TPC/AliTPCclustererMI.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.4  2003/03/05 11:16:15  kowal2
  19 Logs added
  20
  21 */
  22
  23
  24
  25
  26 //-------------------------------------------------------
  27 //          Implementation of the TPC clusterer
  28 //
  29 //   Origin: Marian Ivanov
  30 //-------------------------------------------------------
  31
  32 #include "AliTPCclustererMI.h"
  33 #include "AliTPCclusterMI.h"
  34 #include <TObjArray.h>
  35 #include <TFile.h>
  36 #include "AliTPCClustersArray.h"
  37 #include "AliTPCClustersRow.h"
  38 #include "AliDigits.h"
  39 #include "AliSimDigits.h"
  40 #include "AliTPCParam.h"
  41 #include "AliTPCBuffer160.h"
  42 #include "Riostream.h"
  43 #include <TTree.h>
  44
  45 ClassImp(AliTPCclustererMI)
  46
  47
  48
  49 AliTPCclustererMI::AliTPCclustererMI(const AliTPCParam* par)
  50 {
  51   fInput =0;
  52   fOutput=0;
  53   fParam = par;
  54 }
  55 void AliTPCclustererMI::SetInput(TTree * tree)
  56 {
  57   //
  58   // set input tree with digits
  59   //
  60   fInput = tree;
  61   if  (!fInput->GetBranch("Segment")){
  62     cerr<<"AliTPC::Digits2Clusters(): no porper input tree !\n";
  63     fInput=0;
  64     return;
  65   }
  66 }
  67
  68 void AliTPCclustererMI::SetOutput(TTree * tree)
  69 {
  70   //
  71   //
  72   fOutput= tree;
  73   AliTPCClustersRow clrow;
  74   AliTPCClustersRow *pclrow=&clrow;
  75   clrow.SetClass("AliTPCclusterMI");
  76   clrow.SetArray(1); // to make Clones array
  77   fOutput->Branch("Segment","AliTPCClustersRow",&pclrow,32000,200);
  78 }
  79
  80
  81 Float_t  AliTPCclustererMI::GetSigmaY2(Int_t iz){
  82   // sigma y2 = in digits  - we don't know the angle
  83   Float_t z = iz*fParam->GetZWidth();
  84   Float_t sd2 = (z*fParam->GetDiffL()*fParam->GetDiffL())/
  85     (fPadWidth*fPadWidth);
  86   Float_t sres = 0.25;
  87   Float_t res = sd2+sres;
  88   return res;
  89 }
  90
  91
  92 Float_t  AliTPCclustererMI::GetSigmaZ2(Int_t iz){
  93   //sigma z2 = in digits - angle estimated supposing vertex constraint
  94   Float_t z = iz*fZWidth;
  95   Float_t sd2 = (z*fParam->GetDiffL()*fParam->GetDiffL())/(fZWidth*fZWidth);
  96   Float_t angular = fPadLength*(fParam->GetZLength()-z)/(fRx*fZWidth);
  97   angular*=angular;
  98   angular/=12.;
  99   Float_t sres = fParam->GetZSigma()/fZWidth;
 100   sres *=sres;
 101   Float_t res = angular +sd2+sres;
 102   return res;
 103 }
 104
 105 void AliTPCclustererMI::MakeCluster(Int_t k,Int_t max,Int_t *bins, UInt_t m,
 106 AliTPCclusterMI &c)
 107 {
 108   Int_t i0=k/max;  //central pad
 109   Int_t j0=k%max;  //central time bin
 110
 111   // set pointers to data
 112   //Int_t dummy[5] ={0,0,0,0,0};
 113   Int_t * matrix[5]; //5x5 matrix with digits  - indexing i = 0 ..4  j = -2..2
 114   Int_t * resmatrix[5];
 115   for (Int_t di=-2;di<=2;di++){
 116     matrix[di+2]  =  &bins[k+di*max];
 117     resmatrix[di+2]  =  &fResBins[k+di*max];
 118   }
 119   //build matrix with virtual charge
 120   Float_t sigmay2= GetSigmaY2(j0);
 121   Float_t sigmaz2= GetSigmaZ2(j0);
 122
 123   Float_t vmatrix[5][5];
 124   vmatrix[2][2] = matrix[2][0];
 125   c.SetType(0);
 126   c.SetMax(Short_t(vmatrix[2][2])); // write maximal amplitude
 127   for (Int_t di =-1;di <=1;di++)
 128     for (Int_t dj =-1;dj <=1;dj++){
 129       Float_t amp = matrix[di+2][dj];
 130       if ( (amp<2) && (fLoop<2)){
 131         // if under threshold  - calculate virtual charge
 132         Float_t ratio = TMath::Exp(-1.2*TMath::Abs(di)/sigmay2)*TMath::Exp(-1.2*TMath::Abs(dj)/sigmaz2);
 133         amp = ((matrix[2][0]-2)*(matrix[2][0]-2)/(matrix[-di+2][-dj]+2))*ratio;
 134         if (amp>2) amp = 2;
 135         vmatrix[2+di][2+dj]=amp;
 136         vmatrix[2+2*di][2+2*dj]=0;
 137         if ( (di*dj)!=0){
 138           //DIAGONAL ELEMENTS
 139           vmatrix[2+2*di][2+dj] =0;
 140           vmatrix[2+di][2+2*dj] =0;
 141         }
 142         continue;
 143       }
 144       if (amp<4){
 145         //if small  amplitude - below  2 x threshold  - don't consider other one
 146         vmatrix[2+di][2+dj]=amp;
 147         vmatrix[2+2*di][2+2*dj]=0;  // don't take to the account next bin
 148         if ( (di*dj)!=0){
 149           //DIAGONAL ELEMENTS
 150           vmatrix[2+2*di][2+dj] =0;
 151           vmatrix[2+di][2+2*dj] =0;
 152         }
 153         continue;
 154       }
 155       //if bigger then take everything
 156       vmatrix[2+di][2+dj]=amp;
 157       vmatrix[2+2*di][2+2*dj]= matrix[2*di+2][2*dj] ;
 158       if ( (di*dj)!=0){
 159           //DIAGONAL ELEMENTS
 160           vmatrix[2+2*di][2+dj] = matrix[2*di+2][dj];
 161           vmatrix[2+di][2+2*dj] = matrix[2+di][dj*2];
 162         }
 163     }
 164
 165
 166
 167   Float_t sumw=0;
 168   Float_t sumiw=0;
 169   Float_t sumi2w=0;
 170   Float_t sumjw=0;
 171   Float_t sumj2w=0;
 172   //
 173   for (Int_t i=-2;i<=2;i++)
 174     for (Int_t j=-2;j<=2;j++){
 175       Float_t amp = vmatrix[i+2][j+2];
 176
 177       sumw    += amp;
 178       sumiw   += i*amp;
 179       sumi2w  += i*i*amp;
 180       sumjw   += j*amp;
 181       sumj2w  += j*j*amp;
 182     }
 183   //
 184   Float_t meani = sumiw/sumw;
 185   Float_t mi2   = sumi2w/sumw-meani*meani;
 186   Float_t meanj = sumjw/sumw;
 187   Float_t mj2   = sumj2w/sumw-meanj*meanj;
 188   //
 189   Float_t ry = mi2/sigmay2;
 190   Float_t rz = mj2/sigmaz2;
 191
 192   //
 193   if ( ( (ry<0.6) || (rz<0.6) ) && fLoop==2) return;
 194   if ( (ry <1.2) && (rz<1.2) ) {
 195     //if cluster looks like expected
 196     //+1.2 deviation from expected sigma accepted
 197     //    c.fMax = FitMax(vmatrix,meani,meanj,TMath::Sqrt(sigmay2),TMath::Sqrt(sigmaz2));
 198
 199     meani +=i0;
 200     meanj +=j0;
 201     //set cluster parameters
 202     c.SetQ(sumw);
 203     c.SetY(meani*fPadWidth);
 204     c.SetZ(meanj*fZWidth);
 205     c.SetSigmaY2(mi2);
 206     c.SetSigmaZ2(mj2);
 207     AddCluster(c);
 208     //remove cluster data from data
 209     for (Int_t di=-2;di<=2;di++)
 210       for (Int_t dj=-2;dj<=2;dj++){
 211         resmatrix[di+2][dj] -= Int_t(vmatrix[di+2][dj+2]);
 212         if (resmatrix[di+2][dj]<0) resmatrix[di+2][dj]=0;
 213       }
 214     resmatrix[2][0] =0;
 215     return;
 216   }
 217   //
 218   //unfolding when neccessary
 219   //
 220
 221   Int_t * matrix2[7]; //7x7 matrix with digits  - indexing i = 0 ..6  j = -3..3
 222   Int_t dummy[7]={0,0,0,0,0,0};
 223   for (Int_t di=-3;di<=3;di++){
 224     matrix2[di+3] =  &bins[k+di*max];
 225     if ((k+di*max)<3)  matrix2[di+3] = &dummy[3];
 226     if ((k+di*max)>fMaxBin-3)  matrix2[di+3] = &dummy[3];
 227   }
 228   Float_t vmatrix2[5][5];
 229   Float_t sumu;
 230   Float_t overlap;
 231   UnfoldCluster(matrix2,vmatrix2,meani,meanj,sumu,overlap);
 232   //
 233   //  c.fMax = FitMax(vmatrix2,meani,meanj,TMath::Sqrt(sigmay2),TMath::Sqrt(sigmaz2));
 234   meani +=i0;
 235   meanj +=j0;
 236   //set cluster parameters
 237   c.SetQ(sumu);
 238   c.SetY(meani*fPadWidth);
 239   c.SetZ(meanj*fZWidth);
 240   c.SetSigmaY2(mi2);
 241   c.SetSigmaZ2(mj2);
 242   c.SetType(Char_t(overlap)+1);
 243   AddCluster(c);
 244
 245   //unfolding 2
 246   meani-=i0;
 247   meanj-=j0;
 248   if (gDebug>4)
 249     printf("%f\t%f\n", vmatrix2[2][2], vmatrix[2][2]);
 250 }
 251
 252
 253
 254 void AliTPCclustererMI::UnfoldCluster(Int_t * matrix2[7], Float_t recmatrix[5][5], Float_t & meani, Float_t & meanj,
 255                                       Float_t & sumu, Float_t & overlap )
 256 {
 257   //
 258   //unfold cluster from input matrix
 259   //data corresponding to cluster writen in recmatrix
 260   //output meani and meanj
 261
 262   //take separatelly y and z
 263
 264   Float_t sum3i[7] = {0,0,0,0,0,0,0};
 265   Float_t sum3j[7] = {0,0,0,0,0,0,0};
 266
 267   for (Int_t k =0;k<7;k++)
 268     for (Int_t l = -1; l<=1;l++){
 269       sum3i[k]+=matrix2[k][l];
 270       sum3j[k]+=matrix2[l+3][k-3];
 271     }
 272   Float_t mratio[3][3]={{1,1,1},{1,1,1},{1,1,1}};
 273   //
 274   //unfold  y
 275   Float_t sum3wi    = 0;  //charge minus overlap
 276   Float_t sum3wio   = 0;  //full charge
 277   Float_t sum3iw    = 0;  //sum for mean value
 278   for (Int_t dk=-1;dk<=1;dk++){
 279     sum3wio+=sum3i[dk+3];
 280     if (dk==0){
 281       sum3wi+=sum3i[dk+3];
 282     }
 283     else{
 284       Float_t ratio =1;
 285       if (  ( ((sum3i[dk+3]+3)/(sum3i[3]-3))+1 < (sum3i[2*dk+3]-3)/(sum3i[dk+3]+3))||
 286            sum3i[dk+3]<=sum3i[2*dk+3] && sum3i[dk+3]>2 ){
 287         Float_t xm2 = sum3i[-dk+3];
 288         Float_t xm1 = sum3i[+3];
 289         Float_t x1  = sum3i[2*dk+3];
 290         Float_t x2  = sum3i[3*dk+3];
 291         Float_t w11   = TMath::Max((Float_t)(4.*xm1-xm2),(Float_t)0.000001);
 292         Float_t w12   = TMath::Max((Float_t)(4 *x1 -x2),(Float_t)0.);
 293         ratio = w11/(w11+w12);
 294         for (Int_t dl=-1;dl<=1;dl++)
 295           mratio[dk+1][dl+1] *= ratio;
 296       }
 297       Float_t amp = sum3i[dk+3]*ratio;
 298       sum3wi+=amp;
 299       sum3iw+= dk*amp;
 300     }
 301   }
 302   meani = sum3iw/sum3wi;
 303   Float_t overlapi = (sum3wio-sum3wi)/sum3wio;
 304
 305
 306
 307   //unfold  z
 308   Float_t sum3wj    = 0;  //charge minus overlap
 309   Float_t sum3wjo   = 0;  //full charge
 310   Float_t sum3jw    = 0;  //sum for mean value
 311   for (Int_t dk=-1;dk<=1;dk++){
 312     sum3wjo+=sum3j[dk+3];
 313     if (dk==0){
 314       sum3wj+=sum3j[dk+3];
 315     }
 316     else{
 317       Float_t ratio =1;
 318       if ( ( ((sum3j[dk+3]+3)/(sum3j[3]-3))+1 < (sum3j[2*dk+3]-3)/(sum3j[dk+3]+3)) ||
 319            (sum3j[dk+3]<=sum3j[2*dk+3] && sum3j[dk+3]>2)){
 320         Float_t xm2 = sum3j[-dk+3];
 321         Float_t xm1 = sum3j[+3];
 322         Float_t x1  = sum3j[2*dk+3];
 323         Float_t x2  = sum3j[3*dk+3];
 324         Float_t w11   = TMath::Max((Float_t)(4.*xm1-xm2),(Float_t)0.000001);
 325         Float_t w12   = TMath::Max((Float_t)(4 *x1 -x2),(Float_t)0.);
 326         ratio = w11/(w11+w12);
 327         for (Int_t dl=-1;dl<=1;dl++)
 328           mratio[dl+1][dk+1] *= ratio;
 329       }
 330       Float_t amp = sum3j[dk+3]*ratio;
 331       sum3wj+=amp;
 332       sum3jw+= dk*amp;
 333     }
 334   }
 335   meanj = sum3jw/sum3wj;
 336   Float_t overlapj = (sum3wjo-sum3wj)/sum3wjo;
 337   overlap = Int_t(100*TMath::Max(overlapi,overlapj)+3);
 338   sumu = (sum3wj+sum3wi)/2.;
 339
 340   if (overlap ==3) {
 341     //if not overlap detected remove everything
 342     for (Int_t di =-2; di<=2;di++)
 343       for (Int_t dj =-2; dj<=2;dj++){
 344         recmatrix[di+2][dj+2] = matrix2[3+di][dj];
 345       }
 346   }
 347   else{
 348     for (Int_t di =-1; di<=1;di++)
 349       for (Int_t dj =-1; dj<=1;dj++){
 350         Float_t ratio =1;
 351         if (mratio[di+1][dj+1]==1){
 352           recmatrix[di+2][dj+2]     = matrix2[3+di][dj];
 353           if (TMath::Abs(di)+TMath::Abs(dj)>1){
 354             recmatrix[2*di+2][dj+2] = matrix2[3+2*di][dj];
 355             recmatrix[di+2][2*dj+2] = matrix2[3+di][2*dj];
 356           }
 357           recmatrix[2*di+2][2*dj+2] = matrix2[3+2*di][2*dj];
 358         }
 359         else
 360           {
 361             //if we have overlap in direction
 362             recmatrix[di+2][dj+2] = mratio[di+1][dj+1]* matrix2[3+di][dj];
 363             if (TMath::Abs(di)+TMath::Abs(dj)>1){
 364               ratio =  TMath::Min((Float_t)(recmatrix[di+2][dj+2]/(matrix2[3+0*di][1*dj]+1)),(Float_t)1.);
 365               recmatrix[2*di+2][dj+2] = ratio*recmatrix[di+2][dj+2];
 366               //
 367               ratio =  TMath::Min((Float_t)(recmatrix[di+2][dj+2]/(matrix2[3+1*di][0*dj]+1)),(Float_t)1.);
 368               recmatrix[di+2][2*dj+2] = ratio*recmatrix[di+2][dj+2];
 369             }
 370             else{
 371               ratio =  recmatrix[di+2][dj+2]/matrix2[3][0];
 372               recmatrix[2*di+2][2*dj+2] = ratio*recmatrix[di+2][dj+2];
 373             }
 374           }
 375       }
 376   }
 377   if (gDebug>4)
 378     printf("%f\n", recmatrix[2][2]);
 379
 380 }
 381
 382 Float_t AliTPCclustererMI::FitMax(Float_t vmatrix[5][5], Float_t y, Float_t z, Float_t sigmay, Float_t sigmaz)
 383 {
 384   //
 385   // estimate max
 386   Float_t sumteor= 0;
 387   Float_t sumamp = 0;
 388
 389   for (Int_t di = -1;di<=1;di++)
 390     for (Int_t dj = -1;dj<=1;dj++){
 391       if (vmatrix[2+di][2+dj]>2){
 392         Float_t teor = TMath::Gaus(di,y,sigmay*1.2)*TMath::Gaus(dj,z,sigmaz*1.2);
 393         sumteor += teor*vmatrix[2+di][2+dj];
 394         sumamp  += vmatrix[2+di][2+dj]*vmatrix[2+di][2+dj];
 395       }
 396     }
 397   Float_t max = sumamp/sumteor;
 398   return max;
 399 }
 400
 401 void AliTPCclustererMI::AddCluster(AliTPCclusterMI &c){
 402   //
 403   // transform cluster to the global coordinata
 404   // add the cluster to the array
 405   //
 406   Float_t meani = c.GetY()/fPadWidth;
 407   Float_t meanj = c.GetZ()/fZWidth;
 408
 409   Int_t ki = TMath::Nint(meani-3);
 410   if (ki<0) ki=0;
 411   if (ki>=fMaxPad) ki = fMaxPad-1;
 412   Int_t kj = TMath::Nint(meanj-3);
 413   if (kj<0) kj=0;
 414   if (kj>=fMaxTime-3) kj=fMaxTime-4;
 415   // ki and kj shifted to "real" coordinata
 416   if (fRowDig) {
 417     c.SetLabel(fRowDig->GetTrackIDFast(kj,ki,0)-2,0);
 418     c.SetLabel(fRowDig->GetTrackIDFast(kj,ki,1)-2,1);
 419     c.SetLabel(fRowDig->GetTrackIDFast(kj,ki,2)-2,2);
 420   }
 421
 422
 423   Float_t s2 = c.GetSigmaY2();
 424   Float_t w=fParam->GetPadPitchWidth(fSector);
 425
 426   c.SetSigmaY2(s2*w*w);
 427   s2 = c.GetSigmaZ2();
 428   w=fZWidth;
 429   c.SetSigmaZ2(s2*w*w);
 430   c.SetY((meani - 2.5 - 0.5*fMaxPad)*fParam->GetPadPitchWidth(fSector));
 431   c.SetZ(fZWidth*(meanj-3));
 432   c.SetZ(c.GetZ()   - 3.*fParam->GetZSigma()); // PASA delay
 433   c.SetZ(fSign*(fParam->GetZLength() - c.GetZ()));
 434
 435   if (ki<=1 || ki>=fMaxPad-1 || kj==1 || kj==fMaxTime-2) {
 436     //c.SetSigmaY2(c.GetSigmaY2()*25.);
 437     //c.SetSigmaZ2(c.GetSigmaZ2()*4.);
 438     c.SetType(-(c.GetType()+3));  //edge clusters
 439   }
 440   if (fLoop==2) c.SetType(100);
 441
 442   TClonesArray * arr = fRowCl->GetArray();
 443   // AliTPCclusterMI * cl =
 444   new ((*arr)[fNcluster]) AliTPCclusterMI(c);
 445
 446   fNcluster++;
 447 }
 448
 449
 450 //_____________________________________________________________________________
 451 void AliTPCclustererMI::Digits2Clusters(const AliTPCParam *par, Int_t eventn)
 452 {
 453   //-----------------------------------------------------------------
 454   // This is a simple cluster finder.
 455   //-----------------------------------------------------------------
 456   TDirectory *savedir=gDirectory;
 457
 458  if (fInput==0){
 459     cerr<<"AliTPC::Digits2Clusters(): input tree not initialised !\n";
 460     return;
 461   }
 462
 463   if (fOutput==0) {
 464      cerr<<"AliTPC::Digits2Clusters(): output tree not initialised !\n";
 465      return;
 466   }
 467
 468   AliSimDigits digarr, *dummy=&digarr;
 469   fRowDig = dummy;
 470   fInput->GetBranch("Segment")->SetAddress(&dummy);
 471   Stat_t nentries = fInput->GetEntries();
 472
 473   fMaxTime=par->GetMaxTBin()+6; // add 3 virtual time bins before and 3   after
 474
 475   fParam = par;
 476   ((AliTPCParam*)par)->Write(par->GetTitle());
 477
 478   Int_t nclusters  = 0;
 479
 480   for (Int_t n=0; n<nentries; n++) {
 481     fInput->GetEvent(n);
 482     Int_t row;
 483     if (!par->AdjustSectorRow(digarr.GetID(),fSector,row)) {
 484       cerr<<"AliTPC warning: invalid segment ID ! "<<digarr.GetID()<<endl;
 485       continue;
 486     }
 487
 488     AliTPCClustersRow *clrow= new AliTPCClustersRow();
 489     fRowCl = clrow;
 490     clrow->SetClass("AliTPCclusterMI");
 491     clrow->SetArray(1);
 492
 493     clrow->SetID(digarr.GetID());
 494     fOutput->GetBranch("Segment")->SetAddress(&clrow);
 495     fRx=par->GetPadRowRadii(fSector,row);
 496
 497
 498     const Int_t kNIS=par->GetNInnerSector(), kNOS=par->GetNOuterSector();
 499     fZWidth = fParam->GetZWidth();
 500     if (fSector < kNIS) {
 501       fMaxPad = par->GetNPadsLow(row);
 502       fSign = (fSector < kNIS/2) ? 1 : -1;
 503       fPadLength = par->GetPadPitchLength(fSector,row);
 504       fPadWidth = par->GetPadPitchWidth();
 505     } else {
 506       fMaxPad = par->GetNPadsUp(row);
 507       fSign = ((fSector-kNIS) < kNOS/2) ? 1 : -1;
 508       fPadLength = par->GetPadPitchLength(fSector,row);
 509       fPadWidth  = par->GetPadPitchWidth();
 510     }
 511
 512
 513     fMaxBin=fMaxTime*(fMaxPad+6);  // add 3 virtual pads  before and 3 after
 514     fBins    =new Int_t[fMaxBin];
 515     fResBins =new Int_t[fMaxBin];  //fBins with residuals after 1 finder loop
 516     memset(fBins,0,sizeof(Int_t)*fMaxBin);
 517
 518     if (digarr.First()) //MI change
 519       do {
 520         Short_t dig=digarr.CurrentDigit();
 521         if (dig<=par->GetZeroSup()) continue;
 522         Int_t j=digarr.CurrentRow()+3, i=digarr.CurrentColumn()+3;
 523         fBins[i*fMaxTime+j]=dig;
 524       } while (digarr.Next());
 525     digarr.ExpandTrackBuffer();
 526
 527     FindClusters();
 528
 529     fOutput->Fill();
 530     delete clrow;
 531     nclusters+=fNcluster;
 532     delete[] fBins;
 533     delete[] fResBins;
 534   }
 535   cerr<<"Number of found clusters : "<<nclusters<<"                        \n";
 536
 537   fOutput->Write();
 538   savedir->cd();
 539 }
 540
 541 void AliTPCclustererMI::Digits2Clusters(const char* fileName)
 542 {
 543 //-----------------------------------------------------------------
 544 // This is a cluster finder for raw data.
 545 //
 546 // It assumes, that the input file contains uncompressed data
 547 // in TPC Altro format without mini headers.
 548 // It also assumes, that the data is sorted in a such a way that
 549 // data from different pad rows is not mixed. The order of pads
 550 // in a pad row can be random.
 551 //-----------------------------------------------------------------
 552
 553   TDirectory* savedir = gDirectory;
 554
 555   AliTPCBuffer160 buffer(fileName, 0);  // buffer for reading raw data
 556   fRowDig = NULL;
 557   if (!fOutput) {
 558     Error("Digits2Clusters", "output tree not initialised !\n");
 559     return;
 560   }
 561   fOutput->GetCurrentFile()->cd();
 562   const_cast<AliTPCParam*>(fParam)->Write();
 563
 564   Int_t nclusters  = 0;
 565
 566   fMaxTime = fParam->GetMaxTBin() + 6; // add 3 virtual time bins before and 3 after
 567   const Int_t kNIS = fParam->GetNInnerSector();
 568   const Int_t kNOS = fParam->GetNOuterSector();
 569   fZWidth = fParam->GetZWidth();
 570   Int_t zeroSup = fParam->GetZeroSup();
 571   Int_t offset = 1;
 572
 573   Int_t nWords, iPad, iRow;
 574   Int_t prevSector = -1;
 575   Int_t prevRow = -1;
 576   fBins = NULL;
 577   while (buffer.ReadTrailerBackward(nWords, iPad, iRow, fSector) == 0) {
 578     Int_t nSkip = (4 - (nWords % 4)) % 4;
 579
 580     // when the sector or row number has changed ...
 581     if ((fSector != prevSector) || (iRow != prevRow)) {
 582
 583       // ... find clusters in the previous pad row, and ...
 584       if (fBins) {
 585         FindClusters();
 586
 587         fOutput->Fill();
 588         delete fRowCl;
 589         nclusters += fNcluster;
 590         delete[] fBins;
 591         delete[] fResBins;
 592       }
 593
 594       // ... prepare for the next pad row
 595       fRowCl = new AliTPCClustersRow;
 596       fRowCl->SetClass("AliTPCclusterMI");
 597       fRowCl->SetArray(1);
 598
 599       fRowCl->SetID(fParam->GetIndex(fSector, iRow));
 600       fOutput->GetBranch("Segment")->SetAddress(&fRowCl);
 601       fRx = fParam->GetPadRowRadii(fSector, iRow);
 602
 603       if (fSector < kNIS) {
 604         fMaxPad = fParam->GetNPadsLow(iRow);
 605         fSign = (fSector < kNIS/2) ? 1 : -1;
 606       } else {
 607         fMaxPad = fParam->GetNPadsUp(iRow);
 608         fSign = ((fSector-kNIS) < kNOS/2) ? 1 : -1;
 609       }
 610       fPadLength = fParam->GetPadPitchLength(fSector, iRow);
 611       fPadWidth  = fParam->GetPadPitchWidth();
 612
 613       fMaxBin = fMaxTime*(fMaxPad+6);  // add 3 virtual pads  before and 3 after
 614       fBins    = new Int_t[fMaxBin];
 615       fResBins = new Int_t[fMaxBin];  //fBins with residuals after 1 finder loop
 616       memset(fBins, 0, sizeof(Int_t)*fMaxBin);
 617
 618       prevSector = fSector;
 619       prevRow = iRow;
 620     }
 621
 622     // fill fBins with digits data
 623     for (Int_t iWord = 0; iWord < nSkip; iWord++) {
 624       if (buffer.GetNextBackWord() != 0x2AA) {
 625         Error("Digits2Clusters", "could not read dummy data\n");
 626         break;
 627       }
 628     }
 629     while (nWords > 0) {
 630       Int_t bunchLength = buffer.GetNextBackWord() - 2;
 631       if (bunchLength < 0) {
 632         Error("Digits2Clusters", "could not read bunch length\n");
 633         break;
 634       }
 635       Int_t timeBin = buffer.GetNextBackWord();
 636       if (timeBin < 0) {
 637         Error("Digits2Clusters", "could not read time bin\n");
 638         break;
 639       }
 640       for (Int_t iTimeBin = timeBin; iTimeBin > timeBin-bunchLength; iTimeBin--) {
 641         Int_t dig = buffer.GetNextBackWord();
 642         if (dig < 0) {
 643           Error("Digits2Clusters", "could not read sample amplitude\n");
 644           break;
 645         }
 646         dig += offset;
 647         if (dig <= zeroSup) continue;
 648         Int_t i = iPad + 3;
 649         Int_t j = iTimeBin + 3;
 650         fBins[i*fMaxTime+j] = dig;
 651       }
 652       nWords -= 2+bunchLength;
 653     }
 654   }
 655
 656   // find clusters in the last pad row
 657   if (fBins) {
 658     FindClusters();
 659
 660     fOutput->Fill();
 661     delete fRowCl;
 662     nclusters += fNcluster;
 663     delete[] fBins;
 664     delete[] fResBins;
 665   }
 666
 667   Info("Digits2Clusters", "Number of found clusters : %d\n", nclusters);
 668
 669   fOutput->Write();
 670   savedir->cd();
 671 }
 672
 673 void AliTPCclustererMI::FindClusters()
 674 {
 675   //add virtual charge at the edge
 676   for (Int_t i=0; i<fMaxTime; i++){
 677     Float_t amp1 = fBins[i+3*fMaxTime];
 678     Float_t amp0 =0;
 679     if (amp1>0){
 680       Float_t amp2 = fBins[i+4*fMaxTime];
 681       if (amp2==0) amp2=0.5;
 682       Float_t sigma2 = GetSigmaY2(i);
 683       amp0 = (amp1*amp1/amp2)*TMath::Exp(-1./sigma2);
 684       if (gDebug>4) printf("\n%f\n",amp0);
 685     }
 686     fBins[i+2*fMaxTime] = Int_t(amp0);
 687     amp0 = 0;
 688     amp1 = fBins[(fMaxPad+2)*fMaxTime+i];
 689     if (amp1>0){
 690       Float_t amp2 = fBins[i+(fMaxPad+1)*fMaxTime];
 691       if (amp2==0) amp2=0.5;
 692       Float_t sigma2 = GetSigmaY2(i);
 693       amp0 = (amp1*amp1/amp2)*TMath::Exp(-1./sigma2);
 694       if (gDebug>4) printf("\n%f\n",amp0);
 695     }
 696     fBins[(fMaxPad+3)*fMaxTime+i] = Int_t(amp0);
 697   }
 698
 699 //  memcpy(fResBins,fBins, fMaxBin*2);
 700   memcpy(fResBins,fBins, fMaxBin);
 701   //
 702   fNcluster=0;
 703   //first loop - for "gold cluster"
 704   fLoop=1;
 705   Int_t *b=&fBins[-1]+2*fMaxTime;
 706   Int_t crtime = Int_t((fParam->GetZLength()-1.05*fRx)/fZWidth-5);
 707
 708   for (Int_t i=2*fMaxTime; i<fMaxBin-2*fMaxTime; i++) {
 709     b++;
 710     if (*b<8) continue;   //threshold form maxima
 711     if (i%fMaxTime<crtime) {
 712       Int_t delta = -(i%fMaxTime)+crtime;
 713       b+=delta;
 714       i+=delta;
 715       continue;
 716     }
 717
 718     if (!IsMaximum(*b,fMaxTime,b)) continue;
 719     AliTPCclusterMI c;
 720     Int_t dummy=0;
 721     MakeCluster(i, fMaxTime, fBins, dummy,c);
 722     //}
 723   }
 724   //memcpy(fBins,fResBins, fMaxBin*2);
 725   //second  loop - for rest cluster
 726   /*
 727   fLoop=2;
 728   b=&fResBins[-1]+2*fMaxTime;
 729   for (Int_t i=2*fMaxTime; i<fMaxBin-2*fMaxTime; i++) {
 730     b++;
 731     if (*b<25) continue;   // bigger threshold for maxima
 732     if (!IsMaximum(*b,fMaxTime,b)) continue;
 733     AliTPCclusterMI c;
 734     Int_t dummy;
 735     MakeCluster(i, fMaxTime, fResBins, dummy,c);
 736     //}
 737   }
 738   */
 739 }