TPC/AliTPCPreprocessorOffline.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17
  18 /*
  19   Responsible: marian.ivanov@cern.ch
  20   Code to analyze the TPC calibration and to produce OCDB entries
  21
  22
  23    .x ~/rootlogon.C
  24    gSystem->Load("libANALYSIS");
  25    gSystem->Load("libTPCcalib");
  26
  27    AliTPCPreprocessorOffline proces;
  28    TString ocdbPath="local:////"
  29    ocdbPath+=gSystem->GetFromPipe("pwd");
  30
  31    proces.CalibTimeGain("CalibObjects.root",run0,run1,ocdbPath);
  32    proces.CalibTimeVdrift("CalibObjects.root",run0,run1,ocdbPath);
  33   // take the raw calibration data from the file CalibObjects.root
  34   // and make a OCDB entry with run  validity run0-run1
  35   // results are stored at the ocdbPath - local or alien ...
  36   // default storage ""- data stored at current working directory
  37
  38   e.g.
  39   gSystem->Load("libANALYSIS");
  40   gSystem->Load("libTPCcalib");
  41   AliTPCPreprocessorOffline proces;
  42   proces.CalibTimeGain("TPCMultObjects.root",114000,140040,0);
  43   TFile oo("OCDB/TPC/Calib/TimeGain/Run114000_121040_v0_s0.root")
  44   TObjArray * arr = AliCDBEntry->GetObject()
  45   arr->At(4)->Draw("alp")
  46
  47 */
  48 #include "Riostream.h"
  49 #include <fstream>
  50 #include "TMap.h"
  51 #include "TGraphErrors.h"
  52 #include "AliExternalTrackParam.h"
  53 #include "TFile.h"
  54 #include "TGraph.h"
  55 #include "TMultiGraph.h"
  56 #include "TCanvas.h"
  57 #include "THnSparse.h"
  58 #include "TLegend.h"
  59 #include "TPad.h"
  60 #include "TH2D.h"
  61 #include "TH3D.h"
  62 #include "AliTPCROC.h"
  63 #include "AliTPCCalROC.h"
  64 #include "AliESDfriend.h"
  65 #include "AliTPCcalibTime.h"
  66 #include "AliSplineFit.h"
  67 #include "AliCDBMetaData.h"
  68 #include "AliCDBId.h"
  69 #include "AliCDBManager.h"
  70 #include "AliCDBStorage.h"
  71 #include "AliTPCcalibBase.h"
  72 #include "AliTPCcalibDB.h"
  73 #include "AliTPCcalibDButil.h"
  74 #include "AliRelAlignerKalman.h"
  75 #include "AliTPCParamSR.h"
  76 #include "AliTPCcalibTimeGain.h"
  77 #include "AliTPCcalibGainMult.h"
  78 #include "AliTPCcalibAlign.h"
  79 #include "AliSplineFit.h"
  80 #include "AliTPCComposedCorrection.h"
  81 #include "AliTPCExBTwist.h"
  82 #include "AliTPCCalibGlobalMisalignment.h"
  83 #include "TStatToolkit.h"
  84 #include "TChain.h"
  85 #include "TCut.h"
  86 #include "AliTrackerBase.h"
  87 #include "AliTracker.h"
  88 #include "AliTPCPreprocessorOffline.h"
  89 #include "AliTPCCorrectionFit.h"
  90
  91 using std::endl;
  92 using std::cout;
  93 ClassImp(AliTPCPreprocessorOffline)
  94
  95 AliTPCPreprocessorOffline::AliTPCPreprocessorOffline():
  96   TNamed("TPCPreprocessorOffline","TPCPreprocessorOffline"),
  97   fMinEntries(500),                      // minimal number of entries for fit
  98   startRun(0),                         // start Run - used to make fast selection in THnSparse
  99   endRun(0),                           // end   Run - used to make fast selection in THnSparse
 100   startTime(0),                        // startTime - used to make fast selection in THnSparse
 101   endTime(0),                          // endTime   - used to make fast selection in THnSparse
 102   ocdbStorage(""),                   // path to the OCDB storage
 103   fVdriftArray(new TObjArray),
 104   fTimeDrift(0),
 105   fGraphMIP(0),                // graph time dependence of MIP
 106   fGraphCosmic(0),             // graph time dependence at Plateu
 107   fGraphAttachmentMIP(0),
 108   fFitMIP(0),                  // fit of dependence - MIP
 109   fFitCosmic(0),               // fit of dependence - Plateu
 110   fGainArray(new TObjArray),               // array to be stored in the OCDB
 111   fGainMIP(0),          // calibration component for MIP
 112   fGainCosmic(0),       // calibration component for cosmic
 113   fGainMult(0),
 114   fAlignTree(0),        // alignment tree
 115   fSwitchOnValidation(kFALSE), // flag to switch on validation of OCDB parameters
 116   fMinGain(2.0),
 117   fMaxGain(3.0),
 118   fMaxVdriftCorr(0.03)
 119 {
 120   //
 121   // default constructor
 122   //
 123 }
 124
 125 AliTPCPreprocessorOffline::~AliTPCPreprocessorOffline() {
 126   //
 127   // Destructor
 128   //
 129 }
 130
 131
 132
 133
 134 void AliTPCPreprocessorOffline::GetRunRange(AliTPCcalibTime * const  timeDrift){
 135   //
 136   // find the fist and last run
 137   //
 138   TObjArray *hisArray =timeDrift->GetHistoDrift();
 139   {for (Int_t i=0; i<hisArray->GetEntriesFast(); i++){
 140     THnSparse* addHist=(THnSparse*)hisArray->UncheckedAt(i);
 141     if (!addHist) continue;
 142     if (addHist->GetEntries()<fMinEntries) continue;
 143     TH1D* histo    =addHist->Projection(3);
 144     TH1D* histoTime=addHist->Projection(0);
 145     printf("%s\t%f\t%d\t%d\n",histo->GetName(), histo->GetEntries(),histo->FindFirstBinAbove(0),histo->FindLastBinAbove(0));
 146
 147     if (startRun<=0){
 148       startRun=histo->FindFirstBinAbove(0);
 149       endRun  =histo->FindLastBinAbove(0);
 150     }else{
 151       startRun=TMath::Min(histo->FindFirstBinAbove(0),startRun);
 152       endRun  =TMath::Max(histo->FindLastBinAbove(0),endRun);
 153     }
 154     if (startTime==0){
 155       startTime=histoTime->FindFirstBinAbove(0);
 156       endTime  =histoTime->FindLastBinAbove(0);
 157     }else{
 158       startTime=TMath::Min(histoTime->FindFirstBinAbove(0),startTime);
 159       endTime  =TMath::Max(histoTime->FindLastBinAbove(0),endTime);
 160     }
 161     delete histo;
 162     delete histoTime;
 163   }}
 164   if (startRun<0) startRun=0;
 165   if (endRun<0) endRun=100000000;
 166   printf("Run range  :\t%d-%d\n", startRun, endRun);
 167   printf("Time range :\t%d-%d\n", startTime, endTime);
 168
 169 }
 170
 171
 172
 173 void AliTPCPreprocessorOffline::CalibTimeVdrift(const Char_t* file, Int_t ustartRun, Int_t uendRun, TString pocdbStorage){
 174   //
 175   // make calibration of the drift velocity
 176   // Input parameters:
 177   //      file                   - the location of input file
 178   //      ustartRun, uendrun     - run validity period
 179   //      pocdbStorage           - path to hte OCDB storage
 180   //                             - if empty - local storage 'pwd' uesed
 181   if (pocdbStorage.Length()>0) ocdbStorage=pocdbStorage;
 182   else
 183   ocdbStorage="local://"+gSystem->GetFromPipe("pwd")+"/OCDB";
 184   //
 185   // 1. Initialization and run range setting
 186   TFile fcalib(file);
 187   TObjArray * array = (TObjArray*)fcalib.Get("TPCCalib");
 188   if (array){
 189     fTimeDrift = (AliTPCcalibTime *)array->FindObject("calibTime");
 190   } else {
 191     fTimeDrift = (AliTPCcalibTime*)fcalib.Get("calibTime");
 192   }
 193   if(!fTimeDrift) return;
 194
 195   startRun=ustartRun;
 196   endRun=ustartRun;
 197   TObjArray *hisArray =fTimeDrift->GetHistoDrift();
 198   GetRunRange(fTimeDrift);
 199   for (Int_t i=0; i<hisArray->GetEntriesFast(); i++){
 200     THnSparse* addHist=(THnSparse*)hisArray->At(i);
 201     if (!addHist) continue;
 202     if (startTime<endTime) addHist->GetAxis(0)->SetRange(startTime-1,endTime+1);
 203     if (startRun<endRun) addHist->GetAxis(3)->SetRange(startRun-1,endRun+1);
 204   }
 205   //
 206   //
 207   // 2. extraction of the information
 208   //
 209   fVdriftArray = new TObjArray();
 210   AddAlignmentGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift);
 211   AddHistoGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift,fMinEntries);
 212   AddLaserGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift);
 213   //
 214   // 3. Append QA plots
 215   //
 216   MakeDefaultPlots(fVdriftArray,fVdriftArray);
 217
 218   //
 219   // 4. validate OCDB entries
 220   //
 221   if(fSwitchOnValidation==kTRUE && ValidateTimeDrift()==kFALSE) {
 222     Printf("TPC time drift OCDB parameters out of range!");
 223     return;
 224   }
 225   //
 226   //4.b make alignment
 227   //
 228   MakeFitTime();
 229   TFile * ftime= TFile::Open("fitITSVertex.root");
 230   if (ftime){
 231     TObject * alignmentTime=ftime->Get("FitCorrectionTime");
 232     if (alignmentTime) fVdriftArray->AddLast(alignmentTime);
 233   }
 234   //
 235   //
 236   // 5. update of OCDB
 237   //
 238   //
 239   UpdateOCDBDrift(ustartRun,uendRun,ocdbStorage);
 240 }
 241
 242 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateOCDBDrift( Int_t ustartRun, Int_t uendRun,  const char* storagePath ){
 243   //
 244   // Update OCDB
 245   //
 246   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
 247   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
 248   metaData->SetResponsible("Marian Ivanov");
 249   metaData->SetBeamPeriod(1);
 250   metaData->SetAliRootVersion("05-25-01"); //root version
 251   metaData->SetComment("Calibration of the time dependence of the drift velocity");
 252   AliCDBId* id1=NULL;
 253   id1=new AliCDBId("TPC/Calib/TimeDrift", ustartRun, uendRun);
 254   AliCDBStorage* gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(storagePath);
 255   gStorage->Put(fVdriftArray, (*id1), metaData);
 256 }
 257
 258 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::ValidateTimeGain()
 259 {
 260   //
 261   // Validate time gain corrections
 262   //
 263   Printf("ValidateTimeGain..." );
 264   Float_t minGain = fMinGain;
 265   Float_t maxGain = fMaxGain;
 266
 267   TGraphErrors *gr = (TGraphErrors*)fGainArray->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_BEAM_ALL");
 268   if (!gr) {
 269     gr = (TGraphErrors*)fGainArray->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_COSMIC_ALL");
 270     if (!gr) return kFALSE;
 271     Printf("Assuming given run is a cosmic run. Using gain calibration from Fermi-plateau muons.");
 272   }
 273   if(gr->GetN()<1) return kFALSE;
 274
 275   // check whether gain in the range
 276   for(Int_t iPoint=0; iPoint<gr->GetN(); iPoint++)
 277   {
 278     if(gr->GetY()[iPoint] < minGain || gr->GetY()[iPoint] > maxGain)
 279       return kFALSE;
 280   }
 281
 282 return kTRUE;
 283 }
 284
 285
 286 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::ValidateTimeDrift()
 287 {
 288   //
 289   // Validate time drift velocity corrections
 290   //
 291   Printf("ValidateTimeDrift..." );
 292
 293   Float_t maxVDriftCorr = fMaxVdriftCorr;
 294
 295   TGraphErrors* gr = (TGraphErrors*)fVdriftArray->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
 296   Printf("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD graph = %p",gr);
 297
 298   if(!gr) return kFALSE;
 299   if(gr->GetN()<1)  {
 300     Printf("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD number of points = %d",gr->GetN());
 301     return kFALSE;
 302   }
 303
 304   // check whether drift velocity corrections in the range
 305   for(Int_t iPoint = 0; iPoint<gr->GetN(); iPoint++)
 306   {
 307     Printf("Y value from the graph: %f",TMath::Abs(gr->GetY()[iPoint]));
 308     if(TMath::Abs(gr->GetY()[iPoint]) > maxVDriftCorr)
 309       return kFALSE;
 310   }
 311
 312 return kTRUE;
 313 }
 314
 315 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateDriftParam(AliTPCParam *param, TObjArray *const arr, Int_t lstartRun){
 316   //
 317   //  update the OCDB entry for the nominal time0
 318   //
 319   //
 320   //  AliTPCParam * param = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
 321   AliTPCParam *paramNew = (AliTPCParam *)param->Clone();
 322   TGraphErrors *grT =  (TGraphErrors *)arr->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_T0");
 323   Double_t deltaTcm = TMath::Median(grT->GetN(),grT->GetY());
 324   Double_t deltaT   = deltaTcm/param->GetDriftV();
 325   paramNew->SetL1Delay(param->GetL1Delay()-deltaT);
 326   paramNew->Update();
 327
 328   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
 329   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
 330   metaData->SetResponsible("Marian Ivanov");
 331   metaData->SetBeamPeriod(1);
 332   metaData->SetAliRootVersion("05-25-02"); //root version
 333   metaData->SetComment("Updated calibration of nominal time 0");
 334   AliCDBId* id1=NULL;
 335   id1=new AliCDBId("TPC/Calib/Parameters", lstartRun, AliCDBRunRange::Infinity());
 336   AliCDBStorage* gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(ocdbStorage);
 337   gStorage->Put(param, (*id1), metaData);
 338
 339 }
 340
 341
 342 void AliTPCPreprocessorOffline::PrintArray(TObjArray *array){
 343   //
 344   // Print the names of the entries in array
 345   //
 346   Int_t entries = array->GetEntries();
 347   for (Int_t i=0; i<entries; i++){
 348     if (!array->At(i)) continue;
 349     printf("%d\t %s\n", i,  array->At(i)->GetName());
 350   }
 351 }
 352
 353
 354
 355 TGraphErrors* AliTPCPreprocessorOffline::FilterGraphDrift(TGraphErrors * graph, Float_t errSigmaCut, Float_t medianCutAbs){
 356   // 2 filters:
 357   //    1. filter graph - error cut errSigmaCut
 358   //    2. filter graph - medianCutAbs around median
 359   //
 360   // errSigmaCut   - cut on error
 361   // medianCutAbs  - cut on value around median
 362   Double_t dummy=0;               //
 363   //
 364   // 1. filter graph - error cut errSigmaCut
 365   //
 366   TGraphErrors *graphF;
 367   graphF = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(graph,errSigmaCut,dummy);
 368   delete graph;
 369   if (!graphF) return 0;
 370   graph = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(graphF,errSigmaCut,dummy);
 371   delete graphF;
 372   if (!graph) return 0;
 373   //
 374   // filter graph - kMedianCutAbs around median
 375   //
 376   graphF=FilterGraphMedianAbs(graph, medianCutAbs,dummy);
 377   delete graph;
 378   if (!graphF) return 0;
 379   graph=FilterGraphMedianAbs(graphF, medianCutAbs,dummy);
 380   delete graphF;
 381   if (!graph) return 0;
 382   return graph;
 383 }
 384
 385
 386
 387 TGraphErrors* AliTPCPreprocessorOffline::FilterGraphMedianAbs(TGraphErrors * graph, Float_t cut,Double_t &medianY){
 388   //
 389   // filter outlyer measurement
 390   // Only points around median +- cut filtered
 391   //
 392   if (!graph) return  0;
 393   Int_t kMinPoints=2;
 394   Int_t npoints0 = graph->GetN();
 395   Int_t npoints=0;
 396   Float_t  rmsY=0;
 397   Double_t *outx=new Double_t[npoints0];
 398   Double_t *outy=new Double_t[npoints0];
 399   Double_t *errx=new Double_t[npoints0];
 400   Double_t *erry=new Double_t[npoints0];
 401   //
 402   //
 403   if (npoints0<kMinPoints) {
 404     delete []outx;
 405     delete []outy;
 406     delete []errx;
 407     delete []erry;
 408     return 0;
 409   }
 410   for (Int_t iter=0; iter<3; iter++){
 411     npoints=0;
 412     for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints0; ipoint++){
 413       if (graph->GetY()[ipoint]==0) continue;
 414       if (iter>0 &&TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-medianY)>cut) continue;
 415       outx[npoints]  = graph->GetX()[ipoint];
 416       outy[npoints]  = graph->GetY()[ipoint];
 417       errx[npoints]  = graph->GetErrorX(ipoint);
 418       erry[npoints]  = graph->GetErrorY(ipoint);
 419       npoints++;
 420     }
 421     if (npoints<=1) break;
 422     medianY  =TMath::Median(npoints,outy);
 423     rmsY   =TMath::RMS(npoints,outy);
 424   }
 425   TGraphErrors *graphOut=0;
 426   if (npoints>1) graphOut= new TGraphErrors(npoints,outx,outy,errx,erry);
 427   delete []outx;
 428   delete []outy;
 429   delete []errx;
 430   delete []erry;
 431   return graphOut;
 432 }
 433
 434
 435 void AliTPCPreprocessorOffline::AddHistoGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime * const timeDrift, Int_t minEntries){
 436   //
 437   // Add graphs corresponding to the alignment
 438   //
 439   const Double_t kErrSigmaCut=5;      // error sigma cut - for filtering
 440   const Double_t kMedianCutAbs=0.03;  // error sigma cut - for filtering
 441   //
 442   TObjArray * array=timeDrift->GetHistoDrift();
 443   if (array){
 444     THnSparse* hist=NULL;
 445     // 2.a) cosmics with different triggers
 446     for (Int_t i=0; i<array->GetEntriesFast();i++){
 447       hist=(THnSparseF*)array->UncheckedAt(i);
 448       if(!hist) continue;
 449       if (hist->GetEntries()<minEntries) continue;
 450       //hist->Print();
 451       TString name=hist->GetName();
 452       Int_t dim[4]={0,1,2,3};
 453       THnSparse* newHist=hist->Projection(4,dim);
 454       newHist->SetName(name);
 455       TGraphErrors* graph=AliTPCcalibBase::FitSlices(newHist,2,0,400,100,0.05,0.95, kTRUE);
 456       if (!graph) {
 457         printf("Graph =%s filtered out\n", name.Data());
 458         continue;
 459       }
 460       printf("name=%s graph=%i, N=%i\n", name.Data(), graph==0, graph->GetN());
 461       Int_t pos=name.Index("_");
 462       name=name(pos,name.Capacity()-pos);
 463       TString graphName=graph->ClassName();
 464       graphName+=name;
 465       graphName.ToUpper();
 466       //
 467       graph = FilterGraphDrift(graph, kErrSigmaCut, kMedianCutAbs);
 468       //
 469       if (graph){
 470         graph->SetMarkerStyle(i%8+20);
 471         graph->SetMarkerColor(i%7);
 472         graph->GetXaxis()->SetTitle("Time");
 473         graph->GetYaxis()->SetTitle("v_{dcor}");
 474         graph->SetName(graphName);
 475         graph->SetTitle(graphName);
 476         printf("Graph %d\t=\t%s\n", i, graphName.Data());
 477         vdriftArray->Add(graph);
 478       }
 479     }
 480   }
 481 }
 482
 483
 484
 485
 486 void AliTPCPreprocessorOffline::AddAlignmentGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *const timeDrift){
 487   //
 488   // Add graphs corresponding to alignment to the object array
 489   //
 490   TObjArray *arrayITS=0;
 491   TObjArray *arrayTOF=0;
 492   TObjArray *arrayTRD=0;
 493   TMatrixD *mstatITS=0;
 494   TMatrixD *mstatTOF=0;
 495   TMatrixD *mstatTRD=0;
 496   //
 497   arrayITS=timeDrift->GetAlignITSTPC();
 498   arrayTRD=timeDrift->GetAlignTRDTPC();
 499   arrayTOF=timeDrift->GetAlignTOFTPC();
 500
 501   if (arrayITS->GetEntries()>0) mstatITS= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayITS,0.7,50,fMaxVdriftCorr);
 502   if (arrayTOF->GetEntries()>0) mstatTOF= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayTOF,0.7,1000,fMaxVdriftCorr);
 503   if (arrayTRD->GetEntries()>0) mstatTRD= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayTRD,0.7,50,fMaxVdriftCorr);
 504   //
 505   TObjArray * arrayITSP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITS,*mstatITS, 0, 5.);
 506   TObjArray * arrayITSM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITS,*mstatITS, 1, 5.);
 507   TObjArray * arrayITSB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITSP,arrayITSM);
 508   TObjArray * arrayTOFP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOF,*mstatTOF, 0, 5.);
 509   TObjArray * arrayTOFM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOF,*mstatTOF, 1, 5.);
 510   TObjArray * arrayTOFB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOFP,arrayTOFM);
 511
 512   TObjArray * arrayTRDP= 0x0;
 513   TObjArray * arrayTRDM= 0x0;
 514   TObjArray * arrayTRDB= 0x0;
 515   arrayTRDP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRD,*mstatTRD, 0, 5.);
 516   arrayTRDM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRD,*mstatTRD, 1, 5.);
 517   arrayTRDB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRDP,arrayTRDM);
 518   //
 519   //
 520   Int_t entries=TMath::Max(arrayITS->GetEntriesFast(),arrayTOF->GetEntriesFast());
 521   TObjArray *arrays[12]={arrayITS, arrayITSP, arrayITSM, arrayITSB,
 522                          arrayTRD, arrayTRDP, arrayTRDM, arrayTRDB,
 523                          arrayTOF, arrayTOFP, arrayTOFM, arrayTOFB};
 524   TString   grnames[12]={"ALIGN_ITS", "ALIGN_ITSP", "ALIGN_ITSM", "ALIGN_ITSB",
 525                          "ALIGN_TRD", "ALIGN_TRDP", "ALIGN_TRDM","ALIGN_TRDB",
 526                          "ALIGN_TOF", "ALIGN_TOFP", "ALIGN_TOFM","ALIGN_TOFB"};
 527   TString   grpar[9]={"DELTAPSI", "DELTATHETA", "DELTAPHI",
 528                       "DELTAX", "DELTAY", "DELTAZ",
 529                       "DRIFTVD", "T0", "VDGY"};
 530
 531
 532   TVectorD vX(entries);
 533   TVectorD vY(entries);
 534   TVectorD vEx(entries);
 535   TVectorD vEy(entries);
 536   TObjArray *arr=0;
 537   for (Int_t iarray=0; iarray<12; iarray++){
 538     arr = arrays[iarray];
 539     if (arr==0) continue;
 540     for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++){
 541       Int_t counter=0;
 542       for (Int_t itime=0; itime<arr->GetEntriesFast(); itime++){
 543         AliRelAlignerKalman * kalman = (AliRelAlignerKalman *) arr->UncheckedAt(itime);
 544         if (!kalman) continue;
 545         vX[counter]=kalman->GetTimeStamp();
 546         vY[counter]=(*(kalman->GetState()))[ipar];
 547         if (ipar==6) vY[counter]=1./(*(kalman->GetState()))[ipar]-1;
 548         vEx[counter]=0;
 549         vEy[counter]=TMath::Sqrt((*(kalman->GetStateCov()))(ipar,ipar));
 550         counter++;
 551       }
 552
 553       TGraphErrors * graph=new TGraphErrors(counter, vX.GetMatrixArray(),
 554                                           vY.GetMatrixArray(),
 555                                           vEx.GetMatrixArray(),
 556                                           vEy.GetMatrixArray());
 557       TString grName=grnames[iarray];
 558       grName+="_TPC_";
 559       grName+=grpar[ipar];
 560       graph->SetName(grName.Data());
 561       vdriftArray->AddLast(graph);
 562     }
 563   }
 564 }
 565
 566
 567
 568
 569 void AliTPCPreprocessorOffline::AddLaserGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *timeDrift){
 570   //
 571   // add graphs for laser
 572   //
 573   const Double_t delayL0L1 = 0.071;  //this is hack for 1/2 weeks
 574   //THnSparse *hisN=0;
 575   TGraphErrors *grLaser[6]={0,0,0,0,0,0};
 576   //hisN = timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0);
 577   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0)){
 578     grLaser[0]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0),0,2,5,delayL0L1);
 579     grLaser[0]->SetName("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_A");
 580     vdriftArray->AddLast(grLaser[0]);
 581   }
 582   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(1)){
 583     grLaser[1]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(1),0,2,5);
 584     grLaser[1]->SetName("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
 585     vdriftArray->AddLast(grLaser[1]);
 586   }
 587   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(2)){
 588     grLaser[2]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(2),0,2,5);
 589     grLaser[2]->SetName("GRAPH_MEAN_GLOBALYGRADIENT_LASER_ALL_A");
 590     vdriftArray->AddLast(grLaser[2]);
 591   }
 592   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(0)){
 593     grLaser[3]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(0),0,2,5,delayL0L1);
 594     grLaser[3]->SetName("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_C");
 595     vdriftArray->AddLast(grLaser[3]);
 596   }
 597   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(1)){
 598     grLaser[4]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(1),0,2,5);
 599     grLaser[4]->SetName("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
 600     vdriftArray->AddLast(grLaser[4]);
 601   }
 602   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(2)){
 603     grLaser[5]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(2),0,2,5);
 604     grLaser[5]->SetName("GRAPH_MEAN_GLOBALYGRADIENT_LASER_ALL_C");
 605     vdriftArray->AddLast(grLaser[5]);
 606   }
 607   for (Int_t i=0; i<6;i++){
 608     if (grLaser[i]) {
 609       SetDefaultGraphDrift(grLaser[i], 1,(i+20));
 610       grLaser[i]->GetYaxis()->SetTitle("Laser Correction");
 611     }
 612   }
 613 }
 614
 615
 616 TGraphErrors * AliTPCPreprocessorOffline::MakeGraphFilter0(THnSparse *hisN, Int_t itime, Int_t ival, Int_t minEntries, Double_t offset){
 617   //
 618   // Make graph with mean values and rms
 619   //
 620   hisN->GetAxis(itime)->SetRange(0,100000000);
 621   hisN->GetAxis(ival)->SetRange(0,100000000);
 622   TH1 * hisT      = hisN->Projection(itime);
 623   TH1 * hisV      = hisN->Projection(ival);
 624   //
 625   Int_t firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 626   Int_t lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 627   Int_t firstBinV = hisV->FindFirstBinAbove(0);
 628   Int_t lastBinV  = hisV->FindLastBinAbove(0);
 629   hisN->GetAxis(itime)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 630   hisN->GetAxis(ival)->SetRange(firstBinV,lastBinV);
 631   Int_t entries=0;
 632   for (Int_t ibin=firstBinA; ibin<=lastBinA; ibin++){
 633     Double_t cont = hisT->GetBinContent(ibin);
 634     if (cont<minEntries) continue;
 635     entries++;
 636   }
 637   TVectorD vecTime(entries);
 638   TVectorD vecMean0(entries);
 639   TVectorD vecRMS0(entries);
 640   TVectorD vecMean1(entries);
 641   TVectorD vecRMS1(entries);
 642   entries=0;
 643   for (Int_t ibin=firstBinA; ibin<=lastBinA; ibin++){
 644       Double_t cont = hisT->GetBinContent(ibin);
 645       if (cont<minEntries) continue;
 646       //hisN->GetAxis(itime)->SetRange(ibin-1,ibin+1);
 647       Int_t minBin = ibin-1;
 648       Int_t maxBin = ibin+1;
 649       if(minBin <= 0) minBin = 1;
 650       if(maxBin >= hisN->GetAxis(itime)->GetNbins()) maxBin = hisN->GetAxis(itime)->GetNbins()-1;
 651       hisN->GetAxis(itime)->SetRange(minBin,maxBin);
 652
 653       Double_t time = hisT->GetBinCenter(ibin);
 654       TH1 * his = hisN->Projection(ival);
 655       Double_t nentries0= his->GetBinContent(his->FindBin(0));
 656       if (cont-nentries0<minEntries) continue;
 657       //
 658       his->SetBinContent(his->FindBin(0),0);
 659       vecTime[entries]=time;
 660       vecMean0[entries]=his->GetMean()+offset;
 661       vecMean1[entries]=his->GetMeanError();
 662       vecRMS0[entries] =his->GetRMS();
 663       vecRMS1[entries] =his->GetRMSError();
 664       delete his;
 665       entries++;
 666   }
 667   delete hisT;
 668   delete hisV;
 669   TGraphErrors * graph =  new TGraphErrors(entries,vecTime.GetMatrixArray(), vecMean0.GetMatrixArray(),                                    0, vecMean1.GetMatrixArray());
 670   return graph;
 671 }
 672
 673
 674
 675
 676
 677
 678
 679
 680 void AliTPCPreprocessorOffline::SetDefaultGraphDrift(TGraph *graph, Int_t color, Int_t style){
 681   //
 682   // Set default style for QA views
 683   //
 684   graph->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
 685   graph->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
 686   graph->SetMaximum( 0.025);
 687   graph->SetMinimum(-0.025);
 688   graph->GetXaxis()->SetTitle("Time");
 689   graph->GetYaxis()->SetTitle("v_{dcorr}");
 690   //
 691   graph->GetYaxis()->SetLabelSize(0.03);
 692   graph->GetXaxis()->SetLabelSize(0.03);
 693   //
 694   graph->GetXaxis()->SetNdivisions(10,5,0);
 695   graph->GetYaxis()->SetNdivisions(10,5,0);
 696   //
 697   graph->GetXaxis()->SetLabelOffset(0.02);
 698   graph->GetYaxis()->SetLabelOffset(0.005);
 699   //
 700   graph->GetXaxis()->SetTitleOffset(1.3);
 701   graph->GetYaxis()->SetTitleOffset(1.2);
 702   //
 703   graph->SetMarkerColor(color);
 704   graph->SetLineColor(color);
 705   graph->SetMarkerStyle(style);
 706 }
 707
 708 void AliTPCPreprocessorOffline::SetPadStyle(TPad *pad, Float_t mx0, Float_t mx1, Float_t my0, Float_t my1){
 709   //
 710   // Set default pad style for QA
 711   //
 712   pad->SetTicks(1,1);
 713   pad->SetMargin(mx0,mx1,my0,my1);
 714 }
 715
 716
 717 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeDefaultPlots(TObjArray * const arr, TObjArray * /*picArray*/){
 718   //
 719   // 0. make a default QA plots
 720   // 1. Store them in the array
 721   //
 722   //
 723   Float_t mx0=0.12, mx1=0.1, my0=0.15, my1=0.1;
 724   //
 725   TGraphErrors* laserA       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
 726   TGraphErrors* laserC       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
 727   TGraphErrors* cosmic       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_VDRIFT_COSMICS_ALL");
 728   TGraphErrors* cross        =(TGraphErrors*)arr->FindObject("TGRAPHERRORS_VDRIFT_CROSS_ALL");
 729   TGraphErrors* itstpcP       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSP_TPC_DRIFTVD");
 730   TGraphErrors* itstpcM       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_DRIFTVD");
 731   TGraphErrors* itstpcB       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
 732   //
 733   if (laserA)  SetDefaultGraphDrift(laserA,2,25);
 734   if (laserC)  SetDefaultGraphDrift(laserC,4,26);
 735   if (cosmic)  SetDefaultGraphDrift(cosmic,3,27);
 736   if (cross)   SetDefaultGraphDrift(cross,4,28);
 737   if (itstpcP) SetDefaultGraphDrift(itstpcP,2,29);
 738   if (itstpcM) SetDefaultGraphDrift(itstpcM,4,30);
 739   if (itstpcB) SetDefaultGraphDrift(itstpcB,1,31);
 740   //
 741   //
 742   TPad *pad=0;
 743   //
 744   // Laser-Laser
 745   //
 746   if (laserA&&laserC){
 747     pad = new TCanvas("TPCLaserVDrift","TPCLaserVDrift");
 748     laserA->Draw("alp");
 749     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 750     laserA->Draw("apl");
 751     laserC->Draw("p");
 752     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 753     legend->AddEntry(laserA,"Laser A side");
 754     legend->AddEntry(laserC,"Laser C side");
 755     legend->Draw();
 756     //picArray->AddLast(pad);
 757   }
 758
 759   if (itstpcP&&itstpcM&&itstpcB){
 760     pad = new TCanvas("ITSTPC","ITSTPC");
 761     itstpcP->Draw("alp");
 762     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 763     itstpcP->Draw("alp");
 764     gPad->Clear();
 765     itstpcM->Draw("apl");
 766     itstpcP->Draw("p");
 767     itstpcB->Draw("p");
 768     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 769     legend->AddEntry(itstpcP,"ITS-TPC smooth plus");
 770     legend->AddEntry(itstpcM,"ITS-TPC smooth minus");
 771     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth ");
 772     legend->Draw();
 773     //picArray->AddLast(pad);
 774   }
 775
 776   if (itstpcB&&laserA&&itstpcP&&itstpcM){
 777     pad = new TCanvas("ITSTPC_LASER","ITSTPC_LASER");
 778     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 779     laserA->Draw("alp");
 780     itstpcP->Draw("p");
 781     itstpcM->Draw("p");
 782     itstpcB->Draw("p");
 783     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 784     legend->AddEntry(laserA,"TPC laser");
 785     legend->AddEntry(itstpcP,"ITS-TPC smooth plus");
 786     legend->AddEntry(itstpcM,"ITS-TPC smooth minus");
 787     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth ");
 788     legend->Draw();
 789     //picArray->AddLast(pad);
 790   }
 791
 792   if (itstpcP&&cross){
 793     pad = new TCanvas("ITSTPC_CROSS","ITSTPC_CROSS");
 794     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 795     itstpcP->Draw("alp");
 796     pad->Clear();
 797     cross->Draw("ap");
 798     itstpcP->Draw("p");
 799     //
 800     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 801
 802     legend->AddEntry(cross,"TPC cross tracks");
 803     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth");
 804     legend->Draw();
 805     //picArray->AddLast(pad);
 806   }
 807   if (itstpcP&&cosmic){
 808     pad = new TCanvas("ITSTPC_COSMIC","ITSTPC_COSMIC");
 809     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 810     itstpcP->Draw("alp");
 811     pad->Clear();
 812     cosmic->Draw("ap");
 813     itstpcP->Draw("p");
 814     //
 815     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 816
 817     legend->AddEntry(cosmic,"TPC cross tracks0 up-down");
 818     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth");
 819     legend->Draw();
 820     //picArray->AddLast(pad);
 821   }
 822 }
 823
 824
 825
 826
 827 void AliTPCPreprocessorOffline::CalibTimeGain(const Char_t* fileName, Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber,  TString  pocdbStorage){
 828   //
 829   // Update OCDB gain
 830   //
 831   if (pocdbStorage.Length()==0) pocdbStorage+="local://"+gSystem->GetFromPipe("pwd")+"/OCDB";
 832
 833   //
 834   // 1. Read gain values
 835   //
 836   ReadGainGlobal(fileName);
 837
 838   //
 839   // 2. Extract calibration values
 840   //
 841   AnalyzeGain(startRunNumber,endRunNumber, 1000,1.43);
 842   AnalyzeAttachment(startRunNumber,endRunNumber);
 843   AnalyzePadRegionGain();
 844   AnalyzeGainMultiplicity();
 845   AnalyzeGainChamberByChamber();
 846   //
 847   // 3. Make control plots
 848   //
 849   MakeQAPlot(1.43);
 850
 851   //
 852   // 4. validate OCDB entries
 853   //
 854   if(fSwitchOnValidation==kTRUE && ValidateTimeGain()==kFALSE) {
 855     Printf("TPC time gain OCDB parameters out of range!");
 856     return;
 857   }
 858
 859   //
 860   // 5. Update OCDB
 861   //
 862   UpdateOCDBGain( startRunNumber, endRunNumber, pocdbStorage.Data());
 863 }
 864
 865 void AliTPCPreprocessorOffline::ReadGainGlobal(const Char_t* fileName){
 866   //
 867   // read calibration entries from file
 868   //
 869   TFile fcalib(fileName);
 870   TObjArray * array = (TObjArray*)fcalib.Get("TPCCalib");
 871   if (array){
 872     fGainMIP    = ( AliTPCcalibTimeGain *)array->FindObject("calibTimeGain");
 873     fGainCosmic = ( AliTPCcalibTimeGain *)array->FindObject("calibTimeGainCosmic");
 874     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)array->FindObject("calibGainMult");
 875   }else{
 876     fGainMIP    = ( AliTPCcalibTimeGain *)fcalib.Get("calibTimeGain");
 877     fGainCosmic = ( AliTPCcalibTimeGain *)fcalib.Get("calibTimeGainCosmic");
 878     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)fcalib.Get("calibGainMult");
 879   }
 880   if (!fGainMult){
 881     TFile fcalibMult("TPCMultObjects.root");
 882     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)fcalibMult.Get("calibGainMult");
 883   }
 884   TH1 * hisT=0;
 885   Int_t firstBinA =0, lastBinA=0;
 886
 887   if (fGainCosmic){
 888     hisT= fGainCosmic->GetHistGainTime()->Projection(1);
 889     firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 890     lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 891     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 892     delete hisT;
 893   }
 894
 895   if (fGainMIP){
 896     hisT= fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(1);
 897     firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 898     lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 899     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 900     delete hisT;
 901   }
 902
 903 }
 904
 905
 906
 907 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGain(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, Int_t minEntriesGaussFit,  Float_t FPtoMIPratio){
 908   //
 909   // Analyze gain - produce the calibration graphs
 910   //
 911
 912   // 1.) try to create MIP spline
 913   if (fGainMIP)
 914   {
 915     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(5)->SetRangeUser(startRunNumber, endRunNumber);
 916     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(1.51,2.49); // only beam data
 917     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(0.39,0.51); // only MIP pions
 918     //
 919     fGraphMIP = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainMIP->GetHistGainTime(),0,1,minEntriesGaussFit,10,0.1,0.7);
 920     if (fGraphMIP->GetN()==0) fGraphMIP = 0x0;
 921     if (fGraphMIP) fFitMIP = AliTPCcalibTimeGain::MakeSplineFit(fGraphMIP);
 922     if (fGraphMIP) fGraphMIP->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
 923     fGainArray->AddAt(fFitMIP,0);
 924   }
 925
 926   // 2.) try to create Cosmic spline
 927   if (fGainCosmic)
 928   {
 929     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(0.51,1.49); // only cosmics
 930     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(20,100);    // only Fermi-Plateau muons
 931     //
 932     fGraphCosmic = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainCosmic->GetHistGainTime(),0,1,minEntriesGaussFit,10);
 933     if (fGraphCosmic->GetN()==0) fGraphCosmic = 0x0;
 934     //
 935     if (fGraphCosmic) {
 936       for(Int_t i=0; i < fGraphCosmic->GetN(); i++) {
 937         fGraphCosmic->GetY()[i] /= FPtoMIPratio;
 938         fGraphCosmic->GetEY()[i] /= FPtoMIPratio;
 939       }
 940     }
 941     //
 942     if (fGraphCosmic) fFitCosmic = AliTPCcalibTimeGain::MakeSplineFit(fGraphCosmic);
 943     if (fGraphCosmic) fGraphCosmic->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_COSMIC_ALL"); // set proper names according to naming convention
 944     fGainArray->AddAt(fFitCosmic,1);
 945   }
 946   // with naming convention and backward compatibility
 947   fGainArray->AddAt(fGraphMIP,2);
 948   fGainArray->AddAt(fGraphCosmic,3);
 949   cout << "fGraphCosmic: " << fGraphCosmic << " fGraphMIP " << fGraphMIP << endl;
 950   return kTRUE;
 951
 952 }
 953
 954 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeAttachment(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, Int_t minEntriesFit) {
 955   //
 956   // determine slope as a function of mean driftlength
 957   //
 958   if(!fGainMIP) return kFALSE;
 959
 960   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(5)->SetRangeUser(startRunNumber, endRunNumber);
 961   //
 962   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(1.51,2.49); // only beam data
 963   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(0.39,0.51); // only MIP pions
 964   //
 965   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(3)->SetRangeUser(125,250);// only full tracking region (driftlength)
 966   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(0)->SetRangeUser(1.5,3.5);// only full tracking region (driftlength)
 967   //
 968   TH3D * hist = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(1, 0, 3);
 969   //
 970   Double_t *xvec = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
 971   Double_t *yvec = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
 972   Double_t *xerr = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
 973   Double_t *yerr = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
 974   Int_t counter  = 0;
 975   //
 976   for(Int_t i=1; i < hist->GetNbinsX(); i++) {
 977     Int_t nsum=0;
 978     Int_t imin   =  i;
 979     Int_t imax   =  i;
 980     for (Int_t idelta=0; idelta<5; idelta++){
 981       //
 982       imin   =  TMath::Max(i-idelta,1);
 983       imax   =  TMath::Min(i+idelta,hist->GetNbinsX());
 984       nsum = TMath::Nint(hist->Integral(imin,imax,1,hist->GetNbinsY()-1,1,hist->GetNbinsZ()-1));
 985       //if (nsum==0) break;
 986       if (nsum>minEntriesFit) break;
 987     }
 988     if (nsum<minEntriesFit) continue;
 989     //
 990     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRangeUser(hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1),hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1)); // define time range
 991     TH2D * histZdep = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(0,3);
 992     TObjArray arr;
 993     histZdep->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
 994     TH1D * driftDep = (TH1D*)arr.At(1);
 995     delete histZdep;
 996     //TGraphErrors * driftDep = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainMIP->GetHistGainTime(),0,3,100,1,0.,1);
 997     /*if (driftDep->GetN() < 4) {
 998       delete driftDep;
 999       continue;
1000       }*/
1001     //
1002     //TObjArray arr;
1003     //
1004     TF1 pol1("polynom1","pol1",125,240);
1005     //driftDep->Fit(&pol1,"QNRROB=0.8");
1006     driftDep->Fit(&pol1,"QNR");
1007     xvec[counter] = 0.5*(hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1)+hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1));
1008     yvec[counter] = pol1.GetParameter(1)/pol1.GetParameter(0);
1009     xerr[counter] = hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1)-hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1);
1010     yerr[counter] = pol1.GetParError(1)/pol1.GetParameter(0);
1011     counter++;
1012     //
1013     //delete driftDep;
1014   }
1015   //
1016   fGraphAttachmentMIP = new TGraphErrors(counter, xvec, yvec, xerr, yerr);
1017   if (fGraphAttachmentMIP) fGraphAttachmentMIP->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_ATTACHMENT_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1018   fGainArray->AddLast(fGraphAttachmentMIP);
1019   //
1020   delete [] xvec;
1021   delete [] yvec;
1022   delete [] xerr;
1023   delete [] yerr;
1024   delete hist;
1025   //
1026   if (counter < 1) return kFALSE;
1027   return kTRUE;
1028
1029 }
1030
1031
1032 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzePadRegionGain(){
1033   //
1034   // Analyze gain for different pad regions - produce the calibration graphs 0,1,2
1035   //
1036   if (fGainMult)
1037   {
1038     TH2D * histQmax = (TH2D*) fGainMult->GetHistPadEqual()->Projection(0,2);
1039     TH2D * histQtot = (TH2D*) fGainMult->GetHistPadEqual()->Projection(1,2);
1040     //
1041     TObjArray arr;
1042     histQmax->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1043     Double_t xMax[3] = {0,1,2};
1044     Double_t yMax[3]    = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(1),
1045                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(2),
1046                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(3)};
1047     Double_t yMaxErr[3] = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(1),
1048                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(2),
1049                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(3)};
1050     TGraphErrors * fitPadRegionQmax = new TGraphErrors(3, xMax, yMax, 0, yMaxErr);
1051     //
1052     histQtot->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1053     Double_t xTot[3] = {0,1,2};
1054     Double_t yTot[3]    = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(1),
1055                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(2),
1056                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(3)};
1057     Double_t yTotErr[3] = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(1),
1058                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(2),
1059                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(3)};
1060     TGraphErrors * fitPadRegionQtot = new TGraphErrors(3, xTot, yTot, 0, yTotErr);
1061     //
1062     fitPadRegionQtot->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQTOT_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1063     fitPadRegionQmax->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQMAX_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1064     //
1065     fGainArray->AddLast(fitPadRegionQtot);
1066     fGainArray->AddLast(fitPadRegionQmax);
1067     return kTRUE;
1068   }
1069   return kFALSE;
1070
1071 }
1072
1073
1074 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGainMultiplicity() {
1075   //
1076   // Analyze gain as a function of multiplicity and produce calibration graphs
1077   //
1078   if (!fGainMult) return kFALSE;
1079   fGainMult->GetHistGainMult()->GetAxis(3)->SetRangeUser(3,3);
1080   TH2D * histMultMax = fGainMult->GetHistGainMult()->Projection(0,4);
1081   TH2D * histMultTot = fGainMult->GetHistGainMult()->Projection(1,4);
1082   histMultMax->RebinX(4);
1083   histMultTot->RebinX(4);
1084   //
1085   TObjArray arrMax;
1086   TObjArray arrTot;
1087   histMultMax->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arrMax);
1088   histMultTot->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arrTot);
1089   //
1090   TH1D * meanMax = (TH1D*)arrMax.At(1);
1091   TH1D * meanTot = (TH1D*)arrTot.At(1);
1092   Float_t meanMult = histMultMax->GetMean();
1093   if(meanMax->GetBinContent(meanMax->FindBin(meanMult))) {
1094     meanMax->Scale(1./meanMax->GetBinContent(meanMax->FindBin(meanMult)));
1095   }
1096   else {
1097    return kFALSE;
1098   }
1099   if(meanTot->GetBinContent(meanTot->FindBin(meanMult))) {
1100     meanTot->Scale(1./meanTot->GetBinContent(meanTot->FindBin(meanMult)));
1101   }
1102   else {
1103    return kFALSE;
1104   }
1105   Float_t xMultMax[50];
1106   Float_t yMultMax[50];
1107   Float_t yMultErrMax[50];
1108   Float_t xMultTot[50];
1109   Float_t yMultTot[50];
1110   Float_t yMultErrTot[50];
1111   //
1112   Int_t nCountMax = 0;
1113   for(Int_t iBin = 1; iBin < meanMax->GetXaxis()->GetNbins(); iBin++) {
1114     Float_t yValMax = meanMax->GetBinContent(iBin);
1115     if (yValMax < 0.7) continue;
1116     if (yValMax > 1.3) continue;
1117     if (meanMax->GetBinError(iBin)/yValMax > 0.01) continue;
1118     xMultMax[nCountMax] = meanMax->GetXaxis()->GetBinCenter(iBin);
1119     yMultMax[nCountMax] = yValMax;
1120     yMultErrMax[nCountMax] = meanMax->GetBinError(iBin);
1121     nCountMax++;
1122   }
1123   //
1124   if (nCountMax < 10) return kFALSE;
1125   TGraphErrors * fitMultMax = new TGraphErrors(nCountMax, xMultMax, yMultMax, 0, yMultErrMax);
1126   fitMultMax->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQMAX_MULTIPLICITYDEPENDENCE_BEAM_ALL");
1127   //
1128   Int_t nCountTot = 0;
1129   for(Int_t iBin = 1; iBin < meanTot->GetXaxis()->GetNbins(); iBin++) {
1130     Float_t yValTot = meanTot->GetBinContent(iBin);
1131     if (yValTot < 0.7) continue;
1132     if (yValTot > 1.3) continue;
1133     if (meanTot->GetBinError(iBin)/yValTot > 0.1) continue;
1134     xMultTot[nCountTot] = meanTot->GetXaxis()->GetBinCenter(iBin);
1135     yMultTot[nCountTot] = yValTot;
1136     yMultErrTot[nCountTot] = meanTot->GetBinError(iBin);
1137     nCountTot++;
1138   }
1139   //
1140   if (nCountTot < 10) return kFALSE;
1141   TGraphErrors *  fitMultTot = new TGraphErrors(nCountTot, xMultTot, yMultTot, 0, yMultErrTot);
1142   fitMultTot->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQTOT_MULTIPLICITYDEPENDENCE_BEAM_ALL");
1143   //
1144   fGainArray->AddLast(fitMultMax);
1145   fGainArray->AddLast(fitMultTot);
1146   //
1147   return kTRUE;
1148
1149 }
1150
1151 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGainChamberByChamber(){
1152   //
1153   // get chamber by chamber gain
1154   //
1155   TGraphErrors *grShort  = fGainMult->GetGainPerChamber(0);
1156   TGraphErrors *grMedium = fGainMult->GetGainPerChamber(1);
1157   TGraphErrors *grLong   = fGainMult->GetGainPerChamber(2);
1158   if (grShort==0x0 || grMedium==0x0 || grLong==0x0) {
1159     delete grShort;
1160     delete grMedium;
1161     delete grLong;
1162     return kFALSE;
1163   }
1164
1165   fGainArray->AddLast(grShort);
1166   fGainArray->AddLast(grMedium);
1167   fGainArray->AddLast(grLong);
1168
1169   return kTRUE;
1170 }
1171
1172 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateOCDBGain(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, const Char_t *storagePath){
1173   //
1174   // Update OCDB entry
1175   //
1176   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
1177   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
1178   metaData->SetResponsible("Alexander Kalweit");
1179   metaData->SetBeamPeriod(1);
1180   metaData->SetAliRootVersion("05-24-00"); //root version
1181   metaData->SetComment("Calibration of the time dependence of the gain due to pressure and temperature changes.");
1182   AliCDBId id1("TPC/Calib/TimeGain", startRunNumber, endRunNumber);
1183   AliCDBStorage * gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(storagePath);
1184   gStorage->Put(fGainArray, id1, metaData);
1185 }
1186
1187 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeQAPlot(Float_t  FPtoMIPratio) {
1188   //
1189   // Make QA plot to visualize results
1190   //
1191   //
1192   //
1193   if (fGraphCosmic) {
1194     TCanvas * canvasCosmic = new TCanvas("gain Cosmic", "time dependent gain QA histogram cosmic");
1195     canvasCosmic->cd();
1196     TH2D * gainHistoCosmic = fGainCosmic->GetHistGainTime()->Projection(0,1);
1197     gainHistoCosmic->SetDirectory(0);
1198     gainHistoCosmic->SetName("GainHistoCosmic");
1199     gainHistoCosmic->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
1200     gainHistoCosmic->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
1201     gainHistoCosmic->Draw("colz");
1202     fGraphCosmic->SetMarkerStyle(25);
1203     fGraphCosmic->Draw("lp");
1204     fGraphCosmic->SetMarkerStyle(25);
1205     TGraph * grfFitCosmic = fFitCosmic->MakeGraph(fGraphCosmic->GetX()[0],fGraphCosmic->GetX()[fGraphCosmic->GetN()-1],50000,0);
1206     if (grfFitCosmic) {
1207       for(Int_t i=0; i < grfFitCosmic->GetN(); i++) {
1208         grfFitCosmic->GetY()[i] *= FPtoMIPratio;
1209       }
1210       for(Int_t i=0; i < fGraphCosmic->GetN(); i++) {
1211         fGraphCosmic->GetY()[i] *= FPtoMIPratio;
1212       }
1213     }
1214     fGraphCosmic->Draw("lp");
1215     if (grfFitCosmic) {
1216       grfFitCosmic->SetLineColor(2);
1217       grfFitCosmic->Draw("lu");
1218     }
1219     fGainArray->AddLast(gainHistoCosmic);
1220     //fGainArray->AddLast(canvasCosmic->Clone());
1221     delete canvasCosmic;
1222   }
1223   if (fFitMIP) {
1224     TCanvas * canvasMIP = new TCanvas("gain MIP", "time dependent gain QA histogram MIP");
1225     canvasMIP->cd();
1226     TH2D * gainHistoMIP    = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(0,1);
1227     gainHistoMIP->SetName("GainHistoCosmic");
1228     gainHistoMIP->SetDirectory(0);
1229     gainHistoMIP->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
1230     gainHistoMIP->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
1231     gainHistoMIP->Draw("colz");
1232     fGraphMIP->SetMarkerStyle(25);
1233     fGraphMIP->Draw("lp");
1234     TGraph * grfFitMIP = fFitMIP->MakeGraph(fGraphMIP->GetX()[0],fGraphMIP->GetX()[fGraphMIP->GetN()-1],50000,0);
1235     grfFitMIP->SetLineColor(2);
1236     grfFitMIP->Draw("lu");
1237     fGainArray->AddLast(gainHistoMIP);
1238     //fGainArray->AddLast(canvasMIP->Clone());
1239     delete canvasMIP;
1240   }
1241 }
1242
1243 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeFitTime(){
1244   //
1245   // make aligment fit - store results in the file
1246   //
1247   const Int_t kMinEntries=1000;
1248   MakeChainTime();
1249   MakePrimitivesTime();
1250   if (!fAlignTree) return;
1251   if (fAlignTree->GetEntries()<kMinEntries) return;
1252   fAlignTree->SetAlias("ptype","type");
1253   fAlignTree->SetAlias("hasITS","(1+0)");
1254   fAlignTree->SetAlias("dITS","1-2*(refX<40)");
1255   fAlignTree->SetAlias("isITS","refX>10");
1256   fAlignTree->SetAlias("isVertex","refX<10");
1257   //
1258   Int_t  npointsMax=30000000;
1259   TStatToolkit toolkit;
1260   Double_t chi2=0;
1261   Int_t    npoints=0;
1262   TVectorD param;
1263   TMatrixD covar;
1264
1265   TString fstringFast="";
1266   fstringFast+="FExBTwistX++";
1267   fstringFast+="FExBTwistY++";
1268   fstringFast+="FAlignRot0D++";
1269   fstringFast+="FAlignTrans0D++";
1270   fstringFast+="FAlignTrans1D++";
1271   //
1272   fstringFast+="hasITS*FAlignTrans0++";
1273   fstringFast+="hasITS*FAlignTrans1++";
1274   fstringFast+="hasITS*FAlignRot0++";
1275   fstringFast+="hasITS*FAlignRot1++";
1276   fstringFast+="hasITS*FAlignRot2++";
1277   //
1278   fstringFast+="dITS*FAlignTrans0++";
1279   fstringFast+="dITS*FAlignTrans1++";
1280   fstringFast+="dITS*FAlignRot0++";
1281   fstringFast+="dITS*FAlignRot1++";
1282   fstringFast+="dITS*FAlignRot2++";
1283
1284   TCut cutFit="entries>10&&abs(mean)>0.00001&&rms>0";
1285   fAlignTree->SetAlias("err","rms");
1286
1287   TString *strDeltaITS = TStatToolkit::FitPlaneConstrain(fAlignTree,"mean:err", fstringFast.Data(),cutFit, chi2,npoints,param,covar,-1,0, npointsMax, 1);
1288   strDeltaITS->Tokenize("++")->Print();
1289   fAlignTree->SetAlias("fitYFast",strDeltaITS->Data());
1290   //
1291   TVectorD paramC= param;
1292   TMatrixD covarC= covar;
1293   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"Trans0D",paramC,covarC,0, 0.1);
1294   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"Trans1D",paramC,covarC,0, 0.1);
1295   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"TwistX",paramC,covarC,0, 0.1);
1296   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"TwistY",paramC,covarC,0, 0.1);
1297   TString strFitConst=TStatToolkit::MakeFitString(fstringFast, paramC,covar);
1298   fAlignTree->SetAlias("fitYFastC",strFitConst.Data());
1299   CreateAlignTime(fstringFast,paramC);
1300
1301
1302 }
1303
1304
1305 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeChainTime(){
1306   //
1307   //
1308   //
1309   TFile f("CalibObjects.root");
1310
1311   //  const char *cdtype[7]={"ITS","TRD","Vertex","TOF","TPC","TPC0","TPC1"};
1312   //const char *cptype[5]={"dy","dz","dsnp","dtheta","d1pt"};
1313   const char * hname[5]={"dy","dz","dsnp","dtheta","d1pt"};
1314   Int_t run=0;
1315   AliTPCcalibTime  *calibTime = 0;
1316   TObjArray * array = (TObjArray*)f.Get("TPCCalib");
1317   if (array){
1318     calibTime = (AliTPCcalibTime *)array->FindObject("calibTime");
1319   } else {
1320     calibTime = (AliTPCcalibTime*)f.Get("calibTime");
1321   }
1322   if (!calibTime) return;
1323   AliTPCCorrectionFit::CreateAlignMaps(AliTracker::GetBz(), run);
1324   TTreeSRedirector *pcstream = new TTreeSRedirector("meanITSVertex.root");
1325   //
1326   Int_t ihis=0;
1327   THnSparse *his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1328   if (his){
1329     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1330     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1331     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1332     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,3);
1333   }
1334   ihis=1;
1335   his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1336   if (his){
1337     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1338     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1339     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1340     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,3);
1341   }
1342   ihis=2;
1343   his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1344   if (his){
1345     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1346     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1347     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1348     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,3);
1349   }
1350   ihis=0;
1351   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1352   if (his){
1353     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1354     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1355     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1356     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1357   }
1358   ihis=2;
1359   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1360   if (his){
1361     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1362     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1363     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1364     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1365
1366   }
1367   ihis=1;
1368   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1369   if (his){
1370     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1371     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1372     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1373     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1374
1375   }
1376   ihis=0;
1377   his = calibTime->GetResHistoTPCTOF(ihis);
1378   if (his){
1379     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1380     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1381     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1382     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("TOF%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1383
1384   }
1385   ihis=0;
1386   his = calibTime->GetResHistoTPCTRD(ihis);
1387   if (his){
1388     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1389     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1390     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1391     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("TRD%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1392
1393   }
1394   delete pcstream;
1395 }
1396
1397
1398 Double_t AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(Double_t phi, Double_t refX, Double_t theta, Int_t corr, Int_t ptype){
1399   //
1400   //
1401   //
1402   Double_t sector = 9*phi/TMath::Pi();
1403   if (sector<0) sector+=18;
1404   Double_t y85=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,85,theta,1,corr);
1405   Double_t y245=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,245,theta,1,corr);
1406   if (ptype==0) return y85+(y245-y85)*(refX-85.)/(245.-85.);
1407   if (ptype==2) return (y245-y85)/(245.-85.);
1408   return 0;
1409 }
1410
1411
1412 Double_t AliTPCPreprocessorOffline::EvalAtPar(Double_t phi0, Double_t snp, Double_t refX, Double_t theta, Int_t corr, Int_t ptype, Int_t nsteps){
1413   //
1414   // Fit the distortion along the line with the parabolic model
1415   // Parameters:
1416   //  phi0 - phi at the entrance of the TPC
1417   //  snp  - local inclination angle at the entrance of the TPC
1418   //  refX - ref X where the distortion is evanluated
1419   //  theta
1420   //
1421   static TLinearFitter fitter(3,"pol2");
1422   fitter.ClearPoints();
1423   if (nsteps<3) nsteps=3;
1424   Double_t deltaX=(245-85)/(nsteps);
1425   for (Int_t istep=0; istep<(nsteps+1); istep++){
1426     //
1427     Double_t localX =85.+deltaX*istep;
1428     Double_t localPhi=phi0+deltaX*snp*istep;
1429     Double_t sector = 9*localPhi/TMath::Pi();
1430     if (sector<0) sector+=18;
1431     Double_t y=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,localX,theta,1,corr);
1432     Double_t dlocalX=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,localX,theta,0,corr);
1433     Double_t x[1]={localX-dlocalX};
1434     fitter.AddPoint(x,y);
1435   }
1436   fitter.Eval();
1437   Double_t par[3];
1438   par[0]=fitter.GetParameter(0);
1439   par[1]=fitter.GetParameter(1);
1440   par[2]=fitter.GetParameter(2);
1441
1442   if (ptype==0) return par[0]+par[1]*refX+par[2]*refX*refX;
1443   if (ptype==2) return par[1]+2*par[2]*refX;
1444   if (ptype==4) return par[2];
1445   return 0;
1446 }
1447
1448
1449
1450
1451
1452
1453 void AliTPCPreprocessorOffline::MakePrimitivesTime(){
1454   //
1455   // Create primitive transformation to fit
1456   //
1457   fAlignTree=new TChain("fit","fit");
1458   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"ITSdy");
1459   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"ITSdsnp");
1460   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"Vertexdy");
1461   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"Vertexdsnp");
1462   //
1463   AliTPCParam *param= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1464   Double_t bzField=AliTrackerBase::GetBz();
1465   Double_t vdrift = param->GetDriftV()/1000000.; // [cm/us]   // From dataBase: to be updated: per second (ideally)
1466   Double_t ezField = 400; // [V/cm]   // to be updated: never (hopefully)
1467   Double_t wtP = -10.0 * (bzField) * vdrift /  ezField ;
1468   AliTPCExBTwist *fitExBTwistX= new  AliTPCExBTwist;
1469   AliTPCExBTwist *fitExBTwistY= new  AliTPCExBTwist;
1470   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans0   =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1471   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans1   =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1472   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans0D  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1473   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans1D  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1474   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot0     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1475   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot1     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1476   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot2     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1477   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot3     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1478   //
1479   //
1480   fitExBTwistX->SetXTwist(0.001);
1481   fitExBTwistX->SetOmegaTauT1T2(wtP,1,1);
1482   //
1483   fitExBTwistY->SetYTwist(0.001);
1484   fitExBTwistY->SetOmegaTauT1T2(wtP,1,1);
1485   //
1486   TGeoHMatrix *matrixRot = new TGeoHMatrix;
1487   TGeoHMatrix *matrixX = new TGeoHMatrix;
1488   TGeoHMatrix *matrixY = new TGeoHMatrix;
1489   matrixX->SetDx(0.1);
1490   matrixY->SetDy(0.1);
1491   Double_t rotAngles0[9]={0};
1492   Double_t rotAngles1[9]={0};
1493   Double_t rotAngles2[9]={0};
1494   //
1495   Double_t rotAngles3[9]={0};
1496
1497   rotAngles0[0]=1; rotAngles0[4]=1; rotAngles0[8]=1;
1498   rotAngles1[0]=1; rotAngles1[4]=1; rotAngles1[8]=1;
1499   rotAngles2[0]=1; rotAngles2[4]=1; rotAngles2[8]=1;
1500   rotAngles3[0]=1; rotAngles3[4]=1; rotAngles3[8]=1;
1501
1502   rotAngles0[1]=-0.001;rotAngles0[3]=0.001;
1503   rotAngles1[5]=-0.001;rotAngles1[7]=0.001;
1504   rotAngles2[2]=0.001;rotAngles2[6]=-0.001;
1505   rotAngles3[1]=0.001;rotAngles3[3]=-0.001;
1506   matrixRot->SetRotation(rotAngles0);
1507   rot0->SetAlignGlobal(matrixRot);
1508   matrixRot->SetRotation(rotAngles1);
1509   rot1->SetAlignGlobal(matrixRot);
1510   matrixRot->SetRotation(rotAngles2);
1511   rot2->SetAlignGlobal(matrixRot);
1512   matrixRot->SetRotation(rotAngles3);
1513   rot3->SetAlignGlobalDelta(matrixRot);
1514   //
1515   trans0->SetAlignGlobal(matrixX);
1516   trans1->SetAlignGlobal(matrixY);
1517   trans0D->SetAlignGlobalDelta(matrixX);
1518   trans1D->SetAlignGlobalDelta(matrixY);
1519   fitExBTwistX->Init();
1520   fitExBTwistY->Init();
1521   //
1522   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwistX->Clone()),100);
1523   fitExBTwistY->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwistY->Clone()),101);
1524   //
1525   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot0->Clone()),102);
1526   fitExBTwistY->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot1->Clone()),103);
1527   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot2->Clone()),104);
1528   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot3->Clone()),105);
1529
1530   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans0->Clone()),106);
1531   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans1->Clone()),107);
1532   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans0D->Clone()),108);
1533   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans1D->Clone()),109);
1534   //
1535   fAlignTree->SetAlias("FExBTwistX", "AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,100,ptype)+0");
1536   fAlignTree->SetAlias("FExBTwistY","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,101,ptype)+0");
1537   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot0","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,102,ptype)+0");
1538   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot0D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,105,ptype)+0");
1539   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot1","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,103,ptype)+0");
1540   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot2","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,104,ptype)+0");
1541   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans0","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,106,ptype)+0");
1542   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans1","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,107,ptype)+0");
1543   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans0D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,108,ptype)+0");
1544   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans1D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,109,ptype)+0");
1545   //
1546   // test fast function
1547   //
1548 //   fAlignTree->Draw("FExBTwistX:ExBTwistX","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1549 //   fAlignTree->Draw("FExBTwistY:ExBTwistY","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1550 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot0:alignRot0","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1551 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot1:alignRot1","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1552 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot2:alignRot2","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1553 //   //
1554 //   fAlignTree->Draw("FAlignTrans0:alignTrans0","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1555 //   fAlignTree->Draw("FAlignTrans1:alignTrans1","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1556
1557 }
1558
1559
1560 void AliTPCPreprocessorOffline::CreateAlignTime(TString fstring, TVectorD paramC){
1561   //
1562   //
1563   //
1564   //
1565   TGeoHMatrix *matrixDelta     = new TGeoHMatrix;
1566   TGeoHMatrix *matrixGlobal    = new TGeoHMatrix;
1567   Double_t rAngles[9];
1568   Int_t index=0;
1569   //
1570   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignTrans0D");
1571   if (index>=0) matrixDelta->SetDx(paramC[index+1]*0.1);
1572   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignTrans1D");
1573   if (index>=0) matrixDelta->SetDy(paramC[index+1]*0.1);
1574   rAngles[0]=1; rAngles[4]=1; rAngles[8]=1;
1575   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignRot0D");
1576   rAngles[1]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[3]=paramC[index+1]*0.001;
1577   rAngles[5]=0; rAngles[7] =0;
1578   rAngles[2]=0; rAngles[6] =0;
1579   matrixDelta->SetRotation(rAngles);
1580   //
1581   //
1582   //
1583   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignTrans0");
1584   if (index>=0) matrixGlobal->SetDx(paramC[index+1]*0.1);
1585   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignTrans1");
1586   if (index>=0) matrixGlobal->SetDy(paramC[index+1]*0.1);
1587   rAngles[0]=1; rAngles[4]=1; rAngles[8]=1;
1588   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot0");
1589   rAngles[1]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[3]=paramC[index+1]*0.001;
1590   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot1");
1591   rAngles[5]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[7]=paramC[index+1]*0.001;
1592   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot2");
1593   rAngles[2]=paramC[index+1]*0.001; rAngles[6] =-paramC[index+1]*0.001;
1594   matrixGlobal->SetRotation(rAngles);
1595   //
1596   AliTPCCalibGlobalMisalignment *fitAlignTime  =0;
1597   fitAlignTime  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1598   fitAlignTime->SetName("FitAlignTime");
1599   fitAlignTime->SetTitle("FitAlignTime");
1600   fitAlignTime->SetAlignGlobalDelta(matrixDelta);
1601   fitAlignTime->SetAlignGlobal(matrixGlobal);
1602   //
1603   AliTPCExBTwist * fitExBTwist= new  AliTPCExBTwist;
1604   Int_t indexX=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"ExBTwistX");
1605   Int_t indexY=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"ExBTwistY");
1606   fitExBTwist->SetXTwist(0.001*paramC[indexX+1]);  // 1 mrad twist in x
1607   fitExBTwist->SetYTwist(0.001*paramC[indexY+1]);  // 1 mrad twist in x
1608   fitExBTwist->SetName("FitExBTwistTime");
1609   fitExBTwist->SetTitle("FitExBTwistTime");
1610   AliTPCParam *param= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1611   Double_t bzField=AliTrackerBase::GetBz();
1612   Double_t vdrift = param->GetDriftV()/1000000.; // [cm/us]   // From dataBase: to be updated: per second (ideally)
1613
1614   Double_t ezField = 400; // [V/cm]   // to be updated: never (hopefully)
1615   Double_t wt = -10.0 * (bzField) * vdrift /  ezField ;
1616   //
1617   fitExBTwist->SetOmegaTauT1T2(wt,1,1);
1618   fitExBTwist->Init();
1619
1620   AliTPCComposedCorrection *corrTime =  new AliTPCComposedCorrection;
1621   TObjArray *arr = new TObjArray;
1622   corrTime->SetCorrections(arr);
1623
1624   corrTime->GetCorrections()->Add(fitExBTwist);
1625   corrTime->GetCorrections()->Add(fitAlignTime);
1626   corrTime->SetName("FitCorrectionTime");
1627   corrTime->SetTitle("FitCorrectionTime");
1628
1629   fitExBTwist->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwist->Clone()),1001);
1630   fitAlignTime->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitAlignTime->Clone()),1002);
1631   fitAlignTime->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(corrTime->Clone()),1003);
1632
1633
1634   fAlignTree->SetAlias("ExBTwistTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1001,ptype)+0");
1635   fAlignTree->SetAlias("AlignTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1002,ptype)+0");
1636   fAlignTree->SetAlias("FitCorrectionTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1003,ptype)+0");
1637
1638
1639   TFile *f = new TFile("fitITSVertex.root","update");
1640   corrTime->Write("FitCorrectionTime");
1641   f->Close();
1642 }
1643