Merge branch master into TRDdev

fix default ghost area

Modifications from Alexandru

ATO-35
make stacktrace processing safe in case of standard root crash log

input is a (list of) text files with the stack trace (either gdb aoutput
produced with e.g. gdb --batch --quiet -ex "bt" -ex "quit" aliroot core, or the root crash log), output is a TTree formatted table.

example:

benchmark.sh stackTraceTree /foo/*/rec.log

split the production of the stacktrace summary to a separate function:
stackTraceTree

example use: ./benchmark.sh stackTraceTree */*/stacktrace.txt

adding comment

implementing jet analysis method of hadronic correction

adding function to calculate total et with systematic errors

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

update from Prabhat

Add new event mixing config. bug fixs too.

 fixed consistency in qa that was introduced 16052014

 replace unsafe usages of PropagateToDCA

pass the default OCDB storage to QA plot creation

some more updates

Set unique 120um sensor thickness for all layers in v1 setup

more verbose logging + one minor but fix

change default to a more general one

some cleanup

be smarter about the metafile naming

make log prettier

small fix

quoting, again

fix quoting

re-add the ocdb storage to the QAtrain_duo.C - why did it disappear
again?

when will it end??

i am never touching this file again

Updates
Leticia

Fix C++11 error

Fix C++11 error

K3 bug fix. NormQ/LowQ pair counting change

two plus one corr (Markus)

fix typo in axis labels

add rho mass task

minor change

jet mass updates

jet mass response bkg vector

add histo fHistMdAreavsCent

updates

add track from jet maker + missing AddTask + minor changes

remove debug statements

add option to make particles massless

add histos for matched jet to MC to JetMass task

add more mass bkg QA

 fixed issues with vzero calibration in flow package

- fixes are transparant, no user intervention necessary
- restored call to calibration database in AliFlowEvent::Fill()
- split AliFlowEvent::ClearFast() into two functions, one of which retains the calibration cache (default) and one to clear the cache
- restored AliFlowTrackCuts track factory, where an incorrect cast rejected all VZERO information

 st^Cic functions for p-value: cleanup and add all code that was used for approval

 add AOD TPC outlier cut for LHC10h and LHC11h data

- cut is disabled by default (for compatibilitiy)
- enable cut by calling AliFlowEventCuts::SetCutTPCmultiplicityOutliersAOD(kTRUE);
- select period by AliFlowEventCuts::SetLHC10h(kTRUE) or AliFlowEventCuts::SetLHC11h(kTRUE)
- on the agenda is creating a better interfact or let the event cut class determine the period by runnumber by itself

Vc: update to 0.7.4 release

Summary of the changes in Vc 0.7.4:
* fixed several compile errors / warnings with newer or old C++
  compilers
* support clean compilation with more -W flags
* fixed compilation when compiling without optimization
* added operator-- to Vector<T>
* Copying Memory now uses SIMD move instructions
* Vc::Allocator<T> now uses a minimum alignment of the SIMD types of
  the chosen Vc implementation. Thus making it useable for containers of
  builtin types.

Signed-off-by: Matthias Kretz <kretz@compeng.uni-frankfurt.de>

AnalysisTask of AliRoot vAN-20140404

new directory for Lego Train from Natalia

- Safer initialisation of V0 mother index (but should not have been a problem before)

No need for ZEROMQ_INCLUDE_DIR since the installation is in /usr/include/

xMerge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

Some fixes

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

roll back of previous commit

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

Add drawing of ESD fixer.
Other corrections for new code.

More options for DrawdNdeta.C:
- Can skip drawing of Central clusters
- Can disable y-axis labels.
- Some fixes for new code

OtherData.C
- Explicitly convert V0-AND to NSD

In case sigma=0, then return 0 early from SigmaShift

For diagnostics purposes, do not fill ESD values into histogram
if below low cut. After we started to add in the appropriate
amount of noise, we have a lot more low counts - and this messes
up the Step diagnostics.  This fix should bring it back (hopefully)

Fix warning

Temporary fix if running with STEER not up to date

ALIROOT-5420 Fixed logics in the event ID decoding

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

New directory with HMPIDPIDParams.root for MC

Updated icc options

fix for pp AddTask

Charged jets (pPb): Improvements for delta pT

 minor typo: change V0 to VZERO in unused track cut function

allow >4 centrality bins

also on a batch farm encode spaces to avoid problems parsing arguments
which contain them

Adding a forgotten track propagation

Macro to rebin spectra (thanks to Anders!)

First implementation of PropagateBack and RefitInward

modified code for MCtruth only running (centrality implementation missing)

updates for charge independent analysis per-trigger yields (for comparison to DHC)

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

many small bug fixes:

  works on a mac now
  fixed a problem with creating temporary directories
  fixed running the profiling
  ...

 changes from darius

 stati chelper functions

 static functions to compute confidence intervals

-leg values and sparse for HF  -new var cuts

fixed addTask pp

Changes for final plots

Helper functions to draw legends in few different cases
Helper function to save plots and move them to the analysis note folder
NewLegendQM can handle split lines for pA
Correlated uncertainty removed only for K*/K and phi/K in PbPb (to be consistent with paper)
Few addition/changes to DrawRatio to support all final plots

Added method to recompute chi2 and stddev + cosmetics

Added a new pad to plot ratio data/model
Improved cosmetics of labels
Added method to compute chi2 and std dev
Moved some labels around

Disabled subtraction of correlated uncertainties

Added interpolation for the 20-40% bin

Added averages for the 20-40 centrality bin

Version used for the plots shown in the QM14 approval session

- Added functions to draw markers for particles extrapolated and/or
  not used in fits
- More flexible legend for thermal parameters (accepts list of comma separated
  values)
- Filled shortcuts for all plots shown in the approval session in the
  DrawRatio function
- Fixes to Preparethermalmodelsinputfiles

Trying to fix missing particles in GSI input file creation

Modifications to plot thermal fits vs data comparisons + cosmetics

Added functions to plot results in GSI or THERMUS format
Changed way labels are plotted (both for ratios and yields). Now they
are added by hand at the top of the macro.
Added markers for extrapolated and not-in-fit particles.
Improved GetHistoyields
Added possibility to overwrite defualt shift of histograms
Added shorthands for the different yields vs thermal plots

Improved drawing of ratios

Improving style and export of GSI input files

Better printout and helper method for averages

Added bit for average of particle and antiparticle

* AliParticleYield.h: Added type bit for average of particles and antiparticles
* AliParticleYield.cxx (CheckTypeConsistency): Fixed problem: was not returning kFALSE when needed
  (CheckTypeConsistency): Added check on part anti part average.

Generous constant tracking roads

added histos for JC eff. reweighting

Corrected warning from coverity notifications in AliFemto

updated macro for fig 3

Charged jets (pPb): Allow arbitrary eta ranges

Charged jets (pPb): Fix warning

Charged jets (pPb): Update

avoid warnings with modern compilers due to unused variables or wrong comparison of pointers

switch ON KFusage for ME and AODs

fixed addTask for tree running pp

Coverity fixes

- Updates
- possibility to read one OADB file or anther, depending if the analysis is performed on data or MC.
Giacomo Volpe

ALIROOT-5347 Change StreamLevel for the tracker debugging

Adding cut value for the TPC/TRD chi2 cut for the RefitInward