TPC/AliTPCPreprocessorOffline.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17
  18 /*
  19    .x ~/rootlogon.C
  20    gSystem->Load("libANALYSIS");
  21    gSystem->Load("libTPCcalib");
  22    .L $ALICE_ROOT/TPC/AliTPCPreprocessorOffline.cxx+
  23
  24    AliTPCPreprocessorOffline proces;
  25    proces.CalibTimeGain(
  26
  27 */
  28
  29 #if !defined(__CINT__) || defined(__MAKECINT__)
  30 #include "TMap.h"
  31 #include "TGraphErrors.h"
  32 #include "AliExternalTrackParam.h"
  33 #include "TFile.h"
  34 #include "TGraph.h"
  35 #include "TMultiGraph.h"
  36 #include "TCanvas.h"
  37 #include "THnSparse.h"
  38 #include "TLegend.h"
  39 #include "TPad.h"
  40 #include "TH2D.h"
  41 #include "AliTPCROC.h"
  42 #include "AliTPCCalROC.h"
  43
  44 #include "AliESDfriend.h"
  45
  46
  47 #include "AliTPCcalibTime.h"
  48 #include "AliSplineFit.h"
  49 #include "AliCDBMetaData.h"
  50 #include "AliCDBId.h"
  51 #include "AliCDBManager.h"
  52 #include "AliCDBStorage.h"
  53 #include "AliTPCcalibBase.h"
  54 #include "AliTPCcalibDB.h"
  55 #include "AliTPCcalibDButil.h"
  56 #include "AliRelAlignerKalman.h"
  57 #include "AliTPCParamSR.h"
  58 #include "AliTPCcalibTimeGain.h"
  59 #include "AliSplineFit.h"
  60 #include "AliTPCPreprocessorOffline.h"
  61 #endif
  62
  63
  64 ClassImp(AliTPCPreprocessorOffline)
  65
  66 AliTPCPreprocessorOffline::AliTPCPreprocessorOffline():
  67   TNamed("PreprocessorOffline","PreprocessorOffline"),
  68   kMinEntries(500),                      // minimal number of entries for fit
  69   startRun(0),                         // start Run - used to make fast selection in THnSparse
  70   endRun(0),                           // end   Run - used to make fast selection in THnSparse
  71   startTime(0),                        // startTime - used to make fast selection in THnSparse
  72   endTime(0),                          // endTime   - used to make fast selection in THnSparse
  73   ocdbStorage(""),                   // path to the OCDB storage
  74   fVdriftArray(new TObjArray),
  75   fTimeDrift(0),
  76   fGraphMIP(0),                // graph time dependence of MIP
  77   fGraphCosmic(0),             // graph time dependence at Plateu
  78   fFitMIP(0),                  // fit of dependence - MIP
  79   fFitCosmic(0),               // fit of dependence - Plateu
  80   fGainArray(new TObjArray),               // array to be stored in the OCDB
  81   fGainMIP(0),          // calibration component for MIP
  82   fGainCosmic(0)       // calibration component for cosmic
  83 {
  84   //
  85 }
  86
  87 AliTPCPreprocessorOffline::~AliTPCPreprocessorOffline() {
  88   //
  89   // Destructor
  90   //
  91 }
  92
  93
  94
  95
  96 void AliTPCPreprocessorOffline::GetRunRange(AliTPCcalibTime* fTimeDrift){
  97   //
  98   // find the fist and last run
  99   //
 100   TObjArray *hisArray =fTimeDrift->GetHistoDrift();
 101   {for (Int_t i=0; i<hisArray->GetEntriesFast(); i++){
 102     THnSparse* addHist=(THnSparse*)hisArray->UncheckedAt(i);
 103     if (addHist->GetEntries()<kMinEntries) continue;
 104     if (!addHist) continue;
 105     TH1D* histo    =addHist->Projection(3);
 106     TH1D* histoTime=addHist->Projection(0);
 107     printf("%s\t%f\t%d\t%d\n",histo->GetName(), histo->GetEntries(),histo->FindFirstBinAbove(0),histo->FindLastBinAbove(0));
 108
 109     if (startRun<=0){
 110       startRun=histo->FindFirstBinAbove(0);
 111       endRun  =histo->FindLastBinAbove(0);
 112     }else{
 113       startRun=TMath::Min(histo->FindFirstBinAbove(0),startRun);
 114       endRun  =TMath::Max(histo->FindLastBinAbove(0),endRun);
 115     }
 116     if (startTime==0){
 117       startTime=histoTime->FindFirstBinAbove(0);
 118       endTime  =histoTime->FindLastBinAbove(0);
 119     }else{
 120       startTime=TMath::Min(histoTime->FindFirstBinAbove(0),startTime);
 121       endTime  =TMath::Max(histoTime->FindLastBinAbove(0),endTime);
 122     }
 123     delete histo;
 124     delete histoTime;
 125   }}
 126   if (startRun<0) startRun=0;
 127   if (endRun<0) endRun=100000000;
 128   printf("Run range  :\t%d-%d\n", startRun, endRun);
 129   printf("Time range :\t%d-%d\n", startTime, endTime);
 130
 131 }
 132
 133
 134
 135 void AliTPCPreprocessorOffline::CalibTimeVdrift(Char_t* file, Int_t ustartRun, Int_t uendRun, TString pocdbStorage){
 136   //
 137   //
 138   //
 139   const Int_t    kMinEntries=500;     // minimal number of entries
 140   if (pocdbStorage.Length()>0) ocdbStorage=pocdbStorage;
 141   else
 142   ocdbStorage="local://"+gSystem->GetFromPipe("pwd")+"/OCDB";
 143   //
 144   // 1. Initialization and run range setting
 145   TFile fcalib(file);
 146   fTimeDrift=(AliTPCcalibTime*)fcalib.Get("calibTime");
 147   startRun=ustartRun;
 148   endRun=ustartRun;
 149   TObjArray *hisArray =fTimeDrift->GetHistoDrift();
 150   GetRunRange(fTimeDrift);
 151   for (Int_t i=0; i<hisArray->GetEntriesFast(); i++){
 152     THnSparse* addHist=(THnSparse*)hisArray->At(i);
 153     if (!addHist) continue;
 154     if (startTime<endTime) addHist->GetAxis(0)->SetRange(startTime-1,endTime+1);
 155     if (startRun<endRun) addHist->GetAxis(3)->SetRange(startRun-1,endRun+1);
 156   }
 157   //
 158   //
 159   // 2. extraction of the information
 160   //
 161   fVdriftArray = new TObjArray();
 162   AddAlignmentGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift);
 163   AddHistoGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift,kMinEntries);
 164   AddLaserGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift);
 165   //
 166   // 3. Append QA plots
 167   //
 168   MakeDefaultPlots(fVdriftArray,fVdriftArray);
 169   //
 170   //
 171   // 4. update of OCDB
 172   //
 173   //
 174
 175   UpdateOCDBDrift(ustartRun,uendRun,ocdbStorage);
 176 }
 177
 178 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateOCDBDrift( Int_t ustartRun, Int_t uendRun,  const char* storagePath ){
 179   //
 180   // Update OCDB
 181   //
 182   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
 183   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
 184   metaData->SetResponsible("Marian Ivanov");
 185   metaData->SetBeamPeriod(1);
 186   metaData->SetAliRootVersion("05-25-01"); //root version
 187   metaData->SetComment("Calibration of the time dependence of the drift velocity");
 188   AliCDBId* id1=NULL;
 189   id1=new AliCDBId("TPC/Calib/TimeDrift", ustartRun, uendRun);
 190   AliCDBStorage* gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(storagePath);
 191   gStorage->Put(fVdriftArray, (*id1), metaData);
 192 }
 193
 194
 195
 196 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateDriftParam(AliTPCParam *param, TObjArray *arr, Int_t startRun){
 197   //
 198   //  update the OCDB entry for the nominal time0
 199   //
 200   //
 201   //  AliTPCParam * param = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
 202   AliTPCParam *paramNew = (AliTPCParam *)param->Clone();
 203   TGraphErrors *grT =  (TGraphErrors *)arr->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_T0");
 204   Double_t deltaTcm = TMath::Median(grT->GetN(),grT->GetY());
 205   Double_t deltaT   = deltaTcm/param->GetDriftV();
 206   paramNew->SetL1Delay(param->GetL1Delay()-deltaT);
 207   paramNew->Update();
 208
 209   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
 210   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
 211   metaData->SetResponsible("Marian Ivanov");
 212   metaData->SetBeamPeriod(1);
 213   metaData->SetAliRootVersion("05-25-02"); //root version
 214   metaData->SetComment("Updated calibration of nominal time 0");
 215   AliCDBId* id1=NULL;
 216   id1=new AliCDBId("TPC/Calib/Parameters", startRun, AliCDBRunRange::Infinity());
 217   AliCDBStorage* gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(ocdbStorage);
 218   gStorage->Put(param, (*id1), metaData);
 219
 220 }
 221
 222
 223 void AliTPCPreprocessorOffline::PrintArray(TObjArray *array){
 224   //
 225   //
 226   //
 227   Int_t entries = array->GetEntries();
 228   for (Int_t i=0; i<entries; i++){
 229     if (!array->At(i)) continue;
 230     printf("%d\t %s\n", i,  array->At(i)->GetName());
 231   }
 232 }
 233
 234
 235
 236 TGraphErrors* AliTPCPreprocessorOffline::FilterGraphDrift(TGraphErrors * graph, Float_t errSigmaCut, Float_t medianCutAbs){
 237   // 2 filters:
 238   //    1. filter graph - error cut errSigmaCut
 239   //    2. filter graph - medianCutAbs around median
 240   //
 241   // errSigmaCut   - cut on error
 242   // medianCutAbs  - cut on value around median
 243   Double_t dummy=0;               //
 244   //
 245   // 1. filter graph - error cut errSigmaCut
 246   //
 247   TGraphErrors *graphF;
 248   graphF = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(graph,errSigmaCut,dummy);
 249   delete graph;
 250   if (!graphF) return 0;
 251   graph = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(graphF,errSigmaCut,dummy);
 252   delete graphF;
 253   if (!graph) return 0;
 254   //
 255   // filter graph - kMedianCutAbs around median
 256   //
 257   graphF=FilterGraphMedianAbs(graph, medianCutAbs,dummy);
 258   delete graph;
 259   if (!graphF) return 0;
 260   graph=FilterGraphMedianAbs(graphF, medianCutAbs,dummy);
 261   delete graphF;
 262   if (!graph) return 0;
 263   return graph;
 264 }
 265
 266
 267
 268 TGraphErrors* AliTPCPreprocessorOffline::FilterGraphMedianAbs(TGraphErrors * graph, Float_t cut,Double_t &medianY){
 269   //
 270   // filter outlyer measurement
 271   // Only points around median +- cut filtered
 272   //
 273   if (!graph) return  0;
 274   Int_t kMinPoints=2;
 275   Int_t npoints0 = graph->GetN();
 276   Int_t npoints=0;
 277   Float_t  rmsY=0;
 278   Double_t *outx=new Double_t[npoints0];
 279   Double_t *outy=new Double_t[npoints0];
 280   Double_t *errx=new Double_t[npoints0];
 281   Double_t *erry=new Double_t[npoints0];
 282   //
 283   //
 284   if (npoints0<kMinPoints) return 0;
 285   for (Int_t iter=0; iter<3; iter++){
 286     npoints=0;
 287     for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints0; ipoint++){
 288       if (graph->GetY()[ipoint]==0) continue;
 289       if (iter>0 &&TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-medianY)>cut) continue;
 290       outx[npoints]  = graph->GetX()[ipoint];
 291       outy[npoints]  = graph->GetY()[ipoint];
 292       errx[npoints]  = graph->GetErrorX(ipoint);
 293       erry[npoints]  = graph->GetErrorY(ipoint);
 294       npoints++;
 295     }
 296     if (npoints<=1) break;
 297     medianY  =TMath::Median(npoints,outy);
 298     rmsY   =TMath::RMS(npoints,outy);
 299   }
 300   TGraphErrors *graphOut=0;
 301   if (npoints>1) graphOut= new TGraphErrors(npoints,outx,outy,errx,erry);
 302   return graphOut;
 303 }
 304
 305
 306 void AliTPCPreprocessorOffline::AddHistoGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *timeDrift, Int_t minEntries){
 307   //
 308   // Add graphs corresponding to the alignment
 309   //
 310   const Double_t kErrSigmaCut=5;      // error sigma cut - for filtering
 311   const Double_t kMedianCutAbs=0.03;  // error sigma cut - for filtering
 312   //
 313   TObjArray * array=timeDrift->GetHistoDrift();
 314   if (array){
 315     THnSparse* hist=NULL;
 316     // 2.a) cosmics with different triggers
 317     for (Int_t i=0; i<array->GetEntriesFast();i++){
 318       hist=(THnSparseF*)array->UncheckedAt(i);
 319       if(!hist) continue;
 320       if (hist->GetEntries()<minEntries) continue;
 321       //hist->Print();
 322       TString name=hist->GetName();
 323       Int_t dim[4]={0,1,2,3};
 324       THnSparse* newHist=hist->Projection(4,dim);
 325       newHist->SetName(name);
 326       TGraphErrors* graph=AliTPCcalibBase::FitSlices(newHist,2,0,400,100,0.05,0.95, kTRUE);
 327       printf("name=%s graph=%i, N=%i\n", name.Data(), graph==0, graph->GetN());
 328       Int_t pos=name.Index("_");
 329       name=name(pos,name.Capacity()-pos);
 330       TString graphName=graph->ClassName();
 331       graphName+=name;
 332       graphName.ToUpper();
 333       //
 334       graph = FilterGraphDrift(graph, kErrSigmaCut, kMedianCutAbs);
 335       if (!graph) {
 336         printf("Graph =%s filtered out\n", name.Data());
 337         continue;
 338       }
 339       //
 340       graph->SetMarkerStyle(i%8+20);
 341       graph->SetMarkerColor(i%7);
 342       graph->GetXaxis()->SetTitle("Time");
 343       graph->GetYaxis()->SetTitle("v_{dcor}");
 344       graph->SetName(graphName);
 345       graph->SetTitle(graphName);
 346       printf("Graph %d\t=\t%s\n", i, graphName.Data());
 347       vdriftArray->Add(graph);
 348     }
 349   }
 350 }
 351
 352
 353
 354
 355 void AliTPCPreprocessorOffline::AddAlignmentGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *timeDrift){
 356   //
 357   // Add graphs corresponding to alignment to the object array
 358   //
 359   TObjArray *arrayITS=0;
 360   TObjArray *arrayTOF=0;
 361   TObjArray *arrayTRD=0;
 362   TMatrixD *mstatITS=0;
 363   TMatrixD *mstatTOF=0;
 364   TMatrixD *mstatTRD=0;
 365   //
 366   arrayITS=timeDrift->GetAlignITSTPC();
 367   arrayTRD=timeDrift->GetAlignTRDTPC();
 368   arrayTOF=timeDrift->GetAlignTOFTPC();
 369
 370   if (arrayITS->GetEntries()>0) mstatITS= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayITS,0.9,50,0.025);
 371   if (arrayTOF->GetEntries()>0) mstatTOF= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayTOF,0.9,1000,0.025);
 372   if (arrayTRD->GetEntries()>0) mstatTRD= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayTRD,0.9,50,0.025);
 373   //
 374   TObjArray * arrayITSP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITS,*mstatITS, 0, 5.);
 375   TObjArray * arrayITSM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITS,*mstatITS, 1, 5.);
 376   TObjArray * arrayITSB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITSP,arrayITSM);
 377   TObjArray * arrayTOFP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOF,*mstatTOF, 0, 5.);
 378   TObjArray * arrayTOFM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOF,*mstatTOF, 1, 5.);
 379   TObjArray * arrayTOFB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOFP,arrayTOFM);
 380
 381   TObjArray * arrayTRDP= 0x0;
 382   TObjArray * arrayTRDM= 0x0;
 383   TObjArray * arrayTRDB= 0x0;
 384   arrayTRDP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRD,*mstatTRD, 0, 5.);
 385   arrayTRDM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRD,*mstatTRD, 1, 5.);
 386   arrayTRDB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRDP,arrayTRDM);
 387   //
 388   //
 389   Int_t entries=TMath::Max(arrayITS->GetEntriesFast(),arrayTOF->GetEntriesFast());
 390   TObjArray *arrays[12]={arrayITS, arrayITSP, arrayITSM, arrayITSB,
 391                          arrayTRD, arrayTRDP, arrayTRDM, arrayTRDB,
 392                          arrayTOF, arrayTOFP, arrayTOFM, arrayTOFB};
 393   TString   grnames[12]={"ALIGN_ITS", "ALIGN_ITSP", "ALIGN_ITSM", "ALIGN_ITSB",
 394                          "ALIGN_TRD", "ALIGN_TRDP", "ALIGN_TRDM","ALIGN_TRDB",
 395                          "ALIGN_TOF", "ALIGN_TOFP", "ALIGN_TOFM","ALIGN_TOFB"};
 396   TString   grpar[9]={"DELTAPSI", "DELTATHETA", "DELTAPHI",
 397                       "DELTAX", "DELTAY", "DELTAZ",
 398                       "DRIFTVD", "T0", "VDGY"};
 399
 400
 401   TVectorD vX(entries);
 402   TVectorD vY(entries);
 403   TVectorD vEx(entries);
 404   TVectorD vEy(entries);
 405   TObjArray *arr=0;
 406   for (Int_t iarray=0; iarray<12; iarray++){
 407     arr = arrays[iarray];
 408     if (arr==0) continue;
 409     for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++){
 410       Int_t counter=0;
 411       for (Int_t itime=0; itime<arr->GetEntriesFast(); itime++){
 412         AliRelAlignerKalman * kalman = (AliRelAlignerKalman *) arr->UncheckedAt(itime);
 413         if (!kalman) continue;
 414         vX[counter]=kalman->GetTimeStamp();
 415         vY[counter]=(*(kalman->GetState()))[ipar];
 416         if (ipar==6) vY[counter]=1./(*(kalman->GetState()))[ipar]-1;
 417         vEx[counter]=0;
 418         vEy[counter]=TMath::Sqrt((*(kalman->GetStateCov()))(ipar,ipar));
 419         counter++;
 420       }
 421
 422       TGraphErrors * graph=new TGraphErrors(counter, vX.GetMatrixArray(),
 423                                           vY.GetMatrixArray(),
 424                                           vEx.GetMatrixArray(),
 425                                           vEy.GetMatrixArray());
 426       TString grName=grnames[iarray];
 427       grName+="_TPC_";
 428       grName+=grpar[ipar];
 429       graph->SetName(grName.Data());
 430       vdriftArray->AddLast(graph);
 431     }
 432   }
 433 }
 434
 435
 436
 437
 438 void AliTPCPreprocessorOffline::AddLaserGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *timeDrift){
 439   //
 440   // add graphs for laser
 441   //
 442   const Double_t delayL0L1 = 0.071;  //this is hack for 1/2 weeks
 443   THnSparse *hisN=0;
 444   TGraphErrors *grLaser[6]={0,0,0,0,0,0};
 445   hisN = timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0);
 446   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0)){
 447     grLaser[0]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0),0,2,5,delayL0L1);
 448     grLaser[0]->SetName("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_A");
 449     vdriftArray->AddLast(grLaser[0]);
 450   }
 451   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(1)){
 452     grLaser[1]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(1),0,2,5);
 453     grLaser[1]->SetName("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
 454     vdriftArray->AddLast(grLaser[1]);
 455   }
 456   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(2)){
 457     grLaser[2]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(2),0,2,5);
 458     grLaser[2]->SetName("GRAPH_MEAN_GLOBALYGRADIENT_LASER_ALL_A");
 459     vdriftArray->AddLast(grLaser[2]);
 460   }
 461   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(0)){
 462     grLaser[3]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(0),0,2,5,delayL0L1);
 463     grLaser[3]->SetName("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_C");
 464     vdriftArray->AddLast(grLaser[3]);
 465   }
 466   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(1)){
 467     grLaser[4]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(1),0,2,5);
 468     grLaser[4]->SetName("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
 469     vdriftArray->AddLast(grLaser[4]);
 470   }
 471   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(2)){
 472     grLaser[5]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(2),0,2,5);
 473     grLaser[5]->SetName("GRAPH_MEAN_GLOBALYGRADIENT_LASER_ALL_C");
 474     vdriftArray->AddLast(grLaser[5]);
 475   }
 476   for (Int_t i=0; i<6;i++){
 477     if (grLaser[i]) {
 478       SetDefaultGraphDrift(grLaser[i], 1,(i+20));
 479       grLaser[i]->GetYaxis()->SetTitle("Laser Correction");
 480     }
 481   }
 482 }
 483
 484
 485 TGraphErrors * AliTPCPreprocessorOffline::MakeGraphFilter0(THnSparse *hisN, Int_t itime, Int_t ival, Int_t minEntries, Double_t offset){
 486   //
 487   // Make graph with mean values and rms
 488   //
 489   hisN->GetAxis(itime)->SetRange(0,100000000);
 490   hisN->GetAxis(ival)->SetRange(0,100000000);
 491   TH1 * hisT      = hisN->Projection(itime);
 492   TH1 * hisV      = hisN->Projection(ival);
 493   //
 494   Int_t firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 495   Int_t lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 496   Int_t firstBinV = hisV->FindFirstBinAbove(0);
 497   Int_t lastBinV  = hisV->FindLastBinAbove(0);
 498   hisN->GetAxis(itime)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 499   hisN->GetAxis(ival)->SetRange(firstBinV,lastBinV);
 500   Int_t entries=0;
 501   for (Int_t ibin=firstBinA; ibin<lastBinA; ibin++){
 502     Double_t cont = hisT->GetBinContent(ibin);
 503     if (cont<minEntries) continue;
 504     entries++;
 505   }
 506   TVectorD vecTime(entries);
 507   TVectorD vecMean0(entries);
 508   TVectorD vecRMS0(entries);
 509   TVectorD vecMean1(entries);
 510   TVectorD vecRMS1(entries);
 511   entries=0;
 512   {for (Int_t ibin=firstBinA; ibin<lastBinA; ibin++){
 513       Double_t cont = hisT->GetBinContent(ibin);
 514       if (cont<minEntries) continue;
 515       hisN->GetAxis(itime)->SetRange(ibin-1,ibin+1);
 516       Double_t time = hisT->GetBinCenter(ibin);
 517       TH1 * his = hisN->Projection(ival);
 518       Double_t nentries0= his->GetBinContent(his->FindBin(0));
 519       if (cont-nentries0<minEntries) continue;
 520       //
 521       his->SetBinContent(his->FindBin(0),0);
 522       vecTime[entries]=time;
 523       vecMean0[entries]=his->GetMean()+offset;
 524       vecMean1[entries]=his->GetMeanError();
 525       vecRMS0[entries] =his->GetRMS();
 526       vecRMS1[entries] =his->GetRMSError();
 527       delete his;
 528       entries++;
 529     }}
 530   delete hisT;
 531   delete hisV;
 532   TGraphErrors * graph =  new TGraphErrors(entries,vecTime.GetMatrixArray(), vecMean0.GetMatrixArray(),                                    0, vecMean1.GetMatrixArray());
 533   return graph;
 534 }
 535
 536
 537
 538
 539
 540
 541
 542
 543 void AliTPCPreprocessorOffline::SetDefaultGraphDrift(TGraph *graph, Int_t color, Int_t style){
 544   //
 545   //
 546   //
 547   graph->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
 548   graph->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
 549   graph->SetMaximum( 0.025);
 550   graph->SetMinimum(-0.025);
 551   graph->GetXaxis()->SetTitle("Time");
 552   graph->GetYaxis()->SetTitle("v_{dcorr}");
 553   //
 554   graph->GetYaxis()->SetLabelSize(0.03);
 555   graph->GetXaxis()->SetLabelSize(0.03);
 556   //
 557   graph->GetXaxis()->SetNdivisions(10,5,0);
 558   graph->GetYaxis()->SetNdivisions(10,5,0);
 559   //
 560   graph->GetXaxis()->SetLabelOffset(0.02);
 561   graph->GetYaxis()->SetLabelOffset(0.005);
 562   //
 563   graph->GetXaxis()->SetTitleOffset(1.3);
 564   graph->GetYaxis()->SetTitleOffset(1.2);
 565   //
 566   graph->SetMarkerColor(color);
 567   graph->SetLineColor(color);
 568   graph->SetMarkerStyle(style);
 569 }
 570
 571 void AliTPCPreprocessorOffline::SetPadStyle(TPad *pad, Float_t mx0, Float_t mx1, Float_t my0, Float_t my1){
 572   //
 573   //
 574   pad->SetTicks(1,1);
 575   pad->SetMargin(mx0,mx1,my0,my1);
 576 }
 577
 578
 579 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeDefaultPlots(TObjArray * arr, TObjArray *picArray){
 580   //
 581   //
 582   //
 583   // margins
 584   Float_t mx0=0.12, mx1=0.1, my0=0.15, my1=0.1;
 585   //
 586   TGraphErrors* laserA       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
 587   TGraphErrors* laserC       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
 588   TGraphErrors* cosmic       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_VDRIFT_COSMICS_ALL");
 589   TGraphErrors* cross        =(TGraphErrors*)arr->FindObject("TGRAPHERRORS_VDRIFT_CROSS_ALL");
 590   TGraphErrors* itstpcP       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSP_TPC_DRIFTVD");
 591   TGraphErrors* itstpcM       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_DRIFTVD");
 592   TGraphErrors* itstpcB       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
 593   //
 594   if (laserA)  SetDefaultGraphDrift(laserA,2,25);
 595   if (laserC)  SetDefaultGraphDrift(laserC,4,26);
 596   if (cosmic)  SetDefaultGraphDrift(cosmic,3,27);
 597   if (cross)   SetDefaultGraphDrift(cross,4,28);
 598   if (itstpcP) SetDefaultGraphDrift(itstpcP,2,29);
 599   if (itstpcM) SetDefaultGraphDrift(itstpcM,4,30);
 600   if (itstpcB) SetDefaultGraphDrift(itstpcB,1,31);
 601   //
 602   //
 603   TPad *pad=0;
 604   //
 605   // Laser-Laser
 606   //
 607   if (laserA&&laserC){
 608     pad = new TCanvas("TPCLaserVDrift","TPCLaserVDrift");
 609     laserA->Draw("alp");
 610     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 611     laserA->Draw("apl");
 612     laserC->Draw("p");
 613     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 614     legend->AddEntry(laserA,"Laser A side");
 615     legend->AddEntry(laserC,"Laser C side");
 616     legend->Draw();
 617     picArray->AddLast(pad);
 618   }
 619
 620   if (itstpcP&&itstpcM){
 621     pad = new TCanvas("ITSTPC","ITSTPC");
 622     itstpcP->Draw("alp");
 623     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 624     itstpcP->Draw("alp");
 625     gPad->Clear();
 626     itstpcM->Draw("apl");
 627     itstpcP->Draw("p");
 628     itstpcB->Draw("p");
 629     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 630     legend->AddEntry(itstpcP,"ITS-TPC smooth plus");
 631     legend->AddEntry(itstpcM,"ITS-TPC smooth minus");
 632     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth ");
 633     legend->Draw();
 634     picArray->AddLast(pad);
 635   }
 636
 637   if (itstpcB&&laserA){
 638     pad = new TCanvas("ITSTPC_LASER","ITSTPC_LASER");
 639     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 640     laserA->Draw("alp");
 641     itstpcP->Draw("p");
 642     itstpcM->Draw("p");
 643     itstpcB->Draw("p");
 644     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 645     legend->AddEntry(laserA,"TPC laser");
 646     legend->AddEntry(itstpcP,"ITS-TPC smooth plus");
 647     legend->AddEntry(itstpcM,"ITS-TPC smooth minus");
 648     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth ");
 649     legend->Draw();
 650     picArray->AddLast(pad);
 651   }
 652
 653   if (itstpcP&&cross){
 654     pad = new TCanvas("ITSTPC_CROSS","ITSTPC_CROSS");
 655     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 656     itstpcP->Draw("alp");
 657     pad->Clear();
 658     cross->Draw("ap");
 659     itstpcP->Draw("p");
 660     //
 661     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 662
 663     legend->AddEntry(cross,"TPC cross tracks");
 664     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth");
 665     legend->Draw();
 666     picArray->AddLast(pad);
 667   }
 668   if (itstpcP&&cosmic){
 669     pad = new TCanvas("ITSTPC_COSMIC","ITSTPC_COSMIC");
 670     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 671     itstpcP->Draw("alp");
 672     pad->Clear();
 673     cosmic->Draw("ap");
 674     itstpcP->Draw("p");
 675     //
 676     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 677
 678     legend->AddEntry(cosmic,"TPC cross tracks0 up-down");
 679     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth");
 680     legend->Draw();
 681     picArray->AddLast(pad);
 682   }
 683 }
 684
 685
 686
 687
 688 void AliTPCPreprocessorOffline::CalibTimeGain(Char_t* fileName, Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber,  TString  ocdbStorage){
 689   //
 690   // Update OCDB gain
 691   //
 692   ReadGainGlobal(fileName);
 693   AnalyzeGain(startRunNumber,endRunNumber, 1000,1.43);
 694   MakeQAPlot(1.43);
 695   if (ocdbStorage.Length()==0) ocdbStorage+="local://"+gSystem->GetFromPipe("pwd")+"/OCDB";
 696   UpdateOCDBGain( startRunNumber, endRunNumber, ocdbStorage.Data());
 697 }
 698
 699
 700
 701
 702 void AliTPCPreprocessorOffline::ReadGainGlobal(Char_t* fileName){
 703   //
 704   // read calibration entries from file
 705   //
 706   TFile fcalib(fileName);
 707   TObjArray * array = (TObjArray*)fcalib.Get("TPCCalib");
 708   if (array){
 709     fGainMIP    = ( AliTPCcalibTimeGain *)array->FindObject("calibTimeGain");
 710     fGainCosmic = ( AliTPCcalibTimeGain *)array->FindObject("calibTimeGainCosmic");
 711   }else{
 712     fGainMIP    = ( AliTPCcalibTimeGain *)fcalib.Get("calibTimeGain");
 713     fGainCosmic = ( AliTPCcalibTimeGain *)fcalib.Get("calibTimeGainCosmic");
 714   }
 715   TH1 * hisT=0;
 716   Int_t firstBinA =0, lastBinA=0;
 717
 718   if (fGainCosmic){
 719     hisT= fGainCosmic->GetHistGainTime()->Projection(1);
 720     firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 721     lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 722     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 723     delete hisT;
 724   }
 725
 726   if (fGainMIP){
 727     hisT= fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(1);
 728     firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 729     lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 730     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 731     delete hisT;
 732   }
 733
 734 }
 735
 736
 737
 738 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGain(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, Int_t minEntriesGaussFit,  Float_t FPtoMIPratio){
 739   //
 740   //
 741   //
 742   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(5)->SetRangeUser(startRunNumber, endRunNumber);
 743   // 1.) try to create MIP spline
 744   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(1.51,2.49); // only beam data
 745   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(0.39,0.51); // only MIP pions
 746   //
 747   fGraphMIP = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainMIP->GetHistGainTime(),0,1,minEntriesGaussFit,10,0.1,0.7);
 748   if (fGraphMIP->GetN()==0) fGraphMIP = 0x0;
 749   if (fGraphMIP) fFitMIP = AliTPCcalibTimeGain::MakeSplineFit(fGraphMIP);
 750   if (fGraphMIP) fGraphMIP->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
 751   fGainArray->AddAt(fFitMIP,0);
 752
 753
 754   // 2.) try to create Cosmic spline
 755   fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(0.51,1.49); // only cosmics
 756   fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(20,100);    // only Fermi-Plateau muons
 757   //
 758   fGraphCosmic = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainCosmic->GetHistGainTime(),0,1,minEntriesGaussFit,10);
 759   if (fGraphCosmic->GetN()==0) fGraphCosmic = 0x0;
 760   //
 761   if (fGraphCosmic) {
 762     for(Int_t i=0; i < fGraphCosmic->GetN(); i++) {
 763       fGraphCosmic->GetY()[i] /= FPtoMIPratio;
 764       fGraphCosmic->GetEY()[i] /= FPtoMIPratio;
 765     }
 766   }
 767   //
 768   if (fGraphCosmic) fFitCosmic = AliTPCcalibTimeGain::MakeSplineFit(fGraphCosmic);
 769   if (fGraphCosmic) fGraphCosmic->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_COSMIC_ALL"); // set proper names according to naming convention
 770   fGainArray->AddAt(fFitCosmic,1);
 771   // with naming convention and backward compatibility
 772   fGainArray->AddAt(fGraphMIP,2);
 773   fGainArray->AddAt(fGraphCosmic,3);
 774   cout << "fGraphCosmic: " << fGraphCosmic << " fGraphMIP " << fGraphMIP << endl;
 775   return kTRUE;
 776
 777 }
 778
 779
 780
 781 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateOCDBGain(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, const Char_t *storagePath){
 782   //
 783   // Update OCDB entry
 784   //
 785   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
 786   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
 787   metaData->SetResponsible("Alexander Kalweit");
 788   metaData->SetBeamPeriod(1);
 789   metaData->SetAliRootVersion("05-24-00"); //root version
 790   metaData->SetComment("Calibration of the time dependence of the gain due to pressure and temperature changes.");
 791   AliCDBId id1("TPC/Calib/TimeGain", startRunNumber, endRunNumber);
 792   AliCDBStorage * gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(storagePath);
 793   gStorage->Put(fGainArray, id1, metaData);
 794 }
 795
 796 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeQAPlot(Float_t  FPtoMIPratio) {
 797   //
 798   // Make QA plot to visualize results
 799   //
 800   //
 801   //
 802   if (fGraphCosmic) {
 803     TCanvas * canvasCosmic = new TCanvas("gain Cosmic", "time dependent gain QA histogram cosmic");
 804     canvasCosmic->cd();
 805     TH2D * gainHistoCosmic = fGainCosmic->GetHistGainTime()->Projection(0,1);
 806     gainHistoCosmic->SetDirectory(0);
 807     gainHistoCosmic->SetName("GainHistoCosmic");
 808     gainHistoCosmic->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
 809     gainHistoCosmic->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
 810     gainHistoCosmic->Draw("colz");
 811     fGraphCosmic->SetMarkerStyle(25);
 812     fGraphCosmic->Draw("lp");
 813     fGraphCosmic->SetMarkerStyle(25);
 814     TGraph * grfFitCosmic = fFitCosmic->MakeGraph(fGraphCosmic->GetX()[0],fGraphCosmic->GetX()[fGraphCosmic->GetN()-1],50000,0);
 815     if (grfFitCosmic) {
 816       for(Int_t i=0; i < grfFitCosmic->GetN(); i++) {
 817         grfFitCosmic->GetY()[i] *= FPtoMIPratio;
 818       }
 819       for(Int_t i=0; i < fGraphCosmic->GetN(); i++) {
 820         fGraphCosmic->GetY()[i] *= FPtoMIPratio;
 821       }
 822     }
 823     fGraphCosmic->Draw("lp");
 824     grfFitCosmic->SetLineColor(2);
 825     grfFitCosmic->Draw("lu");
 826     fGainArray->AddLast(gainHistoCosmic);
 827     fGainArray->AddLast(canvasCosmic->Clone());
 828     delete canvasCosmic;
 829   }
 830   if (fFitMIP) {
 831     TCanvas * canvasMIP = new TCanvas("gain MIP", "time dependent gain QA histogram MIP");
 832     canvasMIP->cd();
 833     TH2D * gainHistoMIP    = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(0,1);
 834     gainHistoMIP->SetName("GainHistoCosmic");
 835     gainHistoMIP->SetDirectory(0);
 836     gainHistoMIP->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
 837     gainHistoMIP->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
 838     gainHistoMIP->Draw("colz");
 839     fGraphMIP->SetMarkerStyle(25);
 840     fGraphMIP->Draw("lp");
 841     TGraph * grfFitMIP = fFitMIP->MakeGraph(fGraphMIP->GetX()[0],fGraphMIP->GetX()[fGraphMIP->GetN()-1],50000,0);
 842     grfFitMIP->SetLineColor(2);
 843     grfFitMIP->Draw("lu");
 844     fGainArray->AddLast(gainHistoMIP);
 845     fGainArray->AddLast(canvasMIP->Clone());
 846     delete canvasMIP;
 847   }
 848 }
 849
 850
 851