TOF/AliTOFClusterFinder.cxx

   1 /***************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log: AliTOFClusterFinder.cxx,v $
  18 Revision 1.31  2007/11/24 14:53:19  zampolli
  19 Status flag implemented as UChar_t
  20
  21 Revision 1.30  2007/10/04 13:08:52  arcelli
  22 updates to comply with AliTOFGeometryV5 becoming AliTOFGeometry
  23
  24 Revision 1.29  2007/10/03 10:42:33  arcelli
  25 updates to handle new AliTOFcluster, inheriting form AliCluster3D
  26
  27 Revision 1.28  2007/05/31 16:06:05  arcelli
  28 move instance of AliRawStream outside loop on DDL
  29
  30 Revision 1.27  2007/05/02 16:31:49  arcelli
  31 Add methods to handle single event reconstruction.  retrieval of Calib
  32 info moved to AliTOFReconstructor ctor, and passed via a pointer to
  33 AliTOFcalib
  34
  35 Revision 1.26  2007/04/30 19:02:24  arcelli
  36 hopefully the last refinements for correct type conversion in calibration
  37
  38 Revision 1.25  2007/04/30 15:22:17  arcelli
  39 Change TOF digit Time, Tot etc to int type
  40
  41 Revision 1.24  2007/04/27 11:19:31  arcelli
  42 updates for the new decoder
  43
  44 Revision 1.23  2007/04/23 16:51:39  decaro
  45 Digits-to-raw_data conversion: correction for a more real description
  46 (A.De Caro, R.Preghenella)
  47
  48 Revision 1.22  2007/04/19 17:26:32  arcelli
  49 Fix a bug (add some debug printout
  50
  51 Revision 1.21  2007/04/18 17:28:12  arcelli
  52 Set the ToT bin width to the one actually used...
  53
  54 Revision 1.20  2007/03/09 09:57:23  arcelli
  55  Remove a forgotten include of Riostrem
  56
  57 Revision 1.19  2007/03/08 15:41:20  arcelli
  58 set uncorrected times when filling RecPoints
  59
  60 Revision 1.18  2007/03/06 16:31:20  arcelli
  61 Add Uncorrected TOF Time signal
  62
  63 Revision 1.17  2007/02/28 18:09:11  arcelli
  64 Add protection against failed retrieval of the CDB cal object,
  65 now Reconstruction exits with AliFatal
  66
  67 Revision 1.16  2007/02/20 15:57:00  decaro
  68 Raw data update: to read the TOF raw data defined in UNPACKED mode
  69
  70
  71 Revision 0.03  2005/07/28 A. De Caro
  72          Implement public method
  73          Raw2Digits(Int_t, AliRawReader *)
  74          to convert digits from raw data in MC digits
  75          (temporary solution)
  76
  77 Revision 0.02  2005/07/27 A. De Caro
  78          Implement public method
  79          Digits2RecPoint(Int_t)
  80          to convert digits in clusters
  81
  82 Revision 0.02  2005/07/26 A. De Caro
  83          Implement private methods
  84          InsertCluster(AliTOFcluster *)
  85          FindClusterIndex(Double_t)
  86          originally implemented in AliTOFtracker
  87          by S. Arcelli and C. Zampolli
  88
  89 Revision 0.01  2005/07/25 A. De Caro
  90          Implement public methods
  91          Digits2RecPoint(AliRawReader *, TTree *)
  92          Digits2RecPoint(Int_t, AliRawReader *)
  93          to convert raw data in clusters
  94  */
  95
  96 ////////////////////////////////////////////////////////////////
  97 //                                                            //
  98 //         Class for TOF cluster finder                       //
  99 //                                                            //
 100 // Starting from Raw Data, create rec points,                 //
 101 //                         fill TreeR for TOF,                //
 102 //                         write TOF.RecPoints.root file      //
 103 //                                                            //
 104 ////////////////////////////////////////////////////////////////
 105
 106 #include "Riostream.h"
 107
 108 #include "TClonesArray.h"
 109 #include "TStopwatch.h"
 110 #include "TTree.h"
 111 //#include <TGeoManager.h>
 112 #include <TGeoMatrix.h>
 113 //#include <TGeoPhysicalNode.h>
 114
 115 #include "AliDAQ.h"
 116 #include "AliLoader.h"
 117 #include "AliLog.h"
 118 #include "AliRawReader.h"
 119 #include "AliRunLoader.h"
 120 //#include "AliAlignObj.h"
 121 #include <AliGeomManager.h>
 122
 123 #include "AliTOFcalib.h"
 124 #include "AliTOFChannelOnlineArray.h"
 125 #include "AliTOFChannelOnlineStatusArray.h"
 126 #include "AliTOFChannelOffline.h"
 127 #include "AliTOFClusterFinder.h"
 128 #include "AliTOFcluster.h"
 129 #include "AliTOFdigit.h"
 130 #include "AliTOFGeometry.h"
 131 #include "AliTOFrawData.h"
 132
 133 #include "AliTOFDeltaBCOffset.h"
 134 #include "AliTOFCTPLatency.h"
 135 #include "AliTOFRunParams.h"
 136
 137 //extern TFile *gFile;
 138
 139 ClassImp(AliTOFClusterFinder)
 140
 141 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliTOFcalib *calib):
 142   TTask("AliTOFClusterFinder",""),
 143   fRunLoader(0),
 144   fTOFLoader(0),
 145   fTreeD(0),
 146   fTreeR(0),
 147   fDigits(new TClonesArray("AliTOFdigit", 4000)),
 148   fRecPoints(new TClonesArray("AliTOFcluster", 4000)),
 149   fNumberOfTofClusters(0),
 150   fVerbose(0),
 151   fDecoderVersion(0),
 152   fTOFcalib(calib),
 153   fTOFRawStream(AliTOFRawStream())
 154 {
 155 //
 156 // Constructor
 157 //
 158
 159   for (Int_t ii=0; ii<kTofMaxCluster; ii++) fTofClusters[ii]=0x0;
 160
 161   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
 162   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
 163     AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
 164   } else {
 165     AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
 166   }
 167
 168 }
 169
 170 //______________________________________________________________________________
 171
 172 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliRunLoader* runLoader, AliTOFcalib *calib):
 173   TTask("AliTOFClusterFinder",""),
 174   fRunLoader(runLoader),
 175   fTOFLoader(runLoader->GetLoader("TOFLoader")),
 176   fTreeD(0),
 177   fTreeR(0),
 178   fDigits(new TClonesArray("AliTOFdigit", 4000)),
 179   fRecPoints(new TClonesArray("AliTOFcluster", 4000)),
 180   fNumberOfTofClusters(0),
 181   fVerbose(0),
 182   fDecoderVersion(0),
 183   fTOFcalib(calib),
 184   fTOFRawStream(AliTOFRawStream())
 185 {
 186 //
 187 // Constructor
 188 //
 189
 190   for (Int_t ii=0; ii<kTofMaxCluster; ii++) fTofClusters[ii]=0x0;
 191
 192   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
 193   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
 194     AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
 195   } else {
 196     AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
 197   }
 198
 199 }
 200
 201 //------------------------------------------------------------------------
 202 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(const AliTOFClusterFinder &source) :
 203   TTask(source),
 204   fRunLoader(0),
 205   fTOFLoader(0),
 206   fTreeD(0),
 207   fTreeR(0),
 208   fDigits(source.fDigits),
 209   fRecPoints(source.fRecPoints),
 210   fNumberOfTofClusters(0),
 211   fVerbose(0),
 212   fDecoderVersion(source.fDecoderVersion),
 213   fTOFcalib(source.fTOFcalib),
 214   fTOFRawStream(source.fTOFRawStream)
 215 {
 216   // copy constructor
 217
 218   for (Int_t ii=0; ii<kTofMaxCluster; ii++) fTofClusters[ii]=source.fTofClusters[ii];
 219
 220 }
 221
 222 //------------------------------------------------------------------------
 223 AliTOFClusterFinder& AliTOFClusterFinder::operator=(const AliTOFClusterFinder &source)
 224 {
 225   // ass. op.
 226
 227   if (this == &source)
 228     return *this;
 229
 230   TTask::operator=(source);
 231   fDigits=source.fDigits;
 232   fRecPoints=source.fRecPoints;
 233   fVerbose=source.fVerbose;
 234   fDecoderVersion=source.fDecoderVersion;
 235   fTOFcalib=source.fTOFcalib;
 236   fTOFRawStream=source.fTOFRawStream;
 237   for (Int_t ii=0; ii<kTofMaxCluster; ii++) fTofClusters[ii]=source.fTofClusters[ii];
 238
 239   return *this;
 240
 241 }
 242 //______________________________________________________________________________
 243
 244 AliTOFClusterFinder::~AliTOFClusterFinder()
 245 {
 246
 247   //
 248   // Destructor
 249   //
 250
 251   if (fDigits)
 252     {
 253       fDigits->Delete();
 254       delete fDigits;
 255       fDigits=0;
 256     }
 257   if (fRecPoints)
 258     {
 259       fRecPoints->Delete();
 260       delete fRecPoints;
 261       fRecPoints=0;
 262     }
 263
 264   //if (fTofClusters || fNumberOfTofClusters) {
 265   if (fNumberOfTofClusters) {
 266     for (Int_t ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++)
 267       if (fTofClusters[ii]) fTofClusters[ii]->Delete();
 268     fNumberOfTofClusters=0;
 269    }
 270
 271 }
 272 //______________________________________________________________________________
 273
 274 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent)
 275 {
 276   //
 277   // Converts digits to recpoints for TOF
 278   //
 279
 280   TStopwatch stopwatch;
 281   stopwatch.Start();
 282
 283   Int_t inholes = 0;
 284
 285   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 286
 287   fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 288   if (fTreeD == 0x0) {
 289     AliFatal("AliTOFClusterFinder: Can not get TreeD");
 290     return;
 291   }
 292
 293   fDigits->Clear();
 294   fTreeD->GetBranch("TOF")->SetAutoDelete(kFALSE);
 295   fTreeD->SetBranchAddress("TOF",&fDigits);
 296
 297   ResetRecpoint();
 298
 299   fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 300   if (fTreeR == 0x0)
 301     {
 302       fTOFLoader->MakeTree("R");
 303       fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 304     }
 305
 306   Int_t bufsize = 32000;
 307   fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 308
 309   fTreeD->GetEvent(0);
 310   Int_t nDigits = fDigits->GetEntriesFast();
 311   AliDebug(2,Form("Number of TOF digits: %d",nDigits));
 312
 313   Int_t ii;
 314   Int_t dig[5]={-1,-1,-1,-1,-1}; //cluster detector indeces
 315   Int_t parTOF[7]={0,0,0,0,0,0,0}; //The TOF signal parameters
 316   Bool_t status=kTRUE; // assume all sim channels ok in the beginning...
 317   for (ii=0; ii<nDigits; ii++) {
 318     AliTOFdigit *d = (AliTOFdigit*)fDigits->UncheckedAt(ii);
 319     dig[0]=d->GetSector();
 320     dig[1]=d->GetPlate();
 321     dig[2]=d->GetStrip();
 322     dig[3]=d->GetPadz();
 323     dig[4]=d->GetPadx();
 324
 325     /* check valid index */
 326     if (dig[0]==-1||dig[1]==-1||dig[2]==-1||dig[3]==-1||dig[4]==-1) continue;
 327
 328     // Do not reconstruct anything in the holes
 329     if (dig[0]==13 || dig[0]==14 || dig[0]==15 ) { // sectors with holes
 330       if (dig[1]==2) { // plate with holes
 331         inholes++;
 332         continue;
 333       }
 334     }
 335
 336     AliDebug(2,Form(" %2d  %1d  %2d  %1d  %2d ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
 337
 338     parTOF[0] = d->GetTdc(); //the TDC signal
 339     parTOF[1] = d->GetToT(); //the ToT signal
 340     parTOF[2] = d->GetAdc(); // the adc charge
 341     parTOF[3] = d->GetTdcND(); // non decalibrated sim time
 342     parTOF[4] = d->GetTdc(); // raw time, == Tdc time for the moment
 343     parTOF[5] = 0; // deltaBC
 344     parTOF[6] = 0; // L0-L1 latency
 345     Double_t posClus[3];
 346     Double_t covClus[6];
 347     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(dig);
 348     GetClusterPars(dig, posClus,covClus);
 349     AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],d->GetTracks(),dig,parTOF,status,ii);
 350     InsertCluster(tofCluster);
 351
 352   }
 353
 354   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d for event: %d", fNumberOfTofClusters, iEvent));
 355
 356   CalibrateRecPoint();
 357   FillRecPoint();
 358
 359   fTreeR->Fill();
 360   ResetRecpoint();
 361
 362   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 363   fTOFLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
 364
 365   AliDebug(1,Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 366                   stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 367   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 368
 369 }
 370
 371 //______________________________________________________________________________
 372
 373 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(TTree* digitsTree, TTree* clusterTree)
 374 {
 375   //
 376   // Converts digits to recpoints for TOF
 377   //
 378
 379   TStopwatch stopwatch;
 380   stopwatch.Start();
 381
 382   Int_t inholes = 0;
 383
 384   if (digitsTree == 0x0) {
 385     AliFatal("AliTOFClusterFinder: Can not get TreeD");
 386     return;
 387   }
 388
 389   fDigits->Clear();
 390   digitsTree->GetBranch("TOF")->SetAutoDelete(kFALSE);
 391   digitsTree->SetBranchAddress("TOF",&fDigits);
 392
 393   ResetRecpoint();
 394   Int_t bufsize = 32000;
 395   clusterTree->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 396
 397   digitsTree->GetEvent(0);
 398   Int_t nDigits = fDigits->GetEntriesFast();
 399   AliDebug(2,Form("Number of TOF digits: %d",nDigits));
 400
 401   Int_t ii;
 402   Int_t dig[5]={-1,-1,-1,-1,-1}; //cluster detector indeces
 403   Int_t parTOF[7]={0,0,0,0,0,0,0}; //The TOF signal parameters
 404   Bool_t status=kTRUE; // assume all sim channels ok in the beginning...
 405   for (ii=0; ii<nDigits; ii++) {
 406     AliTOFdigit *d = (AliTOFdigit*)fDigits->UncheckedAt(ii);
 407     dig[0]=d->GetSector();
 408     dig[1]=d->GetPlate();
 409     dig[2]=d->GetStrip();
 410     dig[3]=d->GetPadz();
 411     dig[4]=d->GetPadx();
 412
 413     /* check valid index */
 414     if (dig[0]==-1||dig[1]==-1||dig[2]==-1||dig[3]==-1||dig[4]==-1) continue;
 415
 416     // Do not reconstruct anything in the holes
 417     if (dig[0]==13 || dig[0]==14 || dig[0]==15 ) { // sectors with holes
 418       if (dig[1]==2) { // plate with holes
 419         inholes++;
 420         continue;
 421       }
 422     }
 423
 424     //    AliDebug(2,Form(" %2d  %1d  %2d  %1d  %2d ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
 425
 426     parTOF[0] = d->GetTdc(); //the TDC signal
 427     parTOF[1] = d->GetToT(); //the ToT signal
 428     parTOF[2] = d->GetAdc(); // the adc charge
 429     parTOF[3] = d->GetTdcND(); // non decalibrated sim time
 430     parTOF[4] = d->GetTdc(); // raw time, == Tdc time for the moment
 431     parTOF[5] = 0; // deltaBC
 432     parTOF[6] = 0; // L0-L1 latency
 433
 434     Double_t posClus[3];
 435     Double_t covClus[6];
 436     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(dig);
 437     GetClusterPars(dig,posClus,covClus);
 438     AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],d->GetTracks(),dig,parTOF,status,ii);
 439     InsertCluster(tofCluster);
 440
 441   }
 442
 443   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d", fNumberOfTofClusters));
 444
 445   CalibrateRecPoint();
 446   FillRecPoint();
 447
 448   clusterTree->Fill();
 449   ResetRecpoint();
 450
 451   AliDebug(1,Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 452                   stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 453   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 454
 455 }
 456 //______________________________________________________________________________
 457
 458 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(AliRawReader *rawReader,
 459                                            TTree *clustersTree)
 460 {
 461   //
 462   // Converts RAW data to recpoints for TOF
 463   //
 464
 465   TStopwatch stopwatch;
 466   stopwatch.Start();
 467
 468   Int_t inholes = 0;
 469
 470   const Int_t kDDL = AliDAQ::NumberOfDdls("TOF");
 471
 472   ResetRecpoint();
 473
 474   Int_t bufsize = 32000;
 475   clustersTree->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 476
 477   TClonesArray * clonesRawData;
 478   Int_t dummy = -1;
 479
 480   Int_t detectorIndex[5];
 481   Int_t parTOF[7];
 482
 483   ofstream ftxt;
 484   if (fVerbose==2) ftxt.open("TOFdigitsRead.txt",ios::app);
 485
 486   fTOFRawStream.Clear();
 487   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 488
 489   if (fDecoderVersion == 1) {
 490     AliInfo("Using New Decoder");
 491   }
 492   else if (fDecoderVersion == 2) {
 493     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 494   }
 495   else {
 496     AliInfo("Using Old Decoder");
 497   }
 498
 499   Int_t indexDDL = 0;
 500   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 501
 502     rawReader->Reset();
 503     if (fDecoderVersion == 1) {
 504       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 505     }
 506     else if (fDecoderVersion == 2) {
 507       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 508     }
 509     else  {
 510       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 511     }
 512
 513     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 514
 515     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 516
 517       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 518
 519       //if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 520       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 521
 522       if (fVerbose==2) {
 523         if (indexDDL<10) ftxt << "  " << indexDDL;
 524         else         ftxt << " " << indexDDL;
 525         if (tofRawDatum->GetTRM()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRM();
 526         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTRM();
 527         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRMchain();
 528         if (tofRawDatum->GetTDC()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDC();
 529         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTDC();
 530         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDCchannel();
 531       }
 532
 533       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 534                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 535       dummy = detectorIndex[3];
 536       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 537       detectorIndex[4] = dummy;
 538
 539       if (fVerbose==2) {
 540         if (detectorIndex[0]<10) ftxt  << "  ->  " << detectorIndex[0];
 541         else              ftxt  << "  -> " << detectorIndex[0];
 542         ftxt << "  " << detectorIndex[1];
 543         if (detectorIndex[2]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[2];
 544         else              ftxt << " " << detectorIndex[2];
 545         ftxt << "  " << detectorIndex[3];
 546         if (detectorIndex[4]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[4];
 547         else              ftxt << " " << detectorIndex[4];
 548       }
 549
 550     /* check valid index */
 551     if (detectorIndex[0]==-1||detectorIndex[1]==-1||detectorIndex[2]==-1||detectorIndex[3]==-1||detectorIndex[4]==-1) continue;
 552
 553       // Do not reconstruct anything in the holes
 554       if (detectorIndex[0]==13 || detectorIndex[0]==14 || detectorIndex[0]==15 ) { // sectors with holes
 555         if (detectorIndex[1]==2) { // plate with holes
 556           inholes++;
 557           continue;
 558         }
 559       }
 560
 561       parTOF[0] = tofRawDatum->GetTOF(); //TDC
 562       parTOF[1] = tofRawDatum->GetTOT(); // TOT
 563       parTOF[2] = tofRawDatum->GetTOT(); //ADC==TOF
 564       parTOF[3] = 0;//raw data: no track of undecalib sim time
 565       parTOF[4] = tofRawDatum->GetTOF(); // RAW time
 566       parTOF[5] = tofRawDatum->GetDeltaBC(); // deltaBC
 567       parTOF[6] = tofRawDatum->GetL0L1Latency(); // L0-L1 latency
 568       Double_t posClus[3];
 569       Double_t covClus[6];
 570       UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
 571       Int_t lab[3]={-1,-1,-1};
 572       Bool_t status=kTRUE;
 573       GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
 574       AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],lab,detectorIndex,parTOF,status,-1);
 575       InsertCluster(tofCluster);
 576
 577       if (fVerbose==2) {
 578         if (parTOF[1]<10)ftxt << "        " << parTOF[1];
 579         else if (parTOF[1]>=10 && parTOF[1]<100) ftxt << "      " << parTOF[1];
 580         else ftxt << "      " << parTOF[1];
 581         if (parTOF[0]<10) ftxt << "      " << parTOF[0] << endl;
 582         else if (parTOF[0]>=10 && parTOF[0]<100)   ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 583         else if (parTOF[0]>=100 && parTOF[0]<1000) ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 584         else ftxt << "   " << parTOF[3] << endl;
 585       }
 586
 587     } // closed loop on TOF raw data per current DDL file
 588
 589     clonesRawData->Clear("C");
 590
 591   } // closed loop on DDL index
 592
 593   if (fVerbose==2) ftxt.close();
 594
 595   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d", fNumberOfTofClusters));
 596
 597   CalibrateRecPoint(rawReader->GetTimestamp());
 598   FillRecPoint();
 599
 600   clustersTree->Fill();
 601
 602   ResetRecpoint();
 603
 604   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 605                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 606   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 607
 608 }
 609 //______________________________________________________________________________
 610
 611 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
 612 {
 613   //
 614   // Converts RAW data to recpoints for TOF
 615   //
 616
 617   TStopwatch stopwatch;
 618   stopwatch.Start();
 619
 620   Int_t inholes = 0;
 621
 622   const Int_t kDDL = AliDAQ::NumberOfDdls("TOF");
 623
 624   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 625
 626   AliDebug(2,Form(" Event number %2d ", iEvent));
 627
 628   fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 629
 630   if (fTreeR == 0x0){
 631     fTOFLoader->MakeTree("R");
 632     fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 633   }
 634
 635   Int_t bufsize = 32000;
 636   fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 637
 638   TClonesArray * clonesRawData;
 639
 640   Int_t dummy = -1;
 641
 642   Int_t detectorIndex[5] = {-1, -1, -1, -1, -1};
 643   Int_t parTOF[7];
 644   ofstream ftxt;
 645   if (fVerbose==2) ftxt.open("TOFdigitsRead.txt",ios::app);
 646
 647   fTOFRawStream.Clear();
 648   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 649
 650   if (fDecoderVersion == 1) {
 651     AliInfo("Using New Decoder");
 652   }
 653   else if (fDecoderVersion == 2) {
 654     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 655   }
 656   else {
 657     AliInfo("Using Old Decoder");
 658   }
 659
 660   Int_t indexDDL = 0;
 661   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 662
 663     rawReader->Reset();
 664     if (fDecoderVersion == 1) {
 665       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 666     }
 667     else if (fDecoderVersion == 2) {
 668       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 669     }
 670     else {
 671       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 672     }
 673
 674     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 675
 676     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 677
 678       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 679
 680       //if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 681       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 682
 683       if (fVerbose==2) {
 684         if (indexDDL<10) ftxt << "  " << indexDDL;
 685         else         ftxt << " " << indexDDL;
 686         if (tofRawDatum->GetTRM()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRM();
 687         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTRM();
 688         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRMchain();
 689         if (tofRawDatum->GetTDC()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDC();
 690         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTDC();
 691         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDCchannel();
 692       }
 693
 694       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 695                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 696       dummy = detectorIndex[3];
 697       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 698       detectorIndex[4] = dummy;
 699
 700       if (fVerbose==2) {
 701         if (detectorIndex[0]<10) ftxt  << "  ->  " << detectorIndex[0];
 702         else              ftxt  << "  -> " << detectorIndex[0];
 703         ftxt << "  " << detectorIndex[1];
 704         if (detectorIndex[2]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[2];
 705         else              ftxt << " " << detectorIndex[2];
 706         ftxt << "  " << detectorIndex[3];
 707         if (detectorIndex[4]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[4];
 708         else              ftxt << " " << detectorIndex[4];
 709       }
 710
 711     /* check valid index */
 712     if (detectorIndex[0]==-1||detectorIndex[1]==-1||detectorIndex[2]==-1||detectorIndex[3]==-1||detectorIndex[4]==-1) continue;
 713
 714       // Do not reconstruct anything in the holes
 715       if (detectorIndex[0]==13 || detectorIndex[0]==14 || detectorIndex[0]==15 ) { // sectors with holes
 716         if (detectorIndex[1]==2) { // plate with holes
 717           inholes++;
 718           continue;
 719         }
 720       }
 721
 722       parTOF[0] = tofRawDatum->GetTOF(); // TDC
 723       parTOF[1] = tofRawDatum->GetTOT(); // TOT
 724       parTOF[2] = tofRawDatum->GetTOT(); // raw data have ADC=TOT
 725       parTOF[3] = 0; //raw data: no track of the undecalib sim time
 726       parTOF[4] = tofRawDatum->GetTOF(); // Raw time == TDC
 727       parTOF[5] = tofRawDatum->GetDeltaBC(); // deltaBC
 728       parTOF[6] = tofRawDatum->GetL0L1Latency(); // L0-L1 latency
 729       Double_t posClus[3];
 730       Double_t covClus[6];
 731       UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
 732       Int_t lab[3]={-1,-1,-1};
 733       Bool_t status=kTRUE;
 734       GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
 735       AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],lab,detectorIndex,parTOF,status,-1);
 736       InsertCluster(tofCluster);
 737
 738       if (fVerbose==2) {
 739         if (parTOF[1]<10)ftxt << "        " << parTOF[1];
 740         else if (parTOF[1]>=10 && parTOF[1]<100) ftxt << "      " << parTOF[1];
 741         else ftxt << "      " << parTOF[1];
 742         if (parTOF[0]<10) ftxt << "      " << parTOF[0] << endl;
 743         else if (parTOF[0]>=10 && parTOF[0]<100)   ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 744         else if (parTOF[0]>=100 && parTOF[0]<1000) ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 745         else ftxt << "   " << parTOF[3] << endl;
 746       }
 747
 748     } // closed loop on TOF raw data per current DDL file
 749
 750     clonesRawData->Clear("C");
 751
 752   } // closed loop on DDL index
 753
 754   if (fVerbose==2) ftxt.close();
 755
 756   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d for event: %d", fNumberOfTofClusters, iEvent));
 757
 758   CalibrateRecPoint(rawReader->GetTimestamp());
 759   FillRecPoint();
 760
 761   fTreeR->Fill();
 762   ResetRecpoint();
 763
 764   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 765   fTOFLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
 766
 767   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 768                stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 769   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 770
 771 }
 772 //______________________________________________________________________________
 773
 774 void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
 775 {
 776   //
 777   // Converts RAW data to MC digits for TOF
 778   //
 779   //             (temporary solution)
 780   //
 781
 782   TStopwatch stopwatch;
 783   stopwatch.Start();
 784
 785   const Int_t kDDL = AliTOFGeometry::NDDL()*AliTOFGeometry::NSectors();
 786
 787   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 788
 789   fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 790   if (fTreeD)
 791     {
 792     AliInfo("TreeD re-creation");
 793     fTreeD = 0x0;
 794     fTOFLoader->MakeTree("D");
 795     fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 796     }
 797   else {
 798     AliFatal("Can not get TreeD");
 799     return;
 800   }
 801
 802   Int_t bufsize = 32000;
 803   fDigits->Clear();
 804   fTreeD->Branch("TOF", &fDigits, bufsize);
 805
 806   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 807
 808   AliDebug(2,Form(" Event number %2d ", iEvent));
 809
 810   TClonesArray * clonesRawData;
 811
 812   Int_t dummy = -1;
 813
 814   Int_t detectorIndex[5];
 815   Int_t digit[4];
 816
 817   fTOFRawStream.Clear();
 818   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 819
 820   if (fDecoderVersion == 1) {
 821     AliInfo("Using New Decoder");
 822   }
 823   else if (fDecoderVersion == 2) {
 824     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 825   }
 826   else {
 827     AliInfo("Using Old Decoder");
 828   }
 829
 830   Int_t indexDDL = 0;
 831   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 832
 833     rawReader->Reset();
 834     if (fDecoderVersion == 1) {
 835       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 836     }
 837     else if (fDecoderVersion == 2) {
 838       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 839     }
 840     else {
 841       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 842     }
 843
 844     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 845
 846     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 847
 848       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 849
 850       //if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
 851       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 852
 853       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 854                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 855       dummy = detectorIndex[3];
 856       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 857       detectorIndex[4] = dummy;
 858
 859       digit[0] = fTOFRawStream.GetTofBin();
 860       digit[1] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 861       digit[2] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 862       digit[3] = 0;
 863
 864       Int_t tracknum[3]={-1,-1,-1};
 865
 866       TClonesArray &aDigits = *fDigits;
 867       Int_t last=fDigits->GetEntriesFast();
 868       new (aDigits[last]) AliTOFdigit(tracknum, detectorIndex, digit);
 869
 870     } // while loop
 871
 872     clonesRawData->Clear("C");
 873
 874   } // DDL Loop
 875
 876   fTreeD->Fill();
 877
 878   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 879   fTOFLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
 880
 881   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.2fs C:%.2fs",
 882                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 883
 884 }
 885
 886 //______________________________________________________________________________
 887
 888 void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(AliRawReader *rawReader, TTree* digitsTree)
 889 {
 890   //
 891   // Converts RAW data to MC digits for TOF for the current event
 892   //
 893   //
 894
 895   TStopwatch stopwatch;
 896   stopwatch.Start();
 897
 898   const Int_t kDDL = AliTOFGeometry::NDDL()*AliTOFGeometry::NSectors();
 899
 900   if (!digitsTree)
 901     {
 902     AliError("No input digits Tree");
 903     return;
 904     }
 905
 906   Int_t bufsize = 32000;
 907   digitsTree->Branch("TOF", &fDigits, bufsize);
 908
 909   TClonesArray * clonesRawData;
 910   Int_t dummy = -1;
 911
 912   Int_t detectorIndex[5];
 913   Int_t digit[4];
 914
 915   fTOFRawStream.Clear();
 916   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 917
 918   if (fDecoderVersion == 1) {
 919     AliInfo("Using New Decoder");
 920   }
 921   else if (fDecoderVersion == 2) {
 922     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 923   }
 924   else {
 925     AliInfo("Using Old Decoder");
 926   }
 927
 928   Int_t indexDDL = 0;
 929   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 930
 931     rawReader->Reset();
 932     if (fDecoderVersion == 1) {
 933       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 934     }
 935     else if (fDecoderVersion == 2) {
 936       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 937     }
 938     else {
 939       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 940     }
 941
 942     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 943
 944     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 945
 946       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 947
 948       //if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
 949       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 950
 951       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 952                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 953       dummy = detectorIndex[3];
 954       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 955       detectorIndex[4] = dummy;
 956
 957       digit[0] = fTOFRawStream.GetTofBin();
 958       digit[1] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 959       digit[2] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 960       digit[3] = 0;
 961
 962       Int_t tracknum[3]={-1,-1,-1};
 963
 964       TClonesArray &aDigits = *fDigits;
 965       Int_t last=fDigits->GetEntriesFast();
 966       new (aDigits[last]) AliTOFdigit(tracknum, detectorIndex, digit);
 967
 968     } // while loop
 969
 970     clonesRawData->Clear("C");
 971
 972   } // DDL Loop
 973
 974   digitsTree->Fill();
 975
 976   AliDebug(1, Form("Got %d digits: ", fDigits->GetEntries()));
 977   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and fill TOF digit tree : R:%.2fs C:%.2fs",
 978                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 979
 980 }
 981 //______________________________________________________________________________
 982
 983 Int_t AliTOFClusterFinder::InsertCluster(AliTOFcluster *tofCluster) {
 984   //---------------------------------------------------------------------------//
 985   // This function adds a TOF cluster to the array of TOF clusters sorted in Z //
 986   //---------------------------------------------------------------------------//
 987   if (fNumberOfTofClusters==kTofMaxCluster) {
 988     AliError("Too many clusters !");
 989     return 1;
 990   }
 991
 992   if (fNumberOfTofClusters==0) {
 993     fTofClusters[fNumberOfTofClusters++] = tofCluster;
 994     return 0;
 995   }
 996
 997   Int_t ii = FindClusterIndex(tofCluster->GetZ());
 998   memmove(fTofClusters+ii+1 ,fTofClusters+ii,(fNumberOfTofClusters-ii)*sizeof(AliTOFcluster*));
 999   fTofClusters[ii] = tofCluster;
1000   fNumberOfTofClusters++;
1001
1002   return 0;
1003
1004 }
1005 //_________________________________________________________________________
1006
1007 Int_t AliTOFClusterFinder::FindClusterIndex(Double_t z) const {
1008   //--------------------------------------------------------------------
1009   // This function returns the index of the nearest cluster in z
1010   //--------------------------------------------------------------------
1011   if (fNumberOfTofClusters==0) return 0;
1012   if (z <= fTofClusters[0]->GetZ()) return 0;
1013   if (z > fTofClusters[fNumberOfTofClusters-1]->GetZ()) return fNumberOfTofClusters;
1014   Int_t b = 0, e = fNumberOfTofClusters-1, m = (b+e)/2;
1015   for (; b<e; m=(b+e)/2) {
1016     if (z > fTofClusters[m]->GetZ()) b=m+1;
1017     else e=m;
1018   }
1019
1020   return m;
1021
1022 }
1023 //_________________________________________________________________________
1024
1025 void AliTOFClusterFinder::FillRecPoint()
1026 {
1027   //
1028   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
1029   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
1030   // i.e. fRecPoints.
1031   //
1032
1033   Int_t ii, jj;
1034
1035   Int_t detectorIndex[5];
1036   Int_t parTOF[7];
1037   Int_t trackLabels[3];
1038   Int_t digitIndex = -1;
1039   Bool_t status=kTRUE;
1040
1041   TClonesArray &lRecPoints = *fRecPoints;
1042
1043   for (ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++) {
1044
1045     digitIndex = fTofClusters[ii]->GetIndex();
1046     for(jj=0; jj<5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1047     for(jj=0; jj<3; jj++) trackLabels[jj] = fTofClusters[ii]->GetLabel(jj);
1048     parTOF[0] = fTofClusters[ii]->GetTDC(); // TDC
1049     parTOF[1] = fTofClusters[ii]->GetToT(); // TOT
1050     parTOF[2] = fTofClusters[ii]->GetADC(); // ADC=TOT
1051     parTOF[3] = fTofClusters[ii]->GetTDCND(); // TDCND
1052     parTOF[4] = fTofClusters[ii]->GetTDCRAW();//RAW
1053     parTOF[5] = fTofClusters[ii]->GetDeltaBC();//deltaBC
1054     parTOF[6] = fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency();//L0-L1 latency
1055     status=fTofClusters[ii]->GetStatus();
1056     Double_t posClus[3];
1057     Double_t covClus[6];
1058     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
1059     GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
1060     new(lRecPoints[ii]) AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],trackLabels,detectorIndex, parTOF,status,digitIndex);
1061
1062     AliDebug(2, Form(" %4d  %4d  %f %f %f  %f %f %f %f %f %f  %3d %3d %3d  %2d %1d %2d %1d %2d  %4d %3d %3d %4d %4d  %1d  %4d",
1063                      ii, volIdClus, posClus[0], posClus[1], posClus[2],
1064                      fTofClusters[ii]->GetSigmaX2(),
1065                      fTofClusters[ii]->GetSigmaXY(),
1066                      fTofClusters[ii]->GetSigmaXZ(),
1067                      fTofClusters[ii]->GetSigmaY2(),
1068                      fTofClusters[ii]->GetSigmaYZ(),
1069                      fTofClusters[ii]->GetSigmaZ2(),
1070                      trackLabels[0], trackLabels[1], trackLabels[2],
1071                      detectorIndex[0], detectorIndex[1], detectorIndex[2], detectorIndex[3], detectorIndex[4],
1072                      parTOF[0], parTOF[1], parTOF[2], parTOF[3], parTOF[4],
1073                      status, digitIndex));
1074
1075   } // loop on clusters
1076
1077 }
1078
1079 //_________________________________________________________________________
1080
1081 /*
1082  * OLD CALIBRATE REC POINTS FUNCTION
1083  */
1084
1085 #if 0
1086 void AliTOFClusterFinder::CalibrateRecPoint(UInt_t timestamp)
1087 {
1088   //
1089   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
1090   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
1091   // i.e. fRecPoints.
1092   //
1093
1094   Int_t ii, jj;
1095
1096   Int_t detectorIndex[5];
1097   Int_t digitIndex = -1;
1098   Double_t tToT;
1099   Double_t timeCorr;
1100   Int_t   tdcCorr;
1101   Float_t tdcLatencyWindow;
1102   AliDebug(1," Calibrating TOF Clusters");
1103
1104   AliTOFChannelOnlineArray *calDelay = fTOFcalib->GetTOFOnlineDelay();
1105   AliTOFChannelOnlineStatusArray *calStatus = fTOFcalib->GetTOFOnlineStatus();
1106   TObjArray *calTOFArrayOffline = fTOFcalib->GetTOFCalArrayOffline();
1107
1108   AliTOFDeltaBCOffset *deltaBCOffsetObj = fTOFcalib->GetDeltaBCOffset();
1109   Int_t deltaBCOffset = deltaBCOffsetObj->GetDeltaBCOffset();
1110   AliTOFCTPLatency *ctpLatencyObj = fTOFcalib->GetCTPLatency();
1111   Float_t ctpLatency = ctpLatencyObj->GetCTPLatency();
1112   AliTOFRunParams *runParamsObj = fTOFcalib->GetRunParams();
1113   Float_t t0 = runParamsObj->EvalT0(timestamp);
1114
1115   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
1116   Int_t calibration = -1;
1117   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
1118     //AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
1119     calibration = 1;
1120   } else {
1121     //AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
1122     calibration = 0 ;
1123   }
1124
1125   for (ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++) {
1126     digitIndex = fTofClusters[ii]->GetIndex();
1127     for(jj=0; jj<5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1128
1129     Int_t index = AliTOFGeometry::GetIndex(detectorIndex);
1130
1131     UChar_t statusPulser=calStatus->GetPulserStatus(index);
1132     UChar_t statusNoise=calStatus->GetNoiseStatus(index);
1133     UChar_t statusHW=calStatus->GetHWStatus(index);
1134     UChar_t status=calStatus->GetStatus(index);
1135     tdcLatencyWindow = calStatus->GetLatencyWindow(index) * 1.e3; /* ns -> ps */
1136
1137     //check the status, also unknown is fine!!!!!!!
1138
1139     AliDebug(2, Form(" Status for channel %d = %d",index, (Int_t)status));
1140     if((statusPulser & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFPulserBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFPulserBad)||(statusNoise & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFNoiseBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFNoiseBad)||(statusHW & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFHWBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFHWBad)){
1141       AliDebug(2, Form(" Bad Status for channel %d",index));
1142       fTofClusters[ii]->SetStatus(kFALSE); //odd convention, to avoid conflict with calibration objects currently in the db (temporary solution).
1143     }
1144     else {
1145       AliDebug(2, Form(" Good Status for channel %d",index));
1146     }
1147     // Get Rough channel online equalization
1148     Double_t roughDelay=(Double_t)calDelay->GetDelay(index);  // in ns
1149     AliDebug(2,Form(" channel delay (ns) = %f", roughDelay));
1150     // Get Refined channel offline calibration parameters
1151     if (calibration ==1){
1152       AliTOFChannelOffline * calChannelOffline = (AliTOFChannelOffline*)calTOFArrayOffline->At(index);
1153       Double_t par[6];
1154       for (Int_t j = 0; j<6; j++){
1155         par[j]=(Double_t)calChannelOffline->GetSlewPar(j);
1156      }
1157       AliDebug(2,Form(" Calib Pars = %f, %f, %f, %f, %f, %f ",par[0],par[1],par[2],par[3],par[4],par[5]));
1158       AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (counts) = %d , %d", fTofClusters[ii]->GetToT(),fTofClusters[ii]->GetTDC()));
1159       tToT = (Double_t)(fTofClusters[ii]->GetToT()*AliTOFGeometry::ToTBinWidth());
1160       tToT*=1.E-3; //ToT in ns
1161
1162       /* check TOT limits and set new TOT in case */
1163       if (tToT < AliTOFGeometry::SlewTOTMin()) tToT = AliTOFGeometry::SlewTOTMin();
1164       if (tToT > AliTOFGeometry::SlewTOTMax()) tToT = AliTOFGeometry::SlewTOTMax();
1165
1166       AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (ns)= %e, %e",fTofClusters[ii]->GetTDC()*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3,tToT));
1167       timeCorr=par[0]+par[1]*tToT+par[2]*tToT*tToT+par[3]*tToT*tToT*tToT+par[4]*tToT*tToT*tToT*tToT+par[5]*tToT*tToT*tToT*tToT*tToT; // the time correction (ns)
1168     }
1169     else {
1170       timeCorr = roughDelay; // correction in ns
1171     }
1172     AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (ns)= %e, %e",fTofClusters[ii]->GetTDC()*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3,fTofClusters[ii]->GetToT()*AliTOFGeometry::ToTBinWidth()));
1173     AliDebug(2,Form(" The time correction (ns) = %f", timeCorr));
1174     timeCorr=(Double_t)(fTofClusters[ii]->GetTDC())*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3-timeCorr;//redefine the time
1175     timeCorr*=1.E3;
1176     AliDebug(2,Form(" The channel time, corr (ps)= %e",timeCorr ));
1177
1178     /* here timeCorr should be already corrected for calibration.
1179      * we now go into further corrections keeping in mind that timeCorr
1180      * is in ps.
1181      *
1182      * the following corrections are performed in this way:
1183      *
1184      *    time = timeRaw - deltaBC + L0L1Latency + CTPLatency - TDCLatencyWindow - T0
1185      *
1186      */
1187
1188     AliDebug(2, Form("applying further corrections (DeltaBC): DeltaBC=%d (BC bins), DeltaBCoffset=%d (BC bins)", fTofClusters[ii]->GetDeltaBC(), deltaBCOffset));
1189     AliDebug(2, Form("applying further corrections (L0L1Latency): L0L1Latency=%d (BC bins)", fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency()));
1190     AliDebug(2, Form("applying further corrections (CTPLatency): CTPLatency=%f (ps)", ctpLatency));
1191     AliDebug(2, Form("applying further corrections (TDCLatencyWindow): TDCLatencyWindow=%f (ps)", tdcLatencyWindow));
1192     AliDebug(2, Form("applying further corrections (T0): T0=%f (ps)", t0));
1193
1194     /* deltaBC correction (inhibited for the time being) */
1195     //    timeCorr -= (fTofClusters[ii]->GetDeltaBC() - deltaBCOffset) * AliTOFGeometry::BunchCrossingBinWidth();
1196     /* L0L1-latency correction */
1197     timeCorr += fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency() * AliTOFGeometry::BunchCrossingBinWidth();
1198     /* CTP-latency correction (from OCDB) */
1199     timeCorr += ctpLatency;
1200     /* TDC latency-window correction (from OCDB) */
1201     timeCorr -= tdcLatencyWindow;
1202     /* T0 correction (from OCDB) */
1203     timeCorr -= t0;
1204
1205     /*
1206      * end of furhter corrections
1207      */
1208
1209     tdcCorr=(Int_t)(timeCorr/AliTOFGeometry::TdcBinWidth()); //the corrected time (tdc counts)
1210     fTofClusters[ii]->SetTDC(tdcCorr);
1211   } // loop on clusters
1212
1213 }
1214 #endif
1215
1216 //_________________________________________________________________________
1217
1218 void AliTOFClusterFinder::CalibrateRecPoint(UInt_t timestamp)
1219 {
1220   //
1221   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
1222   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
1223   // i.e. fRecPoints.
1224   //
1225
1226   Int_t detectorIndex[5];
1227   Double_t time, tot, corr;
1228   Int_t deltaBC, l0l1, tdcBin;
1229   for (Int_t ii = 0; ii < fNumberOfTofClusters; ii++) {
1230     for(Int_t jj = 0; jj < 5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1231
1232     Int_t index = AliTOFGeometry::GetIndex(detectorIndex);
1233
1234     /* check channel enabled */
1235     if (!fTOFcalib->IsChannelEnabled(index)) fTofClusters[ii]->SetStatus(kFALSE);
1236
1237     /* get cluster info */
1238     time = fTofClusters[ii]->GetTDC() * AliTOFGeometry::TdcBinWidth(); /* ps */
1239     tot = fTofClusters[ii]->GetToT() * AliTOFGeometry::ToTBinWidth() * 1.e-3; /* ns */
1240     deltaBC = fTofClusters[ii]->GetDeltaBC();
1241     l0l1 = fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency();
1242
1243     /* get correction */
1244     corr = fTOFcalib->GetTimeCorrection(index, tot, deltaBC, l0l1, timestamp); /* ps */
1245     AliDebug(2, Form("calibrate index %d: time=%f (ps) tot=%f (ns) deltaBC=%d l0l1=%d timestamp=%d corr=%f (ps)", index, time, tot, deltaBC, l0l1, timestamp, corr));
1246
1247     /* apply time correction */
1248     time -= corr;
1249
1250     /* convert in TDC bins and set cluster */
1251     //tdcBin = (Int_t)(time / AliTOFGeometry::TdcBinWidth()); //the corrected time (tdc counts)
1252     tdcBin = TMath::Nint(time / AliTOFGeometry::TdcBinWidth()); //the corrected time (tdc counts)
1253     fTofClusters[ii]->SetTDC(tdcBin);
1254
1255   } // loop on clusters
1256
1257 }
1258
1259 //______________________________________________________________________________
1260
1261 void AliTOFClusterFinder::ResetRecpoint()
1262 {
1263   //
1264   // Clear the list of reconstructed points
1265   //
1266
1267   fNumberOfTofClusters = 0;
1268   if (fRecPoints) fRecPoints->Clear();
1269
1270 }
1271 //______________________________________________________________________________
1272
1273 void AliTOFClusterFinder::Load()
1274 {
1275   //
1276   // Load TOF.Digits.root and TOF.RecPoints.root files
1277   //
1278
1279   fTOFLoader->LoadDigits("READ");
1280   fTOFLoader->LoadRecPoints("recreate");
1281
1282 }
1283 //______________________________________________________________________________
1284
1285 void AliTOFClusterFinder::LoadClusters()
1286 {
1287   //
1288   // Load TOF.RecPoints.root file
1289   //
1290
1291   fTOFLoader->LoadRecPoints("recreate");
1292
1293 }
1294 //______________________________________________________________________________
1295
1296 void AliTOFClusterFinder::UnLoad()
1297 {
1298   //
1299   // Unload TOF.Digits.root and TOF.RecPoints.root files
1300   //
1301
1302   fTOFLoader->UnloadDigits();
1303   fTOFLoader->UnloadRecPoints();
1304
1305 }
1306 //______________________________________________________________________________
1307
1308 void AliTOFClusterFinder::UnLoadClusters()
1309 {
1310   //
1311   // Unload TOF.RecPoints.root file
1312   //
1313
1314   fTOFLoader->UnloadRecPoints();
1315
1316 }
1317 //-------------------------------------------------------------------------
1318 UShort_t AliTOFClusterFinder::GetClusterVolIndex(const Int_t * const ind) const {
1319
1320   //First of all get the volume ID to retrieve the l2t transformation...
1321   //
1322   // Detector numbering scheme
1323   Int_t nSector = 18;
1324   Int_t nPlate  = 5;
1325   Int_t nStripA = 15;
1326   Int_t nStripB = 19;
1327   Int_t nStripC = 19;
1328
1329   Int_t isector =ind[0];
1330   if (isector >= nSector)
1331     AliError(Form("Wrong sector number in TOF (%d) !",isector));
1332   Int_t iplate = ind[1];
1333   if (iplate >= nPlate)
1334     AliError(Form("Wrong plate number in TOF (%d) !",iplate));
1335   Int_t istrip = ind[2];
1336
1337   Int_t stripOffset = 0;
1338   switch (iplate) {
1339   case 0:
1340     stripOffset = 0;
1341     break;
1342   case 1:
1343     stripOffset = nStripC;
1344     break;
1345   case 2:
1346     stripOffset = nStripC+nStripB;
1347     break;
1348   case 3:
1349     stripOffset = nStripC+nStripB+nStripA;
1350     break;
1351   case 4:
1352     stripOffset = nStripC+nStripB+nStripA+nStripB;
1353     break;
1354   default:
1355     AliError(Form("Wrong plate number in TOF (%d) !",iplate));
1356     break;
1357   };
1358
1359   Int_t index= (2*(nStripC+nStripB)+nStripA)*isector +
1360                stripOffset +
1361                istrip;
1362
1363   UShort_t volIndex = AliGeomManager::LayerToVolUID(AliGeomManager::kTOF,index);
1364   return volIndex;
1365 }
1366 //
1367 //-------------------------------------------------------------------------
1368 void AliTOFClusterFinder::GetClusterPars(Int_t *ind, Double_t* pos,Double_t* cov) const {
1369
1370   //First of all get the volume ID to retrieve the l2t transformation...
1371   //
1372   UShort_t volIndex = GetClusterVolIndex(ind);
1373   //
1374   //
1375   //we now go in the system of the strip: determine the local coordinates
1376   //
1377   //
1378   // 47---------------------------------------------------0  ^ z
1379   // | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | 1 |
1380   // -----------------------------------------------------   | y going outwards
1381   // | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | 0 |  par[0]=0;
1382
1383   // -----------------------------------------------------   |
1384   // x <-----------------------------------------------------
1385
1386   /*
1387   Float_t localX = (ind[4]-23.5)*AliTOFGeometry::XPad();
1388   Float_t localY = 0;
1389   Float_t localZ = (ind[3]- 0.5)*AliTOFGeometry::ZPad();
1390   */
1391   Float_t localX = (ind[4]-AliTOFGeometry::NpadX()/2)*AliTOFGeometry::XPad()+AliTOFGeometry::XPad()/2.;
1392   Float_t localY = 0;
1393   Float_t localZ = (ind[3]-AliTOFGeometry::NpadZ()/2)*AliTOFGeometry::ZPad()+AliTOFGeometry::ZPad()/2.;
1394   //move to the tracking ref system
1395
1396   Double_t lpos[3];
1397   lpos[0] = localX;
1398   lpos[1] = localY;
1399   lpos[2] = localZ;
1400
1401   const TGeoHMatrix *l2t= AliGeomManager::GetTracking2LocalMatrix(volIndex);
1402   // Get The position in the track ref system
1403   Double_t tpos[3];
1404   l2t->MasterToLocal(lpos,tpos);
1405   pos[0] = tpos[0];
1406   pos[1] = tpos[1];
1407   pos[2] = tpos[2];
1408
1409   //Get The cluster covariance in the track ref system
1410   Double_t lcov[9];
1411
1412   //cluster covariance in the local system:
1413   // sx2   0   0
1414   // 0     0   0
1415   // 0     0   sz2
1416
1417   lcov[0] = AliTOFGeometry::XPad()*AliTOFGeometry::XPad()/12.;
1418   lcov[1] = 0;
1419   lcov[2] = 0;
1420   lcov[3] = 0;
1421   lcov[4] = 0;
1422   lcov[5] = 0;
1423   lcov[6] = 0;
1424   lcov[7] = 0;
1425   lcov[8] = AliTOFGeometry::ZPad()*AliTOFGeometry::ZPad()/12.;
1426
1427   //cluster covariance in the tracking system:
1428   TGeoHMatrix m;
1429   m.SetRotation(lcov);
1430   m.Multiply(l2t);
1431   m.MultiplyLeft(&l2t->Inverse());
1432   Double_t *tcov = m.GetRotationMatrix();
1433   cov[0] = tcov[0]; cov[1] = tcov[1]; cov[2] = tcov[2];
1434   cov[3] = tcov[4]; cov[4] = tcov[5];
1435   cov[5] = tcov[8];
1436
1437   return;
1438
1439 }