TPC/AliTPCCalibViewer.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  18 //                                                                           //
  19 //  Class for viewing/visualizing TPC calibration data                       //
  20 //  base on  TTree functionality for visualization                           //
  21 //                                                                           //
  22 //  Create a list of AliTPCCalPads, arrange them in an TObjArray.            //
  23 //  Pass this TObjArray to MakeTree and create the calibration Tree          //
  24 //  While craating this tree some statistical information are calculated     //
  25 //  Open the viewer with this Tree: AliTPCCalibViewer v("CalibTree.root")    //
  26 //  Have fun!                                                                //
  27 //  EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", "A", "(CETmean~-CETmean_mean)>0")      //
  28 //                                                                           //
  29 //  If you like to click, we recommand you the                               //
  30 //    AliTPCCalibViewerGUI                                                   //
  31 //                                                                           //
  32 //    THE DOCUMENTATION IS STILL NOT COMPLETED !!!!                          //
  33 //                                                                           //
  34 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  35
  36 //
  37 // ROOT includes
  38 //
  39
  40 #include <fstream>
  41 #include <iostream>
  42
  43 #include <TFile.h>
  44 #include <TFriendElement.h>
  45 #include <TGraph.h>
  46 #include <TKey.h>
  47 #include <TPad.h>
  48 //#include <TCanvas.h>
  49 #include <TH1.h>
  50 #include <TH1F.h>
  51 #include <TLegend.h>
  52 #include <TLine.h>
  53 #include <TMath.h>
  54 #include <TObjString.h>
  55 //#include <TROOT.h>
  56 #include <TRandom.h>
  57 #include <TString.h>
  58 #include <TStyle.h>
  59 #include <TTreeStream.h>
  60
  61 #include "AliTPCCalibCE.h"
  62 #include "AliMathBase.h"
  63 #include "AliTPCCalPad.h"
  64 #include "AliTPCCalROC.h"
  65 #include "AliTPCCalibPedestal.h"
  66 #include "AliTPCCalibPulser.h"
  67
  68 //
  69 // AliRoot includes
  70 //
  71 #include "AliTPCCalibViewer.h"
  72
  73 ClassImp(AliTPCCalibViewer)
  74
  75
  76 AliTPCCalibViewer::AliTPCCalibViewer()
  77                   :TObject(),
  78                    fTree(0),
  79                    fFile(0),
  80                    fListOfObjectsToBeDeleted(0),
  81                    fTreeMustBeDeleted(0),
  82                    fAbbreviation(0),
  83                    fAppendString(0)
  84 {
  85   //
  86   // Default constructor
  87   //
  88
  89 }
  90
  91 //_____________________________________________________________________________
  92 AliTPCCalibViewer::AliTPCCalibViewer(const AliTPCCalibViewer &c)
  93                   :TObject(c),
  94                    fTree(0),
  95                    fFile(0),
  96                    fListOfObjectsToBeDeleted(0),
  97                    fTreeMustBeDeleted(0),
  98                    fAbbreviation(0),
  99                    fAppendString(0)
 100 {
 101   //
 102   // dummy AliTPCCalibViewer copy constructor
 103   // not yet working!!!
 104   //
 105   fTree = c.fTree;
 106   fTreeMustBeDeleted = c.fTreeMustBeDeleted;
 107   //fFile = new TFile(*(c.fFile));
 108   fListOfObjectsToBeDeleted = c.fListOfObjectsToBeDeleted;
 109   fAbbreviation = c.fAbbreviation;
 110   fAppendString = c.fAppendString;
 111 }
 112
 113 //_____________________________________________________________________________
 114 AliTPCCalibViewer::AliTPCCalibViewer(TTree *const tree)
 115                   :TObject(),
 116                    fTree(0),
 117                    fFile(0),
 118                    fListOfObjectsToBeDeleted(0),
 119                    fTreeMustBeDeleted(0),
 120                    fAbbreviation(0),
 121                    fAppendString(0)
 122 {
 123   //
 124   // Constructor that initializes the calibration viewer
 125   //
 126   fTree = tree;
 127   fTreeMustBeDeleted = kFALSE;
 128   fListOfObjectsToBeDeleted = new TObjArray();
 129   fAbbreviation = "~";
 130   fAppendString = ".fElements";
 131 }
 132
 133 //_____________________________________________________________________________
 134 AliTPCCalibViewer::AliTPCCalibViewer(const char* fileName, const char* treeName)
 135                   :TObject(),
 136                    fTree(0),
 137                    fFile(0),
 138                    fListOfObjectsToBeDeleted(0),
 139                    fTreeMustBeDeleted(0),
 140                    fAbbreviation(0),
 141                    fAppendString(0)
 142
 143 {
 144    //
 145    // Constructor to initialize the calibration viewer
 146    // the file 'fileName' contains the tree 'treeName'
 147    //
 148    fFile = new TFile(fileName, "read");
 149    fTree = (TTree*) fFile->Get(treeName);
 150    fTreeMustBeDeleted = kTRUE;
 151    fListOfObjectsToBeDeleted = new TObjArray();
 152    fAbbreviation = "~";
 153    fAppendString = ".fElements";
 154 }
 155
 156 //____________________________________________________________________________
 157 AliTPCCalibViewer & AliTPCCalibViewer::operator =(const AliTPCCalibViewer & param)
 158 {
 159    //
 160    // assignment operator - dummy
 161    // not yet working!!!
 162    //
 163    fTree = param.fTree;
 164    fTreeMustBeDeleted = param.fTreeMustBeDeleted;
 165    //fFile = new TFile(*(param.fFile));
 166    fListOfObjectsToBeDeleted = param.fListOfObjectsToBeDeleted;
 167    fAbbreviation = param.fAbbreviation;
 168    fAppendString = param.fAppendString;
 169    return (*this);
 170 }
 171
 172 //_____________________________________________________________________________
 173 AliTPCCalibViewer::~AliTPCCalibViewer()
 174 {
 175    //
 176    // AliTPCCalibViewer destructor
 177    // all objects will be deleted, the file will be closed, the pictures will disappear
 178    //
 179    if (fTree && fTreeMustBeDeleted) {
 180       fTree->SetCacheSize(0);
 181       fTree->Delete();
 182       //delete fTree;
 183    }
 184    if (fFile) {
 185       fFile->Close();
 186       fFile = 0;
 187    }
 188
 189    for (Int_t i = fListOfObjectsToBeDeleted->GetEntriesFast()-1; i >= 0; i--) {
 190       //cout << "Index " << i << " trying to delete the following object: " << fListOfObjectsToBeDeleted->At(i)->GetName() << "..."<< endl;
 191       delete fListOfObjectsToBeDeleted->At(i);
 192    }
 193    delete fListOfObjectsToBeDeleted;
 194 }
 195
 196 //_____________________________________________________________________________
 197 void AliTPCCalibViewer::Delete(Option_t* /*option*/) {
 198    //
 199    // Should be called from AliTPCCalibViewerGUI class only.
 200    // If you use Delete() do not call the destructor.
 201    // All objects (except those contained in fListOfObjectsToBeDeleted) will be deleted, the file will be closed.
 202    //
 203
 204    if (fTree && fTreeMustBeDeleted) {
 205       fTree->SetCacheSize(0);
 206       fTree->Delete();
 207    }
 208    delete fFile;
 209    delete fListOfObjectsToBeDeleted;
 210 }
 211
 212
 213 const char* AliTPCCalibViewer::AddAbbreviations(const Char_t *c, Bool_t printDrawCommand){
 214    // Replace all "<variable>" with "<variable><fAbbreviation>" (Adds forgotten "~")
 215    // but take care on the statistical information, like "CEQmean_Mean"
 216    // and also take care on correct given variables, like "CEQmean~"
 217    //
 218    // For each variable out of "listOfVariables":
 219    // - 'Save' correct items:
 220    //   - form <replaceString>, take <variable>'s first char, add <removeString>, add rest of <variable>, e.g. "C!#EQmean" (<removeString> = "!#")
 221    //   - For each statistical information in "listOfNormalizationVariables":
 222    //     - ReplaceAll <variable><statistical_Information> with <replaceString><statistical_Information>
 223    //   - ReplaceAll <variable><abbreviation> with <replaceString><abbreviation>, e.g. "CEQmean~" -> "C!#EQmean~"
 224    //   - ReplaceAll <variable><appendStr> with <replaceString><appendStr>, e.g. "CEQmean.fElements" -> "C!#EQmean.fElements"
 225    //
 226    // - Do actual replacing:
 227    //   - ReplaceAll <variable> with <variable><fAbbreviation>, e.g. "CEQmean" -> "CEQmean~"
 228    //
 229    // - Undo saving:
 230    //   - For each statistical information in "listOfNormalizationVariables":
 231    //     - ReplaceAll <replaceString><statistical_Information> with <variable><statistical_Information>
 232    //   - ReplaceAll <replaceString><abbreviation> with <variable><abbreviation>, e.g. "C!#EQmean~" -> "CEQmean~"
 233    //   - ReplaceAll <replaceString><appendStr> with <variable><appendStr>, e.g. "C!#EQmean.fElements" -> "CEQmean.fElements"
 234    //
 235    // Now all the missing "~" should be added.
 236
 237    TString str(c);
 238    TString removeString = "!#";  // very unpropable combination of chars
 239    TString replaceString = "";
 240    TString searchString = "";
 241    TString normString = "";
 242    TObjArray *listOfVariables = GetListOfVariables();
 243    listOfVariables->Add(new TObjString("channel"));
 244    listOfVariables->Add(new TObjString("gx"));
 245    listOfVariables->Add(new TObjString("gy"));
 246    listOfVariables->Add(new TObjString("lx"));
 247    listOfVariables->Add(new TObjString("ly"));
 248    listOfVariables->Add(new TObjString("pad"));
 249    listOfVariables->Add(new TObjString("row"));
 250    listOfVariables->Add(new TObjString("rpad"));
 251    listOfVariables->Add(new TObjString("sector"));
 252    TObjArray *listOfNormalizationVariables = GetListOfNormalizationVariables();
 253    Int_t nVariables = listOfVariables->GetEntriesFast();
 254    Int_t nNorm = listOfNormalizationVariables->GetEntriesFast();
 255
 256    Int_t *varLengths = new Int_t[nVariables];
 257    for (Int_t i = 0; i < nVariables; i++) {
 258       varLengths[i] = ((TObjString*)listOfVariables->At(i))->String().Length();
 259    }
 260    Int_t *normLengths = new Int_t[nNorm];
 261    for (Int_t i = 0; i < nNorm; i++) {
 262       normLengths[i] = ((TObjString*)listOfNormalizationVariables->At(i))->String().Length();
 263       // printf("normLengths[%i] (%s) = %i \n", i,((TObjString*)listOfNormalizationVariables->At(i))->String().Data(), normLengths[i]);
 264    }
 265    Int_t *varSort = new Int_t[nVariables];
 266    TMath::Sort(nVariables, varLengths, varSort, kTRUE);
 267    Int_t *normSort = new Int_t[nNorm];
 268    TMath::Sort(nNorm, normLengths, normSort, kTRUE);
 269    // for (Int_t i = 0; i<nNorm; i++)  printf("normLengths: %i\n", normLengths[normSort[i]]);
 270    // for (Int_t i = 0; i<nVariables; i++) printf("varLengths: %i\n", varLengths[varSort[i]]);
 271
 272    for (Int_t ivar = 0; ivar < nVariables; ivar++) {
 273       // ***** save correct tokens *****
 274       // first get the next variable:
 275       searchString = ((TObjString*)listOfVariables->At(varSort[ivar]))->String();
 276       // printf("searchString: %s ++++++++++++++\n", searchString.Data());
 277       // form replaceString:
 278       replaceString = "";
 279       for (Int_t i = 0; i < searchString.Length(); i++) {
 280          replaceString.Append(searchString[i]);
 281          if (i == 0) replaceString.Append(removeString);
 282       }
 283       // go through normalization:
 284       // printf("go through normalization\n");
 285       for (Int_t inorm = 0; inorm < nNorm; inorm++) {
 286          // printf(" inorm=%i, nNorm=%i, normSort[inorm]=%i \n", inorm, nNorm, normSort[inorm]);
 287          normString = ((TObjString*)listOfNormalizationVariables->At(normSort[inorm]))->String();
 288          // printf(" walking in normalization, i=%i, normString=%s \n", inorm, normString.Data());
 289          str.ReplaceAll(searchString + normString, replaceString + normString);
 290          // like: str.ReplaceAll("CEQmean_Mean", "C!EQmean_Mean");
 291       }
 292       str.ReplaceAll(searchString + fAbbreviation, replaceString + fAbbreviation);
 293       // like: str.ReplaceAll("CEQmean~", "C!EQmean~");
 294       str.ReplaceAll(searchString + fAppendString,    replaceString + fAppendString);
 295       // like: str.ReplaceAll("CEQmean.fElements", "C!EQmean.fElements");
 296
 297       // ***** add missing extensions *****
 298       str.ReplaceAll(searchString, replaceString + fAbbreviation);
 299       // like: str.ReplaceAll("CEQmean", "C!EQmean~");
 300    }
 301
 302    // ***** undo saving *****
 303    str.ReplaceAll(removeString, "");
 304
 305    if (printDrawCommand) std::cout << "The string looks now like: " << str.Data() << std::endl;
 306    delete [] varLengths;
 307    delete [] normLengths;
 308    delete [] varSort;
 309    delete [] normSort;
 310    return str.Data();
 311 }
 312
 313
 314
 315
 316 //_____________________________________________________________________________
 317 Int_t AliTPCCalibViewer::EasyDraw(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, const char* drawOptions, Bool_t writeDrawCommand) const {
 318   //
 319   // easy drawing of data, use '~' for abbreviation of '.fElements'
 320   // example: EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", "A", "(CETmean~-CETmean_mean)>0")
 321  // sector: sector-number - only the specified sector will be drwawn
 322   //         'A'/'C' or 'a'/'c' - side A/C will be drawn
 323   //         'ALL' - whole TPC will be drawn, projected on one side
 324   // cuts: specifies cuts
 325   // drawOptions: draw options like 'same'
 326   // writeDrawCommand: write the command, that is passed to TTree::Draw
 327   //
 328
 329    TString drawStr(drawCommand);
 330    TString sectorStr(sector);
 331    sectorStr.ToUpper();
 332    TString cutStr("");
 333    //TString drawOptionsStr("profcolz ");
 334    Bool_t dangerousToDraw = drawStr.Contains(":") || drawStr.Contains(">>");
 335    if (dangerousToDraw) {
 336       Warning("EasyDraw", "The draw string must not contain ':' or '>>'. Using only first variable for drawing!");
 337 //      return -1;
 338 //      drawStr.Resize(drawStr.First(">"));
 339       drawStr.Resize(drawStr.First(":"));
 340    }
 341
 342    TString drawOptionsStr("");
 343    TRandom rnd(0);
 344    Int_t rndNumber = rnd.Integer(10000);
 345
 346    if (drawOptions && strcmp(drawOptions, "") != 0)
 347       drawOptionsStr += drawOptions;
 348    else
 349       drawOptionsStr += "profcolz";
 350
 351    if (sectorStr == "A") {
 352       drawStr += Form(":gy%s:gx%s>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 353       drawStr += rndNumber;
 354       drawStr += "(330,-250,250,330,-250,250)";
 355       cutStr += "(sector/18)%2==0 ";
 356    }
 357    else if  (sectorStr == "C") {
 358       drawStr += Form(":gy%s:gx%s>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 359       drawStr += rndNumber;
 360       drawStr += "(330,-250,250,330,-250,250)";
 361       cutStr += "(sector/18)%2==1 ";
 362    }
 363    else if  (sectorStr == "ALL") {
 364       drawStr += Form(":gy%s:gx%s>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 365       drawStr += rndNumber;
 366       drawStr += "(330,-250,250,330,-250,250)";
 367    }
 368    else if  (sectorStr.Contains("S")) {
 369       drawStr += Form(":rpad%s:row%s+(sector>35)*63>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 370       drawStr += rndNumber;
 371       drawStr += "(159,0,159,140,-70,70)";
 372       TString sec=sectorStr;
 373       sec.Remove(0,1);
 374       cutStr += "sector%36=="+sec+" ";
 375    }
 376    else if (sectorStr.IsDigit()) {
 377       Int_t isec = sectorStr.Atoi();
 378       drawStr += Form(":rpad%s:row%s>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 379       drawStr += rndNumber;
 380       if (isec < 36 && isec >= 0)
 381          drawStr += "(63,0,63,108,-54,54)";
 382       else if (isec < 72 && isec >= 36)
 383          drawStr += "(96,0,96,140,-70,70)";
 384       else {
 385          Error("EasyDraw","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 386          return -1;
 387       }
 388       cutStr += "(sector==";
 389       cutStr += isec;
 390       cutStr += ") ";
 391    }
 392
 393    if (cuts && cuts[0] != 0) {
 394       if (cutStr.Length() != 0) cutStr += "&& ";
 395       cutStr += "(";
 396       cutStr += cuts;
 397       cutStr += ")";
 398    }
 399    drawStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
 400    cutStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
 401    if (writeDrawCommand) std::cout << "fTree->Draw(\"" << drawStr << "\", \"" <<  cutStr << "\", \"" << drawOptionsStr << "\");" << std::endl;
 402    Int_t returnValue = fTree->Draw(drawStr.Data(), cutStr.Data(), drawOptionsStr.Data());
 403    TString profName("prof");
 404    profName += rndNumber;
 405    TObject *obj = gDirectory->Get(profName.Data());
 406    if (obj && obj->InheritsFrom("TH1")) FormatHistoLabels((TH1*)obj);
 407    return returnValue;
 408 }
 409
 410
 411 Int_t AliTPCCalibViewer::EasyDraw(const char* drawCommand, Int_t sector, const char* cuts, const char* drawOptions, Bool_t writeDrawCommand) const {
 412   //
 413   // easy drawing of data, use '~' for abbreviation of '.fElements'
 414   // example: EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", 34, "(CETmean~-CETmean_mean)>0")
 415   // sector: sector-number - only the specified sector will be drwawn
 416   // cuts: specifies cuts
 417   // drawOptions: draw options like 'same'
 418   // writeDrawCommand: write the command, that is passed to TTree::Draw
 419   //
 420    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 421       return EasyDraw(drawCommand, Form("%i", sector), cuts, drawOptions, writeDrawCommand);
 422    }
 423    Error("EasyDraw","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 424    return -1;
 425 }
 426
 427
 428 //_____________________________________________________________________________
 429 Int_t AliTPCCalibViewer::EasyDraw1D(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, const char* drawOptions, Bool_t writeDrawCommand) const {
 430   //
 431   // easy drawing of data, use '~' for abbreviation of '.fElements'
 432   // example: EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", "A", "(CETmean~-CETmean_mean)>0")
 433   // sector: sector-number - the specified sector will be drwawn
 434   //         'A'/'C' or 'a'/'c' - side A/C will be drawn
 435   //         'ALL' - whole TPC will be drawn, projected on one side
 436   // cuts: specifies cuts
 437   // drawOptions: draw options like 'same'
 438   // writeDrawCommand: write the command, that is passed to TTree::Draw
 439   //
 440
 441    TString drawStr(drawCommand);
 442    TString sectorStr(sector);
 443    TString drawOptionsStr(drawOptions);
 444    sectorStr.ToUpper();
 445    TString cutStr("");
 446
 447    if (sectorStr == "A")
 448       cutStr += "(sector/18)%2==0 ";
 449    else if  (sectorStr == "C")
 450       cutStr += "(sector/18)%2==1 ";
 451    else if (sectorStr.IsDigit()) {
 452       Int_t isec = sectorStr.Atoi();
 453       if (isec < 0 || isec > 71) {
 454          Error("EasyDraw","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 455          return -1;
 456       }
 457       cutStr += "(sector==";
 458       cutStr += isec;
 459       cutStr += ") ";
 460    }
 461    else if  (sectorStr.Contains("S")) {
 462       TString sec=sectorStr;
 463       sec.Remove(0,1);
 464       cutStr += "sector%36=="+sec+" ";
 465    }
 466
 467    if (cuts && cuts[0] != 0) {
 468       if (cutStr.Length() != 0) cutStr += "&& ";
 469       cutStr += "(";
 470       cutStr += cuts;
 471       cutStr += ")";
 472    }
 473
 474    drawStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
 475    cutStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
 476    if (writeDrawCommand) std::cout << "fTree->Draw(\"" << drawStr << "\", \"" <<  cutStr << "\", \"" << drawOptionsStr << "\");" << std::endl;
 477    Int_t returnValue = fTree->Draw(drawStr.Data(), cutStr.Data(), drawOptionsStr.Data());
 478    if (returnValue == -1) return -1;
 479
 480    TObject *obj = (gPad) ? gPad->GetPrimitive("htemp") : 0;
 481    if (!obj) obj = (TH1F*)gDirectory->Get("htemp");
 482    if (!obj) obj = gPad->GetPrimitive("tempHist");
 483    if (!obj) obj = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 484    if (!obj) obj = gPad->GetPrimitive("Graph");
 485    if (!obj) obj = (TH1F*)gDirectory->Get("Graph");
 486    if (obj && obj->InheritsFrom("TH1")) FormatHistoLabels((TH1*)obj);
 487    return returnValue;
 488 }
 489
 490
 491 Int_t AliTPCCalibViewer::EasyDraw1D(const char* drawCommand, Int_t sector, const char* cuts, const char* drawOptions, Bool_t writeDrawCommand) const {
 492   //
 493   // easy drawing of data, use '~' for abbreviation of '.fElements'
 494   // example: EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", 34, "(CETmean~-CETmean_mean)>0")
 495   // sector: sector-number - the specified sector will be drwawn
 496   // cuts: specifies cuts
 497   // drawOptions: draw options like 'same'
 498   // writeDrawCommand: write the command, that is passed to TTree::Draw
 499   //
 500
 501    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 502       return EasyDraw1D(drawCommand, Form("%i",sector), cuts, drawOptions, writeDrawCommand);
 503    }
 504   Error("EasyDraw","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 505   return -1;
 506 }
 507
 508
 509 void AliTPCCalibViewer::FormatHistoLabels(TH1 *histo) const {
 510    //
 511    // formats title and axis labels of histo
 512    // removes '.fElements'
 513    //
 514    if (!histo) return;
 515    TString replaceString(fAppendString.Data());
 516    TString *str = new TString(histo->GetTitle());
 517    str->ReplaceAll(replaceString, "");
 518    histo->SetTitle(str->Data());
 519    delete str;
 520    if (histo->GetXaxis()) {
 521       str = new TString(histo->GetXaxis()->GetTitle());
 522       str->ReplaceAll(replaceString, "");
 523       histo->GetXaxis()->SetTitle(str->Data());
 524       delete str;
 525    }
 526    if (histo->GetYaxis()) {
 527       str = new TString(histo->GetYaxis()->GetTitle());
 528       str->ReplaceAll(replaceString, "");
 529       histo->GetYaxis()->SetTitle(str->Data());
 530       delete str;
 531    }
 532    if (histo->GetZaxis()) {
 533       str = new TString(histo->GetZaxis()->GetTitle());
 534       str->ReplaceAll(replaceString, "");
 535       histo->GetZaxis()->SetTitle(str->Data());
 536       delete str;
 537    }
 538 }
 539
 540
 541 Int_t  AliTPCCalibViewer::DrawHisto1D(const char* drawCommand, Int_t sector, const char* cuts, const char *sigmas, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM) const {
 542    //
 543    // Easy drawing of data, in principle the same as EasyDraw1D
 544    // Difference: A line for the mean / median / LTM is drawn
 545    // in 'sigmas' you can specify in which distance to the mean/median/LTM you want to see a line in sigma-units, separated by ';'
 546    // example: sigmas = "2; 4; 6;"  at Begin_Latex 2 #sigma End_Latex, Begin_Latex 4 #sigma End_Latex and Begin_Latex 6 #sigma End_Latex  a line is drawn.
 547    // "plotMean", "plotMedian" and "plotLTM": what kind of lines do you want to see?
 548    //
 549    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 550       return DrawHisto1D(drawCommand, Form("%i", sector), cuts, sigmas, plotMean, plotMedian, plotLTM);
 551    }
 552    Error("DrawHisto1D","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 553    return -1;
 554 }
 555
 556
 557 Int_t  AliTPCCalibViewer::DrawHisto1D(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, const char *sigmas, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM) const {
 558    //
 559    // Easy drawing of data, in principle the same as EasyDraw1D
 560    // Difference: A line for the mean / median / LTM is drawn
 561    // in 'sigmas' you can specify in which distance to the mean/median/LTM you want to see a line in sigma-units, separated by ';'
 562    // example: sigmas = "2; 4; 6;"  at Begin_Latex 2 #sigma End_Latex, Begin_Latex 4 #sigma End_Latex and Begin_Latex 6 #sigma End_Latex  a line is drawn.
 563    // "plotMean", "plotMedian" and "plotLTM": what kind of lines do you want to see?
 564    //
 565    Int_t oldOptStat = gStyle->GetOptStat();
 566    gStyle->SetOptStat(0000000);
 567    Double_t ltmFraction = 0.8;
 568
 569    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
 570    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
 571    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
 572       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
 573       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
 574       nsigma[i] = sig;
 575    }
 576
 577    TString drawStr(drawCommand);
 578    Bool_t dangerousToDraw = drawStr.Contains(":") || drawStr.Contains(">>");
 579    if (dangerousToDraw) {
 580       Warning("DrawHisto1D", "The draw string must not contain ':' or '>>'.");
 581       return -1;
 582    }
 583    drawStr += " >> tempHist";
 584    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts);
 585    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 586    // FIXME is this histogram deleted automatically?
 587    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
 588
 589    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
 590    Double_t median = TMath::Median(entries, values);
 591    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
 592    Double_t maxY = htemp->GetMaximum();
 593
 594    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Statistical information");
 595    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
 596
 597    if (plotMean) {
 598       // draw Mean
 599       TLine* line = new TLine(mean, 0, mean, maxY);
 600       //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(line);
 601       line->SetLineColor(kRed);
 602       line->SetLineWidth(2);
 603       line->SetLineStyle(1);
 604       line->Draw();
 605       legend->AddEntry(line, Form("Mean: %f", mean), "l");
 606       // draw sigma lines
 607       for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
 608          TLine* linePlusSigma = new TLine(mean + nsigma[i] * sigma, 0, mean + nsigma[i] * sigma, maxY);
 609          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(linePlusSigma);
 610          linePlusSigma->SetLineColor(kRed);
 611          linePlusSigma->SetLineStyle(2 + i);
 612          linePlusSigma->Draw();
 613          TLine* lineMinusSigma = new TLine(mean - nsigma[i] * sigma, 0, mean - nsigma[i] * sigma, maxY);
 614          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineMinusSigma);
 615          lineMinusSigma->SetLineColor(kRed);
 616          lineMinusSigma->SetLineStyle(2 + i);
 617          lineMinusSigma->Draw();
 618          legend->AddEntry(lineMinusSigma, Form("%i #sigma = %f",(Int_t)(nsigma[i]), (Float_t)(nsigma[i] * sigma)), "l");
 619       }
 620    }
 621    if (plotMedian) {
 622       // draw median
 623       TLine* line = new TLine(median, 0, median, maxY);
 624       //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(line);
 625       line->SetLineColor(kBlue);
 626       line->SetLineWidth(2);
 627       line->SetLineStyle(1);
 628       line->Draw();
 629       legend->AddEntry(line, Form("Median: %f", median), "l");
 630       // draw sigma lines
 631       for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
 632          TLine* linePlusSigma = new TLine(median + nsigma[i] * sigma, 0, median + nsigma[i]*sigma, maxY);
 633          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(linePlusSigma);
 634          linePlusSigma->SetLineColor(kBlue);
 635          linePlusSigma->SetLineStyle(2 + i);
 636          linePlusSigma->Draw();
 637          TLine* lineMinusSigma = new TLine(median - nsigma[i] * sigma, 0, median - nsigma[i]*sigma, maxY);
 638          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineMinusSigma);
 639          lineMinusSigma->SetLineColor(kBlue);
 640          lineMinusSigma->SetLineStyle(2 + i);
 641          lineMinusSigma->Draw();
 642          legend->AddEntry(lineMinusSigma, Form("%i #sigma = %f",(Int_t)(nsigma[i]), (Float_t)(nsigma[i] * sigma)), "l");
 643       }
 644    }
 645    if (plotLTM) {
 646       // draw LTM
 647       Double_t ltmRms = 0;
 648       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
 649       TLine* line = new TLine(ltm, 0, ltm, maxY);
 650       //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(line);
 651       line->SetLineColor(kGreen+2);
 652       line->SetLineWidth(2);
 653       line->SetLineStyle(1);
 654       line->Draw();
 655       legend->AddEntry(line, Form("LTM: %f", ltm), "l");
 656       // draw sigma lines
 657       for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
 658          TLine* linePlusSigma = new TLine(ltm + nsigma[i] * ltmRms, 0, ltm + nsigma[i] * ltmRms, maxY);
 659          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(linePlusSigma);
 660          linePlusSigma->SetLineColor(kGreen+2);
 661          linePlusSigma->SetLineStyle(2+i);
 662          linePlusSigma->Draw();
 663
 664          TLine* lineMinusSigma = new TLine(ltm - nsigma[i] * ltmRms, 0, ltm - nsigma[i] * ltmRms, maxY);
 665          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineMinusSigma);
 666          lineMinusSigma->SetLineColor(kGreen+2);
 667          lineMinusSigma->SetLineStyle(2+i);
 668          lineMinusSigma->Draw();
 669          legend->AddEntry(lineMinusSigma, Form("%i #sigma = %f", (Int_t)(nsigma[i]), (Float_t)(nsigma[i] * ltmRms)), "l");
 670       }
 671    }
 672    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
 673    legend->Draw();
 674    gStyle->SetOptStat(oldOptStat);
 675    return 1;
 676 }
 677
 678
 679 Int_t AliTPCCalibViewer::SigmaCut(const char* drawCommand, Int_t sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, Bool_t pm, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 680    //
 681    // Creates a histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals around the mean value
 682    // The data of the distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex are given in 'array', 'n' specifies the length of the array
 683    // 'mean' and 'sigma' are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in 'array', to be specified by the user
 684    // 'nbins': number of bins, 'binLow': first bin, 'binUp': last bin
 685    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma, Begin_Latex t #sigma End_Latex)
 686    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
 687    // Begin_Latex
 688    // f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = (#int_{#mu}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx + #int_{#mu}^{#mu - t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx) / (#int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx)
 689    // End_Latex
 690    //
 691    //
 692    // Creates a histogram, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals
 693    // around the mean/median/LTM
 694    // with drawCommand, sector and cuts you specify your input data, see EasyDraw
 695    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma)
 696    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
 697    // plotMean/plotMedian/plotLTM: specifies where to put the center
 698    //
 699    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 700       return SigmaCut(drawCommand, Form("%i", sector), cuts, sigmaMax, plotMean, plotMedian, plotLTM, pm, sigmas, sigmaStep);
 701    }
 702    Error("SigmaCut","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 703    return -1;
 704 }
 705
 706
 707 Int_t AliTPCCalibViewer::SigmaCut(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, Bool_t pm, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 708    //
 709    // Creates a histogram, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals
 710    // around the mean/median/LTM
 711    // with drawCommand, sector and cuts you specify your input data, see EasyDraw
 712    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma)
 713    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
 714    // plotMean/plotMedian/plotLTM: specifies where to put the center
 715    //
 716
 717    Double_t ltmFraction = 0.8;
 718
 719    TString drawStr(drawCommand);
 720    Bool_t dangerousToDraw = drawStr.Contains(":") || drawStr.Contains(">>");
 721    if (dangerousToDraw) {
 722       Warning("SigmaCut", "The draw string must not contain ':' or '>>'.");
 723       return -1;
 724    }
 725    drawStr += " >> tempHist";
 726
 727    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts, "goff");
 728    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 729    // FIXME is this histogram deleted automatically?
 730    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
 731
 732    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
 733    Double_t median = TMath::Median(entries, values);
 734    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
 735
 736    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Cumulative");
 737    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
 738    TH1F *cutHistoMean = 0;
 739    TH1F *cutHistoMedian = 0;
 740    TH1F *cutHistoLTM = 0;
 741
 742    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
 743    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
 744    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
 745       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
 746       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
 747       nsigma[i] = sig;
 748    }
 749
 750    if (plotMean) {
 751       cutHistoMean = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, mean, sigma, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 752       if (cutHistoMean) {
 753          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoMean);
 754          cutHistoMean->SetLineColor(kRed);
 755          legend->AddEntry(cutHistoMean, "Mean", "l");
 756          cutHistoMean->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 757          cutHistoMean->Draw();
 758          DrawLines(cutHistoMean, nsigma, legend, kRed, pm);
 759       } // if (cutHistoMean)
 760
 761    }
 762    if (plotMedian) {
 763       cutHistoMedian = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, median, sigma, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 764       if (cutHistoMedian) {
 765          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoMedian);
 766          cutHistoMedian->SetLineColor(kBlue);
 767          legend->AddEntry(cutHistoMedian, "Median", "l");
 768          cutHistoMedian->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 769          if (plotMean && cutHistoMean) cutHistoMedian->Draw("same");
 770             else cutHistoMedian->Draw();
 771          DrawLines(cutHistoMedian, nsigma, legend, kBlue, pm);
 772       }  // if (cutHistoMedian)
 773    }
 774    if (plotLTM) {
 775       Double_t ltmRms = 0;
 776       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
 777       cutHistoLTM = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, ltm, ltmRms, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 778       if (cutHistoLTM) {
 779          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoLTM);
 780          cutHistoLTM->SetLineColor(kGreen+2);
 781          legend->AddEntry(cutHistoLTM, "LTM", "l");
 782          cutHistoLTM->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 783          if ((plotMean && cutHistoMean) || (plotMedian && cutHistoMedian)) cutHistoLTM->Draw("same");
 784             else cutHistoLTM->Draw();
 785          DrawLines(cutHistoLTM, nsigma, legend, kGreen+2, pm);
 786       }
 787    }
 788    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
 789    legend->Draw();
 790    return 1;
 791 }
 792
 793
 794 Int_t AliTPCCalibViewer::SigmaCutNew(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, Float_t /*sigmaMax*/, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, Bool_t /*pm*/, const char *sigmas, Float_t /*sigmaStep*/) const {
 795    //
 796    // Creates a histogram, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals
 797    // around the mean/median/LTM
 798    // with drawCommand, sector and cuts you specify your input data, see EasyDraw
 799    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma)
 800    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
 801    // plotMean/plotMedian/plotLTM: specifies where to put the center
 802    //
 803
 804    // Double_t ltmFraction = 0.8;  //unused
 805
 806    TString drawStr(drawCommand);
 807    drawStr += " >> tempHist";
 808
 809    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts, "goff");
 810    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 811    TGraph *cutGraphMean   = 0;
 812    // TGraph *cutGraphMedian = 0;
 813    // TGraph *cutGraphLTM    = 0;
 814    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
 815    Int_t    *index  = new Int_t[entries];
 816    Float_t  *xarray = new Float_t[entries];
 817    Float_t  *yarray = new Float_t[entries];
 818    TMath::Sort(entries, values, index, kFALSE);
 819
 820    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
 821    // Double_t median = TMath::Median(entries, values);
 822    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
 823
 824    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Cumulative");
 825    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
 826
 827    // parse sigmas string
 828    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
 829    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
 830    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
 831       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
 832       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
 833       nsigma[i] = sig;
 834    }
 835
 836    if (plotMean) {
 837       for (Int_t i = 0; i < entries; i++) {
 838          xarray[i] = TMath::Abs(values[index[i]] - mean) / sigma;
 839          yarray[i] = float(i) / float(entries);
 840       }
 841       cutGraphMean = new TGraph(entries, xarray, yarray);
 842       if (cutGraphMean) {
 843          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutGraphMean);
 844          cutGraphMean->SetLineColor(kRed);
 845          legend->AddEntry(cutGraphMean, "Mean", "l");
 846          cutGraphMean->SetTitle(Form("%s, Cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 847          cutGraphMean->Draw("alu");
 848          DrawLines(cutGraphMean, nsigma, legend, kRed, kTRUE);
 849       }
 850    }
 851   delete [] index;
 852   delete [] xarray;
 853   delete [] yarray;
 854    /*
 855    if (plotMedian) {
 856       cutHistoMedian = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, median, sigma, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 857       if (cutHistoMedian) {
 858          fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoMedian);
 859          cutHistoMedian->SetLineColor(kBlue);
 860          legend->AddEntry(cutHistoMedian, "Median", "l");
 861          cutHistoMedian->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 862          if (plotMean && cutHistoMean) cutHistoMedian->Draw("same");
 863             else cutHistoMedian->Draw();
 864          DrawLines(cutHistoMedian, nsigma, legend, kBlue, pm);
 865       }  // if (cutHistoMedian)
 866    }
 867    if (plotLTM) {
 868       Double_t ltmRms = 0;
 869       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
 870       cutHistoLTM = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, ltm, ltmRms, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 871       if (cutHistoLTM) {
 872          fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoLTM);
 873          cutHistoLTM->SetLineColor(kGreen+2);
 874          legend->AddEntry(cutHistoLTM, "LTM", "l");
 875          cutHistoLTM->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 876          if (plotMean && cutHistoMean || plotMedian && cutHistoMedian) cutHistoLTM->Draw("same");
 877             else cutHistoLTM->Draw();
 878          DrawLines(cutHistoLTM, nsigma, legend, kGreen+2, pm);
 879       }
 880    }*/
 881    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
 882    legend->Draw();
 883    return 1;
 884 }
 885
 886
 887 Int_t AliTPCCalibViewer::Integrate(const char* drawCommand,       Int_t sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 888    //
 889    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
 890    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
 891    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
 892    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
 893    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
 894    // The actual work is done on the array.
 895    /* Begin_Latex
 896          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #int_{-#infty}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx / #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx
 897       End_Latex
 898    */
 899    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 900       return Integrate(drawCommand, Form("%i", sector), cuts, sigmaMax, plotMean, plotMedian, plotLTM, sigmas, sigmaStep);
 901    }
 902    Error("Integrate","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 903    return -1;
 904
 905 }
 906
 907
 908 Int_t AliTPCCalibViewer::IntegrateOld(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 909    //
 910    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
 911    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
 912    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
 913    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
 914    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
 915    // The actual work is done on the array.
 916    /* Begin_Latex
 917          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #int_{-#infty}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx / #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx
 918       End_Latex
 919    */
 920
 921    Double_t ltmFraction = 0.8;
 922
 923    TString drawStr(drawCommand);
 924    drawStr += " >> tempHist";
 925
 926    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts, "goff");
 927    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 928    // FIXME is this histogram deleted automatically?
 929    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
 930
 931    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
 932    Double_t median = TMath::Median(entries, values);
 933    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
 934
 935    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
 936    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
 937    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
 938       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
 939       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
 940       nsigma[i] = sig;
 941    }
 942
 943    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Integrated histogram");
 944    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
 945    TH1F *integralHistoMean = 0;
 946    TH1F *integralHistoMedian = 0;
 947    TH1F *integralHistoLTM = 0;
 948
 949    if (plotMean) {
 950       integralHistoMean = AliTPCCalibViewer::Integrate(htemp, mean, sigma, sigmaMax, sigmaStep);
 951       if (integralHistoMean) {
 952          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralHistoMean);
 953          integralHistoMean->SetLineColor(kRed);
 954          legend->AddEntry(integralHistoMean, "Mean", "l");
 955          integralHistoMean->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 956          integralHistoMean->Draw();
 957          DrawLines(integralHistoMean, nsigma, legend, kRed, kTRUE);
 958       }
 959    }
 960    if (plotMedian) {
 961       integralHistoMedian = AliTPCCalibViewer::Integrate(htemp, median, sigma, sigmaMax, sigmaStep);
 962       if (integralHistoMedian) {
 963          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralHistoMedian);
 964          integralHistoMedian->SetLineColor(kBlue);
 965          legend->AddEntry(integralHistoMedian, "Median", "l");
 966          integralHistoMedian->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 967          if (plotMean && integralHistoMean) integralHistoMedian->Draw("same");
 968             else integralHistoMedian->Draw();
 969          DrawLines(integralHistoMedian, nsigma, legend, kBlue, kTRUE);
 970       }
 971    }
 972    if (plotLTM) {
 973       Double_t ltmRms = 0;
 974       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
 975       integralHistoLTM = AliTPCCalibViewer::Integrate(htemp, ltm, ltmRms, sigmaMax, sigmaStep);
 976       if (integralHistoLTM) {
 977          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralHistoLTM);
 978          integralHistoLTM->SetLineColor(kGreen+2);
 979          legend->AddEntry(integralHistoLTM, "LTM", "l");
 980          integralHistoLTM->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 981          if ((plotMean && integralHistoMean) || (plotMedian && integralHistoMedian)) integralHistoLTM->Draw("same");
 982             else integralHistoLTM->Draw();
 983          DrawLines(integralHistoLTM, nsigma, legend, kGreen+2, kTRUE);
 984       }
 985    }
 986    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
 987    legend->Draw();
 988    return 1;
 989 }
 990
 991
 992 Int_t AliTPCCalibViewer::Integrate(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, Float_t /*sigmaMax*/, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, const char *sigmas, Float_t /*sigmaStep*/) const {
 993    //
 994    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
 995    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
 996    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
 997    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
 998    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
 999    // The actual work is done on the array.
1000    /* Begin_Latex
1001          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #int_{-#infty}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx / #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx
1002       End_Latex
1003    */
1004
1005    Double_t ltmFraction = 0.8;
1006
1007    TString drawStr(drawCommand);
1008    Bool_t dangerousToDraw = drawStr.Contains(":") || drawStr.Contains(">>");
1009    if (dangerousToDraw) {
1010       Warning("Integrate", "The draw string must not contain ':' or '>>'.");
1011       return -1;
1012    }
1013    drawStr += " >> tempHist";
1014
1015    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts, "goff");
1016    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
1017    TGraph *integralGraphMean   = 0;
1018    TGraph *integralGraphMedian = 0;
1019    TGraph *integralGraphLTM    = 0;
1020    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
1021    Int_t    *index  = new Int_t[entries];
1022    Float_t  *xarray = new Float_t[entries];
1023    Float_t  *yarray = new Float_t[entries];
1024    TMath::Sort(entries, values, index, kFALSE);
1025
1026    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
1027    Double_t median = TMath::Median(entries, values);
1028    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
1029
1030    // parse sigmas string
1031    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
1032    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
1033    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
1034       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
1035       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
1036       nsigma[i] = sig;
1037    }
1038
1039    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Integrated histogram");
1040    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
1041
1042    if (plotMean) {
1043       for (Int_t i = 0; i < entries; i++) {
1044          xarray[i] = (values[index[i]] - mean) / sigma;
1045          yarray[i] = float(i) / float(entries);
1046       }
1047       integralGraphMean = new TGraph(entries, xarray, yarray);
1048       if (integralGraphMean) {
1049          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralGraphMean);
1050          integralGraphMean->SetLineColor(kRed);
1051          legend->AddEntry(integralGraphMean, "Mean", "l");
1052          integralGraphMean->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
1053          integralGraphMean->Draw("alu");
1054          DrawLines(integralGraphMean, nsigma, legend, kRed, kTRUE);
1055       }
1056    }
1057    if (plotMedian) {
1058       for (Int_t i = 0; i < entries; i++) {
1059          xarray[i] = (values[index[i]] - median) / sigma;
1060          yarray[i] = float(i) / float(entries);
1061       }
1062       integralGraphMedian = new TGraph(entries, xarray, yarray);
1063       if (integralGraphMedian) {
1064          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralGraphMedian);
1065          integralGraphMedian->SetLineColor(kBlue);
1066          legend->AddEntry(integralGraphMedian, "Median", "l");
1067          integralGraphMedian->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
1068          if (plotMean && integralGraphMean) integralGraphMedian->Draw("samelu");
1069             else integralGraphMedian->Draw("alu");
1070          DrawLines(integralGraphMedian, nsigma, legend, kBlue, kTRUE);
1071       }
1072    }
1073    if (plotLTM) {
1074       Double_t ltmRms = 0;
1075       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
1076       for (Int_t i = 0; i < entries; i++) {
1077          xarray[i] = (values[index[i]] - ltm) / ltmRms;
1078          yarray[i] = float(i) / float(entries);
1079       }
1080       integralGraphLTM = new TGraph(entries, xarray, yarray);
1081       if (integralGraphLTM) {
1082          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralGraphLTM);
1083          integralGraphLTM->SetLineColor(kGreen+2);
1084          legend->AddEntry(integralGraphLTM, "LTM", "l");
1085          integralGraphLTM->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
1086          if ((plotMean && integralGraphMean) || (plotMedian && integralGraphMedian)) integralGraphLTM->Draw("samelu");
1087             else integralGraphLTM->Draw("alu");
1088          DrawLines(integralGraphLTM, nsigma, legend, kGreen+2, kTRUE);
1089       }
1090    }
1091    delete [] index;
1092    delete [] xarray;
1093    delete [] yarray;
1094
1095    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
1096    legend->Draw();
1097    return entries;
1098 }
1099
1100
1101 void AliTPCCalibViewer::DrawLines(TH1F *histogram, TVectorF nsigma, TLegend *legend, Int_t color, Bool_t pm) const {
1102    //
1103    // Private function for SigmaCut(...) and Integrate(...)
1104    // Draws lines into the given histogram, specified by "nsigma", the lines are addeed to the legend
1105    //
1106
1107    // start to draw the lines, loop over requested sigmas
1108    for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
1109       if (!pm) {
1110          Int_t bin = histogram->GetXaxis()->FindBin(nsigma[i]);
1111          TLine* lineUp = new TLine(nsigma[i], 0, nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin));
1112          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp);
1113          lineUp->SetLineColor(color);
1114          lineUp->SetLineStyle(2 + i);
1115          lineUp->Draw();
1116          TLine* lineLeft = new TLine(nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin), 0, histogram->GetBinContent(bin));
1117          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft);
1118          lineLeft->SetLineColor(color);
1119          lineLeft->SetLineStyle(2 + i);
1120          lineLeft->Draw();
1121          legend->AddEntry(lineLeft, Form("Fraction(%f #sigma) = %f",nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin)), "l");
1122       }
1123       else { // if (pm)
1124          Int_t bin = histogram->GetXaxis()->FindBin(nsigma[i]);
1125          TLine* lineUp1 = new TLine(nsigma[i], 0, nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin));
1126          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp1);
1127          lineUp1->SetLineColor(color);
1128          lineUp1->SetLineStyle(2 + i);
1129          lineUp1->Draw();
1130          TLine* lineLeft1 = new TLine(nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin), histogram->GetBinLowEdge(0)+histogram->GetBinWidth(0), histogram->GetBinContent(bin));
1131          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft1);
1132          lineLeft1->SetLineColor(color);
1133          lineLeft1->SetLineStyle(2 + i);
1134          lineLeft1->Draw();
1135          legend->AddEntry(lineLeft1, Form("Fraction(+%f #sigma) = %f",nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin)), "l");
1136          bin = histogram->GetXaxis()->FindBin(-nsigma[i]);
1137          TLine* lineUp2 = new TLine(-nsigma[i], 0, -nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin));
1138          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp2);
1139          lineUp2->SetLineColor(color);
1140          lineUp2->SetLineStyle(2 + i);
1141          lineUp2->Draw();
1142          TLine* lineLeft2 = new TLine(-nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin), histogram->GetBinLowEdge(0)+histogram->GetBinWidth(0), histogram->GetBinContent(bin));
1143          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft2);
1144          lineLeft2->SetLineColor(color);
1145          lineLeft2->SetLineStyle(2 + i);
1146          lineLeft2->Draw();
1147          legend->AddEntry(lineLeft2, Form("Fraction(-%f #sigma) = %f",nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin)), "l");
1148       }
1149    }  // for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++)
1150 }
1151
1152
1153 void AliTPCCalibViewer::DrawLines(TGraph *graph, TVectorF nsigma, TLegend *legend, Int_t color, Bool_t pm) const {
1154    //
1155    // Private function for SigmaCut(...) and Integrate(...)
1156    // Draws lines into the given histogram, specified by "nsigma", the lines are addeed to the legend
1157    //
1158
1159    // start to draw the lines, loop over requested sigmas
1160    for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
1161       if (!pm) {
1162          TLine* lineUp = new TLine(nsigma[i], 0, nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i]));
1163          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp);
1164          lineUp->SetLineColor(color);
1165          lineUp->SetLineStyle(2 + i);
1166          lineUp->Draw();
1167          TLine* lineLeft = new TLine(nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i]), 0, graph->Eval(nsigma[i]));
1168          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft);
1169          lineLeft->SetLineColor(color);
1170          lineLeft->SetLineStyle(2 + i);
1171          lineLeft->Draw();
1172          legend->AddEntry(lineLeft, Form("Fraction(%f #sigma) = %f",nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i])), "l");
1173       }
1174       else { // if (pm)
1175          TLine* lineUp1 = new TLine(nsigma[i], 0, nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i]));
1176          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp1);
1177          lineUp1->SetLineColor(color);
1178          lineUp1->SetLineStyle(2 + i);
1179          lineUp1->Draw();
1180          TLine* lineLeft1 = new TLine(nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i]), graph->GetHistogram()->GetXaxis()->GetBinLowEdge(0), graph->Eval(nsigma[i]));
1181          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft1);
1182          lineLeft1->SetLineColor(color);
1183          lineLeft1->SetLineStyle(2 + i);
1184          lineLeft1->Draw();
1185          legend->AddEntry(lineLeft1, Form("Fraction(+%f #sigma) = %f",nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i])), "l");
1186          TLine* lineUp2 = new TLine(-nsigma[i], 0, -nsigma[i], graph->Eval(-nsigma[i]));
1187          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp2);
1188          lineUp2->SetLineColor(color);
1189          lineUp2->SetLineStyle(2 + i);
1190          lineUp2->Draw();
1191          TLine* lineLeft2 = new TLine(-nsigma[i], graph->Eval(-nsigma[i]), graph->GetHistogram()->GetXaxis()->GetBinLowEdge(0), graph->Eval(-nsigma[i]));
1192          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft2);
1193          lineLeft2->SetLineColor(color);
1194          lineLeft2->SetLineStyle(2 + i);
1195          lineLeft2->Draw();
1196          legend->AddEntry(lineLeft2, Form("Fraction(-%f #sigma) = %f",nsigma[i], graph->Eval(-nsigma[i])), "l");
1197       }
1198    }  // for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++)
1199 }
1200
1201
1202
1203
1204
1205 /////////////////
1206 // Array tools //
1207 /////////////////
1208
1209
1210 Int_t AliTPCCalibViewer::GetBin(Float_t value, Int_t nbins, Double_t binLow, Double_t binUp){
1211    // Returns the 'bin' for 'value'
1212    // The interval between 'binLow' and 'binUp' is divided into 'nbins' equidistant bins
1213    // avoid index out of bounds error: 'if (bin < binLow) bin = binLow' and vice versa
1214    /* Begin_Latex
1215          GetBin(value) = #frac{nbins - 1}{binUp - binLow} #upoint (value - binLow) +1
1216       End_Latex
1217    */
1218
1219    Int_t bin =  TMath::Nint( (Float_t)(value - binLow) / (Float_t)(binUp - binLow) * (nbins-1) ) + 1;
1220    // avoid index out of bounds:
1221    if (value < binLow) bin = 0;
1222    if (value > binUp)  bin = nbins + 1;
1223    return bin;
1224
1225 }
1226
1227
1228 Double_t AliTPCCalibViewer::GetLTM(Int_t n, const Double_t *const array, Double_t *const sigma, Double_t fraction){
1229    //
1230    //  returns the LTM and sigma
1231    //
1232    Double_t *ddata = new Double_t[n];
1233    Double_t mean = 0, lsigma = 0;
1234    UInt_t nPoints = 0;
1235    for (UInt_t i = 0; i < (UInt_t)n; i++) {
1236          ddata[nPoints]= array[nPoints];
1237          nPoints++;
1238    }
1239    Int_t hh = TMath::Min(TMath::Nint(fraction * nPoints), Int_t(n));
1240    AliMathBase::EvaluateUni(nPoints, ddata, mean, lsigma, hh);
1241    if (sigma) *sigma = lsigma;
1242    delete [] ddata;
1243    return mean;
1244 }
1245
1246
1247 TH1F* AliTPCCalibViewer::SigmaCut(TH1F *const histogram, Float_t mean, Float_t sigma, Float_t sigmaMax, Float_t sigmaStep, Bool_t pm) {
1248    //
1249    // Creates a cumulative histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals around the mean value
1250    // The data of the distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex are given in 'histogram'
1251    // 'mean' and 'sigma' are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in 'histogram', to be specified by the user
1252    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma, Begin_Latex t #sigma End_Latex)
1253    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
1254    // pm: Decide weather Begin_Latex t > 0 End_Latex (first case) or Begin_Latex t End_Latex arbitrary (secound case)
1255    // The actual work is done on the array.
1256    /* Begin_Latex
1257          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = (#int_{#mu}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx + #int_{#mu}^{#mu - t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx) / (#int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx),    for  t > 0
1258          or
1259          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #int_{#mu}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx / #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx
1260       End_Latex
1261       Begin_Macro(source)
1262       {
1263          Float_t mean = 0;
1264          Float_t sigma = 1.5;
1265          Float_t sigmaMax = 4;
1266          gROOT->SetStyle("Plain");
1267          TH1F *distribution = new TH1F("Distrib1", "Distribution f(x, #mu, #sigma)", 1000,-5,5);
1268          TRandom rand(23);
1269          for (Int_t i = 0; i <50000;i++) distribution->Fill(rand.Gaus(mean, sigma));
1270          Float_t *ar = distribution->GetArray();
1271
1272          TCanvas* macro_example_canvas = new TCanvas("cAliTPCCalibViewer1", "", 350, 350);
1273          macro_example_canvas->Divide(0,3);
1274          TVirtualPad *pad1 = macro_example_canvas->cd(1);
1275          pad1->SetGridy();
1276          pad1->SetGridx();
1277          distribution->Draw();
1278          TVirtualPad *pad2 = macro_example_canvas->cd(2);
1279          pad2->SetGridy();
1280          pad2->SetGridx();
1281
1282          TH1F *shist = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(distribution, mean, sigma, sigmaMax);
1283          shist->SetNameTitle("Cumulative","Cumulative S(t, #mu, #sigma)");
1284          shist->Draw();
1285          TVirtualPad *pad3 = macro_example_canvas->cd(3);
1286          pad3->SetGridy();
1287          pad3->SetGridx();
1288          TH1F *shistPM = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(distribution, mean, sigma, sigmaMax, -1, kTRUE);
1289          shistPM->Draw();
1290          return macro_example_canvas;
1291       }
1292       End_Macro
1293    */
1294
1295    Float_t *array = histogram->GetArray();
1296    Int_t    nbins = histogram->GetXaxis()->GetNbins();
1297    Float_t binLow = histogram->GetXaxis()->GetXmin();
1298    Float_t binUp  = histogram->GetXaxis()->GetXmax();
1299    return AliTPCCalibViewer::SigmaCut(nbins, array, mean, sigma, nbins, binLow, binUp, sigmaMax, sigmaStep, pm);
1300 }
1301
1302
1303 TH1F* AliTPCCalibViewer::SigmaCut(Int_t n, const Float_t *array, Float_t mean, Float_t sigma, Int_t nbins, Float_t binLow, Float_t binUp, Float_t sigmaMax, Float_t sigmaStep, Bool_t pm){
1304    //
1305    // Creates a histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals around the mean value
1306    // The data of the distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex are given in 'array', 'n' specifies the length of the array
1307    // 'mean' and 'sigma' are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in 'array', to be specified by the user
1308    // 'nbins': number of bins, 'binLow': first bin, 'binUp': last bin
1309    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma, Begin_Latex t #sigma End_Latex)
1310    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
1311    // Here the actual work is done.
1312
1313    if (sigma == 0) return 0;
1314    Float_t binWidth = (binUp-binLow)/(nbins - 1);
1315    if (sigmaStep <= 0) sigmaStep = binWidth;
1316    Int_t kbins = (Int_t)(sigmaMax * sigma / sigmaStep) + 1; // + 1  due to overflow bin in histograms
1317    if (pm) kbins = 2 * (Int_t)(sigmaMax * sigma / sigmaStep) + 1;
1318    Float_t kbinLow = !pm ? 0 : -sigmaMax;
1319    Float_t kbinUp  = sigmaMax;
1320    TH1F *hist = new TH1F("sigmaCutHisto","Cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", kbins, kbinLow, kbinUp);
1321    hist->SetDirectory(0);
1322    hist->Reset();
1323
1324    // calculate normalization
1325    Double_t normalization = 0;
1326    for (Int_t i = 0; i <= n; i++) {
1327         normalization += array[i];
1328    }
1329
1330    // given units: units from given histogram
1331    // sigma units: in units of sigma
1332    // iDelta: integrate in interval (mean +- iDelta), given units
1333    // x:      ofset from mean for integration, given units
1334    // hist:   needs
1335
1336 //    printf("nbins: %i, binLow: %f, binUp: %f \n", nbins, binLow, binUp);
1337    // fill histogram
1338    for (Float_t iDelta = 0; iDelta <= sigmaMax * sigma; iDelta += sigmaStep) {
1339       // integrate array
1340       Double_t valueP = array[GetBin(mean, nbins, binLow, binUp)];
1341       Double_t valueM = array[GetBin(mean-binWidth, nbins, binLow, binUp)];
1342       // add bin of mean value only once to the histogram
1343 //       printf("++ adding bins: ");
1344       for (Float_t x = binWidth; x <= iDelta; x += binWidth) {
1345          valueP += (mean + x <= binUp)  ? array[GetBin(mean + x, nbins, binLow, binUp)] : 0;
1346          valueM += (mean-binWidth - x >= binLow) ? array[GetBin(mean-binWidth - x, nbins, binLow, binUp)] : 0;
1347 //          printf("%i, ", GetBin(mean + x, nbins, binLow, binUp));
1348       }
1349 //       printf("\n");
1350       if (valueP / normalization > 100) printf("+++ Error, value to big: %f, normalization with %f will fail  +++ \n", valueP, normalization);
1351       if (valueP / normalization > 100) return hist;
1352       if (valueM / normalization > 100) printf("+++ Error, value to big: %f, normalization with %f will fail  +++ \n", valueM, normalization);
1353       if (valueM / normalization > 100) return hist;
1354       valueP = (valueP / normalization);
1355       valueM = (valueM / normalization);
1356       if (pm) {
1357          Int_t bin = GetBin(iDelta/sigma, kbins, kbinLow, kbinUp);
1358          hist->SetBinContent(bin, valueP);
1359          bin = GetBin(-iDelta/sigma, kbins, kbinLow, kbinUp);
1360          hist->SetBinContent(bin, valueM);
1361       }
1362       else { // if (!pm)
1363          Int_t bin = GetBin(iDelta/sigma, kbins, kbinLow, kbinUp);
1364          hist->SetBinContent(bin, valueP + valueM);
1365 //          printf("  first integration bin: %i, last integration bin in + direction: %i \n", GetBin(mean+binWidth, nbins, binLow, binUp), GetBin(iDelta, nbins, binLow, binUp));
1366 //          printf("  first integration bin: %i, last integration bin in - direction: %i \n", GetBin(mean+binWidth, nbins, binLow, binUp), GetBin(-iDelta, nbins, binLow, binUp));
1367 //          printf("  value: %f, normalization: %f, iDelta: %f, Bin: %i \n", valueP+valueM, normalization, iDelta, bin);
1368       }
1369    }
1370    //hist->SetMaximum(0.7);
1371    if (!pm) hist->SetMaximum(1.2);
1372    return hist;
1373 }
1374
1375
1376 TH1F* AliTPCCalibViewer::SigmaCut(Int_t /*n*/, const Double_t */*array*/, Double_t /*mean*/, Double_t /*sigma*/, Int_t /*nbins*/, const Double_t */*xbins*/, Double_t /*sigmaMax*/){
1377    //
1378    // SigmaCut for variable binsize
1379    // NOT YET IMPLEMENTED !!!
1380    //
1381    printf("SigmaCut with variable binsize, Not yet implemented\n");
1382
1383    return 0;
1384 }
1385
1386
1387 TH1F* AliTPCCalibViewer::Integrate(TH1F *const histogram, Float_t mean, Float_t sigma, Float_t sigmaMax, Float_t sigmaStep){
1388    //
1389    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
1390    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
1391    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
1392    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
1393    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
1394    // The actual work is done on the array.
1395    /* Begin_Latex
1396          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #int_{-#infty}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx / #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx
1397       End_Latex
1398       Begin_Macro(source)
1399       {
1400          Float_t mean = 0;
1401          Float_t sigma = 1.5;
1402          Float_t sigmaMax = 4;
1403          gROOT->SetStyle("Plain");
1404          TH1F *distribution = new TH1F("Distrib2", "Distribution f(x, #mu, #sigma)", 1000,-5,5);
1405          TRandom rand(23);
1406          for (Int_t i = 0; i <50000;i++) distribution->Fill(rand.Gaus(mean, sigma));
1407          Float_t *ar = distribution->GetArray();
1408
1409          TCanvas* macro_example_canvas = new TCanvas("cAliTPCCalibViewer2", "", 350, 350);
1410          macro_example_canvas->Divide(0,2);
1411          TVirtualPad *pad1 = macro_example_canvas->cd(1);
1412          pad1->SetGridy();
1413          pad1->SetGridx();
1414          distribution->Draw();
1415          TVirtualPad *pad2 = macro_example_canvas->cd(2);
1416          pad2->SetGridy();
1417          pad2->SetGridx();
1418          TH1F *shist = AliTPCCalibViewer::Integrate(distribution, mean, sigma, sigmaMax);
1419          shist->SetNameTitle("Cumulative","Cumulative S(t, #mu, #sigma)");
1420          shist->Draw();
1421
1422          return macro_example_canvas_Integrate;
1423       }
1424       End_Macro
1425    */
1426
1427
1428    Float_t *array = histogram->GetArray();
1429    Int_t    nbins = histogram->GetXaxis()->GetNbins();
1430    Float_t binLow = histogram->GetXaxis()->GetXmin();
1431    Float_t binUp  = histogram->GetXaxis()->GetXmax();
1432    return AliTPCCalibViewer::Integrate(nbins, array, nbins, binLow, binUp, mean, sigma, sigmaMax, sigmaStep);
1433 }
1434
1435
1436 TH1F* AliTPCCalibViewer::Integrate(Int_t n, const Float_t *const array, Int_t nbins, Float_t binLow, Float_t binUp, Float_t mean, Float_t sigma, Float_t sigmaMax, Float_t sigmaStep){
1437    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
1438    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
1439    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
1440    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
1441    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
1442    // Here the actual work is done.
1443
1444    Bool_t givenUnits = kTRUE;
1445    if (sigma != 0 && sigmaMax != 0) givenUnits = kFALSE;
1446    if (givenUnits) {
1447       sigma = 1;
1448       sigmaMax = (binUp - binLow) / 2.;
1449    }
1450
1451    Float_t binWidth = (binUp-binLow)/(nbins - 1);
1452    if (sigmaStep <= 0) sigmaStep = binWidth;
1453    Int_t kbins =  (Int_t)(sigmaMax * sigma / sigmaStep) + 1;  // + 1  due to overflow bin in histograms
1454    Float_t kbinLow = givenUnits ? binLow : -sigmaMax;
1455    Float_t kbinUp  = givenUnits ? binUp  : sigmaMax;
1456    TH1F *hist = 0;
1457    if (givenUnits)  hist = new TH1F("integratedHisto","Integrated Histogram; Given x; Fraction of included data", kbins, kbinLow, kbinUp);
1458    if (!givenUnits) hist = new TH1F("integratedHisto","Integrated Histogram; Multiples of #sigma; Fraction of included data", kbins, kbinLow, kbinUp);
1459    hist->SetDirectory(0);
1460    hist->Reset();
1461
1462    // calculate normalization
1463  //  printf("calculating normalization, integrating from bin 1 to %i \n", n);
1464    Double_t normalization = 0;
1465    for (Int_t i = 1; i <= n; i++) {
1466         normalization += array[i];
1467    }
1468  //  printf("normalization: %f \n", normalization);
1469
1470    // given units: units from given histogram
1471    // sigma units: in units of sigma
1472    // iDelta: integrate in interval (mean +- iDelta), given units
1473    // x:      ofset from mean for integration, given units
1474    // hist:   needs
1475
1476    // fill histogram
1477    for (Float_t iDelta = mean - sigmaMax * sigma; iDelta <= mean + sigmaMax * sigma; iDelta += sigmaStep) {
1478       // integrate array
1479       Double_t value = 0;
1480       for (Float_t x = mean - sigmaMax * sigma; x <= iDelta; x += binWidth) {
1481          value += (x <= binUp && x >= binLow)  ? array[GetBin(x, nbins, binLow, binUp)] : 0;
1482       }
1483       if (value / normalization > 100) printf("+++ Error, value to big: %f, normalization with %f will fail  +++ \n", value, normalization);
1484       if (value / normalization > 100) return hist;
1485       Int_t bin = GetBin(iDelta/sigma, kbins, kbinLow, kbinUp);
1486     //  printf("first integration bin: %i, last integration bin: %i \n", GetBin(mean - sigmaMax * sigma, nbins, binLow, binUp), GetBin(iDelta, nbins, binLow, binUp));
1487     //  printf("value: %f, normalization: %f, normalized value: %f, iDelta: %f, Bin: %i \n", value, normalization, value/normalization, iDelta, bin);
1488       value = (value / normalization);
1489       hist->SetBinContent(bin, value);
1490    }
1491    return hist;
1492 }
1493
1494
1495
1496
1497
1498 ////////////////////////
1499 // end of Array tools //
1500 ////////////////////////
1501
1502
1503
1504 //_____________________________________________________________________________
1505 AliTPCCalPad* AliTPCCalibViewer::GetCalPadOld(const char* desiredData, const char* cuts, const char* calPadName) const {
1506   //
1507   // creates a AliTPCCalPad out of the 'desiredData'
1508   // the functionality of EasyDraw1D is used
1509   // calPadName specifies the name of the created AliTPCCalPad
1510   //  - this takes a while -
1511   //
1512    TString drawStr(desiredData);
1513    drawStr.Append(":channel");
1514    drawStr.Append(fAbbreviation);
1515    AliTPCCalPad * createdCalPad = new AliTPCCalPad(calPadName, calPadName);
1516    Int_t entries = 0;
1517    for (Int_t sec = 0; sec < 72; sec++) {
1518      AliTPCCalROC * roc = createdCalPad->GetCalROC(sec);
1519       entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), (Int_t)sec, cuts, "goff");
1520       if (entries == -1) return 0;
1521       const Double_t *pchannel = fTree->GetV2();
1522       const Double_t *pvalue   = fTree->GetV1();
1523       for (Int_t i = 0; i < entries; i++)
1524          roc->SetValue((UInt_t)(pchannel[i]), (Float_t)(pvalue[i]));
1525    }
1526    return createdCalPad;
1527 }
1528
1529
1530 //_____________________________________________________________________________
1531 AliTPCCalPad* AliTPCCalibViewer::GetCalPad(const char* desiredData, const char* cuts, const char* calPadName) const {
1532   //
1533   // creates a AliTPCCalPad out of the 'desiredData'
1534   // the functionality of EasyDraw1D is used
1535   // calPadName specifies the name of the created AliTPCCalPad
1536   //  - this takes a while -
1537   //
1538    TString drawStr(desiredData);
1539    drawStr.Append(":channel.fElements:sector");
1540    AliTPCCalPad * createdCalPad = new AliTPCCalPad(calPadName, calPadName);
1541    //
1542    Int_t entries = fTree->Draw(drawStr, cuts,"goff");
1543    const Double_t *pvalue   = fTree->GetV1();
1544    const Double_t *pchannel = fTree->GetV2();
1545    const Double_t *psector  = fTree->GetV3();
1546
1547    for (Int_t ientry=0; ientry<entries; ientry++){
1548      Int_t sector= TMath::Nint(psector[ientry]);
1549      AliTPCCalROC * roc = createdCalPad->GetCalROC(sector);
1550      if (roc) roc->SetValue((UInt_t)(pchannel[ientry]), (Float_t)(pvalue[ientry]));
1551    }
1552
1553   //  for (Int_t sec = 0; sec < 72; sec++) {
1554 //      AliTPCCalROC * roc = createdCalPad->GetCalROC(sec);
1555 //       entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), (Int_t)sec, cuts, "goff");
1556 //       if (entries == -1) return 0;
1557 //       for (Int_t i = 0; i < entries; i++)
1558 //          roc->SetValue((UInt_t)(pchannel[i]), (Float_t)(pvalue[i]));
1559 //    }
1560    return createdCalPad;
1561 }
1562
1563 //_____________________________________________________________________________
1564 AliTPCCalROC* AliTPCCalibViewer::GetCalROC(const char* desiredData, UInt_t sector, const char* cuts) const {
1565   //
1566   // creates a AliTPCCalROC out of the desiredData
1567   // the functionality of EasyDraw1D is used
1568   // sector specifies the sector of the created AliTPCCalROC
1569   //
1570    TString drawStr(desiredData);
1571    drawStr.Append(":channel");
1572    drawStr.Append(fAbbreviation);
1573    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), (Int_t)sector, cuts, "goff");
1574    if (entries == -1) return 0;
1575    AliTPCCalROC * createdROC = new AliTPCCalROC(sector);
1576    for (Int_t i = 0; i < entries; i++)
1577       createdROC->SetValue((UInt_t)(fTree->GetV2()[i]), fTree->GetV1()[i]);
1578    return createdROC;
1579 }
1580
1581
1582 TObjArray* AliTPCCalibViewer::GetListOfVariables(Bool_t printList) {
1583   //
1584   // scan the tree  - produces a list of available variables in the tree
1585   // printList: print the list to the screen, after the scan is done
1586   //
1587    TObjArray* arr = new TObjArray();
1588    TObjString* str = 0;
1589    if (!fTree) return 0;
1590    Int_t nentries = fTree->GetListOfBranches()->GetEntries();
1591    for (Int_t i = 0; i < nentries; i++) {
1592       str = new TObjString(fTree->GetListOfBranches()->At(i)->GetName());
1593       str->String().ReplaceAll("_Median", "");
1594       str->String().ReplaceAll("_Mean", "");
1595       str->String().ReplaceAll("_RMS", "");
1596       str->String().ReplaceAll("_LTM", "");
1597       str->String().ReplaceAll("_OutlierCutted", "");
1598       str->String().ReplaceAll(".", "");
1599       if (!arr->FindObject(str) &&
1600           !(str->String() == "channel" || str->String() == "gx" || str->String() == "gy" ||
1601             str->String() == "lx" || str->String() == "ly" || str->String() == "pad" ||
1602             str->String() == "row" || str->String() == "rpad" || str->String() == "sector"  ))
1603          arr->Add(str);
1604    }
1605
1606    // loop over all friends (if there are some) and add them to the list
1607    if (fTree->GetListOfFriends()) {
1608       for (Int_t ifriend = 0; ifriend < fTree->GetListOfFriends()->GetEntries(); ifriend++){
1609          // printf("iterating through friendlist, currently at %i\n", ifriend);
1610          // printf("working with %s\n", fTree->GetListOfFriends()->At(ifriend)->ClassName());
1611          if (TString(fTree->GetListOfFriends()->At(ifriend)->ClassName()) != "TFriendElement") continue; // no friendElement found
1612          TFriendElement *friendElement = (TFriendElement*)fTree->GetListOfFriends()->At(ifriend);
1613          if (friendElement->GetTree() == 0) continue; // no tree found in friendElement
1614          // printf("friend found \n");
1615          for (Int_t i = 0; i < friendElement->GetTree()->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++) {
1616             // printf("iterating through friendelement entries, currently at %i\n", i);
1617             str = new TObjString(friendElement->GetTree()->GetListOfBranches()->At(i)->GetName());
1618             str->String().ReplaceAll("_Median", "");
1619             str->String().ReplaceAll("_Mean", "");
1620             str->String().ReplaceAll("_RMS", "");
1621             str->String().ReplaceAll("_LTM", "");
1622             str->String().ReplaceAll("_OutlierCutted", "");
1623             str->String().ReplaceAll(".", "");
1624             if (!(str->String() == "channel" || str->String() == "gx" || str->String() == "gy" ||
1625                   str->String() == "lx" || str->String() == "ly" || str->String() == "pad" ||
1626                   str->String() == "row" || str->String() == "rpad" || str->String() == "sector"  )){
1627                // insert "<friendName>." at the beginning: (<friendName> is per default "R")
1628                str->String().Insert(0, ".");
1629                str->String().Insert(0, friendElement->GetName());
1630                if (!arr->FindObject(str)) arr->Add(str);
1631                // printf("added string %s \n", str->String().Data());
1632             }
1633          }
1634       }
1635    } // if (fTree->GetListOfFriends())
1636
1637    arr->Sort();
1638 //   ((TFriendElement*)gui->GetViewer()->GetTree()->GetListOfFriends()->At(0))->GetTree()->GetListOfBranches()->At(0)->GetName()
1639 // ((TFriendElement*)gui->GetViewer()->GetTree()->GetListOfFriends()->At(0))->GetTree()->GetListOfBranches()
1640
1641
1642    if (printList) {
1643       TIterator* iter = arr->MakeIterator();
1644       iter->Reset();
1645       TObjString* currentStr = 0;
1646       while ( (currentStr = (TObjString*)(iter->Next())) ) {
1647          std::cout << currentStr->GetString().Data() << std::endl;
1648       }
1649       delete iter;
1650    }
1651    return arr;
1652 }
1653
1654
1655 TObjArray* AliTPCCalibViewer::GetListOfNormalizationVariables(Bool_t printList) const{
1656   //
1657   // produces a list of available variables for normalization in the tree
1658   // printList: print the list to the screen, after the scan is done
1659   //
1660    TObjArray* arr = new TObjArray();
1661    arr->Add(new TObjString("_Mean"));
1662    arr->Add(new TObjString("_Mean_OutlierCutted"));
1663    arr->Add(new TObjString("_Median"));
1664    arr->Add(new TObjString("_Median_OutlierCutted"));
1665    arr->Add(new TObjString("_LTM"));
1666    arr->Add(new TObjString("_LTM_OutlierCutted"));
1667    arr->Add(new TObjString(Form("LFitIntern_4_8%s", fAppendString.Data())));
1668    arr->Add(new TObjString(Form("GFitIntern_Lin%s", fAppendString.Data())));
1669    arr->Add(new TObjString(Form("GFitIntern_Par%s", fAppendString.Data())));
1670    arr->Add(new TObjString("FitLinLocal"));
1671    arr->Add(new TObjString("FitLinGlobal"));
1672    arr->Add(new TObjString("FitParLocal"));
1673    arr->Add(new TObjString("FitParGlobal"));
1674
1675    if (printList) {
1676       TIterator* iter = arr->MakeIterator();
1677       iter->Reset();
1678       TObjString* currentStr = 0;
1679       while ((currentStr = (TObjString*)(iter->Next()))) {
1680          std::cout << currentStr->GetString().Data() << std::endl;
1681       }
1682       delete iter;
1683    }
1684    return arr;
1685 }
1686
1687
1688 TFriendElement* AliTPCCalibViewer::AddReferenceTree(const char* filename, const char* treename, const char* refname){
1689   //
1690   // add a reference tree to the current tree
1691   // by default the treename is 'calPads' and the reference treename is 'R'
1692   //
1693    TFile *file = new TFile(filename);
1694    fListOfObjectsToBeDeleted->Add(file);
1695    TTree * tree = (TTree*)file->Get(treename);
1696    return AddFriend(tree, refname);
1697 }
1698
1699
1700 TObjArray* AliTPCCalibViewer::GetArrayOfCalPads(){
1701   //
1702   // Returns a TObjArray with all AliTPCCalPads that are stored in the tree
1703   //  - this takes a while -
1704   //
1705    TObjArray *listOfCalPads = GetListOfVariables();
1706    TObjArray *calPadsArray = new TObjArray();
1707    Int_t numberOfCalPads = listOfCalPads->GetEntries();
1708    for (Int_t i = 0; i < numberOfCalPads; i++) {
1709       std::cout << "Creating calPad " << (i+1) << " of " << numberOfCalPads << "\r" << std::flush;
1710       char* calPadName = (char*)((TObjString*)(listOfCalPads->At(i)))->GetString().Data();
1711       TString drawCommand = ((TObjString*)(listOfCalPads->At(i)))->GetString();
1712       drawCommand.Append(fAbbreviation.Data());
1713       AliTPCCalPad* calPad = GetCalPad(drawCommand.Data(), "", calPadName);
1714       calPadsArray->Add(calPad);
1715    }
1716    std::cout << std::endl;
1717    listOfCalPads->Delete();
1718    delete listOfCalPads;
1719    return calPadsArray;
1720 }
1721
1722
1723 TString* AliTPCCalibViewer::Fit(const char* drawCommand, const char* formula, const char* cuts, Double_t & chi2, TVectorD &fitParam, TMatrixD &covMatrix){
1724    //
1725    // fit an arbitrary function, specified by formula into the data, specified by drawCommand and cuts
1726    // returns chi2, fitParam and covMatrix
1727    // returns TString with fitted formula
1728    //
1729
1730    TString formulaStr(formula);
1731    TString drawStr(drawCommand);
1732    TString cutStr(cuts);
1733
1734    // abbreviations:
1735    drawStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
1736    cutStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
1737    formulaStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
1738
1739    formulaStr.ReplaceAll("++", fAbbreviation);
1740    TObjArray* formulaTokens = formulaStr.Tokenize(fAbbreviation.Data());
1741    Int_t dim = formulaTokens->GetEntriesFast();
1742
1743    fitParam.ResizeTo(dim);
1744    covMatrix.ResizeTo(dim,dim);
1745
1746    TLinearFitter* fitter = new TLinearFitter(dim+1, Form("hyp%d",dim));
1747    fitter->StoreData(kTRUE);
1748    fitter->ClearPoints();
1749
1750    Int_t entries = Draw(drawStr.Data(), cutStr.Data(), "goff");
1751    if (entries == -1) return new TString("An ERROR has occured during fitting!");
1752    Double_t **values = new Double_t*[dim+1] ;
1753
1754    for (Int_t i = 0; i < dim + 1; i++){
1755       Int_t centries = 0;
1756       if (i < dim) centries = fTree->Draw(((TObjString*)formulaTokens->At(i))->GetName(), cutStr.Data(), "goff");
1757       else  centries = fTree->Draw(drawStr.Data(), cutStr.Data(), "goff");
1758
1759       if (entries != centries) {
1760         delete [] values;
1761         return new TString("An ERROR has occured during fitting!");
1762       }
1763       values[i] = new Double_t[entries];
1764       memcpy(values[i],  fTree->GetV1(), entries*sizeof(Double_t));
1765    }
1766
1767    // add points to the fitter
1768    for (Int_t i = 0; i < entries; i++){
1769       Double_t x[1000];
1770       for (Int_t j=0; j<dim;j++) x[j]=values[j][i];
1771       fitter->AddPoint(x, values[dim][i], 1);
1772    }
1773
1774    fitter->Eval();
1775    fitter->GetParameters(fitParam);
1776    fitter->GetCovarianceMatrix(covMatrix);
1777    chi2 = fitter->GetChisquare();
1778 //    chi2 = chi2;
1779
1780    TString *preturnFormula = new TString(Form("( %e+",fitParam[0])), &returnFormula = *preturnFormula;
1781
1782    for (Int_t iparam = 0; iparam < dim; iparam++) {
1783      returnFormula.Append(Form("%s*(%e)",((TObjString*)formulaTokens->At(iparam))->GetName(),fitParam[iparam+1]));
1784      if (iparam < dim-1) returnFormula.Append("+");
1785    }
1786    returnFormula.Append(" )");
1787    delete formulaTokens;
1788    delete fitter;
1789    for (Int_t i = 0; i < dim + 1; i++){
1790      delete [] values[i];
1791    }
1792    delete [] values;
1793    return preturnFormula;
1794 }
1795
1796
1797 void AliTPCCalibViewer::MakeTreeWithObjects(const char *fileName, const TObjArray *const array, const char * mapFileName) {
1798   //
1799   // Write tree with all available information
1800   // im mapFileName is speciefied, the Map information are also written to the tree
1801   // AliTPCCalPad-Objects are written directly to the tree, so that they can be accessd later on
1802   // (does not work!!!)
1803   //
1804    AliTPCROC* tpcROCinstance = AliTPCROC::Instance();
1805
1806    TObjArray* mapIROCs = 0;
1807    TObjArray* mapOROCs = 0;
1808    TVectorF *mapIROCArray = 0;
1809    TVectorF *mapOROCArray = 0;
1810    Int_t mapEntries = 0;
1811    TString* mapNames = 0;
1812
1813    if (mapFileName) {
1814       TFile mapFile(mapFileName, "read");
1815
1816       TList* listOfROCs = mapFile.GetListOfKeys();
1817       mapEntries = listOfROCs->GetEntries()/2;
1818       mapIROCs = new TObjArray(mapEntries*2);
1819       mapOROCs = new TObjArray(mapEntries*2);
1820       mapIROCArray = new TVectorF[mapEntries];
1821       mapOROCArray = new TVectorF[mapEntries];
1822
1823       mapNames = new TString[mapEntries];
1824       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1825          TString rocName(((TKey*)(listOfROCs->At(ivalue*2)))->GetName());
1826          rocName.Remove(rocName.Length()-4, 4);
1827          mapIROCs->AddAt((AliTPCCalROC*)mapFile.Get((rocName + "IROC").Data()), ivalue);
1828          mapOROCs->AddAt((AliTPCCalROC*)mapFile.Get((rocName + "OROC").Data()), ivalue);
1829          mapNames[ivalue].Append(rocName);
1830       }
1831
1832       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1833          mapIROCArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(0));
1834          mapOROCArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(36));
1835
1836          for (UInt_t ichannel = 0; ichannel < tpcROCinstance->GetNChannels(0); ichannel++)
1837             (mapIROCArray[ivalue])[ichannel] = ((AliTPCCalROC*)(mapIROCs->At(ivalue)))->GetValue(ichannel);
1838          for (UInt_t ichannel = 0; ichannel < tpcROCinstance->GetNChannels(36); ichannel++)
1839             (mapOROCArray[ivalue])[ichannel] = ((AliTPCCalROC*)(mapOROCs->At(ivalue)))->GetValue(ichannel);
1840       }
1841
1842    } //  if (mapFileName)
1843
1844    TTreeSRedirector cstream(fileName);
1845    Int_t arrayEntries = array->GetEntries();
1846
1847    // Read names of AliTPCCalPads and save them in names[]
1848    TString* names = new TString[arrayEntries];
1849    for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++)
1850       names[ivalue].Append(((AliTPCCalPad*)array->At(ivalue))->GetName());
1851
1852    for (UInt_t isector = 0; isector < tpcROCinstance->GetNSectors(); isector++) {
1853
1854       TVectorF *vectorArray = new TVectorF[arrayEntries];
1855       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++)
1856          vectorArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(isector));
1857
1858
1859       //
1860       // fill vectors of variable per pad
1861       //
1862       TVectorF *posArray = new TVectorF[8];
1863       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < 8; ivalue++)
1864          posArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(isector));
1865
1866       Float_t posG[3] = {0};
1867       Float_t posL[3] = {0};
1868       Int_t ichannel = 0;
1869       for (UInt_t irow = 0; irow < tpcROCinstance->GetNRows(isector); irow++) {
1870          for (UInt_t ipad = 0; ipad < tpcROCinstance->GetNPads(isector, irow); ipad++) {
1871             tpcROCinstance->GetPositionLocal(isector, irow, ipad, posL);
1872             tpcROCinstance->GetPositionGlobal(isector, irow, ipad, posG);
1873             posArray[0][ichannel] = irow;
1874             posArray[1][ichannel] = ipad;
1875             posArray[2][ichannel] = posL[0];
1876             posArray[3][ichannel] = posL[1];
1877             posArray[4][ichannel] = posG[0];
1878             posArray[5][ichannel] = posG[1];
1879             posArray[6][ichannel] = (Int_t)(ipad - (Double_t)(tpcROCinstance->GetNPads(isector, irow))/2);
1880             posArray[7][ichannel] = ichannel;
1881
1882             // loop over array containing AliTPCCalPads
1883             for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
1884                AliTPCCalPad* calPad = (AliTPCCalPad*) array->At(ivalue);
1885                AliTPCCalROC* calROC = calPad->GetCalROC(isector);
1886                if (calROC)
1887                   (vectorArray[ivalue])[ichannel] = calROC->GetValue(irow, ipad);
1888                else
1889                   (vectorArray[ivalue])[ichannel] = 0;
1890             }
1891             ichannel++;
1892          }
1893       }
1894       AliTPCCalROC dummyROC(0);
1895       for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
1896          AliTPCCalROC *roc = ((AliTPCCalPad*)array->At(ivalue))->GetCalROC(isector);
1897          if (!roc) roc = &dummyROC;
1898          cstream << "calPads" <<
1899             (Char_t*)((names[ivalue] + ".=").Data()) << &vectorArray[ivalue];
1900          cstream << "calPads" <<
1901             (Char_t*)((names[ivalue] + "Pad.=").Data()) << roc;
1902       }
1903
1904       if (mapFileName) {
1905          for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1906             if (isector < 36)
1907                cstream << "calPads" <<
1908                   (Char_t*)((mapNames[ivalue] + ".=").Data()) << &mapIROCArray[ivalue];
1909             else
1910                cstream << "calPads" <<
1911                   (Char_t*)((mapNames[ivalue] + ".=").Data()) << &mapOROCArray[ivalue];
1912          }
1913       }
1914
1915       cstream << "calPads" <<
1916          "sector=" << isector;
1917
1918       cstream << "calPads" <<
1919          "row.=" << &posArray[0] <<
1920          "pad.=" << &posArray[1] <<
1921          "lx.=" << &posArray[2] <<
1922          "ly.=" << &posArray[3] <<
1923          "gx.=" << &posArray[4] <<
1924          "gy.=" << &posArray[5] <<
1925          "rpad.=" << &posArray[6] <<
1926          "channel.=" << &posArray[7];
1927
1928       cstream << "calPads" <<
1929          "\n";
1930
1931       delete[] posArray;
1932       delete[] vectorArray;
1933    } //for (UInt_t isector = 0; isector < tpcROCinstance->GetNSectors(); isector++)
1934
1935    delete[] names;
1936    if (mapFileName) {
1937       delete mapIROCs;
1938       delete mapOROCs;
1939       delete[] mapIROCArray;
1940       delete[] mapOROCArray;
1941       delete[] mapNames;
1942    }
1943 }
1944
1945
1946 void AliTPCCalibViewer::MakeTree(const char * fileName, TObjArray * array, const char * mapFileName, AliTPCCalPad *const outlierPad, Float_t ltmFraction) {
1947   //
1948   // Write a tree with all available information
1949   // if mapFileName is speciefied, the Map information are also written to the tree
1950   // pads specified in outlierPad are not used for calculating statistics
1951   // The following statistical information on the basis of a ROC are calculated:
1952   // "_Median", "_Mean", "_LTM", "_RMS_LTM"
1953   // "_Median_OutlierCutted", "_Mean_OutlierCutted", "_RMS_OutlierCutted", "_LTM_OutlierCutted", "_RMS_LTM_OutlierCutted"
1954   // The following position variables are available:
1955   // "row", "pad", "lx", "ly", "gx", "gy", "rpad", "channel"
1956   //
1957   // The tree out of this function is the basis for the AliTPCCalibViewer and the AliTPCCalibViewerGUI.
1958
1959   AliTPCROC* tpcROCinstance = AliTPCROC::Instance();
1960
1961   TObjArray* mapIROCs = 0;
1962   TObjArray* mapOROCs = 0;
1963   TVectorF *mapIROCArray = 0;
1964   TVectorF *mapOROCArray = 0;
1965   Int_t mapEntries = 0;
1966   TString* mapNames = 0;
1967
1968   if (mapFileName) {
1969     TFile mapFile(mapFileName, "read");
1970
1971     TList* listOfROCs = mapFile.GetListOfKeys();
1972     mapEntries = listOfROCs->GetEntries()/2;
1973     mapIROCs = new TObjArray(mapEntries*2);
1974     mapOROCs = new TObjArray(mapEntries*2);
1975     mapIROCArray = new TVectorF[mapEntries];
1976     mapOROCArray = new TVectorF[mapEntries];
1977
1978     mapNames = new TString[mapEntries];
1979     for (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1980       TString rocName(((TKey*)(listOfROCs->At(ivalue*2)))->GetName());
1981       rocName.Remove(rocName.Length()-4, 4);
1982       mapIROCs->AddAt((AliTPCCalROC*)mapFile.Get((rocName + "IROC").Data()), ivalue);
1983       mapOROCs->AddAt((AliTPCCalROC*)mapFile.Get((rocName + "OROC").Data()), ivalue);
1984       mapNames[ivalue].Append(rocName);
1985     }
1986
1987     for (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1988       mapIROCArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(0));
1989       mapOROCArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(36));
1990
1991       for (UInt_t ichannel = 0; ichannel < tpcROCinstance->GetNChannels(0); ichannel++)
1992         (mapIROCArray[ivalue])[ichannel] = ((AliTPCCalROC*)(mapIROCs->At(ivalue)))->GetValue(ichannel);
1993       for (UInt_t ichannel = 0; ichannel < tpcROCinstance->GetNChannels(36); ichannel++)
1994         (mapOROCArray[ivalue])[ichannel] = ((AliTPCCalROC*)(mapOROCs->At(ivalue)))->GetValue(ichannel);
1995     }
1996
1997   } //  if (mapFileName)
1998
1999   TTreeSRedirector cstream(fileName);
2000   Int_t arrayEntries = 0;
2001   if (array) arrayEntries = array->GetEntries();
2002
2003   TString* names = new TString[arrayEntries];
2004   for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++)
2005     names[ivalue].Append(((AliTPCCalPad*)array->At(ivalue))->GetName());
2006
2007   for (UInt_t isector = 0; isector < tpcROCinstance->GetNSectors(); isector++) {
2008       //
2009       // get statistic for given sector
2010       //
2011     TVectorF median(arrayEntries);
2012     TVectorF mean(arrayEntries);
2013     TVectorF rms(arrayEntries);
2014     TVectorF ltm(arrayEntries);
2015     TVectorF ltmrms(arrayEntries);
2016     TVectorF medianWithOut(arrayEntries);
2017     TVectorF meanWithOut(arrayEntries);
2018     TVectorF rmsWithOut(arrayEntries);
2019     TVectorF ltmWithOut(arrayEntries);
2020     TVectorF ltmrmsWithOut(arrayEntries);
2021
2022     TVectorF *vectorArray = new TVectorF[arrayEntries];
2023     for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++){
2024       vectorArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(isector));
2025       vectorArray[ivalue].SetUniqueID(array->UncheckedAt(ivalue)->GetUniqueID());
2026 //       printf("UniqueID: %d\n",vectorArray[ivalue].GetUniqueID());
2027     }
2028
2029     for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
2030       AliTPCCalPad* calPad = (AliTPCCalPad*) array->At(ivalue);
2031       AliTPCCalROC* calROC = calPad->GetCalROC(isector);
2032       AliTPCCalROC* outlierROC = 0;
2033       if (outlierPad) outlierROC = outlierPad->GetCalROC(isector);
2034       if (calROC) {
2035         median[ivalue] = calROC->GetMedian();
2036         mean[ivalue] = calROC->GetMean();
2037         rms[ivalue] = calROC->GetRMS();
2038         Double_t ltmrmsValue = 0;
2039         ltm[ivalue] = calROC->GetLTM(&ltmrmsValue, ltmFraction);
2040         ltmrms[ivalue] = ltmrmsValue;
2041         if (outlierROC) {
2042           medianWithOut[ivalue] = calROC->GetMedian(outlierROC);
2043           meanWithOut[ivalue] = calROC->GetMean(outlierROC);
2044           rmsWithOut[ivalue] = calROC->GetRMS(outlierROC);
2045           ltmrmsValue = 0;
2046           ltmWithOut[ivalue] = calROC->GetLTM(&ltmrmsValue, ltmFraction, outlierROC);
2047           ltmrmsWithOut[ivalue] = ltmrmsValue;
2048         }
2049       }
2050       else {
2051         median[ivalue] = 0.;
2052         mean[ivalue] = 0.;
2053         rms[ivalue] = 0.;
2054         ltm[ivalue] = 0.;
2055         ltmrms[ivalue] = 0.;
2056         medianWithOut[ivalue] = 0.;
2057         meanWithOut[ivalue] = 0.;
2058         rmsWithOut[ivalue] = 0.;
2059         ltmWithOut[ivalue] = 0.;
2060         ltmrmsWithOut[ivalue] = 0.;
2061       }
2062     }
2063
2064       //
2065       // fill vectors of variable per pad
2066       //
2067     TVectorF *posArray = new TVectorF[8];
2068     for (Int_t ivalue = 0; ivalue < 8; ivalue++)
2069       posArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(isector));
2070
2071     Float_t posG[3] = {0};
2072     Float_t posL[3] = {0};
2073     Int_t ichannel = 0;
2074     for (UInt_t irow = 0; irow < tpcROCinstance->GetNRows(isector); irow++) {
2075       for (UInt_t ipad = 0; ipad < tpcROCinstance->GetNPads(isector, irow); ipad++) {
2076         tpcROCinstance->GetPositionLocal(isector, irow, ipad, posL);
2077         tpcROCinstance->GetPositionGlobal(isector, irow, ipad, posG);
2078         posArray[0][ichannel] = irow;
2079         posArray[1][ichannel] = ipad;
2080         posArray[2][ichannel] = posL[0];
2081         posArray[3][ichannel] = posL[1];
2082         posArray[4][ichannel] = posG[0];
2083         posArray[5][ichannel] = posG[1];
2084         posArray[6][ichannel] = (Int_t)(ipad - (Double_t)(tpcROCinstance->GetNPads(isector, irow))/2);
2085         posArray[7][ichannel] = ichannel;
2086
2087             // loop over array containing AliTPCCalPads
2088         for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
2089           AliTPCCalPad* calPad = (AliTPCCalPad*) array->At(ivalue);
2090           AliTPCCalROC* calROC = calPad->GetCalROC(isector);
2091                 if (calROC)
2092                   (vectorArray[ivalue])[ichannel] = calROC->GetValue(irow, ipad);
2093           else
2094             (vectorArray[ivalue])[ichannel] = 0;
2095         }
2096         ichannel++;
2097       }
2098     }
2099
2100     cstream << "calPads" <<
2101       "sector=" << isector;
2102
2103     for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
2104       cstream << "calPads" <<
2105         (Char_t*)((names[ivalue] + "_Median=").Data()) << median[ivalue] <<
2106         (Char_t*)((names[ivalue] + "_Mean=").Data()) << mean[ivalue] <<
2107         (Char_t*)((names[ivalue] + "_RMS=").Data()) << rms[ivalue] <<
2108         (Char_t*)((names[ivalue] + "_LTM=").Data()) << ltm[ivalue] <<
2109         (Char_t*)((names[ivalue] + "_RMS_LTM=").Data()) << ltmrms[ivalue];
2110       if (outlierPad) {
2111         cstream << "calPads" <<
2112           (Char_t*)((names[ivalue] + "_Median_OutlierCutted=").Data()) << medianWithOut[ivalue] <<
2113           (Char_t*)((names[ivalue] + "_Mean_OutlierCutted=").Data()) << meanWithOut[ivalue] <<
2114           (Char_t*)((names[ivalue] + "_RMS_OutlierCutted=").Data()) << rmsWithOut[ivalue] <<
2115           (Char_t*)((names[ivalue] + "_LTM_OutlierCutted=").Data()) << ltmWithOut[ivalue] <<
2116           (Char_t*)((names[ivalue] + "_RMS_LTM_OutlierCutted=").Data()) << ltmrmsWithOut[ivalue];
2117       }
2118         //timestamp and run, if given in title
2119 /*      TString title(((AliTPCCalPad*) array->At(ivalue))->GetTitle());
2120       TObjArray *arrtitle=title.Tokenize(",");
2121       Int_t run=-1;
2122       UInt_t time=0;
2123       TIter next(arrtitle);
2124       TObject *o=0;
2125       while ( (o=next()) ){
2126         TString &entry=((TObjString*)o)->GetString();
2127         entry.Remove(TString::kBoth,' ');
2128         entry.Remove(TString::kBoth,'\t');
2129         if (entry.BeginsWith("Run:")) {
2130           run=entry(4,entry.Length()).Atoi();
2131         } else if (entry.BeginsWith("Time:")) {
2132           time=entry(6,entry.Length()).Atoi();
2133         }
2134       }
2135       delete arrtitle;*/
2136
2137     }
2138
2139     for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
2140       cstream << "calPads" <<
2141         (Char_t*)((names[ivalue] + ".=").Data()) << &vectorArray[ivalue];
2142     }
2143
2144     if (mapFileName) {
2145           for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
2146             if (isector < 36)
2147               cstream << "calPads" <<
2148               (Char_t*)((mapNames[ivalue] + ".=").Data()) << &mapIROCArray[ivalue];
2149             else
2150                 cstream << "calPads" <<
2151               (Char_t*)((mapNames[ivalue] + ".=").Data()) << &mapOROCArray[ivalue];
2152          }
2153     }
2154
2155     cstream << "calPads" <<
2156       "row.=" << &posArray[0] <<
2157       "pad.=" << &posArray[1] <<
2158       "lx.=" << &posArray[2] <<
2159       "ly.=" << &posArray[3] <<
2160       "gx.=" << &posArray[4] <<
2161       "gy.=" << &posArray[5] <<
2162       "rpad.=" << &posArray[6] <<
2163       "channel.=" << &posArray[7];
2164
2165     cstream << "calPads" <<
2166       "\n";
2167
2168     delete[] posArray;
2169     delete[] vectorArray;
2170   }
2171
2172
2173   delete[] names;
2174   if (mapFileName) {
2175     delete mapIROCs;
2176     delete mapOROCs;
2177     delete[] mapIROCArray;
2178     delete[] mapOROCArray;
2179     delete[] mapNames;
2180   }
2181 }
2182
2183
2184 void AliTPCCalibViewer::MakeTree(const char *outPutFileName, const Char_t *inputFileName, AliTPCCalPad *outlierPad, Float_t ltmFraction, const char *mapFileName ){
2185    //
2186    // Function to create a calibration Tree with all available information.
2187    // See also documentation to MakeTree
2188    // the file "inputFileName" must be in the following format (see also CreateObjectList):
2189    // (each colum separated by tabs, "dependingOnType" can have 2 or 3 colums)
2190    //
2191    // type      path    dependingOnType
2192    //
2193    // type == "CE":
2194    // dependingOnType = CETmean CEQmean CETrms
2195    //
2196    // type == "Pulser":
2197    // dependingOnType = PulserTmean     PulsterQmean    PulserTrms
2198    //
2199    // type == "Pedestals":
2200    // dependingOnType = Pedestals       Noise
2201    //
2202    // type == "CalPad":
2203    // dependingOnType = NameInFile      NameToWriteToFile
2204    //
2205    //
2206    TObjArray objArray;
2207    CreateObjectList(inputFileName, &objArray);
2208    MakeTree(outPutFileName, &objArray, mapFileName, outlierPad, ltmFraction);
2209 }
2210
2211
2212 void AliTPCCalibViewer::CreateObjectList(const Char_t *filename, TObjArray *calibObjects){
2213    //
2214    // Function to create a TObjArray out of a given file
2215    // the file must be in the following format:
2216    // (each colum separated by tabs, "dependingOnType" can have 2 or 3 colums)
2217    //
2218    //
2219    // type      path    dependingOnType
2220    //
2221    // type == "CE":
2222    // dependingOnType = CETmean CEQmean CETrms
2223    //
2224    // type == "Pulser":
2225    // dependingOnType = PulserTmean     PulsterQmean    PulserTrms
2226    //
2227    // type == "Pedestals":
2228    // dependingOnType = Pedestals       Noise
2229    //
2230    // type == "CalPad":
2231    // dependingOnType = NameInFile      NameToWriteToFile
2232    //
2233    //
2234    //
2235    if ( calibObjects == 0x0 ) return;
2236    ifstream in;
2237    in.open(filename);
2238    if ( !in.is_open() ){
2239       fprintf(stderr,"Error: cannot open list file '%s'", filename);
2240       return;
2241    }
2242
2243    AliTPCCalPad *calPad=0x0;
2244
2245    TString sFile;
2246    sFile.ReadFile(in);
2247    in.close();
2248
2249    TObjArray *arrFileLine = sFile.Tokenize("\n");
2250    TIter nextLine(arrFileLine);
2251
2252    TObjString *sObjLine = 0x0;
2253    while ( (sObjLine = (TObjString*)nextLine()) ){
2254       TString sLine(sObjLine->GetString());
2255
2256       TObjArray *arrCol = sLine.Tokenize("\t");
2257       Int_t nCols = arrCol->GetEntriesFast();
2258
2259       TObjString *sObjType     = (TObjString*)(arrCol->At(0));
2260       TObjString *sObjFileName = (TObjString*)(arrCol->At(1));
2261       TObjString *sObjName = 0x0;
2262
2263       if ( !sObjType || !sObjFileName ) continue;
2264       TString sType(sObjType->GetString());
2265       TString sFileName(sObjFileName->GetString());
2266       printf("Type %s, opening %s \n", sType.Data(), sFileName.Data());
2267       TFile *fIn = TFile::Open(sFileName);
2268       if ( !fIn ){
2269          fprintf(stderr,"File not found: '%s'", sFileName.Data());
2270          continue;
2271       }
2272
2273       if ( sType == "CE" ){  // next three colums are the names for CETmean, CEQmean and CETrms
2274          AliTPCCalibCE *ce = (AliTPCCalibCE*)fIn->Get("AliTPCCalibCE");
2275          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ce->GetCalPadT0());
2276          if (nCols > 2) {  // check, if the name is provided
2277             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(2));
2278             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2279          }
2280          else calPad->SetNameTitle("CETmean","CETmean");
2281          calibObjects->Add(calPad);
2282
2283          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ce->GetCalPadQ());
2284          if (nCols > 3) {  // check, if the name is provided
2285             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(3));
2286             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2287          }
2288          else calPad->SetNameTitle("CEQmean","CEQmean");
2289          calibObjects->Add(calPad);
2290
2291          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ce->GetCalPadRMS());
2292          if (nCols > 4) {  // check, if the name is provided
2293             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(4));
2294             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2295          }
2296          else calPad->SetNameTitle("CETrms","CETrms");
2297          calibObjects->Add(calPad);
2298
2299       } else if ( sType == "Pulser") {
2300          AliTPCCalibPulser *sig = (AliTPCCalibPulser*)fIn->Get("AliTPCCalibPulser");
2301
2302          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)sig->GetCalPadT0());
2303          if (nCols > 2) {
2304             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(2));
2305             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2306          }
2307          else calPad->SetNameTitle("PulserTmean","PulserTmean");
2308          calibObjects->Add(calPad);
2309
2310          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)sig->GetCalPadQ());
2311          if (nCols > 3) {
2312             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(3));
2313             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2314          }
2315          else calPad->SetNameTitle("PulserQmean","PulserQmean");
2316          calibObjects->Add(calPad);
2317
2318          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)sig->GetCalPadRMS());
2319          if (nCols > 4) {
2320             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(4));
2321             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2322          }
2323          else calPad->SetNameTitle("PulserTrms","PulserTrms");
2324          calibObjects->Add(calPad);
2325
2326       } else if ( sType == "Pedestals") {
2327          AliTPCCalibPedestal *ped = (AliTPCCalibPedestal*)fIn->Get("AliTPCCalibPedestal");
2328
2329          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ped->GetCalPadPedestal());
2330          if (nCols > 2) {
2331             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(2));
2332             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2333          }
2334          else calPad->SetNameTitle("Pedestals","Pedestals");
2335          calibObjects->Add(calPad);
2336
2337          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ped->GetCalPadRMS());
2338          if (nCols > 3) {
2339             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(3));
2340             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2341          }
2342          else calPad->SetNameTitle("Noise","Noise");
2343          calibObjects->Add(calPad);
2344
2345       } else if ( sType == "CalPad") {
2346          if (nCols > 2) sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(2));
2347          else continue;
2348          calPad = new AliTPCCalPad(*(AliTPCCalPad*)fIn->Get(sObjName->GetString().Data()));
2349          if (nCols > 3) {
2350             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(3));
2351             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2352          }
2353          calibObjects->Add(calPad);
2354       } else {
2355          fprintf(stderr,"Undefined Type: '%s'",sType.Data());
2356       }
2357       delete fIn;
2358    }
2359 }
2360
2361
2362