add jet shape G(R) analysis class

New plots for checks of SDD DA output

bugfix in filling of NJ and OC histos

Additional protection

Initialization of local arrays

Added Event Plane dependence in PhiCorrelations code and some random typos.

Signed-off-by: rbertens <rbertens@cern.ch>

 added info on evaluatation on weighted merging of vzero event planes

adding extra cut on TPC shared clusters (only in AOD mode)

The default cuts are now for PbPb (Maximiliano)

A little bug fix (Maximiliano)

update from Markus

add method to study at generation elevel, Adam Matyja

remove duplicated setting, and some cosmetics

avoid duplicating code due to different MC access in AOD and ESD, fix few issues in isolation of primaries

Updated PID for D0 at low pt (Christian Mohler, Andrea Rossi)

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

- fixes in AliAnalysisTaskGammaConvCalo.cxx

another slight revision of calibration maps

- added new Task for omega analysis using conversion in the 3 pion channel + dependencies

Merge branch 'master' of http://git.cern.ch/pub/AliRoot

Update EMCal pPb

technical fix (misprint)

Store more infos in the tree

Improved messages and protections

 fix compiler warning

added flavour tagging for Andy, fixed pp-bug, added beamtype for usercreateobjects

Signed-off-by: rbertens <rbertens@cern.ch>

Replace - with . in the rpm spec file

- usage of the git cmake module generated variables instead of calling git as a command
- replace the - with . in the Release and Version in the spec file

ALIROOT-5528 ATO-65 - replace FitSlicesY with robust fit function (commit after one run test - streestest with full LHC11a data to come)
TPC/Calib/AliTPCPreprocessorOffline.cxx - using robust fit instead of fit slices TStatToolkit::MakeStat1D( histQmax,0,0.8,4,kMarkers[padRegion],kColors[padRegion])
STAT/Macros/TStatToolkitTest.C  - update of test ToyMC routine comparison of different robust options

Fixes for invalid write, detected by valgrind

Do not add vertices w/o contributors to temporary array

 add calibrated combined vzero EP for LHC10h data

multiple updates for jet v2 task (should have been multiple commits actually)
a) added calibrated combined vzerp EP for LHC10h data
calibration is forked from the procedure used in the flow package (to avoid dependency)
combination relies on weight (chi) evaluated from event plane resolution of vzeroa and vzeroc
b) added functions to evaluated q-vectors (component wise) for different sub-detectors
c) converted helper functions to static functions
d) added missing debug flags
e) removed deprecated code (event selection)
f) fixed infinite loop bug in QA routine which occured when expected runnumbers did not coindice with detected runnumbers
g) fixed devision by zero bug for events with 2 (or less) accepted tracks

try to fix compilation problem in call to destructor, move some specific AOD methods to the AOD reader

- fix for MC bugs in AliAnalysisTaskGammaCaloConv, fix for trivial bug in AliAnalysisTaskEtaToPiPlPiMiGamma

move the check of the primary vertex for AOD and ESD to corresponding reader

remove check for old AOD data format

add requierement of field on in the input handler, put back proper hybrid track selection for ESDs in photon Isolation analysis

add switches for the filling of isolation band and underlying events histograms, for cell bands and UE, for TRD covered Super modules, and high multiplicity events histograms

move track selection differences from AOD and ESD to corresponding reader

Removed hard coded histogram switch to allow turning off and on of histograms in AddTaskMatchingChain.C

Further fixes for compiler warnings etc

Clean up some compiler warnings

Add V0 in jet code from Xiaoming

Error verification location fixed

Safer Initialization

slightly revised calib maps

Untriggered DEtaDPhi: config for Kinematics train + correction to corr. fun.

Add deltaR vs pt D ptj

Commit from Raphaelle: AddTaskTRD for pileup rejection in CPass.

Reprocessing 2012 (TRD)

made const array arguments of GetPredictedChi2 methods

Improved patch for centrlaity flattening for 10-20% bin (Kishora)

Bug fix: introduced new members for pt-dependent cuts to solve problem with reset of previous limits (Massimo)

Second signature for AddTaskEmcalJetSample that takes the relevant information from corresponding AliEmcalJetTask (A. Sevcenco)

added option in AddTask to change the container name, needed for LEGO Trains

Adding correlation of the shared tpc clusters between the trigger particle and the daughter tracks

- Don't change binning of multiplicity, if not stored (in order to maintain jet code for pp (otherwise everything goes to underflow bin)) - Added manual overwrite for storing the centrality - Only write output files if they are filled

- Added track filter mask to task name - Added some printfs for task configuration

- Added scatter plot for jet pT versus reference multiplicity (|eta| < 0.5, 0.8)

Code from Levente:
i.) MakeITSUSimuParam.C
Introduced new function MakeITSUSimuParam_1stDigital to test the digital chip response.
ii.) AliITSUSimulationPix .h and .cxx
Added new methods : Hits2SDigitsFastDigital and PlaceDigitalPixels to simulate digital chip response. The PlaceDigitalPixels will be developed further, since now it only contains one single patter cluster whose CoG (x,z) is randomly placed wrt. The hit position within [-5,5] um.
New  simulation parameter added: kDigitalSim. 1 = didigtal , 0 = analogue simulation. It is set in MakeITSUSimuParam.C

correct typo

correct typo

Bug fix (Chiara)

ALIROOT-5538 ALIROOT-5433 Reconstruction aborts in HLT

adding gain factors (mainly determined by Kr calibration) to the summary files

also set default names of input cells and triggers when empty string is given

remove parameter in function not needed after last commit

fix format of print

remove filling of obsolete histogram

add new parameters in print method

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

MFT methods for muon and dimuon offset modified

Updated directory names on LDC in SDD calibration plotting macro (Mario Sitta)

MCmodif3 filling more histo with MCbkg candidates

MCmodif1 EMCal phys sel off, EMCal trigger on

MCmodif2 read sb array, add histos for MCbkg

update filter bits AOD filter task (D. Lodato)

ALIROOT-5535 (Alla)

restoring commit 7faa7a53ee0334a320574f5d8a656219caa3c004, wrong commit of correct.C macro

update from Marco

change bining (C.Terrevoli)

Revert "set refrence PMT=2 if LHC10bc"

This reverts commit 9c83c223b03c1d1faedca176fcdb59765ceb74dd.

set refrence PMT=2 if LHC10bc

Untriggered DEtaDPhi: corrected PtsumDist + update for the train

Updates by Ionut

Allow  writing in OCDB TimeDelay if  less then 2 PMTs are empty

LED-CFD amplitude threshold implemented to remove pre-peak from electronics glitch for LHC10bc reconstruction; threshold readed from RecoParam

bug fix from Denise

Adaptive calibration/correction tests

add proptections (marcel), add GEANT process for MC

Added the possibility to store the results in a ttree

including switch to set on/off iso-track core removal, cleaning and bug fix

add to the isolated histogram title the maximum cut on the selection

fix the filling of the pt of the leading particle in the cone

PWGPP-3, PWGPP-4,  ATO-20, ATO-71  - Extended test to check integrity AliAnalysistaskFiltered output + warning supression (indexing out of container range)

 PWGPP-3, ATO-20, ATO-71 - Bug fixes for 0 pointer handling
a.) tree->Fill()  was ignored  in case of 0 pointers
b.) in case new branch created (first non zerro pointer), add dummy 0 entries - otherwise branch
    and tree - different ammount of entries
c.) extending unit tests to catch all possible problems i TTreeStream covered until now

add few more optional debug prints, move the check of the HIJING origin of the particle to the start of the cluster or track loop

update from marco

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

Modifications to MFT classes to manage embedding

Allow using a TF1 to introduce an artificial tracking inefficiency

Skipping some of the T0 calibration for 2010 data reprocessing (Alla Maevskaya)