PWGJE/EMCALJetTasks/macros/runEMCalJetAnalysis.C

   1 // runEMCalJetAnalysis.C
   2 // =====================
   3 // This macro can be used to run a jet analysis within the EMCal Jet Framework.
   4 //
   5 // Examples:
   6 // -> Analyze ESDs from the pA pilot run on the AliEn grid with your task in AnaClass.cxx/.h
   7 //     dataType = "ESD", useGrid = kTRUE, pattern = "*ESDs/pass2/*ESDs.root", addCXXs = "AnaClass.cxx",
   8 //     addHs = "AnaClass.h", gridDir = "/alice/data/2012/LHC12g", gridMode = "full", runNumbers = "188359 188362"
   9 //
  10 // -> Analyze AODs (up to 96 files) locally given in files_aod.txt
  11 //     dataType = "AOD", useGrid = kFALSE, numLocalFiles = 96
  12 //
  13 // MERGING ON ALIEN
  14 // ++++++++++++++++
  15 // If you run on the grid, you can monitor the jobs with alimonitor.cern.ch. When enough of them are in DONE state,
  16 // you have to merge the output. This can be done automatically, if you just change the gridMode to "terminate" and
  17 // give the EXACT name of the task whose output should be merged in uniqueName.
  18 //
  19 //
  20 // Authors: R. Haake, S. Aiola
  21
  22 #include <ctime>
  23 #include "TGrid.h"
  24
  25 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(const char* uniqueName, const char* gridDir, const char* gridMode, const char* runNumbers,
  26                                      const char* pattern, TString additionalCode, TString additionalHeaders, Int_t maxFilesPerWorker,
  27                                      Int_t workerTTL, Bool_t isMC);
  28
  29 //______________________________________________________________________________
  30 void runEMCalJetAnalysis(
  31          const char*    dataType            = "ESD",                       // set the analysis type, AOD, ESD or sESD
  32          Bool_t         useGrid             = kFALSE,                      // local or grid
  33          const char*    gridMode            = "test",                      // set the grid run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
  34          const char*    pattern             = "*ESDs/pass2/*ESDs.root",    // file pattern (here one can specify subdirs like passX etc.) (used on grid)
  35          const char*    gridDir             = "/alice/data/2012/LHC12g",   // dir on alien, where the files live (used on grid)
  36          const char*    runNumbers          = "188359 188362",             // considered run numbers (used on grid)
  37          UInt_t         numLocalFiles       = 50,                          // number of files analyzed locally
  38          const char*    runPeriod           = "LHC12g",                    // set the run period (used on grid)
  39          const char*    uniqueName          = "EMCalJF_LEGOTrainTest",     // sets base string for the name of the task on the grid
  40          UInt_t         pSel                = AliVEvent::kAny,             // used event selection for every task except for the analysis tasks
  41          Bool_t         useTender           = kFALSE,                      // trigger, if tender task should be used
  42          Bool_t         isMC                = kFALSE,                      // trigger, if MC handler should be used
  43
  44          // Here you have to specify additional code files you want to use but that are not in aliroot
  45          const char*    addCXXs             = "",
  46          const char*    addHs               = "",
  47
  48          // These two settings depend on the dataset and your quotas on the AliEN services
  49          Int_t          maxFilesPerWorker   = 4,
  50          Int_t          workerTTL           = 7200
  51
  52          )
  53 {
  54
  55   // Some pre-settings and constants
  56
  57   enum AlgoType {kKT, kANTIKT};
  58   enum JetType  {kFULLJETS, kCHARGEDJETS, kNEUTRALJETS};
  59   gSystem->SetFPEMask();
  60   gSystem->Setenv("ETRAIN_ROOT", ".");
  61   gSystem->Setenv("ETRAIN_PERIOD", runPeriod);
  62   // change this objects to strings
  63   TString usedData(dataType);
  64   TString additionalCXXs(addCXXs);
  65   TString additionalHs(addHs);
  66   cout << dataType << " analysis chosen" << endl;
  67   if (useGrid)
  68   {
  69     cout << "-- using AliEn grid.\n";
  70     if (usedData == "sESD")
  71     {
  72       cout << "Skimmed ESD analysis not available on the grid!" << endl;
  73       return;
  74     }
  75   }
  76   else
  77     cout << "-- using local analysis.\n";
  78
  79
  80   // Load necessary libraries
  81   LoadLibs();
  82
  83   // Create analysis manager
  84   AliAnalysisManager* mgr = new AliAnalysisManager(uniqueName);
  85
  86   // Check type of input and create handler for it
  87   TString localFiles("-1");
  88   if(usedData == "AOD")
  89   {
  90     localFiles = "files_aod.txt";
  91     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/train/AddAODHandler.C");
  92     AliAODInputHandler* aodH = AddAODHandler();
  93   }
  94   else if((usedData == "ESD") || (usedData == "sESD"))
  95   {
  96     if (usedData == "ESD")
  97       localFiles = "files_esd.txt";
  98     else
  99       localFiles = "files_sesd.txt";
 100
 101     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/train/AddESDHandler.C");
 102     AliESDInputHandler* esdH = AddESDHandler();
 103   }
 104   else
 105   {
 106     cout << "Data type not recognized! You have to specify ESD, AOD, or sESD!\n";
 107   }
 108
 109   if(!useGrid)
 110     cout << "Using " << localFiles.Data() << " as input file list.\n";
 111
 112   // Create MC handler, if MC is demanded
 113   if (isMC && (usedData != "AOD"))
 114   {
 115     AliMCEventHandler* mcH = new AliMCEventHandler();
 116     mcH->SetPreReadMode(AliMCEventHandler::kLmPreRead);
 117     mcH->SetReadTR(kTRUE);
 118     mgr->SetMCtruthEventHandler(mcH);
 119   }
 120
 121   // ################# Now: Add some basic tasks
 122
 123   // Physics selection task
 124   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalPhysicsSelection.C");
 125   AliPhysicsSelectionTask *physSelTask = AddTaskEmcalPhysicsSelection(kTRUE, kTRUE, pSel, 5, 5, 10, kTRUE, -1, -1, -1, -1);
 126
 127   if (!physSelTask)
 128   {
 129     cout << "no physSelTask";
 130     return;
 131   }
 132
 133   // Centrality task
 134   if (usedData == "ESD") {
 135     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskCentrality.C");
 136     AliCentralitySelectionTask *centralityTask = AddTaskCentrality(kTRUE);
 137   }
 138
 139   // Compatibility task, only needed for skimmed ESD
 140   if (usedData == "sESD") {
 141     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalCompat.C");
 142     AliEmcalCompatTask *comptask = AddTaskEmcalCompat();
 143   }
 144
 145   // Setup task
 146   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalSetup.C");
 147   AliEmcalSetupTask *setupTask = AddTaskEmcalSetup();
 148   setupTask->SetGeoPath("$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL");
 149
 150   // Tender Supplies
 151   if (useTender)
 152   {
 153     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEMCALTender.C");
 154     AliAnalysisTaskSE *tender = AddTaskEMCALTender(runPeriod, kTRUE, kTRUE, kTRUE, kTRUE, kTRUE, kFALSE, kTRUE, kTRUE, kTRUE,
 155                                                    AliEMCALRecoUtils::kBeamTestCorrected,kTRUE,0.1,0.05,AliEMCALRecParam::kClusterizerv2,
 156                                                    kFALSE,kFALSE,-1,1e6,1e6);
 157     if (usedData != "AOD" && !useGrid) {
 158       AliTender *alitender = dynamic_cast<AliTender*>(tender);
 159       alitender->SetDefaultCDBStorage("local://$ALICE_ROOT/OCDB");
 160     }
 161   }
 162
 163   // ################# Now: Call jet preparation macro (picotracks, hadronic corrected caloclusters, ...)
 164
 165   // Jet preparation
 166   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWGJE/EMCALJetTasks/macros/AddTaskJetPreparation.C");
 167   AddTaskJetPreparation(dataType);
 168
 169   // ################# Now: Add jet finders+analyzers
 170
 171   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWGJE/EMCALJetTasks/macros/AddTaskEmcalJet.C");
 172   AliEmcalJetTask* jetFinderTask = AddTaskEmcalJet("PicoTracks", "CaloClustersCorr", kANTIKT, 0.2, kCHARGEDJETS, 0.150, 0.300);
 173
 174   // Here you can put in your AddTaskMacro for your task
 175   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWGJE/EMCALJetTasks/macros/AddTaskEmcalJetSample.C");
 176   AliAnalysisTaskEmcalJetSample* anaTask = AddTaskEmcalJetSample("PicoTracks", "CaloClustersCorr", jetFinderTask->GetName(), "");
 177
 178
 179   // Set the physics selection for all given tasks
 180   TObjArray *toptasks = mgr->GetTasks();
 181   for (Int_t i=0; i<toptasks->GetEntries(); ++i)
 182   {
 183     AliAnalysisTaskSE *task = dynamic_cast<AliAnalysisTaskSE*>(toptasks->At(i));
 184     if (!task)
 185       continue;
 186     if (task->InheritsFrom("AliPhysicsSelectionTask"))
 187       continue;
 188     ::Info("setPSel", "Set physics selection for %s (%s)", task->GetName(), task->ClassName());
 189     task->SelectCollisionCandidates(pSel);
 190   }
 191
 192   mgr->SetUseProgressBar(1, 25);
 193
 194   if (!mgr->InitAnalysis())
 195     return;
 196   mgr->PrintStatus();
 197
 198   if (useGrid)
 199   {  // GRID CALCULATION
 200
 201     AliAnalysisGrid *plugin = CreateAlienHandler(uniqueName, gridDir, gridMode, runNumbers, pattern, additionalCXXs, additionalHs, maxFilesPerWorker, workerTTL, isMC);
 202     mgr->SetGridHandler(plugin);
 203
 204     // start analysis
 205     cout << "Starting GRID Analysis...";
 206     mgr->SetDebugLevel(0);
 207     mgr->StartAnalysis("grid");
 208   }
 209   else
 210   {  // LOCAL CALCULATION
 211
 212     TChain* chain = 0;
 213     if (usedData == "AOD")
 214     {
 215       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/CreateAODChain.C");
 216       chain = CreateAODChain(localFiles.Data(), numLocalFiles);
 217     }
 218     else
 219     {  // ESD or skimmed ESD
 220       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/CreateESDChain.C");
 221       chain = CreateESDChain(localFiles.Data(), numLocalFiles);
 222     }
 223
 224     // start analysis
 225     cout << "Starting LOCAL Analysis...";
 226     mgr->SetDebugLevel(2);
 227     mgr->StartAnalysis("local", chain);
 228   }
 229 }
 230
 231 //______________________________________________________________________________
 232 void LoadLibs()
 233 {
 234   // Load common libraries (better too many than too few)
 235   gSystem->Load("libTree");
 236   gSystem->Load("libVMC");
 237   gSystem->Load("libGeom");
 238   gSystem->Load("libGui");
 239   gSystem->Load("libXMLParser");
 240   gSystem->Load("libMinuit");
 241   gSystem->Load("libMinuit2");
 242   gSystem->Load("libProof");
 243   gSystem->Load("libPhysics");
 244   gSystem->Load("libSTEERBase");
 245   gSystem->Load("libESD");
 246   gSystem->Load("libAOD");
 247   gSystem->Load("libOADB");
 248   gSystem->Load("libANALYSIS");
 249   gSystem->Load("libCDB");
 250   gSystem->Load("libRAWDatabase");
 251   gSystem->Load("libSTEER");
 252   gSystem->Load("libEVGEN");
 253   gSystem->Load("libANALYSISalice");
 254   gSystem->Load("libCORRFW");
 255   gSystem->Load("libTOFbase");
 256   //gSystem->Load("libTOFrec");
 257   gSystem->Load("libRAWDatabase.so");
 258   gSystem->Load("libRAWDatarec.so");
 259   gSystem->Load("libTPCbase.so");
 260   gSystem->Load("libTPCrec.so");
 261   gSystem->Load("libITSbase.so");
 262   gSystem->Load("libITSrec.so");
 263   gSystem->Load("libTRDbase.so");
 264   gSystem->Load("libTENDER.so");
 265   gSystem->Load("libSTAT.so");
 266   gSystem->Load("libTRDrec.so");
 267   gSystem->Load("libHMPIDbase.so");
 268   gSystem->Load("libPWGPP.so");
 269   gSystem->Load("libPWGHFbase");
 270   gSystem->Load("libPWGDQdielectron");
 271   gSystem->Load("libPWGHFhfe");
 272   gSystem->Load("libEMCALUtils");
 273   gSystem->Load("libPHOSUtils");
 274   gSystem->Load("libPWGCaloTrackCorrBase");
 275   gSystem->Load("libEMCALraw");
 276   gSystem->Load("libEMCALbase");
 277   gSystem->Load("libEMCALrec");
 278   gSystem->Load("libTRDbase");
 279   gSystem->Load("libVZERObase");
 280   gSystem->Load("libVZEROrec");
 281   gSystem->Load("libTENDER");
 282   gSystem->Load("libTENDERSupplies");
 283   gSystem->Load("libPWGTools");
 284   gSystem->Load("libPWGEMCAL");
 285   gSystem->Load("libPWGGAEMCALTasks");
 286   gSystem->Load("libPWGCFCorrelationsBase");
 287   gSystem->Load("libPWGCFCorrelationsDPhi");
 288
 289   //load CGAL, Fastjet and SISCone
 290   gSystem->Load("libCGAL");
 291   gSystem->Load("libfastjet");
 292     //For FastJet 3.x use siscon*,fastjetplugins for 2.x use SISConePlugin
 293   gSystem->Load("libSISConePlugin");
 294   //  gSystem->Load("libsiscone");
 295   //  gSystem->Load("libsiscone_spherical");
 296   //  gSystem->Load("libfastjetplugins");
 297   gSystem->Load("libJETAN");
 298   gSystem->Load("libFASTJETAN");
 299   gSystem->Load("libPWGJEEMCALJetTasks");
 300
 301
 302   // include paths
 303   gSystem->AddIncludePath("-Wno-deprecated");
 304   gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/EMCAL");
 305   gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/PWGDQ/dielectron -I$ALICE_ROOT/PWGHF/hfe");
 306   gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/JETAN -I$ALICE_ROOT/JETAN/fastjet");
 307 }
 308
 309 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(const char* uniqueName, const char* gridDir, const char* gridMode, const char* runNumbers,
 310                                      const char* pattern, TString additionalCode, TString additionalHeaders, Int_t maxFilesPerWorker,
 311                                      Int_t workerTTL, Bool_t isMC)
 312 {
 313   TDatime currentTime;
 314   TString tmpName(uniqueName);
 315
 316   // Only add current date and time when not in terminate mode! In this case the exact name has to be supplied by the user
 317   if(strcmp(gridMode, "terminate"))
 318   {
 319     tmpName += "_";
 320     tmpName += currentTime.GetDate();
 321     tmpName += "_";
 322     tmpName += currentTime.GetTime();
 323   }
 324
 325   TString tmpAdditionalLibs("");
 326   tmpAdditionalLibs = Form("libTree.so libVMC.so libGeom.so libGui.so libXMLParser.so libMinuit.so libMinuit2.so libProof.so libPhysics.so libSTEERBase.so libESD.so libAOD.so libOADB.so libANALYSIS.so libCDB.so libRAWDatabase.so libSTEER.so libANALYSISalice.so libCORRFW.so libTOFbase.so libRAWDatabase.so libRAWDatarec.so libTPCbase.so libTPCrec.so libITSbase.so libITSrec.so libTRDbase.so libTENDER.so libSTAT.so libTRDrec.so libHMPIDbase.so libPWGPP.so libPWGHFbase.so libPWGDQdielectron.so libPWGHFhfe.so libEMCALUtils.so libPHOSUtils.so libPWGCaloTrackCorrBase.so libEMCALraw.so libEMCALbase.so libEMCALrec.so libTRDbase.so libVZERObase.so libVZEROrec.so libTENDER.so libTENDERSupplies.so libPWGEMCAL.so libPWGGAEMCALTasks.so libPWGTools.so libPWGCFCorrelationsBase.so libPWGCFCorrelationsDPhi.so  libCGAL.so libJETAN.so libfastjet.so libSISConePlugin.so libFASTJETAN.so libPWGJE.so libPWGmuon.so libPWGJEEMCALJetTasks.so %s %s",additionalCode.Data(),additionalHeaders.Data());
 327
 328
 329   TString macroName("");
 330   TString execName("");
 331   TString jdlName("");
 332   macroName = Form("%s.C", tmpName.Data());
 333   execName = Form("%s.sh", tmpName.Data());
 334   jdlName = Form("%s.jdl", tmpName.Data());
 335
 336   AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
 337   plugin->SetOverwriteMode();
 338   plugin->SetRunMode(gridMode);
 339
 340   // Here you can set the (Ali)ROOT version you want to use
 341   plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
 342   plugin->SetROOTVersion("v5-34-02-1");
 343   plugin->SetAliROOTVersion("v5-04-21-AN-1");
 344
 345   plugin->SetGridDataDir(gridDir); // e.g. "/alice/sim/LHC10a6"
 346   plugin->SetDataPattern(pattern); //dir structure in run directory
 347   if (!isMC)
 348    plugin->SetRunPrefix("000");
 349
 350   plugin->AddRunList(runNumbers);
 351
 352   plugin->SetGridWorkingDir(Form("work/%s",tmpName.Data()));
 353   plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output
 354
 355   plugin->SetAnalysisSource(additionalCode.Data());
 356   plugin->SetAdditionalLibs(tmpAdditionalLibs.Data());
 357   plugin->AddExternalPackage("boost::v1_43_0");
 358   plugin->AddExternalPackage("cgal::v3.6");
 359   plugin->AddExternalPackage("fastjet::v2.4.2");
 360
 361   plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);
 362   //plugin->SetMergeExcludes("");
 363   plugin->SetAnalysisMacro(macroName.Data());
 364   plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(maxFilesPerWorker);
 365   plugin->SetExecutable(execName.Data());
 366   plugin->SetTTL(workerTTL);
 367   plugin->SetInputFormat("xml-single");
 368   plugin->SetJDLName(jdlName.Data());
 369   plugin->SetPrice(1);
 370   plugin->SetSplitMode("se");
 371
 372   return plugin;
 373 }