)fesd->GetESDRun())->SetDetectorsInReco(AliDAQ::DetectorPatternOffline(fFillESD.Data()));
1937     ((AliESDRun*)fhltesd->GetESDRun())->SetDetectorsInReco(AliDAQ::DetectorPatternOffline(fFillESD.Data()));
1938
1939     fesd->SetEventNumberInFile(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
1940     fhltesd->SetEventNumberInFile(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
1941
1942     fesd->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie());
1943     fhltesd->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie());
1944
1945     // Set magnetic field from the tracker
1946     fesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
1947     fhltesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
1948     //
1949     AliESDRun *esdRun,*esdRunH;
1950     esdRun  = (AliESDRun*)fesd->GetESDRun();
1951     esdRunH = (AliESDRun*)fhltesd->GetESDRun();
1952     esdRun->SetBeamEnergyIsSqrtSHalfGeV();
1953     esdRunH->SetBeamEnergyIsSqrtSHalfGeV();
1954     //
1955     for (int ib=2;ib--;) for (int it=2;it--;) {
1956         esdRun->SetMeanIntensity(ib,it, fBeamInt[ib][it]);
1957         esdRunH->SetMeanIntensity(ib,it, fBeamInt[ib][it]);
1958       }
1959     //
1960     AliMagF* fld = (AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField();
1961     if (fld) { // set info needed for field initialization
1962       fesd->SetCurrentL3(fld->GetCurrentSol());
1963       fesd->SetCurrentDip(fld->GetCurrentDip());
1964       fesd->SetBeamEnergy(fld->GetBeamEnergy());
1965       fesd->SetBeamType(fld->GetBeamTypeText());
1966       fesd->SetUniformBMap(fld->IsUniform());
1967       fesd->SetBInfoStored();
1968       //
1969       fhltesd->SetCurrentL3(fld->GetCurrentSol());
1970       fhltesd->SetCurrentDip(fld->GetCurrentDip());
1971       fhltesd->SetBeamEnergy(fld->GetBeamEnergy());
1972       fhltesd->SetBeamType(fld->GetBeamTypeText());
1973       fhltesd->SetUniformBMap(fld->IsUniform());
1974       fhltesd->SetBInfoStored();
1975     }
1976     //
1977     // Set most probable pt, for B=0 tracking
1978     // Get the global reco-params. They are atposition 16 inside the array of detectors in fRecoParam
1979     const AliGRPRecoParam *grpRecoParam = dynamic_cast<const AliGRPRecoParam*>(fRecoParam.GetDetRecoParam(kNDetectors));
1980     if (grpRecoParam) AliExternalTrackParam::SetMostProbablePt(grpRecoParam->GetMostProbablePt());
1981
1982     // Fill raw-data error log into the ESD
1983     if (fRawReader) FillRawDataErrorLog(iEvent,fesd);
1984
1985     // vertex finder
1986     if (fRunVertexFinder) {
1987       if (!RunVertexFinder(fesd)) {
1988         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1989       }
1990     }
1991
1992     // For Plane Efficiency: run the SPD trackleter
1993     if (fRunPlaneEff && fSPDTrackleter) {
1994       if (!RunSPDTrackleting(fesd)) {
1995         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1996       }
1997     }
1998
1999     // Muon tracking
2000     if (!fRunTracking.IsNull()) {
2001       if (fRunMuonTracking) {
2002         if (!RunMuonTracking(fesd)) {
2003           if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
2004         }
2005       }
2006     }
2007
2008     // barrel tracking
2009     if (!fRunTracking.IsNull()) {
2010       if (!RunTracking(fesd,pid)) {
2011         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
2012       }
2013     }
2014
2015     // fill ESD
2016     if (!fFillESD.IsNull()) {
2017       TString detectors=fFillESD;
2018       // run HLT first and on hltesd
2019       // ;-( IsSelected changes the string
2020       if (IsSelected("HLT", detectors) &&
2021           !FillESD(fhltesd, "HLT")) {
2022         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
2023       }
2024       detectors=fFillESD;
2025       // Temporary fix to avoid problems with HLT that overwrites the offline ESDs
2026       if (detectors.Contains("ALL")) {
2027         detectors="";
2028         for (Int_t idet=0; idet<kNDetectors; ++idet){
2029           detectors += fgkDetectorName[idet];
2030           detectors += " ";
2031         }
2032       }
2033       detectors.ReplaceAll("HLT", "");
2034       if (!FillESD(fesd, detectors)) {
2035         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
2036       }
2037     }
2038
2039
2040     ffile->cd();
2041
2042     //
2043     // Propagate track to the beam pipe  (if not already done by ITS)
2044     //
2045     const Int_t ntracks = fesd->GetNumberOfTracks();
2046     const Double_t kRadius  = 2.8; //something less than the beam pipe radius
2047
2048     TObjArray trkArray;
2049     UShort_t *selectedIdx=new UShort_t[ntracks];
2050
2051     for (Int_t itrack=0; itrack<ntracks; itrack++){
2052       const Double_t kMaxStep = 1;   //max step over the material
2053       Bool_t ok;
2054
2055       AliESDtrack *track = fesd->GetTrack(itrack);
2056       if (!track) continue;
2057
2058       AliExternalTrackParam *tpcTrack =
2059            (AliExternalTrackParam *)track->GetTPCInnerParam();
2060       ok = kFALSE;
2061       if (tpcTrack)
2062         ok = AliTracker::
2063           PropagateTrackToBxByBz(tpcTrack,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kFALSE);
2064
2065       if (ok) {
2066         Int_t n=trkArray.GetEntriesFast();
2067         selectedIdx[n]=track->GetID();
2068         trkArray.AddLast(tpcTrack);
2069       }
2070
2071       //Tracks refitted by ITS should already be at the SPD vertex
2072       if (track->IsOn(AliESDtrack::kITSrefit)) continue;
2073
2074       AliTracker::
2075          PropagateTrackToBxByBz(track,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kFALSE);
2076       Double_t x[3]; track->GetXYZ(x);
2077       Double_t b[3]; AliTracker::GetBxByBz(x,b);
2078       track->RelateToVertexBxByBz(fesd->GetPrimaryVertexSPD(), b, kVeryBig);
2079
2080     }
2081
2082     //
2083     // Improve the reconstructed primary vertex position using the tracks
2084     //
2085     Bool_t runVertexFinderTracks = fRunVertexFinderTracks;
2086     if(fesd->GetPrimaryVertexSPD()) {
2087       TString vtitle = fesd->GetPrimaryVertexSPD()->GetTitle();
2088       if(vtitle.Contains("cosmics")) {
2089         runVertexFinderTracks=kFALSE;
2090       }
2091     }
2092
2093     if (runVertexFinderTracks) {
2094        // TPC + ITS primary vertex
2095        ftVertexer->SetITSMode();
2096        ftVertexer->SetConstraintOff();
2097        // get cuts for vertexer from AliGRPRecoParam
2098        Bool_t constrSPD=kFALSE;
2099        if (grpRecoParam) {
2100          Int_t nCutsVertexer = grpRecoParam->GetVertexerTracksNCuts();
2101          Double_t *cutsVertexer = new Double_t[nCutsVertexer];
2102          grpRecoParam->GetVertexerTracksCutsITS(cutsVertexer,nCutsVertexer);
2103          ftVertexer->SetCuts(cutsVertexer,nCutsVertexer);
2104          delete [] cutsVertexer; cutsVertexer = NULL;
2105          if(grpRecoParam->GetVertexerTracksConstraintITS()) {
2106            if(fDiamondProfile && fDiamondProfile->GetXRes()<kRadius){
2107              ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile); // apply constraint only if sigmax is smaller than the beam pipe radius
2108            }else{
2109              if(fDiamondProfileSPD && fDiamondProfileSPD->GetXRes()<kRadius){
2110                ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfileSPD);
2111                constrSPD=kTRUE;
2112              }
2113            }
2114          }
2115        }
2116        AliESDVertex *pvtx=ftVertexer->FindPrimaryVertex(fesd);
2117        if (pvtx) {
2118          if(constrSPD){
2119            TString title=pvtx->GetTitle();
2120            title.Append("SPD");
2121            pvtx->SetTitle(title);
2122          }
2123           if (pvtx->GetStatus()) {
2124              fesd->SetPrimaryVertexTracks(pvtx);
2125              for (Int_t i=0; i<ntracks; i++) {
2126                  AliESDtrack *t = fesd->GetTrack(i);
2127                  Double_t x[3]; t->GetXYZ(x);
2128                  Double_t b[3]; AliTracker::GetBxByBz(x,b);
2129                  t->RelateToVertexBxByBz(pvtx, b, kVeryBig);
2130              }
2131           }
2132           delete pvtx; pvtx=NULL;
2133        }
2134
2135        // TPC-only primary vertex
2136        ftVertexer->SetTPCMode();
2137        ftVertexer->SetConstraintOff();
2138        // get cuts for vertexer from AliGRPRecoParam
2139        if (grpRecoParam) {
2140          Int_t nCutsVertexer = grpRecoParam->GetVertexerTracksNCuts();
2141          Double_t *cutsVertexer = new Double_t[nCutsVertexer];
2142          grpRecoParam->GetVertexerTracksCutsTPC(cutsVertexer,nCutsVertexer);
2143          ftVertexer->SetCuts(cutsVertexer,nCutsVertexer);
2144          delete [] cutsVertexer; cutsVertexer = NULL;
2145          if(fDiamondProfileTPC && grpRecoParam->GetVertexerTracksConstraintTPC()) {
2146            if(fDiamondProfileTPC->GetXRes()<kRadius) ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfileTPC); // apply constraint only if sigmax is smaller than the beam pipe radius
2147          }
2148        }
2149        pvtx=ftVertexer->FindPrimaryVertex(&trkArray,selectedIdx);
2150        if (pvtx) {
2151           if (pvtx->GetStatus()) {
2152              fesd->SetPrimaryVertexTPC(pvtx);
2153              for (Int_t i=0; i<ntracks; i++) {
2154                  AliESDtrack *t = fesd->GetTrack(i);
2155                  Double_t x[3]; t->GetXYZ(x);
2156                  Double_t b[3]; AliTracker::GetBxByBz(x,b);
2157                  t->RelateToVertexTPCBxByBz(pvtx, b, kVeryBig);
2158              }
2159           }
2160           delete pvtx; pvtx=NULL;
2161        }
2162
2163     }
2164     delete[] selectedIdx;
2165
2166     if(fDiamondProfile && fDiamondProfile->GetXRes()<kRadius) fesd->SetDiamond(fDiamondProfile);
2167     else fesd->SetDiamond(fDiamondProfileSPD);
2168
2169     if (fRunV0Finder) {
2170        // V0 finding
2171        AliV0vertexer vtxer;
2172        // get cuts for V0vertexer from AliGRPRecoParam
2173        if (grpRecoParam) {
2174          Int_t nCutsV0vertexer = grpRecoParam->GetVertexerV0NCuts();
2175          Double_t *cutsV0vertexer = new Double_t[nCutsV0vertexer];
2176          grpRecoParam->GetVertexerV0Cuts(cutsV0vertexer);
2177          vtxer.SetCuts(cutsV0vertexer);
2178          delete [] cutsV0vertexer; cutsV0vertexer = NULL;
2179        }
2180        vtxer.Tracks2V0vertices(fesd);
2181
2182        if (fRunCascadeFinder) {
2183           // Cascade finding
2184           AliCascadeVertexer cvtxer;
2185           // get cuts for CascadeVertexer from AliGRPRecoParam
2186           if (grpRecoParam) {
2187             Int_t nCutsCascadeVertexer = grpRecoParam->GetVertexerCascadeNCuts();
2188             Double_t *cutsCascadeVertexer = new Double_t[nCutsCascadeVertexer];
2189             grpRecoParam->GetVertexerCascadeCuts(cutsCascadeVertexer);
2190             cvtxer.SetCuts(cutsCascadeVertexer);
2191             delete [] cutsCascadeVertexer; cutsCascadeVertexer = NULL;
2192           }
2193           cvtxer.V0sTracks2CascadeVertices(fesd);
2194        }
2195     }
2196
2197     // AdC+FN
2198     if (fReconstructor[3])
2199       GetReconstructor(3)->FillEventTimeWithTOF(fesd,&pid);
2200
2201     // combined PID
2202     pid.MakePID(fesd);
2203
2204     if (fFillTriggerESD) {
2205       if (!FillTriggerESD(fesd)) {
2206         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
2207       }
2208     }
2209     // Always fill scalers
2210     if (!FillTriggerScalers(fesd)) {
2211        if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
2212     }
2213
2214     // write ESD
2215     if (fCleanESD) CleanESD(fesd);
2216     //
2217     // RS run updated trackleter: since we want to mark the clusters used by tracks and also mark the
2218     // tracks interpreted as primary, this step should be done in the very end, when full
2219     // ESD info is available (particulalry, V0s)
2220     // vertex finder
2221     if (fRunMultFinder) {
2222       if (!RunMultFinder(fesd)) {
2223         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
2224       }
2225     }
2226
2227   if (fRunQA && IsInTasks(AliQAv1::kESDS)) {
2228     AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
2229     AliQAManager::QAManager()->RunOneEvent(fesd, fhltesd) ;
2230   }
2231   if (fRunGlobalQA) {
2232     AliQADataMaker *qadm = AliQAManager::QAManager()->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
2233     if (qadm)
2234       qadm->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
2235     if (qadm && IsInTasks(AliQAv1::kESDS))
2236       qadm->Exec(AliQAv1::kESDS, fesd);
2237   }
2238
2239   // copy HLT decision from HLTesd to esd
2240   // the most relevant information is stored in a reduced container in the esd,
2241   // while the full information can be found in the HLTesd
2242   TObject* pHLTSrc=fhltesd->FindListObject(AliESDHLTDecision::Name());
2243   TObject* pHLTTgt=fesd->FindListObject(AliESDHLTDecision::Name());
2244   if (pHLTSrc && pHLTTgt) {
2245     pHLTSrc->Copy(*pHLTTgt);
2246   }
2247
2248     if (fWriteESDfriend)
2249       fesd->GetESDfriend(fesdf);
2250
2251     ftree->Fill();
2252     if (fWriteESDfriend) {
2253       WriteESDfriend();
2254     }
2255
2256     // Auto-save the ESD tree in case of prompt reco @P2
2257     if (fRawReader && fRawReader->UseAutoSaveESD()) {
2258       ftree->AutoSave("SaveSelf");
2259       if (fWriteESDfriend) ftreeF->AutoSave("SaveSelf");
2260     }
2261
2262     // write HLT ESD
2263     fhlttree->Fill();
2264
2265     // call AliEVE
2266     if (fRunAliEVE) RunAliEVE();
2267
2268     fesd->Reset();
2269     fhltesd->Reset();
2270     if (fWriteESDfriend) {
2271       fesdf->~AliESDfriend();
2272       new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
2273     }
2274
2275     gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
2276     Long_t dMres=(procInfo.fMemResident-oldMres)/1024;
2277     Long_t dMvir=(procInfo.fMemVirtual-oldMvir)/1024;
2278     Float_t dCPU=procInfo.fCpuUser+procInfo.fCpuSys-oldCPU;
2279     aveDMres+=(dMres-aveDMres)/(iEvent-fFirstEvent+1);
2280     aveDMvir+=(dMvir-aveDMvir)/(iEvent-fFirstEvent+1);
2281     aveDCPU+=(dCPU-aveDCPU)/(iEvent-fFirstEvent+1);
2282     AliInfo(Form("======================= End Event %d: Res %ld(%3ld <%3ld>) Vir %ld(%3ld <%3ld>) CPU %5.2f <%5.2f> ===================",
2283                  iEvent, procInfo.fMemResident/1024, dMres, aveDMres, procInfo.fMemVirtual/1024, dMvir, aveDMvir, dCPU, aveDCPU));
2284     oldMres=procInfo.fMemResident;
2285     oldMvir=procInfo.fMemVirtual;
2286     oldCPU=procInfo.fCpuUser+procInfo.fCpuSys;
2287
2288     fEventInfo.Reset();
2289     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2290       if (fReconstructor[iDet]) {
2291         fReconstructor[iDet]->SetRecoParam(NULL);
2292         fReconstructor[iDet]->SetEventInfo(NULL);
2293       }
2294       if (fTracker[iDet]) fTracker[iDet]->SetEventInfo(NULL);
2295     }
2296
2297   if (fRunQA || fRunGlobalQA)
2298     AliQAManager::QAManager()->Increment() ;
2299
2300   // Perform analysis of this event if requested
2301   if (fAnalysis) {
2302      fRecoHandler->BeginEvent(iEvent);
2303      fAnalysis->ExecAnalysis();
2304      fRecoHandler->FinishEvent();
2305   }
2306     return kTRUE;
2307 }
2308
2309 //_____________________________________________________________________________
2310 void AliReconstruction::SlaveTerminate()
2311 {
2312   // Finalize the run on the slave side
2313   // Called after the exit
2314   // from the event loop
2315   AliCodeTimerAuto("",0);
2316   // If analysis was done during reconstruction, we need to call SlaveTerminate for it
2317   if (fAnalysis) {
2318      fAnalysis->PackOutput(fOutput);
2319      fAnalysis->SetSkipTerminate(kTRUE);
2320      fAnalysis->Terminate();
2321   }
2322
2323   if (fIsNewRunLoader) { // galice.root didn't exist
2324     fRunLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
2325     fRunLoader->WriteTrigger("OVERWRITE");
2326     fRunLoader->CdGAFile();
2327     fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
2328   }
2329
2330   const TMap *cdbMap = AliCDBManager::Instance()->GetStorageMap();
2331   const TList *cdbList = AliCDBManager::Instance()->GetRetrievedIds();
2332
2333    TMap *cdbMapCopy = new TMap(cdbMap->GetEntries());
2334    cdbMapCopy->SetOwner(1);
2335    cdbMapCopy->SetName("cdbMap");
2336    TIter iter(cdbMap->GetTable());
2337
2338    TPair* pair = 0;
2339    while((pair = dynamic_cast<TPair*> (iter.Next()))){
2340          TObjString* keyStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Key());
2341          TObjString* valStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Value());
2342          if (keyStr && valStr)
2343            cdbMapCopy->Add(new TObjString(keyStr->GetName()), new TObjString(valStr->GetName()));
2344    }
2345
2346    TList *cdbListCopy = new TList();
2347    cdbListCopy->SetOwner(1);
2348    cdbListCopy->SetName("cdbList");
2349
2350    TIter iter2(cdbList);
2351
2352         AliCDBId* id=0;
2353         while((id = dynamic_cast<AliCDBId*> (iter2.Next()))){
2354          cdbListCopy->Add(new TObjString(id->ToString().Data()));
2355    }
2356
2357    ftree->GetUserInfo()->Add(cdbMapCopy);
2358    ftree->GetUserInfo()->Add(cdbListCopy);
2359
2360    // Add the AliRoot version that created this file
2361    TString sVersion("aliroot ");
2362    sVersion += ALIROOT_SVN_BRANCH;
2363    sVersion += ":";
2364    sVersion += ALIROOT_SVN_REVISION;
2365    sVersion += "; root ";
2366    sVersion += ROOT_SVN_BRANCH;
2367    sVersion += ":";
2368    sVersion += ROOT_SVN_REVISION;
2369    sVersion += "; metadata ";
2370    sVersion += gSystem->Getenv("PRODUCTION_METADATA");
2371
2372
2373    TNamed * alirootVersion = new TNamed("alirootVersion",sVersion.Data());
2374    ftree->GetUserInfo()->Add(alirootVersion); // The list becomes owner of alirootVersion
2375
2376   ffile->cd();
2377
2378   // we want to have only one tree version number
2379   ftree->Write(ftree->GetName(),TObject::kOverwrite);
2380   fhlttree->Write(fhlttree->GetName(),TObject::kOverwrite);
2381
2382   if (fWriteESDfriend) {
2383     ffileF->cd();
2384     ftreeF->Write(ftreeF->GetName(),TObject::kOverwrite);
2385   }
2386
2387 // Finish with Plane Efficiency evaluation: before of CleanUp !!!
2388   if (fRunPlaneEff && !FinishPlaneEff()) {
2389    AliWarning("Finish PlaneEff evaluation failed");
2390   }
2391
2392   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2393     if (fReconstructor[iDet]) fReconstructor[iDet]->Terminate();
2394   }
2395   // End of cycle for the in-loop
2396
2397   if (fRunQA || fRunGlobalQA) {
2398     AliQAManager::QAManager()->EndOfCycle() ;
2399     if (fInput &&
2400         !fProofOutputLocation.IsNull() &&
2401         fProofOutputArchive.IsNull() &&
2402         !fProofOutputDataset) {
2403       TString qaOutputFile(Form("%sMerged.%s.Data.root",
2404                                 fProofOutputLocation.Data(),
2405                                 AliQAv1::GetQADataFileName()));
2406       TProofOutputFile *qaProofFile = new TProofOutputFile(Form("Merged.%s.Data.root",
2407                                                                 AliQAv1::GetQADataFileName()));
2408       qaProofFile->SetOutputFileName(qaOutputFile.Data());
2409       if (AliDebugLevel() > 0) qaProofFile->Dump();
2410       fOutput->Add(qaProofFile);
2411       MergeQA(qaProofFile->GetFileName());
2412     }
2413     else {
2414       MergeQA();
2415     }
2416   }
2417
2418   gROOT->cd();
2419   CleanUp();
2420
2421   if (fInput) {
2422     if (!fProofOutputFileName.IsNull() &&
2423         !fProofOutputLocation.IsNull() &&
2424         fProofOutputDataset &&
2425         !fProofOutputArchive.IsNull()) {
2426       TProofOutputFile *zipProofFile = new TProofOutputFile(fProofOutputFileName.Data(),
2427                                                             "DROV",
2428                                                             fProofOutputLocation.Data());
2429       if (AliDebugLevel() > 0) zipProofFile->Dump();
2430       fOutput->Add(zipProofFile);
2431       TString fileList(fProofOutputArchive.Data());
2432       fileList.ReplaceAll(","," ");
2433       TString command;
2434 #if ROOT_SVN_REVISION >= 30174
2435       command.Form("zip -n root %s/%s %s",zipProofFile->GetDir(kTRUE),zipProofFile->GetFileName(),fileList.Data());
2436 #else
2437       command.Form("zip -n root %s/%s %s",zipProofFile->GetDir(),zipProofFile->GetFileName(),fileList.Data());
2438 #endif
2439       AliInfo(Form("Executing: %s",command.Data()));
2440       gSystem->Exec(command.Data());
2441     }
2442   }
2443 }
2444
2445 //_____________________________________________________________________________
2446 void AliReconstruction::Terminate()
2447 {
2448   // Create tags for the events in the ESD tree (the ESD tree is always present)
2449   // In case of empty events the tags will contain dummy values
2450   AliCodeTimerAuto("",0);
2451
2452   // Do not call the ESD tag creator in case of PROOF-based reconstruction
2453   if (!fInput) {
2454     AliESDTagCreator *esdtagCreator = new AliESDTagCreator();
2455     esdtagCreator->CreateESDTags(fFirstEvent,fLastEvent,fGRPData, AliQAv1::Instance()->GetQA(), AliQAv1::Instance()->GetEventSpecies(), AliQAv1::kNDET, AliRecoParam::kNSpecies);
2456     delete esdtagCreator;
2457   }
2458
2459   // Cleanup of CDB manager: cache and active storages!
2460   AliCDBManager::Instance()->ClearCache();
2461 }
2462
2463 //_____________________________________________________________________________
2464 Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
2465 {
2466 // run the local reconstruction
2467
2468   static Int_t eventNr=0;
2469   AliCodeTimerAuto("",0)
2470
2471   TString detStr = detectors;
2472   // execute HLT reconstruction first since other detector reconstruction
2473   // might depend on HLT data
2474   // key 'HLT' is removed from detStr by IsSelected
2475   if (!IsSelected("HLT", detStr)) {
2476     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(kNDetectors-1);
2477     if (reconstructor) {
2478       // there is no AliLoader for HLT, see
2479       // https://savannah.cern.ch/bugs/?35473
2480       AliInfo("running reconstruction for HLT");
2481       if (fRawReader) {
2482         AliInfo("reconstructor->Reconstruct(fRawReader, NULL)");
2483         reconstructor->Reconstruct(fRawReader, NULL);
2484       }
2485       else {
2486         AliInfo("reconstructor->Reconstruct(dummy, NULL)");
2487         TTree* dummy=NULL;
2488         reconstructor->Reconstruct(dummy, NULL);
2489       }
2490     }
2491   }
2492
2493   AliInfo(Form("kNDetectors = %d",kNDetectors));
2494
2495   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2496     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2497     AliDebug(1, Form("Detector: %s", fgkDetectorName[iDet]));
2498     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2499     if (!reconstructor) continue;
2500     AliLoader* loader = fLoader[iDet];
2501     if (!loader) {
2502       AliWarning(Form("No loader is defined for %s!",fgkDetectorName[iDet]));
2503       continue;
2504     }
2505     // conversion of digits
2506     if (fRawReader && reconstructor->HasDigitConversion()) {
2507       AliInfo(Form("converting raw data digits into root objects for %s",
2508                    fgkDetectorName[iDet]));
2509 //      AliCodeTimerAuto(Form("converting raw data digits into root objects for %s",
2510 //                            fgkDetectorName[iDet]),0);
2511       loader->LoadDigits("update");
2512       loader->CleanDigits();
2513       loader->MakeDigitsContainer();
2514       TTree* digitsTree = loader->TreeD();
2515       reconstructor->ConvertDigits(fRawReader, digitsTree);
2516       loader->WriteDigits("OVERWRITE");
2517       loader->UnloadDigits();
2518     }
2519     // local reconstruction
2520     AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
2521     //AliCodeTimerAuto(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]),0);
2522     AliDebug(1, "Loading Rec Points");
2523     loader->LoadRecPoints("update");
2524     AliDebug(1, "Cleaning Rec Points");
2525     loader->CleanRecPoints();
2526     AliDebug(1, "Making Rec Points Container");
2527     loader->MakeRecPointsContainer();
2528     TTree* clustersTree = loader->TreeR();
2529     if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
2530       reconstructor->Reconstruct(fRawReader, clustersTree);
2531     }
2532     else {
2533       AliDebug(1, "Loading Digits");
2534       loader->LoadDigits("read");
2535       TTree* digitsTree = loader->TreeD();
2536       AliDebug(1, Form("Digits Tree = %p",digitsTree));
2537       if (!digitsTree) {
2538         AliError(Form("Can't get the %s digits tree", fgkDetectorName[iDet]));
2539         if (fStopOnError)
2540           return kFALSE;
2541       }
2542       else {
2543         AliDebug(1, "Digits -> Clusters");
2544         reconstructor->Reconstruct(digitsTree, clustersTree);
2545         if (fRunQA && IsInTasks(AliQAv1::kDIGITSR)) {
2546           AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
2547           AliQAManager::QAManager()->RunOneEventInOneDetector(iDet, digitsTree) ;
2548         }
2549       }
2550       loader->UnloadDigits();
2551     }
2552     if (fRunQA && IsInTasks(AliQAv1::kRECPOINTS)) {
2553       AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
2554       AliQAManager::QAManager()->RunOneEventInOneDetector(iDet, clustersTree) ;
2555     }
2556     loader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
2557     loader->UnloadRecPoints();
2558     AliSysInfo::AddStamp(Form("LRec%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1,eventNr);
2559   }
2560   if (!IsSelected("CTP", detStr)) AliDebug(10,"No CTP");
2561   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
2562     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
2563                   detStr.Data()));
2564     if (fStopOnError)
2565       return kFALSE;
2566   }
2567   eventNr++;
2568   return kTRUE;
2569 }
2570 //_____________________________________________________________________________
2571 Bool_t AliReconstruction::RunSPDTrackleting(AliESDEvent*& esd)
2572 {
2573 // run the SPD trackleting (for SPD efficiency purpouses)
2574
2575   AliCodeTimerAuto("",0)
2576
2577   Double_t vtxPos[3] = {0, 0, 0};
2578   Double_t vtxErr[3] = {0.0, 0.0, 0.0};
2579 /*
2580   TArrayF m
2581 /
2582 cVertex(3);
2583   // if(MC)
2584   if (fRunLoader->GetHeader() && fRunLoader->GetHeader()->GenEventHeader()) {
2585     fRunLoader->GetHeader()->GenEventHeader()->PrimaryVertex(mcVertex);
2586     for (Int_t i = 0; i < 3; i++) vtxPos[i] = mcVertex[i];
2587   }
2588 */
2589   const AliESDVertex *vertex = esd->GetVertex();
2590   if(!vertex){
2591     AliWarning("Vertex not found");
2592     return kFALSE;
2593   }
2594   vertex->GetXYZ(vtxPos);
2595   vertex->GetSigmaXYZ(vtxErr);
2596   if (fSPDTrackleter) {
2597     AliInfo("running the SPD Trackleter for Plane Efficiency Evaluation");
2598
2599     // load clusters
2600     fLoader[0]->LoadRecPoints("read");
2601     TTree* tree = fLoader[0]->TreeR();
2602     if (!tree) {
2603       AliError("Can't get the ITS cluster tree");
2604       return kFALSE;
2605     }
2606     fSPDTrackleter->LoadClusters(tree);
2607     fSPDTrackleter->SetVertex(vtxPos, vtxErr);
2608     // run trackleting
2609     if (fSPDTrackleter->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
2610       AliWarning("AliITSTrackleterSPDEff Clusters2Tracks failed");
2611      // fLoader[0]->UnloadRecPoints();
2612       return kFALSE;
2613     }
2614 //fSPDTrackleter->UnloadRecPoints();
2615   } else {
2616     AliWarning("SPDTrackleter not available");
2617     return kFALSE;
2618   }
2619   return kTRUE;
2620 }
2621
2622 //_____________________________________________________________________________
2623 Bool_t AliReconstruction::RunVertexFinder(AliESDEvent*& esd)
2624 {
2625 // run the barrel tracking
2626
2627   AliCodeTimerAuto("",0)
2628
2629   AliVertexer *vertexer = CreateVertexer();
2630   if (!vertexer) return kFALSE;
2631
2632   AliInfo(Form("running the ITS vertex finder: %s",vertexer->ClassName()));
2633   AliESDVertex* vertex = NULL;
2634   if (fLoader[0]) {
2635     fLoader[0]->LoadRecPoints();
2636     TTree* cltree = fLoader[0]->TreeR();
2637     if (cltree) {
2638       if(fDiamondProfileSPD) vertexer->SetVtxStart(fDiamondProfileSPD);
2639       vertex = vertexer->FindVertexForCurrentEvent(cltree);
2640     }
2641     else {
2642       AliError("Can't get the ITS cluster tree");
2643     }
2644     fLoader[0]->UnloadRecPoints();
2645   }
2646   else {
2647     AliError("Can't get the ITS loader");
2648   }
2649   if(!vertex){
2650     AliWarning("Vertex not found");
2651     vertex = new AliESDVertex();
2652     vertex->SetName("default");
2653   }
2654   else {
2655     vertex->SetName("reconstructed");
2656   }
2657
2658   Double_t vtxPos[3];
2659   Double_t vtxErr[3];
2660   vertex->GetXYZ(vtxPos);
2661   vertex->GetSigmaXYZ(vtxErr);
2662
2663   esd->SetPrimaryVertexSPD(vertex);
2664   AliESDVertex *vpileup = NULL;
2665   Int_t novertices = 0;
2666   vpileup = vertexer->GetAllVertices(novertices);
2667   if(novertices>1){
2668     for (Int_t kk=1; kk<novertices; kk++)esd->AddPileupVertexSPD(&vpileup[kk]);
2669   }
2670   /*
2671   // if SPD multiplicity has been determined, it is stored in the ESD
2672   AliMultiplicity *mult = vertexer->GetMultiplicity();
2673   if(mult)esd->SetMultiplicity(mult);
2674   */
2675   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2676     if (fTracker[iDet]) fTracker[iDet]->SetVertex(vtxPos, vtxErr);
2677   }
2678   delete vertex;
2679
2680   delete vertexer;
2681
2682   return kTRUE;
2683 }
2684
2685 //_____________________________________________________________________________
2686 Bool_t AliReconstruction::RunMultFinder(AliESDEvent*& esd)
2687 {
2688   // run the trackleter for multiplicity study
2689
2690   AliCodeTimerAuto("",0)
2691
2692   AliTrackleter *trackleter = CreateMultFinder();
2693   if (!trackleter) return kFALSE;
2694
2695   AliInfo(Form("running the ITS multiplicity finder: %s",trackleter->ClassName()));
2696
2697   if (fLoader[0]) {
2698     fLoader[0]->LoadRecPoints();
2699     TTree* cltree = fLoader[0]->TreeR();
2700     if (cltree) {
2701       trackleter->Reconstruct(esd,cltree);
2702       AliMultiplicity *mult = trackleter->GetMultiplicity();
2703       if(mult) esd->SetMultiplicity(mult);
2704     }
2705     else {
2706       AliError("Can't get the ITS cluster tree");
2707     }
2708     fLoader[0]->UnloadRecPoints();
2709   }
2710   else {
2711     AliError("Can't get the ITS loader");
2712   }
2713
2714   delete trackleter;
2715
2716   return kTRUE;
2717 }
2718
2719 //_____________________________________________________________________________
2720 Bool_t AliReconstruction::RunHLTTracking(AliESDEvent*& esd)
2721 {
2722 // run the HLT barrel tracking
2723
2724   AliCodeTimerAuto("",0)
2725
2726   if (!fRunLoader) {
2727     AliError("Missing runLoader!");
2728     return kFALSE;
2729   }
2730
2731   AliInfo("running HLT tracking");
2732
2733   // Get a pointer to the HLT reconstructor
2734   AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(kNDetectors-1);
2735   if (!reconstructor) return kFALSE;
2736
2737   // TPC + ITS
2738   for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
2739     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2740     AliDebug(1, Form("%s HLT tracking", detName.Data()));
2741     reconstructor->SetOption(detName.Data());
2742     AliTracker *tracker = reconstructor->CreateTracker();
2743     if (!tracker) {
2744       AliWarning(Form("couldn't create a HLT tracker for %s", detName.Data()));
2745       if (fStopOnError) return kFALSE;
2746       continue;
2747     }
2748     Double_t vtxPos[3];
2749     Double_t vtxErr[3]={0.005,0.005,0.010};
2750     const AliESDVertex *vertex = esd->GetVertex();
2751     vertex->GetXYZ(vtxPos);
2752     tracker->SetVertex(vtxPos,vtxErr);
2753     if(iDet != 1) {
2754       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2755       TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
2756       if (!tree) {
2757         AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", detName.Data()));
2758         return kFALSE;
2759       }
2760       tracker->LoadClusters(tree);
2761     }
2762     if (tracker->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
2763       AliError(Form("HLT %s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
2764       return kFALSE;
2765     }
2766     if(iDet != 1) {
2767       tracker->UnloadClusters();
2768     }
2769     delete tracker;
2770   }
2771
2772   return kTRUE;
2773 }
2774
2775 //_____________________________________________________________________________
2776 Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
2777 {
2778 // run the muon spectrometer tracking
2779
2780   AliCodeTimerAuto("",0)
2781
2782   if (!fRunLoader) {
2783     AliError("Missing runLoader!");
2784     return kFALSE;
2785   }
2786   Int_t iDet =  GetDetIndex("MUON"); // for MUON
2787
2788   // Get a pointer to the MUON reconstructor
2789   AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2790   if (!reconstructor) return kFALSE;
2791
2792
2793   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2794   AliDebug(1, Form("%s tracking", detName.Data()));
2795   AliTracker *tracker =  reconstructor->CreateTracker();
2796   if (!tracker) {
2797     AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
2798     return kFALSE;
2799   }
2800
2801   // read RecPoints
2802   fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2803
2804   tracker->LoadClusters(fLoader[iDet]->TreeR());
2805
2806   Int_t rv = tracker->Clusters2Tracks(esd);
2807
2808   fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2809
2810   tracker->UnloadClusters();
2811
2812   if ( rv )
2813   {
2814     AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
2815     return kFALSE;
2816   }
2817
2818   return kTRUE;
2819 }
2820
2821
2822 //_____________________________________________________________________________
2823 Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd,AliESDpid &PID)
2824 {
2825 // run the barrel tracking
2826   static Int_t eventNr=0;
2827   AliCodeTimerAuto("",0)
2828
2829   AliInfo("running tracking");
2830
2831   // Set the event info which is used
2832   // by the trackers in order to obtain
2833   // information about read-out detectors,
2834   // trigger etc.
2835   AliDebug(1, "Setting event info");
2836   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2837     if (!fTracker[iDet]) continue;
2838     fTracker[iDet]->SetEventInfo(&fEventInfo);
2839   }
2840
2841   //Fill the ESD with the T0 info (will be used by the TOF)
2842   if (fReconstructor[11] && fLoader[11]) {
2843     fLoader[11]->LoadRecPoints("READ");
2844     TTree *treeR = fLoader[11]->TreeR();
2845     if (treeR) {
2846       GetReconstructor(11)->FillESD((TTree *)NULL,treeR,esd);
2847     }
2848   }
2849
2850   // pass 1: TPC + ITS inwards
2851   for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
2852     if (!fTracker[iDet]) continue;
2853     AliDebug(1, Form("%s tracking", fgkDetectorName[iDet]));
2854
2855     // load clusters
2856     fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2857     AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr),iDet,1, eventNr);
2858     TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
2859     if (!tree) {
2860       AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
2861       return kFALSE;
2862     }
2863     fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
2864     AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
2865     // run tracking
2866     if (fTracker[iDet]->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
2867       AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
2868       return kFALSE;
2869     }
2870     // preliminary PID in TPC needed by the ITS tracker
2871     if (iDet == 1) {
2872       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
2873       PID.MakePID(esd,kTRUE);
2874     }
2875     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3,eventNr);
2876   }
2877
2878   // pass 2: ALL backwards
2879
2880   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2881     if (!fTracker[iDet]) continue;
2882     AliDebug(1, Form("%s back propagation", fgkDetectorName[iDet]));
2883
2884     // load clusters
2885     if (iDet > 1) {     // all except ITS, TPC
2886       TTree* tree = NULL;
2887       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2888       AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1, eventNr);
2889       tree = fLoader[iDet]->TreeR();
2890       if (!tree) {
2891         AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
2892         return kFALSE;
2893       }
2894       fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
2895       AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
2896     }
2897
2898     // run tracking
2899     if (iDet>1) // start filling residuals for the "outer" detectors
2900       if (fRunGlobalQA) {
2901         AliTracker::SetFillResiduals(fRecoParam.GetEventSpecie(), kTRUE);
2902         TObjArray ** arr = AliTracker::GetResidualsArray() ;
2903         if (arr) {
2904           AliRecoParam::EventSpecie_t es=fRecoParam.GetEventSpecie();
2905           TObjArray * elem = arr[AliRecoParam::AConvert(es)];
2906           if ( elem && (! elem->At(0)) ) {
2907             AliQADataMaker *qadm = AliQAManager::QAManager()->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
2908             if (qadm) qadm->InitRecPointsForTracker() ;
2909           }
2910         }
2911       }
2912     if (fTracker[iDet]->PropagateBack(esd) != 0) {
2913       AliError(Form("%s backward propagation failed", fgkDetectorName[iDet]));
2914       //      return kFALSE;
2915     }
2916
2917     // unload clusters
2918     if (iDet > 3) {     // all except ITS, TPC, TRD and TOF
2919       fTracker[iDet]->UnloadClusters();
2920       fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2921     }
2922     // updated PID in TPC needed by the ITS tracker -MI
2923     if (iDet == 1) {
2924       //GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
2925       //AliESDpid::MakePID(esd);
2926       PID.MakePID(esd,kTRUE);
2927     }
2928     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking1%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
2929   }
2930   //stop filling residuals for the "outer" detectors
2931   if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(fRecoParam.GetEventSpecie(), kFALSE);
2932
2933   // pass 3: TRD + TPC + ITS refit inwards
2934
2935   for (Int_t iDet = 2; iDet >= 0; iDet--) {
2936     if (!fTracker[iDet]) continue;
2937     AliDebug(1, Form("%s inward refit", fgkDetectorName[iDet]));
2938
2939     // run tracking
2940     if (iDet<2) // start filling residuals for TPC and ITS
2941       if (fRunGlobalQA) {
2942         AliTracker::SetFillResiduals(fRecoParam.GetEventSpecie(), kTRUE);
2943         TObjArray ** arr = AliTracker::GetResidualsArray() ;
2944         if (arr) {
2945           AliRecoParam::EventSpecie_t es=fRecoParam.GetEventSpecie();
2946           TObjArray * elem = arr[AliRecoParam::AConvert(es)];
2947           if ( elem && (! elem->At(0)) ) {
2948             AliQADataMaker *qadm = AliQAManager::QAManager()->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
2949             if (qadm) qadm->InitRecPointsForTracker() ;
2950           }
2951         }
2952       }
2953
2954     if (fTracker[iDet]->RefitInward(esd) != 0) {
2955       AliError(Form("%s inward refit failed", fgkDetectorName[iDet]));
2956       //      return kFALSE;
2957     }
2958     // run postprocessing
2959     if (fTracker[iDet]->PostProcess(esd) != 0) {
2960       AliError(Form("%s postprocessing failed", fgkDetectorName[iDet]));
2961       //      return kFALSE;
2962     }
2963     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking2%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
2964   }
2965
2966   // write space-points to the ESD in case alignment data output
2967   // is switched on
2968   if (fWriteAlignmentData)
2969     WriteAlignmentData(esd);
2970
2971   for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--) {
2972     if (!fTracker[iDet]) continue;
2973     // unload clusters
2974     fTracker[iDet]->UnloadClusters();
2975     AliSysInfo::AddStamp(Form("TUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,4, eventNr);
2976     fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2977     AliSysInfo::AddStamp(Form("RUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,5, eventNr);
2978   }
2979   // stop filling residuals for TPC and ITS
2980   if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(fRecoParam.GetEventSpecie(), kFALSE);
2981
2982   eventNr++;
2983   return kTRUE;
2984 }
2985
2986 //_____________________________________________________________________________
2987 Bool_t AliReconstruction::CleanESD(AliESDEvent *esd){
2988   //
2989   // Remove the data which are not needed for the physics analysis.
2990   //
2991
2992   Int_t nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
2993   Int_t nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
2994   AliInfo
2995   (Form("Number of ESD tracks and V0s before cleaning: %d %d",nTracks,nV0s));
2996
2997   Float_t cleanPars[]={fV0DCAmax,fV0CsPmin,fDmax,fZmax};
2998   Bool_t rc=esd->Clean(cleanPars);
2999
3000   nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
3001   nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
3002   AliInfo
3003   (Form("Number of ESD tracks and V0s after cleaning %d %d",nTracks,nV0s));
3004
3005   return rc;
3006 }
3007
3008 //_____________________________________________________________________________
3009 Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
3010 {
3011 // fill the event summary data
3012
3013   AliCodeTimerAuto("",0)
3014     static Int_t eventNr=0;
3015   TString detStr = detectors;
3016
3017   AliSysInfo::AddStamp(Form("FillESDb%d",eventNr), -19,-19, eventNr);
3018   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
3019   if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
3020     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
3021     if (!reconstructor) continue;
3022     AliDebug(1, Form("filling ESD for %s", fgkDetectorName[iDet]));
3023     TTree* clustersTree = NULL;
3024     if (fLoader[iDet]) {
3025       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
3026       clustersTree = fLoader[iDet]->TreeR();
3027       if (!clustersTree) {
3028         AliError(Form("Can't get the %s clusters tree",
3029                       fgkDetectorName[iDet]));
3030         if (fStopOnError) return kFALSE;
3031       }
3032     }
3033     if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
3034       reconstructor->FillESD(fRawReader, clustersTree, esd);
3035     } else {
3036       TTree* digitsTree = NULL;
3037       if (fLoader[iDet]) {
3038         fLoader[iDet]->LoadDigits("read");
3039         digitsTree = fLoader[iDet]->TreeD();
3040         if (!digitsTree) {
3041           AliError(Form("Can't get the %s digits tree",
3042                         fgkDetectorName[iDet]));
3043           if (fStopOnError) return kFALSE;
3044         }
3045       }
3046       reconstructor->FillESD(digitsTree, clustersTree, esd);
3047       if (fLoader[iDet]) fLoader[iDet]->UnloadDigits();
3048     }
3049     if (fLoader[iDet]) {
3050       fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
3051     }
3052   }
3053
3054   if (!IsSelected("CTP", detStr)) AliDebug(10,"No CTP");
3055   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
3056     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
3057                   detStr.Data()));
3058     if (fStopOnError) return kFALSE;
3059   }
3060   AliSysInfo::AddStamp(Form("FillESDe%d",eventNr), -20,-20, eventNr);
3061   eventNr++;
3062   return kTRUE;
3063 }
3064
3065 //_____________________________________________________________________________
3066 Bool_t AliReconstruction::FillTriggerESD(AliESDEvent*& esd)
3067 {
3068   // Reads the trigger decision which is
3069   // stored in Trigger.root file and fills
3070   // the corresponding esd entries
3071
3072   AliCodeTimerAuto("",0)
3073
3074   AliInfo("Filling trigger information into the ESD");
3075
3076   if (fRawReader) {
3077     AliCTPRawStream input(fRawReader);
3078     if (!input.Next()) {
3079       AliWarning("No valid CTP (trigger) DDL raw data is found ! The trigger info is taken from the event header!");
3080     }
3081     else {
3082       if (esd->GetTriggerMask() != input.GetClassMask())
3083         AliError(Form("Invalid trigger pattern found in CTP raw-data: %llx %llx",
3084                       input.GetClassMask(),esd->GetTriggerMask()));
3085       if (esd->GetOrbitNumber() != input.GetOrbitID())
3086         AliError(Form("Invalid orbit id found in CTP raw-data: %x %x",
3087                       input.GetOrbitID(),esd->GetOrbitNumber()));
3088       if (esd->GetBunchCrossNumber() != input.GetBCID())
3089         AliError(Form("Invalid bunch-crossing id found in CTP raw-data: %x %x",
3090                       input.GetBCID(),esd->GetBunchCrossNumber()));
3091       AliESDHeader* esdheader = esd->GetHeader();
3092       esdheader->SetL0TriggerInputs(input.GetL0Inputs());
3093       esdheader->SetL1TriggerInputs(input.GetL1Inputs());
3094       esdheader->SetL2TriggerInputs(input.GetL2Inputs());
3095       // IR
3096       UInt_t orbit=input.GetOrbitID();
3097        for(Int_t i=0 ; i<input.GetNIRs() ; i++ )
3098           if(TMath::Abs(Int_t(orbit-(input.GetIR(i))->GetOrbit()))<=1){
3099              esdheader->AddTriggerIR(input.GetIR(i));
3100           }
3101        AliCentralTrigger* rlCTP = fRunLoader->GetTrigger();
3102        rlCTP->SetL0TriggerInputs(input.GetL0Inputs());
3103        rlCTP->SetL1TriggerInputs(input.GetL1Inputs());
3104        rlCTP->SetL2TriggerInputs(input.GetL2Inputs());
3105     }
3106     if (fIsNewRunLoader) fRunLoader->TreeCT()->Fill();
3107   }
3108   return kTRUE;
3109 }
3110 //_____________________________________________________________________________
3111 Bool_t AliReconstruction::FillTriggerScalers(AliESDEvent*& esd)
3112 {
3113   //Scalers
3114   //fRunScalers->Print();
3115   if(fRunScalers && fRunScalers->CheckRunScalers()){
3116      AliTimeStamp* timestamp = new AliTimeStamp(esd->GetOrbitNumber(), esd->GetPeriodNumber(), esd->GetBunchCrossNumber());
3117      //AliTimeStamp* timestamp = new AliTimeStamp(10308000, 0, (ULong64_t)486238);
3118      AliESDHeader* esdheader = fesd->GetHeader();
3119      for(Int_t i=0;i<50;i++){
3120           if((1ull<<i) & esd->GetTriggerMask()){
3121           AliTriggerScalersESD* scalesd = fRunScalers->GetScalersForEventClass( timestamp, i+1);
3122           if(scalesd)esdheader->SetTriggerScalersRecord(scalesd);
3123         }
3124      }
3125      const AliTriggerScalersRecordESD* scalrecEvent = fRunScalers->GetScalersDeltaForEvent( timestamp);
3126      const AliTriggerScalersRecordESD* scalrecRun = fRunScalers->GetScalersDeltaForRun();
3127      if (scalrecEvent) esdheader->SetTriggerScalersDeltaEvent(scalrecEvent);
3128      if (scalrecRun) esdheader->SetTriggerScalersDeltaRun(scalrecRun);
3129   }
3130   return kTRUE;
3131 }
3132 //_____________________________________________________________________________
3133 Bool_t AliReconstruction::FillRawEventHeaderESD(AliESDEvent*& esd)
3134 {
3135   //
3136   // Filling information from RawReader Header
3137   //
3138
3139   if (!fRawReader) return kFALSE;
3140
3141   AliInfo("Filling information from RawReader Header");
3142
3143   esd->SetBunchCrossNumber(fRawReader->GetBCID());
3144   esd->SetOrbitNumber(fRawReader->GetOrbitID());
3145   esd->SetPeriodNumber(fRawReader->GetPeriod());
3146
3147   esd->SetTimeStamp(fRawReader->GetTimestamp());
3148   esd->SetEventType(fRawReader->GetType());
3149
3150   return kTRUE;
3151 }
3152
3153
3154 //_____________________________________________________________________________
3155 Bool_t AliReconstruction::IsSelected(TString detName, TString& detectors) const
3156 {
3157 // check whether detName is contained in detectors
3158 // if yes, it is removed from detectors
3159
3160   // check if all detectors are selected
3161   if ((detectors.CompareTo("ALL") == 0) ||
3162       detectors.BeginsWith("ALL ") ||
3163       detectors.EndsWith(" ALL") ||
3164       detectors.Contains(" ALL ")) {
3165     detectors = "ALL";
3166     return kTRUE;
3167   }
3168
3169   // search for the given detector
3170   Bool_t result = kFALSE;
3171   if ((detectors.CompareTo(detName) == 0) ||
3172       detectors.BeginsWith(detName+" ") ||
3173       detectors.EndsWith(" "+detName) ||
3174       detectors.Contains(" "+detName+" ")) {
3175     detectors.ReplaceAll(detName, "");
3176     result = kTRUE;
3177   }
3178
3179   // clean up the detectors string
3180   while (detectors.Contains("  ")) detectors.ReplaceAll("  ", " ");
3181   while (detectors.BeginsWith(" ")) detectors.Remove(0, 1);
3182   while (detectors.EndsWith(" ")) detectors.Remove(detectors.Length()-1, 1);
3183
3184   return result;
3185 }
3186
3187 //_____________________________________________________________________________
3188 Bool_t AliReconstruction::InitRunLoader()
3189 {
3190 // get or create the run loader
3191
3192   if (gAlice) delete gAlice;
3193   gAlice = NULL;
3194
3195   TFile *gafile = TFile::Open(fGAliceFileName.Data());
3196   //  if (!gSystem->AccessPathName(fGAliceFileName.Data())) { // galice.root exists
3197   if (gafile) { // galice.root exists
3198     gafile->Close();
3199     delete gafile;
3200
3201     // load all base libraries to get the loader classes
3202     TString libs = gSystem->GetLibraries();
3203     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
3204       TString detName = fgkDetectorName[iDet];
3205       if (detName == "HLT") continue;
3206       if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so")) continue;
3207       gSystem->Load("lib" + detName + "base.so");
3208     }
3209     fRunLoader = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data());
3210     if (!fRunLoader) {
3211       AliError(Form("no run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
3212       CleanUp();
3213       return kFALSE;
3214     }
3215
3216     fRunLoader->CdGAFile();
3217     fRunLoader->LoadgAlice();
3218
3219     //PH This is a temporary fix to give access to the kinematics
3220     //PH that is needed for the labels of ITS clusters
3221     fRunLoader->LoadHeader();
3222     fRunLoader->LoadKinematics();
3223
3224   } else {               // galice.root does not exist
3225     if (!fRawReader) {
3226       AliError(Form("the file %s does not exist", fGAliceFileName.Data()));
3227     }
3228     fRunLoader = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(),
3229                                     AliConfig::GetDefaultEventFolderName(),
3230                                     "recreate");
3231     if (!fRunLoader) {
3232       AliError(Form("could not create run loader in file %s",
3233                     fGAliceFileName.Data()));
3234       CleanUp();
3235       return kFALSE;
3236     }
3237     fIsNewRunLoader = kTRUE;
3238     fRunLoader->MakeTree("E");
3239     fRunLoader->MakeTree("GG");
3240
3241     if (fNumberOfEventsPerFile > 0)
3242       fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile(fNumberOfEventsPerFile);
3243     else
3244       fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile((UInt_t)-1);
3245   }
3246
3247   return kTRUE;
3248 }
3249
3250 //_____________________________________________________________________________
3251 AliReconstructor* AliReconstruction::GetReconstructor(Int_t iDet)
3252 {
3253 // get the reconstructor object and the loader for a detector
3254
3255   if (fReconstructor[iDet]) {
3256     if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet) && !AliReconstructor::GetRecoParam(iDet)) {
3257       const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
3258       fReconstructor[iDet]->SetRecoParam(par);
3259       fReconstructor[iDet]->SetRunInfo(fRunInfo);
3260     }
3261     return fReconstructor[iDet];
3262   }
3263
3264   // load the reconstructor object
3265   TPluginManager* pluginManager = gROOT->GetPluginManager();
3266   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
3267   TString recName = "Ali" + detName + "Reconstructor";
3268
3269   if (!fIsNewRunLoader && !fRunLoader->GetLoader(detName+"Loader") && (detName != "HLT")) return NULL;
3270
3271   AliReconstructor* reconstructor = NULL;
3272   // first check if a plugin is defined for the reconstructor
3273   TPluginHandler* pluginHandler =
3274     pluginManager->FindHandler("AliReconstructor", detName);
3275   // if not, add a plugin for it
3276   if (!pluginHandler) {
3277     AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", recName.Data()));
3278     TString libs = gSystem->GetLibraries();
3279     if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so") ||
3280         (gSystem->Load("lib" + detName + "base.so") >= 0)) {
3281       pluginManager->AddHandler("AliReconstructor", detName,
3282                                 recName, detName + "rec", recName + "()");
3283     } else {
3284       pluginManager->AddHandler("AliReconstructor", detName,
3285                                 recName, detName, recName + "()");
3286     }
3287     pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliReconstructor", detName);
3288   }
3289   if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
3290     reconstructor = (AliReconstructor*) pluginHandler->ExecPlugin(0);
3291   }
3292
3293    // check if the upgrade reconstructor should be used instead of the standard one
3294   if(fUpgradeMask[iDet]) {
3295     if(reconstructor) delete reconstructor;
3296     TClass *cl = new TClass(Form("Ali%sUpgradeReconstructor",fgkDetectorName[iDet]));
3297     reconstructor = (AliReconstructor*)(cl->New());
3298    }
3299
3300   if (reconstructor) {
3301     TObject* obj = fOptions.FindObject(detName.Data());
3302     if (obj) reconstructor->SetOption(obj->GetTitle());
3303     reconstructor->SetRunInfo(fRunInfo);
3304     reconstructor->Init();
3305     fReconstructor[iDet] = reconstructor;
3306   }
3307
3308   // get or create the loader
3309   if (detName != "HLT") {
3310     fLoader[iDet] = fRunLoader->GetLoader(detName + "Loader");
3311     if (!fLoader[iDet]) {
3312       AliConfig::Instance()
3313         ->CreateDetectorFolders(fRunLoader->GetEventFolder(),
3314                                 detName, detName);
3315       // first check if a plugin is defined for the loader
3316       pluginHandler =
3317         pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
3318       // if not, add a plugin for it
3319       if (!pluginHandler) {
3320         TString loaderName = "Ali" + detName + "Loader";
3321         AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", loaderName.Data()));
3322         pluginManager->AddHandler("AliLoader", detName,
3323                                   loaderName, detName + "base",
3324                                   loaderName + "(const char*, TFolder*)");
3325         pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
3326       }
3327       if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
3328         fLoader[iDet] =
3329           (AliLoader*) pluginHandler->ExecPlugin(2, detName.Data(),
3330                                                  fRunLoader->GetEventFolder());
3331       }
3332       if (!fLoader[iDet]) {   // use default loader
3333         fLoader[iDet] = new AliLoader(detName, fRunLoader->GetEventFolder());
3334       }
3335       if (!fLoader[iDet]) {
3336         AliWarning(Form("couldn't get loader for %s", detName.Data()));
3337         if (fStopOnError) return NULL;
3338       } else {
3339         fRunLoader->AddLoader(fLoader[iDet]);
3340         fRunLoader->CdGAFile();
3341         if (gFile && !gFile->IsWritable()) gFile->ReOpen("UPDATE");
3342         fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
3343       }
3344     }
3345   }
3346
3347   if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet) && !AliReconstructor::GetRecoParam(iDet)) {
3348     const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
3349     if (reconstructor) {
3350       reconstructor->SetRecoParam(par);
3351       reconstructor->SetRunInfo(fRunInfo);
3352     }
3353   }
3354   return reconstructor;
3355 }
3356
3357 //_____________________________________________________________________________
3358 AliVertexer* AliReconstruction::CreateVertexer()
3359 {
3360 // create the vertexer
3361 // Please note that the caller is the owner of the
3362 // vertexer
3363
3364   AliVertexer* vertexer = NULL;
3365   AliReconstructor* itsReconstructor = GetReconstructor(0);
3366   if (itsReconstructor && ((fRunLocalReconstruction.Contains("ITS")) ||
3367                            fRunTracking.Contains("ITS") || fFillESD.Contains("ITS") )) {
3368     vertexer = itsReconstructor->CreateVertexer();
3369   }
3370   if (!vertexer) {
3371     AliWarning("couldn't create a vertexer for ITS");
3372   }
3373
3374   return vertexer;
3375 }
3376
3377 //_____________________________________________________________________________
3378 AliTrackleter* AliReconstruction::CreateMultFinder()
3379 {
3380 // create the ITS trackleter for mult. estimation
3381 // Please note that the caller is the owner of the
3382 // trackleter
3383
3384   AliTrackleter* trackleter = NULL;
3385   AliReconstructor* itsReconstructor = GetReconstructor(0);
3386   if (itsReconstructor && ((fRunLocalReconstruction.Contains("ITS")) ||
3387                            fRunTracking.Contains("ITS") || fFillESD.Contains("ITS") )) {
3388     trackleter = itsReconstructor->CreateMultFinder();
3389   }
3390   else {
3391     AliWarning("ITS is not in reconstruction, switching off RunMultFinder");
3392     fRunMultFinder = kFALSE;
3393   }
3394
3395   return trackleter;
3396 }
3397
3398 //_____________________________________________________________________________
3399 Bool_t AliReconstruction::CreateTrackers(const TString& detectors)
3400 {
3401 // create the trackers
3402         AliInfo("Creating trackers");
3403
3404   TString detStr = detectors;
3405   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
3406     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
3407     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
3408     if (!reconstructor) continue;
3409     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
3410     if (detName == "HLT") {
3411       fRunHLTTracking = kTRUE;
3412       continue;
3413     }
3414     if (detName == "MUON") {
3415       fRunMuonTracking = kTRUE;
3416       continue;
3417     }
3418
3419     fTracker[iDet] = reconstructor->CreateTracker();
3420     if (!fTracker[iDet] && (iDet < 7)) {
3421       AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
3422       if (fStopOnError) return kFALSE;
3423     }
3424     AliSysInfo::AddStamp(Form("LTracker%s",fgkDetectorName[iDet]), iDet,0);
3425   }
3426
3427   return kTRUE;
3428 }
3429
3430 //_____________________________________________________________________________
3431 void AliReconstruction::CleanUp()
3432 {
3433 // delete trackers and the run loader and close and delete the file
3434 /*
3435   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
3436     delete fReconstructor[iDet];
3437     fReconstructor[iDet] = NULL;
3438     fLoader[iDet] = NULL;
3439     delete fTracker[iDet];
3440     fTracker[iDet] = NULL;
3441   }
3442 */
3443
3444   delete fRunInfo;
3445   fRunInfo = NULL;
3446
3447   delete fSPDTrackleter;
3448   fSPDTrackleter = NULL;
3449
3450   delete ftVertexer;
3451   ftVertexer = NULL;
3452
3453   delete fRunLoader;
3454   fRunLoader = NULL;
3455   delete fRawReader;
3456   fRawReader = NULL;
3457   delete fParentRawReader;
3458   fParentRawReader=NULL;
3459
3460   if (ffile) {
3461     ffile->Close();
3462     delete ffile;
3463     ffile = NULL;
3464   }
3465
3466   if (AliQAManager::QAManager())
3467     AliQAManager::QAManager()->ShowQA() ;
3468   //  AliQAManager::Destroy() ;
3469   delete fAnalysis;
3470
3471 }
3472
3473 void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESDEvent* esd)
3474 {
3475   // Write space-points which are then used in the alignment procedures
3476   // For the moment only ITS, TPC, TRD and TOF
3477
3478   Int_t ntracks = esd->GetNumberOfTracks();
3479   for (Int_t itrack = 0; itrack < ntracks; itrack++)
3480     {
3481       AliESDtrack *track = esd->GetTrack(itrack);
3482       Int_t nsp = 0;
3483       Int_t idx[200];
3484       for (Int_t i=0; i<200; ++i) idx[i] = -1; //PH avoid uninitialized values
3485       for (Int_t iDet = 5; iDet >= 0; iDet--) {// TOF, TRD, TPC, ITS clusters
3486           nsp += (iDet==GetDetIndex("TRD")) ? track->GetTRDntracklets():track->GetNcls(iDet);
3487
3488           if (iDet==GetDetIndex("ITS")) { // ITS "extra" clusters
3489              track->GetClusters(iDet,idx);
3490              for (Int_t i=6; i<12; i++) if(idx[i] >= 0) nsp++;
3491           }
3492       }
3493
3494       if (nsp) {
3495         AliTrackPointArray *sp = new AliTrackPointArray(nsp);
3496         track->SetTrackPointArray(sp);
3497         Int_t isptrack = 0;
3498         for (Int_t iDet = 5; iDet >= 0; iDet--) {
3499           AliTracker *tracker = fTracker[iDet];
3500           if (!tracker) continue;
3501           Int_t nspdet = (iDet==GetDetIndex("TRD")) ? track->GetTRDtracklets(idx):track->GetClusters(iDet,idx);
3502
3503           if (iDet==GetDetIndex("ITS")) // ITS "extra" clusters
3504              for (Int_t i=6; i<12; i++) if(idx[i] >= 0) nspdet++;
3505
3506           if (nspdet <= 0) continue;
3507           AliTrackPoint p;
3508           Int_t isp = 0;
3509           Int_t isp2 = 0;
3510           while (isp2 < nspdet) {
3511             Bool_t isvalid=kTRUE;
3512
3513             Int_t index=idx[isp++];
3514             if (index < 0) continue;
3515
3516             TString dets = fgkDetectorName[iDet];
3517             if ((fUseTrackingErrorsForAlignment.CompareTo(dets) == 0) ||
3518             fUseTrackingErrorsForAlignment.BeginsWith(dets+" ") ||
3519             fUseTrackingErrorsForAlignment.EndsWith(" "+dets) ||
3520             fUseTrackingErrorsForAlignment.Contains(" "+dets+" ")) {
3521               isvalid = tracker->GetTrackPointTrackingError(index,p,track);
3522             } else {
3523               isvalid = tracker->GetTrackPoint(index,p);
3524             }
3525             isp2++;
3526             if (!isvalid) continue;
3527             if (iDet==GetDetIndex("ITS") && (isp-1)>=6) p.SetExtra();
3528             sp->AddPoint(isptrack,&p); isptrack++;
3529           }
3530         }
3531       }
3532     }
3533 }
3534
3535 //_____________________________________________________________________________
3536 void AliReconstruction::FillRawDataErrorLog(Int_t iEvent, AliESDEvent* esd)
3537 {
3538   // The method reads the raw-data error log
3539   // accumulated within the rawReader.
3540   // It extracts the raw-data errors related to
3541   // the current event and stores them into
3542   // a TClonesArray inside the esd object.
3543
3544   if (!fRawReader) return;
3545
3546   for(Int_t i = 0; i < fRawReader->GetNumberOfErrorLogs(); i++) {
3547
3548     AliRawDataErrorLog *log = fRawReader->GetErrorLog(i);
3549     if (!log) continue;
3550     if (iEvent != log->GetEventNumber()) continue;
3551
3552     esd->AddRawDataErrorLog(log);
3553   }
3554
3555 }
3556
3557 //_____________________________________________________________________________
3558 // void AliReconstruction::CheckQA()
3559 // {
3560 // check the QA of SIM for this run and remove the detectors
3561 // with status Fatal
3562
3563 //      TString newRunLocalReconstruction ;
3564 //      TString newRunTracking ;
3565 //      TString newFillESD ;
3566 //
3567 //      for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQAv1::kNDET; iDet++) {
3568 //              TString detName(AliQAv1::GetDetName(iDet)) ;
3569 //              AliQAv1 * qa = AliQAv1::Instance(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(iDet)) ;
3570 //      if ( qa->IsSet(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(iDet), AliQAv1::kSIM, specie, AliQAv1::kFATAL)) {
3571 //        AliInfo(Form("QA status for %s %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was Fatal; No reconstruction performed",
3572 //                   detName.Data(), AliRecoParam::GetEventSpecieName(es))) ;
3573 //                      } else {
3574 //                      if ( fRunLocalReconstruction.Contains(AliQAv1::GetDetName(iDet)) ||
3575 //                                      fRunLocalReconstruction.Contains("ALL") )  {
3576 //                              newRunLocalReconstruction += detName ;
3577 //                              newRunLocalReconstruction += " " ;
3578 //                      }
3579 //                      if ( fRunTracking.Contains(AliQAv1::GetDetName(iDet)) ||
3580 //                                      fRunTracking.Contains("ALL") )  {
3581 //                              newRunTracking += detName ;
3582 //                              newRunTracking += " " ;
3583 //                      }
3584 //                      if ( fFillESD.Contains(AliQAv1::GetDetName(iDet)) ||
3585 //                                      fFillESD.Contains("ALL") )  {
3586 //                              newFillESD += detName ;
3587 //                              newFillESD += " " ;
3588 //                      }
3589 //              }
3590 //      }
3591 //      fRunLocalReconstruction = newRunLocalReconstruction ;
3592 //      fRunTracking            = newRunTracking ;
3593 //      fFillESD                = newFillESD ;
3594 // }
3595
3596 //_____________________________________________________________________________
3597 Int_t AliReconstruction::GetDetIndex(const char* detector)
3598 {
3599   // return the detector index corresponding to detector
3600   Int_t index = -1 ;
3601   for (index = 0; index < kNDetectors ; index++) {
3602     if ( strcmp(detector, fgkDetectorName[index]) == 0 )
3603         break ;
3604   }
3605   return index ;
3606 }
3607 //_____________________________________________________________________________
3608 Bool_t AliReconstruction::FinishPlaneEff() {
3609  //
3610  // Here execute all the necessary operationis, at the end of the tracking phase,
3611  // in case that evaluation of PlaneEfficiencies was required for some detector.
3612  // E.g., write into a DataBase file the PlaneEfficiency which have been evaluated.
3613  //
3614  // This Preliminary version works only FOR ITS !!!!!
3615  // other detectors (TOF,TRD, etc. have to develop their specific codes)
3616  //
3617  //  Input: none
3618  //  Return: kTRUE if all operations have been done properly, kFALSE otherwise
3619  //
3620  Bool_t ret=kFALSE;
3621  TString detStr = fLoadCDB;
3622  //for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
3623  for (Int_t iDet = 0; iDet < 1; iDet++) { // for the time being only ITS
3624    if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
3625    if(fTracker[iDet] && fTracker[iDet]->GetPlaneEff()) {
3626       AliPlaneEff *planeeff=fTracker[iDet]->GetPlaneEff();
3627       TString name=planeeff->GetName();
3628       name+=".root";
3629       TFile* pefile = TFile::Open(name, "RECREATE");
3630       ret=(Bool_t)planeeff->Write();
3631       pefile->Close();
3632       if(planeeff->GetCreateHistos()) {
3633         TString hname=planeeff->GetName();
3634         hname+="Histo.root";
3635         ret*=planeeff->WriteHistosToFile(hname,"RECREATE");
3636       }
3637    }
3638    if(fSPDTrackleter) {
3639      AliPlaneEff *planeeff=fSPDTrackleter->GetPlaneEff();
3640       TString name="AliITSPlaneEffSPDtracklet.root";
3641       TFile* pefile = TFile::Open(name, "RECREATE");
3642       ret=(Bool_t)planeeff->Write();
3643       pefile->Close();
3644       AliESDEvent *dummy=NULL;
3645       ret=(Bool_t)fSPDTrackleter->PostProcess(dummy); // take care of writing other files
3646    }
3647  }
3648  return ret;
3649 }
3650 //_____________________________________________________________________________
3651 Bool_t AliReconstruction::InitPlaneEff() {
3652 //
3653  // Here execute all the necessary operations, before of the tracking phase,
3654  // for the evaluation of PlaneEfficiencies, in case required for some detectors.
3655  // E.g., read from a DataBase file a first evaluation of the PlaneEfficiency
3656  // which should be updated/recalculated.
3657  //
3658  // This Preliminary version will work only FOR ITS !!!!!
3659  // other detectors (TOF,TRD, etc. have to develop their specific codes)
3660  //
3661  //  Input: none
3662  //  Return: kTRUE if all operations have been done properly, kFALSE otherwise
3663  //
3664
3665   fSPDTrackleter = NULL;
3666   TString detStr = fLoadCDB;
3667   if (IsSelected(fgkDetectorName[0], detStr)) {
3668     AliReconstructor* itsReconstructor = GetReconstructor(0);
3669     if (itsReconstructor) {
3670       fSPDTrackleter = itsReconstructor->CreateTrackleter(); // this is NULL unless required in RecoParam
3671     }
3672     if (fSPDTrackleter) {
3673       AliInfo("Trackleter for SPD has been created");
3674     }
3675   }
3676  return kTRUE;
3677 }
3678
3679 //_____________________________________________________________________________
3680 Bool_t AliReconstruction::InitAliEVE()
3681 {
3682   // This method should be called only in case
3683   // AliReconstruction is run
3684   // within the alieve environment.
3685   // It will initialize AliEVE in a way
3686   // so that it can visualize event processed
3687   // by AliReconstruction.
3688   // The return flag shows whenever the
3689   // AliEVE initialization was successful or not.
3690
3691   TString macroStr(gSystem->Getenv("ALIEVE_ONLINE_MACRO"));
3692
3693   if (macroStr.IsNull())
3694     macroStr.Form("%s/EVE/macros/alieve_online.C",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT"));
3695
3696   AliInfo(Form("Loading AliEVE macro: %s",macroStr.Data()));
3697
3698   if (gROOT->LoadMacro(macroStr.Data()) != 0) return kFALSE;
3699
3700   gROOT->ProcessLine("if (!AliEveEventManager::GetMaster()){new AliEveEventManager();AliEveEventManager::GetMaster()->AddNewEventCommand(\"alieve_online_on_new_event()\");gEve->AddEvent(AliEveEventManager::GetMaster());};");
3701   gROOT->ProcessLine("alieve_online_init()");
3702
3703   return kTRUE;
3704 }
3705
3706 //_____________________________________________________________________________
3707 void AliReconstruction::RunAliEVE()
3708 {
3709   // Runs AliEVE visualisation of
3710   // the current event.
3711   // Should be executed only after
3712   // successful initialization of AliEVE.
3713
3714   AliInfo("Running AliEVE...");
3715   gROOT->ProcessLine(Form("AliEveEventManager::GetMaster()->SetEvent((AliRunLoader*)%p,(AliRawReader*)%p,(AliESDEvent*)%p,(AliESDfriend*)%p);",fRunLoader,fRawReader,fesd,fesdf));
3716   gSystem->Run();
3717 }
3718
3719 //_____________________________________________________________________________
3720 Bool_t AliReconstruction::SetRunQA(TString detAndAction)
3721 {
3722         // Allows to run QA for a selected set of detectors
3723         // and a selected set of tasks among RAWS, DIGITSR, RECPOINTS and ESDS
3724         // all selected detectors run the same selected tasks
3725
3726         if (!detAndAction.Contains(":")) {
3727                 AliError( Form("%s is a wrong syntax, use \"DetectorList:ActionList\" \n", detAndAction.Data()) ) ;
3728                 fRunQA = kFALSE ;
3729                 return kFALSE ;
3730         }
3731         Int_t colon = detAndAction.Index(":") ;
3732         fQADetectors = detAndAction(0, colon) ;
3733         fQATasks   = detAndAction(colon+1, detAndAction.Sizeof() ) ;
3734         if (fQATasks.Contains("ALL") ) {
3735                 fQATasks = Form("%d %d %d %d", AliQAv1::kRAWS, AliQAv1::kDIGITSR, AliQAv1::kRECPOINTS, AliQAv1::kESDS) ;
3736         } else {
3737                 fQATasks.ToUpper() ;
3738                 TString tempo("") ;
3739                 if ( fQATasks.Contains("RAW") )
3740                         tempo = Form("%d ", AliQAv1::kRAWS) ;
3741                 if ( fQATasks.Contains("DIGIT") )
3742                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kDIGITSR) ;
3743                 if ( fQATasks.Contains("RECPOINT") )
3744                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kRECPOINTS) ;
3745                 if ( fQATasks.Contains("ESD") )
3746                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kESDS) ;
3747                 fQATasks = tempo ;
3748                 if (fQATasks.IsNull()) {
3749                         AliInfo("No QA requested\n")  ;
3750                         fRunQA = kFALSE ;
3751                         return kTRUE ;
3752                 }
3753         }
3754         TString tempo(fQATasks) ;
3755         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kRAWS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kRAWS))      ;
3756         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kDIGITSR), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kDIGITSR)) ;
3757         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kRECPOINTS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kRECPOINTS)) ;
3758         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kESDS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kESDS)) ;
3759         AliInfo( Form("QA will be done on \"%s\" for \"%s\"\n", fQADetectors.Data(), tempo.Data()) ) ;
3760         fRunQA = kTRUE ;
3761         return kTRUE;
3762 }
3763
3764 //_____________________________________________________________________________
3765 Bool_t AliReconstruction::InitRecoParams()
3766 {
3767   // The method accesses OCDB and retrieves all
3768   // the available reco-param objects from there.
3769
3770   Bool_t isOK = kTRUE;
3771
3772   if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(kNDetectors)) {
3773     AliInfo("Using custom GRP reconstruction parameters");
3774   }
3775   else {
3776     AliInfo("Loading GRP reconstruction parameter objects");
3777
3778     AliCDBPath path("GRP","Calib","RecoParam");
3779     AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(path.GetPath());
3780     if(!entry){
3781       AliWarning("Couldn't find GRP RecoParam entry in OCDB");
3782       isOK = kFALSE;
3783     }
3784     else {
3785       TObject *recoParamObj = entry->GetObject();
3786       if (dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj)) {
3787         // GRP has a normal TobjArray of AliDetectorRecoParam objects
3788         // Registering them in AliRecoParam
3789         fRecoParam.AddDetRecoParamArray(kNDetectors,dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj));
3790       }
3791       else if (dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)) {
3792         // GRP has only onse set of reco parameters
3793         // Registering it in AliRecoParam
3794         AliInfo("Single set of GRP reconstruction parameters found");
3795         dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)->SetAsDefault();
3796         fRecoParam.AddDetRecoParam(kNDetectors,dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj));
3797       }
3798       else {
3799         AliError("No valid GRP RecoParam object found in the OCDB");
3800         isOK = kFALSE;
3801       }
3802       entry->SetOwner(0);
3803     }
3804   }
3805
3806   TString detStr = fLoadCDB;
3807   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
3808
3809     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
3810
3811     if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet)) {
3812       AliInfo(Form("Using custom reconstruction parameters for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3813       continue;
3814     }
3815
3816     AliInfo(Form("Loading reconstruction parameter objects for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3817
3818     AliCDBPath path(fgkDetectorName[iDet],"Calib","RecoParam");
3819     AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(path.GetPath());
3820     if(!entry){
3821       AliWarning(Form("Couldn't find RecoParam entry in OCDB for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3822       isOK = kFALSE;
3823     }
3824     else {
3825       TObject *recoParamObj = entry->GetObject();
3826       if (dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj)) {
3827         // The detector has a normal TobjArray of AliDetectorRecoParam objects
3828         // Registering them in AliRecoParam
3829         fRecoParam.AddDetRecoParamArray(iDet,dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj));
3830       }
3831       else if (dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)) {
3832         // The detector has only onse set of reco parameters
3833         // Registering it in AliRecoParam
3834         AliInfo(Form("Single set of reconstruction parameters found for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3835         dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)->SetAsDefault();
3836         fRecoParam.AddDetRecoParam(iDet,dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj));
3837       }
3838       else {
3839         AliError(Form("No valid RecoParam object found in the OCDB for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3840         isOK = kFALSE;
3841       }
3842       entry->SetOwner(0);
3843       //      FIX ME: We have to disable the unloading of reco-param CDB
3844       //      entries because QA framework is using them. Has to be fix in
3845       //      a way that the QA takes the objects already constructed in
3846       //      this method.
3847       //      AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache(path.GetPath());
3848     }
3849   }
3850
3851   if (AliDebugLevel() > 0) fRecoParam.Print();
3852
3853   return isOK;
3854 }
3855
3856 //_____________________________________________________________________________
3857 Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo()
3858 {
3859   // Fill the event info object
3860   // ...
3861   AliCodeTimerAuto("",0)
3862
3863   AliCentralTrigger *aCTP = NULL;
3864   if (fRawReader) {
3865     fEventInfo.SetEventType(fRawReader->GetType());
3866
3867     ULong64_t mask = fRawReader->GetClassMask();
3868     fEventInfo.SetTriggerMask(mask);
3869     UInt_t clmask = fRawReader->GetDetectorPattern()[0];
3870     fEventInfo.SetTriggerCluster(AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(clmask));
3871
3872     aCTP = new AliCentralTrigger();
3873     TString configstr("");
3874     if (!aCTP->LoadConfiguration(configstr)) { // Load CTP config from OCDB
3875       AliError("No trigger configuration found in OCDB! The trigger configuration information will not be used!");
3876       delete aCTP;
3877       return kFALSE;
3878     }
3879     aCTP->SetClassMask(mask);
3880     aCTP->SetClusterMask(clmask);
3881
3882     AliCentralTrigger* rlCTP = fRunLoader->GetTrigger();
3883     rlCTP->SetClassMask(mask);
3884     rlCTP->SetClusterMask(clmask);
3885   }
3886   else {
3887     fEventInfo.SetEventType(AliRawEventHeaderBase::kPhysicsEvent);
3888
3889     if (fRunLoader && (!fRunLoader->LoadTrigger())) {
3890       aCTP = fRunLoader->GetTrigger();
3891       fEventInfo.SetTriggerMask(aCTP->GetClassMask());
3892       // get inputs from actp - just get
3893       AliESDHeader* esdheader = fesd->GetHeader();
3894       esdheader->SetL0TriggerInputs(aCTP->GetL0TriggerInputs());
3895       esdheader->SetL1TriggerInputs(aCTP->GetL1TriggerInputs());
3896       esdheader->SetL2TriggerInputs(aCTP->GetL2TriggerInputs());
3897       fEventInfo.SetTriggerCluster(AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(aCTP->GetClusterMask()));
3898     }
3899     else {
3900       AliWarning("No trigger can be loaded! The trigger information will not be used!");
3901       return kFALSE;
3902     }
3903   }
3904
3905   AliTriggerConfiguration *config = aCTP->GetConfiguration();
3906   if (!config) {
3907     AliError("No trigger configuration has been found! The trigger configuration information will not be used!");
3908     if (fRawReader) delete aCTP;
3909     return kFALSE;
3910   }
3911
3912   UChar_t clustmask = 0;
3913   TString trclasses;
3914   ULong64_t trmask = fEventInfo.GetTriggerMask();
3915   const TObjArray& classesArray = config->GetClasses();
3916   Int_t nclasses = classesArray.GetEntriesFast();
3917   for( Int_t iclass=0; iclass < nclasses; iclass++ ) {
3918     AliTriggerClass* trclass = (AliTriggerClass*)classesArray.At(iclass);
3919     if (trclass && trclass->GetMask()>0) {
3920       Int_t trindex = TMath::Nint(TMath::Log2(trclass->GetMask()));
3921       fesd->SetTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
3922       if (fRawReader) fRawReader->LoadTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
3923       if (trmask & (1ull << trindex)) {
3924         trclasses += " ";
3925         trclasses += trclass->GetName();
3926         trclasses += " ";
3927         clustmask |= trclass->GetCluster()->GetClusterMask();
3928       }
3929     }
3930   }
3931   fEventInfo.SetTriggerClasses(trclasses);
3932
3933   // Write names of active trigger inputs in ESD Header
3934   const TObjArray& inputsArray = config->GetInputs();
3935   Int_t ninputs = inputsArray.GetEntriesFast();
3936   for( Int_t iinput=0; iinput < ninputs; iinput++ ) {
3937     AliTriggerInput* trginput = (AliTriggerInput*)inputsArray.At(iinput);
3938     if (trginput && trginput->GetMask()>0) {
3939       Int_t inputIndex = (Int_t)TMath::Nint(TMath::Log2(trginput->GetMask()));
3940       AliESDHeader* headeresd = fesd->GetHeader();
3941       Int_t trglevel = (Int_t)trginput->GetLevel();
3942       if (trglevel == 0) headeresd->SetActiveTriggerInputs(trginput->GetInputName(), inputIndex);
3943       if (trglevel == 1) headeresd->SetActiveTriggerInputs(trginput->GetInputName(), inputIndex+24);
3944       if (trglevel == 2) headeresd->SetActiveTriggerInputs(trginput->GetInputName(), inputIndex+48);
3945     }
3946   }
3947
3948   // Set the information in ESD
3949   fesd->SetTriggerMask(trmask);
3950   fesd->SetTriggerCluster(clustmask);
3951
3952   if (!aCTP->CheckTriggeredDetectors()) {
3953     if (fRawReader) delete aCTP;
3954     return kFALSE;
3955   }
3956
3957   if (fRawReader) delete aCTP;
3958
3959   // We have to fill also the HLT decision here!!
3960   // ...
3961
3962   return kTRUE;
3963 }
3964
3965 const char *AliReconstruction::MatchDetectorList(const char *detectorList, UInt_t detectorMask)
3966 {
3967   // Match the detector list found in the rec.C or the default 'ALL'
3968   // to the list found in the GRP (stored there by the shuttle PP which
3969   // gets the information from ECS)
3970   static TString resultList;
3971   TString detList = detectorList;
3972
3973   resultList = "";
3974
3975   for(Int_t iDet = 0; iDet < (AliDAQ::kNDetectors-1); iDet++) {
3976     if ((detectorMask >> iDet) & 0x1) {
3977       TString det = AliDAQ::OfflineModuleName(iDet);
3978       if ((detList.CompareTo("ALL") == 0) ||
3979           ((detList.BeginsWith("ALL ") ||
3980             detList.EndsWith(" ALL") ||
3981             detList.Contains(" ALL ")) &&
3982            !(detList.BeginsWith("-"+det+" ") ||
3983              detList.EndsWith(" -"+det) ||
3984              detList.Contains(" -"+det+" "))) ||
3985           (detList.CompareTo(det) == 0) ||
3986           detList.BeginsWith(det+" ") ||
3987           detList.EndsWith(" "+det) ||
3988           detList.Contains( " "+det+" " )) {
3989         if (!resultList.EndsWith(det + " ")) {
3990           resultList += det;
3991           resultList += " ";
3992         }
3993       }
3994     }
3995   }
3996
3997   // HLT
3998   if ((detectorMask >> AliDAQ::kHLTId) & 0x1) {
3999     TString hltDet = AliDAQ::OfflineModuleName(AliDAQ::kNDetectors-1);
4000     if ((detList.CompareTo("ALL") == 0) ||
4001         ((detList.BeginsWith("ALL ") ||
4002           detList.EndsWith(" ALL") ||
4003           detList.Contains(" ALL ")) &&
4004          !(detList.BeginsWith("-"+hltDet+" ") ||
4005            detList.EndsWith(" -"+hltDet) ||
4006            detList.Contains(" -"+hltDet+" "))) ||
4007         (detList.CompareTo(hltDet) == 0) ||
4008         detList.BeginsWith(hltDet+" ") ||
4009         detList.EndsWith(" "+hltDet) ||
4010         detList.Contains( " "+hltDet+" " )) {
4011       resultList += hltDet;
4012     }
4013   }
4014
4015   return resultList.Data();
4016
4017 }
4018
4019 //______________________________________________________________________________
4020 void AliReconstruction::Abort(const char *method, EAbort what)
4021 {
4022   // Abort processing. If what = kAbortProcess, the Process() loop will be
4023   // aborted. If what = kAbortFile, the current file in a chain will be
4024   // aborted and the processing will continue with the next file, if there
4025   // is no next file then Process() will be aborted. Abort() can also  be
4026   // called from Begin(), SlaveBegin(), Init() and Notify(). After abort
4027   // the SlaveTerminate() and Terminate() are always called. The abort flag
4028   // can be checked in these methods using GetAbort().
4029   //
4030   // The method is overwritten in AliReconstruction for better handling of
4031   // reco specific errors
4032
4033   if (!fStopOnError) return;
4034
4035   CleanUp();
4036
4037   TString whyMess = method;
4038   whyMess += " failed! Aborting...";
4039
4040   AliError(whyMess.Data());
4041
4042   fAbort = what;
4043   TString mess = "Abort";
4044   if (fAbort == kAbortProcess)
4045     mess = "AbortProcess";
4046   else if (fAbort == kAbortFile)
4047     mess = "AbortFile";
4048
4049   Info(mess, whyMess.Data());
4050 }
4051
4052 //______________________________________________________________________________
4053 Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(void* event)
4054 {
4055   // Method that is used in case the event loop
4056   // is steered from outside, for example by AMORE
4057   // 'event' is a pointer to the DATE event in the memory
4058
4059   if (fRawReader) delete fRawReader;
4060   fRawReader = new AliRawReaderDate(event);
4061   fStatus = ProcessEvent(fRunLoader->GetNumberOfEvents());
4062   delete fRawReader;
4063   fRawReader = NULL;
4064
4065   return fStatus;
4066 }
4067
4068 //______________________________________________________________________________
4069 Bool_t AliReconstruction::ParseOutput()
4070 {
4071   // The method parses the output file
4072   // location string in order to steer
4073   // properly the selector
4074
4075   TPMERegexp re1("(\\w+\\.zip#\\w+\\.root):([,*\\w+\\.root,*]+)@dataset://(\\w++)");
4076   TPMERegexp re2("(\\w+\\.root)?@?dataset://(\\w++)");
4077
4078   if (re1.Match(fESDOutput) == 4) {
4079     // root archive with output files stored and regustered
4080     // in proof dataset
4081     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE",re1[1].Data()));
4082     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_LOCATION",re1[3].Data()));
4083     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_DATASET",""));
4084     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_ARCHIVE",re1[2].Data()));
4085     AliInfo(Form("%s files will be stored within %s in dataset %s",
4086                  re1[2].Data(),
4087                  re1[1].Data(),
4088                  re1[3].Data()));
4089   }
4090   else if (re2.Match(fESDOutput) == 3) {
4091     // output file stored and registered
4092     // in proof dataset
4093     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE",(re2[1].IsNull()) ? "AliESDs.root" : re2[1].Data()));
4094     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_LOCATION",re2[2].Data()));
4095     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_DATASET",""));
4096     AliInfo(Form("%s will be stored in dataset %s",
4097                  (re2[1].IsNull()) ? "AliESDs.root" : re2[1].Data(),
4098                  re2[2].Data()));
4099   }
4100   else {
4101     if (fESDOutput.IsNull()) {
4102       // Output location not given.
4103       // Assuming xrootd has been already started and
4104       // the output file has to be sent back
4105       // to the client machine
4106       TString esdUrl(Form("root://%s/%s/",
4107                           TUrl(gSystem->HostName()).GetHostFQDN(),
4108                           gSystem->pwd()));
4109       gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE","AliESDs.root"));
4110       gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_LOCATION",esdUrl.Data()));
4111       AliInfo(Form("AliESDs.root will be stored in %s",
4112                    esdUrl.Data()));
4113     }
4114     else {
4115       // User specified an output location.
4116       // Ones has just to parse it here
4117       TUrl outputUrl(fESDOutput.Data());
4118       TString outputFile(gSystem->BaseName(outputUrl.GetFile()));
4119       gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE",outputFile.IsNull() ? "AliESDs.root" : outputFile.Data()));
4120       TString outputLocation(outputUrl.GetUrl());
4121       outputLocation.ReplaceAll(outputFile.Data(),"");
4122       gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_LOCATION",outputLocation.Data()));
4123       AliInfo(Form("%s will be stored in %s",
4124                    outputFile.IsNull() ? "AliESDs.root" : outputFile.Data(),
4125                    outputLocation.Data()));
4126     }
4127   }
4128
4129   return kTRUE;
4130 }
4131
4132 //______________________________________________________________________________
4133 Bool_t AliReconstruction::IsHighPt() const {
4134   // Selection of events containing "high" pT tracks
4135   // If at least one track is found within 1.5 and 100 GeV (pT)
4136   // that was reconstructed by both ITS and TPC, the event is accepted
4137
4138   // Track cuts
4139   const Double_t pTmin = 1.5;
4140   const Double_t pTmax = 100;
4141   ULong_t mask = 0;
4142   mask |= (AliESDtrack::kITSrefit);
4143   mask |= (AliESDtrack::kTPCrefit);
4144   const Double_t pTminCosmic = 5.;
4145   const Double_t pTmaxCosmic = 100;
4146   ULong_t maskCosmic = 0;
4147   Int_t cosmicCount=0;
4148   maskCosmic |= (AliESDtrack::kTPCrefit);
4149
4150   Bool_t isOK = kFALSE;
4151
4152   if (fesd && fesd->GetEventType()==AliRawEventHeaderBase::kPhysicsEvent) {
4153     // Check if this ia a physics event (code 7)
4154     Int_t ntrk = fesd->GetNumberOfTracks();
4155     for (Int_t itrk=0; itrk<ntrk; ++itrk) {
4156
4157       AliESDtrack * trk = fesd->GetTrack(itrk);
4158       if (trk
4159           && trk->Pt() > pTmin
4160           && trk->Pt() < pTmax
4161           && (trk->GetStatus() & mask) == mask ) {
4162
4163         isOK = kTRUE;
4164         break;
4165       }
4166       if (trk
4167           && trk->GetInnerParam()
4168           && trk->GetInnerParam()->Pt() > pTminCosmic
4169           && trk->GetInnerParam()->Pt() < pTmaxCosmic
4170           && (trk->GetStatus() & maskCosmic) == maskCosmic ) {
4171
4172         cosmicCount++;
4173         break;
4174       }
4175     }
4176     if (cosmicCount>1) isOK=kTRUE;
4177   }
4178   return isOK;
4179 }
4180
4181 //______________________________________________________________________________
4182 Bool_t AliReconstruction::IsCosmicOrCalibSpecie() const {
4183   // Select cosmic or calibration events
4184
4185   Bool_t isOK = kFALSE;
4186
4187   if (fesd && fesd->GetEventType()==AliRawEventHeaderBase::kPhysicsEvent) {
4188       // Check if this ia a physics event (code 7)
4189
4190       UInt_t specie = fesd->GetEventSpecie();
4191       if (specie==AliRecoParam::kCosmic || specie==AliRecoParam::kCalib) {
4192         isOK = kTRUE;
4193       }
4194   }
4195   return isOK;
4196 }
4197
4198 //______________________________________________________________________________
4199 void AliReconstruction::WriteESDfriend() {
4200   // Fill the ESD friend in the tree. The required fraction of ESD friends is stored
4201   // in fFractionFriends. We select events where we store the ESD friends according
4202   // to the following algorithm:
4203   // 1. Store all Cosmic or Calibration events within the required fraction
4204   // 2. Sample "high Pt" events within the remaining fraction after step 1.
4205   // 3. Sample randomly events if we still have remaining slot
4206
4207   fNall++;
4208   Bool_t isSelected = kFALSE;
4209   //
4210   // Store all friends for B field OFF
4211   if (TMath::Abs(AliTrackerBase::GetBz())<0.5) isSelected=kTRUE;
4212
4213   if (IsCosmicOrCalibSpecie()) { // Selection of calib or cosmic events
4214     fNspecie++;
4215     Double_t curentSpecieFraction = ((Double_t)(fNspecie+1))/((Double_t)(fNall+1));
4216     // "Bayesian" estimate supposing that without events all the events are of the required type
4217
4218     Double_t rnd = gRandom->Rndm()*curentSpecieFraction;
4219     if (rnd<fFractionFriends) {
4220       isSelected = kTRUE;
4221       fSspecie++;
4222     }
4223   }
4224
4225   Double_t remainingFraction = fFractionFriends;
4226   remainingFraction -= ((Double_t)(fSspecie)/(Double_t)(fNall));
4227
4228   if (IsHighPt())  { // Selection of "high Pt" events
4229     fNhighPt++;
4230     Double_t curentHighPtFraction = ((Double_t)(fNhighPt+1))/((Double_t)(fNall+1));
4231     // "Bayesian" estimate supposing that without events all the events are of the required type
4232
4233     if (!isSelected) {
4234       Double_t rnd = gRandom->Rndm()*curentHighPtFraction;
4235       if (rnd<remainingFraction) {
4236         isSelected = kTRUE;
4237         fShighPt++;
4238       }
4239     }
4240   }
4241   remainingFraction -= ((Double_t)(fShighPt)/(Double_t)(fNall));
4242
4243   // Random selection to fill the remaining fraction (if any)
4244   if (!isSelected) {
4245     Double_t rnd = gRandom->Rndm();
4246     if (rnd<remainingFraction) {
4247       isSelected = kTRUE;
4248     }
4249   }
4250
4251   if (!isSelected) {
4252     fesdf->~AliESDfriend();
4253     new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
4254     fesdf->SetSkipBit(kTRUE);
4255   }
4256
4257   ftreeF->Fill();
4258 }