TPC/AliTPCCalibViewer.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  18 //                                                                           //
  19 //  Class for viewing/visualizing TPC calibration data                       //
  20 //  base on  TTree functionality for visualization                           //
  21 //                                                                           //
  22 //  Create a list of AliTPCCalPads, arrange them in an TObjArray.            //
  23 //  Pass this TObjArray to MakeTree and create the calibration Tree          //
  24 //  While craating this tree some statistical information are calculated     //
  25 //  Open the viewer with this Tree: AliTPCCalibViewer v("CalibTree.root")    //
  26 //  Have fun!                                                                //
  27 //  EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", "A", "(CETmean~-CETmean_mean)>0")      //
  28 //                                                                           //
  29 //  If you like to click, we recommand you the                               //
  30 //    AliTPCCalibViewerGUI                                                   //
  31 //                                                                           //
  32 //    THE DOCUMENTATION IS STILL NOT COMPLETED !!!!                          //
  33 //                                                                           //
  34 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  35
  36 //
  37 // ROOT includes
  38 //
  39
  40 #include <fstream>
  41 #include <iostream>
  42
  43 #include <TFile.h>
  44 #include <TFriendElement.h>
  45 #include <TGraph.h>
  46 #include <TKey.h>
  47 #include <TPad.h>
  48 //#include <TCanvas.h>
  49 #include <TH1.h>
  50 #include <TH1F.h>
  51 #include <TLegend.h>
  52 #include <TLine.h>
  53 #include <TMath.h>
  54 #include <TObjString.h>
  55 //#include <TROOT.h>
  56 #include <TRandom.h>
  57 #include <TString.h>
  58 #include <TStyle.h>
  59 #include <TTreeStream.h>
  60
  61 #include "AliTPCCalibCE.h"
  62 #include "AliMathBase.h"
  63 #include "AliTPCCalPad.h"
  64 #include "AliTPCCalROC.h"
  65 #include "AliTPCCalibPedestal.h"
  66 #include "AliTPCCalibPulser.h"
  67
  68 //
  69 // AliRoot includes
  70 //
  71 #include "AliTPCCalibViewer.h"
  72
  73 ClassImp(AliTPCCalibViewer)
  74
  75
  76 AliTPCCalibViewer::AliTPCCalibViewer()
  77                   :TObject(),
  78                    fTree(0),
  79                    fFile(0),
  80                    fListOfObjectsToBeDeleted(0),
  81                    fTreeMustBeDeleted(0),
  82                    fAbbreviation(0),
  83                    fAppendString(0)
  84 {
  85   //
  86   // Default constructor
  87   //
  88
  89 }
  90
  91 //_____________________________________________________________________________
  92 AliTPCCalibViewer::AliTPCCalibViewer(const AliTPCCalibViewer &c)
  93                   :TObject(c),
  94                    fTree(0),
  95                    fFile(0),
  96                    fListOfObjectsToBeDeleted(0),
  97                    fTreeMustBeDeleted(0),
  98                    fAbbreviation(0),
  99                    fAppendString(0)
 100 {
 101   //
 102   // dummy AliTPCCalibViewer copy constructor
 103   // not yet working!!!
 104   //
 105   fTree = c.fTree;
 106   fTreeMustBeDeleted = c.fTreeMustBeDeleted;
 107   //fFile = new TFile(*(c.fFile));
 108   fListOfObjectsToBeDeleted = c.fListOfObjectsToBeDeleted;
 109   fAbbreviation = c.fAbbreviation;
 110   fAppendString = c.fAppendString;
 111 }
 112
 113 //_____________________________________________________________________________
 114 AliTPCCalibViewer::AliTPCCalibViewer(TTree *const tree)
 115                   :TObject(),
 116                    fTree(0),
 117                    fFile(0),
 118                    fListOfObjectsToBeDeleted(0),
 119                    fTreeMustBeDeleted(0),
 120                    fAbbreviation(0),
 121                    fAppendString(0)
 122 {
 123   //
 124   // Constructor that initializes the calibration viewer
 125   //
 126   fTree = tree;
 127   fTreeMustBeDeleted = kFALSE;
 128   fListOfObjectsToBeDeleted = new TObjArray();
 129   fAbbreviation = "~";
 130   fAppendString = ".fElements";
 131 }
 132
 133 //_____________________________________________________________________________
 134 AliTPCCalibViewer::AliTPCCalibViewer(const char* fileName, const char* treeName)
 135                   :TObject(),
 136                    fTree(0),
 137                    fFile(0),
 138                    fListOfObjectsToBeDeleted(0),
 139                    fTreeMustBeDeleted(0),
 140                    fAbbreviation(0),
 141                    fAppendString(0)
 142
 143 {
 144    //
 145    // Constructor to initialize the calibration viewer
 146    // the file 'fileName' contains the tree 'treeName'
 147    //
 148    fFile = new TFile(fileName, "read");
 149    fTree = (TTree*) fFile->Get(treeName);
 150    fTreeMustBeDeleted = kTRUE;
 151    fListOfObjectsToBeDeleted = new TObjArray();
 152    fAbbreviation = "~";
 153    fAppendString = ".fElements";
 154 }
 155
 156 //____________________________________________________________________________
 157 AliTPCCalibViewer & AliTPCCalibViewer::operator =(const AliTPCCalibViewer & param)
 158 {
 159    //
 160    // assignment operator - dummy
 161    // not yet working!!!
 162    //
 163   if (this == &param) return (*this);
 164
 165    fTree = param.fTree;
 166    fTreeMustBeDeleted = param.fTreeMustBeDeleted;
 167    //fFile = new TFile(*(param.fFile));
 168    fListOfObjectsToBeDeleted = param.fListOfObjectsToBeDeleted;
 169    fAbbreviation = param.fAbbreviation;
 170    fAppendString = param.fAppendString;
 171    return (*this);
 172 }
 173
 174 //_____________________________________________________________________________
 175 AliTPCCalibViewer::~AliTPCCalibViewer()
 176 {
 177    //
 178    // AliTPCCalibViewer destructor
 179    // all objects will be deleted, the file will be closed, the pictures will disappear
 180    //
 181    if (fTree && fTreeMustBeDeleted) {
 182       fTree->SetCacheSize(0);
 183       fTree->Delete();
 184       //delete fTree;
 185    }
 186    if (fFile) {
 187       fFile->Close();
 188       fFile = 0;
 189    }
 190
 191    for (Int_t i = fListOfObjectsToBeDeleted->GetEntriesFast()-1; i >= 0; i--) {
 192       //cout << "Index " << i << " trying to delete the following object: " << fListOfObjectsToBeDeleted->At(i)->GetName() << "..."<< endl;
 193       delete fListOfObjectsToBeDeleted->At(i);
 194    }
 195    delete fListOfObjectsToBeDeleted;
 196 }
 197
 198 //_____________________________________________________________________________
 199 void AliTPCCalibViewer::Delete(Option_t* /*option*/) {
 200    //
 201    // Should be called from AliTPCCalibViewerGUI class only.
 202    // If you use Delete() do not call the destructor.
 203    // All objects (except those contained in fListOfObjectsToBeDeleted) will be deleted, the file will be closed.
 204    //
 205
 206    if (fTree && fTreeMustBeDeleted) {
 207       fTree->SetCacheSize(0);
 208       fTree->Delete();
 209    }
 210    delete fFile;
 211    delete fListOfObjectsToBeDeleted;
 212 }
 213
 214
 215 const char* AliTPCCalibViewer::AddAbbreviations(const Char_t *c, Bool_t printDrawCommand){
 216    // Replace all "<variable>" with "<variable><fAbbreviation>" (Adds forgotten "~")
 217    // but take care on the statistical information, like "CEQmean_Mean"
 218    // and also take care on correct given variables, like "CEQmean~"
 219    //
 220    // For each variable out of "listOfVariables":
 221    // - 'Save' correct items:
 222    //   - form <replaceString>, take <variable>'s first char, add <removeString>, add rest of <variable>, e.g. "C!#EQmean" (<removeString> = "!#")
 223    //   - For each statistical information in "listOfNormalizationVariables":
 224    //     - ReplaceAll <variable><statistical_Information> with <replaceString><statistical_Information>
 225    //   - ReplaceAll <variable><abbreviation> with <replaceString><abbreviation>, e.g. "CEQmean~" -> "C!#EQmean~"
 226    //   - ReplaceAll <variable><appendStr> with <replaceString><appendStr>, e.g. "CEQmean.fElements" -> "C!#EQmean.fElements"
 227    //
 228    // - Do actual replacing:
 229    //   - ReplaceAll <variable> with <variable><fAbbreviation>, e.g. "CEQmean" -> "CEQmean~"
 230    //
 231    // - Undo saving:
 232    //   - For each statistical information in "listOfNormalizationVariables":
 233    //     - ReplaceAll <replaceString><statistical_Information> with <variable><statistical_Information>
 234    //   - ReplaceAll <replaceString><abbreviation> with <variable><abbreviation>, e.g. "C!#EQmean~" -> "CEQmean~"
 235    //   - ReplaceAll <replaceString><appendStr> with <variable><appendStr>, e.g. "C!#EQmean.fElements" -> "CEQmean.fElements"
 236    //
 237    // Now all the missing "~" should be added.
 238
 239    TString str(c);
 240    TString removeString = "!#";  // very unpropable combination of chars
 241    TString replaceString = "";
 242    TString searchString = "";
 243    TString normString = "";
 244    TObjArray *listOfVariables = GetListOfVariables();
 245    listOfVariables->Add(new TObjString("channel"));
 246    listOfVariables->Add(new TObjString("gx"));
 247    listOfVariables->Add(new TObjString("gy"));
 248    listOfVariables->Add(new TObjString("lx"));
 249    listOfVariables->Add(new TObjString("ly"));
 250    listOfVariables->Add(new TObjString("pad"));
 251    listOfVariables->Add(new TObjString("row"));
 252    listOfVariables->Add(new TObjString("rpad"));
 253    listOfVariables->Add(new TObjString("sector"));
 254    TObjArray *listOfNormalizationVariables = GetListOfNormalizationVariables();
 255    Int_t nVariables = listOfVariables->GetEntriesFast();
 256    Int_t nNorm = listOfNormalizationVariables->GetEntriesFast();
 257
 258    Int_t *varLengths = new Int_t[nVariables];
 259    for (Int_t i = 0; i < nVariables; i++) {
 260       varLengths[i] = ((TObjString*)listOfVariables->At(i))->String().Length();
 261    }
 262    Int_t *normLengths = new Int_t[nNorm];
 263    for (Int_t i = 0; i < nNorm; i++) {
 264       normLengths[i] = ((TObjString*)listOfNormalizationVariables->At(i))->String().Length();
 265       // printf("normLengths[%i] (%s) = %i \n", i,((TObjString*)listOfNormalizationVariables->At(i))->String().Data(), normLengths[i]);
 266    }
 267    Int_t *varSort = new Int_t[nVariables];
 268    TMath::Sort(nVariables, varLengths, varSort, kTRUE);
 269    Int_t *normSort = new Int_t[nNorm];
 270    TMath::Sort(nNorm, normLengths, normSort, kTRUE);
 271    // for (Int_t i = 0; i<nNorm; i++)  printf("normLengths: %i\n", normLengths[normSort[i]]);
 272    // for (Int_t i = 0; i<nVariables; i++) printf("varLengths: %i\n", varLengths[varSort[i]]);
 273
 274    for (Int_t ivar = 0; ivar < nVariables; ivar++) {
 275       // ***** save correct tokens *****
 276       // first get the next variable:
 277       searchString = ((TObjString*)listOfVariables->At(varSort[ivar]))->String();
 278       // printf("searchString: %s ++++++++++++++\n", searchString.Data());
 279       // form replaceString:
 280       replaceString = "";
 281       for (Int_t i = 0; i < searchString.Length(); i++) {
 282          replaceString.Append(searchString[i]);
 283          if (i == 0) replaceString.Append(removeString);
 284       }
 285       // go through normalization:
 286       // printf("go through normalization\n");
 287       for (Int_t inorm = 0; inorm < nNorm; inorm++) {
 288          // printf(" inorm=%i, nNorm=%i, normSort[inorm]=%i \n", inorm, nNorm, normSort[inorm]);
 289          normString = ((TObjString*)listOfNormalizationVariables->At(normSort[inorm]))->String();
 290          // printf(" walking in normalization, i=%i, normString=%s \n", inorm, normString.Data());
 291          str.ReplaceAll(searchString + normString, replaceString + normString);
 292          // like: str.ReplaceAll("CEQmean_Mean", "C!EQmean_Mean");
 293       }
 294       str.ReplaceAll(searchString + fAbbreviation, replaceString + fAbbreviation);
 295       // like: str.ReplaceAll("CEQmean~", "C!EQmean~");
 296       str.ReplaceAll(searchString + fAppendString,    replaceString + fAppendString);
 297       // like: str.ReplaceAll("CEQmean.fElements", "C!EQmean.fElements");
 298
 299       // ***** add missing extensions *****
 300       str.ReplaceAll(searchString, replaceString + fAbbreviation);
 301       // like: str.ReplaceAll("CEQmean", "C!EQmean~");
 302    }
 303
 304    // ***** undo saving *****
 305    str.ReplaceAll(removeString, "");
 306
 307    if (printDrawCommand) std::cout << "The string looks now like: " << str.Data() << std::endl;
 308    delete [] varLengths;
 309    delete [] normLengths;
 310    delete [] varSort;
 311    delete [] normSort;
 312    return str.Data();
 313 }
 314
 315
 316
 317
 318 //_____________________________________________________________________________
 319 Int_t AliTPCCalibViewer::EasyDraw(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, const char* drawOptions, Bool_t writeDrawCommand) const {
 320   //
 321   // easy drawing of data, use '~' for abbreviation of '.fElements'
 322   // example: EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", "A", "(CETmean~-CETmean_mean)>0")
 323  // sector: sector-number - only the specified sector will be drwawn
 324   //         'A'/'C' or 'a'/'c' - side A/C will be drawn
 325   //         'ALL' - whole TPC will be drawn, projected on one side
 326   // cuts: specifies cuts
 327   // drawOptions: draw options like 'same'
 328   // writeDrawCommand: write the command, that is passed to TTree::Draw
 329   //
 330
 331    TString drawStr(drawCommand);
 332    TString sectorStr(sector);
 333    sectorStr.ToUpper();
 334    TString cutStr("");
 335    //TString drawOptionsStr("profcolz ");
 336    Bool_t dangerousToDraw = drawStr.Contains(":") || drawStr.Contains(">>");
 337    if (dangerousToDraw) {
 338       Warning("EasyDraw", "The draw string must not contain ':' or '>>'. Using only first variable for drawing!");
 339 //      return -1;
 340 //      drawStr.Resize(drawStr.First(">"));
 341       drawStr.Resize(drawStr.First(":"));
 342    }
 343
 344    TString drawOptionsStr("");
 345    TRandom rnd(0);
 346    Int_t rndNumber = rnd.Integer(10000);
 347
 348    if (drawOptions && strcmp(drawOptions, "") != 0)
 349       drawOptionsStr += drawOptions;
 350    else
 351       drawOptionsStr += "profcolz";
 352
 353    if (sectorStr == "A") {
 354       drawStr += Form(":gy%s:gx%s>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 355       drawStr += rndNumber;
 356       drawStr += "(330,-250,250,330,-250,250)";
 357       cutStr += "(sector/18)%2==0 ";
 358    }
 359    else if  (sectorStr == "C") {
 360       drawStr += Form(":gy%s:gx%s>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 361       drawStr += rndNumber;
 362       drawStr += "(330,-250,250,330,-250,250)";
 363       cutStr += "(sector/18)%2==1 ";
 364    }
 365    else if  (sectorStr == "ALL") {
 366       drawStr += Form(":gy%s:gx%s>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 367       drawStr += rndNumber;
 368       drawStr += "(330,-250,250,330,-250,250)";
 369    }
 370    else if  (sectorStr.Contains("S")) {
 371       drawStr += Form(":rpad%s:row%s+(sector>35)*63>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 372       drawStr += rndNumber;
 373       drawStr += "(159,0,159,140,-70,70)";
 374       TString sec=sectorStr;
 375       sec.Remove(0,1);
 376       cutStr += "sector%36=="+sec+" ";
 377    }
 378    else if (sectorStr.IsDigit()) {
 379       Int_t isec = sectorStr.Atoi();
 380       drawStr += Form(":rpad%s:row%s>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 381       drawStr += rndNumber;
 382       if (isec < 36 && isec >= 0)
 383          drawStr += "(63,0,63,108,-54,54)";
 384       else if (isec < 72 && isec >= 36)
 385          drawStr += "(96,0,96,140,-70,70)";
 386       else {
 387          Error("EasyDraw","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 388          return -1;
 389       }
 390       cutStr += "(sector==";
 391       cutStr += isec;
 392       cutStr += ") ";
 393    }
 394
 395    if (cuts && cuts[0] != 0) {
 396       if (cutStr.Length() != 0) cutStr += "&& ";
 397       cutStr += "(";
 398       cutStr += cuts;
 399       cutStr += ")";
 400    }
 401    drawStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
 402    cutStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
 403    if (writeDrawCommand) std::cout << "fTree->Draw(\"" << drawStr << "\", \"" <<  cutStr << "\", \"" << drawOptionsStr << "\");" << std::endl;
 404    Int_t returnValue = fTree->Draw(drawStr.Data(), cutStr.Data(), drawOptionsStr.Data());
 405    TString profName("prof");
 406    profName += rndNumber;
 407    TObject *obj = gDirectory->Get(profName.Data());
 408    if (obj && obj->InheritsFrom("TH1")) FormatHistoLabels((TH1*)obj);
 409    return returnValue;
 410 }
 411
 412
 413 Int_t AliTPCCalibViewer::EasyDraw(const char* drawCommand, Int_t sector, const char* cuts, const char* drawOptions, Bool_t writeDrawCommand) const {
 414   //
 415   // easy drawing of data, use '~' for abbreviation of '.fElements'
 416   // example: EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", 34, "(CETmean~-CETmean_mean)>0")
 417   // sector: sector-number - only the specified sector will be drwawn
 418   // cuts: specifies cuts
 419   // drawOptions: draw options like 'same'
 420   // writeDrawCommand: write the command, that is passed to TTree::Draw
 421   //
 422    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 423       return EasyDraw(drawCommand, Form("%i", sector), cuts, drawOptions, writeDrawCommand);
 424    }
 425    Error("EasyDraw","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 426    return -1;
 427 }
 428
 429
 430 //_____________________________________________________________________________
 431 Int_t AliTPCCalibViewer::EasyDraw1D(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, const char* drawOptions, Bool_t writeDrawCommand) const {
 432   //
 433   // easy drawing of data, use '~' for abbreviation of '.fElements'
 434   // example: EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", "A", "(CETmean~-CETmean_mean)>0")
 435   // sector: sector-number - the specified sector will be drwawn
 436   //         'A'/'C' or 'a'/'c' - side A/C will be drawn
 437   //         'ALL' - whole TPC will be drawn, projected on one side
 438   // cuts: specifies cuts
 439   // drawOptions: draw options like 'same'
 440   // writeDrawCommand: write the command, that is passed to TTree::Draw
 441   //
 442
 443    TString drawStr(drawCommand);
 444    TString sectorStr(sector);
 445    TString drawOptionsStr(drawOptions);
 446    sectorStr.ToUpper();
 447    TString cutStr("");
 448
 449    if (sectorStr == "A")
 450       cutStr += "(sector/18)%2==0 ";
 451    else if  (sectorStr == "C")
 452       cutStr += "(sector/18)%2==1 ";
 453    else if (sectorStr.IsDigit()) {
 454       Int_t isec = sectorStr.Atoi();
 455       if (isec < 0 || isec > 71) {
 456          Error("EasyDraw","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 457          return -1;
 458       }
 459       cutStr += "(sector==";
 460       cutStr += isec;
 461       cutStr += ") ";
 462    }
 463    else if  (sectorStr.Contains("S")) {
 464       TString sec=sectorStr;
 465       sec.Remove(0,1);
 466       cutStr += "sector%36=="+sec+" ";
 467    }
 468
 469    if (cuts && cuts[0] != 0) {
 470       if (cutStr.Length() != 0) cutStr += "&& ";
 471       cutStr += "(";
 472       cutStr += cuts;
 473       cutStr += ")";
 474    }
 475
 476    drawStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
 477    cutStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
 478    if (writeDrawCommand) std::cout << "fTree->Draw(\"" << drawStr << "\", \"" <<  cutStr << "\", \"" << drawOptionsStr << "\");" << std::endl;
 479    Int_t returnValue = fTree->Draw(drawStr.Data(), cutStr.Data(), drawOptionsStr.Data());
 480    if (returnValue == -1) return -1;
 481
 482    TObject *obj = (gPad) ? gPad->GetPrimitive("htemp") : 0;
 483    if (!obj) obj = (TH1F*)gDirectory->Get("htemp");
 484    if (!obj) obj = gPad->GetPrimitive("tempHist");
 485    if (!obj) obj = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 486    if (!obj) obj = gPad->GetPrimitive("Graph");
 487    if (!obj) obj = (TH1F*)gDirectory->Get("Graph");
 488    if (obj && obj->InheritsFrom("TH1")) FormatHistoLabels((TH1*)obj);
 489    return returnValue;
 490 }
 491
 492
 493 Int_t AliTPCCalibViewer::EasyDraw1D(const char* drawCommand, Int_t sector, const char* cuts, const char* drawOptions, Bool_t writeDrawCommand) const {
 494   //
 495   // easy drawing of data, use '~' for abbreviation of '.fElements'
 496   // example: EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", 34, "(CETmean~-CETmean_mean)>0")
 497   // sector: sector-number - the specified sector will be drwawn
 498   // cuts: specifies cuts
 499   // drawOptions: draw options like 'same'
 500   // writeDrawCommand: write the command, that is passed to TTree::Draw
 501   //
 502
 503    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 504       return EasyDraw1D(drawCommand, Form("%i",sector), cuts, drawOptions, writeDrawCommand);
 505    }
 506   Error("EasyDraw","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 507   return -1;
 508 }
 509
 510
 511 void AliTPCCalibViewer::FormatHistoLabels(TH1 *histo) const {
 512    //
 513    // formats title and axis labels of histo
 514    // removes '.fElements'
 515    //
 516    if (!histo) return;
 517    TString replaceString(fAppendString.Data());
 518    TString *str = new TString(histo->GetTitle());
 519    str->ReplaceAll(replaceString, "");
 520    histo->SetTitle(str->Data());
 521    delete str;
 522    if (histo->GetXaxis()) {
 523       str = new TString(histo->GetXaxis()->GetTitle());
 524       str->ReplaceAll(replaceString, "");
 525       histo->GetXaxis()->SetTitle(str->Data());
 526       delete str;
 527    }
 528    if (histo->GetYaxis()) {
 529       str = new TString(histo->GetYaxis()->GetTitle());
 530       str->ReplaceAll(replaceString, "");
 531       histo->GetYaxis()->SetTitle(str->Data());
 532       delete str;
 533    }
 534    if (histo->GetZaxis()) {
 535       str = new TString(histo->GetZaxis()->GetTitle());
 536       str->ReplaceAll(replaceString, "");
 537       histo->GetZaxis()->SetTitle(str->Data());
 538       delete str;
 539    }
 540 }
 541
 542
 543 Int_t  AliTPCCalibViewer::DrawHisto1D(const char* drawCommand, Int_t sector, const char* cuts, const char *sigmas, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM) const {
 544    //
 545    // Easy drawing of data, in principle the same as EasyDraw1D
 546    // Difference: A line for the mean / median / LTM is drawn
 547    // in 'sigmas' you can specify in which distance to the mean/median/LTM you want to see a line in sigma-units, separated by ';'
 548    // example: sigmas = "2; 4; 6;"  at Begin_Latex 2 #sigma End_Latex, Begin_Latex 4 #sigma End_Latex and Begin_Latex 6 #sigma End_Latex  a line is drawn.
 549    // "plotMean", "plotMedian" and "plotLTM": what kind of lines do you want to see?
 550    //
 551    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 552       return DrawHisto1D(drawCommand, Form("%i", sector), cuts, sigmas, plotMean, plotMedian, plotLTM);
 553    }
 554    Error("DrawHisto1D","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 555    return -1;
 556 }
 557
 558
 559 Int_t  AliTPCCalibViewer::DrawHisto1D(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, const char *sigmas, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM) const {
 560    //
 561    // Easy drawing of data, in principle the same as EasyDraw1D
 562    // Difference: A line for the mean / median / LTM is drawn
 563    // in 'sigmas' you can specify in which distance to the mean/median/LTM you want to see a line in sigma-units, separated by ';'
 564    // example: sigmas = "2; 4; 6;"  at Begin_Latex 2 #sigma End_Latex, Begin_Latex 4 #sigma End_Latex and Begin_Latex 6 #sigma End_Latex  a line is drawn.
 565    // "plotMean", "plotMedian" and "plotLTM": what kind of lines do you want to see?
 566    //
 567    Int_t oldOptStat = gStyle->GetOptStat();
 568    gStyle->SetOptStat(0000000);
 569    Double_t ltmFraction = 0.8;
 570
 571    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
 572    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
 573    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
 574       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
 575       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
 576       nsigma[i] = sig;
 577    }
 578
 579    TString drawStr(drawCommand);
 580    Bool_t dangerousToDraw = drawStr.Contains(":") || drawStr.Contains(">>");
 581    if (dangerousToDraw) {
 582       Warning("DrawHisto1D", "The draw string must not contain ':' or '>>'.");
 583       return -1;
 584    }
 585    drawStr += " >> tempHist";
 586    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts);
 587    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 588    // FIXME is this histogram deleted automatically?
 589    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
 590
 591    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
 592    Double_t median = TMath::Median(entries, values);
 593    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
 594    Double_t maxY = htemp->GetMaximum();
 595
 596    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Statistical information");
 597    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
 598
 599    if (plotMean) {
 600       // draw Mean
 601       TLine* line = new TLine(mean, 0, mean, maxY);
 602       //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(line);
 603       line->SetLineColor(kRed);
 604       line->SetLineWidth(2);
 605       line->SetLineStyle(1);
 606       line->Draw();
 607       legend->AddEntry(line, Form("Mean: %f", mean), "l");
 608       // draw sigma lines
 609       for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
 610          TLine* linePlusSigma = new TLine(mean + nsigma[i] * sigma, 0, mean + nsigma[i] * sigma, maxY);
 611          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(linePlusSigma);
 612          linePlusSigma->SetLineColor(kRed);
 613          linePlusSigma->SetLineStyle(2 + i);
 614          linePlusSigma->Draw();
 615          TLine* lineMinusSigma = new TLine(mean - nsigma[i] * sigma, 0, mean - nsigma[i] * sigma, maxY);
 616          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineMinusSigma);
 617          lineMinusSigma->SetLineColor(kRed);
 618          lineMinusSigma->SetLineStyle(2 + i);
 619          lineMinusSigma->Draw();
 620          legend->AddEntry(lineMinusSigma, Form("%i #sigma = %f",(Int_t)(nsigma[i]), (Float_t)(nsigma[i] * sigma)), "l");
 621       }
 622    }
 623    if (plotMedian) {
 624       // draw median
 625       TLine* line = new TLine(median, 0, median, maxY);
 626       //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(line);
 627       line->SetLineColor(kBlue);
 628       line->SetLineWidth(2);
 629       line->SetLineStyle(1);
 630       line->Draw();
 631       legend->AddEntry(line, Form("Median: %f", median), "l");
 632       // draw sigma lines
 633       for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
 634          TLine* linePlusSigma = new TLine(median + nsigma[i] * sigma, 0, median + nsigma[i]*sigma, maxY);
 635          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(linePlusSigma);
 636          linePlusSigma->SetLineColor(kBlue);
 637          linePlusSigma->SetLineStyle(2 + i);
 638          linePlusSigma->Draw();
 639          TLine* lineMinusSigma = new TLine(median - nsigma[i] * sigma, 0, median - nsigma[i]*sigma, maxY);
 640          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineMinusSigma);
 641          lineMinusSigma->SetLineColor(kBlue);
 642          lineMinusSigma->SetLineStyle(2 + i);
 643          lineMinusSigma->Draw();
 644          legend->AddEntry(lineMinusSigma, Form("%i #sigma = %f",(Int_t)(nsigma[i]), (Float_t)(nsigma[i] * sigma)), "l");
 645       }
 646    }
 647    if (plotLTM) {
 648       // draw LTM
 649       Double_t ltmRms = 0;
 650       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
 651       TLine* line = new TLine(ltm, 0, ltm, maxY);
 652       //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(line);
 653       line->SetLineColor(kGreen+2);
 654       line->SetLineWidth(2);
 655       line->SetLineStyle(1);
 656       line->Draw();
 657       legend->AddEntry(line, Form("LTM: %f", ltm), "l");
 658       // draw sigma lines
 659       for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
 660          TLine* linePlusSigma = new TLine(ltm + nsigma[i] * ltmRms, 0, ltm + nsigma[i] * ltmRms, maxY);
 661          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(linePlusSigma);
 662          linePlusSigma->SetLineColor(kGreen+2);
 663          linePlusSigma->SetLineStyle(2+i);
 664          linePlusSigma->Draw();
 665
 666          TLine* lineMinusSigma = new TLine(ltm - nsigma[i] * ltmRms, 0, ltm - nsigma[i] * ltmRms, maxY);
 667          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineMinusSigma);
 668          lineMinusSigma->SetLineColor(kGreen+2);
 669          lineMinusSigma->SetLineStyle(2+i);
 670          lineMinusSigma->Draw();
 671          legend->AddEntry(lineMinusSigma, Form("%i #sigma = %f", (Int_t)(nsigma[i]), (Float_t)(nsigma[i] * ltmRms)), "l");
 672       }
 673    }
 674    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
 675    legend->Draw();
 676    gStyle->SetOptStat(oldOptStat);
 677    return 1;
 678 }
 679
 680
 681 Int_t AliTPCCalibViewer::SigmaCut(const char* drawCommand, Int_t sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, Bool_t pm, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 682    //
 683    // Creates a histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals around the mean value
 684    // The data of the distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex are given in 'array', 'n' specifies the length of the array
 685    // 'mean' and 'sigma' are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in 'array', to be specified by the user
 686    // 'nbins': number of bins, 'binLow': first bin, 'binUp': last bin
 687    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma, Begin_Latex t #sigma End_Latex)
 688    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
 689    // Begin_Latex
 690    // f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = (#int_{#mu}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx + #int_{#mu}^{#mu - t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx) / (#int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx)
 691    // End_Latex
 692    //
 693    //
 694    // Creates a histogram, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals
 695    // around the mean/median/LTM
 696    // with drawCommand, sector and cuts you specify your input data, see EasyDraw
 697    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma)
 698    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
 699    // plotMean/plotMedian/plotLTM: specifies where to put the center
 700    //
 701    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 702       return SigmaCut(drawCommand, Form("%i", sector), cuts, sigmaMax, plotMean, plotMedian, plotLTM, pm, sigmas, sigmaStep);
 703    }
 704    Error("SigmaCut","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 705    return -1;
 706 }
 707
 708
 709 Int_t AliTPCCalibViewer::SigmaCut(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, Bool_t pm, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 710    //
 711    // Creates a histogram, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals
 712    // around the mean/median/LTM
 713    // with drawCommand, sector and cuts you specify your input data, see EasyDraw
 714    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma)
 715    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
 716    // plotMean/plotMedian/plotLTM: specifies where to put the center
 717    //
 718
 719    Double_t ltmFraction = 0.8;
 720
 721    TString drawStr(drawCommand);
 722    Bool_t dangerousToDraw = drawStr.Contains(":") || drawStr.Contains(">>");
 723    if (dangerousToDraw) {
 724       Warning("SigmaCut", "The draw string must not contain ':' or '>>'.");
 725       return -1;
 726    }
 727    drawStr += " >> tempHist";
 728
 729    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts, "goff");
 730    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 731    // FIXME is this histogram deleted automatically?
 732    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
 733
 734    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
 735    Double_t median = TMath::Median(entries, values);
 736    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
 737
 738    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Cumulative");
 739    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
 740    TH1F *cutHistoMean = 0;
 741    TH1F *cutHistoMedian = 0;
 742    TH1F *cutHistoLTM = 0;
 743
 744    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
 745    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
 746    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
 747       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
 748       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
 749       nsigma[i] = sig;
 750    }
 751
 752    if (plotMean) {
 753       cutHistoMean = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, mean, sigma, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 754       if (cutHistoMean) {
 755          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoMean);
 756          cutHistoMean->SetLineColor(kRed);
 757          legend->AddEntry(cutHistoMean, "Mean", "l");
 758          cutHistoMean->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 759          cutHistoMean->Draw();
 760          DrawLines(cutHistoMean, nsigma, legend, kRed, pm);
 761       } // if (cutHistoMean)
 762
 763    }
 764    if (plotMedian) {
 765       cutHistoMedian = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, median, sigma, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 766       if (cutHistoMedian) {
 767          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoMedian);
 768          cutHistoMedian->SetLineColor(kBlue);
 769          legend->AddEntry(cutHistoMedian, "Median", "l");
 770          cutHistoMedian->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 771          if (plotMean && cutHistoMean) cutHistoMedian->Draw("same");
 772             else cutHistoMedian->Draw();
 773          DrawLines(cutHistoMedian, nsigma, legend, kBlue, pm);
 774       }  // if (cutHistoMedian)
 775    }
 776    if (plotLTM) {
 777       Double_t ltmRms = 0;
 778       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
 779       cutHistoLTM = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, ltm, ltmRms, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 780       if (cutHistoLTM) {
 781          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoLTM);
 782          cutHistoLTM->SetLineColor(kGreen+2);
 783          legend->AddEntry(cutHistoLTM, "LTM", "l");
 784          cutHistoLTM->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 785          if ((plotMean && cutHistoMean) || (plotMedian && cutHistoMedian)) cutHistoLTM->Draw("same");
 786             else cutHistoLTM->Draw();
 787          DrawLines(cutHistoLTM, nsigma, legend, kGreen+2, pm);
 788       }
 789    }
 790    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
 791    legend->Draw();
 792    return 1;
 793 }
 794
 795
 796 Int_t AliTPCCalibViewer::SigmaCutNew(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, Float_t /*sigmaMax*/, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, Bool_t /*pm*/, const char *sigmas, Float_t /*sigmaStep*/) const {
 797    //
 798    // Creates a histogram, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals
 799    // around the mean/median/LTM
 800    // with drawCommand, sector and cuts you specify your input data, see EasyDraw
 801    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma)
 802    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
 803    // plotMean/plotMedian/plotLTM: specifies where to put the center
 804    //
 805
 806    // Double_t ltmFraction = 0.8;  //unused
 807
 808    TString drawStr(drawCommand);
 809    drawStr += " >> tempHist";
 810
 811    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts, "goff");
 812    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 813    TGraph *cutGraphMean   = 0;
 814    // TGraph *cutGraphMedian = 0;
 815    // TGraph *cutGraphLTM    = 0;
 816    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
 817    Int_t    *index  = new Int_t[entries];
 818    Float_t  *xarray = new Float_t[entries];
 819    Float_t  *yarray = new Float_t[entries];
 820    TMath::Sort(entries, values, index, kFALSE);
 821
 822    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
 823    // Double_t median = TMath::Median(entries, values);
 824    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
 825
 826    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Cumulative");
 827    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
 828
 829    // parse sigmas string
 830    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
 831    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
 832    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
 833       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
 834       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
 835       nsigma[i] = sig;
 836    }
 837
 838    if (plotMean) {
 839       for (Int_t i = 0; i < entries; i++) {
 840          xarray[i] = TMath::Abs(values[index[i]] - mean) / sigma;
 841          yarray[i] = float(i) / float(entries);
 842       }
 843       cutGraphMean = new TGraph(entries, xarray, yarray);
 844       if (cutGraphMean) {
 845          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutGraphMean);
 846          cutGraphMean->SetLineColor(kRed);
 847          legend->AddEntry(cutGraphMean, "Mean", "l");
 848          cutGraphMean->SetTitle(Form("%s, Cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 849          cutGraphMean->Draw("alu");
 850          DrawLines(cutGraphMean, nsigma, legend, kRed, kTRUE);
 851       }
 852    }
 853   delete [] index;
 854   delete [] xarray;
 855   delete [] yarray;
 856    /*
 857    if (plotMedian) {
 858       cutHistoMedian = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, median, sigma, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 859       if (cutHistoMedian) {
 860          fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoMedian);
 861          cutHistoMedian->SetLineColor(kBlue);
 862          legend->AddEntry(cutHistoMedian, "Median", "l");
 863          cutHistoMedian->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 864          if (plotMean && cutHistoMean) cutHistoMedian->Draw("same");
 865             else cutHistoMedian->Draw();
 866          DrawLines(cutHistoMedian, nsigma, legend, kBlue, pm);
 867       }  // if (cutHistoMedian)
 868    }
 869    if (plotLTM) {
 870       Double_t ltmRms = 0;
 871       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
 872       cutHistoLTM = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, ltm, ltmRms, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 873       if (cutHistoLTM) {
 874          fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoLTM);
 875          cutHistoLTM->SetLineColor(kGreen+2);
 876          legend->AddEntry(cutHistoLTM, "LTM", "l");
 877          cutHistoLTM->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 878          if (plotMean && cutHistoMean || plotMedian && cutHistoMedian) cutHistoLTM->Draw("same");
 879             else cutHistoLTM->Draw();
 880          DrawLines(cutHistoLTM, nsigma, legend, kGreen+2, pm);
 881       }
 882    }*/
 883    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
 884    legend->Draw();
 885    return 1;
 886 }
 887
 888
 889 Int_t AliTPCCalibViewer::Integrate(const char* drawCommand,       Int_t sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 890    //
 891    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
 892    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
 893    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
 894    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
 895    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
 896    // The actual work is done on the array.
 897    /* Begin_Latex
 898          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #int_{-#infty}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx / #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx
 899       End_Latex
 900    */
 901    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 902       return Integrate(drawCommand, Form("%i", sector), cuts, sigmaMax, plotMean, plotMedian, plotLTM, sigmas, sigmaStep);
 903    }
 904    Error("Integrate","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 905    return -1;
 906
 907 }
 908
 909
 910 Int_t AliTPCCalibViewer::IntegrateOld(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 911    //
 912    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
 913    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
 914    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
 915    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
 916    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
 917    // The actual work is done on the array.
 918    /* Begin_Latex
 919          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #int_{-#infty}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx / #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx
 920       End_Latex
 921    */
 922
 923    Double_t ltmFraction = 0.8;
 924
 925    TString drawStr(drawCommand);
 926    drawStr += " >> tempHist";
 927
 928    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts, "goff");
 929    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 930    // FIXME is this histogram deleted automatically?
 931    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
 932
 933    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
 934    Double_t median = TMath::Median(entries, values);
 935    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
 936
 937    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
 938    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
 939    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
 940       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
 941       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
 942       nsigma[i] = sig;
 943    }
 944
 945    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Integrated histogram");
 946    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
 947    TH1F *integralHistoMean = 0;
 948    TH1F *integralHistoMedian = 0;
 949    TH1F *integralHistoLTM = 0;
 950
 951    if (plotMean) {
 952       integralHistoMean = AliTPCCalibViewer::Integrate(htemp, mean, sigma, sigmaMax, sigmaStep);
 953       if (integralHistoMean) {
 954          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralHistoMean);
 955          integralHistoMean->SetLineColor(kRed);
 956          legend->AddEntry(integralHistoMean, "Mean", "l");
 957          integralHistoMean->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 958          integralHistoMean->Draw();
 959          DrawLines(integralHistoMean, nsigma, legend, kRed, kTRUE);
 960       }
 961    }
 962    if (plotMedian) {
 963       integralHistoMedian = AliTPCCalibViewer::Integrate(htemp, median, sigma, sigmaMax, sigmaStep);
 964       if (integralHistoMedian) {
 965          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralHistoMedian);
 966          integralHistoMedian->SetLineColor(kBlue);
 967          legend->AddEntry(integralHistoMedian, "Median", "l");
 968          integralHistoMedian->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 969          if (plotMean && integralHistoMean) integralHistoMedian->Draw("same");
 970             else integralHistoMedian->Draw();
 971          DrawLines(integralHistoMedian, nsigma, legend, kBlue, kTRUE);
 972       }
 973    }
 974    if (plotLTM) {
 975       Double_t ltmRms = 0;
 976       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
 977       integralHistoLTM = AliTPCCalibViewer::Integrate(htemp, ltm, ltmRms, sigmaMax, sigmaStep);
 978       if (integralHistoLTM) {
 979          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralHistoLTM);
 980          integralHistoLTM->SetLineColor(kGreen+2);
 981          legend->AddEntry(integralHistoLTM, "LTM", "l");
 982          integralHistoLTM->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 983          if ((plotMean && integralHistoMean) || (plotMedian && integralHistoMedian)) integralHistoLTM->Draw("same");
 984             else integralHistoLTM->Draw();
 985          DrawLines(integralHistoLTM, nsigma, legend, kGreen+2, kTRUE);
 986       }
 987    }
 988    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
 989    legend->Draw();
 990    return 1;
 991 }
 992
 993
 994 Int_t AliTPCCalibViewer::Integrate(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, Float_t /*sigmaMax*/, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, const char *sigmas, Float_t /*sigmaStep*/) const {
 995    //
 996    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
 997    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
 998    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
 999    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
1000    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
1001    // The actual work is done on the array.
1002    /* Begin_Latex
1003          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #int_{-#infty}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx / #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx
1004       End_Latex
1005    */
1006
1007    Double_t ltmFraction = 0.8;
1008
1009    TString drawStr(drawCommand);
1010    Bool_t dangerousToDraw = drawStr.Contains(":") || drawStr.Contains(">>");
1011    if (dangerousToDraw) {
1012       Warning("Integrate", "The draw string must not contain ':' or '>>'.");
1013       return -1;
1014    }
1015    drawStr += " >> tempHist";
1016
1017    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts, "goff");
1018    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
1019    TGraph *integralGraphMean   = 0;
1020    TGraph *integralGraphMedian = 0;
1021    TGraph *integralGraphLTM    = 0;
1022    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
1023    Int_t    *index  = new Int_t[entries];
1024    Float_t  *xarray = new Float_t[entries];
1025    Float_t  *yarray = new Float_t[entries];
1026    TMath::Sort(entries, values, index, kFALSE);
1027
1028    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
1029    Double_t median = TMath::Median(entries, values);
1030    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
1031
1032    // parse sigmas string
1033    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
1034    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
1035    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
1036       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
1037       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
1038       nsigma[i] = sig;
1039    }
1040
1041    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Integrated histogram");
1042    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
1043
1044    if (plotMean) {
1045       for (Int_t i = 0; i < entries; i++) {
1046          xarray[i] = (values[index[i]] - mean) / sigma;
1047          yarray[i] = float(i) / float(entries);
1048       }
1049       integralGraphMean = new TGraph(entries, xarray, yarray);
1050       if (integralGraphMean) {
1051          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralGraphMean);
1052          integralGraphMean->SetLineColor(kRed);
1053          legend->AddEntry(integralGraphMean, "Mean", "l");
1054          integralGraphMean->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
1055          integralGraphMean->Draw("alu");
1056          DrawLines(integralGraphMean, nsigma, legend, kRed, kTRUE);
1057       }
1058    }
1059    if (plotMedian) {
1060       for (Int_t i = 0; i < entries; i++) {
1061          xarray[i] = (values[index[i]] - median) / sigma;
1062          yarray[i] = float(i) / float(entries);
1063       }
1064       integralGraphMedian = new TGraph(entries, xarray, yarray);
1065       if (integralGraphMedian) {
1066          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralGraphMedian);
1067          integralGraphMedian->SetLineColor(kBlue);
1068          legend->AddEntry(integralGraphMedian, "Median", "l");
1069          integralGraphMedian->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
1070          if (plotMean && integralGraphMean) integralGraphMedian->Draw("samelu");
1071             else integralGraphMedian->Draw("alu");
1072          DrawLines(integralGraphMedian, nsigma, legend, kBlue, kTRUE);
1073       }
1074    }
1075    if (plotLTM) {
1076       Double_t ltmRms = 0;
1077       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
1078       for (Int_t i = 0; i < entries; i++) {
1079          xarray[i] = (values[index[i]] - ltm) / ltmRms;
1080          yarray[i] = float(i) / float(entries);
1081       }
1082       integralGraphLTM = new TGraph(entries, xarray, yarray);
1083       if (integralGraphLTM) {
1084          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralGraphLTM);
1085          integralGraphLTM->SetLineColor(kGreen+2);
1086          legend->AddEntry(integralGraphLTM, "LTM", "l");
1087          integralGraphLTM->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
1088          if ((plotMean && integralGraphMean) || (plotMedian && integralGraphMedian)) integralGraphLTM->Draw("samelu");
1089             else integralGraphLTM->Draw("alu");
1090          DrawLines(integralGraphLTM, nsigma, legend, kGreen+2, kTRUE);
1091       }
1092    }
1093    delete [] index;
1094    delete [] xarray;
1095    delete [] yarray;
1096
1097    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
1098    legend->Draw();
1099    return entries;
1100 }
1101
1102
1103 void AliTPCCalibViewer::DrawLines(TH1F *histogram, TVectorF nsigma, TLegend *legend, Int_t color, Bool_t pm) const {
1104    //
1105    // Private function for SigmaCut(...) and Integrate(...)
1106    // Draws lines into the given histogram, specified by "nsigma", the lines are addeed to the legend
1107    //
1108
1109    // start to draw the lines, loop over requested sigmas
1110    for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
1111       if (!pm) {
1112          Int_t bin = histogram->GetXaxis()->FindBin(nsigma[i]);
1113          TLine* lineUp = new TLine(nsigma[i], 0, nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin));
1114          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp);
1115          lineUp->SetLineColor(color);
1116          lineUp->SetLineStyle(2 + i);
1117          lineUp->Draw();
1118          TLine* lineLeft = new TLine(nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin), 0, histogram->GetBinContent(bin));
1119          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft);
1120          lineLeft->SetLineColor(color);
1121          lineLeft->SetLineStyle(2 + i);
1122          lineLeft->Draw();
1123          legend->AddEntry(lineLeft, Form("Fraction(%f #sigma) = %f",nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin)), "l");
1124       }
1125       else { // if (pm)
1126          Int_t bin = histogram->GetXaxis()->FindBin(nsigma[i]);
1127          TLine* lineUp1 = new TLine(nsigma[i], 0, nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin));
1128          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp1);
1129          lineUp1->SetLineColor(color);
1130          lineUp1->SetLineStyle(2 + i);
1131          lineUp1->Draw();
1132          TLine* lineLeft1 = new TLine(nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin), histogram->GetBinLowEdge(0)+histogram->GetBinWidth(0), histogram->GetBinContent(bin));
1133          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft1);
1134          lineLeft1->SetLineColor(color);
1135          lineLeft1->SetLineStyle(2 + i);
1136          lineLeft1->Draw();
1137          legend->AddEntry(lineLeft1, Form("Fraction(+%f #sigma) = %f",nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin)), "l");
1138          bin = histogram->GetXaxis()->FindBin(-nsigma[i]);
1139          TLine* lineUp2 = new TLine(-nsigma[i], 0, -nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin));
1140          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp2);
1141          lineUp2->SetLineColor(color);
1142          lineUp2->SetLineStyle(2 + i);
1143          lineUp2->Draw();
1144          TLine* lineLeft2 = new TLine(-nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin), histogram->GetBinLowEdge(0)+histogram->GetBinWidth(0), histogram->GetBinContent(bin));
1145          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft2);
1146          lineLeft2->SetLineColor(color);
1147          lineLeft2->SetLineStyle(2 + i);
1148          lineLeft2->Draw();
1149          legend->AddEntry(lineLeft2, Form("Fraction(-%f #sigma) = %f",nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin)), "l");
1150       }
1151    }  // for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++)
1152 }
1153
1154
1155 void AliTPCCalibViewer::DrawLines(TGraph *graph, TVectorF nsigma, TLegend *legend, Int_t color, Bool_t pm) const {
1156    //
1157    // Private function for SigmaCut(...) and Integrate(...)
1158    // Draws lines into the given histogram, specified by "nsigma", the lines are addeed to the legend
1159    //
1160
1161    // start to draw the lines, loop over requested sigmas
1162    for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
1163       if (!pm) {
1164          TLine* lineUp = new TLine(nsigma[i], 0, nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i]));
1165          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp);
1166          lineUp->SetLineColor(color);
1167          lineUp->SetLineStyle(2 + i);
1168          lineUp->Draw();
1169          TLine* lineLeft = new TLine(nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i]), 0, graph->Eval(nsigma[i]));
1170          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft);
1171          lineLeft->SetLineColor(color);
1172          lineLeft->SetLineStyle(2 + i);
1173          lineLeft->Draw();
1174          legend->AddEntry(lineLeft, Form("Fraction(%f #sigma) = %f",nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i])), "l");
1175       }
1176       else { // if (pm)
1177          TLine* lineUp1 = new TLine(nsigma[i], 0, nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i]));
1178          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp1);
1179          lineUp1->SetLineColor(color);
1180          lineUp1->SetLineStyle(2 + i);
1181          lineUp1->Draw();
1182          TLine* lineLeft1 = new TLine(nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i]), graph->GetHistogram()->GetXaxis()->GetBinLowEdge(0), graph->Eval(nsigma[i]));
1183          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft1);
1184          lineLeft1->SetLineColor(color);
1185          lineLeft1->SetLineStyle(2 + i);
1186          lineLeft1->Draw();
1187          legend->AddEntry(lineLeft1, Form("Fraction(+%f #sigma) = %f",nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i])), "l");
1188          TLine* lineUp2 = new TLine(-nsigma[i], 0, -nsigma[i], graph->Eval(-nsigma[i]));
1189          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp2);
1190          lineUp2->SetLineColor(color);
1191          lineUp2->SetLineStyle(2 + i);
1192          lineUp2->Draw();
1193          TLine* lineLeft2 = new TLine(-nsigma[i], graph->Eval(-nsigma[i]), graph->GetHistogram()->GetXaxis()->GetBinLowEdge(0), graph->Eval(-nsigma[i]));
1194          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft2);
1195          lineLeft2->SetLineColor(color);
1196          lineLeft2->SetLineStyle(2 + i);
1197          lineLeft2->Draw();
1198          legend->AddEntry(lineLeft2, Form("Fraction(-%f #sigma) = %f",nsigma[i], graph->Eval(-nsigma[i])), "l");
1199       }
1200    }  // for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++)
1201 }
1202
1203
1204
1205
1206
1207 /////////////////
1208 // Array tools //
1209 /////////////////
1210
1211
1212 Int_t AliTPCCalibViewer::GetBin(Float_t value, Int_t nbins, Double_t binLow, Double_t binUp){
1213    // Returns the 'bin' for 'value'
1214    // The interval between 'binLow' and 'binUp' is divided into 'nbins' equidistant bins
1215    // avoid index out of bounds error: 'if (bin < binLow) bin = binLow' and vice versa
1216    /* Begin_Latex
1217          GetBin(value) = #frac{nbins - 1}{binUp - binLow} #upoint (value - binLow) +1
1218       End_Latex
1219    */
1220
1221    Int_t bin =  TMath::Nint( (Float_t)(value - binLow) / (Float_t)(binUp - binLow) * (nbins-1) ) + 1;
1222    // avoid index out of bounds:
1223    if (value < binLow) bin = 0;
1224    if (value > binUp)  bin = nbins + 1;
1225    return bin;
1226
1227 }
1228
1229
1230 Double_t AliTPCCalibViewer::GetLTM(Int_t n, const Double_t *const array, Double_t *const sigma, Double_t fraction){
1231    //
1232    //  returns the LTM and sigma
1233    //
1234    Double_t *ddata = new Double_t[n];
1235    Double_t mean = 0, lsigma = 0;
1236    UInt_t nPoints = 0;
1237    for (UInt_t i = 0; i < (UInt_t)n; i++) {
1238          ddata[nPoints]= array[nPoints];
1239          nPoints++;
1240    }
1241    Int_t hh = TMath::Min(TMath::Nint(fraction * nPoints), Int_t(n));
1242    AliMathBase::EvaluateUni(nPoints, ddata, mean, lsigma, hh);
1243    if (sigma) *sigma = lsigma;
1244    delete [] ddata;
1245    return mean;
1246 }
1247
1248
1249 TH1F* AliTPCCalibViewer::SigmaCut(TH1F *const histogram, Float_t mean, Float_t sigma, Float_t sigmaMax, Float_t sigmaStep, Bool_t pm) {
1250    //
1251    // Creates a cumulative histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals around the mean value
1252    // The data of the distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex are given in 'histogram'
1253    // 'mean' and 'sigma' are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in 'histogram', to be specified by the user
1254    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma, Begin_Latex t #sigma End_Latex)
1255    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
1256    // pm: Decide weather Begin_Latex t > 0 End_Latex (first case) or Begin_Latex t End_Latex arbitrary (secound case)
1257    // The actual work is done on the array.
1258    /* Begin_Latex
1259          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = (#int_{#mu}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx + #int_{#mu}^{#mu - t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx) / (#int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx),    for  t > 0
1260          or
1261          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #int_{#mu}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx / #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx
1262       End_Latex
1263       Begin_Macro(source)
1264       {
1265          Float_t mean = 0;
1266          Float_t sigma = 1.5;
1267          Float_t sigmaMax = 4;
1268          gROOT->SetStyle("Plain");
1269          TH1F *distribution = new TH1F("Distrib1", "Distribution f(x, #mu, #sigma)", 1000,-5,5);
1270          TRandom rand(23);
1271          for (Int_t i = 0; i <50000;i++) distribution->Fill(rand.Gaus(mean, sigma));
1272          Float_t *ar = distribution->GetArray();
1273
1274          TCanvas* macro_example_canvas = new TCanvas("cAliTPCCalibViewer1", "", 350, 350);
1275          macro_example_canvas->Divide(0,3);
1276          TVirtualPad *pad1 = macro_example_canvas->cd(1);
1277          pad1->SetGridy();
1278          pad1->SetGridx();
1279          distribution->Draw();
1280          TVirtualPad *pad2 = macro_example_canvas->cd(2);
1281          pad2->SetGridy();
1282          pad2->SetGridx();
1283
1284          TH1F *shist = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(distribution, mean, sigma, sigmaMax);
1285          shist->SetNameTitle("Cumulative","Cumulative S(t, #mu, #sigma)");
1286          shist->Draw();
1287          TVirtualPad *pad3 = macro_example_canvas->cd(3);
1288          pad3->SetGridy();
1289          pad3->SetGridx();
1290          TH1F *shistPM = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(distribution, mean, sigma, sigmaMax, -1, kTRUE);
1291          shistPM->Draw();
1292          return macro_example_canvas;
1293       }
1294       End_Macro
1295    */
1296
1297    Float_t *array = histogram->GetArray();
1298    Int_t    nbins = histogram->GetXaxis()->GetNbins();
1299    Float_t binLow = histogram->GetXaxis()->GetXmin();
1300    Float_t binUp  = histogram->GetXaxis()->GetXmax();
1301    return AliTPCCalibViewer::SigmaCut(nbins, array, mean, sigma, nbins, binLow, binUp, sigmaMax, sigmaStep, pm);
1302 }
1303
1304
1305 TH1F* AliTPCCalibViewer::SigmaCut(Int_t n, const Float_t *array, Float_t mean, Float_t sigma, Int_t nbins, Float_t binLow, Float_t binUp, Float_t sigmaMax, Float_t sigmaStep, Bool_t pm){
1306    //
1307    // Creates a histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals around the mean value
1308    // The data of the distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex are given in 'array', 'n' specifies the length of the array
1309    // 'mean' and 'sigma' are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in 'array', to be specified by the user
1310    // 'nbins': number of bins, 'binLow': first bin, 'binUp': last bin
1311    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma, Begin_Latex t #sigma End_Latex)
1312    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
1313    // Here the actual work is done.
1314
1315    if (sigma == 0) return 0;
1316    Float_t binWidth = (binUp-binLow)/(nbins - 1);
1317    if (sigmaStep <= 0) sigmaStep = binWidth;
1318    Int_t kbins = (Int_t)(sigmaMax * sigma / sigmaStep) + 1; // + 1  due to overflow bin in histograms
1319    if (pm) kbins = 2 * (Int_t)(sigmaMax * sigma / sigmaStep) + 1;
1320    Float_t kbinLow = !pm ? 0 : -sigmaMax;
1321    Float_t kbinUp  = sigmaMax;
1322    TH1F *hist = new TH1F("sigmaCutHisto","Cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", kbins, kbinLow, kbinUp);
1323    hist->SetDirectory(0);
1324    hist->Reset();
1325
1326    // calculate normalization
1327    Double_t normalization = 0;
1328    for (Int_t i = 0; i <= n; i++) {
1329         normalization += array[i];
1330    }
1331
1332    // given units: units from given histogram
1333    // sigma units: in units of sigma
1334    // iDelta: integrate in interval (mean +- iDelta), given units
1335    // x:      ofset from mean for integration, given units
1336    // hist:   needs
1337
1338 //    printf("nbins: %i, binLow: %f, binUp: %f \n", nbins, binLow, binUp);
1339    // fill histogram
1340    for (Float_t iDelta = 0; iDelta <= sigmaMax * sigma; iDelta += sigmaStep) {
1341       // integrate array
1342       Double_t valueP = array[GetBin(mean, nbins, binLow, binUp)];
1343       Double_t valueM = array[GetBin(mean-binWidth, nbins, binLow, binUp)];
1344       // add bin of mean value only once to the histogram
1345 //       printf("++ adding bins: ");
1346       for (Float_t x = binWidth; x <= iDelta; x += binWidth) {
1347          valueP += (mean + x <= binUp)  ? array[GetBin(mean + x, nbins, binLow, binUp)] : 0;
1348          valueM += (mean-binWidth - x >= binLow) ? array[GetBin(mean-binWidth - x, nbins, binLow, binUp)] : 0;
1349 //          printf("%i, ", GetBin(mean + x, nbins, binLow, binUp));
1350       }
1351 //       printf("\n");
1352       if (valueP / normalization > 100) printf("+++ Error, value to big: %f, normalization with %f will fail  +++ \n", valueP, normalization);
1353       if (valueP / normalization > 100) return hist;
1354       if (valueM / normalization > 100) printf("+++ Error, value to big: %f, normalization with %f will fail  +++ \n", valueM, normalization);
1355       if (valueM / normalization > 100) return hist;
1356       valueP = (valueP / normalization);
1357       valueM = (valueM / normalization);
1358       if (pm) {
1359          Int_t bin = GetBin(iDelta/sigma, kbins, kbinLow, kbinUp);
1360          hist->SetBinContent(bin, valueP);
1361          bin = GetBin(-iDelta/sigma, kbins, kbinLow, kbinUp);
1362          hist->SetBinContent(bin, valueM);
1363       }
1364       else { // if (!pm)
1365          Int_t bin = GetBin(iDelta/sigma, kbins, kbinLow, kbinUp);
1366          hist->SetBinContent(bin, valueP + valueM);
1367 //          printf("  first integration bin: %i, last integration bin in + direction: %i \n", GetBin(mean+binWidth, nbins, binLow, binUp), GetBin(iDelta, nbins, binLow, binUp));
1368 //          printf("  first integration bin: %i, last integration bin in - direction: %i \n", GetBin(mean+binWidth, nbins, binLow, binUp), GetBin(-iDelta, nbins, binLow, binUp));
1369 //          printf("  value: %f, normalization: %f, iDelta: %f, Bin: %i \n", valueP+valueM, normalization, iDelta, bin);
1370       }
1371    }
1372    //hist->SetMaximum(0.7);
1373    if (!pm) hist->SetMaximum(1.2);
1374    return hist;
1375 }
1376
1377
1378 TH1F* AliTPCCalibViewer::SigmaCut(Int_t /*n*/, const Double_t */*array*/, Double_t /*mean*/, Double_t /*sigma*/, Int_t /*nbins*/, const Double_t */*xbins*/, Double_t /*sigmaMax*/){
1379    //
1380    // SigmaCut for variable binsize
1381    // NOT YET IMPLEMENTED !!!
1382    //
1383    printf("SigmaCut with variable binsize, Not yet implemented\n");
1384
1385    return 0;
1386 }
1387
1388
1389 TH1F* AliTPCCalibViewer::Integrate(TH1F *const histogram, Float_t mean, Float_t sigma, Float_t sigmaMax, Float_t sigmaStep){
1390    //
1391    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
1392    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
1393    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
1394    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
1395    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
1396    // The actual work is done on the array.
1397    /* Begin_Latex
1398          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #int_{-#infty}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx / #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx
1399       End_Latex
1400       Begin_Macro(source)
1401       {
1402          Float_t mean = 0;
1403          Float_t sigma = 1.5;
1404          Float_t sigmaMax = 4;
1405          gROOT->SetStyle("Plain");
1406          TH1F *distribution = new TH1F("Distrib2", "Distribution f(x, #mu, #sigma)", 1000,-5,5);
1407          TRandom rand(23);
1408          for (Int_t i = 0; i <50000;i++) distribution->Fill(rand.Gaus(mean, sigma));
1409          Float_t *ar = distribution->GetArray();
1410
1411          TCanvas* macro_example_canvas = new TCanvas("cAliTPCCalibViewer2", "", 350, 350);
1412          macro_example_canvas->Divide(0,2);
1413          TVirtualPad *pad1 = macro_example_canvas->cd(1);
1414          pad1->SetGridy();
1415          pad1->SetGridx();
1416          distribution->Draw();
1417          TVirtualPad *pad2 = macro_example_canvas->cd(2);
1418          pad2->SetGridy();
1419          pad2->SetGridx();
1420          TH1F *shist = AliTPCCalibViewer::Integrate(distribution, mean, sigma, sigmaMax);
1421          shist->SetNameTitle("Cumulative","Cumulative S(t, #mu, #sigma)");
1422          shist->Draw();
1423
1424          return macro_example_canvas_Integrate;
1425       }
1426       End_Macro
1427    */
1428
1429
1430    Float_t *array = histogram->GetArray();
1431    Int_t    nbins = histogram->GetXaxis()->GetNbins();
1432    Float_t binLow = histogram->GetXaxis()->GetXmin();
1433    Float_t binUp  = histogram->GetXaxis()->GetXmax();
1434    return AliTPCCalibViewer::Integrate(nbins, array, nbins, binLow, binUp, mean, sigma, sigmaMax, sigmaStep);
1435 }
1436
1437
1438 TH1F* AliTPCCalibViewer::Integrate(Int_t n, const Float_t *const array, Int_t nbins, Float_t binLow, Float_t binUp, Float_t mean, Float_t sigma, Float_t sigmaMax, Float_t sigmaStep){
1439    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
1440    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
1441    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
1442    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
1443    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
1444    // Here the actual work is done.
1445
1446    Bool_t givenUnits = kTRUE;
1447    if (sigma != 0 && sigmaMax != 0) givenUnits = kFALSE;
1448    if (givenUnits) {
1449       sigma = 1;
1450       sigmaMax = (binUp - binLow) / 2.;
1451    }
1452
1453    Float_t binWidth = (binUp-binLow)/(nbins - 1);
1454    if (sigmaStep <= 0) sigmaStep = binWidth;
1455    Int_t kbins =  (Int_t)(sigmaMax * sigma / sigmaStep) + 1;  // + 1  due to overflow bin in histograms
1456    Float_t kbinLow = givenUnits ? binLow : -sigmaMax;
1457    Float_t kbinUp  = givenUnits ? binUp  : sigmaMax;
1458    TH1F *hist = 0;
1459    if (givenUnits)  hist = new TH1F("integratedHisto","Integrated Histogram; Given x; Fraction of included data", kbins, kbinLow, kbinUp);
1460    if (!givenUnits) hist = new TH1F("integratedHisto","Integrated Histogram; Multiples of #sigma; Fraction of included data", kbins, kbinLow, kbinUp);
1461    hist->SetDirectory(0);
1462    hist->Reset();
1463
1464    // calculate normalization
1465  //  printf("calculating normalization, integrating from bin 1 to %i \n", n);
1466    Double_t normalization = 0;
1467    for (Int_t i = 1; i <= n; i++) {
1468         normalization += array[i];
1469    }
1470  //  printf("normalization: %f \n", normalization);
1471
1472    // given units: units from given histogram
1473    // sigma units: in units of sigma
1474    // iDelta: integrate in interval (mean +- iDelta), given units
1475    // x:      ofset from mean for integration, given units
1476    // hist:   needs
1477
1478    // fill histogram
1479    for (Float_t iDelta = mean - sigmaMax * sigma; iDelta <= mean + sigmaMax * sigma; iDelta += sigmaStep) {
1480       // integrate array
1481       Double_t value = 0;
1482       for (Float_t x = mean - sigmaMax * sigma; x <= iDelta; x += binWidth) {
1483          value += (x <= binUp && x >= binLow)  ? array[GetBin(x, nbins, binLow, binUp)] : 0;
1484       }
1485       if (value / normalization > 100) printf("+++ Error, value to big: %f, normalization with %f will fail  +++ \n", value, normalization);
1486       if (value / normalization > 100) return hist;
1487       Int_t bin = GetBin(iDelta/sigma, kbins, kbinLow, kbinUp);
1488     //  printf("first integration bin: %i, last integration bin: %i \n", GetBin(mean - sigmaMax * sigma, nbins, binLow, binUp), GetBin(iDelta, nbins, binLow, binUp));
1489     //  printf("value: %f, normalization: %f, normalized value: %f, iDelta: %f, Bin: %i \n", value, normalization, value/normalization, iDelta, bin);
1490       value = (value / normalization);
1491       hist->SetBinContent(bin, value);
1492    }
1493    return hist;
1494 }
1495
1496
1497
1498
1499
1500 ////////////////////////
1501 // end of Array tools //
1502 ////////////////////////
1503
1504
1505
1506 //_____________________________________________________________________________
1507 AliTPCCalPad* AliTPCCalibViewer::GetCalPadOld(const char* desiredData, const char* cuts, const char* calPadName) const {
1508   //
1509   // creates a AliTPCCalPad out of the 'desiredData'
1510   // the functionality of EasyDraw1D is used
1511   // calPadName specifies the name of the created AliTPCCalPad
1512   //  - this takes a while -
1513   //
1514    TString drawStr(desiredData);
1515    drawStr.Append(":channel");
1516    drawStr.Append(fAbbreviation);
1517    AliTPCCalPad * createdCalPad = new AliTPCCalPad(calPadName, calPadName);
1518    Int_t entries = 0;
1519    for (Int_t sec = 0; sec < 72; sec++) {
1520      AliTPCCalROC * roc = createdCalPad->GetCalROC(sec);
1521       entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), (Int_t)sec, cuts, "goff");
1522       if (entries == -1) return 0;
1523       const Double_t *pchannel = fTree->GetV2();
1524       const Double_t *pvalue   = fTree->GetV1();
1525       for (Int_t i = 0; i < entries; i++)
1526          roc->SetValue((UInt_t)(pchannel[i]), (Float_t)(pvalue[i]));
1527    }
1528    return createdCalPad;
1529 }
1530
1531
1532 //_____________________________________________________________________________
1533 AliTPCCalPad* AliTPCCalibViewer::GetCalPad(const char* desiredData, const char* cuts, const char* calPadName) const {
1534   //
1535   // creates a AliTPCCalPad out of the 'desiredData'
1536   // the functionality of EasyDraw1D is used
1537   // calPadName specifies the name of the created AliTPCCalPad
1538   //  - this takes a while -
1539   //
1540    TString drawStr(desiredData);
1541    drawStr.Append(":channel.fElements:sector");
1542    AliTPCCalPad * createdCalPad = new AliTPCCalPad(calPadName, calPadName);
1543    //
1544    Int_t entries = fTree->Draw(drawStr, cuts,"goff");
1545    const Double_t *pvalue   = fTree->GetV1();
1546    const Double_t *pchannel = fTree->GetV2();
1547    const Double_t *psector  = fTree->GetV3();
1548
1549    for (Int_t ientry=0; ientry<entries; ientry++){
1550      Int_t sector= TMath::Nint(psector[ientry]);
1551      AliTPCCalROC * roc = createdCalPad->GetCalROC(sector);
1552      if (roc) roc->SetValue((UInt_t)(pchannel[ientry]), (Float_t)(pvalue[ientry]));
1553    }
1554
1555   //  for (Int_t sec = 0; sec < 72; sec++) {
1556 //      AliTPCCalROC * roc = createdCalPad->GetCalROC(sec);
1557 //       entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), (Int_t)sec, cuts, "goff");
1558 //       if (entries == -1) return 0;
1559 //       for (Int_t i = 0; i < entries; i++)
1560 //          roc->SetValue((UInt_t)(pchannel[i]), (Float_t)(pvalue[i]));
1561 //    }
1562    return createdCalPad;
1563 }
1564
1565 //_____________________________________________________________________________
1566 AliTPCCalROC* AliTPCCalibViewer::GetCalROC(const char* desiredData, UInt_t sector, const char* cuts) const {
1567   //
1568   // creates a AliTPCCalROC out of the desiredData
1569   // the functionality of EasyDraw1D is used
1570   // sector specifies the sector of the created AliTPCCalROC
1571   //
1572    TString drawStr(desiredData);
1573    drawStr.Append(":channel");
1574    drawStr.Append(fAbbreviation);
1575    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), (Int_t)sector, cuts, "goff");
1576    if (entries == -1) return 0;
1577    AliTPCCalROC * createdROC = new AliTPCCalROC(sector);
1578    for (Int_t i = 0; i < entries; i++)
1579       createdROC->SetValue((UInt_t)(fTree->GetV2()[i]), fTree->GetV1()[i]);
1580    return createdROC;
1581 }
1582
1583
1584 TObjArray* AliTPCCalibViewer::GetListOfVariables(Bool_t printList) {
1585   //
1586   // scan the tree  - produces a list of available variables in the tree
1587   // printList: print the list to the screen, after the scan is done
1588   //
1589    TObjArray* arr = new TObjArray();
1590    TObjString* str = 0;
1591    if (!fTree) return 0;
1592    Int_t nentries = fTree->GetListOfBranches()->GetEntries();
1593    for (Int_t i = 0; i < nentries; i++) {
1594       str = new TObjString(fTree->GetListOfBranches()->At(i)->GetName());
1595       str->String().ReplaceAll("_Median", "");
1596       str->String().ReplaceAll("_Mean", "");
1597       str->String().ReplaceAll("_RMS", "");
1598       str->String().ReplaceAll("_LTM", "");
1599       str->String().ReplaceAll("_OutlierCutted", "");
1600       str->String().ReplaceAll(".", "");
1601       if (!arr->FindObject(str) &&
1602           !(str->String() == "channel" || str->String() == "gx" || str->String() == "gy" ||
1603             str->String() == "lx" || str->String() == "ly" || str->String() == "pad" ||
1604             str->String() == "row" || str->String() == "rpad" || str->String() == "sector"  ))
1605          arr->Add(str);
1606    }
1607
1608    // loop over all friends (if there are some) and add them to the list
1609    if (fTree->GetListOfFriends()) {
1610       for (Int_t ifriend = 0; ifriend < fTree->GetListOfFriends()->GetEntries(); ifriend++){
1611          // printf("iterating through friendlist, currently at %i\n", ifriend);
1612          // printf("working with %s\n", fTree->GetListOfFriends()->At(ifriend)->ClassName());
1613          if (TString(fTree->GetListOfFriends()->At(ifriend)->ClassName()) != "TFriendElement") continue; // no friendElement found
1614          TFriendElement *friendElement = (TFriendElement*)fTree->GetListOfFriends()->At(ifriend);
1615          if (friendElement->GetTree() == 0) continue; // no tree found in friendElement
1616          // printf("friend found \n");
1617          for (Int_t i = 0; i < friendElement->GetTree()->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++) {
1618             // printf("iterating through friendelement entries, currently at %i\n", i);
1619             str = new TObjString(friendElement->GetTree()->GetListOfBranches()->At(i)->GetName());
1620             str->String().ReplaceAll("_Median", "");
1621             str->String().ReplaceAll("_Mean", "");
1622             str->String().ReplaceAll("_RMS", "");
1623             str->String().ReplaceAll("_LTM", "");
1624             str->String().ReplaceAll("_OutlierCutted", "");
1625             str->String().ReplaceAll(".", "");
1626             if (!(str->String() == "channel" || str->String() == "gx" || str->String() == "gy" ||
1627                   str->String() == "lx" || str->String() == "ly" || str->String() == "pad" ||
1628                   str->String() == "row" || str->String() == "rpad" || str->String() == "sector"  )){
1629                // insert "<friendName>." at the beginning: (<friendName> is per default "R")
1630                str->String().Insert(0, ".");
1631                str->String().Insert(0, friendElement->GetName());
1632                if (!arr->FindObject(str)) arr->Add(str);
1633                // printf("added string %s \n", str->String().Data());
1634             }
1635          }
1636       }
1637    } // if (fTree->GetListOfFriends())
1638
1639    arr->Sort();
1640 //   ((TFriendElement*)gui->GetViewer()->GetTree()->GetListOfFriends()->At(0))->GetTree()->GetListOfBranches()->At(0)->GetName()
1641 // ((TFriendElement*)gui->GetViewer()->GetTree()->GetListOfFriends()->At(0))->GetTree()->GetListOfBranches()
1642
1643
1644    if (printList) {
1645       TIterator* iter = arr->MakeIterator();
1646       iter->Reset();
1647       TObjString* currentStr = 0;
1648       while ( (currentStr = (TObjString*)(iter->Next())) ) {
1649          std::cout << currentStr->GetString().Data() << std::endl;
1650       }
1651       delete iter;
1652    }
1653    return arr;
1654 }
1655
1656
1657 TObjArray* AliTPCCalibViewer::GetListOfNormalizationVariables(Bool_t printList) const{
1658   //
1659   // produces a list of available variables for normalization in the tree
1660   // printList: print the list to the screen, after the scan is done
1661   //
1662    TObjArray* arr = new TObjArray();
1663    arr->Add(new TObjString("_Mean"));
1664    arr->Add(new TObjString("_Mean_OutlierCutted"));
1665    arr->Add(new TObjString("_Median"));
1666    arr->Add(new TObjString("_Median_OutlierCutted"));
1667    arr->Add(new TObjString("_LTM"));
1668    arr->Add(new TObjString("_LTM_OutlierCutted"));
1669    arr->Add(new TObjString(Form("LFitIntern_4_8%s", fAppendString.Data())));
1670    arr->Add(new TObjString(Form("GFitIntern_Lin%s", fAppendString.Data())));
1671    arr->Add(new TObjString(Form("GFitIntern_Par%s", fAppendString.Data())));
1672    arr->Add(new TObjString("FitLinLocal"));
1673    arr->Add(new TObjString("FitLinGlobal"));
1674    arr->Add(new TObjString("FitParLocal"));
1675    arr->Add(new TObjString("FitParGlobal"));
1676
1677    if (printList) {
1678       TIterator* iter = arr->MakeIterator();
1679       iter->Reset();
1680       TObjString* currentStr = 0;
1681       while ((currentStr = (TObjString*)(iter->Next()))) {
1682          std::cout << currentStr->GetString().Data() << std::endl;
1683       }
1684       delete iter;
1685    }
1686    return arr;
1687 }
1688
1689
1690 TFriendElement* AliTPCCalibViewer::AddReferenceTree(const char* filename, const char* treename, const char* refname){
1691   //
1692   // add a reference tree to the current tree
1693   // by default the treename is 'calPads' and the reference treename is 'R'
1694   //
1695    TFile *file = new TFile(filename);
1696    fListOfObjectsToBeDeleted->Add(file);
1697    TTree * tree = (TTree*)file->Get(treename);
1698    return AddFriend(tree, refname);
1699 }
1700
1701
1702 TObjArray* AliTPCCalibViewer::GetArrayOfCalPads(){
1703   //
1704   // Returns a TObjArray with all AliTPCCalPads that are stored in the tree
1705   //  - this takes a while -
1706   //
1707    TObjArray *listOfCalPads = GetListOfVariables();
1708    TObjArray *calPadsArray = new TObjArray();
1709    Int_t numberOfCalPads = listOfCalPads->GetEntries();
1710    for (Int_t i = 0; i < numberOfCalPads; i++) {
1711       std::cout << "Creating calPad " << (i+1) << " of " << numberOfCalPads << "\r" << std::flush;
1712       char* calPadName = (char*)((TObjString*)(listOfCalPads->At(i)))->GetString().Data();
1713       TString drawCommand = ((TObjString*)(listOfCalPads->At(i)))->GetString();
1714       drawCommand.Append(fAbbreviation.Data());
1715       AliTPCCalPad* calPad = GetCalPad(drawCommand.Data(), "", calPadName);
1716       calPadsArray->Add(calPad);
1717    }
1718    std::cout << std::endl;
1719    listOfCalPads->Delete();
1720    delete listOfCalPads;
1721    return calPadsArray;
1722 }
1723
1724
1725 TString* AliTPCCalibViewer::Fit(const char* drawCommand, const char* formula, const char* cuts, Double_t & chi2, TVectorD &fitParam, TMatrixD &covMatrix){
1726    //
1727    // fit an arbitrary function, specified by formula into the data, specified by drawCommand and cuts
1728    // returns chi2, fitParam and covMatrix
1729    // returns TString with fitted formula
1730    //
1731
1732    TString formulaStr(formula);
1733    TString drawStr(drawCommand);
1734    TString cutStr(cuts);
1735
1736    // abbreviations:
1737    drawStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
1738    cutStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
1739    formulaStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
1740
1741    formulaStr.ReplaceAll("++", fAbbreviation);
1742    TObjArray* formulaTokens = formulaStr.Tokenize(fAbbreviation.Data());
1743    Int_t dim = formulaTokens->GetEntriesFast();
1744
1745    fitParam.ResizeTo(dim);
1746    covMatrix.ResizeTo(dim,dim);
1747
1748    TLinearFitter* fitter = new TLinearFitter(dim+1, Form("hyp%d",dim));
1749    fitter->StoreData(kTRUE);
1750    fitter->ClearPoints();
1751
1752    Int_t entries = Draw(drawStr.Data(), cutStr.Data(), "goff");
1753    if (entries == -1) return new TString("An ERROR has occured during fitting!");
1754    Double_t **values = new Double_t*[dim+1] ;
1755
1756    for (Int_t i = 0; i < dim + 1; i++){
1757       Int_t centries = 0;
1758       if (i < dim) centries = fTree->Draw(((TObjString*)formulaTokens->At(i))->GetName(), cutStr.Data(), "goff");
1759       else  centries = fTree->Draw(drawStr.Data(), cutStr.Data(), "goff");
1760
1761       if (entries != centries) {
1762         delete [] values;
1763         return new TString("An ERROR has occured during fitting!");
1764       }
1765       values[i] = new Double_t[entries];
1766       memcpy(values[i],  fTree->GetV1(), entries*sizeof(Double_t));
1767    }
1768
1769    // add points to the fitter
1770    for (Int_t i = 0; i < entries; i++){
1771       Double_t x[1000];
1772       for (Int_t j=0; j<dim;j++) x[j]=values[j][i];
1773       fitter->AddPoint(x, values[dim][i], 1);
1774    }
1775
1776    fitter->Eval();
1777    fitter->GetParameters(fitParam);
1778    fitter->GetCovarianceMatrix(covMatrix);
1779    chi2 = fitter->GetChisquare();
1780 //    chi2 = chi2;
1781
1782    TString *preturnFormula = new TString(Form("( %e+",fitParam[0])), &returnFormula = *preturnFormula;
1783
1784    for (Int_t iparam = 0; iparam < dim; iparam++) {
1785      returnFormula.Append(Form("%s*(%e)",((TObjString*)formulaTokens->At(iparam))->GetName(),fitParam[iparam+1]));
1786      if (iparam < dim-1) returnFormula.Append("+");
1787    }
1788    returnFormula.Append(" )");
1789    delete formulaTokens;
1790    delete fitter;
1791    for (Int_t i = 0; i < dim + 1; i++){
1792      delete [] values[i];
1793    }
1794    delete [] values;
1795    return preturnFormula;
1796 }
1797
1798
1799 void AliTPCCalibViewer::MakeTreeWithObjects(const char *fileName, const TObjArray *const array, const char * mapFileName) {
1800   //
1801   // Write tree with all available information
1802   // im mapFileName is speciefied, the Map information are also written to the tree
1803   // AliTPCCalPad-Objects are written directly to the tree, so that they can be accessd later on
1804   // (does not work!!!)
1805   //
1806    AliTPCROC* tpcROCinstance = AliTPCROC::Instance();
1807
1808    TObjArray* mapIROCs = 0;
1809    TObjArray* mapOROCs = 0;
1810    TVectorF *mapIROCArray = 0;
1811    TVectorF *mapOROCArray = 0;
1812    Int_t mapEntries = 0;
1813    TString* mapNames = 0;
1814
1815    if (mapFileName) {
1816       TFile mapFile(mapFileName, "read");
1817
1818       TList* listOfROCs = mapFile.GetListOfKeys();
1819       mapEntries = listOfROCs->GetEntries()/2;
1820       mapIROCs = new TObjArray(mapEntries*2);
1821       mapOROCs = new TObjArray(mapEntries*2);
1822       mapIROCArray = new TVectorF[mapEntries];
1823       mapOROCArray = new TVectorF[mapEntries];
1824
1825       mapNames = new TString[mapEntries];
1826       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1827          TString rocName(((TKey*)(listOfROCs->At(ivalue*2)))->GetName());
1828          rocName.Remove(rocName.Length()-4, 4);
1829          mapIROCs->AddAt((AliTPCCalROC*)mapFile.Get((rocName + "IROC").Data()), ivalue);
1830          mapOROCs->AddAt((AliTPCCalROC*)mapFile.Get((rocName + "OROC").Data()), ivalue);
1831          mapNames[ivalue].Append(rocName);
1832       }
1833
1834       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1835          mapIROCArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(0));
1836          mapOROCArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(36));
1837
1838          for (UInt_t ichannel = 0; ichannel < tpcROCinstance->GetNChannels(0); ichannel++)
1839             (mapIROCArray[ivalue])[ichannel] = ((AliTPCCalROC*)(mapIROCs->At(ivalue)))->GetValue(ichannel);
1840          for (UInt_t ichannel = 0; ichannel < tpcROCinstance->GetNChannels(36); ichannel++)
1841             (mapOROCArray[ivalue])[ichannel] = ((AliTPCCalROC*)(mapOROCs->At(ivalue)))->GetValue(ichannel);
1842       }
1843
1844    } //  if (mapFileName)
1845
1846    TTreeSRedirector cstream(fileName);
1847    Int_t arrayEntries = array->GetEntries();
1848
1849    // Read names of AliTPCCalPads and save them in names[]
1850    TString* names = new TString[arrayEntries];
1851    for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++)
1852       names[ivalue].Append(((AliTPCCalPad*)array->At(ivalue))->GetName());
1853
1854    for (UInt_t isector = 0; isector < tpcROCinstance->GetNSectors(); isector++) {
1855
1856       TVectorF *vectorArray = new TVectorF[arrayEntries];
1857       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++)
1858          vectorArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(isector));
1859
1860
1861       //
1862       // fill vectors of variable per pad
1863       //
1864       TVectorF *posArray = new TVectorF[8];
1865       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < 8; ivalue++)
1866          posArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(isector));
1867
1868       Float_t posG[3] = {0};
1869       Float_t posL[3] = {0};
1870       Int_t ichannel = 0;
1871       for (UInt_t irow = 0; irow < tpcROCinstance->GetNRows(isector); irow++) {
1872          for (UInt_t ipad = 0; ipad < tpcROCinstance->GetNPads(isector, irow); ipad++) {
1873             tpcROCinstance->GetPositionLocal(isector, irow, ipad, posL);
1874             tpcROCinstance->GetPositionGlobal(isector, irow, ipad, posG);
1875             posArray[0][ichannel] = irow;
1876             posArray[1][ichannel] = ipad;
1877             posArray[2][ichannel] = posL[0];
1878             posArray[3][ichannel] = posL[1];
1879             posArray[4][ichannel] = posG[0];
1880             posArray[5][ichannel] = posG[1];
1881             posArray[6][ichannel] = (Int_t)(ipad - (Double_t)(tpcROCinstance->GetNPads(isector, irow))/2);
1882             posArray[7][ichannel] = ichannel;
1883
1884             // loop over array containing AliTPCCalPads
1885             for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
1886                AliTPCCalPad* calPad = (AliTPCCalPad*) array->At(ivalue);
1887                AliTPCCalROC* calROC = calPad->GetCalROC(isector);
1888                if (calROC)
1889                   (vectorArray[ivalue])[ichannel] = calROC->GetValue(irow, ipad);
1890                else
1891                   (vectorArray[ivalue])[ichannel] = 0;
1892             }
1893             ichannel++;
1894          }
1895       }
1896       AliTPCCalROC dummyROC(0);
1897       for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
1898          AliTPCCalROC *roc = ((AliTPCCalPad*)array->At(ivalue))->GetCalROC(isector);
1899          if (!roc) roc = &dummyROC;
1900          cstream << "calPads" <<
1901             (Char_t*)((names[ivalue] + ".=").Data()) << &vectorArray[ivalue];
1902          cstream << "calPads" <<
1903             (Char_t*)((names[ivalue] + "Pad.=").Data()) << roc;
1904       }
1905
1906       if (mapFileName) {
1907          for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1908             if (isector < 36)
1909                cstream << "calPads" <<
1910                   (Char_t*)((mapNames[ivalue] + ".=").Data()) << &mapIROCArray[ivalue];
1911             else
1912                cstream << "calPads" <<
1913                   (Char_t*)((mapNames[ivalue] + ".=").Data()) << &mapOROCArray[ivalue];
1914          }
1915       }
1916
1917       cstream << "calPads" <<
1918          "sector=" << isector;
1919
1920       cstream << "calPads" <<
1921          "row.=" << &posArray[0] <<
1922          "pad.=" << &posArray[1] <<
1923          "lx.=" << &posArray[2] <<
1924          "ly.=" << &posArray[3] <<
1925          "gx.=" << &posArray[4] <<
1926          "gy.=" << &posArray[5] <<
1927          "rpad.=" << &posArray[6] <<
1928          "channel.=" << &posArray[7];
1929
1930       cstream << "calPads" <<
1931          "\n";
1932
1933       delete[] posArray;
1934       delete[] vectorArray;
1935    } //for (UInt_t isector = 0; isector < tpcROCinstance->GetNSectors(); isector++)
1936
1937    delete[] names;
1938    if (mapFileName) {
1939       delete mapIROCs;
1940       delete mapOROCs;
1941       delete[] mapIROCArray;
1942       delete[] mapOROCArray;
1943       delete[] mapNames;
1944    }
1945 }
1946
1947
1948 void AliTPCCalibViewer::MakeTree(const char * fileName, TObjArray * array, const char * mapFileName, AliTPCCalPad *const outlierPad, Float_t ltmFraction) {
1949   //
1950   // Write a tree with all available information
1951   // if mapFileName is speciefied, the Map information are also written to the tree
1952   // pads specified in outlierPad are not used for calculating statistics
1953   // The following statistical information on the basis of a ROC are calculated:
1954   // "_Median", "_Mean", "_LTM", "_RMS_LTM"
1955   // "_Median_OutlierCutted", "_Mean_OutlierCutted", "_RMS_OutlierCutted", "_LTM_OutlierCutted", "_RMS_LTM_OutlierCutted"
1956   // The following position variables are available:
1957   // "row", "pad", "lx", "ly", "gx", "gy", "rpad", "channel"
1958   //
1959   // The tree out of this function is the basis for the AliTPCCalibViewer and the AliTPCCalibViewerGUI.
1960
1961   AliTPCROC* tpcROCinstance = AliTPCROC::Instance();
1962
1963   TObjArray* mapIROCs = 0;
1964   TObjArray* mapOROCs = 0;
1965   TVectorF *mapIROCArray = 0;
1966   TVectorF *mapOROCArray = 0;
1967   Int_t mapEntries = 0;
1968   TString* mapNames = 0;
1969
1970   if (mapFileName) {
1971     TFile mapFile(mapFileName, "read");
1972
1973     TList* listOfROCs = mapFile.GetListOfKeys();
1974     mapEntries = listOfROCs->GetEntries()/2;
1975     mapIROCs = new TObjArray(mapEntries*2);
1976     mapOROCs = new TObjArray(mapEntries*2);
1977     mapIROCArray = new TVectorF[mapEntries];
1978     mapOROCArray = new TVectorF[mapEntries];
1979
1980     mapNames = new TString[mapEntries];
1981     for (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1982       TString rocName(((TKey*)(listOfROCs->At(ivalue*2)))->GetName());
1983       rocName.Remove(rocName.Length()-4, 4);
1984       mapIROCs->AddAt((AliTPCCalROC*)mapFile.Get((rocName + "IROC").Data()), ivalue);
1985       mapOROCs->AddAt((AliTPCCalROC*)mapFile.Get((rocName + "OROC").Data()), ivalue);
1986       mapNames[ivalue].Append(rocName);
1987     }
1988
1989     for (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1990       mapIROCArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(0));
1991       mapOROCArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(36));
1992
1993       for (UInt_t ichannel = 0; ichannel < tpcROCinstance->GetNChannels(0); ichannel++)
1994         (mapIROCArray[ivalue])[ichannel] = ((AliTPCCalROC*)(mapIROCs->At(ivalue)))->GetValue(ichannel);
1995       for (UInt_t ichannel = 0; ichannel < tpcROCinstance->GetNChannels(36); ichannel++)
1996         (mapOROCArray[ivalue])[ichannel] = ((AliTPCCalROC*)(mapOROCs->At(ivalue)))->GetValue(ichannel);
1997     }
1998
1999   } //  if (mapFileName)
2000
2001   TTreeSRedirector cstream(fileName);
2002   Int_t arrayEntries = 0;
2003   if (array) arrayEntries = array->GetEntries();
2004
2005   TString* names = new TString[arrayEntries];
2006   for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++)
2007     names[ivalue].Append(((AliTPCCalPad*)array->At(ivalue))->GetName());
2008
2009   for (UInt_t isector = 0; isector < tpcROCinstance->GetNSectors(); isector++) {
2010       //
2011       // get statistic for given sector
2012       //
2013     TVectorF median(arrayEntries);
2014     TVectorF mean(arrayEntries);
2015     TVectorF rms(arrayEntries);
2016     TVectorF ltm(arrayEntries);
2017     TVectorF ltmrms(arrayEntries);
2018     TVectorF medianWithOut(arrayEntries);
2019     TVectorF meanWithOut(arrayEntries);
2020     TVectorF rmsWithOut(arrayEntries);
2021     TVectorF ltmWithOut(arrayEntries);
2022     TVectorF ltmrmsWithOut(arrayEntries);
2023
2024     TVectorF *vectorArray = new TVectorF[arrayEntries];
2025     for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++){
2026       vectorArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(isector));
2027       vectorArray[ivalue].SetUniqueID(array->UncheckedAt(ivalue)->GetUniqueID());
2028 //       printf("UniqueID: %d\n",vectorArray[ivalue].GetUniqueID());
2029     }
2030
2031     for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
2032       AliTPCCalPad* calPad = (AliTPCCalPad*) array->At(ivalue);
2033       AliTPCCalROC* calROC = calPad->GetCalROC(isector);
2034       AliTPCCalROC* outlierROC = 0;
2035       if (outlierPad) outlierROC = outlierPad->GetCalROC(isector);
2036       if (calROC) {
2037         median[ivalue] = calROC->GetMedian();
2038         mean[ivalue] = calROC->GetMean();
2039         rms[ivalue] = calROC->GetRMS();
2040         Double_t ltmrmsValue = 0;
2041         ltm[ivalue] = calROC->GetLTM(&ltmrmsValue, ltmFraction);
2042         ltmrms[ivalue] = ltmrmsValue;
2043         if (outlierROC) {
2044           medianWithOut[ivalue] = calROC->GetMedian(outlierROC);
2045           meanWithOut[ivalue] = calROC->GetMean(outlierROC);
2046           rmsWithOut[ivalue] = calROC->GetRMS(outlierROC);
2047           ltmrmsValue = 0;
2048           ltmWithOut[ivalue] = calROC->GetLTM(&ltmrmsValue, ltmFraction, outlierROC);
2049           ltmrmsWithOut[ivalue] = ltmrmsValue;
2050         }
2051       }
2052       else {
2053         median[ivalue] = 0.;
2054         mean[ivalue] = 0.;
2055         rms[ivalue] = 0.;
2056         ltm[ivalue] = 0.;
2057         ltmrms[ivalue] = 0.;
2058         medianWithOut[ivalue] = 0.;
2059         meanWithOut[ivalue] = 0.;
2060         rmsWithOut[ivalue] = 0.;
2061         ltmWithOut[ivalue] = 0.;
2062         ltmrmsWithOut[ivalue] = 0.;
2063       }
2064     }
2065
2066       //
2067       // fill vectors of variable per pad
2068       //
2069     TVectorF *posArray = new TVectorF[8];
2070     for (Int_t ivalue = 0; ivalue < 8; ivalue++)
2071       posArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(isector));
2072
2073     Float_t posG[3] = {0};
2074     Float_t posL[3] = {0};
2075     Int_t ichannel = 0;
2076     for (UInt_t irow = 0; irow < tpcROCinstance->GetNRows(isector); irow++) {
2077       for (UInt_t ipad = 0; ipad < tpcROCinstance->GetNPads(isector, irow); ipad++) {
2078         tpcROCinstance->GetPositionLocal(isector, irow, ipad, posL);
2079         tpcROCinstance->GetPositionGlobal(isector, irow, ipad, posG);
2080         posArray[0][ichannel] = irow;
2081         posArray[1][ichannel] = ipad;
2082         posArray[2][ichannel] = posL[0];
2083         posArray[3][ichannel] = posL[1];
2084         posArray[4][ichannel] = posG[0];
2085         posArray[5][ichannel] = posG[1];
2086         posArray[6][ichannel] = (Int_t)(ipad - (Double_t)(tpcROCinstance->GetNPads(isector, irow))/2);
2087         posArray[7][ichannel] = ichannel;
2088
2089             // loop over array containing AliTPCCalPads
2090         for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
2091           AliTPCCalPad* calPad = (AliTPCCalPad*) array->At(ivalue);
2092           AliTPCCalROC* calROC = calPad->GetCalROC(isector);
2093                 if (calROC)
2094                   (vectorArray[ivalue])[ichannel] = calROC->GetValue(irow, ipad);
2095           else
2096             (vectorArray[ivalue])[ichannel] = 0;
2097         }
2098         ichannel++;
2099       }
2100     }
2101
2102     cstream << "calPads" <<
2103       "sector=" << isector;
2104
2105     for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
2106       cstream << "calPads" <<
2107         (Char_t*)((names[ivalue] + "_Median=").Data()) << median[ivalue] <<
2108         (Char_t*)((names[ivalue] + "_Mean=").Data()) << mean[ivalue] <<
2109         (Char_t*)((names[ivalue] + "_RMS=").Data()) << rms[ivalue] <<
2110         (Char_t*)((names[ivalue] + "_LTM=").Data()) << ltm[ivalue] <<
2111         (Char_t*)((names[ivalue] + "_RMS_LTM=").Data()) << ltmrms[ivalue];
2112       if (outlierPad) {
2113         cstream << "calPads" <<
2114           (Char_t*)((names[ivalue] + "_Median_OutlierCutted=").Data()) << medianWithOut[ivalue] <<
2115           (Char_t*)((names[ivalue] + "_Mean_OutlierCutted=").Data()) << meanWithOut[ivalue] <<
2116           (Char_t*)((names[ivalue] + "_RMS_OutlierCutted=").Data()) << rmsWithOut[ivalue] <<
2117           (Char_t*)((names[ivalue] + "_LTM_OutlierCutted=").Data()) << ltmWithOut[ivalue] <<
2118           (Char_t*)((names[ivalue] + "_RMS_LTM_OutlierCutted=").Data()) << ltmrmsWithOut[ivalue];
2119       }
2120         //timestamp and run, if given in title
2121 /*      TString title(((AliTPCCalPad*) array->At(ivalue))->GetTitle());
2122       TObjArray *arrtitle=title.Tokenize(",");
2123       Int_t run=-1;
2124       UInt_t time=0;
2125       TIter next(arrtitle);
2126       TObject *o=0;
2127       while ( (o=next()) ){
2128         TString &entry=((TObjString*)o)->GetString();
2129         entry.Remove(TString::kBoth,' ');
2130         entry.Remove(TString::kBoth,'\t');
2131         if (entry.BeginsWith("Run:")) {
2132           run=entry(4,entry.Length()).Atoi();
2133         } else if (entry.BeginsWith("Time:")) {
2134           time=entry(6,entry.Length()).Atoi();
2135         }
2136       }
2137       delete arrtitle;*/
2138
2139     }
2140
2141     for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
2142       cstream << "calPads" <<
2143         (Char_t*)((names[ivalue] + ".=").Data()) << &vectorArray[ivalue];
2144     }
2145
2146     if (mapFileName) {
2147           for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
2148             if (isector < 36)
2149               cstream << "calPads" <<
2150               (Char_t*)((mapNames[ivalue] + ".=").Data()) << &mapIROCArray[ivalue];
2151             else
2152                 cstream << "calPads" <<
2153               (Char_t*)((mapNames[ivalue] + ".=").Data()) << &mapOROCArray[ivalue];
2154          }
2155     }
2156
2157     cstream << "calPads" <<
2158       "row.=" << &posArray[0] <<
2159       "pad.=" << &posArray[1] <<
2160       "lx.=" << &posArray[2] <<
2161       "ly.=" << &posArray[3] <<
2162       "gx.=" << &posArray[4] <<
2163       "gy.=" << &posArray[5] <<
2164       "rpad.=" << &posArray[6] <<
2165       "channel.=" << &posArray[7];
2166
2167     cstream << "calPads" <<
2168       "\n";
2169
2170     delete[] posArray;
2171     delete[] vectorArray;
2172   }
2173
2174
2175   delete[] names;
2176   if (mapFileName) {
2177     delete mapIROCs;
2178     delete mapOROCs;
2179     delete[] mapIROCArray;
2180     delete[] mapOROCArray;
2181     delete[] mapNames;
2182   }
2183 }
2184
2185
2186 void AliTPCCalibViewer::MakeTree(const char *outPutFileName, const Char_t *inputFileName, AliTPCCalPad *outlierPad, Float_t ltmFraction, const char *mapFileName ){
2187    //
2188    // Function to create a calibration Tree with all available information.
2189    // See also documentation to MakeTree
2190    // the file "inputFileName" must be in the following format (see also CreateObjectList):
2191    // (each colum separated by tabs, "dependingOnType" can have 2 or 3 colums)
2192    //
2193    // type      path    dependingOnType
2194    //
2195    // type == "CE":
2196    // dependingOnType = CETmean CEQmean CETrms
2197    //
2198    // type == "Pulser":
2199    // dependingOnType = PulserTmean     PulsterQmean    PulserTrms
2200    //
2201    // type == "Pedestals":
2202    // dependingOnType = Pedestals       Noise
2203    //
2204    // type == "CalPad":
2205    // dependingOnType = NameInFile      NameToWriteToFile
2206    //
2207    //
2208    TObjArray objArray;
2209    CreateObjectList(inputFileName, &objArray);
2210    MakeTree(outPutFileName, &objArray, mapFileName, outlierPad, ltmFraction);
2211 }
2212
2213
2214 void AliTPCCalibViewer::CreateObjectList(const Char_t *filename, TObjArray *calibObjects){
2215    //
2216    // Function to create a TObjArray out of a given file
2217    // the file must be in the following format:
2218    // (each colum separated by tabs, "dependingOnType" can have 2 or 3 colums)
2219    //
2220    //
2221    // type      path    dependingOnType
2222    //
2223    // type == "CE":
2224    // dependingOnType = CETmean CEQmean CETrms
2225    //
2226    // type == "Pulser":
2227    // dependingOnType = PulserTmean     PulsterQmean    PulserTrms
2228    //
2229    // type == "Pedestals":
2230    // dependingOnType = Pedestals       Noise
2231    //
2232    // type == "CalPad":
2233    // dependingOnType = NameInFile      NameToWriteToFile
2234    //
2235    //
2236    //
2237    if ( calibObjects == 0x0 ) return;
2238    ifstream in;
2239    in.open(filename);
2240    if ( !in.is_open() ){
2241       fprintf(stderr,"Error: cannot open list file '%s'", filename);
2242       return;
2243    }
2244
2245    AliTPCCalPad *calPad=0x0;
2246
2247    TString sFile;
2248    sFile.ReadFile(in);
2249    in.close();
2250
2251    TObjArray *arrFileLine = sFile.Tokenize("\n");
2252    TIter nextLine(arrFileLine);
2253
2254    TObjString *sObjLine = 0x0;
2255    while ( (sObjLine = (TObjString*)nextLine()) ){
2256       TString sLine(sObjLine->GetString());
2257
2258       TObjArray *arrCol = sLine.Tokenize("\t");
2259       Int_t nCols = arrCol->GetEntriesFast();
2260
2261       TObjString *sObjType     = (TObjString*)(arrCol->At(0));
2262       TObjString *sObjFileName = (TObjString*)(arrCol->At(1));
2263       TObjString *sObjName = 0x0;
2264
2265       if ( !sObjType || !sObjFileName ) continue;
2266       TString sType(sObjType->GetString());
2267       TString sFileName(sObjFileName->GetString());
2268       printf("Type %s, opening %s \n", sType.Data(), sFileName.Data());
2269       TFile *fIn = TFile::Open(sFileName);
2270       if ( !fIn ){
2271          fprintf(stderr,"File not found: '%s'", sFileName.Data());
2272          continue;
2273       }
2274
2275       if ( sType == "CE" ){  // next three colums are the names for CETmean, CEQmean and CETrms
2276          AliTPCCalibCE *ce = (AliTPCCalibCE*)fIn->Get("AliTPCCalibCE");
2277          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ce->GetCalPadT0());
2278          if (nCols > 2) {  // check, if the name is provided
2279             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(2));
2280             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2281          }
2282          else calPad->SetNameTitle("CETmean","CETmean");
2283          calibObjects->Add(calPad);
2284
2285          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ce->GetCalPadQ());
2286          if (nCols > 3) {  // check, if the name is provided
2287             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(3));
2288             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2289          }
2290          else calPad->SetNameTitle("CEQmean","CEQmean");
2291          calibObjects->Add(calPad);
2292
2293          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ce->GetCalPadRMS());
2294          if (nCols > 4) {  // check, if the name is provided
2295             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(4));
2296             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2297          }
2298          else calPad->SetNameTitle("CETrms","CETrms");
2299          calibObjects->Add(calPad);
2300
2301       } else if ( sType == "Pulser") {
2302          AliTPCCalibPulser *sig = (AliTPCCalibPulser*)fIn->Get("AliTPCCalibPulser");
2303
2304          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)sig->GetCalPadT0());
2305          if (nCols > 2) {
2306             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(2));
2307             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2308          }
2309          else calPad->SetNameTitle("PulserTmean","PulserTmean");
2310          calibObjects->Add(calPad);
2311
2312          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)sig->GetCalPadQ());
2313          if (nCols > 3) {
2314             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(3));
2315             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2316          }
2317          else calPad->SetNameTitle("PulserQmean","PulserQmean");
2318          calibObjects->Add(calPad);
2319
2320          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)sig->GetCalPadRMS());
2321          if (nCols > 4) {
2322             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(4));
2323             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2324          }
2325          else calPad->SetNameTitle("PulserTrms","PulserTrms");
2326          calibObjects->Add(calPad);
2327
2328       } else if ( sType == "Pedestals") {
2329          AliTPCCalibPedestal *ped = (AliTPCCalibPedestal*)fIn->Get("AliTPCCalibPedestal");
2330
2331          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ped->GetCalPadPedestal());
2332          if (nCols > 2) {
2333             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(2));
2334             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2335          }
2336          else calPad->SetNameTitle("Pedestals","Pedestals");
2337          calibObjects->Add(calPad);
2338
2339          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ped->GetCalPadRMS());
2340          if (nCols > 3) {
2341             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(3));
2342             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2343          }
2344          else calPad->SetNameTitle("Noise","Noise");
2345          calibObjects->Add(calPad);
2346
2347       } else if ( sType == "CalPad") {
2348          if (nCols > 2) sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(2));
2349          else continue;
2350          calPad = new AliTPCCalPad(*(AliTPCCalPad*)fIn->Get(sObjName->GetString().Data()));
2351          if (nCols > 3) {
2352             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(3));
2353             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2354          }
2355          calibObjects->Add(calPad);
2356       } else {
2357          fprintf(stderr,"Undefined Type: '%s'",sType.Data());
2358       }
2359       delete fIn;
2360    }
2361 }
2362
2363
2364