TRD/AliTRDalignment.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  18 //                                                                           //
  19 // An AliTRDalignment object contains the alignment data (3 shifts and 3     //
  20 // tilts) for all the alignable volumes of the TRD, i.e. for 18 supermodules //
  21 // and 540 chambers. The class provides simple tools for reading and writing //
  22 // these data in different formats, and for generating fake data that can be //
  23 // used to simulate misalignment.                                            //
  24 // The six alignment variables have the following meaning:                   //
  25 // shift in rphi                                                             //
  26 // shift in z                                                                //
  27 // shift in r                                                                //
  28 // tilt around rphi                                                          //
  29 // tilt around z                                                             //
  30 // tilt around r                                                             //
  31 // The shifts are in cm and the tilts are in degrees.                        //
  32 // The currently supported formats are:                                      //
  33 // - ascii                                                                   //
  34 // - root file containing a TClonesArray of alignment objects                //
  35 // - offline conditions database                                             //
  36 // - OCDB-like root file                                                     //
  37 // - geometry file (like misaligned_geometry.root)                           //
  38 //                                                                           //
  39 // Some examples of usage (in an aliroot session):                           //
  40 // AliTRDalignment a,b,c,d,e;                                                //
  41 // double xsm[]={0,0,0,-70,0,0};                                             //
  42 // double xch[]={0,0,-50,0,0,0};                                             //
  43 // a.SetSm(4,xsm);                                                           //
  44 // a.SetCh(120,xch);                                                         //
  45 // a.WriteAscii("kuku.dat");                                                 //
  46 // TGeoManager::Import("geometry.root"); a.WriteRoot("kuku.root");           //
  47 // TGeoManager::Import("geometry.root"); a.WriteDB("kukudb.root",0,0);       //
  48 // TGeoManager::Import("geometry.root");                                     //
  49 // a.WriteDB("local://$ALICE_ROOT/OCDB", "TRD/Align/Data", 0,0);                  //
  50 // TGeoManager::Import("geometry.root"); a.WriteGeo("kukugeometry.root");    //
  51 //                                                                           //
  52 // b.ReadAscii("kuku.dat");                                                  //
  53 // TGeoManager::Import("geometry.root"); c.ReadRoot("kuku.root");            //
  54 // TGeoManager::Import("geometry.root"); d.ReadDB("kukudb.root");            //
  55 // TGeoManager::Import("kukugeometry.root"); e.ReadCurrentGeo();             //
  56 //                                                                           //
  57 // e.PrintSm(4);                                                             //
  58 // e.PrintCh(120);                                                           //
  59 // a.PrintRMS();                                                             //
  60 // b.PrintRMS();                                                             //
  61 // e.PrintRMS();                                                             //
  62 //                                                                           //
  63 //                                                                           //
  64 // D.Miskowiec, November 2006                                                //
  65 //                                                                           //
  66 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  67
  68 #include <iostream>
  69 #include <fstream>
  70
  71 #include "TMath.h"
  72 #include "TFile.h"
  73 #include "TGeoManager.h"
  74 #include "TGeoPhysicalNode.h"
  75 #include "TClonesArray.h"
  76 #include "TString.h"
  77 #include "TFitter.h"
  78 #include "TMinuit.h"
  79
  80 #include "AliLog.h"
  81 #include "AliAlignObj.h"
  82 #include "AliAlignObjParams.h"
  83 #include "AliCDBManager.h"
  84 #include "AliCDBStorage.h"
  85 #include "AliCDBMetaData.h"
  86 #include "AliCDBEntry.h"
  87 #include "AliSurveyObj.h"
  88 #include "AliSurveyPoint.h"
  89
  90 #include "AliTRDalignment.h"
  91
  92 void trdAlignmentFcn(Int_t &npar, Double_t *gin, Double_t &f, Double_t *x, Int_t iflag);
  93
  94 ClassImp(AliTRDalignment)
  95
  96 //_____________________________________________________________________________
  97 AliTRDalignment::AliTRDalignment()
  98   :TObject()
  99   ,fComment()
 100   ,fRan(0)
 101 {
 102   //
 103   // constructor
 104   //
 105
 106   SetZero();
 107
 108   for (int i=0; i<18; i++) for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 109     fSurveyX[i][j][k][l] = 0.0;
 110     fSurveyY[i][j][k][l] = 0.0;
 111     fSurveyZ[i][j][k][l] = 0.0;
 112     fSurveyEX[i][j][k][l] = 0.0;
 113     fSurveyEY[i][j][k][l] = 0.0;
 114     fSurveyEZ[i][j][k][l] = 0.0;
 115   }
 116
 117   // Initialize the nominal positions of the survey points
 118   // in the local frame of supermodule (where y is the long side,
 119   // z corresponds to the radius in lab, and x to the phi in lab).
 120   // Four survey marks are on each z-side of the supermodule.
 121   //               A           B
 122   //           ----o-----------o----        x |
 123   //           \                   /          |
 124   //            \                 /           |
 125   //             \               /            |
 126   //              \             /             |
 127   //               ---o-----o---              -------------->
 128   //                  C     D                              y
 129   //
 130   // For the purpose of this explanation lets define the origin such that
 131   // the supermodule occupies 0 < x < 77.9 cm. Then the coordinates (x,y)
 132   // are (in cm)
 133   // A (76.2,-30.25)
 134   // B (76.2,+30.25)
 135   // C ( 2.2,-22.5 )
 136   // D ( 2.2,+22.5 )
 137   //
 138
 139   double x[2] = {22.5,30.25};                   // lab phi, or tracking-y
 140   double y[2] = {353.0, -353.0};                // lab z; inc. 2 cm survey target offset
 141   double z[2] = {-(77.9/2.0-2.0),77.9/2.0-1.5}; // lab r, or better tracking-x
 142
 143   for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 144     fSurveyX0[j][k][l] = -TMath::Power(-1,l) * x[k];
 145     fSurveyY0[j][k][l] = y[j];
 146     fSurveyZ0[j][k][l] = z[k];
 147   }
 148
 149 }
 150
 151 //_____________________________________________________________________________
 152 AliTRDalignment::AliTRDalignment(const AliTRDalignment& source)
 153   :TObject(source)
 154   ,fComment(source.fComment)
 155   ,fRan(source.fRan)
 156 {
 157   //
 158   // copy constructor
 159   //
 160
 161   for (int i=0; i<18; i++) SetSm(i,source.fSm[i]);
 162   for (int i=0; i<540; i++) SetCh(i,source.fCh[i]);
 163   for (int i=0; i<18; i++) for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 164     fSurveyX[i][j][k][l] = source.fSurveyX[i][j][k][l];
 165     fSurveyY[i][j][k][l] = source.fSurveyY[i][j][k][l];
 166     fSurveyZ[i][j][k][l] = source.fSurveyZ[i][j][k][l];
 167     fSurveyEX[i][j][k][l] = source.fSurveyEX[i][j][k][l];
 168     fSurveyEY[i][j][k][l] = source.fSurveyEY[i][j][k][l];
 169     fSurveyEZ[i][j][k][l] = source.fSurveyEZ[i][j][k][l];
 170   }
 171   for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 172     fSurveyX0[j][k][l] = source.fSurveyX0[j][k][l];
 173     fSurveyY0[j][k][l] = source.fSurveyY0[j][k][l];
 174     fSurveyZ0[j][k][l] = source.fSurveyZ0[j][k][l];
 175   }
 176
 177 }
 178
 179 //_____________________________________________________________________________
 180 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator=(const AliTRDalignment &source)
 181 {
 182   //
 183   // assignment operator
 184   //
 185
 186   if (this != &source) {
 187     for (int i = 0; i <  18; i++) SetSm(i,source.fSm[i]);
 188     for (int i = 0; i < 540; i++) SetCh(i,source.fCh[i]);
 189     for (int i=0; i<18; i++) for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 190       fSurveyX[i][j][k][l] = source.fSurveyX[i][j][k][l];
 191       fSurveyY[i][j][k][l] = source.fSurveyY[i][j][k][l];
 192       fSurveyZ[i][j][k][l] = source.fSurveyZ[i][j][k][l];
 193       fSurveyEX[i][j][k][l] = source.fSurveyEX[i][j][k][l];
 194       fSurveyEY[i][j][k][l] = source.fSurveyEY[i][j][k][l];
 195       fSurveyEZ[i][j][k][l] = source.fSurveyEZ[i][j][k][l];
 196     }
 197     for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 198       fSurveyX0[j][k][l] = source.fSurveyX0[j][k][l];
 199       fSurveyY0[j][k][l] = source.fSurveyY0[j][k][l];
 200       fSurveyZ0[j][k][l] = source.fSurveyZ0[j][k][l];
 201     }
 202     fComment = source.fComment;
 203   }
 204
 205   return *this;
 206
 207 }
 208
 209 //_____________________________________________________________________________
 210 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator*=(double fac)
 211 {
 212   //
 213   // multiplication operator
 214   //
 215
 216   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fSm[i][j] *= fac;
 217   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fCh[i][j] *= fac;
 218
 219   return *this;
 220
 221 }
 222
 223 //_____________________________________________________________________________
 224 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator+=(const AliTRDalignment &source)
 225 {
 226   //
 227   // addition operator
 228   //
 229
 230   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fSm[i][j] += source.fSm[i][j];
 231   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fCh[i][j] += source.fCh[i][j];
 232
 233   return *this;
 234
 235 }
 236
 237 //_____________________________________________________________________________
 238 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator-=(const AliTRDalignment &source)
 239 {
 240   //
 241   // subtraction operator
 242   //
 243
 244   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) fSm[i][j] -= source.fSm[i][j];
 245   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) fCh[i][j] -= source.fCh[i][j];
 246
 247   return *this;
 248
 249 }
 250
 251 //_____________________________________________________________________________
 252 Bool_t AliTRDalignment::operator==(const AliTRDalignment &source) const
 253 {
 254   //
 255   // comparison operator
 256   //
 257
 258   Bool_t areEqual = 1;
 259
 260   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) areEqual &= (fSm[i][j] == source.fSm[i][j]);
 261   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) areEqual &= (fCh[i][j] == source.fCh[i][j]);
 262
 263   return areEqual;
 264
 265 }
 266
 267 //_____________________________________________________________________________
 268 void AliTRDalignment::SetSmZero()
 269 {
 270   //
 271   // reset to zero supermodule data
 272   //
 273
 274   memset(&fSm[0][0],0,sizeof(fSm));
 275
 276 }
 277
 278 //_____________________________________________________________________________
 279 void AliTRDalignment::SetChZero()
 280 {
 281   //
 282   // reset to zero chamber data
 283   //
 284
 285   memset(&fCh[0][0],0,sizeof(fCh));
 286
 287 }
 288
 289 //_____________________________________________________________________________
 290 void AliTRDalignment::SetSmRandom(double a[6])
 291 {
 292   //
 293   // generate random gaussian supermodule data with sigmas a
 294   //
 295
 296   double x[6];
 297   double xmax[6]={999, 0.6, 999, 999, 999, 999};
 298
 299   for (int i = 0; i < 18; i++) {
 300     for (int j = 0; j < 6; j++) {
 301       do {x[j] = fRan.Gaus(0,a[j]);} while (TMath::Abs(x[j]) > xmax[j]);
 302     }
 303     SetSm(i,x);
 304     //PrintSm(i);
 305   }
 306
 307 }
 308
 309 //_____________________________________________________________________________
 310 void AliTRDalignment::SetChRandom(double a[6])
 311 {
 312   //
 313   // generate random gaussian chamber data with sigmas a
 314   //
 315
 316   double x[6];
 317
 318   for (int i = 0; i < 540; i++) {
 319     fRan.Rannor(x[0],x[1]);
 320     fRan.Rannor(x[2],x[3]);
 321     fRan.Rannor(x[4],x[5]);
 322     for (int j = 0; j < 6; j++) x[j] *= a[j];
 323     SetCh(i,x);
 324     //PrintCh(i);
 325   }
 326
 327 }
 328
 329 //_____________________________________________________________________________
 330 void AliTRDalignment::SetSmFull()
 331 {
 332   //
 333   // generate random gaussian supermodule data similar to the misalignment
 334   // expected from the mechanical precision
 335   //
 336
 337   double a[6];
 338
 339   a[0] = 0.3; // phi
 340   a[1] = 0.3; // z
 341   a[2] = 0.3; // r
 342   a[3] = 0.4/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // phi
 343   a[4] = 2.0/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // z
 344   a[5] = 0.4/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // r
 345
 346   SetSmRandom(a);
 347
 348 }
 349
 350 //_____________________________________________________________________________
 351 void AliTRDalignment::SetChFull()
 352 {
 353   //
 354   // generate random gaussian chamber data similar to the misalignment
 355   // expected from the mechanical precision
 356   //
 357
 358   double a[6];
 359
 360   a[0] = 0.1; // phi
 361   a[1] = 0.1; // z
 362   a[2] = 0.1; // r
 363   a[3] = 1.0/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // phi
 364   a[4] = 1.0/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // z
 365   a[5] = 0.7/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // r
 366
 367   SetChRandom(a);
 368
 369 }
 370
 371 //_____________________________________________________________________________
 372 void AliTRDalignment::SetSmResidual()
 373 {
 374   //
 375   // generate random gaussian supermodule data similar to the misalignment
 376   // remaining after full calibration
 377   // I assume that it will be negligible
 378   //
 379
 380   SetSmZero();
 381
 382 }
 383
 384 //_____________________________________________________________________________
 385 void AliTRDalignment::SetChResidual()
 386 {
 387   //
 388   // generate random gaussian chamber data similar to the misalignment
 389   // remaining after full calibration
 390   //
 391
 392   double a[6];
 393
 394   a[0] = 0.002; // phi
 395   a[1] = 0.003; // z
 396   a[2] = 0.007; // r
 397   a[3] = 0.3/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // phi
 398   a[4] = 0.3/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // z
 399   a[5] = 0.1/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // r
 400
 401   SetChRandom(a);
 402
 403 }
 404
 405 //_____________________________________________________________________________
 406 void AliTRDalignment::PrintSm(int i, FILE * const fp) const
 407 {
 408   //
 409   // print the supermodule data
 410   //
 411
 412   fprintf(fp,"%4d   %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f   %6d  %s\n"
 413          ,i,fSm[i][0],fSm[i][1],fSm[i][2],fSm[i][3],fSm[i][4],fSm[i][5]
 414          ,0,GetSmName(i));
 415
 416 }
 417
 418 //_____________________________________________________________________________
 419 void AliTRDalignment::PrintCh(int i, FILE * const fp) const
 420 {
 421   //
 422   // print the chamber data
 423   //
 424
 425   fprintf(fp,"%4d   %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f   %6d  %s\n"
 426          ,i,fCh[i][0],fCh[i][1],fCh[i][2],fCh[i][3],fCh[i][4],fCh[i][5]
 427          ,GetVoi(i),GetChName(i));
 428
 429 }
 430
 431 //_____________________________________________________________________________
 432 void AliTRDalignment::ReadAscii(const char * const filename)
 433 {
 434   //
 435   // read the alignment data from ascii file
 436   //
 437
 438   double x[6];      // alignment data
 439   int volid;        // volume id
 440   std::string syna; // symbolic name
 441   int j;            // dummy index
 442
 443   fstream fi(filename,fstream::in);
 444   if (!fi) {
 445     AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 446     return;
 447   }
 448
 449   // supermodules
 450
 451   for (int i = 0; i < 18; i++) {
 452     fi>>j>>x[0]>>x[1]>>x[2]>>x[3]>>x[4]>>x[5]>>volid>>syna;
 453     if (j != i) AliError(Form("sm %d expected, %d found",i,j));
 454     if (volid != 0) AliError(Form("sm %d volume id %d expected, %d found",i,0,volid));
 455     std::string symnam = GetSmName(i);
 456     if (syna != symnam) AliError(Form("sm %d name %s expected, %s found",i,symnam.data(),syna.data()));
 457     SetSm(i,x);
 458   }
 459
 460   // chambers
 461
 462   for (int i = 0; i < 540; i++) {
 463     fi>>j>>x[0]>>x[1]>>x[2]>>x[3]>>x[4]>>x[5]>>volid>>syna;
 464     if (j != i) AliError(Form("ch %d expected, %d found",i,j));
 465     if (volid != GetVoi(i)) AliError(Form("ch %d volume id %d expected, %d found",i,GetVoi(i),volid));
 466     std::string symnam = GetChName(i);
 467     if (syna != symnam) AliError(Form("ch %d name %s expected, %s found",i,symnam.data(),syna.data()));
 468     SetCh(i,x);
 469   }
 470
 471   fi.close();
 472
 473 }
 474
 475 //_____________________________________________________________________________
 476 void AliTRDalignment::ReadCurrentGeo()
 477 {
 478   //
 479   // use currently loaded geometry to determine misalignment by comparing
 480   // original and misaligned matrix of the last node
 481   // Now, original, does not mean "ideal". It is the matrix before the alignment.
 482   // So, if alignment was applied more than once, the numbers extracted will
 483   // represent just the last alignment. -- check this!
 484   //
 485
 486   TGeoPNEntry *pne;
 487   TGeoHMatrix *ideSm[18];  // ideal
 488   TGeoHMatrix *misSm[18];  // misaligned
 489   for (int i = 0; i < 18; i++) if ((pne = gGeoManager->GetAlignableEntry(GetSmName(i)))) {
 490
 491     // read misaligned and original matrices
 492
 493     TGeoPhysicalNode *node = pne->GetPhysicalNode();
 494     if (!node) AliError(Form("physical node entry %s has no physical node",GetSmName(i)));
 495     if (!node) continue;
 496     misSm[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetNode(node->GetLevel())->GetMatrix());
 497     ideSm[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetOriginalMatrix());
 498
 499     // calculate the local misalignment matrices as inverse misaligned times ideal
 500
 501     TGeoHMatrix mat(ideSm[i]->Inverse());
 502     mat.Multiply(misSm[i]);
 503     double *tra = mat.GetTranslation();
 504     double *rot = mat.GetRotationMatrix();
 505     double pars[6];
 506     pars[0] = tra[0];
 507     pars[1] = tra[1];
 508     pars[2] = tra[2];
 509     if (TMath::Abs(rot[0])<1e-7 || TMath::Abs(rot[8])<1e-7) AliError("Failed to extract roll-pitch-yall angles!");
 510     double raddeg = TMath::RadToDeg();
 511     pars[3] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[5],rot[8]);
 512     pars[4] = raddeg * TMath::ASin(rot[2]);
 513     pars[5] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[1],rot[0]);
 514     SetSm(i,pars);
 515
 516     // cleanup
 517
 518     delete ideSm[i];
 519     delete misSm[i];
 520   }
 521
 522   TGeoHMatrix *ideCh[540]; // ideal
 523   TGeoHMatrix *misCh[540]; // misaligned
 524   for (int i = 0; i < 540; i++) if ((pne = gGeoManager->GetAlignableEntry(GetChName(i)))) {
 525
 526     // read misaligned and original matrices
 527
 528     TGeoPhysicalNode *node = pne->GetPhysicalNode();
 529     if (!node) AliError(Form("physical node entry %s has no physical node",GetChName(i)));
 530     if (!node) continue;
 531     misCh[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetNode(node->GetLevel())->GetMatrix());
 532     ideCh[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetOriginalMatrix());
 533
 534     // calculate the local misalignment matrices as inverse misaligned times ideal
 535
 536     TGeoHMatrix mat(ideCh[i]->Inverse());
 537     mat.Multiply(misCh[i]);
 538     double *tra = mat.GetTranslation();
 539     double *rot = mat.GetRotationMatrix();
 540     double pars[6];
 541     pars[0] = tra[0];
 542     pars[1] = tra[1];
 543     pars[2] = tra[2];
 544     if(TMath::Abs(rot[0])<1e-7 || TMath::Abs(rot[8])<1e-7) {
 545       AliError("Failed to extract roll-pitch-yall angles!");
 546       return;
 547     }
 548     double raddeg = TMath::RadToDeg();
 549     pars[3] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[5],rot[8]);
 550     pars[4] = raddeg * TMath::ASin(rot[2]);
 551     pars[5] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[1],rot[0]);
 552     SetCh(i,pars);
 553
 554     // cleanup
 555     delete ideCh[i];
 556     delete misCh[i];
 557   }
 558
 559   return;
 560
 561 }
 562
 563 //_____________________________________________________________________________
 564 void AliTRDalignment::ReadRoot(const char * const filename)
 565 {
 566   //
 567   // read the alignment data from root file
 568   //
 569
 570   TFile fi(filename,"READ");
 571
 572   if (fi.IsOpen()) {
 573     TClonesArray *ar = (TClonesArray*) fi.Get("TRDAlignObjs");
 574     ArToNumbers(ar);
 575     fi.Close();
 576   }
 577   else AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 578
 579   return;
 580
 581 }
 582
 583 //_____________________________________________________________________________
 584 void AliTRDalignment::ReadDB(const char * const filename)
 585 {
 586   //
 587   // read the alignment data from database file
 588   //
 589
 590   TFile fi(filename,"READ");
 591
 592   if (fi.IsOpen()) {
 593     AliCDBEntry  *e  = (AliCDBEntry *) fi.Get("AliCDBEntry");
 594     e->PrintMetaData();
 595     fComment.SetString(e->GetMetaData()->GetComment());
 596     TClonesArray *ar = (TClonesArray *) e->GetObject();
 597     ArToNumbers(ar);
 598     fi.Close();
 599   }
 600   else AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 601
 602   return;
 603
 604 }
 605
 606 //_____________________________________________________________________________
 607 void AliTRDalignment::ReadDB(const char * const db, const char * const path,
 608                              int run, int version, int subversion)
 609 {
 610   //
 611   // read the alignment data from database
 612   //
 613
 614   AliCDBManager *cdb     = AliCDBManager::Instance();
 615   AliCDBStorage *storLoc = cdb->GetStorage(db);
 616   AliCDBEntry   *e       = storLoc->Get(path,run,version,subversion);
 617   if (e) {
 618     e->PrintMetaData();
 619     fComment.SetString(e->GetMetaData()->GetComment());
 620     TClonesArray  *ar      =  (TClonesArray *) e->GetObject();
 621     ArToNumbers(ar);
 622   }
 623 }
 624
 625 //_____________________________________________________________________________
 626 Bool_t AliTRDalignment::DecodeSurveyPointName(TString pna, Int_t &sm, Int_t &iz,
 627                                               Int_t &ir, Int_t &iphi) {
 628   // decode the survey point name and extract the sm, z, r and phi indices
 629
 630   if (pna(0,6)!="TRD_sm") {
 631     AliError(Form("unexpected point name: %s",pna.Data()));
 632     return kFALSE;
 633   }
 634   sm = atoi(pna(6,2).Data()); // supermodule number
 635   iz = -1;
 636   if (pna(8) == 'a') iz=0; // anticlockwise, positive z
 637   if (pna(8) == 'c') iz=1; // clockwise, negative z
 638   ir = -1;
 639   if (pna(9) == 'l') ir=0; // low radius
 640   if (pna(9) == 'h') ir=1; // high radius
 641   iphi = -1;
 642   if (pna(10) == '0') iphi = 0; // low phi within supermodule
 643   if (pna(10) == '1') iphi = 1; // high phi within supermodule
 644   if (sm>=0 && sm<18 && iz>=0 && iz<2 && ir>=0 && ir<2 && iphi>=0 && iphi<2) return kTRUE;
 645   AliError(Form("cannot decode point name: %s",pna.Data()));
 646   return kFALSE;
 647 }
 648
 649 //_____________________________________________________________________________
 650 void AliTRDalignment::ReadSurveyReport(const char * const filename)
 651 {
 652   //
 653   // Read survey report and store the numbers in fSurveyX, fSurveyY, fSurveyZ,
 654   // and fSurveyE.  Store the survey info in the fComment.
 655   // Each supermodule has 8 survey points. The point names look like
 656   // TRD_sm08ah0 and have the following meaning.
 657   //
 658   // sm00..17 mean supermodule 0 through 17, following the phi.
 659   // Supermodule 00 is between phi=0 and phi=20 degrees.
 660   //
 661   // a or c denotes the anticlockwise and clockwise end of the supermodule
 662   // in z. Clockwise end is where z is negative and where the muon arm sits.
 663   //
 664   // l or h denote low radius and high radius holes
 665   //
 666   // 0 or 1 denote the hole at smaller and at larger phi, respectively.
 667   //
 668
 669   // read the survey file
 670
 671   fstream in(filename,fstream::in);
 672   if (!in) {
 673     AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 674     return;
 675   }
 676
 677   // loop through the lines of the file until the beginning of data
 678
 679   TString title,date,subdetector,url,version,observations,system,units;
 680   while (1) {
 681     char pee=in.peek();
 682     if (pee==EOF) break;
 683     TString line;
 684     line.ReadLine(in);
 685     if (line.Contains("Title:"))        title.ReadLine(in);
 686     if (line.Contains("Date:"))         date.ReadLine(in);
 687     if (line.Contains("Subdetector:"))  subdetector.ReadLine(in);
 688     if (line.Contains("URL:"))          url.ReadLine(in);
 689     if (line.Contains("Version:"))      version.ReadLine(in);
 690     if (line.Contains("Observations:")) observations.ReadLine(in);
 691     if (line.Contains("System:"))       system.ReadLine(in);
 692     if (line.Contains("Units:"))        units.ReadLine(in);
 693     if (line.Contains("Data:"))         break;
 694   }
 695
 696   // check what we found so far (watch out, they have \r at the end)
 697
 698   std::cout<<"title .........."<<title<<std::endl;
 699   std::cout<<"date ..........."<<date<<std::endl;
 700   std::cout<<"subdetector ...."<<subdetector<<std::endl;
 701   std::cout<<"url ............"<<url<<std::endl;
 702   std::cout<<"version ........"<<version<<std::endl;
 703   std::cout<<"observations ..."<<observations<<std::endl;
 704   std::cout<<"system ........."<<system<<std::endl;
 705   std::cout<<"units .........."<<units<<std::endl;
 706
 707   if (!subdetector.Contains("TRD")) {
 708     AliWarning(Form("Not a TRD survey file, subdetector = %s",subdetector.Data()));
 709     return;
 710   }
 711   double tocm = 0; // we want to have it in cm
 712   if (units.Contains("mm"))      tocm = 0.1;
 713   else if (units.Contains("cm")) tocm = 1.0;
 714   else if (units.Contains("m"))  tocm = 100.0;
 715   else if (units.Contains("pc")) tocm = 3.24078e-15;
 716   else {
 717     AliError(Form("unexpected units: %s",units.Data()));
 718     return;
 719   }
 720   if (!system.Contains("ALICEPH")) {
 721     AliError(Form("wrong system: %s, should be ALICEPH",system.Data()));
 722     return;
 723   }
 724
 725   // scan the rest of the file which should contain list of surveyed points
 726   // for every point, decode the point name and store the numbers in the right
 727   // place in the arrays fSurveyX etc.
 728
 729   while (1) {
 730     TString pna; // point name
 731     char type, target;
 732     double x,y,z,precision;
 733
 734     in >> pna >> x >> y >> z >> type >> target >> precision;
 735     if (in.fail()) break;
 736     Int_t i,j,k,l;
 737     if (DecodeSurveyPointName(pna,i,j,k,l)) {
 738       fSurveyX[i][j][k][l] = tocm*x;
 739       fSurveyY[i][j][k][l] = tocm*y;
 740       fSurveyZ[i][j][k][l] = tocm*z;
 741       fSurveyEX[i][j][k][l] = precision/10; // "precision" is supposed to be in mm
 742       fSurveyEY[i][j][k][l] = precision/10; // "precision" is supposed to be in mm
 743       fSurveyEZ[i][j][k][l] = precision/10; // "precision" is supposed to be in mm
 744       // if, at some point, separate precision numbers for x,y,z show up in the
 745       // survey reports the function will fail here
 746       printf("decoded %s %02d %d %d %d  %8.2f %8.2f %8.2f %6.2f %6.2f %6.2f\n",
 747              pna.Data(), i, j, k, l,
 748              fSurveyX[i][j][k][l], fSurveyY[i][j][k][l], fSurveyZ[i][j][k][l],
 749              fSurveyEX[i][j][k][l], fSurveyEY[i][j][k][l], fSurveyEZ[i][j][k][l]);
 750     } else AliError(Form("cannot decode point name: %s",pna.Data()));
 751   }
 752   in.close();
 753   TString info = "Survey "+title+" "+date+" "+url+" "+version+" "+observations;
 754   info.ReplaceAll("\r","");
 755   fComment.SetString(info.Data());
 756
 757 }
 758
 759 //_____________________________________________________________________________
 760 void AliTRDalignment::ReadSurveyReport(const AliSurveyObj * const so)
 761 {
 762   //
 763   // Read survey report and store the numbers in fSurveyX, fSurveyY, fSurveyZ,
 764   // and fSurveyE.  Store the survey info in the fComment.
 765   // Each supermodule has 8 survey points. The point names look like
 766   // TRD_sm08ah0 and have the following meaning.
 767   //
 768   // sm00..17 mean supermodule 0 through 17, following the phi.
 769   // Supermodule 00 is between phi=0 and phi=20 degrees.
 770   //
 771   // a or c denotes the anticlockwise and clockwise end of the supermodule
 772   // in z. Clockwise end is where z is negative and where the muon arm sits.
 773   //
 774   // l or h denote low radius and high radius holes
 775   //
 776   // 0 or 1 denote the hole at smaller and at larger phi, respectively.
 777   //
 778
 779   // read and process the data from the survey object
 780
 781   Int_t size = so->GetEntries();
 782   printf("-> %d\n", size);
 783
 784   TString title        = so->GetReportTitle();
 785   TString date         = so->GetReportDate();
 786   TString subdetector  = so->GetDetector();
 787   TString url          = so->GetURL();
 788   TString report       = so->GetReportNumber();
 789   TString version      = so->GetReportVersion();
 790   TString observations = so->GetObservations();
 791   TString system       = so->GetCoordSys();
 792   TString units        = so->GetUnits();
 793
 794   // check what we found so far (watch out, they have \r at the end)
 795
 796   std::cout<<"title .........."<<title<<std::endl;
 797   std::cout<<"date ..........."<<date<<std::endl;
 798   std::cout<<"subdetector ...."<<subdetector<<std::endl;
 799   std::cout<<"url ............"<<url<<std::endl;
 800   std::cout<<"version ........"<<version<<std::endl;
 801   std::cout<<"observations ..."<<observations<<std::endl;
 802   std::cout<<"system ........."<<system<<std::endl;
 803   std::cout<<"units .........."<<units<<std::endl;
 804
 805   if (!subdetector.Contains("TRD")) {
 806     AliWarning(Form("Not a TRD survey file, subdetector = %s",subdetector.Data()));
 807     return;
 808   }
 809   double tocm = 0; // we want to have it in cm
 810   if (units.Contains("mm"))      tocm = 0.1;
 811   else if (units.Contains("cm")) tocm = 1.0;
 812   else if (units.Contains("m"))  tocm = 100.0;
 813   else if (units.Contains("pc")) tocm = 3.24078e-15;
 814   else {
 815     AliError(Form("unexpected units: %s",units.Data()));
 816     return;
 817   }
 818   if (!system.Contains("ALICEPH")) {
 819     AliError(Form("wrong system: %s, should be ALICEPH",system.Data()));
 820     return;
 821   }
 822
 823   // for every survey point, decode the point name and store the numbers in
 824   // the right place in the arrays fSurveyX etc.
 825
 826   TObjArray *points = so->GetData();
 827   for (int ip = 0; ip<points->GetEntries(); ++ip) {
 828     AliSurveyPoint *po = (AliSurveyPoint *) points->At(ip);
 829     TString pna = po->GetPointName();
 830     Int_t i,j,k,l;
 831     if (DecodeSurveyPointName(pna,i,j,k,l)) {
 832       fSurveyX[i][j][k][l] = tocm*po->GetX();
 833       fSurveyY[i][j][k][l] = tocm*po->GetY();
 834       fSurveyZ[i][j][k][l] = tocm*po->GetZ();
 835       fSurveyEX[i][j][k][l] = po->GetPrecisionX()/10; // "precision" is supposed to be in mm
 836       fSurveyEY[i][j][k][l] = po->GetPrecisionY()/10;
 837       fSurveyEZ[i][j][k][l] = po->GetPrecisionZ()/10;
 838       printf("decoded %s %02d %d %d %d  %8.2f %8.2f %8.2f %6.2f %6.2f %6.2f\n",
 839              pna.Data(), i, j, k, l,
 840              fSurveyX[i][j][k][l], fSurveyY[i][j][k][l], fSurveyZ[i][j][k][l],
 841              fSurveyEX[i][j][k][l], fSurveyEY[i][j][k][l], fSurveyEZ[i][j][k][l]);
 842     } else AliError(Form("cannot decode point name: %s",pna.Data()));
 843   }
 844
 845   TString info = "Survey "+title+" "+date+" "+url+" "+report+" "+version+" "+observations;
 846   info.ReplaceAll("\r","");
 847   fComment.SetString(info.Data());
 848 }
 849
 850 //_____________________________________________________________________________
 851 double AliTRDalignment::SurveyChi2(int i, const double * const a) {
 852
 853   //
 854   // Compare the survey results to the ideal positions of the survey marks
 855   // in the local frame of supermodule. When transforming, use the alignment
 856   // parameters a[6]. Return chi-squared.
 857   //
 858
 859   if (!IsGeoLoaded()) return 0;
 860   printf("Survey of supermodule %d\n",i);
 861   AliAlignObjParams al(GetSmName(i),0,a[0],a[1],a[2],a[3],a[4],a[5],0);
 862
 863   TGeoPNEntry      *pne  = gGeoManager->GetAlignableEntry(GetSmName(i));
 864   if (!pne) AliError(Form("no such physical node entry: %s",GetSmName(i)));
 865   TGeoPhysicalNode *node = pne->GetPhysicalNode();
 866   if (!node) {
 867     AliWarning(Form("physical node entry %s has no physical node; making a new one",GetSmName(i)));
 868     node = gGeoManager->MakeAlignablePN(pne);
 869   }
 870
 871   //  al.ApplyToGeometry();
 872   //  node = pne->GetPhysicalNode(); // changed in the meantime
 873   //  TGeoHMatrix *ma = node->GetMatrix();
 874
 875   // a less destructive method (it does not modify geometry), gives the same result:
 876
 877   TGeoHMatrix *ma = new TGeoHMatrix();
 878   al.GetLocalMatrix(*ma);
 879   ma->MultiplyLeft(node->GetMatrix()); // global trafo, modified by a[]
 880
 881   double chi2=0;
 882   printf("              sm   z   r  phi    x (lab phi)  y (lab z)   z (lab r)   all in cm\n");
 883   for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 884     if (fSurveyEX[i][j][k][l] == 0.0
 885         && fSurveyEY[i][j][k][l] == 0.0
 886         && fSurveyEZ[i][j][k][l] == 0.0) continue; // no data for this survey point
 887     double master[3] = {fSurveyX[i][j][k][l],fSurveyY[i][j][k][l],fSurveyZ[i][j][k][l]};
 888     double local[3];
 889     ma->MasterToLocal(master,local);
 890     double dx = local[0]-fSurveyX0[j][k][l];
 891     double dy = local[1]-fSurveyY0[j][k][l];
 892     double dz = local[2]-fSurveyZ0[j][k][l];
 893     chi2 += dx*dx/fSurveyEX[i][j][k][l]/fSurveyEX[i][j][k][l];
 894     chi2 += dy*dy/fSurveyEY[i][j][k][l]/fSurveyEY[i][j][k][l];
 895     chi2 += dz*dz/fSurveyEZ[i][j][k][l]/fSurveyEZ[i][j][k][l];
 896     printf("local survey %3d %3d %3d %3d %12.3f %12.3f %12.3f\n",i,j,k,l,local[0],local[1],local[2]);
 897     printf("local ideal                  %12.3f %12.3f %12.3f\n",fSurveyX0[j][k][l],
 898            fSurveyY0[j][k][l],fSurveyZ0[j][k][l]);
 899     printf("difference                   %12.3f %12.3f %12.3f\n",dx,dy,dz);
 900   }
 901   printf("chi2 = %.2f\n",chi2);
 902   return chi2;
 903 }
 904
 905 //_____________________________________________________________________________
 906 void trdAlignmentFcn(int &npar, double *g, double &f, double *par, int iflag) {
 907
 908   //
 909   // Standard function as needed by Minuit-like minimization procedures.
 910   // For the set of parameters par calculates and returns chi-squared.
 911   //
 912
 913   // smuggle a C++ object into a C function
 914   AliTRDalignment *alignment = (AliTRDalignment*) gMinuit->GetObjectFit();
 915
 916   f = alignment->SurveyChi2(par);
 917   if (iflag==3) {}
 918   if (npar) {}
 919   if (g) {} // no warnings about unused stuff...
 920
 921 }
 922
 923 //_____________________________________________________________________________
 924 void AliTRDalignment::SurveyToAlignment(int i, const char * const flag) {
 925
 926   //
 927   // Find the supermodule alignment parameters needed to make the survey
 928   // results coincide with the ideal positions of the survey marks.
 929   // The string flag should look like "101000"; the six characters corresponds
 930   // to the six alignment parameters and 0/1 mean that the parameter should
 931   // be fixed/released in the fit.
 932
 933   if (strlen(flag)!=6) {
 934     AliError(Form("unexpected flag: %s",flag));
 935     return;
 936   }
 937
 938   printf("Finding alignment matrix for supermodule %d\n",i);
 939   fIbuffer[0] = i; // store the sm number in the buffer so minuit can see it
 940
 941   TFitter fitter(100);
 942   gMinuit->SetObjectFit(this);
 943   fitter.SetFCN(trdAlignmentFcn);
 944   fitter.SetParameter(0,"dx",0,0.5,0,0);
 945   fitter.SetParameter(1,"dy",0,0.5,0,0);
 946   fitter.SetParameter(2,"dz",0,0.5,0,0);
 947   fitter.SetParameter(3,"rx",0,0.1,0,0);
 948   fitter.SetParameter(4,"ry",0,0.1,0,0);
 949   fitter.SetParameter(5,"rz",0,0.1,0,0);
 950
 951   for (int j=0; j<6; j++) if (flag[j]=='0') fitter.FixParameter(j);
 952
 953   double arglist[100];
 954   arglist[0] = 2;
 955   fitter.ExecuteCommand("SET PRINT", arglist, 1);
 956   fitter.ExecuteCommand("SET ERR", arglist, 1);
 957   arglist[0]=50;
 958   //fitter.ExecuteCommand("SIMPLEX", arglist, 1);
 959   fitter.ExecuteCommand("MINIMIZE", arglist, 1);
 960   fitter.ExecuteCommand("CALL 3", arglist,0);
 961   double a[6];
 962   for (int j=0; j<6; j++) a[j] = fitter.GetParameter(j);
 963   SetSm(i,a);
 964   for (int j=0; j<6; j++) printf("%10.3f ",fitter.GetParameter(j));
 965   printf("\n");
 966   for (int j=0; j<6; j++) printf("%10.3f ",fitter.GetParError(j));
 967   printf("\n");
 968
 969 }
 970
 971 //_____________________________________________________________________________
 972 void AliTRDalignment::ReadAny(const char * const filename)
 973 {
 974   //
 975   // read the alignment data from any kind of file
 976   //
 977
 978   TString fist(filename);
 979   if (fist.EndsWith(".txt")) ReadAscii(filename);
 980   if (fist.EndsWith(".dat")) ReadAscii(filename);
 981   if (fist.EndsWith(".root")) {
 982     if (fist.Contains("Run")) ReadDB(filename);
 983     else ReadRoot(filename);
 984   }
 985
 986 }
 987
 988 //_____________________________________________________________________________
 989 void AliTRDalignment::WriteAscii(const char * const filename) const
 990 {
 991   //
 992   // store the alignment data on ascii file
 993   //
 994
 995   FILE *fp = fopen(filename, "w");
 996   if (!fp) {
 997     AliError(Form("cannot open output file %s",filename));
 998     return;
 999   }
1000
1001   PrintSm(fp);
1002   PrintCh(fp);
1003
1004   fclose(fp);
1005
1006 }
1007
1008 //_____________________________________________________________________________
1009 void AliTRDalignment::WriteRoot(const char * const filename)
1010 {
1011   //
1012   // store the alignment data on root file
1013   //
1014
1015   TClonesArray *ar = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1016   NumbersToAr(ar);
1017   TFile fo(filename,"RECREATE");
1018   if (fo.IsOpen()) {
1019     fo.cd();
1020     fo.WriteObject(ar,"TRDAlignObjs","kSingleKey");
1021     fo.Close();
1022   }
1023   else AliError(Form("cannot open output file %s",filename));
1024
1025   delete ar;
1026
1027 }
1028
1029 //_____________________________________________________________________________
1030 void AliTRDalignment::WriteDB(const char * const filename, int run0, int run1)
1031 {
1032   //
1033   // dumping on a DB-like file
1034   //
1035
1036   TClonesArray   *ar = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1037   NumbersToAr(ar);
1038   const Char_t *path = "TRD/Align/Data";
1039   AliCDBId id(path,run0,run1);
1040   AliCDBMetaData *md = new AliCDBMetaData();
1041   md->SetResponsible("Dariusz Miskowiec");
1042   md->SetComment(fComment.GetString().Data());
1043   AliCDBEntry    *e  = new AliCDBEntry(ar, id, md);
1044   TFile fi(filename,"RECREATE");
1045   if (fi.IsOpen()) {
1046     e->Write();
1047     fi.Close();
1048   }
1049   else AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
1050
1051   delete e;
1052   delete md;
1053   delete ar;
1054
1055   return;
1056
1057 }
1058
1059 //_____________________________________________________________________________
1060 void AliTRDalignment::WriteDB(char * const db, const char * const path, int run0, int run1)
1061 {
1062   //
1063   // store the alignment data in database
1064   //
1065
1066   TClonesArray   *ar      = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1067   NumbersToAr(ar);
1068   AliCDBManager  *cdb     = AliCDBManager::Instance();
1069   AliCDBStorage  *storLoc = cdb->GetStorage(db);
1070   AliCDBMetaData *md      = new AliCDBMetaData();
1071   md->SetResponsible("Dariusz Miskowiec");
1072   md->SetComment(fComment.GetString().Data());
1073   AliCDBId id(path,run0,run1);
1074   storLoc->Put(ar,id,md);
1075   md->Delete();
1076   delete ar;
1077
1078 }
1079
1080 //_____________________________________________________________________________
1081 void AliTRDalignment::WriteGeo(char *filename)
1082 {
1083   //
1084   // apply misalignment to current geometry and store the
1085   // resulting geometry on a root file
1086   //
1087
1088   TClonesArray *ar = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1089   NumbersToAr(ar);
1090   delete ar;
1091   gGeoManager->Export(filename);
1092
1093 }
1094
1095 //_____________________________________________________________________________
1096 double AliTRDalignment::GetSmRMS(int xyz) const
1097 {
1098   //
1099   // rms fSm[][xyz]
1100   //
1101
1102   double s1 = 0.0;
1103   double s2 = 0.0;
1104   for (int i = 0; i < 18; i++) {
1105     s1 += fSm[i][xyz];
1106     s2 += fSm[i][xyz]*fSm[i][xyz];
1107   }
1108   double rms2 = s2/18.0 - s1*s1/18.0/18.0;
1109
1110   return rms2>0 ? sqrt(rms2) : 0.0;
1111
1112 }
1113
1114 //_____________________________________________________________________________
1115 double AliTRDalignment::GetChRMS(int xyz) const
1116 {
1117   //
1118   // rms fCh[][xyz]
1119   //
1120
1121   double s1 =0.0;
1122   double s2 =0.0;
1123   for (int i = 0; i < 540; i++) {
1124     s1 += fCh[i][xyz];
1125     s2 += fCh[i][xyz]*fCh[i][xyz];
1126   }
1127   double rms2 = s2/540.0 - s1*s1/540.0/540.0;
1128
1129   return rms2>0 ? sqrt(rms2) : 0.0;
1130
1131 }
1132
1133 //_____________________________________________________________________________
1134 void AliTRDalignment::PrintSmRMS() const
1135 {
1136   //
1137   // dump rms of fSm
1138   //
1139
1140   printf("       %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f  supermodule rms\n"
1141         ,GetSmRMS(0),GetSmRMS(1),GetSmRMS(2),GetSmRMS(3),GetSmRMS(4),GetSmRMS(5));
1142
1143 }
1144
1145 //_____________________________________________________________________________
1146 void AliTRDalignment::PrintChRMS() const
1147 {
1148   //
1149   // dump rms of fCh
1150   //
1151
1152   printf("       %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f  chamber rms\n"
1153         ,GetChRMS(0),GetChRMS(1),GetChRMS(2),GetChRMS(3),GetChRMS(4),GetChRMS(5));
1154
1155 }
1156
1157 //_____________________________________________________________________________
1158 void AliTRDalignment::ArToNumbers(TClonesArray * const ar)
1159 {
1160   //
1161   // for each of the alignment objects in array ar extract the six local
1162   // alignment parameters; recognize by name to which supermodule or chamber
1163   // the alignment object pertains; set the respective fSm or fCh
1164   //
1165
1166   ar->Sort();
1167   if (!IsGeoLoaded()) return;
1168   for (int i = 0; i < ar->GetEntries(); i++) {
1169     AliAlignObj *aao = (AliAlignObj *) ar->At(i);
1170     aao->ApplyToGeometry();
1171   }
1172   SetZero();
1173   ReadCurrentGeo();
1174
1175 }
1176
1177 //_____________________________________________________________________________
1178 void AliTRDalignment::NumbersToAr(TClonesArray * const ar)
1179 {
1180   //
1181   // build array of AliAlignObj objects based on fSm and fCh data
1182   // at the same time, apply misalignment to the currently loaded geometry
1183   // it is important to apply misalignment of supermodules before creating
1184   // alignment objects for chambers
1185   //
1186
1187   if (!IsGeoLoaded()) return;
1188   TClonesArray &alobj = *ar;
1189   int nobj = 0;
1190   for (int i = 0; i <  18; i++) {
1191       new(alobj[nobj]) AliAlignObjParams(GetSmName(i)
1192                                         ,0
1193                                         ,fSm[i][0],fSm[i][1],fSm[i][2]
1194                                         ,fSm[i][3],fSm[i][4],fSm[i][5]
1195                                         ,0);
1196     ((AliAlignObj *) alobj[nobj])->ApplyToGeometry();
1197     nobj++;
1198   }
1199
1200   for (int i = 0; i < 540; i++) {
1201     if (gGeoManager->GetAlignableEntry(GetChName(i))) {
1202       new(alobj[nobj]) AliAlignObjParams(GetChName(i)
1203                                          ,GetVoi(i)
1204                                          ,fCh[i][0],fCh[i][1],fCh[i][2]
1205                                          ,fCh[i][3],fCh[i][4],fCh[i][5]
1206                                          ,0);
1207       ((AliAlignObj *) alobj[nobj])->ApplyToGeometry();
1208       nobj++;
1209     }
1210   }
1211   AliInfo("current geometry modified");
1212
1213 }
1214
1215 //_____________________________________________________________________________
1216 int AliTRDalignment::IsGeoLoaded()
1217 {
1218   //
1219   // check whether a geometry is loaded
1220   // issue a warning if geometry is not ideal
1221   //
1222
1223   if (gGeoManager) {
1224     if (gGeoManager->GetListOfPhysicalNodes()->GetEntries()) AliWarning("current geometry is not ideal");
1225     return 1;
1226   } else {
1227     AliError("first load geometry by calling TGeoManager::Import(filename)");
1228     return 0;
1229   }
1230
1231 }
1232
1233 //_____________________________________________________________________________