TRD/AliTRDseedV1.cxx

   1 /**************************************************************************
   2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3 *                                                                        *
   4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6 *                                                                        *
   7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14 **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 ////
  20 //  The TRD offline tracklet
  21 //
  22 // The running horse of the TRD reconstruction. The following tasks are preformed:
  23 //   1. Clusters attachment to tracks based on prior information stored at tracklet level (see AttachClusters)
  24 //   2. Clusters position recalculation based on track information (see GetClusterXY and Fit)
  25 //   3. Cluster error parametrization recalculation (see Fit)
  26 //   4. Linear track approximation (Fit)
  27 //   5. Optimal position (including z estimate for pad row cross tracklets) and covariance matrix of the track fit inside one TRD chamber (Fit)
  28 //   6. Tilt pad correction and systematic effects (GetCovAt)
  29 //   7. dEdx calculation (CookdEdx)
  30 //   8. PID probabilities estimation (CookPID)
  31 //
  32 //  Authors:                                                              //
  33 //    Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>                                     //
  34 //    Markus Fasel <M.Fasel@gsi.de>                                       //
  35 //                                                                        //
  36 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  37
  38 #include "TMath.h"
  39 #include "TTreeStream.h"
  40 #include "TGraphErrors.h"
  41
  42 #include "AliLog.h"
  43 #include "AliMathBase.h"
  44 #include "AliRieman.h"
  45 #include "AliCDBManager.h"
  46
  47 #include "AliTRDReconstructor.h"
  48 #include "AliTRDpadPlane.h"
  49 #include "AliTRDtransform.h"
  50 #include "AliTRDcluster.h"
  51 #include "AliTRDseedV1.h"
  52 #include "AliTRDtrackV1.h"
  53 #include "AliTRDcalibDB.h"
  54 #include "AliTRDchamberTimeBin.h"
  55 #include "AliTRDtrackingChamber.h"
  56 #include "AliTRDtrackerV1.h"
  57 #include "AliTRDrecoParam.h"
  58 #include "AliTRDCommonParam.h"
  59 #include "AliTRDtrackletOflHelper.h"
  60
  61 #include "Cal/AliTRDCalTrkAttach.h"
  62 #include "Cal/AliTRDCalPID.h"
  63 #include "Cal/AliTRDCalROC.h"
  64 #include "Cal/AliTRDCalDet.h"
  65
  66 class AliTracker;
  67
  68 ClassImp(AliTRDseedV1)
  69
  70 //____________________________________________________________________
  71 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(Int_t det)
  72   :AliTRDtrackletBase()
  73   ,fkReconstructor(NULL)
  74   ,fClusterIter(NULL)
  75   ,fExB(0.)
  76   ,fVD(0.)
  77   ,fT0(0.)
  78   ,fS2PRF(0.)
  79   ,fDiffL(0.)
  80   ,fDiffT(0.)
  81   ,fClusterIdx(0)
  82   ,fErrorMsg(0)
  83   ,fN(0)
  84   ,fDet(det)
  85   ,fPt(0.)
  86   ,fdX(0.)
  87   ,fX0(0.)
  88   ,fX(0.)
  89   ,fY(0.)
  90   ,fZ(0.)
  91   ,fS2Y(0.)
  92   ,fS2Z(0.)
  93   ,fChi2(0.)
  94 {
  95   //
  96   // Constructor
  97   //
  98   memset(fIndexes,0xFF,kNclusters*sizeof(fIndexes[0]));
  99   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
 100   memset(fPad, 0, 4*sizeof(Float_t));
 101   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.;
 102   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.;
 103   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.;
 104   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.;
 105   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
 106   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
 107   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
 108   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
 109   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
 110   // stand alone curvature
 111   fC[0] = 0.; fC[1] = 0.;
 112   // covariance matrix [diagonal]
 113   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm
 114   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3;
 115   SetStandAlone(kFALSE);
 116 }
 117
 118 //____________________________________________________________________
 119 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(const AliTRDseedV1 &ref)
 120   :AliTRDtrackletBase((AliTRDtrackletBase&)ref)
 121   ,fkReconstructor(NULL)
 122   ,fClusterIter(NULL)
 123   ,fExB(0.)
 124   ,fVD(0.)
 125   ,fT0(0.)
 126   ,fS2PRF(0.)
 127   ,fDiffL(0.)
 128   ,fDiffT(0.)
 129   ,fClusterIdx(0)
 130   ,fErrorMsg(0)
 131   ,fN(0)
 132   ,fDet(-1)
 133   ,fPt(0.)
 134   ,fdX(0.)
 135   ,fX0(0.)
 136   ,fX(0.)
 137   ,fY(0.)
 138   ,fZ(0.)
 139   ,fS2Y(0.)
 140   ,fS2Z(0.)
 141   ,fChi2(0.)
 142 {
 143   //
 144   // Copy Constructor performing a deep copy
 145   //
 146   if(this != &ref){
 147     ref.Copy(*this);
 148   }
 149   SetBit(kOwner, kFALSE);
 150   SetStandAlone(ref.IsStandAlone());
 151 }
 152
 153
 154 //____________________________________________________________________
 155 AliTRDseedV1& AliTRDseedV1::operator=(const AliTRDseedV1 &ref)
 156 {
 157   //
 158   // Assignment Operator using the copy function
 159   //
 160
 161   if(this != &ref){
 162     ref.Copy(*this);
 163   }
 164   SetBit(kOwner, kFALSE);
 165
 166   return *this;
 167 }
 168
 169 //____________________________________________________________________
 170 AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1()
 171 {
 172   //
 173   // Destructor. The RecoParam object belongs to the underlying tracker.
 174   //
 175
 176   //printf("I-AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1() : Owner[%s]\n", IsOwner()?"YES":"NO");
 177
 178   if(IsOwner()) {
 179     for(int itb=0; itb<kNclusters; itb++){
 180       if(!fClusters[itb]) continue;
 181       //AliInfo(Form("deleting c %p @ %d", fClusters[itb], itb));
 182       delete fClusters[itb];
 183       fClusters[itb] = NULL;
 184     }
 185   }
 186 }
 187
 188 //____________________________________________________________________
 189 void AliTRDseedV1::Copy(TObject &ref) const
 190 {
 191   //
 192   // Copy function
 193   //
 194
 195   //AliInfo("");
 196   AliTRDseedV1 &target = (AliTRDseedV1 &)ref;
 197
 198   target.fkReconstructor = fkReconstructor;
 199   target.fClusterIter   = NULL;
 200   target.fExB           = fExB;
 201   target.fVD            = fVD;
 202   target.fT0            = fT0;
 203   target.fS2PRF         = fS2PRF;
 204   target.fDiffL         = fDiffL;
 205   target.fDiffT         = fDiffT;
 206   target.fClusterIdx    = 0;
 207   target.fErrorMsg      = fErrorMsg;
 208   target.fN             = fN;
 209   target.fDet           = fDet;
 210   target.fPt            = fPt;
 211   target.fdX            = fdX;
 212   target.fX0            = fX0;
 213   target.fX             = fX;
 214   target.fY             = fY;
 215   target.fZ             = fZ;
 216   target.fS2Y           = fS2Y;
 217   target.fS2Z           = fS2Z;
 218   target.fChi2          = fChi2;
 219
 220   memcpy(target.fIndexes, fIndexes, kNclusters*sizeof(Int_t));
 221   memcpy(target.fClusters, fClusters, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
 222   memcpy(target.fPad, fPad, 4*sizeof(Float_t));
 223   target.fYref[0] = fYref[0]; target.fYref[1] = fYref[1];
 224   target.fZref[0] = fZref[0]; target.fZref[1] = fZref[1];
 225   target.fYfit[0] = fYfit[0]; target.fYfit[1] = fYfit[1];
 226   target.fZfit[0] = fZfit[0]; target.fZfit[1] = fZfit[1];
 227   memcpy(target.fdEdx, fdEdx, kNslices*sizeof(Float_t));
 228   memcpy(target.fProb, fProb, AliPID::kSPECIES*sizeof(Float_t));
 229   memcpy(target.fLabels, fLabels, 3*sizeof(Int_t));
 230   memcpy(target.fRefCov, fRefCov, 7*sizeof(Double_t));
 231   target.fC[0] = fC[0]; target.fC[1] = fC[1];
 232   memcpy(target.fCov, fCov, 3*sizeof(Double_t));
 233
 234   TObject::Copy(ref);
 235 }
 236
 237
 238 //____________________________________________________________
 239 void AliTRDseedV1::Init(const AliRieman *rieman)
 240 {
 241 // Initialize this tracklet using the riemann fit information
 242
 243
 244   fZref[0] = rieman->GetZat(fX0);
 245   fZref[1] = rieman->GetDZat(fX0);
 246   fYref[0] = rieman->GetYat(fX0);
 247   fYref[1] = rieman->GetDYat(fX0);
 248   if(fkReconstructor && fkReconstructor->IsHLT()){
 249     fRefCov[0] = 1;
 250     fRefCov[2] = 10;
 251   }else{
 252     fRefCov[0] = rieman->GetErrY(fX0);
 253     fRefCov[2] = rieman->GetErrZ(fX0);
 254   }
 255   fC[0]    = rieman->GetC();
 256   fChi2    = rieman->GetChi2();
 257 }
 258
 259
 260 //____________________________________________________________
 261 Bool_t AliTRDseedV1::Init(AliTRDtrackV1 *track)
 262 {
 263 // Initialize this tracklet using the track information
 264 //
 265 // Parameters:
 266 //   track - the TRD track used to initialize the tracklet
 267 //
 268 // Detailed description
 269 // The function sets the starting point and direction of the
 270 // tracklet according to the information from the TRD track.
 271 //
 272 // Caution
 273 // The TRD track has to be propagated to the beginning of the
 274 // chamber where the tracklet will be constructed
 275 //
 276
 277   Double_t y, z;
 278   if(!track->GetProlongation(fX0, y, z)) return kFALSE;
 279   Update(track);
 280   return kTRUE;
 281 }
 282
 283
 284 //_____________________________________________________________________________
 285 void AliTRDseedV1::Reset(Option_t *opt)
 286 {
 287 //
 288 // Reset seed. If option opt="c" is given only cluster arrays are cleared.
 289 //
 290   for(Int_t ic=kNclusters; ic--;) fIndexes[ic] = -1;
 291   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
 292   fN=0; SetBit(kRowCross, kFALSE);
 293   if(strcmp(opt, "c")==0) return;
 294
 295   fExB=0.;fVD=0.;fT0=0.;fS2PRF=0.;
 296   fDiffL=0.;fDiffT=0.;
 297   fClusterIdx=0;
 298   fErrorMsg = 0;
 299   fDet=-1;
 300   fPt=0.;
 301   fdX=0.;fX0=0.; fX=0.; fY=0.; fZ=0.;
 302   fS2Y=0.; fS2Z=0.;
 303   fC[0]=0.; fC[1]=0.;
 304   fChi2 = 0.;
 305
 306   memset(fPad, 0, 4*sizeof(Float_t));
 307   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.;
 308   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.;
 309   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.;
 310   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.;
 311   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
 312   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
 313   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
 314   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
 315   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
 316   // covariance matrix [diagonal]
 317   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm
 318   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3;
 319 }
 320
 321 //____________________________________________________________________
 322 void AliTRDseedV1::Update(const AliTRDtrackV1 *trk)
 323 {
 324   // update tracklet reference position from the TRD track
 325
 326   Double_t fSnp = trk->GetSnp();
 327   Double_t fTgl = trk->GetTgl();
 328   fPt = trk->Pt();
 329   Double_t norm =1./TMath::Sqrt((1.-fSnp)*(1.+fSnp));
 330   fYref[1] = fSnp*norm;
 331   fZref[1] = fTgl*norm;
 332   SetCovRef(trk->GetCovariance());
 333
 334   Double_t dx = trk->GetX() - fX0;
 335   fYref[0] = trk->GetY() - dx*fYref[1];
 336   fZref[0] = trk->GetZ() - dx*fZref[1];
 337 }
 338
 339 //_____________________________________________________________________________
 340 void AliTRDseedV1::UpdateUsed()
 341 {
 342   //
 343   // Calculate number of used clusers in the tracklet
 344   //
 345
 346   Int_t nused = 0, nshared = 0;
 347   for (Int_t i = kNclusters; i--; ) {
 348     if (!fClusters[i]) continue;
 349     if(fClusters[i]->IsUsed()){
 350       nused++;
 351     } else if(fClusters[i]->IsShared()){
 352       if(IsStandAlone()) nused++;
 353       else nshared++;
 354     }
 355   }
 356   SetNUsed(nused);
 357   SetNShared(nshared);
 358 }
 359
 360 //_____________________________________________________________________________
 361 void AliTRDseedV1::UseClusters()
 362 {
 363   //
 364   // Use clusters
 365   //
 366   // In stand alone mode:
 367   // Clusters which are marked as used or shared from another track are
 368   // removed from the tracklet
 369   //
 370   // In barrel mode:
 371   // - Clusters which are used by another track become shared
 372   // - Clusters which are attached to a kink track become shared
 373   //
 374   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
 375   for (Int_t ic=kNclusters; ic--; c++) {
 376     if(!(*c)) continue;
 377     if(IsStandAlone()){
 378       if((*c)->IsShared() || (*c)->IsUsed()){
 379         if((*c)->IsShared()) SetNShared(GetNShared()-1);
 380         else SetNUsed(GetNUsed()-1);
 381         (*c) = NULL;
 382         fIndexes[ic] = -1;
 383         SetN(GetN()-1);
 384         continue;
 385       }
 386     } else {
 387       if((*c)->IsUsed() || IsKink()){
 388         (*c)->SetShared();
 389         continue;
 390       }
 391     }
 392     (*c)->Use();
 393   }
 394 }
 395
 396
 397
 398 //____________________________________________________________________
 399 void AliTRDseedV1::CookdEdx(Int_t nslices)
 400 {
 401 // Calculates average dE/dx for all slices and store them in the internal array fdEdx.
 402 //
 403 // Parameters:
 404 //  nslices : number of slices for which dE/dx should be calculated
 405 // Output:
 406 //  store results in the internal array fdEdx. This can be accessed with the method
 407 //  AliTRDseedV1::GetdEdx()
 408 //
 409 // Detailed description
 410 // Calculates average dE/dx for all slices. Depending on the PID methode
 411 // the number of slices can be 3 (LQ) or 8(NN).
 412 // The calculation of dQ/dl are done using the tracklet fit results (see AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t))
 413 //
 414 // The following effects are included in the calculation:
 415 // 1. calibration values for t0 and vdrift (using x coordinate to calculate slice)
 416 // 2. cluster sharing (optional see AliTRDrecoParam::SetClusterSharing())
 417 // 3. cluster size
 418 //
 419
 420   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
 421   const Double_t kDriftLength = (.5 * AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
 422
 423   AliTRDcluster *c(NULL);
 424   for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
 425     if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
 426     Float_t dx = TMath::Abs(fX0 - c->GetX());
 427
 428     // Filter clusters for dE/dx calculation
 429
 430     // 1.consider calibration effects for slice determination
 431     Int_t slice;
 432     if(dx<kDriftLength){ // TODO should be replaced by c->IsInChamber()
 433       slice = Int_t(dx * nslices / kDriftLength);
 434     } else slice = c->GetX() < fX0 ? nslices-1 : 0;
 435
 436
 437     // 2. take sharing into account
 438     Float_t w = /*c->IsShared() ? .5 :*/ 1.;
 439
 440     // 3. take into account large clusters TODO
 441     //w *= c->GetNPads() > 3 ? .8 : 1.;
 442
 443     //CHECK !!!
 444     fdEdx[slice]   += w * GetdQdl(ic); //fdQdl[ic];
 445   } // End of loop over clusters
 446 }
 447
 448 //_____________________________________________________________________________
 449 void AliTRDseedV1::CookLabels()
 450 {
 451   //
 452   // Cook 2 labels for seed
 453   //
 454
 455   Int_t labels[200];
 456   Int_t out[200];
 457   Int_t nlab = 0;
 458   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++) {
 459     if (!fClusters[i]) continue;
 460     for (Int_t ilab = 0; ilab < 3; ilab++) {
 461       if (fClusters[i]->GetLabel(ilab) >= 0) {
 462         labels[nlab] = fClusters[i]->GetLabel(ilab);
 463         nlab++;
 464       }
 465     }
 466   }
 467
 468   fLabels[2] = AliMathBase::Freq(nlab,labels,out,kTRUE);
 469   fLabels[0] = out[0];
 470   if ((fLabels[2]  > 1) && (out[3] > 1)) fLabels[1] = out[2];
 471 }
 472
 473 //____________________________________________________________
 474 Float_t AliTRDseedV1::GetAnodeWireOffset(Float_t zt)
 475 {
 476 // Find position inside the amplification cell for reading drift velocity map
 477
 478   Float_t d = fPad[3] - zt;
 479   if(d<0.){
 480     AliError(Form("Fail AnodeWireOffset calculation z0[%+7.2f] zt[%+7.2f] d[%+7.2f].", fPad[3], zt, d));
 481     return 0.125;
 482   }
 483   d -= ((Int_t)(2 * d)) / 2.0;
 484   if(d > 0.25) d = 0.5 - d;
 485   return d;
 486 }
 487
 488
 489 //____________________________________________________________________
 490 Float_t AliTRDseedV1::GetCharge(Bool_t useOutliers) const
 491 {
 492 // Computes total charge attached to tracklet. If "useOutliers" is set clusters
 493 // which are not in chamber are also used (default false)
 494
 495   AliTRDcluster *c(NULL); Float_t qt(0.);
 496   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
 497     if(!(c=fClusters[ic])) continue;
 498     if(c->IsInChamber() && !useOutliers) continue;
 499     qt += TMath::Abs(c->GetQ());
 500   }
 501   return qt;
 502 }
 503
 504 //____________________________________________________________________
 505 Bool_t AliTRDseedV1::GetEstimatedCrossPoint(Float_t &x, Float_t &z) const
 506 {
 507 // Algorithm to estimate cross point in the x-z plane for pad row cross tracklets.
 508 // Returns true in case of success.
 509   if(!IsRowCross()) return kFALSE;
 510
 511   x=0.; z=0.;
 512   AliTRDcluster *c(NULL);
 513   // Find radial range for first row
 514   Float_t x1[] = {0., 1.e3};
 515   for(int ic=0; ic<kNtb; ic++){
 516     if(!(c=fClusters[ic])) continue;
 517     if(!c->IsInChamber()) continue;
 518     if(c->GetX() <= x1[1]) x1[1] = c->GetX();
 519     if(c->GetX() >= x1[0]) x1[0] = c->GetX();
 520     z=c->GetZ();
 521   }
 522   if((x1[0] - x1[1])<1.e-5) return kFALSE;
 523
 524   // Find radial range for second row
 525   Bool_t kZ(kFALSE);
 526   Float_t x2[] = {0., 1.e3};
 527   for(int ic=kNtb; ic<kNclusters; ic++){
 528     if(!(c=fClusters[ic])) continue;
 529     if(!c->IsInChamber()) continue;
 530     if(c->GetX() <= x2[1]) x2[1] = c->GetX();
 531     if(c->GetX() >= x2[0]) x2[0] = c->GetX();
 532     if(!kZ){
 533       z+=c->GetZ();
 534       z*=0.5;
 535       kZ=kTRUE;
 536     }
 537   }
 538   if((x2[0] - x2[1])<1.e-5) return kFALSE;
 539
 540   // Find intersection of the 2 radial regions
 541   x = 0.5*((x1[0]+x1[1] > x2[0]+x2[1]) ? (x1[1]+x2[0]) : (x1[0]+x2[1]));
 542   return kTRUE;
 543 }
 544
 545 //____________________________________________________________________
 546 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl() const
 547 {
 548 // Calculate total charge / tracklet length for 1D PID
 549 //
 550   Float_t Q = GetCharge(kTRUE);
 551   return Q/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
 552 }
 553
 554 //____________________________________________________________________
 555 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t ic, Float_t *dl) const
 556 {
 557 // Using the linear approximation of the track inside one TRD chamber (TRD tracklet)
 558 // the charge per unit length can be written as:
 559 // BEGIN_LATEX
 560 // #frac{dq}{dl} = #frac{q_{c}}{dx * #sqrt{1 + #(){#frac{dy}{dx}}^{2}_{fit} + #(){#frac{dz}{dx}}^{2}_{ref}}}
 561 // END_LATEX
 562 // where qc is the total charge collected in the current time bin and dx is the length
 563 // of the time bin.
 564 // The following correction are applied :
 565 //   - charge : pad row cross corrections
 566 //              [diffusion and TRF assymetry] TODO
 567 //   - dx     : anisochronity, track inclination - see Fit and AliTRDcluster::GetXloc()
 568 //              and AliTRDcluster::GetYloc() for the effects taken into account
 569 //
 570 //Begin_Html
 571 //<img src="TRD/trackletDQDT.gif">
 572 //End_Html
 573 // In the picture the energy loss measured on the tracklet as a function of drift time [left] and respectively
 574 // drift length [right] for different particle species is displayed.
 575 // Author : Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 576 //
 577   Float_t dq = 0.;
 578   // check whether both clusters are inside the chamber
 579   Bool_t hasClusterInChamber = kFALSE;
 580   if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()){
 581     hasClusterInChamber = kTRUE;
 582     dq += TMath::Abs(fClusters[ic]->GetQ());
 583   }
 584   if(fClusters[ic+kNtb] && fClusters[ic+kNtb]->IsInChamber()){
 585     hasClusterInChamber = kTRUE;
 586     dq += TMath::Abs(fClusters[ic+kNtb]->GetQ());
 587   }
 588   if(!hasClusterInChamber) return 0.;
 589   if(dq<1.e-3) return 0.;
 590
 591   Double_t dx = fdX;
 592   if(ic-1>=0 && ic+1<kNtb){
 593     Float_t x2(0.), x1(0.);
 594     // try to estimate upper radial position (find the cluster which is inside the chamber)
 595     if(fClusters[ic-1] && fClusters[ic-1]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1]->GetX();
 596     else if(fClusters[ic-1+kNtb] && fClusters[ic-1+kNtb]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1+kNtb]->GetX();
 597     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic]->GetX()+fdX;
 598     else x2 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()+fdX;
 599     // try to estimate lower radial position (find the cluster which is inside the chamber)
 600     if(fClusters[ic+1] && fClusters[ic+1]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1]->GetX();
 601     else if(fClusters[ic+1+kNtb] && fClusters[ic+1+kNtb]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1+kNtb]->GetX();
 602     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic]->GetX()-fdX;
 603     else x1 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()-fdX;
 604
 605     dx = .5*(x2 - x1);
 606   }
 607   dx *= TMath::Sqrt(1. + fYfit[1]*fYfit[1] + fZref[1]*fZref[1]);
 608   if(dl) (*dl) = dx;
 609   if(dx>1.e-9) return dq/dx;
 610   else return 0.;
 611 }
 612
 613 //____________________________________________________________
 614 Float_t AliTRDseedV1::GetMomentum(Float_t *err) const
 615 {
 616 // Returns momentum of the track after update with the current tracklet as:
 617 // BEGIN_LATEX
 618 // p=#frac{1}{1/p_{t}} #sqrt{1+tgl^{2}}
 619 // END_LATEX
 620 // and optionally the momentum error (if err is not null).
 621 // The estimated variance of the momentum is given by:
 622 // BEGIN_LATEX
 623 // #sigma_{p}^{2} = (#frac{dp}{dp_{t}})^{2} #sigma_{p_{t}}^{2}+(#frac{dp}{dtgl})^{2} #sigma_{tgl}^{2}+2#frac{dp}{dp_{t}}#frac{dp}{dtgl} cov(tgl,1/p_{t})
 624 // END_LATEX
 625 // which can be simplified to
 626 // BEGIN_LATEX
 627 // #sigma_{p}^{2} = p^{2}p_{t}^{4}tgl^{2}#sigma_{tgl}^{2}-2p^{2}p_{t}^{3}tgl cov(tgl,1/p_{t})+p^{2}p_{t}^{2}#sigma_{1/p_{t}}^{2}
 628 // END_LATEX
 629 //
 630
 631   Double_t p = fPt*TMath::Sqrt(1.+fZref[1]*fZref[1]);
 632   Double_t p2 = p*p;
 633   Double_t tgl2 = fZref[1]*fZref[1];
 634   Double_t pt2 = fPt*fPt;
 635   if(err){
 636     Double_t s2 =
 637       p2*tgl2*pt2*pt2*fRefCov[4]
 638      -2.*p2*fZref[1]*fPt*pt2*fRefCov[5]
 639      +p2*pt2*fRefCov[6];
 640     (*err) = TMath::Sqrt(s2);
 641   }
 642   return p;
 643 }
 644
 645
 646 //____________________________________________________________________
 647 Float_t AliTRDseedV1::GetOccupancyTB() const
 648 {
 649 // Returns procentage of TB occupied by clusters
 650
 651   Int_t n(0);
 652   AliTRDcluster *c(NULL);
 653   for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
 654     if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
 655     n++;
 656   }
 657
 658   return Float_t(n)/AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins();
 659 }
 660
 661 //____________________________________________________________________
 662 Float_t* AliTRDseedV1::GetProbability(Bool_t force)
 663 {
 664   if(!force) return &fProb[0];
 665   if(!CookPID()) return NULL;
 666   return &fProb[0];
 667 }
 668
 669 //____________________________________________________________
 670 Bool_t AliTRDseedV1::CookPID()
 671 {
 672 // Fill probability array for tracklet from the DB.
 673 //
 674 // Parameters
 675 //
 676 // Output
 677 //   returns pointer to the probability array and NULL if missing DB access
 678 //
 679 // Retrieve PID probabilities for e+-, mu+-, K+-, pi+- and p+- from the DB according to tracklet information:
 680 // - estimated momentum at tracklet reference point
 681 // - dE/dx measurements
 682 // - tracklet length
 683 // - TRD layer
 684 // According to the steering settings specified in the reconstruction one of the following methods are used
 685 // - Neural Network [default] - option "nn"
 686 // - 2D Likelihood - option "!nn"
 687
 688   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
 689   if (!calibration) {
 690     AliError("No access to calibration data");
 691     return kFALSE;
 692   }
 693
 694   if (!fkReconstructor) {
 695     AliError("Reconstructor not set.");
 696     return kFALSE;
 697   }
 698
 699   // Retrieve the CDB container class with the parametric detector response
 700   const AliTRDCalPID *pd = calibration->GetPIDObject(fkReconstructor->GetPIDMethod());
 701   if (!pd) {
 702     AliError("No access to AliTRDCalPID object");
 703     return kFALSE;
 704   }
 705
 706   // calculate tracklet length TO DO
 707   Float_t length = (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick())/ TMath::Sqrt((1.0 - GetSnp()*GetSnp()) / (1.0 + GetTgl()*GetTgl()));
 708
 709   //calculate dE/dx
 710   CookdEdx(AliTRDCalPID::kNSlicesNN);
 711   AliDebug(4, Form("p=%6.4f[GeV/c] dEdx{%7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f} l=%4.2f[cm]", GetMomentum(), fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7], length));
 712
 713   // Sets the a priori probabilities
 714   Bool_t kPIDNN(fkReconstructor->GetPIDMethod()==AliTRDpidUtil::kNN);
 715   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++)
 716     fProb[ispec] = pd->GetProbability(ispec, GetMomentum(), &fdEdx[0], length, kPIDNN?GetPlane():fkReconstructor->GetRecoParam()->GetPIDLQslices());
 717
 718   return kTRUE;
 719 }
 720
 721 //____________________________________________________________________
 722 Float_t AliTRDseedV1::GetQuality(Bool_t kZcorr) const
 723 {
 724   //
 725   // Returns a quality measurement of the current seed
 726   //
 727
 728   Float_t zcorr = kZcorr ? GetTilt() * (fZfit[0] - fZref[0]) : 0.;
 729   return
 730       .5 * TMath::Abs(18.0 - GetN())
 731     + 10.* TMath::Abs(fYfit[1] - fYref[1])
 732     + 5. * TMath::Abs(fYfit[0] - fYref[0] + zcorr)
 733     + 2. * TMath::Abs(fZfit[0] - fZref[0]) / GetPadLength();
 734 }
 735
 736 //____________________________________________________________________
 737 void AliTRDseedV1::GetCovAt(Double_t x, Double_t *cov) const
 738 {
 739 // Computes covariance in the y-z plane at radial point x (in tracking coordinates)
 740 // and returns the results in the preallocated array cov[3] as :
 741 //   cov[0] = Var(y)
 742 //   cov[1] = Cov(yz)
 743 //   cov[2] = Var(z)
 744 //
 745 // Details
 746 //
 747 // For the linear transformation
 748 // BEGIN_LATEX
 749 // Y = T_{x} X^{T}
 750 // END_LATEX
 751 //   The error propagation has the general form
 752 // BEGIN_LATEX
 753 // C_{Y} = T_{x} C_{X} T_{x}^{T}
 754 // END_LATEX
 755 //  We apply this formula 2 times. First to calculate the covariance of the tracklet
 756 // at point x we consider:
 757 // BEGIN_LATEX
 758 // T_{x} = (1 x); X=(y0 dy/dx); C_{X}=#(){#splitline{Var(y0) Cov(y0, dy/dx)}{Cov(y0, dy/dx) Var(dy/dx)}}
 759 // END_LATEX
 760 // and secondly to take into account the tilt angle
 761 // BEGIN_LATEX
 762 // T_{#alpha} = #(){#splitline{cos(#alpha) __ sin(#alpha)}{-sin(#alpha) __ cos(#alpha)}}; X=(y z); C_{X}=#(){#splitline{Var(y)    0}{0   Var(z)}}
 763 // END_LATEX
 764 //
 765 // using simple trigonometrics one can write for this last case
 766 // BEGIN_LATEX
 767 // C_{Y}=#frac{1}{1+tg^{2}#alpha} #(){#splitline{(#sigma_{y}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{z}^{2}) __ tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})}{tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2}) __ (#sigma_{z}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{y}^{2})}}
 768 // END_LATEX
 769 // which can be aproximated for small alphas (2 deg) with
 770 // BEGIN_LATEX
 771 // C_{Y}=#(){#splitline{#sigma_{y}^{2} __ (#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha}{((#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha __ #sigma_{z}^{2}}}
 772 // END_LATEX
 773 //
 774 // before applying the tilt rotation we also apply systematic uncertainties to the tracklet
 775 // position which can be tunned from outside via the AliTRDrecoParam::SetSysCovMatrix(). They might
 776 // account for extra misalignment/miscalibration uncertainties.
 777 //
 778 // Author :
 779 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 780 // Date : Jan 8th 2009
 781 //
 782
 783
 784   Double_t xr     = fX0-x;
 785   Double_t sy2    = fCov[0] +2.*xr*fCov[1] + xr*xr*fCov[2];
 786   Double_t sz2    = fS2Z;
 787   //GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
 788
 789   // insert systematic uncertainties
 790   if(fkReconstructor){
 791     Double_t sys[15]; memset(sys, 0, 15*sizeof(Double_t));
 792     fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sys);
 793     sy2 += sys[0];
 794     sz2 += sys[1];
 795   }
 796
 797   // rotate covariance matrix if no RC
 798   if(!IsRowCross()){
 799     Double_t t2 = GetTilt()*GetTilt();
 800     Double_t correction = 1./(1. + t2);
 801     cov[0] = (sy2+t2*sz2)*correction;
 802     cov[1] = GetTilt()*(sz2 - sy2)*correction;
 803     cov[2] = (t2*sy2+sz2)*correction;
 804   } else {
 805     cov[0] = sy2; cov[1] = 0.; cov[2] = sy2;
 806   }
 807
 808   AliDebug(4, Form("C(%6.1f %+6.3f %6.1f)  RC[%c]", 1.e4*TMath::Sqrt(cov[0]), cov[1], 1.e4*TMath::Sqrt(cov[2]), IsRowCross()?'y':'n'));
 809 }
 810
 811 //____________________________________________________________
 812 Int_t AliTRDseedV1::GetCovSqrt(const Double_t * const c, Double_t *d)
 813 {
 814 // Helper function to calculate the square root of the covariance matrix.
 815 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d.
 816 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements. Return negative in case of failure.
 817 //
 818 // For calculating the square root of the symmetric matrix c
 819 // the following relation is used:
 820 // BEGIN_LATEX
 821 // C^{1/2} = VD^{1/2}V^{-1}
 822 // END_LATEX
 823 // with V being the matrix with the n eigenvectors as columns.
 824 // In case C is symmetric the followings are true:
 825 //   - matrix D is diagonal with the diagonal given by the eigenvalues of C
 826 //   - V = V^{-1}
 827 //
 828 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 829 // Date   Mar 19 2009
 830
 831   const Double_t kZero(1.e-20);
 832   Double_t l[2], // eigenvalues
 833            v[3]; // eigenvectors
 834   // the secular equation and its solution :
 835   // (c[0]-L)(c[2]-L)-c[1]^2 = 0
 836   // L^2 - L*Tr(c)+DET(c) = 0
 837   // L12 = [Tr(c) +- sqrt(Tr(c)^2-4*DET(c))]/2
 838   Double_t tr = c[0]+c[2],           // trace
 839           det = c[0]*c[2]-c[1]*c[1]; // determinant
 840   if(TMath::Abs(det)<kZero) return 1;
 841   Double_t dd = TMath::Sqrt(tr*tr - 4*det);
 842   l[0] = .5*(tr + dd*(c[0]>c[2]?-1.:1.));
 843   l[1] = .5*(tr + dd*(c[0]>c[2]?1.:-1.));
 844   if(l[0]<kZero || l[1]<kZero) return 2;
 845   // the sym V matrix
 846   // | v00   v10|
 847   // | v10   v11|
 848   Double_t den = (l[0]-c[0])*(l[0]-c[0])+c[1]*c[1];
 849   if(den<kZero){ // almost diagonal
 850     v[0] = TMath::Sign(0., c[1]);
 851     v[1] = TMath::Sign(1., (l[0]-c[0]));
 852     v[2] = TMath::Sign(0., c[1]*(l[0]-c[0])*(l[1]-c[2]));
 853   } else {
 854     Double_t tmp = 1./TMath::Sqrt(den);
 855     v[0] = c[1]* tmp;
 856     v[1] = (l[0]-c[0])*tmp;
 857     if(TMath::Abs(l[1]-c[2])<kZero) v[2] = TMath::Sign(v[0]*(l[0]-c[0])/kZero, (l[1]-c[2]));
 858     else v[2] = v[0]*(l[0]-c[0])/(l[1]-c[2]);
 859   }
 860   // the VD^{1/2}V is:
 861   l[0] = TMath::Sqrt(l[0]); l[1] = TMath::Sqrt(l[1]);
 862   d[0] = v[0]*v[0]*l[0]+v[1]*v[1]*l[1];
 863   d[1] = v[0]*v[1]*l[0]+v[1]*v[2]*l[1];
 864   d[2] = v[1]*v[1]*l[0]+v[2]*v[2]*l[1];
 865
 866   return 0;
 867 }
 868
 869 //____________________________________________________________
 870 Double_t AliTRDseedV1::GetCovInv(const Double_t * const c, Double_t *d)
 871 {
 872 // Helper function to calculate the inverse of the covariance matrix.
 873 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d.
 874 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements
 875 // The return value is the determinant or 0 in case of singularity.
 876 //
 877 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 878 // Date   Mar 19 2009
 879
 880   Double_t det = c[0]*c[2] - c[1]*c[1];
 881   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return 0.;
 882   Double_t invDet = 1./det;
 883   d[0] = c[2]*invDet;
 884   d[1] =-c[1]*invDet;
 885   d[2] = c[0]*invDet;
 886   return det;
 887 }
 888
 889 //____________________________________________________________________
 890 UShort_t AliTRDseedV1::GetVolumeId() const
 891 {
 892 // Returns geometry volume id by delegation
 893
 894   for(Int_t ic(0);ic<kNclusters; ic++){
 895     if(fClusters[ic]) return fClusters[ic]->GetVolumeId();
 896   }
 897   return 0;
 898 }
 899
 900
 901 //____________________________________________________________________
 902 void AliTRDseedV1::Calibrate()
 903 {
 904 // Retrieve calibration and position parameters from OCDB.
 905 // The following information are used
 906 //  - detector index
 907 //  - column and row position of first attached cluster. If no clusters are attached
 908 // to the tracklet a random central chamber position (c=70, r=7) will be used.
 909 //
 910 // The following information is cached in the tracklet
 911 //   t0 (trigger delay)
 912 //   drift velocity
 913 //   PRF width
 914 //   omega*tau = tg(a_L)
 915 //   diffusion coefficients (longitudinal and transversal)
 916 //
 917 // Author :
 918 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 919 // Date : Jan 8th 2009
 920 //
 921
 922   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
 923   if(cdb->GetRun() < 0){
 924     AliError("OCDB manager not properly initialized");
 925     return;
 926   }
 927
 928   AliTRDcalibDB *calib = AliTRDcalibDB::Instance();
 929   AliTRDCalROC  *vdROC = calib->GetVdriftROC(fDet),
 930                 *t0ROC = calib->GetT0ROC(fDet);;
 931   const AliTRDCalDet *vdDet = calib->GetVdriftDet();
 932   const AliTRDCalDet *t0Det = calib->GetT0Det();
 933
 934   Int_t col = 70, row = 7;
 935   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
 936   if(GetN()){
 937     Int_t ic = 0;
 938     while (ic<kNclusters && !(*c)){ic++; c++;}
 939     if(*c){
 940       col = (*c)->GetPadCol();
 941       row = (*c)->GetPadRow();
 942     }
 943   }
 944
 945   fT0    = (t0Det->GetValue(fDet) + t0ROC->GetValue(col,row)) / AliTRDCommonParam::Instance()->GetSamplingFrequency();
 946   fVD    = vdDet->GetValue(fDet) * vdROC->GetValue(col, row);
 947   fS2PRF = calib->GetPRFWidth(fDet, col, row); fS2PRF *= fS2PRF;
 948   fExB   = AliTRDCommonParam::Instance()->GetOmegaTau(fVD);
 949   AliTRDCommonParam::Instance()->GetDiffCoeff(fDiffL,
 950   fDiffT, fVD);
 951   AliDebug(4, Form("Calibration params for Det[%3d] Col[%3d] Row[%2d]\n  t0[%f]  vd[%f]  s2PRF[%f]  ExB[%f]  Dl[%f]  Dt[%f]", fDet, col, row, fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
 952
 953
 954   SetBit(kCalib, kTRUE);
 955 }
 956
 957 //____________________________________________________________________
 958 void AliTRDseedV1::SetOwner()
 959 {
 960   //AliInfo(Form("own [%s] fOwner[%s]", own?"YES":"NO", fOwner?"YES":"NO"));
 961
 962   if(TestBit(kOwner)) return;
 963   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
 964     if(!fClusters[ic]) continue;
 965     fClusters[ic] = new AliTRDcluster(*fClusters[ic]);
 966   }
 967   SetBit(kOwner);
 968 }
 969
 970 //____________________________________________________________
 971 void AliTRDseedV1::SetPadPlane(AliTRDpadPlane * const p)
 972 {
 973 // Shortcut method to initialize pad geometry.
 974   fPad[0] = p->GetLengthIPad();
 975   fPad[1] = p->GetWidthIPad();
 976   fPad[2] = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*p->GetTiltingAngle());
 977   fPad[3] = p->GetRow0() + p->GetAnodeWireOffset();
 978 }
 979
 980
 981
 982 //____________________________________________________________________
 983 Bool_t  AliTRDseedV1::AttachClusters(AliTRDtrackingChamber *const chamber, Bool_t tilt, Bool_t chgPos, Int_t ev)
 984 {
 985 //
 986 // Projective algorithm to attach clusters to seeding tracklets. The following steps are performed :
 987 // 1. Collapse x coordinate for the full detector plane
 988 // 2. truncated mean on y (r-phi) direction
 989 // 3. purge clusters
 990 // 4. truncated mean on z direction
 991 // 5. purge clusters
 992 //
 993 // Parameters
 994 //  - chamber : pointer to tracking chamber container used to search the tracklet
 995 //  - tilt    : switch for tilt correction during road building [default true]
 996 // Output
 997 //  - true    : if tracklet found successfully. Failure can happend because of the following:
 998 //      -
 999 // Detailed description
1000 //
1001 // We start up by defining the track direction in the xy plane and roads. The roads are calculated based
1002 // on tracking information (variance in the r-phi direction) and estimated variance of the standard
1003 // clusters (see AliTRDcluster::SetSigmaY2()) corrected for tilt (see GetCovAt()). From this the road is
1004 // BEGIN_LATEX
1005 // r_{y} = 3*#sqrt{12*(#sigma^{2}_{Trk}(y) + #frac{#sigma^{2}_{cl}(y) + tg^{2}(#alpha_{L})#sigma^{2}_{cl}(z)}{1+tg^{2}(#alpha_{L})})}
1006 // r_{z} = 1.5*L_{pad}
1007 // END_LATEX
1008 //
1009 // Author : Alexandru Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1010 // Debug  : level = 2 for calibration
1011 //          level = 3 for visualization in the track SR
1012 //          level = 4 for full visualization including digit level
1013
1014   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam(); //the dynamic cast in GetRecoParam is slow, so caching the pointer to it
1015
1016   if(!recoParam){
1017     AliError("Tracklets can not be used without a valid RecoParam.");
1018     return kFALSE;
1019   }
1020   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
1021   if (!calibration) {
1022     AliError("No access to calibration data");
1023     return kFALSE;
1024   }
1025   // Retrieve the CDB container class with the parametric likelihood
1026   const AliTRDCalTrkAttach *attach = calibration->GetAttachObject();
1027   if (!attach) {
1028     AliError("No usable AttachClusters calib object.");
1029     return kFALSE;
1030   }
1031
1032   // Initialize reco params for this tracklet
1033   // 1. first time bin in the drift region
1034   Int_t t0 = 14;
1035   Int_t kClmin = Int_t(recoParam->GetFindableClusters()*AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins());
1036   Int_t kTBmin = 4;
1037
1038   Double_t sysCov[5]; recoParam->GetSysCovMatrix(sysCov);
1039   Double_t s2yTrk= fRefCov[0],
1040            s2yCl = 0.,
1041            s2zCl = GetPadLength()*GetPadLength()/12.,
1042            syRef = TMath::Sqrt(s2yTrk),
1043            t2    = GetTilt()*GetTilt();
1044   //define roads
1045   const Double_t kroady = 3.; //recoParam->GetRoad1y();
1046   const Double_t kroadz = GetPadLength() * recoParam->GetRoadzMultiplicator() + 1.;
1047   // define probing cluster (the perfect cluster) and default calibration
1048   Short_t sig[] = {0, 0, 10, 30, 10, 0,0};
1049   AliTRDcluster cp(fDet, 6, 75, 0, sig, 0);
1050   if(fkReconstructor->IsHLT()) cp.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kCOG);
1051   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1052
1053   Int_t kroadyShift(0);
1054   Float_t bz(AliTrackerBase::GetBz());
1055   if(TMath::Abs(bz)>2.){
1056     if(bz<0.) kroadyShift = chgPos ? +1 : -1;
1057     else kroadyShift = chgPos ? -1 : +1;
1058   }
1059   AliDebug(4, Form("\n       syTrk[cm]=%4.2f dydxTrk[deg]=%+6.2f rs[%d] Chg[%c] rY[cm]=%4.2f rZ[cm]=%5.2f TC[%c]", syRef, TMath::ATan(fYref[1])*TMath::RadToDeg(), kroadyShift, chgPos?'+':'-', kroady, kroadz, tilt?'y':'n'));
1060   Double_t phiTrk(TMath::ATan(fYref[1])),
1061            thtTrk(TMath::ATan(fZref[1]));
1062
1063   // working variables
1064   const Int_t kNrows = 16;
1065   const Int_t kNcls  = 3*kNclusters; // buffer size
1066   TObjArray clst[kNrows];
1067   Bool_t blst[kNrows][kNcls];
1068   Double_t cond[4],
1069            dx, dy, dz,
1070            yt, zt,
1071            zc[kNrows],
1072            xres[kNrows][kNcls], yres[kNrows][kNcls], zres[kNrows][kNcls], s2y[kNrows][kNcls];
1073   Int_t idxs[kNrows][kNcls], ncl[kNrows], ncls = 0;
1074   memset(ncl, 0, kNrows*sizeof(Int_t));
1075   memset(zc, 0, kNrows*sizeof(Double_t));
1076   memset(idxs, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Int_t));
1077   memset(xres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1078   memset(yres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1079   memset(zres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1080   memset(s2y, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1081   memset(blst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Bool_t));   //this is 8 times faster to memset than "memset(clst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(AliTRDcluster*))"
1082
1083   Double_t roady(0.), s2Mean(0.), sMean(0.); Int_t ns2Mean(0);
1084
1085   // Do cluster projection and pick up cluster candidates
1086   AliTRDcluster *c(NULL);
1087   AliTRDchamberTimeBin *layer(NULL);
1088   Bool_t kBUFFER = kFALSE;
1089   for (Int_t it = 0; it < kNtb; it++) {
1090     if(!(layer = chamber->GetTB(it))) continue;
1091     if(!Int_t(*layer)) continue;
1092     // get track projection at layers position
1093     dx   = fX0 - layer->GetX();
1094     yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
1095     zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
1096     // get standard cluster error corrected for tilt if selected
1097     cp.SetLocalTimeBin(it);
1098     cp.SetSigmaY2(0.02, fDiffT, fExB, dx, -1./*zt*/, fYref[1]);
1099     s2yCl = cp.GetSigmaY2() + sysCov[0]; if(!tilt) s2yCl = (s2yCl + t2*s2zCl)/(1.+t2);
1100     if(TMath::Abs(it-12)<7){ s2Mean += cp.GetSigmaY2(); ns2Mean++;}
1101     // get estimated road in r-phi direction
1102     roady = TMath::Min(3.*TMath::Sqrt(12.*(s2yTrk + s2yCl)), kroady);
1103
1104     AliDebug(5, Form("\n"
1105       "  %2d xd[cm]=%6.3f yt[cm]=%7.2f zt[cm]=%8.2f\n"
1106       "      syTrk[um]=%6.2f syCl[um]=%6.2f syClTlt[um]=%6.2f\n"
1107       "      Ry[mm]=%f"
1108       , it, dx, yt, zt
1109       , 1.e4*TMath::Sqrt(s2yTrk), 1.e4*TMath::Sqrt(cp.GetSigmaY2()+sysCov[0]), 1.e4*TMath::Sqrt(s2yCl)
1110       , 1.e1*roady));
1111
1112     // get clusters from layer
1113     cond[0] = yt/*+0.5*kroadyShift*kroady*/; cond[2] = roady;
1114     cond[1] = zt; cond[3] = kroadz;
1115     Int_t n=0, idx[6]; layer->GetClusters(cond, idx, n, 6);
1116     for(Int_t ic = n; ic--;){
1117       c  = (*layer)[idx[ic]];
1118       dx = fX0 - c->GetX();
1119       yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
1120       zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
1121       dz = zt - c->GetZ();
1122       dy = yt - (c->GetY() + (tilt ? (GetTilt() * dz) : 0.));
1123       Int_t r = c->GetPadRow();
1124       clst[r].AddAtAndExpand(c, ncl[r]);
1125       blst[r][ncl[r]] = kTRUE;
1126       idxs[r][ncl[r]] = idx[ic];
1127       zres[r][ncl[r]] = dz/GetPadLength();
1128       yres[r][ncl[r]] = dy;
1129       xres[r][ncl[r]] = dx;
1130       zc[r]           = c->GetZ();
1131       // TODO temporary solution to avoid divercences in error parametrization
1132       s2y[r][ncl[r]]  = TMath::Min(c->GetSigmaY2()+sysCov[0], 0.025);
1133       AliDebug(5, Form("   -> dy[cm]=%+7.4f yc[cm]=%7.2f row[%d] idx[%2d]", dy, c->GetY(), r, ncl[r]));
1134       ncl[r]++; ncls++;
1135
1136       if(ncl[r] >= kNcls) {
1137         AliWarning(Form("Cluster candidates row[%d] reached buffer limit[%d]. Some may be lost.", r, kNcls));
1138         kBUFFER = kTRUE;
1139         break;
1140       }
1141     }
1142     if(kBUFFER) break;
1143   }
1144   if(ncls<kClmin){
1145     AliDebug(1, Form("CLUSTERS FOUND %d LESS THAN THRESHOLD %d.", ncls, kClmin));
1146     SetErrorMsg(kAttachClFound);
1147     for(Int_t ir(kNrows);ir--;) clst[ir].Clear();
1148     return kFALSE;
1149   }
1150   if(ns2Mean<kTBmin){
1151     AliDebug(1, Form("CLUSTERS IN TimeBins %d LESS THAN THRESHOLD %d.", ns2Mean, kTBmin));
1152     SetErrorMsg(kAttachClFound);
1153     for(Int_t ir(kNrows);ir--;) clst[ir].Clear();
1154     return kFALSE;
1155   }
1156   s2Mean /= ns2Mean; sMean = TMath::Sqrt(s2Mean);
1157   //Double_t sRef(TMath::Sqrt(s2Mean+s2yTrk)); // reference error parameterization
1158
1159   // organize row candidates
1160   Int_t idxRow[kNrows], nrc(0); Double_t zresRow[kNrows];
1161   for(Int_t ir(0); ir<kNrows; ir++){
1162     idxRow[ir]=-1; zresRow[ir] = 999.;
1163     if(!ncl[ir]) continue;
1164     // get mean z resolution
1165     dz = 0.; for(Int_t ic = ncl[ir]; ic--;) dz += zres[ir][ic]; dz/=ncl[ir];
1166     // insert row
1167     idxRow[nrc] = ir; zresRow[nrc] = TMath::Abs(dz); nrc++;
1168   }
1169   AliDebug(4, Form("Found %d clusters in %d rows. Sorting ...", ncls, nrc));
1170
1171   // sort row candidates
1172   if(nrc>=2){
1173     if(nrc==2){
1174       if(zresRow[0]>zresRow[1]){ // swap
1175         Int_t itmp=idxRow[1]; idxRow[1] = idxRow[0]; idxRow[0] = itmp;
1176         Double_t dtmp=zresRow[1]; zresRow[1] = zresRow[0]; zresRow[0] = dtmp;
1177       }
1178       if(TMath::Abs(idxRow[1] - idxRow[0]) != 1){
1179         SetErrorMsg(kAttachRowGap);
1180         AliDebug(2, Form("Rows attached not continuous. Select first candidate.\n"
1181                     "       row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f",
1182                     idxRow[0], ncl[idxRow[0]], zresRow[0], idxRow[1], idxRow[1]<0?0:ncl[idxRow[1]], zresRow[1]));
1183         nrc=1; idxRow[1] = -1; zresRow[1] = 999.;
1184       }
1185     } else {
1186       Int_t idx0[kNrows];
1187       TMath::Sort(nrc, zresRow, idx0, kFALSE);
1188       nrc = 3; // select only maximum first 3 candidates
1189       Int_t iatmp[] = {-1, -1, -1}; Double_t datmp[] = {999., 999., 999.};
1190       for(Int_t irc(0); irc<nrc; irc++){
1191         iatmp[irc] = idxRow[idx0[irc]];
1192         datmp[irc] = zresRow[idx0[irc]];
1193       }
1194       idxRow[0] = iatmp[0]; zresRow[0] = datmp[0];
1195       idxRow[1] = iatmp[1]; zresRow[1] = datmp[1];
1196       idxRow[2] = iatmp[2]; zresRow[2] = datmp[2]; // temporary
1197       if(TMath::Abs(idxRow[1] - idxRow[0]) != 1){
1198         SetErrorMsg(kAttachRowGap);
1199         AliDebug(2, Form("Rows attached not continuous. Turn on selection.\n"
1200                     "row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f\n"
1201                     "row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f\n"
1202                     "row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f",
1203                     idxRow[0], ncl[idxRow[0]], zresRow[0],
1204                     idxRow[1], ncl[idxRow[1]], zresRow[1],
1205                     idxRow[2], ncl[idxRow[2]], zresRow[2]));
1206         if(TMath::Abs(idxRow[0] - idxRow[2]) == 1){ // select second candidate
1207           AliDebug(2, "Solved ! Remove second candidate.");
1208           nrc = 2;
1209           idxRow[1] = idxRow[2]; zresRow[1] = zresRow[2]; // swap
1210           idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.;              // remove
1211         } else if(TMath::Abs(idxRow[1] - idxRow[2]) == 1){
1212           if(ncl[idxRow[1]]+ncl[idxRow[2]] > ncl[idxRow[0]]){
1213             AliDebug(2, "Solved ! Remove first candidate.");
1214             nrc = 2;
1215             idxRow[0] = idxRow[1]; zresRow[0] = zresRow[1]; // swap
1216             idxRow[1] = idxRow[2]; zresRow[1] = zresRow[2]; // swap
1217           } else {
1218             AliDebug(2, "Solved ! Remove second and third candidate.");
1219             nrc = 1;
1220             idxRow[1] = -1; zresRow[1] = 999.; // remove
1221             idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.; // remove
1222           }
1223         } else {
1224           AliDebug(2, "Unsolved !!! Remove second and third candidate.");
1225           nrc = 1;
1226           idxRow[1] = -1; zresRow[1] = 999.; // remove
1227           idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.; // remove
1228         }
1229       } else { // remove temporary candidate
1230         nrc = 2;
1231         idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.;
1232       }
1233     }
1234   }
1235   AliDebug(4, Form("Sorted row candidates:\n"
1236       "  row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f"
1237       , idxRow[0], ncl[idxRow[0]], zresRow[0], idxRow[1], idxRow[1]<0?0:ncl[idxRow[1]], zresRow[1]));
1238
1239   // initialize debug streamer
1240   TTreeSRedirector *pstreamer(NULL);
1241   if(recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 3 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1242   if(pstreamer){
1243     // save config. for calibration
1244     TVectorD vdy[2], vdx[2], vs2[2];
1245     for(Int_t jr(0); jr<nrc; jr++){
1246       Int_t ir(idxRow[jr]);
1247       vdx[jr].ResizeTo(ncl[ir]); vdy[jr].ResizeTo(ncl[ir]); vs2[jr].ResizeTo(ncl[ir]);
1248       for(Int_t ic(ncl[ir]); ic--;){
1249         vdx[jr](ic) = xres[ir][ic];
1250         vdy[jr](ic) = yres[ir][ic];
1251         vs2[jr](ic) = s2y[ir][ic];
1252       }
1253     }
1254     (*pstreamer) << "AttachClusters4"
1255         << "r0="     << idxRow[0]
1256         << "dz0="    << zresRow[0]
1257         << "dx0="    << &vdx[0]
1258         << "dy0="    << &vdy[0]
1259         << "s20="    << &vs2[0]
1260         << "r1="     << idxRow[1]
1261         << "dz1="    << zresRow[1]
1262         << "dx1="    << &vdx[1]
1263         << "dy1="    << &vdy[1]
1264         << "s21="    << &vs2[1]
1265         << "\n";
1266     vdx[0].Clear(); vdy[0].Clear(); vs2[0].Clear();
1267     vdx[1].Clear(); vdy[1].Clear(); vs2[1].Clear();
1268     if(recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 4){
1269       Int_t idx(idxRow[1]);
1270       if(idx<0){
1271         for(Int_t ir(0); ir<kNrows; ir++){
1272           if(clst[ir].GetEntries()>0) continue;
1273           idx = ir;
1274           break;
1275         }
1276       }
1277       (*pstreamer) << "AttachClusters5"
1278           << "c0.="    << &clst[idxRow[0]]
1279           << "c1.="    << &clst[idx]
1280           << "\n";
1281     }
1282   }
1283
1284 //=======================================================================================
1285   // Analyse cluster topology
1286   Double_t f[kNcls],     // likelihood factors for segments
1287            r[2][kNcls],  // d(dydx) of tracklet candidate with respect to track
1288            xm[2][kNcls], // mean <x>
1289            ym[2][kNcls], // mean <y>
1290            sm[2][kNcls], // mean <s_y>
1291            s[2][kNcls],  // sigma_y
1292            p[2][kNcls],  // prob of Gauss
1293            q[2][kNcls];  // charge/segment
1294   memset(f, 0, kNcls*sizeof(Double_t));
1295   Int_t index[2][kNcls], n[2][kNcls];
1296   memset(n, 0, 2*kNcls*sizeof(Int_t));
1297   Int_t mts(0), nts[2] = {0, 0};   // no of tracklet segments in row
1298   AliTRDpadPlane *pp(AliTRDtransform::Geometry().GetPadPlane(fDet));
1299   AliTRDtrackletOflHelper helper;
1300   Int_t lyDet(AliTRDgeometry::GetLayer(fDet));
1301   for(Int_t jr(0), n0(0); jr<nrc; jr++){
1302     Int_t ir(idxRow[jr]);
1303     // cluster segmentation
1304     Bool_t kInit(kFALSE);
1305     if(jr==0){
1306       n0 = helper.Init(pp, &clst[ir]); kInit = kTRUE;
1307       if(!n0 || (helper.ClassifyTopology() == AliTRDtrackletOflHelper::kNormal)){
1308         nts[jr] = 1; memset(index[jr], 0, ncl[ir]*sizeof(Int_t));
1309         n[jr][0] = ncl[ir];
1310       }
1311     }
1312     if(!n[jr][0]){
1313       nts[jr] = AliTRDtrackletOflHelper::Segmentation(ncl[ir], xres[ir], yres[ir], index[jr]);
1314       for(Int_t ic(ncl[ir]);ic--;) n[jr][index[jr][ic]]++;
1315     }
1316     mts += nts[jr];
1317
1318     // tracklet segment processing
1319     for(Int_t its(0); its<nts[jr]; its++){
1320       if(n[jr][its]<=2) {   // don't touch small segments
1321         xm[jr][its] = 0.;ym[jr][its] = 0.;sm[jr][its] = 0.;
1322         for(Int_t ic(ncl[ir]); ic--;){
1323           if(its != index[jr][ic]) continue;
1324           ym[jr][its] += yres[ir][ic];
1325           xm[jr][its] += xres[ir][ic];
1326           sm[jr][its] += TMath::Sqrt(s2y[ir][ic]);
1327         }
1328         if(n[jr][its]==2){ xm[jr][its] *= 0.5; ym[jr][its] *= 0.5; sm[jr][its] *= 0.5;}
1329         xm[jr][its]= fX0 - xm[jr][its];
1330         r[jr][its] = 0.;
1331         s[jr][its] = 1.e-5;
1332         p[jr][its] = 1.;
1333         q[jr][its] = -1.;
1334         continue;
1335       }
1336
1337       // for longer tracklet segments
1338       if(!kInit) n0 = helper.Init(pp, &clst[ir], index[jr], its);
1339       Int_t n1 = helper.GetRMS(r[jr][its], ym[jr][its], s[jr][its], fX0/*xm[jr][its]*/);
1340       p[jr][its]  = Double_t(n1)/n0;
1341       sm[jr][its] = helper.GetSyMean();
1342       q[jr][its]  = helper.GetQ()/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
1343       xm[jr][its] = fX0;
1344       Double_t dxm= fX0 - xm[jr][its];
1345       yt = fYref[0] - fYref[1]*dxm;
1346       zt = fZref[0] - fZref[1]*dxm;
1347       // correct tracklet fit for tilt
1348       ym[jr][its]+= GetTilt()*(zt - zc[ir]);
1349       r[jr][its] += GetTilt() * fZref[1];
1350       // correct tracklet fit for track position/inclination
1351       ym[jr][its] = yt - ym[jr][its];
1352       r[jr][its]  = (r[jr][its] - fYref[1])/(1+r[jr][its]*fYref[1]);
1353       // report inclination in radians
1354       r[jr][its] = TMath::ATan(r[jr][its]);
1355       if(jr) continue; // calculate only for first row likelihoods
1356
1357       f[its] = attach->CookLikelihood(chgPos, lyDet, fPt, phiTrk, n[jr][its], ym[jr][its]/*sRef*/, r[jr][its]*TMath::RadToDeg(), s[jr][its]/sm[jr][its]);
1358     }
1359   }
1360   AliDebug(4, Form("   Tracklet candidates: row[%2d] = %2d row[%2d] = %2d:", idxRow[0], nts[0], idxRow[1], nts[1]));
1361   if(AliLog::GetDebugLevel("TRD", "AliTRDseedV1")>3){
1362     for(Int_t jr(0); jr<nrc; jr++){
1363       Int_t ir(idxRow[jr]);
1364       for(Int_t its(0); its<nts[jr]; its++){
1365         printf("  segId[%2d] row[%2d] Ncl[%2d] x[cm]=%7.2f dz[pu]=%4.2f dy[mm]=%+7.3f r[deg]=%+6.2f p[%%]=%6.2f s[um]=%7.2f\n",
1366             its, ir, n[jr][its], xm[jr][its], zresRow[jr], 1.e1*ym[jr][its], r[jr][its]*TMath::RadToDeg(), 100.*p[jr][its], 1.e4*s[jr][its]);
1367       }
1368     }
1369   }
1370   if(!pstreamer && recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 2 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1371   if(pstreamer){
1372     // save config. for calibration
1373     TVectorD vidx, vn, vx, vy, vr, vs, vsm, vp, vf;
1374     vidx.ResizeTo(ncl[idxRow[0]]+(idxRow[1]<0?0:ncl[idxRow[1]]));
1375     vn.ResizeTo(mts);
1376     vx.ResizeTo(mts);
1377     vy.ResizeTo(mts);
1378     vr.ResizeTo(mts);
1379     vs.ResizeTo(mts);
1380     vsm.ResizeTo(mts);
1381     vp.ResizeTo(mts);
1382     vf.ResizeTo(mts);
1383     for(Int_t jr(0), jts(0), jc(0); jr<nrc; jr++){
1384        Int_t ir(idxRow[jr]);
1385        for(Int_t its(0); its<nts[jr]; its++, jts++){
1386         vn[jts] = n[jr][its];
1387         vx[jts] = xm[jr][its];
1388         vy[jts] = ym[jr][its];
1389         vr[jts] = r[jr][its];
1390         vs[jts] = s[jr][its];
1391         vsm[jts]= sm[jr][its];
1392         vp[jts] = p[jr][its];
1393         vf[jts] = jr?-1.:f[its];
1394       }
1395       for(Int_t ic(0); ic<ncl[ir]; ic++, jc++) vidx[jc] = index[jr][ic];
1396     }
1397     (*pstreamer) << "AttachClusters3"
1398         << "idx="    << &vidx
1399         << "n="      << &vn
1400         << "x="      << &vx
1401         << "y="      << &vy
1402         << "r="      << &vr
1403         << "s="      << &vs
1404         << "sm="     << &vsm
1405         << "p="      << &vp
1406         << "f="      << &vf
1407         << "\n";
1408   }
1409
1410 //=========================================================
1411   // Get seed tracklet segment
1412   Int_t idx2[kNcls]; memset(idx2, 0, kNcls*sizeof(Int_t)); // seeding indexing
1413   if(nts[0]>1) TMath::Sort(nts[0], f, idx2);
1414   Int_t is(idx2[0]); // seed index
1415   Int_t     idxTrklt[kNcls],
1416             kts(0),
1417             nTrklt(n[0][is]);
1418   Double_t  fTrklt(f[is]),
1419             rTrklt(r[0][is]),
1420             yTrklt(ym[0][is]),
1421             sTrklt(s[0][is]),
1422             smTrklt(sm[0][is]),
1423             xTrklt(xm[0][is]),
1424             pTrklt(p[0][is]),
1425             qTrklt(q[0][is]);
1426   memset(idxTrklt, 0, kNcls*sizeof(Int_t));
1427   // check seed idx2[0] exit if not found
1428   if(f[is]<1.e-2){
1429     AliDebug(1, Form("Seed   seg[%d] row[%2d] n[%2d] f[%f]<0.01.", is, idxRow[0], n[0][is], f[is]));
1430     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1431     if(!pstreamer && recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 1 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1432     if(pstreamer){
1433       UChar_t stat(0);
1434       if(IsKink()) SETBIT(stat, 1);
1435       if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 2);
1436       if(IsRowCross()) SETBIT(stat, 3);
1437       SETBIT(stat, 4); // set error bit
1438       TVectorD vidx; vidx.ResizeTo(1); vidx[0] = is;
1439       (*pstreamer) << "AttachClusters2"
1440           << "stat="   << stat
1441           << "ev="     << ev
1442           << "chg="    << chgPos
1443           << "det="    << fDet
1444           << "x0="     << fX0
1445           << "y0="     << fYref[0]
1446           << "z0="     << fZref[0]
1447           << "phi="    << phiTrk
1448           << "tht="    << thtTrk
1449           << "pt="     << fPt
1450           << "s2Trk="  << s2yTrk
1451           << "s2Cl="   << s2Mean
1452           << "idx="    << &vidx
1453           << "n="      << nTrklt
1454           << "f="      << fTrklt
1455           << "x="      << xTrklt
1456           << "y="      << yTrklt
1457           << "r="      << rTrklt
1458           << "s="      << sTrklt
1459           << "sm="     << smTrklt
1460           << "p="      << pTrklt
1461           << "q="      << qTrklt
1462           << "\n";
1463     }
1464     return kFALSE;
1465   }
1466   AliDebug(2, Form("Seed   seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] r[%+5.2f] s[%+5.2f] f[%5.3f] q[%6.2f]", is, idxRow[0], n[0][is], ym[0][is], r[0][is]*TMath::RadToDeg(), s[0][is]/sm[0][is], f[is], q[0][is]));
1467
1468   // save seeding segment in the helper
1469   idxTrklt[kts++] = is;
1470   helper.Init(pp, &clst[idxRow[0]], index[0], is);
1471   AliTRDtrackletOflHelper test; // helper to test segment expantion
1472   Float_t rcLikelihood(0.); SetBit(kRowCross, kFALSE);
1473   Double_t dyRez[kNcls]; Int_t idx3[kNcls];
1474
1475   //=========================================================
1476   // Define filter parameters from OCDB
1477   Int_t kNSgmDy[2]; attach->GetNsgmDy(kNSgmDy[0], kNSgmDy[1]);
1478   Float_t kLikeMinRelDecrease[2]; attach->GetLikeMinRelDecrease(kLikeMinRelDecrease[0], kLikeMinRelDecrease[1]);
1479   Float_t kRClikeLimit(attach->GetRClikeLimit());
1480
1481   //=========================================================
1482   // Try attaching next segments from first row (if any)
1483   if(nts[0]>1){
1484     Int_t jr(0), ir(idxRow[jr]);
1485     // organize  secondary sgms. in decreasing order of their distance from seed
1486     memset(dyRez, 0, nts[jr]*sizeof(Double_t));
1487     for(Int_t jts(1); jts<nts[jr]; jts++) {
1488       Int_t its(idx2[jts]);
1489       Double_t rot(TMath::Tan(r[0][is]));
1490       dyRez[its] = TMath::Abs(ym[0][is] - ym[jr][its] + rot*(xm[0][is]-xm[jr][its]));
1491     }
1492     TMath::Sort(nts[jr], dyRez, idx3, kFALSE);
1493     for (Int_t jts(1); jts<nts[jr]; jts++) {
1494       Int_t its(idx3[jts]);
1495       if(dyRez[its] > kNSgmDy[jr]*smTrklt){
1496         AliDebug(2, Form("Reject seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] > %d*s[%f].", its, idxRow[jr], n[jr][its], dyRez[its], kNSgmDy[jr], kNSgmDy[jr]*smTrklt));
1497         continue;
1498       }
1499
1500       test = helper;
1501       Int_t n0 = test.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1502       Double_t rt, dyt, st, xt, smt, pt, qt, ft;
1503       Int_t n1 = test.GetRMS(rt, dyt, st, fX0/*xt*/);
1504       pt = Double_t(n1)/n0;
1505       smt = test.GetSyMean();
1506       qt  = test.GetQ()/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
1507       xt  = fX0;
1508       // correct position
1509       Double_t dxm= fX0 - xt;
1510       yt = fYref[0] - fYref[1]*dxm;
1511       zt = fZref[0] - fZref[1]*dxm;
1512       // correct tracklet fit for tilt
1513       dyt+= GetTilt()*(zt - zc[idxRow[0]]);
1514       rt += GetTilt() * fZref[1];
1515       // correct tracklet fit for track position/inclination
1516       dyt  = yt - dyt;
1517       rt   = (rt - fYref[1])/(1+rt*fYref[1]);
1518       // report inclination in radians
1519       rt = TMath::ATan(rt);
1520
1521       ft = (n0>=2) ? attach->CookLikelihood(chgPos, lyDet, fPt, phiTrk, n0,  dyt/*sRef*/, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt) : 0.;
1522       Bool_t kAccept(ft>=fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr]));
1523
1524       AliDebug(2, Form("%s seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] r[%+5.2f] s[%+5.2f] f[%f] < %4.2f*F[%f].",
1525         (kAccept?"Adding":"Reject"), its, idxRow[jr], n0, dyt, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt, ft, 1.-kLikeMinRelDecrease[jr], fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr])));
1526       if(kAccept){
1527         idxTrklt[kts++] = its;
1528         nTrklt = n0;
1529         fTrklt = ft;
1530         rTrklt = rt;
1531         yTrklt = dyt;
1532         sTrklt = st;
1533         smTrklt= smt;
1534         xTrklt = xt;
1535         pTrklt = pt;
1536         qTrklt = qt;
1537         helper.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1538       }
1539     }
1540   }
1541
1542   //=========================================================
1543   // Try attaching next segments from second row (if any)
1544   if(nts[1] && (rcLikelihood = zresRow[0]/zresRow[1]) > kRClikeLimit){
1545     // organize  secondaries in decreasing order of their distance from seed
1546     Int_t jr(1), ir(idxRow[jr]);
1547     memset(dyRez, 0, nts[jr]*sizeof(Double_t));
1548     Double_t rot(TMath::Tan(r[0][is]));
1549     for(Int_t jts(0); jts<nts[jr]; jts++) {
1550       dyRez[jts] = TMath::Abs(ym[0][is] - ym[jr][jts] + rot*(xm[0][is]-xm[jr][jts]));
1551     }
1552     TMath::Sort(nts[jr], dyRez, idx3, kFALSE);
1553     for (Int_t jts(0); jts<nts[jr]; jts++) {
1554       Int_t its(idx3[jts]);
1555       if(dyRez[its] > kNSgmDy[jr]*smTrklt){
1556         AliDebug(2, Form("Reject seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] > %d*s[%f].", its, idxRow[jr], n[jr][its], dyRez[its], kNSgmDy[jr], kNSgmDy[jr]*smTrklt));
1557         continue;
1558       }
1559
1560       test = helper;
1561       Int_t n0 = test.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1562       Double_t rt, dyt, st, xt, smt, pt, qt, ft;
1563       Int_t n1 = test.GetRMS(rt, dyt, st, fX0/*xt*/);
1564       pt = Double_t(n1)/n0;
1565       smt = test.GetSyMean();
1566       qt  = test.GetQ()/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
1567       xt  = fX0;
1568       // correct position
1569       Double_t dxm= fX0 - xt;
1570       yt = fYref[0] - fYref[1]*dxm;
1571       zt = fZref[0] - fZref[1]*dxm;
1572       // correct tracklet fit for tilt
1573       dyt+= GetTilt()*(zt - zc[idxRow[0]]);
1574       rt += GetTilt() * fZref[1];
1575       // correct tracklet fit for track position/inclination
1576       dyt  = yt - dyt;
1577       rt   = (rt - fYref[1])/(1+rt*fYref[1]);
1578       // report inclination in radians
1579       rt = TMath::ATan(rt);
1580
1581       ft = (n0>=2) ? attach->CookLikelihood(chgPos, lyDet, fPt, phiTrk, n0,  dyt/*sRef*/, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt) : 0.;
1582       Bool_t kAccept(ft>=fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr]));
1583
1584       AliDebug(2, Form("%s seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] r[%+5.2f] s[%+5.2f] f[%f] < %4.2f*F[%f].",
1585         (kAccept?"Adding":"Reject"), its, idxRow[jr], n0, dyt, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt, ft, 1.-kLikeMinRelDecrease[jr], fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr])));
1586       if(kAccept){
1587         idxTrklt[kts++] = its;
1588         nTrklt = n0;
1589         fTrklt = ft;
1590         rTrklt = rt;
1591         yTrklt = dyt;
1592         sTrklt = st;
1593         smTrklt= smt;
1594         xTrklt = xt;
1595         pTrklt = pt;
1596         qTrklt = qt;
1597         helper.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1598         SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1599       }
1600     }
1601   }
1602   // clear local copy of clusters
1603   for(Int_t ir(0); ir<kNrows; ir++) clst[ir].Clear();
1604
1605   if(!pstreamer && recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 1 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1606   if(pstreamer){
1607     UChar_t stat(0);
1608     if(IsKink()) SETBIT(stat, 1);
1609     if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 2);
1610     if(IsRowCross()) SETBIT(stat, 3);
1611     TVectorD vidx; vidx.ResizeTo(kts);
1612     for(Int_t its(0); its<kts; its++) vidx[its] = idxTrklt[its];
1613     (*pstreamer) << "AttachClusters2"
1614         << "stat="   << stat
1615         << "ev="     << ev
1616         << "chg="    << chgPos
1617         << "det="    << fDet
1618         << "x0="     << fX0
1619         << "y0="     << fYref[0]
1620         << "z0="     << fZref[0]
1621         << "phi="    << phiTrk
1622         << "tht="    << thtTrk
1623         << "pt="     << fPt
1624         << "s2Trk="  << s2yTrk
1625         << "s2Cl="   << s2Mean
1626         << "idx="    << &vidx
1627         << "n="      << nTrklt
1628         << "q="      << qTrklt
1629         << "f="      << fTrklt
1630         << "x="      << xTrklt
1631         << "y="      << yTrklt
1632         << "r="      << rTrklt
1633         << "s="      << sTrklt
1634         << "sm="     << smTrklt
1635         << "p="      << pTrklt
1636         << "\n";
1637   }
1638
1639
1640   //=========================================================
1641   // Store clusters
1642   Int_t nselected(0), nc(0);
1643   TObjArray *selected(helper.GetClusters());
1644   if(!selected || !(nselected = selected->GetEntriesFast())){
1645     AliError("Cluster candidates missing !!!");
1646     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1647     return kFALSE;
1648   }
1649   for(Int_t ic(0); ic<nselected; ic++){
1650     if(!(c = (AliTRDcluster*)selected->At(ic))) continue;
1651     Int_t it(c->GetPadTime()),
1652           jr(Int_t(helper.GetRow() != c->GetPadRow())),
1653           idx(it+kNtb*jr);
1654     if(fClusters[idx]){
1655       AliDebug(1, Form("Multiple clusters/tb for D[%03d] Tb[%02d] Row[%2d]", fDet, it, c->GetPadRow()));
1656       continue; // already booked
1657     }
1658     // TODO proper indexing of clusters !!
1659     fIndexes[idx]  = chamber->GetTB(it)->GetGlobalIndex(idxs[idxRow[jr]][ic]);
1660     fClusters[idx] = c;
1661     nc++;
1662   }
1663   AliDebug(2, Form("Clusters Found[%2d] Attached[%2d] RC[%c]", nselected, nc, IsRowCross()?'y':'n'));
1664
1665   // number of minimum numbers of clusters expected for the tracklet
1666   if (nc < kClmin){
1667     AliDebug(1, Form("NOT ENOUGH CLUSTERS %d ATTACHED TO THE TRACKLET [min %d] FROM FOUND %d.", nc, kClmin, ncls));
1668     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1669     return kFALSE;
1670   }
1671   SetN(nc);
1672
1673   // Load calibration parameters for this tracklet
1674   //Calibrate();
1675
1676   // calculate dx for time bins in the drift region (calibration aware)
1677   Float_t x[2] = {0.,0.}; Int_t tb[2]={0,0};
1678   for (Int_t it = t0, irp=0; irp<2 && it < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); it++) {
1679     if(!fClusters[it]) continue;
1680     x[irp]  = fClusters[it]->GetX();
1681     tb[irp] = fClusters[it]->GetLocalTimeBin();
1682     irp++;
1683   }
1684   Int_t dtb = tb[1] - tb[0];
1685   fdX = dtb ? (x[0] - x[1]) / dtb : 0.15;
1686   return kTRUE;
1687 }
1688
1689 //____________________________________________________________
1690 void AliTRDseedV1::Bootstrap(const AliTRDReconstructor *rec)
1691 {
1692 //   Fill in all derived information. It has to be called after recovery from file or HLT.
1693 //   The primitive data are
1694 //   - list of clusters
1695 //   - detector (as the detector will be removed from clusters)
1696 //   - position of anode wire (fX0) - temporary
1697 //   - track reference position and direction
1698 //   - momentum of the track
1699 //   - time bin length [cm]
1700 //
1701 //   A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> Oct 30th 2008
1702 //
1703   fkReconstructor = rec;
1704   AliTRDgeometry g;
1705   SetPadPlane(g.GetPadPlane(fDet));
1706
1707   //fSnp = fYref[1]/TMath::Sqrt(1+fYref[1]*fYref[1]);
1708   //fTgl = fZref[1];
1709   Int_t n = 0, nshare = 0, nused = 0;
1710   AliTRDcluster **cit = &fClusters[0];
1711   for(Int_t ic = kNclusters; ic--; cit++){
1712     if(!(*cit)) return;
1713     n++;
1714     if((*cit)->IsShared()) nshare++;
1715     if((*cit)->IsUsed()) nused++;
1716   }
1717   SetN(n); SetNUsed(nused); SetNShared(nshare);
1718   Fit();
1719   CookLabels();
1720   GetProbability();
1721 }
1722
1723
1724 //____________________________________________________________________
1725 Bool_t AliTRDseedV1::Fit(UChar_t opt)
1726 {
1727 //
1728 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
1729 //
1730 // Parameters :
1731 //   - opt : switch for tilt pad correction of cluster y position. Options are
1732 //           0 no correction [default]
1733 //           1 full tilt correction [dz/dx and z0]
1734 //           2 pseudo tilt correction [dz/dx from pad-chamber geometry]
1735 //
1736 // Output :
1737 //  True if successful
1738 //
1739 // Detailed description
1740 //
1741 //            Fit in the xy plane
1742 //
1743 // The fit is performed to estimate the y position of the tracklet and the track
1744 // angle in the bending plane. The clusters are represented in the chamber coordinate
1745 // system (with respect to the anode wire - see AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation()
1746 // on how this is set). The x and y position of the cluster and also their variances
1747 // are known from clusterizer level (see AliTRDcluster::GetXloc(), AliTRDcluster::GetYloc(),
1748 // AliTRDcluster::GetSX() and AliTRDcluster::GetSY()).
1749 // If gaussian approximation is used to calculate y coordinate of the cluster the position
1750 // is recalculated taking into account the track angle. The general formula to calculate the
1751 // error of cluster position in the gaussian approximation taking into account diffusion and track
1752 // inclination is given for TRD by:
1753 // BEGIN_LATEX
1754 // #sigma^{2}_{y} = #sigma^{2}_{PRF} + #frac{x#delta_{t}^{2}}{(1+tg(#alpha_{L}))^{2}} + #frac{x^{2}tg^{2}(#phi-#alpha_{L})tg^{2}(#alpha_{L})}{12}
1755 // END_LATEX
1756 //
1757 // Since errors are calculated only in the y directions, radial errors (x direction) are mapped to y
1758 // by projection i.e.
1759 // BEGIN_LATEX
1760 // #sigma_{x|y} = tg(#phi) #sigma_{x}
1761 // END_LATEX
1762 // and also by the lorentz angle correction
1763 //
1764 //            Fit in the xz plane
1765 //
1766 // The "fit" is performed to estimate the radial position (x direction) where pad row cross happens.
1767 // If no pad row crossing the z position is taken from geometry and radial position is taken from the xy
1768 // fit (see below).
1769 //
1770 // There are two methods to estimate the radial position of the pad row cross:
1771 //   1. leading cluster radial position : Here the lower part of the tracklet is considered and the last
1772 // cluster registered (at radial x0) on this segment is chosen to mark the pad row crossing. The error
1773 // of the z estimate is given by :
1774 // BEGIN_LATEX
1775 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1776 // END_LATEX
1777 // The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1778 //   - no charge sharing between pad rows is considered (sharp cross)
1779 //   - missing cluster at row cross (noise peak-up, under-threshold signal etc.).
1780 //
1781 //   2. charge fit over the crossing point : Here the full energy deposit along the tracklet is considered
1782 // to estimate the position of the crossing by a fit in the qx plane. The errors in the q directions are
1783 // parameterized as s_q = q^2. The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1784 //   - no general model for the qx dependence
1785 //   - physical fluctuations of the charge deposit
1786 //   - gain calibration dependence
1787 //
1788 //            Estimation of the radial position of the tracklet
1789 //
1790 // For pad row cross the radial position is taken from the xz fit (see above). Otherwise it is taken as the
1791 // interpolation point of the tracklet i.e. the point where the error in y of the fit is minimum. The error
1792 // in the y direction of the tracklet is (see AliTRDseedV1::GetCovAt()):
1793 // BEGIN_LATEX
1794 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} + 2xcov(y_{0}, dy/dx) + #sigma^{2}_{dy/dx}
1795 // END_LATEX
1796 // and thus the radial position is:
1797 // BEGIN_LATEX
1798 // x = - cov(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx}
1799 // END_LATEX
1800 //
1801 //            Estimation of tracklet position error
1802 //
1803 // The error in y direction is the error of the linear fit at the radial position of the tracklet while in the z
1804 // direction is given by the cluster error or pad row cross error. In case of no pad row cross this is given by:
1805 // BEGIN_LATEX
1806 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} - 2cov^{2}(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx} + #sigma^{2}_{dy/dx}
1807 // #sigma_{z} = Pad_{length}/12
1808 // END_LATEX
1809 // For pad row cross the full error is calculated at the radial position of the crossing (see above) and the error
1810 // in z by the width of the crossing region - being a matter of parameterization.
1811 // BEGIN_LATEX
1812 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1813 // END_LATEX
1814 // In case of no tilt correction (default in the barrel tracking) the tilt is taken into account by the rotation of
1815 // the covariance matrix. See AliTRDseedV1::GetCovAt() for details.
1816 //
1817 // Author
1818 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1819
1820   if(!fkReconstructor){
1821     AliError("The tracklet needs the reconstruction setup. Please initialize by SetReconstructor().");
1822     return kFALSE;
1823   }
1824   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1825   if(opt>2){
1826     AliWarning(Form("Option [%d] outside range [0, 2]. Using default",opt));
1827     opt=0;
1828   }
1829
1830   const Int_t kClmin = 8;
1831   const Float_t kScalePulls = 10.; // factor to scale y pulls - NOT UNDERSTOOD
1832   // get track direction
1833   Double_t y0   = fYref[0];
1834   Double_t dydx = fYref[1];
1835   Double_t z0   = fZref[0];
1836   Double_t dzdx = fZref[1];
1837
1838   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterY;
1839   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterZ;
1840
1841   // book cluster information
1842   Double_t qc[kNclusters], xc[kNclusters], yc[kNclusters], zc[kNclusters], sy[kNclusters];
1843
1844   Bool_t tilt(opt==1)       // full tilt correction
1845         ,pseudo(opt==2)     // pseudo tilt correction
1846         ,rc(IsRowCross())   // row cross candidate
1847         ,kDZDX(IsPrimary());// switch dzdx calculation for barrel primary tracks
1848   Int_t n(0);   // clusters used in fit
1849   AliTRDcluster *c(NULL), *cc(NULL), **jc = &fClusters[0];
1850   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam(); //the dynamic cast in GetRecoParam is slow, so caching the pointer to it
1851
1852   const Char_t *tcName[]={"NONE", "FULL", "HALF"};
1853   AliDebug(2, Form("Options : TC[%s] dzdx[%c]", tcName[opt], kDZDX?'Y':'N'));
1854
1855
1856   for (Int_t ic=0; ic<kNclusters; ic++, ++jc) {
1857     xc[ic]  = -1.; yc[ic]  = 999.; zc[ic]  = 999.; sy[ic]  = 0.;
1858     if(!(c = (*jc))) continue;
1859     if(!c->IsInChamber()) continue;
1860     // compute pseudo tilt correction
1861     if(kDZDX){
1862       fZfit[0] = c->GetZ();
1863       if(rc){
1864         for(Int_t kc=AliTRDseedV1::kNtb; kc<AliTRDseedV1::kNclusters; kc++){
1865           if(!(cc=fClusters[kc])) continue;
1866           if(!cc->IsInChamber()) continue;
1867           fZfit[0] += cc->GetZ(); fZfit[0] *= 0.5;
1868           break;
1869         }
1870       }
1871       fZfit[1] = fZfit[0]/fX0;
1872       if(rc){
1873         fZfit[0] += fZfit[1]*0.5*AliTRDgeometry::CdrHght();
1874         fZfit[1] = fZfit[0]/fX0;
1875       }
1876       kDZDX=kFALSE;
1877     }
1878
1879     Float_t w = 1.;
1880     if(c->GetNPads()>4) w = .5;
1881     if(c->GetNPads()>5) w = .2;
1882
1883     // cluster charge
1884     qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1885     // pad row of leading
1886
1887     xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1888
1889     // Recalculate cluster error based on tracking information
1890     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], -1./*zcorr?zt:-1.*/, dydx);
1891     c->SetSigmaZ2(fPad[0]*fPad[0]/12.); // for HLT
1892     sy[n]  = TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2());
1893
1894     yc[n]  = recoParam->UseGAUS() ?
1895       c->GetYloc(y0, sy[n], GetPadWidth()): c->GetY();
1896     zc[n]   = c->GetZ();
1897
1898     //optional r-phi correction
1899     //printf("   n[%2d] yc[%7.5f] ", n, yc[n]);
1900     Float_t correction(0.);
1901     if(tilt) correction = fPad[2]*(xc[n]*dzdx + zc[n] - z0);
1902     else if(pseudo) correction = fPad[2]*(xc[n]*fZfit[1] + zc[n]-fZfit[0]);
1903     yc[n]-=correction;
1904     //printf("corr(%s%s)[%7.5f] yc1[%7.5f]\n", (tilt?"TC":""), (zcorr?"PC":""), correction, yc[n]);
1905
1906     AliDebug(5, Form("  tb[%2d] dx[%6.3f] y[%6.2f+-%6.3f]", c->GetLocalTimeBin(), xc[n], yc[n], sy[n]));
1907     fitterY.AddPoint(&xc[n], yc[n], sy[n]);
1908     if(rc) fitterZ.AddPoint(&xc[n], qc[n]*(ic<kNtb?1.:-1.), 1.);
1909     n++;
1910   }
1911
1912   // to few clusters
1913   if (n < kClmin){
1914     AliDebug(1, Form("Not enough clusters to fit. Clusters: Attached[%d] Fit[%d].", GetN(), n));
1915     SetErrorMsg(kFitCl);
1916     return kFALSE;
1917   }
1918   // fit XY
1919   if(!fitterY.Eval()){
1920     AliDebug(1, "Fit Y failed.");
1921     SetErrorMsg(kFitFailedY);
1922     return kFALSE;
1923   }
1924   fYfit[0] = fitterY.GetFunctionParameter(0);
1925   fYfit[1] = -fitterY.GetFunctionParameter(1);
1926   // store covariance
1927   Double_t p[3];
1928   fitterY.GetCovarianceMatrix(p);
1929   fCov[0] = kScalePulls*p[1]; // variance of y0
1930   fCov[1] = kScalePulls*p[2]; // covariance of y0, dydx
1931   fCov[2] = kScalePulls*p[0]; // variance of dydx
1932   // the ref radial position is set at the minimum of
1933   // the y variance of the tracklet
1934   fX   = -fCov[1]/fCov[2];
1935   fS2Y = fCov[0] +2.*fX*fCov[1] + fX*fX*fCov[2];
1936
1937   Float_t xs=fX+.5*AliTRDgeometry::CamHght();
1938   if(xs < 0. || xs > AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght()){
1939     AliDebug(1, Form("Ref radial position ouside chamber x[%5.2f].", fX));
1940     SetErrorMsg(kFitFailedY);
1941     return kFALSE;
1942   }
1943
1944 /*    // THE LEADING CLUSTER METHOD for z fit
1945     Float_t xMin = fX0;
1946     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1947     AliTRDcluster *c0 =0x0, **kc = &fClusters[kNtb-1];
1948     for(; ic>kNtb; ic--, --jc, --kc){
1949       if((c0 = (*kc)) && c0->IsInChamber() && (xMin>c0->GetX())) xMin = c0->GetX();
1950       if(!(c = (*jc))) continue;
1951       if(!c->IsInChamber()) continue;
1952       zc[kNclusters-1] = c->GetZ();
1953       fX = fX0 - c->GetX();
1954     }
1955     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1956     // Error parameterization
1957     fS2Z     = fdX*fZref[1];
1958     fS2Z    *= fS2Z; fS2Z    *= 0.2887; //  1/sqrt(12)*/
1959
1960   // fit QZ
1961   if(opt!=1 && IsRowCross()){
1962     if(!fitterZ.Eval()) SetErrorMsg(kFitFailedZ);
1963     if(!HasError(kFitFailedZ) && TMath::Abs(fitterZ.GetFunctionParameter(1))>1.e-10){
1964       // TODO - one has to recalculate xy fit based on
1965       // better knowledge of z position
1966 //       Double_t x = -fitterZ.GetFunctionParameter(0)/fitterZ.GetFunctionParameter(1);
1967 //       Double_t z0 = .5*(zc[0]+zc[n-1]);
1968 //       fZfit[0] = z0 + fZfit[1]*x;
1969 //       fZfit[1] = fZfit[0]/fX0;
1970 //       redo fit on xy plane
1971     }
1972     // temporary external error parameterization
1973     fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZref[1]); fS2Z *= fS2Z;
1974     // TODO correct formula
1975     //fS2Z     = sigma_x*TMath::Abs(fZref[1]);
1976   } else {
1977     //fZfit[0] = zc[0] + dzdx*0.5*AliTRDgeometry::CdrHght();
1978     fS2Z     = GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
1979   }
1980   return kTRUE;
1981 }
1982
1983
1984 //____________________________________________________________________
1985 Bool_t AliTRDseedV1::FitRobust(Bool_t chg)
1986 {
1987 //
1988 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
1989 //
1990 // Author
1991 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1992
1993   TTreeSRedirector *pstreamer(NULL);
1994   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam();   if(recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 3 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1995
1996   // factor to scale y pulls.
1997   // ideally if error parametrization correct this is 1.
1998   //Float_t lyScaler = 1./(AliTRDgeometry::GetLayer(fDet)+1.);
1999   Float_t kScalePulls = 1.;
2000   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
2001   if(!calibration){
2002     AliWarning("No access to calibration data");
2003   } else {
2004     // Retrieve the CDB container class with the parametric likelihood
2005     const AliTRDCalTrkAttach *attach = calibration->GetAttachObject();
2006     if(!attach){
2007       AliWarning("No usable AttachClusters calib object.");
2008     } else {
2009       kScalePulls = attach->GetScaleCov();//*lyScaler;
2010     }
2011   }
2012   Double_t xc[kNclusters], yc[kNclusters], sy[kNclusters];
2013   Int_t n(0),           // clusters used in fit
2014         row[]={-1, 0}; // pad row spanned by the tracklet
2015   AliTRDcluster *c(NULL), **jc = &fClusters[0];
2016   for(Int_t ic=0; ic<kNtb; ic++, ++jc) {
2017     if(!(c = (*jc))) continue;
2018     if(!c->IsInChamber()) continue;
2019     if(row[0]<0){
2020       fZfit[0] = c->GetZ();
2021       fZfit[1] = 0.;
2022       row[0] = c->GetPadRow();
2023     }
2024     xc[n]  = c->GetX();
2025     yc[n]  = c->GetY();
2026     sy[n]  = c->GetSigmaY2()>0?(TMath::Min(TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2()), 0.08)):0.08;
2027     n++;
2028   }
2029   Double_t corr = fPad[2]*fPad[0];
2030
2031   for(Int_t ic=kNtb; ic<kNclusters; ic++, ++jc) {
2032     if(!(c = (*jc))) continue;
2033     if(!c->IsInChamber()) continue;
2034     if(row[1]==0) row[1] = c->GetPadRow() - row[0];
2035     xc[n]  = c->GetX();
2036     yc[n]  = c->GetY() + corr*row[1];
2037     sy[n]  = c->GetSigmaY2()>0?(TMath::Min(TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2()), 0.08)):0.08;
2038     n++;
2039   }
2040   UChar_t status(0);
2041   Double_t par[3] = {0.,0.,fX0}, cov[3];
2042   if(!AliTRDtrackletOflHelper::Fit(n, xc, yc, sy, par, 1.5, cov)){
2043     AliDebug(1, Form("Tracklet fit failed D[%03d].", fDet));
2044     SetErrorMsg(kFitCl);
2045     return kFALSE;
2046   }
2047   fYfit[0] = par[0];
2048   fYfit[1] = par[1];
2049   // store covariance
2050   fCov[0] = kScalePulls*cov[0]; // variance of y0
2051   fCov[1] = kScalePulls*cov[2]; // covariance of y0, dydx
2052   fCov[2] = kScalePulls*cov[1]; // variance of dydx
2053   // the ref radial position is set at the minimum of
2054   // the y variance of the tracklet
2055   fX   = 0.;//-fCov[1]/fCov[2];
2056   // check radial position
2057   Float_t xs=fX+.5*AliTRDgeometry::CamHght();
2058   if(xs < 0. || xs > AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght()){
2059     AliDebug(1, Form("Ref radial position x[%5.2f] ouside D[%3d].", fX, fDet));
2060     SetErrorMsg(kFitFailedY);
2061     return kFALSE;
2062   }
2063   fS2Y = fCov[0] + fX*fCov[1];
2064   fS2Z = fPad[0]*fPad[0]/12.;
2065   AliDebug(2, Form("[I]  x[cm]=%6.2f y[cm]=%+5.2f z[cm]=%+6.2f dydx[deg]=%+5.2f sy[um]=%6.2f sz[cm]=%6.2f", GetX(), GetY(), GetZ(), TMath::ATan(fYfit[1])*TMath::RadToDeg(), TMath::Sqrt(fS2Y)*1.e4, TMath::Sqrt(fS2Z)));
2066   if(IsRowCross()){
2067     Float_t x,z;
2068     if(!GetEstimatedCrossPoint(x,z)){
2069       AliDebug(2, Form("Failed(I) getting crossing point D[%03d].", fDet));
2070       SetErrorMsg(kFitFailedY);
2071       return kTRUE;
2072     }
2073     //if(IsPrimary()){
2074       fZfit[0] = fX0*z/x;
2075       fZfit[1] = z/x;
2076       fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZfit[1]); fS2Z *= fS2Z;
2077     //}
2078     AliDebug(2, Form("s2y[%f] s2z[%f]", fS2Y, fS2Z));
2079     AliDebug(2, Form("[II] x[cm]=%6.2f y[cm]=%+5.2f z[cm]=%+6.2f dydx[deg]=%+5.2f sy[um]=%6.2f sz[um]=%6.2f dzdx[deg]=%+5.2f", GetX(), GetY(), GetZ(), TMath::ATan(fYfit[1])*TMath::RadToDeg(), TMath::Sqrt(fS2Y)*1.e4, TMath::Sqrt(fS2Z)*1.e4, TMath::ATan(fZfit[1])*TMath::RadToDeg()));
2080   }
2081
2082   if(pstreamer){
2083     Float_t x= fX0 -fX,
2084             y = GetY(),
2085             yt = fYref[0]-fX*fYref[1];
2086     SETBIT(status, 2);
2087     TVectorD vcov(3); vcov[0]=cov[0];vcov[1]=cov[1];vcov[2]=cov[2];
2088     Double_t sm(0.), chi2(0.), tmp, dy[kNclusters];
2089     for(Int_t ic(0); ic<n; ic++){
2090       sm   += sy[ic];
2091       dy[ic] = yc[ic]-(fYfit[0]+(xc[ic]-fX0)*fYfit[1]); tmp = dy[ic]/sy[ic];
2092       chi2 += tmp*tmp;
2093     }
2094     sm /= n; chi2 = TMath::Sqrt(chi2);
2095     Double_t m(0.), s(0.);
2096     AliMathBase::EvaluateUni(n, dy, m, s, 0);
2097     (*pstreamer) << "FitRobust4"
2098       << "stat=" << status
2099       << "chg="  << chg
2100       << "ncl="  << n
2101       << "det="  << fDet
2102       << "x0="   << fX0
2103       << "y0="   << fYfit[0]
2104       << "x="    << x
2105       << "y="    << y
2106       << "dydx=" << fYfit[1]
2107       << "pt="   << fPt
2108       << "yt="   << yt
2109       << "dydxt="<< fYref[1]
2110       << "cov="  << &vcov
2111       << "chi2=" << chi2
2112       << "sm="   << sm
2113       << "ss="   << s
2114       << "\n";
2115   }
2116   return kTRUE;
2117 }
2118
2119 //___________________________________________________________________
2120 void AliTRDseedV1::Print(Option_t *o) const
2121 {
2122   //
2123   // Printing the seedstatus
2124   //
2125
2126   AliInfo(Form("Det[%3d] X0[%7.2f] Pad{L[%5.2f] W[%5.2f] Tilt[%+6.2f]}", fDet, fX0, GetPadLength(), GetPadWidth(), GetTilt()));
2127   AliInfo(Form("N[%2d] Nused[%2d] Nshared[%2d] [%d]", GetN(), GetNUsed(), GetNShared(), fN));
2128   AliInfo(Form("FLAGS : RC[%c] Kink[%c] SA[%c]", IsRowCross()?'y':'n', IsKink()?'y':'n', IsStandAlone()?'y':'n'));
2129   AliInfo(Form("CALIB PARAMS :  T0[%5.2f]  Vd[%5.2f]  s2PRF[%5.2f]  ExB[%5.2f]  Dl[%5.2f]  Dt[%5.2f]", fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
2130
2131   Double_t cov[3], x=GetX();
2132   GetCovAt(x, cov);
2133   AliInfo("    |  x[cm]  |      y[cm]       |      z[cm]      |  dydx |  dzdx |");
2134   AliInfo(Form("Fit | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | ----- |", x, GetY(), TMath::Sqrt(cov[0]), GetZ(), TMath::Sqrt(cov[2]), fYfit[1]));
2135   AliInfo(Form("Ref | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | %5.2f |", x, fYref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[0]), fZref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[2]), fYref[1], fZref[1]));
2136   AliInfo(Form("P / Pt [GeV/c] = %f / %f", GetMomentum(), fPt));
2137   if(IsStandAlone()) AliInfo(Form("C Rieman / Vertex [1/cm] = %f / %f", fC[0], fC[1]));
2138   AliInfo(Form("dEdx [a.u.]    = %f / %f / %f / %f / %f/ %f / %f / %f", fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7]));
2139   AliInfo(Form("PID            = %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f", fProb[0], fProb[1], fProb[2], fProb[3], fProb[4]));
2140
2141   if(strcmp(o, "a")!=0) return;
2142
2143   AliTRDcluster* const* jc = &fClusters[0];
2144   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++, jc++) {
2145     if(!(*jc)) continue;
2146     (*jc)->Print(o);
2147   }
2148 }
2149
2150
2151 //___________________________________________________________________
2152 Bool_t AliTRDseedV1::IsEqual(const TObject *o) const
2153 {
2154   // Checks if current instance of the class has the same essential members
2155   // as the given one
2156
2157   if(!o) return kFALSE;
2158   const AliTRDseedV1 *inTracklet = dynamic_cast<const AliTRDseedV1*>(o);
2159   if(!inTracklet) return kFALSE;
2160
2161   for (Int_t i = 0; i < 2; i++){
2162     if ( fYref[i] != inTracklet->fYref[i] ) return kFALSE;
2163     if ( fZref[i] != inTracklet->fZref[i] ) return kFALSE;
2164   }
2165
2166   if ( TMath::Abs(fS2Y - inTracklet->fS2Y)>1.e-10 ) return kFALSE;
2167   if ( TMath::Abs(GetTilt() - inTracklet->GetTilt())>1.e-10 ) return kFALSE;
2168   if ( TMath::Abs(GetPadLength() - inTracklet->GetPadLength())>1.e-10 ) return kFALSE;
2169
2170   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++){
2171 //     if ( fX[i] != inTracklet->GetX(i) ) return kFALSE;
2172 //     if ( fY[i] != inTracklet->GetY(i) ) return kFALSE;
2173 //     if ( fZ[i] != inTracklet->GetZ(i) ) return kFALSE;
2174     if ( fIndexes[i] != inTracklet->fIndexes[i] ) return kFALSE;
2175   }
2176 //   if ( fUsable != inTracklet->fUsable ) return kFALSE;
2177
2178   for (Int_t i=0; i < 2; i++){
2179     if ( fYfit[i] != inTracklet->fYfit[i] ) return kFALSE;
2180     if ( fZfit[i] != inTracklet->fZfit[i] ) return kFALSE;
2181     if ( fLabels[i] != inTracklet->fLabels[i] ) return kFALSE;
2182   }
2183
2184 /*  if ( fMeanz != inTracklet->GetMeanz() ) return kFALSE;
2185   if ( fZProb != inTracklet->GetZProb() ) return kFALSE;*/
2186   if ( fN != inTracklet->fN ) return kFALSE;
2187   //if ( fNUsed != inTracklet->fNUsed ) return kFALSE;
2188   //if ( fFreq != inTracklet->GetFreq() ) return kFALSE;
2189   //if ( fNChange != inTracklet->GetNChange() ) return kFALSE;
2190
2191   if ( TMath::Abs(fC[0] - inTracklet->fC[0])>1.e-10 ) return kFALSE;
2192   //if ( fCC != inTracklet->GetCC() ) return kFALSE;
2193   if ( TMath::Abs(fChi2 - inTracklet->fChi2)>1.e-10 ) return kFALSE;
2194   //  if ( fChi2Z != inTracklet->GetChi2Z() ) return kFALSE;
2195
2196   if ( fDet != inTracklet->fDet ) return kFALSE;
2197   if ( TMath::Abs(fPt - inTracklet->fPt)>1.e-10 ) return kFALSE;
2198   if ( TMath::Abs(fdX - inTracklet->fdX)>1.e-10 ) return kFALSE;
2199
2200   for (Int_t iCluster = 0; iCluster < kNclusters; iCluster++){
2201     AliTRDcluster *curCluster = fClusters[iCluster];
2202     AliTRDcluster *inCluster = inTracklet->fClusters[iCluster];
2203     if (curCluster && inCluster){
2204       if (! curCluster->IsEqual(inCluster) ) {
2205         curCluster->Print();
2206         inCluster->Print();
2207         return kFALSE;
2208       }
2209     } else {
2210       // if one cluster exists, and corresponding
2211       // in other tracklet doesn't - return kFALSE
2212       if(curCluster || inCluster) return kFALSE;
2213     }
2214   }
2215   return kTRUE;
2216 }
2217