PWGPP/macros/RunAnalysisITS.C

   1 class AliAnalysisGrid;
   2
   3 void RunAnalysisITS(TString pluginmode="",Int_t firstrun=177173,Int_t lastrun=177173,
   4                     Bool_t readMC=kFALSE,
   5                     Bool_t runAlign=kFALSE,
   6                     Bool_t runITS=kFALSE,
   7                     Bool_t runImpPar=kTRUE,
   8                     Bool_t runVtx=kFALSE,
   9                     Bool_t runSPD=kFALSE)
  10 {
  11   //
  12   // Macro to analyze ESDs from raw data reconstruction
  13   // A.Dainese, andrea.dainese@pd.infn.it
  14   //
  15
  16   gSystem->SetIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -g");
  17
  18   //
  19   TString analysisMode = "grid"; // "local", "grid", or "proof" (not yet)
  20
  21   Long64_t nentries=1000000000000000,firstentry=0;
  22   Bool_t useAlienPlugin=kFALSE;
  23   Bool_t uselibPWGPP=kTRUE;
  24   TString loadMacroPath="./";
  25   Bool_t readHLT=kFALSE;
  26   //
  27
  28   if(analysisMode=="grid") {
  29     // Connect to AliEn
  30     TGrid::Connect("alien://");
  31   } else if(analysisMode=="proof") {
  32     // Connect to the PROOF cluster
  33     printf("PROOF mode not yet functional..\n");
  34     return;
  35     TProof::Open("alicecaf");
  36     //TProof::Reset("alicecaf");
  37   }
  38
  39   // Load analysis libraries
  40   gSystem->Load("libANALYSIS");
  41   gSystem->Load("libANALYSISalice");
  42   if(uselibPWGPP) {gSystem->Load("libTender");gSystem->Load("libPWGPP");}
  43
  44   // Create Alien plugin, if requested
  45   if(useAlienPlugin) {
  46     AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(pluginmode,uselibPWGPP,firstrun,lastrun);
  47     if(!alienHandler) return;
  48   }
  49
  50   TChain *chainESD = 0;
  51   if(!useAlienPlugin) {
  52     // Prepare input chain
  53     //    chainESD = CreateESDChain("/home/dainesea/alignData/RAWdata_CosmicsSum09/RecoSPD/chunk.",13,13);
  54     chainESD=new TChain("esdTree");
  55     //chainESD->Add("alien:///alice/cern.ch/user/s/sitta/output/000088361/ESDs/pass1/09000088361017.10/AliESDs.root");
  56     chainESD->Add("AliESDs.root");
  57   }
  58
  59   // Create the analysis manager
  60   AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("My Manager","My Manager");
  61   // Enable debug printouts
  62   mgr->SetDebugLevel(10);
  63   // Connect plug-in to the analysis manager
  64   if(useAlienPlugin) mgr->SetGridHandler(alienHandler);
  65
  66   // Add ESD handler
  67   Bool_t readRP=kFALSE;
  68   AliESDInputHandler *esdH = 0;
  69   if(readRP) {
  70     esdH = new AliESDInputHandlerRP();
  71   } else {
  72     esdH = new AliESDInputHandler();
  73   }
  74   esdH->SetActiveBranches("ESDfriend");
  75   esdH->SetReadFriends(1);
  76   if(readHLT) esdH->SetReadHLT();
  77   mgr->SetInputEventHandler(esdH);
  78   if(readMC) {
  79     AliMCEventHandler  *mcH = new AliMCEventHandler();
  80     mgr->SetMCtruthEventHandler(mcH);
  81   }
  82   //-------------------------------------------------------------------
  83
  84
  85   //-------------------------------------------------------------------
  86   // Analysis tasks (wagons of the train)
  87   //
  88   TString taskName;
  89
  90   if(runAlign) {
  91     if(!uselibPWGPP) gROOT->LoadMacro("AliAlignmentDataFilterITS.cxx++g");
  92     taskName="AddTaskAlignmentDataFilterITS.C";
  93     taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
  94     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
  95     AliAlignmentDataFilterITS *alignTask = AddTaskAlignmentDataFilterITS();
  96   }
  97   if(runITS) {
  98     if(!uselibPWGPP) gROOT->LoadMacro("AliAnalysisTaskITSTrackingCheck.cxx++g");
  99     taskName="AddTaskPerformanceITS.C";
 100     taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 101     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 102     AliAnalysisTaskITSTrackingCheck *itsTask = AddTaskPerformanceITS(readMC,kFALSE,kFALSE,0,1000000,1);
 103   }
 104   if(runImpPar) {
 105     if(!uselibPWGPP) gROOT->LoadMacro("AliAnalysisTaskSEImpParRes.cxx++g");
 106     taskName="AddTaskImpParRes.C";
 107     taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 108     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 109     AliAnalysisTaskSEImpParRes *d0Task = AddTaskImpParRes(readMC,-1,kFALSE,kFALSE,0,1000000,0);
 110   }
 111   if(runVtx) {
 112     if(!uselibPWGPP) gROOT->LoadMacro("AliAnalysisTaskVertexESD.cxx++g");
 113     taskName="AddTaskVertexESD.C";
 114     taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 115     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 116     AliAnalysisTaskVertexESD *vtxTask = AddTaskVertexESD(readMC);
 117   }
 118   if(runSPD) {
 119     if(!uselibPWGPP) gROOT->LoadMacro("AliAnalysisTaskSPD.cxx++g");
 120     taskName="AddTaskSPDQA.C";
 121     taskName.Prepend("$ALICE_ROOT/PWGPP/PilotTrain/");
 122     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 123     AliAnalysisTaskSPD *spdTask = AddTaskSPDQA();
 124   }
 125   /*
 126   if(!uselibPWGPP) gROOT->LoadMacro("AliTrackMatchingTPCITSCosmics.cxx++g");
 127   taskName="AddTaskTrackMatchingTPCITS.C";
 128   taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 129   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 130   AliTrackMatchingTPCITSCosmics *tpcitsTask = AddTaskTrackMatchingTPCITS();
 131   if(readHLT) tpcitsTask->SetReadHLTESD(kTRUE);
 132   */
 133
 134
 135   // Apply the event selection
 136   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskPhysicsSelection.C");
 137   Bool_t bkgRej=kTRUE;
 138   //AliPhysicsSelectionTask *physSelTask = AddTaskPhysicsSelection(readMC,bkgRej);
 139
 140
 141   //
 142   // Run the analysis
 143   //
 144   if(chainESD) printf("CHAIN HAS %d ENTRIES\n",(Int_t)chainESD->GetEntries());
 145
 146   if(!mgr->InitAnalysis()) return;
 147   mgr->PrintStatus();
 148   if(analysisMode=="grid" && !useAlienPlugin) analysisMode="local";
 149   mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),chainESD,nentries,firstentry);
 150
 151   return;
 152 }
 153 //_____________________________________________________________________________
 154 //
 155 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(TString pluginmode="test",
 156                                     Bool_t uselibPWGPP=kFALSE,
 157                                     Int_t firstrun,Int_t lastrun)
 158 {
 159   // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
 160   // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
 161   //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
 162    if (!AliAnalysisGrid::CreateToken()) return NULL;
 163    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
 164    // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
 165    plugin->SetRunMode(pluginmode.Data());
 166    plugin->SetUser("dainesea");
 167    plugin->SetNtestFiles(1);
 168    // Set versions of used packages
 169    plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
 170    plugin->SetROOTVersion("v5-26-00b-6");
 171    plugin->SetAliROOTVersion("v4-19-15-AN");
 172    // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
 173    TString wdname="analysisITS_Runs_";
 174    wdname+=firstrun;
 175    wdname.Append("_");
 176    wdname+=lastrun;
 177    plugin->SetGridWorkingDir(wdname.Data());
 178    // Declare alien output directory. Relative to working directory.
 179    plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output
 180    // Declare input data to be processed.
 181    // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.
 182    // Define production directory LFN
 183    plugin->SetGridDataDir("/alice/data/2010/LHC10b");
 184    // Set data search pattern
 185    plugin->SetDataPattern("pass2/*AliESDs.root");
 186    //plugin->SetDataPattern("ESD.tag.root");
 187    Int_t n=0;
 188    FILE *in = fopen("/home/dainesea/alignData/RAWdata_pp10/goodruns_pp10.txt","r");
 189    if(!in) printf("run file not found\n");
 190    Int_t lines=0;
 191    Float_t runnumber;
 192    while(1) {
 193      Int_t ncol = fscanf(in,"%f",&runnumber);
 194      if(ncol<1) break;
 195      if(runnumber<firstrun || runnumber>lastrun) continue;
 196      TString runnumberstring="000";
 197      Int_t runnumberint=(Int_t)runnumber;
 198      runnumberstring+=runnumberint;
 199      n++; plugin->AddRunNumber(runnumberstring.Data());
 200    }
 201    fclose(in);
 202    plugin->SetNrunsPerMaster(n);
 203    // Method 2: Declare existing data files (raw collections, xml collections, root file)
 204    // If no path mentioned data is supposed to be in the work directory (see SetGridWorkingDir())
 205    // XML collections added via this method can be combined with the first method if
 206    // the content is compatible (using or not tags)
 207    // e.g.: find -z -x 80015 /alice/data/2009/LHC09c/000080015/ESDs/ ESD.tag.root > 80015.xml
 208    //plugin->AddDataFile("79876.xml");
 209    //plugin->AddDataFile("80015.xml");
 210    //plugin->AddDataFile("80261.xml");
 211    //   plugin->AddDataFile("/alice/data/2008/LHC08c/000057657/raw/Run57657.Merged.RAW.tag.root");
 212    // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
 213    // using ACLiC on the worker nodes.
 214    if(!uselibPWGPP) {
 215      plugin->SetAnalysisSource("AliAnalysisTaskITSTrackingCheck.cxx AliAlignmentDataFilterITS.cxx AliAnalysisTaskSEImpParRes.cxx AliAnalysisTaskVertexESD.cxx");
 216      //plugin->SetAnalysisSource("AliAnalysisTaskVertexESD.cxx");
 217      //plugin->SetAnalysisSource("AliAlignmentDataFilterITS.cxx");
 218      //plugin->SetAnalysisSource("AliTrackMatchingTPCITSCosmics.cxx");
 219    }
 220    // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
 221    // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
 222    //plugin->SetAdditionalLibs("AliAlignmentDataFilterITS.h AliAlignmentDataFilterITS.cxx libProof.so libRAWDatabase.so libRAWDatarec.so libCDB.so libSTEER.so libITSbase.so libITSrec.so");
 223    plugin->AddIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -g");
 224    if(!uselibPWGPP) {
 225      //plugin->SetAdditionalLibs("AliAlignmentDataFilterITS.h AliAlignmentDataFilterITS.cxx libProof.so libRAWDatabase.so libRAWDatarec.so libCDB.so libSTEER.so libITSbase.so libITSrec.so");
 226      plugin->SetAdditionalLibs("AliAlignmentDataFilterITS.h AliAlignmentDataFilterITS.cxx AliAnalysisTaskITSTrackingCheck.h AliAnalysisTaskITSTrackingCheck.cxx AliAnalysisTaskSEImpParRes.h AliAnalysisTaskSEImpParRes.cxx AliAnalysisTaskVertexESD.h AliAnalysisTaskVertexESD.cxx libGui.so libProof.so libRAWDatabase.so libRAWDatarec.so libCDB.so libSTEER.so libITSbase.so libITSrec.so");
 227      //plugin->SetAdditionalLibs("AliAnalysisTaskVertexESD.h AliAnalysisTaskVertexESD.cxx libProof.so libRAWDatabase.so libRAWDatarec.so libCDB.so libSTEER.so libITSbase.so libITSrec.so");
 228    } else {
 229      plugin->SetAdditionalLibs("libGui.so libProof.so libMinuit.so libRAWDatabase.so libRAWDatarec.so libCDB.so libSTEER.so libITSbase.so libITSrec.so libTPCbase.so libTPCrec.so libTRDbase.so libTRDrec.so libTender.so libPWGPP.so");
 230    }
 231    // Declare the output file names separated by blancs.
 232    // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)
 233    plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);
 234    // Optionally define the files to be archived.
 235    //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:*.root@ALICE::NIHAM::File");
 236    plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr");
 237    // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
 238    plugin->SetAnalysisMacro("AnalysisITS.C");
 239    plugin->SetExecutable("analysisITS.sh");
 240    plugin->SetExecutableCommand("root.exe -b -q");
 241    // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
 242    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(5);
 243    // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.
 244    //plugin->SetMaxInitFailed(5);
 245    // Optionally resubmit threshold.
 246    //plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);
 247    // Optionally set time to live (default 30000 sec)
 248    plugin->SetTTL(80000);
 249    // Optionally set input format (default xml-single)
 250    plugin->SetInputFormat("xml-single");
 251    // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
 252    plugin->SetJDLName("TaskAnalysisITS.jdl");
 253    // Optionally modify job price (default 1)
 254    //plugin->SetPrice(1);
 255    // Optionally modify split mode (default 'se')
 256    plugin->SetSplitMode("se");
 257    // Optionally set the preferred SE
 258    plugin->SetPreferedSE("ALICE::CNAF::SE");
 259
 260    return plugin;
 261 }
 262 //-----------------------------------------------------------------------------
 263 TChain *CreateESDChain(TString esdpath=".",Int_t ifirst=-1,Int_t ilast=-1) {
 264
 265
 266   TChain *chainESD = new TChain("esdTree");
 267
 268   if(ifirst<0) {
 269     chainESD->Add("AliESDs.root");
 270   } else {
 271     for(Int_t i=ifirst; i<=ilast; i++) {
 272       TString esdfile=esdpath; esdfile+=i; esdfile.Append("/AliESDs.root");
 273       chainESD->Add(esdfile.Data());
 274     }
 275   }
 276
 277   return chainESD;
 278 }