TPC/AliTPCcalibDButil.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  18 //                                                                           //
  19 // Class providing the calculation of derived quantities (mean,rms,fits,...) //
  20 //       of calibration entries                                              //
  21 /*
  22
  23
  24 */
  25 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  26
  27 #include <TMath.h>
  28 #include <TVectorT.h>
  29 #include <TObjArray.h>
  30 #include <TGraph.h>
  31 #include <TFile.h>
  32 #include <TDirectory.h>
  33 #include <TMap.h>
  34 #include <TGraphErrors.h>
  35 #include <AliCDBStorage.h>
  36 #include <AliDCSSensorArray.h>
  37 #include <AliTPCSensorTempArray.h>
  38 #include <AliDCSSensor.h>
  39 #include <AliLog.h>
  40 #include <AliCDBEntry.h>
  41 #include <AliCDBManager.h>
  42 #include <AliCDBId.h>
  43 #include "AliTPCcalibDB.h"
  44 #include "AliTPCCalPad.h"
  45 #include "AliTPCCalROC.h"
  46 #include "AliTPCROC.h"
  47 #include "AliTPCmapper.h"
  48 #include "AliTPCParam.h"
  49 #include "AliTPCCalibRaw.h"
  50 #include "AliTPCPreprocessorOnline.h"
  51 #include "AliTPCdataQA.h"
  52 #include "AliLog.h"
  53 #include "AliTPCcalibDButil.h"
  54 #include "AliTPCCalibVdrift.h"
  55 #include "AliMathBase.h"
  56 #include "AliRelAlignerKalman.h"
  57
  58 const Float_t kAlmost0=1.e-30;
  59
  60 ClassImp(AliTPCcalibDButil)
  61 AliTPCcalibDButil::AliTPCcalibDButil() :
  62   TObject(),
  63   fCalibDB(0),
  64   fPadNoise(0x0),
  65   fPedestals(0x0),
  66   fPulserTmean(0x0),
  67   fPulserTrms(0x0),
  68   fPulserQmean(0x0),
  69   fPulserOutlier(new AliTPCCalPad("PulserOutliers","PulserOutliers")),
  70   fCETmean(0x0),
  71   fCETrms(0x0),
  72   fCEQmean(0x0),
  73   fALTROMasked(0x0),
  74   fCalibRaw(0x0),
  75   fDataQA(0x0),
  76   fRefMap(0x0),
  77   fCurrentRefMap(0x0),
  78   fRefValidity(""),
  79   fRefPadNoise(0x0),
  80   fRefPedestals(0x0),
  81   fRefPedestalMasked(0x0),
  82   fRefPulserTmean(0x0),
  83   fRefPulserTrms(0x0),
  84   fRefPulserQmean(0x0),
  85   fRefPulserOutlier(new AliTPCCalPad("RefPulserOutliers","RefPulserOutliers")),
  86   fRefPulserMasked(0x0),
  87   fRefCETmean(0x0),
  88   fRefCETrms(0x0),
  89   fRefCEQmean(0x0),
  90   fRefCEMasked(0x0),
  91   fRefALTROFPED(0x0),
  92   fRefALTROZsThr(0x0),
  93   fRefALTROAcqStart(0x0),
  94   fRefALTROAcqStop(0x0),
  95   fRefALTROMasked(0x0),
  96   fRefCalibRaw(0x0),
  97   fRefDataQA(0x0),
  98   fGoofieArray(0x0),
  99   fMapper(new AliTPCmapper(0x0)),
 100   fNpulserOutliers(-1),
 101   fIrocTimeOffset(0),
 102   fCETmaxLimitAbs(1.5),
 103   fPulTmaxLimitAbs(1.5),
 104   fPulQmaxLimitAbs(5),
 105   fPulQminLimit(11),
 106   fRuns(0),                         // run list with OCDB info
 107   fRunsStart(0),                    // start time for given run
 108   fRunsStop(0)                     // stop time for given run
 109 {
 110   //
 111   // Default ctor
 112   //
 113 }
 114 //_____________________________________________________________________________________
 115 AliTPCcalibDButil::~AliTPCcalibDButil()
 116 {
 117   //
 118   // dtor
 119   //
 120   delete fPulserOutlier;
 121   delete fRefPulserOutlier;
 122   delete fMapper;
 123   if (fRefPadNoise) delete fRefPadNoise;
 124   if (fRefPedestals) delete fRefPedestals;
 125   if (fRefPedestalMasked) delete fRefPedestalMasked;
 126   if (fRefPulserTmean) delete fRefPulserTmean;
 127   if (fRefPulserTrms) delete fRefPulserTrms;
 128   if (fRefPulserQmean) delete fRefPulserQmean;
 129   if (fRefPulserMasked) delete fRefPulserMasked;
 130   if (fRefCETmean) delete fRefCETmean;
 131   if (fRefCETrms) delete fRefCETrms;
 132   if (fRefCEQmean) delete fRefCEQmean;
 133   if (fRefCEMasked) delete fRefCEMasked;
 134   if (fRefALTROFPED) delete fRefALTROFPED;
 135   if (fRefALTROZsThr) delete fRefALTROZsThr;
 136   if (fRefALTROAcqStart) delete fRefALTROAcqStart;
 137   if (fRefALTROAcqStop) delete fRefALTROAcqStop;
 138   if (fRefALTROMasked) delete fRefALTROMasked;
 139   if (fRefCalibRaw) delete fRefCalibRaw;
 140   if (fCurrentRefMap) delete fCurrentRefMap;
 141 }
 142 //_____________________________________________________________________________________
 143 void AliTPCcalibDButil::UpdateFromCalibDB()
 144 {
 145   //
 146   // Update pointers from calibDB
 147   //
 148   if (!fCalibDB) fCalibDB=AliTPCcalibDB::Instance();
 149   fCalibDB->UpdateNonRec();  // load all infromation now
 150   fPadNoise=fCalibDB->GetPadNoise();
 151   fPedestals=fCalibDB->GetPedestals();
 152   fPulserTmean=fCalibDB->GetPulserTmean();
 153   fPulserTrms=fCalibDB->GetPulserTrms();
 154   fPulserQmean=fCalibDB->GetPulserQmean();
 155   fCETmean=fCalibDB->GetCETmean();
 156   fCETrms=fCalibDB->GetCETrms();
 157   fCEQmean=fCalibDB->GetCEQmean();
 158   fALTROMasked=fCalibDB->GetALTROMasked();
 159   fGoofieArray=fCalibDB->GetGoofieSensors(fCalibDB->GetRun());
 160   fCalibRaw=fCalibDB->GetCalibRaw();
 161   fDataQA=fCalibDB->GetDataQA();
 162   UpdatePulserOutlierMap();
 163 //   SetReferenceRun();
 164 //   UpdateRefDataFromOCDB();
 165 }
 166 //_____________________________________________________________________________________
 167 void AliTPCcalibDButil::ProcessCEdata(const char* fitFormula, TVectorD &fitResultsA, TVectorD &fitResultsC,
 168                                       Int_t &noutliersCE, Double_t & chi2A, Double_t &chi2C, AliTPCCalPad * const outCE)
 169 {
 170   //
 171   // Process the CE data for this run
 172   // the return TVectorD arrays contian the results of the fit
 173   // noutliersCE contains the number of pads marked as outliers,
 174   //   not including masked and edge pads
 175   //
 176
 177   //retrieve CE and ALTRO data
 178   if (!fCETmean){
 179     TString fitString(fitFormula);
 180     fitString.ReplaceAll("++","#");
 181     Int_t ndim=fitString.CountChar('#')+2;
 182     fitResultsA.ResizeTo(ndim);
 183     fitResultsC.ResizeTo(ndim);
 184     fitResultsA.Zero();
 185     fitResultsC.Zero();
 186     noutliersCE=-1;
 187     return;
 188   }
 189   noutliersCE=0;
 190   //create outlier map
 191   AliTPCCalPad *out=0;
 192   if (outCE) out=outCE;
 193   else out=new AliTPCCalPad("outCE","outCE");
 194   AliTPCCalROC *rocMasked=0x0;
 195   //loop over all channels
 196   for (UInt_t iroc=0;iroc<fCETmean->kNsec;++iroc){
 197     AliTPCCalROC *rocData=fCETmean->GetCalROC(iroc);
 198     if (fALTROMasked) rocMasked=fALTROMasked->GetCalROC(iroc);
 199     AliTPCCalROC *rocOut=out->GetCalROC(iroc);
 200     if (!rocData) {
 201       noutliersCE+=AliTPCROC::Instance()->GetNChannels(iroc);
 202       rocOut->Add(1.);
 203       continue;
 204     }
 205     //add time offset to IROCs
 206     if (iroc<AliTPCROC::Instance()->GetNInnerSector())
 207       rocData->Add(fIrocTimeOffset);
 208     //select outliers
 209     UInt_t nrows=rocData->GetNrows();
 210     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 211       UInt_t npads=rocData->GetNPads(irow);
 212       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 213         rocOut->SetValue(irow,ipad,0);
 214         //exclude masked pads
 215         if (rocMasked && rocMasked->GetValue(irow,ipad)) {
 216           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
 217           continue;
 218         }
 219         //exclude first two rows in IROC and last two rows in OROC
 220         if (iroc<36){
 221           if (irow<2) rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
 222         } else {
 223           if (irow>nrows-3) rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
 224         }
 225         //exclude edge pads
 226         if (ipad==0||ipad==npads-1) rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
 227         Float_t valTmean=rocData->GetValue(irow,ipad);
 228         //exclude values that are exactly 0
 229         if ( !(TMath::Abs(valTmean)>kAlmost0) ) {
 230           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
 231           ++noutliersCE;
 232         }
 233         // exclude channels with too large variations
 234         if (TMath::Abs(valTmean)>fCETmaxLimitAbs) {
 235           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
 236           ++noutliersCE;
 237         }
 238       }
 239     }
 240   }
 241   //perform fit
 242   TMatrixD dummy;
 243   Float_t chi2Af,chi2Cf;
 244   fCETmean->GlobalSidesFit(out,fitFormula,fitResultsA,fitResultsC,dummy,dummy,chi2Af,chi2Cf);
 245   chi2A=chi2Af;
 246   chi2C=chi2Cf;
 247   if (!outCE) delete out;
 248 }
 249 //_____________________________________________________________________________________
 250 void AliTPCcalibDButil::ProcessCEgraphs(TVectorD &vecTEntries, TVectorD &vecTMean, TVectorD &vecTRMS, TVectorD &vecTMedian,
 251                      TVectorD &vecQEntries, TVectorD &vecQMean, TVectorD &vecQRMS, TVectorD &vecQMedian,
 252                      Float_t &driftTimeA, Float_t &driftTimeC )
 253 {
 254   //
 255   // Calculate statistical information from the CE graphs for drift time and charge
 256   //
 257
 258   //reset arrays
 259   vecTEntries.ResizeTo(72);
 260   vecTMean.ResizeTo(72);
 261   vecTRMS.ResizeTo(72);
 262   vecTMedian.ResizeTo(72);
 263   vecQEntries.ResizeTo(72);
 264   vecQMean.ResizeTo(72);
 265   vecQRMS.ResizeTo(72);
 266   vecQMedian.ResizeTo(72);
 267   vecTEntries.Zero();
 268   vecTMean.Zero();
 269   vecTRMS.Zero();
 270   vecTMedian.Zero();
 271   vecQEntries.Zero();
 272   vecQMean.Zero();
 273   vecQRMS.Zero();
 274   vecQMedian.Zero();
 275   driftTimeA=0;
 276   driftTimeC=0;
 277   TObjArray *arrT=fCalibDB->GetCErocTtime();
 278   TObjArray *arrQ=fCalibDB->GetCErocQtime();
 279   if (arrT){
 280     for (Int_t isec=0;isec<74;++isec){
 281       TGraph *gr=(TGraph*)arrT->At(isec);
 282       if (!gr) continue;
 283       TVectorD values;
 284       Int_t npoints = gr->GetN();
 285       values.ResizeTo(npoints);
 286       Int_t nused =0;
 287       //skip first points, theres always some problems with finding the CE position
 288       for (Int_t ipoint=4; ipoint<npoints; ipoint++){
 289         if (gr->GetY()[ipoint]>500 && gr->GetY()[ipoint]<1020 ){
 290           values[nused]=gr->GetY()[ipoint];
 291           nused++;
 292         }
 293       }
 294       //
 295       if (isec<72) vecTEntries[isec]= nused;
 296       if (nused>1){
 297         if (isec<72){
 298           vecTMedian[isec] = TMath::Median(nused,values.GetMatrixArray());
 299           vecTMean[isec]   = TMath::Mean(nused,values.GetMatrixArray());
 300           vecTRMS[isec]    = TMath::RMS(nused,values.GetMatrixArray());
 301         } else if (isec==72){
 302           driftTimeA=TMath::Median(nused,values.GetMatrixArray());
 303         } else if (isec==73){
 304           driftTimeC=TMath::Median(nused,values.GetMatrixArray());
 305         }
 306       }
 307     }
 308   }
 309   if (arrQ){
 310     for (Int_t isec=0;isec<arrQ->GetEntriesFast();++isec){
 311       TGraph *gr=(TGraph*)arrQ->At(isec);
 312       if (!gr) continue;
 313       TVectorD values;
 314       Int_t npoints = gr->GetN();
 315       values.ResizeTo(npoints);
 316       Int_t nused =0;
 317       for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints; ipoint++){
 318         if (gr->GetY()[ipoint]>10 && gr->GetY()[ipoint]<500 ){
 319           values[nused]=gr->GetY()[ipoint];
 320           nused++;
 321         }
 322       }
 323       //
 324       vecQEntries[isec]= nused;
 325       if (nused>1){
 326         vecQMedian[isec] = TMath::Median(nused,values.GetMatrixArray());
 327         vecQMean[isec]   = TMath::Mean(nused,values.GetMatrixArray());
 328         vecQRMS[isec]    = TMath::RMS(nused,values.GetMatrixArray());
 329       }
 330     }
 331   }
 332 }
 333
 334 //_____________________________________________________________________________________
 335 void AliTPCcalibDButil::ProcessNoiseData(TVectorD &vNoiseMean, TVectorD &vNoiseMeanSenRegions,
 336                       TVectorD &vNoiseRMS, TVectorD &vNoiseRMSSenRegions,
 337                       Int_t &nonMaskedZero, Int_t &nNaN)
 338 {
 339   //
 340   // process noise data
 341   // vNoiseMean/RMS contains the Mean/RMS noise of the complete TPC [0], IROCs only [1],
 342   //    OROCs small pads [2] and OROCs large pads [3]
 343   // vNoiseMean/RMSsenRegions constains the same information, but only for the sensitive regions (edge pads, corners, IROC spot)
 344   // nonMaskedZero contains the number of pads which show zero noise and were not masked. This might indicate an error
 345   //
 346
 347   //set proper size and reset
 348   const UInt_t infoSize=4;
 349   vNoiseMean.ResizeTo(infoSize);
 350   vNoiseMeanSenRegions.ResizeTo(infoSize);
 351   vNoiseRMS.ResizeTo(infoSize);
 352   vNoiseRMSSenRegions.ResizeTo(infoSize);
 353   vNoiseMean.Zero();
 354   vNoiseMeanSenRegions.Zero();
 355   vNoiseRMS.Zero();
 356   vNoiseRMSSenRegions.Zero();
 357   nonMaskedZero=0;
 358   nNaN=0;
 359   //counters
 360   TVectorD c(infoSize);
 361   TVectorD cs(infoSize);
 362   //tpc parameters
 363   AliTPCParam par;
 364   par.Update();
 365   //retrieve noise and ALTRO data
 366   if (!fPadNoise) return;
 367   AliTPCCalROC *rocMasked=0x0;
 368   //create IROC, OROC1, OROC2 and sensitive region masks
 369   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 370     AliTPCCalROC *noiseROC=fPadNoise->GetCalROC(isec);
 371     if (fALTROMasked) rocMasked=fALTROMasked->GetCalROC(isec);
 372     UInt_t nrows=noiseROC->GetNrows();
 373     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 374       UInt_t npads=noiseROC->GetNPads(irow);
 375       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 376         //don't use masked channels;
 377         if (rocMasked && rocMasked->GetValue(irow,ipad)) continue;
 378         Float_t noiseVal=noiseROC->GetValue(irow,ipad);
 379         //check if noise==0
 380         if (noiseVal<kAlmost0) {
 381           ++nonMaskedZero;
 382           continue;
 383         }
 384         //check for nan
 385         if ( !(noiseVal<10000000) ){
 386 //           printf ("Warning: nan detected in (sec,row,pad - val): %02d,%02d,%03d - %.1f\n",isec,irow,ipad,noiseVal);
 387           ++nNaN;
 388           continue;
 389         }
 390         Int_t cpad=(Int_t)ipad-(Int_t)npads/2;
 391         Int_t masksen=1; // sensitive pards are not masked (0)
 392         if (ipad<2||npads-ipad-1<2) masksen=0; //don't mask edge pads (sensitive)
 393         if (isec<AliTPCROC::Instance()->GetNInnerSector()){
 394           //IROCs
 395           if (irow>19&&irow<46){
 396             if (TMath::Abs(cpad)<7) masksen=0; //IROC spot
 397           }
 398           Int_t type=1;
 399           vNoiseMean[type]+=noiseVal;
 400           vNoiseRMS[type]+=noiseVal*noiseVal;
 401           ++c[type];
 402           if (!masksen){
 403             vNoiseMeanSenRegions[type]+=noiseVal;
 404             vNoiseRMSSenRegions[type]+=noiseVal*noiseVal;
 405             ++cs[type];
 406           }
 407         } else {
 408           //OROCs
 409           //define sensive regions
 410           if ((nrows-irow-1)<3) masksen=0; //last three rows in OROCs are sensitive
 411           if ( irow>75 ){
 412             Int_t padEdge=(Int_t)TMath::Min(ipad,npads-ipad);
 413             if (padEdge<((((Int_t)irow-76)/4+1))*2) masksen=0; //OROC outer corners are sensitive
 414           }
 415           if ((Int_t)irow<par.GetNRowUp1()){
 416             //OROC1
 417             Int_t type=2;
 418             vNoiseMean[type]+=noiseVal;
 419             vNoiseRMS[type]+=noiseVal*noiseVal;
 420             ++c[type];
 421             if (!masksen){
 422               vNoiseMeanSenRegions[type]+=noiseVal;
 423               vNoiseRMSSenRegions[type]+=noiseVal*noiseVal;
 424               ++cs[type];
 425             }
 426           }else{
 427             //OROC2
 428             Int_t type=3;
 429             vNoiseMean[type]+=noiseVal;
 430             vNoiseRMS[type]+=noiseVal*noiseVal;
 431             ++c[type];
 432             if (!masksen){
 433               vNoiseMeanSenRegions[type]+=noiseVal;
 434               vNoiseRMSSenRegions[type]+=noiseVal*noiseVal;
 435               ++cs[type];
 436             }
 437           }
 438         }
 439         //whole tpc
 440         Int_t type=0;
 441         vNoiseMean[type]+=noiseVal;
 442         vNoiseRMS[type]+=noiseVal*noiseVal;
 443         ++c[type];
 444         if (!masksen){
 445           vNoiseMeanSenRegions[type]+=noiseVal;
 446           vNoiseRMSSenRegions[type]+=noiseVal*noiseVal;
 447           ++cs[type];
 448         }
 449       }//end loop pads
 450     }//end loop rows
 451   }//end loop sectors (rocs)
 452
 453   //calculate mean and RMS
 454   const Double_t verySmall=0.0000000001;
 455   for (UInt_t i=0;i<infoSize;++i){
 456     Double_t mean=0;
 457     Double_t rms=0;
 458     Double_t meanSen=0;
 459     Double_t rmsSen=0;
 460
 461     if (c[i]>verySmall){
 462 //       printf ("i: %d - m: %.3f, c: %.0f, r: %.3f\n",i,vNoiseMean[i],c[i],vNoiseRMS[i]);
 463       mean=vNoiseMean[i]/c[i];
 464       rms=vNoiseRMS[i];
 465       rms=TMath::Sqrt(TMath::Abs(rms/c[i]-mean*mean));
 466     }
 467     vNoiseMean[i]=mean;
 468     vNoiseRMS[i]=rms;
 469
 470     if (cs[i]>verySmall){
 471       meanSen=vNoiseMeanSenRegions[i]/cs[i];
 472       rmsSen=vNoiseRMSSenRegions[i];
 473       rmsSen=TMath::Sqrt(TMath::Abs(rmsSen/cs[i]-meanSen*meanSen));
 474     }
 475     vNoiseMeanSenRegions[i]=meanSen;
 476     vNoiseRMSSenRegions[i]=rmsSen;
 477   }
 478 }
 479
 480 //_____________________________________________________________________________________
 481 void AliTPCcalibDButil::ProcessQAData(TVectorD &vQaOcc, TVectorD &vQaQtot,
 482                                       TVectorD &vQaQmax)
 483 {
 484   //
 485   // process QA data
 486   //
 487   // vQaOcc/Qtot/Qmax contains the Mean occupancy/Qtot/Qmax for each sector
 488   //
 489
 490
 491   const UInt_t infoSize = 72;
 492   //reset counters to error number
 493   vQaOcc.ResizeTo(infoSize);
 494   vQaOcc.Zero();
 495   vQaQtot.ResizeTo(infoSize);
 496   vQaQtot.Zero();
 497   vQaQmax.ResizeTo(infoSize);
 498   vQaQmax.Zero();
 499   //counter
 500   //retrieve pulser and ALTRO data
 501
 502   if (!fDataQA) {
 503
 504     AliInfo("No QA data");
 505     return;
 506   }
 507   if (fDataQA->GetEventCounter()<=0) {
 508
 509     AliInfo("No QA data");
 510     return; // no data processed
 511   }
 512   //
 513   fDataQA->Analyse();
 514
 515   TVectorD normOcc(infoSize);
 516   TVectorD normQ(infoSize);
 517
 518   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 519
 520     printf("Sector %d\n", isec);
 521
 522     AliTPCCalROC* occupancyROC = fDataQA->GetNoThreshold()->GetCalROC(isec);
 523     AliTPCCalROC* nclusterROC = fDataQA->GetNLocalMaxima()->GetCalROC(isec);
 524     AliTPCCalROC* qROC = fDataQA->GetMeanCharge()->GetCalROC(isec);
 525     AliTPCCalROC* qmaxROC = fDataQA->GetMaxCharge()->GetCalROC(isec);
 526     if (!occupancyROC) continue;
 527     if (!nclusterROC) continue;
 528     if (!qROC) continue;
 529     if (!qmaxROC) continue;
 530
 531     const UInt_t nchannels=occupancyROC->GetNchannels();
 532
 533     printf("Nchannels %d\n", nchannels);
 534
 535     for (UInt_t ichannel=0;ichannel<nchannels;++ichannel){
 536
 537       vQaOcc[isec] += occupancyROC->GetValue(ichannel);
 538       ++normOcc[isec];
 539
 540       Float_t nClusters = nclusterROC->GetValue(ichannel);
 541       normQ[isec] += nClusters;
 542       vQaQtot[isec]+=nClusters*qROC->GetValue(ichannel);
 543       vQaQmax[isec]+=nClusters*qmaxROC->GetValue(ichannel);
 544     }
 545   }
 546
 547   //calculate mean values
 548   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 549
 550     if (normOcc[isec]>0) vQaOcc[isec] /= normOcc[isec];
 551     else vQaOcc[isec] = 0;
 552
 553     if (normQ[isec]>0) {
 554       vQaQtot[isec] /= normQ[isec];
 555       vQaQmax[isec] /= normQ[isec];
 556     }else {
 557
 558       vQaQtot[isec] = 0;
 559       vQaQmax[isec] = 0;
 560     }
 561   }
 562 }
 563
 564 //_____________________________________________________________________________________
 565 void AliTPCcalibDButil::ProcessPulser(TVectorD &vMeanTime)
 566 {
 567   //
 568   // Process the Pulser information
 569   // vMeanTime:     pulser mean time position in IROC-A, IROC-C, OROC-A, OROC-C
 570   //
 571
 572   const UInt_t infoSize=4;
 573   //reset counters to error number
 574   vMeanTime.ResizeTo(infoSize);
 575   vMeanTime.Zero();
 576   //counter
 577   TVectorD c(infoSize);
 578   //retrieve pulser and ALTRO data
 579   if (!fPulserTmean) return;
 580   //
 581   //get Outliers
 582   AliTPCCalROC *rocOut=0x0;
 583   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 584     AliTPCCalROC *tmeanROC=fPulserTmean->GetCalROC(isec);
 585     if (!tmeanROC) continue;
 586     rocOut=fPulserOutlier->GetCalROC(isec);
 587     UInt_t nchannels=tmeanROC->GetNchannels();
 588     for (UInt_t ichannel=0;ichannel<nchannels;++ichannel){
 589       if (rocOut && rocOut->GetValue(ichannel)) continue;
 590       Float_t val=tmeanROC->GetValue(ichannel);
 591       Int_t type=isec/18;
 592       vMeanTime[type]+=val;
 593       ++c[type];
 594     }
 595   }
 596   //calculate mean
 597   for (UInt_t itype=0; itype<infoSize; ++itype){
 598     if (c[itype]>0) vMeanTime[itype]/=c[itype];
 599     else vMeanTime[itype]=0;
 600   }
 601 }
 602 //_____________________________________________________________________________________
 603 void AliTPCcalibDButil::ProcessALTROConfig(Int_t &nMasked)
 604 {
 605   //
 606   // Get Values from ALTRO configuration data
 607   //
 608   nMasked=-1;
 609   if (!fALTROMasked) return;
 610   nMasked=0;
 611   for (Int_t isec=0;isec<fALTROMasked->kNsec; ++isec){
 612     AliTPCCalROC *rocMasked=fALTROMasked->GetCalROC(isec);
 613     for (UInt_t ichannel=0; ichannel<rocMasked->GetNchannels();++ichannel){
 614       if (rocMasked->GetValue(ichannel)) ++nMasked;
 615     }
 616   }
 617 }
 618 //_____________________________________________________________________________________
 619 void AliTPCcalibDButil::ProcessGoofie(TVectorD & vecEntries, TVectorD & vecMedian, TVectorD &vecMean, TVectorD &vecRMS)
 620 {
 621   //
 622   // Proces Goofie values, return statistical information of the currently set goofieArray
 623   // The meaning of the entries are given below
 624   /*
 625   1       TPC_ANODE_I_A00_STAT
 626   2       TPC_DVM_CO2
 627   3       TPC_DVM_DriftVelocity
 628   4       TPC_DVM_FCageHV
 629   5       TPC_DVM_GainFar
 630   6       TPC_DVM_GainNear
 631   7       TPC_DVM_N2
 632   8       TPC_DVM_NumberOfSparks
 633   9       TPC_DVM_PeakAreaFar
 634   10      TPC_DVM_PeakAreaNear
 635   11      TPC_DVM_PeakPosFar
 636   12      TPC_DVM_PeakPosNear
 637   13      TPC_DVM_PickupHV
 638   14      TPC_DVM_Pressure
 639   15      TPC_DVM_T1_Over_P
 640   16      TPC_DVM_T2_Over_P
 641   17      TPC_DVM_T_Over_P
 642   18      TPC_DVM_TemperatureS1
 643    */
 644   if (!fGoofieArray){
 645     Int_t nsensors=19;
 646     vecEntries.ResizeTo(nsensors);
 647     vecMedian.ResizeTo(nsensors);
 648     vecMean.ResizeTo(nsensors);
 649     vecRMS.ResizeTo(nsensors);
 650     vecEntries.Zero();
 651     vecMedian.Zero();
 652     vecMean.Zero();
 653     vecRMS.Zero();
 654     return;
 655   }
 656   Double_t kEpsilon=0.0000000001;
 657   Double_t kBig=100000000000.;
 658   Int_t nsensors = fGoofieArray->NumSensors();
 659   vecEntries.ResizeTo(nsensors);
 660   vecMedian.ResizeTo(nsensors);
 661   vecMean.ResizeTo(nsensors);
 662   vecRMS.ResizeTo(nsensors);
 663   TVectorF values;
 664   for (Int_t isensor=0; isensor<fGoofieArray->NumSensors();isensor++){
 665     AliDCSSensor *gsensor = fGoofieArray->GetSensor(isensor);
 666     if (gsensor &&  gsensor->GetGraph()){
 667       Int_t npoints = gsensor->GetGraph()->GetN();
 668       // filter zeroes
 669       values.ResizeTo(npoints);
 670       Int_t nused =0;
 671       for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints; ipoint++){
 672         if (TMath::Abs(gsensor->GetGraph()->GetY()[ipoint])>kEpsilon &&
 673             TMath::Abs(gsensor->GetGraph()->GetY()[ipoint])<kBig ){
 674               values[nused]=gsensor->GetGraph()->GetY()[ipoint];
 675               nused++;
 676             }
 677       }
 678       //
 679       vecEntries[isensor]= nused;
 680       if (nused>1){
 681         vecMedian[isensor] = TMath::Median(nused,values.GetMatrixArray());
 682         vecMean[isensor]   = TMath::Mean(nused,values.GetMatrixArray());
 683         vecRMS[isensor]    = TMath::RMS(nused,values.GetMatrixArray());
 684       }
 685     }
 686   }
 687 }
 688 //_____________________________________________________________________________________
 689 void AliTPCcalibDButil::ProcessPedestalVariations(TVectorF &pedestalDeviations)
 690 {
 691   //
 692   // check the variations of the pedestal data to the reference pedestal data
 693   // thresholds are 0.5, 1.0, 1.5 and 2 timebins respectively.
 694   //
 695   const Int_t npar=4;
 696   TVectorF vThres(npar); //thresholds
 697   Int_t nActive=0;       //number of active channels
 698
 699   //reset and set thresholds
 700   pedestalDeviations.ResizeTo(npar);
 701   for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 702     pedestalDeviations.GetMatrixArray()[i]=0;
 703     vThres.GetMatrixArray()[i]=(i+1)*.5;
 704   }
 705   //check all needed data is available
 706   if (!fRefPedestals || !fPedestals || !fALTROMasked || !fRefALTROMasked) return;
 707   //loop over all channels
 708   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 709     AliTPCCalROC *pROC=fPedestals->GetCalROC(isec);
 710     AliTPCCalROC *pRefROC=fRefPedestals->GetCalROC(isec);
 711     AliTPCCalROC *mROC=fALTROMasked->GetCalROC(isec);
 712     AliTPCCalROC *mRefROC=fRefALTROMasked->GetCalROC(isec);
 713     UInt_t nrows=mROC->GetNrows();
 714     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 715       UInt_t npads=mROC->GetNPads(irow);
 716       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 717         //don't use masked channels;
 718         if (mROC   ->GetValue(irow,ipad)) continue;
 719         if (mRefROC->GetValue(irow,ipad)) continue;
 720         Float_t deviation=TMath::Abs(pROC->GetValue(irow,ipad)-pRefROC->GetValue(irow,ipad));
 721         for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 722           if (deviation>vThres[i])
 723             ++pedestalDeviations.GetMatrixArray()[i];
 724         }
 725         ++nActive;
 726       }//end ipad
 727     }//ind irow
 728   }//end isec
 729   if (nActive>0){
 730     for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 731       pedestalDeviations.GetMatrixArray()[i]/=nActive;
 732     }
 733   }
 734 }
 735 //_____________________________________________________________________________________
 736 void AliTPCcalibDButil::ProcessNoiseVariations(TVectorF &noiseDeviations)
 737 {
 738   //
 739   // check the variations of the noise data to the reference noise data
 740   // thresholds are 5, 10, 15 and 20 percent respectively.
 741   //
 742   const Int_t npar=4;
 743   TVectorF vThres(npar); //thresholds
 744   Int_t nActive=0;       //number of active channels
 745
 746   //reset and set thresholds
 747   noiseDeviations.ResizeTo(npar);
 748   for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 749     noiseDeviations.GetMatrixArray()[i]=0;
 750     vThres.GetMatrixArray()[i]=(i+1)*.05;
 751   }
 752   //check all needed data is available
 753   if (!fRefPadNoise || !fPadNoise || !fALTROMasked || !fRefALTROMasked) return;
 754   //loop over all channels
 755   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 756     AliTPCCalROC *nROC=fPadNoise->GetCalROC(isec);
 757     AliTPCCalROC *nRefROC=fRefPadNoise->GetCalROC(isec);
 758     AliTPCCalROC *mROC=fALTROMasked->GetCalROC(isec);
 759     AliTPCCalROC *mRefROC=fRefALTROMasked->GetCalROC(isec);
 760     UInt_t nrows=mROC->GetNrows();
 761     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 762       UInt_t npads=mROC->GetNPads(irow);
 763       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 764         //don't use masked channels;
 765         if (mROC   ->GetValue(irow,ipad)) continue;
 766         if (mRefROC->GetValue(irow,ipad)) continue;
 767         if (nRefROC->GetValue(irow,ipad)==0) continue;
 768         Float_t deviation=(nROC->GetValue(irow,ipad)/nRefROC->GetValue(irow,ipad))-1;
 769         for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 770           if (deviation>vThres[i])
 771             ++noiseDeviations.GetMatrixArray()[i];
 772         }
 773         ++nActive;
 774       }//end ipad
 775     }//ind irow
 776   }//end isec
 777   if (nActive>0){
 778     for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 779       noiseDeviations.GetMatrixArray()[i]/=nActive;
 780     }
 781   }
 782 }
 783 //_____________________________________________________________________________________
 784 void AliTPCcalibDButil::ProcessPulserVariations(TVectorF &pulserQdeviations, Float_t &varQMean,
 785                                                 Int_t &npadsOutOneTB, Int_t &npadsOffAdd)
 786 {
 787   //
 788   // check the variations of the pulserQmean data to the reference pulserQmean data: pulserQdeviations
 789   // thresholds are .5, 1, 5 and 10 percent respectively.
 790   //
 791   //
 792   const Int_t npar=4;
 793   TVectorF vThres(npar); //thresholds
 794   Int_t nActive=0;       //number of active channels
 795
 796   //reset and set thresholds
 797   pulserQdeviations.ResizeTo(npar);
 798   for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 799     pulserQdeviations.GetMatrixArray()[i]=0;
 800   }
 801   npadsOutOneTB=0;
 802   npadsOffAdd=0;
 803   varQMean=0;
 804   vThres.GetMatrixArray()[0]=.005;
 805   vThres.GetMatrixArray()[1]=.01;
 806   vThres.GetMatrixArray()[2]=.05;
 807   vThres.GetMatrixArray()[3]=.1;
 808   //check all needed data is available
 809   if (!fRefPulserTmean || !fPulserTmean || !fPulserQmean || !fRefPulserQmean || !fALTROMasked || !fRefALTROMasked) return;
 810   //
 811   UpdateRefPulserOutlierMap();
 812   //loop over all channels
 813   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 814     AliTPCCalROC *pqROC=fPulserQmean->GetCalROC(isec);
 815     AliTPCCalROC *pqRefROC=fRefPulserQmean->GetCalROC(isec);
 816     AliTPCCalROC *ptROC=fPulserTmean->GetCalROC(isec);
 817 //     AliTPCCalROC *ptRefROC=fRefPulserTmean->GetCalROC(isec);
 818     AliTPCCalROC *mROC=fALTROMasked->GetCalROC(isec);
 819     AliTPCCalROC *mRefROC=fRefALTROMasked->GetCalROC(isec);
 820     AliTPCCalROC *oROC=fPulserOutlier->GetCalROC(isec);
 821     Float_t ptmean=ptROC->GetMean(oROC);
 822     UInt_t nrows=mROC->GetNrows();
 823     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 824       UInt_t npads=mROC->GetNPads(irow);
 825       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 826         //don't use masked channels;
 827         if (mROC   ->GetValue(irow,ipad)) continue;
 828         if (mRefROC->GetValue(irow,ipad)) continue;
 829         //don't user edge pads
 830         if (ipad==0||ipad==npads-1) continue;
 831         //data
 832         Float_t pq=pqROC->GetValue(irow,ipad);
 833         Float_t pqRef=pqRefROC->GetValue(irow,ipad);
 834         Float_t pt=ptROC->GetValue(irow,ipad);
 835 //         Float_t ptRef=ptRefROC->GetValue(irow,ipad);
 836         //comparisons q
 837         Float_t deviation=TMath::Abs(pq/pqRef-1);
 838         for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 839           if (deviation>vThres[i])
 840             ++pulserQdeviations.GetMatrixArray()[i];
 841         }
 842         if (pqRef>11&&pq<11) ++npadsOffAdd;
 843         varQMean+=pq-pqRef;
 844         //comparisons t
 845         if (TMath::Abs(pt-ptmean)>1) ++npadsOutOneTB;
 846         ++nActive;
 847       }//end ipad
 848     }//ind irow
 849   }//end isec
 850   if (nActive>0){
 851     for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 852       pulserQdeviations.GetMatrixArray()[i]/=nActive;
 853       varQMean/=nActive;
 854     }
 855   }
 856 }
 857 //_____________________________________________________________________________________
 858 void AliTPCcalibDButil::UpdatePulserOutlierMap()
 859 {
 860   //
 861   // Update the outlier map of the pulser data
 862   //
 863   PulserOutlierMap(fPulserOutlier,fPulserTmean, fPulserQmean);
 864 }
 865 //_____________________________________________________________________________________
 866 void AliTPCcalibDButil::UpdateRefPulserOutlierMap()
 867 {
 868   //
 869   // Update the outlier map of the pulser reference data
 870   //
 871   PulserOutlierMap(fRefPulserOutlier,fRefPulserTmean, fRefPulserQmean);
 872 }
 873 //_____________________________________________________________________________________
 874 void AliTPCcalibDButil::PulserOutlierMap(AliTPCCalPad *pulOut, const AliTPCCalPad *pulT, const AliTPCCalPad *pulQ)
 875 {
 876   //
 877   // Create a map that contains outliers from the Pulser calibration data.
 878   // The outliers include masked channels, edge pads and pads with
 879   //   too large timing and charge variations.
 880   // fNpulserOutliers is the number of outliers in the Pulser calibration data.
 881   //   those do not contain masked and edge pads
 882   //
 883   if (!pulT||!pulQ) {
 884     //reset map
 885     pulOut->Multiply(0.);
 886     fNpulserOutliers=-1;
 887     return;
 888   }
 889   AliTPCCalROC *rocMasked=0x0;
 890   fNpulserOutliers=0;
 891
 892   //Create Outlier Map
 893   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 894     AliTPCCalROC *tmeanROC=pulT->GetCalROC(isec);
 895     AliTPCCalROC *qmeanROC=pulQ->GetCalROC(isec);
 896     AliTPCCalROC *outROC=pulOut->GetCalROC(isec);
 897     if (!tmeanROC||!qmeanROC) {
 898       //reset outliers in this ROC
 899       outROC->Multiply(0.);
 900       continue;
 901     }
 902     if (fALTROMasked) rocMasked=fALTROMasked->GetCalROC(isec);
 903 //     Double_t dummy=0;
 904 //     Float_t qmedian=qmeanROC->GetLTM(&dummy,.5);
 905 //     Float_t tmedian=tmeanROC->GetLTM(&dummy,.5);
 906     UInt_t nrows=tmeanROC->GetNrows();
 907     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 908       UInt_t npads=tmeanROC->GetNPads(irow);
 909       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 910         Int_t outlier=0,masked=0;
 911         Float_t q=qmeanROC->GetValue(irow,ipad);
 912         Float_t t=tmeanROC->GetValue(irow,ipad);
 913         //masked channels are outliers
 914         if (rocMasked && rocMasked->GetValue(irow,ipad)) masked=1;
 915         //edge pads are outliers
 916         if (ipad==0||ipad==npads-1) masked=1;
 917         //channels with too large charge or timing deviation from the meadian are outliers
 918 //         if (TMath::Abs(q-qmedian)>fPulQmaxLimitAbs || TMath::Abs(t-tmedian)>fPulTmaxLimitAbs) outlier=1;
 919         if (q<fPulQminLimit && !masked) outlier=1;
 920         //check for nan
 921         if ( !(q<10000000) || !(t<10000000)) outlier=1;
 922         outROC->SetValue(irow,ipad,outlier+masked);
 923         fNpulserOutliers+=outlier;
 924       }
 925     }
 926   }
 927 }
 928 //_____________________________________________________________________________________
 929 AliTPCCalPad* AliTPCcalibDButil::CreatePadTime0(Int_t model, Double_t &gyA, Double_t &gyC, Double_t &chi2A, Double_t &chi2C )
 930 {
 931   //
 932   // Create pad time0 object from pulser and/or CE data, depending on the selected model
 933   // Model 0: normalise each readout chamber to its mean, outlier cutted, only Pulser
 934   // Model 1: normalise IROCs/OROCs of each readout side to its mean, only Pulser
 935   // Model 2: use CE data and a combination CE fit + pulser in the outlier regions.
 936   //
 937   // In case model 2 is invoked - gy arival time gradient is also returned
 938   //
 939   gyA=0;
 940   gyC=0;
 941   AliTPCCalPad *padTime0=new AliTPCCalPad("PadTime0",Form("PadTime0-Model_%d",model));
 942   // decide between different models
 943   if (model==0||model==1){
 944     TVectorD vMean;
 945     if (model==1) ProcessPulser(vMean);
 946     for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 947       AliTPCCalROC *rocPulTmean=fPulserTmean->GetCalROC(isec);
 948       if (!rocPulTmean) continue;
 949       AliTPCCalROC *rocTime0=padTime0->GetCalROC(isec);
 950       AliTPCCalROC *rocOut=fPulserOutlier->GetCalROC(isec);
 951       Float_t mean=rocPulTmean->GetMean(rocOut);
 952       //treat case where a whole partition is masked
 953       if ( TMath::Abs(mean)<kAlmost0 ) mean=rocPulTmean->GetMean();
 954       if (model==1) {
 955         Int_t type=isec/18;
 956         mean=vMean[type];
 957       }
 958       UInt_t nrows=rocTime0->GetNrows();
 959       for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 960         UInt_t npads=rocTime0->GetNPads(irow);
 961         for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 962           Float_t time=rocPulTmean->GetValue(irow,ipad);
 963           //in case of an outlier pad use the mean of the altro values.
 964           //This should be the most precise guess in that case.
 965           if (rocOut->GetValue(irow,ipad)) {
 966             time=GetMeanAltro(rocPulTmean,irow,ipad,rocOut);
 967             if ( TMath::Abs(time)<kAlmost0 ) time=mean;
 968           }
 969           Float_t val=time-mean;
 970           rocTime0->SetValue(irow,ipad,val);
 971         }
 972       }
 973     }
 974   } else if (model==2){
 975     Double_t pgya,pgyc,pchi2a,pchi2c;
 976     AliTPCCalPad * padPulser = CreatePadTime0(1,pgya,pgyc,pchi2a,pchi2c);
 977     fCETmean->Add(padPulser,-1.);
 978     TVectorD vA,vC;
 979     AliTPCCalPad outCE("outCE","outCE");
 980     Int_t nOut;
 981     ProcessCEdata("(sector<36)++gy++gx++(lx-134)++(sector<36)*(lx-134)++(ly/lx)^2",vA,vC,nOut,chi2A, chi2C,&outCE);
 982     AliTPCCalPad *padFit=AliTPCCalPad::CreateCalPadFit("1++0++gy++0++(lx-134)++0++0",vA,vC);
 983 //     AliTPCCalPad *padFit=AliTPCCalPad::CreateCalPadFit("1++(sector<36)++gy++gx++(lx-134)++(sector<36)*(lx-134)",vA,vC);
 984     if (!padFit) { delete padPulser; return 0;}
 985     gyA=vA[2];
 986     gyC=vC[2];
 987     fCETmean->Add(padPulser,1.);
 988     padTime0->Add(fCETmean);
 989     padTime0->Add(padFit,-1);
 990     delete padPulser;
 991     TVectorD vFitROC;
 992     TMatrixD mFitROC;
 993     Float_t chi2;
 994     for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 995       AliTPCCalROC *rocPulTmean=fPulserTmean->GetCalROC(isec);
 996       AliTPCCalROC *rocTime0=padTime0->GetCalROC(isec);
 997       AliTPCCalROC *rocOutPul=fPulserOutlier->GetCalROC(isec);
 998       AliTPCCalROC *rocOutCE=outCE.GetCalROC(isec);
 999       rocTime0->GlobalFit(rocOutCE,kFALSE,vFitROC,mFitROC,chi2);
1000       AliTPCCalROC *rocCEfit=AliTPCCalROC::CreateGlobalFitCalROC(vFitROC, isec);
1001       Float_t mean=rocPulTmean->GetMean(rocOutPul);
1002       if ( TMath::Abs(mean)<kAlmost0 ) mean=rocPulTmean->GetMean();
1003       UInt_t nrows=rocTime0->GetNrows();
1004       for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
1005         UInt_t npads=rocTime0->GetNPads(irow);
1006         for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
1007           Float_t timePulser=rocPulTmean->GetValue(irow,ipad)-mean;
1008           if (rocOutCE->GetValue(irow,ipad)){
1009             Float_t valOut=rocCEfit->GetValue(irow,ipad);
1010             if (!rocOutPul->GetValue(irow,ipad)) valOut+=timePulser;
1011             rocTime0->SetValue(irow,ipad,valOut);
1012           }
1013         }
1014       }
1015       delete rocCEfit;
1016     }
1017     delete padFit;
1018   }
1019   Double_t median = padTime0->GetMedian();
1020   padTime0->Add(-median);  // normalize to median
1021   return padTime0;
1022 }
1023 //_____________________________________________________________________________________
1024 Float_t AliTPCcalibDButil::GetMeanAltro(const AliTPCCalROC *roc, const Int_t row, const Int_t pad, AliTPCCalROC *const rocOut)
1025 {
1026   //
1027   // GetMeanAlto information
1028   //
1029   if (roc==0) return 0.;
1030   const Int_t sector=roc->GetSector();
1031   AliTPCROC *tpcRoc=AliTPCROC::Instance();
1032   const UInt_t altroRoc=fMapper->GetFEC(sector,row,pad)*8+fMapper->GetChip(sector,row,pad);
1033   Float_t mean=0;
1034   Int_t   n=0;
1035
1036   //loop over a small range around the requested pad (+-10 rows/pads)
1037   for (Int_t irow=row-10;irow<row+10;++irow){
1038     if (irow<0||irow>(Int_t)tpcRoc->GetNRows(sector)-1) continue;
1039     for (Int_t ipad=pad-10; ipad<pad+10;++ipad){
1040       if (ipad<0||ipad>(Int_t)tpcRoc->GetNPads(sector,irow)-1) continue;
1041       const UInt_t altroCurr=fMapper->GetFEC(sector,irow,ipad)*8+fMapper->GetChip(sector,irow,ipad);
1042       if (altroRoc!=altroCurr) continue;
1043       if ( rocOut && rocOut->GetValue(irow,ipad) ) continue;
1044       Float_t val=roc->GetValue(irow,ipad);
1045       mean+=val;
1046       ++n;
1047     }
1048   }
1049   if (n>0) mean/=n;
1050   return mean;
1051 }
1052 //_____________________________________________________________________________________
1053 void AliTPCcalibDButil::SetRefFile(const char* filename)
1054 {
1055   //
1056   // load cal pad objects form the reference file
1057   //
1058   TDirectory *currDir=gDirectory;
1059   TFile f(filename);
1060   fRefPedestals=(AliTPCCalPad*)f.Get("Pedestals");
1061   fRefPadNoise=(AliTPCCalPad*)f.Get("PadNoise");
1062   //pulser data
1063   fRefPulserTmean=(AliTPCCalPad*)f.Get("PulserTmean");
1064   fRefPulserTrms=(AliTPCCalPad*)f.Get("PulserTrms");
1065   fRefPulserQmean=(AliTPCCalPad*)f.Get("PulserQmean");
1066   //CE data
1067   fRefCETmean=(AliTPCCalPad*)f.Get("CETmean");
1068   fRefCETrms=(AliTPCCalPad*)f.Get("CETrms");
1069   fRefCEQmean=(AliTPCCalPad*)f.Get("CEQmean");
1070   //Altro data
1071 //   fRefALTROAcqStart=(AliTPCCalPad*)f.Get("ALTROAcqStart");
1072 //   fRefALTROZsThr=(AliTPCCalPad*)f.Get("ALTROZsThr");
1073 //   fRefALTROFPED=(AliTPCCalPad*)f.Get("ALTROFPED");
1074 //   fRefALTROAcqStop=(AliTPCCalPad*)f.Get("ALTROAcqStop");
1075   fRefALTROMasked=(AliTPCCalPad*)f.Get("ALTROMasked");
1076   f.Close();
1077   currDir->cd();
1078 }
1079 //_____________________________________________________________________________________
1080 void AliTPCcalibDButil::UpdateRefDataFromOCDB()
1081 {
1082   //
1083   // set reference data from OCDB Reference map
1084   //
1085   if (!fRefMap) {
1086     AliWarning("Referenc map not set!");
1087     return;
1088   }
1089
1090   TString cdbPath;
1091   AliCDBEntry* entry = 0x0;
1092   Bool_t hasAnyChanged=kFALSE;
1093
1094   //pedestals
1095   cdbPath="TPC/Calib/Pedestals";
1096   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1097     hasAnyChanged=kTRUE;
1098     //delete old entries
1099     if (fRefPedestals) delete fRefPedestals;
1100     if (fRefPedestalMasked) delete fRefPedestalMasked;
1101     fRefPedestals=fRefPedestalMasked=0x0;
1102     //get new entries
1103     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1104     if (entry){
1105       entry->SetOwner(kTRUE);
1106       fRefPedestals=GetRefCalPad(entry);
1107       delete entry;
1108       fRefPedestalMasked=GetAltroMasked(cdbPath, "MaskedPedestals");
1109     }
1110   }
1111
1112   //noise
1113   cdbPath="TPC/Calib/PadNoise";
1114   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1115     hasAnyChanged=kTRUE;
1116     //delete old entry
1117     if (fRefPadNoise) delete fRefPadNoise;
1118     fRefPadNoise=0x0;
1119     //get new entry
1120     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1121     if (entry){
1122       entry->SetOwner(kTRUE);
1123       fRefPadNoise=GetRefCalPad(entry);
1124       delete entry;
1125     }
1126   }
1127
1128   //pulser
1129   cdbPath="TPC/Calib/Pulser";
1130   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1131     hasAnyChanged=kTRUE;
1132     //delete old entries
1133     if (fRefPulserTmean) delete fRefPulserTmean;
1134     if (fRefPulserTrms) delete fRefPulserTrms;
1135     if (fRefPulserQmean) delete fRefPulserQmean;
1136     if (fRefPulserMasked) delete fRefPulserMasked;
1137     fRefPulserTmean=fRefPulserTrms=fRefPulserQmean=fRefPulserMasked=0x0;
1138     //get new entries
1139     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1140     if (entry){
1141       entry->SetOwner(kTRUE);
1142       fRefPulserTmean=GetRefCalPad(entry,"PulserTmean");
1143       fRefPulserTrms=GetRefCalPad(entry,"PulserTrms");
1144       fRefPulserQmean=GetRefCalPad(entry,"PulserQmean");
1145       delete entry;
1146       fRefPulserMasked=GetAltroMasked(cdbPath, "MaskedPulser");
1147     }
1148   }
1149
1150   //ce
1151   cdbPath="TPC/Calib/CE";
1152   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1153     hasAnyChanged=kTRUE;
1154     //delete old entries
1155     if (fRefCETmean) delete fRefCETmean;
1156     if (fRefCETrms) delete fRefCETrms;
1157     if (fRefCEQmean) delete fRefCEQmean;
1158     if (fRefCEMasked) delete fRefCEMasked;
1159     fRefCETmean=fRefCETrms=fRefCEQmean=fRefCEMasked=0x0;
1160     //get new entries
1161     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1162     if (entry){
1163       entry->SetOwner(kTRUE);
1164       fRefCETmean=GetRefCalPad(entry,"CETmean");
1165       fRefCETrms=GetRefCalPad(entry,"CETrms");
1166       fRefCEQmean=GetRefCalPad(entry,"CEQmean");
1167       delete entry;
1168       fRefCEMasked=GetAltroMasked(cdbPath, "MaskedCE");
1169     }
1170   }
1171
1172   //altro data
1173   cdbPath="TPC/Calib/AltroConfig";
1174   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1175     hasAnyChanged=kTRUE;
1176     //delete old entries
1177     if (fRefALTROFPED) delete fRefALTROFPED;
1178     if (fRefALTROZsThr) delete fRefALTROZsThr;
1179     if (fRefALTROAcqStart) delete fRefALTROAcqStart;
1180     if (fRefALTROAcqStop) delete fRefALTROAcqStop;
1181     if (fRefALTROMasked) delete fRefALTROMasked;
1182     fRefALTROFPED=fRefALTROZsThr=fRefALTROAcqStart=fRefALTROAcqStop=fRefALTROMasked=0x0;
1183     //get new entries
1184     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1185     if (entry){
1186       entry->SetOwner(kTRUE);
1187       fRefALTROFPED=GetRefCalPad(entry,"FPED");
1188       fRefALTROZsThr=GetRefCalPad(entry,"ZsThr");
1189       fRefALTROAcqStart=GetRefCalPad(entry,"AcqStart");
1190       fRefALTROAcqStop=GetRefCalPad(entry,"AcqStop");
1191       fRefALTROMasked=GetRefCalPad(entry,"Masked");
1192       delete entry;
1193     }
1194   }
1195
1196   //raw data
1197   /*
1198   cdbPath="TPC/Calib/Raw";
1199   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1200     hasAnyChanged=kTRUE;
1201     //delete old entry
1202     if (fRefCalibRaw) delete fRefCalibRaw;
1203     //get new entry
1204     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1205     if (entry){
1206       entry->SetOwner(kTRUE);
1207       TObjArray *arr=(TObjArray*)entry->GetObject();
1208       if (!arr){
1209         AliError(Form("Could not get object from entry '%s'\nPlease check!!!",entry->GetId().GetPath().Data()));
1210       } else {
1211         fRefCalibRaw=(AliTPCCalibRaw*)arr->At(0)->Clone();
1212       }
1213     }
1214   }
1215   */
1216
1217   //data qa
1218   cdbPath="TPC/Calib/QA";
1219   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1220     hasAnyChanged=kTRUE;
1221     //delete old entry
1222     if (fRefDataQA) delete fRefDataQA;
1223     //get new entry
1224     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1225     if (entry){
1226       entry->SetOwner(kTRUE);
1227       fRefDataQA=dynamic_cast<AliTPCdataQA*>(entry->GetObject());
1228       if (!fRefDataQA){
1229         AliError(Form("Could not get object from entry '%s'\nPlease check!!!",entry->GetId().GetPath().Data()));
1230       } else {
1231         fRefDataQA=(AliTPCdataQA*)fDataQA->Clone();
1232       }
1233       delete entry;
1234     }
1235   }
1236
1237
1238 //update current reference maps
1239   if (hasAnyChanged){
1240     if (fCurrentRefMap) delete fCurrentRefMap;
1241     fCurrentRefMap=(TMap*)fRefMap->Clone();
1242   }
1243 }
1244 //_____________________________________________________________________________________
1245 AliTPCCalPad* AliTPCcalibDButil::GetRefCalPad(AliCDBEntry *entry, const char* objName)
1246 {
1247   //
1248   // TObjArray object type case
1249   // find 'objName' in 'arr' cast is to a calPad and store it in 'pad'
1250   //
1251   AliTPCCalPad *pad=0x0;
1252   TObjArray *arr=(TObjArray*)entry->GetObject();
1253   if (!arr){
1254     AliError(Form("Could not get object from entry '%s'\nPlease check!!!",entry->GetId().GetPath().Data()));
1255     return pad;
1256   }
1257   pad=(AliTPCCalPad*)arr->FindObject(objName);
1258   if (!pad) {
1259     AliError(Form("Could not get '%s' from TObjArray in entry '%s'\nPlease check!!!",objName,entry->GetId().GetPath().Data()));
1260     return pad;
1261   }
1262   return (AliTPCCalPad*)pad->Clone();
1263 }
1264 //_____________________________________________________________________________________
1265 AliTPCCalPad* AliTPCcalibDButil::GetRefCalPad(AliCDBEntry *entry)
1266 {
1267   //
1268   // AliTPCCalPad object type case
1269   // cast object to a calPad and store it in 'pad'
1270   //
1271   AliTPCCalPad *pad=(AliTPCCalPad*)entry->GetObject();
1272   if (!pad) {
1273     AliError(Form("Could not get object from entry '%s'\nPlease check!!!",entry->GetId().GetPath().Data()));
1274     return 0x0;
1275   }
1276   pad=(AliTPCCalPad*)pad->Clone();
1277   return pad;
1278 }
1279 //_____________________________________________________________________________________
1280 AliTPCCalPad* AliTPCcalibDButil::GetAltroMasked(const char* cdbPath, const char* name)
1281 {
1282   //
1283   // set altro masked channel map for 'cdbPath'
1284   //
1285   AliTPCCalPad* pad=0x0;
1286   const Int_t run=GetReferenceRun(cdbPath);
1287   if (run<0) {
1288     AliError(Form("Could not get reference run number for object '%s'\nPlease check availability!!!",cdbPath));
1289     return pad;
1290   }
1291   AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get("TPC/Calib/AltroConfig", run);
1292   if (!entry) {
1293     AliError(Form("Could not get reference object '%s'\nPlease check availability!!!",cdbPath));
1294     return pad;
1295   }
1296   pad=GetRefCalPad(entry,"Masked");
1297   if (pad) pad->SetNameTitle(name,name);
1298   entry->SetOwner(kTRUE);
1299   delete entry;
1300   return pad;
1301 }
1302 //_____________________________________________________________________________________
1303 void AliTPCcalibDButil::SetReferenceRun(Int_t run){
1304   //
1305   // Get Reference map
1306   //
1307   if (run<0) run=fCalibDB->GetRun();
1308   TString cdbPath="TPC/Calib/Ref";
1309   AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(cdbPath.Data(), run);
1310   if (!entry) {
1311     AliError(Form("Could not get reference object '%s'\nPlease check availability!!!",cdbPath.Data()));
1312     fRefMap=0;
1313     return;
1314   }
1315   entry->SetOwner(kTRUE);
1316   fRefMap=(TMap*)(entry->GetObject());
1317   AliCDBId &id=entry->GetId();
1318   fRefValidity.Form("%d_%d_v%d_s%d",id.GetFirstRun(),id.GetLastRun(),id.GetVersion(),id.GetSubVersion());
1319 }
1320 //_____________________________________________________________________________________
1321 Bool_t AliTPCcalibDButil::HasRefChanged(const char *cdbPath)
1322 {
1323   //
1324   // check whether a reference cdb entry has changed
1325   //
1326   if (!fCurrentRefMap) return kTRUE;
1327   if (GetReferenceRun(cdbPath)!=GetCurrentReferenceRun(cdbPath)) return kTRUE;
1328   return kFALSE;
1329 }
1330 //_____________________________________________________________________________________
1331 AliCDBEntry* AliTPCcalibDButil::GetRefEntry(const char* cdbPath)
1332 {
1333   //
1334   // get the reference AliCDBEntry for 'cdbPath'
1335   //
1336   const Int_t run=GetReferenceRun(cdbPath);
1337   if (run<0) {
1338     AliError(Form("Could not get reference run number for object '%s'\nPlease check availability!!!",cdbPath));
1339     return 0;
1340   }
1341   AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(cdbPath, run);
1342   if (!entry) {
1343     AliError(Form("Could not get reference object '%s'\nPlease check availability!!!",cdbPath));
1344     return 0;
1345   }
1346   return entry;
1347 }
1348 //_____________________________________________________________________________________
1349 Int_t AliTPCcalibDButil::GetCurrentReferenceRun(const char* type) const {
1350   //
1351   // Get reference run number for the specified OCDB path
1352   //
1353   if (!fCurrentRefMap) return -2;
1354   TObjString *str=dynamic_cast<TObjString*>(fCurrentRefMap->GetValue(type));
1355   if (!str) return -2;
1356   return (const Int_t)str->GetString().Atoi();
1357 }
1358 //_____________________________________________________________________________________
1359 Int_t AliTPCcalibDButil::GetReferenceRun(const char* type) const{
1360   //
1361   // Get reference run number for the specified OCDB path
1362   //
1363   if (!fRefMap) return -1;
1364   TObjString *str=dynamic_cast<TObjString*>(fRefMap->GetValue(type));
1365   if (!str) return -1;
1366   return (const Int_t)str->GetString().Atoi();
1367 }
1368 //_____________________________________________________________________________________
1369 AliTPCCalPad *AliTPCcalibDButil::CreateCEOutlyerMap( Int_t & noutliersCE, AliTPCCalPad * const ceOut, Float_t minSignal, Float_t cutTrmsMin,  Float_t cutTrmsMax, Float_t cutMaxDistT){
1370   //
1371   // Author:  marian.ivanov@cern.ch
1372   //
1373   // Create outlier map for CE study
1374   // Parameters:
1375   //  Return value - outlyer map
1376   //  noutlyersCE  - number of outlyers
1377   //  minSignal    - minimal total Q signal
1378   //  cutRMSMin    - minimal width of the signal in respect to the median
1379   //  cutRMSMax    - maximal width of the signal in respect to the median
1380   //  cutMaxDistT  - maximal deviation from time median per chamber
1381   //
1382   // Outlyers criteria:
1383   // 0. Exclude masked pads
1384   // 1. Exclude first two rows in IROC and last two rows in OROC
1385   // 2. Exclude edge pads
1386   // 3. Exclude channels with too large variations
1387   // 4. Exclude pads with too small signal
1388   // 5. Exclude signal with outlyers RMS
1389   // 6. Exclude channels to far from the chamber median
1390   noutliersCE=0;
1391   //create outlier map
1392   AliTPCCalPad *out=ceOut;
1393   if (!out)     out= new AliTPCCalPad("outCE","outCE");
1394   AliTPCCalROC *rocMasked=0x0;
1395   if (!fCETmean) return 0;
1396   if (!fCETrms) return 0;
1397   if (!fCEQmean) return 0;
1398   //
1399   //loop over all channels
1400   //
1401   Double_t rmsMedian         = fCETrms->GetMedian();
1402   for (UInt_t iroc=0;iroc<fCETmean->kNsec;++iroc){
1403     AliTPCCalROC *rocData=fCETmean->GetCalROC(iroc);
1404     if (fALTROMasked) rocMasked= fALTROMasked->GetCalROC(iroc);
1405     AliTPCCalROC *rocOut       = out->GetCalROC(iroc);
1406     AliTPCCalROC *rocCEQ       = fCEQmean->GetCalROC(iroc);
1407     AliTPCCalROC *rocCETrms    = fCETrms->GetCalROC(iroc);
1408     Double_t trocMedian        = rocData->GetMedian();
1409     //
1410     if (!rocData) {
1411       noutliersCE+=AliTPCROC::Instance()->GetNChannels(iroc);
1412       rocOut->Add(1.);
1413       continue;
1414     }
1415     //
1416     //select outliers
1417     UInt_t nrows=rocData->GetNrows();
1418     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
1419       UInt_t npads=rocData->GetNPads(irow);
1420       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
1421         rocOut->SetValue(irow,ipad,0);
1422         Float_t valTmean=rocData->GetValue(irow,ipad);
1423         Float_t valQmean=rocCEQ->GetValue(irow,ipad);
1424         Float_t valTrms =rocCETrms->GetValue(irow,ipad);
1425         //0. exclude masked pads
1426         if (rocMasked && rocMasked->GetValue(irow,ipad)) {
1427           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1428           continue;
1429         }
1430         //1. exclude first two rows in IROC and last two rows in OROC
1431         if (iroc<36){
1432           if (irow<2) rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1433         } else {
1434           if (irow>nrows-3) rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1435         }
1436         //2. exclude edge pads
1437         if (ipad==0||ipad==npads-1) rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1438         //exclude values that are exactly 0
1439         if ( TMath::Abs(valTmean)<kAlmost0) {
1440           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1441           ++noutliersCE;
1442         }
1443         //3.  exclude channels with too large variations
1444         if (TMath::Abs(valTmean)>fCETmaxLimitAbs) {
1445           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1446           ++noutliersCE;
1447         }
1448         //
1449         //4.  exclude channels with too small signal
1450         if (valQmean<minSignal) {
1451           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1452           ++noutliersCE;
1453         }
1454         //
1455         //5. exclude channels with too small rms
1456         if (valTrms<cutTrmsMin*rmsMedian || valTrms>cutTrmsMax*rmsMedian){
1457           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1458           ++noutliersCE;
1459         }
1460         //
1461         //6. exclude channels to far from the chamber median
1462         if (TMath::Abs(valTmean-trocMedian)>cutMaxDistT){
1463           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1464           ++noutliersCE;
1465         }
1466       }
1467     }
1468   }
1469   //
1470   return out;
1471 }
1472
1473
1474 AliTPCCalPad *AliTPCcalibDButil::CreatePulserOutlyerMap(Int_t &noutliersPulser, AliTPCCalPad * const pulserOut,Float_t cutTime, Float_t cutnRMSQ, Float_t cutnRMSrms){
1475   //
1476   // Author: marian.ivanov@cern.ch
1477   //
1478   // Create outlier map for Pulser
1479   // Parameters:
1480   //  Return value     - outlyer map
1481   //  noutlyersPulser  - number of outlyers
1482   //  cutTime          - absolute cut - distance to the median of chamber
1483   //  cutnRMSQ         - nsigma cut from median  q distribution per chamber
1484   //  cutnRMSrms       - nsigma cut from median  rms distribution
1485   // Outlyers criteria:
1486   // 0. Exclude masked pads
1487   // 1. Exclude time outlyers (default 3 time bins)
1488   // 2. Exclude q outlyers    (default 5 sigma)
1489   // 3. Exclude rms outlyers  (default 5 sigma)
1490   noutliersPulser=0;
1491   AliTPCCalPad *out=pulserOut;
1492   if (!out)     out= new AliTPCCalPad("outPulser","outPulser");
1493   AliTPCCalROC *rocMasked=0x0;
1494   if (!fPulserTmean) return 0;
1495   if (!fPulserTrms) return 0;
1496   if (!fPulserQmean) return 0;
1497   //
1498   //loop over all channels
1499   //
1500   for (UInt_t iroc=0;iroc<fCETmean->kNsec;++iroc){
1501     if (fALTROMasked)   rocMasked= fALTROMasked->GetCalROC(iroc);
1502     AliTPCCalROC *rocData       = fPulserTmean->GetCalROC(iroc);
1503     AliTPCCalROC *rocOut        = out->GetCalROC(iroc);
1504     AliTPCCalROC *rocPulserQ    = fPulserQmean->GetCalROC(iroc);
1505     AliTPCCalROC *rocPulserTrms = fPulserTrms->GetCalROC(iroc);
1506     //
1507     Double_t rocMedianT         = rocData->GetMedian();
1508     Double_t rocMedianQ         = rocPulserQ->GetMedian();
1509     Double_t rocRMSQ            = rocPulserQ->GetRMS();
1510     Double_t rocMedianTrms      = rocPulserTrms->GetMedian();
1511     Double_t rocRMSTrms         = rocPulserTrms->GetRMS();
1512     for (UInt_t ichannel=0;ichannel<rocData->GetNchannels();++ichannel){
1513       rocOut->SetValue(ichannel,0);
1514       Float_t valTmean=rocData->GetValue(ichannel);
1515       Float_t valQmean=rocPulserQ->GetValue(ichannel);
1516       Float_t valTrms =rocPulserTrms->GetValue(ichannel);
1517       Int_t isOut=0;
1518       if (TMath::Abs(valTmean-rocMedianT)>cutTime) isOut=1;
1519       if (TMath::Abs(valQmean-rocMedianQ)>cutnRMSQ*rocRMSQ) isOut=1;
1520       if (TMath::Abs(valTrms-rocMedianTrms)>cutnRMSrms*rocRMSTrms) isOut=1;
1521       rocOut->SetValue(ichannel,isOut);
1522       if (isOut) noutliersPulser++;
1523     }
1524   }
1525   return out;
1526 }
1527
1528
1529 AliTPCCalPad *AliTPCcalibDButil::CreatePadTime0CE(TVectorD &fitResultsA, TVectorD&fitResultsC, Int_t &nOut, Double_t &chi2A, Double_t &chi2C, const char *dumpfile){
1530   //
1531   // Author : Marian Ivanov
1532   // Create pad time0 correction map using information from the CE and from pulser
1533   //
1534   //
1535   // Return PadTime0 to be used for time0 relative alignment
1536   // if dump file specified intermediat results are dumped to the fiel and can be visualized
1537   // using $ALICE_ROOT/TPC/script/gui application
1538   //
1539   // fitResultsA - fitParameters A side
1540   // fitResultsC - fitParameters C side
1541   // chi2A       - chi2/ndf for A side (assuming error 1 time bin)
1542   // chi2C       - chi2/ndf for C side (assuming error 1 time bin)
1543   //
1544   //
1545   // Algorithm:
1546   // 1. Find outlier map for CE
1547   // 2. Find outlier map for Pulser
1548   // 3. Replace outlier by median at given sector  (median without outliers)
1549   // 4. Substract from the CE data pulser
1550   // 5. Fit the CE with formula
1551   //    5.1) (IROC-OROC) offset
1552   //    5.2) gx
1553   //    5.3) gy
1554   //    5.4) (lx-xmid)
1555   //    5.5) (IROC-OROC)*(lx-xmid)
1556   //    5.6) (ly/lx)^2
1557   // 6. Substract gy fit dependence from the CE data
1558   // 7. Add pulser back to CE data
1559   // 8. Replace outliers by fit value - median of diff per given chamber -GY fit
1560   // 9. return CE data
1561   //
1562   // Time0 <= padCE = padCEin  -padCEfitGy  - if not outlier
1563   // Time0 <= padCE = padFitAll-padCEfitGy  - if outlier
1564
1565   // fit formula
1566   const char *formulaIn="(-1.+2.*(sector<36))*0.5++gx++gy++(lx-134.)++(-1.+2.*(sector<36))*0.5*(lx-134)++((ly/lx)^2/(0.1763)^2)";
1567   // output for fit formula
1568   const char *formulaAll="1++(-1.+2.*(sector<36))*0.5++gx++gy++(lx-134.)++(-1.+2.*(sector<36))*0.5*(lx-134)++((ly/lx)^2/(0.1763)^2)";
1569   // gy part of formula
1570   const char *formulaOut="0++0*(-1.+2.*(sector<36))*0.5++0*gx++gy++0*(lx-134.)++0*(-1.+2.*(sector<36))*0.5*(lx-134)++0*((ly/lx)^2/(0.1763)^2)";
1571   //
1572   //
1573   if (!fCETmean) return 0;
1574   Double_t pgya,pgyc,pchi2a,pchi2c;
1575   AliTPCCalPad * padPulserOut = CreatePulserOutlyerMap(nOut);
1576   AliTPCCalPad * padCEOut     = CreateCEOutlyerMap(nOut);
1577
1578   AliTPCCalPad * padPulser    = CreatePadTime0(1,pgya,pgyc,pchi2a,pchi2c);
1579   AliTPCCalPad * padCE        = new AliTPCCalPad(*fCETmean);
1580   AliTPCCalPad * padCEIn      = new AliTPCCalPad(*fCETmean);
1581   AliTPCCalPad * padOut       = new AliTPCCalPad("padOut","padOut");
1582   padPulser->SetName("padPulser");
1583   padPulserOut->SetName("padPulserOut");
1584   padCE->SetName("padCE");
1585   padCEIn->SetName("padCEIn");
1586   padCEOut->SetName("padCEOut");
1587   padOut->SetName("padOut");
1588
1589   //
1590   // make combined outlyers map
1591   // and replace outlyers in maps with median for chamber
1592   //
1593   for (UInt_t iroc=0;iroc<fCETmean->kNsec;++iroc){
1594     AliTPCCalROC * rocOut       = padOut->GetCalROC(iroc);
1595     AliTPCCalROC * rocPulser    = padPulser->GetCalROC(iroc);
1596     AliTPCCalROC * rocPulserOut = padPulserOut->GetCalROC(iroc);
1597     AliTPCCalROC * rocCEOut     = padCEOut->GetCalROC(iroc);
1598     AliTPCCalROC * rocCE        = padCE->GetCalROC(iroc);
1599     Double_t ceMedian           = rocCE->GetMedian(rocCEOut);
1600     Double_t pulserMedian       = rocPulser->GetMedian(rocCEOut);
1601     for (UInt_t ichannel=0;ichannel<rocOut->GetNchannels();++ichannel){
1602       if (rocPulserOut->GetValue(ichannel)>0) {
1603         rocPulser->SetValue(ichannel,pulserMedian);
1604         rocOut->SetValue(ichannel,1);
1605       }
1606       if (rocCEOut->GetValue(ichannel)>0) {
1607         rocCE->SetValue(ichannel,ceMedian);
1608         rocOut->SetValue(ichannel,1);
1609       }
1610     }
1611   }
1612   //
1613   // remove pulser time 0
1614   //
1615   padCE->Add(padPulser,-1);
1616   //
1617   // Make fits
1618   //
1619   TMatrixD dummy;
1620   Float_t chi2Af,chi2Cf;
1621   padCE->GlobalSidesFit(padOut,formulaIn,fitResultsA,fitResultsC,dummy,dummy,chi2Af,chi2Cf);
1622   chi2A=chi2Af;
1623   chi2C=chi2Cf;
1624   //
1625   AliTPCCalPad *padCEFitGY=AliTPCCalPad::CreateCalPadFit(formulaOut,fitResultsA,fitResultsC);
1626   padCEFitGY->SetName("padCEFitGy");
1627   //
1628   AliTPCCalPad *padCEFit  =AliTPCCalPad::CreateCalPadFit(formulaAll,fitResultsA,fitResultsC);
1629   padCEFit->SetName("padCEFit");
1630   //
1631   AliTPCCalPad* padCEDiff  = new AliTPCCalPad(*padCE);
1632   padCEDiff->SetName("padCEDiff");
1633   padCEDiff->Add(padCEFit,-1.);
1634   //
1635   //
1636   padCE->Add(padCEFitGY,-1.);
1637
1638   padCE->Add(padPulser,1.);
1639   Double_t padmedian = padCE->GetMedian();
1640   padCE->Add(-padmedian);  // normalize to median
1641   //
1642   // Replace outliers by fit value - median of diff per given chamber -GY fit
1643   //
1644   for (UInt_t iroc=0;iroc<fCETmean->kNsec;++iroc){
1645     AliTPCCalROC * rocOut       = padOut->GetCalROC(iroc);
1646     AliTPCCalROC * rocCE        = padCE->GetCalROC(iroc);
1647     AliTPCCalROC * rocCEFit     = padCEFit->GetCalROC(iroc);
1648     AliTPCCalROC * rocCEFitGY   = padCEFitGY->GetCalROC(iroc);
1649     AliTPCCalROC * rocCEDiff    = padCEDiff->GetCalROC(iroc);
1650     //
1651     Double_t diffMedian         = rocCEDiff->GetMedian(rocOut);
1652     for (UInt_t ichannel=0;ichannel<rocOut->GetNchannels();++ichannel){
1653       if (rocOut->GetValue(ichannel)==0) continue;
1654       Float_t value=rocCEFit->GetValue(ichannel)-rocCEFitGY->GetValue(ichannel)-diffMedian-padmedian;
1655       rocCE->SetValue(ichannel,value);
1656     }
1657   }
1658   //
1659   //
1660   if (dumpfile){
1661     //dump to the file - result can be visualized
1662     AliTPCPreprocessorOnline preprocesor;
1663     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padCE));
1664     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padCEIn));
1665     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padCEFit));
1666     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padOut));
1667     //
1668     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padCEFitGY));
1669     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padCEDiff));
1670     //
1671     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padCEOut));
1672     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padPulser));
1673     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padPulserOut));
1674     preprocesor.DumpToFile(dumpfile);
1675   }
1676   delete padPulser;
1677   delete padPulserOut;
1678   delete padCEIn;
1679   delete padCEOut;
1680   delete padOut;
1681   delete padCEDiff;
1682   delete padCEFitGY;
1683   return padCE;
1684 }
1685
1686
1687
1688
1689
1690 Int_t AliTPCcalibDButil::GetNearest(TGraph *graph, Double_t xref, Double_t &dx, Double_t &y){
1691   //
1692   // find the closest point to xref  in x  direction
1693   // return dx and value
1694   dx = 0;
1695   y = 0;
1696
1697   if(!graph) return 0;
1698   if(graph->GetN() < 1) return 0;
1699
1700   Int_t index=0;
1701   index = TMath::BinarySearch(graph->GetN(), graph->GetX(),xref);
1702   if (index<0) index=0;
1703   if(graph->GetN()==1) {
1704     dx = xref-graph->GetX()[index];
1705   }
1706   else {
1707     if (index>=graph->GetN()-1) index=graph->GetN()-2;
1708     if (xref-graph->GetX()[index]>graph->GetX()[index]-xref) index++;
1709     dx = xref-graph->GetX()[index];
1710   }
1711   y  = graph->GetY()[index];
1712   return index;
1713 }
1714
1715 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetTriggerOffsetTPC(Int_t run, Int_t timeStamp, Double_t deltaT, Double_t deltaTLaser, Int_t valType){
1716   //
1717   // Get the correction of the trigger offset
1718   // combining information from the laser track calibration
1719   // and from cosmic calibration
1720   //
1721   // run       - run number
1722   // timeStamp - tim stamp in seconds
1723   // deltaT    - integration period to calculate offset
1724   // deltaTLaser -max validity of laser data
1725   // valType   - 0 - median, 1- mean
1726   //
1727   // Integration vaues are just recomendation - if not possible to get points
1728   // automatically increase the validity by factor 2
1729   // (recursive algorithm until one month of data taking)
1730   //
1731   //
1732   const Float_t kLaserCut=0.0005;
1733   const Int_t   kMaxPeriod=3600*24*30*12; // one year max
1734   const Int_t   kMinPoints=20;
1735   //
1736   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
1737   if (!array) {
1738     AliTPCcalibDB::Instance()->UpdateRunInformations(run,kFALSE);
1739   }
1740   array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
1741   if (!array) return 0;
1742   //
1743   TGraphErrors *laserA[3]={0,0,0};
1744   TGraphErrors *laserC[3]={0,0,0};
1745   TGraphErrors *cosmicAll=0;
1746   laserA[1]=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
1747   laserC[1]=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
1748   cosmicAll =(TGraphErrors*)array->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_VDRIFT_COSMICS_ALL");
1749   //
1750   //
1751   if (!cosmicAll) return 0;
1752   Int_t nmeasC=cosmicAll->GetN();
1753   Float_t *tdelta = new Float_t[nmeasC];
1754   Int_t nused=0;
1755   for (Int_t i=0;i<nmeasC;i++){
1756     if (TMath::Abs(cosmicAll->GetX()[i]-timeStamp)>deltaT) continue;
1757     Float_t ccosmic=cosmicAll->GetY()[i];
1758     Double_t yA=0,yC=0,dA=0,dC=0;
1759     if (laserA[1]) GetNearest(laserA[1], cosmicAll->GetX()[i],dA,yA);
1760     if (laserC[1]) GetNearest(laserC[1], cosmicAll->GetX()[i],dC,yC);
1761     //yA=laserA[1]->Eval(cosmicAll->GetX()[i]);
1762     //yC=laserC[1]->Eval(cosmicAll->GetX()[i]);
1763     //
1764     if (TMath::Sqrt(dA*dA+dC*dC)>deltaTLaser) continue;
1765     Float_t claser=0;
1766     if (TMath::Abs(yA-yC)<kLaserCut) {
1767       claser=(yA-yC)*0.5;
1768     }else{
1769       if (i%2==0)  claser=yA;
1770       if (i%2==1)  claser=yC;
1771     }
1772     tdelta[nused]=ccosmic-claser;
1773     nused++;
1774   }
1775   if (nused<kMinPoints &&deltaT<kMaxPeriod) return  AliTPCcalibDButil::GetTriggerOffsetTPC(run, timeStamp, deltaT*2,deltaTLaser);
1776   if (nused<kMinPoints) {
1777     printf("AliFatal: No time offset calibration available\n");
1778     return 0;
1779   }
1780   Double_t median = TMath::Median(nused,tdelta);
1781   Double_t mean  = TMath::Mean(nused,tdelta);
1782   delete [] tdelta;
1783   return (valType==0) ? median:mean;
1784 }
1785
1786 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPC(Double_t &dist, Int_t run, Int_t timeStamp, Double_t deltaT, Double_t deltaTLaser, Int_t valType){
1787   //
1788   // Get the correction of the drift velocity
1789   // combining information from the laser track calibration
1790   // and from cosmic calibration
1791   //
1792   // dist      - return value - distance to closest point in graph
1793   // run       - run number
1794   // timeStamp - tim stamp in seconds
1795   // deltaT    - integration period to calculate time0 offset
1796   // deltaTLaser -max validity of laser data
1797   // valType   - 0 - median, 1- mean
1798   //
1799   // Integration vaues are just recomendation - if not possible to get points
1800   // automatically increase the validity by factor 2
1801   // (recursive algorithm until one month of data taking)
1802   //
1803   //
1804   //
1805   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
1806   if (!array) {
1807     AliTPCcalibDB::Instance()->UpdateRunInformations(run,kFALSE);
1808   }
1809   array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
1810   if (!array) return 0;
1811   TGraphErrors *cosmicAll=0;
1812   cosmicAll =(TGraphErrors*)array->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_VDRIFT_COSMICS_ALL");
1813   if (!cosmicAll) return 0;
1814   Double_t grY=0;
1815   AliTPCcalibDButil::GetNearest(cosmicAll,timeStamp,dist,grY);
1816
1817   Double_t t0= AliTPCcalibDButil::GetTriggerOffsetTPC(run,timeStamp, deltaT, deltaTLaser,valType);
1818   Double_t vcosmic =  AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(cosmicAll, timeStamp);
1819   if (timeStamp>cosmicAll->GetX()[cosmicAll->GetN()-1])  vcosmic=cosmicAll->GetY()[cosmicAll->GetN()-1];
1820   if (timeStamp<cosmicAll->GetX()[0])  vcosmic=cosmicAll->GetY()[0];
1821   return  vcosmic-t0;
1822
1823   /*
1824     Example usage:
1825
1826     Int_t run=89000
1827     TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
1828     cosmicAll =(TGraphErrors*)array->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_VDRIFT_COSMICS_ALL");
1829     laserA=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
1830     //
1831     Double_t *yvd= new Double_t[cosmicAll->GetN()];
1832     Double_t *yt0= new Double_t[cosmicAll->GetN()];
1833     for (Int_t i=0; i<cosmicAll->GetN();i++) yvd[i]=AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPC(run,cosmicAll->GetX()[i]);
1834     for (Int_t i=0; i<cosmicAll->GetN();i++) yt0[i]=AliTPCcalibDButil::GetTriggerOffsetTPC(run,cosmicAll->GetX()[i]);
1835
1836     TGraph *pcosmicVd=new TGraph(cosmicAll->GetN(), cosmicAll->GetX(), yvd);
1837     TGraph *pcosmicT0=new TGraph(cosmicAll->GetN(), cosmicAll->GetX(), yt0);
1838
1839   */
1840
1841 }
1842
1843 const char* AliTPCcalibDButil::GetGUIRefTreeDefaultName()
1844 {
1845   //
1846   // Create a default name for the gui file
1847   //
1848
1849   return Form("guiRefTreeRun%s.root",GetRefValidity());
1850 }
1851
1852 Bool_t AliTPCcalibDButil::CreateGUIRefTree(const char* filename)
1853 {
1854   //
1855   // Create a gui reference tree
1856   // if dirname and filename are empty default values will be used
1857   // this is the recommended way of using this function
1858   // it allows to check whether a file with the given run validity alredy exists
1859   //
1860   if (!AliCDBManager::Instance()->GetDefaultStorage()){
1861     AliError("Default Storage not set. Cannot create reference calibration Tree!");
1862     return kFALSE;
1863   }
1864
1865   TString file=filename;
1866   if (file.IsNull()) file=GetGUIRefTreeDefaultName();
1867
1868   AliTPCPreprocessorOnline prep;
1869   //noise and pedestals
1870   if (fRefPedestals) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefPedestals)));
1871   if (fRefPadNoise ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefPadNoise)));
1872   if (fRefPedestalMasked) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*fRefPedestalMasked));
1873   //pulser data
1874   if (fRefPulserTmean) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefPulserTmean)));
1875   if (fRefPulserTrms ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefPulserTrms)));
1876   if (fRefPulserQmean) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefPulserQmean)));
1877   if (fRefPulserMasked) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*fRefPulserMasked));
1878   //CE data
1879   if (fRefCETmean) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefCETmean)));
1880   if (fRefCETrms ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefCETrms)));
1881   if (fRefCEQmean) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefCEQmean)));
1882   if (fRefCEMasked) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*fRefCEMasked));
1883   //Altro data
1884   if (fRefALTROAcqStart ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefALTROAcqStart )));
1885   if (fRefALTROZsThr    ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefALTROZsThr    )));
1886   if (fRefALTROFPED     ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefALTROFPED     )));
1887   if (fRefALTROAcqStop  ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefALTROAcqStop  )));
1888   if (fRefALTROMasked   ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefALTROMasked   )));
1889   //QA
1890   AliTPCdataQA *dataQA=fRefDataQA;
1891   if (dataQA) {
1892     if (dataQA->GetNLocalMaxima())
1893       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetNLocalMaxima())));
1894     if (dataQA->GetMaxCharge())
1895       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetMaxCharge())));
1896     if (dataQA->GetMeanCharge())
1897       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetMeanCharge())));
1898     if (dataQA->GetNoThreshold())
1899       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetNoThreshold())));
1900     if (dataQA->GetNTimeBins())
1901       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetNTimeBins())));
1902     if (dataQA->GetNPads())
1903       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetNPads())));
1904     if (dataQA->GetTimePosition())
1905       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetTimePosition())));
1906   }
1907   prep.DumpToFile(file.Data());
1908   return kTRUE;
1909 }
1910
1911 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPCLaserTracks(Double_t &dist, Int_t run, Int_t timeStamp, Double_t deltaT, Int_t side){
1912   //
1913   // Get the correction of the drift velocity using the laser tracks calbration
1914   //
1915   // run       - run number
1916   // timeStamp - tim stamp in seconds
1917   // deltaT    - integration period to calculate time0 offset
1918   // side      - 0 - A side,  1 - C side, 2 - mean from both sides
1919   // Note in case no data form both A and C side - the value from active side used
1920   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
1921   TGraphErrors *grlaserA=0;
1922   TGraphErrors *grlaserC=0;
1923   Double_t vlaserA=0, vlaserC=0;
1924   if (!array) return 0;
1925   grlaserA=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
1926   grlaserC=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
1927   Double_t deltaY;
1928   if (grlaserA && grlaserA->GetN()>0) {
1929     AliTPCcalibDButil::GetNearest(grlaserA,timeStamp,dist,deltaY);
1930     if (TMath::Abs(dist)>deltaT)  vlaserA= deltaY;
1931     else  vlaserA = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(grlaserA,timeStamp);
1932   }
1933   if (grlaserC && grlaserC->GetN()>0) {
1934     AliTPCcalibDButil::GetNearest(grlaserC,timeStamp,dist,deltaY);
1935     if (TMath::Abs(dist)>deltaT)  vlaserC= deltaY;
1936     else  vlaserC = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(grlaserC,timeStamp);
1937   }
1938   if (side==0) return vlaserA;
1939   if (side==1) return vlaserC;
1940   Double_t mdrift=(vlaserA+vlaserC)*0.5;
1941   if (!grlaserA) return vlaserC;
1942   if (!grlaserC) return vlaserA;
1943   return mdrift;
1944 }
1945
1946
1947 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPCCE(Double_t &dist,Int_t run, Int_t timeStamp, Double_t deltaT, Int_t side){
1948   //
1949   // Get the correction of the drift velocity using the CE laser data
1950   // combining information from the CE,  laser track calibration
1951   // and P/T calibration
1952   //
1953   // run       - run number
1954   // timeStamp - tim stamp in seconds
1955   // deltaT    - integration period to calculate time0 offset
1956   // side      - 0 - A side,  1 - C side, 2 - mean from both sides
1957   TObjArray *arrT     =AliTPCcalibDB::Instance()->GetCErocTtime();
1958   if (!arrT) return 0;
1959   AliTPCParam *param  =AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1960   TObjArray*  cearray =AliTPCcalibDB::Instance()->GetCEData();
1961   AliTPCCalibVdrift * driftCalib = (AliTPCCalibVdrift *)cearray->FindObject("driftPTCE");
1962   //
1963   //
1964   Double_t corrPTA = 0, corrPTC=0;
1965   Double_t ltime0A = 0, ltime0C=0;
1966   Double_t gry=0;
1967   Double_t corrA=0, corrC=0;
1968   Double_t timeA=0, timeC=0;
1969   const Double_t kEpsilon = 0.00001;
1970   TGraph *graphA = (TGraph*)arrT->At(72);
1971   TGraph *graphC = (TGraph*)arrT->At(73);
1972   if (!graphA && !graphC) return 0.;
1973   if (graphA &&graphA->GetN()>0) {
1974     AliTPCcalibDButil::GetNearest(graphA,timeStamp,dist,gry);
1975     timeA   = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(graphA,timeStamp);
1976     Int_t mtime   =TMath::Nint((graphA->GetX()[0]+graphA->GetX()[graphA->GetN()-1])*0.5);
1977     ltime0A       = GetLaserTime0(run,mtime,TMath::Nint(deltaT),0);
1978     if(ltime0A < kEpsilon) return 0;
1979     if (driftCalib) corrPTA =  driftCalib->GetPTRelative(timeStamp,0);
1980     corrA = (param->GetZLength(36)/(timeA*param->GetTSample()*(1.-ltime0A)-param->GetL1Delay()-0*param->GetZSigma()/param->GetDriftV()))/param->GetDriftV()-1;
1981     corrA-=corrPTA;
1982   }
1983   if (graphC&&graphC->GetN()>0){
1984     AliTPCcalibDButil::GetNearest(graphC,timeStamp,dist,gry);
1985     timeC=AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(graphC,timeStamp);
1986     Int_t mtime=TMath::Nint((graphC->GetX()[0]+graphC->GetX()[graphC->GetN()-1])*0.5);
1987     ltime0C       = GetLaserTime0(run,mtime,TMath::Nint(deltaT),0);
1988     if(ltime0C < kEpsilon) return 0;
1989 if (driftCalib) corrPTC =  driftCalib->GetPTRelative(timeStamp,0);
1990     corrC = (param->GetZLength(54)/(timeC*param->GetTSample()*(1.-ltime0C)-param->GetL1Delay()-0*param->GetZSigma()/param->GetDriftV()))/param->GetDriftV()-1;
1991     corrC-=corrPTC;
1992   }
1993
1994   if (side ==0 ) return corrA;
1995   if (side ==1 ) return corrC;
1996   Double_t corrM= (corrA+corrC)*0.5;
1997   if (!graphA) corrM=corrC;
1998   if (!graphC) corrM=corrA;
1999   return corrM;
2000 }
2001
2002 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPCITS(Double_t &dist, Int_t run, Int_t timeStamp){
2003   //
2004   // return drift velocity using the TPC-ITS matchin method
2005   // return also distance to the closest point
2006   //
2007   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
2008   TGraphErrors *graph=0;
2009   dist=0;
2010   if (!array) return 0;
2011   //array->ls();
2012   graph = (TGraphErrors*)array->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
2013   if (!graph) return 0;
2014   Double_t deltaY;
2015   AliTPCcalibDButil::GetNearest(graph,timeStamp,dist,deltaY);
2016   Double_t value = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(graph,timeStamp);
2017   return value;
2018 }
2019
2020 Double_t AliTPCcalibDButil::GetTime0TPCITS(Double_t &dist, Int_t run, Int_t timeStamp){
2021   //
2022   // Get time dependent time 0 (trigger delay in cm) correction
2023   // Arguments:
2024   // timestamp - timestamp
2025   // run       - run number
2026   //
2027   // Notice - Extrapolation outside of calibration range  - using constant function
2028   //
2029   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
2030   TGraphErrors *graph=0;
2031   dist=0;
2032   if (!array) return 0;
2033   graph = (TGraphErrors*)array->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_T0");
2034   if (!graph) return 0;
2035   Double_t deltaY;
2036   AliTPCcalibDButil::GetNearest(graph,timeStamp,dist,deltaY);
2037   Double_t value = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(graph,timeStamp);
2038   return value;
2039 }
2040
2041
2042
2043
2044
2045 Int_t  AliTPCcalibDButil::MakeRunList(Int_t startRun, Int_t stopRun){
2046   //
2047   // VERY obscure method - we need something in framework
2048   // Find the TPC runs with temperature OCDB entry
2049   // cache the start and end of the run
2050   //
2051   AliCDBStorage* storage = AliCDBManager::Instance()->GetSpecificStorage("TPC/Calib/Temperature");
2052   if (!storage) storage = AliCDBManager::Instance()->GetDefaultStorage();
2053   if (!storage) return 0;
2054   TString path=storage->GetURI();
2055   TString runsT;
2056   {
2057     TString command;
2058     if (path.Contains("local")){  // find the list if local system
2059       path.ReplaceAll("local://","");
2060       path+="TPC/Calib/Temperature";
2061       command=Form("ls %s  |  sed s/_/\\ /g | awk '{print \"r\"$2}'  ",path.Data());
2062     }
2063     runsT=gSystem->GetFromPipe(command);
2064   }
2065   TObjArray *arr= runsT.Tokenize("r");
2066   if (!arr) return 0;
2067   //
2068   TArrayI indexes(arr->GetEntries());
2069   TArrayI runs(arr->GetEntries());
2070   Int_t naccept=0;
2071   {for (Int_t irun=0;irun<arr->GetEntries();irun++){
2072       Int_t irunN = atoi(arr->At(irun)->GetName());
2073       if (irunN<startRun) continue;
2074       if (irunN>stopRun) continue;
2075       runs[naccept]=irunN;
2076       naccept++;
2077     }}
2078   fRuns.Set(naccept);
2079   fRunsStart.Set(fRuns.fN);
2080   fRunsStop.Set(fRuns.fN);
2081   TMath::Sort(fRuns.fN, runs.fArray, indexes.fArray,kFALSE);
2082   for (Int_t irun=0; irun<fRuns.fN; irun++)  fRuns[irun]=runs[indexes[irun]];
2083
2084   //
2085   AliCDBEntry * entry = 0;
2086   {for (Int_t irun=0;irun<fRuns.fN; irun++){
2087       entry = AliCDBManager::Instance()->Get("TPC/Calib/Temperature",fRuns[irun]);
2088       if (!entry) continue;
2089       AliTPCSensorTempArray *  tmpRun = dynamic_cast<AliTPCSensorTempArray*>(entry->GetObject());
2090       if (!tmpRun) continue;
2091       fRunsStart[irun]=tmpRun->GetStartTime().GetSec();
2092       fRunsStop[irun]=tmpRun->GetEndTime().GetSec();
2093       //      printf("irun\t%d\tRun\t%d\t%d\t%d\n",irun,fRuns[irun],tmpRun->GetStartTime().GetSec(),tmpRun->GetEndTime().GetSec());
2094     }}
2095   return fRuns.fN;
2096 }
2097
2098
2099 Int_t AliTPCcalibDButil::FindRunTPC(Int_t    itime, Bool_t debug){
2100   //
2101   // binary search - find the run for given time stamp
2102   //
2103   Int_t index0  = TMath::BinarySearch(fRuns.fN, fRunsStop.fArray,itime);
2104   Int_t index1  = TMath::BinarySearch(fRuns.fN, fRunsStart.fArray,itime);
2105   Int_t cindex  = -1;
2106   for (Int_t index=index0; index<=index1; index++){
2107     if (fRunsStart[index]<=itime && fRunsStop[index]>=itime) cindex=index;
2108     if (debug) {
2109       printf("%d\t%d\t%d\n",fRuns[index], fRunsStart[index]-itime, fRunsStop[index]-itime);
2110     }
2111   }
2112   if (cindex<0) cindex =(index0+index1)/2;
2113   if (cindex<0) {
2114     return 0;
2115   }
2116   return fRuns[cindex];
2117 }
2118
2119
2120
2121
2122
2123 TGraph* AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(TGraph * graph, Float_t sigmaCut,Double_t &medianY){
2124   //
2125   // filter outlyer measurement
2126   // Only points around median +- sigmaCut filtered
2127   if (!graph) return  0;
2128   Int_t kMinPoints=2;
2129   Int_t npoints0 = graph->GetN();
2130   Int_t npoints=0;
2131   Float_t  rmsY=0;
2132   //
2133   //
2134   if (npoints0<kMinPoints) return 0;
2135
2136   Double_t *outx=new Double_t[npoints0];
2137   Double_t *outy=new Double_t[npoints0];
2138   for (Int_t iter=0; iter<3; iter++){
2139     npoints=0;
2140     for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints0; ipoint++){
2141       if (graph->GetY()[ipoint]==0) continue;
2142       if (iter>0 &&TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-medianY)>sigmaCut*rmsY) continue;
2143       outx[npoints]  = graph->GetX()[ipoint];
2144       outy[npoints]  = graph->GetY()[ipoint];
2145       npoints++;
2146     }
2147     if (npoints<=1) break;
2148     medianY  =TMath::Median(npoints,outy);
2149     rmsY   =TMath::RMS(npoints,outy);
2150   }
2151   TGraph *graphOut=0;
2152   if (npoints>1) graphOut= new TGraph(npoints,outx,outy);
2153   delete [] outx;
2154   delete [] outy;
2155   return graphOut;
2156 }
2157
2158
2159 TGraph* AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianAbs(TGraph * graph, Float_t cut,Double_t &medianY){
2160   //
2161   // filter outlyer measurement
2162   // Only points around median +- cut filtered
2163   if (!graph) return  0;
2164   Int_t kMinPoints=2;
2165   Int_t npoints0 = graph->GetN();
2166   Int_t npoints=0;
2167   Float_t  rmsY=0;
2168   //
2169   //
2170   if (npoints0<kMinPoints) return 0;
2171
2172   Double_t *outx=new Double_t[npoints0];
2173   Double_t *outy=new Double_t[npoints0];
2174   for (Int_t iter=0; iter<3; iter++){
2175     npoints=0;
2176     for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints0; ipoint++){
2177       if (graph->GetY()[ipoint]==0) continue;
2178       if (iter>0 &&TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-medianY)>cut) continue;
2179       outx[npoints]  = graph->GetX()[ipoint];
2180       outy[npoints]  = graph->GetY()[ipoint];
2181       npoints++;
2182     }
2183     if (npoints<=1) break;
2184     medianY  =TMath::Median(npoints,outy);
2185     rmsY   =TMath::RMS(npoints,outy);
2186   }
2187   TGraph *graphOut=0;
2188   if (npoints>1) graphOut= new TGraph(npoints,outx,outy);
2189   delete [] outx;
2190   delete [] outy;
2191   return graphOut;
2192 }
2193
2194
2195
2196 TGraphErrors* AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(TGraphErrors * const graph, Float_t sigmaCut,Double_t &medianY){
2197   //
2198   // filter outlyer measurement
2199   // Only points with normalized errors median +- sigmaCut filtered
2200   //
2201   Int_t kMinPoints=10;
2202   Int_t npoints0 = graph->GetN();
2203   Int_t npoints=0;
2204   Float_t  medianErr=0, rmsErr=0;
2205   //
2206   //
2207   if (npoints0<kMinPoints) return 0;
2208
2209   Double_t *outx=new Double_t[npoints0];
2210   Double_t *outy=new Double_t[npoints0];
2211   Double_t *erry=new Double_t[npoints0];
2212   Double_t *nerry=new Double_t[npoints0];
2213   Double_t *errx=new Double_t[npoints0];
2214
2215   for (Int_t iter=0; iter<3; iter++){
2216     npoints=0;
2217     for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints0; ipoint++){
2218       nerry[npoints]  = graph->GetErrorY(ipoint);
2219       if (iter>0 &&TMath::Abs(nerry[npoints]-medianErr)>sigmaCut*rmsErr) continue;
2220       erry[npoints]  = graph->GetErrorY(ipoint);
2221       outx[npoints]  = graph->GetX()[ipoint];
2222       outy[npoints]  = graph->GetY()[ipoint];
2223       errx[npoints]  = graph->GetErrorY(ipoint);
2224       npoints++;
2225     }
2226     if (npoints==0) break;
2227     medianErr=TMath::Median(npoints,erry);
2228     medianY  =TMath::Median(npoints,outy);
2229     rmsErr   =TMath::RMS(npoints,erry);
2230   }
2231   TGraphErrors *graphOut=0;
2232   if (npoints>1) graphOut= new TGraphErrors(npoints,outx,outy,errx,erry);
2233   delete []outx;
2234   delete []outy;
2235   delete []erry;
2236   delete []nerry;
2237   delete []errx;
2238   return graphOut;
2239 }
2240
2241
2242 void AliTPCcalibDButil::Sort(TGraph *graph){
2243   //
2244   // sort array - neccessay for approx
2245   //
2246   Int_t npoints = graph->GetN();
2247   Int_t *indexes=new Int_t[npoints];
2248   Double_t *outx=new Double_t[npoints];
2249   Double_t *outy=new Double_t[npoints];
2250   TMath::Sort(npoints, graph->GetX(),indexes,kFALSE);
2251   for (Int_t i=0;i<npoints;i++) outx[i]=graph->GetX()[indexes[i]];
2252   for (Int_t i=0;i<npoints;i++) outy[i]=graph->GetY()[indexes[i]];
2253   for (Int_t i=0;i<npoints;i++) graph->GetX()[i]=outx[i];
2254   for (Int_t i=0;i<npoints;i++) graph->GetY()[i]=outy[i];
2255
2256   delete [] indexes;
2257   delete [] outx;
2258   delete [] outy;
2259 }
2260 void AliTPCcalibDButil::SmoothGraph(TGraph *graph, Double_t delta){
2261   //
2262   // smmoth graph - mean on the interval
2263   //
2264   Sort(graph);
2265   Int_t npoints = graph->GetN();
2266   Double_t *outy=new Double_t[npoints];
2267
2268   for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints; ipoint++){
2269     Double_t lx=graph->GetX()[ipoint];
2270     Int_t index0=TMath::BinarySearch(npoints, graph->GetX(),lx-delta);
2271     Int_t index1=TMath::BinarySearch(npoints, graph->GetX(),lx+delta);
2272     if (index0<0) index0=0;
2273     if (index1>=npoints-1) index1=npoints-1;
2274     if ((index1-index0)>1){
2275       outy[ipoint]  = TMath::Mean(index1-index0, &(graph->GetY()[index0]));
2276     }else{
2277       outy[ipoint]=graph->GetY()[ipoint];
2278     }
2279   }
2280  //  TLinearFitter  fitter(3,"pol2");
2281 //   for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints; ipoint++){
2282 //     Double_t lx=graph->GetX()[ipoint];
2283 //     Int_t index0=TMath::BinarySearch(npoints, graph->GetX(),lx-delta);
2284 //     Int_t index1=TMath::BinarySearch(npoints, graph->GetX(),lx+delta);
2285 //     if (index0<0) index0=0;
2286 //     if (index1>=npoints-1) index1=npoints-1;
2287 //     fitter.ClearPoints();
2288 //     for (Int_t jpoint=0;jpoint<index1-index0; jpoint++)
2289 //     if ((index1-index0)>1){
2290 //       outy[ipoint]  = TMath::Mean(index1-index0, &(graph->GetY()[index0]));
2291 //     }else{
2292 //       outy[ipoint]=graph->GetY()[ipoint];
2293 //     }
2294 //   }
2295
2296
2297
2298   for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints; ipoint++){
2299     graph->GetY()[ipoint] = outy[ipoint];
2300   }
2301   delete[] outy;
2302 }
2303
2304 Double_t AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(TGraph * const graph, Double_t xref){
2305   //
2306   // Use constant interpolation outside of range
2307   //
2308   if (!graph) {
2309     printf("AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst: 0 pointer\n");
2310     return 0;
2311   }
2312
2313   if (graph->GetN()<1){
2314     printf("AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst: Empty graph \n");
2315     return 0;
2316   }
2317
2318
2319   if (xref<graph->GetX()[0]) return graph->GetY()[0];
2320   if (xref>graph->GetX()[graph->GetN()-1]) return graph->GetY()[graph->GetN()-1];
2321
2322   //  printf("graph->Eval(graph->GetX()[0]) %f, graph->Eval(xref) %f \n",graph->Eval(graph->GetX()[0]), graph->Eval(xref));
2323
2324   if(graph->GetN()==1)
2325     return graph->Eval(graph->GetX()[0]);
2326
2327
2328   return graph->Eval(xref);
2329 }
2330
2331 Float_t AliTPCcalibDButil::FilterSensor(AliDCSSensor * sensor, Double_t ymin, Double_t ymax, Double_t maxdy,  Double_t sigmaCut){
2332   //
2333   // Filter DCS sensor information
2334   //   ymin     - minimal value
2335   //   ymax     - max value
2336   //   maxdy    - maximal deirivative
2337   //   sigmaCut - cut on values and derivative in terms of RMS distribution
2338   // Return value - accepted fraction
2339   //
2340   // Algorithm:
2341   //
2342   // 0. Calculate median and rms of values in specified range
2343   // 1. Filter out outliers - median+-sigmaCut*rms
2344   //    values replaced by median
2345   //
2346   AliSplineFit * fit    = sensor->GetFit();
2347   if (!fit) return 0.;
2348   Int_t          nknots = fit->GetKnots();
2349   if (nknots==0) {
2350     delete fit;
2351     sensor->SetFit(0);
2352     return 0;
2353   }
2354   //
2355   Double_t *yin0  = new Double_t[nknots];
2356   Double_t *yin1  = new Double_t[nknots];
2357   Int_t naccept=0;
2358
2359   for (Int_t iknot=0; iknot< nknots; iknot++){
2360     if (fit->GetY0()[iknot]>ymin && fit->GetY0()[iknot]<ymax){
2361       yin0[naccept]  = fit->GetY0()[iknot];
2362       yin1[naccept]  = fit->GetY1()[iknot];
2363       if (TMath::Abs(fit->GetY1()[iknot])>maxdy) yin1[naccept]=0;
2364       naccept++;
2365     }
2366   }
2367   if (naccept<1) {
2368     delete fit;
2369     sensor->SetFit(0);
2370     delete [] yin0;
2371     delete [] yin1;
2372     return 0.;
2373   }
2374
2375   Double_t medianY0=0, medianY1=0;
2376   Double_t rmsY0   =0, rmsY1=0;
2377   medianY0 = TMath::Median(naccept, yin0);
2378   medianY1 = TMath::Median(naccept, yin1);
2379   rmsY0    = TMath::RMS(naccept, yin0);
2380   rmsY1    = TMath::RMS(naccept, yin1);
2381   naccept=0;
2382   //
2383   // 1. Filter out outliers - median+-sigmaCut*rms
2384   //    values replaced by median
2385   //    if replaced the derivative set to 0
2386   //
2387   for (Int_t iknot=0; iknot< nknots; iknot++){
2388     Bool_t isOK=kTRUE;
2389     if (TMath::Abs(fit->GetY0()[iknot]-medianY0)>sigmaCut*rmsY0) isOK=kFALSE;
2390     if (TMath::Abs(fit->GetY1()[iknot]-medianY1)>sigmaCut*rmsY1) isOK=kFALSE;
2391     if (nknots<2) fit->GetY1()[iknot]=0;
2392     if (TMath::Abs(fit->GetY1()[iknot])>maxdy) fit->GetY1()[iknot]=0;
2393     if (!isOK){
2394       fit->GetY0()[iknot]=medianY0;
2395       fit->GetY1()[iknot]=0;
2396     }else{
2397       naccept++;
2398     }
2399   }
2400   delete [] yin0;
2401   delete [] yin1;
2402   return Float_t(naccept)/Float_t(nknots);
2403 }
2404
2405 Float_t  AliTPCcalibDButil::FilterTemperature(AliTPCSensorTempArray *tempArray, Double_t ymin, Double_t ymax, Double_t sigmaCut){
2406   //
2407   // Filter temperature array
2408   // tempArray    - array of temperatures         -
2409   // ymin         - minimal accepted temperature  - default 15
2410   // ymax         - maximal accepted temperature  - default 22
2411   // sigmaCut     - values filtered on interval median+-sigmaCut*rms - defaut 5
2412   // return value - fraction of filtered sensors
2413   const Double_t kMaxDy=0.1;
2414   Int_t nsensors=tempArray->NumSensors();
2415   if (nsensors==0) return 0.;
2416   Int_t naccept=0;
2417   for (Int_t isensor=0; isensor<nsensors; isensor++){
2418     AliDCSSensor *sensor = tempArray->GetSensorNum(isensor);
2419     if (!sensor) continue;
2420     //printf("%d\n",isensor);
2421     FilterSensor(sensor,ymin,ymax,kMaxDy, sigmaCut);
2422     if (sensor->GetFit()==0){
2423       //delete sensor;
2424       tempArray->RemoveSensorNum(isensor);
2425     }else{
2426       naccept++;
2427     }
2428   }
2429   return Float_t(naccept)/Float_t(nsensors);
2430 }
2431
2432
2433 void AliTPCcalibDButil::FilterCE(Double_t deltaT, Double_t cutAbs, Double_t cutSigma, TTreeSRedirector * const pcstream){
2434   //
2435   // Filter CE data
2436   // Input parameters:
2437   //    deltaT   - smoothing window (in seconds)
2438   //    cutAbs   - max distance of the time info to the median (in time bins)
2439   //    cutSigma - max distance (in the RMS)
2440   //    pcstream - optional debug streamer to store original and filtered info
2441   // Hardwired parameters:
2442   //    kMinPoints =10;       // minimal number of points to define the CE
2443   //    kMinSectors=12;       // minimal number of sectors to define sideCE
2444   // Algorithm:
2445   // 0. Filter almost emty graphs (kMinPoints=10)
2446   // 1. calculate median and RMS per side
2447   // 2. Filter graphs - in respect with side medians
2448   //                  - cutAbs and cutDelta used
2449   // 3. Cut in respect wit the graph median - cutAbs and cutRMS used
2450   // 4. Calculate mean for A side and C side
2451   //
2452   const Int_t kMinPoints =10;       // minimal number of points to define the CE
2453   const Int_t kMinSectors=12;       // minimal number of sectors to define sideCE
2454   const Int_t kMinTime   =400;     // minimal arrival time of CE
2455   TObjArray *arrT=AliTPCcalibDB::Instance()->GetCErocTtime();
2456   Double_t medianY=0;
2457   TObjArray*  cearray =AliTPCcalibDB::Instance()->GetCEData();
2458   if (!cearray) return;
2459   Double_t tmin=-1;
2460   Double_t tmax=-1;
2461   //
2462   //
2463   AliTPCSensorTempArray *tempMapCE = (AliTPCSensorTempArray *)cearray->FindObject("TempMap");
2464   AliDCSSensor * cavernPressureCE  = (AliDCSSensor *) cearray->FindObject("CavernAtmosPressure");
2465   if ( tempMapCE && cavernPressureCE){
2466     //
2467     //     Bool_t isOK = FilterTemperature(tempMapCE)>0.1;
2468     //     FilterSensor(cavernPressureCE,960,1050,10, 5.);
2469     //     if (cavernPressureCE->GetFit()==0) isOK=kFALSE;
2470     Bool_t isOK=kTRUE;
2471     if (isOK)  {
2472       // recalculate P/T correction map for time of the CE
2473       AliTPCCalibVdrift * driftCalib = new AliTPCCalibVdrift(tempMapCE,cavernPressureCE ,0);
2474       driftCalib->SetName("driftPTCE");
2475       driftCalib->SetTitle("driftPTCE");
2476       cearray->AddLast(driftCalib);
2477     }
2478   }
2479   //
2480   // 0. Filter almost emty graphs
2481   //
2482
2483   for (Int_t i=0; i<72;i++){
2484     TGraph *graph= (TGraph*)arrT->At(i);
2485     if (!graph) continue;
2486     if (graph->GetN()<kMinPoints){
2487       arrT->AddAt(0,i);
2488       delete graph;  // delete empty graph
2489       continue;
2490     }
2491     if (tmin<0) tmin = graph->GetX()[0];
2492     if (tmax<0) tmax = graph->GetX()[graph->GetN()-1];
2493     //
2494     if (tmin>graph->GetX()[0]) tmin=graph->GetX()[0];
2495     if (tmax<graph->GetX()[graph->GetN()-1]) tmax=graph->GetX()[graph->GetN()-1];
2496   }
2497   //
2498   // 1. calculate median and RMS per side
2499   //
2500   TArrayF arrA(100000), arrC(100000);
2501   Int_t nA=0, nC=0;
2502   Double_t medianA=0, medianC=0;
2503   Double_t rmsA=0, rmsC=0;
2504   for (Int_t isec=0; isec<72;isec++){
2505     TGraph *graph= (TGraph*)arrT->At(isec);
2506     if (!graph) continue;
2507     for (Int_t ipoint=kMinPoints-1; ipoint<graph->GetN();ipoint++){
2508       if (graph->GetY()[ipoint]<kMinTime) continue;
2509       if (nA>=arrA.fN) arrA.Set(nA*2);
2510       if (nC>=arrC.fN) arrC.Set(nC*2);
2511       if (isec%36<18)  arrA[nA++]= graph->GetY()[ipoint];
2512       if (isec%36>=18) arrC[nC++]= graph->GetY()[ipoint];
2513     }
2514   }
2515   if (nA>0){
2516     medianA=TMath::Median(nA,arrA.fArray);
2517     rmsA   =TMath::RMS(nA,arrA.fArray);
2518   }
2519   if (nC>0){
2520     medianC=TMath::Median(nC,arrC.fArray);
2521     rmsC   =TMath::RMS(nC,arrC.fArray);
2522   }
2523   //
2524   // 2. Filter graphs - in respect with side medians
2525   //
2526   TArrayD vecX(100000), vecY(100000);
2527   for (Int_t isec=0; isec<72;isec++){
2528     TGraph *graph= (TGraph*)arrT->At(isec);
2529     if (!graph) continue;
2530     Double_t median = (isec%36<18) ? medianA: medianC;
2531     Double_t rms    = (isec%36<18) ? rmsA:    rmsC;
2532     Int_t naccept=0;
2533     for (Int_t ipoint=kMinPoints-1; ipoint<graph->GetN();ipoint++){
2534       if (TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-median)>cutAbs) continue;
2535       if (TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-median)>cutSigma*rms) continue;
2536       vecX[naccept]= graph->GetX()[ipoint];
2537       vecY[naccept]= graph->GetY()[ipoint];
2538       naccept++;
2539     }
2540     if (naccept<kMinPoints){
2541       arrT->AddAt(0,isec);
2542       delete graph;  // delete empty graph
2543       continue;
2544     }
2545     TGraph *graph2 = new TGraph(naccept, vecX.fArray, vecY.fArray);
2546     delete graph;
2547     arrT->AddAt(graph2,isec);
2548   }
2549   //
2550   // 3. Cut in respect wit the graph median
2551   //
2552   for (Int_t i=0; i<72;i++){
2553     TGraph *graph= (TGraph*)arrT->At(i);
2554     if (!graph) continue;
2555     //
2556     // filter in range
2557     //
2558     TGraph* graphTS0= FilterGraphMedianAbs(graph,cutAbs,medianY);
2559     if (!graphTS0) continue;
2560     if (graphTS0->GetN()<kMinPoints) {
2561       delete graphTS0;
2562       delete graph;
2563       arrT->AddAt(0,i);
2564       continue;
2565     }
2566     TGraph* graphTS= FilterGraphMedian(graphTS0,cutSigma,medianY);
2567     graphTS->Sort();
2568     AliTPCcalibDButil::SmoothGraph(graphTS,deltaT);
2569     if (pcstream){
2570       Int_t run = AliTPCcalibDB::Instance()->GetRun();
2571       (*pcstream)<<"filterCE"<<
2572         "run="<<run<<
2573         "isec="<<i<<
2574         "mY="<<medianY<<
2575         "graph.="<<graph<<
2576         "graphTS0.="<<graphTS0<<
2577         "graphTS.="<<graphTS<<
2578         "\n";
2579     }
2580     delete graphTS0;
2581     if (!graphTS) continue;
2582     arrT->AddAt(graphTS,i);
2583     delete graph;
2584   }
2585   //
2586   // Recalculate the mean time A side C side
2587   //
2588   TArrayF xA(200), yA(200), eA(200), xC(200),yC(200), eC(200);
2589   Int_t meanPoints=(nA+nC)/72;  // mean number of points
2590   for (Int_t itime=0; itime<200; itime++){
2591     nA=0, nC=0;
2592     Double_t time=tmin+(tmax-tmin)*Float_t(itime)/200.;
2593     for (Int_t i=0; i<72;i++){
2594       TGraph *graph= (TGraph*)arrT->At(i);
2595       if (!graph) continue;
2596       if (graph->GetN()<(meanPoints/4)) continue;
2597       if ( (i%36)<18 )  arrA[nA++]=graph->Eval(time);
2598       if ( (i%36)>=18 ) arrC[nC++]=graph->Eval(time);
2599     }
2600     xA[itime]=time;
2601     xC[itime]=time;
2602     yA[itime]=(nA>0)? TMath::Mean(nA,arrA.fArray):0;
2603     yC[itime]=(nC>0)? TMath::Mean(nC,arrC.fArray):0;
2604     eA[itime]=(nA>0)? TMath::RMS(nA,arrA.fArray):0;
2605     eC[itime]=(nC>0)? TMath::RMS(nC,arrC.fArray):0;
2606   }
2607   //
2608   Double_t rmsTA = TMath::RMS(200,yA.fArray)+TMath::Mean(200,eA.fArray);
2609   Double_t rmsTC = TMath::RMS(200,yC.fArray)+TMath::Mean(200,eC.fArray);
2610   if (pcstream){
2611     Int_t run = AliTPCcalibDB::Instance()->GetRun();
2612     (*pcstream)<<"filterAC"<<
2613       "run="<<run<<
2614       "nA="<<nA<<
2615       "nC="<<nC<<
2616       "rmsTA="<<rmsTA<<
2617       "rmsTC="<<rmsTC<<
2618       "\n";
2619   }
2620   //
2621   TGraphErrors *grA = new TGraphErrors(200,xA.fArray,yA.fArray,0, eA.fArray);
2622   TGraphErrors *grC = new TGraphErrors(200,xC.fArray,yC.fArray,0, eC.fArray);
2623   TGraph* graphTSA= FilterGraphMedian(grA,cutSigma,medianY);
2624   if (graphTSA&&graphTSA->GetN()) SmoothGraph(graphTSA,deltaT);
2625   TGraph* graphTSC= FilterGraphMedian(grC,cutSigma,medianY);
2626   if (graphTSC&&graphTSC->GetN()>0) SmoothGraph(graphTSC,deltaT);
2627   delete grA;
2628   delete grC;
2629   if (nA<kMinSectors) arrT->AddAt(0,72);
2630   else arrT->AddAt(graphTSA,72);
2631   if (nC<kMinSectors) arrT->AddAt(0,73);
2632   else arrT->AddAt(graphTSC,73);
2633 }
2634
2635
2636 void AliTPCcalibDButil::FilterTracks(Int_t run, Double_t cutSigma, TTreeSRedirector * const pcstream){
2637   //
2638   // Filter Drift velocity measurement using the tracks
2639   // 0.  remove outlyers - error based
2640   //     cutSigma
2641   //
2642   //
2643   const Int_t kMinPoints=1;  // minimal number of points to define value
2644   TObjArray *arrT=AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
2645   Double_t medianY=0;
2646   if (!arrT) return;
2647   for (Int_t i=0; i<arrT->GetEntries();i++){
2648     TGraphErrors *graph= dynamic_cast<TGraphErrors*>(arrT->At(i));
2649     if (!graph) continue;
2650     if (graph->GetN()<kMinPoints){
2651       delete graph;
2652       arrT->AddAt(0,i);
2653       continue;
2654     }
2655     TGraphErrors *graph2 = NULL;
2656     if(graph->GetN()<10) {
2657       graph2 = new TGraphErrors(graph->GetN(),graph->GetX(),graph->GetY(),graph->GetEX(),graph->GetEY());
2658       if (!graph2) {
2659         delete graph; arrT->AddAt(0,i); continue;
2660       }
2661     }
2662     else {
2663       graph2= FilterGraphMedianErr(graph,cutSigma,medianY);
2664       if (!graph2) {
2665         delete graph; arrT->AddAt(0,i); continue;
2666       }
2667     }
2668     if (graph2->GetN()<1) {
2669       delete graph; arrT->AddAt(0,i); continue;
2670     }
2671     graph2->SetName(graph->GetName());
2672     graph2->SetTitle(graph->GetTitle());
2673     arrT->AddAt(graph2,i);
2674     if (pcstream){
2675       (*pcstream)<<"filterTracks"<<
2676         "run="<<run<<
2677         "isec="<<i<<
2678         "mY="<<medianY<<
2679         "graph.="<<graph<<
2680         "graph2.="<<graph2<<
2681         "\n";
2682     }
2683     delete graph;
2684   }
2685 }
2686
2687
2688
2689
2690
2691 Double_t AliTPCcalibDButil::GetLaserTime0(Int_t run, Int_t timeStamp, Int_t deltaT, Int_t side){
2692   //
2693   //
2694   // get laser time offset
2695   // median around timeStamp+-deltaT
2696   // QA - chi2 needed for later usage - to be added
2697   //    - currently cut on error
2698   //
2699   Int_t kMinPoints=1;
2700   Double_t kMinDelay=0.01;
2701   Double_t kMinDelayErr=0.0001;
2702
2703   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
2704   if (!array) return 0;
2705   TGraphErrors *tlaser=0;
2706   if (array){
2707     if (side==0) tlaser=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_A");
2708     if (side==1) tlaser=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_C");
2709   }
2710   if (!tlaser) return 0;
2711   Int_t npoints0= tlaser->GetN();
2712   if (npoints0==0) return 0;
2713   Double_t *xlaser = new Double_t[npoints0];
2714   Double_t *ylaser = new Double_t[npoints0];
2715   Int_t npoints=0;
2716   for (Int_t i=0;i<npoints0;i++){
2717     //printf("%d\n",i);
2718     if (tlaser->GetY()[i]<=kMinDelay) continue; // filter zeros
2719     if (tlaser->GetErrorY(i)>TMath::Abs(kMinDelayErr)) continue;
2720     xlaser[npoints]=tlaser->GetX()[npoints];
2721     ylaser[npoints]=tlaser->GetY()[npoints];
2722     npoints++;
2723   }
2724   //
2725   //
2726   Int_t index0=TMath::BinarySearch(npoints, xlaser, Double_t(timeStamp-deltaT))-1;
2727   Int_t index1=TMath::BinarySearch(npoints, xlaser, Double_t(timeStamp+deltaT))+1;
2728   //if (index1-index0 <kMinPoints) { index1+=kMinPoints; index0-=kMinPoints;}
2729   if (index0<0) index0=0;
2730   if (index1>=npoints-1) index1=npoints-1;
2731   if (index1-index0<kMinPoints) return 0;
2732   //
2733   //Double_t median = TMath::Median(index1-index0, &(ylaser[index0]));
2734     Double_t mean = TMath::Mean(index1-index0, &(ylaser[index0]));
2735   delete [] ylaser;
2736   delete [] xlaser;
2737   return mean;
2738 }
2739
2740
2741
2742
2743 void AliTPCcalibDButil::FilterGoofie(AliDCSSensorArray * goofieArray, Double_t deltaT, Double_t cutSigma, Double_t minVd, Double_t maxVd, TTreeSRedirector * const pcstream){
2744   //
2745   // Filter Goofie data
2746   // goofieArray - points will be filtered
2747   // deltaT      - smmothing time window
2748   // cutSigma    - outler sigma cut in rms
2749   // minVn, maxVd- range absolute cut for variable vd/pt
2750   //             - to be tuned
2751   //
2752   // Ignore goofie if not enough points
2753   //
2754   const Int_t kMinPoints = 3;
2755   //
2756
2757   TGraph *graphvd = goofieArray->GetSensorNum(2)->GetGraph();
2758   TGraph *graphan = goofieArray->GetSensorNum(8)->GetGraph();
2759   TGraph *graphaf = goofieArray->GetSensorNum(9)->GetGraph();
2760   TGraph *graphpt = goofieArray->GetSensorNum(15)->GetGraph();
2761   if (!graphvd) return;
2762   if (graphvd->GetN()<kMinPoints){
2763     delete graphvd;
2764     goofieArray->GetSensorNum(2)->SetGraph(0);
2765     return;
2766   }
2767   //
2768   // 1. Caluclate medians of critical variables
2769   //    drift velcocity
2770   //    P/T
2771   //    area near peak
2772   //    area far  peak
2773   //
2774   Double_t medianpt=0;
2775   Double_t medianvd=0, sigmavd=0;
2776   Double_t medianan=0;
2777   Double_t medianaf=0;
2778   Int_t    entries=graphvd->GetN();
2779   Double_t yvdn[10000];
2780   Int_t nvd=0;
2781   //
2782   for (Int_t ipoint=0; ipoint<entries; ipoint++){
2783     if (graphpt->GetY()[ipoint]<=0.0000001) continue;
2784     if (graphvd->GetY()[ipoint]/graphpt->GetY()[ipoint]<minVd) continue;
2785     if (graphvd->GetY()[ipoint]/graphpt->GetY()[ipoint]>maxVd) continue;
2786     yvdn[nvd++]=graphvd->GetY()[ipoint];
2787   }
2788   if (nvd<kMinPoints){
2789     delete graphvd;
2790     goofieArray->GetSensorNum(2)->SetGraph(0);
2791     return;
2792   }
2793   //
2794   Int_t nuni = TMath::Min(TMath::Nint(nvd*0.4+2), nvd-1);
2795   if (nuni>=kMinPoints){
2796     AliMathBase::EvaluateUni(nvd, yvdn, medianvd,sigmavd,nuni);
2797   }else{
2798     medianvd = TMath::Median(nvd, yvdn);
2799   }
2800
2801   TGraph * graphpt0 = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianAbs(graphpt,10,medianpt);
2802   TGraph * graphpt1 = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(graphpt0,2,medianpt);
2803   TGraph * graphan0 = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianAbs(graphan,10,medianan);
2804   TGraph * graphan1 = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(graphan0,2,medianan);
2805   TGraph * graphaf0 = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianAbs(graphaf,10,medianaf);
2806   TGraph * graphaf1 = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(graphaf0,2,medianaf);
2807   delete graphpt0;
2808   delete graphpt1;
2809   delete graphan0;
2810   delete graphan1;
2811   delete graphaf0;
2812   delete graphaf1;
2813   //
2814   // 2. Make outlyer graph
2815   //
2816   Int_t nOK=0;
2817   TGraph graphOut(*graphvd);
2818   for (Int_t i=0; i<entries;i++){
2819     //
2820     Bool_t isOut=kFALSE;
2821     if (graphpt->GetY()[i]<=0.0000001) {  graphOut.GetY()[i]=1; continue;}
2822     if (graphvd->GetY()[i]/graphpt->GetY()[i]<minVd || graphvd->GetY()[i]/graphpt->GetY()[i]>maxVd) {  graphOut.GetY()[i]=1; continue;}
2823
2824     if (TMath::Abs((graphvd->GetY()[i]/graphpt->GetY()[i])/medianvd-1.)<0.05)
2825       isOut|=kTRUE;
2826     if (TMath::Abs(graphpt->GetY()[i]/medianpt-1.)>0.02) isOut|=kTRUE;
2827     if (TMath::Abs(graphan->GetY()[i]/medianan-1.)>0.2) isOut|=kTRUE;
2828     if (TMath::Abs(graphaf->GetY()[i]/medianaf-1.)>0.2) isOut|=kTRUE;
2829     graphOut.GetY()[i]= (isOut)?1:0;
2830     if (!isOut) nOK++;
2831   }
2832   if (nOK<kMinPoints) {
2833     delete graphvd;
2834     goofieArray->GetSensorNum(2)->SetGraph(0);
2835     return;
2836   }
2837   //
2838   // 3. Filter out outlyers - and smooth
2839   //
2840   TVectorF vmedianArray(goofieArray->NumSensors());
2841   TVectorF vrmsArray(goofieArray->NumSensors());
2842   Double_t xnew[10000];
2843   Double_t ynew[10000];
2844   TObjArray junk;
2845   junk.SetOwner(kTRUE);
2846   Bool_t isOK=kTRUE;
2847   //
2848   //
2849   for (Int_t isensor=0; isensor<goofieArray->NumSensors();isensor++){
2850     isOK=kTRUE;
2851     AliDCSSensor *sensor = goofieArray->GetSensorNum(isensor);
2852     TGraph *graphOld=0, *graphNew=0, * graphNew0=0,*graphNew1=0,*graphNew2=0;
2853     //
2854     if (!sensor) continue;
2855     graphOld = sensor->GetGraph();
2856     if (graphOld) {
2857       sensor->SetGraph(0);
2858       Int_t nused=0;
2859       for (Int_t i=0;i<entries;i++){
2860         if (graphOut.GetY()[i]>0.5) continue;
2861         xnew[nused]=graphOld->GetX()[i];
2862         ynew[nused]=graphOld->GetY()[i];
2863         nused++;
2864       }
2865       graphNew = new TGraph(nused,xnew,ynew);
2866       junk.AddLast(graphNew);
2867       junk.AddLast(graphOld);
2868       Double_t median=0;
2869       graphNew0  = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(graphNew,cutSigma,median);
2870       if (graphNew0!=0){
2871         junk.AddLast(graphNew0);
2872         graphNew1  = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(graphNew0,cutSigma,median);
2873         if (graphNew1!=0){
2874           junk.AddLast(graphNew1);
2875           graphNew2  = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(graphNew1,cutSigma,median);
2876           if (graphNew2!=0) {
2877             vrmsArray[isensor]   =TMath::RMS(graphNew2->GetN(),graphNew2->GetY());
2878             AliTPCcalibDButil::SmoothGraph(graphNew2,deltaT);
2879             AliTPCcalibDButil::SmoothGraph(graphNew2,deltaT);
2880             AliTPCcalibDButil::SmoothGraph(graphNew2,deltaT);
2881             printf("%d\t%f\t%f\n",isensor, median,vrmsArray[isensor]);
2882             vmedianArray[isensor]=median;
2883             //
2884           }
2885         }
2886       }
2887     }
2888     if (!graphOld) {  isOK=kFALSE; graphOld =&graphOut;}
2889     if (!graphNew0) { isOK=kFALSE; graphNew0=graphOld;}
2890     if (!graphNew1) { isOK=kFALSE; graphNew1=graphOld;}
2891     if (!graphNew2) { isOK=kFALSE; graphNew2=graphOld;}
2892     (*pcstream)<<"goofieA"<<
2893       Form("isOK_%d.=",isensor)<<isOK<<
2894       Form("s_%d.=",isensor)<<sensor<<
2895       Form("gr_%d.=",isensor)<<graphOld<<
2896       Form("gr0_%d.=",isensor)<<graphNew0<<
2897       Form("gr1_%d.=",isensor)<<graphNew1<<
2898       Form("gr2_%d.=",isensor)<<graphNew2;
2899     if (isOK) sensor->SetGraph(graphNew2);
2900   }
2901   (*pcstream)<<"goofieA"<<
2902     "vmed.="<<&vmedianArray<<
2903     "vrms.="<<&vrmsArray<<
2904     "\n";
2905   junk.Delete();   // delete temoprary graphs
2906
2907 }
2908
2909
2910
2911
2912
2913 TMatrixD* AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(TObjArray * const array, Float_t minFraction, Int_t minStat, Float_t maxvd){
2914   //
2915   // Make a statistic matrix
2916   // Input parameters:
2917   //   array        - TObjArray of AliRelKalmanAlign
2918   //   minFraction  - minimal ration of accepted tracks
2919   //   minStat      - minimal statistic (number of accepted tracks)
2920   //   maxvd        - maximal deviation for the 1
2921   // Output matrix:
2922   //    columns    - Mean, Median, RMS
2923   //    row        - parameter type (rotation[3], translation[3], drift[3])
2924   if (!array) return 0;
2925   if (array->GetEntries()<=0) return 0;
2926   //  Int_t entries = array->GetEntries();
2927   Int_t entriesFast = array->GetEntriesFast();
2928   TVectorD state(9);
2929   TVectorD *valArray[9];
2930   for (Int_t i=0; i<9; i++){
2931     valArray[i] = new TVectorD(entriesFast);
2932   }
2933   Int_t naccept=0;
2934   for (Int_t ikalman=0; ikalman<entriesFast; ikalman++){
2935     AliRelAlignerKalman * kalman = (AliRelAlignerKalman *) array->UncheckedAt(ikalman);
2936     if (!kalman) continue;
2937     if (TMath::Abs(kalman->GetTPCvdCorr()-1)>maxvd) continue;
2938     if (kalman->GetNUpdates()<minStat) continue;
2939     if (kalman->GetNUpdates()/kalman->GetNTracks()<minFraction) continue;
2940     kalman->GetState(state);
2941     for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++)
2942       (*valArray[ipar])[naccept]=state[ipar];
2943     naccept++;
2944   }
2945   //if (naccept<2) return 0;
2946   if (naccept<1) return 0;
2947   TMatrixD *pstat=new TMatrixD(9,3);
2948   TMatrixD &stat=*pstat;
2949   for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++){
2950     stat(ipar,0)=TMath::Mean(naccept, valArray[ipar]->GetMatrixArray());
2951     stat(ipar,1)=TMath::Median(naccept, valArray[ipar]->GetMatrixArray());
2952     stat(ipar,2)=TMath::RMS(naccept, valArray[ipar]->GetMatrixArray());
2953   }
2954   return pstat;
2955 }
2956
2957
2958 TObjArray *AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(TObjArray * const array, const TMatrixD & stat, Bool_t direction, Float_t sigmaCut){
2959   //
2960   // Smooth the array of AliRelKalmanAlign - detector alignment and drift calibration)
2961   // Input:
2962   //   array     - input array
2963   //   stat      - mean parameters statistic
2964   //   direction -
2965   //   sigmaCut  - maximal allowed deviation from mean in terms of RMS
2966   if (!array) return 0;
2967   if (array->GetEntries()<=0) return 0;
2968   if (!(&stat)) return 0;
2969   // error increase in 1 hour
2970   const Double_t kerrsTime[9]={
2971     0.00001,  0.00001, 0.00001,
2972     0.001,    0.001,   0.001,
2973     0.002,  0.01,   0.001};
2974   //
2975   //
2976   Int_t entries = array->GetEntriesFast();
2977   TObjArray *sArray= new TObjArray(entries);
2978   AliRelAlignerKalman * sKalman =0;
2979   TVectorD state(9);
2980   for (Int_t i=0; i<entries; i++){
2981     Int_t index=(direction)? entries-i-1:i;
2982     AliRelAlignerKalman * kalman = (AliRelAlignerKalman *) array->UncheckedAt(index);
2983     if (!kalman) continue;
2984     Bool_t isOK=kTRUE;
2985     kalman->GetState(state);
2986     for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++){
2987       if (TMath::Abs(state[ipar]-stat(ipar,1))>sigmaCut*stat(ipar,2)) isOK=kFALSE;
2988     }
2989     if (!sKalman &&isOK) {
2990       sKalman=new AliRelAlignerKalman(*kalman);
2991       sKalman->SetRejectOutliers(kFALSE);
2992       sKalman->SetRunNumber(kalman->GetRunNumber());
2993       sKalman->SetTimeStamp(kalman->GetTimeStamp());
2994     }
2995     if (!sKalman) continue;
2996     Double_t deltaT=TMath::Abs(Int_t(kalman->GetTimeStamp())-Int_t(sKalman->GetTimeStamp()))/3600.;
2997     for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++){
2998 //       (*(sKalman->GetStateCov()))(6,6)+=deltaT*errvd*errvd;
2999 //       (*(sKalman->GetStateCov()))(7,7)+=deltaT*errt0*errt0;
3000 //       (*(sKalman->GetStateCov()))(8,8)+=deltaT*errvy*errvy;
3001       (*(sKalman->GetStateCov()))(ipar,ipar)+=deltaT*kerrsTime[ipar]*kerrsTime[ipar];
3002     }
3003     sKalman->SetRunNumber(kalman->GetRunNumber());
3004     if (!isOK) sKalman->SetRunNumber(0);
3005     sArray->AddAt(new AliRelAlignerKalman(*sKalman),index);
3006     if (!isOK) continue;
3007     sKalman->SetRejectOutliers(kFALSE);
3008     sKalman->SetRunNumber(kalman->GetRunNumber());
3009     sKalman->SetTimeStamp(kalman->GetTimeStamp());
3010     sKalman->Merge(kalman);
3011     sArray->AddAt(new AliRelAlignerKalman(*sKalman),index);
3012     //sKalman->Print();
3013   }
3014   return sArray;
3015 }
3016
3017 TObjArray *AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(TObjArray * const arrayP, TObjArray * const arrayM){
3018   //
3019   // Merge 2 RelKalman arrays
3020   // Input:
3021   //   arrayP    - rel kalman in direction plus
3022   //   arrayM    - rel kalman in direction minus
3023   if (!arrayP) return 0;
3024   if (arrayP->GetEntries()<=0) return 0;
3025   if (!arrayM) return 0;
3026   if (arrayM->GetEntries()<=0) return 0;
3027   Int_t entries = arrayP->GetEntriesFast();
3028   TObjArray *array = new TObjArray(arrayP->GetEntriesFast());
3029   for (Int_t i=0; i<entries; i++){
3030      AliRelAlignerKalman * kalmanP = (AliRelAlignerKalman *) arrayP->UncheckedAt(i);
3031      AliRelAlignerKalman * kalmanM = (AliRelAlignerKalman *) arrayM->UncheckedAt(i);
3032      if (!kalmanP) continue;
3033      if (!kalmanM) continue;
3034      AliRelAlignerKalman *kalman = new AliRelAlignerKalman(*kalmanP);
3035      kalman->Merge(kalmanM);
3036      array->AddAt(kalman,i);
3037   }
3038   return array;
3039 }